RU2021105208A - Новые ферменты и системы crispr - Google Patents

Новые ферменты и системы crispr Download PDF

Info

Publication number
RU2021105208A
RU2021105208A RU2021105208A RU2021105208A RU2021105208A RU 2021105208 A RU2021105208 A RU 2021105208A RU 2021105208 A RU2021105208 A RU 2021105208A RU 2021105208 A RU2021105208 A RU 2021105208A RU 2021105208 A RU2021105208 A RU 2021105208A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
amino acid
cas protein
pbcas13b
engineered crispr
cas13b
Prior art date
Application number
RU2021105208A
Other languages
English (en)
Inventor
Фенг ЧЖАНГ
Иэн СЛЕЙМЕЙКЕР
Соумя КАННАН
Джонатан ГУТЕНБЕРГ
Омар АБУДАЙЙЕХ
Original Assignee
Зе Броад Институт, Инк.
Массачусеттс Институт Оф Технолоджи
Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Зе Броад Институт, Инк., Массачусеттс Институт Оф Технолоджи, Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж filed Critical Зе Броад Институт, Инк.
Publication of RU2021105208A publication Critical patent/RU2021105208A/ru

Links

Claims (429)

1. Сконструированная аденозиндезаминаза, предусматривающая одну или более мутаций, причем сконструированная аденозиндезаминаза обладает цитидиндезаминазной активностью, причем указанный белок аденозиндезаминаза или его каталитический домен предусматривают одну или более из следующих мутаций: E488Q, V351G, S486A, T375S, S370C, Р462А, N5971, L332I, I398V, K350I, M383L, D619G, S582T, V440I, S495N, K418E, S661T в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующие мутации в гомологичном белке ADAR.
2. Сконструированная аденозиндезаминаза, предусматривающая одну или более мутаций, причем сконструированная аденозиндезаминаза обладает цитидиндезаминазной активностью.
3. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где сконструированная аденозиндезаминаза обладает аденозиндезаминазной активностью.
4. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где сконструированная аденозиндезаминаза является частью слитого белка.
5. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где слитый белок содержит функциональный домен.
6. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где функциональный домен способен направлять сконструированную аденозиндезаминазу для связывания с нуклеиновой кислотой-мишенью.
7. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где функциональный домен представляет собой белок CRISPR-Cas по любому из пп. 50-55.
8. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где белок CRISPR-Cas представляет собой белок CRISPR-Cas в «мертвой» форме или белок никазу CRISPR-Cas.
9. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где одна или более мутаций предусматривают: E488Q, V351G, S486A, T375S, S370C, Р462А, N5971, L332I, I398V, K350I, M383L, D619G, S582T, V440I, S495N, K418E, S66IT в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующие мутации в гомологичном белке ADAR.
10. Сконструированная аденозиндезаминаза по п. 2, где одна или более мутаций предусматривают: E488Q, V351G, S486A, T375S, S370C, Р462А, N5971, L332I, I398V, K350I, M383L, D619G, S582T, V440I, S495N, K418E и S661T в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующие мутации в гомологичном белке ADAR.
11. Полинуклеотид, кодирующий сконструированную аденозиндезаминазу по любому из предыдущих пунктов или ее каталитический домен.
12. Вектор, содержащий полинуклеотид по п. 11.
13. Фармацевтическая композиция, содержащая сконструированную аденозиндезаминазу по любому из пп. 1-10 или ее каталитический домен, составленная для доставки с помощью липосом, наночастиц, экзосом, микровезикул, наноконструкций нуклеиновых кислот, генной пушки или имплантируемого устройства.
14. Сконструированная клетка, экспрессирующая сконструированную аденозиндезаминазу по любому из пп. 1-10 или ее каталитический домен.
15. Сконструированная клетка по п. 14, где клетка транзиентно экспрессирует сконструированную аденозиндезаминазу или ее каталитический домен.
16. Сконструированная клетка по п. 15, где клетка нетранзиентно экспрессирует сконструированную аденозиндезаминазу или ее каталитический домен.
17. Сконструированная не встречающаяся в природе система для модификации нуклеотидов в нуклеиновой кислоте-мишени, предусматривающая
a) «мертвый» белок CRISPR-Cas или белок никазу CRISPR-Cas или нуклеотидную последовательность, кодирующую указанные «мертвый» белок Cas или белок никазу Cas;
b) направляющую молекулу, содержащую направляющую последовательность, которая гибридизируется с последовательностью-мишенью и сконструирована с возможностью образования комплекса с «мертвым» белком CRISPR-Cas или белком никазой CRISPR-Cas; и
с) белок дезаминазу нуклеотидов или его каталитический домен или нуклеотидную последовательность, кодирующую указанные белок дезаминаза нуклеотидов или его каталитический домен, причем указанные белок дезаминаза нуклеотидов или его каталитический домен ковалентно или нековалентно соединены с указанными «мертвым» белком CRISPR-Cas или белком никазой CRISPR-Cas, или указанная направляющая молекула приспособлена для их соединения после доставки.
18. Система по п. 17, где указанные белок аденозиндезаминаза или его каталитический домен предусматривают одну или более из следующих мутаций: E488Q, V351G, S486A, T375S, S370C, Р462А, N5971, L332I, I398V, K350I, M383L, D619G, S582T, V440I, S495N, K418E, S661T в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующие мутации в гомологичном белке ADAR.
19. Система по п. 17, где указанные белок аденозиндезаминаза или его каталитический домен предусматривают мутации: E488Q, V351G, S486A, T375S, S370C, Р462А, N5971, L332I, I398V, K350I, M383L, D619G, S582T, V440I, S495N, K418E и S661T в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующие мутации в гомологичном белке ADAR.
20. Система по п. 17, где белок CRISPR-Cas представляет собой Cas9, Cas12, Cas13, Cas14, CasX или CasY.
21. Система по п. 17, где белок CRISPR-Cas представляет собой Cas13b.
22. Система по п. 17, где белок CRISPR-Cas представляет собой Cas13b-t1, Cas13b-t2 или Cas13b-t3.
23. Система по п. 17, где CRISPR-Cas представляет собой сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 50-367.
24. Способ модификации нуклеотида в нуклеиновой кислоте-мишени, предусматривающий:
доставку к указанной нуклеиновой кислоте-мишени сконструированной аденозиндезаминазы по любому из пп. 1-10 или системы по любому из пп. 17-23, причем дезаминаза дезаминирует нуклеотид в одном или более локусах-мишенях на нуклеиновой кислоте-мишени.
25. Способ по п. 24, в котором указанные белок дезаминаза нуклеотидов или его каталитический домен были модифицированы для повышения активности в отношении гетеродуплекса ДНК-РНК.
26. Способ по п. 24, в котором указанные белок дезаминаза нуклеотидов или его каталитический домен были модифицированы для снижения нецелевых эффектов.
27. Способ по п. 24, в котором нуклеиновая кислота-мишень находится в клетке.
28. Способ по п. 24, в котором указанная клетка представляет собой эукариотическую клетку.
29. Способ по п. 24, в котором указанная клетка представляет собой клетку отличного от человека животного.
30. Способ по п. 24, в котором указанная клетка представляет собой клетку человека.
31. Способ по п. 24, в котором указанная клетка представляет собой клетку растения.
32. Способ по п. 24, в котором указанная нуклеиновая кислота-мишень находится в организме животного.
33. Способ по п. 24, в котором указанная нуклеиновая кислота-мишень находится в растении.
34. Способ по п. 24, в котором указанная нуклеиновая кислота-мишень содержится в молекуле ДНК in vitro.
35. Способ по п. 24, в котором сконструированную аденозиндезаминазу или один или более компонентов системы доставляют в клетку в виде рибонуклеопротеинового комплекса.
36. Способ по п. 24, в котором сконструированную аденозиндезаминазу или один или более компонентов системы доставляют посредством одной или более частиц, одной или более везикул или одного или более вирусных векторов.
37. Способ по п. 24, в котором указанные одна или более частиц предусматривают липид, сахар, металл или белок.
38. Способ по п. 24, в котором указанные одна или более частиц предусматривают липидные наночастицы.
39. Способ по п. 24, в котором указанные одна или более везикул предусматривают экзосомы или липосомы.
40. Способ по п. 24, в котором указанные один или более вирусных векторов предусматривают один или более векторов на основе аденовируса, один или более векторов на основе лентивируса или один или более векторов на основе аденоассоциированного вируса.
41. Способ по п. 24, где указанный способ обеспечивает модификацию клетки, клеточной линии или организма с помощью манипуляций в отношении одной или более последовательностей-мишеней в представляющих интерес геномных локусах.
42. Способ по п. 24, в котором указанное дезаминирование указанного нуклеотида в указанном представляющем интерес локусе-мишени обеспечивает излечение заболевания, обусловленного точечной мутацией G→А или С→Т или патогенным SNP.
43. Способ по п. 24, в котором указанное заболевание выбрано из рака, гемофилии, бета-талассемии, синдрома Марфана и синдрома Вискотта-Олдрича.
44. Способ по п. 24, в котором указанное дезаминирование указанного нуклеотида в указанном представляющем интерес локусе-мишени обеспечивает излечение заболевания, обусловленного точечной мутацией Т→С или A→G или патогенным SNP.
45. Способ по п. 24, в котором указанное дезаминирование указанного нуклеотида в указанном представляющем интерес локусе-мишени обеспечивает инактивацию гена-мишени в указанном локусе-мишени.
46. Способ по п. 24, в котором сконструированную аденозиндезаминазу или один или более компонентов системы доставляют с помощью липосом, наночастиц, экзосом, микровезикул, наноконструкций нуклеиновых кислот, генной пушки, имплантируемого устройства или системы векторов по п. 302.
47. Способ по п. 24, в котором модификация нуклеотида обеспечивает модификацию продукта гена, кодируемого в локусе-мишени, или экспрессии продукта гена.
48. Сконструированная аденозиндезаминаза по любому из пп. 1-10 или система по любому из пп. 17-23, где белок аденозиндезаминаза или его каталитический домен предусматривают мутацию по S375 в соответствии с положениями в аминокислотной последовательности hADAR2-D и соответствующую мутацию в гомологичном белке ADAR.
49. Сконструированная аденозиндезаминаза или система по п. 48, где мутация по S375 представляет собой S375N.
50. Сконструированный белок CRISPR-Cas, содержащий один или более HEPN-доменов и дополнительно содержащий одну или более модифицированных аминокислот, причем аминокислоты:
a. взаимодействуют с направляющей РНК, которая образует комплекс со сконструированным белком CRISPR-Cas;
b. находятся в активном сайте HEPN, междоменном линкерном домене, домене-крышке, спиральном домене 1, спиральном домене 2 или мостиковом спиральном домене сконструированного белка CRISPR-Cas; или
c. предусматривают комбинацию указанного.
51. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где HEPN-домен содержит мотив RxxxxH.
52. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 51, где мотив RxxxxH содержит последовательность R{N/H/K}X1X2X3H.
53. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 52, где:
X1 представляет собой R, S, D, Е, Q, N, G или Y,
Х2 представляет собой независимо I, S, Т, V или L и
Х3 представляет собой независимо L, F, N, Y, V, I, S, D, Е или А.
54. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где белок CRISPR-Cas представляет собой белок CRISPR-Cas VI типа.
55. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 54, где белок CRISPR-Cas VI типа представляет собой Cas13.
56. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где белок CRISPR-Cas VI типа представляет собой Cas13a, Cas13b, Cas13c или Cas13d.
57. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Т405, Н407, K457, Н500, K570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K183, K193, R600, K607, К612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836, R838, R618, D434, K431, R53, K943, R1041, Y164, R285, R287, K292, Е296, N297, Q646, N647, R402, K393, N653, N652, R482, N480, D396, Е397, D398, Е399, K294, Е400, R56, N157, Н161, Н452, N455, K484, N486, G566, Н567, А656, V795, А796, W842, K871, Е873, R874, R1068, N1069 или Н1073.
58. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Н407, K457, Н500, K570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K183, K193, R600, K607, K612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836, R838, R618, D434, K431, R53, K943, R1041, Y164, R285, R287, K292, Е296, N297, Q646, N647, R402, K393, N653, N652, R482, N480, D396, Е397, D398, Е399, K294, Е400, R56, N157, Н161, Н452, N455, K484, N486, G566, Н567, W842, K871, Е873, R874, R1068, N1069 или Н1073.
59. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Т405, Н407, K457, Н500, K570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K183, K193, R600, K607, K612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836, R838, R618, D434, K431, R53, K943, R1041, Y164, R285, R287, К292, Е296, N297, Q646, N647, R402, K393, N653, N652, R482, N480, D396, Е397, D398, Е399, K294 или Е400.
60. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K393, R402, N482, Т405, Н407, S658, N653, А656, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, R56, N157, Н161, R1068, N1069 или Н1073.
61. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K393, R402, N482, Н407, S658, N653, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, R56, N157, Н161, R1068, N1069 или Н1073.
62. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: W842, K846, K870, Е873 или R877.
63. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 PbCas13b: W842, K846, K870, Е873 или R877.
64. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 PbCas13b: W842, K846, K870, Е873 или R877.
65. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в мостиковом спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в мостиковом спиральном домене PbCas13b: W842, K846, K870, Е873 или R877.
66. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K393, R402, N480, N482, N652 или N653.
67. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K393, R402, N480 или N482.
68. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: K393, R402, N480 или N482.
69. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: N652 или N653.
70. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 PbCas13b: N652 или N653.
71. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Т405, Н407, S658, N653, А656, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457 или K741.
72. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н407, S658, N653, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457 или K741.
73. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, S757, N756 или K741.
74. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, S757, N756 или K741.
75. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, S757 или N756.
76. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 PbCas13b: Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, S757 или N756.
77. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н567, Н500, R762, V795, А796, R791, G566, S757 или N756.
78. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 PbCas13b: Н567, Н500, R762, V795, А796, R791, G566, S757 или N756.
79. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846 или R874.
80. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в мостиковом спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в мостиковом спиральном домене PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846 или R874.
81. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н567, Н500 или G566.
82. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-2 PbCas13b: Н567, Н500 или G566.
83. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, S757 или N756.
84. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, S757 или N756.
85. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: R762, V795, А796, R791, S757 или N756.
86. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 PbCas13b: R762, V795, А796, R791, S757 или N756.
87. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, K590, R638 или K741.
88. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, K590, R638 или K741.
89. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Т405, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
90. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: Т405, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
91. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, K655, N652, Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, S757, N756 или K741.
92. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене PbCas13b: S658, N653, K655, N652, Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, S757, N756mmK741.
93. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b:
Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, S757 или N756.
94. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 PbCas13b: Н567, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, S757 или N756.
95. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н567, Н500, R762, R791, G566, S757 или N756.
96. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 PbCas13b: Н567, Н500, R762, R791, G566, S757 или N756.
97. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, S757 или N756.
98. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 PbCas13b: K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, S757 или N756.
99. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: R762, R791, S757 или N756.
100. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 PbCas13b: R762, R791, S757 или N756.
101. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, K655, N652, K590, R638 или K741.
102. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 PbCas13b: S658, N653, K655, N652, K590, R638 или K741.
103. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
104. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
105. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: R56, N157, Н161, R1068, N1069 или Н1073.
106. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене PbCas13b: R56, N157, Н161, R1068, N1069 или Н1073.
107. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: R56, N157 или H161.
108. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 PbCas13b: R56, N157 или Н161.
109. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: R1068, N1069 или Н1073.
110. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 PbCas13b: R1068, N1069 или Н1073.
111. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K393, R402, N482, Т405, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
112. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: K393, R402, N482, Т405, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
113. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b:K393, R402, N482, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
114. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: K393, R402, N482, Н407, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
115. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Т405, Н407, S658, N653, А656, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, K393, R402 или N482.
116. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: Н407, S658, N653, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, K393, R402 или N482.
117. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457 или K741.
118. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457 или K741.
119. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
120. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
121. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: K393, R402, N482, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
122. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке PbCas13b: K393, R402, N482, N486, K484, N480, Н452, N455 или K457.
123. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, А656, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, V795, А796, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, K393, R402 или N482.
124. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам PbCas13b: S658, N653, K655, N652, Н567, N455, Н500, K871, K857, K870, W842, Е873, R877, K846, R874, R762, R791, G566, K590, R638, Н452, S757, N756, N486, K484, N480, K457, K741, K393, R402 или N482.
125. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K943 или R1041.
126. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53 или Y164.
127. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943 или R1041.
128. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K943 или R1041.
129. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53 или Y164.
130. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943 или R1041.
131. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, K943, R1041, R56, N157, H161, R1068, N1069 или H1073.
132. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, R56, N157 или Н161.
133. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943, R1041, R1068, N1069 или Н1073.
134. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, K943, R1041, R56, N157, H161, R1068, N1069 или H1073.
135. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, R56, N157 или H161.
136. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943, R1041, R1068, N1069 илиН1073.
137. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, K943 или R1041.
138. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K183 или K193.
139. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943 или R1041.
140. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, K943 или R1041.
141. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K183 или K193.
142. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943 или R1041.
143. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, K943, R1041, R56, N157, Н161, R1068, N1069 или Н1073.
144. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, R56, N157 или Н161.
145. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943, R1041, R1068, N1069 или Н1073.
146. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, K943, R1041, R56, N157, H161, R1068, N1069 или H1073.
147. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, Y164, K183, K193, R56, N157 или Н161.
148. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K943, R1041, R1068, N1069 или Н1073.
149. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K183 или K193.
150. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K183 или K193.
151. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K943 или R1041.
152. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, Y164, K943 или R1041.
153. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53, K943 или R1041; предпочтительно R53A, R53K, R53D или R53E; K943A, K943R, K943D или K943E; или R1041A, R1041K, R1041D или R1041E.
154. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, K943 или R1041; предпочтительно R53A, R53K, R53D или R53E; К943А, K943R, K943D или K943Е; или R1041A, R1041K, R1041D или R1041E.
155. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Y164 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b), предпочтительно Y164A, Y164F или Y164W.
156. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Y164 HEPN-домена 1 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b), предпочтительно Y164A, Y164F или Y164W.
157. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Т405, Н407, K457, D434, К431, R402, K393, R482, N480, D396, Е397, D398 или Е399.
158. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): T405, H407, K457, D434, K431, R402, K393, R482, N480, D396, E397, D398 или E399.
159. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н407 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b), предпочтительно H407Y, H407W или H407F.
160. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R402, K393, R482, N480, D396, Е397, D398 или Е399.
161. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R402, K393, R482, N480, D396, E397, D398 или E399.
162. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K457, D434 или K431.
163. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K457, D434 или K431.
164. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Н500, К570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, К744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, R600, K607, К612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K826, R838, R618, Q646, N647, N653 или N652.
165. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): H500, K570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, R600, K607, K612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836, R838, R618, Q646, N647, N653 или N652.
166. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Н500, K570, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
167. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): H500, K570, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
168. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Н500, K570, N756, S757, R762 или R791.
169. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): H500, K570, N756, S757, R762 или R791.
170. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
171. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в мостиковом спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в мостиковом спиральном домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
172. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Н500 или К570.
173. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): H500 или K570.
174. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
175. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
176. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): N756, S757, R762 или R791.
177. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N756, S757, R762 или R791.
178. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870 или R877.
179. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870 или R877.
180. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K826 или R838.
181. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 1-3 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 1-3 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K836 или R838.
182. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, R600, K607, K612, R614, K617, R618, Q646, N647, N653 или N652.
183. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, R600, K607, K612, R614, K617, R618, Q646, N647, N653 или N652.
184. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): Q646 или N647.
185. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): Q646 или N647.
186. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): N653 или N652.
187. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N653 или N652.
188. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741 или K744.
189. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741 или K744.
190. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R600, K607, K612, R614, K617 или R618.
191. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R600, K607, K612, R614, K617 или R618.
192. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R285, R287, K292, Е296, N297 или K294.
193. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в IDL-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в IDL-домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R285, R287, K292, Е296, N297 или K294.
194. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R285, K292, Е296 или N297.
195. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в IDL-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в IDL-домене Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R285, K292, Е296 или N297.
196. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Т405, Н500, K570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, K744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870, R877, K183, K193, R600, K607, K612, R614, K617, K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K826, R838, R618, D434, K431, R285, R287, K292, Е296, N297, Q646, N647 или K294.
197. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R402, K393, N653, N652, R482, N480, D396, E397, D398 или E399.
198. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R53, K655, R762 или R1041; предпочтительно R53A или R53D; K655А; R762A; или R1041E или R1041D.
199. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N297, E296, K292 или R285; предпочтительно N297A, Е296А, К292А или R285A.
200. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в IDL-домене (в области центрального канала) одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в IDL-домене (в области центрального канала) Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): N297, Е296, K292 или R285; предпочтительно N297A, Е296А, К292А или R285A.
201. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): Q831, K836, R838, N652, N653, R830, K655 или R762; предпочтительно Q831A, K826A, R838A, N652A, N653A, R830A, K655A или R762A.
202. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N652, N653, R830, K655 или R762; предпочтительно N652A, N653A, R830A, K655A или R762A.
203. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K655 или R762; предпочтительно K655А или R762A.
204. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): Q831, K836, R838, N652, N653, R830, K655 или R762; предпочтительно Q831A, K826A, R838A, N652A, N653A, R830A, K655A или R762A.
205. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): N652, N653, R830, K655 или R762; предпочтительно N652A, N653A, R830A, K655A или R762A.
206. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в спиральном домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в спиральном домене 2 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K655 или R762; предпочтительно K655A или R762A.
207. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R614, K607, K193, K183 или R600; предпочтительно R614A, K607A, K193A, K183A или R600A.
208. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в транс-субъединичной петле спирального домена 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в транс-субъединичной петле спирального домена 2 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Q646 или N647; предпочтительно Q646A или N647A.
209. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53 или R1041; предпочтительно R53A или R53D, или R1041E или R1041D.
210. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): R53 или R1041; предпочтительно R53A или R53D, или RICHIE или R1041D.
211. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K457, D397, E398, D399, E400, T405, H407 или D434; предпочтительно D397A, Е398А, D399A, Е400А, Т405А, Н407А, H407W, H407Y, H407F или D434A.
212. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в домене-крышке одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в домене-крышке Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): K457, D397, E398, D399, E400, T405, H407 или D434; предпочтительно D397A, Е398А, D399A, Е400А, Т405А, Н407А, H407W, H407Y, H407F или D434A.
213. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где аминокислоты соответствуют следующим аминокислотам Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b): аминокислоты 46-57, 73-79, 152-164, 1036-1046 и 1064-1074.
214. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R156, N157, Н161, R1068, N1069 и Н1073.
215. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): R285, R287, K292, K294, Е296 и N297.
216. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): K826, K828, K829, R824, R830, Q831, K835, K826 и R838.
217. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b): Т405, Н407, K457, Н500, К570, K590, N634, R638, N652, N653, K655, S658, K741, К744, N756, S757, R762, R791, K846, K857, K870 и R877.
218. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Т405 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
219. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н407 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
220. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K457 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
221. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н500 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
222. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте К570 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
223. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K590 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
224. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N634 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
225. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R638 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
226. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N652 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
227. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N653 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
228. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K655 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
229. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте S658 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
230. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K741 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
231. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте К744 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
232. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N756 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
233. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте S757 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
234. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R762 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
235. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R791 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
236. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K846 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
237. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K857 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
238. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K870 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
239. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R877 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
240. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте К183 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
241. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K193 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
242. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R600 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
243. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K607 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
244. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K612 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
245. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R614 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
246. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K617 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
247. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K826 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
248. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K828 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
249. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K829 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
250. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R824 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
251. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R830 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
252. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Q831 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
253. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K835 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
254. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K826 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
255. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R838 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
256. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R618 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
257. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте D434 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
258. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K431 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
259. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R53 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b).
260. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K943 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
261. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R1041 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
262. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Y164 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
263. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R285 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
264. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R287 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
265. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K292 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
266. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Е296 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
267. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N297 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
268. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Q646 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
269. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N647 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
270. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R402 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
271. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K393 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
272. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N653 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
273. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N652 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
274. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R482 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
275. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N480 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
276. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте D396 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
277. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Е397 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
278. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте D398 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
279. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Е399 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
280. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K294 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
281. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Е400 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
282. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R56 Cas13b Prevotellabuccae (PbCas13b).
283. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N157 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
284. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н161 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
285. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н452 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
286. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N455 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
287. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K484 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
288. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N486 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
289. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте G566 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
290. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н567 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
291. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте А656 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
292. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте V795 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
293. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте А796 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
294. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте W842 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
295. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте K871 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
296. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Е873 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
297. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R874 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
298. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте R1068 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
299. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте N1069 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
300. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н1073 Cas13b Prevotella buccae (PbCas13b).
301. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13a Leptotrichia shahii (LshCas13a): R597, N598, Н602, R1278, N1279 или Н1283.
302. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13a Leptotrichia shahii (LshCas13a): R597, N598, Н602, R1278, N1279 или Н1283.
303. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Casl3a Leptotrichia shahii (LshCasl3a): R597, N598, H602, R1278, N1279 или H1283.
304. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas 13а Leptotrichia shahii (LshCas13a): R597, N598 или Н602.
305. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13a Leptotrichia shahii (LshCas13a): R597, N598 или H602.
306. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas 13а Leptotrichia shahii (LshCas13a): R1278, N1279 или Н1283.
307. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13a Leptotrichia shahii (LshCas13a): R1278, N1279 или H1283.
308. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R146, H151, R1116 или H1121.
309. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R146, H151, R1116 или H1121.
310. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R146, H151, R1116 или H1121.
311. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R146 или H151.
312. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 1 Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R146 или H151.
313. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R1116 или H1121.
314. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене 2 Cas13b Porphyromonas gulae (PguCas13b): R1116 или H1121.
315. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b): H133 или H1058.
316. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b): H133 или H1058.
317. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене одну или более мутаций по аминокислоте, соответствующей следующим аминокислотам в HEPN-домене Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b): H133 или H1058.
318. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н133 Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b).
319. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 1 мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н133 в HEPN-домене 1 Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b).
320. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте Н1058 Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b).
321. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, предусматривающий в HEPN-домене 2 мутацию по аминокислоте, соответствующей аминокислоте HI058 в HEPN-домене 2 Cas13b Prevotella sp.Р5-125 (PspCas13b).
322. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на А, Р или V, предпочтительно А.
323. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на гидрофобную аминокислоту.
324. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на ароматическую аминокислоту.
325. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на заряженную аминокислоту.
326. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на положительно заряженную аминокислоту.
327. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на отрицательно заряженную аминокислоту.
328. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на полярную аминокислоту.
329. Сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 57-321, где указанная аминокислота подвергнута мутации с заменой на алифатическую аминокислоту.
330. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где указанный белок Cas 13 происходит из вида рода, или его источником является вид рода Alistipes, Anaerosalibacter, Bacteroides, Bacteroidetes, Bergeyella, Blautia, Butyrivibrio, Capnocytophaga, Camobacterium, Chloroflexus, Chryseobacterium, Clostridium, Demequina, Eubacteriaceae, Eubacterium, Flavobacterium, Fusobacterium, Herbinix, Insolitispirillum, Lachnospiraceae, Leptotrichia, Listeria, Myroides, Paludibacter, Phaeodactylibacter, Porphyromonadaceae, Porphyromonas, Prevotella, Pseudobutyrivibrio, Psychroflexus, Reichenbachiella, Rhodobacter, Riemerella, Sinomicrobium, Thalassospira, Ruminococcus; предпочтительно Leptotrichia shahii, Listeria seeligeri, бактерия семейства Lachnospiraceae (как, например, Lb MA2020, Lb NK4A179, Lb NK4A144), Clostridium aminophilum (как, например, Ca DSM 10710), Camobacterium gallinarum (как, например, Cg DSM 4847), Paludibacter propionicigenes (как, например, Pp WB4), Listeria weihenstephanensis (как, например, Lw FSL R9-0317), бактерия семейства Listeriaceae (как, например, Lb FSL M6-0635), Leptotrichia wadei (как, например, Lw F0279), Rhodobacter capsulatus (как, например, Rc SB 1003, Rc R121, Rc DE442), Leptotrichia buccalis (как, например, Lb C-1013-b), Herbinix hemicellulosilytica, бактерия семейства Eubacteriaceae (как, например, Eb CHKCI004), Blautia. sp Marseille-P2398, Leptotrichia sp.oral taxon 879 str. F0557, Chloroflexus aggregans, Demequina aurantiaca, Thalassospira sp.TSL5-1, Pseudobutyrivibrio sp.OR37, Butyrivibrio sp.YAB3001, Leptotrichia sp.Marseille-P3007, Bacteroides ihuae, бактерия семейства Porphyromonadaceae (как, например, Pb KH3CP3RA), Listeria riparia, Insolitispirillum peregrinum, Alistipes sp.ZOR0009, Bacteroides pyogenes (как, например, Bp F0041), бактерия типа Bacteroidetes (как, например, Bb GWA2319), Bergeyella zoohelcum (как, например, Bz АТСС 43767), Capnocytophaga canimorsus, Capnocytophaga cynodegmi, Chryseobacterium carnipullorum, Chryseobacterium jejuense, Chryseobacterium ureilyticum, Flavobacterium branchiophilum, Flavobacterium columnare, Flavobacterium sp.316, Myroides odoratimimus (как, например, Mo CCUG 10230, Mo CCUG 12901, Mo CCUG 3837), Paludibacter propionicigenes, Phaeodactylibacter xiamenensis, Porphyromonas gingivalis (как, например, Pg F0185, Pg F0568, Pg JCVI SC001, Pg W4087, Porphyromonas gulae, Porphyromonas sp.COT-052 OH4946, Prevotella aurantiaca, Prevotella buccae (как, например, Pb АТСС 33574), Prevotella falsenii, Prevotella intermedia (как, например, Pi 17, Pi ZT), Prevotella pallens (как, например, Pp АТСС 700821), Prevotella pleuritidis, Prevotella saccharolytica (как, например, Ps F0055), Prevotella sp.MA2016, Prevotella sp.MSX73, Prevotella sp.P4-76, Prevotella sp.P5-119, Prevotella sp.P5-125, Prevotella sp.P5-60, Psychroflexus torquis, Reichenbachiella agariperforans, Riemerella anatipestifer, Sinomicrobium oceani, Fusobacterium necrophorum (как, например, Fn subsp.funduliforme ATCC 51357, Fn DJ-2, Fn BFTR-1, Fn subsp.Funduliforme), Fusobacterium perfoetens (как, например, Fp АТСС 29250), Fusobacterium ulcerans (как, например, Fu АТСС 49185), Anaerosalibacter sp.ND1, Eubacterium siraeum, Ruminococcus flavefaciens (как, например, Rfx XPD3002) или Ruminococcus albus.
331. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где указанный белок Cas 13 представляет собой белок Cas13a.
332. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 331, где указанный белок Cas 13а происходит из вида рода, или его источником является вид рода Bacteroides, Blautia, Butyrivibrio, Camobacterium, Chloroflexus, Clostridium, Demequina, Eubacterium, Herbinix, Insolitispirillum, Lachnospiraceae, Leptotrichia, Listeria, Paludibacter, Porphyromonadaceae, Pseudobutyrivibrio, Rhodobacter или Thalassospira; предпочтительно Leptotrichia shahii, Listeria seeligeri, бактерия семейства Lachnospiraceae (как, например, Lb MA2020, Lb NK4A179, Lb NK4A144), Clostridium aminophilum (как, например, Ca DSM 10710), Camobacterium gallinarum (как, например, Cg DSM 4847), Paludibacter propionicigenes (как, например, Pp WB4), Listeria weihenstephanensis (как, например, Lw FSL R9-0317), бактерия семейства Listeriaceae (как, например, Lb FSL M6-0635), Leptotrichia wadei (как, например, Lw F0279), Rhodobacter capsulatus (как, например, Rc SB 1003, Rc R121, Rc DE442), Leptotrichia buccalis (как, например, Lb C-1013-b), Herbinix hemicellulosilytica, бактерия семейства Eubacteriaceae (как, например, Eb CHKCI004), Blautia. sp Marseille-P2398, Leptotrichia sp.oral taxon 879 str. F0557, Chloroflexus aggregans, Demequina aurantiaca, Thalassospira sp.TSL5-1, Pseudobutyrivibrio sp.OR37, Butyrivibrio sp.YAB3001, Leptotrichia sp.Marseille-P3007, Bacteroides ihuae, бактерия семейства Porphyromonadaceae (как, например, Pb KH3CP3RA), Listeria riparia или Insolitispirillum peregrinum.
333. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где указанный белок Cas 13 представляет собой белок Cas13b.
334. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 333, где указанный белок Cas13b происходит из вида рода, или его источником является вид рода Alistipes, Bacteroides, Bacteroidetes, Bergeyella, Capnocytophaga, Chryseobacterium, Flavobacterium, Myroides, Paludibacter, Phaeodactylibacter, Porphyromonas, Prevotella, Psychroflexus, Reichenbachiella, Riemerella или Sinomicrobium; предпочтительно Alistipes sp.ZOR0009, Bacteroides pyogenes (как, например, Bp F0041), бактерия типа Bacteroidetes (как, например, Bb GWA2 31 9), Bergeyella zoohelcum (как, например, Bz АТСС 43767), Capnocytophaga canimorsus, Capnocytophaga cynodegmi, Chryseobacterium carnipullorum, Chryseobacterium jejuense, Chryseobacterium ureilyticum, Flavobacterium branchiophilum, Flavobacterium columnare, Flavobacterium sp.316, Myroides odoratimimus (как, например, Mo CCUG 10230, Mo CCUG 12901, Mo CCUG 3837), Paludibacter propionicigenes, Phaeodactylibacter xiamenensis, Porphyromonas gingivalis (как, например, Pg F0185, Pg F0568, Pg JCVI SC001, Pg W4087), Porphyromonas gulae, Porphyromonas sp.COT-052 OH4946, Prevotella aurantiaca, Prevotella buccae (как, например, Pb АТСС 33574), Prevotella falsenii, Prevotella intermedia (как, например, Pi 17, Pi ZT), Prevotella pallens (как, например, Pp АТСС 700821), Prevotella pleuritidis, Prevotella saccharolytica (как, например, Ps F0055), Prevotella sp.MA2016, Prevotella sp.MSX73, Prevotella sp.P4-76, Prevotella sp.P5-119, Prevotella sp.P5-125, Prevotella sp.P5-60, Psychroflexus torquis, Reichenbachiella agariperforans, Riemerella anatipestifer или Sinomicrobium oceani.
335. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где указанный белок Cas 13 представляет собой белок Cas13 с.
336. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 335, где указанный белок Cas 13 с происходит из вида рода, или его источником является вид рода Fusobacterium или Anaerosalibacter; предпочтительно Fusobacterium necrophorum (как, например, Fn subsp.funduliforme АТСС 51357, Fn DJ-2, Fn BFTR-1, Fn subsp.Funduliforme), Fusobacterium perfoetens (как, например, Fp АТСС 29250), Fusobacterium ulcerans (как, например, Fu АТСС 49185) или Anaerosalibacter sp.ND1.
337. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 55, где указанный белок Cas 13 представляет собой белок Cas13d.
338. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 337, где источником указанного белка Cas 13d является вид рода Eubacterium или Ruminococcus, предпочтительно Eubacterium siraeum, Ruminococcus flavefaciens (как, например, Rfx XPD3002) или Ruminococcus albus.
339. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где каталитическая активность сконструированного белка CRISPR-Cas повышена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
340. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где каталитическая активность сконструированного белка CRISPR-Cas снижена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
341. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где gRNA-связывание сконструированного белка CRISPR-Cas повышено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
342. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где gRNA-связывание сконструированного белка CRISPR-Cas снижено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
343. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где специфичность белка CRISPR-Cas повышена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
344. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где специфичность белка CRISPR-Cas снижена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
345. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где стабильность белка CRISPR-Cas повышена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
346. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где стабильность белка CRISPR-Cas снижена по сравнению с таковой соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
347. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, дополнительно предусматривающий одну или более мутаций, которые инактивируют каталитическую активность.
348. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где нецелевое связывание белка CRISPR-Cas повышено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
349. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где нецелевое связывание белка CRISPR-Cas снижено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
350. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где связывание мишени белка CRISPR-Cas повышено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
351. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где связывание мишени белка CRISPR-Cas снижено по сравнению с таковым соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
352. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где сконструированный белок CRISPR-Cas обладает более высокой протеазной активностью или полинуклеотид-связывающей способностью по сравнению с таковыми соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
353. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где распознавание PFS изменено по сравнению с таковым в случае соответствующего белка CRISPR-Cas дикого типа.
354. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 1, дополнительно содержащий функциональный гетерологичный домен.
355. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, дополнительно содержащий NLS.
356. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, дополнительно содержащий NES.
357. Сконструированный белок CRISPR-Cas, содержащий один или более HEPN-доменов и имеющий длину менее 1000 аминокислот.
358. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 357, где размер белка составляет менее 950, менее 900, менее 850, менее 800 или менее 750 аминокислот.
359. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 50, где HEPN-домен содержит мотив RxxxxH.
360. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 359, где мотив RxxxxH содержит последовательность R[N/H/K]X1X2X3H.
361. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 52, где:
X1 представляет собой R, S, D, Е, Q, N, G или Y,
Х2 представляет собой независимо I, S, Т, V или L и
Х3 представляет собой независимо L, F, N, Y, V, I, S, D, Е или А.
362. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 357, где белок CRISPR-Cas представляет собой белок CRISPR-Cas VI типа.
363. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 362, где белок CRISPR-Cas VI типа представляет собой Cas13a, Cas13b, Cas13 с или Cas13d.
364. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 357, где белок CRISPR-Cas ассоциирован с функциональным доменом.
365. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 357, где белок CRISPR-Cas предусматривает одну или более мутаций, эквивалентных мутациям по любому из пп. 57-329.
366. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 365, где белок CRISPR-Cas предусматривает одну или более мутаций в спиральном домене.
367. Сконструированный белок CRISPR-Cas по п. 357, где белок CRISPR-Cas находится в «мертвой» форме или обладает никазной активностью.
368. Полинуклеотид, кодирующий сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 1-367.
369. Полинуклеотид по п. 319, который является кодон-оптимизированным.
370. Система CRISPR-Cas, предусматривающая сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 1-367 или полинуклеотид по п. 318 или 319 и нуклеотидный компонент, способный к образованию комплекса со сконструированным белком CRISPR-Cas и способный к гибридизации с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени и управлению последовательность-специфическим связыванием указанного комплекса с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени.
371. Система векторов, предусматривающая один или более векторов, при этом один или более векторов содержат одну или более молекул полинуклеотид о в, кодирующих компоненты сконструированного белка CRISPR-Cas по п. 370.
372. Способ модификации нуклеиновой кислоты-мишени, предусматривающий: введение в клетку или организм, которые содержат нуклеиновую кислоту-мишень, сконструированного белка CRISPR-Cas по любому из пп. 1-367, нуклеиновой кислоты по п. 368 или 369 системы CRISPR-Cas по п. 370 или вектора или системы векторов по п. 371, в результате чего сконструированный белок CRISPR-Cas модифицирует нуклеиновую кислоту-мишень в клетке или организме.
373. Способ по п. 372, в котором сконструированную систему CRISPR-Cas вводят посредством доставки с помощью липосом, наночастиц, экзосом, микровезикул, наноконструкций нуклеиновых кислот, генной пушки, имплантируемого устройства или системы векторов по п. 371.
374. Способ по п. 372, в котором сконструированный белок CRISPR-Cas ассоциирован с одним или более функциональными доменами.
375. Способ по п. 372, в котором нуклеиновая кислота-мишень предусматривает геномный локус и сконструированный белок CRISPR-Cas модифицирует продукт гена, кодируемый в геномном локусе, или экспрессию продукта гена.
376. Способ по п. 372, в котором нуклеиновая кислота-мишень представляет собой ДНК или РНК, и причем один или более нуклеотидов в нуклеиновой кислоте-мишени подвергаются редактированию оснований.
377. Способ по п. 372, в котором нуклеиновая кислота-мишень представляет собой ДНК или РНК, и причем нуклеиновая кислота-мишень подвергается расщеплению.
378. Способ по п. 377, в котором сконструированный белок CRISPR-Cas дополнительно расщепляет нецелевую нуклеиновую кислоту.
379. Способ по п. 377, дополнительно предусматривающий визуализацию и необязательно применение детектируемой метки.
380. Способ по п. 377, дополнительно предусматривающий выявление связывания одного или более компонентов системы CRISPR-Cas с нуклеиновой кислотой-мишенью.
381. Способ по п. 377, в котором указанные клетка или организмы представляют собой эукариотические клетку или организм.
382. Способ по п. 377, в котором указанные клетка или организмы представляют собой клетку или организм животного.
383. Способ по п. 377, в котором указанные клетка или организмы представляют собой клетку или организм растения.
384. Способ выявления нуклеиновой кислоты-мишени в образце, предусматривающий:
приведение образца в контакт с:
сконструированным белком CRISPR-Cas по любому из пп. 50-367;
по меньшей мере одним направляющим полинуклеотидом, содержащим направляющую последовательность, способную к связыванию с нуклеиновой кислотой-мишенью и сконструированную с возможностью образования комплекса со сконструированным CRISPR-Cas; и
маскирующей конструкцией на основе РНК, содержащей нецелевую последовательность;
причем сконструированный белок CRISPR-Cas характеризуется коллатеральной РНК-азной активностью и расщепляет нецелевую последовательность конструкции для выявления; и
выявление сигнала в результате расщепления нецелевой последовательности, с выявлением тем самым нуклеиновой кислоты-мишени в образце.
385. Способ по п. 384, дополнительно предусматривающий приведение образца в контакт с реагентами для амплификации нуклеиновой кислоты-мишени.
386. Способ по п. 385, в котором реагенты для амплификации предусматривают реагенты для реакции изотермической амплификации.
387. Способ по п. 386, в котором реагенты для изотермической амплификации предусматривают реагенты для амплификации, основанной на последовательности нуклеиновых кислот, рекомбиназной полимеразной амплификации, изотермической амплификации с формированием петель, амплификации с замещением нитей, хеликаза-зависимой амплификации или амплификации с использованием никазы.
388. Способ по п. 384, в котором нуклеиновая кислота-мишень представляет собой молекулу ДНК, и способ дополнительно предусматривает приведение молекулы ДНК-мишени в контакт с праймером, содержащим сайт для РНК-полимеразы, и РНК-полимеразой.
389. Способ по п. 384, в котором маскирующая конструкция:
подавляет генерацию выявляемого положительного сигнала до тех пор, пока маскирующая конструкция не будет расщеплена или инактивирована, или
маскирует выявляемый положительный сигнал или генерирует выявляемый отрицательный сигнал до тех пор, пока маскирующая конструкция не будет расщеплена или инактивирована.
390. Способ по п. 384, в котором маскирующая конструкция содержит:
a. малую интерферирующую РНК, которая подавляет образование продукта гена, кодируемого репортерной конструкцией, причем продукт гена при экспрессии генерирует выявляемый положительный сигнал;
b. рибозим, который обеспечивает генерацию отрицательного выявляемого сигнала, и причем положительный выявляемый сигнал генерируется при инактивации рибозима;
c. рибозим, который превращает субстрат с проявлением первого цвета, и причем субстрат подвергается превращению с проявлением второго цвета при инактивации рибозима;
d. аптамер, и/или содержит соединенный с полинуклеотидом ингибитор;
e. полинуклеотид, к которому присоединен выявляемый лиганд и маскирующий компонент;
f. наночастицу, удерживаемую в агрегате с помощью мостиковых молекул, причем по меньшей мере часть мостиковых молекул предусматривает полинуклеотид, и причем раствор изменяет цвет при распределении наночастицы в растворе;
g. квантовую точку или флуорофор, соединенные с одной или более молекулами-гасителями с помощью соединяющей молекулы, причем по меньшей мере часть соединяющей молекулы предусматривает полинуклеотид;
h. полинуклеотид в комплексе с интеркалирующим средством, причем интеркалирующее средство изменяет поглощение при расщеплении полинуклеотида; или
l. два флуорофора, соединенных с помощью полинуклеотида, флуоресценция которых изменяется при освобождении от полинуклеотида.
391. Способ по п. 390, в котором аптамер:
a. содержит соединенный с полинуклеотидом ингибитор, который секвестрирует фермент, причем фермент обеспечивает генерацию выявляемого сигнала при освобождении от аптамера или соединенного с полинуклеотидом ингибитора путем воздействия на субстрат; или
b. представляет собой ингибирующий аптамер, который ингибирует фермент и предотвращает осуществление ферментом катализа, в результате которого субстратом генерируется выявляемый сигнал, или причем соединенный с полинуклеотидом ингибитор ингибирует фермент и предотвращает осуществление ферментом катализа, в результате которого субстратом генерируется выявляемый сигнал; или
c. секвестрирует пару средств, которые при освобождении от аптамеров объединяются для генерации выявляемого сигнала.
392. Способ по п. 390, в котором наночастица представляет собой коллоидный металл.
393. Способ по п. 384, в котором по меньшей мере один направляющий полинуклеотид предусматривает ошибочное спаривание.
394. Способ по п. 384, в котором ошибочное спаривание находится выше или ниже однонуклеотидной вариации в одной или более направляющих последовательностях.
395. Клетка или организм, содержащие сконструированный белок CRISPR-Cas по любому из пп. 1-367, нуклеиновую кислоту по п. 368 или 369, систему CRISPR-Cas по п. 370 или вектор или систему векторов по п. 371.
RU2021105208A 2018-07-31 2019-07-31 Новые ферменты и системы crispr RU2021105208A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62/712,809 2018-07-31
US62/751,421 2018-10-26
US62/775,865 2018-12-05
US62/822,639 2019-03-22
US62/873,031 2019-07-11

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2021105208A true RU2021105208A (ru) 2022-09-02

Family

ID=

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2804422C1 (ru) * 2022-12-31 2023-09-29 Федеральное государственное бюджетное учреждение Институт молекулярной генетики Национального исследовательского центра "Курчатовский институт" (НИЦ "Курчатовский институт" - ИМГ) Система редактирования геномной днк эукариотической клетки на основе нуклеотидной последовательности, кодирующей белок sucas9nls

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2804422C1 (ru) * 2022-12-31 2023-09-29 Федеральное государственное бюджетное учреждение Институт молекулярной генетики Национального исследовательского центра "Курчатовский институт" (НИЦ "Курчатовский институт" - ИМГ) Система редактирования геномной днк эукариотической клетки на основе нуклеотидной последовательности, кодирующей белок sucas9nls

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10626402B2 (en) Nuclease-mediated DNA assembly
US10415059B2 (en) Using truncated guide RNAs (tru-gRNAs) to increase specificity for RNA-guided genome editing
DeWitt et al. Genome editing via delivery of Cas9 ribonucleoprotein
EP3080256B1 (en) Cas9 nuclease platform for microalgae genome engineering
KR102251168B1 (ko) 고 반복 모티프를 포함하는 dna 서열에 대한 효율적이고 특이적인 표적화를 위한 희소-절단 엔도뉴클레아제의 설계
US10738290B2 (en) RNA-guided gene editing system and uses thereof
Anders et al. In vitro enzymology of Cas9
EP3004339B1 (en) New compact scaffold of cas9 in the type ii crispr system
CN107922949A (zh) 用于通过同源重组的基于crispr/cas的基因组编辑的化合物和方法
BR112020026306A2 (pt) Métodos de amplificação, sistemas e diagnósticos baseados em sistema efeitor crispr
KR20190025565A (ko) 프로그램가능한 dna 결합 단백질을 사용한, 표적화된 게놈 변형의 개선
JP2018513682A (ja) ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ媒介性遺伝子調節のための化学修飾型ガイドＲＮＡ
JP7099724B2 (ja) 規定された配列および長さのｄｎａ１本鎖分子の拡大可能な生物工学的生成
JP2015503535A5 (ru)
JP2021528091A (ja) Ｃｒｉｓｐｒダブルニッカーゼに基づく増幅の組成物、システム、及び方法
Wang et al. Correction of DMD in human iPSC-derived cardiomyocytes by base-editing-induced exon skipping
Sidorkina et al. Role of lysine-57 in the catalytic activities of Escherichia coli formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg protein)
RU2021105208A (ru) Новые ферменты и системы crispr
WO2023098485A1 (zh) 一种基于c2c9核酸酶的新型基因组编辑系统及其应用
KR20210040985A (ko) 신규 전사 액티베이터
CA3225082A1 (en) Enzymes with ruvc domains
Reichenberger et al. Cloning, purification and characterization of DNA polymerase β from Xenopus laevis: Studies on its potential role in DNA‐end joining
WO2023206872A1 (zh) 一种工程优化的核酸酶、向导rna、编辑系统和应用
US20220389418A1 (en) Rna-guided cas nucleases and uses thereof in diagnostics and therapy
CA3230629A1 (en) Viral guide rna delivery