RU2005107708A

RU2005107708A - Иммуностимулирующие нуклеиновые кислоты

Info

Publication number: RU2005107708A
Application number: RU2005107708/04A
Authority: RU
Inventors: Артур М. КРИГ (US); Артур М. Криг; Ульрике САМУЛОВИТЦ (DE); Ульрике САМУЛОВИТЦ; Йорг ФОЛЛЬМЕР (DE); Йорг Фолльмер; Ойген УЛЬМАНН (DE); Ойген Ульманн; Марион ЮРК (DE); Марион Юрк; Грейсон ЛИПФОРД (DE); Грейсон Липфорд; Роберт РАНКИН (NL); Роберт Ранкин
Original assignee: Коли Фармасьютикал Груп, Инк. (Us); Коли Фармасьютикал Груп, Инк.; Коли Фармасьютикал Гмбх (De); Коли Фармасьютикал Гмбх
Priority date: 2002-08-19
Filing date: 2003-08-19
Publication date: 2006-02-10
Also published as: RU2008128870A; RU2338750C2

Claims

1. Иммуностимулирующий олигонуклеотид, содержащий, по крайней мере, один внутренний динуклеотид "пиримидин-пурин" (YZ) и химерную основную цепь, где, по крайней мере, один внутренний динуклеотид YZ имеет фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, где каждый дополнительный внутренний динуклеотид YZ необязательно содержит фосфодиэфирную, фосфодиэфироподобную или стабилизированную межнуклеотидную связь, и где все остальные межнуклеотидные связи являются стабилизированными.

2. Олигонуклеотид по п.1, где указанная иммуностимулирующая нуклеиновая кислота содержит множество внутренних динуклеотидов YG, содержащих фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь.

3. Олигонуклеотид по п.2, где каждый внутренний динуклеотид YG содержит фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь.

4. Олигонуклеотид, содержащий иммуностимупирующую молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую химерную основную цепь и, по крайней мере, одну последовательность N₁YGN₂, где в каждой последовательности N₁YGN₂ YG независимо представляет собой внутренний динуклеотид "пиримидин-гуанозин" (YG), каждый из N₁ и Ns независимо представляет собой любой нуклеотид, и где, по крайней мере, в одной последовательности N₁YGN₂ и необязательно в каждой дополнительной последовательности N₁YGN₂:

динуклеотид YG содержит фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, и

(a) N₁ и Y связаны фосфодиэфирной или фосфодиэфироподобной межнуклеотидной связью, если N₁ представляет собой внутренний нуклеотид,

(b) G и N₂ связаны фосфодиэфирной или фосфодиэфироподобной межнуклеотидной связью, если N₂ представляет собой внутренний нуклеотид, или

(c) N₁ и Y связаны фосфодиэфирной или фосфодиэфироподобной межнуклеотидной связью, если N₁ представляет собой внутренний нуклеотид, а G и N₂ связаны фосфодиэфирной или фосфодиэфироподобной межнуклеотидной связью, если N₂ представляет собой внутренний нуклеотид, где все остальные межнуклеотидные связи являются стабилизированными.

5. Олигонуклеотид по п.3, где, по крайней мере, одним внутренним динуклеотидом YG, имеющим фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, является CG.

6. Олигонуклеотид по п.3, где указанной иммуностимулирующей молекулой нуклеиновой кислоты является иммуностимулирующая молекула нуклеиновой кислоты В-класса.

7. Олигонуклеотид по п.3, где указанной иммуностимулирующей молекулой нуклеиновой кислоты является иммуностимулирующая молекула нуклеиновой кислоты С-класса.

8. Олигонуклеотид по п.3, где указанная иммуностимулирующая молекула нуклеиновой кислоты имеет длину 4-100 нуклеотидов.

9. Олигонуклеотид по п.3, где указанная иммуностимулирующая молекула нуклеиновой кислоты не является антисмысловым олигонуклеотидом, олигонуклеотидом, образующим тройную спираль, или рибозимом.

10. Олигонуклеотид, содержащий:

N₁-C_G-N₂-C_G-N₃

где каждый из N₁ и N₃ независимо представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 1-20 нуклеотидов, и где _ означает внутреннюю фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, N₂ независимо представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 0-20 нуклеотидов, a G-N₂-C содержит 1 или 2 стабилизированных связи.

11. Олигонуклеотид, содержащий:

N₁-C_G-N₂-C_G-N₃

где каждый из N₁ и N₃ независимо представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 1-20 нуклеотидов, и где _ означает внутреннюю фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, N₂ независимо представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 4-20 нуклеотидов, a G-N₂-C содержит, по крайней мере, 5 стабилизированных связей.

12. Олигонуклеотид, содержащий:

N₁-C_G-N₂-C_G-N₃

где каждый из N₁, N₂ и N₃ независимо представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 0-20 нуклеотидов, где означает внутреннюю фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, и где указанный олигонуклеотид не является антисмысловым олигонуклеотидом, олигонуклеотидом, образующим тройную спираль, или рибозимом.

13. Олигонуклеотид по п.3, где указанный олигонуклеотид дополнительно содержит адъювант, цитокин или антиген.

14. Олигонуклеотид по п.3, где указанными стабилизированными межнуклеотидными связями является фосфортиоатная связь.

15. Олигонуклеотид, содержащий:

5'T*C*G* (T*/A*)TN₃CGTTTTN₄CGN₅*T*T3' (SEQ ID NO:301),

где N₃ состоит из 0-4 нуклеотидов, N₄ состоит из 1-5 нуклеотидов и необязательно из 1-2 нуклеотидов, N₅ состоит из 0-7 нуклеотидов, а символ * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, и где указанный олигонуклеотид содержит, по крайней мере, 3 фосфодиэфирных межнуклеотидных связи и имеет длину, необязательно, 16-24 нуклеотида.

16. Олигонуклеотид по п.15, где указанной стабилизированной межнуклеотидной связью является фосфортиоатная связь.

17. Олигонуклеотид по п.15, где указанный олигонуклеотид имеет одну из нижеследующих структур:

5'T*C*G*(T*/A*)TN₃CGTTTTN₄C*G*N₅*T*T3' (SEQ ID NO:301),

5'Т*C*G*A*T*N₃C*G*TTTTN₄C_G_*N₅*T*T3' (SEQ ID NO:302),

5'T*C*G*A*T*C*G*T*T*T*T_T_C_G*T*G*C*G*T*T*T*T*T3' (SEQ ID NO:304),

5'T*C*G*T*T*T*T*G*A_C_G_T*T*T*T*G*T*C*G*T*T3' (SEQ ID NO:305), или

5'T*C*G*T*T*N₃C_G_TTTTN₄CGN₅*T*T 3' (SEQ ID NO:303).

18. Олигонуклеотид, содержащий:

5'T*CGCGN₈CGCGC*GN₉3' (SEQ ID NO:315),

где N₈ имеет длину 4-10 нуклеотидов и содержит, по крайней мере, 1 мотив С_G и необязательно, по крайней мере, 2 или 3 мотива CG, N₉ имеет длину 0-3 нуклеотида, символ * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, _ означает присутствие фосфодиэфирной межнуклеотидной связи, и где указанный олигонуклеотид имеет длину 15-40 нуклеотидов.

19. Олигонуклеотид по п.18, где N₈ представляет собой PuCGPyPyCG, PuCGPyPyCGCG или ACGTTCG.

20. Олигонуклеотид по п.18, где N₉ содержит, по крайней мере, один мотив CG.

21. Олигонуклеотид по п.18, где N₉ представляет собой CCG.

22. Олигонуклеотид по п.18, где указанный олигонуклеотид имеет нижеследующую структуру:

5'T*C_G*C_G*A*C_G*T*T*C_G*G*C*G*C_G*C*G*C*C*G3' (SEQ ID NO:316)

или 5'T*C*G*C*G*A*C_G*T*T*C*G*C*G*C_G*C*G*C*G3' (SEQ ID NO:317).

23. Олигонуклеотид, содержащий:

5'T*C_G(N₆C_GN₇)_2-3T*C_G*T*T3' (SEQ ID NO:311-312),

где N₆ и N₇ независимо имеют длину 1-5 нуклеотидов; N₆, необязательно, представляет собой один нуклеотид, предпочтительно, Т или А, и N₇ необязательно состоит из пяти нуклеотидов, предпочтительно, из пяти пиримидинов или TTTTG, где * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, _ означает присутствие фосфодиэфирной межнуклеотидной связи, и где указанный олигонуклеотид имеет длину 16-40 нуклеотидов.

24. Олигонуклеотид по п.23, где указанный олигонуклеотид имеет одну из нижеследующих структур:

T*C_G*T*C_G*T*T*T*T*G*A*C_G*T*T*T*T*G*T*C_G*T*T3' (SEQ ID NO:

313) или 5'T*C_G*A*C_G*T*T*T*T*G*T*C_G*T*T*T*T*G*T*C_G*T*T3' (SEQ ID NO:314).

25. Олигонуклеотид, содержащий:

5'T*T*GX₁X₂TGX₃X₄T*T*T*T*N₁₀T*T*T*T*T*T*T3' (SEQ ID NO:318),

где N₁₀ имеет длину 4-8 нуклеотидов и содержит, по крайней мере, 1 мотив C_G и необязательно, по крайней мере, 2 или 3 мотива CG, где X₁, X₂, Х₃ и Х₄ независимо представляют собой С или G, * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, _ означает присутствие фосфодиэфирной межнуклеотидной связи, и где указанный олигонуклеотид имеет длину 24-40 нуклеотидов.

26. Олигонуклеотид по п.25, где указанный олигонуклеотид имеет одну из нижеследующих структур:

5'T*T*G*C_G*T*G*C_G*T*T*T*T*G*A*C_G*T*T*T*T*T*T*T3' (SEQ ID NO:319)

или 5'T*T*G*G_C*T*G*G_C*T*T*T*T*G*A*C_G*T*T*T*T*T*T*T3' (SEQ ID NO:320).

27. Олигонуклеотид, содержащий:

5'T*C*G*C_G*A*C*G*T*T*C_G*G*C*G*C_G*C*G*C*C*G3' (SEQ ID NO:321),

где * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, означает присутствие фосфодиэфирной межнуклеотидной связи, и необязательно где указанный олигонуклеотид имеет длину 21-40 нуклеотидов.

28. Олигонуклеотид, содержащий:

октамерную последовательность, содержащую, по крайней мере, один динуклеотид YZ, содержащий фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь и, по крайней мере, 4 нуклеотида Т, где Y представляет собой пиримидин или модифицированный пиримидин, a Z представляет собой гуанозин или модифицированный гуанозин, и где указанный олигонуклеотид содержит, по крайней мере, одну стабилизированную межнуклеотидную связь.

29. Олигонуклеотид по п.28, где указанная октамерная последовательность содержит мотив ТТТТ.

30. Олигонуклеотид по п.28, где указанная октамерная последовательность содержит два динуклеотида YZ.

31. Олигонуклеотид по п.30, где оба динуклеотида YZ имеют фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь.

32. Олигонуклеотид по п.28, где Y представляет собой неметилированный С.

33. Олигонуклеотид по п.28, где Z представляет собой гуанозин.

34. Олигонуклеотид по п.28, где указанная октамерная последовательность выбрана из группы, состоящей из:

T*C-G*T*C-G*T*T, C-G*T*C-G*T*T*T, G*T*C-G*T*T*T*T,

T*C-G*T*T*T*T*G, C-G*T*T*T*T*G*A, TT*T*T*G*A*C-G,

T*T*T*G*A*C-G*T, T*T*G*A*C-G*T*T, T*G*A*C-G*T*T*T, G*A*C-

G*T*T*T*T, A*C-G*T*T*T*T*G, C-G*T*T*T*T*G*T, T*T*T*T*G*T*C-G,

T*T*T*G*T*C-G*T, G*T*T*T*T*G*T*C, и T*T*G*T*C-G*T*T,

где * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи, и где _ означает присутствие фосфодиэфирной межнуклеотидной связи.

35. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет длину 8-40 нуклеотидов.

36. Олигонуклеотид по п.28, где указанной фосфодиэфироподобной связью является боранфосфонат или диастереомерно чистый фосфортиоат Rp.

37. Олигонуклеотид по п.28, где указанные стабилизированные межнуклеотидные связи выбраны из группы, состоящей из фосфортиоатной, фосфордитиоатной, метилфосфонатной, метилфосфортиоатной связи и любой их комбинации.

38. Олигонуклеотид по п.28, где Y представляет собой цитозин или модифицированные цитозиновые основания, выбранные из группы, состоящей из 5-метилцитозина, 5-метилизоцитозина, 5-гидроксицитозина, 5-галогенцитозина, урацила, N₄-этилцитозина, 5-фторурацила, и водород.

39. Олигонуклеотид по п.28, где Z представляет собой гуанин или модифицированное гуаниновое основание, выбранное из группы, состоящей из 7-деазагуанина, 7-деаза-7-замещенного гуанина (такого как 7-деаза-7-(С2-С6)алкинилгуанин), 7-деаза-8-замещенного гуанина, гипоксантина, 2,6-диаминопурина, 2-аминопурина, пурина, 8-замещенного гуанина, такого как 8-гидроксигуанин, 6-тиогуанина, 2-аминопурина, и водород.

40. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет 3'-3' связь с одним или двумя доступными 5'-концами.

41. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет два доступных 5'-конца, каждым из которых является 5'TCG.

42. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из

CGTCGTTTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:333),

GTCGTTTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:334),

TCGTTTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:335), CGTTTTGACGTTTTGTCGTT

(SEQ ID NO:336), GTTTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:337),

TTTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:338), TTTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID

NO:339), TTGACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:340), TGACGTTTTGTCGTT (SEQ

ID NO:341), GACGTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:342), ACGTTTTGTCGTT (SEQ

ID NO:343), GTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:344), GTTTTGTCGTT (SEQ ID NO:345),

TTTTGTCGTT (SEQ ID NO:346), TTTGTCGTT, и TTGTCGTT.

43. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из

TCGTCGTTTTGACGTTTTGTCGT (SEQ ID NO:347),

TCGTCGTTTTGACGTTTTGTCG (SEQ ID NO:348),

TCGTCGTTTTGACGTTTTGTC (SEQ ID NO:349), TCGTCGTTTTGACGTTTTGT

(SEQ ID NO:350), TCGTCGTTTTGACGTTTTG (SEQ ID NO:351),

TCGTCGTTTTGACGTTTT (SEQ ID NO:352), TCGTCGTTTTGACGTTT (SEQ ID

NO:353), TCGTCGTTTTGACGTT (SEQ ID NO:354), TCGTCGTTTTGACGT (SEQ

ID NO:355), TCGTCGTTTTGACG (SEQ ID NO:356), TCGTCGTTTTGAC (SEQ

ID NO:357), TCGTCGTTTTGA (SEQ ID NO:358), TCGTCGTTTTG (SEQ ID NO:359),

TCGTCGTTTT(SEQ ID NO:360), TCGTCGTTT, и TCGTCGTT.

44. Олигонуклеотид по п.28, где указанный олигонуклеотид имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из

CGTCGTTTTGACGTT TTGTCGT (SEQ ID NO:361),

GTCGTTTTGACGTTTTGTCG (SEQ ID NO:362), TCGTTTTGACGTTTTGTC

(SEQ ID NO 363), CGTTTTGACGTTTTGT (SEQ ID NO:364), GTTTTGACGTTTTG

(SEQ ID NO:365), TTTTGACGTTTT (SEQ ID NO:366), TTTGACGTTT (SEQ ID

NO:367), и TTGACGTT.

45. Олигонуклеотид, содержащий:

5'TCGTCGTTTTGACGTTTTGTCGTT3' (SEQ ID NO:368),

где, по крайней мере, один динуклеотид CG имеет фосфодиэфирную или фосфодиэфироподобную межнуклеотидную связь, и где указанный олигонуклеотид содержит, по крайней мере, одну стабилизированную межнуклеотидную связь.

46. Олигонуклеотид, содержащий:

5'GNC3', где N представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты длиной 4-10 нуклеотидов, которая, по крайней мере, на 50% состоит из Т и не содержит динуклеотид CG, и где указанный олигонуклеотид содержит, по крайней мере, одну стабилизированную межнуклеотидную связь.

47. Олигонуклеотид по п.46, где N содержит мотив ТТТТ.

48. Олигонуклеотид по п.47, где указанный олигонуклеотид выбран из группы, состоящей из G*T*T*T*T*G*T*C и G*T*T*T*T*G*A*C, где * означает присутствие стабилизированной межнуклеотидной связи.

49. Олигонуклеотид, содержащий

T*C_G*T*C_G*A*C_G*T*T*C_G*G*C*G*C_G*C*G*C*C*G (SEQ ID NO:369).

50. Олигонуклеотид, содержащий

T*C_G*G*A*C_G*T*T*C_G*G*C*G*C*G*C*C*G (SEQ ID NO:371).

51. Способ модуляции иммунного ответа, предусматривающий введение субъекту олигонуклеотида по любому из пп.1-50 в количестве, эффективном для модуляции иммунного ответа.

52. Способ по п.51, где указанный олигонуклеотид вводят указанному субъекту для лечения астмы или аллергии.

53. Способ по п.51, где указанный субъект страдает злокачественной опухолью, инфекционным заболеванием, аутоиммунным заболеванием или ремоделированием дыхательных путей.

54. Способ по п.51, который дополнительно предусматривает проведение лечения указанного субъекта в соответствии с такой методикой, как хирургическое вмешательство, лучевая терапия или медикаментозная терапия.

55. Способ по п.51, где указанный олигонуклеотид входит в состав лекарственного препарата, необязательно с нацеливающей молекулой.

56. Способ по п.51, где указанный олигонуклеотид вводят способом, выбранным из группы, состоящей из перорального, интраназального, подъязычного, внутривенного, подкожного, трансмукозального способа введения, введения через дыхательные пути, прямой инъекции и внутрикожного введения.

57. Способ по п.51, где указанный олигонуклеотид вводят указанному субъекту в количестве, эффективном для индуцирования цитокинов, где цитокины необязательно включают в себя IL-6, TNF-α, IFN-α, IFN-γ и IP-10.

58. Способ по п.51, где указанный олигонуклеотид вводят указанному субъекту в количестве, эффективном для переключения иммунного ответа с Тh2-ответа на Th1-ответ.

59. Способ стимуляции иммунного ответа, предусматривающий введение субъекту олигонуклеотида длиной, по крайней мере, 5 нуклеотидов в количестве, эффективном для стимуляции иммунного ответа, где указанный олигонуклеотид содержит, по крайней мере, один иммуностимупирующий динуклеотидный мотив, в котором межнуклеотидная связь между нуклеотидами указанного динуклеотида имеет R-хиральность, и где, по крайней мере, 70% других межнуклеотидных связей указанного олигонуклеотида имеют S-хиральность.