RU2499832C2 - Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы - Google Patents
Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы Download PDFInfo
- Publication number
- RU2499832C2 RU2499832C2 RU2012106191/10A RU2012106191A RU2499832C2 RU 2499832 C2 RU2499832 C2 RU 2499832C2 RU 2012106191/10 A RU2012106191/10 A RU 2012106191/10A RU 2012106191 A RU2012106191 A RU 2012106191A RU 2499832 C2 RU2499832 C2 RU 2499832C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- inhibitor
- bis
- hexaoxa
- polymerase
- eicosa
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12N9/1247—DNA-directed RNA polymerase (2.7.7.6)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биохимии. Предложен способ ингибирования активности фермента РНК-полимеразы. Ингибирование осуществляют путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе по крайней мере одного соединения, содержащего органический макроциклический комплекс с инкапсулированным ионом переходного металла, выбранный из группы, включающей 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+); 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диметил-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) кобальт(2+); 1,8-бис(2-фенилбора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12,17,18-гекса(метилтио)-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) рутений(2+); 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-циклогександимеркаптилбицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+); 1,12-бис-(трет-бутилбора)-2,11,13,22,23,32-гексаокса-3,10,14,21,24,31-гексазапентацикло[11,11.11.04.9015,20025.30]дитри-аконта-3,9,14,20,24,30-гексаен(2-) железо(2+). Способ обеспечивает ингибирование активности РНК-полимеразы при микромолярной концентрации ингибитора, а также расширяет арсенал ингибиторов РНК-полимеразы. 22 пр.
Description
Изобретение относится к области биохимии и касается способа ингибирования активности фермента РНК-полимеразы, ответственного за проведение транскрипции дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), то есть за формирование в клетке живого организма макромолекул матричной рибонуклеиновой кислоты (РНК), комплементарной исходной ДНК. Данное изобретение может быть использовано, например, в молекулярной биологии, биохимии, фармакологии и т.д.
Известен способ ингибирования активности фермента РНК-полимеразы путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе функционализированного ароматического мета-диамина (Патент США № 6,194,399 B1, 2001, класс 514/155).
Известен способ ингибирования активности фермента РНК-полимеразы путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе производных (азидонафталин-1-сульфамидо)-гексопиранозил-6-трифосфата при облучении красным светом (Патент России №20036903, 1991, класс С07С 311/49).
Наиболее близким к заявляемому является известный способ ингибирования активности фермента РНК-полимеразы путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе соединения, содержащего органический макроциклический фрагмент (Патент США № 2009/0137467 А1, класс 514/12, 2009), - прототип. В данном способе в качестве ингибитора используют производное рифамицина.
Недостатком известного способа является его относительная сложность, обусловленная сравнительно низкой химической устойчивостью известного ингибитора в транскрипционной системе, что неизбежно вызывает определенные трудности при работе с этим ингибитором.
Технической задачей изобретения является расширение арсенала технических средств, которые могут быть использованы для ингибирования активности фермента РНК-полимеразы.
Указанный технический результат достигается тем, что в способе ингибирования активности фермента РНК-полимеразы путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе соединения, содержащего органический макроциклический фрагмент, в качестве ингибитора используют по крайней мере один макрополициклический комплекс с инкапсулированным ионом переходного металла.
Предлагаемый способ может быть использован для ингибирования любой РНК-полимеразы, присутствующей в клетках любых организмов, включая бактериофаги, бактерии, высшие организмы и т.д.
При реализации предлагаемого способа могут быть использованы различные транскрипционные системы, основными компонентами которых являются РНК-полимераза, матричная ДНК и рибонуклеозидтрифосфаты. Кроме того, транскрипционная система может включать спермидин, соль магния, соль натрия, буферную смесь и т.д.
В предлагаемом изобретении в качестве ингибитора используют по крайней мере один макрополициклический комплекс с инкапсулированным ионом переходного металла. В качестве таких соединений могут быть использованы, например, комплексы металлов с органическими лигандами, содержащие два и более макроциклических фрагмента. Такими лигандами могут быть, например, макрополициклические лиганды, образованные, например, сшивкой кислотами Льюиса оксимов и оксимгидразонов, их полиаминные аналоги и т.д. Если в качестве ингибитора вместо макрополициклических комплексов использовать макромоноциклические комплексы переходных металлов, например дифтороборосшитый бис-альфа-бензилдиоксимат железа(II), то предлагаемый способ становится неработоспособным. Предлагаемый способ также будет неработоспособным, если в качестве ингибитора вместо макрополициклического комплекса с инкапсулированным ионом переходного металла использовать немакроциклический комплекс иона такого металла.
В качестве инкапсулированных, т.е. включенных в трехмерную полость макрополициклического лиганда, ионов переходных металлов могут быть использованы, например, ионы железа(II), кобальта(I, II, III), рутения(II) и т.д. Вышеуказанные соединения описаны в научно-технической литературе (например, Я.З. Волошин, О.А. Варзацкий, Ю.Н. Бубнов. Клеточные комплексы переходных металлов в биохимии и медицине. Изв. АН. Сер. хим., 2007, 56, С.555-582, Y.Z. Voloshin, N.A. Kostromina, R. Krämer, Clathrochelates: synthesis, structure and properties, Elsevier, Amsterdam, 2002, 420 с.), однако использование этих соединений для ингибирования активности фермента РНК-полимеразы в литературе не описано.
В предлагаемом техническом решении ингибирование активности РНК-полимеразы доказывают традиционным методом, включающим инкубирование транскрипционной системы в присутствии ингибитора при 37°C в течение 1 часа (ч) с последующим разделением продуктов при помощи электрофореза в 1,2%-ном агарозном геле и определение количества синтезированной РНК по интенсивности свечения соответствующей полосы. Концентрацию ингибитора (IC50), приводящую к 50%-ной потере активности РНК-полимеразы, определяют путем анализа зависимости выхода синтезированной РНК от концентрации ингибитора по сравнению с контрольной реакцией, проводимой в отсутствие ингибитора. Для каждого ингибитора проводят несколько независимых экспериментов при каждой концентрации ингибитора.
Дополнительно в предлагаемом техническом решении ингибирование активности ферментов биосинтеза нуклеиновых кислот при блокировании интерфейса макромолекулярного комплекса фермент-матричная нуклеиновая кислота макрополициклическим соединением с инкапсулированным ионом переходного металла доказывают традиционным методом на примере РНК-полимеразы как модельного фермента, включающим предварительное инкубирование ингибитора с отдельными компонентами транскрипционной системы при 37°C в течение 15 минут, инкубирование транскрипционной системы в присутствии ингибитора при 37°C в течение 1 часа (ч) с последующим разделением продуктов при помощи электрофореза в 1,2%-ном агарозном геле и определение количества синтезированной РНК по интенсивности свечения соответствующей полосы. Концентрацию ингибитора (IC50), приводящую к 50%-ной потере активности РНК-полимеразы, определяют путем анализа зависимости выхода синтезированной РНК от концентрации ингибитора по сравнению с контрольной реакцией, проводимой в отсутствие ингибитора. Для каждого ингибитора проводят несколько независимых экспериментов при каждой концентрации ингибитора.
Ингибирование активности фермента РНК-полимеразы с помощью предлагаемого способа доказывают следующие примеры.
Пример 1
В 20 микролитрах (мкл) дистиллированной деионизированной воды готовят раствор, содержащий хлорид магния с концентрацией 6 ммоль/л (мМ), хлорид натрия с концентрацией 2 мМ, спермидин с концентрацией 2 мМ, дитиотреитол с концентрацией 2 мМ, каждый из четырех рибонуклеозидтрифосфатов с концентрацией 2 ммоль/л (мМ) и трис-HCl с концентрацией 40 мМ при значении pH 7,9. К полученному раствору прибавляют 0.5 микрограмма (мкг) матричной ДНК (линеаризованная плазмида pTZ19R), ингибитор рибонуклеазы RiboLock (10 единиц активности (ед. акт.)), РНК-полимеразу бактериофага Т7 (12 ед. акт.) и 0.5 мкл раствора ингибитора макробициклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+) в диметилсульфоксиде с финальной концентрацией ингибитора в реакционной смеси 1 микромоль/литр (мкМ) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 1 часа. Реакцию останавливают путем быстрого охлаждения до -20°C и продукты разделяют при помощи электрофореза в 1,2%-ном агарозном геле в трис-боратной буферной смеси (трис с концентрацией 8.9 мМ, борная кислота с концентрацией 8.9 мМ, динатриевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты с концентрацией 0.2 мМ) с добавленным 0.5 мкг/мл бромистого этидия, необходимого для окрашивания электрофореграммы. Полученную электрофореграмму фотографируют при облучении длинноволновым ультрафиолетом (365 нм) и полученные изображения анализируют стандартным способом. Дополнительно проводят 4 эксперимента при следущих концентрациях ингибитора: 5 мкМ, 10 мкМ, 20 мкМ и 30 мкМ с пятикратным повторением каждого эксперимента для повышения точности измерения. Значение IC50 определяют при помощи анализа зависимости процента синтезированной матричной РНК от концентрации ингибитора по сравнению с контрольной реакцией, проводимой в отсутствие ингибитора. Полученное значение IC50 составляет 2.5 мкМ, что свидетельствует о практически полном ингибировании фермента РНК-полимеразы при микромолярной концентрации ингибитора.
Пример 2
Опыт проводят аналогично описанному в Примере 1, однако вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli, а в качестве ингибитора используют макробициклический комплекс с инкапсулированным ионом кобальта(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диметил-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) кобальт(2+) (D.R. Boston and N.J. Rose, Encapsulation reactions. Synthesis and study of clathro chelates derived from dimethylglyoxime, cobalt, and Lewis acids, J. Am. Chem. Soc., 1973, 95, p.4163-4168). Полученное значение IC50 составляет 8,2 мкМ.
Пример 3
Опыт проводят аналогично описанному в Примере 1, однако вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus, а в качестве ингибитора используют макробициклический комплекс с инкапсулированным ионом рутения(II) 1,8-бис(2-фенилбора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12,17,18-гекса(метилтио)-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) рутений(2+) (Y.Z. Voloshin, О.А. Varzatskii, Т.Е. Kron, V.K. Belsky, V.E. Zavodnik, N.G. Strizhakova, V.A. Nadtochenko, V.A. Smirnov, Encapsulation of ruthenium(II) with macrobicyclic dioxime-functionalized ligands: on the way to new types of DNA-cleaving agents and probes, J. Chem. Soc, Dalton Trans., 2002, P.1203-1211). Полученное значение IC50 составляет 9,5 мкМ.
Пример 4
Опыт проводят аналогично описанному в Примере 1, однако в качестве ингибитора используют эквимолярную смесь ингибитора из Примера 1 и макротрициклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-циклогександимеркаптилбицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+) (Y.Z. Voloshin, О.А. Varzatskii, A.S. Belov, Z.A. Starikova, N.G. Strizhakova, A.V. Dolganov, D.I. Kochubey, Y.N. Bubnov, Synthesis, X-ray structure and redox properties of the macrobicyclic iron(II) N2- and S2-containing vic-dioximates, Inorg. Chim. Acta, 2010, 363, p.134-146). Полученное значение IC50 составляет 4,4 мкМ.
Пример 5
Опыт проводят аналогично описанному в Примере 1, однако в качестве ингибитора используют эквимолярную смесь ингибиторов из Примеров 1, 2 и макропентациклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,12-бис-(трет-бутилбора)-2,11,13,22,23,32-гексаокса-3,10,14,21,24,31-гексазапентацикло[11,11.11.04.9015,20025.30]дитри-аконта-3,9,14,20,24,30-гексаен(2-)железо(2+) (Я.З. Волошин, О.А. Варзацкий, З.А. Старикова, М.Ю. Антипин, А.Ю. Лебедев, А.С. Белов. Супрамолекулярная организация кристаллов аллилсульфидного клатрохелата: влияние природы сольватных молекул. Изв. АН. Сер. хим., 2004, 53, С.1439-1444). Полученное значение IC50 составляет 5,3 мкМ.
Пример 6
Опыт проводят аналогично Примеру 1, однако в качестве ингибитора используют упомянутый в примере 4 макротрициклический комплекс с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-циклогександимеркаптилбицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+), а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 5,9 мкМ.
Пример 7
Опыт проводят аналогично Примеру 1, однако в качестве ингибитора используют упомянутый в примере 5 макропентациклический комплекс с инкапсулированным ионом железа(II) 1,12-бис-(трет-бутилбора)-2,11,13,22,23,32-гексаокса-3,10,14,21,24,31-гексазапентацикло[11,11.11.04.9015,20025.30]дитри-аконта-3,9,14,20,24,30-гексаен(2-) железо(2+), а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 2,7 мкМ.
Возможность связывания макрополициклических комплексов с РНК-полимеразой доказывают следующие примеры.
Пример 8
В 20 микролитрах (мкл) дистиллированной деионизированной воды готовят раствор, содержащий хлорид магния с концентрацией 6 ммоль/л (мМ), хлорид натрия с концентрацией 2 мМ, спермидин с концентрацией 2 мМ, дитиотреитол с концентрацией 2 мМ, каждый из четырех рибонуклеозидтрифосфатов с концентрацией 2 ммоль/л (мМ) и трис-HCl с концентрацией 40 мМ при значении pH 7,9. К полученному раствору прибавляют 0.5 микрограмма (мкг) матричной ДНК (линеаризованная плазмида pTZ19R) и 0.5 мкл раствора ингибитора макробициклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+) в диметилсульфоксиде с финальной концентрацией ингибитора в реакционной смеси 1 микромоль/литр (мкМ) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 15 минут. Затем прибавляют ингибитор рибонуклеазы RiboLock (10 единиц активности (ед. акт.)) и РНК-полимеразу бактериофага Т7 (12 ед. акт.) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 1 часа. Затем опыт завершают аналогично описанному в Примере 1. Полученное значение IC50 составляет 10.2 мкМ, что свидетельствует о значительном снижении активности ингибитора при предварительной инкубации его с матричной ДНК за счет неспецифического связывания ингибитора с нетранскрибируемыми участками матричной ДНК.
Пример 9
В 20 микролитрах (мкл) дистиллированной деионизированной воды готовят раствор, содержащий хлорид магния с концентрацией 6 ммоль/л (мМ), хлорид натрия с концентрацией 2 мМ, спермидин с концентрацией 2 мМ, дитиотреитол с концентрацией 2 мМ, каждый из четырех рибонуклеозидтрифосфатов с концентрацией 2 ммоль/л (мМ) и трис-HCl с концентрацией 40 мМ при значении pH 7,9. К полученному раствору прибавляют РНК-полимеразу бактериофага Т7 (12 ед. акт.), ингибитор рибонуклеазы RiboLock (10 единиц активности (ед. акт.)) и 0.5 мкл раствора ингибитора макробициклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+) в диметилсульфоксиде с финальной концентрацией ингибитора в реакционной смеси 1 микромоль/литр (мкМ) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 15 минут. Затем прибавляют 0.5 микрограмма (мкг) матричной ДНК (линеаризованная плазмида pTZ19R) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 1 часа. Затем опыт завершают аналогично описанному в Примере 1. Полученное значение IC50 составляет 1.8 мкМ, что свидетельствует о значительном повышении активности ингибитора при предварительной инкубации его с РНК-полимеразой бактериофага Т7.
Пример 10
В 20 микролитрах (мкл) дистиллированной деионизированной воды готовят раствор, содержащий хлорид магния с концентрацией 6 ммоль/л (мМ), хлорид натрия с концентрацией 2 мМ, спермидин с концентрацией 2 мМ, дитиотреитол с концентрацией 2 мМ и трис-HCl с концентрацией 40 мМ при значении pH 7,9. К полученному раствору прибавляют РНК-полимеразу бактериофага Т7 (12 ед. акт.), ингибитор рибонуклеазы RiboLock (10 единиц активности (ед. акт.)), 0.5 микрограмма (мкг) матричной ДНК (линеаризованная плазмида pTZ19R) и 0.5 мкл раствора ингибитора макробициклического комплекса с инкапсулированным ионом железа(II) 1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+) в диметилсульфоксиде с финальной концентрацией ингибитора в реакционной смеси 1 микромоль/литр (мкМ) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 15 минут. Затем прибавляют каждый из четырех рибонуклеозидтрифосфатов с финальной концентрацией в реакционной смеси 2 ммоль/л (мМ) и полученную смесь затем инкубируют при 37°C в течение 1 часа. Затем опыт завершают аналогично описанному в Примере 1. Полученное значение IC50 составляет 1.4 мкМ, что свидетельствует о еще большем повышении активности ингибитора при предварительной инкубации его со смесью РНК-полимеразы бактериофага Т7 и матричной ДНК.
Пример 11
Опыт проводят аналогично Примеру 8, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 2, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 17,4 мкМ.
Пример 12
Опыт проводят аналогично Примеру 9, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 2, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 6,1 мкМ.
Пример 13
Опыт проводят аналогично Примеру 10, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 2, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 5,9 мкМ.
Пример 14
Опыт проводят аналогично Примеру 8, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 3, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S.aureus. Полученное значение IC50 составляет 11,2 мкМ.
Пример 15
Опыт проводят аналогично Примеру 9, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 3, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 8,1 мкМ.
Пример 16
Опыт проводят аналогично Примеру 10, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 3, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 8,0 мкМ.
Пример 17
Опыт проводят аналогично Примеру 8, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 6, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 9,4 мкМ.
Пример 18
Опыт проводят аналогично Примеру 9, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 6, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 5,2 мкМ.
Пример 19
Опыт проводят аналогично Примеру 10, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 6, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу Е.coli. Полученное значение IC50 составляет 5,2 мкМ.
Пример 20
Опыт проводят аналогично Примеру 8, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 7, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 4,9 мкМ.
Пример 21
Опыт проводят аналогично Примеру 9, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 7, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 2,1 мкМ.
Пример 22
Опыт проводят аналогично Примеру 10, однако в качестве ингибитора используют соединение из Примера 7, а вместо РНК-полимеразы бактериофага Т7 используют бактериальную полимеразу S. aureus. Полученное значение IC50 составляет 2,1 мкМ.
Таким образом, из приведенных примеров видно, что предложенный способ ингибирования фермента РНК-полимеразы действительно расширяет арсенал технических средств, которые могут быть использованы для ингибирования активности фермента РНК-полимеразы, и обеспечивает ингибирование фермента РНК-полимеразы даже при микромолярной концентрации ингибитора.
Claims (1)
- Способ ингибирования активности фермента РНК-полимеразы путем введения в транскрипционную систему ингибитора на основе соединения, содержащего органический макроциклический фрагмент, отличающийся тем, что в качестве ингибитора используют по крайней мере один макрополициклический комплекс с инкапсулированным ионом переходного металла, выбранный из группы, включающей
1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диамино-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+);
1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-диметил-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) кобальт(2+);
1,8-бис(2-фенилбора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12,17,18-гекса(метилтио)-бицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) рутений(2+);
1,8-бис(2-фторобора)-2,7,9,14,15,20-гексаокса-3,6,10,13,16,19-гексааза-4,5,11,12-тетрафенил-17,18-циклогександимеркаптилбицикло[6.6.6]эйкоза-3,5,10,12,16,18-гексаен(2-) железо(2+);
1,12-бис-(трет-бутилбора)-2,11,13,22,23,32-гексаокса-3,10,14,21,24,31-гексазапентацикло[11,11.11.04.9015,20025.30]дитри-аконта-3,9,14,20,24,30-гексаен(2-) железо(2+).
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2012106191/10A RU2499832C2 (ru) | 2012-02-22 | 2012-02-22 | Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы |
PCT/RU2012/001022 WO2013125980A1 (ru) | 2012-02-22 | 2012-12-05 | Способ ингибирования активности ферментов биосинтеза нуклеиновых кислот |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2012106191/10A RU2499832C2 (ru) | 2012-02-22 | 2012-02-22 | Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2012106191A RU2012106191A (ru) | 2013-08-27 |
RU2499832C2 true RU2499832C2 (ru) | 2013-11-27 |
Family
ID=49006037
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2012106191/10A RU2499832C2 (ru) | 2012-02-22 | 2012-02-22 | Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2499832C2 (ru) |
WO (1) | WO2013125980A1 (ru) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10089443B2 (en) | 2012-05-15 | 2018-10-02 | Baxter International Inc. | Home medical device systems and methods for therapy prescription and tracking, servicing and inventory |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090137467A1 (en) * | 2005-11-04 | 2009-05-28 | Ebright Richard H | Bipartite Inhibitors of Bacterial RNA Polymerase |
-
2012
- 2012-02-22 RU RU2012106191/10A patent/RU2499832C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2012-12-05 WO PCT/RU2012/001022 patent/WO2013125980A1/ru active Application Filing
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090137467A1 (en) * | 2005-11-04 | 2009-05-28 | Ebright Richard H | Bipartite Inhibitors of Bacterial RNA Polymerase |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
LIN et. al. Inhibition of Hepadnavirus Reverse Transcriptase-epsilon; RNA Interaction by Porphyrin Compounds// JOURNAL OF VIROLOGY, Mar. 2008, p.2305-2312. * |
VOLOSHIN et. al. Free-radical Reaction of the Iron(II) Dichloroclathrochelate with Tetrahydrofurane Radical Derivatives: Synthesis and Structure of the Monotetrahydrofuryl-Containing Cage Complex// Macroheterocycles 2012 5(1) 11-16. VOLOSHIN et. al. Encapsulation of ruthenium(II) with macrobicyclic dioxime-functionalized ligands: on the way to new types of DNA-cleaving agents and probes// J. Chem. Soc., Dalton Trans., 2002, p.1203-1211. ВОЛОШИН Я.З. и др. Гибридные производные кластеров бора и борсодержащих клатрохелатов переходных металлов как потенциальные топологические лекарства// XXV международная чугаевская конференция по координационной химии и II молодежная конференция-школа, Физико-химические методы в химии координационных соединений, Тезисы докладов, Суздаль, 6-11 июня 2011, с.19. * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2013125980A1 (ru) | 2013-08-29 |
RU2012106191A (ru) | 2013-08-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Aghajan et al. | Chemical genetics screen for enhancers of rapamycin identifies a specific inhibitor of an SCF family E3 ubiquitin ligase | |
Wei et al. | Characterization of the Nucleotide Binding Properties and ATPase Activity of Recombinant Hamster BiP Purified from Bacteria (∗) | |
Mazina et al. | Replication protein A binds RNA and promotes R-loop formation | |
D’yakonov et al. | Stereoselective synthesis of 11-phenylundeca-5Z, 9Z-dienoic acid and investigation of its human topoisomerase I and IIα inhibitory activity | |
Ting et al. | Isodiospyrin as a novel human DNA topoisomerase I inhibitor | |
Godbole et al. | Inhibition of Mycobacterium tuberculosis topoisomerase I by m-AMSA, a eukaryotic type II topoisomerase poison | |
Perlíková et al. | 7-(2-Thienyl)-7-deazaadenosine (AB61), a new potent nucleoside cytostatic with a complex mode of action | |
Reddy et al. | Design, synthesis, DNA-binding affinity, cytotoxicity, apoptosis, and cell cycle arrest of Ru (II) polypyridyl complexes | |
Wang et al. | Cytotoxicity, genotoxicity, oxidative stress, and apoptosis in HepG2 cells induced by the imidazole ionic liquid 1‐dodecyl‐3‐methylimidazolium chloride | |
CN110118761A (zh) | 一种信号增强型人血清atp荧光传感器 | |
Cheng et al. | Antifungal activity of MAF-1A peptide against Candida albicans | |
Zou et al. | 5-Formyluracil as a cornerstone for aluminum detection in vitro and in vivo: a more natural and sustainable strategy | |
Kusrini et al. | A novel antiamoebic agent against Acanthamoeba sp.—A causative agent for eye keratitis infection | |
Baijal et al. | The promises of lysine polyphosphorylation as a regulatory modification in mammals are tempered by conceptual and technical challenges | |
A D’yakonov et al. | 11-Phenylundeca-5Z, 9Z-dienoic acid: stereoselective synthesis and dual topoisomerase I/IIα inhibition | |
RU2499832C2 (ru) | Способ ингибирования активности фермента рнк-полимеразы | |
Rochford et al. | In-vivo evaluation of the response of Galleria mellonella larvae to novel copper (II) phenanthroline-phenazine complexes | |
Shire et al. | Molecular beacon probes for the detection of cisplatin-induced DNA damage | |
Danchin et al. | Affinity Labeling of the Adenosine 5′-Monophosphate Binding Site of Rabbit Muscle Glycogen Phosphorylase b with an Adenosine 5′-Monophosphate-Cobalt (III) Complex | |
Kwon et al. | Fluorescence spectroscopy studies of vaccinia type IB DNA topoisomerase: closing of the enzyme clamp is faster than DNA cleavage | |
Pawlowska et al. | The α-thio and/or β-γ-hypophosphate analogs of ATP as cofactors of T4 DNA ligase | |
Bilsland et al. | A novel pyrazolopyrimidine ligand of human PGK1 and stress sensor DJ1 modulates the shelterin complex and telomere length regulation | |
Kaya et al. | Optimizing protonation states for selective double-strand DNA photocleavage in hypoxic tumors: pH-gated transitions of lysine dipeptides | |
WO2020161501A1 (en) | Transcriptional inhibition assay | |
Meyn et al. | The biochemical effect of Ser167 phosphorylation on Chlamydomonas reinhardtii centrin |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20180223 |