RU2005120527A

RU2005120527A - Гены corynebacterium glutamicum, кодирующие белки резистентности и толерантности к стрессам

Info

Publication number: RU2005120527A
Application number: RU2005120527/13A
Authority: RU
Inventors: Маркус ПОМПЕЙУС (DE); Маркус ПОМПЕЙУС; Буркхард КРЕГЕР (DE); Буркхард КРЕГЕР; Хартвиг ШРЕДЕР (DE); Хартвиг ШРЕДЕР; Оскар ЦЕЛЬДЕР (DE); Оскар Цельдер; Грегор ХАБЕРХАУЕР (DE); Грегор ХАБЕРХАУЕР; Хеунг-Шик ЛИ (KR); Хеунг-Шик ЛИ; Хьюнг-Джун КИМ (KR); Хьюнг-Джун КИМ
Original assignee: Басф Акциенгезелльшафт (De); Басф Акциенгезелльшафт
Priority date: 1999-06-25
Filing date: 2005-07-01
Publication date: 2007-01-10
Also published as: RU2007110850A; RU2303635C2; RU2007110848A

Claims

1. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты Corynebacterium glutamicum, содержащая последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарную ей последовательность.

2. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID No:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарную ей последовательность.

3. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует природный аллельный вариант полипептида, включающего аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей последовательностей с четными номерами SEQ ID NO:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарную ей последовательность.

4. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 50% идентична всей нуклеотидной последовательности любой последовательности с нечетным номером SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарную ей последовательность.

5. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая фрагмент, состоящий по меньшей мере из 15 последовательных нуклеотидов нуклеотидной последовательности любой последовательности с нечетным номером SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарную ей последовательность.

6. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-5, и нуклеотидная последовательность, кодирующая гетерологичный полипептид.

7. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

8. Вектор по п.7, который является экспрессирующим вектором.

9. Клетка-хозяин, трансфецированная экспрессирующим вектором по п.8.

10. Клетка-хозяин по п.9, где указанная клетка является микроорганизмом.

11. Клетка-хозяин по п.10, где указанная клетка принадлежит роду Corynebacterium или Brevibacterium.

12. Клетка-хозяин по п.9, где экспрессия указанной молекулы нуклеиновой кислоты приводит к модуляции продуцирования химического продукта тонкого органического синтеза из указанной клетки.

13. Клетка-хозяин по п.12, где указанный химический продукт тонкого органического синтеза выбран из группы, включающей органические кислоты, протеиногенные и непротеиногенные аминокислоты, пуриновые и пиримидиновые основания, нуклеозиды, нуклеотиды, липиды, насыщенные и ненасыщенные жирные кислоты, диолы, углеводы, ароматические соединения, витамины, кофакторы, поликетиды и ферменты.

14. Способ получения полипептида, включающий культивирование клетки-хозяина по п.9 в подходящей культуральной среде для получения посредством этого данного полипептида.

15. Выделенный полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID No:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

16. Выделенный полипептид, содержащий природный аллельный вариант полипептида, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID No:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

17. Выделенный полипептид, который кодируется молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, которая является по меньшей мере на 50% идентична всей последовательности нуклеиновой кислоты любой последовательности с нечетным номером SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не содержит никакой из F-обозначенных молекул нуклеиновых кислот, представленных в таблице 1.

18. Выделенный полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на 50% идентична аминокислотной последовательности любой последовательности с четным номером SEQ ID No:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что эта аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

19. Выделенный полипептид, содержащий фрагмент полипептида, содержащего аминокислотную последовательность любой последовательности с четным номером SEQ ID No:4-300, SEQ ID No:301 и SEQ ID No:302, при условии, что эта аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, где указанный полипептидный фрагмент сохраняет биологическую активность полипептида, содержащего аминокислотную последовательность.

20. Выделенный полипептид по любому из пп.15-19, дополнительно содержащий гетерологичные аминокислотные последовательности.

21. Способ получения химического продукта тонкого органического синтеза, включающий культивирование клетки по п.9, так что продуцируется химический продукт тонкого органического синтеза.

22. Способ по п.21, где указанный способ дополнительно включает стадию извлечения химического продукта тонкого органического синтеза из указанной культуры.

23. Способ по п.21, где указанная клетка принадлежит роду Corynebacterium или Brevibacterium.

24. Способ по п.21, где указанная клетка выбрана из группы, состоящей из Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium herculis, Corynebacterium lilium, Corynebacterium acetoacidophilum, Corynebacterium acetoglutamicum, Corynebacterium acetophilum, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacterium fujiokense, Corynebacterium nitrilophilus, Brevibacterium ammoniagenes, Brevibacterium butanicum, Brevibacterium divaricatum, Brevibacterium flavum, Brevibacterium healii, Brevibacterium ketoglutamicum, Brevibacterium ketosoreductum, Brevibacterium lactofermentum, Brevibacterium linens, Brevibacterium paraffinolyticum и эти штаммы, представленных в таблице 3.

25. Способ по п.21, где экспрессия молекулы нуклеиновой кислоты из указанного вектора приводит к модуляции продуцирования указанного химического продукта тонкого органического синтеза.

26. Способ по п.21, где указанный химический продукт тонкого органического синтеза выбран из группы, состоящей из органических кислот, протеиногенных и непротеиногенных аминокислот, пуриновых и пиримидиновых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов, липидов, насыщенных и ненасыщенных жирных кислот, диолов, углеводов, ароматических соединений, витаминов, кофакторов, поликетидов и ферментов.

27. Способ по п.21, где указанный химический продукт является аминокислотой.

28. Способ по п.27, отличающийся тем, что указанная аминокислота выбрана из группы, состоящей из лизина, глутамата, глутамина, аланина, аспартата, глицина, серина, треонина, метионина, цистеина, валина, лейцина, изолейцина, аргинина, пролина, гистидина, тирозина, фенилаланина и триптофана.

29. Способ получения химического продукта тонкого органического синтеза, включающий культивирование клетки, геномная ДНК которой была изменена включением молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

30. Способ диагностики присутствия или активности Corynebacterium diphtheriae в субъекте, включающий детектирование присутствия одной молекулы нуклеиновой кислоты по пп.1-5 или полипептидных молекул по п.15-19, и таким образом диагностики присутствия или активности Corynebacterium diphtheriae в субъекте.

31. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, где эта молекула нуклеиновой кислоты является разрушенной.

32. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, где молекула нуклеиновой кислоты содержит одну или несколько модификаций нуклеиновой кислоты по сравнению с последовательностью, имеющей нечетный номер SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304.

33. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID No:3-299, SEQ ID No:303 и SEQ ID No:304, где регуляторный участок этой молекулы нуклеиновой кислоты модифицирован относительно регуляторного участка этой молекулы дикого типа.