RU2186388C2 - Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови - Google Patents

Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови Download PDF

Info

Publication number
RU2186388C2
RU2186388C2 RU2000118422A RU2000118422A RU2186388C2 RU 2186388 C2 RU2186388 C2 RU 2186388C2 RU 2000118422 A RU2000118422 A RU 2000118422A RU 2000118422 A RU2000118422 A RU 2000118422A RU 2186388 C2 RU2186388 C2 RU 2186388C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
virus
hepatitis
standard
blood serum
rna
Prior art date
Application number
RU2000118422A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2000118422A (ru
Inventor
О.А. Глинщикова
А.Б. Судариков
Original Assignee
Судариков Андрей Борисович
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Судариков Андрей Борисович filed Critical Судариков Андрей Борисович
Priority to RU2000118422A priority Critical patent/RU2186388C2/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2186388C2 publication Critical patent/RU2186388C2/ru
Publication of RU2000118422A publication Critical patent/RU2000118422A/ru

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Изобретение относится к медицине, а именно к методам определения количества вирусных геномов, присутствующих в образце крови. Разработан количественный стандарт для оценки количества геномов вируса гепатита С в образце сыворотки крови больных. Разработан способ количественной оценки РНК вируса гепатита С в сыворотке крови с использованием в качестве внутреннего стандарта ретровирусного вектора, содержащего модифицированную последовательность вируса гепатита С, используемую для амплификации в ПЦР, и селективный маркер. Предлагаемый ретровирусный стандарт получают из культуры пакующих клеток, просто собирая среду культивирования, в которой росли клетки. Технический результат: наличие в векторе гена устойчивости к пуромицину позволяет определять титр вирусных частиц стандарта в экспериментах по инфицированию клеточных культур. Получаемые вирусные частицы стандарта не патогенны для человека и животных. 1 ил.

Description

Изобретение относится к области медицины, а именно к методам определения количества вирусных геномов, присутствующих в образце крови. Нами разработан количественный стандарт для оценки количества геномов гепатита С в образце сыворотки крови больных.
Сегодня для количественной оценки содержания вирусных нуклеиновых кислот применяется конкурентный ПЦР с использованием стандарта. Внутренний стандарт ДНК или РНК амплидифицируется с теми же праймерами, что и ДНК- или РНК-мишень, но включает или делецию, или вставку, так что продукты, полученные при амплификации стандарта и мишени, отличаются. Изменяющиеся известные количества внутреннего стандарта добавляются к равным аликвотам образца, содержащим неизвестные количества мишени. Внутренний стандарт и мишень конкурируют в равной мере за связывание с праймерами и амплификацию в ПЦР. Эффективность аппликации в данном случае будет одинаковой для двух матриц. Равные количества продуктов будут амплифицированы в том случае, когда начальные концентрации матриц равны. Отношение наработанных в процессе ПЦР продуктов может быть определено экспериментально и эквивалентная точка может быть вычислена.
Самая удачная на наш взгляд модификация способа измерения количества вирусных нуклеиновых кислот с использованием в качестве внутреннего стандарта мутантных вирусов описана авторами Natarajan; Venkatachala, Germantown, MD Salzman; Norman P, Potomas, MD. Patent US 77661.
Способ, предложенный Natarajan; Venkatachala, Germantown, MD Salzman; Norman P, Potomas, MD.
Авторами предложен способ измерения вирусных нуклеиновых кислот в любом образце с использованием в качестве внутреннего контроля инфекционного мутантного вируса, который имеет последовательность-метку в районе генома, используемом для амплификации. Разведения этого вируса добавляются к равным аликвотам образца для измерения. Нуклеиновые кислоты выделяются, амплифицируются и определяются количественно. Этот способ позволяет избежать ошибок, возникающих при выделении нуклеиновых кислот.
В предлагаемом нами изобретении в отличие от прототипа внутренний стандарт сконструирован на основе ретровирусного вектора, в который клонирован модифицированный участок генома вируса гепатита С, используемый для амплификации, что дает нам следующие преимущества: наличие в векторе гена устойчивости к пуромицину позволяет определять титр вирусных частиц стандарта в экспериментах по инфицированию клеточных культур; препарат дефектного вируса, не способного к репликации, получают из культуры пакующих клеток, просто собирая среду культивирования, в которой росли клетки; получаемые вирусные частицы стандарта не патогенны для человека и животных.
Описание предлагаемого способа количественного определения РНК вируса гепатита С в сыворотках крови больных.
Конструирование внутреннего стандарта.
В ретровирусный вектор hBabe в сайт EcoRl вставлена последовательность, содержащая модифицированный фрагмент кДНК вируса гепатита С (1100 н.п.), используемый для амплификации в ПЦР с теми же праймерами, что и исходный фрагмент вируса гепатита С. Модифицированный фрагмент кДНК вируса гепатита С имеет вставку 628 н.п. в положении 340 н.р.(Крnl). Полученная конструкция (ДНК-матрица) была трансфектирована в мышиную пакующую линию PG 13 методом электропорации. Клеточная линия PG 13 культивировалась в среде DMEM с 10% FBS. После селекции на среде, содержащей 4 мкг/мл пуромицина, проводилось клонирование методом лимитирующих разведений и отобран клон. Культуральная сред этого клона, содержащая упакованную в вирусные частицы РНК-матрицу, была собрана, разлита по аликвотам, заморожена при -70oС и использовалась для проведения реакции обратной транскрипции и ПЦР.
Праймеры.
Для проведения обратной транскрипции и ПЦР использовали праймеры (2):
SU1 5'(GTG CTT GCG AGT GC 3'
ASU1 5'(AGG GGTR TCG ATG AC 3'
SU2 5'(GGA GGT CTC GTA GAC CGT G 3'
AS1b 5'(GAG CCA TCC TGC CCA CCC CA 3'
AS2a 5'CCA AGA GGG ACG GGA FCC TC 3'
AS1a 5'(GGG ATA GGC TGA CGT CTA CC 3'
AS3a 5'(ACC GTT CAG AAG TTT TAC GC 3'
(G/A)=R
Выделение РНК
Сыворотки крови, содержащей вирус гепатита С, хранятся при -70oС. Аликвоты (25 мкл) серийных разведений супернатанта были добавлены к 25 мкл сыворотки крови и лизированы 450 мкл раствора 5,5 М гуанидин изоциоцианат, 0,3 М натрий ацетат, об/об фенол, насыщенный 0,1 М Трис. РН 6,5Б транспортная РНК, 25 мкг/мл. РНК высаживалась добавлением равного объема изопропанола. После центрифугирования осадок отмывали 70% этанолом и растворяли в 25 мкл деионизованной воды.
Обратная транскрипция
Собирают рабочую смесь и инкубируют 1 час при 42oС.
5 мкл раствора РНК
5 мкл 5•RT буфер (250 mMTris, pH 8.3, 375 mM KCl, 15 mM MgCl2)
2,5 мкл 2 mM dNTR
2,5 мкл 1 мкМ праймер ASU1
2,5 мкл 50 mM DTT
5 ед. RNAsе ингибитор
10 ед. М-МLV обратная транскриптаза
деионизованная вода до 25 мкл.
ПЦР.
Готовят рабочую смесь для поставки двухэтапной полимеразной цепной реакции.
1 этап.
2,5 мкл 10•буфер (100 mMTris, pH 8.3, 50 mM KCl, 20 mM MgCl2, 40% формамид
2,5 мкл 2 mM dNTR
2,5 мкл 1 мкМ праймер SU1, ASU1
5 ед. TAQ полимераза
деионизованная вода до 25 мкл.
1 этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме:
94oС - 30 с
42oС - 60 с
72oС - 45 с
25 циклов
2 этап.
2,5 мкл 10•буфер (100 mMTris, pH 8.3, 50 mM KCl, 20 mM MgCl2, 40% формамид
2,5 мкл 2 mM dNTR
2,5 мкл 1 мкМ праймер SU2, AS1a, AS1b, AS2a, AS3a
5 ед. TAQ полимераза
деионизованная вода до 25 мкл.
2 этап реакции амплификации проводят в программируемом термостате при следующем температурном режиме:
94oС - 30 с
58oС - 60 с
72oС - 45 с
25 циклов
Анализ ПЦР-продуктов проводился с помощью электрофореза в агарозном геле, содержащем бромистый этидий.
Определение титра вирусных частиц.
К преимуществам предлагаемого внутреннего стандарта относится возможность оценки титра вирусных частиц в супернатанте по количеству колоний, выросших после инфицирования клеточной культуры на селективной среде, так как ретровирусный вектор рBabe обеспечивает трансформированным клеткам устойчивость к пуромицину.
Ретровирусный препарат получают из культуры пакующих клеток просто собирая среду культивирования, в которой росли клетки. Клеточные обломки удаляют центрифугированием. Инфицированные клетки высвобождают вирусные частицы наиболее активно в экспоненциальной фазе роста. Максимальное содержание вируса в среде достигается на стадии, непосредственно предшествующей формированию слитного монослоя. Когда монослой сформировался на 80-90%, клетки помещают в свежую среду и инкубируют еще 12-24 часа, после чего собирают вирус.
Инфицирование клеток-мишеней.
1. Клетки высеваются в количестве 400000 на : см-чашки за один день до инфицирования. Количество чашей определяется числом предполагаемых разведений вирусного препарата.
2. Из чашек удаляется культуральная среда и заливается 2 мл свежей среды, содержащей определенное количество вируса и 8 мкг/мл полибрена.
3. Чашка помещается в инкубатор на 2 часа.
4. Из чашек удаляется среда, содержащая полибрен, и наливается 5 мл свежей среды. Клетки оставляются при 37oС до рассева на 24 часа.
5. Клетки помещаются в среду, содержащую пуромицин.
6. После 7-10 дней селекции подсчитывают количество пуромицинустойчивых колоний, возникших в результате инфекции. Титр препарата определяют как количество колониеобразующих единиц в 1 мл вирусной суспензии.
Получаемый этим методом титр вирусных частиц в супернананте соответствовал 1000000/мл.
Пример определения количества РНК вируса гепатита С в сыворотке больного приведен на чертеже.
Продукты амплификации фрагмента РНК вируса гепатита С и внутреннего стандарта имеют размеры 315 н.п. и 943 н.п. соответственно. Дорожка 2: количества продуктов амплификации двух матриц равны (см. чертеж). Исходя из этого, количество РНК вируса гепатита С в сыворотке данного больного равно 20000 копий/мл.
Список литературы
1. Natarajan; Venkatachala, Germantown, MD Salzman, Norman P.Potomas, MD.
Internflly controlled virion nucleic acid amplification reaction for quantitation of virion nucleic acid. US Patent US 6077661 (2000).
2. Судариков А. Б. , Огрель О.Д., Способ выявления вируса гепатита С в сыворотке крови человека. Патент РФ 2150505 (2000).

Claims (1)

  1. Способ оценки количества РНК вируса гепатита С в сыворотке крови методом ПЦР с использованием внутреннего стандарта, отличающийся тем, что в качестве внутреннего стандарта использовали ретровирусные частицы, полученные на основе ретровирусного вектора рBabe, в сайт EcoRl которого вставили последовательность, содержащую модифицированный фрагмент кДНК вируса гепатита С (1100 н. п. ), имеющий вставку 628 н. п. в положении 340 н. п. (Крnl), после чего полученную ДНК-матрицу трансфектировали методом электропорации в мышиную пакующую линию PG13 и культивировали, затем в среде, содержащей пуромицин, отбирали клон, культивировали его, культуральную среду, содержащую РНК-матрицу, упакованную в вирусные частицы, собирали и использовали для вычисления титра вирусных частиц стандарта после инфицирования восприимчивых клеток-мишеней серийными разведениями вируса.
RU2000118422A 2000-07-13 2000-07-13 Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови RU2186388C2 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2000118422A RU2186388C2 (ru) 2000-07-13 2000-07-13 Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2000118422A RU2186388C2 (ru) 2000-07-13 2000-07-13 Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2186388C2 true RU2186388C2 (ru) 2002-07-27
RU2000118422A RU2000118422A (ru) 2003-07-27

Family

ID=20237688

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2000118422A RU2186388C2 (ru) 2000-07-13 2000-07-13 Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2186388C2 (ru)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2511029C2 (ru) * 2012-07-27 2014-04-10 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") РЕКОМБИНАНТНЫЙ ШТАММ Escherichia coli TG1(pRVMoscow3253G-L) ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НАБОРА ПЦР-СТАНДАРТОВ И НАБОР ПЦР-СТАНДАРТОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ КОНЦЕНТРАЦИИ ШТАММА ВИРУСА БЕШЕНСТВА "Москва 3253" В РАБИЧЕСКОМ АНТИГЕНЕ
US11385143B2 (en) 2015-08-10 2022-07-12 Essenlix Corporation Bio/chemical assay devices and methods for simplified steps, small samples, accelerated speed, and ease-of-use
US11543408B2 (en) 2015-09-14 2023-01-03 Essenlix Corporation Device and system for analyzing a sample, particularly blood, as well as methods of using the same
RU2810819C2 (ru) * 2015-09-14 2023-12-28 Эссенликс Корп. Устройство и система для анализа образца, в частности крови, а также способы их применения

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
WO1991014779A1 (fr) * 1990-03-28 1991-10-03 Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated Diagnostic du virus de l'hepatite
RU2130967C1 (ru) * 1997-10-07 1999-05-27 Научно-исследовательский институт вирусологии им.Д.И.Ивановского РАМН Штамм virus hepatitis c, д-1, для приготовления диагностических и профилактических препаратов
RU2134871C1 (ru) * 1998-12-01 1999-08-20 Федоров Николай Алексеевич Способ подготовки биологического материала для пцр генамплификационной диагностики
RU2150505C1 (ru) * 1998-04-16 2000-06-10 Гематологический научный центр РАМН Способ выявления вируса гепатита с в сыворотке крови человека
US6077661A (en) * 1994-06-10 2000-06-20 Georgetown University Internally controlled virion nucleic acid amplification reaction for quantitation of virion and virion nucleic acid

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683202B1 (ru) * 1985-03-28 1990-11-27 Cetus Corp
WO1991014779A1 (fr) * 1990-03-28 1991-10-03 Mitsui Toatsu Chemicals, Incorporated Diagnostic du virus de l'hepatite
US6077661A (en) * 1994-06-10 2000-06-20 Georgetown University Internally controlled virion nucleic acid amplification reaction for quantitation of virion and virion nucleic acid
RU2130967C1 (ru) * 1997-10-07 1999-05-27 Научно-исследовательский институт вирусологии им.Д.И.Ивановского РАМН Штамм virus hepatitis c, д-1, для приготовления диагностических и профилактических препаратов
RU2150505C1 (ru) * 1998-04-16 2000-06-10 Гематологический научный центр РАМН Способ выявления вируса гепатита с в сыворотке крови человека
RU2134871C1 (ru) * 1998-12-01 1999-08-20 Федоров Николай Алексеевич Способ подготовки биологического материала для пцр генамплификационной диагностики

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2511029C2 (ru) * 2012-07-27 2014-04-10 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") РЕКОМБИНАНТНЫЙ ШТАММ Escherichia coli TG1(pRVMoscow3253G-L) ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НАБОРА ПЦР-СТАНДАРТОВ И НАБОР ПЦР-СТАНДАРТОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ КОНЦЕНТРАЦИИ ШТАММА ВИРУСА БЕШЕНСТВА "Москва 3253" В РАБИЧЕСКОМ АНТИГЕНЕ
US11385143B2 (en) 2015-08-10 2022-07-12 Essenlix Corporation Bio/chemical assay devices and methods for simplified steps, small samples, accelerated speed, and ease-of-use
US12044603B2 (en) 2015-08-10 2024-07-23 Essenlix Corporation Rapid bio/chemical assay
US11543408B2 (en) 2015-09-14 2023-01-03 Essenlix Corporation Device and system for analyzing a sample, particularly blood, as well as methods of using the same
RU2810819C2 (ru) * 2015-09-14 2023-12-28 Эссенликс Корп. Устройство и система для анализа образца, в частности крови, а также способы их применения
US12276660B2 (en) 2015-09-14 2025-04-15 Essenlix Corporation Device and system for analyzing a sample, particularly blood, as well as methods of using the same

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sykes et al. Detection of feline calicivirus, feline herpesvirus 1 and Chlamydia psittaci mucosal swabs by multiplex RT-PCR/PCR
Steele et al. Reovirus 3 not detected by reverse transcriptase—mediated polymerase chain reaction analysis of preserved tissue from infants with cholestatic liver disease
KR100386738B1 (ko) 씨피45 에이치피아이브이-3 균주를 기재로 하는 생균 약독백신 및 상기 백신 내의 약독화를 확인하는 방법
Youil et al. Comparative study of influenza virus replication in Vero and MDCK cell lines
Brechtbuehl et al. A rapid real-time quantitative polymerase chain reaction for hepatitis B virus
Holland et al. Evolution of multiple genome mutations during long-term persistent infection by vesicular stomatitis virus
Secchiero et al. Quantitative PCR for human herpesviruses 6 and 7
RAMOS et al. Long-range RNA interactions between structural domains of the aphthovirus internal ribosome entry site (IRES)
Lee et al. Localisation of swine hepatitis E virus in experimentally infected pigs
Jonassen et al. Detection of all serotypes of human astrovirus by the polymerase chain reaction
CN108342362A (zh) 一种用于扩增重组犬腺病毒cav2的稳定细胞系mdck及其构建方法
Xu et al. Isolation and characterization of vaccine-derived polioviruses, relevance for the global polio eradication initiative
JP2000514666A (ja) Rnaおよびdnaの保存を目的とする培養ヒト細胞の凍結乾燥
US7582740B2 (en) Methods and kits for detecting SARS-associated coronavirus
CN114196786A (zh) 禽腺病毒4型、8型双重荧光定量pcr快速检测试剂盒及方法
RU2186388C2 (ru) Способ количественного определения рнк вируса гепатита с в сыворотке крови
Myers et al. An amino-terminal domain of the Sendai virus nucleocapsid protein is required for template function in viral RNA synthesis
CN112852745B (zh) Hdac3基因敲除的bhk-21细胞系及其构建方法和应用
CN113322282A (zh) 稳定表达NS1蛋白的犬肾细胞系MDCK-pCDH-NS1及其构建方法和应用
Xin-Qin et al. Expression of IFN-λ1 from Congjiang pigs and its effect on anti-PRRSV proliferation
JP5999817B2 (ja) 外因性の内部陽性対照
Ryazantsev et al. An efficient diagnostic method for the identification of potato viral pathogens
KR101540717B1 (ko) 에볼라 및 마버그 바이러스 검출용 프로브 및 프라이머 세트를 이용한 원 스텝 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 방법
ES2275699T3 (es) Produccion de un papilomavirus humano(hpv) quimerico.
CN115873988B (zh) 一种用于筛选无mcrv种蟹的荧光定量rt-pcr检测试剂盒及检测方法

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20100714