RU2664430C1 - Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования - Google Patents

Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования Download PDF

Info

Publication number
RU2664430C1
RU2664430C1 RU2017143881A RU2017143881A RU2664430C1 RU 2664430 C1 RU2664430 C1 RU 2664430C1 RU 2017143881 A RU2017143881 A RU 2017143881A RU 2017143881 A RU2017143881 A RU 2017143881A RU 2664430 C1 RU2664430 C1 RU 2664430C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
mmp
stroke
risk
men
genotype
Prior art date
Application number
RU2017143881A
Other languages
English (en)
Inventor
Михаил Иванович Чурносов
Мария Ивановна Москаленко
Снежана Николовна Миланова
Ирина Васильевна Пономаренко
Алексей Юрьевич Полоников
Original Assignee
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") filed Critical Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Priority to RU2017143881A priority Critical patent/RU2664430C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2664430C1 publication Critical patent/RU2664430C1/ru

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
    • G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области медицинской диагностики и предназначено для прогнозирования риска развития инсульта у мужчин русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья. Проводят анализ полимофизмов генов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8 и прогнозируют высокий риск развития ишемического инсульта при выявлении сочетания генотипа 1G/1G по локусу rs1799750 MMР-1 с генотипом ТТ по локусу rs11225395 MMР-8. Изобретение обеспечивает получение новых критериев оценки риска развития ишемического инсульта у мужчин русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья. 3 ил., 3 пр.

Description

Изобретение относится к области медицинской диагностики, может быть использовано для прогнозирования риска развития ишемического инсульта у мужчин.
Ишемический инсульт является наиболее распространенным цереброваскулярным заболеванием и занимает первые позиции по инвалидизации и смертности в России и в мире [Global and regional effects of potentially modifiable risk factors associated with acute stroke in 32 countries (INTERSTROKE): a case-control study [Tехt] / M.J. O'Donnell, S.L. Chin, S. Rangarajan [et аl.] // Lancet. – 2016. – Vol. 20, №388. – Р. 761-775]. Церебральная ишемия в результате окклюзии кровеносного сосуда инициирует ряд патологических событий, включая нарушение гематоэнцефалического барьера, вазогенный отек, вторичную геморрагическую трансформацию и гибель нейронов. Основными механизмами ишемического инсульта являются тромбоз, эмболизация и лакунарный инфаркт, приводящие к дефициту кислорода и дисфункции АТФазы. Предикторы возникновения инсульта – гипертония, сахарный диабет, ожирение, дислипидемия, чрезмерное употребление алкоголя, курение, низкий уровень физической активности, а также генетические факторы [Хронические сосудистые заболевания головного мозга [текст] / А.С. Кадыков, Л.С. Манвелов, Н.В. Шахпаронова // М.: ГЭОТАР-Медиа. – 2013. – 232 с.]. Многие крупномасштабные исследования последних лет посвящены установлению взаимосвязи между риском развития инсульта и функциональными вариантами различных генов, среди которых гены системы гемостаза, системы окиси азота, программированной клеточной гибели, а также гены матриксных металлопротеиназ (MMP) [Генетический взгляд на феномен сочетанной патологии у человека [Текст] / В. П. Пузырев // Медицинская генетика. – 2008. – Т. 7. – № 9. – С. 3-9; 20th Workshop of the International Stroke Genetics Consortium: ISGC research priorities [Tехt] / D. Woo, S. Debette, C. Anderson // Neurol Genet. – 2017. – Vol. 30, №3. – Р. 12-18]. Матриксные металлопротеиназы – это семейство цинк-зависимых эндопептидаз, играющих значительную роль в нормальных и патологических состояниях организма благодаря способности гидролизовать все компоненты внеклеточного матрикса [Матриксные металлопротеиназы и сердечно-сосудистые заболевания [Текст] / А.А. Турна, Р.Т. Тогузов // Артериальная гипертензия. – 2009. – №5. – С. 532-538; Diverse roles of matrix metalloproteinases and tissue inhibitors of metalloproteinases in neuroinflammation and cerebral ischemia [Tехt] / E. Candelario-Jalil, Y. Yang, G. A. Rosenberg // Neuroscience – 2012. – №158 (3). – Р. 983-994].
Матриксная металлопротеиназа 1 (ММP-1) является ключевым ферментом, способным гидролизовать волокна интерстициального фибриллярного коллагена. Цитогенетические координаты гена, кодирующего ММР-1 – 11q22.2. Установлены ассоциации полиморфизма rs1799750 гена ММP-1, представляющего собой включение в кодирующую последовательность дополнительного гуанина в позиции -1607, с сердечно-сосудистой патологией в китайской популяции [Genetic роlуmоrрhism оf mаtrix metаllорrоteinаse-1 аnd cоrоnаrу аrterу diseаse susceрtibilitу: а cаse-cоntrоl studу in а Hаn Chinese рорulаtiоn [Text] / C. Qintао, L. Уаn, D. Chаnghоng [et аl.] // Genet. Test. Mоl. Biоmаrkers. – 2014. – Vоl. 18, № 12. – Р. 826-831; Аssоciаtiоn оf Mаtrix Metаllорrоteinаse-1 аnd Mаtrix Metаllорrоteinаse-3 Gene Vаriаnts with Ischemic Strоke аnd Its Subtурe [Text] / X.У. Huаng, L.У. Hаn, X.D. Huаng [et аl.] // J. Strоke Cerebrоvаsc. Dis. – 2017. – Vоl. 26, № 2. – Р. 368-375].
Матриксная металлопротеиназа-8 (ММР-8) – представитель семейства коллагеназ, синтез которой, в основном, осуществляется полиморфноядерными лейкоцитами. Цитогенетические координаты кодирующего ММР-8 гена – 11q22.2–q22.3. Установлено, что полиморфизм - rs11225395 ММР-8 ассоциирован с такими сердечно-сосудистыми заболеваниями, как атеросклеротическое поражение сосудов и сердечная недостаточность в бразильской и иранской популяциях [Polymorphisms of matrix metalloproteinases in systolic heart failure: role on disease susceptibility, phenotypic characteristics, and prognosis [Tехt] / F.M. Velho, C.R. Cohen, K.G. Santose [еt аl.] // J. Card. Fail. – 2011. – №17 (2). – Р. 115-121; Evaluation of plasma MMP-8, MMP-9 and TIMP-1 identifies candidate cardiometabolic risk marker in metabolic syndrome: results from double-blinded nested case-control study [Tехt] / S.M. Hoseini, A. Kalantari, M. Afarideh [еt аl.] // Metabolism – 2015. – 64(4). – Р. 527-538].
Исследования вовлеченности генов матриксных металлопротеиназ в формирование предрасположенности к инсульту в России единичны и фрагментарны, а данных о роли генетических вариантов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8 в развитии ишемического инсульта у мужчин нет совсем. В России заболеваемость инсультом – одна из самых высоких в мире, при этом инвалидизация среди больных, перенесших инсульт, превышает 80%. Это определяет необходимость выделения критериев индивидуального прогнозирования риска развития ишемического инсульта на основании изучения полиморфных вариантов генов-кандидатов.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития ишемического инсульта у мужчин на основе комбинаций генетических полиморфизмов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8.
Из области техники известен «Способ прогнозирования развития острого ишемического инсульта» по патенту РФ №2012134988 от 20.02.2014. Способ включает учет показателей ферментов антиокислительной защиты в периферической крови, при этом в качестве ферментов антиокислительной защиты определяют каталазу, пероксидазу и показатель перекисного окисления липидов. При увеличении показателей пероксидазы и перекисной резистентности эритроцитов и снижении показателя каталазы более чем на 70% от референтных значений судят о высоком риске развития ишемического инсульта. Однако данный способ не является достаточно информативным, так как не включает генетические маркеры и применим только на клиническом этапе, что исключает раннюю диагностику и проведение профилактических мероприятий по предотвращению развития инсульта.
В качестве прототипа выбран патент РФ № 2422523 от 22.04.2010 «Аллель SNP41 гена PDE4D, его применение для прогнозирования индивидуальной предрасположенности к инсульту в русской популяции, применение молекулярно-генетического маркера индивидуальной предрасположенности к инсульту и способ прогнозирования индивидуальной предрасположенности к инсульту». Данный способ разработан для выявления риска развития инсульта по результатам генетического тестирования по локусу гена PDE4D. Способ, согласно изобретению, включает молекулярно-генетический анализ ДНК, полученной из венозной крови методом полимеразной цепной реакции в реальном времени, и позволяет диагностировать предрасположенность к инсульту в русской популяции при выявлении аллеля A SNP41 гена PDE4D. Недостатком указанного способа является использование в качестве маркера только одного генетического полиморфизма, что снижает статистическую мощность проведенного исследования.
Задачей настоящего изобретения является расширение арсенала способов диагностики, а именно создание способа прогнозирования развития ишемического инсульта у мужчин на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ.
Технический результат использования изобретения – получение критериев оценки риска развития ишемического инсульта у мужчин русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья на основе данных о сочетаниях генетических вариантов локусов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8, включающий:
- выделение ДНК из периферической венозной крови;
- молекулярно-генетический анализ ДНК методом полимеразной цепной реакции в реальном времени, в который внесены новые признаки;
- проводят анализ полимофизмов генов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8;
- прогнозируют высокий риск развития ишемического инсульта у мужчин русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья при выявлении сочетания генотипа 1G/1G по локусу rs1799750 MMР-1 с генотипом ТТ по локусу rs11225395 MMР-8.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза риска развития ишемического инсульта у мужчин по наличию сочетания генетических вариантов полиморфных маркеров матриксных металлопротеиназ rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8.
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Mathew, 1984) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об/мин в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -200С. Выделенную ДНК используют для проведения полимеразной цепной реакции синтеза ДНК.
Анализ полиморфизма rs1799750 гена ММP-1 проводят методом ПЦР синтеза ДНК на амплификаторе СFX96 (Bio-Rad) с использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов с последующим анализом полиморфизма методом дискриминации аллелей. Реакционная смесь объемом 25 мкл включает: 67 мМ трис-HCl (pH=8,8), 2,5мМ MgCl2, 0,1 мкг геномной ДНК, по 10 пМ каждого праймера, по 5 пкмоль каждого зонда, по 200 мкМ dATP, dGTP, dCTP, dTTP и 1 единицу активной Taq-полимеразы. После денатурации (5 мин при 95°С) выполняют 40 циклов амплификации по схеме: отжиг праймеров – 1 мин при t=54°С; денатурация – 15 сек при t=95°С. При проведении ПЦР в амплификаторе (CFX96) с флюоресцентной детекцией генотипирование осуществляют методом Tag Man зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции). Для rs1799750 ММP-1 зонд с флуоресцентным красителем ROX соответствует аллелю 2G, зонд с красителем FAM – аллелю 1G (фиг.1).
Для исследования полиморфизма гена rs11225395 ММР-8 проводят методом ПЦР синтеза ДНК на амплификаторе СFX96 (Bio-Rad) с использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов с последующим анализом полиморфизма методом дискриминации аллелей. Реакционная смесь объемом 25 мкл включает: 67 мМ трис-HCl (pH=8,8), 2,5мМ MgCl2, 0,1 мкг геномной ДНК, по 10 пМ каждого праймера, по 5 пкмоль каждого зонда, по 200 мкМ dATP, dGTP, dCTP, dTTP и 1 единицу активной Taq-полимеразы. После денатурации (5 мин при 95°С) выполняют 40 циклов амплификации по схеме: отжиг праймеров – 1 мин при t=54°С; денатурация – 15 сек при t=95°С. При проведении ПЦР в амплификаторе (CFX96) с флюоресцентной детекцией генотипирование осуществляют методом Tag Man зондов по данным величин ОЕФ. Для rs11225395 ММР-8 зонд с флуоресцентным красителем ROX соответствует аллелю Т, зонд с красителем FAM – аллелю С (фиг. 2).
Выделенную ДНК подвергают полимеразной цепной реакции с использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров [Еlеvаtеd MMР-8 аnd dесrеаsеd myеlореrохidаsе соnсеntrаtiоns аssосiаtе signifiсаntly with thе risk fоr аthеrоsсlеrоsis disеаsе аnd аbdоminаl аоrtiс аnеurysm [Tехt] / Р. Рrаdhаn-Раlikhе, Р. Vikаtmаа, T. Lаjunеn [еt аl.] // Sсаnd. J. Immunоl. – 2010. – Vоl. 72, № 2. – Р. 150-157].
Изобретение характеризуется фигурами.
Фиг. 1. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма rs1799750 ММP-1, где - 1G, - 2G, - 1G/2G, ■ - отрицательный контроль.
Фиг. 2. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма rs11225395 ММР-8, где - СС, - TT, - СT - отрицательный контроль).
Фиг. 3. Диаграмма взаимодействий локусов матриксных металлопротеиназ в двухлокусной модели при формировании инсульта, полученная методом GMDR с коррекцией на коварианты, где столбики слева соответствуют группе больных, столбики справа соответствуют контрольной группе.
Генотипирование полиморфизмов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8 осуществляют методом детекции TagMan зондов по данным величин относительных единиц флуоресценции (ОЕФ) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени.
Анализ ассоциаций сочетаний генетических вариантов ММР с ишемическим инсультом проводят с помощью методов MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) и его модификации GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) с использованием соответствующего программного обеспечения (MDR версии 3.0.2, http://www.epistasis.org/ mdr.html, и GMDR версии 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/) (фиг. 3). В основе использованных методов лежит общий принцип выявления переменной, содержащей информацию о нескольких локусах, и формирование кластеров, содержащих комбинации генотипов высокого и низкого риска развития изучаемой патологии.
Возможность использования предложенного способа для оценки риска возникновения и развития ишемического инсульта подтверждает анализ результатов наблюдений 201 пациента с инсультом и 322 индивидуумов контрольной группы. Общий объем исследуемой выборки составил 523 человека. Средний возраст пациентов с инсультом составил 58,11±7,09 лет, а средний возраст представителей контрольной группы – 57,18±7,62 лет. В исследуемые выборки включались индивидуумы русской национальности, являющиеся уроженцами Центрального Черноземья России и не имеющие родства между собой. Группа больных с инсультом и контрольная группа полностью сопоставимы по возрасту, месту рождения и национальности.
Все клинические и клинико-лабораторные исследования проводили на базе неврологического и кардиологического отделений Белгородской областной клинической больницы Святителя Иоасафа, с информированного согласия пациентов на использование материалов лечебно-диагностических мероприятий, проводимых за период госпитализации и после нее для научно-исследовательских целей. В работе использовалась анкета-опросник, включающая антропометрические, социально-демографические показатели, а также сведения о наличии у респондентов средовых факторов риска инсульта, таких как курение, злоупотребление алкоголем, особенности питания, стрессовые ситуации [Полоников, А.В. и др., 2013]. Полученные материалы протоколировали по стандартам этического комитета Российской Федерации.
Анализ ассоциаций сочетаний генетических вариантов с ишемическим инсультом проводили с помощью методов MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) и его модификации GMDR (Generalized Multifactor Dimensionality Reduction) с использованием соответствующего программного обеспечения (MDR версии 3.0.2, http://www.epistasis.org/ mdr.html, и GMDR версии 0.9, http://www.ssg.uab.edu/gmdr/), с коррекцией на индекс массы тела, уровни холестерина, триглицеридов, липопротеидов низкой плотности, липопротеидов высокой плотности, курение, злоупотребление алкоголем, частые стрессовые ситуации. Для валидации полученных результатов проводили пермутационный тест – выполнено 1000 пермутаций при 10 кросс-валидациях, что обеспечивает рperm<0,001
Выявлены особенности «генетической конституции» мужчин с ишемическим инсультом на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ. Установлена генетическая модель, ассоциированная с высоким риском развития ишемического инсульта у мужчин: сочетание генотипа 1G/1G rs1799750 MMР-1 с генотипом ТТ rs11225395 MMР-8 наблюдается у 9,84% пациентов с инсультом и у 4,04% индивидуумов контрольной группы (Х2=4,52, р=0,03).
Установлено, что наличие данного сочетания является фактором риска развития ишемического инсульта у мужчин (ОR=2,34, 95% СI 1,66-5,19) независимо от влияния средовых факторов.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование добровольцев русской национальности, являющихся жителями Центрального Черноземья и не являющихся родственниками между собой: проведено генетическое обследование по локусам rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8.
У пациента Н. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров было выявлено, что генотип мужчины по локусу rs1799750 MMР-1 – 1G/1G, генотип по локусу rs11225395 MMР-8 – ТТ. Сочетание генотипа 1G/1G (rs1799750 MMР-1) и генотипа ТТ (rs11225395 MMР-8) позволило отнести пациента в группу больных с высоким риском развития ишемического инсульта. Дальнейшее наблюдение, результаты компьютерной томографии (КТ) и ультразвукового дуплексного сканирования (УЗДС) выявили у пациента нарушение мозгового кровообращения, что подтвердило высокий риск развития инсульта по ишемическому типу.
У пациента О. произведен забор венозной крови, при генотипировании ДНК-маркеров выявлено, что генотип мужчины по локусу rs1799750 MMР-1 – 2G/2G, генотип по локусу rs11225395 MMР-8 – СС. По данным генотипирования пациент О. не включается в группу больных с высоким риском развития инсульта, что подтвердилось при дальнейшем наблюдении и исследовании состояния мозгового кровообращения.
У пациента Б. после забора венозной крови из локтевой вены и последующего генотипирования выявлен генотип 1G/2G по локусу rs1799750 MMР-1, генотип по локусу rs11225395 MMР-8 – СТ. По данным генотипирования пациент Б. не включается в группу больных с высоким риском развития ишемического инсульта. При дальнейшем наблюдении у пациента Б. не было зафиксировано нарушений мозгового кровообращения.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди мужчин группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития ишемического инсульта.

Claims (1)

  1. Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин русской национальности, уроженцев Центрального Черноземья на основе генетического тестирования, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови, молекулярно-генетический анализ ДНК методом полимеразной цепной реакции в реальном времени, отличающийся тем, что проводят анализ полимофизмов генов rs1799750 MMР-1 и rs11225395 MMР-8 и прогнозируют высокий риск развития ишемического инсульта при выявлении сочетания генотипа 1G/1G по локусу rs1799750 MMР-1 с генотипом ТТ по локусу rs11225395 MMР-8.
RU2017143881A 2017-12-14 2017-12-14 Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования RU2664430C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2017143881A RU2664430C1 (ru) 2017-12-14 2017-12-14 Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2017143881A RU2664430C1 (ru) 2017-12-14 2017-12-14 Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2664430C1 true RU2664430C1 (ru) 2018-08-17

Family

ID=63177453

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017143881A RU2664430C1 (ru) 2017-12-14 2017-12-14 Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2664430C1 (ru)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2718285C1 (ru) * 2019-05-31 2020-04-01 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Новосибирский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО НГМУ Минздрава России) Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин, работающих в условиях воздействия общей вибрации
RU2777081C1 (ru) * 2021-03-16 2022-08-01 Акционерное общество "Центр Генетики и Репродуктивной Медицины "ГЕНЕТИКО" Способ преимплантационного генетического тестирования синдрома Луи-Бара

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EA017529B1 (ru) * 2006-12-05 2013-01-30 Декоуд Дженетикс Ехф. Генетические маркеры для предотвращения риска аритмии сердца

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EA017529B1 (ru) * 2006-12-05 2013-01-30 Декоуд Дженетикс Ехф. Генетические маркеры для предотвращения риска аритмии сердца

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
PRADHAN-PALIKHE P. et al. Matrix metalloproteinase-8 as a diagnostic tool for the inflammatory and malignant diseases. Doctoral Dissertation. Oulu : Oulun yliopisto, 2011. *
WEN D. et al. Association between matrix metalloproteinase family gene polymorphisms and ischemic stroke: a meta-analysis. Mol Neurobiol. 2014 Dec; 50(3): 979-85. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2718285C1 (ru) * 2019-05-31 2020-04-01 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Новосибирский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО НГМУ Минздрава России) Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин, работающих в условиях воздействия общей вибрации
RU2777081C1 (ru) * 2021-03-16 2022-08-01 Акционерное общество "Центр Генетики и Репродуктивной Медицины "ГЕНЕТИКО" Способ преимплантационного генетического тестирования синдрома Луи-Бара

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Van den Veyver et al. Clinical use of array comparative genomic hybridization (aCGH) for prenatal diagnosis in 300 cases
Cauchi et al. European genetic variants associated with type 2 diabetes in North African Arabs
Esposito et al. Somatic mutations in NKX2–5, GATA4, and HAND1 are not a common cause of tetralogy of Fallot or hypoplastic left heart
CN107254531B (zh) 早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用
Gulcher et al. Genes contributing to risk for common forms of stroke
US11332792B2 (en) Mitochondrial DNA mutation profile for predicting human health conditions and disease risk and for monitoring treatments
Adamski et al. Expression profile based gene clusters for ischemic stroke detection
EP2787085B1 (en) Use of hla-b*1301 allele
RU2624480C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития эссенциальной гипертензии на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ
RU2664430C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития инсульта у мужчин на основе генетического тестирования
Goharrizi et al. Non-invasive STEMI-related biomarkers based on meta-analysis and gene prioritization
JP2004113094A (ja) 高血圧のリスク診断方法
RU2661604C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития эссенциальной гипертензии
Mathey et al. Meta-analysis of ACE inhibitor–induced angioedema identifies novel risk locus
RU2653450C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития ишемического инсульта с учетом генетических факторов
RU2664428C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития эссенциальной гипертензии у женщин на основе генетических факторов
RU2646448C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития преэклампсии на основе комбинаций генов матриксных металлопротеиназ
RU2685859C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития ишемического инсульта
RU2507519C1 (ru) Способ прогнозирования течения острого панкреатита
RU2565407C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития iii стадии гипертонической болезни
RU2679401C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития гипертонической болезни на основании молекулярно-генетических данных
RU2508549C1 (ru) Способ прогнозирования сроков формирования абсцесса при остром панкреатите
RU2809798C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития артериальной гипертензии у женщин с использованием молекулярно-генетических данных
RU2679635C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития ишемического инсульта с учетом генетических и средовых факторов
RU2580308C1 (ru) Способ прогнозирования риска развития первичной открытоугольной глаукомы iii-iv стадий