RU2021137156A - Происходящие из бактериофагов противомикробные полипептиды и их применение против грамотрицательных и кислотоустойчивых бактерий - Google Patents

Claims (40)

1. Фармацевтическая композиция, содержащая эффективное количество (i) выделенного пептида Chp, имеющего последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или (ii) модифицированного пептида Chp, последовательность аминокислот которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 81-91 и 94-102, причем указанный модифицированный пептид Chp ингибирует рост, сокращает популяцию или по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий или кислотоустойчивых бактерий и/или убивает их; и фармацевтически приемлемый носитель.

2. Фармацевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный пептид Chp имеет последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 94 и SEQ ID NO: 102, и содержит по меньшей мере одну не встречающуюся в природе модификацию.

3. Фармацевтическая композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная не встречающаяся в природе модификация выбрана из группы, состоящей из модификаций путем замены, модификаций путем N-концевого ацетилирования и модификаций путем C-концевого амидирования.

4. Фармацевтическая композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-86 или их активных фрагментов.

5. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81; SEQ ID NO: 87; SEQ ID NO: 88; SEQ ID NO: 89; SEQ ID NO: 91; SEQ ID NO: 97; SEQ ID NO: 100 и SEQ ID NO: 101 или их активных фрагментов.

6. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 1-5, которая представляет собой раствор, суспензию, эмульсию, порошок для ингаляций, аэрозоль или спрей.

7. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 1-6, дополнительно содержащая один или более антибиотиков, подходящих для лечения инфекции грамотрицательными бактериями или кислотоустойчивыми бактериями.

8. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует (i) пептид Chp, имеющий последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или (ii) модифицированный пептид Chp, последовательность которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 81-91 и 94-102, причем указанный модифицированный пептид Chp ингибирует рост, или сокращает популяцию, или по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий или кислотоустойчивых бактерий и/или убивает их.

9. Рекомбинантный вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует (i) пептид Chp, имеющий последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или (ii) модифицированный пептид Chp, последовательность аминокислот которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 81-91 и 94-102, причем указанный модифицированный пептид Chp ингибирует рост или сокращает популяцию или по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий или кислотоустойчивых бактерий и/или убивает их, причем указанная нуклеиновая кислота функционально связана с гетерологичным промотором.

10. Рекомбинантный вектор экспрессии по п. 9, отличающийся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-86 или их активных фрагментов.

11. Рекомбинантный вектор экспрессии по п. 9, отличающийся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81; SEQ ID NO: 87; SEQ ID NO: 88; SEQ ID NO: 89; SEQ ID NO: 91; SEQ ID NO: 97; SEQ ID NO: 100 и SEQ ID NO: 101 или их активных фрагментов.

12. Вектор по любому из пп. 8-11, отличающийся тем, что указанная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой последовательность кДНК.

13. Выделенная клетка-хозяин, содержащая вектор по любому из пп. 8-12.

14. Выделенная очищенная нуклеиновая кислота, кодирующая пептид Chp, содержащий последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или нуклеиновая кислота, содержащая последовательность, комплементарную указанной.

15. Выделенная очищенная нуклеиновая кислота по п. 14, отличающаяся тем, что указанный пептид Chp содержит последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 94 и SEQ ID NO: 102, и содержит по меньшей мере одну не встречающуюся в природе модификацию.

16. Выделенная очищенная нуклеиновая кислота по п. 15, отличающаяся тем, что указанная модификация выбрана из группы, состоящей из модификаций путем замены, модификаций путем N-концевого ацетилирования и модификаций путем C-концевого амидирования.

17. Выделенная очищенная ДНК, содержащая последовательность нуклеотидов, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 103-115 и 118-124.

18. Выделенная очищенная ДНК по п. 17, отличающаяся тем, что указанная последовательность нуклеотидов содержит по меньшей мере одну не встречающуюся в природе модификацию.

19. Выделенная очищенная ДНК по п. 17 или 18, отличающаяся тем, что не встречающаяся в природе модификация представляет собой мутацию или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую модификацию N-концевым ацетилированием или модификацию C-концевым амидированием.

20. Способ ингибирования роста, сокращения популяции или уничтожения по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий, указанный способ включает приведение в контакт указанных бактерий с композицией, содержащей эффективное количество (i) пептида Chp, содержащего последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или (ii) модифицированного пептида Chp, последовательность аминокислот которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 81-91 и 94-102, причем указанный пептид Chp или модифицированный пептид Chp обладает литической активностью в течение периода времени, достаточного для ингибирования указанного роста, сокращения указанной популяции или уничтожения указанного по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий.

21. Способ ингибирования роста, сокращения популяции или уничтожения по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий согласно п. 20, отличающийся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81-86 или их активных фрагментов.

22. Способ ингибирования роста, сокращения популяции или уничтожения по меньшей мере одного вида кислотоустойчивых бактерий, указанный способ включает приведение в контакт указанных бактерий с композицией, содержащей эффективное количество (i) пептида Chp, содержащего последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 2, 4, 6, 8-21, 23-26, 59-61, 63-65, 67, 81, 87-89, 91, 97 и 99-101, или их активных фрагментов, или (ii) модифицированного пептида Chp, последовательность аминокислот которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 1, 2, 4, 6, 8-21, 23-26, 59-61, 63-65, 67, 81, 87-89, 91, 97 и 99-101, причем указанный пептид Chp или модифицированный пептид Chp обладает литической активностью в течение периода времени, достаточного для ингибирования указанного роста, сокращения указанной популяции или уничтожения указанного по меньшей мере одного вида кислотоустойчивых бактерий.

23. Способ ингибирования роста, сокращения популяции или уничтожения по меньшей мере одного вида кислотоустойчивых бактерий по п. 22, отличающийся тем, что указанная последовательность аминокислот выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 81, 87, 88, 89, 91, 97, 100 и 101 или их активных фрагментов.

24. Способ предотвращения или лечения бактериальной инфекции, вызванной по меньшей мере одним видом грамотрицательных или кислотоустойчивых бактерий, включающий введение субъекту, у которого диагностирована бактериальная инфекция, есть риск ее развития или проявляются ее симптомы, фармацевтической композиции согласно любому из пп. 1-7.

25. Способ по любому из пп. 20, 21 или 24, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий выбран из группы, состоящей из Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Salmonella, Neisseria gonorrhoeae и Shigella.

26. Способ по любому из пп. 20, 21, 24 или 25, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий представляет собой Pseudomonas aeruginosa.

27. Способ по любому из пп. 20, 21 или 24-26, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий включает персистентные клетки.

28. Способ по любому из пп. 22-24, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид кислотоустойчивых бактерий выбран из группы, состоящей из Mycobactium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium scrofulaceum, Mycobacterium peregrinum, Mycobacterium marinum, Mycobacterium intracellular к Mycobacterium fortuitum.

29. Способ по любому из пп. 22-24 или 28, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид кислотоустойчивых бактерий представляет собой Mycobacterium tuberculosis.

30. Способ по любому из пп. 20-29, отличающийся тем, что указанная бактериальная инфекция представляет собой топическую или системную бактериальную инфекцию.

31. Способ по любому из пп. 24-30, дополнительно включающий введение указанному субъекту антибиотика, подходящего для лечения инфекции грамотрицательными или кислотоустойчивыми бактериями.

32. Способ по п. 31, отличающийся тем, что указанный антибиотик, подходящий для лечения инфекции грамотрицательными бактериями, выбран из одного или более из перечисленных: азитромицин, азтреонам, фосфомицин, цефтазидим, цефепим, цефоперазон, цефтобипрол, ципрофлоксацин, левофлоксацин, аминогликозиды, имипенем, меропенем, дорипенем, гентамицин, тобрамицин, амикацин, пиперациллин, тикарциллин, пенициллин, рифампицин, полимиксин В и колистин.

33. Способ по п. 31 или 32, отличающийся тем, что указанный антибиотик, подходящий для лечения инфекции грамотрицательными бактериями, выбран из одного или более из перечисленных: амикацин, азитромицин, азтреонам, ципрофлоксацин, колистин, фосфомицин, гентамицин, имипенем, пиперациллин, рифампицин и тобрамицин.

34. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный антибиотик, подходящий для лечения инфекции кислотоустойчивыми бактериями, выбран из одного или более из перечисленных: изониазид, рифампин, этамбутол и пиразинамид.

35. Способ по любому из пп. 30-33, отличающийся тем, что введение фармацевтической композиции по пп. 1-7 более эффективно ингибирует рост, сокращает популяцию или уничтожает грамотрицательные или кислотоустойчивые бактерии, чем введение антибиотика отдельно.

36. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что указанные грамотрицательные или кислотоустойчивые бактерии присутствуют в сыворотке крови и/или легочном сурфактанте человека.

37. Способ предотвращения образования, разрушения или устранения биопленки, содержащей по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий, указанный способ включает приведение биопленки в контакт с фармацевтической композицией, содержащей (i) выделенный пептид Chp, имеющий последовательность аминокислот, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO: 81-91 и 94-102 или их активных фрагментов, или (ii) модифицированный пептид Chp, последовательность аминокислот которого на 80% идентична по меньшей мере одной из последовательностей аминокислот SEQ ID NO: 81-91 и 94-102, причем указанный модифицированный пептид Chp ингибирует рост, сокращает популяцию по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий или убивает их, и при этом эффективно предотвращается образование указанной биопленки, она эффективно разрушается или устраняется.

38. Способ по п. 36, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий представляет собой Stenotrophomonas maltophilia.

39. Способ по п. 36 или 37, отличающийся тем, что указанный выделенный пептид Chp имеет последовательность аминокислот SEQ ID NO: 81 или ее активный фрагмент, или модифицированный пептид Chp, последовательность которого идентична на 80% последовательности аминокислот SEQ ID NO: 81, причем указанный модифицированный пептид Chp ингибирует рост, сокращает популяцию по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий или убивает их.

40. Способ по любому из пп. 20, 21, 24-26 или 29-38, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий устойчив к по меньшей мере одному антибиотику, подходящему для лечения инфекции грамотрицательными бактериями.