NL9400932A - T-lymfotroop primatevirus L (PTLV-L) en zijn toepassingen. - Google Patents
T-lymfotroop primatevirus L (PTLV-L) en zijn toepassingen. Download PDFInfo
- Publication number
- NL9400932A NL9400932A NL9400932A NL9400932A NL9400932A NL 9400932 A NL9400932 A NL 9400932A NL 9400932 A NL9400932 A NL 9400932A NL 9400932 A NL9400932 A NL 9400932A NL 9400932 A NL9400932 A NL 9400932A
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- ptlv
- epitope
- htlv
- antigen
- polynucleotide
- Prior art date
Links
- 241000700605 Viruses Species 0.000 title claims abstract description 23
- 241000288906 Primates Species 0.000 title claims abstract description 6
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 22
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 22
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 19
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 18
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 9
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims abstract description 9
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims abstract description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract 7
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 39
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 26
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 26
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 20
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 14
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 5
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 claims description 5
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 claims description 4
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 claims description 4
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 2
- 241000714259 Human T-lymphotropic virus 2 Species 0.000 description 35
- 241001529934 Simian T-lymphotropic virus 3 Species 0.000 description 24
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 16
- 241001504519 Papio ursinus Species 0.000 description 15
- 101710150336 Protein Rex Proteins 0.000 description 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 12
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 9
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 8
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 8
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 8
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 7
- 241000282520 Papio Species 0.000 description 7
- 101710205625 Capsid protein p24 Proteins 0.000 description 6
- 241000282515 Papio hamadryas Species 0.000 description 6
- 101710177166 Phosphoprotein Proteins 0.000 description 6
- 101710149279 Small delta antigen Proteins 0.000 description 6
- 102100022563 Tubulin polymerization-promoting protein Human genes 0.000 description 6
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 6
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 6
- 241000598436 Human T-cell lymphotropic virus Species 0.000 description 5
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 5
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 description 5
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 4
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 101100181122 Arabidopsis thaliana KIN14C gene Proteins 0.000 description 3
- 101100288145 Arabidopsis thaliana KNAT2 gene Proteins 0.000 description 3
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010044696 Tropical spastic paresis Diseases 0.000 description 3
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 3
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 238000011392 neighbor-joining method Methods 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 208000006961 tropical spastic paraparesis Diseases 0.000 description 3
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 2
- 102100027723 Endogenous retrovirus group K member 6 Rec protein Human genes 0.000 description 2
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 2
- 108060003393 Granulin Proteins 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 241001523672 Human T-cell lymphotropic virus type 2a Species 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 206010028570 Myelopathy Diseases 0.000 description 2
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 2
- 101100129406 Neurospora africana MTA-1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 2
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 2
- 208000030555 Pygmy Diseases 0.000 description 2
- 108020005067 RNA Splice Sites Proteins 0.000 description 2
- 208000000389 T-cell leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000028530 T-cell lymphoblastic leukemia/lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 241000714266 Bovine leukemia virus Species 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 102000006354 HLA-DR Antigens Human genes 0.000 description 1
- 108010058597 HLA-DR Antigens Proteins 0.000 description 1
- 241001554831 Hamadryas <angiosperm> Species 0.000 description 1
- 229920000209 Hexadimethrine bromide Polymers 0.000 description 1
- 241001272567 Hominoidea Species 0.000 description 1
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000946889 Homo sapiens Monocyte differentiation antigen CD14 Proteins 0.000 description 1
- 241001505345 Human T-cell lymphotropic virus type 2b Species 0.000 description 1
- 206010020460 Human T-cell lymphotropic virus type I infection Diseases 0.000 description 1
- 241000714260 Human T-lymphotropic virus 1 Species 0.000 description 1
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 108010038453 Interleukin-2 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000010789 Interleukin-2 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 241000282561 Macaca nemestrina Species 0.000 description 1
- 102100035877 Monocyte differentiation antigen CD14 Human genes 0.000 description 1
- 102000019040 Nuclear Antigens Human genes 0.000 description 1
- 108010051791 Nuclear Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010047620 Phytohemagglutinins Proteins 0.000 description 1
- 241000288935 Platyrrhini Species 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000032370 Secondary transmission Diseases 0.000 description 1
- 101000946719 Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) Carboxysome assembly protein CcmN Proteins 0.000 description 1
- 101800000385 Transmembrane protein Proteins 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000007818 agglutination assay Methods 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 108010058966 bacteriophage T7 induced DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000034303 cell budding Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 1
- 230000037029 cross reaction Effects 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 108010078428 env Gene Products Proteins 0.000 description 1
- 108700004025 env Genes Proteins 0.000 description 1
- 101150030339 env gene Proteins 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000005571 horizontal transmission Effects 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 230000000527 lymphocytic effect Effects 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- GGGDNPWHMNJRFN-UHFFFAOYSA-N metrizoic acid Chemical compound CC(=O)N(C)C1=C(I)C(NC(C)=O)=C(I)C(C(O)=O)=C1I GGGDNPWHMNJRFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004857 mitomycin Drugs 0.000 description 1
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 230000001885 phytohemagglutinin Effects 0.000 description 1
- 238000011533 pre-incubation Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 229950000550 sodium metrizoate Drugs 0.000 description 1
- YEENEYXBHNNNGV-XEHWZWQGSA-M sodium;3-acetamido-5-[acetyl(methyl)amino]-2,4,6-triiodobenzoate;(2r,3r,4s,5s,6r)-2-[(2r,3s,4s,5r)-3,4-dihydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound [Na+].CC(=O)N(C)C1=C(I)C(NC(C)=O)=C(I)C(C([O-])=O)=C1I.O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 YEENEYXBHNNNGV-XEHWZWQGSA-M 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 230000003068 static effect Effects 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 210000003954 umbilical cord Anatomy 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
- C12N2740/00011—Details
- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/14011—Deltaretrovirus, e.g. bovine leukeamia virus
- C12N2740/14022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
- C12N2740/00011—Details
- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/14011—Deltaretrovirus, e.g. bovine leukeamia virus
- C12N2740/14051—Methods of production or purification of viral material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
- C12N2740/00011—Details
- C12N2740/10011—Retroviridae
- C12N2740/15011—Lentivirus, not HIV, e.g. FIV, SIV
- C12N2740/15022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Virology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Description
T-LYMFOTROOP PRIMATEVIRUS L (PTLV-L) EN ZIJN TOEPASSINGEN
De onderhavige uitvinding betreft een nieuw prima-tevirus, van het virus afgeleide polynucleotiden en polype-tiden, vaccins en diagnostische tests, die hen bevatten, alsmede werkwijzen voor het aantonen van het virus in monsters .
Het humane T-lymfotrope virus type I (HTLV-I) werd in 1980 beschreven (l). Het virus veroorzaakt onder andere T-cel leukemie in volwassenen en een chronische progressieve myelopathie, die eerst bekend stond als tropische spastische paraparese, en later eveneens als HTLV-I geassocieerde myelopathie. Twee jaar later werd een tweede type (HTLV-II), dat nauw gekoppeld is aan myelopathie, gerapporteerd (2). Vele soorten apen en mensapen uit de oude wereld zijn geïnfecteerd met stammen van het T-lymfotrope apevirus type I (STLV-I). Dit zijn retrovirussen die nauw verwant zijn aan HTLV-I en in feite ononderscheidelijk zijn op moleculair niveau (3).
Recentelijk is er een STLV-II met meer dan 95% sequentiehomologie met HTLV-II beschreven voor apen uit de nieuwe wereld (29) . Voor de gehele groep is daarom de naam T-lymfotrope primatevirussen (PTLV) voorgesteld (4). Dit omvat zowel de HTLV's als de STLV's.
De relatie tussen verschillende PTLV-I's lijkt meer afhankelijk te zijn van geografie dan van gastheer-soort, hetgeen aangeeft dat transmissie tussen mens en aap herhaaldelijk tijdens de evolutie is opgetreden (5). Door hun beperkte horizontale transmissie hebben de PTLV's zich ontwikkeld in onafhankelijke clusters die de evolutie in contacten van de geïnfecteerde primatepopulaties weergeven. Gedacht werd dat de evolutie van de PTLV's gescheiden was in twee geografische takken waarbij PTLV-I voorkwam in de oude wereld en PTLV-II in de nieuwe wereld, omdat de enige bekende originele populaties met endemische HTLV-II de Amerikaanse indianen waren, terwijl HTLV-I het Amerikaanse continent pas bereikt leek te hebben via de slavenhandel in de tijd na Columbus. Deze zienswijze komt echter niet overeen met de aanwezigheid van de HTLV-II type serologieën onder Afrikaanse pygmeën, die recentelijk beschreven zijn (6, 7). Aan beide zijden van de Atlantische Oceaan lijken individuen die behoren tot de oudste en Beest geïsoleerde groepen van elk continent geïnfecteerd te zijn met verwante PTLV's.
Ook uit pathologisch oogpunt, kunnen de humane PTLV-stammen niet gezien worden als onafhankelijke entiteit. Bij de bavianen van het Sukhumi primatencentrum in Georgië, die gevoelig zijn voor leukemie, komt bijvoorbeeld vaak STLV-I, die overeenkomt met HTLV-I, voor. De ziekte heeft een aantal kenmerken van T-celleukemie bij volwassen mensen. Omdat er een dergelijk grote verwantschap bestaat tussen de humane- en apevirussen kan kennis van apavirussen van groot belang zijn voor het bestrijden van pathologieën in humane patiënten, veroorzaakt door aan apevirussen verwante of daaraan identieke humane virussen.
Volgens de uitvinding is nu een nieuw T-lymfotroop primatevirus (PTLV) gevonden. Het virus werd geïsoleerd uit een in het wild geboren baviaan van het species Papio hama-drvas uit Eritrea.
Uit een cDNA bibliotheek werd een 1802 baseparen lang fragment geïsoleerd dat het env-oebied. het volledige gen voor het transmembraan eiwit, en een deel van het tax/-rex-qen bevat (zie figuur 1).
Daarnaast werd de sequentie bepaald van een 3846 nucleotiden lang genomische DNA-fragment dat overeenkomt met het gebied van nucleotiden 5024 tot 8629 van HTLV-I. Het bevat het tweede open leesraam van rex. het envelopgen, het pX-gebied, het derde open leesraam van tax en rex en het gedeeltelijke LTR van het PTLV-virus. De sequentie wordt getoond in de figuur 5. De sequentie van de cDNA maakt onderdeel uit van de sequentie van het genomische fragment.
Op het nucleotidesequentieniveau zijn de homologieën van het prototype van het virus (STLV-PH969) met respectievelijk HTLV-I en -II 62 en 64% over het gehele gebied, 65% en 70% in het env-gebied, en 80 en 80% in de gedeeltelijke tax ƒ rex-seauentie. In het 5* deel van het pX-gebied werd slechts een significante homologie waargenomen met HTLV-II (52%). Fylogenetische analyse gebaseerd op het gen dat codeert voor het transmembraaneiwit geeft aan dat het nieuwe virus een PTLV-type vertegenwoordigt met een lange onafhankelijke evolutie, langer dan welke stam binnen de PTLV-I en -II groepen dan ook.
Zolang het nieuwe virus nog niet taxonomisch is ingedeeld wordt in deze aanvrage de aanduiding "PTLV-L" gebruikt.
Het nieuwe virus volgens de uitvinding is gedeponeerd bij de American Type Culture Collection op 18 maart 1994 onder depottoegangsnummer ATCC CRL 11592 in de vorm van een geïnfecteerd cocultuur van baviaanlymfocyten met virusvrije lymfocyten uit humaan navelstrengbloed. De cultuur wordt aangeduid met " PTLV-L/PH969".
Naast het nieuwe virus in in hoofdzaak zuivere vorm betreft de uitvinding een polypeptide, al dan niet in recombinante of synthetische vorm, dat tenminste één PTLV-L epitoop bevat. Dergelijke polypeptiden kunnen bijvoorbeeld toegepast worden in vaccins en diagnostische kits. Daarnaast heeft de uitvinding betrekking op PTLV-L polynucleotiden, al dan niet in gezuiverde vorm. Bij voorkeur bevat een gezuiverd PTLV-L-polynucleotide volgens de uitvinding de coderende sequentie voor een PTLV-L epitoop. Eventueel kan~het polynucleotide een recombinant of synthetisch polynucleotide i zijn. Het bevat dan een sequentie die is afgeleid van het PTLV-genoom of van PTLV-L cDNA en bij voorkeur de coderende delen voor een PTLV-L epitoop.
De uitvinding betreft eveneens een monoklonaal antilichaam dat gericht is tegen een PTLV-epitoop. De uit-i vinding heeft ook betrekking op gezuiverde preparaten van polyklonale antilichamen die zijn gericht tegen tenminste één PTLV-L epitoop.
Het PTLV-L kan op diverse manieren toegepast worden in vaccins. Een vaccin voor de behandeling van PTLV-L i infectie kan bijvoorbeeld een farmaceutisch aanvaardbaar verdunningsmiddel omvatten samen met een immunogeen polypeptide dat een PTLV-L epitoop bevat, waarbij het immunogene polypeptide aanwezig is in een farmacologisch effectieve dosis. Daarnaast kan een dergelijk vaccin naast een farmaceutisch aanvaardbare verdunningsmiddel een geïnactiveerd PTLV-L bevatten in een farmacologisch effectieve dosis, of een verzwakt PTLV-L in een farmacologisch effectieve dosis.
De verschillende onderdelen van het PTLV-L, dat wil zeggen polypeptiden, polynucleotiden en dergelijke alsmede tegen het PTLV-L opgewekte antilichamen kunnen gebruikt worden in diagnostische kits. Een kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van polynucleotiden, afgeleid van PTLV-L, omvat bijvoorbeeld een polynucleo-tideprobe, die een nucleotidesequentie van PTLV-L van acht nucleotiden of meer bevat, in een geschikte houder. Een kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van PTLV-antigenen omvat in plaats van de polynucleotideprobe een antilichaam dat gericht is tegen het te detecteren antigeen, terwijl een kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van PTLV-L antilichamen een polypeptide omvat dat een PTLV-L epitoop uit een PTLV-L antigeen bevat.
De uitvinding betreft verder PTLV-L epitoop-bevat-tende polypeptiden en antilichamen gericht tegen dergelijke epitopen gebonden aan drager.
Ook heeft de uitvinding betrekking op een werkwijze voor het detecteren van PTLV-L nucleïnezuren in een monster, omvattende de stappen: a) het in contact brengen van het monster met een probe voor een PTLV-L polynucleotide onder omstandigheden die de vorming van een polynucleotide duplex mogelijk maken; en b) het detecteren van de duplex die de probe i bevat.
Immunobepalingen voor het detecteren van PTLV-L antigeen volgens de uitvinding omvatten de stappen: a) het incuberen van een monster, waarvan vermoed wordt dat het PTLV-L antigenen bevat, met een antilichaam-i probe gericht tegen het PTLV-L antilichaam onder omstandigheden, die de vorming van een antigeen-antilichaam-complex mogelijk maken; en b) het detecteren van het gevormde antigeen-anti-lichaam-complex.
Immunobepalingen voor het detecteren van PTLV-L antilichamen omvatten de stappen: a) het incuberen van een monster, waarvan vermoed wordt dat het PTLV-L antilichamen bevat, met een polypepti-de-probe, die een PTLV-L epitoop bevat, onder omstandigheden die de vorming van een antigeen-antilichaam-complex mogelijk maken; en b) het detecteren van het gevormde antigeen-antilichaam-complex.
De uitvinding betreft tenslotte een cellijn, omvattende het PTLV-L. Een dergelijke cellijn heeft bijvoorbeeld het ATCC-toegangsnummer ATCC CRL 11592.
In onderstaand voorbeeld wordt de uitvinding verder geïllustreerd. Dit voorbeeld is echter niet bedoeld om de uitvinding op enigerlei wijze te beperken.
VOORBEELD
1. METHODEN
Er werden dertien in het wild geboren Hamadryasba-vianen fPapio hamadrvasï afkomstig uit Eritrea (voormalig Noord-Ethiopië) en twaalf Hamadryasbavianen, die waren geboren en opgegroeid in gevangenschap in het Sukhumi primatencentrum in Georgië (voormalige USSR), onderzocht. De bavianen werden in isolatie gehouden in onderzoekslaboratoria van de Universiteit van Leuven, gedurende perioden van 6 tot 10 maanden.
Sera van deze bavianen werden getest op PTLV-I antilichamen met een immunofluorescentiebepaling op MT-2 (IFA/MT-2) een continu HTLV-I producerende cellijn (8) en met een HTLV-I volledig-viruslysaat ELISA (Organon Teknika) of een deeltjes-agglutinatiebepaling (Serodia-HTLV, Fujire-bio). Reactieve sera werden verder getest met een gemodificeerde HTLV-I immunoblotbepaling, gespot met recombinant transmembraaneiwit (rgp21), welke kruisreageert met zowel HTLV-I als -II, en met de recombinante eiwitten MTA-1 en K55, afgeleid van het buitenste membraaneiwit, en specifiek herkend door respectievelijk HTLV-I en HTLV-II antilichamen (9). Van deze gemodificeerde Western blot is aangetoond dat het correct STLV-I positieve sera identificeert met meer dan 90 % gevoeligheid (10). De sera werden eveneens getypeerd met type-specifieke ELISAs, die gebruik maken van synthetische peptiden, die zijn afgeleid van het matrixeiwit van HTLV-I en van het buitenmembraaneiwit van HTLV-II (Select HTLV, IAF-Biochem, Montreal) (11).
Virusisolatie werd uitgevoerd door cocultuur met lymfocyten uit navelstrengbloed. Mononucleaire cellen uit perifeer bloed (PBMC) werden gescheiden van gehepariniseerd bloed op ficoll met natriummetrizoaat (Lymphoprep, Nycomed Pharma). Acht ml van een 106/ml suspensie van de cellen werden gecocultiveerd met een gelijk volume van met fytohae-magglutinine (PHA) gestimuleerde lymfocyten uit humaan navelstrengbloed (106/ml) in de aanwezigheid van 10 U/ml recombinant interleukine-2 (Boehringer Mannheim) en 2 μΐ/ml polybreen. Het medium werd tweemaal per week gewisseld en in de eerste weken werden verse gestimuleerde navelstrengcellen toegevoegd wanneer het celaantal daalde. De cellen werden onderzocht op onsterfelijk worden, op antigeen-expressie door indirecte immunofluorescent iebepaling (IFA) met een polyklonaal anti-HTLV-I positief humaan serum (van een patiënt met met HTLV-I geassocieerde myelopathie) en met plasma van de apen, en op de produktie van p24 kernantigeen in de kweekvloeistof door een capture-ELISA, die zowel HTLV-1 als -II detecteert (Coulter, Hyaleah). De specificiteit van de p24 antigeen-ELISA werd bevestigd door het herhalen van de bepaling na pre-incubatie van het kweeksupernatant gedurende 15 minuten bij 37 °C met 1:20 verdunningen van seropositief en seronegatief plasma. Gekweekte cellen die positief waren in de IFA met polyklonaal serum werden eveneens getest met een HTLV-I specifiek anti-pl9 (matrixeiwit) monoklonaal antilichaam 13B12 (Sigma) (12).
Een cellijn (PH969), die verkregen was van een in het wild gevangen Hamadryas, waarvan het serum antilichamen met een PTLV-II-type patroon bevatte, werd verder geanalyseerd.
De celoppervlaktemerkers van de onsterfelijk gemaakte cellen werden geanalyseerd met een reeks monoklona-le antilichamen (Simultest, Becton Dickinson) op een Fluorescent Antilichaam Cel Sorter (FACS, Becton Dickinson) .
Voor PTLV-provirusdetectie door polymerase kettingreactie (PCR) werd een pellet van 106 gekweekte cellen behandeld met proteinase K (0,1 Mg/ml overnacht bij 56°C) gevolgd door fenol/chloroform-extractie en methanolprecipi-tatie. Een geneste PCR werd uitgevoerd op het DNA van 105 cellen met de primerset TR101-104 (13), die een deel van het tax/rex gebied van zowel HTLV-I als -II amplificeert, onder de volgende omstandigheden: 10 mM Tris-HCl pH 8,3, 50 mM KC1, .3 mM MgCl2, 200 μM dNTPs, 1 μΚ van elke primer en 0,025 ϋ/μΐ AmpliTag in een volume van 100 /tl. De buitenste PCR werd uitgevoerd op een Gene Amp PCR system 9600 (Perkin-Elmer/Cetus) met 35 cycli (30 sec. bij 95°C, 30 sec. bij 50°C, 45 sec. bij 72°C); er werd 2 μΐ overgebracht naar 100 μΐ voor de binnenste PCR op een Trio-Thermoblok (Biometra) met 25 cycli (1 min. bij 95°C, 1 min. 30 sec. bij 50°C, 1 min. 30 sec. bij 72°C). Het geneste TR103-104 PCR-produkt werd.gezuiverd op een 3% agarosegel met gebruikmaking van de Sephaglas Bandprepkit (Pharmacia) en verder geanalyseerd met het dsDNA Cycle Sequencing System (Life Technologies) met de [ -32P]ATP-gelabelde PCR primers.
Het poly-A RNA van de PH969-cellen werd geïsoleerd met de Quick Prep zuiveringskit (Pharmacia) en gebruikt voor constructie van een cDNA-bibliotheek in de ZAP II vector (Stratagene). 105 plaques werden gescreend met het TR103-104 PCR-fragment, dat gelabeld was door inbouw van [a-32P]dCTP tijdens amplificatie (14). Een positieve plaque werd verder gezuiverd en het cDNA-insert in pBluescript werd uitgeknipt uit de ZAP II vector. Van beide strengen van het cDNA-insert werd de sequentie bepaald door de dideoxynucleotide-keten-terminatiemethode (Sequenase kit, USB) met primerwalking. De nucleotidesequentie werd geanalyseerd met gebruikmaking van de GeneWorks software (Intelligenetics). In de berekening van de percentages van homologie, scoren transities en transversies gelijk en worden inserties of deleties van verschillende naburige nucleotiden (NT) als één gebeurtenis gescoord. De fylogenetische analyse werd uitgevoerd door de "neighbor-joining"-methode (15) met het Kimura 2-parameter model (16) met gebruikmaking van het Treecon software pakket (17); inserties en deleties werden niet in beschouwing genomen. De boom werd van wortels voorzien met gebruikmaking van de automatische wortelallocatie-optie. De statische analyse werd uitgevoerd met de bootstrap sampling methode (1000 replicaten) (18).
Geneste PCR-primers werden ontworpen uit de sequentie, die was verkregen uit PH969, en gebruikt voor de detectie van het provirus in ongekweekte mononucleaire cellen uit perifeer bloed van dezelfde baviaan. De buitenste primers MVB1, AGCTATTCCCGCCAGTAATA (sense, NT49-68 van het cDNA-insert), en MVB2, GATGCCTAGTGAAGGTGAGAACT (antisense, NT778-800), werden gebruikt voor 35 cycli op een Trio-Ther-moblok (1 min. bij 95°C, 1 min. 30 sec. bij 55°C, 1 min. 30 sec. bij 72°C). Een volume van 2 μΐ werd overgebracht naar 100 μΐ voor de binnenste PCR met 25 cycli (1 min. bij 95°C, 1 min. 30 sec. bij 58°C, 1 min. 30 sec. bij 72eC) met de primers MVB3, CAAGCCATCTCCTCGGAGAA (sense, NT 113-132) , en MVB4, TTGGTCCACTTCACGCAAC (antisense, NT 310-328). DNA-monsters uit de PH969-cellijn en van HUT78-cellen werden gebruikt als respectievelijk positieve en negatieve controles. De ander testomstandigheden waren hetzelfde als in de PCR met de set TR101-104 geneste primers.
2. RESULTATEN
Vier van 12 in een kolonie opgegroeide P. hamadrv-as waren positief in de test op HTLV-antilichamen en hadden typische HTLV-I Western blot patronen inclusief reactiviteit met pl9, p24 en rgp21 en met het HTLV-I specifieke MTA-1 eiwit. Twee gekweekte isolaten van seropositieve bavianen werden gekarakteriseerd als STLV-I.
Sera van 2 van de 13 in het wild gevangen Hamadry-asbavianen waren reactief, hoewel zwak, in de screeningsbe- palingen. De immunoblot van beiden toonde slechts reactiviteit met het aaa p24 en met het rgp21. Daarnaast reageerde één van de twee met het HTLV-II specifieke K55, resulterend in een patroon dat niet te onderscheiden was van het HTLV-II positieve controleserum in dezelfde run.
Deze tweede vrouwelijke baviaan was beschikbaar voor verdere onderzoeken en van haar werd bloed afgenomen voor lymfocytische cocultuur (PH969). Aan het begin van de derde week van de cocultuur waren een paar fluorescente cellen detecteerbaar met zowel HTLV-I positief serum als met het plasma van de donorbaviaan zelf. Gestaag nam het aantal fluorescente cellen toe met rond 30 % positieve cellen vanaf week 8 in het baviaanplasma, maar een lager aantal 5-10 % en een veel zwakkere fluorescentie met HTLV-I serum. Fluorescentie met HTLV-I positief serum was constant minder uitgesproken dan met het bavianenplasma na verschillende passages van de celkweken, getest op verschillende momenten. Aan de andere kant was er slechts een zwakke fluorescentie zichtbaar met het baviaanplasma op de HTLV-I producerende MT-2 cellen. Serum van de ander seropositieve baviaan gaf dezelfde reacties. Een IFA op de cogekweekte cellen met drie HTLV-II sera van Amerikaanse oorsprong gaf met twee daarvan een zwakke reactie. Drie van de acht HTLV-II positieve sera van pygmeëen (7) toonden een zwakke reactie met de PH969 cellen in IFA. Vrij p24 antigeen werd detecteerbaar door ELISA vanaf dag 10 en steeg snel tot een niveau boven 10 maal de cut-off waarde van de test op dag 17 en bleef zo tijdens verdere kweek.
De specificiteit van de p24 antigeon-detectie werd bevestigd door blokkeringsbepalingen, die werden uitgevoerd op een supernatant-vloeistof genomen na 14 weken kweek. Plasma of serum van beide seropositieve bavianen en van een HTLV-I positief individu blokkeerden de ELISA reactie, terwijl seronegatief apeplasma geen effect had. Indirecte immunofluorescentie met het HTLV-I specifieke anti-pl9 monoklonale antilichaam 13B12 was negatief of de PH969-cellen, maar duidelijk positief met MT-2 cellen en roet een STLV-I cellijn verkregen uit een in gevangenschap geboren Hamadryasbaviaan.
Een duidelijke spontane groei werd waargenomen vanaf de tiende week met een toename van 106/ml naar 1,5 x 106 cellen/ml elke drie tot vier dagen. Analyse van celop-pervlaktemerkers toonde een enkele CD3'CD4+CD8' leukocyten-populatie met een hoge expressie van HLA-DR en een interleu-kine-2 receptor o-keten (CD25). B-celmerkers, CD19 en CD20, en de monocytmerker CD14 waren negatief. De cellen hebben een mannelijk humaan diploïd karyotype. Cocultivatie van met mitomycine C behandelde PH969 cellen met met vers fytohemag-glutinine behandelde lymfocyten uit navelstrengbloed leverde een nieuwe antigeen-producerende cellijn op.
PBMC uit een tweede onafhankelijke bloedafname van dezelfde baviaan werden afzonderlijk gecocultiveerd met PBMC van twee seronegatieve gezonde Hamadryasbavianen. Beide coculturen produceerden continu groeiende cellen die hetzelfde antigeen tot expressie brachten, zoals aangetoond door immunofluorescentie en ELISA.
Met de elektronenmicroscoop worden virale van een envelop voorziene deeltjes gevonden in alle drie de culturen. De deeltjes hebben variabele grootten, waarbij de grootste 10-120 nm groot is, en kernen van variërende dichtheden. Er werd knopvorming waargenomen.
Met een geneste PCR (TR101-104 primers) op de PH969 cellen werd een fragment verkregen dat homoloog is aan een zeer geconserveerde sequentie van het tax /rex-aebied van het PTLV-genoom. De homologie van het 120 baseparen (bp) lange fragment, waarvan de sequentie bepaald was, was 81,7 % met HTLV-I en 80 % met HTLV-II, terwijl HTLV-I en HTLV-II in dit gebied 85 % homologie vertonen.
Met gebruikmaking van het PCR-produkt als een probe werd een 1802 bp cDNA-fragment geïsoleerd uit een cDNA-bibliotheek die was afgeleid van de PH969-cellen. Het geïsoleerde cDNA-fragment is homoloog aan de NT 5918-7560 sequentie van HTLV-I (ATK1 stam) en de NT 5903-7573 sequentie van HTLV-II (Mo-T stam) (fig. 1). Voor HTLV-I omvat dit gebied een deel van het env-oen inclusief de volledige sequentie die codeert voor het transmembraaneiwit (gp21) , de open leesramen I en II van pX (ORF I en II) en een deel van het tax / rex-aebied. De totale homologie van het SLTV-PH969 cDNA fragment is 62,4 % met HTLV-I en 64 % met HTLV-II, terwijl 66 % homologie wordt waargenomen tussen HTLV-I en -II in hetzelfde fragment.
Op matrixvergelijkingsplots (fig. 2) worden twee belangrijke homologe gebieden gevonden tussen HTLV-I, HTLV-II en STLV-PH969: in de env en in de tax /rex-aebieden. Het eny-sequentiefragment van STLV-PH969 strekt zich uit van NT 1 tot 745 en vertoont 65 % homologie met HTLV-I en 70 % met HTLV-II, terwijl voor hetzelfde fragment HTLV-I en -II voor 65 % homoloog zijn. Het deel van het tax/rex-aebied waarvan de sequentie bepaald is, omvat NT 1441-1802 en is 80 % homoloog met zowel HTLV-I als HTLV-II (de homologie tussen HTLV-I en -II is 83 %). In de matrixvergelijkingsplot die STLV-PH969 en HTLV-II vergelijkt is de lijn die de homologie in het tax/rex weergeeft naar beneden geschoven door belangrijke deleties in het HTLV-IIpX (totaal 120 bp) . Het verschil in lengte tussen HTLV-I en STLV-PH969 in dit gebied is slechts 50 bp. In het 5' deel van het pX-gebied wordt significante homologie slechts gevonden tussen STLV-PH969 en HTLV-II (52 %).
Een fylogenetische analyse gebaseerd op de NT-sequentie, die codeert voor het transmembraanenvelopeiwit, wordt gegeven in fig. 3. Vertegenwoordigers van de meest divergente takken van HTLV-I (een Melanesische stam en een stam van het cosmopolitische type) en STLV-I (van een Azi-sche Macaca nemestrina) en van HTLV-II (HTLV-IIa en HTLV-Ilb) werden vergeleken met STLV-PH969. Runderleukemievirus, dat structureel verwant is aan PTLV, werd niet meegenomen, omdat onvoldoende homologie gevonden werd in dit deel van het genoom om het op de juiste manier op één lijn te kunnen brengen. Voor elke vertakkingsknoop worden hoge bootstrap-waarden verkregen.
Translatie van een gedeeltelijk ORF van NT 1-745 verschaft een aminozuur (AZ) -sequentie die homoloog is aan de env van HTLV-I en HTLV-II. De proteolytische splitsings- plaats van de env-glycoproteïne-voorloper is goed geconserveerd. De AZ-sequentie van het vermeende transmembraan-eiwit van STLV-PH969 heeft 75 % homologie met het overeenkomende eiwit in HTLV-I. Met 88 % is de homologie met HTLV-II hoger met een volledige overeenkomst van een intermediair gebied van 68 AZ inclusief de glycosyleringsplaats. Vergelijking van hydrofobiciteitsplots van de transmembraan-envelopeiwit-ten van HTLV-I, HTLV-II en STLV-PH969 toont geen belangrijke verschillen (niet getoond). Dit en de homologie van de AZ-sequenties is in overeenstemming met de waargenomen immunologische reactiviteiten van HTLV-I-, HTLV-II- en STLV-PH969-positieve sera met HTLV-I gp2l.
In het pX-gebied gaat een korte sequentie, die overeenkomt met de splice acceptor consensus sequentie (23) (NT 1432-1443), vooraf aan twee gedeeltelijke ORFs, die coderen voor eiwitten die homoloog zijn aan tax en rex. De gedeeltelijke tax-AZ-secmentie is goed geconserveerd met 84 % en 88 % homologiën met resp. HTLV-I en HTLV-II (80 % homologie tussen HTLV-I en -II). De rex-AZ-sequentie vertoonde daarentegen slechts homologiën van 54 % en 55 % (de homologie tussen HTLV-I en -II is 65 %). Eén extra ORF (NT 796-1140) kon geïdentificeerd worden in het 5'-deel van het pX-gebied volgend op een vermoedelijke splice acceptor plaats (cursief in fig. 1). De theoretische AZ-sequentie is 125 AZ lang en heeft geen homologie met andere beschreven PTLV-eiwitten.
Genest PCR, die direct werd uitgevoerd op de PBMC van de baviaan met de primers ontworpen op basis van STLV-PH969 tax/rex-sequentie, amplificeerde een fragment van de verwachte lengte (216 bp) (fig. 4).
3. FIGUREN
In figuur 1 wordt de nucleotidesequentie van het STLV-PH969 cDNA-fragment getoond. De afgeleide aminozuurse-quentie wordt onder de nucleotidesequentie gegeven; niet-coderende gebieden worden gegeven in kleine letters. De vermeende 3' splice acceptor plaatsen zijn onderstreept en de theoretische ORF tussen het env- en het tax/rex-qebied is cursief gedrukt. De env-proteolvtische splitsingsplaats wordt aangegeven door een pijl op het aminozuurniveau. Een omcirkeld asparagine geeft een mogelijke glycosylerings-plaats van het transmembraaneiwit weer.
In figuur 2 worden de homologiematrixplots van het STLV-PH969 cDNA-fragment vergeleken met de overeenkomende gebieden van HTLV-I (ATK1 stam; AC K02722) (19) en HTLV-II (Mo-T stam; AC M10060) (20). Elke punt geeft een gebied van 20 nucleotiden weer met een gemiddelde score van ten minste 58 % identiciteit. In gebieden met een significante homologie vormen de stippen een meer of minder continue lijn. De nucleotide-aantallen op de as refereren naar het einde van het 5' homologiegebied en het begin van het 3' homologiege-bied. In de vergelijkingsplot tussen HTLV-II en STLV-PH969 wordt het einde van het env-gen aangegeven door een pijl. De plots werden gemaakt met de GeneWorks software (Intelligenties) .
In figuur 3 wordt de fylogenetische analyse van de PTLV-nucleotidesequenties, die coderen voor het transmembraaneiwit, getoond. De analyse werd uitgevoerd met de neighbor-joining methode zoals geïmplementeerd in het TREE-CON software pakket (17). De STLV-PH969 sequentie werd op één lijn gezet met volgende stammen: HTLV-I (ATK1; AC KO-2722) (19), HTLV-I (Mel5; AC L02534) (5), STLV-I (PtM3; AC 11373) (21), HTLV-IIa (Mo-T, AC M10060) (20), HTLV-IIb (GNO; AC LI1456) (22). Het percentage van bootstrapbomen (1.000 replicaten) die de monofyletische oorsprong van de stammen aan de rechter zijde van de knoop ondersteunen, worden bij elke vertakking aangegeven.
In figuur 4 ten slotte wordt de gel-elektroforese van geneste PCR-produkten, die geamplificeerd zijn met de STLV-PH969 primers MVB 1-4, getoond. Lanen 1 en 3 zijn negatieve controles; laan 2 zijn gekweekte perifere mononucleai-re bloedcellen van de Hamadryasbaviaan waaruit STLV-PH969 werd afgeleid; laan 4 toont de PH969 cellijn; laan 5 toont grootte-merkers (pBR328 Bgll, pBR328 Hinfl).
4. DISCUSSIE
Door cocultivatie van gestimuleerde humane lymfo-cyten uit navelstrengbloed, met PBMC uit een in het wild geboren Hamadryasbaviaan, die antilichamen had die zwak kruisreageerde met HTLV-I en HTLV-II, werd een continue CD4+ cellijn verkregen die een PTLV-verwant provirus bevatte (STLV-PH969). Deze cellijn produceert antigenen en virionen, die herkend worden door immunologische bepalingen die gericht zijn op HTLV-I en -II. Kruisreacties in beide richtingen zijn zwak, hetgeen suggereert dat er belangrijke verschillen bestaan tussen STLV-PH969 en de bekende PTLV.
Infectiviteit van het virus werd gedemonstreerd door secundaire transmissie naar verse lymfocyten uit navelstrengbloed .
Het plasma van de PH969-baviaan herkent de antigenen, die worden geproduceerd door de provirus-dragende cellijn, zowel in een indirecte immunofluorescentiebepaling als in een blokkeringsbepaling. Het virus kon uit dezelfde baviaan geïsoleerd worden op twee afzonderlijke gelegenheden, éénmaal met humane cellen en éénmaal met baviane-cellen. De provirussequentie van STLV-PH969 kon direct in de PBMC van de baviaan gedetecteerd werd door PCR. Dit alles bewijst dat het virus inderdaad afkomstig is van deze Hamadryasbaviaan. De baviaan werd van anderen geïsoleerd tijdens gevangenschap in Leuven, maar er bestaan geen details over wat er gebeurde tussen de vangst en het moment dat zij in Leuven aankwam. Het is echter onwaarschijnlijk dat het tijdens gevangenschap geïnfecteerd zou zijn, omdat onder 14 in kolonie opgegroeide bavianen slechts typische STLV-I gevonden werd.
De seguentiebepaling van een 1802 bp genoomfrag-ment dat zich uitstrekt van het env-gebied naar het tax/rex-gebied, bevestigd dat STLV-PH969 behoort tot de PTLV-groep, maar zeer verschillend is van zowel PTLV-I (62,4 % homologie) en PTLV-II-typen (64 % homologie). De verschillen op het nucleotide seguentieniveau tussen STLV-PH9696 en de andere bekende PTLV is van dezelfde grootteorde als het verschil tussen HTLV-I en -II (66 % homologie). Het gebied van het genoom waarvan de sequentie bepaald is, overspant een deel van het geconserveerde tax/rex-gebied, evenals van het extreem divergente 5'-deel van het pX en deel van het gematigd divergente env-gebied. De getransleerde aminozuur-sequentie van een mogelijk ORF in het 5'-deel van het pX-gebied van het STLV-PH969 genoom toont geen homologie met enig bekend PTLV-eiwit.
Er worden meer homologiën waargenomen tussen STLV-PH969 en HTLV-II dan tussen STLV-PH969 en HTLV-I of tussen HTLV-I en -II. Dit is niet duidelijk wanneer gekeken wordt naar de totale percentages, omdat deze beïnvloed zijn door een groot aantal deleties in HTLV-II in vergelijking met STLV-PH969. Het kan visueel beter gewaardeerd worden in de matrix-vergelijkingsplots, waar de homologie die bestaat tussen STLV-PH969 en HTLV-II in het env-gebied zich uit-breidt naar een deel van het 5'-einde van het pX, maar hier is de homologie slechts 52 %. Paarsgewijze vergelijking van de percentages homologie in verschillende gebieden, zowel op het nucleotideniveau als het aminozuurniveau, wijst eveneens op een hogere homologie van STLV-PH969 met HTLV-II dan met HTLV-I in het bijzonder in de env. Het feit dat STLV-PH969 enigszins meer verwant is met het PTLV-II dan met het PTLV-l wordt eveneens tot uitdrukking gebracht door een antili-chaampatroon in de geïnfecteerde apen dat lijkt op een HTLV-II antilichaampatroon door conventionele serologie.
De fylogenetische analyse (fig. 3) werd uitgevoerd op het fragment dat codeert voor het transmembraaneiwit, omdat dit deel een entiteit is, die correct op één lijn gebracht kan worden tussen de twee virussen van deze groep (fig. 2) en die veel gebruikt is in fylogenetisch analyses door verschillende onderzoekers. Hier werden vertegenwoordigers van de meest divergente stammen van elk van de PTLV-I en PTLV-II typen voor deze vergelijking gekozen. Onder de af stands-mater ixbenaderingen, waar de lengte van de takken van de boom evenredig zijn met de afstand tussen de taxa is de neighbor-joining methode in het algemeen de beste keuze (24, 25). Aangezien transities veel algemener zijn dan transversies werd het Kimura 2-parametermodel gebruikt voor het berekenen van de afstanden. De bootstrapwaarden naar beide knopen geven het percentage weer van bomen waarvoor de geanalyseerde sequenties rechts een monofyletische groep weergeven. De hoge waarden die hier verkregen worden zijn een indicatie dat de vertakking juist is. Zoals verwacht toont de analyse dat de STVL-PH969 een PTLV type vertegenwoordigt met een lange onafhankelijke evolutie, maar die enigszins dichter bij PTLV-II ligt dan bij PTLV-I. Vanwege zijn hoge divergentie van zowel PTLV-I als PTLV-II en vanwege zijn lange onafhankelijke evolutie, langer dan enige stam binnen de PTLV-I of PTLV-II groepen, kwalificeert dit virus zich als een vertegenwoordiger van een nieuw PTLV-type. Zolang de formele klassificatie van dit virus nog niet voltooid is, wordt de naam PTLV-L voorgesteld voor dit nieuwe type, waarbij STLV-PH969 de prototypestam is.
REFERENTIES
1. Poiesz, B.J., Ruscetti, F.W., Gazdar, A.F., Bunn, P.A., Minna, J.D., & Gallo, R.C. (1980) Proc. Natl. Acad.
Sci. USA 77, 7415-7419.
2. Kalyanaraman, V.S., Sarngadharan, M.G., Robert-Guroff, M., Miyoshi, I., Golde, D., Gallo, R.C. (1982) Science 218, 571-573.
3. Watanabe, T., Seiki, M., Hirayama, Y., & Yoshida, M. (1986) Virology 148, 385-388.
4. Sherman, M.P., Saksena, N.K., Dube, D.K. Yanagihara, R., & Poiesz, B.J. (1992) J. Virol. 66, 2556-2563.
5. Gessain, A., Boeri, E., Yanagihara, R., Gallo, R.C., & Franchini, G. (1993) J. Virol. 67, 1015-1023.
6. Goubau, P., Desmyter, J., Ghesquiere, J., & Kasereka, B. (1992) Nature 359, 201.
7. .Goubau, P., Liu, H.F., De Lange, G.G., Vandamme, A.M., & Desmyter, J. (1993) AIDS Res. Hum. Retrovir. 9, 709-713.
8. Miyoshi, I., Kubonishi, I., Yoshimoto, S., Akagi, T., Ohtsuki, Y., Shiraishi, Y., Nagata, T., & Hinuma, Y. (1981) Nature 294, 770-771.
9. Lipka, J.J., Miyoshi, I., Hadlock, K.G., Reyes, G.R., Chow, T.P., Blattner, W.A., Shaw, G.M., Hanson, C.V., Gallo, D., Chan, L., & Foung, S.K.H. (1992) J. Infect. Dis. 165, 268-272.
10. Rudolph, D.L., Yee, J., Hone, J., Foung, S.K.H., Lipka, J.J., Reyer, 6.R., Hadlock, K., Chan, L., Villinger, F., Lairmore, M.D., Sinha, S., & Lal, R.B. (1992) J. Clin. Microbiol. 30, 858-861.
11. Lal, R.B., Heneine, W., Rudolph, D.L., Present, W.B., Hofhienz, D., Hartley, T.M., Khabbaz, R.F., & Kaplan, J.E. (1991) J. Clin. Microbiol. 29, 2253-2258.
12. Palker, T.J., Scearce, R.M., Ho, W., Copeland, T.D., Oroszlan, S., Popovic, N., & Hayners, B.F. (1985) J. Immunol. 135, 247-254.
13. Maloney, E.M., Biggar, R.J., Neel, J.V., Taylor, M.E., Hahn, B.H., Shaw, G.M., & Blattner, W.A. (1992) J. Infect. Dis. 166, 100-107.
14. Abbott, M.A., Poiesz, B.J., Byrne, B.C., Kwok, S. Sninsky, J.J., Ehrlich, G.D. (1988) J. Infect. Dis.
158, 1158-1168.
15. Saitou, N., & Nei, M. (1987) Mol. Biol. Evol. 4, 406-. 425.
16. Kimura, M. (1980) J. Molec. Evol. 16, 111-120.
17. Van de Peer, Y., & De Wachter, R. (1993) Comput. Ap-plic. Biosci. 9, 177-182.
18. Felsenstein, J. (1985) Evolution 39, 783-791.
19. Seiki, M., Hattori, S., Hirayama, Y., & Yoshida, M. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 3618-3622.
20. Shimotohno, K., Takahashi, Y., Shimuzu, N., Gojobori, T., Golde, D.W., Chen, S.Y., Miwa, M., & Sugimura, T. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 3101-3105.
21. Watanabe, T., Seiki, Μ., Tsujimoto, Η., Miyoshi, I., Hayami, M., & Yoshida, M. (1985) Virology 144, 59-65.
22. Pardi, D., Switzer, W.M., Hadlock, K.G., Kaplan, J.E., Lal, R.B., & Folks, T.M. (1993) J. Virol. 67, 4659-4664.
23. Shapiro, M.B., & Senapathy, P. (1987) Nucleic Acids Res. 15, 715507174.
24. Saitou, N., & Imanishi, T. (1989) Mol. Biol. Evol. 6, 514-525.
25. Sourdis, J., & Nei, M. (1988) Mol. Biol. Evol. 5, 298-. 311.
26. Rummer, H. (1992) Wiesse Affen am roten Meer (R. Piper, München), p. 427.
27. Gallo, D., Penning, L.M., & Hanson, C.M. (1991) J.
Clin. Microbiol. 29, 2345-2347.
28. . Saksena, N.K., Hervé, V., Sherman, M.P., Durand, J.P.,
Mathiot, C., Muller, M., Love, J.L., LeGuenno, B., Barré-Sinoussi, F., Dube, D.K., & Poiesz, B.J. (1993) Virology 192, 312-320.
29. Chen et al. (1993) International Conference on AIDS, Berlijn.
Claims (24)
1. T-Lymfotroop primatevirus L (PTLV-L) in in hoofdzaak geïsoleerd vorm te verkrijgen uit de lymfocyten-cellijn PH969 met het ATCC-toegangsnummer ATCC CRL 11592.
2. Polypeptide, omvattende tenminste één PTLV-L epitoop.
3. Recombinant polypeptide, omvattende tenminste één PTLV-L epitoop.
4. Synthetisch polypeptide, omvattende tenminste één PTLV-L epitoop.
5. Gezuiverd PTLV-L polynucleotide, of de complementaire streng daarvan.
6. Gezuiverd PTLV-L polynucleotide volgens conclusie 5, met het kenmerk, dat het de coderende sequentie voor een PTLV-L epitoop omvat, of de complementaire streng daarvan.
7. Recombinant PTLV-L polynucleotide, of de complementaire streng daarvan.
8. Recombinant polynucleotide, omvattende een sequentie die is afgeleid van het PTLV-L genoom of van PTLV-L cDNA, of de complementaire streng daarvan.
9. Recombinant polynucleotide dat codeert voor een epitoop van PTLV-L, of de complementaire streng daarvan.
10. Honoklonaal antilichaam gericht tegen een PTLV-L epitoop.
11. Gezuiverd preparaat van polyklonale antilicha-men gericht tegen tenminste één PTLV-L epitoop.
12. Vaccin voor de behandeling van PTLV-L infectie, omvattende een farmaceutisch aanvaardbaar verdunnings-middel en een immunogeen polypeptide, dat een PTLV-L epitoop bevat, waarbij het immunogene polypeptide aanwezig is in een farmacologisch effectieve dosis.
13. Vaccin voor de behandeling van PTLV-L infectie, omvattende een farmaceutisch aanvaardbaar verdunnings-middel en geïnactiveerd PTLV-L, in een farmacologisch effectieve dosis.
14. Vaccin voor de behandeling van PTLV-L infectie, omvattende een farmaceutisch aanvaardbaar verdunnings-middel en verzwakt PTLV-L in een farmacologisch effectieve dosis.
15. Kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van polynucleotiden afgeleid van PTLV-L, omvattende een polynucleotide-probe, die een nucleotide-seguentie van PTLV-L van 8 nucleotiden of meer, of de complementaire streng daarvan, bevat, in een geschikte houder.
16. Kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van PTLV-L-antigenen, omvattende een antili-chaam gericht tegen het te detecteren antigeen, in een geschikte houder.
17. Kit voor het analyseren van monsters op de aanwezigheid van PTLV-L-antilichamen, omvattende een polypeptide, dat een PTLV-L epitoop uit het PTLV-L antigeen bevat, in een geschikte houder.
18. Polypeptide, dat een PTLV-L epitoop uit het PTLV-L antigeen bevat, gebonden aan een drager.
19. Antilichaam gericht tegen een epitoop van PTLV-L, gebonden aan een drager.
20. Werkwijze voor het detecteren van PTLV-L nucleïnezuren in een monster, omvattende de stappen: a) het in contact brengen van het monster met een probe voor een PTLV-L polynucleotide onder omstandigheden die de vorming van een polynucleotide duplex mogelijk maken; en b) het detecteren van de duplex die de probe bevat.
21. Immunobepaling voor het detecteren van PTLV-L antigeen, omvattende de stappen: a) het incuberen van een monster, waarvan vermoed wordt dat het PTLV-L antigenen bevat, met een antilichaam-probe gericht tegen het PTLV-L antilichaam onder omstandigheden die de vorming van een antigeen-antilichaam-complex mogelijk maken; en b) het detecteren van het gevormde antigeen-anti-lichaam-complex.
22. Immunobepaling voor het detecteren van PTLV-L antilichamen, omvattende de stappen: a) het incuberen van een monster, waarvan vermoed wordt dat het PTLV-L antilichamen bevat, met een polypepti-de-probe, die een PTLV-L epitoop bevat, onder omstandigheden die de vorming van een antigeen-antilichaam-complex mogelijk maken; en b) het detecteren van het gevormde antigeen-anti-lichaam-complex.
23. Cellijn, omvattende het PTLV-L volgens conclusie 1.
24. Cellijn PTLV-L/PH969 te verkrijgen bij de American Type Culture Collection onder toegangsnummer ATCC CRL 11592.
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PCT/BE1995/000026 WO1995026405A1 (en) | 1994-03-25 | 1995-03-23 | T-lymphotropic primate virus l (ptlv-l) and its applications |
AU20637/95A AU2063795A (en) | 1994-03-25 | 1995-03-23 | T-lymphotropic primate virus l (ptlv-l) and its applications |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP94200804 | 1994-03-25 | ||
EP94200804 | 1994-03-25 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
NL9400932A true NL9400932A (nl) | 1995-11-01 |
Family
ID=8216746
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
NL9400932A NL9400932A (nl) | 1994-03-25 | 1994-06-08 | T-lymfotroop primatevirus L (PTLV-L) en zijn toepassingen. |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
NL (1) | NL9400932A (nl) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1987002892A1 (en) * | 1985-11-14 | 1987-05-21 | President And Fellows Of Harvard College | T-lymphotrophic virus |
US5212084A (en) * | 1988-06-01 | 1993-05-18 | Emory University | Retrovirus and related method used for producing a model for evaluating the antiretroviral effects of drugs and vaccines |
-
1994
- 1994-06-08 NL NL9400932A patent/NL9400932A/nl active Search and Examination
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1987002892A1 (en) * | 1985-11-14 | 1987-05-21 | President And Fellows Of Harvard College | T-lymphotrophic virus |
US5212084A (en) * | 1988-06-01 | 1993-05-18 | Emory University | Retrovirus and related method used for producing a model for evaluating the antiretroviral effects of drugs and vaccines |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
PATRICK GOUBAU ET AL.: "A PRIMATE T-LYMPHOTROPIC VIRUS, PTLV-L, DIFFERENT FROM HUMAN T-LYMPHOTROPIC VIRUSES TYPES I AND II, IN A WILD-CAUGHT BABOON (PAPIO HAMADRYAS).", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF USA., vol. 91, no. 7, 29 March 1994 (1994-03-29), WASHINGTON US, pages 2848 - 2852 * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Goubau et al. | A primate T-lymphotropic virus, PTLV-L, different from human T-lymphotropic viruses types I and II, in a wild-caught baboon (Papio hamadryas). | |
Gessain et al. | Isolation and molecular characterization of a human T-cell lymphotropic virus type II (HTLV-II), subtype B, from a healthy Pygmy living in a remote area of Cameroon: an ancient origin for HTLV-II in Africa. | |
Hunter et al. | Retrovirus envelope glycoproteins | |
Olmsted et al. | Worldwide prevalence of lentivirus infection in wild feline species: epidemiologic and phylogenetic aspects | |
Gessian et al. | Highly divergent molecular variants of human T-lymphotropic virus type I from isolated populations in Papua New Guinea and the Solomon Islands. | |
Müller et al. | Simian immunodeficiency viruses from central and western Africa: evidence for a new species-specific lentivirus in tantalus monkeys | |
Shioda et al. | In vivo sequence variability of human immunodeficiency virus type 1 envelope gp120: association of V2 extension with slow disease progression | |
Beer et al. | Simian immunodeficiency virus (SIV) from sun-tailed monkeys (Cercopithecus solatus): evidence for host-dependent evolution of SIV within the C. lhoesti superspecies | |
Giri et al. | Isolation of a novel simian T-cell lymphotropic virus from Pan paniscus that is distantly related to the human T-cell leukemia/lymphotropic virus types I and II | |
Ibrahim et al. | Isolation and characterization of a new simian T-cell leukemia virus type 1 from naturally infected celebes macaques (Macaca tonkeana): complete nucleotide sequence and phylogenetic relationship with the Australo-Melanesian human T-cell leukemia virus type 1 | |
Liégeois et al. | Identification and molecular characterization of new STLV-1 and STLV-3 strains in wild-caught nonhuman primates in Cameroon | |
Fauci et al. | Development and evaluation of a vaccine for human immunodeficiency virus (HIV) infection | |
Digilio et al. | The simian T-lymphotropic/leukemia virus from Pan paniscus belongs to the type 2 family and infects Asian macaques | |
Buonaguro et al. | Heteroduplex mobility assay and phylogenetic analysis of V3 region sequences of human immunodeficiency virus type 1 isolates from Gulu, northern Uganda. The Italian-Ugandan Cooperation AIDS Program | |
Gessain et al. | Phylogenetic study of ten new HTLV-I strains from the Americas | |
Van Brussel et al. | The discovery of two new divergent STLVs has implications for the evolution and epidemiology of HTLVs | |
Devare et al. | Genomic diversity of the acquired immunodeficiency syndrome retroviruses is reflected in alteration of its translational products. | |
NL9400932A (nl) | T-lymfotroop primatevirus L (PTLV-L) en zijn toepassingen. | |
Arp et al. | A source of glycosylated human T-cell lymphotropic virus type 1 envelope protein: expression of gp46 by the vaccinia virus/T7 polymerase system | |
Lairmore et al. | Characterization of a B-cell immunodominant epitope of human T-lymphotropic virus type 1 (HTLV-I) envelope gp46 | |
Loh | Spumaviruses | |
Dube et al. | The complete genomic sequence of an HTLV-II isolate from a Guahibo Indian from Venezuela | |
Gessain et al. | Genetic diversity and molecular epidemiology of primate T cell lymphotropic viruses: human T cell leukaemia/lymphoma viruses types 1 and 2 and related simian retroviruses (STLV-1, STLV-2 pan-p and PTLV-L) | |
Avidan et al. | Effect of non-H-2-linked genes on anti-virus immune responses and long-term survival in mice persistently infected with E-55+ murine leukemia virus | |
CN104169295A (zh) | 突变的慢病毒env蛋白及其用作药物的用途 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A1B | A search report has been drawn up | ||
A1M | The application is based on a (several) micro-organism(s) | ||
BC | A request for examination has been filed | ||
BN | A decision not to publish the application has become irrevocable |