RU2021117249A

RU2021117249A - Модулирующие полинуклеотиды

Info

Publication number: RU2021117249A
Application number: RU2021117249A
Authority: RU
Inventors: Цзиньчжао ХОУ; Матье Э. НОННЕНМАХЕР; Пэнчэн ЧЖОУ
Original assignee: Вояджер Терапьютикс, Инк.
Priority date: 2014-11-14
Filing date: 2021-06-15
Publication date: 2022-12-15

Claims

1. Модулирующий полинуклеотид, содержащий

(а) стебель и петлю, которые образуют структуру стебель-петля, причем последовательность указанной структуры стебель-петля содержит в направлении от 5’ к 3’:

5’-ветвь стебля, причем указанная 5’-ветвь стебля содержит сопровождающую цепь и 5’-спейсерную последовательность, причем указанная 5’-спейсерная последовательность расположена в 5’-направлении от указанной сопровождающей цепи;

петлевой участок длиной от 4 до 20 нуклеотидов;

3’-ветвь стебля, причем указанная 3’-ветвь стебля содержит направляющую цепь и 3’-спейсерную последовательность, причем указанная 3’-спейсерная последовательность расположена в 3’-направлении от указанной направляющей цепи;

(b) первую фланкирующую область, расположенную в 5’-направлении от указанной сопровождающей цепи, причем указанная первая фланкирующая область содержит указанную 5’-спейсерную последовательность и 5’-фланкирующую последовательность; и

(c) вторую фланкирующую область, расположенную в 3’-направлении от указанной направляющей цепи, причем указанная вторая фланкирующая область содержит указанную 3’-спейсерную последовательность и 3’-фланкирующую последовательность, и причем указанная вторая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность, которая имеет по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 10-14 и 810.

2. Модулирующий полинуклеотид, содержащий

5’-ветвь стебля, причем указанная 5’-ветвь стебля содержащит направляющую цепь и 5’-спейсерную последовательность, причем указанная 5’- спейсерная последовательность расположена в 5’-направлении от указанной направляющей цепи;

3’-ветвь стебля, причем указанная 3’-ветвь стебля содержит сопровождающую цепь и 3’-спейсерную последовательность, причем указанная 3’-спейсерная последовательность расположена в 3’-направлении от указанной сопровождающей цепи;

(b) первую фланкирующую область, расположенную в 5’-направлении от указанной направляющей цепи, причем указанная первая фланкирующая область содержит указанную 5’-спейсерную последовательность и 5’-фланкирующую последовательность; и

(c) вторую фланкирующую область, расположенную в 3’-направлении от указанной сопровождающей цепи, причем указанная вторая фланкирующая область содержит указанную 3’-спейсерную последовательность и 3’-фланкирующую последовательность, и причем указанная вторая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность, которая имеет по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 10-14 и 810.

3. Модулирующий полинуклеотид, содержащий

5’-ветвь стебля, причем указанная 5’-ветвь стебля содержит сопровождающую цепь и 5’-спейсерную последовательность, расположенную в 5’-направлении от указанной сопровождающей цепи;

3’-ветвь стебля, причем указанная 3’-ветвь стебля содержит направляющую цепь и 3’-спейсерную последовательность, расположенную в 3’-направлении от указанной направляющей цепи;

(b) первую фланкирующую область, расположенную в 5’-направлении от указанной сопровождающей цепи, причем указанная первая фланкирующая область содержит указанную 5’-спейсерную последовательность и 5’-фланкирующую последовательность, и причем указанная первая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 1-4; и

(c) вторую фланкирующую область, расположенную в 3’-направлении от указанной направляющей цепи, причем указанная вторая фланкирующая область содержит указанную 3’-спейсерную последовательность и 3’-фланкирующую последовательность.

4. Модулирующий полинуклеотид, содержащий

5’-ветвь стебля, причем указанная 5’-ветвь стебля содержит направляющую цепь и 5’-спейсерную последовательность, расположенную в 5’-направлении от указанной направляющей цепи;

3’-ветвь стебля, причем указанная 3’-ветвь стебля содержит сопровождающую цепь и 3’-спейсерную последовательность, расположенную в 3’-направлении от указанной сопровождающей цепи;

(b) первую фланкирующую область, расположенную в 5’-направлении от указанной направляющей цепи, причем указанная первая фланкирующая область содержит указанную 5’-спейсерную последовательность и 5’-фланкирующую последовательность, и причем указанная первая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность, которая имеет по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 1-4; и

(c) вторую фланкирующую область, расположенную в 3’-направлении от указанной сопровождающей цепи, причем указанная вторая фланкирующая область содержит указанную 3’-спейсерную последовательность и 3’-фланкирующую последовательность.

5. Модулирующий полинуклеотид, содержащий

(а) стебель и петлю для образования структуры стебель-петля, причем последовательность указанной структуры стебель-петля содержит в направлении от 5’ к 3’:

мотив UG у основания 5’ стебля структуры стебель-петля или рядом с ним;

5’-ветвь стебля, содержащую сопровождающую цепь и необязательную 5’-спейсерную область, причем указанная 5’- спейсерная область, если она присутствует, расположена между указанным мотивом UG и указанной сопровождающей цепью;

петлевой участок, содержащий мотив UGUG на 5’-конце указанного петлевого участка;

3’-ветвь стебля, содержащую направляющую цепь и необязательно 3’-спейсерную область, причем уридин присутствует на 5’- конце направляющей цепи, и причем указанная 3’-спейсерная область, если она, имеет длину, достаточную для образования одного витка спирали;

(b) первую фланкирующую область, расположенную в 5’-направлении от указанной структуры стебель-петля; и

(c) вторую фланкирующую область, расположенную в 3’-направлении от указанной структуры стебель-петля, причем указанная вторая область содержит мотив CNNC; и

причем модулирующий полинуклеотид включает один или более из следующих компонентов:

первую фланкирующую область, содержащую нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична любой последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-4;

петлевой участок, содержащий нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична любой последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 5-9; и/или

вторую фланкирующую область, содержащую нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична нуклеотидной последовательности любой из SEQ ID NO: 10-14 и 810.

6. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-2 или 5, в котором первая фланкирующая последовательность включает нуклеотидную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 1-4.

7. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 3-6, в котором вторая фланкирующая последовательность включает нуклеотидную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с нуклеотидной последовательностью любой из SEQ ID NO: 10-14 и 810.

8. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-7, причем модулирующий полинуклеотид представляет собой искусственную pri-микроРНК.

9. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-8, в котором первая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность любой из SEQ ID NO: 1-4 или нуклеотидную последовательность, идентичную ей по меньшей мере на 90%.

10. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-9, в котором вторая фланкирующая область содержит нуклеотидную последовательность любой из SEQ ID NO: 10-14 или 810 или нуклеотидную последовательность, идентичную ей по меньшей мере на 90%.

11. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-10, в котором петлевой участок содержит нуклеотидную последовательность, которая имеет по меньшей мере 85% идентичности с любой последовательностью, выбранной из SEQ ID NO: 5-9.

12. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-11, в котором петлевой участок содержит нуклеотидную последовательность любой из SEQ ID NO: 5-9 или нуклеотидную последовательность, идентичную ей по меньшей мере на 90%.

13. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-12, в котором направляющая цепь содержит затравочную последовательность микроРНК в положениях 2-7, 2-8 или 2-9.

14. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-4, в котором направляющая цепь имеет длину 15-30, 19-20, 21-22 нуклеотидов.

15. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-14, в котором направляющая цепь по меньшей мере на 70% комплементарна РНК-мишени.

16. Модулирующий полинуклеотид по п.15, где РНК-мишень представляет собой кодирующую мРНК млекопитающего в нервной клетке, ткани или органе.

17. Модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-16, в котором сопровождающая цепь имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов; в котором 5’-спейсерная последовательность имеет длину от 8 до 20 нуклеотидов; в котором направляющая цепь имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов; и/или в котором 3’-спейсерная последовательность имеет длину от 8 до 20 нуклеотидов.

18. Вирусный геном аденоассоциированного вируса (AAV), содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-4.

19. Вирусный геном AAV по п.18, в котором нуклеиновая кислота, кодирующая модулирующий полинуклеотид, расположена между двумя инвертированными концевыми повторами (ITR).

20. Вирусный геном AAV по п.18 или 19, который дополнительно включает:

промотор, функционально связанный с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей модулирующий полинуклеотид;

энхансер;

интронную область; и/или

поли A сигнальную область.

21. Вирусный геном AAV по п.20, в котором:

промотор включает промотор CBA или CMV;

энхансер включает энхансер CMV; и/или

интрон включает интрон SV40.

22. Рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV), содержащий вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21 и капсид AAV.

23. rAAV по п.22, в котором капсид AAV включает капсид AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV9.47, AAV9(hu14), AAV10, AAV11, AAV12, AAVrh8, AAVrh10 или AAV-DJ.

24. Вектор, содержащий модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-4 или вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21.

25. Клетка, содержащая модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-4, вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21, rAAV по п.22 или 23 или вектор по п.24.

26. Клетка по п.25, где клетка представляет собой клетку человека, клетку HEK293, клетку центральной нервной системы, двигательный нейрон или астроцит.

27. Фармацевтическая композиция, содержащая модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-17, вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21, rAAV по п.22 или 23 или вектор по п.24, и фармацевтически приемлемый эксципиент.

28. Композиция, содержащая модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-17, вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21, rAAV по п.22 или 23 или фармацевтическую композицию по п.27, для применения в лечение заболевания или расстройства центральной нервной системы у субъекта.

29. Применение композиции, содержащей модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-17, вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21, rAAV по п.22 или 23 или фармацевтическую композицию по п.27, в получении лекарственного средства для лечения заболевания или расстройства центральной нервной системы у субъекта.

30. Способ лечения заболевания или нарушения центральной нервной системы у субъекта, включающий введение субъекту композиции, содержащей модулирующий полинуклеотид по любому из пп. 1-17, вирусный геном AAV по любому из пп. 18-21, rAAV по п.22 или 23 или фармацевтическую композицию по п.27, с излечением, тем самым, заболевания или расстройства центральной нервной системы у субъекта.

31. Композиция для применения по п.28, применение по п.29 или способ по п.30, где композицию вводят:

в спинной мозг субъекта, необязательно где отдел спинного мозга включает поясничный отдел и/или шейный отдел;

внутривенно, внутрицистернальной инъекцией, внутрисосудисто и/или внутрижелудочково; и/или

по меньшей мере в 2, 3, 4 или 5 участков тела субъекта.

32. Композиция для применения по п.28 или 31, применение по п.29 или 31 или способ по пп. 30, 31, где композицию вводят в комбинации с дополнительным терапевтическим агентом, необязательно где дополнительный терапевтический агент улучшает биодоступность и/или распределение композиции.