MX2014000661A - Letalidad sintetica y el tratamiento de cancer. - Google Patents

Letalidad sintetica y el tratamiento de cancer.

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Abstract

Se describen compuestos, composiciones y métodos para el tratamiento de cáncer. También se describen métodos y usos para identificar sujetos con cáncer que son apropiados para tratamientos con los compuestos, composición y métodos son descritos en la presente. En un aspecto de la presente invención, se provee un método de tratamiento de un sujeto que tiene cáncer deficiente de NMT2, que comprende administrar al sujeto un inhibidor de NMT.

Description

LETALIDAD SINTETICA Y EL TRATAMIENTO DE CÁNCER CAMPO DE LA INVENCIÓN El campo de la invención es concerniente en general con compuestos, composiciones y métodos para el tratamiento de cáncer.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN El cáncer es una causa principal de muerte en Canadá. La Sociedad Canadiense para el Cáncer estima que habrá aproximadamente 170000 nuevos casos de cáncer en 2011, y aproximadamente 75000 muertes como resultado de cáncer.
Un procedimiento emergente para el tratamiento de cáncer es concerniente con el concepto de letalidad sintética. Dos genes (o dos productos genéticos) son letales sintéticos si la mutación ya sea de uno u otro solo es compatible con la viabilidad pero la mutación de ambos conduce a la muerte. En otras palabras, "letalidad sintética" describe situaciones en donde una mutación y un fármaco (por ejemplo) conjuntamente provocan la muerte de la célula de cáncer - ya sea la mutación o el fármaco no darían como resultado muerte celular. El apuntamiento de un gen (o producto genético) que es letal sintético a una mutación cáncer-relevante debe asesinar solamente células de cáncer y reparar células normales. La letalidad sintética por consiguiente provee una estructura para el desarrollo de agentes anti-cáncer específicos .
El procedimiento de letalidad sintética al tratamiento de cáncer es emergente, no es todavía un procedimiento de rutina extensamente debido a la ausencia de identificación de genes letales sintéticos (y productos genéticos) .
La N-miristoilación de proteínas es una modificación en la cual miristato (un ácido graso saturado de 14 átomos de carbono) es enlazado covalentemente a la glicina NH2 terminal de una variedad de proteínas celulares, virales, y onco-proteínas (por ejemplo, cinasas de tirosina Src-relacionadas oncogénicas, subunidades alfa G heterotriméticas, etc.).
Las proteínas miristoiladas celulares tienen diversas funciones biológicas en la transducción de señal y oncogénesis. La modificación de proteínas mediante miristoilación es requerida para el apuntamiento subcelular, conformación de proteína y actividad biológica de muchas proteínas importantes en células eucariónticas , incluyendo aquellas requeridas para transducción de señal y funciones regulatorias importantes en el crecimiento celular. Las cinasas de tirosina de la familia de Src (proto-oncógenos) están entre las proteínas miristoiladas más extensamente estudiadas .
La miristoilación de proteínas es N-miristoiltransferasa ( MT) catalizada. MT es responsable por esta actividad de células eucariónticas y trabaja al modificar su sustrato de polipéptido después de la remoción del residuo de metionina iniciador mediante metionil aminopeptidasa. Esta modificación ocurre principalmente como un proceso co-traduccional, aunque la miristoilación puede también ocurrir post-traduccionalmente después de la escisión proteolítica de proteínas, comúnmente durante la apoptosis. Dos enzimas de las enzimas de MT mamíferas han sido clonadas y son designadas MT1 y MT2. Las NMT juegan un papel de prosupervivencia en células. Las dos NMT están presentes en todas las células normales.
Todavía hay necesidad de compuestos, composiciones y métodos para el tratamiento de cáncer.
La información de antecedentes de la invención es provista por el propósito de hacer información conocida que se cree por la solicitante es de relevancia posible para la presente invención. No se pretende necesariamente ninguna admisión ni se debe interpretar que cualquier información precedente constituye arte previo contra la presente invención.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN De acuerdo con un aspecto de la presente invención, se proveen compuestos y composiciones para el tratamiento de un sujeto con cáncer. También se proveen métodos para identificar el sujeto con cáncer que son apropiados para tratamiento con los compuestos, composición y métodos son descritos en la presente.
De acuerdo con un aspecto de la presente invención, se provee un método de tratamiento un sujeto que tiene cáncer deficiente de T2 que comprende: administrar a dicho sujeto un inhibidor de MT. En un ejemplo específico, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
En un aspecto específico, dicho cáncer es un linfoma. En un aspecto ejemplar, dicho linfoma es un linfoma de B célula. En un ejemplo más específico, dicho linfoma de B célula es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide , linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o un linfoma de célula grande anaplásico.
En un aspecto específico, dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido, o un ácido nucleico.
En un aspecto específico, dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA, o DDD85646 o un derivado del mismo. En un aspecto específico, dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal. En un aspecto específico, dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, una ribozima, una molécula de shARN, o una molécula de siARN.
En un aspecto específico, dicho sujeto es un sujeto humano .
En otro aspecto de la presente invención, el método comprende además administrar un agente quimioterapéutico . En un ejemplo específico, dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, I VP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP, o EPOCH.
En otro aspecto de la presente invención, se provee un método de tratamiento de un sujeto que tiene cáncer, que comprende: medir una muestra del sujeto para determinar si la muestra es deficiente en NMT2 ; y administrar un inhibidor de NMT a dicho sujeto cuando la muestra es deficiente de NMT2. En un ejemplo específico, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT 1.
En un aspecto específico, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT 1.
En un aspecto específico, dicho cáncer es un linfoma. En un aspecto específico, dicho linfoma es un linfoma de célula B. En un aspecto más específico, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide , linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico, o linfoma de célula grande anaplásico.
En un aspecto específico, dicho inhibidor de MT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido, o un ácido nucleico.
En un aspecto específico, dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA, o DDD85646 o un derivado de los mismos. En un aspecto específico, dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal. En un aspecto específico, dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsAR , una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shARN, o una molécula de siAR .
En un aspecto específico, dicho sujeto es un sujeto humano .
En otro aspecto de la presente invención, el método comprende además administrar un agente quimioterapéutico . En un ejemplo específico, dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP, o EPOCH.
En otro aspecto, la medición de dicha muestra es llevada a cabo utilizando clasificación celular activada por fluorescencia cuantitativa, ensayo inmunoabsorbente enzima-enlazado, inmunohistoquímica, inmunohistoquímica cuantitativa, transferencia de energía de resonancia de fluorescencia, transferencia de energía de resonancia de Forster, complementación de fluorescencia biomolecular, espectrometría de masas, ensayo de inmunoabsorción o ensayo de co-inmunoprecipitación.
En otro aspecto de la presente invención, se provee un kit para el tratamiento de cáncer en tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer deficiente de MT2, que comprende: un inhibidor de MT; e instrucciones para el uso del mismo. En un ejemplo, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
En un aspecto específico, dicho cáncer es un linfoma. En un aspecto específico, dicho linfoma es un linfoma de célula B. En un aspecto más específico, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/ aldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico, o un linfoma de célula grande anaplásico .
En un aspecto específico, dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido, o un ácido nucleico.
En un aspecto específico, dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA, o DDD85646 o un derivado de los mismos. En un aspecto específico, dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal. En un aspecto específico, dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula miARN, un ribozima, una molécula de shARN, o una molécula de siAR .
En un aspecto específico, dicho sujeto es un sujeto humano .
En otro aspecto de la presente invención, el método comprende además administrar un agente quimioterapéutico . En un ejemplo específico, dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP, O EPOCH .
En otro aspecto de la presente invención, se provee el uso de un inhibidor de NMT para tratar un sujeto que tiene cáncer deficiente de NMT2. En un ejemplo específico, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
En un aspecto específico, dicho cáncer es un linfoma. En un aspecto específico, dicho linfoma es un linfoma de célula B. En un aspecto más específico, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico, o linfoma de célula grande anaplásico .
En un ejemplo específico, dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido, o un ácido nucleico.
En un ejemplo específico, dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA, o DDD85646 o un derivado de los mismos. En un aspecto específico, dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal. En un aspecto específico, dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shARN, o una molécula de siARN.
En un aspecto específico, dicho sujeto es un sujeto humano.
En otro aspecto de la presente invención, el método comprende además administrar un agente quimioterapéutico . En un ejemplo específico, dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE , MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP, o EPOCH.
En otro aspecto de la presente invención, se provee el uso de un inhibidor NMT para la preparación de un medicamento para el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer deficiente de NMT2.
En un aspecto específico, dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
En un aspecto específico, dicho cáncer es un linfoma. En un aspecto específico, dicho linfoma es un linfoma de célula B. En un aspecto más específico, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico, o linfoma de célula grande anaplásico .
En un aspecto especifico, dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido, o un ácido nucleico.
En un aspecto específico, dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA, o DDD85646 o un derivado de los mismos. En un aspecto específico, dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal. En un aspecto específico, dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de AR i, una molécula de miAR , un ribozima, una molécula de shARN, o una molécula de siAR .
En un aspecto específico, dicho sujeto es un sujeto humano .
En otro aspecto de la presente invención, el método comprende además administrar un agente quimioterapéutico. En un ejemplo específico, dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP, O EPOCH.
En otro aspecto de la presente invención, se provee el uso de NMT2 como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación, o monitoreo de cáncer en un sujeto.
En otro aspecto de la presente invención, se provee el uso de miristoilación de proteína como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
En otro aspecto de la presente invención, se provee el uso de acilación de proteína como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
En un aspecto específico, dicho cáncer es linfoma.
En un aspecto específico, dicho linfoma es linfoma de célula B.
En un aspecto específico, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico, o linfoma de célula grande anaplásico.
En un aspecto específico, dicho marcador es medido utilizando un ensayo seleccionado de inmunoensayo o detección de ácido nucleico, o actividad de proteína.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS Modalidades de la presente invención serán ahora descritas a manera de ejemplo solamente, con referencia a las Figuras adjuntas , en donde : La Figura 1 ilustra análisis de inmunoabsorción de la expresión de NMT1 y MT2 en un tipo de células B normales (LO) y varios linfoma de célula B y leucemia de célula T; La Figura 2 es una gráfica que ilustra la sensibilidad de varias células normales y varios linfoma de célula B y leucemia de célula T a los inhibidores de NMT tris-cibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) ; La Figura 3 es una gráfica de barras que ilustra la inhibición de N-miristoiltransferasa (NMT) mediante tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) ; y La Figura 4A-B son inmunoabsorciones que ilustran líneas de célula de linfoma sondeadas con anticuerpos contra NMT 1 y NMT2.
La Figura 5 es una gráfica de línea que muestra la sensibilidad de los inhibidores de NMT en una línea celular de linfoma de Burkitt en comparación con una línea celular linfocítica B normal inmortalizada; y La Figura 6A-B ilustra los resultados de transfeccion de células de linfoma B de Ramos con pcDNA3.1-V5-NMT2 que muestra la sobrevivencia incrementada a TrisDBA (5 ug/ml) 2.5 veces vs células testigo transfectadas con vector de plásmido vacío (Panel A) que muestra viabilidad celular, y (Panel B) una inmunoabsorción.
En la descripción detallada que sigue, los números en negritas sirven para identificar las partes componentes que son descritas y que son referidas en relación con las figuras que ilustran varias modalidades de la invención. Se debe notar que al describir varias modalidades de la presente invención, se han usado los mismos números de referencia para identificar los mismos elementos o elementos similares. Además, por propósito de simplicidad, se han omitido partes de algunas figuras de los dibujos.
DESCRIPCIÓN DETALLADA Como se describirá en más detalle posteriormente en la presente, se describen en la presente compuestos, composiciones y métodos para el tratamiento de un sujeto con cáncer. También se describe en la presente métodos para identificar el sujeto con cáncer que son apropiados para el tratamiento con los compuestos, composición y métodos como se describen en la presente . También se describen en la presente métodos para identificar el sujeto con cáncer.
La presente solicitud provee métodos y composiciones para el tratamiento de cánceres deficientes de NMT. Los cánceres deficientes de NMT incluyen cánceres deficientes de NMT2 o NMT1. En un ejemplo específico, el cáncer deficiente de MT es un cáncer deficiente de MT2.
El término "cáncer", como es usado en la presente, se refiere a una variedad de condiciones provocadas por el crecimiento incontrolado anormal de células . Las células aptas de provocar cánceres, referidas como "células de cáncer", poseen propiedades características tales como proliferación incontrolada, inmortalidad, potencial metastásico, crecimiento y velocidad de proliferación rápida, y/o ciertos elementos morfológicos típicos. Las células de cáncer pueden estar en forma de un tumor, pero tales células pueden también existir solas dentro del sujeto, o puede ser una célula de cáncer no tumorigénica . Un cáncer puede ser detectado de cualquiera de una diversidad de maneras, incluyendo pero no limitado a, detectar la presencia de un tumor o tumores (por ejemplo, mediante medios clínicos o radiológicos) , examinar células dentro de un tumor o de otra muestra biológica (por ejemplo, de una biopsia de tejido), medir marcadores de sangre indicadores de cáncer, y detectar un genotipo indicador de un cáncer. Sin embargo, un resultado negativo en uno o más de los métodos de detección anteriores no indica necesariamente la ausencia de cáncer, por ejemplo, un paciente que ha exhibido una respuesta completa al tratamiento de cáncer puede todavía tener cáncer, como se hace evidente por una recaída subsecuente.
En un ejemplo específico de la presente revelación, el cáncer es linfoma.
El término "linfoma" como se usa en la presente se refiere al crecimiento maligno de células B o T en el sistema linfático. "Linfoma" incluye numerosos tipos de crecimientos malignos, incluyendo linfoma de Hodgkin y linfoma no de Hodgkin. El término " linfoma no de Hodgkin" como se usa en la presente, se refiere al crecimiento maligno de células B o T en el sistema linfático que no es un linfoma de Hodgkin (que es caracterizado, por ejemplo, por la presencia de células de Reed-Sternberg en el área cancerosa) . Los linfomas no de Hodgkin abarcan más de 29 tipos de linfoma, las distinciones entre las cuales están basados el tipo de células de cáncer.
En un ejemplo más específico de la presente revelación, el cáncer es un linfoma B.
Así, en una modalidad, los compuestos, composiciones y métodos de la revelación son apropiados para el tratamiento de un sujeto con linfoma de célula B.
Ejemplos de linfomas de célula B incluyen, pero no están limitados a, por ejemplo, linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom y linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide . También contemplados están el tratamiento de linfomas pediátricos tales como linfoma de Burkitt, linfoma de célula B grande difuso, linfoma folicular, B-LBL precursor, T-LBL precursor, y linfoma de célula grande anaplásico .
El término "sujeto", como se usa en la presente, se refiere a un animal y puede incluir, por ejemplo, animales domesticados, tales como gatos, perros, etc., ganado (por ejemplo, ganado, caballos, puercos, oveja, cabras, etc.), animales de laboratorio (por ejemplo, ratón, conejo, rata, conejillo de indias, etc.), mamíferos, mamíferos no humanos, primates, primates no humanos, roedores, aves, reptiles, anfibios, peces y cualquier otro animal. En un ejemplo específico, el sujeto es un humano.
El término "tratamiento" o "tratar" como se usa en la presente, se refiere a obtener resultados benéficos o deseados, incluyendo resultados clínicos. Resultados clínicos benéficos o deseados pueden incluir, pero no están limitados a, alivio o mejora de uno o más síntomas o condiciones, disminución de extensión de enfermedad, estado de enfermedad estabilizado (esto es, que no empeora) , impedir el esparcimiento de enfermedad, retardo o frenado de avance de la enfermedad, mejora o alivio del estado de enfermedad, disminución de la recurrencia de la enfermedad, y remisión (ya sea parcial o total), ya sea detectable o indetectable . "Tratar" y "Tratamiento" pueden también significar supervivencia prolongada en comparación con la supervivencia esperada si no se recibe tratamiento. "Que trata" y "tratamiento" como se usa en la presente también incluye tratamiento profiláctico. Por ejemplo, un sujeto con cáncer prematuro, por ejemplo un linfoma de etapa prematura, puede ser tratado para impedir el avance o alternativamente un sujeto en remisión puede ser tratado con un compuesto o composición descrito en la presente para impedir la recurrencia .
Se muestra en la presente que las células de linfoma de célula B expresan NMT1, pero no MT2. Esto es en contraste con las células leucémicas y otras células probadas que expresan tanto MT1 como NMT2. (Como se muestra en las Figuras 1 y 4A-B) .
Se demuestra además en la presente que las células de linfoma B son sensibles a inhibición de viabilidad celular mediante inhibidores de MT.
En un ejemplo, el inhibidor de NMT es tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) (Figura 2) .
En otros ejemplos, el inhibidor de NMT 2-hidroximiristae (HMA) es usado para inhibir células de linfoma B.
En todavía otro ejemplo, el inhibidor de pirazol sulfonamida de T. brucie NMT [J.A. Frearson et al (2010) Nature. 464.728-723)] (DDD85646) es usado para inhibir células de linfoma B. (Figura 5) .
En un ejemplo específico, el tratamiento de un sujeto con linfoma B comprende administrar a dicho sujeto con un inhibidor de NMT.
Los compuestos de inhibidor de NMT o derivados pueden ser usados en la presente invención para el tratamiento de cáncer deficiente de NMT2.
El término "deficiente" como se usa en la presente se refiere ampliamente a inhibición, reducción o eliminación (en comparación con muestras tipo silvestre o muestras testigo) , por ejemplo, síntesis de NMT, niveles, actividad o función, también como inhibición de la inducción o estimulación de síntesis, niveles, actividad, o función de la proteína de NMT (por ejemplo NMT1 o NMT2) . El término también se refiere a cualquier ruta metabólica o regulatoria que puede regular la síntesis, niveles, actividad o función de NMT. El término también incluye inhibición, reducción o eliminación, resultante de enlace con otras moléculas y formación de complejo. Por consiguiente, el término "NMT deficiente" se refiere a lo que resulta en la inhibición, reducción, o eliminación de función de proteína o función de ruta de proteína. Sin embargo, el término no implica que cada una de estas funciones deba ser inhibida al mismo tiempo.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado por ser deficiente en NMT al determinar la presencia de una mutación en un gen de NMT. Tales métodos de detección y amplificación de ácido nucleico son bien conocidos para el técnico experimentado.
Por ejemplo, el ácido nucleico a ser amplificado puede ser de una muestra biológica. Varios métodos (tales como extracción de fenol y cloroformo) de extracción son apropiados para aislar el ADN o ARN. El ácido nucleico extraído de una muestra puede ser amplificado utilizando técnicas de amplificación de ácido nucleico bien conocidas en el arte. Ejemplos no limitantes incluyen reacción en cadena (PCR) , reacción en cadena de polimerasa de transcriptasa inversa (RT-PCR) , PCR empalmada, reacción en cadena de ligasa, reporteros de ARN amplificables, replicación Q-beta, amplificación transcripción-basada, amplificación de ADN de boomerang, activación de desplazamiento de hebra, tecnología de sonda de ciclización, amplificación a base de secuencia de ácido nucleico isotérmica (NASBA) , u otros ensayos de replicación de secuencia o ensayos de amplificación de señal pueden también ser usados .
Métodos de amplificación son bien conocidos en el arte. Algunos métodos emplean transcripción inversa de ARN a cADN.
En un ejemplo, se usa PCR para amplificar una secuencia objetivo de interés, por ejemplo, una secuencia de NMT2.
Los ácidos nucleicos pueden ser amplificados antes de la detección o pueden ser detectados directamente durante una etapa de amplificación, por ejemplo, métodos en "tiempo real". En algunas modalidades, la secuencia objetivo es amplificada utilizando un cebador marcado de tal manera que el amplicon resultante es marcado detectablemente . En algunas modalidades, el cebador es marcado fluorescentemente. En algunas modalidades, la secuencia objetivo es amplificada y el amplicon resultante es detectado mediante electroforesis .
El nivel de expresión genética puede ser determinado al determinar la cantidad de mARN de MT2 en una muestra. Métodos para medir mARN en muestras son conocidos en el arte . Para medir los niveles de mARN, las células en las muestras pueden ser sometidas a lisis y los niveles de mARN en los lisados o en ARN purificado o semi-purificado de lisados puede ser medido mediante cualquier variedad de métodos familiares para aquellos experimentados en el arte. Tales métodos incluyen, sin limitación, ensayos de hibridización utilizando ADN marcado detectablemente o sondas de ARN, por ejemplo, northern blott, o metodologías de RT-PCR cuantitativas o semi-cuantitativas utilizando cebadores de oligonucleótidos apropiados. Alternativamente, ensayos de hibridización in situ cuantitativos o semi-cuantitativos se pueden llevar a cabo utilizando por ejemplo, secciones de tejido, o suspensiones celulares sin someterse a lisis, y marcado detectablemente, por ejemplo, sondas de ADN o ARN fluorescentes o enzima-marcadas. Métodos adicionales para cuantificar mARN incluyen ensayo de protección de ARN ( "RPA" ) , microarreglos cADN y oligonucleótido, análisis de diferencia de representación ("RDA" ), despliegue diferencial, análisis de secuencias de EST, análisis serial de expresión genética ("SAGE"), y amplificación ligación multiplex-moderada con el dispositivo Luminex FlexMAP ("LMF") .
La amplificación puede también ser monitoreada utilizando métodos en "tiempo real". La PCR en tiempo real permite la detección y cuantificación de un ácido nucleico objetivo. Comúnmente, este procedimiento a PCR cuantitativa utiliza un tinte fluorescente, que puede ser un tinte específico de doble hebra, tal como SYBR Green.RTM. I. Alternativamente, otros tintes fluorescentes, por ejemplo, FAM o HEX, pueden ser conjugados a una sonda de oligonucleótido o un cebador. Varios instrumentos aptos de efectuar PCR en tiempo real son conocidos en el arte. La señal fluorescente generada en cada ciclo de PCR es proporcional a la cantidad de producto de PCR. Se usa una gráfica de fluorescencia versus número de ciclo para describir la cinética de amplificación y se usa un nivel de umbral de fluorescencia para definir un número de ciclo fraccional relacionado con la concentración de plantilla inicial. Cuando se efectúa amplificación y es detectada en un instrumento apto de leer fluorescencia durante todos los ciclos, el producto de PCR propuesto de productos de PCR no específicos puede ser diferenciado utilizando análisis de fusión. Al medir el cambio en fluorescencia mientras que se incrementa gradualmente la temperatura de la reacción subsecuente a la amplificación y generación de señal, puede ser posible determinar el (Acto) producto (s) propuesto también como aquella del producto no específico.
Los métodos pueden incluir amplificar múltiples ácidos nucleicos en muestra, también conocido como "detección multiplex" o "multiplexión" . Como se usa en la presente, el término "PCR de multiplex" se refiere a PCR, que involucra agregar más de un conjunto de cebadores de PCR a la reacción con el fin de detectar y cuantificar múltiples ácidos nucleicos, incluyendo ácidos nucleicos de uno o más marcadores de gen objetivo. Además, la multiplexión con un testigo interno, por ejemplo, 18s rRNA, GADPH, o .beta.-actin) provee un control para la PCR sin reacción.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado por ser deficiente en NMT al determinar la desactivación epigenética de un gen de NMT, o pérdida de función de proteína .
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado por ser deficiente en NMT al determinar la actividad de NMT (incluyendo NMT1 o NMT2) en una muestra de células de un sujeto. La actividad puede ser determinada en relación con un testigo, por ejemplo en el caso de defectos de células de cáncer, en relación con células no cancerosas, preferiblemente del mismo tejido. Así, un cáncer deficiente de NMT puede tener actividad y/o expresión de NMT reducida o eliminada. La actividad de NMT puede ser determinada al utilizar técnicas bien conocidas en el arte. En estos ejemplos, un cáncer deficiente de NMT tiene una actividad reducida o eliminada.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado como deficiente de NMT al determinar la cantidad, concentración y/o niveles de proteina de NMT.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado como deficiente de NMT al determinar la cantidad de proteínas miristoiladas en una muestra biológica de un sujeto con cáncer, o que se sospecha de tener cáncer. En este ejemplo, se puede determinar la presencia, ausencia o cantidad de proteína miristoilada, por ejemplo, utilizando química de chasquido utilizando análogos de ácido graso apropiados. Métodos no limitantes son descritos en la presente, en la sección de materiales y métodos . Métodos alternativos para determinar la presencia, ausencia o cantidad de proteínas miristoiladas serán conocidos para el técnico experimentado. Una muestra que tiene una cantidad reducida de proteina miristoilada en una muestra (opcionalmente en comparación con un testigo) es indicadora de una muestra deficiente de NMT, o cáncer deficiente de NMT.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado como deficiente de NMT al determinar la cantidad de acilación de proteínas en una muestra biológica de un sujeto con cáncer, o que se sospecha de tener cáncer. En este ejemplo, la presencia, ausencia o cantidad de acilación de proteínas puede ser determinada. Tales métodos serían conocidos por el técnico experimentado. Una muestra que tiene una cantidad reducida de acilación de proteínas en una muestra (opcionalmente en comparación con un testigo) es indicadora de una muestra deficiente de MT, o cáncer deficiente de MT.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado como deficiente de NMT al determinar la presencia de una o más variaciones de secuencia tales como mutaciones y polimorfismos y puede incluir una cancelación, inserción o sustitución de uno o más nucleótidos, en relación con la secuencia de nucleótidos tipo silvestre. La una o más variaciones pueden estar en una región de codificación o región sin codificación de la secuencia de ácido nucleico y puede reducir o abolir la expresión o función de NMT. Así, el ácido nucleico variante puede codificar un polipéptido variante que tiene actividad reducida o abolida o puede codificar un polipéptido tipo silvestre que tiene poca o ninguna expresión dentro de la célula, por ejemplo por medio de la actividad alterada de un elemento regulatorio.
Una variedad de métodos pueden ser usados para determinar la presencia o ausencia de una secuencia de ácido nucleico particular en una muestra obtenida de un sujeto.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado como NMT-deficiente al determinar el nivel de expresión o actividad de un regulador positivo o negativo de NMT de un componente de la ruta de NMT. Los niveles de expresión pueden ser determinados, por ejemplo, mediante inmunoensayo, tales como inmunoabsorciones y ELISA, y métodos de detección de ácido nucleico, tales como RT-PCR, tecnología de nanohebra, ARN-seq, hibridización de ácido nucleico o análisis cariotípico.
En algunos ejemplos, un cáncer puede ser identificado por ser deficiente de NMT al determinar la presencia en una muestra celular del individuo de una o más variaciones, por ejemplo, polimorfismos o mutaciones en NMT.
Mutaciones y polimorfismos asociados con cáncer pueden también ser detectados al nivel de proteína al detectar la presencia de un polipéptido variante (esto es, una variante mutante o alélica) .
En otro ejemplo, se provee un método de tratamiento de un sujeto con cáncer, en donde dicho cáncer comprende células de cáncer que son deficientes en NMT2 , que comprende administrar a dicho sujeto un inhibidor de NMT y/o un inhibidor de NMT1.
El término "inhibir" o "inhibidor" como es usado en la presente, se refiere a cualquier método o técnica que inhibe la síntesis, niveles, actividad, o función de proteína, también como métodos para inhibir la inducción o estimulación de síntesis, niveles, actividad, o función de la proteína de interés, por ejemplo NMT2. El término también se refiere a cualquier ruta metabólica o regulatoria que puede regular la síntesis, niveles, actividad, o función de la proteína de interés . El término incluye enlace con otras moléculas y formación de complejo. Por consiguiente, el término "inhibidor" se refiere a cualquier agente o compuesto, la aplicación del cual da como resultado la inhibición de función de proteína o función de ruta de proteína. Sin embargo, el término no implica que cada una de estas funciones deba ser inhibida al mismo tiempo.
En otro ejemplo, se provee un método para tratar a un sujeto con cáncer, en donde dicho cáncer comprende células de cáncer deficientes de NMT1, que comprende administrar a dicho sujeto un inhibidor de NMT y/o un inhibidor de NMT2.
En algunos ejemplos, los métodos de tratamiento comprenden administrar a un sujeto una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto descrito en la presente y consiste opcionalmente de una sola administración, o alternativamente comprende una serie de aplicaciones . En un ejemplo específico, dicho compuesto es un inhibidor de NMT, un inhibidor de NMT1 y/o un inhibidor de NMT2.
En un ejemplo más específico, el inhibidor de NMT es Tris-DBA, HMA, DDD85646 o derivados de los mismos.
En otros ejemplos, los compuestos y/o composiciones son provistos en una cantidad farmacéuticamente efectiva apropiada para administración a un sujeto.
El término "cantidad farmacéuticamente efectiva" como se usa en la presente se refiere a la cantidad de un fármaco o agente farmacéutico que producirá la respuesta biológica o médica de un tejido, sistema, animal o humano que es buscado por un investigador o clínico. Esta cantidad puede ser una cantidad terapéuticamente efectiva.
Los compuestos y composiciones son provistos en una forma aceptable farmacéuticamente.
El término "aceptable farmacéuticamente" como se usa en la presente incluye compuestos, materiales, composiciones y/o formas de dosificación que son apropiadas para uso en contacto con los tejidos de un sujeto sin toxicidad, irritación, respuesta alérgica, u otro problema o complicación excesivo, conmensurado con una proporción de beneficio/riesgo razonable. Cada portador, excipiente, etc. es también "aceptable" en el sentido de ser compatible con los otros ingredientes de la formulación.
La cantidad real administrada, y proporción y tiempo-curso de administración, dependerán de la naturaleza y severidad de lo que es tratado. La prescripción de tratamiento, por ejemplo decisiones en cuanto a la dosificación, etc., está dentro de la responsabilidad de los prácticos generales y otros médicos y comúnmente toma en cuenta la alteración a ser tratada, la condición del paciente individual, el sitio de administración, el método de administración y otros factores conocidos para los prácticos .
Un compuesto o composición puede ser administrado solo o en combinación con otros tratamientos, ya sea simultánea o secuencialmente, dependiente de la condición a ser tratada.
Las formulaciones pueden convenientemente ser presentadas en forma de dosificación unitaria y pueden ser preparadas mediante cualquier método bien conocido en el arte de farmacia. Tales métodos incluyen la etapa de traer el compuesto activo en asociación con un portador, que puede constituir uno o más ingredientes accesorios. En general, las formulaciones son preparadas al traer uniforme e íntimamente en asociación el compuesto activo con portadores líquidos o portadores sólidos finamente divididos o ambos, y luego si es necesario formar el producto.
Los compuestos y composiciones pueden ser administrados a un sujeto mediante cualquier ruta de administración conveniente, ya sea sistémica/periféricamente o en el sitio de acción deseada, incluyendo pero no limitado a, oral (por ejemplo, mediante ingestión) ; tópica (incluyendo por ejemplo transdérmica, intranasal, ocular, bucal y sublingual) ; pulmonar (por ejemplo, mediante inhalación o terapia de insuflación utilizando, por ejemplo un aerosol, por ejemplo por medio de la boca o nariz); rectal; vaginal; parenteral, por ejemplo, mediante inyección, incluyendo subcutánea, intradérmica, intramuscular, intravenosa, intraarterial , intracardiaca, intratecal, intraespinal, intracapsular, subcapsular, intraorbital, intraperitoneal , intratraqueal , subcuticular, intraarticular, subaracnoide o intraesternal ; mediante el implante de un depósito, por ejemplo, subcutánea o intramuscularmente .
Formulaciones apropiadas para administración oral (por ejemplo, mediante ingestión) pueden ser presentadas como unidades discretas tales como cápsulas, sacos o tabletas, cada una contenido una cantidad predeterminada del compuesto activo; como un polvo o gránulos; como una solución o suspensión en un líquido acuoso o no acuoso; o como una emulsión líquida aceite en agua o una emulsión líquida agua en aceite; como un bolo; como un electuario; o como una pasta.
Formulaciones apropiadas para administración parenteral (por ejemplo, mediante inyección, incluyendo cutánea, subcutánea, intramuscular, intravenosa e intradérmica) , incluyen soluciones acuosas e isotónicas no acuosas, soluciones de inyección estériles libres de pirógeno que pueden contener antioxidantes, soluciones reguladoras del pH, conservadores, estabilizadores, bacteriostáticos y solutos que vuelven a la formulación isotónica con la sangre del receptor propuesto; y suspensiones estériles acuosas y no acuosas que pueden incluir agentes de suspensión y agentes espesantes, y liposomas u otros sistemas de micropartículas que son diseñados para apuntar el compuesto a componentes sanguíneos o uno o más órganos .
Ejemplos de vehículos isotónicos apropiados para uso en tales formulaciones incluyen inyección de cloruro de sodio, solución de Ringer, o inyección de Ringer lactada.
Las formulaciones pueden ser presentadas en recipientes sellados de dosis unitaria o multi-dosis, por ejemplo ampolletas y frascos, y puede ser almacenada en una condición secada por congelación (liofilizada) requiriendo solamente la adición del portador líquido estéril, por ejemplo agua para inyecciones, inmediatamente antes del uso. Soluciones de inyección extemporánea y suspensiones pueden ser preparadas de polvos estériles, gránulos y tabletas. Las formulaciones pueden estar en forma de liposomas u otros sistemas de micropartículas que están diseñados para apuntar el compuesto activo a componentes sanguíneos o uno o más órganos.
Las composiciones que comprenden compuestos revelados en la presente pueden ser usadas en los métodos descritos en la presente en combinación con regímenes quimioterapéuticos estándar o en conjunción con radioterapia.
En el caso de un linfoma en un paciente, los tratamientos conocidos son dependientes del sujeto que es tratado, el tipo de enfermedad y su etapa. Modalidades de tratamiento existentes para linfoma son conocidas para el técnico experimentado. Así, tratamientos conocidos pueden ser usados junto con los inhibidores de N T revelados en la presente.
Combinaciones de fármaco comunes para uso en tratamiento de linfornas incluyen pero no son limitadas a CHOP (esto es, ciclofosfamida, doxorubicina, vincristina y prednisona) , GAP-BOP (esto es, ciclofosfamida, doxorubicina, procarbazina, bleomicina, vincristina y prednisona) , m-BACOD (esto es, metotrexato, bleomicina, doxorubicina, ciclofosfamida, vincristina, dexametasona y leucovorina) , Pro ACE-MOPP (esto es, prednisona, metotrexato, doxorubicina, ciclofosfamida, etoposide, leucovorina con MOPP estándar) , ProMACE-CytaBOM (prednisona, doxorubicina, ciclofos amida, etoposide, citarabina, bleomicina, vincristina, metotrexato y leucovorina) y MACOP-B (metotrexato, doxorubicina, ciclofosfamida, vincristina, prednisona, bleomicina y leucovorina) . Para linfoma no de Hodgkin agresivo de recaída las siguientes combinaciones de fármaco de quimioterapia pueden ser usadas con los compuestos y composiciones descritos en la presente: 1MVP-16 (esto es, ifosfamida, metotrexato y etoposide) , MIME (esto es, metil-gag, ifosfamida, metotrexato y etoposide), DHAP (esto es, dexametasona, citarabina de alta dosis 16 y cisplatino) , ESHAP (esto es, etoposide, metilprednisona, citarabina de alta dosificación y cisplatino) , CEFF(B) (esto es, ciclofosfamida, etoposide, procarbazina, prednisona y bleomicina) y CAMP (esto es, lomustina, mitoxantrona, citarabina y prednisona) .
El tratamiento para quimioterapia de salvamento usada para ciertos linfornas tales como enfermedad de Hodgkin resistente de recaída incluyen pero no están limitados a VABCD (esto es, vinblastina, doxorubicina, dacarbazina, lomustina y bleomicina) , ABDIC (esto es, doxorubicina, bleomicina, dacarbazina, lomustina y prednisona) , CBVD (esto es, lomustina, bleomicina, vinblastina, dexametasona) , PCVP (esto es, vinblastina, procarbazina, ciclofosf mida y prednisona) , CEP (esto es, lomustina, etoposide y prednimustina) , EVA (esto es, etoposide, vinblastina y doxorubicina) , MOPLACE (esto es, ciclofosfamida, etoposide, prednisona, metotrexato, citaravina y vincristina) , MIME (esto es, metil-gag, ifosfamida, metotrexato y etoposide) , MINE (esto es, mitoquazona, ifosfamida, vinorelbina y etoposide) , MTX-CHOP (esto es, metotrexato y CHOP) , CEM (esto es, lomustina, etoposide y metotrexato) , CEVD (esto es, lomustina, etoposide, vindesina y dexametasona) , CAVP (esto es, lomustina, melfalana, etoposide y prednisona) , EVAP (esto es, etoposide, vinblastina, citarabina y cisplatino) y EPOCH (esto es, etoposide, vincristina, doxorubicina, ciclofosfamida y prednisona) .
Se apreciará que métodos alternativos para inhibir NMTl o NMT2 pueden ser usados en una estrategia letal sintética para el tratamiento de cáncer y en particular el tratamiento de linfoma de célula B. Por ejemplo, la expresión de NMTl o NMT2 puede ser inhibida utilizando tecnología anti-sentido o tecnología de ARNi . El uso de estos procedimientos para regular hacia abajo la expresión genética y/o actividad de proteína es conocido por el técnico experimentado.
En otra modalidad de la presente revelación, se provee un método para determinar el beneficio del tratamiento con inhibidor de NMT2 y/o NMTl de un paciente.
En un ejemplo, un método de la presente revelación comprende determinar cualitativa o cuantitativamente, analizar o medir una muestra de un sujeto con cáncer, o sospechoso de tener cáncer, en cuanto a la presencia o ausencia o cantidad o concentración de NMTl y/o NMT2.
En otro ejemplo, un método de la presente revelación comprende determinar cualitativa o cuantitativamente, analizar o medir una muestra de un sujeto con cáncer, o sospechoso de tener cáncer, en cuanto a la presencia o ausencia o cantidad o concentración de proteínas miristoiladas .
En otro ejemplo, un método de la presente revelación comprende determinar cualitativa o cuantitativamente, analizar o medir una muestra de un sujeto con cáncer, o sospechoso de tener cáncer, en cuanto a la presencia o ausencia o cantidad de concentración de proteínas aciladas.
El término "muestra" como se usa en la presente se refiere a cualquier muestra de un sujeto, incluyendo pero no limitado a un fluido, célula o muestra de tejido que comprende células de cáncer, o que se sospecha de contener células de cáncer, que puede ser analizada en cuanto a niveles de expresión genética, niveles de proteína, niveles de actividad enzimática y los semejantes. La muestra puede incluir, por ejemplo, una muestra de sangre, una muestra de sangre fraccionada, una muestra de médula ósea, una biopsia, una muestra de tejido congelado, un espécimen de tejido nuevo, una muestra celular, y/o sección embebida de parafina, material del cual el AR puede ser extraído en cantidades suficientes y con calidad apropiada para permitir la medición de niveles de mAR relativo o material del cual se pueden extraer polipéptidos en cantidades suficientes y con calidad apropiada para permitir la medición de niveles de polipéptido relativos .
La determinación, análisis o medición de T1 o NMT2 o la presencia o ausencia de NMT1 y/o T2 puede ser correlacionada con el beneficio del tratamiento con el inhibidor de MT1 o MT2 de cáncer en el paciente.
La determinación, análisis o medición de proteínas miristoiladas o la presencia o ausencia de proteínas miristoiladas puede ser correlacionada con el beneficio del tratamiento con el inhibidor de NMTl o NMT2 de cáncer en el paciente.
En un ejemplo específico, los anticuerpos de la presente invención son inmunoreactivos o inmunoespecíficos para y por consiguiente se enlazan específica y selectivamente a una proteína de interés, por ejemplo la proteína NMTl o NMT2. En un ejemplo, los anticuerpos que son inmunoreactivos e inmunoespecíficos para NMTl o NMT2 humanos pueden ser usados . Anticuerpos para NMTl o NMT2 humanos son preferiblemente inmunoespecíficos . El término "anticuerpo" y "anticuerpos" incluye pero no está limitado a anticuerpos monoclonales y policlonales .
En otro ejemplo, los anticuerpos de la presente invención son inmunoreactivos o inmunoespecíficos para y por consiguiente se enlazan específica y selectivamente tanto a la proteína de NMTl como la proteína de NMT2. En este ejemplo, anticuerpos que son inmunoreactivos e inmunoespecíficos tanto para NMTl como NMT2 humano pueden ser usados .
Anticuerpos para NMTl y NMT2 humanos son preferiblemente inmunoespecíficos . En este ejemplo y debido a la diferente masa molecular de NMTl y NMT2, es posible identificar la presencia o ausencia de ambas proteínas utilizando un solo anticuerpo, utilizando, por ejemplo SDS-PAGE e inmunoabsorción. El término "anticuerpo" y "anticuerpos" incluye pero no está limitado a anticuerpos monoclonales y policlonales .
El término "se enlaza específicamente" se refiere a alta avidez y/o alta afinidad de enlace de un anticuerpo a un polipéptido específico, por ejemplo, un epítope de MT1 o MT2.
El enlace del anticuerpo a su epítope sobre este polipéptido específico es más fuerte que el enlace del mismo anticuerpo a cualquier otro epítope, particularmente aquellos que pueden estar presentes en moléculas en asociación con, o en la misma muestra, como el polipéptido de interés específico. Los anticuerpos que se enlazan específicamente a un polipéptido de interés pueden ser aptos de enlazarse a otros polipéptidos a un nivel débil y todavía detectable. Tal enlace débil o enlace de fondo es fácilmente discernible del enlace de anticuerpo específico del compuesto o polipéptido de interés, por ejemplo, mediante el uso de testigos apropiados, como sería conocido para el técnico experimentado en el arte .
En un ejemplo, una muestra que contiene células cancerosas o sospechosa de contener células cancerosas es obtenida de un sujeto con cáncer. La recolección de tal muestra es bien conocida para el técnico experimentado. En un ejemplo específico, la muestra es una muestra de sangre.
Métodos para obtener una muestra, procesamiento y/o almacenamiento de tal muestra son también bien conocidos para el técnico experimentado.
En un ejemplo específico, la detección, análisis o medición de la proteína de NMTl o NMT2 dentro de una muestra se lleva a cabo utilizando inmunohistoquímica. Será claro para el técnico experimentado que otros inmunoensayos , tanto cualitativos como cuantitativos, pueden ser usados en la presente invención.
Otros ejemplos que pueden ser usados en la detección, análisis o medición de NMTl o NMT2 incluyen, pero no están limitados a, inmunoabsorción, ELISA, inmuno-fluorescencia indirecta, tecnología de perla de multiplexión, inmunoprecipitación y espectrometría de masas de la muestra obtenida del sujeto. En la práctica, en el ejemplo en el cual una muestra de paciente se determina que tiene bajo o está ausente de teñido de NMT2, el sujeto es considerado un buen candidato para la terapia de inhibidor de NMT.
En otro ejemplo, un método de la presente revelación comprende determinar cualitativa o cuantitativamente, analizar o medir la actividad de la proteína de NMTl y/o NMT2 en muestra biológica de un sujeto con cáncer en cuanto a la presencia o ausencia o cantidad de NMTl y/o NM 2 o actividad. En este ejemplo, el uso de sustratos (naturales o sintéticos) de NMTl o NMT2 se usa para identificar una muestra en la cual la actividad de NMT1 o NMT2 está presente, ausente o la cantidad de la misma.
En la práctica, en el ejemplo en el cual se determina que una muestra del sujeto es deficiente de NMT2, el sujeto es considerado un buen candidato para administración de un inhibidor de NMT.
En la práctica, en el ejemplo el cual se determina que una muestra del paciente tiene baja actividad o actividad de MT2 ausente, el sujeto es considerado un buen candidato para administración de un inhibidor de NMT.
En la práctica, en el ejemplo en el cual se determina que la muestra del paciente tiene baja cantidad o está ausente de cantidad de proteína miristoilada, el sujeto es considerado un buen candidato para administración de un inhibidor de NMT.
En la práctica, en el ejemplo en el cual se determina que una muestra del sujeto tiene baja cantidad o una cantidad ausente de proteína acilada, el sujeto es considerado un buen candidato para administración de un inhibidor de NMT.
En otro ejemplo, un método de la presente revelación comprende identificar una mutación, cancelación o los semejantes, en el gen de NMT1 o NMT2 en una muestra de un sujeto con cáncer o sospechoso de tener cáncer. En donde, dicha mutación, cancelación o los semejantes, en el gen de NMTl o NMT2 da como resultado una pérdida de disminución de actividad de proteína de MTl o MT2 en células de cáncer dentro de la muestra. Métodos para identificar tales mutaciones, cancelaciones o los semejantes, en NMTl o NMT2 son conocidos para el técnico experimentado e incluyen, pero no están limitados a, RFLP, RT-PCT, análisis de microarreglo, y/o cualquier tipo apropiado de secuenciación de ADN. En la práctica, en el ejemplo en el cual se determina que una muestra de paciente tiene una mutación, cancelación o los semejantes en NMT2 que da como resultado actividad de proteína de NMT2 baja o ausente, el sujeto es considerado un buen candidato para terapia de inhibidor de NMT.
En otro ejemplo, un método de la presente revelación comprende identificar una mutación, cancelación o los semejantes, en el mARN de NMTl o NMT2 en una muestra de un sujeto con cáncer o sospechoso de tener cáncer. En donde, dicha mutación, cancelación o los semejantes, en el mARN de NMTl o NMT2 da como resultado una pérdida o disminución de actividad de proteína de NMTl o NMT2 en células de cáncer dentro de la muestra.
Métodos para identificar tales mutaciones, cancelaciones o los semejantes, en el mARN de NMTl o NMT2 son conocidos para el técnico experimentado e incluyen, pero no están limitados a, Northern blott, RT-PCR, análisis de microarreglo y/o cualquier tipo apropiado de secuenciación de mARN. En la práctica, en el ejemplo en el cual se determina que una muestra del paciente tiene una mutación, cancelación o los semejantes, en el mAR de NMT2 que da como resultado una actividad de proteína de MT2 baja o ausente, el sujeto es considerado un buen candidato para la terapia de inhibidor de NMT.
En otro ejemplo, un método de la presente revelación, se provee un método para el tratamiento de un sujeto que sufre de cáncer, asociado con un defecto en NMT1 o NMT2, que comprende administrar a dicho sujeto un inhibidor de NMT.
Ejemplos de inhibidores incluyen, pero no están limitados a, moléculas pequeñas, anticuerpos, fragmentos de péptido y/o moléculas de ácido nucleico.
Ejemplos específicos de moléculas pequeñas incluyen Tris-DBA, HMA, DDD85646 y sus derivados. El término "derivados" como se usa en la presente incluye, pero no está limitado a sales, complejos de coordinación, ésteres tales como ésteres hidrolizable in vivo, ácidos o bases libres, hidratos, profármacos o lípidos, socios de acoplamiento.
Fragmentos de péptido pueden ser preparados total o parcialmente mediante síntesis química que activan el sitio de NMT1. Fragmentos de péptido pueden ser preparados de acuerdo con métodos de síntesis de péptidos en fase líquida sólida estándares establecidos, que serán conocidos por el técnico experimentado.
Inhibidores de ácido nucleico o los complementos de los mismos, inhiben la actividad o función al regular hacia abajo la producción del polipéptido activo. Esto puede ser monitoreado utilizando métodos convencionales bien conocidos en el arte, por ejemplo mediante selección utilizando PCR en tiempo real como se describe en los ejemplos.
Ejemplos de inhibidores de ácido nucleico incluyen tecnología anti-sentido o tecnología de AR i, el uso de la cual es para regular había abajo la expresión genética está bien establecido en el arte. Oligonucleótidos anti-sentido pueden ser diseñados para hibridizarse a la secuencia complementaria de ácido nucleico, pre-mAR o mAR maduro, interfiriendo con la producción del componente de ruta de reparación de extirpación de base de tal manera que su expresión es reducida o impedida completa o sustancialmente por completo. Además del apuntamiento a la secuencia de codificación, las técnicas anti-sentido pueden ser usadas para apuntar las secuencias de control de un gen, por ejemplo en la secuencia de flaqueo 5* , mediante lo cual los oligonucleótidos anti-sentido pueden interferir con secuencias de control de expresión.
Una alternativa al anti-sentido es usar una copia de todo o parte del gen objetivo insertado en sentido, esto es, la misma orientación como el gen objetivo, para obtener la reducción en expresión del gen objetivo mediante co-supresión.
Adicionalmente, se puede usar silenciamiento de ARN de doble hebra (dsARN) . El silenciamiento dsARN moderado es específico del gen y es denominado frecuentemente interferencia de ARN (ARNi) .
En otro ejemplo, se usa ácido nucleico que en la transcripción produce un ribozima, apto de cortar el ácido nucleico en un sitio específico y por consiguiente también útil en influenciar NMT.
En todavía otro ejemplo, moléculas de ARN pequeñas pueden ser empleadas para regular la expresión genética. Estos incluyen degradación apuntada de mARN por ARN interferentes pequeños (siARN) , silenciamiento genético post-transcripcional (PTG) , represión traduccional secuencia regulada en desarrollo específica de mARN mediante micro-ARN (miARN) y silenciamiento genético transcripcional apuntado.
En todavía otro ejemplo, la expresión de una molécula de ARN de horquilla corta (shARN) en la célula puede ser usada. Una shARN consiste de repeticiones invertidas cortas separadas por una secuencia de bucle pequeño. Una repetición invertida es complementaria al objetivo genético. En la célula el shARN es procesado mediante DICER a siARN que degrada el mARN del gen de NMT objetivo y suprime la expresión. En una modalidad preferida los shARN son producidos endógenamente (dentro de la célula) mediante transcripción de un vector.
Un defecto en MT1 o NMT2 es un fenotipo deficiente de MT1 o MT2 que puede ser deficiente en un componente de una ruta moderada por NMT1 o NMT2, esto es, la expresión de actividad de un componente de la ruta puede ser reducida o abolida en la célula de cáncer en relación con células testigo. En algunas modalidades, la célula de cáncer puede ser deficiente en MT1 o MT2, esto es, la expresión de actividad de NMT1 o NMT2 puede ser reducida o abolida en la célula de cáncer en relación con células testigo.
Así, se provee el uso de MT2 como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto. En algunos ejemplos, MT2 es medido utilizando un ensayo seleccionado de inmunoensayos o detección de ácido nucleico o actividad de proteína.
También se provee el uso de miristoilación de proteína como marcador para de uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
También se provee el uso de acilación de proteína como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
En un ejemplo, dicho cáncer es linfoma. En ejemplos más específicos, dicho linfoma es linfoma de célula B. En ejemplos más específicos, dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstrom, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico .
Los métodos de la invención son llevados a la práctica convenientemente al proveer los compuestos y/o composiciones usados en tal método en forma de un kit. Tal kit contiene preferiblemente la composición. Tal kit contiene preferiblemente instrucciones para uso del mismo.
Para ganar un mejor entendimiento de la invención descrita en la presente, se resumen los siguientes ejemplos. Se debe entender que estos ejemplos son para propósitos ilustrativos solamente. Por consiguiente, no se debe limitar el alcance de esta invención de ninguna manera.
EJEMPLOS En los siguientes ejemplos, se emplearon metodologías estándar, como se apreciaría por el técnico experimentado.
MATERIALES Y MÉTODOS Anticuerpos y reactivos Tris dibutilbenciniliden acetona paladio (TrisDBA) fue una donación amable del Dr. Arbiser (Universidad de Alabama) . DDD85646 fue sintetizado como se describe [J.A. Frearson et al (2010) Nature. 464.728-723})] y fue obtenido del Dr. David Gray y Paul Wyatt, Universidad de Dundee) Los anticuerpos anti-NMTl de ratón (clon 14; 1:1000) y anti- MT2 de ratón (clon 30; 1:2000) fueron de BD Biosciences . San José, CA, Estados Unidos de América. El anti-NMTl de conejo (policlonal, 1:3000) fue comprado de Proteintech, Chicago, 1L, Estados Unidos de América. Conejo anti-NMTl (policlonal, 1:3000) fueron comprados de Proteintech, Chicago, IL, Estados Unidos de América. Los anticuerpos anti-GFP de conejo (1:20,000), anti-PARP-1 (1:5000), anti-GAPDH (1:5000) y PAK2 anti-c-terminal (1:2000) fueron de Eusera (www.eusera.com), Edmonton, AB, Canadá. Los anticuerpos anti-a-tubulina de ratón (1:15,000) y anti-VE de conejo (1:10,00) fueron comprados de Sigma Aldrich, St. Louis, MO, Estados Unidos de América. Anti-His de ratón (1:2000) fue de Qiagen, Alemania. Caspasa-8 anti-escindida de conejo (1:1000) y caspasa-3 anti-escindida (1:1000) fueron ambas de Cell Signaling, Danvers, MA, Estados Unidos de América. Los kits de detección de quimioluminiscencia mejorada (ECL) Plus y western blot ECL Prime fueron compradas de GE Healthcare, Pittsburgh, PA, Estados Unidos de América. A no ser que se afirme de otra manera, todos los compuestos químicos usados fueron comprados de Sigma-Aldrich (St. Louis, MO, Estados Unidos de América) y fueron de la pureza más alta disponible .
Construcciones de ADN. Diseño de construcciones de NM 1 y NMT2 V5- y His-marcadas . Los vectores de entrada de NTM1 y N T2 que son compatibles con el sistema de clonación de Gateway (Life Technologies, Grand Island, N.Y., Estados Unidos de América) fueron comprados de Genecopeia (Rockville, MD, Estados Unidos de América) . Los genes NMT1 y MT2 fueron incorporados al vector de destino pcDNA3.1/nV5 DEST (Life Tecnologies) utilizando la enzima de LR clonasa (Life Technologies) de acuerdo con las instrucciones del fabricante para generar los plásmidos de NMT N-terminalmente marcados (His- Tl, HÍS-NMT2, V5-N T1 y V5-NMT2) . Las construcciones de NMT V5-marcadas fueron usadas para expresión de célula mamífera mientras que las construcciones de His-NMT fueron usadas para expresión bacteriana. Los productos de clonación fueron confirmados mediante secuenciación de ADN (Eurofins MWG Operon, Huntsville, AL, Estados Unidos de América) .
Cultivo celular. El origen de las células B fue una donación del Dr. Jim Stone o fueron obtenidas de ATCC. Todos los reactivos de cultivo celular fueron comprados de Invitrogen. Las células B fueron cultivadas a 37 °C y 5% de CO2 en una incubadora humidificada y mantenidas en medio RPMI completado con 10% de suero bovino fetal, 100 U/ml de penicilina y 0.1 mg/ml de estreptomicina.
Lisis celular. Las células fueron lavadas en PBS frió, sometidas a lisis en solución reguladora del pH SDS-RIPA al 0.1% [Tris 50 mM, NaCl 150 nM, Igepal CA-630 al 1%, NaDC al 0.5%, MgCl2 a 2 mM e inhibidor de proteasa completo lx (Roche Diagnostics) ; H 8.0] y mecidas por 15 minutos a 4°C. El sobrenadante de los lisados celulares se obtuvo después de una centrifugación de 16,000 g por 15 minutos a 4°C.
Inducción de apoptosis . A no ser que se menciona de otra manera, la apoptosis fue inducida utilizando estaurosporina (STS) 2.4 µ (Sigma Aldrich, St. Louise, MO, Estados Unidos de América) y 5 g/ml de cicloheximida (ICN Biochemicals Inc. Aurora, OH, Estados Unidos de América) con el fin de inhibir la traducción de proteína y mejorar la inducción de apoptosis.
Incubación con inhibidores de NMT. Tris dibutilbenciniliden acetona paladio (TrisDBA) fue una amable donación del doctor Arbiser. Las células fueron incubadas a concentraciones incrementadas por 24 horas con TrisDBA (o DMSO como testigo) o por 24 y 48 horas con DDD85646.
Transfección de célula B. Las células B fueron transfectadas utilizando el sistema de transfección Neón® (Life Technologies) siguiendo las instrucciones del fabricante y el protocolo optimizado para transfección de células B de Ramos (voltaje de impulso 1,300 V; ancho de impulso 20 ms, 2 pulsos y 7.7.106 células/ml) aptas para puntas de 100 µ?. Clásicamente, dos transfecciones fueron jaladas para obtener suficientes células vivientes para efectuar un ensayo de viabilidad.
Ensayo de viabilidad celular. La viabilidad de célula B y célula T fue medida utilizando el método de exclusión de azul de triptano. Las células fueron cultivadas en condiciones de confluencia (2 x 10s/ml máximo) asegurando la apoptosis basal mínima. Después de incubación con inhibidores de MT, alrededor de 20,000 células (10 µ?) fueron incubadas por 10 µ? de tinte azul de Triptan TC10™ (Biorad) por 15 minutos. La viabilidad celular fue cuantificada utilizando el contador celular automatizado TC10™ (Biorad) .
Ensayo de actividad de NMT in vitro. El protocolo de ensayo de actividad de N-miristoiltransferasa fue adaptado de Raju, R.V. y Sharma, R.K. (1999) . La preparación y análisis de miristoil-CoA: proteína N-miristoiltransferasa. Methods Mol Biol 116, 193-211. [3H] miristoil-CoA fue sintetizado recientemente para cada experimento, como se describe previamente por Towler, D. y Glaser, L. (1986) Protein fatty acid acylation: enzymatic synthesis of an N-myristoylglycyl peptide. Proc Nati Acad Sci USA 83, 2812-2816. Brevemente, las células fueron resuspendidas en solución reguladora del pH de sacarosa 0.25 M (NaH2P04 50 mM, pH 7.4) y sometidas a 2 rondas de sonicación a nivel 6.0 en un sonicador Branson. La mezcla de reacción está compuesta de 10 µ? de extracto celular (alrededor de 20 pg de proteína) incubado en solución reguladora del pH de actividad de NMT (Tris-HCl 0.26 m, EGTA 3.25 mM, EDTA 2.92 mM y 2 -mercaptoetanol 29.25 mM, Tritón X-100 1%, pH 7.4) y el decapéptido miristoilable o no miristoilable correspondiente a la secuencia N-terminal de Bid-truncado (0.1 mM disuelto en agua) . La reacción fue iniciada por la adición de 7.4 µ? («=10 pMol) de [3H] miristoil-CoA recién sintetizado [volumen de mezcla final = 25 µ?] e incubada por 15 minutos a 30 °C. La reacción es detenida al gotear 15 µ? de la mezcla de reacción sobre un disco de papel de fosfocelulosa 981 (Whatman, Kent, Reino Unido) y secada por 30 segundos. Los discos fueron lavados (solución reguladora del pH: solución reguladora del pH Tris 25 Mm, pH 7.4) para remover la radiactividad residual ( [3H] -miristato y [3H] -miristoil-CoA mientras que el [3H] -miristoil-péptido es retenido en el papel de fosfocelulosa) . La radioactividad fue cuantificada mediante conteo de centelleo líquido y convertida a pMol del péptido miristoilado (Raju, R. V. y Sharma, R. K. (1999) Preparation and assay of myristoil-CoA:proteín N-myristoyltransferasa. Methods Mol Biol 116, 193-211) .
RT-PCR. La qRT-PCR fue efectuada con sondas de MT1 y MT2 de Taqman utilizando una sonda 18S como testigo interno. La diferencia en el número de tiempos de ciclo (Act) fue calculada al restar en tiempo del ciclo (ct) al cual se observa un incremento exponencial en la expresión del testigo interno 18S para cada tipo de célula del tipo del ciclo de NMT, otra vez en un punto en donde se observa un incremento exponencial de la señal.
Ejemplo 1 La figura 1 ilustra el análisis de la expresión de NMTl y NMT2 en células normales y varios linfomas de célula B y leucemia de célula T. Esta figura muestra la ausencia de expresión casi completa de NMT2 en líneas celulares de linfoma B (BL-2, Ramos), que se expresa solamente NMTl en comparación con células B normales (linfocitos B humanos transformados EBV, LO) y líneas de célula T leucémicas humanas (Jurkat, MOLT-4, CEM) .
Mientras que no se desea estar limitados por la teoría, aquella células que expresan solamente un isozima de NMT, por ejemplo células de linfoma de Burkitt que muestran la ausencia casi completa de NMT2 , son probables de tener perfiles de proteína miristoiladas alterados.
Una muestra que tiene una cantidad reducida de proteína miristoilada en una muestra (opcionalmente en comparación con un testigo) es indicadora de una muestre deficiente de NMT o cáncer deficiente de NMT. Tal cáncer deficiente de NMT es apropiado para tratamiento con un inhibidor de NMTl .
Ejemplo 2 La figura 2 ilustra la sensibilidad de varios linfomas célula B y leucemias de célula T a los inhibidores de NMT tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DB) . Varias células B y células T fueron incubadas por 24 horas con concentración incrementada de DBA. La viabilidad celular fue medida utilizando el método de exclusión de azul de triptano y ajusta al 100% para el testigo. Las curvas de supervivencia celular medidas mediante azul de exclusión de triptano muestran que los linfomas de célula B son más sensibles al inhibidor de NMT tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) .
Ejemplo 3 La figura 3 ilustra la inhibición de N-miristoiltransferasa (NMT) mediante tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) .
La actividad de NMT fue ensayada utilizando un ensayo de miristoilación de péptido con NMT1 y NMT2 recombinante purificado. La actividad de NMT fue calculada a partir de la cantidad de péptido de miriostoilo radiomarcado producido y detectado sobre papel de fosfocelulosa (adaptado de King et al. 1991, Anal Biochem) .
Esta figura muestra que tris-dibencilidenacetona-dipaladio (Tris-DBA) inhibe NMT in vitro utilizando enzimas de NMT recombinantes purificadas.
Ejemplo 4 La figura 4A-B ilustra los resultados de inmnoabsorciones en los cuales de las líneas de células de linfoma fueron sondeadas con anticuerpos contra NMT1 (fig.4 A) y MT2 (fig.4B). La leyenda de la figura 4A-B corresponde como sigue: IM9 : linfoblasto B; BL2 : linfoma de Burkitt; CEM: leucemia de célula T; Karpas 299: linfoma de célula T; Sup-M2: ALCL; UCO N: ALCL (ALCL: linfoma de célula grande anaplásico) ; DAUDI : linfoma de Burkitt; Ramos: linfoma de Burkittt BJAB: linfoma de Burkitt; HD-MYZ : linfoma de Hodking; KM-H2 : linfoma de Hodking; L428: linfoma de Hodking; Jurkat: leucemia de célula T.
Ejemplo 5 La figura 5 ilustra la efectividad de inhibidores de NMT sobre la linea de linfoma de célula de Burkitt Ramos en comparación con la linea de célula linfocítica B normal inmortalizada (IM9) después de 48 horas a diferentes concentraciones .
Ejemplo 6 En este ejemplo, la transfección de células de linfoma B de Ramos (que como se muestra en la presente, expresan NMT1) con NMT2 pcDN13.1-V5 incremento la supervivencia a TrisDBA (5 ug/ml) 2.5 veces versus células testigo transíectadas con vector de plásmido vacío. En la figura 6A-B, 20 x 10s células de linfoma B de Ramos fueron transíectadas con 32 pg de ADN (pcd DNA3.1-V5-vacio o pcDNA3.1-V5-NMT2) utilizando el sistema de transfección de Neón (Invitrogen) siguiendo el protocolo recomendado para la linea celular de Ramos (1.350 Volt, 30 ms) . Las células transfectadas fueron centrifugadas 5 minutos a 1200 rpm para remover las células muertas y los desechos celulares. Se permite que las células de sobrenadante se recuperen por 6 horas en RPMI completo. Después de un lavado de PBS, las células fueron resuspendidas y cultivadas en RPMI que contiene TrisDBA (5 ug/ml) por 24 horas, luego contadas utilizando el método de exclusión de azul de triptano (fig.6A) . Las células fueron sometidas a lisis y western blothing (ECL) fue efectuado para confirmar la expresión de NMT2 con anticuerpos contra NMT2 y GAPDH para control de carga (fig.6B) .
Ejemplo 7 En este ejemplo, la qRT-PCR fue efectuada con sondas de NMTl y NMT2 de Taqman utilizando una sonda 18S como testigo interno. La diferencia en el número de tiempos de ciclo (Act) fue calculada al restar el tiempo del ciclo (ct) en el cual se observa un incremento exponencial en la expresión del testigo interno 18S para cada tipo de célula del tiempo del ciclo de NMT, otra vez en un punto en donde se observa un incremento exponencial de la señal . Como se muestra en la tabla 1 a continuación, la proporción de expresión de NMT2 a NMTl es disminuida (hasta 60 veces) en líneas celulares de linfoma B. en tanto que no se desea estar limitados por la teoría, estos resultados pueden sugerir que una reducción en codificación de mAR para MT2 puede ser responsable por la reducción de niveles de proteína de MT2 determinados mediante Western blot .
Tabla 1 Todas las publicaciones, patentes y solicitudes de patentes mencionadas en esta especificación son indicadoras del nivel de habilidad de aquellos experimentados en el arte con el cual esta invención es concerniente y son incorporadas en la presente por referencia a la misma extensión como si cada publicación de patente o solicitud de patente individual fuera indica especifica e individualmente para ser incorporada por referencia.
La invención siendo así descrita, será obvia que la misma se puede hacer variar de muchas maneras . Tales variaciones no serán consideradas como una desviación del espíritu y alcance de la invención y todas de tales modificaciones como serian obvias para el experimentado en el arte se pretende que sean incluidas dentro del alcance de las siguientes reivindicaciones.

Claims (68)

REIVINDICACIONES
1. Un método de tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer deficiente de MT2, caracterizado porque comprende administrar a dicho sujeto un inhibidor de NMT.
2. El método de la reivindicación 1, caracterizado porque dicho inhibidor NMT es un inhibidor NMT1.
3. El método de la reivindicación 2, caracterizado porque dicho cáncer es un linfoma.
4. El método de la reivindicación 3, caracterizado porque dicho linfornas es un linfoma de célula B.
5. El método de la reivindicación 4 , caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
6. El método de la reivindicación 2, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido o un ácido nucleico.
7. El método de la reivindicación 6, caracterizado porque dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA o DDD85646 o un derivado de los mismos .
8. El método de la reivindicación 6, caracterizado porque dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal.
9. El método de la reivindicación 6, caracterizado porque dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shAR o una molécula de siARN.
10. El método de la reivindicación 1, caracterizado porque dicho sujeto es un sujeto humano.
11. El método de la reivindicación 1, caracterizado porque comprende además administrar un agente quimioterapéutico .
12. El método de la reivindicación 11, caracterizado porque dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOB, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP O EPOCH.
13. Un método de tratamiento de un sujeto que tiene cáncer caracterizado porque, comprende: a. medir una muestra del sujeto para determinar si la muestra es deficiente de NMT y b. administrar un inhibidor de NMT a dicho sujeto cuando la muestra es deficiente de NMT2.
14. El método de la reivindicación 13, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
15. El método de la reivindicación 14, caracterizado porque dicho cáncer es un linfoma.
16. El método de la reivindicación 15, caracterizado porque dicho linfoma es un linfoma de célula B.
17. El método de la reivindicación 16, caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
18. El método de la reivindicación 14, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido o un ácido nucleico.
19. El método de la reivindicación 6, caracterizado porque dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA o DDD85646 o un derivado de los mismos .
20. El método de la reivindicación 18, caracterizado porque dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal.
21. El método de la reivindicación 18, caracterizado porque dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shAR o una molécula de siARN.
22. El método de la reivindicación 13, caracterizado porque dicho sujeto es un sujeto humano.
23. El método de la reivindicación 13, caracterizado porque comprende además administrar un agente quimioterapéutica- .
24. El método de la reivindicación 23, caracterizado porque dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOB, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP o EPOCH .
25. El método de la reivindicación 13, caracterizado porque la medición de dicha muestra se lleve a cabo utilizando clasificación celular activada por fluorescencia cuantitativa, ensayo inmunoabsorbente enzima-enlazado, inmunohistoqulmica, inmunohistoquimica cuantitativa, transferencia de energía de resonancia de fluorescencia, transferencia de energía de resonancia de Forster, complementacion de fluorescencia biomolecular, espectrometría de masas, ensayo de inmunoabsorción ensayo de co-inmunoprecipitación .
26. Un kit para el tratamiento de cáncer en el tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer deficiente de NMT2, caracterizado porque comprende: un inhibidor de NMT e instrucciones para uso del mismo.
27. El kit de la reivindicación 26, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMTl .
28. El kit de la reivindicación 27, caracterizado porque dicho cáncer es un linfoma.
29. El kit de la reivindicación 28, caracterizado porque dicho linfoma es un linfoma de célula B.
30. El kit de la reivindicación 29, caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
31. El kit de la reivindicación 26, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido o un ácido nucleico.
32. El kit de la reivindicación 31, caracterizado porque dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA o DDD85646 o un derivado de los mismos.
33. El kit de la reivindicación 31, caracterizado porque dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal .
34. El kit de la reivindicación 31, caracterizado porque dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shARN o una molécula de siARN.
35. El kit de la reivindicación 26, caracterizado porque dicho sujeto es un sujeto humano.
36. El kit de la reivindicación 26, caracterizado porque comprende además administrar un agente quimioterapéutico .
37. El kit de la reivindicación 36, caracterizado porque dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOB, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBO , ACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP o EPOCH.
38. Un inhibidor de NMT caracterizado porque se usa para tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer de NMT2.
39. El uso de la reivindicación 38, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMTl.
40. El uso de la reivindicación 38, caracterizado porque dicho cáncer es un linfoma.
41. El uso de la reivindicación 40, caracterizado porque dicho linfoma es un linfoma de célula B.
42. El uso de la reivindicación 41, caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/Waldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
43. El uso de la reivindicación 38, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido o un ácido nucleico.
44. El uso de la reivindicación 43, caracterizado porque dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA o DDD85646 o un derivado de los mismos .
45. El uso de la reivindicación 43, caracterizado porque dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal .
46. El uso de la reivindicación 43, caracterizado porque dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shARN o una molécula de siAR .
47. El uso de la reivindicación 38, caracterizado porque dicho sujeto es un sujeto humano.
48. El uso de la reivindicación 38, caracterizado porque comprende además administrar un agente quimioterapéutico.
49. El uso de la reivindicación 48, caracterizado porque dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOB, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP O EPOCH .
50. Un inhibidor de NMT caracterizado porque se usa para la preparación de un medicamento para tratamiento de un sujeto que tiene un cáncer deficiente de NMT2.
51. El uso de la reivindicación 50, caracterizado porque dicho inhibidor de NMT es un inhibidor de NMT1.
52. El uso de la reivindicación 50, caracterizado porque dicho cáncer es un linfoma.
53. El método de la reivindicación 52, caracterizado porque dicho linfoma es un linfoma de célula B.
54. El método de la reivindicación 53, caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLL, inmunocitoma/ aldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
55. El uso de la reivindicación 50, caracterizado porque dicho inhibidor de MT es una molécula pequeña, un anticuerpo, un fragmento de péptido o un ácido nucleico.
56. El uso de la reivindicación 55, caracterizado porque dicha molécula pequeña es Tris-DBA, HMA o DDD85646 o un derivado de los mismos .
57. El uso de la reivindicación 55, caracterizado porque dicho anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o un anticuerpo policlonal.
58. El uso de la reivindicación 55, caracterizado porque dicho ácido nucleico comprende una molécula de dsARN, una molécula de ARNi, una molécula de miARN, un ribozima, una molécula de shARN o una molécula de siAR .
59. El método de la reivindicación 50, caracterizado porque dicho sujeto es un sujeto humano.
60. El uso de la reivindicación 50, caracterizado porque comprende además administrar un agente quimioterapéutico.
61. El uso de la reivindicación 60, caracterizado porque dicho agente quimioterapéutico es CHOP, GAP-BOB, m-BACOD, PrcMACE-MOPP, ProMA.CE-CytaBCM, MADOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLA.CE, NMIME, MINE, MTX-CHOP, CEM, CEVD, CAVP, EVAP O EPOCH.
62. NMT2 caracterizado porque se usa como marcador para uno o m s de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
63. El uso de miristoilación de proteína caracterizado porque se usa como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
64. El uso de acilación de proteína caracterizado porque se usa como marcador para uno o más de diagnosis, prognosis, clasificación o monitoreo de cáncer en un sujeto.
65. El uso de las reivindicaciones 62, 63 o 64, caracterizado porque dicho cáncer es linfoma.
66. El uso de la reivindicación 64, caracterizado porque dicho linfoma es linfoma de célula B.
67. El uso de la reivindicación 66, caracterizado porque dicho linfoma de célula B es linfoma folicular, linfoma de célula B grande difuso, linfoma de célula de manto, B-CLL/SLiL, inmunocitcma/Waldenstron, linfoma de célula B tipo MALT/monocitoide, linfoma de Burkitt, un linfoma pediátrico o linfoma de célula grande anaplásico.
68. El uso de la reivindicación 62, caracterizado porque dicho marcador es medido utilizando un ensayo seleccionado de inmunoensayos o detección de ácido nucleico o actividad de proteína.
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