RU2019100441A - Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта - Google Patents

Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта Download PDF

Info

Publication number
RU2019100441A
RU2019100441A RU2019100441A RU2019100441A RU2019100441A RU 2019100441 A RU2019100441 A RU 2019100441A RU 2019100441 A RU2019100441 A RU 2019100441A RU 2019100441 A RU2019100441 A RU 2019100441A RU 2019100441 A RU2019100441 A RU 2019100441A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
subject
staining
transcription factor
activity
cells
Prior art date
Application number
RU2019100441A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019100441A3 (ru
Inventor
ДЕ СТОЛЬПЕ Аня ВАН
ХЕМЕРТ Фрек ВАН
Вильхельмус Франсискус Йоханнес ВЕРХАГ
Райнхольд ВИМБЕРГЕР-ФРИДЛЬ
ДЕР ВЕН Джон Корнелиус Петрус ВАН
Original Assignee
Конинклейке Филипс Н.В.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Конинклейке Филипс Н.В. filed Critical Конинклейке Филипс Н.В.
Publication of RU2019100441A publication Critical patent/RU2019100441A/ru
Publication of RU2019100441A3 publication Critical patent/RU2019100441A3/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6875—Nucleoproteins
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6872—Intracellular protein regulatory factors and their receptors, e.g. including ion channels
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
    • G16B5/20—Probabilistic models
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/72—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for hormones
    • G01N2333/723—Steroid/thyroid hormone superfamily, e.g. GR, EcR, androgen receptor, oestrogen receptor
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57415—Specifically defined cancers of breast

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Probability & Statistics with Applications (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Claims (41)

1. Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, содержащий этапы, на которых:
-выполняют (101; 1012; 201) первое окрашивание для определения транскрипционного фактора в клетках образца субъекта,
-выполняют (102; 1012; 202) второе окрашивание для обнаружения белка, закодированного геном-мишенью, для транскрипционного фактора в клетках образца,
-определяют количество (103; 203) клеток образца, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, на основе первого окрашивания и второго окрашивания, и
-выполняют логический вывод (104; 204) об активности транскрипционного фактора у субъекта на основе количественного определения.
2. Способ по п. 1, в котором первое окрашивание и второе окрашивание выполняются (101, 102; 1012) на одном и том же микропрепарате образца.
3. Способ по п. 1, в котором первое окрашивание и второе окрашивание выполняются (201, 202) на различных микропрепаратах образца,
при этом количественное определение (203) содержит этап, на котором выполняют пространственную регистрацию цифрового изображения микропрепарата для первого окрашивания и цифрового изображения микропрепарата для второго окрашивания, так что на обоих микропрепаратах соответствующие клетки могут быть обнаружены.
4. Способ по п. 3, в котором различные микропрепараты получаются из соседних поперечных срезов образца или из поперечных срезов образца, которые располагаются в непосредственной близости друг к другу в образце.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором первое окрашивание и/или второе окрашивание выполняется/выполняются в форме анализа, выбранного из группы, состоящей из (i) иммуногистохимического (IHC) анализа, (ii) иммунофлуоресцентного анализа и (iii) другого анализа с окрашиванием на основе связывания с высокой аффинностью с транскрипционным фактором или закодированным геном-мишенью белком.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором количественное определение (103; 203) содержит этапы, на которых:
-определяют, из выбранной популяции клеток образца, процентную долю клеток, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, и/или
-определяют, из выбранной популяции клеток образца, клетки, которые показывают ядерное присутствие транскрипционного фактора, и определяют, из определенных клеток, процентную долю клеток, которые также показывают присутствие закодированного геном-мишенью белка.
7. Способ по п. 6, в котором популяция является популяцией раковых клеток, в частности, раковых клеток молочной железы.
8. Способ по любому из пп. 2-7, в котором количественное определение содержит этап, на котором анализируют, по меньшей мере, одно цифровое изображение одного и того же микропрепарата для первого и второго окрашивания или цифровые изображения микропрепарата для первого окрашивания и микропрепарата для второго окрашивания с помощью компьютерно-реализованных способов анализа изображения.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором субъект является медицинским субъектом, в частности, онкопациентом, более конкретно, пациентом с раком молочной железы.
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором путь сигнальной трансдукции является путем ER-α-сигнальной трансдукции, транскрипционный фактор является ER-α, ген-мишень является PgR, и закодированный геном-мишенью белок является PR.
11. Способ оценки соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, способ содержит этапы, на которых:
-выполняют (301) способ, который определен в каком-либо из пп. 1-10 для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, и
-оценивают (302) соответствие терапии на основе логически выведенной активности,
или
способ классификации субъекта, содержащий этапы, на которых:
-выполняют (401) способ, который определен в каком-либо из пп. 1-10 для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, и
-классифицируют (402) субъекта на основе логически выведенной активности.
12. Система для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, содержащая:
-первый набор инструментов окрашивания для выполнения первого окрашивания для обнаружения транскрипционного фактора в клетках образца субъекта,
-второй набор инструментов окрашивания для выполнения второго окрашивания для обнаружения белка, закодированного геном-мишенью, для транскрипционного фактора в клетках образца,
-блок количественного определения для определения количества клеток образца, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, на основе первого окрашивания и второго окрашивания, и
-необязательно, блок логического вывода для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора у субъекта на основе количественного определения.
13. Система для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, система содержит:
-систему для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, как определено в п. 12, и
-необязательно, блок оценки для оценки соответствия терапии на основе логически выведенной активности,
или
система для использования в классификации субъекта, содержащая:
-систему для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, как определено в пункте 12 формулы, и
-необязательно, блок классификации для классификации субъекта на основе логически выведенной активности.
14. Компьютерная программа для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода способа для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора у субъекта, как определено в каком-либо из пп. 1-10, когда компьютерная программа работает на компьютере,
или
компьютерная программа для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода и/или этапа оценки способа для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, как определено в п. 11, когда компьютерная программа работает на компьютере,
или
компьютерная программа для использования в классификации субъекта, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода и/или этапа классификации способа для использования в классификации субъекта, как определено в п. 11, когда компьютерная программа работает на компьютере.
RU2019100441A 2016-06-13 2017-06-07 Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта RU2019100441A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP16174158.2 2016-06-13
EP16174158 2016-06-13
PCT/EP2017/063744 WO2017215983A1 (en) 2016-06-13 2017-06-07 Method for inferring activity of a transcription factor of a signal transduction pathway in a subject

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2019100441A true RU2019100441A (ru) 2020-07-14
RU2019100441A3 RU2019100441A3 (ru) 2020-10-16

Family

ID=56203145

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019100441A RU2019100441A (ru) 2016-06-13 2017-06-07 Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20190128899A1 (ru)
EP (1) EP3469368A1 (ru)
JP (1) JP7221698B2 (ru)
CN (1) CN109313196A (ru)
BR (1) BR112018075820A2 (ru)
RU (1) RU2019100441A (ru)
WO (1) WO2017215983A1 (ru)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111260677B (zh) * 2020-02-20 2023-03-03 腾讯医疗健康(深圳)有限公司 基于显微图像的细胞分析方法、装置、设备及存储介质

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004507232A (ja) * 2000-06-13 2004-03-11 ザ・ボード・オブ・トラステイーズ・フオー・ザ・ユニバーシテイ・オブ・アーカンソー ステロイド受容体の核内転写制御を介する活性から非核内制御媒介活性を分離する方法
EP1422526A1 (en) * 2002-10-28 2004-05-26 MTM Laboratories AG Method for improved diagnosis of dysplasias
EP1736780A1 (en) * 2005-06-24 2006-12-27 Eppendorf Array Technologies S.A. Method and means for detecting and/or quantifying hierarchical molecular change of a cell in response to an external stimulus
ES2409356T3 (es) * 2007-10-30 2013-06-26 Le Centre National De La Recherche Scientifique (Cnrs) Método de realización de un ensayo para neutralizar anticuerpos
RU2721130C2 (ru) * 2012-12-26 2020-05-18 Конинклейке Филипс Н.В. Оценка активности путей клеточной сигнализации с помощью линейной комбинации(ий) экспрессий генов-мишеней
KR102256141B1 (ko) * 2013-04-26 2021-05-27 코닌클리케 필립스 엔.브이. 다수의 세포 신호전달 경로 활성을 이용하는 치료 반응의 의학적 예후 및 예측
JP6077178B2 (ja) * 2014-01-03 2017-02-08 コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェＫｏｎｉｎｋｌｉｊｋｅ Ｐｈｉｌｉｐｓ Ｎ．Ｖ． 標的遺伝子発現の数学的モデリングを用いるｐｉ３ｋ細胞内シグナル伝達経路活性の評価
WO2015110440A1 (en) * 2014-01-22 2015-07-30 Koninklijke Philips N.V. Improved stratification of patients for assessing the suitability of a therapy
US11640845B2 (en) * 2014-10-24 2023-05-02 Koninklijke Philips N.V. Bioinformatics process for identifying at risk subject populations
AU2015334840B2 (en) * 2014-10-24 2021-10-21 Innosign B.V. Assessment of TGF-beta cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
CA2965431C (en) * 2014-12-03 2023-05-16 Ventana Medical Systems, Inc. Computational pathology systems and methods for early-stage cancer prognosis

Also Published As

Publication number Publication date
US20190128899A1 (en) 2019-05-02
CN109313196A (zh) 2019-02-05
JP2019520569A (ja) 2019-07-18
JP7221698B2 (ja) 2023-02-14
BR112018075820A2 (pt) 2019-03-26
WO2017215983A1 (en) 2017-12-21
EP3469368A1 (en) 2019-04-17
RU2019100441A3 (ru) 2020-10-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109196554B (zh) 肿瘤接近度量
Alomari et al. Automatic detection and quantification of WBCs and RBCs using iterative structured circle detection algorithm
Hiltermann et al. Circulating tumor cells in small-cell lung cancer: a predictive and prognostic factor
JP6725646B2 (ja) 解析的に別個の検体染色のパターンの混合を有する細胞サンプルの自動化解析
Scase et al. Canine mast cell tumors: correlation of apoptosis and proliferation markers with prognosis
Shui et al. An interobserver reproducibility analysis of Ki67 visual assessment in breast cancer
Veta et al. Prognostic value of automatically extracted nuclear morphometric features in whole slide images of male breast cancer
Korzynska et al. Validation of various adaptive threshold methods of segmentation applied to follicular lymphoma digital images stained with 3, 3’-Diaminobenzidine&Haematoxylin
ES2804770T3 (es) Análisis de vasos en imágenes multiplexadas
JP4355832B2 (ja) コメットアッセイ解析方法およびコメットアッセイ画像解析装置およびコメットアッセイ解析装置
US20210150716A1 (en) Image analysis algorithms using control slides
Abe et al. Quantification of collagen and elastic fibers using whole‐slide images of liver biopsy specimens
Iwabuchi et al. Evaluation of the effectiveness of Gaussian filtering in distinguishing punctate synaptic signals from background noise during image analysis
JP2022163056A (ja) １つ又は複数の組織サンプルにおける細胞組成情報を決定する装置
JP2020530611A (ja) 染色された標本画像内で細胞を検出するための自動化された方法およびシステム
Sallon et al. Automated high-performance analysis of lung morphometry
JP2019518224A (ja) 化合物誘発性肝臓傷害を正確に予測するためのハイスループット方法
US20180040120A1 (en) Methods for quantitative assessment of mononuclear cells in muscle tissue sections
Sultan et al. A Segmentation-Free machine learning architecture for immune Land-scape phenotyping in solid tumors by multichannel imaging
JPWO2017061112A1 (ja) 画像処理方法および画像処理装置
RU2019100441A (ru) Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта
Srivorakun et al. Diagnosis of common hemoglobinopathies among South East Asian population using capillary isoelectric focusing system
US10424061B2 (en) Method for assigning tissue normalization factors for digital image analysis
JP2020524794A (ja) 最適な癌療法のためのｓｌｆｎ１１タンパク質の定量
Wang et al. A TMA de-arraying method for high throughput biomarker discovery in tissue research

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20210428