RU2014114712A - METHOD FOR DIFFERENTIATION OF TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS OF YERSINIA PESTIS OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT ACCOUNTING OF RESULTS - Google Patents

METHOD FOR DIFFERENTIATION OF TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS OF YERSINIA PESTIS OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT ACCOUNTING OF RESULTS Download PDF

Info

Publication number
RU2014114712A
RU2014114712A RU2014114712/10A RU2014114712A RU2014114712A RU 2014114712 A RU2014114712 A RU 2014114712A RU 2014114712/10 A RU2014114712/10 A RU 2014114712/10A RU 2014114712 A RU2014114712 A RU 2014114712A RU 2014114712 A RU2014114712 A RU 2014114712A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
typical
pckf
med24
realtime
hybridization
Prior art date
Application number
RU2014114712/10A
Other languages
Russian (ru)
Other versions
RU2550257C2 (en
Inventor
Евгений Геннадьевич Оглодин
Константин Алексеевич Никифоров
Георгий Николаевич Одиноков
Любовь Михайловна Куклева
Любовь Владимировна Анисимова
Галина Александровна Ерошенко
Владимир Викторович Кутырев
Original Assignee
Федеральное государственное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб")
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") filed Critical Федеральное государственное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб")
Priority to RU2014114712/10A priority Critical patent/RU2550257C2/en
Publication of RU2014114712A publication Critical patent/RU2014114712A/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2550257C2 publication Critical patent/RU2550257C2/en

Links

Abstract

Способ дифференциации типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара, предусматривающий выделение ДНК штамма, провдение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов с использованием олигонуклеотидных праймеров и зондов на мишени "Med24" и "pCKF" следующего состава: праймеры прямой Med24 RealTime-S GCCAGTGTGTGTCTAAA, обратный Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG и зонд Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, праймеры прямой pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, обратный pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA и зонд pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1, и разделение типичных и атипичных штаммов средневекового биовара по отсутствию гибридизационно-флуоресцентного сигнала по обеим ДНК мишеням у типичных штаммов и по его наличию по обеим ДНК мишеням у атипичных штаммов.A method for differentiating typical and atypical strains of Yersinia pestis from the main subspecies of medieval biovar, which involves isolating the strain DNA, performing PCR with hybridization-fluorescence results using oligonucleotide primers and probes on the Med24 and pCKF targets of the following composition: direct Med24 RealTime primers GCCAGTGTGTGTCTAAA, reverse Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG and probe Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, primers direct pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, reverse pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA and probe pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1, and separation of typical and atypical strains ednevekovogo biovar by the absence of hybridization-fluorescence signal on both DNA targets at typical strains and its presence on both target DNA in atypical strains.

Claims (1)

Способ дифференциации типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара, предусматривающий выделение ДНК штамма, провдение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов с использованием олигонуклеотидных праймеров и зондов на мишени "Med24" и "pCKF" следующего состава: праймеры прямой Med24 RealTime-S GCCAGTGTGTGTCTAAA, обратный Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG и зонд Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, праймеры прямой pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, обратный pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA и зонд pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1, и разделение типичных и атипичных штаммов средневекового биовара по отсутствию гибридизационно-флуоресцентного сигнала по обеим ДНК мишеням у типичных штаммов и по его наличию по обеим ДНК мишеням у атипичных штаммов.A method for differentiating typical and atypical strains of Yersinia pestis from the main subspecies of medieval biovar, which involves isolating the strain DNA, performing PCR with hybridization-fluorescence results using oligonucleotide primers and probes on the Med24 and pCKF targets of the following composition: direct Med24 RealTime primers GCCAGTGTGTGTCTAAA, reverse Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG and probe Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, primers direct pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, reverse pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA and probe pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1, and separation of typical and atypical strains ednevekovogo biovar by the absence of hybridization-fluorescence signal on both DNA targets at typical strains and its presence on both target DNA in atypical strains.
RU2014114712/10A 2014-04-14 2014-04-14 METHOD OF DIFFERENTIATING TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS Yersinia pestis OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDISATION-FLUORESCENT RECORDING RESULTS RU2550257C2 (en)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2014114712/10A RU2550257C2 (en) 2014-04-14 2014-04-14 METHOD OF DIFFERENTIATING TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS Yersinia pestis OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDISATION-FLUORESCENT RECORDING RESULTS

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2014114712/10A RU2550257C2 (en) 2014-04-14 2014-04-14 METHOD OF DIFFERENTIATING TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS Yersinia pestis OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDISATION-FLUORESCENT RECORDING RESULTS

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2014114712A true RU2014114712A (en) 2014-08-10
RU2550257C2 RU2550257C2 (en) 2015-05-10

Family

ID=51355052

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014114712/10A RU2550257C2 (en) 2014-04-14 2014-04-14 METHOD OF DIFFERENTIATING TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS Yersinia pestis OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDISATION-FLUORESCENT RECORDING RESULTS

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2550257C2 (en)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2642273C1 (en) * 2016-07-25 2018-01-24 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Method of differentiating yersinia pestis strains on basic and nonbasic subtypes by pcr method in real time mode

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2621869C1 (en) * 2016-11-17 2017-06-07 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") Method for plague agent strains subspecies differentiation by pcr with real time hybridization-fluorescent account of results
RU2736649C1 (en) * 2019-12-30 2020-11-19 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Method for genetic differentiation of yersinia pseudotuberculosis strains by molecular-genetic typing

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FI118690B (en) * 2005-12-08 2008-02-15 Simo Nikkari Diagnostic procedure and products useful therein
RU2385941C1 (en) * 2008-12-01 2010-04-10 Ооо "Научно-Производственная Фирма "Омикс" METHOD OF DETECTION BACTERIA Yersinia AND DIFFERENTIATION OF YERSINIA PATHOGENIC FOR HUMAN BY MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION
CN101560560B (en) * 2009-03-17 2012-04-18 中国检验检疫科学研究院 Genetic liquichip for detecting plague bacillus and detection method thereof
RU2415948C1 (en) * 2009-12-11 2011-04-10 Федеральное государственное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ("РосНИПЧИ "Микроб") METHOD OF SUBSPECIFIC DIFFERENTIATION OF Yersinia pestis STRAINS BY MULTILOCUS SEQUENCE TYPING
RU2471872C1 (en) * 2011-09-08 2013-01-10 Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Method for differentiating yersinia pestis strains of various subspecies and biovars by polymerase chain reaction and multilocus sequence typing
RU2496882C2 (en) * 2012-09-17 2013-10-27 Российская Федерация, от имени которой выступает Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Method to differentiate strains of plague agent of primary subtype of medieval and antique biovars by method of polymerase chain reaction

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2642273C1 (en) * 2016-07-25 2018-01-24 Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Method of differentiating yersinia pestis strains on basic and nonbasic subtypes by pcr method in real time mode

Also Published As

Publication number Publication date
RU2550257C2 (en) 2015-05-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2016064894A3 (en) Compositions and methods for detecting an rna virus
EP4269607A3 (en) Detection of target nucleic acid sequences using different detection temperatures
MX2017001405A (en) Detection of target nucleic acids using hybridization.
WO2014116729A3 (en) Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing
WO2015123430A3 (en) Single molecule electronic multiplex snp assay and pcr analysis
MX2017009766A (en) Nanopore detection of target polynucleotides from sample background.
GB201200658D0 (en) Methods,compositions,and kits for determining the presence/absence of a variant nucleic acid sequence
EP3201350A4 (en) Method for nucleic acid analysis directly from an unpurified biological sample
WO2014138119A3 (en) Method and kit for characterizing microorganisms
EP3216852A4 (en) Method for introducing nucleic acid, method for detecting nucleic acid, method for analyzing biological component, array device for biological component assay, and kit for analyzing biological component
EA038921B9 (en) Detection of target nucleic acid and variants thereof
HK1243739A1 (en) Detection method based on signal amplifier dna cascade reactions with target extension
WO2016059473A3 (en) Sequence conversion and signal amplifier dna having locked nucleic acids and detection methods using same
WO2015179777A3 (en) Gene expression profiles associated with sub-clinical kidney transplant rejection
EP3214181A4 (en) Oligonucleotides, set of oligonucleotides, htlv-i/htlv-ii infection diagnostic and discrimination kit, polynucleotide suitable as reference target for designing primers and probes for the detection and differentiation of htlv-i and htlv-ii, amplicon and method for detecting at least one htlv target
RU2014114712A (en) METHOD FOR DIFFERENTIATION OF TYPICAL AND ATYPICAL STRAINS OF YERSINIA PESTIS OF MEDIEVAL BIOVAR BY PCR METHOD WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT ACCOUNTING OF RESULTS
EP3130687A4 (en) Thick steel plate having exceptional haz toughness at very low temperatures
EP4282961A3 (en) Compositions and methods for the detection and analysis of mycobacterium tuberculosis
MX366113B (en) Diagnostic methods and compositions.
MX2016013877A (en) Compositions and methods for enhancing and/or predicting dna amplification.
EP3480320A4 (en) Double-stranded nucleic acid signal probe and method for detecting target molecule using same
GB2557028A8 (en) Device and methods to detect biomarkers using ologonucleotides
WO2015127201A8 (en) Hiv-2 nucleic acids and methods of detection
EP3241900A4 (en) Oligonucleotide probe for detecting single nucleotide polymorphism, and method for detecting single nucleotide polymorphism
RU2014138468A (en) METHOD FOR DIFFERENTIATION OF BIOVARS AND GENOVARIATIONS OF YERSINIA PESTIS STRAINS OF THE MAIN SUBSIDIARY USING THE POLYMERASE CHAIN REACTION

Legal Events

Date Code Title Description
HZ9A Changing address for correspondence with an applicant
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20160415