RU2727684C1 - Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 - Google Patents

Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 Download PDF

Info

Publication number
RU2727684C1
RU2727684C1 RU2019141020A RU2019141020A RU2727684C1 RU 2727684 C1 RU2727684 C1 RU 2727684C1 RU 2019141020 A RU2019141020 A RU 2019141020A RU 2019141020 A RU2019141020 A RU 2019141020A RU 2727684 C1 RU2727684 C1 RU 2727684C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
clic5
gene
dna
dfnb103
autosomal recessive
Prior art date
Application number
RU2019141020A
Other languages
English (en)
Inventor
Николай Алексеевич Барашков
Вера Геннадиевна Пшенникова
Георгий Прокопьевич Романов
Айсен Васильевич Соловьев
Сергей Сергеевич Находкин
Федор Михайлович Терютин
Ньургун Наумович Готовцев
Алена Афанасьевна Никанорова
Леонид Александрович Кларов
Ольга Леонидовна Посух
Эльза Камилевна Хуснутдинова
Сардана Аркадьевна Федорова
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Якутский научный центр комплексных медицинских проблем"
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Северо-Восточный федеральный университет имени М.К.Аммосова"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Якутский научный центр комплексных медицинских проблем", Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Северо-Восточный федеральный университет имени М.К.Аммосова" filed Critical Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Якутский научный центр комплексных медицинских проблем"
Priority to RU2019141020A priority Critical patent/RU2727684C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2727684C1 publication Critical patent/RU2727684C1/ru
Priority to EA202092667A priority patent/EA202092667A1/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C12Q1/683—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2500/00—Analytical methods involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/301—Endonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Abstract

Изобретение относится к области биотехнологии.Изобретение предназначено для выявления мутации c.1121G>А (p.Trp374*) гена СLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103. Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103), включающий детекцию нонсенс-мутации c.1121G>A(p.Trp374*) гена CLIC5, для чего, выделяют геномную ДНК, проводят ПЦР-ПДРФ-анализ с использованием следующих оригинальных праймеров: (F) - 5'-CGCAACTATGATATCCCGGCTGAGATGACA-3', (R) - 5'-ТGCTGGTATCATGGGAACTCCA-3' и эндонуклеазой рестрикции Bsc4I. В результате наличия на электрофореграмме фрагмента длиной 293 пн диагностируют носительство патогенного аллеля в гомозиготном состоянии, что соответствует результатам положительной ДНК-диагностике на DFNB103. Предлагаемый способ разработан на основе полученных результатов многолетних молекулярно-генетических исследований нейросенсорных нарушений слуха в Якутии и позволяет быстро и с высокой точностью подтвердить аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293), обусловленную нонсенс-мутацией c.1121G>A (p.Trp374*) гена CLIC5. 2 ил., 7 табл., 7 пр.

Description

Изобретение относится к медицине, а именно к медицинской генетике и оториноларингологии, в частности, предназначено для выявления мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103.
В литературе описан только один случай аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103; OMIM#607293), в одной турецкой семье с двумя сибсами с прогрессирующей тугоухостью (от легкой до тяжелой степени тяжести) (www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24781754). В этой семье, путем картирования хромосомы 6p21.1-q15 была обнаружена нонсенс-мутация с.96Т>А (p.Cys32*) в гене CLIC5 (С32Х; 607923.0001).
Наиболее близким прототипом изобретения является способ идентификации нонсенс-мутации с.96Т>А (p.Cys32*) в гене CLIC5 описанный в исследовании Seco в соавторстве (см. Progressive hearing loss and vestibular dysfunction caused by a homozygous nonsense mutation in CLIC5 / C.Z. Seco, A.M. Oonk, M. Dominguez-Ruiz et al // Eur J Hum Genet. - 2015. - Vol. 23(2). - P. 189-194. doi: 10.1038/ejhg.2014.83).
Мутация c.96T>A (p.Cys32*) была обнаружена путем картирования в семье, где потомки от близкородственного брака (двоюродные сибсы) имели аутосомно-рецессивную потерю слуха ранее неизвестной этиологии. В результате, у двух пробандов (брат и сестра) на хромосоме 6p21.1-q15 был выявлен гомозиготный участок 47,4 Мб, содержащий 247 генов, из которых наиболее вероятным геном-кандидатам являлся ген CLIC5, мутации в котором, предположительно, являлись причиной потери слуха в данной семье. Дальнейший мутационный анализ гена CLIC5 был проведен с помощью секвенирования по Сэнгеру. Амплификация, включающая экзоны и экзон-интронные области гена CLIC5 (CLIC5A - NM_016929.4, CLIC5B NM_001114086.1), была проведена с помощью ПЦР, с использованием олигонуклеотидных праймеров, разработанных с помощью ExonPrimer (http://www.ihg.gsf.de/ihg/ExonPrimer.html). Амплификацию ПЦР проводили в присутствии стандартных ионных буферов и термостабильного фермента Taq-полимеразы. Амплифицированные фрагменты очищали от компонентов ПЦР на ПЦР-планшетах NucleoFast 96 и/или ExoI/FastAP в соответствии с протоколом изготовителя. Секвенирование проводили с помощью набора ABI PRISM BigDye Terminator Cycle Sequencing V2.0 Ready Reaction и анализировали с помощью генетического анализатора ABI PRISM 3730 (Applied Biosystems Foster City, CA, USA). На наличие трансверсии c.96T>A гена CLIC5 в контрольной выборке лиц (n=111), проводился ПДРФ-анализ с использованием эндонуклеазы рестрикции HpyCH4III, результаты которого анализировали в 1-1,5% агарозном геле, где наличие мутации с.96Т>А в гене CLIC5 приводила к потере сайта рестрикции HpyCH4III.
Известное техническое решение является результатом поискового научного исследования и не предназначено для практического применения в рутинной ДНК-диагностике аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103). Показано, что мутация с.96Т>А (p.Cys32*) в гене CLIC5, ассоциированная с данной формой глухоты, была выявлена только в одной инбредной турецкой семье и не была обнаружена у 213 пациентов с аутосомно-рецессивной тугоухостью, преимущественно, голландского и испанского происхождения. Исходя из этого, использование способа выявления мутации с.96Т>А (p.Cys32*) в гене CLIC5 для ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 не целесообразно.
Ген CLIC5 (chloride intracellular channel 5) является одним из новых «генов глухоты», мутации в котором могут быть ассоциированы с несиндромальной аутосомно-рецессивной потерей слуха (Hereditary Hearing Loss Homepage https://hereditaryhearingloss.org/recessive-genes). CLIC5 является членом семейства белков внутриклеточного канала, которые участвуют в транспорте иона хлорида в различных субклеточных компартментах. Seco в соавторстве (см. Progressive hearing loss and vestibular dysfunction caused by a homozygous nonsense mutation in CLIC5 / C.Z. Seco, A.M. Oonk, M. Dominguez-Ruiz et al // Eur J Hum Genet. - 2015. - Vol. 23(2). - P. 189-194. doi: 10.1038/ejhg.2014.83) обнаружили, что белок CLIC5 широко экспрессируется в тканях как плода, так и взрослого человека. Было показано, что экспрессия CLIC5 во внутреннем ухе плода в 26 раз выше, чем в печени, которая имела самый низкий уровень экспрессии. На модельных животных было обнаружено, что мутированный ортологичный ген clic5 у мыши (jbg), создающий трансляционный сдвиг рамки и преждевременный стоп-кодон, приводит к тремору и прогрессирующему нарушению слуха, а также вестибулярной дисфункции. В последующем, результаты иммуногистохимии подтвердили предсказанное отсутствие белка clic5 в тканях мышей-мутантов линии jbg/jbg (гомозиготное состояние).
Ранее, молекулярно-генетические исследования причин несиндромальной нейросенсорной тугоухости у населения Якутии (n=393) были направлены на поиск мутаций в генах GJB2 (Сх26), GJB6 (Сх30) и GJB3 (Сх31), ответственных за аутосомно-рецессивную глухоту 1А типа (АРГ 1А; DFNB1A - OMIM#220290) (см. Анализ спектра и частоты GJB2-мутаций у пациентов с врожденными нарушениями слуха в Республике Саха (Якутия) / В.Г. Пшенникова, Н.А. Барашков, Ф.М. Терютин и др. // Мед. генетика. - 2015. - Т. 14. - №6 (156). - С. 10-2327; Spectrum and Frequency of the GJB2 Gene Pathogenic Variants in a Large Cohort of Patients with Hearing Impairment Living in a Subarctic Region of Russia (the Sakha Republic) / N.A. Barashkov, V.G. Pshennikova, O.L. Posukh et al // PLoS One. - 2016. - Vol. 11(5):e0156300. doi: 10.1371/journal.pone.0156300; Поиск мутаций в генах GJB6 (Сх30) и GJB3 (Сх31) у глухих пациентов с моноаллельными мутациями гена GJB2 (Сх26) в Якутии / В.Г. Пшенникова, Н.А. Барашков, А.В. Соловьев и др. // Генетика. - 2017. - Т. 53. - №3. - С. 705-715. doi: 10.7868/S0016675817030109). Показано, что основной вклад в нарушение слуха у пациентов из Якутии приходится на биаллельные мутации гена GJB2, который составил 49%. Связь изученных двух других генов GJB6 и GJB3 с наследственными нарушениями слуха в Якутии не была подтверждена. Учитывая выявленные особенности спектра и частоты мутаций гена GJB2, был разработан регионально-адаптированный подход к рутинной ДНК-диагностике АРГ 1А типа в Якутии (см. RU №2688180, кл. G01N 33/50, C12Q 1/68, опубл. 21.05.2019). Тем не менее, у 51% GJB2-негативных пациентов причина потери слуха осталась не установленной. Высоко вероятно, что потеря слуха у части GJB2-негативных пациентов может быть обусловлена мутациями в других генах, ассоциированных с несиндромальными нарушениями слуха, которых в настоящее время идентифицировано около 100 (Hereditary Hearing loss Homepage - http://hereditaryhearingloss.org).
Детальное клинико-генеалогическое изучение выборки GJB2-негативных пациентов из Якутии позволило выявить двух пораженных сибсов (родители имели нормальный слух), эвенов по этнической принадлежности, у которых причина потери слуха не была установлена. У данных сибсов отмечался поздний дебют потери слуха (у пробанда в 7 лет, у сибса в 4 года) с прогрессирующим течением со II-III до IV степени тяжести. С целью поиска причин потери слуха в этой семье у одного из сибсов был проведен полноэкзомный анализ ДНК (Illumina NextSeq 500). В результате проведенного полноэкзомного анализа в 6 экзоне гена CLIC5 была выявлена ранее неизвестная (не сведений в базах данных: 1000 Genomes Project, Exome Aggregation Consortium, OMIM, HGMD и ClinVar) гомозиготная мутация C.1121G>A (chr6: 45870937C>T), приводящая к образованию преждевременного стоп-кодона р.Trp374* (NM_001114086.1), терминирующего трансляцию белка CLIC5 (chloride intracellular channel 5 (CLIC5), transcript variant 1, mRNA). Поскольку мутация нарушает синтез полноразмерного белка CLIC5, то она может быть отнесена к вероятно патогенным вариантам. В дальнейшем, прямое секвенирование по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5 подтвердило полученные результаты. Дальнейший скрининг данной мутации среди 241 GJB2-негативного пациента (n=177 ранее исследованные, n=64 из Всероссийского общества глухих, г. Якутск), выявил мутацию c.H21G>A (р.Trp374*) гена CLIC5 еще у 36 пациентов, из них: у 26 человек в гомозиготном состоянии, а у 10 человек - в гетерозиготном. Таким образом, вклад мутации гена CLIC5 в этиологию нарушений у GJB2-негативных пациентов из Якутии составил 11% (только гомозиготы по найденной мутации), что может являться основой для разработки эффективных способов ДНК-диагностики наследственных нарушений слуха.
Задача, на решение которой направлено заявленное изобретение, является создание способа ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103).
Технический результат, получаемый при решении поставленной задачи, выражается в ДНК-диагностике аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103) с высокой точностью.
Для решения поставленной задачи, был разработан способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103), включающий детекцию нонсенс-мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, отличается тем, что для проведения амплификации значимого района 6-го экзона гена CLIC5, используются следующие оригинальные праймеры: (F) - 5'-CGTCATCTCAGCCGGGATATCATAGTTGCG-3', (R) - 5'-TGCTGGTATCATGGGAACTCCA-3', с последующим проведением анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов с использованием эндонуклеазы Bsc4I. При наличии фрагмента длиной 293 пн диагностируется носительство патогенного аллеля в гомозиготном состоянии (DFNB103 - подтверждается), при наличии фрагментов 293 пн и 258 пн диагностируется гетерозиготное носительство патогенного аллеля (DFNB103 - не подтверждается) и при фрагменте 258 пн диагностируется отсутствие патогенного аллеля (DFNB103 - не подтверждается).
Сопоставительный анализ признаков заявленного решения с признаками аналога свидетельствует о соответствии заявленного решения критерию «новизна».
Совокупность признаков изобретения обеспечивает решение заявленной технической задачи, а именно, получение молекулярно-генетического способа ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103.
Преимуществом предлагаемого способа перед существующим аналогом является то, что он позволяет быстро и с высокой точностью подтвердить аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293), обусловленную нонсенс-мутацией c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, который разработан на основе полученных результатов многолетних молекулярно-генетических исследований нейросенсорных нарушений слуха в Якутии.
Заявляемое техническое решение иллюстрируется чертежами, где на фигуре 1, представлена область перекрывания оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров для детекции нонсенс-мутации c.1121G>A (р.Trp374*) в 6-ом экзоне гена CLIC5 (размер области составляет 293 пн). Горизонтальными стрелками отмечены прямой и обратный олигодезоксинуклеотидные праймеры. Внизу показана модификация прямого праймера, где пунктирной рамкой выделен нуклеотид - аденин в 1113 положении, заменяемый на цитозин для создания искусственного палиндромного участка сайта рестрикции эндонуклеазой Bsc4I. На фигуре 2, представлена идентификация мутации c.1121G>A (р.Trp374*) в 6-ом зкзоне гена CLIC5: А - фрагменты результатов прямого секвенирования по Сэнгеру: первый фрагмент - норма (с.[wt]; [wt]), второй - моноаллельный (гетерозиготный) (с.[1121G>A]; [wt]), третий - биаллельный (гомозиготный) (с.[1121G>A]; [1121G>A]); Б - электрофореграмма ПЦР-ПДРФ анализа для детекции мутации c.1121G>A в трех ядерных семьях (4% агарозный гель). При наличии биаллельной мутации сайт рестрикции отсутствует - 293 пн; при наличии моноаллельной мутации присутствует наличие двух бэндов - 293 пн и 258 пн; при отсутствии мутации визуализируется один бэнд - 258 пн. Дорожки: 1 - маркер молекулярного веса pUC19 DNA/MspI; 2, 3 и 8 - контроль биаллельной, моноаллельной и без мутации, соответственно; 4 (III;2) - отец пробанда 1; 5 (IV;1) - сибс пробанда 1; 6 (IV;2) - пробанд 1; 7 (III;7) - пробанд 2; 9 (III;8), 10 (III;9) и 11 (III;17) - сибсы пробанда 2; 12 (III;18) - пробанд 3; 13 (II;7) - отец пробанда 3; 14 (II;8) - мать пробанда 3; В - родословная трех ядерных семей (состоящих в родстве) с выявленными генотипами по мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5. Условные обозначения: черным цветом обозначены члены семьи с признаками наследственной/постлингвальной формы глухоты, серым - члены семьи с АРГ 1А (DFNB1A; OMIM#220290), плюсом - член семьи, имеющий признак наследственной/постлингвальной формы потери слуха со слов близких родственников, восклицательным знаком - обследованные лично, пунктиром выделены ядерные семьи, стрелкой и нумерацией сверху обозначены пробанды в ядерных семьях, Mut (Mutation) - c.1121G>A (p.Trp374*), Wt (Wild type) - норма.
Заявленный способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 осуществляется следующим образом.
1) С информированного согласия на обследование (у детей - после информированного согласия родителей или опекунов) осуществляется забор венозной крови из локтевой вены для выделения образцов геномной ДНК.
2) Геномная ДНК выделяется с помощью фенол-хлороформной экстракции, описанный в работе С. Метью (см. Mathew С.С. The isolation of high molecular weight eucariotic DNA / C.C. Mathew // Methods in Molecular Biology / Ed. Walker J.M.Y.L.: Human Press. - 1984. - Vol. 2. - P. 31-34).
3) В дальнейшем, полученную ДНК без посторонних примесей (со значениями ΔA260/ΔA280=1/8-2,0), используют в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции для амплификации значимого района гена CLIC5. Для амплификации участка экзона 6, возможно содержащий вариант c.1121G>A (р.Trp374*), используются оригинальные последовательности олигонуклеотидов, дизайн которых представлен на фигуре 1: (F) - 5'-CGTCATCTCAGCCGGGATATCATAGTTGCG-3', (R) - 5'-TGCTGGTATCATGGGAACTCCA-3'.
Способ осуществляется с применением стандартного состава реакционной смеси: 2,0 мкл геномной ДНК, соответствующее количество каждого олигонуклеотида, 125 мкМ дезоксинуклеозидтрифосфата (Promega, USA) помещают в буфер для ПЦР следующего компонента: Буфер (х10) - 0,8 мкл (67 mM Tris-HCl, рН 8,6-8,8 при 20°С, 6,7 тМ MgCl2, 16,6 mM (NH4)2SO4, 0,01% Tween 20); Дезоксинуклеотидтрифосфаты (dNTP) - 0,5 мкл; Праймеры: F - 0.24 мкл и R - 0,142 мкл; термостабильная Taq-полимераза - 0,2 мкл; Деионизированная вода - 5,56 мкл; Бетаин - 5,56 мкл, ДНК (100 нг/мл) - 2,0 мкл. Суммарный объем - 15 мкл. При этом применяют следующий режим амплификации: 1) предварительная денатурация в течение 5 мин при t 95°С, далее 28 циклов со следующими параметрами - 95°С - 45 с, 60°С - 45 с, 72°С - 45 с. После 28-го цикла проводят инкубацию при 72°С в течение 10 мин.
4) После проведения амплификации необходимых фрагментов, для детекции мутации c.1121G>A (p.Trp374*) гена CLIC5 проводится ПДРФ-анализ с использованием эндонуклеазы Bsc4I (см. фиг. 1). Реакция проводится согласно протоколу фирмы производителя указанной эндонуклеазы. Результаты ПДРФ-анализа оцениваются методом электрофореза на горизонтальном (15×15) в 4% агарозном геле. Перед нанесением на электрофорез пробы в соотношении 1:5 с краской, содержащей 0,25% бромфенолового синего, 0,25% ксиленцианола и 15% фикола.
5) Детекцию результатов проводят путем окрашивания гелей бромистым этидием с последующей визуализацией в УФ-свете на трансиллюминаторе. На фигуре 2-Б показана электрофореграмма ПЦР-ПДРФ анализа для детекции мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, где при наличии фрагмента длиной 293 пн диагностируется носительство патогенного аллеля в гомозиготном состоянии (DFNB103 - подтверждается), при наличии фрагментов 293 пн и 258 пн диагностируется гетерозиготное носительство патогенного аллеля (DFNB103 - не подтверждается) и при фрагменте 258 пн диагностируется отсутствие патогенного аллеля (DFNB103 - не подтверждается).
Время исследования (от выделения ДНК исследуемого до детекции мутации) составляет 4 дня.
Результативность предлагаемого способа ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 была проверена на образцах ДНК 241 GJB2-негативного пациента из Якутии, обнаруженных в результате прямого секвенирования по Сэнгеру значимого района 6-го экзона гена CLIC5, содержащую мутацию c.1121G>A (р.Trp374*). В результате проведенной проверки предлагаемого способа на образцах ДНК GJB2-негативных пациентов все генотипы полностью соответствовали результатам ранее полученных с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру гена CLIC5: мутация в гомозиготном состоянии у 26 (11%) пациентов, в геторозиготном - у 10 (4,14%), у остальных 205 (85%) мутация не была обнаружена. Таким образом, предлагаемый способ в применении оказался точным и информативным и может быть применим при рутинной ДНК-диагностике аутосомно-рецессивной глухоты-103.
Ниже приведены примеры проведенного способа ДНК-диагностики DFNB103.
Пример 1. Пациентка С.М. (проба ДНК - АБ1037) - пробанд 1 (см. фиг. 2В - IV;2), эвенка, 1998 года рождения, с. Батагай-Алыта Эвено-Бытантайского национального улуса, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя глухота, с детства; инвалид по слуху. Наследственность по глухоте отягощена (старший брат (IV;1) с двусторонней тугоухостью, с дебютом потери слуха в 4 года). Обучалась в ГКОУ Республиканской специальной (коррекционной) общеобразовательной школе-интернате II вида для слабослышащих детей (г. Якутск). Нарушение слуха было замечено в 7 лет. Состояла на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины с 2008 по 2014 гг. Клинический диагноз от 02.10.2014 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя глухота (МКБ: Н90.3) / системное недоразвитие речи. В настоящее время, пациентка носит слуховой аппарат. Результаты исследований слуха пациентки С.М. (№1) представлены в таблице 1.
Предлагаемый способ ДНК-диагностики АРГ-103 был проведен у 10 членов семьи данного пробанда 1 (см. фиг. 2). В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики DFNB103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации), мутация c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5 в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн) была обнаружена у 5 пораженных членов семьи: у пробанда 1 (IV;2), сибса пробанда 1 (IV;1), пробанда 2 (III;7), сибса пробанда 2 (III;17) и пробанда 3 (III;18), что подтверждает диагноз - аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Гетерозиготное носительство мутантной аллели (аллели 293 пн и 258 пн) было обнаружено у отца пробанда 1 (III;2) и родителей пробанда 3 (II;7 и II;8). У здоровых сибсов пробанда 2 (III;8 и III;9) мутация не была обнаружена (аллель 258 пн). Идентификация мутации c.1121G>A (р.Trp374*) в 6-ом экзоне гена CLIC5 в случае данного примера приведена в описании фигуры 2.
Продолжительность ДНК-исследования 10 членов семьи пациентки С.М. составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 2. Пациент И.А. (проба ДНК - АБ1050), эвенк, 1995 года рождения, с. Оленек Оленекского эвенкийского национального улуса, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя глухота, с детства; инвалид по слуху. Нарушение слуха было замечено в 4 года. Наследственность по глухоте не отягощена. Обучался в ГКОУ Республиканской специальной (коррекционной) общеобразовательной школе-интернате II вида для слабослышащих детей (г. Якутск). Состоял на диспансерном учете (2 раза в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины с 2000 по 2014 гг. Клинический диагноз от 07.10.2014 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя глухота (МКБ: Н90.3) / резидуальная энцефалопатия, компенсированная форма. Системное недоразвитие речи. Ношение слухового аппарата / слухопротезирование с 2006 года. Результаты исследований слуха пациента И.А. (№2) представлены в таблице 2.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики АРГ-103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации) искомая мутация c.1121G>A (р.Trp374*), у пациента И.А. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 3. Пациент С.Е. (проба ДНК: АА6283), эвенк, 1993 года рождения, пгт. Тикси, Булунский улус, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя глухота, с детства; инвалид по слуху. Нарушение слуха было замечено в 7-8 лет. Наследственность по глухоте не отягощена. Обучался в массовой общеобразовательной школе (пгт. Тикси). Состоял на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины с 2003 по 2009 гг. Клинический диагноз от 29.06.2009 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя сенсоневральная тугоухость III ст. справа, IV ст. слева / резидуальная энцефалопатия, церебрастенический синдром. Ношение слухового аппарата / слухопротезирование с 2006 года. Результаты исследований слуха пациента С.Е. (№3) представлены в таблице 3.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики DFNB103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации) искомая мутация c.1121G>A (р.Trp374*), у пациента С.Е. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 4. Пациентка О.А. (проба ДНК: АА7602), якутка, 2000 года рождения, с. Тулагино, Городской округ г. Якутск, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя глухота, с детства; инвалид по слуху. Наследственность по глухоте не отягощена. Нарушение слуха было замечено в 4 года. Обучалась в специализированной коррекционной общеобразовательной школе-интернате для слабослышащих детей (г. Москва, г. Якутск). С 13 лет обучалась в массовой общеобразовательной школе (с. Тулагино). Состояла на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины с 2005 по 2013 гг. Клинический диагноз от 09.09.2013 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя глухота (МКБ: Н90.3) / резидуальная энцефалопатия с общим недоразвитием речи. 09.12.2011 г. проведена кохлеарная имплантации на оба уха (Клиническая больница №122 им. Л.Г. Соколова, г. Санкт-Петербург). Результаты исследований слуха пациентки О.А. (№4) представлены в таблице 4.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики DFNB103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации), искомая мутация c.1121G>A у пациентки О.А. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 5. Пациент С.Е.Н. (проба ДНК - АБ3182), якут, 2005 года рождения, г. Нюрба, Нюрбинский улус, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: с детства тугоухость справа, глухота слева; инвалид по слуху. Наследственность по глухоте отягощена по отцу. Нарушение слуха было замечено в 3 года. В настоящее время обучается в ГКОУ Республиканской специальной (коррекционной) общеобразовательной школе-интернате II вида для слабослышащих детей (г. Якутск). С 2011 г. состоит на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины. Клинический диагноз от 22.06.2015 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): сенсоневральная тугоухость IV ст.справа. Глухота слева (МКБ: Н90.3) / задержка речевого развития. Резидуальная энцефалопатия с синдромом дефицита внимания и гиперактивности. 06.07.2015 г. проведена кохлеарная имплантации на левое ухо (Клиническая больница №122 им. Л.Г. Соколова, г. Санкт-Петербург). Результаты исследований слуха пациента С.Е.Н. (№5) представлены в таблице 5.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103 - OMIM#616042) предложенным способом ДНК-диагностики АРГ-103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации) искомая мутация c.1121G>A (р.Trp374*), у пациента С.Е.Н. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 6. Пациент А.Н. (проба ДНК - АБ2181), якут, 2004 года рождения, г. Якутск, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя тугоухость с детства; инвалид по слуху. Наследственность по глухоте не отягощена. Обучается в массовой общеобразовательной школе (г. Якутск). С 2011 г. состоит на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 - Национального центра медицины. Клинический диагноз от 21.02.2014 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя сенсоневральная тугоухость IV ст. - Грань глухоты (МКБ: Н90.3) / резидуальная энцефалопатия. 02.10.2014 г. проведена кохлеарная имплантации на левое ухо (Клиническая больница №122 им. Л.Г. Соколова, г. Санкт-Петербург). Результаты исследований слуха пациента А.Н. (№6) представлены в таблице 6.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики DFNB103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации), искомая мутация c.1121G>A (р.Trp374*) у пациента А.Н. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Пример 7. Пациентка Я.С. (проба ДНК - АБ3477), якутка, 2003 года рождения, г. Якутск, Республика Саха (Якутия). Статус по слуху: двусторонняя тугоухость с детства; инвалид по слуху. Наследственность по глухоте не отягощена. Обучается в массовой общеобразовательной школе (г. Якутск). С 2012 г. состоит на диспансерном учете (1 раз в год) в Сурдологопедическом центре ГАУ Республики Саха (Якутия) Республиканская больница №1 Национального центра медицины. Клинический диагноз от 27.03.2014 г. (основное заболевание / сопутствующие заболевания): двусторонняя сенсоневральная тугоухость II-IV ст. (МКБ: Н90.3) / ВСД с церебрастенией. Дизартрия. Результаты исследований слуха пациентки Я.С. (№7) представлены в таблице 7.
В результате молекулярно-генетического исследования на наличие мутации c.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5, обуславливающей аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293) предложенным способом ДНК-диагностики DFNB103 (ПЦР-ПДРФ анализ с использованием оригинальной последовательности олигонуклеотидных праймеров и эндонуклеазы рестрикции Bsc4I с последующим электрофоретическим разделением продуктов гидролиза в 4%-ном агарозном геле и визуализацией с помощью системы гель-видеодокументации), искомая мутация c.1121G>А (р.Trp374*) у пациента Я.С. была обнаружена в гомозиготном состоянии (аллель 293 пн), что подтверждает диагноз аутосомно-рецессивная глухота-103 (DFNB103; OMIM#607293). Продолжительность ДНК-исследования предлагаемым способом составила 4 дня. Полученный результат верифицирован с помощью прямого секвенирования по Сэнгеру фрагмента 6-го экзона гена CLIC5. Рекомендуется: ДНК-тестирование близких родственников (супруг/супруга, родители/дети, братья/сестры и др.) и консультация врача-генетика при планировании семьи.
Таким образом, использование молекулярно-генетического способа ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 позволяет быстро и с высокой точностью подтвердить аутосомно-рецессивную глухоту-103 (DFNB103; OMIM#607293), обусловленной нонсенс-мутацией C.1121G>A (р.Trp374*) гена CLIC5. Техническое решение разработано на основе результатов многолетних молекулярно-генетических исследований нейросенсорных нарушений слуха в Якутии.
Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
--->
Перечень последовательностей
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE ST26SequenceListing SYSTEM "ST26SequenceListing_V1_2.dtd" PUBLIC "-//WIPO//DTD Sequence Listing 1.2//EN">
-<ST26SequenceListing productionDate="2020-01-30" softwareVersion="1.0.0-beta1" softwareName="WIPO Sequence" fileName="Способ ДНК-диагностики АРГ-103" dtdVersion="V1_2">
-<ApplicationIdentification>
<IPOfficeCode>RU</IPOfficeCode>
<ApplicationNumberText>2019141020/20(080142)</ApplicationNumberText>
<FilingDate/>
</ApplicationIdentification>
<ApplicantName languageCode="ru">ФГБНУ "Якутский научный центр комплексных медицинских проблем", ФГАОУ ВО "Северо-Восточный федеральный универститет имени М.К.Аммосова" </ApplicantName>
<ApplicantNameLatin>FBSO "Yakut Science Centre of complex medical problems", FSAIHE "M.K. Ammosov North-Eastern Federal University" </ApplicantNameLatin>
<InventorName languageCode="ru">Барашков Н.А.</InventorName>
<InventorNameLatin>Barashkov N.A.</InventorNameLatin>
<InventionTitle languageCode="ru">Способ ДНК-диагностики аутсомно-рецессивной глухоты-103</InventionTitle>
<SequenceTotalQuantity>2</SequenceTotalQuantity>
-<SequenceData sequenceIDNumber="1">
-<INSDSeq>
<INSDSeq_length>30</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
-<INSDSeq_feature-table>
-<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..30</INSDFeature_location>
-<INSDFeature_quals>
-<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
-<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>cgtcatctcagccgggatatcatagttgcg</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
-<SequenceData sequenceIDNumber="2">
-<INSDSeq>
<INSDSeq_length>22</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>
-<INSDSeq_feature-table>
-<INSDFeature>
<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>
<INSDFeature_location>1..22</INSDFeature_location>
-<INSDFeature_quals>
-<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
-<INSDQualifier>
<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>
<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>
</INSDQualifier>
</INSDFeature_quals>
</INSDFeature>
</INSDSeq_feature-table>
<INSDSeq_sequence>tgctggtatcatgggaactcca</INSDSeq_sequence>
</INSDSeq>
</SequenceData>
</ST26SequenceListin
<---

Claims (1)

  1. Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 (DFNB103), включающий детекцию нонсенс-мутации c.1121G>A (p.Trp374*) гена CLIC5, отличающийся тем, что для проведения амплификации значимого района 6-го экзона гена CLIC5 используют следующие оригинальные праймеры: (F) - 5'-CGTCATCTCAGCCGGGATATCATAGTTGCG-3', (R) - 5'-ТGCTGGTATCATGGGAACTCCA-3', с последующим проведением анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов с использованием эндонуклеазы Bsc4I, и при наличии фрагмента длиной 293 пн диагностируют носительство патогенного аллеля в гомозиготном состоянии, при котором DFNB103 подтверждается, при наличии фрагментов 293 пн и 258 пн диагностируют гетерозиготное носительство патогенного аллеля, при котором DFNB103 не подтверждается, при наличии фрагмента 258 пн диагностируют отсутствие патогенного аллеля, при котором DFNB103 не подтверждается.
RU2019141020A 2019-12-12 2019-12-12 Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103 RU2727684C1 (ru)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2019141020A RU2727684C1 (ru) 2019-12-12 2019-12-12 Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103
EA202092667A EA202092667A1 (ru) 2019-12-12 2020-12-04 Способ днк-диагностики наследственной формы глухоты dfnb103

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2019141020A RU2727684C1 (ru) 2019-12-12 2019-12-12 Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2727684C1 true RU2727684C1 (ru) 2020-07-22

Family

ID=71741246

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019141020A RU2727684C1 (ru) 2019-12-12 2019-12-12 Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103

Country Status (2)

Country Link
EA (1) EA202092667A1 (ru)
RU (1) RU2727684C1 (ru)

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Barashkov N.A., et al, Spectrum and Frequency of the GJB2 Gene *
Barashkov N.A., et al, Spectrum and Frequency of the GJB2 Gene Pathogenic Variants in a Large Cohort of Patients with Hearing Impairment Living in a Subarctic Region of Russia (the Sakha Republic), PLoS One. - 2016. - Vol. 11(5):e0156300. doi: 10.1371/journal.pone.0156300. *
Seco S Z,, et al Progressive hearing loss and vestibular dysfunction caused by a homozygous nonsense mutation in CLIC5, Eur J Hum Genet. - 2015. - Vol. 23(2). - P. 189-194. doi: 10.1038/ejhg.2014.83. *
Seco S Z,, et al Progressive hearing loss and vestibular dysfunction caused by a homozygous nonsense mutation in CLIC5, Eur J Hum Genet. - 2015. - Vol. 23(2). - P. 189-194. doi: 10.1038/ejhg.2014.83. Пшенникова В.Г. и др, Мед. генетика. - 2015. - Т. 14. - N6 (156). - С. 10-2327. Barashkov N.A., et al, Spectrum and Frequency of the GJB2 Gene Pathogenic Variants in a Large Cohort of Patients with Hearing Impairment Living in a Subarctic Region of Russia (the Sakha Republic), PLoS One. - 2016. - Vol. 11(5):e0156300. doi: 10.1371/journal.pone.0156300. Пшенникова В.Г., и др, Поиск мутаций в генах GJB6 (Сх30) и GJB3 (Сх31) у глухих пациентов с моноаллельными мутациями гена GJB2 (Сх26) в Якутии, Генетика. - 2017. - Т. 53. - N3. - С. 705-715. doi: 10.7868/S0016675817030109. *
Пшенникова В.Г. и др, Мед. генетика. - 2015. - Т. 14. - N6 (156). - С. 10-2327. *
Пшенникова В.Г., и др, Поиск мутаций в генах GJB6 (Сх30) и GJB3 (Сх31) у глухих пациентов с моноаллельными мутациями гена GJB2 (Сх26) в Якутии, Генетика. - 2017. - Т. 53. - N3. - С. 705-715. doi: 10.7868/S0016675817030109. *

Also Published As

Publication number Publication date
EA202092667A1 (ru) 2021-06-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Rice et al. Gain-of-function mutations in IFIH1 cause a spectrum of human disease phenotypes associated with upregulated type I interferon signaling
Pilliod et al. New practical definitions for the diagnosis of autosomal recessive spastic ataxia of C harlevoix–S aguenay
Genin et al. Kinetochore KMN network gene CASC5 mutated in primary microcephaly
Nguyen et al. Molecular combing reveals complex 4q35 rearrangements in Facioscapulohumeral dystrophy
Zheng et al. Genome-wide association study identifies two risk loci for tuberculosis in Han Chinese
Eisenberger et al. A C-terminal nonsense mutation links PTPRQ with autosomal-dominant hearing loss, DFNA73
Azadegan-Dehkordi et al. Mutations in GJB2 as major causes of autosomal recessive non-syndromic hearing loss: first report of c. 299-300delAT mutation in Kurdish population of Iran
Wu et al. Mutation analysis of 218 Chinese patients with Wilson disease revealed no correlation between the canine copper toxicosis gene MURR1 and Wilson disease
Bertram Next generation sequencing in Alzheimer’s disease
Tiwari et al. Identification of novel and recurrent disease-causing mutations in retinal dystrophies using whole exome sequencing (WES): benefits and limitations
Xu et al. The genetic variation of SORCS1 is associated with late-onset Alzheimer’s disease in Chinese Han population
Morsaljahan et al. Association between interleukin-32 polymorphism and multiple sclerosis
Zhang et al. Targeted next-generation sequencing identified novel compound heterozygous variants in the CDH23 gene causing Usher syndrome type ID in a Chinese patient
JP2012187082A (ja) 第６染色体短腕２１．３３領域の一塩基多型に基づく抗てんかん薬による薬疹リスクの検査方法
Clot et al. Partial deletions of the GRN gene are a cause of frontotemporal lobar degeneration
Cui et al. Applications of the method of high resolution melting analysis for diagnosis of Leber's disease and the three primary mutation spectrum of LHON in the Han Chinese population
Nakakuki et al. Detection of a large heterozygous deletion and a splicing defect in the CFTR transcripts from nasal swab of a Japanese case of cystic fibrosis
Bousfiha et al. Novel compound heterozygous mutations in the GPR98 (USH2C) gene identified by whole exome sequencing in a Moroccan deaf family
Asouri et al. Analysis of single nucleotide polymorphisms in HLA-DRA, IL2RA, and HMGB1 genes in multiple sclerosis
RU2727684C1 (ru) Способ ДНК-диагностики аутосомно-рецессивной глухоты-103
RU2448163C2 (ru) Способ детекции 17 мутаций генов gjb2 и gjb6 при наследственной несиндромальной глухоте
CN109735614B (zh) 一种先天性无虹膜筛查试剂盒
Wang et al. Identification of novel FUS and TARDBP gene mutations in Chinese amyotrophic lateral sclerosis patients with HRM analysis
Khoshbakht et al. An association study on IL16 gene polymorphisms with the risk of sporadic Alzheimer's disease
Wang et al. Novel compound heterozygous mutations in TTI2 cause Syndromic intellectual disability in a Chinese family