NL2003978C2

NL2003978C2 - Method of breeding cysdv-resistant cucumber plants.

Info

Publication number: NL2003978C2
Application number: NL2003978A
Authority: NL
Inventors: Nanne Machiel Faber; Luis Mullor Torres; Laura Olalla Sanchez
Original assignee: Monsanto Invest Nv; Enza Zaden Beheer Bv
Priority date: 2008-12-19
Filing date: 2009-12-18
Publication date: 2010-09-20
Also published as: NL2003978A; IL213652A0; MX337685B; EP2379739A1; IL213652A; CN102325900A; WO2010071431A1; MX2011006687A

Claims

1. Een werkwijze voor het testen van een nucleïnezuurmonster op de aanwezigheid van ten minste een nucleïnezuursequentie gekozen uit SEQ ID NO: 1, 2 en 3, omvattende de stap van het bepalen van de aanwezigheid in genoemd monster van een nucleïnezuur omvattende een nucleïnezuursequentie 5 gekozen uit SEQ ID NO: 1, 2 and 3.

2. De werkwijze volgens conclusie 1, waarin genoemde werkwijze het detecteren omvat van ten minste een van de polymorfismen van SEQ ID NO: 1 ten opzichte van SEQ ID NO: 2. 10

3. De werkwijze volgens conclusie 1 of 2, waarin genoemd nucleïnezuurmonster een monster is van een plant, een plant kiemplasma of een plantenlijn.

4. De werkwijze volgens conclusie 3, waarin genoemde plant een komkommerachtige is.

5. De werkwijze volgens conclusie 4, waarin genoemde komkommerachtige een komkommer is. 20

6. De werkwijze volgens een van conclusies 1 tot 5, waarin genoemde werkwijze onderdeel is van een werkwijze voor het genotyperen van een plant of kiemplasma op ten minste een genetisch merkerlocus dat geassocieerd is met resistentie tegen CYSDV en dat een merker herbergt met de 25 nucleïnezuursequentie gekozen uit SEQ ID NO: 1, 2 and 3.

7. De werkwijze volgens conclusie 6, waarin genoemde werkwijze omvat: a) het amplificeren van de merkerlocus of de nucleïnezuursequenties of een deel daarvan door het mengen van een amplificatieprimer of amplificatieprimerpaar met het nucleïnezuurmonster, waarbij de primer of het 5 primerpaar complementair of gedeeltelijk complementair is aan ten minste een deel van het merkerlocus of de genoemde merkernucleïnezuursequentie, en waarin de primer of het primerpaar in staat is om DNA-polymerisatie door een DNA polymerase te initiëren onder gebruikmaking van genoemd nucleïnezuurmonster als een nucleïnezuur-template, en 10 b) het uitbreiden van de primer of het primerpaar in een DNA- polymerisatiereactie omvattende een DNA polymerase en het genoemde template nucleïnezuur ter voortbrenging van ten minste een amplicon en het optioneel detecteren van de genoemde nucleïnezuursequentie in het resulterende geamplificeerde merkeramplicon. 15

8. De werkwijze volgens conclusie 6, waarin genoemde werkwijze de stappen omvat van: a) het optioneel amplificeren van het merkerlocus van de nucleïnezuursequentie of een deel daarvan door het mengen van een 20 amplificatieprimer of amplificatieprimerpaar met een nucleïnezuurmonster, waarbij de primer of het primerpaar complementair of gedeeltelijk complementair is aan ten minste een deel van het merkerlocus of de nucleïnezuursequenties van genoemd merker, en waarin de primer of het primerpaar in staat is om DNA-polymerisatie door een DNA polymerase te 25 initiëren onder gebruikmaking van genoemd nucleïnezuurmonster als een nucleïnezuur-template, en b) het bepalen van de aanwezigheid van genoemde merkernucleïnezuursequentie in het genoom van genoemde plant of kiemplasma of in het optioneel geamplificeerde merkerlocus door het bepalen 30 van een smeltcurve voor het genomisch nucleïnezuur of genoemde optioneel geamplificeerde merkerlocus en het vaststellen van de aanwezigheid van genoemde merkernucleïnezuursequentie in het merkerlocus in het geval de smeltcurve op de aanwezigheid van het polymorfisme duidt.

9. De werkwijze volgens een van conclusies 6-8, waarin de primer of het primer paar is gekozen uit de groep bestaande uit SEQ ID NO: 4 en 5.

10 SEQ ID NO: 1 of 3 gekoppeld aan CYSDV resistentie, optioneel in combinatie met merkers gekoppeld aan het quantitative trait locus geïdentificeerd in WO02/22836 als QTL-2.

10. Een werkwijze voor het selecteren van een plant of kiemplasma omvattende het uitvoeren van de werkwijze volgens een van conclusies 3-9 en 10 het selecteren van de plant of het kiemplasma met ten minste een nucleïnezuursequentie gekozen uit SEQ ID NO: 1 en 3 voor verdere veredelingsdoelstellingen.

11. Een werkwijze voor het veredelen van planten, omvattende het 15 selecteren van een plant of kiemplasma met de werkwijze van conclusie 10, en het kruisen van genoemde geselecteerde plant of kiemplasma met een tweede plant of kiemplasma, bij voorkeur van een elite plantenlijn, ter productie van nakomeling planten of kiemplasmas.

12. De werkwijze volgens conclusie 11, voorts omvattende de stap van het analyseren van DNA monsters geïsoleerd uit een of meer van genoemde nakomeling planten of kiemplasmas op de aanwezigheid van ten minste een nucleïnezuursequentie gekozen uit SEQ ID NO: 1, 2 en 3, waarin genoemde analyse een plant identificeert die ten minste een merker omvat die gekoppeld 25 is aan CYSDV resistentie.

13. De werkwijze volgens conclusie 12, waarin genoemde nakomeling planten of kiemplasmas van een populatie zijn die uitsplitst voor wat betreft de aanwezigheid van genoemde ten minste een nucleïnezuursequentie en/of voor 30 wat betreft resistentie tegen CYSDV.

14. De werkwijze volgens een van conclusies 11-13, voorts omvattende een of meer stappen van terugkruising, zelfbestuiving, uitkruising, en selectie van planten. 5

15. De werkwijze volgens een van conclusies 11-14, voorts omvattende de stap van moleculaire merkeranalyse van DNA monsters geïsoleerd uit een of meer planten die resulteren van de toepassing van de werkwijze, waarin genoemde analyse een plant identificeert die ten minste een merker omvat van

16. De werkwijze volgens conclusie 15, waarin genoemde geïdentificeerde 15 plant een verhoogde resistentie tegen CYSDV vertoont in vergelijking met een tweede komkommerplant of kiemplasma.

17. Een geïsoleerd nucleïnezuurmolecuul gekozen uit de groep bestaande uit: 20 a) een nucleïnezuurmolecuul met de sequentie van een van SEQ ID NO: 1, 2 en 3; b) een nucleïnezuurmolecuul met een lengte van tussen 10 en 50 nucleotiden en met een sequentie-identiteit van ten minste 80% met een van SEQ ID NO: 1, 2 en 3; 25 c) een nucleïnezuurmolecuul dat in staat is te hybridiseren onder stringente hybridisatiecondities met een nucleïnezuurmolecuul met de sequentie van een van SEQ ID NO: 1, 2 en 3; d) een nucleïnezuurmolecuul dat complementair is aan de nucleïnezuurmoleculen van een van a) tot c). 30

18. Gebruik van een nucleïnezuurmolecuul volgens conclusie 17 als een hybridisatieprobe of amplificatieprimer.