RU2001106643A - Способ идентификации и характеризации функций, потенциально имеющихся в биологическом образце, содержащем нуклеиновые кислоты - Google Patents

Способ идентификации и характеризации функций, потенциально имеющихся в биологическом образце, содержащем нуклеиновые кислоты

Info

Publication number
RU2001106643A
RU2001106643A RU2001106643/13A RU2001106643A RU2001106643A RU 2001106643 A RU2001106643 A RU 2001106643A RU 2001106643/13 A RU2001106643/13 A RU 2001106643/13A RU 2001106643 A RU2001106643 A RU 2001106643A RU 2001106643 A RU2001106643 A RU 2001106643A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
vector
fragments
stage
translation
vector molecule
Prior art date
Application number
RU2001106643/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2249045C2 (ru
Inventor
Даниель ДЮПРЭ (FR)
Даниель ДЮПРЭ
Жан-Мишель МАССОН (FR)
Жан-Мишель МАССОН
Фабрис ЛЕФЕВР (FR)
Фабрис ЛЕФЕВР
Original Assignee
Протеус (С.А.) (Fr)
Протеус (С.А.)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Протеус (С.А.) (Fr), Протеус (С.А.) filed Critical Протеус (С.А.) (Fr)
Publication of RU2001106643A publication Critical patent/RU2001106643A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2249045C2 publication Critical patent/RU2249045C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B82NANOTECHNOLOGY
    • B82YSPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
    • B82Y5/00Nanobiotechnology or nanomedicine, e.g. protein engineering or drug delivery

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Claims (34)

1. Способ выделения и характеризации функций, потенциально имеющихся в содержащем нуклеиновые кислоты биологическом образце, включающий следующие стадии: (a) получение фрагментов нуклеиновой кислоты из образца; (b) встраивание каждого фрагмента в векторную молекулу; (c) выделение каждого, полученного на стадии (b) фрагмента, встроенного в векторную молекулу, или части каждой, полученной на стадии (b) конструкции, образованной встроенной в векторную молекулу фрагментом; (d) обработка in vitro каждого, выделенного на стадии (с) фрагмента, встроенного в векторную молекулу, или части каждой, выделенной на стадии (с) конструкции, образованной встроенным в векторную молекулу фрагментом, для получения транскриптов; (e) тестирование функции полученных на стадии (d) транскриптов или кодируемых ими белков после трансляции транскриптов.
2. Способ по п.1, в котором стадия (е) включает обработку полученных на стадии (d) транскриптов in vitro клеточным экстрактом, обеспечивающих их трансляцию с последующим тестированием функции полученных белков любым подходящим способом.
3. Способ по любому из п.1 или 2, в котором векторная молекула включает одну или несколько полинуклеотидных последовательностей, включающих по крайней мере один промотор для осуществления транскрипции на стадии (d) и, необязательно кодирующую по крайней мере одно вещество, облегчающее выделение фрагмента на стадии (с).
4. Способ по п.3, в котором векторная молекула включает две полинуклеотидные последовательности, включающие, каждая, по крайней мере один промотор транскрипции, причем каждая из этих последовательностей соединена с концом одного из полученных на стадии (а) фрагментов.
5. Способ по любому из п.3 или 4, в котором промотор или промоторы транскрипции, содержащиеся в векторной молекуле, являются промоторами сильного типа.
6. Способ по любому из пп.1-5, в котором транскрипцию (стадия (d) ) проводят одновременно с трансляцией (стадии (e)).
7. Способ по любому из пп.1-6, в котором трансляцию транскрипта на стадии (е) проводят с помощью экстракта для трансляции того же самого происхождения или происхождения, близкого к происхождению биологического образца.
8. Способ по любому из пп.2-7, в котором экстракт для трансляции либо не обладает тестируемой на стадии (е) функцией, либо она имеется, но в таком случае ее невозможно обнаружить в условиях реализуемого в вышеуказанной стадии (е) теста.
9. Способ по любому из пп.2-8, в котором экстракт для трансляции представляет собой смесь нескольких экстрактов для трансляции.
10. Способ по любому из пп.2-9, в котором экстракт для трансляции включает одну или несколько специфических тРНК для одного или нескольких кодонов и/или одно или несколько веществ, благоприятствующих более эффективному удалению или созреванию экспрессированных белков.
11. Способ по любому из пп.2-6 и 8-10, в котором экстракт для трансляции представляет собой универсальный экстракт для трансляции, каково бы ни было происхождение образца.
12. Способ по любому из пп.1-11, в котором стадия (е) состоит в тестировании функции транскриптов в качестве рибозима или тРНК.
13. Способ по любому из пп.1-11, в котором стадия (е) состоит в тестировании функции транслированных белков, кодированных вышеуказанными транскриптами, по их ферментативной активности или сродству.
14. Способ по любому из пп.1-13, в котором стадия (е) состоит в тестировании, параллельно или одновременно, различных свойств одной и той же функции или нескольких функций.
15. Способ по любому из пп.1-14, в котором векторная молекула, в которую встроены фрагменты из стадии (b), представляет собой плазмидный вектор, предпочтительно не обеспечивающий экспрессию вышеуказанных фрагментов in vivo.
16. Способ по любому из пп.1-15, в котором при анализе биологического образца прокариотического организма фрагменты, полученные на стадии (а), имеют размер от одного до нескольких десятков т.п.н., предпочтительно 1-40 т.п.н., более предпочтительно 1-10 т.п.н.
17. Способ по любому из пп.1-16, в котором при анализе биологического образца эукариотического организма фрагменты, полученные на стадии (а), предпочтительно имеют размер порядка от нескольких десятков до нескольких сотен тысяч пар нуклеотидов.
18. Способ по любому из пп.1-15, в котором полученные на стадии (а) фрагменты могут включать неполный или полный оперон.
19. Способ по любому из пп.1-18, в котором биологический образец, из которого получают фрагменты на стадии (а), происходит от одного или нескольких, одинаковых или разных, прокариотических организмов или эукариотических клеток или вирусов.
20. Способ по любому из пп.1-18, в котором биологический образец, из которого получают фрагменты на стадии (а), представляет собой последовательность или банк синтетических нуклеиновых кислот.
21. Способ по любому из пп.1-20, в котором биологический образец, из которого получают фрагменты на стадии (а), образован неизвестными организмами и/или нуклеиновыми кислотами.
22. Способ по любому из пп.1-15 и 17-21, в котором биологический образец представляет собой банк эукариотической ДНК и реакция транскрипции на стадии (d) дополнена реакцией сплайсинга и процессинга мРНК in vitro при использовании нуклеарного экстракта.
23. Способ по любому из пп.1-22, в котором векторная молекула, в которую встраивают полинуклеотидные фрагменты на стадии (b), представляет собой плазмидный вектор и на стадии (b) каждый фрагмент встраивают по сайту вектора для клонирования или в кассету клонирования, причем плазмидный вектор включает промотор транскрипции с одной стороны сайта для клонирования и необязательно терминатор транскрипции с другой стороны; или сайт для клонирования, находящийся между двумя, одинаковыми или разными, промоторами транскрипции, необязательно фланкированными с той и другой стороны соответствующим терминатором или соответствующими терминаторами транскрипции.
24. Способ по п.23, в котором промоторы и необязательно терминаторы не функционируют в микроорганизме, используемом для выделения рекомбинантных векторов на стадии (c).
25. Способ по любому из пп.23-24, в котором выделение рекомбинантного вектора на стадии (с) осуществляют путем трансформации клеток-хозяев с помощью совокупности рекомбинантных векторов, полученных на стадии (b) для получения банка клонов, затем осуществляют выделение рекомбинантного вектора или части рекомбинантного вектора, содержащегося в каждом клоне банка, любым соответствующим способом.
26. Способ по любому из пп.1-25, который полностью проводят на твердом носителе типа микрогранул, или мембраны, или микротитрационного планшета.
27. Полинуклеотидная последовательность, кодирующая транскрипт или соответствующий белок, по крайней мере одна функция которой идентифицирована и селекционирована согласно способу по любому из пп.1-26.
28. Плазмидный вектор, содержащий полинуклеотидную последовательность по п.27.
29. Клетка-хозяин, трансформированная полинуклеотидной последовательностью по п.27 или вектором по п.28.
30. Белок, кодированный полинуклеотидной последовательностью по п.27.
31. Набор, образованный полинуклеотидными последовательностями по п.27 или векторами по п.28 или белками по п.30.
32. Плазмидный вектор, который может быть использован на стадии (b) способа по любому из пп.1-26, включающий область начала плазмидной репликации ori; сайт для клонирования, находящийся между двумя идентичными промоторами, такими как промотор Т7 или любой другой сильный промотор, необязательно фланкированными, и тот и другой, терминатором того же происхождения; необязательно специфические последовательности того и другого терминаторов, служащие сайгами гибридизации для амплификации путем полимеразной цепной реакции включенного в вектор полинуклеотидного фрагмента; селектирующий ген, представляющий собой ген тРНК, и, необязательно, параллельно, другой селектирующий ген, встроенный в сайт для клонирования.
33. Набор для осуществления способа по любому из пп.1-26, включающий средства, необходимые для получения фрагментов нуклеиновых кислот; по крайней мере одну векторную молекулу; по крайней мере один агент полимеризации; необязательно по крайней мере один клеточный экстракт для трансляции; средства, необходимые для тестирования одной или нескольких функций; буферы, необходимые для осуществления различных стадий.
34. Автоматизированное устройство для осуществления способа по любому из пп.1-26, включающее компоновку одного или нескольких носителей, роботов, автоматов и считывающих устройств, позволяющую, необязательно, приготовлять образец на стадии (а), необязательно осуществлять стадию встраивания фрагментов в векторную молекулу на стадии (b), необязательно выделять вышеуказанные, встроенные в векторную молекулу фрагменты на стадии (с) и осуществлять стадии (d) и (е).
RU2001106643/13A 1998-08-12 1999-08-11 Способ идентификации и характеризации функций, потенциально имеющихся в биологическом образце, содержащем нуклеиновые кислоты RU2249045C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR9810337A FR2782325B1 (fr) 1998-08-12 1998-08-12 Procede d'identification de sequences polynucleotidiques et/ou des proteines correspondantes a partir d'un echantillon d'acides nucleiques
FR98/10337 1998-08-12

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2001106643A true RU2001106643A (ru) 2004-03-27
RU2249045C2 RU2249045C2 (ru) 2005-03-27

Family

ID=9529620

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2001106643/13A RU2249045C2 (ru) 1998-08-12 1999-08-11 Способ идентификации и характеризации функций, потенциально имеющихся в биологическом образце, содержащем нуклеиновые кислоты

Country Status (18)

Country Link
US (1) US6514703B1 (ru)
EP (1) EP1104489B1 (ru)
JP (1) JP2002522093A (ru)
KR (1) KR100694929B1 (ru)
CN (1) CN100422340C (ru)
AT (1) ATE377092T1 (ru)
AU (1) AU766252B2 (ru)
BR (1) BR9912934A (ru)
CA (1) CA2339904A1 (ru)
DE (1) DE69937453T2 (ru)
DK (1) DK1104489T3 (ru)
ES (1) ES2296397T3 (ru)
FR (1) FR2782325B1 (ru)
IL (2) IL141372A0 (ru)
NZ (1) NZ509766A (ru)
RU (1) RU2249045C2 (ru)
WO (1) WO2000009747A1 (ru)
ZA (1) ZA200101288B (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB0012233D0 (en) 2000-05-19 2000-07-12 Devgen Nv Vector constructs
EP1910550A4 (en) * 2005-07-21 2009-11-04 Abbott Lab MULTIGENIC EXPRESSION COMPRISING SORF CONSTRUCTS AND METHODS USING POLYPROTEINS, PRO-PROTEINS, AND PROTEOLYSIS
AU2010313395A1 (en) * 2009-10-30 2012-05-10 Abbvie Inc. sORF constructs and multiple gene expression

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1186660A3 (fr) * 1985-03-30 2002-03-20 KAUFFMAN, Stuart A. Procédé d'obtension d'ADN, ARN, peptides, polypeptides ou protéines, par une technique de recombination d'ADN
US5571690A (en) * 1991-05-08 1996-11-05 The University Of Virginia Patents Foundation Method for the cell-free synthesis of proteins
NZ265504A (en) * 1993-04-08 1996-09-25 Res Dev Foundation Cell free engineering and synthesis of protein, using transcription/translation media
US6037329A (en) * 1994-03-15 2000-03-14 Selective Genetics, Inc. Compositions containing nucleic acids and ligands for therapeutic treatment
US5643722A (en) * 1994-05-11 1997-07-01 Trustees Of Boston University Methods for the detection and isolation of proteins
TW299352B (ru) * 1994-11-03 1997-03-01 Res Dev Foundation
RU2139352C1 (ru) * 1995-02-27 1999-10-10 Интеллиджин Лтд. Обнаружение биомолекул
CA2218188A1 (en) * 1995-04-11 1996-10-17 Trustees Of Boston University Solid phase sequencing of biopolymers
CN1167151A (zh) * 1997-04-02 1997-12-10 中国科学院上海生物化学研究所 一种外源基因在大肠杆菌中相对翻译起始率的判定方法
WO1998049274A1 (fr) * 1997-04-29 1998-11-05 Appligene-Oncor Adn polymerase thermostable et inteines de l'espece thermococcus fumicolans
US6506559B1 (en) 1997-12-23 2003-01-14 Carnegie Institute Of Washington Genetic inhibition by double-stranded RNA
AU759785C (en) * 1998-05-05 2003-12-04 Gene Logic, Inc. A process to study changes in gene expression in T lymphocytes
US6303337B1 (en) * 1999-08-25 2001-10-16 Amber Gen. Inc. N-terminal and C-terminal markers in nascent proteins

Also Published As

Publication number Publication date
FR2782325B1 (fr) 2002-05-24
RU2249045C2 (ru) 2005-03-27
DE69937453D1 (de) 2007-12-13
EP1104489B1 (fr) 2007-10-31
CA2339904A1 (fr) 2000-02-24
DK1104489T3 (da) 2008-02-25
IL141372A0 (en) 2002-03-10
ZA200101288B (en) 2002-02-15
AU5171699A (en) 2000-03-06
ATE377092T1 (de) 2007-11-15
WO2000009747A1 (fr) 2000-02-24
CN1323356A (zh) 2001-11-21
US6514703B1 (en) 2003-02-04
CN100422340C (zh) 2008-10-01
FR2782325A1 (fr) 2000-02-18
KR20010072442A (ko) 2001-07-31
BR9912934A (pt) 2001-05-08
IL141372A (en) 2008-03-20
NZ509766A (en) 2004-01-30
AU766252B2 (en) 2003-10-09
JP2002522093A (ja) 2002-07-23
KR100694929B1 (ko) 2007-03-14
DE69937453T2 (de) 2008-08-21
EP1104489A1 (fr) 2001-06-06
ES2296397T3 (es) 2008-04-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP3366818B1 (en) Method for constructing high-resolution single cell hi-c library with a lot of information
CN106947827B (zh) 一种获得鳙性别特异分子标记及其筛选方法和应用
CN110129415B (zh) 一种ngs建库分子接头及其制备方法和用途
US11339390B2 (en) DNA microscopy methods
EP3192901A1 (en) Method for constructing nucleic acid single-stranded cyclic library and reagents thereof
Zhang et al. Differential display of mRNA
GB2590197A (en) Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
EP3507382A1 (en) Analysis of chromatin using a nicking enzyme
WO2019212138A1 (ko) 차세대 염기서열 분석을 위한 시료 간 교차 오염 탐색용 내부 검정 물질
CN106795650B (zh) Pf快速建库方法及其应用
CN113046835A (zh) 检测慢病毒插入位点的测序文库构建方法和慢病毒插入位点检测方法
CN110408629B (zh) 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
CN111868253A (zh) 提取核酸的方法
CN114836838A (zh) 一种中通量单细胞拷贝数文库构建的方法及其应用
RU2001106643A (ru) Способ идентификации и характеризации функций, потенциально имеющихся в биологическом образце, содержащем нуклеиновые кислоты
CN111944806A (zh) 一种高通量测序污染检测用分子标签组及其应用
CN111560423A (zh) 一种高通量高灵敏度单碱基分辨率检测RNA m6A的方法及其应用
CN108165562B (zh) 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
AU621936B2 (en) Method for the isolation of dna
CN111440843A (zh) 一种利用微量临床穿刺样本进行染色质免疫共沉淀文库制备的方法及其应用
CN111235270B (zh) 一种基于高通量测序法的肿瘤抗原表达检测引物及试剂盒
CN114106109A (zh) 一种细胞质靶向的rna结合蛋白富集试剂及其制备方法及应用
CN107794257B (zh) 一种dna大片段文库的构建方法及其应用
CN113046415A (zh) 一种rna测序文库的构建方法及其应用
Zurek et al. UMI-linked nanopore consensus sequencing (UMIC-seq) of highly similar gene variants

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20160812