PL185957B1 - Sposób i zestaw diagnostyczny do wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika - Google Patents
Sposób i zestaw diagnostyczny do wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnikaInfo
- Publication number
- PL185957B1 PL185957B1 PL99335917A PL33591799A PL185957B1 PL 185957 B1 PL185957 B1 PL 185957B1 PL 99335917 A PL99335917 A PL 99335917A PL 33591799 A PL33591799 A PL 33591799A PL 185957 B1 PL185957 B1 PL 185957B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- brca1
- brca2
- del
- polish
- mutations
- Prior art date
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Sposób wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 związanych z silną agregacją
raka sutka i/lub jajnika w polskich rodzinach, znamienny tym, że analizy ograniczone
są do mutacji obserwowanych w polskiej populacji, przy czym w szczególności wybiera
się do badania przynajmniej jedną z mutacji: bRcA1 ex.2 185 del AG, BRCA1 ex.5
300T—>G, BRCA1 ex.5 309 T->C, BRCA1 ex.11.15 3819 del GTAAA, BRCA1 ex.11.17
4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C->T, BRCA2 ex.27 10430
C->T, przy czym korzystnie obecność mutacji bada się techniką ASA (ang. allele specific
analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment lenght polymorphism - polymerase chain
reaction), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism).
2. Zastosowanie przynajmniej jednej mutacji wybranej spośród: BRCA1 ex.2 185 del
AG, BRCA1 ex.5 300T->G, BRCA1 ex.5 309 T->C, BRCA1 ex.11.15 3819 del GTAAA,
BRCA1 ex.11.17 4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C->T,
BRCA2 ex.27 10430 C->T do wykrywania wysokiej genetycznie uwarunkowanej predyspozycji
do raka sutka i/lub jajnika u osoby pochodzenia polskiego.
Description
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika oraz zestaw diagnostyczny służący do stosowania tego sposobu.
Geny BRCA1 (US5654155) i BRCA2 są związane z wysoką genetyczną predyspozycją do nowotworów. Geny BRCA1 i BRCA2 zostały sklonowane i od tego czasu możliwe jest wykrywanie ich zaburzeń na poziomie DNA i RNA. Jest to utrudnione ze względu na znaczne rozmiary tych genów. Nosiciele mutacji tych genów mają wysokie ryzyko zachorowania zwłaszcza na raka sutka i/lub jajnika (1,2). BRCA1 jest pierwszym genem uznanym za związany ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka piersi i jajnika [Miki et al., Science, 266:66-71 (1994)]. Gen BRCA1 (GENBANK Accession Numbers: U 14680 oraz 15595) składa się z 24 eksonów rozmieszczonych w genomowym DNA długości 100 kb, a samo mRNA dla BRCA1 ma długość 7,8 KB. Intensywne badania zmienności tego genu pozwoliły na ustalenie licznych mutacji, związanych z predyspozycją do nowotworów, występujących w obrębie tego genu. Przykładowo, US5693473 opisuje bogaty zbiór takich polimorfizmów BRCA1 WO99/29903 dotyczy kolejnych piętnastu mutacji BRCA1 wiązanych ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka .piersi i jajnika. Gen BRCA2 (GENBANK accession Number U43746) składa się z 27 eksonów rozmieszczonych w genomowym DNA długości 70kb; mRNA dla BRCA2 ma długość 11-12 kb. Opisano wiele mutacji związanych z predyspozycją do nowotworów w obrębie tego genu (patrz przykładowo W09928506).
Poznane mutacje w obrębie BRCA1 i BRCA2 rozproszone są w różnych eksonach. Pełen zbiór tych mutacji zaprezentowano na stronie HTTP://www.nchgr.nih.gov/dir/lab-transfer/bic.
Zwiększoną częstość pojedynczych mutacji w rodzinach z agregacją raków sutka i jajnika (Hb/OC) zaobserwowano jedynie w nielicznych grupach etnicznych takich jak Żydzi Aszkenazyjscy, u których opisano wysoką częstość 185 del Ag i 5382 ins C wBRCA1 oraz 1674 del T w BRCA2.
W związku z powyższym w większości populacji wykrywanie mutacji w rodzinach z HB/OC nie może być ograniczone do badania pojedynczych miejsc w genomie, lecz musi polegać na ocenie wszystkich fragmentów kodujących. W przypadku genów BRCA1
185 957 i BRCA2 oznacza to analizę około 100 produktów PCR przy zastosowaniu najpopularniejszej metody - SSCP/sekwencjowanie (ang. single-strand conformation polymorphism, patrz przykładowo US05693473). Ogranicza to dostępność tej metody i uniemożliwia powszechne wykorzystanie w praktyce medycznej analizy mutacji genów BRCA1 i BRCA2 jako wyznacznika predyspozycji do nowotworów.
Celem niniejszego wynalazku jest dostarczenie sposobu wykrywania mutacji genów BRCA1 iBRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika, który byłby pozbawiony opisanych powyżej ograniczeń i nadawał się do powszechnego stosowania w praktyce medycznej.
Nieoczekiwanie został on zrealizowany zgodnie z niniejszym wynalazkiem.
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 związanych z silną agregacją raka sutka i/lub jajnika w polskich rodzinach, charakteryzujący się tym, że analizy ograniczone są do mutacji obserwowanych w polskiej populacji, przy czym w szczególności wybiera się do badania przynajmniej jedną z mutacji: BRCA1 ex.2 185 del AG, BRCA1 ex.5 300T->G, BRCA1 ex.5 309 T->C, BRCA1 ex.11.15 3819 del GTAAA, BRCA1 ex. 11.17 4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C-^T, BRCA2 ex.27 10430 C—>T, przy czyn korzystnie obecność mutacji bada się techniką ASA (ang. allele specific analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment lenght polymorphism - polymerase chain reaction), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism).
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zastosowanie przynajmniej jednej mutacji wybranej spośród: BRCA1 ex.2 185 del AG, BRCA1 ex.5 300t—»G, BRCA1 ex.5 309 T—>C, BRCA1 ex. 11.15 3819 del GTAAA, BRCA1 ex.11.17 4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C—>T, BRCA2 ex.27 10430 C—>T do wykrywania wysokiej genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka sutka i/lub jajnika u osoby pochodzenia polskiego.
Nieoczekiwanie okazało się, że w populacji polskiej do wykrywania wysokiej genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka sutka i/lub jajnika można zastosować znacznie ograniczoną ilość mutacji występujących w genach BRCA1 i BRCA2.
Pozwala to na znaczne uproszczenie testów i umożliwia powszechne wykorzystanie w praktyce medycznej analizy mutacji genów BRCA1 i BRCA2 jako wyznacznika predyspozycji do nowotworów u osoby pochodzenia polskiego.
Przykład 1. Mutacje BRCA1 i BRCA2 występujące w polskich rodzinach z rakiem sutka i/lub jajnika (HB/OC)
Stosując techniki SSCP/sekwencjonowanie na poziomie DNA i sekwencjonowanie RNA (patrz przykładowo US05710001), nieoczekiwanie wykryto ograniczoną serię konstytucyjnych mutacji BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z rakiem sutka i/lub jajnika: BRCA1 - ex.2 185 del AG, ex.5 300T->G, ex.5 309 T->C, ex.11.15 3819 del GTAAA. ex.11.17 4154 del A, ex.20 5382 ins C; BRCA2 -ex.11 5972 C-^T, ex.27 10430 C-^T. Niektóre z tych mutacji wystąpiły w 2-3 niespokrewnionych rodzinach. Ponieważ mutacje BRCA1 i BRCA2 tylko wyjątkowo powstają w wyniku zaburzeń germinalnych „de novo”, sprawdzono, czy ocena zaburzeń genów BRCA1 i BRCA2 ograniczona do badania serii wykrytych mutacji (określonych powyżej) umożliwia zdiagnozowanie na poziomie molekularnym przyczyn występowania rodzin agregacji raków sutka i/lub jajnika w większości polskich rodzin z HB/OC. W tym celu zbadano częstość wykrytych mutacji BRCA1 i BRCA2 (określonych powyżej u chorych z rakiem sutka lub jajnika z grupy wszystkich niespokrewnionych rodzin zdiagnozowanych przez Pomorską Akademię Medyczną. W rodzinach tych stwierdzono co najmniej 3 raki sutka i/lub jajnika. W grupie objętej badaniami, rozpoznanie - dziedziczny rak sutka specyficzny narządowo - postawiliśmy w 34 rodzinach, a rozpoznanie - zespół rak sutka jajnika - w 22 rodzinach. Wskazane mutacje BRCA1/BRCA2 stwierdzono w większości (> 60%) badanych rodzin z HB/OC co potwierdziło, że u kobiet z polskich rodzin z rakami sutka i/lub jajnika można efektywnie diagnozować mutacje ograniczając się jedynie do badania serii wykrytych mutacji (określonych powyżej) (tab. 1).
185 957
Tabela 1
Mutacje BRCA1 i BRCA2 występujące w polskich rodzinach z rakiem sutka i/lub jajnika (HB/OC)
BRCA1 | BRCA2 | |||||||
Ex.2nt 185 | Ex.5nt 300 | Ex.5nt 309 | Ex. 11nt 3819 del5 | Ex. 11nt 4154 delA | Ex.20 5382 ins C | Ex. 11 5972 C->T | Ex.27 10430 C->T | |
HOC | + | + | + | + | + | + | - | + |
HBC | + | + | - | + | + | + | + | - |
Ograniczenie liczby badanych mutacji BRCA1 i BRCA2 związanych z HB/OC w polskich rodzinach zdecydowanie zwiększa dostępność opartego na ich wykrywaniu testu diagnostycznego i umożliwia jego powszechne stosowanie w praktyce medycznej. Wynika to nie tylko z ograniczenia ilości analiz do badania wybranych fragmentów genów, ale i z tego, że dla poszczególnych mutacji można ustalić metody analityczne prostsze niż SSCP/sekwencjonowanie na poziomie DNA i sekwencjonowanie RNA, przykładowo analizy techniką ASA, RFLP-PCR i/lub SSCP. Dobór stosownej metody znanej ze stanu techniki i wykonanie odpowiedniego testu leży w zakresie umiejętności przeciętnego specjalisty. Wybrane techniki opisano m.in. w WO99/28506.
Przykład 2. ASA dla delecji 5 par zasad w ex. 11 genu BRCA1
Przykładowo, w celu wykonania testu ASA dla delecji 5 par zasad wex. 11 genu BRCA1 bazując na znanej sekwencji tego genu i znanej lokalizacji wskazanej mutacji zaprojektowano następujące primery:
F 5' TCCTAGCCCTTTCACCCATACA
R 5' AGATGCCTTTGCCAATATTACCTG d5 5' CTGAGAAGGTATATTGTTTACCAA
Warunki reakcji PCR: I: 94° 4 minuty; II: 10 cykli (94° - 20 s, 68° - 20 s - temp, zmniejszona o 1,2 w każdym cyklu, 72°-25 s); III: 30 cykli (94° -10 s, 58°- 20 s, 72°-25 s); IV: 72°-1 minut.
Piśmiennictwo:
1. Gronwald J., Menkiszak J., Tołoczko A., Zajączek S., Kładny J., Kurzawski G., Krzystolik K., Podolski J., Lubiński J.: Hereditary Breast Cancer. Pol J Pathol 49, 2: 59-66, 1998.
2. Naród S.A. Hereditary breast cancer syndromes. Cancer 80-S 3S: 53-542, 1997.
3. Byrski T. Huzarski T., Jakubowska A., Gronwald J., Tołoczko A., Zajączek S., Płużańska A., Bembenek M., Lubiński J.: BRCA1, BRCA2 germline mutations in Polish families with aggregation of breast/ovarian cancers. Hum Genet 1999 (ready for submision).
Departament Wydawnictw UP RP. Nakład 50 egz.
Cena 2,00 zł.
Claims (2)
- Zastrzeżenia patentowe1. Sposób wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 związanych z silną agregacją raka sutka i/lub jajnika w polskich rodzinach, znamienny tym, że analizy ograniczone są do mutacji obserwowanych w polskiej populacji, przy czym w szczególności wybiera się do badania przynajmniej jedną z mutacji: BRCA1 ex.2 185 del AG, BRCA1 ex.5 300T->G, BRCA1 ex.5 309 T->C, BRCA1 ex.11.15 3819 del GTAAA, BRCA1 ex.11.17 4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C->T, BRCA2 ex.27 10430 C->T, przy czym korzystnie obecność mutacji bada się techniką ASA (ang. allele specific analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment lenght polymorphism - polymerase chain reaction), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism).
- 2. Zastosowanie przynajmniej jednej mutacji wybranej spośród: BRCA1 ex.2 185 del AG, BRCA1 ex.5 300T->G, BRCA1 ex.5 309 T->C, BRCA1 ex.11.15 3819 del GTAAA, BRCA1 ex.11.17 4154 del A, BRCA1 ex.20 5382 ins C, BRCA2 ex.11 5972 C->T, BRCA2 ex.27 10430 C—>T do wykrywania wysokiej genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka sutka i/lub jajnika u osoby pochodzenia polskiego.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PL99335917A PL185957B1 (pl) | 1999-10-08 | 1999-10-08 | Sposób i zestaw diagnostyczny do wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PL99335917A PL185957B1 (pl) | 1999-10-08 | 1999-10-08 | Sposób i zestaw diagnostyczny do wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
PL335917A1 PL335917A1 (en) | 2001-04-09 |
PL185957B1 true PL185957B1 (pl) | 2003-09-30 |
Family
ID=20075239
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
PL99335917A PL185957B1 (pl) | 1999-10-08 | 1999-10-08 | Sposób i zestaw diagnostyczny do wykrywania mutacji genów BRCA1 i BRCA2 w polskich rodzinach z agregacją raków sutka i/lub jajnika |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
PL (1) | PL185957B1 (pl) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
PL217731B1 (pl) | 2006-06-01 | 2014-08-29 | Tomasz Byrski | Sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej obniżonej odpowiedzi na chemioterapię cytostatykiem taksanowym, zastosowanie mutacji założycielskiej oraz zestawu do wykrywania takiej odpowiedzi |
-
1999
- 1999-10-08 PL PL99335917A patent/PL185957B1/pl unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
PL335917A1 (en) | 2001-04-09 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Rubin et al. | BRCA1, BRCA2, and hereditary nonpolyposis colorectal cancer gene mutations in an unselected ovarian cancer population: relationship to family history and implications for genetic testing | |
Wang et al. | Role of HPC2/ELAC2 in hereditary prostate cancer | |
Flanigan et al. | Rapid direct sequence analysis of the dystrophin gene | |
Gorski et al. | Breast cancer predisposing alleles in Poland | |
Ho Lee et al. | The mannose‐binding lectin gene polymorphisms and systemic lupus erythematosus: two case–control studies and a meta‐analysis | |
Foulkes et al. | The founder mutation MSH2* 1906G→ C is an important cause of hereditary nonpolyposis colorectal cancer in the Ashkenazi Jewish population | |
Calva‐Cerqueira et al. | The rate of germline mutations and large deletions of SMAD4 and BMPR1A in juvenile polyposis | |
Weitzel et al. | Evidence for common ancestral origin of a recurring BRCA1 genomic rearrangement identified in high-risk Hispanic families | |
Guarinos et al. | Prevalence and characteristics of MUTYH-associated polyposis in patients with multiple adenomatous and serrated polyps | |
Olschwang et al. | Peutz-Jeghers families unlinked toSTK11/LKB1 gene mutations are highly predisposed to primitive biliary adenocarcinoma | |
Price et al. | Two major histocompatibility complex haplotypes influence susceptibility to sporadic inclusion body myositis: critical evaluation of an association with HLA‐DR3 | |
Bergman et al. | A high frequency of germline BRCA1/2 mutations in western Sweden detected with complementary screening techniques | |
Tanskanen et al. | Systematic search for rare variants in Finnish early-onset colorectal cancer patients | |
Molinaro et al. | Complementary molecular approaches reveal heterogeneous CDH1 germline defects in Italian patients with hereditary diffuse gastric cancer (HDGC) syndrome | |
Pinheiro et al. | A novel exonic rearrangement affecting MLH1 and the contiguous LRRFIP2 is a founder mutation in Portuguese Lynch syndrome families | |
Nieminen et al. | Pseudoexons provide a mechanism for allele-specific expression of APC in familial adenomatous polyposis | |
Sagi et al. | Two BRCA1/2 founder mutations in Jews of Sephardic origin | |
Jacobs et al. | Polymorphisms in the 3′-untranslated region of the CDH1 gene are a risk factor for primary gastric diffuse large B-cell lymphoma | |
Ahn et al. | Prevalence of BRCA1 and BRCA2 mutations in Korean breast cancer patients | |
Rashid et al. | Contribution of BRCA1 large genomic rearrangements to early-onset and familial breast/ovarian cancer in Pakistan | |
Chouery et al. | A whole-genome scan in a large family with leukodystrophy and oligodontia reveals linkage to 10q22 | |
Paunu et al. | Analysis of p 53 tumor suppressor gene in families with multiple glioma patients | |
Dębniak et al. | Founder mutations for early onset melanoma as revealed by whole exome sequencing suggests that this is not associated with the increasing incidence of melanoma in Poland | |
Liu et al. | Germline mutations in the RB1 gene in patients with hereditary retinoblastoma | |
CN113646443A (zh) | 用于诊断神经胶质瘤或预测预后的组合物以及提供其相关信息的方法 |