RU2021135215A - Активируемые белковые конструкции и их применение - Google Patents

Claims (97)

1. Белок, содержащий первый фрагмент, второй фрагмент и пептидный линкер между первым фрагментом и вторым фрагментом,

причем пептидный линкер содержит аминокислотную последовательность из шарнирной области иммуноглобулина человека или аминокислотную последовательность, имеющую от 1 до около 7 аминокислотных замен по сравнению с шарнирной областью иммуноглобулина человека;

при этом пептидный линкер расщепляется протеазой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани;

при этом второй фрагмент способен специфически связываться с молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани; и

при этом связывание второго фрагмента с молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани, уменьшается или ингибируется, когда пептидный линкер не расщеплен.

2. Белок по п. 1, в котором длина пептидного линкера составляет от около 5 до около 15 аминокислот.

3. Белок по п. 1 или 2, в котором пептидный линкер содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:69, SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:71, SEQ ID NO:72, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:83, SEQ ID NO:84, SEQ ID NO:85, SEQ ID NO:86 или SEQ ID NO:87.

4. Белок по любому из пп. 1-3, в котором протеаза представляет собой матриксную металлопротеазу человека (MMP), катепсин человека, энтерокиназу человека, тромбин человека, tPA человека, гранзим B человека, uPA человека или ADAMT-5 человека.

5. Белок по любому из пп. 1-4, в котором пептидный линкер содержит сайт расщепления MMP человека, сайт расщепления катепсина человека, энтерокиназы человека, тромбина человека, tPA человека, гранзима B человека, uPA человека или ADAMT-5 человека.

6. Белок по любому из пп. 1-5, в котором MMP человека представляет собой MMP-2, MMP-3, MMP-7, MMP-8, MMP-9, MMP-10, MMP-12, MMP-13 или MMP14.

7. Белок по любому из пп. 1-6, в котором уровень или активность MMP человека повышены в пораженной болезнью ткани по сравнению с уровнем или активностью MMP человека в не пораженной болезнью ткани.

8. Белок по любому из пп. 1-5, в котором катепсин человека представляет собой катепсин A, катепсин C, катепсин D, катепсин G, катепсин L или катепсин K.

9. Белок по любому из пп. 1-5 и 8, в котором уровень или активность катепсина человека повышены в пораженной болезнью ткани по сравнению с уровнем или активностью катепсина человека в не пораженной болезнью ткани.

10. Белок по любому из пп. 1-9, в котором первый фрагмент содержит антитело, антигенсвязывающую часть антитела или эктодомен рецептора.

11. Белок по п. 10, в котором первый фрагмент представляет собой Fab, одноцепочечный Fab, VH-домен, VL-домен, иммуноглобулиновый новый антигенный рецептор (IgNAR), одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv), диатело или домен Т-клеточного рецептора.

12. Белок по любому из пп. 1-11, в котором первый фрагмент специфически связывается с молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани.

13. Белок по любому из пп. 1-12, в котором первый фрагмент специфически связывается с первой молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани, а второй фрагмент способен специфически связываться со второй молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани, при этом первый молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, и вторая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, являются разными молекулами.

14. Белок по п. 13, в котором первая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, и вторая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, экспрессируются одной и той же клеткой.

15. Белок по п. 13, в котором первая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, и вторая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, экспрессируются разными клетками.

16. Белок по п. 13, в котором первая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, и/или вторая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, экспрессируются на поверхности клетки.

17. Белок по п. 13, в котором первая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, и/или вторая молекула, экспрессируемая в пораженной болезнью ткани, являются растворимыми молекулами.

18. Белок по любому из пп. 1-17, в котором первый фрагмент специфически связывается с EGFR человека, HER2 человека, HER3 человека, CD105 человека, C-KIT человека, PD1 человека, PD-L1 человека, PSMA человека, EpCAM человека, Trop2 человека, EphA2 человека, CD20 человека, BCMA человека, GITR человека, OX40 человека, CSF1R человека, Lag3 человека или cMET человека.

19. Белок по любому из пп. 1-17, в котором второй фрагмент специфически связывается с молекулой, экспрессируемой иммунной клеткой человека.

20. Белок по п. 19, в котором молекула, экспрессируемая иммунной клеткой человека, представляет собой CD3 человека, CD16A человека, CD16B человека, CD28 человека, CD89 человека, CTLA4 человека, NKG2D человека, SIRPα человека, SIRPγ человека, PD1 человека, Lag3 человека, 4-1BB человека, OX40 человека или GITR человека.

21. Белок по любому из пп. 1-20, в котором первый фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи (VH) и вариабельную область легкой цепи (VL).

22. Белок по любому из пп. 1-21, в котором первый фрагмент содержит константную область иммуноглобулина или часть константной области иммуноглобулина.

23. Белок по п. 22, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой IgG, IgE, IgM, IgD, IgA или IgY.

24. Белок по п. 22, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 или IgA2.

25. Белок по п. 22, в котором константная область иммуноглобулина является иммунологически инертной.

26. Белок по п. 22, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой константную область IgG4 человека дикого типа, константную область IgG4, содержащую аминокислотную замену S228P, константную область IgG1 человека дикого типа, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A и L235A, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A, L235A и G237A, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A, L235A, G237A и P331S или константную область IgG2 человека дикого типа.

27. Белок по любому из пп. 1-26, в котором второй фрагмент содержит антитело, антигенсвязывающую часть антитела или эктодомен рецептора.

28. Белок по п. 27, в котором второй фрагмент представляет собой Fab, одноцепочечный Fab, VH-домен, VL-домен, иммуноглобулиновый новый антигенный рецептор (IgNAR), одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или домен Т-клеточного рецептора.

29. Белок по любому из пп. 1-28, в котором второй фрагмент специфически связывается с CD47 человека.

30. Белок по любому из пп. 1-28, в котором второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека или PD-L1 человека.

31. Белок по любому из пп. 1-30, в котором второй фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи (VH) и вариабельную область легкой цепи (VL).

32. Белок по любому из пп. 1-31, в котором второй фрагмент содержит константную область иммуноглобулина или часть константной области иммуноглобулина.

33. Белок по п. 32, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой IgG, IgE, IgM, IgD, IgA или IgY.

34. Белок по п. 32, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 или IgA2.

35. Белок по п. 32, в котором константная область иммуноглобулина является иммунологически инертной.

36. Белок по п. 32, в котором константная область иммуноглобулина представляет собой константную область IgG4 человека дикого типа, константную область IgG4, содержащую аминокислотную замену S228P, константную область IgG1 человека дикого типа, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A и L235A, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A, L235A и G237A, константную область IgG1 человека, содержащую аминокислотные замены L234A, L235A, G237A и P331S или константную область IgG2 человека дикого типа.

37. Белок по п. 1, причем белок имеет иммунную эффекторную функцию или две, три или более иммунных эффекторных функций.

38. Белок по п. 37, в котором иммунная эффекторная функция представляет собой АЗКЦ, КЗЦ или АЗКФ.

39. Белок по любому из пп. 1-38, в котором первый фрагмент предотвращает или уменьшает специфическое связывание второго фрагмента с молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани.

40. Белок по любому из пп. 1-39, в котором пептидный линкер расщепляется вблизи пораженной болезнью ткани или внутри пораженной болезнью ткани.

41. Белок по любому из пп. 1-40, в котором пептидный линкер расщепляется вблизи пораженной болезнью ткани или внутри пораженной болезнью ткани, причем первый фрагмент диссоциирует от второго фрагмента вблизи пораженной болезнью ткани или внутри пораженной болезнью ткани, и при этом второй фрагмент специфически связывается с молекулой, экспрессируемой в пораженной болезнью ткани, вблизи пораженной болезнью ткани или внутри пораженной болезнью ткани.

42. Белок по любому из пп. 1-41, в котором пораженная болезнью ткань представляет собой опухоль или воспаленную ткань.

43. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с cMET человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD47 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 16, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 17.

44. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с HER2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 26, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 27.

45. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с HER2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD47 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 34, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 35.

46. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с cMET человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD47 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 36, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 37.

47. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с Her2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 38, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 39.

48. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с Her2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 40, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 41.

49. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с Her2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD47 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь и вторую полипептидную цепь, где:

(a) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 42, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 43; или

(b) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 45; или

(c) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 46, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 47; или

(d) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 48, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 49; или

(e) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 50, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 51; или

(f) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 53; или

(g) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 54, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 55; или

(h) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 88, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 89; или

(i) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 90, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 91; или

(j) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 92; или

(k) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 93; или

(l) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 94; или

(m) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 95; или

(n) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 96; или

(o) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 44, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 97.

50. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с Her2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 73, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 74.

51. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с cMET человека, причем второй фрагмент специфически связывается с cMET человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 75, и вторую полипептидную цепь, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 76.

52. Белок по п. 1, в котором первый фрагмент специфически связывается с Her2 человека, причем второй фрагмент специфически связывается с CD3 человека, и при этом белок содержит первую полипептидную цепь и вторую полипептидную цепь, где:

(a) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 98, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 99; или

(b) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 100, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 101; или

(c) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 102, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 103; или

(d) первая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 104, а вторая полипептидная цепь содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 105.

53. Иммуноконъюгат, содержащий белок по любому из пп. 1-52, связанный с терапевтическим агентом.

54. Иммуноконъюгат по п. 53, в котором терапевтический агент представляет собой цитотоксин, радиоизотоп, химиотерапевтический агент, иммуномодулирующий агент, антиангиогенный агент, антипролиферативный агент, проапоптотический агент, цитостатический фермент, цитолитический фермент, терапевтическую нуклеиновую кислоту, антиангиогенный агент, антипролиферативный агент или проапоптотический агент.

55. Фармацевтическая композиция, содержащая белок по любому из пп. 1-52 или иммуноконъюгат по п. 53 или 54, и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или эксципиент.

56. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая белок или часть белка по любому из пп. 1-52.

57. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая первую полипептидную цепь, вторую полипептидную цепь или как первую полипептидную цепь, так и вторую полипептидную цепь белка по любому из пп. 43-52.

58. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по п. 56 или 57.

59. Рекомбинантная клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по п. 56 или 57 или вектор по п. 58.

60. Способ получения белка, включающий:

культивирование рекомбинантной клетки-хозяина, содержащей вектор экспрессии по п. 58, в условиях, при которых происходит экспрессия молекулы нуклеиновой кислоты, в результате чего образуется белок; и

выделение белка из клетки хозяина или культуры.

61. Способ усиления противоракового иммунного ответа у субъекта, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества белка по любому из пп. 1-52, иммуноконъюгата по п. 53 или 54 или фармацевтической композиции по п. 55.

62. Способ лечения рака, аутоиммунного заболевания, воспалительного заболевания, сердечно-сосудистого заболевания или фиброзного заболевания у субъекта, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества белка по любому из пп. 1-52, иммуноконъюгата по п. 53 или 54, или фармацевтической композиции по п. 55.

63. Способ по п. 62, в котором рак представляет собой гастроинтестинальный стромальный рак (GIST), рак поджелудочной железы, рак кожи, меланому, рак молочной железы, рак легкого, рак бронхов, колоректальный рак, рак предстательной железы, рак желудка, рак яичников, рак мочевого пузыря, рак головного мозга или центральной нервной системы, рак периферической нервной системы, рак пищевода, рак шейки матки, рак матки или эндометрия, рак ротовой полости или глотки, рак печени, рак почек, рак яичек, рак желчных путей, рак тонкой кишки или аппендикса, рак слюнных желез, рак щитовидной железы, рак надпочечников, остеосаркому, хондросаркому или рак гематологических тканей.

64. Способ по п. 62, в котором аутоиммунное заболевание или воспалительное заболевание представляет собой артрит, астму, рассеянный склероз, псориаз, болезнь Крона, воспалительное заболевание кишечника, волчанку, болезнь Грейвса, тиреоидит Хашимото или анкилозирующий спондилит.

65. Способ по п. 62, в котором сердечно-сосудистое заболевание представляет собой ишемическую болезнь сердца, или атеросклероз, или инсульт.

66. Способ по п. 62, в котором фиброзное заболевание представляет собой инфаркт миокарда, стенокардию, остеоартрит, легочный фиброз, муковисцидоз, бронхит или астму.

67. Белок по любому из пп. 1-52, иммуноконъюгат по п. 53 или 54 или фармацевтическая композиция по п. 55 для применения в лечении рака, аутоиммунного заболевания, воспалительного заболевания, сердечно-сосудистого заболевания или фиброзного заболевания.

68. Белок или фармацевтическая композиция для применения по п. 67, причем рак представляет собой гастроинтестинальный стромальный рак (GIST), рак поджелудочной железы, рак кожи, меланому, рак молочной железы, рак легкого, рак бронхов, колоректальный рак, рак предстательной железы, рак желудка, рак яичников, рак мочевого пузыря, рак головного мозга или центральной нервной системы, рак периферической нервной системы, рак пищевода, рак шейки матки, рак матки или эндометрия, рак ротовой полости или глотки, рак печени, рак почек, рак яичек, рак желчных путей, рак тонкой кишки или аппендикса, рак слюнных желез, рак щитовидной железы, рак надпочечников, остеосаркому, хондросаркому или рак гематологических тканей.

69. Белок или фармацевтическая композиция для применения по п. 67, причем аутоиммунное заболевание или воспалительное заболевание представляет собой артрит, астму, рассеянный склероз, псориаз, болезнь Крона, воспалительное заболевание кишечника, волчанку, болезнь Грейвса, тиреоидит Хашимото или анкилозирующий спондилит.

70. Белок или фармацевтическая композиция для применения по п. 67, причем сердечно-сосудистое заболевание представляет собой ишемическую болезнь сердца, атеросклероз или инсульт.

71. Белок или фармацевтическая композиция для применения по п. 67, причем фиброзное заболевание представляет собой инфаркт миокарда, стенокардию, остеоартрит, легочный фиброз, муковисцидоз, бронхит или астму.

72. Белок по любому из пп. 1-52, иммуноконъюгат по п. 53 или 54 или фармацевтическая композиция по п. 55 для применения в качестве лекарственного средства.