RU2015104984A

RU2015104984A - Способ создания дивергентных кодон-оптимизированных больших повторяющихся последовательностей днк

Info

Publication number: RU2015104984A
Application number: RU2015104984A
Authority: RU
Inventors: Дональд Дж. Мерло; Игнасио ЛАРРИНУА; Скотт Бивен
Original assignee: ДАУ АГРОСАЙЕНСИЗ ЭлЭлСи
Priority date: 2012-07-16
Filing date: 2013-07-16
Publication date: 2016-09-10
Also published as: AR091774A1; EP2872630A1; IL236734B; CA2879199A1; AU2013290374B2; CN104937101A; BR112015000982B8; IN2015DN00849A; US20150175672A1; EP2872630A4; AU2013290374A1; KR20150032334A; JP2015524658A; HK1211053A1; IL236734A0; EP2872630B1; US10793612B2; WO2014014950A1; BR112015000982A2; BR112015000982B1

Abstract

1. Способ получения молекулы синтетической нуклеиновой кислоты, где способ включает:(i) предоставление аминокислотной последовательности из области аминокислотных повторов полипептида;(ii) выведение множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновых кислот, каждая из которых кодирует аминокислотную последовательность;(iii) выравнивание множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты по гомологии последовательностей и сборку филогенетического дерева ближайших соседей, включающего множество образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты;(iv) выбор только одного образца из множества кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты; и(v) получение молекулы нуклеиновой кислоты, включающей выбранный образец кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты.2. Способ по п. 1, где аминокислотная последовательность из области аминокислотных повторов полипептида предоставляется путем предоставления последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей область аминокислотных повторов из полипептида, и выведения аминокислотной последовательности из предлагаемой последовательности нуклеиновой кислоты.3. Способ по п. 2, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая область аминокислотных повторов, клонируется из организма.4. Способ по п. 1, где выведение множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты, каждый из которых кодирует аминокислотную последовательность, включает использование предпочтения в отношении использования кодонов организма.5. Способ

Claims

1. Способ получения молекулы синтетической нуклеиновой кислоты, где способ включает:

(i) предоставление аминокислотной последовательности из области аминокислотных повторов полипептида;

(ii) выведение множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновых кислот, каждая из которых кодирует аминокислотную последовательность;

(iii) выравнивание множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты по гомологии последовательностей и сборку филогенетического дерева ближайших соседей, включающего множество образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты;

(iv) выбор только одного образца из множества кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты; и

(v) получение молекулы нуклеиновой кислоты, включающей выбранный образец кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты.

2. Способ по п. 1, где аминокислотная последовательность из области аминокислотных повторов полипептида предоставляется путем предоставления последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей область аминокислотных повторов из полипептида, и выведения аминокислотной последовательности из предлагаемой последовательности нуклеиновой кислоты.

3. Способ по п. 2, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая область аминокислотных повторов, клонируется из организма.

4. Способ по п. 1, где выведение множества образцов кодон-оптимизированных последовательностей нуклеиновой кислоты, каждый из которых кодирует аминокислотную последовательность, включает использование предпочтения в отношении использования кодонов организма.

5. Способ по п. 1, где выбранный образец кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты выбирают из глубоко разветвленной части филогенетического дерева ближайших соседей.

6. Способ по п. 1, где полипептид экспрессируется в организме.

7. Способ по п. 1, где полипептид представляет собой синтетический полипептид, о котором не известно, что он экспрессируется в организме.

8. Способ по п. 1, дополнительно включающий введение выбранного образца кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты в последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую представляющий интерес полипептид, в котором полученная молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую представляющий интерес полипептид, включающий выбранный образец кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты.

9. Способ по п. 8, где представляющий интерес полипептид имеет такую же аминокислотную последовательность, что и полипептид, из которого предоставлена последовательность области аминокислотных повторов.

10. Способ по п. 8, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая представляющий интерес полипептид, включающая выбранный образец кодон-оптимизированной последовательности нуклеиновой кислоты, сама оптимизирована.

11. Способ по п. 8, где представляющий интерес полипептид включает множество областей аминокислотных повторов, и где стадии с (i) по (iv) выполняются независимо, по крайней мере, для некоторых из множества областей аминокислотных повторов представляющего интерес полипептида.

12. Способ по п. 11, где стадии с (i) по (iv) выполняются независимо для каждой из множества областей аминокислотных повторов представляющего интерес полипептида.

13. Способ по п. 8, где полученная молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую представляющий интерес полипептид, функционально связанный, по меньшей мере, с одним регуляторным элементом.

14. Способ по п. 8, где молекула нуклеиновой кислоты подходит для введения в организм-хозяин.

15. Способ по п. 13, в котором молекула нуклеиновой кислоты подходит для введения в организм-хозяин.

16. Способ по п. 15, где молекула нуклеиновой кислоты представляет собой экспрессионный вектор.

17. Молекула нуклеиновой кислоты, полученная способом по п. 8.

18. Способ получения генетически модифицированного организма, где способ включает введение молекулы нуклеиновой кислоты по п. 17 в организм-хозяин.

19. Способ по п. 18, где организм-хозяин представляет собой растение.

20. Способ по п. 19, где организм-хозяин представляет собой Brassica napus.

21. Способ по п. 18, где организм-хозяин выбирают из группы, состоящей из дрожжей, водорослей и прокариот.

22. Генетически модифицированный организм, полученный способом по п. 18.

23. Генетически модифицированное растение, полученное способом по п. 19.

24. Способ получения рекомбинантного белка, где способ включает введение молекулы нуклеиновой кислоты по п. 17 в клетку, где представляющий интерес полипептид экспрессируется в клетке.

25. Способ по п. 24, дополнительно включающий выделение представляющего интерес полипептида.