RU2638800C2 - Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов - Google Patents

Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов Download PDF

Info

Publication number
RU2638800C2
RU2638800C2 RU2015156516A RU2015156516A RU2638800C2 RU 2638800 C2 RU2638800 C2 RU 2638800C2 RU 2015156516 A RU2015156516 A RU 2015156516A RU 2015156516 A RU2015156516 A RU 2015156516A RU 2638800 C2 RU2638800 C2 RU 2638800C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
lymphoblasts
rearrangements
major
tumour
genes
Prior art date
Application number
RU2015156516A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2015156516A (ru
Inventor
Юрий Борисович Лебедев
Ильгар Зияддинович Мамедов
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное учреждение науки институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН) filed Critical Федеральное государственное бюджетное учреждение науки институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН)
Priority to RU2015156516A priority Critical patent/RU2638800C2/ru
Publication of RU2015156516A publication Critical patent/RU2015156516A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2638800C2 publication Critical patent/RU2638800C2/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
    • C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
    • C12Q2531/113—PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
    • C12Q2565/125—Electrophoretic separation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57426—Specifically defined cancers leukemia

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области медицины и предназначено для определения маркеров наличия опухолевых В-лимфобластов для установления первичной структуры мажорных генов тяжелой цепи иммуноглобулинов. Отсутствие мажорных продуктов амплификации локуса BCR указывает на отсутствие опухолевых В-лимфобластов. В случае преобладания клонов В-лимфобластов с перестройками определяют минимальную остаточную болезнь при острых лейкозах у детей. Изобретение обеспечивает эффективное определение типа преобладающих V(D)J-перестроек генов тяжелой цепи иммуноглобулинов и установление первичной структуры перестроенного гена. 1 ил., 1 табл., 1 пр.

Description

Изобретение относится к области медицины и предназначено для идентификации маркеров наличия опухолевых В-лимфобластов при детекции минимальной остаточной болезни (МОБ) у пациентов с острыми лейкозами, в первую очередь у детей.
Известны три комплементарные технологии для детекции МОБ при острых лимфобластных лейкозах: 1) проточная цитометрия с детекцией популяции лимфоцитов, выделяемой на основании аберрантного иммунофенотипа; 2) RT qPCR (количественная полимеразная цепная реакция в реальном времени, кПЦР-РВ) с детекцией химерного транскрипта; 3) RT qPCR с детекцией индивидуального генетического маркера, образованного в результате клональной реарранжировки гена В-клеточного рецептора. Метод проточной цитометрии реализован в различных модификациях (US 20040224371 A1, 11.11.2004; US 20060263833 A1, 23.11.2006; ЕР 2259065 А1, 08.12.2010; WO 2013187765 A3, 24.04.2014; CN 204142732 U, 04.02.2015), но характеризуется относительно невысокой чувствительностью даже при использовании 10- или 12-цветных зондов: не более 104, то есть 1 опухолевая клетка на 10000 проанализированных (Fossat et al., 2014; Appelbaum, 2013). Количественная ПЦР-амплификация перестроек генов В-клеточных рецепторов более информативна (Flohr et al., 2008). Предложены модификации метода, разработаны наборы реагентов для анализа отдельных локусов (CN 1814791 A, 09.08.2005; CN 103627810 A, 12.03.2013; CN 104328209 A, 04.02.2015). Результат во многом определяется обоснованным выбором амплифицируемых локусов генома и качеством дизайна олигонуклеотидных праймеров для постановки реакции (van der Velden et al., 2014). Технология усовершенствована применением глубокого массированного секвенирования продуктов амплификации (Faham et al., 2012). С ее помощью удалось повысить чувствительность метода до 105, то есть 1 опухолевая клетка на 100000 проанализированных (теоретически - до 106) (Logan et al., 2014; Ladetto et al., 2014).
Задачей изобретения является высокоточная детекция минимальной остаточной болезни при острых лейкозах, в первую очередь у детей.
Предложенный способ сочетает в себе использование мультиплексной ПЦР и секвенирования продуктов амплификации. Техническим результатом предложенного изобретения является определение типа преобладающих V(D)J-перестроек генов тяжелой цепи иммуноглобулинов (маркеры наличия опухолевых В-лимфобластов), уровней их содержания в диагностическом образце индивидуальной геномной ДНК и установление первичной структуры высокопредставленных генов для последующей детекции МОБ при острых лейкозах. Технический результат достигается за счет использования ранжированного набора специализированных олигонуклеотидных ПЦР-праймеров для локуса BCRH (таблица) и секвенирования. Выбранные сочетания смесевых праймеров характеризуются воспроизводимостью результатов на четырех вариантах модельной системы, ложнопозитивных и ложнонегативных сигналов, отсутствием комплементарного ингбирования уровня праймирования в смеси, исчерпывающей информативностью.
Предлагаемый способ реализуется следующим образом.
Проводят выделение мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС-фракция) из диагностического образца пациента, а затем - выделение геномной ДНК из РВМС-фракции. Для этого клеточный осадок РВМС-фракции помещают в лизирующий буфер (60 мМ Трис, 100 мМ EDTA, 0.5% SDS), в который добавляют 0,4 мг РНКазы А и помещают на 1 час в термостатируемый ротационный шейкер на 37°С. Затем в раствор добавляют 1,5 мг протеиназы К и инкубируют в термостатируемом ротационном шейкере в течение ночи при 50°С. Экстракцию ДНК из раствора осуществляют фенол-хлороформным методом. После этого с помощью флюориметра и совместимого с ним набора реагентов определяют количество и концентрацию ДНК, отбирают аликвоту и доводят концентрацию ДНК в анализируемом образце до значения 60 нг/мкл путем разведения в ТЕ буферном растворе.
ПЦР проводят в формате 96-луночного планшета и/или стрипованных серий пробирок. Для постановки серийных мультиплексных ПЦР используют общую для серии реакционную смесь, не содержащую ДНК анализируемой матрицы и праймеров. Каждая пробирка серии содержит предварительно подбираемую комбинацию смесевых прямых и обратных праймеров, соответствующих определенным участкам - V, D и J-сегментам анализируемого локуса (см. Таблицу 1). Матрицу индивидуальной геномной ДНК добавляют независимо для каждой серии из расчета от 6 нг (min), соответствующих 103 клеток анализируемого образца, до 60 нг (max), соответствующих 104 клеток, на каждую реакцию в зависимости от доступного клеточного содержания полученного для анализа клинического образца. В результате реакционная смесь каждой из серии реакций содержит:
буфер для ДНК-полимеразы Hs Taq 1x
смесь дезоксирибонуклеозидтрифосфатов по 0,25 мкМ каждого
комбинация прямых праймеров (V- или D-сегменты) 0,12 мкМ каждого
комбинация обратных праймеров (J-сегменты) 0,12 мкМ каждого
ДНК-матрица от 6 нг
ДНК-полимераза Hs Taq 1 u
H2O (mQ) до 20 мкл
Перед началом целевой амплификации проводят процедуру «hot start» для всей серии путем предварительного прогрева реакционных смесей в течение 120 с при 94°С в амплификаторах с нагреваемой крышкой. Профиль амплификации для приготовления библиотек фланкирующих последовательностей Alu:
денатурация ДНК 20 с при 94°С
отжиг праймеров 15 с при 60°С
элонгация ДНК 60 с при 72°С
После амплификации проводят финальное достраивание концов молекул ДНК при 72°С в течение 4 мин. Количество циклов амплификации составляет 20 для тестовых серий и определения систем компоновки праймеров и 25 - для анализа геномной ДНК индивидуальных клинических образцов. Анализ результатов ПЦР-тестирования проводили с помощью электрофореза в агарозном геле или - в случаях количественной ПЦР - в режиме «реального времени» определения кривых плавления ПЦР-продуктов.
По окончании реакции из каждой пробирки отбирают аликвоту 5 мкл для полуколичественного анализа. Проводят электрофорез отобранных аликвот в 1%-ном агарозном геле в присутствии маркера длин фрагментов ДНК и образцов положительного контроля. Количество V(Т))J-перестроек, связанных с опухолевыми клонами, определяют по количеству высокопредставленных продуктов амплификации, детектируемых при помощи электрофореза. Отсутствие высокопредставленных продуктов указывает на отсутствие опухолевых В-лимфобластов, и дальнейшие операции не проводят. По результатам денситометрии электрофореграмм определяют суммарную интенсивность всех ПЦР-продуктов и интенсивность высокопредставленных ПЦР-продуктов. Проводят элюцию высокопредставленных продуктов и выполняют дополнительную очистку элюатов с использованием микроколонок QIAquick PCR purification system. Проводят секвенирование по Сэнгеру элюированных ПЦР-продуктов с использованием ПЦР-праймеров на соответствующие J-сегменты генов BCR. Установленные секвенированием последовательности V(D)J-перестроек генов TCR являются идентифицированными маркерами наличия опухолевых В-лимфобластов. Описание стандартных операционных процедур и используемого оборудования приведено в «Методике идентификации и количественного определения маркеров наличия опухолевых В-лимфобластов» (2015).
На рисунке 1 представлены в качестве примера результирующие электрофореграммы, демонстрирующие перестройки иммуноглобулиновых локусов: А - электрофореграмма здорового донора, Б - пациента с B-ALL. В лимфоцитах здорового донора относительно равномерно представлены любые типы перестроек иммуноглобулиновых генов и не наблюдается случаев выраженной клональной экспансии В-клеток. Напротив, в клетках РВМС-фракций диагностических образцов как периферической крови, так и костного мозга больного острым лейкозом В-клеточного типа наблюдается ярко выраженное преобладание нескольких, предположительно опухолевых клонов с немногими характеристическими перестройками.
Таким образом, на элекрофореграмме могут быть представлены один или несколько мажорных (высокопредставленных) ПЦР-продуктов (флюоресцирующих полос). Каждый из этих продуктов является результатом амплификации гена BCR соответствующего гиперпредставленного клона В-лимфобластов. Гиперпредставленность клона В-лимфобластов говорит о его неконтролируемом размножении, что означает злокачественную трансформацию. Флуоресценция мажорных ПЦР-продуктов соответствует злокачественным клонам В-лимфобластов, суммарная флуоресценция соответствует всей популяции В-лимфобластов. Соотношение интенсивностей говорит о доле злокачественного клона (злокачественных клонов) в общей популяции В-лимфобластов. Нуклеотидная последовательность гена или последовательности генов BCR, соответствующих злокачественным клонам В-лимфобластов, являются маркерами наличия опухолевых В-лимфобластов.
Figure 00000001
Перечень литературных источников
1. Fossat С, Roussel М, Arnoux I, Asnafi V, Brouzes С, Garnache-Ottou F, Jacob MC, Kuhlein E, Macintyre-Davi E, Plesa A, Robillard N, Tkaczuk J, Ifrah N, Dombret H,
Figure 00000002
MC, Baruchel A, Garand R; for the French Multicenter Study Groups for Pediatric and Adult ALL. Methodological aspects of minimal residual disease assessment by flow cytometry in acute lymphoblastic leukemia: A french multicenter study. Cytometry В Clin Cytom. 2014 Nov 1. doi: 10.1002/cyto.b.21195.
2. Appelbaum FR. Measurement of minimal residual disease before and after myeloablative hematopoietic cell transplantation for acute leukemia. Best Practice and Research Clinical Haematology. 2013 Sep; 26 (3): 279-284.
3. Flohr T, Schrauder A, Cazzaniga G,
Figure 00000003
R, van der Velden V, Fischer S, Stanulla M, Basso G, Niggli FK,
Figure 00000004
BW, Sutton R, Koehler R, Zimmermann M, Valsecchi MG, Gadner H, Masera G, Schrappe M, van Dongen JJ, Biondi A, Bartram CR; International BFM Study Group (I-BFM-SG). Minimal residual disease-directed risk stratification using real-time quantitative PCR analysis of immunoglobulin and T-cell receptor gene rearrangements in the international multicenter trial AIEOP-BFM ALL 2000 for childhood acute lymphoblastic leukemia. Leukemia. 2008 Apr; 22 (4): 771-782.
4. van der Velden VH, Noordijk R, Brussee M, Hoogeveen PG, Homburg C, de Haas V, van der Schoot CE, van Dongen JJ. Minimal residual disease diagnostics in acute lymphoblastic leukaemia: impact of primer characteristics and size of junctional regions. British Journal of Haematology. 2014; 164 (3): 451-453.
5. Faham M, Zheng J, Moorhead M, Carlton VE, Stow P, Coustan-Smith E, Pui CH, Campana D. Deep-sequencing approach for minimal residual disease detection in acute lymphoblastic leukemia. Blood. 2012 Dec 20; 120 (26): 5173-5180.
6. Logan AC, Zhang B, Narasimhan B, Carlton V, Zheng J, Moorhead M, Krampf MR, Jones CD, Waqar AN, Faham M, Zehnder JL, Miklos DB. Minimal residual disease quantification using consensus primers and high-throughput IGH sequencing predicts post-transplant relapse in chronic lymphocytic leukemia. Leukemia. 2013; 27 (8): 1659-1665.
7. Ladetto M,
Figure 00000005
M, Monitillo L, Ferrero S, Pepin F, Drandi D, Barbero D, Palumbo A, Passera R, Boccadoro M, Ritgen M,
Figure 00000006
N, Zheng J, Carlton V, Trautmann H, Faham M, Pott C. Next-generation sequencing and real-time quantitative PCR for minimal residual disease detection in B-cell disorders. Leukemia. 2014; 28 (6): 1299-1307.

Claims (1)

  1. Способ определения маркеров наличия опухолевых В-лимфобластов для установления первичной структуры мажорных генов тяжелой цепи иммуноглобулинов на основе мультиплексной полимеразной цепной реакции с использованием специализированных олигонуклеотидных праймеров For1 GGCCTCAGTGAAGGTCTCCTG, For2 CTGGTCCTACGCTGGTGAAAC, For3 GGGGTCCCTGAGACTCTCCTG, For4 CAGCCTTCGGAGACCCTGTC, For5 GTCTCTGAAGATCTCCTGT, For6 TCGCAGACCCTCTCACTCAC, For7 TGCGACAGGCCCCTGGACAA, For8 TACTGGATCCGTCAGCCCCCAG, For9 CGAGGTCCGCCAGGCTCCAG, For10 TGGATCCGCCAGCCCCCAG, For11 TGCGCCAGATGCCCGGGA, For12 ATGGATCAGGCAGTCCCCATC, For13 TTGGGTGCGACAGGCC, For14 GCTGAGCAGCCTGAGATCTGA, For15 ACAATGACCAACATGGACCCTG, For16 CGTCTGCAAATGAACAGCCTG, For17 GTGACCGCCGCGGACACG, For18 CCGCCTACCTGCAGTGGAG, For19 ACTGTTCTCCCTGCAGCTGAAC, For20 CAGACAGCACGGCATATCTG, Rev1 CTTACCTGAGGAGACGGTGACC для локуса BCR для определения типа преобладающих V(D)J-перестроек генов и для электрофоретического определения мажорных продуктов амплификации с последующим секвенированием, где отсутствие мажорных продуктов указывает на отсутствие опухолевых В-лимфобластов, а в случае преобладания клонов В-лимфобластов с перестройками определяют минимальную остаточную болезнь при острых лейкозах у детей.
RU2015156516A 2015-12-29 2015-12-29 Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов RU2638800C2 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015156516A RU2638800C2 (ru) 2015-12-29 2015-12-29 Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015156516A RU2638800C2 (ru) 2015-12-29 2015-12-29 Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015156516A RU2015156516A (ru) 2017-07-03
RU2638800C2 true RU2638800C2 (ru) 2017-12-15

Family

ID=59309474

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015156516A RU2638800C2 (ru) 2015-12-29 2015-12-29 Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2638800C2 (ru)

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1806416A2 (en) * 2003-03-07 2007-07-11 Université de la Méditerranée Standardized and optimized real-time quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction method for detection of MRD in leukemia
CN105063032A (zh) * 2015-08-14 2015-11-18 深圳市瀚海基因生物科技有限公司 一种基于高通量测序构建白血病微小残留病灶bcr文库的多重pcr引物和方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1806416A2 (en) * 2003-03-07 2007-07-11 Université de la Méditerranée Standardized and optimized real-time quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction method for detection of MRD in leukemia
CN105063032A (zh) * 2015-08-14 2015-11-18 深圳市瀚海基因生物科技有限公司 一种基于高通量测序构建白血病微小残留病灶bcr文库的多重pcr引物和方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
VAN DONGEN J.J. et al. Minimal residual disease diagnostics in acute lymphoblastic leukemia: need for sensitive, fast, andstandardized technologies. Blood. 2015 Jun 25; 125(26): 3996-4009. Epub 2015 May 21. *
VAN DONGEN J.J. et al. Minimal residual disease diagnostics in acute lymphoblastic leukemia: need for sensitive, fast, andstandardized technologies. Blood. 2015 Jun 25; 125(26): 3996-4009. Epub 2015 May 21. ЦАУР Г.А. и др. Транслокация t(1;11)(p32;q23) с образованием химерного гена MLL-EPS15 при острых лейкозах: обзор литературы и описание 6 новых случаев. Подходы к мониторированию минимальной остаточной болезни. Онкогематология. 2013; 1: 17-31. *
ГЛАЗКО В.И. Геномное распределение ISSR-маркеров (AG)9C и (GA)9C у видов Bovinae и Bovinae. Сельскохозяйственная биология. 2009; 4: 31-36. *
ЦАУР Г.А. и др. Транслокация t(1;11)(p32;q23) с образованием химерного гена MLL-EPS15 при острых лейкозах: обзор литературы и описание 6 новых случаев. Подходы к мониторированию минимальной остаточной болезни. Онкогематология. 2013; 1: 17-31. *

Also Published As

Publication number Publication date
RU2015156516A (ru) 2017-07-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CA2706667C (en) Method for studying v(d)j combinatory diversity
Rasmussen et al. Quantitation of minimal residual disease in multiple myeloma using an allele-specific real-time PCR assay
Yokota et al. Use of polymerase chain reactions to monitor minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia patients
JP2019528705A5 (ru)
An et al. Brain tumor cell line authentication, an efficient alternative to capillary electrophoresis by using a microfluidics-based system
KR102041001B1 (ko) Ｆｌｔ３ 유전자 변이 정량분석방법 및 분석 키트
Gonzalez et al. Incomplete DJH rearrangements as a novel tumor target for minimal residual disease quantitation in multiple myeloma using real-time PCR
RU2638800C2 (ru) Способ определения маркеров наличия опухолевых в-лимфобластов
Eckert et al. Comparison between TaqMan and LightCycler technologies for quantification of minimal residual disease by using immunoglobulin and T-cell receptor genes consensus probes
Huang et al. Comparison of two quantitative PCR–based assays for detection of minimal residual disease in B-precursor acute lymphoblastic leukemia harboring three major fusion transcripts
Sholl et al. Molecular Analysis of Genetic Markers for Non‐Hodgkin Lymphomas
Emad et al. Rapid aneuploidy detection of chromosomes 13, 18, 21, X and Y using quantitative fluorescent polymerase chain reaction with few microdissected fetal cells
EP3063295B1 (en) Method for analyzing body fluid samples
US20220356531A1 (en) Methods and Kit for Analyzing Responsiveness of Patients to CD19 Immunotherapy
Boone et al. PCR GeneScan and heteroduplex analysis of rearranged immunoglobulin or T-cell receptor genes for clonality diagnostics in suspect lymphoproliferations
Taube et al. Real-time quantification of TEL–AML1 fusion transcripts for MRD detection in relapsed childhood acute lymphoblastic leukaemia: Comparison with antigen receptor-based MRD quantification methods
RU2674994C2 (ru) Способ определения маркеров наличия опухолевых т-лимфобластов
US11773442B2 (en) Method for studying V(D)J combinatory diversity
CN102827935B (zh) 定量检测FIP1L1-PDGFRA融合基因mRNA水平的试剂盒
Sedlarikova et al. Detection of tumor-specific marker for minimal residual disease in multiple myeloma patients.
KR100868883B1 (ko) 신경모세포종 세포의 검출
Kipf et al. Advanced Minimal Residual Disease Monitoring for Acute Lymphoblastic Leukemia with Multiplex Mediator Probe PCR
Hiyoshi-Kanemoto et al. Detection of circulating tumor cells using GeneScan analysis for antigen receptor gene rearrangements in canine lymphoma patients
KR102152893B1 (ko) 간세포암종 특이 mlh1 유전자에 대한 순환 종양 dna 변이 검출 용도
US20160208337A1 (en) Quantification of lamin c and lamin a for tumor classification