RU2694231C1 - Способ определения предрасположенности к онкопатологии - Google Patents

Способ определения предрасположенности к онкопатологии Download PDF

Info

Publication number
RU2694231C1
RU2694231C1 RU2018100492A RU2018100492A RU2694231C1 RU 2694231 C1 RU2694231 C1 RU 2694231C1 RU 2018100492 A RU2018100492 A RU 2018100492A RU 2018100492 A RU2018100492 A RU 2018100492A RU 2694231 C1 RU2694231 C1 RU 2694231C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
gene
genotype
myc
cdk4
allele
Prior art date
Application number
RU2018100492A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018100492A3 (ru
RU2018100492A (ru
Inventor
Елена Владимировна Воробьева
Валентина Юрьевна Горбунова
Раушан Рифович Бакиев
Татьяна Юрьевна Казакова
Юлиана Германовна Трясцына
Давлат Сайтмуратович Турсуметов
Original Assignee
Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное Учреждение Высшего Образования "Башкирский Государственный Педагогический Университет Им. М. Акмуллы"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное Учреждение Высшего Образования "Башкирский Государственный Педагогический Университет Им. М. Акмуллы" filed Critical Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное Учреждение Высшего Образования "Башкирский Государственный Педагогический Университет Им. М. Акмуллы"
Priority to RU2018100492A priority Critical patent/RU2694231C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2694231C1 publication Critical patent/RU2694231C1/ru
Publication of RU2018100492A publication Critical patent/RU2018100492A/ru
Publication of RU2018100492A3 publication Critical patent/RU2018100492A3/ru

Links

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6827Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686Polymerase chain reaction [PCR]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области медицинской генетики. Предложен способ обнаружения предрасположенности к различным типам рака, включающий выделение тотальной нативной ДНК из периферической крови и проведение полимеразной цепной реакции. Проводят генотипирование полиморфных вариантов rs2072052 гена CDK4, rs3134613 гена Myc-L и rs137853294 гена RB1. При выявлении генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотипа *А/*С полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 и генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs137853294 гена RB1, a также их сочетаний RB1/Myc-L/CDK4 - GG/TT/AC, GG/TT/AC, GG/TG/AC, CG/GG/AC, CG/GG/AA прогнозируют высокий риск развития онкопатологии. Изобретение обеспечивает повышение точности прогноза. 2 пр.

Description

Настоящее изобретение относится к области медицинской генетики и может быть использовано для диагностики предрасположенности к различным видам онкологии.
Рак является одной из основных причин смерти в мире; так, в 2015 г. от этого заболевания умерли 8,8 млн человек. В России у женщин и мужчин преобладают разные формы рака. В целом на первом месте находится рак кожи, на втором месте располагается опухоль молочных желез. Далее по убывающей распространенности расположились такие формы злокачественных новообразований: рак легких, желудка, толстого кишечника, простаты, прямой кишки, лимфоидной ткани, кроветворных органов, матки, почки, поджелудочной железы, шейки матки, мочевого пузыря и яичников. Существует много предложений по диагностике предрасположенности к различным типам рака.
Известен способ прогнозирования наследственной
предрасположенности к раку молочной железы, который характеризуется тем, что проводят амплификацию коротких фрагментов гена BLM протяженностью до 200 и.о., с последующим высокоразрешающим плавлением, включающим оптимизированный для гена BLM этап формирования гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и медленное снижение температуры до 50°С; выбирают один фрагмент с аберрантным профилем плавления для секвенирования, секвенируют выбранный фрагмент и при выявлении мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к раку молочной железы. Способ повышает точность детекции мутации, прост в исполнении и высокоинформативен: позволяет выявлять до 100% мутаций в гене BLM [Патент РФ 2522501 от 17.10.2012].
Известен способ диагностики рака, предраковых состояний и предрасположенности к другим формам заболеваний путем использования в качестве молекулярного маркера интерферон-регулирующего фактора 1 (IRF-1). Способ отличается тем, что IRF-1 - специфичная РНК, анализируется в образце крови или образце, содержащем другой материал, полученный путем биопсии, преимущественно путем обратной транскрипции - реакции удлинения цепи полимеразой, или в таком образце определяется содержание биологически активного полипептида IRF-1. Изобретение основано на том, что новый механизм инактивации генасупрессора опухоли IRF-1 играет критическую роль, например, в гематопоэтической малигнизации. Необычный скиппинг экзонов приводит к образованию молекул РНК, которые утратили экзон 2 или экзоны 2 и 3. Относительные количества молекул РНК полной длины и укороченных молекул значительно различаются в образцах, полученных от больных с опухолями и от здоровых доноров. Изобретение также относится к IRF-1 - специфичным олигонуклеотидам [Заявка на патент РФ 95102480 от 27.12.1996].
Прототипом изобретения является способ прогнозирования повышенного риска, включающий обнаружение в биологическом образце от субъекта комбинированного генотипа на основе идентифицированных вариантов гена CYP1B1, гена СНЕК2 и гена BRCA2, где присутствие комбинированного генотипа является показателем предрасположенности с высоким риском по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, почки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты, щитовидной железы, женских половых путей и яичников, который является качественно и количественно отличным от суммы эффектов низкого риска вариантов этих трех генов, взятых по отдельности [Патент РФ №2009 127 735 от 27.01.2011]. Недостатком данного прототипа является повышенная трудоемкость при генотипировании образцов ДНК.
Задачей изобретения является расширение арсенала средств, направленных на прогнозирование предрасположенности к онкологии, повышение точности и информативности в индивидуальном прогнозе, снижение материальных затрат.
Техническим результатом изобретения является повышение точности и расширение выбора ассоциированных генов, направленных на прогнозирование предрасположенности к раку, повышение точности и информативности в индивидуальном прогнозе, снижение материальных затрат.
Указанный технический результат достигается тем, что в способе обнаружения предрасположенности к онкологии, включающем выделение тотальной нативной ДНК из периферической крови, генотипирование путем проведения полимеразной цепной реакции, согласно изобретению проводят генотипирование полиморфных вариантов rs3134613 гена Myc-L, rs137853294 гена RB1 и rs2072052 гена CDK4 в качестве праймеров используют олигонуклеотиды 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3', 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3 для гена Myc-L, 5'-tgggggaaagaaaagagtggtagaa-3', 5'-gaggagagaaggtgaagtgcttg-3' для гена RB1, 5'-caccttttcgctccaccatg-3', 5'-ggattaccttgtcactgagcc-3' для гена CDK4, и при выявлении генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs137853294 гена RB1 и гетерозиготного генотипа *А/*С полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 прогнозируют высокий риск развития рака молочной железы.
Поиск новых генов, ассоциированных с онкологией, представляется достаточно важной задачей. Во-первых, сведения о присутствии предрасполагающих мутаций к раку у той или иной женщины позволяют сформировать индивидуальный комплекс медицинских мероприятий, направленных на профилактику и своевременную диагностику этого заболевания. Во-вторых, данные последних лет свидетельствуют о том, что онкопатологии нуждаются в особых, отличных от «спорадических» карцином, схемах лечебных воздействий.
Предлагаемый способ осуществляется следующим образом.
Используют метод фенольно-хлороформной экстракции ДНК из периферической крови (Mathew, 1984). Образцы ДНК получают из 4 мл венозной крови человека. В качестве антикоагулирующего соединения используют 0.5 мл 0.5 М раствора ЭДТА. Для получения фракции клеточных ядер к 4 мл крови добавляют 10 мл лизирующего буфера (0.32 М сахароза; 5 мМ MgCl2; 1% тритон Хх100; 10 мМтрис-HCl, рН=7.5), инкубируют 15 мин в морозильнике и центрифугируют 20 мин при 1500g. Полученный осадок ресуспензируют в 400 мкл STE-буфера, затем добавляют 20 мкг/мл протеиназы К и инкубируют при температуре 370С в течение 12 часов. Из полученного лизата выделяют ДНК. Для этого проводят три экстракции по 8 мин при 10000 об/мин: первую - 500 мкл забуферного фенола, вторую-смесью фенол-хлороформ (1:1) и одну экстракцию хлороформом. ДНК осаждают холодным 96% этанолом. Осадок промывают 70% этанолом, подсушивают на воздухе и растворяют в 200-500 мкл дезионизированной воды.
В дальнейшем, полученную ДНК используют в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции (ПНР) полиморфных локусов генов Myc-L, CDK4 и RB1. Амплификацию изученных локусов проводят с помощью метода полимеразной цепной реакции синтеза ДНК на амплификаторе «Терцик».
ПНР проводили по следующей схеме:
1. При использовании ScreenMix компании Евроген на 1 образец ДНК используют реактивы в следующем соотношении: 3,5 мкл воды, 1,5 мкл ScreenMix(5x), обратный и прямой праймеры по 2 мкл. Затем добавляют по капле вазелинового масла для предотвращения испарения смеси.
2. При приготовлении рабочей смеси с Taq-полимеразы к 1 мкл геномной ДНК добавляют 2 мкл прямого и обратного олигопраймеров, 1 мкл дезоксинуклеотидтрифосфата, 0,15 мкл термофильной ДНК-полимеразы, 1 мкл буфера для ПЦР, 3,35 мкл воды для инъекций. Затем добавляют вазелинового масла для предотвращения испарения смеси.
В качестве праймеров используют следующие последовательности олигонуклеотидов: 5'-caccttttcgctccaccatg-3', 5'-ggattaccttgtcactgagcc-3' для гена CDK4, 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3', 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3 для гена Myc-L, 5'-tgggggaaagaaaagagtggtagaa-3', 5'-gaggagagaaggtgaagtgcttg-3' для гена RB1.
Режим амплификации для гена Myc-L: 35 циклов со следующими параметрами: 95°С - 30 секунд, 53°С - 30 секунд, 72°С - 30 секунд. После 35-го цикла проводили инкубацию при 72°С в течение 7 минут. Программа для амплификации гена CDK4 следующая: начальная денатурация при 95°С в течение 5 мин.; 30 циклов, включая денатурацию при 95°С - 30 секунд, отжиг праймеров при 61°С - 30 секунд, синтез ДНК при 72°С - секунд; инкубацию при 72°С в течение 7 минут. Для гена RB1 программа амплификации состояла из следующих этапов: денатурации при 95°С - 5 минут; 35 циклов, включая денатурацию при 95°С - 50 секунд, отжиг праймеров при 62°С - 50 секунд, синтез ДНК при 72°С - 50 секунд; и последующую инкубацию при 72°С в течении 7 минут.
Полиморфные варианты rs2072052 гена CDK4, rs3134613 гена Myc-L и rs137853294 гена RB1 являются рестрикционными. Поэтому после проведения полимеразной цепной реакции продукты амплификации подвергают последующей рестрикции - обрабатывают рестрикционной смесью, состоящей из 1 мкл буфера и 0,1 мкл рестриктазы. Для этого 7 мкл амплификата смешивают с 1,1 мкл эндонуклеазами рестрикции. Для полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 используют эндонуклеазу Bst2UI, инкубируют в течение 16 часов в термостате при 60°С и затем идентифицируют аллель *С по фрагментам длиной 133+165 нуклеотидных пар, а аллель *А - 299 нуклеотидных пар.
При идентификации аллелей по полиморфному локусу rs3134613 гена Myc-L смесь амплификата обрабатывают эндонуклеазой рестрикции EcoRI, затем проводят инкубацию при 37°С в течение 16 часов и определяют аллель *Т состоящий из 2 фрагментов длиной 196 и 165 пар оснований и аллеля *G длиной в 361 нуклеотидную пару.
Для полиморфного варианта rs137853294 гена RB1 синтезируют ДНК-продукт длиной 327 нуклеотидных пар, который расщепляют рестриктазой MSP1, образуя фрагменты ДНК и при этом идентифицируют аллель *С длиной в 327 нуклеотидных пар, аллель *G длиной фрагментов в 168 и 159 нуклеотидных пар.
Затем проводят электрофорез в вертикальном 7% полиакриламидном геле. В качестве электролита для электрофореза применяют 1X боратный буфер (0,089 М трис HCl рН=7,8; 0,089 М борная кислота, 0,002 М ЭДТА с рН=8,0).
Перед нанесением на вертикальный электрофорез пробы смешивают в соотношении 1:5 с краской, содержащей 0,25% бромфенолового синего, 0,25% ксиленцианола, 15% фикола. Эти пробы вводят в лунки и проводят электрофорез при напряжении 300 В в течение 20-30 минут после 15-минутного преэлектрофореза. После разделения продуктов гель 3 минуты окрашивают в бромистом этидии (0,1 мкг/мл в 1*ТАЕ), затем промывают дистиллированной водой и визуализируют под УФ свете при длине волны 254 нм. Генотипы типируют по критерию присутствия или отсутствия сайта рестрикции и соответствующего фрагмента на электрофорезе.
Было обследовано 220 проживающих в Республике Башкортостан пациентов, образцы ДНК которых, были взяты при информированном согласии на взятие крови, проведение лабораторных и генетических исследований. Из них 120 здоровых индивидов без отягощенного онкологического анамнеза и 100 онкологических больных с клинически подтвержденным онкологическим анамнезом, находившихся на стационарном лечении в ГБУЗ «Республиканский клинический онкологический диспансер» МЗ Республики Башкортостан. Клиническое обследование больных проведено врачами отделений.
Исследование полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L выявило существенные различия в частотах генотипов у больных раком и в группе контроля. Так в группе онкобольных выявлено достоверно значимое увеличение частоты генотипа *G/*G (р=0,001, χ2=6,71) и аллеля *G (p=0,003, χ2=4,75).
При анализе распределения частот генотипов и аллелей полиморфного локуса rs2072052 гена CDK4 было выявлено достоверно значимое повышение частоты гетерозиготного генотипа *А/*С (р=0,05, χ2=3,85) и непротективного аллеля *С (р=0,02, χ2=5,3) в группе онкобольных.
Анализ распределения частот генотипов и аллелей полиморфного локуса rs137853294 гена RB1 показал достоверно значимое повышение частоты гомозиготного генотипа *G/*G (р=0,0005, χ2=57,61) и непротективного аллеля *G (р=0,0005, χ2=19,84) в группе онкобольных.
В результате сравнительного анализа распределения частот сочетаний генотипов полиморфных локусов изучаемых генов для оценки взаимодействия генов-онкосупрессоров с онкогенами при предрасположенности к онкологии были выявлены достоверно значимые различия в исследуемых выборках, так было выявлено повышение частот 6 сочетаний, не выявленных в группе контроля. В группе онкобольныхвыявлены рисковые сочетания генотипов по полиморфным локусам rs137853294 гена Rb1, rs3134613 гена Myc-L и rs2072052 гена CDK4, которые в группе контроля не были выявлены: GG/TT/AC (р=0,002, χ2=14,36), GG/TT/AC (р=0,001, χ2=6,22), GG/TG/AC (р=0,002, χ2=14,36), CG/GG/AC (р=0,002, χ2=10,29), CG/GG/AA (р=0,001, χ2=6,22).
На основании полученных результатов можно сделать вывод об ассоциации генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотипа *А/*С полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 и генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs137853294 гена RB1 с повышенным риском развития онкопатологии и возможности использования данных полиморфизмов для прогнозирования онкологического заболевания. Выявленные сочетания генотипов включают как рисковые генотипы генов онкосупрессии, так и онкогена, что свидетельствует о совместном влиянии данных генов на риск развития онкопатологии.
Предлагаемое изобретение иллюстрируется следующими примерами.
Пример 1. Пациентка Н., 49 лет, поступила с жалобами на уплотнения в правой молочной железе.
Предварительный диагноз: рак молочной железы.
Семейный анамнез: онкологическими заболеваниями не отягощен.
Результаты лабораторных исследований: опухоль в верхненаружном квадранте правой молочной железы 2,5 см. Лимфоузлы не увеличены. Слева без патологии. Цитология: протоковый рак умеренно-дифференцированный.
Результаты ПНР: в клиническом материале выявлен генотип *G/*G и аллель *G полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотип *А/*С полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 и генотип *G/*G, аллель *G полиморфного локуса rs!37853294 гена RB1.
Окончательный диагноз: рак правой молочной железы II стадии без метастаз.
Пример 2. А., 45 лет, из группы контроля.
Результаты ПЦР: в клиническом материале выявлен генотип *Т/*Т и аллель *Т полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотип *А/*А полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 и генотип *С/*С полиморфного локуса rs137853294 гена RB1.
Таким образом, предлагаемый способ определения предрасположенности к онкологии позволяет выявлять и идентифицировать риск развития рака в доступном клиническом материале, что коррелирует с результатами других исследований и, соответственно, обеспечивает единую интерпретацию данных.

Claims (1)

  1. Способ обнаружения предрасположенности к различным типам рака, включающий выделение тотальной нативной ДНК из периферической крови и ДНК-типирование путем проведения полимеразной цепной реакции, отличающийся тем, что проводят генотипирование полиморфных вариантов rs2072052 гена CDK4, rs3134613 гена Myc-L и rs137853294 гена RB1, в качестве праймеров используют олигонуклеотиды 5'-caccttttcgctccaccatg-3', 5'-ggattaccttgtcactgagcc-3' для гена CDK4, 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3', 5'-tttgggatgtagggaagcctgc-3 для гена Myc-L, 5'-tgggggaaagaaaagagtggtagaa-3', 5'-gaggagagaaggtgaagtgcttg-3' для гена RB1, и при выявлении генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs3134613 гена Myc-L, генотипа *А/*С полиморфного варианта rs2072052 гена CDK4 и генотипа *G/*G и аллеля *G полиморфного локуса rs137853294 гена RB1, a также их сочетаний RB1/Myc-L/CDK4 - GG/TT/AC, GG/TT/AC, GG/TG/AC, CG/GG/AC, CG/GG/AA прогнозируют высокий риск развития онкопатологии.
RU2018100492A 2018-01-09 2018-01-09 Способ определения предрасположенности к онкопатологии RU2694231C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2018100492A RU2694231C1 (ru) 2018-01-09 2018-01-09 Способ определения предрасположенности к онкопатологии

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2018100492A RU2694231C1 (ru) 2018-01-09 2018-01-09 Способ определения предрасположенности к онкопатологии

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2694231C1 true RU2694231C1 (ru) 2019-07-10
RU2018100492A RU2018100492A (ru) 2019-07-16
RU2018100492A3 RU2018100492A3 (ru) 2019-07-17

Family

ID=67251949

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018100492A RU2694231C1 (ru) 2018-01-09 2018-01-09 Способ определения предрасположенности к онкопатологии

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2694231C1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2777084C1 (ru) * 2021-04-27 2022-08-01 Акционерное общество "Центр Генетики и Репродуктивной Медицины "ГЕНЕТИКО" Способ преимплантационного генетического тестирования семейной фокальной эпилепсии 1 типа

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2161309C2 (ru) * 1994-03-18 2000-12-27 Исследовательский Фонд Университета Юты, Мутации гена мтs в зародышевой линии и способ выявления предрасположенности к злокачественным опухолям в гене мтs
RU2470998C2 (ru) * 2006-06-22 2012-12-27 Ян Любински Определение предрасположенности к раку путем идентификации генотипических комбинаций специфичных вариантов генов cyp1b1, brca2 и снек2

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2161309C2 (ru) * 1994-03-18 2000-12-27 Исследовательский Фонд Университета Юты, Мутации гена мтs в зародышевой линии и способ выявления предрасположенности к злокачественным опухолям в гене мтs
RU2470998C2 (ru) * 2006-06-22 2012-12-27 Ян Любински Определение предрасположенности к раку путем идентификации генотипических комбинаций специфичных вариантов генов cyp1b1, brca2 и снек2

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
YE Y. et al. Genetic variants in cell cycle control pathway confer susceptibility to bladder cancer. Cancer. 2008 Jun; 112(11): 2467-74. *
ГУБАЕВА Ю.Г. и др. Анализ взаимодействия генов-онкосупрессоров (RB, ING1, ТР53) при онкопатологии. Молодежный научный форум: Естественные и медицинские науки. Электронный сборник статей по материалам XL студенческой международной заочной научно-практической конференции. - М.: Изд. "МЦНО". 2016; 11(39): 6-14 [Найдено 20.11.2018] [он-лайн]. Найдено из Интернет: URL: http://www.nauchforum.ru/archive/MNF_nature/11(39).pdf . *
ГУБАЕВА Ю.Г. и др. Анализ роли полиморфного варианта онкогена MYC-L при онкопатологии. Материалы Всероссийской (с международным участием) студенческой научно-практической конференции "Наука 2020" (19 апреля 2017 г.). - Уфа: Изд-во БГПУ, 2017. - С. 172-175. *
ГУБАЕВА Ю.Г. и др. Анализ роли полиморфного варианта онкогена MYC-L при онкопатологии. Материалы Всероссийской (с международным участием) студенческой научно-практической конференции "Наука 2020" (19 апреля 2017 г.). - Уфа: Изд-во БГПУ, 2017. - С. 172-175. ГУБАЕВА Ю.Г. и др. Анализ взаимодействия генов-онкосупрессоров (RB, ING1, ТР53) при онкопатологии. Молодежный научный форум: Естественные и медицинские науки. Электронный сборник статей по материалам XL студенческой международной заочной научно-практической конференции. - М.: Изд. "МЦНО". 2016; 11(39): 6-14 [Найдено 20.11.2018] [он-лайн]. Найдено из Интернет: URL: http://www.nauchforum.ru/archive/MNF_nature/11(39).pdf . *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2777084C1 (ru) * 2021-04-27 2022-08-01 Акционерное общество "Центр Генетики и Репродуктивной Медицины "ГЕНЕТИКО" Способ преимплантационного генетического тестирования семейной фокальной эпилепсии 1 типа

Also Published As

Publication number Publication date
RU2018100492A3 (ru) 2019-07-17
RU2018100492A (ru) 2019-07-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Le Guellec et al. CTNNB1 mutation analysis is a useful tool for the diagnosis of desmoid tumors: a study of 260 desmoid tumors and 191 potential morphologic mimics
CN105316421B (zh) 用于检测与肺癌相关的shox2基因启动子区甲基化程度的试剂盒
CN107254531B (zh) 早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用
CN104745575A (zh) 用于检测细胞增殖性异常或疾病程度分级的基因组合物及其用途
JP5209272B2 (ja) 肝臓癌関連遺伝子、及び肝臓癌リスクの判定方法
CN104745681A (zh) 多元基因组合物及其用途
CN110484621B (zh) 一种肝癌早期预警的方法
Alharbi et al. Screening for genetic mutations in LDLR gene with familial hypercholesterolemia patients in the Saudi population
EP3368684B1 (en) Biomarker for breast cancer
CN113355414A (zh) 食管癌检测试剂盒及其应用
CN110564850B (zh) 一种ewsr1-tfeb融合基因及其检测引物和应用
RU2694231C1 (ru) Способ определения предрасположенности к онкопатологии
CN109439750B (zh) 一种用于检测宫颈癌易感性的分子标记、试剂盒及应用
RU2440415C1 (ru) Набор синтетических олигонуклеотидов для определения нуклеотидной последовательности кодирующей части гена brca1 и выявления мутаций, ассоциированных с наследственными формами рака молочной железы
CN110029165A (zh) 一种用于检测子宫内膜癌易感相关遗传标记的试剂盒
JPWO2011148715A1 (ja) 正常眼圧緑内障疾患感受性遺伝子及びその利用
US20090192107A1 (en) Breast Cancer Markers
CN109321658B (zh) 一种检测宫颈癌易感性的试剂盒
US11542559B2 (en) Methylation-based biomarkers in breast cancer screening, diagnosis, or prognosis
US10155991B2 (en) Biomarkers for use in colorectal cancer
CN108118091B (zh) 可用于检测与结直肠癌相关的prmt6基因启动子区甲基化程度的试剂盒及其应用
CN113215257A (zh) 一种用于检测乳腺癌相关基因甲基化的核酸组合物、试剂盒和检测方法
CN102732637B (zh) 一种多重巢式甲基化特异性pcr检测试剂盒及其使用方法与应用
CN106868130A (zh) 用于结肠直肠癌中使用的生物标志物
KR20100090702A (ko) 암의 검출에 사용하기 위한 약 12317-16254 잔기의 미토콘드리아 dna 결손

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20200110