RU2590700C2 - Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect - Google Patents
Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect Download PDFInfo
- Publication number
- RU2590700C2 RU2590700C2 RU2012144594/10A RU2012144594A RU2590700C2 RU 2590700 C2 RU2590700 C2 RU 2590700C2 RU 2012144594/10 A RU2012144594/10 A RU 2012144594/10A RU 2012144594 A RU2012144594 A RU 2012144594A RU 2590700 C2 RU2590700 C2 RU 2590700C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- proteins
- gst
- protein
- hdac6
- psma3
- Prior art date
Links
Images
Abstract
Description
Изобретение относится к области биотехнологий, в частности к генетической и клеточной инженерии, и может быть использовано в медицине.The invention relates to the field of biotechnology, in particular to genetic and cellular engineering, and can be used in medicine.
Множественная миелома (ММ) - злокачественная опухоль системы В-лимфоцитов в костном мозге, приводящая к дифференцировке пре-В-клеток в плазматические клетки. Трансформированные клетки-плазмоциты, помимо замещения нормальных клеток костного мозга, также производят миеломный белок, представляющий собой моноклональное антитело, которое заменяет нормальные антитела в крови, что приводит к увеличению восприимчивости организма к инфекции и проблемам в работе почек. Этиология этого заболевания до конца не изучена. Известно, что на белковом уровне миеломные клетки характеризуются повышенной экспрессией ДНК-зависимой киназы, казеин-киназы СК2, Akt и других киназ, отвечающих за передачу сигнала пролиферации.Multiple myeloma (MM) is a malignant tumor of the B-lymphocyte system in the bone marrow, leading to the differentiation of pre-B cells into plasma cells. Transformed plasmocyte cells, in addition to replacing normal bone marrow cells, also produce a myeloma protein, which is a monoclonal antibody that replaces normal antibodies in the blood, which leads to an increase in the body's susceptibility to infection and kidney problems. The etiology of this disease is not fully understood. It is known that at the protein level, myeloma cells are characterized by increased expression of DNA-dependent kinase, casein kinase CK2, Akt and other kinases responsible for the transmission of the proliferation signal.
На сегодняшний день одним из наиболее перспективных препаратов против этого неизлечимого заболевания является бортезомиб (Velcade). Бортезомиб представляет собой дипептид - производное борной кислоты и является мощным специфическим ингибитором протеолитических активностей протеасомы (Adams J. and Kauffman M. 2004. Cancer Investigation 22:304-311; Jagannath S. et al., 2004. British Journal of Haematology. 127:165-172.). Протеасома осуществляет основной нелизосомальный протеолитический путь в клетке через узнавание и специфическое разрушение белков, ковалентно модифицированных с помощью белка убиквитина. Важно отметить, что миеломные клетки гораздо более чувствительны к воздействию бортезомиба по сравнению с нормальными клетками плазмы крови, или В-клетками. На сегодняшний день механизм этого феномена не известен.To date, one of the most promising drugs against this incurable disease is bortezomib (Velcade). Bortezomib is a boron acid derivative dipeptide and is a potent specific inhibitor of proteasome proteolytic activities (Adams J. and Kauffman M. 2004. Cancer Investigation 22: 304-311; Jagannath S. et al., 2004. British Journal of Haematology. 127: 165-172.). The proteasome implements the main non-lysosomal proteolytic pathway in the cell through the recognition and specific destruction of proteins covalently modified with the ubiquitin protein. It is important to note that myeloma cells are much more sensitive to the effects of bortezomib compared to normal blood plasma cells, or B cells. To date, the mechanism of this phenomenon is not known.
Недавно было показано, что обработка клеток ММ бортезомибом повышала их чувствительность к препаратам, вызывающим генотоксический стресс, в частности, к доксорубицину. Выживаемость больных с устойчивостью к монотерапии бортезомибом при сочетанной химиотерапии с доксорубицином повышалась почти в 2 раза (Orlowski R.Z. 2004. J. Natl. Compr. Cane. Netw. 2 Suppl 4:S16-20). Доксорубицин является генотоксическим агентом, который, блокируя активность фермента топоизомеразы II, вызывает двухцепочечные разрывы ДНК. Доксорубицин, при низких дозах, усиливает активность протеасом, а при высоких - ингибирует ее.Recently it was shown that treatment of MM cells with bortezomib increased their sensitivity to drugs that cause genotoxic stress, in particular, to doxorubicin. Survival of patients with resistance to bortezomib monotherapy with combined chemotherapy with doxorubicin increased almost 2 times (Orlowski R.Z. 2004. J. Natl. Compr. Cane. Netw. 2 Suppl 4: S16-20). Doxorubicin is a genotoxic agent that, by blocking the activity of the topoisomerase II enzyme, causes double-stranded DNA breaks. Doxorubicin, at low doses, enhances the activity of proteasomes, and at high doses, inhibits it.
Молекулярные механизмы синергизма между бортезомибом и доксорубицином в миеломных клетках остаются еще совершенно неизученными и являются насущной проблемой как для фундаментальной, так и для прикладной медицины. Можно лишь предполагать, что этот эффект может быть обусловлен накоплением сигнальных короткоживущих убиквитинированных белков (в нормальных условиях разрушаемых протеасомой), которые индуцируют остановку клеточного цикла и апоптоз в ответ на повреждения ДНК. Протеомный подход должен ускорить идентификацию соответствующих убиквитинированных белков, что позволило бы начать изучение их роли в остановке клеточного цикла и апоптозе миеломных клеток в ответ на химиотерапию. В связи с этим, проблема изучения белков «убиквитома», взаимодействующих с протеасомой и накапливающихся в клетках в результате действия бортезомиба и доксорубицина, приобретает чрезвычайную актуальность.The molecular mechanisms of synergism between bortezomib and doxorubicin in myeloma cells are still completely unexplored and are an urgent problem for both fundamental and applied medicine. We can only assume that this effect may be due to the accumulation of signal short-lived ubiquitinated proteins (under normal conditions, destroyed by the proteasome), which induce cell cycle arrest and apoptosis in response to DNA damage. The proteomic approach should accelerate the identification of the corresponding ubiquitinated proteins, which would begin to study their role in cell cycle arrest and apoptosis of myeloma cells in response to chemotherapy. In this regard, the problem of studying the ubiquitoma proteins that interact with the proteasome and accumulate in the cells as a result of the action of bortezomib and doxorubicin becomes extremely urgent.
Проблема идентификации убиквитинированных белков состоит в том, что они быстро деградируются протеасомой, и процент их содержания в клетке очень невелик. Соответственно, встает методический вопрос очистки и обогащения доли убиквитинированных белков для их дальнейшей идентификации методом масс-спектрометрического анализа.The problem of identifying ubiquitinated proteins is that they are rapidly degraded by the proteasome, and the percentage of their content in the cell is very small. Accordingly, the methodological question arises of purification and enrichment of the fraction of ubiquitinated proteins for their further identification by mass spectrometric analysis.
Другим важным моментом является тот факт, что помимо убиквитин-зависимой деградации, протеасомы также способны разрушать белки и по убиквитин-независимому пути, через белок-белковые взаимодействия с альфа 7 (PSMA3) субъединицей 20S протеасомы (Fedorova O.A., Moiseeva T.N., Nikiforov A.A., Tsimokha A.S., Livinskaya V.A., Hodson M., Bottrill A., Evteeva I.N., Ermolayeva J.B., Kuznetzova I.M., Turoverov K.K., Eperon I., Barlev N.A. 2011. Biochem. Biophys. Res. Commun. 416(3-4):258-265). Например, важнейший онкосупрессор человека р53, вызывающий апоптоз миеломных клеток в ответ на генотоксический стресс, подвергается деградации протеасомами как по убиквитин-зависимому, так и по убиквитин-независимому пути (Tsvetkov P., Reuven N.. Shaul Y. 2010. Cell Death Differentiation. 17:103-108; Mittenberg A.G., Moiseeva T.N., Barlev N.A. 2008. Front. Biosci. 13:7184-7192). В этом случае, чтобы иметь полное представление о белках, разрушаемых протеасомами в клетках ММ, необходимо также идентифицировать белки протеома человека, которые взаимодействуют с коровым комплексом протеасомы независимо от убиквитинилирования.Another important point is the fact that in addition to ubiquitin-dependent degradation, proteasomes are also capable of destroying proteins along the ubiquitin-independent pathway, through protein-protein interactions with the alpha 7 (PSMA3) subunit of the 20S proteasome (Fedorova OA, Moiseeva TN, Nikiforov AA, Tsimokha AS, Livinskaya VA, Hodson M., Bottrill A., Evteeva IN, Ermolayeva JB, Kuznetzova IM, Turoverov KK, Eperon I., Barlev NA 2011. Biochem. Biophys. Res. Commun. 416 (3-4): 258 -265). For example, the most important human cancer suppressor p53, which causes apoptosis of myeloma cells in response to genotoxic stress, undergoes proteasome degradation both in the ubiquitin-dependent and in the ubiquitin-independent pathways (Tsvetkov P., Reuven N. .. Shaul Y. 2010. Cell Death Differentiation 17: 103-108; Mittenberg AG, Moiseeva TN, Barlev NA 2008. Front. Biosci. 13: 7184-7192). In this case, in order to have a complete picture of the proteins destroyed by proteasomes in MM cells, it is also necessary to identify human proteome proteins that interact with the proteasome core complex, regardless of ubiquitinylation.
Известно, что 26S протеасома представляет собой комплекс АТФ-зависимых протеаз и состоит из 20S каталитической коровой частицы и ассоциированных с ней регуляторных комплексов. Протеасома осуществляет основной нелизосомальный протеолитический путь в клетке через узнавание и специфическое разрушение белков, ковалентно модифицированных с помощью белка убиквитина. 20S протеасома (700кДа) представляет собой полый цилиндр, состоящий из четырех колец, каждое из которых соответственно образовано семью альфа- или бета-субъединицами. Альфа-субъединицы играют структурную роль, а бета-субъединицы непосредственно осуществляют протеолитическое разрушение белков. 19S регуляторный комплекс состоит из шести АТФазных и не менее одиннадцати неАТФазных субъединиц, которые помогают узнавать, денатурировать и деубиквитинировать субстратный белок для его последующего разрушения в 20S комплексе (Konstantinova I.M., Tsimokha A.S., Mittenberg A.G. 2008. Int. Rev. Cell Mol. Biol. 267:59-124). Нужно учитывать еще тот момент, что сами протеасомы могут подвергаться убиквитинилированию, что может модулировать ее связи с другими белками и протеолитические активности. Результаты исследований последних лет указывают на то, что новыми мишенями в терапии рака могут выступать ферменты, деубиквитинилирующие протеасому (D'Arcy P., Under S. 2012. Int. J. Biochem. Cell Biol. 44(11):1729-1738).The 26S proteasome is known to be a complex of ATP-dependent proteases and consists of a 20S catalytic core particle and associated regulatory complexes. The proteasome implements the main non-lysosomal proteolytic pathway in the cell through the recognition and specific destruction of proteins covalently modified with the ubiquitin protein. The 20S proteasome (700 kDa) is a hollow cylinder consisting of four rings, each of which is respectively formed by a family of alpha or beta subunits. Alpha subunits play a structural role, and beta subunits directly carry out proteolytic destruction of proteins. The 19S regulatory complex consists of six ATPase and at least eleven non-ATPase subunits that help to recognize, denature and deubiquitinate the substrate protein for its subsequent destruction in the 20S complex (Konstantinova IM, Tsimokha AS, Mittenberg AG 2008. Int. Rev. Cell Mol. Biol. 267: 59-124). It is also necessary to take into account the fact that the proteasomes themselves can undergo ubiquitinylation, which can modulate its bonds with other proteins and proteolytic activities. Recent studies indicate that enzyme deubiquitinylating proteasomes may be new targets in cancer therapy (D'Arcy P., Under S. 2012. Int. J. Biochem. Cell Biol. 44 (11): 1729-1738) .
Одним из наиболее перспективных и в то же время достаточно простых подходов к решению данной проблемы нам представляется создание белков слияния, несущих последовательность глутатион-S-трансферазы (Smith D.B., Johnson K.S. 1988. Gene. 67:31-40), а также интересующий нас полипептид (последовательность убиквитин-связывающего домена (УСД) HDAC6 или фрагмента субъединицы 20S протеасомы альфа7 (PSMA3)).One of the most promising and at the same time quite simple approaches to solving this problem seems to us to create fusion proteins that carry the sequence of glutathione S-transferase (Smith DB, Johnson KS 1988. Gene. 67: 31-40), as well as interesting us polypeptide (sequence of the ubiquitin binding domain (SDL) of HDAC6 or a fragment of the 20S subunit of the proteasome alpha7 (PSMA3)).
Убиквитин-связывающий домен (УСД) HDAC6 (Bertos N.R., Gilquin В., Chan G.K., Yen T.J., Khochbin S., Yang X.J. 2004. J. Biol. Chem. 279:48246-48254), в основном, связывает полиубиквитины, а не моноубиквитины, и поэтому, вероятнее всего, будет играть важную роль in vivo в регуляции времени жизни белков (Hook S.S., Orian A., Cowley S.M., Eisenman R.N. 2002. PNAS USA 99(21):13425-13430).HDAC6 ubiquitin binding domain (DRC) (Bertos NR, Gilquin B., Chan GK, Yen TJ, Khochbin S., Yang XJ 2004. J. Biol. Chem. 279: 48246-48254) mainly binds polyubiquitins, and not monoubiquitins, and therefore, most likely, will play an important role in vivo in the regulation of protein lifetime (Hook SS, Orian A., Cowley SM, Eisenman RN 2002. PNAS USA 99 (21): 13425-13430).
Соответственно, предлагаемый нами протеомный подход для идентификации совокупности убиквитинилированных и неубиквитинилированных белков, ассоциированных с протеасомой и являющихся ее субстратами, в клетках ММ представляется весьма актуальным и научно-значимым.Accordingly, our proposed proteomic approach for identifying the totality of ubiquitinylated and neubiquitinylated proteins associated with the proteasome and being its substrates in MM cells seems to be very relevant and scientifically significant.
В качестве прототипа нами выбран способ, описанный в патенте US20090220470, наиболее релевантном по отношению к исследуемому объекту. В нем предложен способ обогащения препаратов из тотальных клеточных лизатов убиквитинилированными белками с использованием убиквитин-связывающих доменов различных генов. Суть метода заключается в создании генно-инженерной конструкции - молекулы дезоскирибонуклеиновой кислоты, несущей в экспрессирующем векторе последовательность ДНК глутатион-S-трансферазы, за которой следуют участки специфического связывания убиквитина; с последующей экспрессией данного химерного белка в клетках E.coli. Авторы предлагают использовать химерные белки, несущие два тандемно расположенных различных убиквитин-связывающих домена, тем самым повышая эффективность связывания убиквитинилированных белков. Обогащенная таким образом популяция белков в дальнейшем используется для различных исследований убиквитома клетки.As a prototype, we have chosen the method described in patent US20090220470, the most relevant in relation to the studied object. It proposed a method of enriching drugs from total cell lysates with ubiquitinylated proteins using ubiquitin-binding domains of various genes. The essence of the method is to create a genetic engineering construct - a molecule of desosciribonucleic acid, which carries the DNA sequence of glutathione S-transferase in the expression vector, followed by specific binding sites of ubiquitin; followed by expression of this chimeric protein in E. coli cells. The authors propose using chimeric proteins that carry two tandemly located different ubiquitin-binding domains, thereby increasing the binding efficiency of ubiquitinylated proteins. The population of proteins enriched in this way is subsequently used for various studies of the ubiquitoma of the cell.
К настоящему времени биохимические механизмы, определяющие судьбу убиквитинилированных белков, изучены недостаточно. Недавно было установлено, что распознавание специфических убиквитинилированных белков-мишеней происходит с помощью убиквитин-связывающих белков, которые также известны как убиквитиновые рецепторы. Убиквитин-связывающие белки обычно имеют в своем составе убиквитин-связывающие домены (УСД). Они представляют собой небольшие (20-150 аминокислот) домены модулярной природы, которые могут нековалентно взаимодействовать как с моно-, так и с полиубиквитинилированными цепочками. УСД найдены как в ферментах, которые непосредственно катализируют реакции убиквитинилирования и деубиквитинилирования, так и в убиквитиновых рецепторах, которые распознают и интерпретируют сигналы этой пост-трансляционной модификации, конъюгированной с белками-субстратами, для контроля разнообразных клеточных событий. УСД разнообразны по своей структуре и обнаруживаются в белках, выполняющих различные биологические функции. Для ряда УСД известны детальные молекулярные структуры, но чтобы понять механизм их действия, необходимо знать, каким образом определяется специфичность их связывания с убиквитином, как регулируется это связывание и как функционируют УСД в контексте полноразмерных белков.To date, the biochemical mechanisms that determine the fate of ubiquitinylated proteins have not been adequately studied. It has recently been found that the recognition of specific ubiquitinated target proteins occurs using ubiquitin-binding proteins, which are also known as ubiquitin receptors. Ubiquitin-binding proteins usually include ubiquitin-binding domains (UDM). They are small (20-150 amino acids) domains of modular nature, which can non-covalently interact with both mono- and polyubiquitinylated chains. DRCs were found both in enzymes that directly catalyze the ubiquitinylation and deubiquitinylation reactions, and in ubiquitin receptors that recognize and interpret the signals of this post-translational modification conjugated with substrate proteins to control a variety of cellular events. SDDs are diverse in structure and are found in proteins that perform various biological functions. Detailed molecular structures are known for a number of DNAs, but in order to understand the mechanism of their action, it is necessary to know how the specificity of their binding to ubiquitin is determined, how this binding is regulated, and how the DNAs function in the context of full-sized proteins.
На сегодняшний день идентифицировано пять модулей УСД. Короткая и простая последовательность Rpn10 у дрожжей (S5a или PSMD4 у человека), которая необходима и достаточна для взаимодействий с убиквитином, была использована в качестве стартовой точки в нескольких биоинформационных поисках, чтобы выявить сходные последовательности в других белках. Оказалось, что подобно исходному S5a убиквитин-взаимодействующие мотивы (УВМ) в целом ряде разнообразных белков являются непосредственными аутентичными убиквитин-связывающими мотивами (УСМ). Другой мотив, убиквитин-ассоциированный домен (У АД), впервые был идентифицирован с использованием биоинформационной техники как паттерн последовательностей, общий у ряда белков, подвергающихся убиквитинилированию и (или) деубиквитинилированию. Примерно в то же самое время, когда были открыты УВМ, независимые исследования показали, что УАД может непосредственно взаимодействовать с убиквитином. Открытие УВМ и УАД дало толчок активным исследованиям в этой области. Одним из наиболее впечатляющих открытий стало то, что УВМ и УАД обнаруживаются во множестве белков с разнообразными функциями и локализацией.To date, five DRC modules have been identified. The short and simple Rpn10 sequence in yeast (S5a or PSMD4 in humans), which is necessary and sufficient for interactions with ubiquitin, was used as a starting point in several bioinformation searches to identify similar sequences in other proteins. It turned out that, like the original S5a, ubiquitin-interacting motifs (UVM) in a number of different proteins are direct authentic ubiquitin-binding motifs (USM). Another motif, the ubiquitin-associated domain (AD), was first identified using the bioinformation technique as a sequence pattern common to a number of proteins subjected to ubiquitinylation and / or deubiquitinylation. At about the same time that UVM was discovered, independent studies showed that UAD can directly interact with ubiquitin. The discovery of UVM and UAD gave impetus to active research in this area. One of the most impressive discoveries was that UVM and UAD are found in a variety of proteins with diverse functions and localization.
В связи с этим весьма перспективным представляется УСД, обнаруженный в составе белка HDAC6, гистондеацетилазы 6. Домен (УСД-6) расположен на С-конце и имеет структуру типа «цинковых пальцев». Интересно отметить, что мутации в цистеинах, которые участвуют в координации атомов цинка, существенно снижали способность УСД-6 связывать убиквитин. Таким образом, можно сказать, что структура типа «цинковых пальцев» важна для активного связывания молекул убиквитина. Этот домен способен связывать как моно-, так и полиубиквитиновые субстраты с высокой константой аффинности (около 60 нМ). Также было показано, что УСД-6 специфически узнает С-концевую последовательность убиквитина - RLRGG. В узнавании этой последовательности ключевыми являются пара глицинов (GG), поскольку их удаление или мутация полностью разрушает взаимодействие соответствующих пептидомиметиков с УСД-6 (Hard R.L., Liu J., Shen J., Zhou P., Pei D. 2010. Biochemistry 49:10737-10746). Соответственно было показано, что на клеточном уровне белок HDAC6 за счет УСД способен аккумулировать убиквитинилированные белки, тем самым вызывая образование белковых агрегатов (аггресом) и нерастворимых инклюзионных телец (Boyault С., Gilquin В., Zhang Y., Rybin V., Garman E., Meyer-Klaucke W., Matthias P., Milller C.W., Khochbin S. 2006. EMBO J. 25:3357-3366). Таким образом, убиквитин-связывающий домен белка HDAC6 представляет собой универсальный УСД и может быть использован в целях обогащения фракции короткоживущих убиквитинилированных белков. Следует отметить, что использованный нами убиквитин-связывающий домен гистондеацетилазы 6 (см. Фиг.1.), в основном, связывает полиубиквитины, а не моноубиквитины (как в патенте US20090220470), что более актуально для изучения короткоживущих регуляторных белков.In this regard, the DDD found in the HDAC6 protein, histone deacetylase 6, seems to be very promising. The domain (USDD-6) is located at the C-terminus and has a “zinc finger” type structure. It is interesting to note that mutations in cysteines, which are involved in the coordination of zinc atoms, significantly reduced the ability of USD-6 to bind ubiquitin. Thus, we can say that the structure of the “zinc finger” type is important for the active binding of ubiquitin molecules. This domain is able to bind both mono- and polyubiquitin substrates with a high affinity constant (about 60 nM). It has also been shown that USD-6 specifically recognizes the C-terminal sequence of ubiquitin - RLRGG. A pair of glycines (GGs) is key in recognizing this sequence, since their removal or mutation completely destroys the interaction of the corresponding peptidomimetics with UDM-6 (Hard RL, Liu J., Shen J., Zhou P., Pei D. 2010. Biochemistry 49: 10737-10746). Accordingly, it was shown that, at the cellular level, HDAC6 protein is capable of accumulating ubiquitinylated proteins due to SDD, thereby causing the formation of protein aggregates (aggregates) and insoluble inclusion bodies (Boyault C., Gilquin B., Zhang Y., Rybin V., Garman E ., Meyer-Klaucke W., Matthias P., Milller CW, Khochbin S. 2006. EMBO J. 25: 3357-3366). Thus, the ubiquitin-binding domain of the HDAC6 protein is a universal DRC and can be used to enrich the fraction of short-lived ubiquitinylated proteins. It should be noted that the ubiquitin-binding domain of histone deacetylase 6 used by us (see Fig. 1) mainly binds polyubiquitins, rather than mono-quinquitins (as in US20090220470), which is more relevant for studying short-lived regulatory proteins.
Аналогов второго химерного белка (GST-PSMA3, см. Фиг.2.), используемого в нашей работе для обогащения клеточного экстракта белками-мишенями для убиквитин-независимого протеасомного протеолиза, в ходе патентного поиска обнаружено не было.Analogues of the second chimeric protein (GST-PSMA3, see Figure 2.), used in our work to enrich the cell extract with target proteins for ubiquitin-independent proteasome proteolysis, were not found during a patent search.
Целью настоящего изобретения является быстрая и эффективная идентификация регуляторных короткоживущих белков в протеоме человека, которые могут участвовать в специфической модуляции цитотоксического эффекта сочетанной химиотерапии бортезомибом (ингибитор протеасом) и доксорубицином (индуктор генотоксического стресса) на опухолевые клетки множественной миеломы (ММ). Достигается это в настоящей заявке путем одностадийной аффинной хроматографии с белками слияния (GST-UBD_HDAC6 и GST-PSMA3), позволяющей очистить из клеточных экстрактов как полиубиквитинилированные белки, так и белки-мишени для убиквитин-независимого протеолиза протеасомами. Белки слияния включают в себя фрагмент гена HDAC6, соответствующий убиквитин-связывающему домену (УСД6), либо кДНК гена субъединицы протеасом альфа 7, слитый с фрагментом гена, кодирующего субстрат-связывающий домен фермента глутатион-S-трансферазы (GST). Обе конструкции экспрессируются в бактериальном штамме BL21 Е.соli. Полученные клеточные экстракты осветвляют центрифугированием и связывают с глутатион-сефарозой. Химерные белки, слитые с GST, инкубируют с белковыми экстрактами, приготовленными из клеток множественной миеломы, для специфической преципитации аффинного носителя и ассоциированных с ними убиквитинилированных или PSMA3-ассоциированных белков. Полученные таким образом клеточные белки дополнительно очищают от избытка солей, разделяют в системе двумерного белкового электрофореза и анализируют методами прямой и тандемной времяпролетной масс-спектрометрии.The aim of the present invention is the rapid and effective identification of regulatory short-lived proteins in the human proteome that can participate in the specific modulation of the cytotoxic effect of combined chemotherapy with bortezomib (a proteasome inhibitor) and doxorubicin (a genotoxic stress inducer) on tumor cells of multiple myeloma (MM). This is achieved in the present application by single-stage affinity chromatography with fusion proteins (GST-UBD_HDAC6 and GST-PSMA3), which allows to purify both polyubiquitinylated proteins and target proteins for ubiquitin-independent proteolysis of proteasomes from cell extracts. Fusion proteins include a fragment of the HDAC6 gene corresponding to the ubiquitin-binding domain (UDM6), or cDNA of the proteasome alpha 7 subunit gene fused to a fragment of the gene encoding the substrate-binding domain of the glutathione S-transferase enzyme (GST). Both constructs are expressed in the E. coli bacterial strain BL21. The obtained cell extracts are clarified by centrifugation and bind to glutathione-sepharose. Chimeric proteins fused to GST are incubated with protein extracts prepared from multiple myeloma cells to specifically precipitate the affinity carrier and the ubiquitinylated or PSMA3 associated proteins associated with them. The cell proteins thus obtained are further purified from excess salts, separated in a two-dimensional protein electrophoresis system and analyzed by direct and tandem time-of-flight mass spectrometry.
Положительный эффект от применения предлагаемого изобретения заключается в быстром и эффективном выявлении потенциальных онкомаркеров среди короткоживущих регуляторных белков: 1) в сокращении, благодаря одноступенчатой аффинной очистке, времени получения искомых белковых молекул, 2) в повышении эффективности связывания полиубиквитинилированных белков с помощью носителя с UBD HDAC6, 3) в возможности охвата наиболее широкого спектра регуляторных белков, за счет использования белка слияния GST-PSMA3, связывающегося с мишенями для убиквитин-независимого протеасомного протеолиза.The positive effect of the application of the present invention is the quick and effective identification of potential tumor markers among short-lived regulatory proteins: 1) in reducing, due to single-stage affinity purification, the time for obtaining the desired protein molecules, 2) in increasing the efficiency of binding of polyubiquitinated proteins using a carrier with UBD HDAC6, 3) in the ability to cover the widest range of regulatory proteins, due to the use of the GST-PSMA3 fusion protein that binds to targets for ubiquitin nez dependence proteasome proteolysis.
Изобретение иллюстрируется следующими графическими материалами:The invention is illustrated by the following graphic materials:
На Фиг.1 изображена карта вектора pLEICS-14, в который лигирован УСД HDAC6. Последовательность HDAC6 была взята в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции, с целью амплифицировать фрагмент (3135-3648), связывающий полиубиквитин, соответствующий а.а. 1045-1216. Были использованы следующие праймеры:Figure 1 shows a map of the vector pLEICS-14 into which HDAC6 DRC is ligated. The HDAC6 sequence was taken as a template for the polymerase chain reaction in order to amplify the fragment (3135-3648) that binds the polyubiquitin corresponding to A.a. 1045-1216. The following primers were used:
N-ter: GTATTTTCAGGGCGCCCCCAGTACACTGAT…,N-ter: GTATTTTCAGGGCGCCCCCAGTACACTGAT ...,
C-ter: GTCGACTGCAGAATTTTAGTGTGGGTtcaC-ter: GTCGACTGCAGAATTTTAGTGTGGGTtca
для клонирования в вектор pLEICS-14, содержащий последовательность фермента глутатион-3-трансферазы (GST). Последовательность вставки в полученной конструкции проверяют секвенированием ДНК. После трансформации в бактериальный штамм BL21, проводят индукцию белка с помощью 0.2 мМ IPTG в течение ночи при 16°С, чтобы избежать формирования нерастворимых белковых агрегатов. Затем белок очищают из клеток E.coli, предварительно разрушенных ультразвуком, на глутатион-содержащей смоле (Glutathione-sepharose 4 В, GE Healthcare) согласно рекомендациям производителя.for cloning into a pLEICS-14 vector containing the sequence of the enzyme glutathione-3-transferase (GST). The sequence of the insert in the resulting construct is checked by DNA sequencing. After transformation into the bacterial strain BL21, the protein is induced with 0.2 mM IPTG overnight at 16 ° C to avoid the formation of insoluble protein aggregates. The protein is then purified from E. coli cells previously sonicated by glutathione-containing resin (Glutathione-sepharose 4B, GE Healthcare) according to the manufacturer's recommendations.
Последовательность нуклеотидов кДНК гистондеацетилазы 6 (HDAC6). Вставка (убиквитин-связывающий домен) выделена курсивом:The nucleotide sequence of histone deacetylase 6 cDNA (HDAC6). The insert (ubiquitin-binding domain) is shown in italics:
На Фиг.2 изображена карта вектора pGEX-5X-l, в который лигирована последовательность кДНК PSMA3.Figure 2 shows a map of the vector pGEX-5X-l into which the PSMA3 cDNA sequence is ligated.
Создание химерного белка α7-GST потребовало получить последовательность кДНК протеасомной субъединицы α7 (PSMA3) методом ПЦР, сопряженной с обратной транскрипцией. В качестве РНК-матрицы использовали суммарную РНК клеток человека линии К562. Последовательности праймеров:The creation of the α7-GST chimeric protein required the obtaining of the cDNA sequence of the α7 proteasome subunit (PSMA3) by PCR coupled to reverse transcription. The total RNA of human cells of the K562 line was used as an RNA matrix. Primer Sequences:
N-ter: 5'-ATGCGGATCCGCATGAGCTCAATCGGC-3'N-ter: 5'-ATGCGGATCCGCATGAGCTCAATCGGC-3 '
C-ter: 5' -CGGAGGATCCGTTACATATTATCATC-3'.C-ter: 5 '-CGGAGGATCCGTTACATATTATCATC-3'.
Полученный ПЦР-продукт клонируют в экспрессионный вектор pGEX-5Х-1, который несет в себе фрагмент гена GST, для последующей аффинной очистки химерного белка на глутатион-сефарозе. После трансформации бактерий позитивные колонии, содержащие вектор со вставкой, сначала определяют методом ПЦР со специфическими праймерами, а затем, после выделения плазмидной ДНК, последовательность вставки в полученной конструкции проверяют секвенированием ДНК. После трансформации в бактериальный штамм BL21 проводят индукцию белка с помощью 0.2 мМ IPTG в течение ночи при 16°С, чтобы избежать формирования нерастворимых белковых агрегатов. Затем белок очищают из клеток E.coli, предварительно разрушенных ультразвуком, на глутатион-содержащей смоле (Glutathione-sepharose 4 В, GE Healthcare) согласно рекомендациям производителя.The resulting PCR product is cloned into the pGEX-5X-1 expression vector, which carries a GST gene fragment, for subsequent affinity purification of the chimeric protein on glutathione-sepharose. After bacterial transformation, positive colonies containing a vector with an insert are first determined by PCR with specific primers, and then, after plasmid DNA is isolated, the insert sequence in the resulting construct is checked by DNA sequencing. After transformation into the bacterial strain BL21, the protein is induced with 0.2 mM IPTG overnight at 16 ° C to avoid the formation of insoluble protein aggregates. The protein is then purified from E. coli cells previously sonicated by glutathione-containing resin (Glutathione-sepharose 4B, GE Healthcare) according to the manufacturer's recommendations.
Способ осуществляется следующим образом: полученные генно-инженерные конструкции вводят в клетки E.coli с целью экспрессии в них интересующих нас белков слияния (GST-PSMA3 и GST-UBD_HDAC6). Очистку белков из клеток E.coli осуществляют с помощью аффинной хроматографии на глутатион-сефарозе (GE Healthcare).The method is as follows: the resulting genetic engineering constructs are introduced into E. coli cells in order to express the fusion proteins of interest to us (GST-PSMA3 and GST-UBD_HDAC6). The purification of proteins from E. coli cells is carried out using affinity chromatography on glutathione-sepharose (GE Healthcare).
Следующий этап представляет собой реакцию связывания белков из экстракта клеток множественной миеломы (до или после сочетанной химиотерапии бортезомибом и доксорубицином): полиубиквитинилированных (в случае использования белка слияния GST-UBD_HDAC6), либо белков-мишеней для убиквитин-независимого протеасомного протеолиза (GST-PSMA3). Связавшиеся белки смывают с хроматографического носителя глутатион-содержащим буферным раствором, после чего обессаливают и концентрируют на микроконцентраторах Amicon (Millipore Inc.). Полученные препараты белков разделяют в системе двумерного электрофореза (I направление - изоэлектрическое фокусирование белков на приборе Ettan IPG Phor 3 (GE Healthcare), II направление - разделение белков по молекулярным массам в денатурирующем электрофорезе по Лэммли).The next step is the reaction of binding of proteins from the extract of multiple myeloma cells (before or after combined chemotherapy with bortezomib and doxorubicin): polyubiquitinylated (in the case of using the fusion protein GST-UBD_HDAC6), or target proteins for ubiquitin-independent proteasome proteolysis (GST-PSMA3) . The bound proteins are washed from the chromatographic medium with a glutathione-containing buffer solution, then desalted and concentrated on Amicon microconcentrators (Millipore Inc.). The obtained protein preparations are separated in a two-dimensional electrophoresis system (I direction is the isoelectric focusing of proteins on an
Пятна, соответствующие отдельным белкам, вырезают из полиакриламидного геля и анализируют их состав с помощью времяпролетной тандемной масс-спектрометрии на приборе АВ Sciex 5800 MALDI TOF/TOF (AB Sciex).Stains corresponding to individual proteins are excised from the polyacrylamide gel and their composition is analyzed by time-of-flight tandem mass spectrometry using an AB Sciex 5800 MALDI TOF / TOF (AB Sciex) instrument.
Новизна настоящего изобретения заключается в том, что в нем предложен метод одноступенчатой аффинной очистки из клеток человека совокупности короткоживущих регуляторных белков, включающих как полиубиквитинилированные (т.е. потенциальные мишени убиквитин-зависимого протеасомного пути), так и ассоциированные с субъединицей протеасом альфа7 (т.е. мишени убиквитин-независимого протеасомного протеолиза) белки. Для очистки полиубиквитинилированных белков используется последовательность убиквитин-связывающего домена гистондеацетилазы 6: данный полипептид обладает значительно более высоким сродством к полиубиквитинилированным субстратам, нежели его аналоги из других белков. Аналогов второго химерного белка (GST-PSMA3), используемого в нашей работе для обогащения клеточного экстракта белками-мишенями для убиквитин-независимого протеасомного протеолиза, в мировой практике не обнаружено. Удобство метода состоит в возможности манипулировать непосредственно с клеточными экстрактами, минуя стадии дополнительной очистки белков.The novelty of the present invention lies in the fact that it proposed a method of single-stage affinity purification from human cells of an aggregate of short-lived regulatory proteins, including both polyubiquitinylated (i.e. potential targets of the ubiquitin-dependent proteasome pathway) and associated with the subunit of the proteasome alpha7 (t. e. targets of ubiquitin-independent proteasome proteolysis) proteins. The sequence of the ubiquitin-binding domain of histone deacetylase 6 is used to purify polyubiquitinylated proteins: this polypeptide has a significantly higher affinity for polyubiquitinylated substrates than its analogues from other proteins. No analogues of the second chimeric protein (GST-PSMA3) used in our work to enrich the cell extract with target proteins for ubiquitin-independent proteasome proteolysis have been found in world practice. The convenience of the method consists in the ability to manipulate directly with cell extracts, bypassing the stages of additional protein purification.
Изобретение может найти важное применение:The invention may find important application:
- для разработки диагностических подходов, основанных на методах высокопроизводительного анализа белковых взаимодействий между протеасомами и их субстратами;- to develop diagnostic approaches based on methods of high-performance analysis of protein interactions between proteasomes and their substrates;
- выявления механизмов цитотоксического действия вышеуказанных лекарств в опухолевых клетках ММ, а также определения новых белковых маркеров, специфических для этого заболевания.- identifying the mechanisms of the cytotoxic effects of the above drugs in tumor cells of MM, as well as identifying new protein markers specific to this disease.
Полученные знания могут иметь важные приложения в клинической практике при отработке методов противораковой терапии.The acquired knowledge can have important applications in clinical practice when developing methods of anti-cancer therapy.
Список литературыBibliography
Adams J and Kauffman M. 2004. Development of the proteasome inhibitor Velcade (Bortezomib). Cancer Investigation 22:304-311.Adams J and Kauffman M. 2004. Development of the proteasome inhibitor Velcade (Bortezomib). Cancer Investigation 22: 304-311.
Bertos N.R, Gilquin В., Chan O.K., Yen T.J., Khochbin S., Yang X.J. 2004. Role of the tetradecapeptide repeat domain of human histone deacetylase 6 in cytoplasmic retention. J. Biol Chem 279(46):48246-48254.Bertos N.R., Gilquin B., Chan O.K., Yen T.J., Khochbin S., Yang X.J. 2004. Role of the tetradecapeptide repeat domain of human histone deacetylase 6 in cytoplasmic retention. J. Biol Chem 279 (46): 48246-48254.
Boyault C., Gilquin В., Zhang Y., Rybin V., Garman E., Meyer-Klaucke W., Matthias P, Muller C.W., Khochbin S. HDAC6-p97/VCP controlled polyubiquitin chain turnover. 2006. EMBO J. 25:3357-3366.Boyault C., Gilquin B., Zhang Y., Rybin V., Garman E., Meyer-Klaucke W., Matthias P, Muller C.W., Khochbin S. HDAC6-p97 / VCP controlled polyubiquitin chain turnover. 2006. EMBO J. 25: 3357-3366.
D'Arcy P., Linder S. 2012. Proteasome deubiquitinases as novel targets for cancer therapy. Int. J. Biochem. Cell Biol. 44(11):1729-1738.D'Arcy P., Linder S. 2012. Proteasome deubiquitinases as novel targets for cancer therapy. Int. J. Biochem. Cell Biol. 44 (11): 1729-1738.
Fedorova O.A., Moiseeva T.N., Nikiforov A.A., Tsimokha A.S., Livinskaya V.A., Hodson M., Bottrill A., Evteeva I.N., Ermolayeva J.B., Kuznetzova I.M., Turoverov K.K., Eperon I., Barlev N.A. 2011. Proteomic analysis of the 20S proteasome (PSMA3)-interacting proteins reveals a functional link between the proteasome and mRNA metabolism. Biochem. Biophys. Res. Commun. 416(3-4):258-265.Fedorova O.A., Moiseeva T.N., Nikiforov A.A., Tsimokha A.S., Livinskaya V.A., Hodson M., Bottrill A., Evteeva I.N., Ermolayeva J.B., Kuznetzova I.M., Turoverov K.K., Eperon I., Barlev N.A. 2011. Proteomic analysis of the 20S proteasome (PSMA3) -interacting proteins reveals a functional link between the proteasome and mRNA metabolism. Biochem. Biophys. Res. Commun. 416 (3-4): 258-265.
Hard R.L., Liu J., Shen J., Zhou P., Pei D. 2010. HDAC6 and Ubp-M BUZ domains recognize specific C-terminal sequences of proteins. Biochemistry. 49:10737-10746.Hard R.L., Liu J., Shen J., Zhou P., Pei D. 2010. HDAC6 and Ubp-M BUZ domains recognize specific C-terminal sequences of proteins. Biochemistry. 49: 10737-10746.
Hook S.S., Orian A., Cowley S.M., Eisenman R.N. 2002. Histone deacetylase 6 binds polyubiquitin through its zinc finger (PAZ domain) and copurifies with deubiquitinating enzymes. PNAS USA 99(21):13425-13430.Hook S.S., Orian A., Cowley S.M., Eisenman R.N. 2002. Histone deacetylase 6 binds polyubiquitin through its zinc finger (PAZ domain) and copurifies with deubiquitinating enzymes. PNAS USA 99 (21): 13425-13430.
Jagannath S., Barlogie В., Berenson J., Siegel D., Irwin D., Richardson P.G., Niesvizky R., Alexanian R., Limentani S.A., Alsina M., Adams J., Kauflman M., Esseltine D.L., Schenkein D.P, Anderson K.C. 2004. A phase 2 study of two doses ofbortezomib in relapsed or refractory myeloma. British Journal ofHaematology. 127(2):165-172.Jagannath S., Barlogie B., Berenson J., Siegel D., Irwin D., Richardson PG, Niesvizky R., Alexanian R., Limentani SA, Alsina M., Adams J., Kauflman M., Esseltine DL, Schenkein DP, Anderson KC 2004. A phase 2 study of two doses of bortezomib in relapsed or refractory myeloma. British Journal of Haematology. 127 (2): 165-172.
Konstantinova I.M., Tsimokha A.S., Mittenberg A.G. 2008. Role ofProteasomes in Cellular Regulation. International Review of Cellular and Molecular Biology, 267:59-124.Konstantinova I.M., Tsimokha A.S., Mittenberg A.G. 2008. Role ofProteasomes in Cellular Regulation. International Review of Cellular and Molecular Biology, 267: 59-124.
Mittenberg A.G., Moiseeva T.N., Barlev N.A. 2008. Role ofproteasomes in transcription and their regulation by covalent modifications. Front. Biosci. 13:7184-7192.Mittenberg A.G., Moiseeva T.N., Barlev N.A. 2008. Role ofproteasomes in transcription and their regulation by covalent modifications. Front Biosci. 13: 7184-7192.
Orlowski R.Z. 2004. Bortezomib in combination with other therapies for the treatment of multiple myeloma. J. Natl. Compr. Cane. Netw. 2 Suppi 4:S16-20.Orlowski R.Z. 2004. Bortezomib in combination with other therapies for the treatment of multiple myeloma. J. Natl. Compr. Cane. Netw. 2 Suppi 4: S16-20.
Smith D.B., Johnson K.S. 1988. Single-step purification ofpolypeptides expressed in Escherichia coli as fusions with glutathione S-transferase. Gene. 67(1):31-40.Smith D.B., Johnson K.S. 1988. Single-step purification ofpolypeptides expressed in Escherichia coli as fusions with glutathione S-transferase. Gene. 67 (1): 31-40.
Tsvetkov P., Reuven N., Shaul Y. 2010. Ubiquitin-independent p53 proteasomal degradation Cell Death Differ. 17(1):103-108.Tsvetkov P., Reuven N., Shaul Y. 2010. Ubiquitin-independent p53 proteasomal degradation Cell Death Differ. 17 (1): 103-108.
Claims (1)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2012144594/10A RU2590700C2 (en) | 2012-10-12 | 2012-10-12 | Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2012144594/10A RU2590700C2 (en) | 2012-10-12 | 2012-10-12 | Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2012144594A RU2012144594A (en) | 2014-04-20 |
RU2590700C2 true RU2590700C2 (en) | 2016-07-10 |
Family
ID=50480580
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2012144594/10A RU2590700C2 (en) | 2012-10-12 | 2012-10-12 | Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2590700C2 (en) |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2119167C1 (en) * | 1995-08-31 | 1998-09-20 | Виха Галина Васильевна | Set for screening analysis of oncomarker in serum and whole blood |
RU2338200C1 (en) * | 2007-06-14 | 2008-11-10 | Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов" (ФГУП "ГосНИИгенетика") | Method of human blood serum testing for oncomarker muc1 |
RU2008137432A (en) * | 2008-09-18 | 2010-03-27 | Федеральное государственное учреждение "Научно-исследовательский институт онкологии имени Н.Н. Петрова Федерального агенства по высок | BIOINFORMATIC METHOD FOR SEARCHING POTENTIAL MARKERS OF ONCOLOGICAL DISEASES |
WO2012006589A2 (en) * | 2010-07-08 | 2012-01-12 | Infinity Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for identification, assessment and treatment of cancers associated with hedgehog signaling |
-
2012
- 2012-10-12 RU RU2012144594/10A patent/RU2590700C2/en active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2119167C1 (en) * | 1995-08-31 | 1998-09-20 | Виха Галина Васильевна | Set for screening analysis of oncomarker in serum and whole blood |
RU2338200C1 (en) * | 2007-06-14 | 2008-11-10 | Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов" (ФГУП "ГосНИИгенетика") | Method of human blood serum testing for oncomarker muc1 |
RU2008137432A (en) * | 2008-09-18 | 2010-03-27 | Федеральное государственное учреждение "Научно-исследовательский институт онкологии имени Н.Н. Петрова Федерального агенства по высок | BIOINFORMATIC METHOD FOR SEARCHING POTENTIAL MARKERS OF ONCOLOGICAL DISEASES |
WO2012006589A2 (en) * | 2010-07-08 | 2012-01-12 | Infinity Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for identification, assessment and treatment of cancers associated with hedgehog signaling |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2012144594A (en) | 2014-04-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20240000944A1 (en) | Compositions of engineered exosomes and methods of loading luminal exosomes pay-loads | |
US10561740B2 (en) | Preparation of therapeutic exosomes using membrane proteins | |
Azevedo et al. | Protein polyphosphorylation of lysine residues by inorganic polyphosphate | |
Weekes et al. | Hyperubiquitination of proteins in dilated cardiomyopathy | |
Besche et al. | Isolation of mammalian 26S proteasomes and p97/VCP complexes using the ubiquitin-like domain from HHR23B reveals novel proteasome-associated proteins | |
Kotzsch et al. | Biochemical composition and assembly of biosilica-associated insoluble organic matrices from the diatom Thalassiosira pseudonana | |
JP5954808B2 (en) | Method for isolating specific genomic regions using endogenous DNA sequence specific binding molecules | |
Fedorova et al. | Proteomic analysis of the 20S proteasome (PSMA3)-interacting proteins reveals a functional link between the proteasome and mRNA metabolism | |
US20190002882A1 (en) | Molecular robot | |
Bandyopadhyay et al. | Escherichia coli HflK and HflC can individually inhibit the HflB (FtsH)-mediated proteolysis of λCII in vitro | |
RU2590700C2 (en) | Method of identifying regulator short-lived proteins in human proteome involved in specific modulation of cytotoxic effect | |
Greenlee et al. | The TOG protein Stu2/XMAP215 interacts covalently and noncovalently with SUMO | |
US20210363176A1 (en) | Means and methods for production of serine adp-ribosylated forms of proteins and peptides | |
Zhao | An approach for the generation of ubiquitin chains of various topologies based on bioorthogonal chemistry | |
JP6502854B2 (en) | Method of identifying polyubiquitinated substrate | |
Gupta et al. | Biological Importance of Arginine: Roles in Structure, Disorder, and Functionality of Peptides and Proteins | |
US20150175998A1 (en) | Methods and Kits to Create Protein Substrate˜HECT-Ubiquitin Ligase Pairs | |
Rodríguez-Ulloa et al. | The Combination of the CIGB-300 Anticancer Peptide and Cisplatin Modulates Proteins Related to Cell Survival, DNA Repair and Metastasis in a Lung Cancer Cell Line Model | |
TR201903865A2 (en) | USE OF INTERFERONES FOR THE TREATMENT OF AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS | |
Kowalczyk | Structural and biochemical characterisation of p14ARF–E3 ubiquitin ligase complexes | |
Bobkov et al. | Isolation of tropomyosin particles from cultured cell cytosol and their protein composition assay | |
Kállai | ENHANCED IN VITRO TRANSLATION FOR FUNCTIONAL ANALYSIS OF PROTEINS | |
Longmire | Recombinant NSMCE2 Has Auto-SUMOylation and SUMO-Chain Assembly Activities | |
Tamkovich et al. | An approach for isolation of circulating nucleoprotein complexes from blood | |
Kun | I.... IIII... IIIIIl i 11111111111lll ill 1111l |