RU2015121366A - Комбинации биомаркеров для колоректальных опухолей - Google Patents

Комбинации биомаркеров для колоректальных опухолей Download PDF

Info

Publication number
RU2015121366A
RU2015121366A RU2015121366A RU2015121366A RU2015121366A RU 2015121366 A RU2015121366 A RU 2015121366A RU 2015121366 A RU2015121366 A RU 2015121366A RU 2015121366 A RU2015121366 A RU 2015121366A RU 2015121366 A RU2015121366 A RU 2015121366A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
biomarker
subject
ltf
ptgs2
il1b
Prior art date
Application number
RU2015121366A
Other languages
English (en)
Inventor
Ставрос ТЕРИАНОС
Курцио РЮГГ
Сильвен МОННЬЕ-БЕНУА
Лаура КЬЯРЛОНИ
Сахар ХОССЕЙНИАН
Original Assignee
Новидженикс Са
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Новидженикс Са filed Critical Новидженикс Са
Publication of RU2015121366A publication Critical patent/RU2015121366A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B5/00—ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
    • G16B5/20—Probabilistic models
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Probability & Statistics with Applications (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

1. Способ, включающий:(a) измерение в образце, полученном от субъекта, количества каждого биомаркера панели биомаркеров, содержащей по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер и по меньшей мере два основных биомаркера, выбранных из группы, состоящей из IL1B, PTGS2, S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4;(b) вычисление оценки вероятности на основании измерения на стадии (a); и(c) исключение колоректальной опухоли для субъекта, если оценка на стадии (b) ниже, чем предварительно определенная оценка; или(d) подтверждение вероятности колоректальной опухоли для субъекта, если оценка на стадии (b) выше, чем предварительно определенная оценка.2. Способ, включающий:(a) измерение в образце, полученном от субъекта, количества каждого биомаркера панели биомаркеров, содержащей по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер и по меньшей мере два основных биомаркера, выбранных из группы, состоящей из IL1B, PTGS2, S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4;(b) сравнение количества, измеренного на стадии (a), с эталонным значением; и(c) классифицирование субъекта, как имеющего с большей долей вероятности колоректальную опухоль, когда на стадии (b) детектируют увеличение или уменьшение количества каждого биомаркера панели биомаркеров относительно эталонного значения.3. Способ по п. 2, дополнительно включающий введение субъекту, классифицированному на стадии (c), терапевтически эффективного количества по меньшей мере одного колоректального модулирующего средства.4. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер выбирают из группы, состоящей из S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4.5. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер выбирают из группы,состоящей из S100A8, LTF, CXCL10, CACNB4, MMP9, CXCL11, EGR1, JUN, TNFSF13B, GATA2, ΜΜΡ11, ΝΜΕ1, PTGES, CCR1, CXCR3, FXYD5, IL8, ITGA2, ITGB5, MAPK6, RHOC, BCL3, CD63, CES1, MAP2K3, MSL1 и PPARG.6. Способ по п. 1

Claims (15)

1. Способ, включающий:
(a) измерение в образце, полученном от субъекта, количества каждого биомаркера панели биомаркеров, содержащей по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер и по меньшей мере два основных биомаркера, выбранных из группы, состоящей из IL1B, PTGS2, S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4;
(b) вычисление оценки вероятности на основании измерения на стадии (a); и
(c) исключение колоректальной опухоли для субъекта, если оценка на стадии (b) ниже, чем предварительно определенная оценка; или
(d) подтверждение вероятности колоректальной опухоли для субъекта, если оценка на стадии (b) выше, чем предварительно определенная оценка.
2. Способ, включающий:
(a) измерение в образце, полученном от субъекта, количества каждого биомаркера панели биомаркеров, содержащей по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер и по меньшей мере два основных биомаркера, выбранных из группы, состоящей из IL1B, PTGS2, S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4;
(b) сравнение количества, измеренного на стадии (a), с эталонным значением; и
(c) классифицирование субъекта, как имеющего с большей долей вероятности колоректальную опухоль, когда на стадии (b) детектируют увеличение или уменьшение количества каждого биомаркера панели биомаркеров относительно эталонного значения.
3. Способ по п. 2, дополнительно включающий введение субъекту, классифицированному на стадии (c), терапевтически эффективного количества по меньшей мере одного колоректального модулирующего средства.
4. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер выбирают из группы, состоящей из S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4.
5. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный по меньшей мере один высокоприоритетный биомаркер выбирают из группы,
состоящей из S100A8, LTF, CXCL10, CACNB4, MMP9, CXCL11, EGR1, JUN, TNFSF13B, GATA2, ΜΜΡ11, ΝΜΕ1, PTGES, CCR1, CXCR3, FXYD5, IL8, ITGA2, ITGB5, MAPK6, RHOC, BCL3, CD63, CES1, MAP2K3, MSL1 и PPARG.
6. Способ по п. 1 или 2, в котором указанные по меньшей мере два основных биомаркера представляют собой IL1B и PTGS2.
7. Способ по п. 1 или 2, в котором указанные по меньшей мере два основных биомаркера представляют собой:
(a) IL1B и PTGS2;
(b) IL1B, PTGS2 и S100A8;
(c) IL1B, PTGS2, S100A8 и LTF;
(d) IL1B, PTGS2, S100A8, LTF и CXCL10; или
(e) IL1B, PTGS2, S100A8, LTF, CXCL10 и CACNB4.
8. Способ по п. 1, в котором, когда колоректальную опухоль исключают, субъект не получает лечебный протокол.
9. Способ по п. 1, в котором, когда колоректальную опухоль подтверждают, субъект получает лечебный протокол.
10. Способ по п. 8 или 9, в котором указанный лечебный протокол представляет собой колоноскопию, биопсию, хирургию, химиотерапию, лучевую терапию или любую их комбинацию.
11. Способ по п. 1, в котором указанную оценку вероятности вычисляют из логистической регрессионной прогностической модели, применяемой к измерению.
12. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный образец выбирают из группы, состоящей из мононуклеарных клеток периферической крови, клеток крови, цельной крови, сыворотки, плазмы, эндотелиальных клеток, циркулирующих опухолевых клеток, тканевых биопсий, лимфатической жидкости, асцитной жидкости, интерстициальной жидкости, костного мозга, спинномозговой жидкости (CSF), слюны, мукозы, мокроты, пота и мочи.
13. Способ по п. 1 или 2, в котором указанная колоректальная опухоль представляет собой аденому или карциному.
14. Способ по п. 1, в котором указанную вероятность колоректальной опухоли дополнительно определяют с помощью чувствительности, специфичности, прогностической ценности отрицательного результата (NPV) или прогностической ценности положительного результата (PPV), связанных с оценкой.
15. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный субъект подвержен риску развития колоректальной опухоли.
RU2015121366A 2012-11-05 2013-11-04 Комбинации биомаркеров для колоректальных опухолей RU2015121366A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP12191236.4 2012-11-05
EP12191236 2012-11-05
PCT/EP2013/072965 WO2014068124A1 (en) 2012-11-05 2013-11-04 Biomarker combinations for colorectal tumors

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2015121366A true RU2015121366A (ru) 2016-12-27

Family

ID=47115592

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015121366A RU2015121366A (ru) 2012-11-05 2013-11-04 Комбинации биомаркеров для колоректальных опухолей

Country Status (7)

Country Link
US (1) US10246748B2 (ru)
EP (1) EP2914739B1 (ru)
CA (1) CA2890161A1 (ru)
DK (1) DK2914739T3 (ru)
ES (1) ES2647154T3 (ru)
RU (1) RU2015121366A (ru)
WO (1) WO2014068124A1 (ru)

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3073268A1 (en) * 2015-03-27 2016-09-28 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des Öffentlichen Rechts Biomarker panel for diagnosing cancer
US20180092874A1 (en) * 2016-10-03 2018-04-05 Lincoln Memorial University Identification and use of very long chain dicarboxylic acids for disease diagnosis, chemoprevention, and treatment
US11073522B2 (en) 2016-10-03 2021-07-27 Lincoln Memorial University Structural validation of very long chain dicarboxylic acids
CN106919801B (zh) * 2017-03-08 2023-07-18 杭州大伽信息科技有限公司 一种免疫组织化学染色辅助分析系统及使用方法
US20220005605A1 (en) * 2018-02-09 2022-01-06 Metabolomic Diagnostics Lemited A system and method of generating a model to detect, or predict the risk of, an outcome
EP3765634A4 (en) 2018-03-16 2021-12-01 Scipher Medicine Corporation METHODS AND SYSTEMS FOR PREDICTING THE RESPONSE TO ANTI-TNF THERAPIES
WO2020193816A1 (es) * 2019-03-25 2020-10-01 Hospital Clinic De Barcelona Procedimiento para la detección precoz de cáncer
EP3990656A4 (en) 2019-06-27 2023-12-06 Scipher Medicine Corporation DEVELOPMENT OF CLASSIFIERS TO STRATIFY PATIENTS
WO2021119761A1 (en) 2019-12-20 2021-06-24 Hudson Institute of Medical Research Cxcl10 binding proteins and uses thereof
CA3206126A1 (en) 2021-01-15 2022-07-21 Universite De Fribourg Biomarkers for breast cancer detection
WO2023128429A1 (ko) * 2021-12-31 2023-07-06 주식회사 이노제닉스 대장암 및 진행 선종의 선별 검사 방법 및 그 응용
WO2023128419A1 (ko) * 2021-12-31 2023-07-06 주식회사 이노제닉스 대장암 및 대장 용종 또는 진행 선종의 선별 방법 및 그 응용

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101061238B (zh) 2004-08-06 2013-11-20 健泰科生物技术公司 使用生物标志的测定法和方法
EP1777523A1 (en) * 2005-10-19 2007-04-25 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) An in vitro method for the prognosis of progression of a cancer and of the outcome in a patient and means for performing said method
US20100196889A1 (en) 2006-11-13 2010-08-05 Bankaitis-Davis Danute M Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Colorectal Cancer
CA2688558A1 (en) * 2007-06-04 2009-03-26 Diagnoplex Biomarker combinations for colorectal cancer

Also Published As

Publication number Publication date
EP2914739B1 (en) 2017-09-13
WO2014068124A1 (en) 2014-05-08
CA2890161A1 (en) 2014-05-08
US20150299802A1 (en) 2015-10-22
ES2647154T3 (es) 2017-12-19
US10246748B2 (en) 2019-04-02
EP2914739A1 (en) 2015-09-09
DK2914739T3 (da) 2017-11-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015121366A (ru) Комбинации биомаркеров для колоректальных опухолей
Spindler et al. Circulating free DNA as biomarker and source for mutation detection in metastatic colorectal cancer
Sun et al. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease in breast cancer
Chundong et al. Molecular diagnosis of MACC1 status in lung adenocarcinoma by immunohistochemical analysis
Kondalsamy-Chennakesavan et al. Differentiating stage 1 epithelial ovarian cancer from benign ovarian tumours using a combination of tumour markers HE4, CA125, and CEA and patient's age
CN103299188B (zh) 用于癌症的分子诊断试验
Wang et al. Circulating tumor cells as a new predictive and prognostic factor in patients with small cell lung cancer
Liu et al. Pre-operative lymphocyte-to-monocyte ratio as a predictor of overall survival in patients suffering from osteosarcoma
Outeiro-Pinho et al. MicroRNA-30a-5p me: a novel diagnostic and prognostic biomarker for clear cell renal cell carcinoma in tissue and urine samples
Wan et al. Monitoring of plasma cell-free DNA in predicting postoperative recurrence of clear cell renal cell carcinoma
Li et al. Prognostic and predictive blood biomarkers in gastric cancer and the potential application of circulating tumor cells
Chang et al. Identification of a biomarker panel using a multiplex proximity ligation assay improves accuracy of pancreatic cancer diagnosis
Zhou et al. Down-regulation of long non-coding RNA LET is associated with poor prognosis in gastric cancer
Cristaudo et al. Serum mesothelin and other biomarkers: what have we learned in the last decade?
Liu et al. Evaluation of miR-29c, miR-124, miR-135a and miR-148a in predicting lymph node metastasis and tumor stage of gastric cancer
Lee et al. High KLF4 level in normal tissue predicts poor survival in colorectal cancer patients
Ren et al. Diagnostic model of serum miR-193a-5p, HE4 and CA125 improves the diagnostic efficacy of epithelium ovarian cancer
JP2016531579A (ja) 食道がんのための分子診断試験
Lee et al. Plasma human mammaglobin mRNA associated with poor outcome in patients with breast cancer
Zhang et al. Vestigial like family member 3 is a novel prognostic biomarker for gastric cancer
Spagnuolo et al. Urinary expression of let-7c cluster as non-invasive tool to assess the risk of disease progression in patients with high grade non-muscle invasive bladder Cancer: a pilot study
Qiu et al. Clinical value of serum HMGB1 in diagnosis and prognosis of laryngeal squamous cell carcinoma
Chiam et al. Identification of microRNA biomarkers of response to neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal adenocarcinoma using next generation sequencing
CN114594259B (zh) 一种新型的用于结直肠癌预后预测和诊断的模型及其应用
Liu et al. Breast cancer survival prediction using seven prognostic biomarker genes

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20190130