MXPA01008145A - Nuevos analogos de nucleosido y oligonucleotido - Google Patents
Nuevos analogos de nucleosido y oligonucleotidoInfo
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Abstract
(Ver Fórmula) Los compuestos representados por la fórmula general (1) y sales de los mismos;y análogos novedosos del oligonucleótido preparados al usar el mismo como el intermediario y exhibiendo actividades antisentido estables y excelentes y así, en donde R1 y R2 son cada uno independientemente hidrógeno, un grupo protector del hidroxilo, un grupoácido fosfórico, o - P(R3)R4 (en donde R3 y R4 son cada uno independientemente cianoalcoxi de - C1-C5, amino sustituido con alquilo de Cl-C4, o similares);A es alquileno de Cl-C4;y B es purin-9-ilo o 2- oxopirimidin-1-ilo opcionalmente sustituido.
Description
NUEVOS ANÁLOGOS DE NUCLEOSIDO Y OLIGONUCLEOTIDO
CAMPO TÉCNICO
La presente invención se refiere a nuevos análogos de oligonucleótido, que exhiben actividad antisentido o antigen que tiene excelente estabilidad, o exhiben excelente actividad como un agente de detección (sonda) para un gen específico o como un iniciador para iniciar amplificación, y a nuevos análogos de nucleósido que son intermediarios para su producción.
TÉCNICA ANTECEDENTE
Los análogos de oligonucleótido, que tienen excelente actividad antisentido o antigen que ocurren en la naturaleza y que son estables en el cuerpo se espera que sean útiles como productos farmacéuticos. Además, los análogos de oligonucleótido que tienen un alto grado de habilidad de formación de cadena complementaria estable con ADN o ARNm son útiles como agentes de detección para un gen específico o como iniciadores para iniciar amplificación. En contraste, los oligonucleótidos que ocurren en la naturaleza son conocidos por descomponerse rápidamente por varias nucleasas presentes en la sangre y células. En algunos casos, los oligonucleótidos que ocurren en la naturaleza pueden no tener suficiente sensibilidad para utilizarse como agentes de detección para genes específicos o como iniciadores para iniciar amplificación debido a limitaciones de su afinidad con secuencias de bases complementarias. Con el fin de superar estas desventajas, se han producido varios análogos de oligonucleótido que no ocurren en la naturaleza, y se ha intentado desarrollarlos para utilizarse como productos farmacéuticos o agentes de detección para genes específicos. Es decir, ejemplos conocidos de tales análogos de oligonucleótido que no ocurren en la naturaleza incluyen aquellos en los cuales un átomo de oxígeno adherido a un átomo de fósforo en una unión fosfodiéster de un oligonucleótido está reemplazado con un átomo de azufre, aquellos en los cuales dicho átomo de oxígeno está reemplazado con un grupo metileno, aquellos en los cuales dicho átomo de oxígeno está reemplazado con un átomo de boro, y aquellos en los cuales una porción de azúcar o una porción de base de un oligonucleótido está modificada químicamente. Por ejemplo, ISIS Corp., ha desarrollado el oligonucleótido ISIS2922 (Vitravene) tipo tioato como un agente terapéutico para retinitis de citomegalovirus humano y ISIS2922 se ha puesto en el mercado abierto en los Estados Unidos. Sin embargo, en consideración de la potencia de la actividad antisentido o antigen en los análogos de oligonucleótido que no ocurren en la naturaleza, es decir la habilidad de formar una cadena complementaria estable con ADN o ARNm, estabilidad con respecto a varias nucleasas, y la manifestación de efectos secundarios adversos debido a unión no específica con varias proteínas en el cuerpo, ha existido una necesidad para un análogo de oligonucleótido que no ocurre en la naturaleza que tiene aún mejor estabilidad en el cuerpo, una baja incidencia de efectos secundarios adversos y una alta habilidad para formar cadenas complementarias.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
Los inventores de la presente invención condujeron investigación intensa durante un largo período de tiempo sobre análogos de oligonucleótido que no ocurre en la naturaleza que tienen excelente actividad antisentido o antigen, excelente estabilidad en el cuerpo y una baja incidencia de efectos secundarios adversos. Como resultado de esa investigación, descubrieron que análogos de oligonucleótido o análogos de nucleósido que tienen un enlace éter en dichas moléculas son útiles como productos farmacéuticos antisentido o antigen que tienen excelente estabilidad, un agente de detección (sonda) para un gen específico, un iniciador para iniciar amplificación o como intermediarios para su producción, y lograron la presente invención. En lo siguiente, la presente invención se describirá en detalle. Los nuevos análogos de nucleósido de la presente invención son compuestos de la fórmula (I):
(D [en la cual R1 y R2 son iguales o diferentes y representan un átomo de hidrógeno, un grupo hidroxilo protector, un grupo de ácido fosfórico, un grupo de ácido fosfórico protegido, o -P(R3)R4 [en el cual R3 y R4 son iguales o diferentes y representan un grupo hidroxilo, un grupo hidroxilo protegido, un grupo mercapto, un grupo mercapto protegido, un grupo amino, un grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo cianoalcoxi que tiene de 1 a 5 átomos de carbono, o un grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono]; A representa un grupo alquileno que tiene de 1 a 4 átomos de carbono; y B representa un grupo purin-9-il, un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il, o un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido que tiene un sustituyente seleccionado del siguiente grupo]; o sales de los mismos. Los análogos de oligonucleótido de la presente invención son análogos de oligonucleótido que tienen una o más estructuras de la fórmula (2): (2) [en la cual A representa un grupo alquileno que tiene de 1 a 4 átomos de carbono; y B representa un grupo purin-9-il, un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il, o un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido que tiene un sustituyente seleccionado del siguiente grupo D ]; O una sal aceptable farmacéuticamente de los mismos, (grupo D ): un grupo hidroxilo, un grupo hidroxilo protegido, un grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo mercapto, un grupo mercapto protegido, un grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo amino, un grupo amino protegido un grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, y un átomo de halógeno.
"El grupo alquileno que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" de A en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir grupos metileno, etileno, trimetileno y tetrametileno, preferiblemente un grupo metileno. El grupo protector del "grupo hidroxilo protector" de R1 y R2 y el "grupo hidroxilo protegido" de R3 y R4 o el grupo en la fórmula anterior (1) o (2) se refiere a un grupo protector que se puede cortar mediante un método químico tal como hidrogenólisis, descomposición, hidrólisis, electrólisis y fotolisis o un método biológico tal como hidrólisis en el cuerpo humano, y dichos grupos protectores pueden incluir "un grupo acilo alifático" tal como un grupo alquilcarbonil, por ejemplo, formil, acetil, propionil, butiril, isobutiril, pentanoil, pivaloil, valeril, isovaleril, octanoil, nonanoil, decanoil, 3-metilnonanoil, 8-metilnonanoil, 3-etiloctanoil, 3,7-dimetiloctanoil, undecanoil, dodecanoil, tridecanoil, tetradecanoil, pentadecanoil, hexadecanoil, 1-metilpentadecanoil, 14-metiipentadecanoil, 13,13-dimetiltetradecanoil, heptadecanoil, 15-metilhexadecanoil, octadecanoil, 1-metilheptadecanoil, nonadecanoil, eicosanoil y heneicosanoil, un grupo alquilcarbonilo carboxilado, por ejemplo, succinoil, glutaroil y adipoil, un grupo alquilcarbonil halógeno inferior, por ejemplo, cloroacetil, dicloroacetil, tricloroacetil y trifluoroacetil, un grupo alquilcarbonil inferior alcoxi inferior, por ejemplo metoxiacetil, y un grupo alquilcarbonilo insaturado, por ejemplo (E)-2-metil-2-butenoil; "un grupo acilo aromático" tal como un grupo arilcarbonilo, por ejemplo benzoil, -naftoil y -naftoil, un grupo halogenoarilcarbonil, por ejemplo 2-bromobenzoil y 4-clorobenzoil, un grupo arilcarbonil alquilado inferior, por ejemplo 2,4,6-trimetilbenzoil y 4-toluoil, un grupo arilcarbonil alcoxilado inferior, por ejemplo 4-anisoil, un grupo arilcarbonil carboxilado, por ejemplo 2-carboxibenzoil, 3-carboxibenzoil y 4-carboxibenzoil, un grupo arilcarbonil nitratado, por ejemplo 4-nitrobenzoil y 2-nitrobenzoil, un grupo arilcarbonil alcoxicarbonilado inferior, por ejemplo 2-(metoxicarbonil)benzoil, y un grupo arilcarbonil arilado, por ejemplo 4-fenilbenzoil; "un grupo tetrahidropiranil o un grupo tetrahidrotiopiranil" tal como tetrahidropiran-2-il, 3-bromotetrahidropiran-2-il, 4-metoxitetrahidropiran-4-il, tetrahidrotiopiran-2-il y 4-metoxitetrahidrotiopiran-4-il; "un grupo tetrahidrofuranil o un grupo tetrahidrotiofuranil" tal como tetrahidrofuran-2-il y tetrahidrotiofuran-2-il; "un grupo silil" tal como un grupo tri-alquilsilil inferior, por ejemplo trimetilsilil, trietilsilil, isopropildimetilsilil, t-butildimetüsilil, metildiisopropilsilil, metildi-t-butilsilil y triisopropilsilil y un grupo alquilsilil tri-inferior sustituido por uno o dos grupos arilo, por ejemplo, difenilmetilsilil, difenilbutilsilil, difenilisopropilsilil y fenildiisopropilsilil; "un grupo alcoximetil inferior" tal como metoximetil, 1 ,1 -dimetil-1 -metoxi-metil, etoximetil, propoximetil, isopropoximetil, butoximetil y t-butoximetil; "un grupo alcoximetil inferior alcoxilado inferior" tal como 2-metoxietoximetil;
"un grupo alcoximetil halógeno inferior" tal como 2,2,2-tricloroetoximetil y bis(2-cloroetoxi)meti!; "un grupo etil alcoxilado inferior" tal como 1-etoxietil y 1-(isopropoxi)etil; "un grupo etil halogenado" tal como 2,2,2-tricloroetil; "un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo" tal como benzil, -naftil-metil, -naftilmetil, difenilmetil, trifenimetil, -naftildifenil-meti! y 9-antrimetil; "un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo en el cual dicho anillo arilo está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano" tal como 4-metil-benzil, 2,4,6-trimetilbenzil, 3,4,5-trirnetilbenzil, 4-metoxibenzil, 4-metoxi-fenildifenilmetil, 4,4'-dimetoxitrifenilmetil, 2-nitrobenziI, 4-nitrobenzil, 4-clorobenzil, 4-bromobenzil y 4-cianobenzil; "un grupo alcoxicarbonil inferior" tal como metoxicarbonil, etoxicarbonil, t-butoxicarbonil e isobutoxicarbonil; "un grupo alcoxicarbonil inferior sustituido por halógeno o un grupo alquilsilil tri-inferior" tal como 2,2,2-tricloroetoxicarbonil y 2-trimetilsililetoxicarbonil; "un grupo alqueniloxicarbonil" tal como viniloxicarbonil y aliloxicarbonil; y "un grupo aralquiloxicarboni! en el cual dicho anillo arilo puede estar sustituido por uno o dos grupos alcoxi inferior o nitro" tal como benziloxlcarbonil, 4-metoxibenziloxi-carbonil, 3,4-dimetoxibenziloxicarbonil, 2-nitrobenziloxi-carbonil y 4-nitrobenziloxicarbonil. "El grupo protector hidroxilo" de R1 y R2 puede incluir preferiblemente "el grupo acilo alifático", "el grupo acilo aromático", "el grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo", "el grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo en el cual dicho anillo arilo está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano", o "el grupo silil"; más preferiblemente un grupo acetil, un grupo benzoil, un grupo benzil, un grupo p-metoxibenzoil, un grupo dimetoxitritil, un grupo monometoxitritil o un grupo tert-butildifenilsilil. El grupo protector del "grupo hidroxilo protegido" de R3 y R4 o el grupo pueden incluir preferiblemente "el grupo acilo alifático" o "el grupo acilo aromático"; más preferiblemente un grupo benzoil. El grupo protector del "grupo ácido fosfórico protegido" de R1 y R2 en la fórmula anterior (1) representa un grupo protector que se puede cortar mediante un método químico tal como hidrogenólisis, descomposición, hidrólisis, electrólisis y fotolisis o un método biológico tal como hidrólisis en el cuerpo humano, y dichos grupos protectores pueden incluir "un grupo alquilo inferior" tal como metil, etil, n-propil, isopropil, n-butil, isobutil, s-butil, tert-butil, n-pentil, isopentil, 2-metilbutil, neopentil, 1-etil-propil, n-hexil, isohexil, 4-metilpentil, 3-metilpentil, 2-metilpentil, 1-metilpentiI, 3,3-dimetilbutil, 2,2-dimetilbutil, 1 ,1-dimetilbutil, 1 ,2-dimetilbutil, 1,3-dimetilbutil, 2,3-dimetilbutil y 2-etiibutil;
"un grupo alquilo inferior cianurado" tal como 2-cianoetil y 2-ciano-1 , 1-dimetiletil; "un grupo etilo sustituido por un grupo silil" tal como 2-metildifenilsililetil, 2-trimetilsililetil y 2- trifenilsililetil; "un grupo alquilo halogenado inferior" tal como 2,2,2-tricloroetil,
2,2,2-tribromoetil, 2,2,2-trifluoroetil y 2,2,2-tricloro-1 , 1-dimetiletil; "un grupo alquenilo inferior" tal como etenil, 1-propenil, 2-propenil, 1-metiI-2-propenil, 1 -metil-1 -propenil, 2-metil-1-propenil, 2-metil-2-propenil, 2-etil-2-propenil, 1-butenil, 2-butenil, 1-metil-2-butenil, 1-metil-1-butenil, 3-metil-2-butenil, 1-etil-2-butenil, 3-butenil, 1-metil-3-butenil, 2-metil-3-butenil, 1-etil-3-butenil, 1-pentenil, 2-pentenil, 1-metil-2-pentenil, 2-metil-2-pentenil, 3-pentenil, 1-metil-3-pentenil, 2-metil-3-pentenil, 4-pentenil, 1-metil-4-pentenil, 2-metil-4-pentenil, 1-hexenil, 2-hexenil, 3-hexenil, 4-hexenil y 5-hexenil; "un grupo cicloalquilo" tal como ciclopropil, ciclobutil, ciclopentil, ciclohexil, cicloheptil, norbonil y adamantil; "un grupo alquenilo inferior cianurado" tal como 2-cianobutenil; "un grupo aralquilo" tal como benzil, -naftilmetil, -naftilmeti!, indenilmetil, fenanetrenilmetil, antracenilmetil, difenimetil, trifenilmetil, 1-fenetil, 2-fenetil, 1-naftiletil, 2-naftiletil, 1-fenilpropil, 2-fenilpropil, 3-fenilpropil, 1-naftilpropil, 2-naftilpropiI, 3-naftilpropil, 1 -fenilbutil, 2-fenilbutil, 3-fenilbutil, 4-fenilbutil, 1-naftilbutil, 2-naftibutil, 3-naftilbutil, 4-naftilbutil, 1-fenilpentil, 2-fenilpentil, 3-fenilpentil, 4-fenilpentil, 5-fenilpentil, 1-naftilpentil, 2-naftilpentil, 3- naftilpentil, 4-naftilpentil, 5-naftilpentil, 1-fenilhexil, 2-fenilhexil, 3-fenilhexil, 4-fenilhexil, 5-fenilhexil, 6-fenilhexil, 1-naftilhexil, 2-naftilhexil, 3-naftilhexil, 4-naftilhexil, 5-naftilhexil y 6-naftilhexil; "un grupo aralquilo en el cual dicho anillo arilo está sustituido por un grupo nitro o un átomo de halógeno" tal como 4-clorobenzil, 2-(4-nitrofenil)etil, o-nitrobenzil, 4-nitrobenzil, 2,4-di-nitrobenzil y 4-cloro-2-nitrobenzil; "un grupo arilo" tal como fenil, indenil, naftil, fenantrenil y antracenil; y "un grupo arilo sustituido por un grupo alquilo inferior, un átomo de halógeno o un grupo nitro" tal como 2-metilfenil, 2,6-dimetilfeniI, 2-clorofenil, 4-clorofenil, 2,4-diclorofenil, 2,5-diclorofenil, 2-bromofeniI, 4-nitrofenil y 4-cloro-2-nitrofeniI; Preferiblemente, "el grupo alquilo inferior", "el grupo alquilo inferior sustituido por un grupo ciano", "el grupo aralquilo" o "el grupo aralquilo en el cual dicho anillo arilo está sustituido por un grupo nitro o un átomo de halógeno"; más preferiblemente un grupo 2-cianoetil, un grupo 2,2,2-tricloroetil o un grupo benzoil. "El grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" de R3 y R4 o el grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir metoxi, etoxi, n-propoxi, isopropoxi, n-butoxi, isobutoxi, s-butoxi o tert-butoxi, preferiblemente un grupo metoxi o etoxi. El grupo protector del "grupo mercapto protegido" de R3 y R4 o el grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir, además de los grupos protectores hidroxilo mencionados anteriormente, "un grupo que forma un disulfuro" tal como un grupo alquiltio, por ejemplo, un grupo metiltio, etiltio, tert-butiltio y un grupo aralquiltio tal como benziltio, preferiblemente "el grupo acilo alifático" o "el grupo acilo aromático", más preferiblemente un grupo benzoil. "El grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" de R3 y R4 o el grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir metiltio, etiltio, propiltio, isopropiltio, butiltio, isobutiltio, s-butiltio, y tert-butiltio preferiblemente un grupo metilito o etiltio. El grupo protector del "grupo amino protegido" del grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir, "un grupo acilo alifático" tal como un grupo alquilcarbonil, por ejemplo, formil, acetil, propionil, butiril, isobutiril, pentanoil, pivaioil, valeril, isovaleril, octanoil, nonanoil, decanoil, 3-metilnonanoiI, 8-metilnonanoil, 3-etiloctanoil, 3,7-dimetiloctanoil, undecanoil, dodecanoil, tridecanoil, tetradecanoil, pentadecanoil, hexadecanoil, 1-metilpentadecanoil, 14-metilpentadecanoi!, 13,13-dimetiltetradecanoil, heptadecanoil, 15-metilhexadecanoil, octadecanoil, 1-metilheptadecanoil, nonadecanoil, eicosanoil y heneicosanoil, un grupo alquilcarbonilo carboxilado, por ejemplo, succinoil, glutaroil y adipoil, un grupo alquilcarbonil halógeno inferior, por ejemplo, cloroacetil, dicloroacetil, tricloroacetil y trifluoroacetil, un grupo alquilcarbonil inferior alcoxi inferior, por ejemplo metoxiacetil, y un grupo alquilcarbonilo insaturado, por ejemplo (E)-2-metil-2-butenoil; "un grupo acilo aromático" tal como un grupo arilcarbonilo, por ejemplo benzoil, -naftoil y -naftoil, un grupo halogenoarilcarbonil, por ejemplo 2-bromobenzoil y 4-clorobenzoil, un grupo arilcarbonil alquilado inferior, por ejemplo 2,4,6-trimetilbenzoil y 4-toluoil, un grupo arilcarbonil alcoxilado inferior, por ejemplo 4-anisoil, un grupo arilcarbonil carboxilado, por ejemplo 2-carboxibenzoil, 3-carboxibenzoil y 4-carboxibenzoil, un grupo arilcarbonil nitratado, por ejemplo 4-nitrobenzoil y 2-nitrobenzoil, un grupo arilcarbonil alcoxicarbonilado inferior, por ejemplo 2-(metoxicarbonil)benzoil, y un grupo arilcarbonil arilado, por ejemplo 4-fenilbenzoil; "un grupo alcoxicarbonil inferior" tal como metoxicarbonil, etoxicarbonil, t-butoxicarbonil e isobutoxicarbonil; "un grupo alcoxicarbonil inferior sustituido por halógeno o un grupo alquilsilil tri-inferior" tal como 2,2,2-tricloroetoxicarbonil y 2-trimetilsililetoxi carbonil; "un grupo alqueniloxicarbonil" tal como viniloxicarbonil y aliloxicarbonil; y "un grupo aralquiloxicarbonil en el cual dicho anillo arilo puede estar sustituido por un grupo alcoxi inferior o nitro" tal como benziloxicarbonil, 4-metoxibenziIoxi-carbonil, 3,4-dimetoxibenziloxicarbonil, 2-nitrobenziloxi-carbonil y 4-nitrobenziloxicarbonil, preferiblemente "el grupo acilo alifático" o "el grupo acilo aromático", más preferiblemente un grupo benzoil. "El grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" de R3 y R4 o el grupo en la fórmula anterior (1 ) o (2) puede incluir metilamino, etilamino, propilamino, isopropilamino, buliiamino.isobutilamino, s-butilamino, tert-butilamino, dimetilamino, dietilamino, dipropilamino, diisopropilamino, dibutilamino, diisobutilamino, di(s- butil)amino y di(tert-butil)amino, preferiblemente metilamino, etilamino, dimetilamino, dietilamino o diisopropilamino. "El grupo cianoalcoxi que tiene de 1 a 5 átomos de carbono" de R3 y R4 en la fórmula anterior (1) representa un grupo en el cual "el grupo cianoalcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" está sustituido por un grupo ciano, y dicho grupo puede incluir cianometoxi, 2-cianoetoxi, 3-cianopropoxi, 4-cianobutoxi, 3-ciano-2-m eti I propoxi o 1-cianometil-1 , 1-dimetilmetoxi, preferiblemente un grupo 2-cianoetoxi. "El grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono" del grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir metil, etil, propil, isopropil, butil isobutil, s-butil y tert-butil, preferiblemente un grupo metil o etil. "El átomo de halógeno" del grupo en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir un átomo de flúor, un átomo de cloro, un átomo de bromo o un átomo de yodo, preferiblemente un átomo de flúor o un átomo de cloro. Los grupos preferidos del "grupo purin-9-il" y "el grupo purin-9-il sustituido" de B en la fórmula anterior (1) o (2) puede incluir, como un todo, 6-aminopurin-9-il (es decir, adeninil), 6-aminopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2,6-diaminopurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-i!, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-bromopurin-9-il, 2-amino-6-bromopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-¡l (es decir, guaninil), 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6- hidroxipurin-9-il, los grupos amino e hidroxilo del cual están protegidos, 6-amino-2-metox¡pur¡n-9-il, 6-amino-2-cloropurin-9-il, 6-amino-2-fluoropurin-9-il, 2,6-dimetoxipurin-9-il, 2,6-dicloropurin-9-il o 6-mercaptopurin-9-il, más preferiblemente un grupo 6-benzoilaminopurin-9-il, adeninil, 2-isobutiriIamino-6-hidroxipurin-9-il o grupo guaninil. Los grupos preferidos del "grupo 2-oxo-pirimidin-1-N" y "el grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido" de B en la fórmula anterior (1) o (2) pueden incluir, como un todo, grupo 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il (es decir, citosinil), 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 4-amino-2-oxo-5-cloro-pirim¡din-1-il, 2-oxo-4-metoxi-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-mercapto-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-hidroxi-pirimidin-1-ii (es decir, uracinil), 2-oxo-4-hidroxi-5-metilpirimidin-1-il (es decir, timinil) o 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il (es decir, 5-metilcitosinil), más preferiblemente un grupo 2-oxo-4-benzoilam¡no-pirimidin-1-il, citocinil, timinil, uracinil, 2-oxo-4-benzoilamino-5-metil-pirimidin-1-il o 5-metiIcitosinil. "El análogo de nucleósido" se refiere a un tipo no natural de "nucleósido" en el cual está adherido un grupo purina o pirimidina a azúcar. "El análogo de oligonucleótido" se refiere a un tipo no natural de derivado de "oligonucleótido" en el cual de 2 a 50 "nucleósidos", que pueden ser los mismos o diferentes, están unidos a través de un enlace de diéster de ácido fosfórico y dichos análogos pueden incluir preferiblemente derivados de azúcar en los cuales la porción de azúcar está modificada; derivados de tioato en los cuales la porción de enlace de diéster de ácido fosfórico está tioetada; productos de éster en los cuales una porción de ácido fosfórico terminal está esterificada; y productos de amida en los cuales un grupo amino en una base de purina está amidada, más preferiblemente los derivados de azúcar en los cuales la porción de azúcar está modificada y los derivados de tioato en los cuales la porción de diéster de ácido fosfórico está tioatada. "La sal de los mismos" se refiere a sales del compuesto (1 ) de la presente invención debido a que se pueden convertir a sales y dichas sales pueden incluir preferiblemente sales inorgánicas por ejemplo sales metálicas tales como sales metal alcalinas, por ejemplo sales de sodio, sales de potasio y sales de litio, sales metal alcalino terreas, por ejemplo sales de calcio y sales de magnesio, sales de aluminio, sales de hierro, sales de zinc, sales de cobre, sales de níquel y sales de cobalto; sales de amina tales como sales inorgánicas, por ejemplo sales de amonio, sales orgánicas, por ejemplo sales de t-octilamina, sales de dibenzilamina, sales de morfolina, sales de glucosamina, sales de éster alquílico de fenilglicina, sales de etilendiamina, sales de N-metilglucamina, sales de guanidina, sales de dietilamina, sales de trietilamina, sales de diciclohexilamina, sales de N,N'-dibenziletilendiamina, sales de cloroprocaína, sales de procaína, sales de dietanolamina, sales de N-benzil-fenetilamina, sales de piperazina, sales de tetrametilamonio y sales de tris(hidroximetil)aminoetano; sales de ácido inorgánico tales como sales de ácido hidrohalogénico, por ejemplo sales de ácido fluorhídrico, sales de ácido clorhídrico, sales de ácido bromhídrico y sales de ácido yodohídrico, sales de ácido nítrico, sales de ácido perclórico, sales de ácido sulfúrico y sales de ácido fosfórico; sales de ácido orgánico tales como sales de ácido alcanesulfónico inferior, por ejemplo sales de ácido metanesulfónico, sales de ácido trifluorometanesulfónico y sales de ácido etanesulfónico, sales de ácido arilsulfónico, por ejemplo sales de ácido bencensulfónico y sales de ácido p-toluenesulfónico, sales de ácido acético, sales de ácido málico, sales de ácido fumárico, sales de ácido succínico, sales de ácido cítrico, sales de ácido tartárico, sales de ácido oxálico y sales de ácido maléico; y sales de aminoácido tales como sales de glicina, sales de lisina, sales de arginina, sales de ornitina, sales de ácido glutámico y sales de ácido aspártico. Debido a que los oligonucleótidos modificados o los análogos de polinucleótido de la presente invención se pueden convertir a una sal, "las sales aceptables farmacológicamente de los mismos" se refiere a una sal de los mismos, y dichas sales pueden incluir preferiblemente sales inorgánicas por ejemplo sales metálicas tales como sales metal alcalinas, por ejemplo sales de sodio, sales de potasio y sales de litio, sales metal alcalino terreas, por ejemplo sales de calcio y sales de magnesio, sales de aluminio, sales de hierro, sales de zinc, sales de cobre, sales de níquel y sales de cobalto; sales de amina tales como sales inorgánicas, por ejemplo sales de amonio, sales orgánicas, por ejemplo sales de t-octilamina, sales de dibenzilamina, sales de morfolina, sales de glucosamina, sales de éster alquílico de fenilglicina, sales de etilendiamina, sales de N-metilglucamina, sales de guanidina, sales de dietilamina, sales de trietilamina, sales de diciclohexilamina, sales de N,N'- dibenziletilendiamina, sales de cloroprocaína, sales de procaína, sales de dietanol amina, sales de N-benzil-fenetilamina, sales de piperazina, sales de tetrametilamonio y sales de tris(hidroximetil)aminoetano; sales de ácido inorgánico tales como sales de ácido hidrohalogénico, por ejemplo sales de ácido hidrofluórico, sales de ácido clorhídrico, sales de ácido bromhídrico y sales de ácido yodohídrico, sales de ácido nítrico, sales de ácido perclórico, sales de ácido sulfúrico y sales de ácido fosfórico; sales de ácido orgánico tales como sales de ácido alcanesulfónico inferior, por ejemplo sales de ácido metanesulfónico, sales de ácido trifluorometanesulfónico y sales de ácido etanesulfónico, sales de ácido arilsulfónico, por ejemplo sales de ácido bencensulfónico y sales de ácido p-toluenesulfónico, sales de ácido acético, sales de ácido málico, sales de ácido fumárico, sales de ácido succínico, sales de ácido cítrico, sales de ácido tartárico, sales de ácido oxálico y sales de ácido maléico; y sales de aminoácido tales como sales de glicina, sales de lisina, sales de arginina, sales de ornitina, sales de ácido glutámico y sales de ácido aspártico. De los compuestos (1 ) y las sales de los mismos de la presente invención, los compuestos preferidos pueden incluir: (1) Compuestos en los cuales R1 es un átomo de hidrógeno, un grupo acilo alifático, un grupo acilo aromático, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano, o un grupo silil, y sales de los mismos;
(2) Compuestos en los cuales R1 es un átomo de hidrógeno, un grupo acetilo, un grupo benzoilo, un grupo bencilo, un grupo p-metoxibencilo, un grupo dimetoxitritilo, un grupo monometoxitritilo, o un grupo tert-butildifenilsililo, y sales de los mismos; (3) Compuestos en los cuales R2 es un átomo de hidrógeno, un grupo acilo alifático, un grupo acilo aromático, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano, o un grupo silil, un grupo fosforamidita, un grupo fosfonilo, un grupo de ácido fosfórico o un grupo de ácido fosfórico protegido, y sales de los mismos; (4) Compuestos en los cuales R2 es un átomo de hidrógeno, un grupo acetilo, un grupo benzoilo, un grupo bencilo, un grupo p-metoxibencilo, un grupo tert-butildifenilsiliio, -P(OC2H CN)(NCH(CH3)2), P(OCH3)(NCH(CH3)2), un grupo fosfonilo, o un grupo de ácido 2-clorofenil o 4-clorofenil fosfórico, y sales de los mismos; (5) Compuestos en los cuales A es un grupo metileno, y sales de los mismos; (6) Compuestos en los cuales B es un grupo 6-aminopurin-9-il (es decir, adeninil), 6-aminopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido,
2,6-diaminopurin-9-iI, 2-amino-6-cloropurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-bromopurin- 9-il, 2-amino-6-bromopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il (es decir, guaninil), 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, los grupos amino e hidroxilo del cual están protegidos, 6-amino-2-metoxipurin-9-il, 6-amino-2-cloropurin-9-il, 6-amino-2-fluoropurin-9-¡l, 2,6-dimetoxipurin-9-il, 2,6-dicloropurin-9-il, 6-mercaptopurin-9-il, 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il (es decir, citosinil), 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimid¡n-1-il, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-¡I, el grupo amino del cual está protegido, 4-amino-2-oxo-5-cloro-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-metoxi-pir¡midin-1-¡l, 2-oxo-4-mercapto-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-hidrox¡-pirimidin-1-il (es decir, uracinil), 2-oxo-4-hidroxi-5-metilpirimidin-1-il (es decir, timinil), 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-iI (es decir, 5-metilcitosinil), o grupo 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, y sales de los mismos; y (7) Compuestos en los cuales B es un grupo 6-benzoilaminopurin-9-il, adeninil, 2-isobutirilamino-6-hidroxipurin-9-il, guaninil, 2-oxo-4-benzoilamino-pirimidin-1-il, citosinil, 2-oxo-5-metil-4-benzoilamino-pirimidin-1-il, 5-metiIcitocinil, uracinil o timinil, y sales de los mismos. Los (1) y (2), (3) y (4) o (6) y (7) indican los compuestos más preferidos conforme el número se vuelve más grande y en la fórmula (1), el compuesto que se obtiene seleccionando opcionalmente R1 de (1) y (2), seleccionando opcionalmente R2 de (3) y (4), seleccionando opcionalmente A de (5) y seleccionando opcionalmente B de (6) y (7) o combinándolos opcionalmente y las sales de los mismos se prefieren y los compuestos y las sales de los mismos seleccionados de los siguientes grupos se prefieren particularmente. (Grupo de compuestos) 2'-0,4'-C-etileneguanosina, 2'-0,4,-C-etileneadenosina, 3',5'-d¡-O-benziI-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-2-N-¡sobutirilguanosina, 2'-O,4'-C-etiIene-2-N-isobutirilguanosina, 2'-0,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 5'-0-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina-3'-0-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, 5'-O-dimetox¡tritiI-2'-O,4'-C-et¡lene-2-N-isobutirilguanosina-3'-O- (2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamid¡ta, 2'-0,4'-C-etileneuridina, 2'-O,4'-C-etilene-5-metiluridina, 2'-O,4'-C-etilenecitidina, 2'-O,4'-C-etilene-5-metilcitidina, 3'-5-de-O-benzil-2'-O,4'-C-etileneuridina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etileneuridina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-5-metiluridina, 5'-0-dimetoxitritil-2s-0,4'-C-etilene-5-mettlupdina, 3',5'-d¡-O-benzil-2'-0,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina, 5'-O-dimetoxitr¡til-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 2'-0,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina, 2'-0,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-uridina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, 5'-0-dimetox¡tritil-2'-O,4'-C-etilene-5-metiluridina-3'-O-(2-cianoet¡l
N,N-diisopropil)fosforamidita, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4,-C-etiiene-4-N-benzoilcitidina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, y 5'-0-dimetoxitr¡til-2'-0,4'-C-etilene-4-benzoil-5-metilcitid¡na-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita. De los análogos de oligonucleótido que contienen una o dos o más estructuras de la fórmula (2) y las sales aceptables farmacológicamente de los mismos de la presente invención, los compuestos preferidos pueden incluir: (8) análogos de oligonucleótido en los cuales A es un grupo metileno, y sales aceptables farmacológicamente de los mismos; (9) análogos de oligonucleótido en los cuales B es un 6-aminopurin-9-iI (es decir, adeninil), 6-aminopurin-9-iI, el grupo amino del cual está protegido, 2,6-diaminopurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-iI, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-bromopurin-9-i!, 2-amino-6-bromopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il (es decir, guaninil), 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, los grupos amino e hidroxilo del cual están protegidos, 6-amino-2-metox¡purin-9-il, 6-amino-2-cloropurin-9-il, 6-amino-2-fluoropurin-9-il, 2,6-dimetoxipurin-9-il, 2,6-dicloropurin-9-il, 6-mercaptopurin-9-il, 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il (es decir, citosinil), 2-oxo-4-am¡no-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 4-amino-2-oxo-5-cloro-pirimidin-1 -il, 2-oxo-4-metoxi-pirimidin-1 -il, 2-oxo-4-mercapto-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-hidroxi-pirimidin-1-il (es decir, uracinil), 2-oxo-4-hidroxi-5-metilpirimidin-1-¡l (es decir, timinil), 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il (es decir, 5-metilcitosiniI), o un grupo 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, y sales aceptables farmacológicamente de los mismos; y (10) análogos de oligonucleótido en los cuales B es un grupo 6-benzoilaminopurin-9-iI, adeninil, 2-isobutirilamino-6-hidroxipurin-9-il, guaninil, 2-oxo-4-benzoilamino-pirimidin-1 -il, citosinil, 2-oxo-5-meti!-4-benzoilamino-pirimidin-1-il, 5-metilcitocinil, uracinil o timinil, y sales aceptables farmacológicamente de los mismos.
Los (9) y (10) anteriores indican los análogos de oligonucleótido más preferidos conforme el número se vuelve más grande y en la fórmula (2), los análogos de oligonucleótido que se obtienen seleccionando opcionalmente A de (8), y seleccionando opcionalmente B de (9) y (10) o combinando opcionalmente estos y las sales aceptables farmacológicamente de los mismos se prefieren. Los compuestos específicos que se incluyen en el compuesto de la fórmula (1 ) anterior de la presente invención se iolustran en los cuadros 1 y 2. Sin embargo, los compuestos de la presente invención no están limitados a estos. En el Cuadro 1 y Cuadro 2, Ejem. comp. num., representa el número de Compuesto de Ejemplificación, Me representa un grupo metilo, Bn representa un grupo benzil, Bz representa un grupo Benzoil, PMB representa un grupo p-metoxibenzil, Tr representa un grupo trifenilmetil, MMTr representa un grupo 4-metoxitrifenilmetil (monometoxitritil), DMTr representa un grupo 4, '-dimetoxitrifenilmetil (dimetoxitritil), TMTr representa un grupo 4,4',4"-trimetoxitrifenilmetil (trimetoxitritil), TMS representa un grupo trimetilsilil, TBDMS representa un grupo tert-butildimetilsilil y TBDPS representa un grupo tert-butildifenilsilii y TIPS representa un grupo triisopropilsilil.
(V) CUADRO 1
(1") CUADRO 2
10
15
En ei Cuadro 1 y Cuadro 2 anteriores, los compuestos preferidos incluyen los compuestos (1-5), (1-7), (1-23), (1-24), (1-31), (1-35), (1-39), (1- 43), (1-49), (1-51), (1-67), (1-68), (1-75), (1-79), (1-83), (1-87), (1-93), (1-95),
(1-111), (1-119), (1-123), (1-127), (1-131 ), (1-137), (1-139), (1-155), (1-156),
(1-163), (1-167), (1-171), (1-175), (1-177), (1-178), (1-185), (1-186), (1-193),
(1-194), (1-201), (1-202), (2-1), (2-2), (2-3), (2-4), (2-10), (2-15), (2-19), (2-22), (2-27), (2-31 ), (2-34), (2-39), (2-43), (2-46), (2-51 ), (2-55), (2-57), (2-58), (2- 59), (2-60), (2-66), (2-71 ), (2-75), (2-78), (2-83), (2-87), (2-90), (2-95), (2-99),
(2-102), (2-107), (2-111), (2-113), (2-114), (2-115), (2-116), (2-122), (2-127),
(2-131), (2-134), (2-139), (2-1043), (2-146), (2-151), (2-155), (2-158), (2-163),
(2-167), (2-169), (2-170), (2-171 ), (2-172), (2-178), (2-183), (2-187), (2-190), (2-195), (2-199), (2-202), (2-207), (2-211 ), (2-102), (2-214), (2-219), (2-223),
(2-225), (2-226), (2-233), (2-234), (2-235) o (2-236), los compuestos más preferidos pueden incluir: 2'-O,4'-C-etileneguanosina (1 -5), 2'-0,4'-C-etileneadenosina (1 -7), 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina (1 -23), 3',5'-di-O-benz¡l-2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina (1-24), 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina (1-31), 5'-0-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina (1-35), 2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina (1 -177), 2'-O,4'-C-etiIene-6-N-benzoiladenosina (1-178), 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobutir¡lguanosina-3'-O- (2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidite (1-185), 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina-3'-0- (2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita (1-186), 2'-O,4'-C-etileneuridina (2-1), 2'-O>4'-C-etilene-5-metiIuridina (2-2), 2'-O,4'-C-etilenecitid¡na (2-3), 2'-O,4'-C-etilene-5-metilcitid¡na (2-4), 3'-5-de-O-benzil-2'-O,4'-C-etileneuridina (2-10), 5'-0-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etileneuridina (2-15), 3\5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-eti!ene-5-metiluridina (2-22), d'-O-dimetoxilritil^'-O^'-C-etilene-S-metiluridina (2-27), 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-et¡lene-4-N-benzoilcitidina (2-34), 5'-0-dimetoxitritil-2'-0,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina (2-39), 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcit¡dina (2- 46), 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina (2-51), 2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina (2-225), 2'-O,4'-C-et¡lene-4-N-benzoil-5-metilcitidina (2-226), 5'-O-dimetox¡Wti!-2'-O,4'-C-etilene-urid¡na-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita (2-233), 5'-O-dimetox¡tritil-2'-O,4'-C-etilene-5-metiIuridina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita (2-234), 5'-0-dimetoxitritiI-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina-3'-0-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita (2-235), y 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita (2-236). El compuesto (1) de la presente invención se puede producir de acuerdo con el Procedimiento A que se describe enseguida.
Procedimiento A
(3) (4) (5) (6) (1a)
En el procedimiento A, X representa un grupo protector; Y representa un grupo protector; A tiene el mismo significado como se define anteriormente; mientras que B1 representa un grupo purin-9-il, un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido, seleccionado dichos sustituyentes de los sustituyentes anteriores pero con la exclusión de un grupo amino no protegido de "un grupo amino que puede estar protegido"; mientras que B2 representa un grupo purin-9-il, un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido, seleccionado dichos sustituyentes de los sustituyentes anteriores pero con la exclusión de grupos amino protegidos de "un grupo amino que puede estar protegido"; R7 representa un grupo que forma un grupo residual, y R8 representa un grupo acilo alifático que tiene de 1 a 4 átomos de carbono. El grupo protector de X es el mismo grupo que "el grupo hidroxilo protector" en R1 anterior. El grupo protector de Y es el mismo grupo que "el grupo hidroxilo protector" en R2 anterior. El "grupo que forma un grupo residual" de R7 puede incluir un grupo alquilsulfonilo inferior tal como metanesulfonil y etanesulfonil; un grupo alquilsulfonilo inferior sustituido por halógeno tal como trifluorometanesulfonil; y un grupo arilsulfonil tal como p-toluenesulfonil; preferiblemente un grupo metanesulfonil o un grupo p-toluenesulfonil.
El "grupo acilo alifático que tiene de 2 a 4 átomos de carbono" de R8 puede incluir grupos acetil, propionil y similares, preferiblemente un grupo acetil. En lo siguiente, se describirá en detalle cada paso del Procedimiento A.
Paso A-1 El paso presente es preparar un compuesto (4), haciendo reaccionar un compuesto (3) que se puede preparar mediante los métodos B a D que se describen posteriormente, con un reactivo para introducir un grupo residual en presencia de un catalizador de base en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede Incluir hidrocarburos alifáticos tales como hexano, heptano, ligroina y éter de petróleo, hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; compuestos nitro tales como nitroetano y nitrobenceno; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N,N-dimetilformamida, N,N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidona, N- metilpirrolidinona y triamida hexametilfosfórica; sulfóxidos tales como sulfolano; y derivados de piridina, preferiblemente piridina. El catalizador de base que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente una base tal como trietilamina, piridina y dimetilaminopiridina. El reactivo para introducir un grupo residual puede incluir halogenuros de alquilsulfonilo tales como cloruro de metanesulfonilo y bromuro de etanesulfonilo; y halogenuros de arilsulfonilo tales como cloruro de p-toluenesulfonilo, preferiblemente cloruro de metanesulfonilo y cloruro de p-toluenesulfonilo. Lá temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el reactivo para introducir un grupo residual y el catalizador de base, pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el reactivo para introducir un grupo residual, el catalizador de base y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 10 minutos a 24 horas, preferiblemente de 1 a 10 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (4) de la presente reacción, por ejemplo, neutralizando la solución de reacción, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización y cromatografía de columna de gel de sílice.
Paso A-2 El paso presente es preparar un compuesto (5), haciendo reaccionar el compuesto (4) preparado en el Paso A-1 con un anhidruro ácido en presencia de un catalizador de ácido en un solvente. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir éteres tales como éter dietílico, dioxano y tetrahidrofurano; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N,N-dimetilformamida, N,N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidinona, N-metilpirrolidona y triamida hexametilfosfórica; y ácidos orgánicos tales como ácido acético; preferiblemente ácido acético. El catalizador de ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir ácidos inorgánicos tal como ácido clorhídrico, ácido sulfúrico y ácido nítrico, preferiblemente ácido sulfúrico (particularmente ácido sulfúrico concentrado). El anhídrido de ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir un anhídrido de un ácido carboxílico alifático inferior tal como anhídrido acético y anhídrido de ácido propiónico, preferiblemente anhídrido acético.
La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido y el anhídrido de ácido y normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido, el anhídrido de ácido y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 10 minutos a 12 horas, preferiblemente de 30 minutos a 3 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (5) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gei de sílice y similares.
Paso A-3 El paso presente es preparar un compuesto (6), haciendo reaccionar el compuesto (5) preparado en el Paso A-2 con un compuesto trirnetilsililado que corresponde a la purina o pirimidina que puede tener un sustituyente deseado preparado de acuerdo con una referencia (H.
Vorbrggen, K. Krolikiewicz y B. Benua, Chem. Ver., 114, 1234-1255 (1981)) en presencia de un catalizador de ácido en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno, xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1 ,2-dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N,N-dimetilformamida, N.N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidona, N-metilpirrolidinona y triamida hexametilfosfórica; sulfuro de carbono; preferiblemente 1 ,2-dicloroetano. El catalizador de ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir catalizadores de ácido de Lewis tales como AICI3, SnCI4, TiCU, ZnCI2, BF3, trimetilsilil trifluorometanesulfonato, preferiblemente trimetilsilil trifluorometanesulfonato La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, y el catalizador de ácido pero normalmente es de 0°C a 100°C, preferiblemente de 50°C a 80°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 1 hora a 24 horas, preferiblemente de 1 hora a 8 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (6) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso A-4 El paso presente es preparar el compuesto (1 a), de la presente invención mediante ciclización del compuesto (6) preparado en el Paso A-3 eh presencia de un catalizador de base en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir agua; derivados de piridina; acetonitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N, N-dimetilformamida, N,N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidona, N-metilpirrolidinona y triamida hexametilfosfórica; y una mezcla de ios mismos, preferiblemente una mezcla de agua y piridina. El catalizador de base que se puede utilizar en la presente puede incluir hidróxidos metal alcalinos, tales como hidróxido de sodio e hidróxido de potasio; carbonatos metal alcalinos tales como carbonato de sodio y carbonato de potasio; alcóxidos metal alcalinos tales como metóxido de sodio y etóxido de sodio; y amoníaco acuoso, preferiblemente hidróxidos metal alcalinos (particularmente hidróxido de sodio). La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, y el catalizador de base pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 30°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 1 minuto a 5 horas, preferiblemente de 1 minuto a 30 minutos. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1 a) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso A-5 El paso presente es preparar el compuesto (1b), haciendo reaccionar el compuesto (1a) obtenido mediante el Paso A-4 con un reactivo desprotector en un solvente inerte. El método de desprotección varía dependiendo del tipo de grupo protector y no está limitado particularmente a menos que provoque otras reacciones secundarias y se puede llevar a cabo, por ejemplo, mediante un método que se describe en "Protective Groups in Organic Síntesis" (Teodora W. Greene y Peter G. M. Wuts, 1999, publicado por A. Wiley-interscience Publication). En particular, el método de desprotección se puede llevar a cabo mediante los siguientes métodos en el caso en donde el grupo protector es (1) "un grupo acilo alifático o un grupo acilo aromático", (2) "un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo" o "un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano" o (3) "un grupo sililo". (1) En el caso en donde el grupo protector es un grupo acilo alifático o un grupo acilo aromático, la reacción de desprotección se lleva a cabo normalmente tratándolo con una base en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que se mezcle fácilmente con agua, no inhiba la reacción y disuelva a algún grado el material de partida y puede incluir amidas acuosas o no anhidras tales como dimetilformamida y dimetilacetamida;
hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o tetracloruro de carbono; y éteres tales como tetrahidrofurano, éter dietílico y dioxano; preferiblemente éteres, más preferiblemente tetrahidrofurano. La temperatura de reacción es de 0°C a 60°C, preferiblemente de 20°C a 40°C. El tiempo de reacción es de 10 minutos a 24 horas, preferiblemente de 1 hora a 3 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1b) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. (2) En el caso en donde el grupo protector es "un grupo metilo sustituido por de uno a tres grupos arilo" o "un grupo metilo sustituido por de uno a tres grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano", la reacción se lleva a cabo en un solvente inerte utilizando un agente reductor.
El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente alcoholes tales como metanol, etanol e isopropanol; éteres tales como éter dietílico, tetrahidrofurano y dioxano; hidrocarburos aromáticos tales como tolueno, benceno y xileno; hidrocarburos alifáticos tales como hexano y ciciohexano; esteres tales como acetato de etilo y acetato de propilo; ácidos orgánicos tales como ácido acético; o una mezcla de esos solventes orgánicos y agua. El agente reductor que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que se utilice normalmente para una reacción catalítica y puede incluir preferiblemente paladio sobre carbono, níquel de
Raney, óxido de platino, negro de platino, óxido de rodio-aluminio; cloruro de trifenilfosfina-rodio y suifato de paladio-bario. La presión no está limitada en particular pero normalmente es de 1 a 10 atm. La temperatura de reacción es de 0°C a 60°C, preferiblemente de 20°C a 40°C. El tiempo de reacción es de 10 minutos a 24 horas, preferiblemente de una hora a tres horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1b) de la presente reacción, por ejemplo, removiendo el agente reductor de la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. En el caso en donde el grupo protector es "un grupo metilo sustituido por tres grupos arilo", es decir, un grupo trifilo, la reacción de desprotección también se puede llevar a cabo utilizando un ácido. En este caso, el solvente que se puede utilizar puede incluir hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos haíogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1 ,2-dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; alcoholes tales como metanol, etanoi, isopropanol y tert-butanol; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N,N-dimetilformamida, N,N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidona, N-metilpirroiidinona y triamida hexametilfosfórica; y ácidos orgánicos tales como ácido acético; preferiblemente ácidos orgánicos (particularmente ácido acético) o alcoholes (particularmente tert-butanol). El ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente ácido acético o ácido trifluoroacético. La temperatura de reacción es de 0°C a 60°C, preferiblemente de 20°C a 40°C. El tiempo de reacción es de 10 minutos a 24 horas, preferiblemente de 1 a 3 horas.
Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1b) de la presente reacción, por ejemplo, neutralizando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. (3) En el caso en donde el grupo protector es "un grupo sililo", normalmente se puede eliminar mediante tratamiento con un compuesto que produce un anión de flúor tal como fluoruro de tetrabutilamonio, ácido fluorhídrico, ácido fluorhídrico-piridina y fluoruro de potasio, o ácidos orgánicos tales como ácido acético, ácido metanesulfónico, ácido para-toluenesulfónico, ácido trifluoroacético y ácido trifluorometanesulfónico, o ácidos inorgánicos tales como ácido clorhídrico. En el caso en donde el grupo protector se elimina mediante un anión de flúor, la reacción se promueve algunas veces mediante la adición de ácidos orgánicos tales como ácido fórmico, ácido acético y ácido propiónico a la misma. El solvente que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que no inhiba la reacción y disuelva a algún grado el material de partida y puede incluir preferiblemente éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo, agua, ácidos orgánicos tales como ácido acético y una mezcla de los mismos. La temperatura de reacción es de 0°C a 100°C, preferiblemente de 20°C a 70°C. El tiempo de reacción es de 5 minutos a 48 horas, preferiblemente de una hora a 24 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1b) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso A-6 El paso presente es preparar el compuesto (1 c), de la presente invención haciendo reaccionar el compuesto (1b) que se obtuvo en el Paso A-5 con un reactivo desprotector en un solvente inerte.
El método de desprotección varía dependiendo del tipo de grupo protector y no está limitado particularmente en tanto que no provoque otras reacciones secundarias y se puede llevar a cabo, por ejemplo, mediante un método que se describe en "Protective Groups in Organic Síntesis" (Teodora W. Greene, 1981 , publicado por A Wiley-Interscience Publication). En particular, el método de desprotección se puede llevar a cabo mediante el siguiente método en el caso en donde el grupo protector es un grupo acilo alifático o un grupo acilo aromático. Es decir, el método de desprotección se lleva a cabo normalmente mediante reacción con una base en un solvente inerte en el caso en donde el grupo protector es un grupo acilo alifático o un grupo acilo aromático. El solvente que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que no inhiba la reacción y disuelva a algún grado el material de partida y puede incluir alcoholes acuosos o anhidros tales como metanol y etanol; amidas tales como dimetilformamida y dimetilacetamida; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o tetracloruro de carbono; y éteres tales como tetrahidrofurano, éter dietílico y dioxano; preferiblemente alcoholes; más preferiblemente metanol. La base que se puede utilizar en la presente puede incluir hidróxidos metal alcalinos, tales como hidróxido de litio, hidróxido de potasio e hidróxido de sodio; carbonatos metal alcalinos tales como carbonato de sodio y carbonato de potasio; alcóxidos metal alcalinos tales como metóxido de sodio y etóxido de sodio; y amoníaco; preferiblemente amoníaco. La temperatura de reacción es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción es de 10 minutos a 24 horas, preferiblemente de 10 minutos a 15 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1c) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. El intermediario (3) que se describe anteriormente se puede preparar mediante los Procedimientos B a D que se describen enseguida.
Procedimiento B
Procedimiento C
Procedimiento D
En los Procedimientos B a D, X e Y tienen los mismos significados como se define anteriormente; R9 representa un grupo que forma un grupo residual; E representa un grupo etileno, trimetileno o tetrametileno; y Z representa un enlace sencillo, un grupo metileno o etileno. El grupo que forma un grupo residual de R9 puede incluir el grupo que se describe en R7 anterior, preferiblemente un grupo trifluorometanesulfonil. R11 y R12 son los mismos y representan un átomo de hidrógeno o tomados juntos forman un átomo de oxígeno. En el caso en donde R11 y R12 tomados juntos forman un átomo de oxígeno, R10 representa un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono tal como metil, etil, propil, isopropil, butil, isobutil, s-butil y tert-butil, preferiblemente un grupo metilo. En el caso en donde R11 y R12 son los mismos y representan un átomo de hidrógeno, R 10 puede incluir un grupo aralquilo tal como un grupo bencilo, un grupo alcoxlalquilo tal como un grupo metoximetilo; un grupo arilcarboniloximetilo tal como un grupo benzoiloximetilo, un grupo aralquiloximetilo tal como un grupo benzoiloximetilo, un grupo alcoxialcoxialquilo tal como un grupo metoxietoximetilo, un grupo sililo tal como trimetilsilil, t-butildimetilsilil, difenilmetilsilil, difenilbutilsilil, difenilisopropilsllil y fenildiisopropilsilil. El compuesto (7), es decir, el material de partida que se utiliza en el Procedimiento B o el Procedimiento C se puede preparar mediante el siguiente método. A saber, un compuesto que corresponde al compuesto (6) del cual la porción "X" es un átomo de hidrógeno se prepara a partir de 1 ,1 ,5,6-diisopropilidene D-glucosa en venta al público de acuerdo con el método de la literatura (R.D. Youssefyeh, J.P.H. verheyden, J.G. Moffatt J. Org. Chem., 44, 1301-1309 (1979)) y de manera subsecuente el compuesto (6) se puede preparar de acuerdo con el método de la literatura (T. Waga, T. Nishizaki, I. Miyakawa, H. Ohrui, H. Meguro, Biosci. Biotechnol. Biochem., 57, 1433-1438 (1993)) (en el caso de X = Bn).
Procedimiento B
Paso B-1 El paso presente es preparar el compuesto (8), haciendo reaccionar el compuesto (7) preparado mediante el método anterior con un reactivo para introducir un grupo residual en presencia de un catalizador de base en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir amidas tales como dimetilformamida y dimetilacetamida; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o tetracloruro de carbono; y éteres tales como tetrahidrofurano, éter dietílico, y dioxano, preferiblemente cloruro de metileno. El catalizador de base que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente una base tal como trietilamina, piridina y dimetilaminopiridina. El reactivo que se puede utilizar para introducir un grupo residual puede incluir preferiblemente cloruro de ácido trifluorometanesulfónico o anhídrido trifluorometanesulfónico. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el catalizador de ácido, pero normalmente es de -100°C a -50°C, preferiblemente de -100°C a -70°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 30 minutos a 3 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (8) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso B-2 El paso presente es preparar el compuesto (9), haciendo reaccionar el compuesto (8) preparado en el Paso B-1 con un agente de cianuración en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir amidas tales como dimetilformamida y dimetilacetamida; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o tetracloruro de carbono; éteres tales como tetrahidrofurano, éter dietílico, y dioxano; acetonitrilo; sulfóxido de dimetil y similares; preferiblemente amidas (dimetilformamida). El agente de cianuración que se puede utilizar en la presente puede incluir KCN, NaCN y cianuro de trimetilsilano, preferiblemente NaCN. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el agente de cianuración pero normalmente es de 0°C a 100°C, preferiblemente de 30°C a 70°C.
El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el agente de cianuración y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 1 a 3 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (9) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso B-3 El paso presente es preparar el compuesto (10), haciendo reaccionar el compuesto (9) preparado en el Paso B-2 con un agente reductor en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o tetracloruro de carbono; hidrocarburos alifáticos tales como hexano, heptano, ligroina y éter de petróleo, hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; y cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; preferiblemente hidrocarburos halogenados (particularmente cloruro de metileno). El agente reductor que se puede utilizar en la presente puede incluir hidruro de diisobutilaluminio e hidruro de trietoxialuminio, preferiblemente hidruro de diisobutilaluminio. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el agente reductor, pero normalmente es de -100°C a -50°C, preferiblemente de -90°C a -70°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el agente reductor y la temperatura de reacción, pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 1 hora a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (10) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización y cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso B-4 El paso presente es preparar el compuesto (3a), uno de los materiales de partida del procedimiento A haciendo reaccionar el compuesto (10) preparado en el Paso B-3 con un agente reductor en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir alcoholes tales como metanol, etanol, n-propanol, ¡sopropanol, n-butanol, isobutanol, t-butanol, alcohol isoamílico, dietilenglicol, glicerina, octanol, ciclohexanol y metil celosolve; y ácido acético; preferiblemente alcoholes
(particularmente etanol). El agente reductor que se puede utilizar en la presente puede incluir borohidruros metal alcalinos tales como borohidruro de sodio y borohidruro de litio; compuestos de hidruro de aluminio tales como hldruro de litio aluminio e hidruro de litio trietóxido de aluminio; y borano; preferiblemente borohidruro de sodio. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el agente reductor, pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el agente reductor y la temperatura de reacción pero normalmente es de 10 minutos a 12 horas, preferiblemente de 30 minutos a 5 horas.
Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (3a) de la presente reacción, por ejemplo, descomponiendo el agente reductor, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Procedimiento C
Pgso 0-1 El paso presente es preparar el compuesto (11), haciendo reaccionar el compuesto (7) preparado en el procedimiento anterior con un agente de oxidación en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos aiifáticos tales como hexano, heptano, llgroina y éter de petróleo; hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano, éter dietilenglicol dimetílico; y cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; preferiblemente hidrocarburos halogenados (particularmente cloruro de metileno). El agente de oxidación que se puede utilizar en la presente puede incluir reactivo de Swern para oxidación, reactivo de Dess-Martin para oxidación, un complejo de trióxido de cromo tal como complejo de clorhidrato de piridina/trióxido de cromo (clorocromato de piridinio y dicromato de piridinio), preferiblemente el reactivo de Swern para oxidación (es decir, sulfóxido de dimetilo-cloruro de oxalilo). La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el agente de oxidación pero normalmente es de -100°C a -50°C, preferiblemente de -100°C a -70°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el agente de oxidación y la temperatura de reacción pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 1 hora a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (1) de la presente reacción, por ejemplo, descomponiendo el agente de oxidación, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso C-2 El paso presente es preparar el compuesto (12), haciendo reaccionar el compuesto (11) preparado en el Paso C-1 con un reactivo de incremento de carbono en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos alifáticos tales como hexano, heptano, ligroina y éter de petróleo; hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano, éter dietilenglicol dimetílico; y cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; preferiblemente hidrocarburos halogenados (particularmente cloruro de metileno).
El reactivo que se puede utilizar en la presente puede incluir el reactivo de Wittig, el reactivo de Horner-Emmons, el reactivo de reacción de
Peterson, agente de sistema de reacción TiCI4-CH2CI2-Zn y reactivo de Tebbe, preferiblemente el reactivo de Wittig, el reactivo de Horner-Emmons y reactivo de Tebbe. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el reactivo de incremento de carbono pero normalmente es de -20°C a 20°C, preferiblemente 0°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el reactivo de incremento de carbono y la temperatura de reacción pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 1 hora a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (12) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso Q-3 El paso presente es preparar el compuesto (3a) introduciendo de manera selectiva un grupo hidroxilo a un carbono terminal de olefina del compuesto (12) preparado en el Paso C-2 en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos alifáticos tales como hexano, heptano, ligroina y éter de petróleo; hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; y cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; preferiblemente éteres (particularmente tetrahidrofurano). El reactivo de reacción que se puede utilizar en la presente puede incluir borano, disiamil borano, thexil borano, 9-BBN (9-borabicido[3.3.1]nonano), preferiblemente el 9-BBN. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el reactivo pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el reactivo y la temperatura de reacción pero normalmente es de 6 horas a 48 horas, preferiblemente de 12 horas a 24 horas.
Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (3a) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Procedimiento D
Paso D-1 El paso presente es preparar el compuesto (13), haciendo reaccionar el compuesto (11 ) preparado en el Paso C-1 con un reactivo de incremento de carbono en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos alifáticos tales como hexano, heptano, ligroina y éter de petróleo; hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; y cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; preferiblemente éteres (particularmente tetrahidrofurano), más preferiblemente hidrocarburos halogenados (particularmente cloruro de metileno). El reactivo de incremento de carbono que se puede utilizar en la presente puede incluir el reactivo de Wittig y el reactivo de Horner-Emmons. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el reactivo pero normalmente es de -20°C a 40°C, preferiblemente de 0°C a 20°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el reactivo y la temperatura de reacción pero normalmente es de 30 minutos a 12 horas, preferiblemente de 1 hora a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (13) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristaiización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso D-2 El paso presente es preparar el compuesto (14) haciendo reaccionar el compuesto (13) preparado en el Paso D-1 con un agente reductor en un solvente inerte. El paso presente se puede llevar a cabo de acuerdo con (2) del Paso A-5. En el caso en donde R10 es un grupo bencilo opcionalmente sustituido y R11 y R12 son átomos de hidrógeno, el compuesto (3b) se puede preparar directamente en este paso.
Paso D-3 El paso presente es preparar el compuesto (3b), uno de los materiales de partida del Procedimiento A haciendo reaccionar el compuesto (14) preparado en el Paso D-2 con un agente reductor. (a) En el caso en donde R11 y R12 tomados juntos forman un átomo de oxígeno. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir alcoholes tales como metanol, etanol, n-propanol, isopropanol, n-butanol, isobutanol, t-butanol, alcohol isoamílico, dietilenglicol, glicerina, octanol, ciclohexanol y metil celosolve; y ácido acético; preferiblemente alcoholes
(particularmente etanol).
El agente reductor que se puede utilizar en la presente puede incluir borohidruros metal alcalinos tales como borohidruro de sodio y borohidruro de litio; compuestos de hidruro de aluminio tales como hidruro de litio aluminio e hidruro de litio trietóxido de aluminio; y borano; preferiblemente borano e hidruro de litio aluminio. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el agente reductor, pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el agente reductor y la temperatura de reacción pero normalmente es de 10 minutos a 12 horas, preferiblemente de 30 minutos a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (3b) de la presente reacción, por ejemplo, descomponiendo el agente reductor, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristaiización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. (b) En el caso en donde R11 y R12 son átomos de hidrógeno y R10 es un grupo diferente a un grupo bencilo.
En el caso en donde R10 es un grupo sililo, el paso presente se puede llevar a cabo de acuerdo con el método de (3) del paso A-5. En el caso en donde R10 es un grupo araiquilo tal como un grupo bencilo; un grupo alcoxlalquilo tal como un grupo metoximetilo; un arilcarboniloximetilo tal como un grupo benzoiloximetiio o un grupo aralquüoximetilo tal como un grupo benziloximetilo; y un grupo alcoxialcoxialquilo tal como un grupo metoxietoximetilo, se utiliza un catalizador de ácido y el catalizador de ácido que se utiliza en este caso puede incluir un ácido orgánico tal como ácido p-toluenesulfónico, ácido trifluoroacético y ácido dicloroacético y un ácido de Lewis tal como BF3 y AICI3. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1 ,2-dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, N,N-dimetilformamida, N,N-dimetilacetamida, N-metil-2-pirrolidona, N-metilpirrolidinona y triamida hexametilfosfórica; y sulfuro de carbono. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y el catalizador de ácido pero normalmente es de 0°C a 50°C, preferiblemente de 10°C a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente, el catalizador de ácido y la temperatura de reacción y es normalmente de 10 minutos a 12 horas, preferiblemente de 30 minutos a 5 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (3b) de la presente reacción, por ejemplo, neutralizando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares. Los oligonucleótidos que contienen un nucleósido modificado o un derivado tioato de los mismos se pueden preparar mediante el Procedimiento E que se describe enseguida utilizando el compuesto (1 ) de la presente invención.
Procedimiento E
(1) (15)
E-3 oiigonucleótido
(15)
En el Procedimiento E, A y B tienen el mismo significado como se define anteriormente; R13 representa un grupo hidroxilo protector (particularmente un grupo trifilo que puede estar sustituido por un grupo metoxi); R14 representa un grupo fosfonil o un grupo que se forma haciendo reaccionar cloro(alcoxi)fosf?nas mono sustituidas o alcoxifosfmas di-sustituidas que se describen posteriormente.
Procedimiento E
Paso E-1 El paso presente es preparar el compuesto (15), haciendo reaccionar el compuesto (1) preparado en el Procedimiento A con un reactivo protector en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente hidrocarburos aromáticos tales como benceno, tolueno y xileno; hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenceno y diclorobenceno; esteres tales como formato de etilo, acetato de etilo, acetato de propilo, acetato de butilo y carbonato dietílico; éteres tales como éter dietílico, éter diisopropílico, tetrahidrofurano, dioxano, dimetoxietano y éter dietilenglicol dimetílico; cetonas tales como acetona, metil etil cetona, metil isobutil cetona, isoforona y ciciohexanona; compuestos nitro tales como nitroetano y nitrobenceno; nitrilos tales como acetonitrilo e isobutironitrilo; amidas tales como formamida, dimetilformamida (DMF), dimetilacetamida y triamida hexametilfosfórica; sulfóxidos tales como sulfóxido de dimetilo y sulfolano; aminas terciarias alifáticas tales como trimetilamina, trietilamina y N-metilmorfolina; y aminas aromáticas tales como piridina y picolina; más preferiblemente hidrocarburos halogenados (particularmente cloruro de metileno) y aminas aromáticas (particularmente piridina).
El reactivo protector que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que solamente ia posición 5' se pueda proteger de manera selectiva y se pueda remover bajo condiciones acidas o neutras pero puede incluir preferiblemente halogenuros de triarilmetilo tales como cloruro de trifilo, cloruro de monometoxitritilo y cloruro de dimetoxitritilo. En el caso en donde se utilizan halogenuros de triariimetilo como el reactivo protector, normalmente se utiliza una base. En tal caso, la base que se puede utilizar en la presente puede incluir aminas heterocíclicas tales como piridina, dimetilaminopiridina y pirrolidinopiridina; y aminas alifáticas terciarias tales como trimetilamina y trietilamina; preferiblemente piridina, dimetilaminopiridina y pirrolidinopiridina. En el caso en donde se utiliza una base líquida como el solvente, debido aque la base en sí funciona como un agente de captura de ácido, no es necesario añadir otra base. La temperatura de reacción varía dependiendo del material de partida, el reactivo y el solvente pero normalmente es de 0°C a 150°C, preferiblemente de 20°C a 100°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el solvente y la temperatura de reacción pero es normalmente de 1 hora a 100 horas, preferiblemente de 2 horas a 24 horas. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (15) de la presente reacción, por ejemplo, concentrando la mezcla de reacción, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, cromatografía de columna de gel de sílice y similares.
Paso E-2 El paso presente es preparar el compuesto (16), haciendo reaccionar el compuesto (15) preparado en el Paso E-1 con un reactivo protector en un solvente inerte. El solvente que se puede utilizar en la presente no está limitado en particular en tanto que no afecte la reacción y puede incluir preferiblemente éteres tales como tetrahidrofurano, éter dietílico y dioxano; e hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno, cloroformo, tetracloruro de carbono, dicloroetano, clorobenzeno y diclorobenzeno. Las cloro(alcoxi)fosfinas mono sustituidas que se pueden utilizar en la presente puede incluir derivados de fosfina tales como cloiO(morfolino)metoxifosfina, cloro(morfolino)cianoetoxifosfina, cloiO(dimetilamino)metox¡fosfina, cloro(dimetilamino)cianoetoxifosfina, cloiO(diisopropilamino)metoxifosfina y cloro(diisopropilamino)cianoetoxifosfina, preferiblemente cloro(morfolino)metoxifosfina, cloro(morfoIino)cianoetoxifosfina, cloro(diisopropilamino)metoxifosfina y cloro(diisopropilamino)cianoetoxifosfina. En el caso en donde se utilizan las cloro(alcoxi)fosfinas mono sustituidas, se utiliza un agente de captura de ácido y en tal caso, el agente de captura de ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir aminas heterocíclicas tales como piridina y dimetilaminopiridina; y aminas alifáticas tales como trimetilamina, trietilamina y diisopropilamina; preferiblemente aminas alifáticas (particularmente diisopropilamina). Las alcoxifosfinas di-sustituidas que se pueden utilizar en la presente pueden incluir derivados de fosfina tales como bis(diisopropilamino)cianoetoxifosf?na, bis(diet¡Iamino)metanesulfoniletoxifosfina, bis(diisopropilamino)(2,2,2-tricloroetoxi)fosfina y bis(diisopropilamino(4-clorofenilmetoxi)fosfina, preferiblemente (diisopropilamino)cianoetoxifosfina. En el caso en donde se utilizan las alcoxifosfinas di-sustituidas, se utiliza un ácido, y en tal caso, el ácido que se puede utilizar en la presente puede incluir preferiblemente tetrazol, ácido acético o ácido p-toluenesulfónico. La temperatura de reacción no está limitada en particular pero normalmente es de 0°C a 80°C, preferiblemente temperatura ambiente. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el reactivo y la temperatura de reacción pero es normalmente de 5 minutos a 30 horas, preferiblemente de 30 minutos a 10 horas en el caso en donde la reacción se lleva a cabo a temperatura ambiente. Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (16) de la presente reacción, por ejemplo, neutralizando de manera adecuada la mezcla de reacción, removiendo insolubles mediante filtración en el caso en donde existan, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, reprecipitación o cromatografía y similares. De manera alternativa, el paso presente es preparar el compuesto (16), haciendo reaccionar el compuesto (15) preparado en el Paso E-1 con tris-(1 ,2,4-triazoliI)fosfito en un solvente inerte (preferiblemente hidrocarburos halogenados tales como cloruro de metileno) seguido por la adición de agua para efectuar H-fosfonación. La temperatura de reacción no está limitada en particular, pero normalmente es de -20°C a 100°C, preferiblemente de 10 a 40°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del material de partida, el reactivo y la temperatura de reacción pero es normalmente de 5 minutos a
30 horas, preferiblemente de 30 minutos en el caso en donde la reacción se lleva a cabo a temperatura ambiente.
Después de la reacción, se obtiene el compuesto deseado (16) de la presente reacción, por ejemplo, neutralizando de manera adecuada la mezcla de reacción, removiendo insolubles mediante filtración en el caso en donde existan, añadiendo un solvente orgánico no mezclable con agua tal como acetato de etilo, lavando con agua, separando una capa orgánica que contiene el compuesto deseado, secando sobre sulfato de magnesio anhidro y destilando fuera el solvente. El producto deseado que se obtiene de esta manera se puede purificar adicionalmente, si es necesario, mediante un método convencional, por ejemplo, recristalización, reprecipitación o cromatografía y similares.
Paso E-3 En este paso, el análogo de oiigonucleótido objetivo se produce mediante un sintetizador de ADN automatizado utilizando al menos un compuesto (16) preparado en el paso E-2 y reactivos de fosforamidita disponibles comercialmente que se requieren para producir un análogo de oligonucleótido de una secuencia de nucleótido deseada de acuerdo con métodos convencionales. Un análogo de oligonucleótido que tiene una secuencia de nucleótido deseada se puede sintetizar mediante un sintetizador de ADN tal como el Perkin-Elmer Modelo 392 utilizando el método de fosforamidita de acuerdo con el método que se describe en la literatura (Nucleic Acids
Research, 12, 4539 (1984)).
Además, en el caso de conversión a un tioato como se desee, se puede obtener un derivado de tioato de acuerdo con el método que se describe en la literatura (Tetrahedron letters, 32, 3005 (1991), J. Am. Chem. Soc, 112, 1253 (1990)) utilizando, además de azufre, un reactivo que forma un tioato mediante reacción con ácido fosfórico trivalente tal como disulfuro de tetraetiltiuramo (TETD, Applied Biosystems Inc.), o reactivo de Beaucage (Miilipore Corp.). El análogo de oligonucleótido crudo resultante se puede purificar mediante OligoPak (cromatografía de columna de fase inversa) y la pureza del producto se puede confirmar mediante análisis de HPLC. La longitud de cadena del análogo de oligonucleótido resultante es normalmente de 2 a 50 unidades, y preferiblemente de 10 a 30 unidades, en unidades de nucleósido. La habilidad de formación de cadena complementaria y la resistencia de enzima nucleasa del análogo de oligonucleótido resultante se puede determinar de acuerdo con los métodos que se describen enseguida.
Método de Prueba 1 La habilidad de formación de híbrido del análogo de oligonucleótido de la presente invención con respecto a ADN y ARN complementario se puede determinar fijando los varios análogos de oligonucleótido resultantes con un análogo de oligonucleótido compuesto de ADN o ARN que ocurren en la naturaleza que tiene una secuencia complementaria y midiendo ia temperatura de fundición (valor Tm). Una solución de muestra que contiene cantidades ¡guales de análogo de oligonucleótido y oligonucleótido complementario que ocurre en la naturaleza en solución de regulador de pH de fosfato de sodio se puso en un baño de agua en ebullición y entonces se enfrió lentamente a temperatura ambiente durante el curso del tiempo (fijación). Entonces se elevó poco a poco la temperatura de la solución desde 20°C a 90°C en la cámara celular de un espectrofotómetro (por ejemplo Shimadzu UV-2100PC) seguido por medición de absorción ultravioleta a 260 nm.
Método de Prueba 2
Medición de Resistencia de Enzima Nucleasa Al oligonucleótido en una solución de regulador de pH se añadió una nucleasa y la mezcla se calentó. Los ejemplos de nucieasas que se utilizan incluyen fosfodiesterasa de veneno de serpiente, endonucleasa P1 y endonucleasa S1. Aunque no existen restricciones en particular sobre la solución de regulador de pH con la condición de que sea una solución de regulador de pH adecuada para enzimas, se utiliza regulador de pH Tris-HCl en el caso de fosfodiesterasa de veneno de serpiente, mientras que se utiliza regulador de pH de acetato de sodio en el caso de endonucleasa P1. Además, se añaden iones de metal a la solución de regulador de pH como sea necesario. Los ejemplos de iones de metal que se utilizan incluyen Mg2+ en el caso de fosfodiesterasa de veneno de serpiente y Zn2+ en el caso de endonucleasa. La temperatura de reacción es preferiblemente de 0 a 100°C, y más preferiblemente de 30 a 50°C. El ácido etilendiaminetetraacético (EDTA) se añade después de una cantidad de tiempo predeterminada seguido por calentamiento a 100°C durante 2 minutos con el fin de apagar la reacción. Los ejemplos de métodos que se utilizan para analizar la cantidad de oligonucleótido restante incluyen un método en el cual el oligonucleótido se marca con un radioisótopo, etc., seguido por análisis del producto de reacción de corte con un analizador de imagen y así en adelante, un método en el cual el producto de reacción de corte se analiza mediante cromatografía líquida de alto rendimiento de fase inversa (HPLC), y un método en el cual el producto de reacción de corte se mancha con un colorante (tal como bromuro de etidio) y se analiza mediante procesamiento de imagen utilizando una computadora. Las formas de dosificación del análogo de oligonucleótido que tiene una, o dos o más estructuras de la fórmula (2) de la presente invención pueden ser tabletas, cápsulas, granulos, polvos o jarabe para administración oral, o inyección o supositorios para administración parenteral. Esas formas de dosificación se preparan mediante métodos bien conocidos utilizando aditivos tales como excipientes (por ejemplo, excipientes orgánicos tales como derivados de azúcar, por ejemplo, lactosa, sucrosa, glucosa, manitol y sorbitol;
derivados de almidón, por ejemplo almidón de maíz, almidón de papa, almidón y dextrina; derivados de celulosa, por ejemplo, celulosa cristalina; goma arábiga; dextrano; y Pululano; y excipientes inorgánicos tales como derivados de silicato, por ejemplo anhídrido silícico ligero, silicato de aluminio sintetizado, silicato de calcio y aluminato metasilicato de magnesio; fosfatos, por ejemplo hidrogenfosfato de calcio; carbonatós, por ejemplo carbonato de calcio; y sulfatos, por ejemplo sulfato de calcio), lubricantes (por ejemplo, ácido esteárico, sales metálicas de ácido esteárico tales como estearato de calcio y estearato de magnesio; talco; sílice coloide; ceras como goma de abeja y espermaceti; ácido bórico; ácido adípico; sulfatos, por ejemplo sulfato de sodio; glicol; ácido fumárico; benzoato de sodio; DL-Ieucina; sal de sodio de ácido graso; laurilsulfatos tales como lauriisulfato de sodio y lauriisulfato de magnesio; ácidos silícicos tales como anhídrido silícico e hidrato de ácido silícico; y los derivados de almidón anteriores), aglutinantes (por ejemplo, hidroxipropilcelulosa, hidroxipropilmetilcelulosa, polivinilpirrolidona, Macrogol y compuestos similares a los excipientes anteriores), desintegrantes (por ejemplo, derivados de celulosa, tales como hidroxipropilcelulosa sustituida inferior, carboximetilcelulosa, carboximetilcelulosa de calcio y carboximetilcelulosa de sodio con puente interno; y almidón-celulosas modificados químicamente tales como carboximetil almidón, carboximetil almidón de sodio y polivinilpirrolidona con puente), estabilizadores (paraoxibenzoatos tales como metilparabeno y propilparabeno; alcoholes tales como clorobutanol, alcohol bencílico y alcohol feniletílico; cloruro de benzalconio; derivados de fenol tales como fenol y cresol; timerosal; ácido dehidroacético; y ácido sórbico), correctores (por ejemplo, endulzantes, agentes de amargura, sabores, etc., que se utilizan normalmente), diluyentes, etc. Aunque la dosis variará dependiendo de la condición de la enfermedad, la edad del paciente, los métodos de administración, etc., por ejemplo, en el caso de administración oral, es deseable administrar un ingrediente activo en una cantidad de 0.01 mg/kg de peso corporal (preferiblemente 0.1 mg/kg de peso corporal) a 1000 mg/kg de peso corporal (preferiblemente 100 mg/kg de peso corporal) y en el caso de administración intravenosa es deseable administrar un ingrediente activo en una cantidad de 0.001 mg/kg de peso corporal (preferiblemente 0.01 mg/kg de peso corporal) a 100 mg/kg de peso corporal (preferiblemente 10 mg/kg de peso corporal), como una sola dosis al día o en dosis dividida en varias ocasiones para un día respectivamente.
EJEMPLOS
EJEMPLO 1 S'.d'-di-O-Benzil-Z'-O.^-C-etilen-^-N-benzoilcStidina
Compuesto de ejemplif?cación número 2-34 Una solución acuosa de 2N hidróxido de sodio (68 ml) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 11 (6.80 g, 8.86 mmoles) en piridina (136 ml) a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. La mezcla de reacción se neutralizó mediante la adición mediante goteo de ácido acético acuoso al 20% y se extrajo con cloroformo. La capa de cloroformo se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 3 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (3.3 g, 6.02 mmoles, 68%). ?-RMN (400MHz, CDC!3) : 8.64 (2H, brs), 7.89 (2H, d, 7.6Hz),
7.64-7.60 (1 H, m), 7.54-7.51 (2H, m), 7.48-7.37 (3H, m), 7.36-7.26 (8H, m),
6.18 (1H, s), 4.70 (1H, d, 11Hz), 4.60 (1H, d, 11Hz), 4.55 (1H, d, 11Hz), 4.46 (1 H, d, 2.9Hz), 4.42 (1 H, d, 11 Hz), 4.10-4.02 (2H, m), 3.89 (1 H, d, 2.9Hz), 3.75
(1H, d, 11Hz), 3.62 (1 H, d, 11 Hz), 2.34-2.26 (1 H, m), 1.39-1.36 (1H, m). FAB-MAS (mNBA): 554 (M+H) + EJEMPLO 2 2,-O.4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidtna
Compuesto de ejemplificación número 2-225 Una solución (31.7 ml) de 1.0 M tricloroborano en diclorometano se añadió mediante goteo a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 1 (2.06 g, 3.72 mmoles) en cloruro de metileno anhidro (317 ml) a -78°C y la mezcla se agitó a -78°C durante 1 hora. La mezcla de reacción se calentó lentamente a -20°C y el recipiente de reacción se colocó en un baño de cloruro de sodio-hielo y la mezcla se agitó a entre -20°C y -10°C durante 2 horas. Se añadió lentamente metanol (12 ml) a la mezcla y la mezcla se agitó durante 10 minutos. El pH de la mezcla de reacción se ajustó a 7-8 mediante la adición mediante goteo de solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada. La mezcla se calentó a temperatura ambiente y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 5 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (1.21 g, 3.24 mmoles, 87%) como un sólido blanco. 1H-RMN (500MHz, DMSO-d6): 11.23 (1H, brs), 8.70 (1H, d, 7.2Hz), 8.00 (2H, d, 7.5 Hz), 7.3-6 (4H, m), 5.97 (1H, s), 5.35 (1H, dd, 5 y 10Hz), 4.10 (1H, dd, 5 y 10Hz), 4.03 (1H, d, 3.2Hz), 3.95-3.85 (2H, m) 3.83 (1H, d, 3.2Hz), 3.65-3.51 (2H, m), 2.06-1.98 (1H, m), 1.26 (1). FAB-MAS (mNBA): 374 (M+H)+ EJEMPLO 3 2'-O.4'-C-etilene-citidina
Compuesto de ejemplificación número 2-3 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 2 (0.1 g, 0.268 mmoles) en metanol saturado con amoníaco (12 ml) se dejó reposar durante la noche. La mezcla se concentró a sequedad para proporcionar el compuesto del encabezado (0.054 g, 75%) como un sólido blanco. 1H-RMN (500MHz, DMSO-d6): 8.18 (1 H, d, 7.4Hz), 7.10 (2H, br), 5.84 (1H, s), 5.69 (1 H, d, 7.6Hz), 5.27-5.24 (2H, m), 3.86 (1H, d, 3.2Hz), 3.90-3.78 (2H, m), 3.76 (1 H, d, 3.2Hz), 3.56 (1H, dd, 5.5 y 12Hz), 3.49 (1 H, dd, 5.5 y 12Hz), 2.01-1.93 (1H, dt, 7.5 y 12Hz), 1.22 (1H, dd, 3.6 y 13Hz). FAB-MAS (mNBA): 270 (M+H)+
EJEMPLO 4 5'-O-Dimetoxitritil-2'-O.4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina
Ccompuesto de ejemplificación número 2-39 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 2 (1.29 g, 3.46 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridina anhidra (26 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo (1.76 g, 5.18 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se dividió entre agua y cloroformo y la capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 5 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (2.10 g, 3.11 mmoles, 90%) como un sólido amorfo incoloro. ?-RMN (270MHz, DMSO-d6): 11.27 (1H, brs), 8.59 (1H, m), 6.92-8.01 (19H, m), 6.03 (1H, s), 5.56 (1H, m), 4.17 (1H, m), 4.08 (1 H, m), 3.86 (2H, m), 3.77 (6H, s), 3.24 (2H, m), 1.98 (1 H, m), 1.24 (1 H, m). FAB-MAS (mNBA): 676 (M+H)+
EJEMPLO 5 S'-O-Dimetoxitritil-S'-O.^-C-etilene^-N-benzoilcitldina-S'-O^-cianoetil- N.N-diisopropH)fosforamidita
Compuesto de ejemplificación número 2-235 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 4 (6.53 g, 9.66 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (142 ml). N,N- diisopropilamina (2.80 mi, 16.1 mmoles) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N-diisopropilcIorofosforamidita (2.16 mi, 9.66 mmoles) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 6 horas. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : trietilamina = 50 : 1 - diclorometano : acetato de etilo : trietilamina = 60 : 30 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (7.10 g, 8.11 mmoles, 84%) como un compuesto blanco pálido. ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.1-1.2 (12H, m), 1.35 (1H, m), 2.11 (1H, m), 2.3 (2H, m), 3.35-3.7 (6H, m), 3.8 (6H, m), 3.9-4.1 (2H, m), 4.33 (1H, m), 4.45 (1H, m), 6.23 (1 H, s), 6.9 (4H, m),*7.3-7.9 (15H, m), 8.7-8.8 (1 H, m).
EJEMPLO 6 y.S'-Di-O-benzil^-O.^-C-etilene-S-metiluridina
Ccompuesto de ejemplificación número 2-22 Una solución acuosa de 2N hidróxido de sodio y solución de mezcla (5 mi), dicha solución de mezcla compuesta de piridina : metanol : agua = 65 : 30 : 5, se añadieron al compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de
Referencia 10 (418 mg, 0.62 mmoles) en piridina : metanol : agua = 65 : 30 : 5
(5 ml) a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 15 minutos.
La mezcla de reacción se neutralizó con 1N ácido clorhídrico y se extrajo con acetato de etilo (aproximadamente 30 ml). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró ¡n vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 1 : 1 como el eluyente) para proporcionar un sólido amorfo incoloro (228 mg, 0.49 mmoles, 79%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.35 (1 H, d, 13Hz), 1.41 (3H, s), 2.28 (1 H, dt, 9.4 y 13Hz), 3.60 (1 H, d, 11Hz), 3.76 (1H, d, 11 Hz), 3.94 (1 H, d, 3.0Hz), 4.10 (1 H, d, 7.0Hz), 4.14 (1 H, d, 7.0Hz), 4.31 (1H, d, 3.0Hz), 4.51 (1 H, d, 12Hz), 4.54 (1 H, d, 12Hz), 4.58 (1H, d, 12Hz), 4.75 (1H, d, 12Hz), 6.06 (1 H, s), 7.3 (10H, m), 7.91 (1H, s), 8.42 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 465 (M+H)+
EJEMPLO 7 2'-O.4'-C-etilene-5-metiluridina
Compuesto de ejemplificación número 2-2 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 6 (195 mg, 0.42 mmoles) en metanol (10 mi) se agitó bajo atmósfera de hidrógeno a presión atmosférica en presencia de un catalizador de hidrogenación durante
5 horas. La mezcla de reacción se filtró con el fin de remover el catalizador y el filtrado se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 10 : 1 como el eluyente) para proporcionar un polvo incoloro (76 mg, 0.268 mmoies, 64%). ?-RMN (400MHz, CD3OD): 1.33 (1 H, dd, 3.8 y 13Hz), 1.86 (3H, d, 0.9Hz), 1.94 (1H, ddd, 7.5, 11.7 y 13Hz), 3.68 (1 H, d, 12Hz), 3.75 (1 H, d, 12Hz), 3.9-4.0 (2H, m), 4.05 (1 H, d, 3.2Hz), 4.09 (1H, d, 3.2Hz), 6.00 (1 H, s), 8.28(1 H, d, 1.1 Hz). FAB-MAS (mNBA): 285 (M+H)+
EJEMPLO 8 d'-O-Dimetoxitritil^'-O.^-C-etilene-d-metiluridina
Ccompuesto de ejemplificación número 2-27 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 7 (1.45 g, 5.10 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridina anhidra (44 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo (2.59 g, 7.65 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se dividió entre agua y cloroformo y la capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 10 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (2.42 g, 4.13 mmoles, 81 %) como sólido amorfo incoloro. ?-RMN (270 MHz, DMSO-d6): 11.36 (1 H, s), 7.68 (1H, s), 6.90-7.44 (13H, m), 5.89 (1 H, s), 5.55 (1H, d), 4.09 (1H, m), 4.04 (1H, d), 3.82 (2H, m), 3.74 (6H, s), 3.19 (2H, m), 1.99 (1H, m), 1.36 (1 H, m), 1.17 (3H, s). FAB-MAS (mNBA): 587 (M+H)+
EJEMPLO 9 5,-O-Dimetoxitritil-2'-O.4'-C-etilene-5-met¡luridina-3'-O-(2-cíanoetil N.N- diisopropi¡)fosforamid¡ta
Compuesto de ejemplificación número 2-234 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 8 (4.72 g, 8.05 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (142 ml). N,N-diisopropilamina (2.80 ml, 16.1 mmoles) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N-diisopropilclorofosforamidita (2.16 ml, 9.66 mmoles) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 6 horas. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo : trietilamina = 50 : 50 : 1 - hexano : acetato de etilo : trietilamina = 30 : 60 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (5.64 g, 7.17 mmoles, 89%) como un sólido amorfo incoloro. ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.1-1.2 (15H, m), 1.4 (1H, m), 2.08 (1H, m), 2.4 (2H, m), 3.2-4.0 (14H, m), 4.38 (2H, m), 4.47 (1 H, m), 6.06 (1 H, s), 6.8-6.9 (4H, m), 7.2-7.5 (9H, m), 7.91 (1H, m). FAB-MAS (mNBA): 787 (M+H)+
EJEMPLO 10 3'.5'-D¡-O-benzil-2'-O.4'-C-etilene-6-N-benzo¡ladenosina
Compuesto de ejemplificación número 1-23 Una solución acuosa de 2N hidróxido de sodio y solución de mezcla (5 ml), dicha solución de mezcla compuesta de piridina : metanol : agua = 65 : 30 : 5, se añadieron al compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 12 (238 mg, 0.30 mmoles) en piridina : metanol : agua = 65 : 30 : 5 (5 mi) a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 15 minutos. La mezcla de reacción se neutralizó con 1 N ácido clorhídrico y se extrajo con acetato de etilo (aproximadamente 30 ml). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 mi) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 50 : 1 como el eluyente) para proporcionar un sólido amorfo incoloro (133 mg, 0.23 mmoles, 78%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.44 (1H, d, 13Hz), 2.31 (1H, dd, 13 y 19Hz), 3.56 (1 H, d, 11 Hz), 3.70 (1 H, d, 11 Hz), 4.10 (2H, m), 4.24 (1 H, s), 4.45 (1H, d, 12Hz), 4.53-4.67 (4H, m), 6.52 (1 H, s), 7.3 (10H, m), 7.53 (2H, m), 7.62 (1H, m), 8.03 (2H, d, 7.6Hz), 8.66 (1H, s), 8.78 (1H, s), 9.00 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 578 (M+H)+
EJEMPLO 11 2'-O.4'-C-Etilßne-6-N-benzoiladenosina
Compuesto de ejemplificación número 1-178 Una solución de 1 M tricloruro de boro (1.5 ml, 1.5 mmoles) en diclorometano se añadió lentamente mediante goteo a una solución del compuesto que se obtuvo en ei Ejemplo 10 (116 mg, 0.20 mmoles) en cloruro de metileno anhidro (5 ml) a -78°C y la mezcla se agitó a -78°C durante 3 horas. A la mezcla de reacción se añadió una solución de 1 M tricloruro de boro (1.5 ml, 1.5 mmoles) en diclorometano y la mezcla se agitó durante 2 horas. La mezcla se calentó lentamente a temperatura ambiente y entonces se enfrió rápidamente a -78°C y entonces se añadió metanol (5 mi) a la mezcla. La mezcla de reacción se calentó lentamente a temperatura ambiente y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 9 : 1 como el eluyente) para proporcionar un polvo blanco (49 mg, 0.17 mmoles, 84%). ?-RMN (400MHz, CD3OD): 1.45 (1 H, dd, 4.3 y 13Hz), 2.12 (1H, m), 3.72 (1H, d, 12Hz), 3.79 (1H, d, 12Hz), 4.04 (1H, dd, 7.3 y 12Hz), 4.15 (1H, dt, 4.3 y 9.4Hz), 4.36 (1H, d, 3.2Hz), 4.43 (1H, d, 3.2Hz), 6.57 (1H, s), 7.57 (2H, m), 7.66 (1H, m), 8.09 (2H, d, 8.0Hz), 8.72 (1H, s), 8.85 (1H, s). FAB-MAS (mNBA): 398 (M+H)+
EJEMPLO 12 2'-O,4'-C-Etileneadenosina
Compuesto de ejemplificación número 1-7 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 11 (14 mg, 0.035 mmoles) en metanol saturado con amoníaco (1 ml) se dejó reposar durante la noche. La mezcla se concentró y el residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 10 : 1 como el eluyente) para proporcionar un polvo blanco (10 mg, 0.034 mmoles, 98%). ?-RMN (400MHz, CD3OD): 1.32 (1 H, dd, 4 y 13Hz), 2.04 (1H, dt, 7.4 y 12Hz), 3.53 (1H, dd, 5 y 12Hz), 3.61 (1H, dd, 5.2 y 12Hz), 3.90 (1H, dd, 7.4 y 12Hz), 3.97 (1 H, dt, 4 y 12Hz), 4.15 (1H, d, 3.1 Hz), 4.21 (1 H, d, 3.1 Hz), 5.27 (1H, t, 5.2Hz), 5.39 (1 H, d, 3.1 Hz), 6.33 (1H, s), 7.29 (2H, s), 7.66
(1 H, m), 8.14 (1 H, s), 8.42 (1 H, s). FAB-MAS (mNBA): 294 (M+H)+ UV( max : 260 (pH7), 260 (pH1 ), 258 (pH13).
EJEMPLO 13 d'-O-Dimetoxitritil-S'-O.^-C-etilene-ß-N-benzoiladenosina
Compuesto de ejemplificación número 1-31 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 11 (14 mg, 0.035 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridina anhidra (1 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo (18 mg, 0.053 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a 40°C durante 5 horas. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se dividió entre agua y cloroformo y la capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 5 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (18 mg, 0.026 mmoles, 73%) como un sólido amorfo incoloro.
?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.63 (1 H, m), 2.14 (1H, 7.5, 12 y 13Hz), 3.37 (1H, d, 11 Hz), 3.41 (1H, d, 11Hz), 3.79 (6H, s), 4.10 (2H, m), 4.48 (1H, d, 3.3Hz), 4.59 (1 H, d, 3.3Hz), 6.54 (1 H, s), 6.85 (4H, m), 7.2-7.6 (12H, m), 8.02 (2H, m), 8.45 (1H, s), 8.82 (1 H, s), 9.02 (1H, brs). FAB-MAS (mNBA): 700 (M+H)+
EJEMPLO 14 S'-O-Dimetoxitritil^'-O.^-C-etilene-ß-N-benzoiladenosina-S'-O-fS-cianoetil N.N-diisopropil)fosforamidita
Compuesto de ejemplificación número 1-186 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 13 (16 mg, 0.023 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (0.5 mi). Sal de tetrazole N,N-diisopropilamina (10 mg) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N,N',N'-tetraisopropilfosforamidita (aproximadamente 20 I ) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : acetato de etilo = 2 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (20 mg, 0.022 mmoles, 97%) como un sólido blanco. ?-RMN (400MHz,CDCI3): 1.0-1.2 (12H, m), 1.54 (1 H, m), 2.15 (1 H, m), 2.33 (2H, m), 3.3-3.6 (6H, m), 3.80 (6H, s), 4.08 (2H, m), 4.65 (1 H, m), 4.75 (1 H, m), 6.53 (1 H, s), 6.84 (4H, m), 7.2-7.6 (12H, m), 8.01 (2H, m), 8.53 (1H, s), 8.83 (1 H, s), 9.01 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 900 (M+H)+
EJEMPLO 15 3'.5'-Di-O-benzil-2'-O.4'-C-et¡leneuridina
Compuesto de ejemplificación número 2-10 Una solución acuosa de 1N hidróxido de sodio (2 ml) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 13 (194 mg, 0.292 mmoles) en piridina (3 ml) a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 30 minutos. La mezcla de reacción se neutralizó con 1 N ácido clorhídrico y se extrajo con acetato de etilo (10 mi). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada, se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 3 como el eluyente) para proporcionar un aceite incoloro (105 mg, 0.233 mmoles, 80%).
1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.36 (1H, m), 2.29 (1H, m), 3.63 (1 H, d, 11Hz), 3.74 (1 H, d, 11Hz), 3.87 (1H, d, 2.9Hz), 4.03 (2H, m), 4.29 (1H, d, 2.9Hz), 4.49 (1 H, d, 12Hz), 4.50 (1H, d, 11Hz), 4.53 (1 H, d, 11Hz), 4.73 (1H, d, 12Hz), 5.20 (1 H, dd, 2 y 8Hz), 6.04 (1 H, s), 7.2-7.4 (10H, m), 8.13 (1H, d, 8.2Hz), 8.57 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 451 (M+H)+
EJEMPLO 16 2'-O.4'-C-Etileneuridina
Compuesto de ejemplificación número 2-1 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 15 (100 mg, 0.222 moles) en metanol (4 ml) se agitó bajo atmósfera de hidrógeno a presión atmosférica en presencia de un catalizador de hidrogenación durante 5 horas. La mezcla de reacción se filtró con el fin de remover el catalizador y el filtrado se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 10 : 1 como el eluyente) para proporcionar un aceite incoloro (45 mg, 0.167 mmoles, 75%). 1H-RMN (400MHz, CD3OD): 1.35 (1 H, dd, 4 y 13Hz), 2.13 (1H, ddd, 7, 11 y 13Hz), 3.66 (1 H, d, 12Hz), 3.73 (1 H, d, 12Hz), 3.91-4.08 (2H, m), 4.01 (1 H, d, 3.2Hz), 4.12 (1 H, d, 3.2Hz), 5.66 (1H, d, 8.2Hz), 6.00 (1 H, s), 8.37 (1 H, d, 8.2Hz).
FAB-MAS (mNBA): 271 (M+N)+
EJEMPLO 17 5'-O-Dimetoxitritil-2'-O.4'-C-etHeneuridina
Compuesto de ejemplificación número 2-15 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 16 (28 mg, 0.014 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridina anhidra (3 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo (50 mg, 0.15 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se dividió entre agua y cloroformo y la capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 3 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (25 mg, 0.044 mmoles, 42%) como un aceite incoloro. ?-RMN (400MHz, CD3OD): 1.35 (1 H, dd, 3 y 14Hz), 2.03 (1H, ddd, 8, 11 y 14Hz), 2.46 (1H, d, 8Hz), 3.36 (1 H, d, 11 Hz), 3.41 (1 H, d, 11 Hz), 3.80 (3H, s), 3.81 (3H, s), 3.97 (2H, m), 4.21 (1 ), 4.33 (1H, brm), 5.31 (1 H, m), 6.10 (1H, s), 6.86 (4H, m), 7.2-7.5 (9H, m), 8.27 (1H, d, 8.2Hz), 8.43 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 573 (M+H)+
EJEMPLO 18 S'-O-DimetoxitritH-S'-O.^-C-etíleneurldina-S'-Q^-cianoetil N.N- diisopropil)fosforamidita
Compuesto de ejemplificación número 2-233 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 17 (6 mg, 0.0105 mmoles) en piridina anhidra se' sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (0.5 ml). Sal de tetrazole
N,N-diisopropilam¡na (3 mg) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N,N',N'-tetraisopropilfosforamidita (aproximadamente 5 I) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : acetato de etilo = 2 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (8 mg) como un sólido blanco.
?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.1-1.2 (13H, m), 2.09 (1 H, m), 2.4 (2H, m), 3.3-3.6 (6H, m), 3.81 (6H, m), 3.94 (2H, m), 4.35 (1 H, m), 4.47 (1H, m), 5.18 (1H, d, 8.2Hz), 6.08 (1 H, s), 6.86 (4H, m), 7.2-7.4 (9H, m), 8.31 (1 H, d, 8.2Hz). FAB-MAS (mNBA): 773 (M+H)+
EJEMPLO 19 3'.5'-Di-O-benzil-2'-O.4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-met¡lcitidina
Compuesto de ejemplificación número 2-46 Una solución acuosa de 1N hidróxido de sodio (5 ml) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 14 (310 mg, 0.396 mmoles) en piridina (5 mi) a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 20 minutos. La mezcla de reacción se neutralizó mediante la adición mediante goteo de ácido acético acuoso al 20% y se extrajo con diclorometano. La capa de diclorometano se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 2 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (190 mg, 0.334 mmoles, 84%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.37 (1H, m), 1.58 (3H, s), 2.30 (1H, dt, 10 y 13Hz), 3.64 (1 H, d, 11 Hz), 3.79 (1 H, d, 11 Hz), 3.95 (1 H, d, 3.0Hz), 4.04 (2H, dd, 2.3 y 10Hz), 4.37 (1 H, d, 3.0Hz), 4.50 (1 H, d, 12Hz), 4.56 (1H, d, 11Hz), 4.61 (1 H, d, 11 Hz), 4.76 (1H, d, 12Hz), 6.11 (1 H, s), 7.2-7.5 (13H, m), 8.09 (1H, s), 8.29 (2H, m). FAB-MAS (mNBA): 568 (M+H)+
EJEMPLO 20 S'-O^'-C-Etilene^-N-benzoil-S-metilcitidina
Compuesto de ejemplificación número 2-226 Una solución (1.6 ml) de 1 M tricloruro de boro en diclorometano se añadió mediante goteo a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 19 (120 mg, 0.211 mmoles) en cloruro de metileno anhidro (5 ml) a -78°C y la mezcla se agitó a -78°C durante 4 horas. Se añadió lentamente metanol (1 ml) a la mezcla y la mezcla se agitó durante 10 minutos. El pH de la mezcla de reacción se ajustó a 7-8 mediante la adición mediante goteo de solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada. La mezcla de reacción se calentó a temperatura ambiente y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 6 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (29 mg, 0.075 mmoles, 36%) como un sólido blanco. 1H-RMN (400MHz, d-DMSO): 1.24 (1H, m), 2.01 (3H, s), 2.0 (1 H, m), 3.54 (1H, dd, 5.4 y 12Hz), 3.64 (1H, dd, 5.4 y 12Hz), 3.88 (3H, m), 4.10 (1H, m), 5.36 (1H, d, 5.4Hz), 5.49 (1 H, t, 5.0Hz), 5.95 (1H, s), 7.4-7.6 (3H, m), 8.21 (2H, m), 8.49 (1 H, s), 13.17 (1H, brs). FAB-MAS (mNBA): 388 (M+H)+
EJEMPLO 21 5'-O-Dimetoxitritil-2'-O.4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina
Compuesto de ejemplificación número 2-51 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 20 (44 mg, 0.114 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridiria anhidra (1 mi) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo 4,4'-dimetoxitritilclorido (60 mg, 0.177 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se dividió entre agua y cloroformo. La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 4 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (73 mg, 0.106 mmoles, 93%) como un aceite incoloro.
1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.46 (1 H, m), 1.49 (3H, s), 2.06 (1H, m), 2.59 (1H, d, 8.6Hz), 3.36 (1 H, d, 11 Hz), 3.39 (1 H, d, 11Hz), 3.80 (3H, s), 3.81 (3H, s), 3.99 (2H, m), 4.30 (1 H, d, 3.3Hz), 4.39 (1 H, m), 6.12 (1 H, s), 6.85 (4H, m), 7.2-7.5 (12H, m), 8.03 (1H, s), 8.28 (2H, m). FAB-MAS (mNBA): 573 (M+H)+
EJEMPLO 22 d'-O-Dimetoxítritil-S'-O.^-C-etilene^-N-benzoil-S-metilcitidina-S'-O^S- cianoetil N.N-diisoprop¡l)fosforamidita
Compuesto de ejemplificación número 2-236 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 21 (35 mg, 0.0507 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (1 ml). Sal de tetrazoie N,N-diisopropilamina (17 mg) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N,N',N'-tetraisopropilfosforamidita (32 l , 0.1 mmoles) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : acetato de etilo = 2 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (40 mg, 0.0445 mmoles, 89%) como un sólido blanco. 1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.1-1.2 (12H, m), 1.36 (3H, s), 1.37 (1 H, m), 2.10 (1 H, m), 2.36 (2H, m), 3.3-3.6 (6H, m), 3.81 (6H, m), 3.98 (2H, m), 4.42 (1 H, m), 4.49 (1 H, m), 6.11 (1 H, s), 6.88 (4H, m), 7.2-7.5 (12H, m), 8.14 (1H, s), 8.28 (2H, m). FAB-MAS (mNBA): 890 (M+H)+
EJEMPLO 23 2'-O.4'-C-Etilene-5-metilcitidina
Compuesto de ejemplificación número 2-226 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 20
(11.6 mg, 0.030 mmoies) en metanol saturado con amoníaco (2 ml) se dejó reposar durante la noche. La mezcla se concentró para proporcionar un sólido blanco (8.5 mg, 0.030 mmoles). ?-RMN (400MHz, d-DMSO): 1.20 (1H, m), 1.82 (3H, s), 1.97
(1H, m), 3.49 (1 H, dd, 5 y 12Hz), 3.58 (1 H, dd, 5 y 12Hz), 3.85 (2H, m), 5.23
(1 H, d, 5Hz), 5.32 (1H, t, 5Hz), 5.84 (1 H, s), 6.7 (1H, brs), 7.2 (1 H, brs), 8.08 (1H, s). FAB-MAS (mNBA): 284 (M+H)+ UV( max) : 279 (pH 7), 289 (pH 1), 279 (pH 13) EJEMPLO 24 S'.S'-Di-O-benzil-S'-O^'-C-etilene-S-N-isobutirilguanosina
Compuesto de ejemplificación número 1-24 Una solución acuosa de 1 N hidróxido de sodio (2 ml) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 15 ( aproximadamente 200 mg) en piridina (2 ml) y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 15 minutos. La mezcla de reacción se neutralizó con 1 N ácido clorhídrico y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada, se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 50 : 1 como el eluyente) para proporcionar un sólido amorfo incoloro (20 mg, 0.036 mmoles, 6%, 2 pasos). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.27 (3H, s), 1.29 (3H, s), 1.43 (1H, dd, 3 y 13Hz), 2.28 (1H, m), 2.59 (1 H, qui, 6.9Hz), 3.54 (1 H, d, 11 Hz), 3.68
(1 H, d, 11Hz), 4.03 (2H, m), 4.15 (1 H, d, 3.0Hz), 4.31 (1H, d, 3.0Hz), 4.45 (1H, d, 12), 4.56 (1H, d, 12Hz), 4.61 (1H, d,12 Hz), 4.63 (1H, d, 12Hz), 6.18 (1H, s), 7.2-7.4 (10H, m), 8.19 (1 H, s), 11.93 (1H, brs). FAB-MAS (mNBA): 560 (M+H)+ EJEMPLO 25 2'-O.4,-C-Etilene-2-N-isobutirilguanosina
Compuesto de ejemplificación número 1-177 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 24 (10 mg, 0.018 mmoles) en metanol (2 ml) se agitó bajo atmósfera de hidrógeno a presión atmosférica en presencia de un catalizador de hidrogenación durante 5 horas. La mezcla de reacción se filtró con el fin de remover el catalizador y el filtrado se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 10 : 2 como el eluyente) para proporcionar un aceite incoloro (5 mg, 0.013 mmoles, 72%). ?-RMN (400MHz, CD3OD): 1.21 (3H, s), 1.22 (3H, s), 1.41 (1H, dd, 4 y 13Hz), 2.18 (1 H, m), 2.69 (1 H, qui, 6.9Hz), 3.69 (1 H, d, 12Hz), 3.76 (1H, d, 12Hz), 4.0 (2H, m), 4.26 (1H, d, 3.2Hz), 4.30 (1 H, d, 3.2Hz), 6.30 (1 H, s), 8.40 (1 H, s). FAB-MAS (mNBA): 380 (M+H)+
EJEMPLO 26 d'-O-DimetoxItritil-S'-O.^-C-etilene^-N-isobutirilguanosina
Compuesto de ejemplificación número 1-35 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 25 (5 mg, 0.013 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. El producto se disolvió en piridina anhidra (1 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y se añadió cloruro de 4,4'-dimetoxitritilo (14 mg, 0.04 mmoles) a la solución y la mezcla se agitó a 40°C durante 3 horas. Se añadió una pequeña cantidad de metanol a la mezcla de reacción y entonces el solvente se evaporó in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 6 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (4 mg, 0.0059 mmoles, 45%) como un sólido incoloro. 1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.26 (3H, d, 1.4Hz), 1.28 (3H, d, 1.4Hz), 1.66 (1H, m), 2.15 (1H, m), 2.59 (1 H, qui, 6.9Hz), 3.65 (1H, m), 3.78 (1H, m), 4.06 (2H, m), 4.35 (1H, m), 4.38 (1H, d, 3.2Hz), 6.23 (1H, s), 6.8 (4H, m), 7.2-7.5 (9H, m), 8.01 (1 H, s), 8.19 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 682 (M+H)+ EJEMPLO 27 5'-O-D¡metoxitriril-2'-O.4'-C-etilene-2-N-¡sobutiri¡auanos¡na-3'-O-(2- cianoetil N.N-diisopropil)fosforamidita
Compuesto de ejemplificación número 1-185 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 26 (4 mg, 0.0058 mmoles) en piridina anhidra se sometió a reflujo de manera azeotrópica con el fin de eliminar el agua. Él producto se disolvió bajo atmósfera de nitrógeno en diclorometano anhidro (0.5 ml). Sal de tetrazole N,N-diisoprop¡lamina (5 mg) se añadió a la solución y entonces se añadió 2-cianoetil N,N,N',N'-tetraisopropilfosforamidita (9 I , 0.03 mmoles) mediante goteo en un baño de hielo. La mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. La mezcla de reacción se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre una columna de gel de sílice (utilizando diclorometano : acetato de etilo = 2 : 1 como el eluyente) para proporcionar el compuesto del encabezado (4 mg) como un sólido blanco. ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.1-1.4 (19H, m), 2.1 (1H, m), 2.4 (2H, m), 2.6 (1H, m), 3.3-3.6 (6H, m), 3.8 (6H, s), 4.0-4.6 (4H, m), 6.2 (1 H, s), 6.8 (4H, m), 7.2-7.5 (9H, m), 8.1 (1 H, s).
EJEMPLO 28 2'-Q.4'-C-EtHeneguanoslna
Compuesto de ejemplificación número 1-5 Una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 25 (0.5 mg) en metanol saturado con amoníaco (0.5 ml) se dejó reposar a 60°C durante 5 horas. La mezcla se concentró para proporcionar un polvo blanco (0.4 mg). FAB-MAS (mNBA): 310 (M+H)+ UV( max): 255 (pH 7), 256 (pH 1), 258-266 (pH 13).
EJEMPLO 29 Síntesis de derivado de oligonucleótido
La síntesis de un derivado de oiigonucleótido se llevó a cabo utilizando un sintetizador de ácido nucleico mecánico (sintetizador de ADN/ARN ABI modelo 392: un producto de Perkin-Elmer Corporation) en una escala de 1.0 mole. Los solventes, reactivos y concentraciones de fosforamidita en cada ciclo sintético son los mismos que aquellos en la síntesis de oligonucleótidos naturales. Los solventes, reactivos y fosforamiditas de nucleósidos de tipo natural son productos de PE Biosystems Corporation. Cada secuencia de derivado de oligonucleótido modificado se sintetizó mediante repetición de condensación del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 9 o amiditas que contienen las 4 especies de base de ácido nucleico para síntesis de nucleótido con 5-hidroxitimidina producida mediante desprotección del grupo DMTr de 5'-O-DMTr-timidina (1.0 m ole) utilizando ácido tricloroacético, el grupo 3!-hidroxi de la timidina estando adherido a un portador de CGP. El ciclo sintético es de la siguiente manera: 1) Destritilación: ácido tricloroacético/diclorometano; 35 seg. 2) Acoplamiento: fosforamidita (aproximadamente 20 eq), tetrazol/acetonitrilo; 25 seg o 10 min. 3) Bloqueo: 1-metilimidazol/tetrahidrofurano, anhídrido acético/piridina/tetrahidrofurano; 15 seg. 4) Oxidación: yodo/agua/piridina/tetrahidrofurano; 15 seg. En el ciclo 2) anterior cuando se utilizó el compuesto que se obtuvo en el Ejemplo 9 el tiempo de reacción fue de 10 minutos y cuando se utilizaron fosforamiditas el tiempo de reacción fue de 25 segundos. Después de la síntesis de una secuencia de derivado de oligonucleótido deseada, se removió el grupo 5'-DTMr y entonces se trató de manera convencional al portador que contiene el producto deseado con solución de amoníaco acuoso concentrada con el fin de desprender el oligómero del portador y desproteger el grupo cianoetilo que está protegiendo al grupo fosfórico. Él grupo protector amino en adenina, guanina y citosina se eliminó del oligómero. El derivado de oligonucleótido se purificó mediante HPLC de fase inversa (HPLC: LC-VP: un producto de Shimazu Corp.;
columna: Wakopak WS-DNA: un producto de Wako Puré Chemical Industry Ltd.) para proporcionar el oligonucleótido deseado. De acuerdo con este método sintético, se obtuvo la siguiente secuencia de oligonucleótido (cuyo oligonucleótido es referido de aquí en adelante como "oligonucleótido 1") (0.23 m o l , rendimiento 23%). 5'-gcgttttttct-3' (ejemplificación de secuencia número 2 en la lista de secuencias) en la cual la porción de azúcar de las timidinas en los números de bases 4 a 8 es 2'-O,4'-C etileno.
EJEMPLO DE REFERENCIA 1 3.5-Di-O-benzil-4-trifluorometanosu(fon¡loximetil-1.2-O-isopropilldene- - D-eritropentofuranosa
Piridina anhidra (0.60 ml, 7.5 mmoles) se añadió a una solución de 3,5-di-0-benzil-4-hidroximetil-1 ,2-0-isopropildene- -D-eritropentofuranosa (2000 mg, 5.0 mmoles) en diclorometano anhidro (50 ml) y anhídrido trifluorometanesulfónico (1010 mg, 6.0 mmoles) bajo atmósfera de nitrógeno a -78°C y la mezcla se agitó durante 40 minutos. La mezcla de reacción se dividió entre el cloruro de metileno y solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 mi) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo para dar un polvo blanco (2520 mg, 4.73 mmoles, 95%) el cual se utilizó en la siguiente reacción sin purificación adicional. 1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.34 (3H, s), 1.63 (3H, s), 3.48 (1H, d, 10Hz), 3.53 (1 H, d, 10Hz), 4.21 (1 H, d, 5.0Hz), 4.5 (4H, m), 4.74 (1 H, d, 12Hz), 4.80 (1H, d, 12Hz), 5.01 (1H, d, 12Hz), 5.73 (1H, d, 4.6Hz), 7.3 (10H, m).
EJEMPLO DE REFERENCIA 2 3.5-Di-O-benzil-4-cianometi .2-O-isopropiHdene- -O- eritropentofuranosa
El compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de referencia 1 (2520 mg, 4.73 mmoles) se disolvió en sulfóxido de dimetiio (50 mJ) a 90°C. A la solución se añadió cianuro de sodio (463 mg, 9.46 mmoles) a temperatura ambiente y la meada se agitó a 50°C durante 3 horas. La mezcla de reacción se dividió entre agua (aproximadamente 100 ml) y acetato de etilo (aproximadamente 100 ml). La capa orgánica se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 4 : 1) para dar un aceite incoloro (1590 mg, 3.89 mmoles, 82%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.34 (3H, s), 1.62 (3H, s), 2.88 (1H, d, 17Hz), 3.15 (1 H, d, 17Hz), 3.50 (1H, d, 10Hz), 3.58 (1 H, d, 10Hz), 4.08 (1 H, d, 5.1 Hz), 4.52 (1H, d, 12Hz), 4.56 (1 H, d, 12Hz), 4.57 (1 H, m), 4.58 (1 H, d, 12Hz), 4.76 (1 H, d, 12Hz), 5.73 (1 H, d, 3.7Hz), 7.3 (10H, m).
EJEMPLO DE REFERENCIA 3 3.5-Di-O-benzil-4-formilmetil)-1.2-O-isopropilidene--D erítropentofuranosa
Una solución de 1.5M tolueno de hidruro de isobutilaluminio (2 ml, 3.0 mmoles) se añadió lentamente mediante goteo a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 2 (610 mg, 1.49 mmoles) en diclorometano (10 mi) bajo atmósfera de nitrógeno a -78°C y la mezcla se agitó a -78°C durante 1 hora y entonces se calentó a temperatura ambiente. A la mezcla de reacción se añadió metanol (5 ml) y solución de cloruro de amonio acuosa saturada (aproximadamente 20 ml) y esta mezcla se agitó durante 30 minutos. La mezcla de reacción se extrajo con acetato de etilo (aproximadamente 30 ml). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 30 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo para dar un producto el cual se utilizó en la siguiente reacción sin purificación adicional.
EJEMPLO DE REFERENCIA 4 3.5-Di-O-bßnz¡l-4-hidroxietil-1.2-O-isopropilidene- O-eritopentofuranosa
NaBH4 (7.6 mg, 0.2 mmoles) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 3 (154 mg, 0.377 mmoles) en etanol (5 ml) y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. La mezcla de reacción se dividió entre acetato de etilo (aproximadamente 100 ml) y agua (aproximadamente 100 ml) y la capa orgánica se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 10 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 2 : 1) para dar un aceite incoloro (117 mg, 0.284 mmoles, 75%). 1H-RMN (400MHz, CDCI3): 1.33 (3H, s), 1.66 (3H, s), 1.78 (1H, ddd, 4.0, 8.5, 15Hz), 2.51 (1H, ddd, 3.4, 6.4, 15Hz), 3.31 (1H, d, 10Hz), 3.54
(1 H, d, 10Hz), 3.80 (2H, m), 4.13 (1 H, d, 5.3Hz), 4.43 (1H, d, 12Hz), 4.52 (1 H, d, 12Hz), 4.55 (1 H, d, 12Hz), 4.65 (1H, dd, 4.0, 5.3Hz), 4.77 (1 H, d, 12Hz),
5.77 (1 H, d, 4.0Hz), 7.3 (10H, m). FABMS (mNBA): 415 (M+H)+, [ ]D+57.4° (0.91 , metanol).
EJEMPLO DE REFERENCIA 5 3.5-Di-O-benzil-4-formil-1.2-O-isopropilidßne- -D -eritropentofuranosa
Cloruro de oxalilo (6.02 ml, 69.0 mmoles) se añadió a cloruro de metileno (200 mi) que se enfrió a -78°C. Una solución de sulfóxido de dimetilo (7.87 ml, 110 mmoles) en cloruro de metileno anhidro (100 ml) se añadió mediante goteo a esta solución. Después de agitar durante 20 minutos, una solución de 3,5-di-O-benziI-1 ,2-O-isopropiiidene- -D-eritropentofuranosa (9210 mg, 23.02 mmoles) en diclorometano anhidro (100 ml) se añadió mediante goteo a esta mezcla y la mezcla se agitó durante 30 minutos. Se añadió trietilamina (28 ml, 200 mmoles) a esta mezcla de reacción y la mezcla se calentó lentamente a temperatura ambiente. La mezcla de reacción se dividió entre ei diclorometano y agua (aproximadamente 300 ml). La capa orgánica se lavó con agua (aproximadamente 300 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 300 ml), se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 5 : 1) para dar un aceite incoloro (8310 mg, 20.88 mmoles, 91%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.35 (3H, s), 1.60 (3H, s), 3.61 (1H, d, 11 Hz), 3.68 (1 H, d, 11Hz), 4.37 (1 H, d, 4.4Hz), 4.46 (1H, d, 12Hz), 4.52 (1H, d, 12Hz), 4.59 (1 H, d, 12Hz), 4.59 (1 H, dd, 3.4, 4.4Hz), 4.71 (1H, d, 12Hz), 5.84 (1 H, d, 3.4Hz), 7.3 (10H, m), 9.91 (1 H, s). FABMS (mNBA): 397 (M-H)+, 421 (M+Na)+, [ ]D+27.4° (0.51 , metanol).
EJEMPLO DE REFERENCIA 6 3.5-D»-O-benzil-4-vinil-1.2-O-isopropilidene- -D -eritropentofuranosa
Una solución de 0.5M tolueno de reactivo de Tebbe (44 ml, 22 mmoles) se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 5 (8310 mg, 20.88 mmoles) en tetrahidrofurano anhidro (300 mi) bajo atmósfera de nitrógeno a 0°C y la mezcla se agitó a 0°C durante 1 hora. Se añadió éter dietílico (300 ml) a la mezcla de reacción y entonces se añadió lentamente 0.1 N solución de hidróxido de sodio acuosa (20 ml). La mezcla se filtró a través de celite con el fin de eliminar precipitados y los precipitados se lavaron con éter dietílico (aproximadamente 100 ml). La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre alúmina básica utilizando diclorometano para proporcionar un producto crudo el cual se purificó adicionalmente mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 8 : 1 - 5 : 1) para dar un aceite incoloro (5600 mg, 14.14 mmoles, 68%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.28 (3H, s), 1.52 (3H, s), 3.31 (1H, d, 11 Hz), 3.34 (1 H, d, 11 Hz), 4.25 (1 H, d, 4.9Hz), 4.40 (1 H, d, 12Hz), 4.52 (1 H, d, 12Hz), 4.57 (1 H, dd, 3.9, 4.9Hz), 4.59 (1 H, d, 12Hz), 4.76 (1H, d, 12Hz), 5.25 (1H, dd, 1.8, 11Hz), 5.52 (1H, dd, 1.8, 18Hz), 5.76 (1H, d, 3.9Hz), 6.20 (1 H, dd, 11 , 18Hz), 7.3 (10H, m). FABMS (mNBA): 419 (M+Na)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 7 3.5-Di-O-benzil-4-hidroxietil-1.2-O-isopropilidene- -D • eritropentofuranosa
Una solución 0.5M de tetrahidrofurano de 9-BBN (9-borabiciclo[3.3.1]nonano) (80 ml, 40 mmoles) se añadió mediante goteo a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 6 (5500 mg, 13.89 mmoles) en tetrahidrofurano anhidro (200 ml) bajo atmósfera de nitrógeno y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se añadió agua a la mezcla de reacción hasta que la evolución de gas cesó, se añadió 3N solución de hidróxido de sodio acuoso (30 ml) y entonces se añadió lentamente solución de peróxido de hidrógeno acuoso al 30% manteniendo entre 30 y 50°C. Esta mezcla se agitó durante 30 minutos y se dividió entre solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 200 ml) y acetato de etilo (200 ml). La capa orgánica se lavó con solución neutra de regulador de pH de ácido fosfórico (aproximadamente 200 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 200 ml) y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 2 : 1 - 1 : 1) para dar un aceite incoloro (5370 mg, 12.97 mmoles, 93%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.33 (3H, s), 1.66 (3H, s), 1.78 (1 H, ddd, 4.0, 8.5, 15Hz), 2.51 (1 H, ddd, 3.4, 6.4, 15Hz), 3.31 (1H, d, 10Hz), 3.54 (1H, d, 10Hz), 3.80 (2H, m), 4.13 (1 H, d, 5.3Hz), 4.43 (1H, d, 12Hz), 4.52 (1 H, d, 12Hz), 4.55 (1 H, d, 12Hz), 4.65 (1H, dd, 4.0, 5.3Hz), 4.77 (1 H, d, 12Hz), 5.77 (1 H, d, 4.0Hz), 7.3 (10H, m). FABMS (mNBA): 415 (M+H)+, [ ]D+57.4°(0.91 , metanol).
EJEMPLO DE REFERENCIA 8 3.5-Di-O-benzH-4-(p-tolunesulfoniloxietil)-1.2-O-isopropilidene- -D- eritropentofuranosa
Trietilamina (1.8 ml, 13 mmoles), dimetilaminopiridina (30 mg,
0.25 mmoles) y cloruro de p-toluenesulfonil (858 mg, 4.5 mmoles) se añadieron a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 4 el cual fue sometido a reflujo de manera azeotrópica con tolueno (1035 mg, 2.5 mmoles) en diclorometano anhidro (35 ml) bajo atmósfera de nitrógeno a 0°C y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se dividió entre el diclorometano y solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml). La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml) y solución de doruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml) y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 3 : 1) para dar un aceite incoloro (1340 mg, 2.6 mmoles, 94%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.33 (3H, s), 1.49 (3H, s), 1.99 (1H, dt, 7.6 y 15Hz), 2.47 (3H, s), 2.60 (1 H, ddd, 5.7, 7.6, 15Hz), 3.28 (1 H, d, 10Hz), 3.45 (1H, d, 10Hz), 4.11 (1 H, d, 5.3Hz), 4.32 (2H, m), 4.42 (1 H, d, 12Hz), 4.50 (1 H, d, 12Hz), 4.54 (1H, d, 12Hz), 4.62 (1 H, dd, 4.0, 5.2Hz), 4.76 (1 H, d, 12Hz), 5.74 (1 H, d, 4.0Hz), 7.3 (12H, m), 7.78 (2H, d, 8.3Hz). FAB-MAS (mNBA): 569 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 9 1.2-D¡-O-acetil-3.5-di-O-benzil-4-(p-toluenesulfon¡loxietil)- -D - eritropentofuranosa
Anhídrido acético (1.88 ml, 20 mmoles) y ácido sulfúrico concentrado (0.01 ml) se añadieron a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 8 (1340 mg, 2.36 mmoles) en ácido acético (15 ml) y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 1 hora. La mezcla de reacción se vertió en agua (60 ml) en un baño de hielo y se agitó durante 30 minutos y entonces se dividió entre solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 100 ml) y acetato de etilo (aproximadamente 100 ml). La capa orgánica se lavó con solución neutra de regulador de pH de ácido fosfórico, solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 2 : 1) para dar un aceite incoloro (1290 mg, 2.11 mmoles, 89%, : = 1 : 5). ?-RMN (400MHz, CDCI3): (derivado ) 1.86 (3H, s), 2.05 (3H, s), 2.08 (1 H, m), 2.18 (1 H, m), 2.42 (3H, s), 3.30 (1 H, d, 10Hz), 3.33 (1 H, d, 10Hz), 4.23 (1 H, d, 5.1 Hz), 4.24 (2H, m), 4.42 (2H, s), 4.45 (1H, d, 12Hz), 4.55 (1H, d, 12Hz), 5.28 (1 H, d, 5.1 Hz), 6.01 (1 H, s), 7.3 (12H, m), 7.73 (2H, d, 8.3Hz). FAB-MAS (mNBA): 613 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 10 2'-O-Acet¡l-3'.5'-dl-O-bezil-4'-p-toluenesulfon¡loxietil-5-metiluridina
Timina trimetilsililada (500 mg, aproximadamente 2 mmoles), que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K. Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (650 mg, 1.06 mmoles) en 1 ,2-dicloroetano anhidro (15 mi) a temperatura ambiente bajo atmósfera de nitrógeno. Trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (0.36 ml, 2 mmoles) se añadió mediante goteo a la mezcla y la mezcla se agitó a 50°C durante 1 hora. Se añadió solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 ml) a la mezcla de reacción y la mezcla se filtró a través de celite. Se añadió diclorometano (aproximadamente 50 ml) al filtrado. La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 ml) y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando hexano : acetato de etilo = 1.2 : 1) para dar un sólido amorfo incoloro (432 mg, 0.64 mmoles, 60%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.52 (3H, d, 0.9Hz), 1.94 (1 H, dt, 7.5 y 15Hz), 2.06 (3H, s), 2.23 (1 H, dt, 6.0 y 15Hz), 2.42 (3H, s), 3.38 (1 H, d, 10Hz), 3.67 (1H, d, 10Hz), 4.17 (2H, m), 4.36 (1 H, d, 6.0Hz), 4.41 (1 H, d, 12Hz), 4.44 (1H, d, 12Hz), 4.48 (1H, d, 12Hz), 4.58 (1 H, d, 12Hz), 5.39 (1H, dd, 5.1 y 6.0Hz), 6.04 (1 H, d, 5.1Hz), 7.3 (12H, m), 7.73 (2H, dt, 1.8 y 8.3Hz), 8.18 (1H, s). FAB-MAS (mNBA): 679 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 11 2'-O-Acetil-3'.5'-d¡-O-benzil-4'-p-toluenesulfoniloxietil-4-N-benzoilcitidina
Benzoilcitocina trimetilsililada (300 mg, aproximadamente 1.0 mmoles), que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K.
Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (383 mg, 0.626 mmoles) en 1 ,2-dicloroetano anhidro (4 ml). Trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (0.18 ml, 0.995 mmoles) se añadió a la mezcla y la mezcla se agitó a 50°C durante 1 hora. Se añadió solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 10 ml) y cloruro de metileno (aproximadamente 20 ml) a la mezcla y entonces la mezcla se agitó. Los precipitados blancos resultantes se filtraron a través de celite. La capa orgánica del filtrado se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 20 ml) y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo para dar un sólido amorfo incoloro (397 mg, 83%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 8.70 (1 H, br), 8.18 (1 H, d, 7.4Hz), 7.87 (2H, d, 7.5Hz), 7.72 (2H, d, 8.3Hz), 7.61-7.57 (1 H, m), 7.51-7.48 (2H, m), 7.43-7.21 (13H, m), 6.02 (1 H, d, 2.9Hz), 5.40 (1 H, dd, 5.8, 2.9Hz), 4.57 (1H, d, 11 Hz), 4.39 (1 H, d, 11Hz), 4.32-4.28 (3H, m), 4.19-4.16 (2H, m), 3.69 (1 H, d, 11Hz), 3.31 (1 H, d, 11Hz), 2.40 (3H, s), 2.30-2.23 (1H, m), 2.06 (3H, s), 1.95-1.89 (1H, m). FAB-MAS (mNBA): 768 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 12 2,-O-AcetH-3'.5'-di-O-benzil-4'-p-toluenesulfonilox¡etil-6-N- benzoíladenosina
Benzoiladenosina trimetilsililada (500 mg, aproximadamente 2.0 mmoles), que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K. Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (600 mg, 0.98 mmoles) en 1 ,2-dicIoroetano anhidro (15 ml) a temperatura ambiente bajo atmósfera de nitrógeno. Después de la adición mediante goteo de trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (0.36 ml, 2 mmoles) a la mezcla, la mezcla se agitó a 50°C durante 4 horas. Se añadieron solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 ml) y diclorometano (aproximadamente 50 ml) a la mezcla de reacción y la mezcla se dividió entre esas dos capas. La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 ml) y solución de cloruro de sodio acuosa saturada (aproximadamente 50 mi) y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 50 : 1) para dar un sólido amorfo incoloro (405 mg, 0.51 mmoles, 52%). -RMN (400MHz, CDCI3): 2.0 (1 H, m), 2.06 (3H, s), 2.32 (1 H, dt, 6.0 y 15Hz), 2.40 (3H, s), 3.36 (1 H, d, 10Hz), 3.58 (1H, d, 10Hz), 4.22 (2H, m), 4.39 (1H, d, 12Hz), 4.45 (1 H, d, 12Hz), 4.47 (1H, d, 12Hz), 4.59 (1H, d, 12Hz), 4.62 (1 H, d, 5.6Hz), 5.94 (1H, dd, 4.5 y 5.6Hz), 6.21 (1 H, d, 4.5Hz), 7.2-7.3 (12H, m), 7.54 (2H, m), 7.62 (1H, dt, 1.2 y 6.2Hz), 7.72 (2H, d, 8.3Hz), 8.02 (2H, m), 8.21 (1H, s), 8.75 (1H, s), 8.97 (1 H, brs). FAB-MAS (mNBA): 792 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 13 S'-O-Acetil-S'.S'-di-O-benziM'-p-toluenesulfoniloxietil-uridina
Uracil trimetilsililado (200 mg, aproximadamente 0.8 mmoles), que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K. Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (200 mg, 0.327 mmoles) en 1 ,2-dicloroetano anhidro (8 ml) a temperatura ambiente bajo atmósfera de nitrógeno. Después de la adición mediante goteo de trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (0.145 ml, 0.8 mmoles) a la mezcla, la mezcla se agitó a 70°C durante 1 hora. Se añadió solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 10 ml) a la mezcla de reacción, la mezcla se filtró a través de celite y se añadió diclorometano (aproximadamente 10 ml) al filtrado. La capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo. El residuo se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice (utilizando diclorometano : metanol = 100 : 2) para dar un aceite incoloro (199 mg, 0.299 mmoles, 92%). ?-RMN (400MH, CDCI3): 1.94 (1H, dt, 7.4 y 15Hz), 2.07 (3H, s), 2.23 (1H, dt, 5.9 y 15Hz), 2.43 (3H, s), 3.36 (1 H, d, 10Hz), 3.65 (1H, d, 10Hz), 4.17 (2H, dd, 6 y 7Hz), 4.31 (1H, d, 5.9Hz), 4.38 (1H, d, 11Hz), 4.39 (1 H, d, 11 Hz), 4.40 (1 H, d, 11 Hz), 4.58 (1 H, d, 11 Hz), 5.29 (1 H, dd, 2.4 y 8.2Hz), 5.33 (1 H, dd, 4.5 y 6Hz), 6.00 (1H, d, 4.5Hz), 7.2-7.4 (12H, m), 7.61 (1 H, d, 8.2Hz), 7.74 (1H, d, 8.3Hz), 8.14 (1H, brs). FAB-MAS (mNBA): 665 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 14 2'-O-Acetil-3'.5'-di-O-benzil-4'-p-toluenesulfoniloxietil-4-N-benzoil-5- metilcitidina
Benzoil 5-metilcitosina trimetilsilílada (400 mg, aproximadamente
1.2 mmoles), que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K. Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (400 mg, 0.653 mmoles) en 1 ,2-dicloroetano anhidro (6 ml). Después de la adición de trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (0.180 l , 1.0 mmoles) a la mezcla a 0°C, la mezcla se agitó a 50°C durante 1 hora. La mezcla de reacción se calentó a temperatura ambiente. Se añadieron solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 5 mi) y cloruro de metileno (aproximadamente 10 ml) a la mezcla de reacción y la mezcla se agitó. La mezcla se filtró a través de celite con el fin de remover precipitados blancos. La capa orgánica del filtrado se lavó con solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo para dar un sólido amorfo incoloro (320 mg, 0.409 mmoles, 63%). ?-RMN (400MHz, CDCI3): 1.68 (3H, s), 1.95 (1H, dt, 7.3 y 15Hz), 2.07 (3H, s), 2.25 (1H, dt, 6 y 15Hz), 2.43 (3H, s), 3.40 (1 H, d, 10Hz), 3.71 (1H, d, 10Hz), 4.18 (2H, m), 4.37 (1H, d, 5.8Hz), 4.42 (1H, d, 12Hz), 4.46 (1 H, d, 12Hz), 4.51 (1 H, d, 12Hz), 4.61 (1H, d, 12Hz), 5.42 (1 H, dd, 4.9 y 5.8Hz), 6.07 (1 H, d, 4.9Hz), 7.2-7.6 (17H, m), 7.74 (2H, d, 8.3Hz), 8.28 (2H, d, 7.0Hz). FAB-MAS (mNBA): 782 (M+H)+
EJEMPLO DE REFERENCIA 15 ^-O-Acetil-S'.S'-di-O-benziM'-p-toluenesulfoniloxietil-S-N- isobutirilguanosína
Isobutirilguanoslna trimetilsililada (650 mg, aproximadamente 1.5 mmoies) que se preparó de acuerdo con un método de H.Vorbrggen, K.
Krolikiewicz y B. Bennua (Chem. Ber., 114, 1234-1255 (1981)), se añadió a una solución del compuesto que se obtuvo en el Ejemplo de Referencia 9 (400 mg, 0.65 mmoles) en 1 ,2-dicloroetano anhidro (10 mi) a temperatura ambiente bajo atmósfera de nitrógeno. Después de la adición de trifluorometanesulfonato de trimetilsililo (Ó.2 mi, 1.2 mmoles) a la mezcla, la mezcla se agitó a 50°C durante 4 horas. Se añadió solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada (aproximadamente 5 ml) a la mezcla de reacción y la capa orgánica se lavó con solución de hidrogencarbonato de sodio acuosa saturada y solución de cloruro de sodio acuosa saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y entonces se concentró in vacuo para dar un producto que se utilizó en la siguiente reacción sin purificación adicional.
EJEMPLO DE PRUEBA 1 (Prueba de Medición de Tm)
Una solución de muestra (1000 L) que tiene una concentración final de NaCI de 100 mM, solución de regulador de pH de fosfato de sodio (pH 7.2) de 10 mM, oligonucleótido (1) de 4 M, y ADN complementario (de aquí en adelante referido como oiigonucleótido (2)) que tiene una secuencia indicada por su cadena complementaria (secuencia: 5'-agcaaaaaacgc-3' (Secuencia No. 1 de la Lista de Secuencias) o ARN complementario (de aquí en adelante referido como oligonucleótido (3)) que tiene una secuencia indicada por la secuencia 5'-agcaaaaaacgc-3' (Secuencia No. 1 de la Lista de Secuencias), de 4 M se calentó en un baño de agua en ebullición y se enfrió lentamente a temperatura ambiente durante el curso de aproximadamente dos horas. Entonces se calentó la solución de muestra y se midió utilizando un espectrofotómetro (UV-3100PC: un producto de Shimadzu Corp.). La muestra se calentó en una celda (grosor de celda: 1.0 cm, tipo cubierta cilindrica) circulando agua que se calentó con un incubador (Haake FE2: un producto de EKO Corp.), y se supervisó la temperatura utilizando un termómetro digital (SATO SK1250MC). La temperatura se elevó de 20°C a 95°C y se midió la intensidad de absorbencia ultravioleta a la longitud de onda de absorción máxima en la cercanía de 260 nm por cada incremento de 1°C en la temperatura. El ADN que ocurre en la naturaleza (de aquí en adelante referido como oligonucleótido (4)) que tiene la secuencia indicada por la secuencia 5'-gcgttttttgct-3' (Secuencia No. 2 de la Lista de Secuencias), que es la misma secuencia que el oligonucleótido (1) (Compuesto del Ejemplo 29), se utilizó como el control, y se realizó el mismo procedimiento. La temperatura a la cual la cantidad de cambio por 1 °C alcanzó un máximo se tomó como que es la Tm (temperatura de fusión), y a esta temperatura se evaluó la habilidad del análogo de oligonucleótido para formación de cadena complementaria. Lo siguiente muestra los resultados de medir los valores de Tm del oligonucleótido (4) (ADN que ocurre en la naturaleza) y oligonucleótido (1) (Compuesto del Ejemplo 29) en relación a oligonucleótido (2) (ADN complementario) y oligonucleótido (3) (ARN complementario).
CUADRO 3
Como es claro a partir de lo anterior, el análogo de olígonucleótido de la presente invención exhibe una Tm notablemente más elevada así como una habilidad de formación de cadenas complementarias notablemente más alta en comparación con ADN que ocurre en la naturaleza.
EJEMPLO DE PRUEBA 2 (Medición de Resistencia de Enzima Nlucleasa)
Exonucleasa o endonucleasa se mezclaron en una solución de regulador de pH de oligonucleótido mantenida a 37°C durante 15 minutos. La solución mezclada se mantuvo entonces a 37°C durante una cantidad de tiempo predeterminada. Se añadió ácido etilendiaminetetraacético (EDTA) a una porción de la solución mezclada y la mezcla se agitó a 100°C durante 2 minutos con el fin de detener la reacción. La cantidad de oligonucleótido que permanece en la mezcla se determinó mediante cromatografía de columna líquida de alto rendimiento de fase inversa, y se midieron los cambios basados en tiempo en la cantidad de oligonucleótido en presencia de nucleasa.
APL1CAB1LIDAD INDUSTRIAL
Los nuevos análogo de oligonucleótido y análogo de nucleósido de ia presente invención son útiles como farmacéuticos antisentido o antigen que tienen excelente estabilidad, como agentes de detección (sondas) de un gen específico, como iniciadores para iniciar amplificación o como intermediarios para su producción.
LISTADO DE SECUENCIAS
<110> Sankyo Company, Limited <120> Nuevos Derivados de Nucleósido y Nucleótido <130>FP200013 <140> <141> <150>JPHEI11-33863 <151 > 1999-02-12 <160>2 <170> Patente en Ver.2.0 <210> 1 <211>12 <212>ADN <213> Secuencia Artificial <220> <223> Descripción de Secuencia Artificial: Oligonucleótido sintetizado para provar el valor Tm. <400> 1 agcaaaaaacgc 12 <210>2 <211>12 <212>ADN <213> Secuencia Artificial <220> <223> Descripción de Secuencia Artificial: Oligonucleótido sintetizado para provar el valor Tm. <400> 2 gcgttttttg ct 12
Claims (1)
- NOVEDAD DE LÁ INVENCIÓN REIVINDICACIONES 1.- Un compuesto de fórmula (I): (1) en la cual R1 y R2 son iguales o diferentes y representan un átomo de hidrógeno, un grupo hidroxilo protector, un grupo de ácido fosfórico, un grupo de ácido fosfórico protegido, o -P(R3)R4 [en el cual R3 y R4 son iguales o diferentes y representan un grupo hidroxilo, un grupo hidroxilo protegido, un grupo mercapto, un grupo mercapto protegido, un grupo amino, un grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo cianoalcoxi que tiene de 1 a 5 átomos de carbono o un grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono]; A representa un grupo alquileno que tiene de 1 a 4 átomos de carbono; y B representa un grupo purin-9-il, un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il, o un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-iI sustituido que tiene al menos un sustituyente seleccionado del siguiente grupo ]; o una sal de los mismos; grupo : un grupo hidroxilo, un grupo hidroxilo protegido, un grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo mercapto, un grupo mercapto protegido, un grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo amino, un grupo amino protegido, un grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, y un átomo de halógeno. 2.- El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 o una sal del mismo, caracterizado además porque R1 es un átomo de hidrógeno, un grupo acilo alifático, un grupo acilo aromático, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano, o un grupo sililo. 3.- El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 o una sal del mismo, caracterizado además porque R1 es un átomo de hidrógeno, un grupo acetilo, un grupo benzoilo, un grupo bencilo, un grupo p-metoxibencilo, un grupo dimetoxitritilo, un grupo monometoxitritilo o un grupo tert-butildifenilsiliio. 4.- El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 o una sal del mismo, caracterizado además porque R2 es un átomo de hidrógeno, un grupo acilo alifático, un grupo acilo aromático, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo, un grupo metilo sustituido por de 1 a 3 grupos arilo el anillo arilo del cual está sustituido por un grupo alquilo inferior, alcoxi inferior, halógeno o ciano, un grupo sililo, un grupo fosforamidita, un grupo fosfonilo, un grupo de ácido fosfórico o un grupo de ácido fosfórico protegido. 5.- El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3 o una sal del mismo, caracterizado además porque R2 es un átomo de hidrógeno, un grupo acetilo, un grupo benzoilo, un grupo bencilo, un grupo p-metoxibencilo, un grupo tert-butildifenilsililo, -P(OC2H4CN)(NCH(CH3)2), -P(OCH3)(NCH(CH3)2), un grupo fosfonilo, o un grupo de ácido 2-clorofenil o 4-clorofenil fosfórico. 6.- El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5 o una sal del mismo, caracterizado además porque A es un grupo metileno. 7.- El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 o una sal del mismo, caracterizado además porque B es un grupo 6-aminopurin-9-il (es decir, adeninil), 6-aminopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2,6-diaminopurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, 2-amino-6-fluoropur¡n-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-bromopurin-9-il, 2-amino-6-bromopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-iI (es decir, guaninil), 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, los grupos amino e hidroxilo del cual están protegidos, 6-amino-2-metoxipurin-9-il, 6-amino-2-cloropurin-9-il, 6-amino-2-fluoropurin-9-il, 2,6-dimetoxipurin-9-ii, 2,6-dicloropurin-9-il, 6-mercaptopurin-9-il, 2-oxo-4- amino-pirimidin-1-il (es decir, citosinil), 2-oxo-4-amino-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-amino-5-fluoro-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido, 4-amino-2-oxo-5-cIoro-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-metoxi-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-mercapto-pirimidin-1-il, 2-oxo-4-hidroxi-pirimidin-1-il (es decir, uracinil), 2-oxo-4-hidroxi-5-metilpirimidin-1-il (es decir, timinil), 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il (es decir, metilcitosinil), o grupo 4-amino-5-metil-2-oxo-pirimidin-1-il, el grupo amino del cual está protegido. 8.- El compuesto de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 o una sal del mismo, caracterizado además porque B es un grupo 6-benzoilaminopur¡n-9-il, adeninil, 2-¡sobutirilam¡no-6-hidrox¡purin-9-il, guaninil, 2-oxo-4-benzo¡Iamino-pirimidin-1-iI, citosinil, 2-oxo-5-metil-4-benzoilamino-piridin-1-il, 5-metilcitocinii, uracinil o timinil. 9.- Un compuesto o una sal del mismo seleccionado del siguiente grupo: 2'-O,4'-C-etileneguanosina, 2'-O,4'-C-etileneadenosina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 3',5'-di-O-benzil-2'-0,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina, 5'-O-dimetoxitritiI-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-2-N-isobut¡rilguanosina, 2'-0,4'-C-etilene-2-N-isobutirilguanosina, 2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-6-N-benzoiladenosina-3'-O-(2-cianoetil N,N diisopropil)fosforamidita, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etiIene-2-N-isobutir¡lguanosina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, 2'-0,4'-C-etileneuridina, 2'-0,4'-C-etilene-5-metiluridina, 2'-0,4'-C- etilenecitidina, 2'-O,4'-C-etiIene-5-met¡lcitidina, 3'-5-de-O-benzil-2'-0,4'-C-etileneuridina, 5'-O-dimetoxitritiI-2'-O,4'-C-etileneuridina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-5-metiluridina, 5'-O-dimetoxitritiI-2'-O,4'-C-etilene-5-met¡luridina, 3',5'-di-O-benzil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina, 3',5'-d¡-O-benzil-2'-O,4'-C-et¡lene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzo¡lcitidina, 2'-O,4'-C-etilene-4-N-benzoil-5-metilcitidina, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-uridina-3'-O-(2-cianoet¡l N,N-diisopropil)fosforamidita, 5'-O-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-5-metiluridina-3'-O-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, 5'-0-dimetoxitritil-2'-0,4'-C-etilene-4-N-benzoilcitidina-3'-0-(2-cianoetil N,N-diisopropil)fosforamidita, y 5'-0-dimetoxitritil-2'-O,4'-C-etilene-4-benzoil-5-metilcitid¡na-3'-0-(2-c¡anoetil N,N-diisopropil)fosforamidita. 10.- Un análogo de oligonucleótido que tiene una o más estructuras de fórmula (2): (2) en la cual A representa un grupo alquileno que tiene de 1 a 4 átomos de carbono; y B representa un grupo purin-9-il, un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il, o un grupo purin-9-il sustituido o un grupo 2-oxo-pirimidin-1-il sustituido que tiene al menos un sustituyente seleccionado del siguiente grupo ; o una sal aceptable farmacéuticamente de los mismos; grupo : un grupo hidroxilo, un grupo hidroxilo protegido, un grupo alcoxi que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo mercapto, un grupo mercapto protegido, un grupo alquiltio que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo amino, un grupo amino protegido, un grupo amino sustituido por un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, un grupo alquilo que tiene de 1 a 4 átomos de carbono, y un átomo de halógeno. 11.- El análogo de oligonucieótido de conformidad con la reivindicación 10 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo, caracterizado además porque A es un grupo metileno. 12.- El análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 y 11 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo, caracterizado además porque B es un grupo 6-aminopurin-9-il (es decir, adeninil), 6-aminopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2,6-diaminopurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-il, 2-amino-6-cloropurin-9-ii, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, 2-amino-6-fluoropurin-9-il, el grupo amlno del cual está protegido, 2-amino-6-bromopurin-9-il, 2-amino-6-bromopurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il (es decir, guaninil), 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, el grupo amino del cual está protegido, 2-amino-6-hidroxipurin-9-il, los grupos amino e hidroxilo del cual están protegidos, 6-? 15.- Una sonda para un gen que comprende un análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13. 16.- Un iniciador para iniciar amplificación que comprende un análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13. 17.- El uso de análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo en la fabricación de un medicamento para la prevención o tratamiento de enfermedades prevenibles o tratables mediante la habilidad de dicho análogo de oligonucleótido para exhibir actividad antisentido útil farmacológicamente en el cuerpo del paciente después de la administración del mismo. 18.- El uso de análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo en la fabricación de un medicamento para la prevención o tratamiento de enfermedades prevenibles o tratables mediante la habilidad de dicho análogo de oligonucleótido para exhibir actividad antigen útil farmacológicamente en el cuerpo del paciente después de ia administración del mismo. 19.- Un análogo de oiigonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo para utilizarse como un medicamento. 20.- Un agente antisentido que contiene un análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo. 21.- Un agente antigen que contiene un análogo de oligonucleótido de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 o una sal aceptable farmacológicamente del mismo.
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JP11/33863 | 1999-02-12 |
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