RU2528743C1 - Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 - Google Patents
Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 Download PDFInfo
- Publication number
- RU2528743C1 RU2528743C1 RU2013103980/10A RU2013103980A RU2528743C1 RU 2528743 C1 RU2528743 C1 RU 2528743C1 RU 2013103980/10 A RU2013103980/10 A RU 2013103980/10A RU 2013103980 A RU2013103980 A RU 2013103980A RU 2528743 C1 RU2528743 C1 RU 2528743C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- rflp
- genotype
- dgat1
- pcr
- cattle
- Prior art date
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Изобретение относится к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных, в частности к оценке аллельного полиморфизма гена DGAT1 (дкацилглицерол O-ацилтрансфераза 1) крупного рогатого скота молекулярно-генетическим методом исследования.The invention relates to the field of genetics and breeding of farm animals, in particular to the assessment of allelic polymorphism of the DGAT1 gene (dacylglycerol O-acyltransferase 1) of cattle by molecular genetic research method.
Существуют различные способы проведения ПЦР-ПДРФ (полимеразная цепная реакция-полиморфизм длины рестрикционных фрагментов) для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям A и K гена DGAT1.There are various methods for PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) for genotyping cattle by the A and K alleles of the DGAT1 gene.
Так, в способе, предложенном J. Komisarek (2008) [1], используются праймеры F: 5/-TGCCGCTTGCTCGTAGCTTTGGCC-3/ и R: 5/-ACCTGGAGCTGGGTGAGGAACAGC-3/, инициирующие амплификацию локуса DGAT1-гена длиной 378 bp, с последующим его эндонуклеазным расщеплением рестриктазой BglI для генерации и интерпретации образующихся генотип-специфичных фрагментов (генотип AA=254/96/28 bp, генотип KK=282/96 bp и генотип AK=282/254/96/28 bp).So, in the method proposed by J. Komisarek (2008) [1], primers F: 5 / -TGCCGCTTGCTCGTAGCTTTTGGCC-3 / and R: 5 / -ACCTGGAGCTGGGTGAGGAACAGC-3 / are used , which initiate the amplification of the DGAT1-gene locus with a length of 378 with a length of 378 of the b8 gene with a length of b8 by its endonuclease cleavage with the restriction enzyme BglI to generate and interpret the resulting genotype-specific fragments (genotype AA = 254/96/28 bp, genotype KK = 282/96 bp and genotype AK = 282/254/96/28 bp).
Цель изобретения - разработка эффективного способа генотипирования крупного рогатого скота по гену DGAT1 на основе ПЦР-ПДРФ-анализа.The purpose of the invention is the development of an effective method for genotyping cattle by the DGAT1 gene based on PCR-RFLP analysis.
Нами разработан способ проведения ПЦР-ПДРФ для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям A и K гена DGAT1, отличающийся от ближайшего прототипа [1] тем, что на этапе ПЦР используются праймеры:We have developed a method for PCR-RFLP for genotyping cattle by the A and K alleles of the DGAT1 gene, which differs from the nearest prototype [1] in that the primers are used at the PCR stage:
а на этапе ПДРФ применяется эндонуклеаза рестрикции - TaqI, с генерацией генотип-специфичных фрагментов: генотип AA=82/18 bp, генотип KK=100 bp и генотип AK=100/82/18 bp (фиг.1 и 2).and at the RFLP stage, the restriction endonuclease TaqI is used, with the generation of genotype-specific fragments: genotype AA = 82/18 bp, genotype KK = 100 bp and genotype AK = 100/82/18 bp (Figs. 1 and 2).
Условия проведения реакцииReaction conditions
Экстракция нуклеиновой кислоты из образцов цельной крови крупного рогатого скота, консервированной 10 мМ ЭДТА-Na2, осуществлялась сорбционным способом («ДНК-сорб Б», ЦНИИЭМ, Россия).Nucleic acid was extracted from whole cattle blood samples, preserved with 10 mM EDTA-Na2, by the sorption method (DNA Sorb B, TsNIIEM, Russia).
ПЦР-ПДРФ выполняли согласно протоколу, представленному в табл.1.PCR-RFLP was performed according to the protocol presented in table 1.
Детекцию результатов ПЦР-ПДРФ осуществляли методом горизонтального электрофореза в 3% агарозном геле в буфере ТВЕ (pH 8,0), содержащем этидий бромид в концентрации 0,5 мкг/мл, с последующей визуализацией амплифицированных продуктов в ультрафиолетовом трансиллюминаторе (λ=310 нм).The detection of PCR-RFLP results was carried out by horizontal electrophoresis in 3% agarose gel in TBE buffer (pH 8.0) containing ethidium bromide at a concentration of 0.5 μg / ml, followed by visualization of amplified products in an ultraviolet transilluminator (λ = 310 nm) .
Размеры фрагментов ДНК оценивали по подвижности в сравнении со стандартными ДНК маркерами.The sizes of DNA fragments were evaluated by mobility in comparison with standard DNA markers.
В работе были использованы продукты для молекулярно-биологических исследований производства ООО «СибЭнзим», Россия.In the work, products were used for molecular biological studies of the production of SibEnzyme LLC, Russia.
ЗаключениеConclusion
По результатам практических исследований, направленных на апробацию разработанного нами способа проведения ПЦР-ПДРФ для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям A и K гена DGAT1, нами получен обеспечиваемый заявленным способом технический результат, выраженный в эффективной идентификации искомых генотипов (AA, KK, AK) ввиду корректной интерпретации генерируемых генотип-специфичных фрагментов (AA=82/18 bp, KK=100 bp и AK=100/82/18 bp), где ПЦР-ПДРФ-фрагменты с длинами 100 bp и 82 bp являются идентификационными, а минорный ПДРФ-фрагмент длиной 18 bp - неинформативным, из-за его малого размера, что существенно не снижает точность ДНК-анализа.According to the results of practical studies aimed at testing the method we developed for carrying out PCR-RFLP for genotyping cattle by the A and K alleles of the DGAT1 gene, we obtained the technical result provided by the claimed method, expressed in the effective identification of the desired genotypes (AA, KK, AK) in view of correct interpretation of the generated genotype-specific fragments (AA = 82/18 bp, KK = 100 bp and AK = 100/82/18 bp), where PCR-RFLP fragments with lengths of 100 bp and 82 bp are identification, and minor RFLP- 18 bp fragment - non-infor ativnost, because of its small size, it does not significantly reduce the accuracy of DNA analysis.
Источники информацииInformation sources
1. Komisarek, J.A relationship between DGAT1 K232A polymporphism and selected reproductive traits in Polish Holstein-Friesian cattle / J. Komisarek, A, Michalak // Animal Science Papers and Reports. - 2008. - V.26. - N.2. - P.89-95.1. Komisarek, J.A relationship between DGAT1 K232A polymporphism and selected reproductive traits in Polish Holstein-Friesian cattle / J. Komisarek, A, Michalak // Animal Science Papers and Reports. - 2008. - V.26. - N.2. - P.89-95.
Праймеры:Primers
Режим амплификацииAmplification Mode
×1:94°C - 4 мин× 1: 94 ° C - 4 min
×40:94°C - 10 сек, 72°C - 10 сек× 40: 94 ° C - 10 sec., 72 ° C - 10 sec.
×1:72°C - 5 мин× 1: 72 ° C - 5 min
ХРАНЕНИЕ +10°CSTORAGE + 10 ° C
ПЦР-продукт = 100 bpPCR product = 100 bp
Протокол ПДРФRFLP Protocol
Инкубация при 65°C в течение ночиIncubation at 65 ° C overnight
ПЦР-ПДФР-фрагменты:PCR-PDFR fragments:
Генотип AA=82/18 bpGenotype AA = 82/18 bp
Генотип KK=100 bpGenotype KK = 100 bp
Генотип AK=100/82/18 bpGenotype AK = 100/82/18 bp
Электрофорез в 3% агарозеElectrophoresis in 3% agarose
Краткое описание графических материаловA brief description of the graphic materials
Пояснение к фиг.1 - Фланкируемые участки праймеров, используемые для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям A и K гена DGAT1 предложенным способом проведения ПЦР-ПДРФ.Explanation of figure 1 - Flanked sections of the primers used for genotyping cattle by alleles A and K of the DGAT1 gene by the proposed method for PCR-RFLP.
Пояснение к фиг.2 - Электрофореграмма технического результата предложенного способа проведения ПЦР-ПДРФ для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям A и K гена DGAT1.Explanation of figure 2 - Electrophoregram of the technical result of the proposed method for PCR-RFLP for genotyping of cattle by alleles A and K of the gene DGAT1.
Обозначения:Designations:
M) ДНК-маркеры 100 bp+50 bp (СибЭнзим).M) DNA markers 100 bp + 50 bp (SibEnzyme).
1-4, 6, 8-11, 13, 15, 17-18) генотип АК гена DGAT1 кр.рог.ск.1-4, 6, 8-11, 13, 15, 17-18) AK genotype of the DGAT1 gene
5, 16) генотип AA гена DGAT1 кр.рог.ск.5, 16) AA genotype of the DGAT1 gene
7, 12. 14) генотип КК гена DGAT1 кр.рог.ск.7, 12. 14) KK genotype of the DGAT1 gene
Claims (1)
а на этапе ПДРФ применяется эндонуклеаза рестрикции - TaqI, с генерацией генотип-специфичных фрагментов: генотип AA=82/18 bp, генотип KK=100 bp и генотип AK=100/82/18 bp. The method of PCR-RFLP for genotyping of cattle by alleles A and K of the DGAT1 gene, characterized in that the primers are used at the PCR stage:
and at the RFLP stage, the restriction endonuclease TaqI is used, with the generation of genotype-specific fragments: genotype AA = 82/18 bp, genotype KK = 100 bp and genotype AK = 100/82/18 bp.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2013103980/10A RU2528743C1 (en) | 2013-01-29 | 2013-01-29 | Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2013103980/10A RU2528743C1 (en) | 2013-01-29 | 2013-01-29 | Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2013103980A RU2013103980A (en) | 2014-08-10 |
RU2528743C1 true RU2528743C1 (en) | 2014-09-20 |
Family
ID=51354860
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2013103980/10A RU2528743C1 (en) | 2013-01-29 | 2013-01-29 | Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2528743C1 (en) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2617935C1 (en) * | 2016-04-19 | 2017-04-28 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Воронежский государственный университет" (ФГБОУ ВО "ВГУ") | Bedbugs harmful bug (eurygaster integriceps puton, 1881) identification method based on gene restriction analysis of mitochondrial dna cytochrome oxidase |
RU2619167C1 (en) * | 2016-08-29 | 2017-05-12 | Рамиль Ришадович Вафин | Method for real-time pcr for cattle genotyping for dgat1 gene a and alleles |
RU2631933C1 (en) * | 2016-06-06 | 2017-09-28 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Воронежский государственный университет" (ФГБОУ ВО "ВГУ") | Method for differentiation of commercially important mites of amblyseius genus based on restrictive analysis |
RU2667124C2 (en) * | 2017-02-20 | 2018-09-14 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Брянский государственный аграрный университет" | Method of conducting of pcr-rflp analysis for genotyping of large cattle by rps3a gene |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2458145C1 (en) * | 2011-03-15 | 2012-08-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Курский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации" | METHOD OF GENOTYPING HUMAN PEROXIREDOXINE-1 rs17522918 GENE POLYMORPHISM |
-
2013
- 2013-01-29 RU RU2013103980/10A patent/RU2528743C1/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2458145C1 (en) * | 2011-03-15 | 2012-08-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Курский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации" | METHOD OF GENOTYPING HUMAN PEROXIREDOXINE-1 rs17522918 GENE POLYMORPHISM |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
KOMISAREK, J. A relationship between DGAT1 K232A polymporphism and selected reproductive traits in Polish Holstein-Friesian cattle, Animal Science Papers and Reports. - 2008. - V.26. - N.2. - P.89-95. * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2617935C1 (en) * | 2016-04-19 | 2017-04-28 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Воронежский государственный университет" (ФГБОУ ВО "ВГУ") | Bedbugs harmful bug (eurygaster integriceps puton, 1881) identification method based on gene restriction analysis of mitochondrial dna cytochrome oxidase |
RU2631933C1 (en) * | 2016-06-06 | 2017-09-28 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Воронежский государственный университет" (ФГБОУ ВО "ВГУ") | Method for differentiation of commercially important mites of amblyseius genus based on restrictive analysis |
RU2619167C1 (en) * | 2016-08-29 | 2017-05-12 | Рамиль Ришадович Вафин | Method for real-time pcr for cattle genotyping for dgat1 gene a and alleles |
RU2667124C2 (en) * | 2017-02-20 | 2018-09-14 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Брянский государственный аграрный университет" | Method of conducting of pcr-rflp analysis for genotyping of large cattle by rps3a gene |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2013103980A (en) | 2014-08-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Cafarchia et al. | An improved molecular diagnostic assay for canine and feline dermatophytosis | |
RU2528743C1 (en) | Method of carrying out pcr-rflp for genotyping cattle on alleles a and k of gene dgat1 | |
CN102154459B (en) | Inter-simple sequence repeat ISSR-SCAR marker specific to E-group chromosomes of agropyron elongatum | |
CN109852719B (en) | Molecular marker for detecting gibberellic disease resistant QTL Qfhb. hbaas-5AL and using method | |
WO2021096814A1 (en) | High-resolution spatial and quantitative dna assessment | |
Panelli et al. | Towards the analysis of the genomes of single cells: further characterisation of the multiple displacement amplification | |
CN101864476B (en) | Method for identifying coilia ectenes and coilia mystus by using PCR | |
CN103421797A (en) | Genetic marker for character of litter size of pig utilizing SLA-11 gene | |
RU2415948C1 (en) | METHOD OF SUBSPECIFIC DIFFERENTIATION OF Yersinia pestis STRAINS BY MULTILOCUS SEQUENCE TYPING | |
Barlaan et al. | Electronic microarray analysis of 16S rDNA amplicons for bacterial detection | |
Sprygin et al. | Genetic diversity of Mycoplasma gallisepticum field isolates using partial sequencing of the pvpA gene fragment in Russia | |
CN110452995A (en) | Influence GPR54 gene molecule marker and its application of Jiaxing Black Pig sow reproductive performance | |
Wang et al. | Haplotype analysis of TLR4 gene and its effects on milk somatic cell score in Chinese commercial cattle | |
RU2619167C1 (en) | Method for real-time pcr for cattle genotyping for dgat1 gene a and alleles | |
Kumar et al. | Polymorphism in DRB3 exon 2 by PCR-RFLP and its association with mastitis in Murrah buffaloes | |
RU2528748C1 (en) | METHOD OF CARRYING OUT PCR AND PCR-RFLP FOR IDENTIFICATION OF ALLELIC VERSIONS OF Waxy-GENES OF WHEAT | |
Pipalla et al. | PCR-SSCP typing of MHC in cattle and buffaloes | |
Han et al. | Development and characterization of microsatellite markers for the rubber tree powdery mildew pathogen Oidium heveae | |
RU2701648C2 (en) | Method for carrying out real time pcr for genotyping cattle on alleles a and b of the csn3 gene | |
RU2337141C2 (en) | Method of allel-specific pcr for cattle genetic typing by kappa-casein a and b gene allels | |
JP6856928B2 (en) | Method of selecting dogs using genotype and determining behavioral characteristics | |
Shahid et al. | Genetic determination of potential Trichoderma species using ISSR (Microsatellite) marker in Uttar Pradesh | |
RU2667124C2 (en) | Method of conducting of pcr-rflp analysis for genotyping of large cattle by rps3a gene | |
WO2023001235A1 (en) | Indel marker of pig growth rate-related gene rps27l and application thereof | |
RU2425891C1 (en) | Method of differentiation of strains of principal and nonprincipal causative plague agent and pseudotuberculosis agent by polymerase chain reaction |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20160130 |