RU2015111205A - Генетические маркеры устойчивости к маститу - Google Patents

Генетические маркеры устойчивости к маститу Download PDF

Info

Publication number
RU2015111205A
RU2015111205A RU2015111205A RU2015111205A RU2015111205A RU 2015111205 A RU2015111205 A RU 2015111205A RU 2015111205 A RU2015111205 A RU 2015111205A RU 2015111205 A RU2015111205 A RU 2015111205A RU 2015111205 A RU2015111205 A RU 2015111205A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
cattle
genetic marker
chr6
mastitis
specified
Prior art date
Application number
RU2015111205A
Other languages
English (en)
Inventor
Бернт ГУЛДБРАНДТСЕН
Гоутам САХАНА
Могенс Сандо ЛУНД
Бо ТОМСЕН
Кристиан БЕНДИКСЕН
Франк Бернд ПАНИТЦ
Original Assignee
Орхус Университет
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Орхус Университет filed Critical Орхус Университет
Publication of RU2015111205A publication Critical patent/RU2015111205A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ определения устойчивости к маститу у особи крупного рогатого скота, который включает обнаружение в образце, полученном у указанной особи крупного рогатого скота, наличия или отсутствия по меньшей мере одного генетического маркера, ассоциированного по меньшей мере с одним признаком устойчивости к маститу указанной особи крупного рогатого скота и/или ее потомства, при этом по меньшей мере один указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в области между 71082832 и 102757841 (UMD3.1).2. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в области между 88000560 и 95999980 Mb (UMD3.1).3. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в гене рецептора 2 нейропептида FF (NPFFR2).4. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в гене белка-предшественника (GC), связывающего витамин D.5. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован в гене, выбранном из группы, состоящей из ENSBTAG00000018531 (IGJ), ENSBTAG00000009310 (UTP3, ENSBTAG00000016795 (RUFY3), ENSBTAG00000008577 (GRSF1), ENSBTAG00000016290 (MOB1B), ENSBTAG00000012397 (DCK), ENSBTAG00000002348 (SLC4A4), ENSBTAG00000013718 (GC), ENSBTAG00000009070 (NPFFR2) и ENSBTAG00000006507 (ADAMTS3).6. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер выбран из группы, состоящей из Chr6_88977023, Chr6_88612186, Chr6_88610743, Chr6_88326504, Chr6_88326504, Chr6_88326504 and Chr6_88326504 (см. таблицу 12) и/или аллеля генетического маркера, ассоциированного с устойчивостью к маститу и/или определенного признака, указанного в таблице 12: CM11, CM12, CM2, CM3, CM, SCS1, SCS2, SCS3 или SCS.7. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер является SNP BovineHD0600024355 и/или любым генетическим маркером, генетически сцепленным с указанным маркером.8. Способ по п. 1, в котором указанным генетическим маркером является Chr6_88977023.9. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер является G/A SNP, локализованным в положении 89059253 п.о. (UMD3.1), где аллель А ассоциирован с маститом и аллель G ассоциирован с устойчивостью к маститу.10. Способ по п. 1, в котором генетический

Claims (25)

1. Способ определения устойчивости к маститу у особи крупного рогатого скота, который включает обнаружение в образце, полученном у указанной особи крупного рогатого скота, наличия или отсутствия по меньшей мере одного генетического маркера, ассоциированного по меньшей мере с одним признаком устойчивости к маститу указанной особи крупного рогатого скота и/или ее потомства, при этом по меньшей мере один указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в области между 71082832 и 102757841 (UMD3.1).
2. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в области между 88000560 и 95999980 Mb (UMD3.1).
3. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в гене рецептора 2 нейропептида FF (NPFFR2).
4. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в гене белка-предшественника (GC), связывающего витамин D.
5. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер локализован в гене, выбранном из группы, состоящей из ENSBTAG00000018531 (IGJ), ENSBTAG00000009310 (UTP3, ENSBTAG00000016795 (RUFY3), ENSBTAG00000008577 (GRSF1), ENSBTAG00000016290 (MOB1B), ENSBTAG00000012397 (DCK), ENSBTAG00000002348 (SLC4A4), ENSBTAG00000013718 (GC), ENSBTAG00000009070 (NPFFR2) и ENSBTAG00000006507 (ADAMTS3).
6. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер выбран из группы, состоящей из Chr6_88977023, Chr6_88612186, Chr6_88610743, Chr6_88326504, Chr6_88326504, Chr6_88326504 and Chr6_88326504 (см. таблицу 12) и/или аллеля генетического маркера, ассоциированного с устойчивостью к маститу и/или определенного признака, указанного в таблице 12: CM11, CM12, CM2, CM3, CM, SCS1, SCS2, SCS3 или SCS.
7. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер является SNP BovineHD0600024355 и/или любым генетическим маркером, генетически сцепленным с указанным маркером.
8. Способ по п. 1, в котором указанным генетическим маркером является Chr6_88977023.
9. Способ по п. 1, в котором указанный генетический маркер является G/A SNP, локализованным в положении 89059253 п.о. (UMD3.1), где аллель А ассоциирован с маститом и аллель G ассоциирован с устойчивостью к маститу.
10. Способ по п. 1, в котором генетический маркер выбирают из группы, состоящей из SNP, представленных в таблице13: Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253, Chr6_89059253 and Chr6_89059253.
11. Способ по п. 1, в котором указанный признак выбирают из СМ11 (наличие (1) или отсутствие (0) клинического мастита в период между -15 и 50 днями после первого отела), СМ12 (наличие (1) или отсутствие (0) клинического мастита в период между 51 и 305 днями после первого отела), СМ2 (наличие (1) или отсутствие (0) клинического мастита в период между -15 и 305 днями после второго отела), СМ3 (наличие (1) или отсутствие (0) клинического мастита в период между -15 и 305 днями после третьего отела), СМ (клинический мастит: 0,25*СМ11+0,25*СМ12+0,3*СМ2+0,2*СМ3), SCC1 (среднее log значение количества соматических клеток в период первой лактации), SCC2 (среднее log значение количества соматических клеток в период второй лактации), SCC3 (среднее log значение количества соматических клеток в период третьей лактации) и SCC (log значение количества соматических клеток: 0,5*SCC1+0,3*SCC2+0,2*SCC3).
12. Способ по п. 1, в котором по меньшей мере один маркер устойчивости к маститу используют для оценки племенной ценности указанной особи крупного рогатого скота.
13. Способ по п. 1, в котором указанный образец выбирают из крови, семени, мочи, мышцы, кожи, волоса, уха, хвоста, жира и/или слюны.
14. Способ по п. 1, в котором указанный образец является семенем или кровью.
15. Способ по п. 1, который включает амплификацию генетической области, содержащей указанный генетический маркер, и обнаружение указанного продукта амплификации.
16. Способ по п. 1, в котором указанная особь крупного рогатого скота является представителем голштинской породы крупного рогатого скота.
17. Способ по п. 1, в котором указанная особь крупного рогатого скота является представителем поголовья крупного рогатого скота датской голштинской породы.
18. Способ по п. 1, в котором указанная особь крупного рогатого скота является представителем скандинавской голштинской, датской джерсейской и скандинавской красной породы крупного рогатого скота.
19. Способ по п. 1, в котором по меньшей мере один указанный генетический маркер включает по меньшей мере два генетических маркера, например, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, в частности, по меньшей мере 10 генетических маркеров.
20. Способ отбора особи крупного рогатого скота для племенного назначения, который включает определение устойчивости к маститу указанной особи крупного рогатого скота и/или ее потомства при помощи способа по любому из предшествующих пунктов.
21. Способ по п. 20, который включает оценку племенной ценности указанной отобранной особи крупного рогатого скота.
22. Способ оценки племенности ценности в отношении восприимчивости к маститу особи крупного рогатого скота, который включает обнаружение в образце, полученном у указанной особи крупного рогатого скота, наличия или отсутствия по меньшей мере одного генетического маркера, ассоциированного по меньшей мере с одним признаком устойчивости к маститу указанной особи крупного рогатого скота и/или ее потомства, и оценку племенной ценности на основании наличия или отсутствия указанного генетического маркера, при этом по меньшей мере один указанный генетический маркер локализован на ВТА6 в области между 71082832 и 102757841 (UMD3.1).
23. Способ по п. 22, в котором указанную племенную ценность вычисляют при помощи метода оптимального линейного несмещенного прогнозирования на основании одного признака, ассоциированного с маркером (MA-BLUP).
24. Способ селективного разведения особей крупного рогатого скота, который включает:
(а) приобретение особи крупного рогатого скота;
(b) получение биологического образца у указанной особи крупного рогатого скота;
(с) определение наличия в указанном образце по меньшей мере одного генетического маркера, локализованного в BTA6 в области генома, выбираемой из группы, состоящей из областей 1-61, между 71082832 и 102757841 (UMD3.1);
(d) отбор особи крупного рогатого скота, в геноме которой присутствует по меньшей мере один генетический маркер; и
(е) использование указанной особи крупного рогатого скота для разведения.
25. Способ по п. 24, который включает получение семени у отобранной особи крупного рогатого скота и использование указанного семени для искусственного оплодотворения одной или нескольких коров или телок.
RU2015111205A 2012-08-28 2013-08-28 Генетические маркеры устойчивости к маститу RU2015111205A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DKPA201270508 2012-08-28
DKPA201270508 2012-08-28
PCT/EP2013/067838 WO2014033181A1 (en) 2012-08-28 2013-08-28 Genetic markers for mastitis resistance

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2015111205A true RU2015111205A (ru) 2016-10-27

Family

ID=49036591

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015111205A RU2015111205A (ru) 2012-08-28 2013-08-28 Генетические маркеры устойчивости к маститу

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20150240308A1 (ru)
EP (1) EP2890811A1 (ru)
JP (1) JP2015526099A (ru)
CN (1) CN104812912A (ru)
AU (1) AU2013310937A1 (ru)
BR (1) BR112015004631A2 (ru)
CA (1) CA2882192A1 (ru)
HK (1) HK1212392A1 (ru)
IN (1) IN2015DN01501A (ru)
RU (1) RU2015111205A (ru)
WO (1) WO2014033181A1 (ru)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3328192A1 (en) * 2015-07-29 2018-06-06 Genus Plc Method of breeding cows for improved milk yield
JP6892102B2 (ja) * 2017-02-02 2021-06-18 国立研究開発法人理化学研究所 ウシ白血病ウイルス（ｂｌｖ）プロウイルスロードの判定方法およびその利用
CN107012248B (zh) * 2017-05-16 2020-10-27 北京市畜牧总站 一种检测奶牛乳房炎抗性的分子标记及其用途
SG11202011778QA (en) * 2018-06-01 2020-12-30 Regeneron Pharma Methods and systems for sparse vector-based matrix transformations
CN110867208B (zh) * 2019-11-29 2023-06-20 中国科学院海洋研究所 一种提高水产动物全基因组选择育种效率的方法
JP7465485B2 (ja) 2022-03-24 2024-04-11 国立大学法人東京農工大学 乳房炎発症リスクの判定に用いるｄｎａマーカー及びそれを用いた乳房炎リスクの判定方法
WO2023196818A1 (en) 2022-04-04 2023-10-12 The Regents Of The University Of California Genetic complementation compositions and methods

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007090397A2 (en) * 2006-02-06 2007-08-16 Aarhus Universitet Qtls for udder health characteristics in cattle
PT2069531E (pt) * 2006-02-06 2013-06-04 Univ Aarhus Ltqs para resistência à mastite em gado
CN101410533A (zh) * 2006-02-06 2009-04-15 奥胡斯大学 乳房健康特征
WO2010108498A1 (en) * 2009-03-26 2010-09-30 Aarhus Universitet Genetic markers for mastitis resistance

Also Published As

Publication number Publication date
IN2015DN01501A (ru) 2015-07-03
EP2890811A1 (en) 2015-07-08
JP2015526099A (ja) 2015-09-10
HK1212392A1 (en) 2016-06-10
US20150240308A1 (en) 2015-08-27
CN104812912A (zh) 2015-07-29
BR112015004631A2 (pt) 2017-11-21
AU2013310937A1 (en) 2015-03-26
CA2882192A1 (en) 2014-03-06
WO2014033181A1 (en) 2014-03-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015111205A (ru) Генетические маркеры устойчивости к маститу
Morita et al. Functional sperm of the yellowtail (Seriola quinqueradiata) were produced in the small-bodied surrogate, jack mackerel (Trachurus japonicus)
van Marle-Köster et al. Genetic improvement in South African livestock: can genomics bridge the gap between the developed and developing sectors?
El Debaky et al. Potential of water buffalo in world agriculture: challenges and opportunities
Kadarmideen et al. Genomic selection of in vitro produced and somatic cell nuclear transfer embryos for rapid genetic improvement in cattle production
Boysen et al. Detection of a quantitative trait locus for ham weight with polar overdominance near the ortholog of the callipyge locus in an experimental pig F2 population
Devos et al. Genetic potential for residual feed intake and diet fed during early-to mid-gestation influences post-natal DNA methylation of imprinted genes in muscle and liver tissues in beef cattle
Sakar et al. Determination of the relationship between Anatolian black cattle growth properties and myostatin, GHR and Pit-1 gene
Mi et al. Effects of sperm DNA methylation on domesticated animal performance and perspectives on cross-species epigenetics in animal breeding
Halli et al. Estimation of direct and maternal genetic effects and annotation of potential candidate genes for weight and meat quality traits in a genotyped outdoor dual-purpose cattle breed
Pal et al. Investigation of haemoglobin polymorphism in Ogaden cattle
Paek et al. Application of PCR-RFLP for quick identification of MSTN mutants in MSTN mutant pig breeding
KR101390536B1 (ko) 수정란 이식기술을 이용한 고능력 한우의 대량생산방법
Das et al. Role of biotechnology on animal breeding and genetic improvement
Devani et al. Genetic parameter estimations and genomic insights for teat and udder structure in young and mature Canadian Angus cows
Hansen Some challenges and unrealized opportunities toward widespread use of the in vitro-produced embryo in cattle production
Cooper et al. Including cow information in genomic prediction of Holstein dairy cattle in the US
Denoyelle et al. Genetic variations and differential DNA methylation to face contrasted climates in small ruminants: an analysis on traditionally-managed sheep and goats
Catillo et al. Identification of genomic regions harboring diversity between Holstein and two local endangered breeds, Modenese and Maremmana
Usman et al. CD4 promoter hyper methylation is associated with lower gene expression in clinical mastitis cows and vice versa in the healthy controls
Saleh et al. History of the Goat and Modern Versus Old Strategies to enhance the genetic performance
Atagi et al. Effect of heat stress on production traits of Holstein cattle in Japan: parameter estimation using test-day records of first parity and genome wide markers.
Morrell et al. Animal reproduction technologies: future perspectives
Oliveira et al. Imputation accuracy for genomic selection using embryo biopsy samples in Gir
Rocha Phenotypic and genomic analysis of the number of oocytes and embryos of the Gir breed

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20171011