RU2014144881A - Способ экспрессии полипептидов с применением модифицированных нуклеиновых кислот - Google Patents

Abstract

1. Способ рекомбинантного получения полипептида в прокариотической клетке, включающий этап культивирования прокариотической клетки, которая содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид, и извлечения полипептида из прокариотической клетки или культуральной среды,где каждый из аминокислотных остатков полипептида кодируется по меньшей мере одним кодоном, где кодоны, кодирующие один и тот же аминокислотный остаток, объединены в одну группу, и каждый из кодонов в группе определяется конкретной частотой использования в этой группе, где сумма конкретных частот использования всех кодонов в одной группе составляет 100%,где общая частота использования каждого кодона в нуклеиновой кислоте, кодирующей полипептид, является примерно такой же, как его конкретная частота использования в его группе.2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки более 5%.3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки 8% или более.4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки 10% или более.5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что для каждого последовательного появления конкретной аминокислоты в полипептиде, начиная с N-конца полипептида, в соответствующей позиции кодирующей нуклеиновой кислоты используется тот же кодон, который находится в соответствующей последовательной позиции в соответствующем мотиве кодонов аминокислоты для конкретной аминокислоты.6. Способ по п. 5, отличающийся тем, чтоi) после использования последнего кодона из мотива кодонов аминокислоты при

Claims (11)

1. Способ рекомбинантного получения полипептида в прокариотической клетке, включающий этап культивирования прокариотической клетки, которая содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид, и извлечения полипептида из прокариотической клетки или культуральной среды,

где каждый из аминокислотных остатков полипептида кодируется по меньшей мере одним кодоном, где кодоны, кодирующие один и тот же аминокислотный остаток, объединены в одну группу, и каждый из кодонов в группе определяется конкретной частотой использования в этой группе, где сумма конкретных частот использования всех кодонов в одной группе составляет 100%,

где общая частота использования каждого кодона в нуклеиновой кислоте, кодирующей полипептид, является примерно такой же, как его конкретная частота использования в его группе.

2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки более 5%.

3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки 8% или более.

4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что группы включают только кодоны с общей частотой использования в геноме клетки 10% или более.

5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что для каждого последовательного появления конкретной аминокислоты в полипептиде, начиная с N-конца полипептида, в соответствующей позиции кодирующей нуклеиновой кислоты используется тот же кодон, который находится в соответствующей последовательной позиции в соответствующем мотиве кодонов аминокислоты для конкретной аминокислоты.

6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что

i) после использования последнего кодона из мотива кодонов аминокислоты при следующем появлении конкретной аминокислоты в полипептиде снова используется кодон, который находится в первой позиции соответствующего мотива кодонов аминокислоты в соответствующей кодирующей нуклеиновой кислоте,

ii) для каждого дальнейшего последовательного появления этой конкретной аминокислоты в полипептиде в соответствующей позиции кодирующей нуклеиновой кислоты используется кодон, который присутствует в соответствующей позиции в соответствующем мотиве кодонов аминокислоты для конкретной аминокислоты.

7. Способ по любому из пп. 5 и 6, отличающийся тем, что кодоны в мотиве кодонов аминокислоты расположены с уменьшением конкретной частоты использования, где после кодона с наименьшей конкретной частотой использования или после кодона со второй наименьшей конкретной частотой использования используется кодон с наибольшей конкретной частотой использования.

8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что кодоны в мотиве кодонов аминокислоты расположены с уменьшением конкретной частоты использования, где после кодона с наименьшей конкретной частотой использования используется кодон с самой высокой конкретной частотой использования.

9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что клетка представляет собой E. coli.

10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что мотив кодонов аминокислоты для

аланина выбран среди SEQ ID № 01, 02, 03, 04 и 05, и/или

аргинина выбран среди SEQ ID № 06 и 07, и/или

аспарагина выбран среди SEQ ID № 08, 09, 10, 11, и 12, и/или

аспарагиновой кислоты выбран среди SEQ ID № 13 и 14, и/или,

цистеина выбран среди SEQ ID № 15, 16 и 17, и/или

глутамина выбран среди SEQ ID № 18, 19, 20, и 21, и/или

глутаминовой кислоты выбран среди SEQ ID № 22, 23 и 24, и/или

глицина выбран среди SEQ ID № 25 и 26, и/или

гистидина выбран среди SEQ ID № 27 и 28, и/или

изолейцина выбран из SEQ ID № 29 и 30, и/или

лейцина выбран среди SEQ ID № 31, 32 и 33, и/или

лизина выбран среди SEQ ID № 34, 35, 36 и 37, и/или

фенилаланина выбран среди SEQ ID № 38, 39 и 40, и/или

пролина выбран среди SEQ ID № 41, 42, 43, 44, 45 и 46, и/или

серина выбран из SEQ ID № 47 и 48, и/или

треонина выбран среди SEQ ID № 49, 50 и 51, и/или

тирозина выбран среди SEQ ID № 52 и 53, и/или

валина выбран среди SEQ ID № 54, 55 и 56.

11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид представляет собой антитело или фрагмент антитела или гибридный полипептид антитела.