RU2019122320A - Коррекция фазирования - Google Patents

Коррекция фазирования Download PDF

Info

Publication number
RU2019122320A
RU2019122320A RU2019122320A RU2019122320A RU2019122320A RU 2019122320 A RU2019122320 A RU 2019122320A RU 2019122320 A RU2019122320 A RU 2019122320A RU 2019122320 A RU2019122320 A RU 2019122320A RU 2019122320 A RU2019122320 A RU 2019122320A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
color values
nucleic acid
cycle
phasing
sequencer
Prior art date
Application number
RU2019122320A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019122320A3 (ru
RU2765996C2 (ru
RU2765996C9 (ru
Inventor
Роберт ЛАНГЛУА
Пол БЕЛИЦ
Original Assignee
Иллюмина, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллюмина, Инк. filed Critical Иллюмина, Инк.
Publication of RU2019122320A publication Critical patent/RU2019122320A/ru
Publication of RU2019122320A3 publication Critical patent/RU2019122320A3/ru
Publication of RU2765996C2 publication Critical patent/RU2765996C2/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2765996C9 publication Critical patent/RU2765996C9/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/25—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
    • G01N21/251—Colorimeters; Construction thereof
    • G01N21/253—Colorimeters; Construction thereof for batch operation, i.e. multisample apparatus
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • B01L3/502715—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip characterised by interfacing components, e.g. fluidic, electrical, optical or mechanical interfaces
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • B01L3/502761—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip specially adapted for handling suspended solids or molecules independently from the bulk fluid flow, e.g. for trapping or sorting beads, for physically stretching molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C12Q1/6855—Ligating adaptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01J—MEASUREMENT OF INTENSITY, VELOCITY, SPECTRAL CONTENT, POLARISATION, PHASE OR PULSE CHARACTERISTICS OF INFRARED, VISIBLE OR ULTRAVIOLET LIGHT; COLORIMETRY; RADIATION PYROMETRY
    • G01J3/00—Spectrometry; Spectrophotometry; Monochromators; Measuring colours
    • G01J3/02—Details
    • G01J3/0267—Sample holders for colorimetry
    • G01N15/1433—
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/25—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
    • G01N21/27—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands using photo-electric detection ; circuits for computing concentration
    • G01N21/274—Calibration, base line adjustment, drift correction
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
    • G01N21/6452—Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates
    • G01N21/6454—Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates using an integrated detector array
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6486—Measuring fluorescence of biological material, e.g. DNA, RNA, cells
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F5/00—Methods or arrangements for data conversion without changing the order or content of the data handled
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04N—PICTORIAL COMMUNICATION, e.g. TELEVISION
    • H04N13/00—Stereoscopic video systems; Multi-view video systems; Details thereof
    • H04N13/10—Processing, recording or transmission of stereoscopic or multi-view image signals
    • H04N13/106—Processing image signals
    • H04N13/15—Processing image signals for colour aspects of image signals
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/01—Arrangements or apparatus for facilitating the optical investigation
    • G01N21/03—Cuvette constructions
    • G01N21/05—Flow-through cuvettes
    • G01N2021/058—Flat flow cell
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2201/00—Features of devices classified in G01N21/00
    • G01N2201/12—Circuits of general importance; Signal processing
    • G01N2201/127—Calibration; base line adjustment; drift compensation
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F2201/00—Indexing scheme relating to error detection, to error correction, and to monitoring
    • G06F2201/805—Real-time

Claims (68)

1. Способ определения скорректированных значений цвета из данных изображения, полученных в ходе осуществления цикла распознавания оснований с помощью секвенатора нуклеиновых кислот, содержащего систему получения изображения, один или более процессоров и запоминающее устройство, включающий:
(a) получение изображения подложки, содержащей множество участков, на которых считывают основания нуклеиновых кислот, причем эти участки имеют цвета, представляющие типа нуклеиновых оснований;
(b) измерение значений цвета множества участков по указанному изображению подложки;
(c) сохранение значений цвета в буфере процессора одного или более процессоров секвенатора;
(d) извлечение значений цвета с частичной коррекцией фазирования множества участков, где указанные значения цвета с частичной коррекцией фазирования были сохранены в запоминающем устройстве секвенатора в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований;
(e) определение коррекции опережающего фазирования по значениям цвета с частичной коррекцией фазирования, сохраненным в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований, и
значениям цвета, сохраненным в буфере процессора; и
(f) определение скорректированных значений цвета по значениям цвета в буфере процессора,
значениям цвета с частичной коррекцией фазирования, сохраненным в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла, и коррекции опережающего фазирования.
2. Способ по п. 1, который также включает применение скорректированных значений цвета для выполнения распознавания оснований для множества участков.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором коррекция опережающего фазирования включает определение веса, и при этом определение скорректированных значений цвета включает умножение весов на значения цвета множества участков, измеренных по изображению подложки.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, который также включает определение коррекции фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований.
5. Способ по п. 4, в котором определение коррекции фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований включает анализ значений цвета с частичной коррекцией фазирования, хранимых в запоминающем устройстве секвенатора, и значений цвета, хранимых в буфере процессора.
6. Способ по п. 4, который также включает:
генерирование значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем применения коррекции фазирования к значениям цвета множества участков, хранимых в запоминающем устройстве секвенатора; и
сохранение значений цвета с частичной коррекцией фазы для непосредственно следующего цикла распознавания оснований в запоминающем устройстве секвенатора.
7. Способ по п. 6, в котором получение значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований также включает суммирование значений цвета со скорректированным фазированием множества участков и значений цвета множества участков из изображения подложки, измеренных на этапе (b).
8. Способ по п. 6, в котором при сохранении значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований частично скорректированные значения цвета сохраняют в буферах сегмента запоминающего устройства секвенатора.
9. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором способ выполняют в реальном времени в ходе получения ридов последовательностей секвенатором нуклеиновых кислот.
10. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором секвенатор нуклеиновых кислот синтезирует нуклеиновые кислоты на множестве участков.
11. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором значения цвета определяют с применением только двух каналов секвенатора.
12. Способ по любому из пп. 1-10, в котором значения цвета получают с применением четырех каналов секвенатора.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором подложка содержит проточную ячейку, причем проточную ячейку логически разделяют на сегменты и каждый сегмент представляет собой область проточной ячейки, содержащую подмножество участков, причем указанное подмножество фиксируют в одном изображении от системы получения изображения.
14. Способ по п. 13, в котором в операции (d) значения цвета с частичной коррекцией фазирования были сохранены в буферах сегмента запоминающего устройства секвенатора, причем буферы сегмента выполнены с возможностью хранения данных, представляющих изображения отдельных сегментов на подложке.
15. Способ по п. 14, в котором емкость запоминающего устройства составляет около 512 Гигабайт или менее.
16. Способ по п. 13, который также включает перед операцией (а) помещение реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, соответствующие типам нуклеиновых оснований, в ходе осуществления цикла распознавания оснований.
17. Способ по п. 16, который также включает после операции (f):
помещение свежих реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия свежих реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, соответствующие типам нуклеиновых оснований, для следующего цикла распознавания оснований; и
повторное выполнение операций (a)-(e) для следующего цикла распознавания оснований.
18. Способ по п. 17, который также включает создание первого потока процессора для выполнения операций (a)-(f) для цикла распознавания оснований и создание второго потока процессора для выполнения операций (a)-(f) для следующего цикла распознавания оснований.
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, который также включает выделение буфера процессора и второго буфера процессора, причем второй буфер процессора используют для определения скорректированных значений цвета в п. (f).
20. Секвенатор нуклеиновых кислот, содержащий:
систему получения изображений; запоминающее устройство; и
один или более процессоров, выполненных с возможностью:
(a) получения данных, представляющих изображение подложки, содержащей множество участков, на которых считывают нуклеиновые основания, причем указанные участки имеют цвета, соответствующие типам нуклеиновых оснований;
(b) получения значений цвета для множества участков по изображению подложки;
(c) сохранения значений цвета в буфере процессора;
(d) извлечения значений цвета с частичной коррекцией фазирования множества участков для цикла распознавания оснований, причем значения цвета с частичной коррекцией фазирования были сохранены в запоминающем устройстве в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований;
(e) определения коррекции опережающего фазирования по
значениям цвета с частичной коррекцией фазирования, сохраненных в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований, и
значений цвета, сохраненных в буфере процессора; и (f) определение скорректированных значений цвета по значениям цвета в буфере процессора,
значений с частичной коррекцией фазирования, сохраненных в ходе осуществления непосредственно предшествующего цикла, и коррекции опережающего фазирования.
21. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 20, в котором запоминающее устройство разделено на множество буферов сегмента, каждый из которых выполнен с возможностью хранения данных, представляющих одно изображение сегмента на подложке.
22. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 20 или 21, в котором емкость запоминающего устройства составляет около 512 Гигабайт или менее.
23. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-22, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью применения скорректированных значений цвета для выполнения распознавания оснований для множества участков.
24. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-23, в котором коррекция опережающего фазирования включает определение веса, и при этом один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью определения скорректированных значений цвета путем умножения веса назначения цвета множества участков, измеренные на изображении подложки.
25. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-24, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью определения коррекции фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований.
26. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 25, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью определения коррекции фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем анализа
значений цвета с частичной коррекцией фазирования, хранимых в запоминающем устройстве, и
значений цвета, хранимых в буфере процессора.
27. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 25, в котором один или более процессоров также выполнены с возможностью:
получения значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем применения коррекции фазирования к значениям цвета множества участков, хранимых в запоминающем устройстве; и
сохранения значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований в запоминающем устройстве.
28. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 27, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью получения значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем суммирования
значений цвета со скорректированным фазированием множества участков и значений цвета множества участков из изображения подложки, измеренных в операции (b).
29. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 27, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью сохранения значений цвета с частичной коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем сохранения значений цвета с частичной коррекцией фазирования в буферах сегмента запоминающего устройства.
30. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-29, в котором один или более процессоров также выполнены с возможностью осуществления операций (a)-(f) в реальном времени в ходе распознавания оснований.
31. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-30, дополнительно содержащий систему для синтеза нуклеиновых кислот на множестве участков.
32. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-31, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью получения значений цвета с применением только двух каналов.
33. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-31, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью получения значений цвета с применением четырех каналов.
34. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-33, в котором подложка содержит проточную ячейку, причем проточную ячейку логически разделяют на сегменты, и каждый сегмент представляет собой область проточной ячейки, содержащую подмножество участков, причем указанное подмножество фиксируют в одном изображении от системы получения изображения.
35. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 34, в котором в операции (d) значения цвета с частичной коррекцией фазирования были сохранены в буферах сегмента запоминающего устройства секвенатора, причем буферы сегмента выполнены или сконфигурированы с возможностью хранения данных, представляющих изображения отдельных сегментов на подложке.
36. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 34, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью перед выполнением операции (а) помещения реагентов в проточную ячейку и обеспечения возможности взаимодействия реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, соответствующие типам нуклеиновых оснований, в ходе осуществления цикла распознавания оснований.
37. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 36, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью после операции (f):
помещения свежих реагентов в проточную ячейку и обеспечения возможности взаимодействия свежих реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, соответствующие типам нуклеиновых оснований, для следующего цикла распознавания оснований; и
повторного выполнения операций (а)-(е) для следующего цикла распознавания оснований.
38. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 37, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью создания первого потока процессора для выполнения операций (a)-(f) для цикла распознавания оснований и создания второго потока процессора для выполнения операций (a)-(f) для следующего цикла распознавания оснований.
39. Секвенатор нуклеиновых кислот по любому из пп. 20-38, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью выделения буфера процессора и второго буфера процессора для определения скорректированных значений цвета в п. (f).
RU2019122320A 2017-01-06 2018-01-05 Коррекция фазирования RU2765996C9 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762443294P 2017-01-06 2017-01-06
US62/443,294 2017-01-06
PCT/US2018/012580 WO2018129314A1 (en) 2017-01-06 2018-01-05 Phasing correction

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2022100379A Division RU2805952C2 (ru) 2017-01-06 2018-01-05 Коррекция фазирования

Publications (4)

Publication Number Publication Date
RU2019122320A true RU2019122320A (ru) 2021-02-08
RU2019122320A3 RU2019122320A3 (ru) 2021-05-27
RU2765996C2 RU2765996C2 (ru) 2022-02-07
RU2765996C9 RU2765996C9 (ru) 2022-10-10

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
KR102385560B1 (ko) 2022-04-11
KR20220047895A (ko) 2022-04-19
EP3566158A1 (en) 2019-11-13
DK3566158T3 (da) 2022-07-18
CN110383386A (zh) 2019-10-25
US20210389236A1 (en) 2021-12-16
IL267799A (en) 2019-09-26
IL291636B2 (en) 2023-06-01
HUE058858T2 (hu) 2022-09-28
LT3566158T (lt) 2022-06-27
IL299500A (en) 2023-02-01
JP7110207B2 (ja) 2022-08-01
AU2018205218B2 (en) 2024-02-15
KR102521547B1 (ko) 2023-04-14
KR20230056053A (ko) 2023-04-26
US11150179B2 (en) 2021-10-19
MX2019008055A (es) 2019-11-05
AU2018205218A1 (en) 2019-07-18
RU2019122320A3 (ru) 2021-05-27
IL291636A (en) 2022-05-01
CA3049142A1 (en) 2018-07-12
CN110383386B (zh) 2023-06-13
ZA201904381B (en) 2022-03-30
IL267799B (en) 2022-04-01
PT3566158T (pt) 2022-06-23
CN116612818A (zh) 2023-08-18
EP3566158B1 (en) 2022-04-20
WO2018129314A1 (en) 2018-07-12
RU2765996C2 (ru) 2022-02-07
IL299500B1 (en) 2023-10-01
JP2022132542A (ja) 2022-09-08
IL299500B2 (en) 2024-02-01
KR102629171B1 (ko) 2024-01-25
BR112019013886A2 (pt) 2020-03-03
ES2917403T3 (es) 2022-07-08
KR20190104336A (ko) 2019-09-09
PL3566158T3 (pl) 2022-08-08
US20180195953A1 (en) 2018-07-12
JP2020506677A (ja) 2020-03-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020506677A5 (ru)
IL291636B2 (en) phasing correction
US11961286B2 (en) Performing object detection in an image
JP2021503319A5 (ru)
US11200446B1 (en) Single-pass primary analysis
US20150110352A1 (en) Skin Colour Probability Map
CN106980571B (zh) 一种测试用例集的构建方法和设备
JP2018511874A (ja) ３次元モデリング方法及び装置
RU2018143972A (ru) Система и способ вторичного анализа данных секвенирования нуклеотидов
WO2021180161A1 (zh) 超声成像方法及装置、存储介质
CN109405821A (zh) 用于定位的方法、装置及目标设备
RU2019103487A (ru) Автоматизированный контроль качества покраски летательных аппаратов
CN111476835A (zh) 多视角图像一致性的无监督深度预测方法、系统、装置
Bonny et al. Time efficient segmented technique for dynamic programming based algorithms with FPGA implementation
CN107526551B (zh) 一种cpu多核的io请求处理方法、装置及设备
CN106255993A (zh) 图像分析方法、图像分析装置、图像分析系统以及图像分析便携式装置
US20170178351A1 (en) Method for determining missing values in a depth map, corresponding device, computer program product and non-transitory computer-readable carrier medium
KR20090020452A (ko) 디지털 이미지에서 특징점을 추출하는 방법 및 장치
RU2022100379A (ru) Коррекция фазирования
CN115496835B (zh) 一种基于cpu和gpu异构并行架构的点云数据赋色方法和系统
KR20110086934A (ko) 합성개구면 레이다의 영상 처리 방법 및 시스템
US9639961B2 (en) Image processing
CN111540042A (zh) 用于三维重构的方法、装置以及相关设备
CN115661689A (zh) 赤潮区域确定方法、存储介质和电子设备
JP2005000666A (ja) デジタルｘ線撮影において非機能画素をリアルタイムで修正する方法