NL9401678A - Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.). - Google Patents

Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.). Download PDF

Info

Publication number
NL9401678A
NL9401678A NL9401678A NL9401678A NL9401678A NL 9401678 A NL9401678 A NL 9401678A NL 9401678 A NL9401678 A NL 9401678A NL 9401678 A NL9401678 A NL 9401678A NL 9401678 A NL9401678 A NL 9401678A
Authority
NL
Netherlands
Prior art keywords
dna
gene
binding protein
rna
operon
Prior art date
Application number
NL9401678A
Other languages
Dutch (nl)
Inventor
Evert Hovius
Original Assignee
Evert Hovius
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Evert Hovius filed Critical Evert Hovius
Priority to NL9401678A priority Critical patent/NL9401678A/en
Priority to AU37550/95A priority patent/AU3755095A/en
Priority to PCT/NL1995/000344 priority patent/WO1996012015A1/en
Publication of NL9401678A publication Critical patent/NL9401678A/en

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70Vectors or expression systems specially adapted for E. coli

Landscapes

  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Description

Methode van de zichzelf stabiliserende lus ( Z.Z.S.L.) .Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.).

Het gaat hier om een basis concept voor een nieuwe generatie medicijnen, bestaande uit eiwit mantels waarin zich DNA/RNA strengen bevinden , zonder mantelgen, welke de mogelijkheid bieden om stukken DNA buiten tc sluiten in de vorm van een lus. Het buiten gesloten DNA wordt niet getranscript.This is a basic concept for a new generation of medicines, consisting of protein mantles containing DNA / RNA strands, without mantle gene, which offer the possibility to exclude pieces of DNA outside the loop in the form of a loop. The closed DNA is not transcripted.

flé Z.Z.S.L· wordt gevormd door het aanbrengen van een DNA/RNA streng ( afkomstig van virussen of zelf gesynthetiseerd )in het DNA van procaryoten of eucaryoten , waardoor een lus wordt gevormd bestaande uit een gedeelte van het ingebrachte DNA en het inefficiënte operon of gen. De lus wordt gestabiliseerd door een bindings-eiwit ( nader te onderzoeken ), waarvan het gen op de ingebrachte DNA streng ligt. De positieve regulator van het bindingseiwit bevindt zich voor het gen daarvan. De negatieve regulator wordt onder andere samen met het inefficiënte operon of gen buiten gesloten in de lus. De goede vorm van het inefficiënte operon of gen is aangebracht op de betreffende DNA streng voor de positieve regulator. Achter het gen van het bindingseiwit bevinden zich respectievelijk een leadersequentie, attenuat6r side, herkenningssequentie voor het bindingseiwit,negatieve regulator, attenuator side, leadersequentie gevolgd door een reeks initiatie signalen.flé Z.Z.S.L · is formed by inserting a DNA / RNA strand (from viruses or self-synthesized) into the DNA of procaryotes or eucaryotes, forming a loop consisting of a portion of the introduced DNA and the inefficient operon or gene. The loop is stabilized by a binding protein (to be investigated), the gene of which lies on the inserted DNA strand. The binding protein's positive regulator is in front of its gene. The negative regulator is closed out in the loop together with the inefficient operon or gene, among other things. The good form of the inefficient operon or gene is applied to the respective DNA strand for the positive regulator. Behind the gene of the binding protein are a leader sequence, attenuat6r side, binding protein recognition sequence, negative regulator, attenuator side, leader sequence followed by a series of initiation signals, respectively.

De DNA/RNA streng is zo samen gesteld dat het zich specifiek innestelt voor het inefficiënte operon of gen ( of wat men wil buiten sluiten in de lus ), doordat de stabiliteit van het totale DNA groter wordt.The DNA / RNA strand is composed in such a way that it settles specifically for the inefficient operon or gene (or what one wants to exclude in the loop), by increasing the stability of the total DNA.

Het gemanipuleerde DNA/RNA bevindt zich in een eiwit mantel waarvan de code niet op het DNA/RNA voorkomt, hier door kan het zich niet reproduseren. Voor de productie wordt gebruik gemaakt van procaryoten of eucaryoten waar het mantel gen is ingebouwd, de concentratie hiervan moet zo hoog mogelijk zijn* we kunnen nu het gemanipuleerde DNA/RNA inbrengen inde door ons gemanipuleerde cel. Het resultaat is een gesynthetiseerde virus zonder mantel gen geschikt voor het toepassen van de Z.Z.S.L.The manipulated DNA / RNA is contained in a protein mantle, the code of which does not appear on the DNA / RNA, as a result of which it cannot reproduce. For the production, procaryotes or eucaryotes where the mantle gene is incorporated, the concentration of which must be as high as possible * we can now insert the manipulated DNA / RNA into our manipulated cell. The result is a synthesized, no-coat gene suitable for use with the Z.Z.S.L.

Voorbeeld van het toepassen van de Z.Z.S.L. bij Ecolie bacteriën.Example of the application of the Z.Z.S.L. with Ecolie bacteria.

Stel dat het lactose operon gemuteerd is in een van structurele genen, dan wordt de goede vorm van het operon aan gebracht in een gemanipuleerd virus gevolgd door de sequenties gegeven in het voorafgaande. Dit virus nestelt zich specifiek voor het lactose operon en sluit deze buiten. Het RNA polymerase begint de transcriptie op het lactose operon op het virus DNA. Daarna wordt hetpposi-tieve regulator gen Al getranscript gevolgd door de transcriptie van het bindingsgeh B. Het bindingsgen B bevat geen normale terminatie side, maar wordt gevolgd door een leadersequentie dat twee fantasie codons bevat. Hierdoor stallen de ribosomen, waardoor het leadermessenger RNA een signaal doorgeeft aan het RNA polymerase om de transcriptie te stoppen. Het RNA polymerase bereikt de attenuator side en verlaat hier het DNA.Doordat het RNA polymerase hier het DNA verlaat, bereikt ze niet de lus gekop-pelt door het bindingseiwit B, waardoor ze geen gevaar vormt voor de lus.Suppose the lactose operon is mutated in one of structural genes, then the good form of the operon is introduced into an engineered virus followed by the sequences given above. This virus settles specifically for the lactose operon and excludes it. The RNA polymerase begins transcription on the lactose operon on the virus DNA. Then the positive regulator gene A1 transcript is followed by the transcription of the binding gene B. The binding gene B does not contain a normal termination side, but is followed by a leader sequence containing two fantasy codons. This positions the ribosomes, causing the leader messenger RNA to transmit a signal to the RNA polymerase to stop transcription. The RNA polymerase reaches the attenuator side and exits the DNA here. Because the RNA polymerase exits the DNA here, it does not reach the loop linked by the binding protein B, so that it does not endanger the loop.

Als de lus gevormd is moet de transcriptie hiervan voorkomen worden.Het RNA polymerase sqent het DNA af naar initiatie signalen met een snelheid van 1000 basen paren per seconde, hierdpor is het genoodzaakt dat de laatste sequentie van het virus DNA bestaat uit verscheidene initiatie signalen. Hierdoor wordt het RNA polymerase als het ware naar één kant gedreven n.l. het virus DNA op.Once the loop has been formed, transcription must be prevented. The RNA polymerase sqents the DNA into initiation signals at a rate of 1000 base pairs per second, therefore the final sequence of the virus DNA is required to consist of several initiation signals. As a result, the RNA polymerase is driven to one side, as it were. the virus DNA.

Het is nu noodzakelijk dat het RNA polymerase aan de tran scriptie begint, daar het anders met de transcriptie van het inefficiënte operon begint. Vandaar dat de initiatie signalen gevolgd worden door een leadersequentie dat twee fantasie codons bevat en een attenuator side. Hierdoor valt het RNA polymerase van het virus DNA af. ( glijbaan effect ). De attenuator side wordt gevolgd door de negatieve regulator A2 van het bindingseiwit B.It is now necessary for the RNA polymerase to begin transcription, otherwise it will begin transcription of the inefficient operon. Hence, the initiation signals are followed by a leader sequence containing two fantasy codons and an attenuator side. This causes the RNA polymerase to fall off the virus DNA. (slide effect). The attenuator side is followed by the negative regulator A2 of the binding protein B.

We zien nu dat A2 zich bevindt samen met de herken-ningssequentie van het bindingseiwit B tussen twee attenuator sides. Hierdoor vindt geen transcriptie plaats van A2, waardoor bindingseiwit B niet negatief gereguleerd wordt/ alsdan verankering van de lus#We now see that A2 is located together with the recognition sequence of the binding protein B between two attenuator sides. As a result, no transcription of A2 takes place, so that binding protein B is not negatively regulated / then anchoring of the loop #

Met behulp van de Z.Z.S.L. kunnen we stukjes DNA uit schakelen en inbouwen zonder het betreffende organisme te beschadigen· Doordat dit nieuwe medicijn bestaat uit DNA/RNA strengen in een eiwitmantel ( uit de natuur of zelf gesynthetiseerd ) kunnen we iedere cel( lees gastheer ) herkennen en manipuleren.Using the Z.Z.S.L. we can switch off and build in pieces of DNA without damaging the organism concerned. Because this new medicine consists of DNA / RNA strands in a protein mantle (from nature or synthesized by ourselves), we can recognize and manipulate every cell (read host).

Claims (9)

Het betreft hier een groep nieuwe medicijnen op genetische basis dat de huidige antibiotica kan vervangen, MET HET KENMERK , dat het bestaat uit DNA/RNA zonder mantelgen, zodanig gemanipuleert dat het op een specifieke plaats innestelt en ondermeer de volgende sequenties bevat in de hieronder aangegeven volgorde. li Het eventueel te vervangen operon of genThis is a group of new genetically based drugs that can replace current antibiotics, CHARACTERIZED that it consists of DNA / RNA without a mantle gene, engineered to implant at a specific site and include the following sequences listed below order. li Any operon or gene to be replaced 2: Een positieve regulator van het bindingseiwit.2: A positive regulator of the binding protein. 3: Een leadersequentie3: A leader sequence 4; Attenuator side.4; Attenuator side. 5: Een herkenningssequentie voor het bindingseiwit.5: A recognition sequence for the binding protein. 6: Een negatieve regulator voor het bindingseiwit.6: A negative regulator for the binding protein. 7: Attenuator side.7: Attenuator side. 8: Leadersequentie.8: Leader sequence. 9: Een initiatie rijke sequentie. Opmerkings Het gen voor het bindingseiwit bevindt zich tussen de positieve regulator en de leadersequentie ( tussen de punten 2 en 3 )· Waardoor een lus gevormt wordt in het DNA van de gastheer, bestaande uit een gedeelte van het virus-DNA te weten Je punten 5,6,7,8,9, en het operon of gen van Je gastheer. Het gemanipuleerde DNA/RNA bevindt zich in een eiwit-mantel ( uit de natuur of zelf gesynthetiseerd ) dat naar willekeur van het gestelde doel een gastheer kan herkennen.9: An initiation rich sequence. Remarks The gene for the binding protein is located between the positive regulator and the leader sequence (between points 2 and 3). As a result, a loop is formed in the DNA of the host, consisting of a part of the virus DNA, namely your points 5 , 6,7,8,9, and the operon or gene of Your host. The manipulated DNA / RNA is contained in a protein mantle (from nature or synthesized by itself) that can recognize a host at any given target.
NL9401678A 1994-10-12 1994-10-12 Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.). NL9401678A (en)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL9401678A NL9401678A (en) 1994-10-12 1994-10-12 Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.).
AU37550/95A AU3755095A (en) 1994-10-12 1995-10-10 Self stabilizing rna/dna loop
PCT/NL1995/000344 WO1996012015A1 (en) 1994-10-12 1995-10-10 Self stabilizing rna/dna loop

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL9401678A NL9401678A (en) 1994-10-12 1994-10-12 Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.).
NL9401678 1994-10-12

Publications (1)

Publication Number Publication Date
NL9401678A true NL9401678A (en) 1996-05-01

Family

ID=19864761

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
NL9401678A NL9401678A (en) 1994-10-12 1994-10-12 Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.).

Country Status (3)

Country Link
AU (1) AU3755095A (en)
NL (1) NL9401678A (en)
WO (1) WO1996012015A1 (en)

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2511033A1 (en) * 1981-08-10 1983-02-11 Genex Corp EXPRESSION VECTORS FOR INTRODUCING A GENE INTO A PROCARYOTE ORGANISM
WO1990000192A1 (en) * 1988-07-01 1990-01-11 Genencor, Inc. Aspartic proteinase deficient filamentous fungi

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2511033A1 (en) * 1981-08-10 1983-02-11 Genex Corp EXPRESSION VECTORS FOR INTRODUCING A GENE INTO A PROCARYOTE ORGANISM
WO1990000192A1 (en) * 1988-07-01 1990-01-11 Genencor, Inc. Aspartic proteinase deficient filamentous fungi

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AMOUYAL EN VON WILCKEN-BERGMANN: "Repression of the E.coli lactose operon by cooperation between two individually unproductive "half-operator" sites", COMPTES RENDUS HEBDOMADAIRES DES SEANCES DE L'ACADEMIE DES SCIENCES, SERIE C: SCIENCES CHIMIQUES, vol. 315, MONTREUIL FR, pages 403 - 407 *

Also Published As

Publication number Publication date
AU3755095A (en) 1996-05-06
WO1996012015A1 (en) 1996-04-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Kurland et al. Regulation of ribosomal and transfer RNA synthesis
AU783681B2 (en) Methods and compositions for preventing the formation of aberrant RNA during transcription of a plasmid sequence
KR100996016B1 (en) Polynucleotide
JP7520719B2 (en) Improved production of viral and non-viral nanoplasmid vectors
KR20190088555A (en) System and method for one-shot guided RNA (ogRNA) targeting of endogenous and source DNA
Tolmachov et al. Silencing of transgene expression: a gene therapy perspective
Sergueev et al. E. coli cell-cycle regulation by bacteriophage lambda
NL9401678A (en) Self-stabilizing loop method (Z.Z.S.L.).
Zhang et al. The Cong
Wutz RNAs templating chromatin structure for dosage compensation in animals
EP2224010B1 (en) Improved gene expression
Jacobsen et al. New directions in metabolic engineering
Girod et al. Use of scaffold/matrix-attachment regions for protein production
Bull et al. Why is the polymerase chain reaction resistant to in vitro evolution?
CN118159301A (en) Method for producing genetically modified cells
Krzysztoń et al. Gene-circuit therapy on the horizon: Synthetic biology tools for engineered therapeutics
US7812148B2 (en) Vectors comprising CpG islands without position effect varigation and having increased expression
CA3183129A1 (en) Rna scaffolds
Etchegaray et al. DB or not DB in translation?
Svitkin et al. Protein synthesis initiation in eukaryotes: IRES-mediated internal initiation
KR20220049619A (en) gene expression control system
Bläsi et al. Misled by sequence complementarity: does the DB–anti-DB interaction withstand scientific scrutiny?
Willis et al. Transcription of frog virus 3
US20240294903A1 (en) Rna-aptamer-sensors
Ramanna Generation of knockout cell lines to investigate the roles of Cklf and Cry2 in the regulation of circadian clock