RU2009116513A - СПОСОБ ХРОМОСОМНОЙ ИНТЕГРАЦИИ И ЗАМЕНЫ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК В Clostridia - Google Patents
СПОСОБ ХРОМОСОМНОЙ ИНТЕГРАЦИИ И ЗАМЕНЫ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК В Clostridia Download PDFInfo
- Publication number
- RU2009116513A RU2009116513A RU2009116513/10A RU2009116513A RU2009116513A RU 2009116513 A RU2009116513 A RU 2009116513A RU 2009116513/10 A RU2009116513/10 A RU 2009116513/10A RU 2009116513 A RU2009116513 A RU 2009116513A RU 2009116513 A RU2009116513 A RU 2009116513A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- clostridium
- gene
- marker
- vector
- marker gene
- Prior art date
Links
Abstract
1. Способ замены последовательности ДНК-мишени посредством гомологичной рекомбинации в Clostridia, включающий: !трансформацию указанного штамма вектором, содержащим: ! ориджин репликации, позволяющий осуществлять его репликацию в Clostridia, и ! замещающую кассету, содержащую первый маркерный ген, окруженный двумя последовательностями, гомологичными выбранным участкам около последовательности ДНК-мишени, позволяющими осуществлять рекомбинацию данной кассеты, и ! второй маркерный ген, ! селекцию штаммов с интегрированной в их геном указанной кассетой, которые экспрессируют первый маркерный ген, ! селекцию штаммов с элиминированным указанным вектором, которые не экспрессируют второй маркерный ген. ! 2. Способ по п.1, где второй маркерный ген представляет собой ген устойчивости к антибиотику. ! 3. Способ по п.1, где второй маркерный ген представляет собой встречно-селектируемый маркер. ! 4. Способ по п.3, где встречно-селектируемый маркер представляет собой ген, который восстанавливает активность несущественного отсутствующего или делетированного гена. ! 5. Способ по п.4, где встречно-селектируемый маркер представляет собой ген upp. ! 6. Способ по п.1, где вектор содержит третий маркер, который дает возможность проведения негативной селекции штаммов с элиминированным указанным вектором. ! 7. Способ по п.1, где вектор элиминируется в результате переваривания эндонуклеазами. ! 8. Способ по п.7, где вектор несет последовательности ДНК, которые распознаются рестрикционными эндонуклеазами и которые вместе с тем отсутствуют в геноме используемого штамма Clostridium. ! 9. Способ по п.7 или 8, где используемый штамм Clostridium несет в своем геноме
Claims (20)
1. Способ замены последовательности ДНК-мишени посредством гомологичной рекомбинации в Clostridia, включающий:
трансформацию указанного штамма вектором, содержащим:
ориджин репликации, позволяющий осуществлять его репликацию в Clostridia, и
замещающую кассету, содержащую первый маркерный ген, окруженный двумя последовательностями, гомологичными выбранным участкам около последовательности ДНК-мишени, позволяющими осуществлять рекомбинацию данной кассеты, и
второй маркерный ген,
селекцию штаммов с интегрированной в их геном указанной кассетой, которые экспрессируют первый маркерный ген,
селекцию штаммов с элиминированным указанным вектором, которые не экспрессируют второй маркерный ген.
2. Способ по п.1, где второй маркерный ген представляет собой ген устойчивости к антибиотику.
3. Способ по п.1, где второй маркерный ген представляет собой встречно-селектируемый маркер.
4. Способ по п.3, где встречно-селектируемый маркер представляет собой ген, который восстанавливает активность несущественного отсутствующего или делетированного гена.
5. Способ по п.4, где встречно-селектируемый маркер представляет собой ген upp.
6. Способ по п.1, где вектор содержит третий маркер, который дает возможность проведения негативной селекции штаммов с элиминированным указанным вектором.
7. Способ по п.1, где вектор элиминируется в результате переваривания эндонуклеазами.
8. Способ по п.7, где вектор несет последовательности ДНК, которые распознаются рестрикционными эндонуклеазами и которые вместе с тем отсутствуют в геноме используемого штамма Clostridium.
9. Способ по п.7 или 8, где используемый штамм Clostridium несет в своем геноме по меньшей мере одну эндонуклеазу, специфичную к рестрикционным сайтам, присутствующим в векторе, возможно экспрессируемую под контролем индуцибельного промотора.
10. Способ по п.1, где первый маркерный ген представляет собой ген устойчивости к антибиотику.
11. Способ по п.1, где первый маркерный ген окружен двумя рекомбиназными сайтами-мишенями.
12. Способ по п.11, где первый маркерный ген элиминируется под действием рекомбиназы после того, как произошел акт гомологичной рекомбинации.
13. Способ по любому из пп.11 или 12, где указанная рекомбиназа экспрессируется геном, доставляемым вторым вектором, введенным в этот штамм.
14. Способ по любому из пп.11 или 12, где указанные рекомбиназные сайты-мишени представляют собой FRT (Flippase Recognition Target)-последовательности (распознаваемые флиппазой последовательности-мишени), а указанная рекомбиназа представляет собой рекомбиназу FLP (флиппаза).
15. Способ по п.1, где указанные последовательности, гомологичные участкам около последовательности ДНК-мишени, содержат мутации, затрагивающие включительно до 10% пар оснований, используемых для рекомбинационного события.
16. Способ по п.1, где Clostridia, которые должны быть трансформированы, имеют делеции генов, кодирующих рестрикционные эндонуклеазы.
17. Способ по п.1, где Clostridia, которые должны быть трансформированы, имеют делеции генов, кодирующих ДНКазу.
18. Способ по п.1, где Clostridia, которые должны быть трансформированы, имеют делеции гена upp.
19. Способ по п.1, где штаммы Clostridium выбраны среди Clostridium acetobutylicum, Clostridium bejeirinckii, Clostridium saccharoperbutylacetonicum, Clostridium butylicum, Clostridium butyricum, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Clostridium sporogenes, Clostridium thermocellum, Clostridium saccharolyticum (теперь Thermoanaerobacter saccharolyticum), Clostridium thermosulfurogenes (теперь Thermoanaerobacter thermosulfurigenes), Clostridium thermohydrosulfuricum (теперь Thermoanaerobacter ethanolicus).
20. Способ по п.19, где штаммом Clostridium является Clostridium acetobutylicum.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2009116513/10A RU2464317C2 (ru) | 2006-10-03 | 2006-10-03 | Способ хромосомной интеграции и замены последовательности днк в clostridia |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2009116513/10A RU2464317C2 (ru) | 2006-10-03 | 2006-10-03 | Способ хромосомной интеграции и замены последовательности днк в clostridia |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2009116513A true RU2009116513A (ru) | 2010-11-10 |
| RU2464317C2 RU2464317C2 (ru) | 2012-10-20 |
Family
ID=44025691
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2009116513/10A RU2464317C2 (ru) | 2006-10-03 | 2006-10-03 | Способ хромосомной интеграции и замены последовательности днк в clostridia |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2464317C2 (ru) |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2003064623A2 (en) * | 2002-01-31 | 2003-08-07 | Washington State University Research Foundation | Methods and vectors for facilitating site-specific recombination |
-
2006
- 2006-10-03 RU RU2009116513/10A patent/RU2464317C2/ru active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2464317C2 (ru) | 2012-10-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Wasels et al. | A two-plasmid inducible CRISPR/Cas9 genome editing tool for Clostridium acetobutylicum | |
| Wang et al. | Genome editing in Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4 with the CRISPR-Cas9 system | |
| Lian et al. | Engineered CRISPR/Cas9 system for multiplex genome engineering of polyploid industrial yeast strains | |
| Huang et al. | Phage serine integrase-mediated genome engineering for efficient expression of chemical biosynthetic pathway in gas-fermenting Clostridium ljungdahlii | |
| US10550396B2 (en) | Deletion mutations | |
| Martinez-Morales et al. | Chromosomal integration of heterologous DNA in Escherichia coli with precise removal of markers and replicons used during construction | |
| Chung et al. | Construction of a stable replicating shuttle vector for Caldicellulosiruptor species: use for extending genetic methodologies to other members of this genus | |
| Xue et al. | Improved bioethanol production using CRISPR/Cas9 to disrupt the ADH2 gene in Saccharomyces cerevisiae | |
| Bourgade et al. | Genetic and metabolic engineering challenges of C1-gas fermenting acetogenic chassis organisms | |
| CN105602993A (zh) | 线粒体靶向的基因编辑系统及方法 | |
| CA2945574A1 (en) | Process for producing targeted mutations in bacterial genomes with crispr/cas system | |
| Herman et al. | Development of a high-efficiency transformation method and implementation of rational metabolic engineering for the industrial butanol hyperproducer Clostridium saccharoperbutylacetonicum strain N1-4 | |
| Diallo et al. | Adaptation and application of a two-plasmid inducible CRISPR-Cas9 system in Clostridium beijerinckii | |
| Borsenberger et al. | Multiple parameters drive the efficiency of CRISPR/Cas9-induced gene modifications in Yarrowia lipolytica | |
| Liu et al. | Current progress of targetron technology: development, improvement and application in metabolic engineering | |
| US10669530B2 (en) | Clostridium acetobutylicum strains unable to produce hydrogen and useful for the continuous production of chemicals and fuels | |
| RU2009116513A (ru) | СПОСОБ ХРОМОСОМНОЙ ИНТЕГРАЦИИ И ЗАМЕНЫ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК В Clostridia | |
| Ingelman et al. | Autotrophic adaptive laboratory evolution of the acetogen Clostridium autoethanogenum delivers the gas-fermenting strain LAbrini with superior growth, products, and robustness | |
| Monaghan et al. | Deletion of glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenase (gapN) in Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1‐4 (HMT) using CLEAVE™ increases the ATP pool and accelerates solvent production | |
| CN111454981A (zh) | 一种dna双链断裂修复工具及其应用 | |
| CN104099359B (zh) | 通过构建“大小染色体”高效敲除大肠杆菌基因组的方法 | |
| US20230109758A1 (en) | Genetically modified clostridium bacteria, preparation and uses of same | |
| Joseph et al. | Metabolic Engineering and the Synthetic Biology Toolbox for Clostridium | |
| Tremblay et al. | Genetic tools for the electrotroph Sporomusa ovata and autotrophic biosynthesis | |
| Pyne | Development of genetic tools for metabolic engineering of Clostridium pasteurianum |