RU2021117131A - Мультиплексирование с помощью sherlock, выявляющее с высокой точностью вирусные варианты - Google Patents
Мультиплексирование с помощью sherlock, выявляющее с высокой точностью вирусные варианты Download PDFInfo
- Publication number
- RU2021117131A RU2021117131A RU2021117131A RU2021117131A RU2021117131A RU 2021117131 A RU2021117131 A RU 2021117131A RU 2021117131 A RU2021117131 A RU 2021117131A RU 2021117131 A RU2021117131 A RU 2021117131A RU 2021117131 A RU2021117131 A RU 2021117131A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- target
- primers
- sequences
- probes
- guide rnas
- Prior art date
Links
- 230000003612 virological Effects 0.000 title claims 3
- 229920002391 Guide RNA Polymers 0.000 claims 6
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims 3
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 2
- 230000001717 pathogenic Effects 0.000 claims 2
- 244000052769 pathogens Species 0.000 claims 2
- 229920002287 Amplicon Polymers 0.000 claims 1
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 1
- 230000001809 detectable Effects 0.000 claims 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 1
- 241000894007 species Species 0.000 claims 1
- 244000052613 viral pathogens Species 0.000 claims 1
Claims (15)
1. Способ разработки зондов и праймеров к патогенам, включающий:
применение процесса решения проблемы покрытия набора к набору целевых геномных последовательностей для идентификации одной или более целевых последовательностей амплификации, причем одна или более целевых последовательностей амплификации являются высококонсервативными целевыми последовательностями, общими для набора исходных геномных последовательностей и целевого патогена; и
получение одного или более праймеров, одного или более зондов, или комбинации пары праймеров и зонда на основе одной или более целевых последовательностей амплификации.
2. Способ по п. 1, в котором набор исходных геномных последовательностей представляет геномные последовательности из набора из 10 или более вирусов.
3. Способ по п. 1, в котором набор праймеров идентифицируют по целевой температуре плавления от 58°С до 60°С.
4. Способ по п. 1, в котором идентифицируют предполагаемые ампликоны.
5. Способ по п. 3, в котором одну или более целевых последовательностей амплификации затем подвергают действию диагностического конструкторского руководства для получения одного или более праймеров, одного или более зондов, или комбинации пары праймеров и зонда.
6. Способ по п. 1, в котором набор исходных геномных последовательностей представляет геномные последовательности из двух или более вирусных патогенов.
7. Способ по п. 1, в котором полученные один или более праймеров, один или более зондов, или комбинация пары праймеров и зонда содержат последовательности для выявления пяти или более вирусов.
8. Способ выявления вируса в образце, включающий приведение в контакт образца с парой праймеров и зондом с выявляемой меткой, причем каждый один или более праймеров и/или зондов сконфигурированы на выявление вирусного вида или подвида.
9. Способ по п. 8, в котором один или более зондов содержат одну или более направляющих РНК, сконструированных для связывания с соответствующими целевыми молекулами.
10. Способ по п. 9, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для выявления однонуклеотидного полиморфизма в целевой РНК или ДНК, или сплайс-варианта РНК-транскрипта.
11. Способ по п. 8, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для связывания с одной или более целевыми молекулами, которые являются диагностическими в отношении болезненного состояния.
12. Способ по п. 8, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для различения между одним или более вирусными штаммами.
13. Способ по п. 12, в котором одна или более направляющих РНК включают в себя по меньшей мере 90 направляющих РНК.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62/767,076 | 2018-11-14 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2021117131A true RU2021117131A (ru) | 2022-12-15 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Whiley et al. | Sequence variation in primer targets affects the accuracy of viral quantitative PCR | |
| Kumar et al. | FnCas9-based CRISPR diagnostic for rapid and accurate detection of major SARS-CoV-2 variants on a paper strip | |
| Oloniniyi et al. | Rapid detection of all known ebolavirus species by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) | |
| JP2013055956A5 (ru) | ||
| JP2015156872A5 (ru) | ||
| JP2016073273A5 (ru) | ||
| RU2017101353A (ru) | Набор или устройство для обнаружения рака пищевода и способ обнаружения | |
| WO2016154337A3 (en) | Method for identification and enumeration of nucleic acid sequences | |
| Ogawa et al. | Detection of all known filovirus species by reverse transcription-polymerase chain reaction using a primer set specific for the viral nucleoprotein gene | |
| WO2015123430A3 (en) | Single molecule electronic multiplex snp assay and pcr analysis | |
| ATE546550T1 (de) | Verfahren zum nachweis von hpv sowie sonden, primer und kits | |
| Baek et al. | Simple, rapid and sensitive portable molecular diagnosis of SFTS virus using reverse transcriptional loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) | |
| JP2010501179A5 (ru) | ||
| Johnson et al. | Development of loop-mediated isothermal amplification and SYBR green real-time PCR methods for the detection of Citrus yellow mosaic badnavirus in citrus species | |
| Mohamed et al. | Development and evaluation of a broad reacting SYBR-green based quantitative real-time PCR for the detection of different hantaviruses | |
| JP2017521086A5 (ru) | ||
| JP2014083052A5 (ru) | ||
| RU2021117131A (ru) | Мультиплексирование с помощью sherlock, выявляющее с высокой точностью вирусные варианты | |
| EA202091646A1 (ru) | Платформа на основе самособирающегося диагностического массива | |
| Kim et al. | A CRISPR/Cas12 trans-cleavage reporter enabling label-free colorimetric detection of SARS-CoV-2 and its variants | |
| RU2013158142A (ru) | Диагностика вируса гепатита ttv | |
| DE602005015189D1 (de) | Verfahren zur in-vitro detektion und quantifizierung von hiv dna mittels quantitativer pcr | |
| Ma et al. | Recombinase polymerase amplification assay for sensitive and rapid detection of southern rice black-streaked dwarf virus in plants | |
| CY1113242T1 (el) | Μεθοδος και μεσα για ανιχνευση ανθρωπινων ιων θηλωματος | |
| KR101493903B1 (ko) | 샬롯노란줄무늬 바이러스 검출용 프라이머 세트 및 이의 용도 |