KR20240119326A - 종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물 - Google Patents

종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물 Download PDF

Info

Publication number
KR20240119326A
KR20240119326A KR1020247023566A KR20247023566A KR20240119326A KR 20240119326 A KR20240119326 A KR 20240119326A KR 1020247023566 A KR1020247023566 A KR 1020247023566A KR 20247023566 A KR20247023566 A KR 20247023566A KR 20240119326 A KR20240119326 A KR 20240119326A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
tumor
agent
cells
microbiome
administering
Prior art date
Application number
KR1020247023566A
Other languages
English (en)
Inventor
라구 칼루리
Original Assignee
더 보드 오브 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 텍사스 시스템
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 더 보드 오브 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 텍사스 시스템 filed Critical 더 보드 오브 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 텍사스 시스템
Publication of KR20240119326A publication Critical patent/KR20240119326A/ko

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39541—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against normal tissues, cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/41—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having five-membered rings with two or more ring hetero atoms, at least one of which being nitrogen, e.g. tetrazole
    • A61K31/4164—1,3-Diazoles
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7028—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages
    • A61K31/7034—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin
    • A61K31/7036—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin having at least one amino group directly attached to the carbocyclic ring, e.g. streptomycin, gentamycin, amikacin, validamycin, fortimicins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7042—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings
    • A61K31/7048—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having oxygen as a ring hetero atom, e.g. leucoglucosan, hesperidin, erythromycin, nystatin, digitoxin or digoxin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • A61K38/14—Peptides containing saccharide radicals; Derivatives thereof, e.g. bleomycin, phleomycin, muramylpeptides or vancomycin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4613—Natural-killer cells [NK or NK-T]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2839—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the integrin superfamily
    • C07K16/2842—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the integrin superfamily against integrin beta1-subunit-containing molecules, e.g. CD29, CD49
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A61K2039/507—Comprising a combination of two or more separate antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 개시의 측면은 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법 및 조성물에 관한 것이다. 특정 측면은 종양 억제 마이크로바이옴의 촉진을 위해 종양 미세환경을 조작하는 방법 및 암의 치료 방법을 지시한다. 특정 측면은 면역요법 및 α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴할 수 있는 제제의 투여를 포함하는 암을 치료하는 방법을 포함한다.

Description

종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물
본 출원은, 이의 전문이 본원에 참조로서 포함되는 2021년 12월 15일에 출원된 미국 가출원 번호 63/289,805에 대한 이권을 주장한다.
발명의 배경
I. 발명의 분야
본 발명의 측면은 적어도 암 생물학, 미생물학, 및 의학 분야에 관한 것이다.
II. 배경
최근 연구는 장 및 종양 마이크로바이옴이 영향력이 강한 방식으로 종양 면역을 조절하는 역할을 할 수 있다는 관념을 제시한다 (1-5). 암의 제어에서 장 및 종양 마이크로바이옴의 정확한 역할을 지속적으로 탐구되고 있다. 암의 치료 및 관리, 뿐만 아니라 종양의 면역요법에 대한 감작화에서 종양-억제성 장 및/또는 종양 마이크로바이옴을 촉진하기 위한 방법 및 조성물의 필요성이 존재한다.
발명의 요지
본 개시는 종양 미세환경을 조작하여 종양 억제 마이크로바이옴을 촉진하기 위한 방법 및 조성물을 제공하여 암 의약 분야에서의 필요성을 수행한다. 따라서, 종양 미세환경을 조작할 수 있는 제제, 예를 들면, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경하는 방법을 본원에 기재한다. 일부 경우, 이러한 제제는 면역요법, 예를 들면, 면역 체크포인트 억제제와 병용하여 투여된다.
본 개시는 또한 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법, 장 마이크로바이옴을 변경시키는 방법, 종양 억제 마이크로바이옴을 촉진시키는 방법, 종양 미세환경을 조작하는 방법, 종양 미세환경을 치료하는 방법, 면역요법에 대한 반응을 개선시키는 방법, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 방법, 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스(Campylobacterales) 박테리아의 양을 증가시키는 방법, 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스(Bacteriodales) 박테리아의 양을 감소시키는 방법, 암을 치료하는 방법을 포함한다. 본 개시의 방법은 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6개 이상의 하기 단계를 포함할 수 있다: 종양 미세환경으로 제제를 투여하고, 장 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리하고, 장 마이크로바이옴에서 하나 이상의 박테리아를 검출하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 하나 이상의 박테리아를 검출하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 캄필로박테랄레스 박테리아를 정량화하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리오달레스 박테리아를 검출하고, 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리오달레스 박테리아를 정량화하고, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 혈관형성을 자극하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 혈관형성을 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 자극하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 자극하는 제제를 자극하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 억제하는 제제를 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 세포 대사를 자극하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 세포 대사를 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 활성화시키는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 종양 미세환경에서 세포외 매트릭스를 분해하는 제제를 대상자에게 투여하고, 림프계를 파괴하는 제제를 대상자에게 투여하고, 림프관형성을 자극하는 제제를 대상자에게 투여하고, 림프관형성을 억제하는 제제를 대상자에게 투여하고, 저산소증 상태를 감쇠시키는 제제를 대상자에게 투여하고, 저산소증 상태를 개선시키는 제제를 대상자에게 투여하고, 마크로파지 분극을 변형시키는 제제를 대상자에게 투여하고, 마크로파지 분화를 변형시키는 제제를 대상자에게 투여하고, 암 요법을 대상자에게 투여하고, 면역요법을 대상자에게 투여하고, 면역 체크포인트 억제제를 대상자에게 투여한다.
α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법이 본원에 개시된다. 또한 췌장 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은: (a) 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리하는 단계; 및 (b) 대상자에게: (i) α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제; 및 (ii) 면역요법의 유효량의 투여하는 단계를 포함한다. (a)는 (b) 전에 수행될 수 있다. (a)는 (b)에 후속하여 수행될 수 있다. 면역요법은 체크포인트 차단 요법을 포함할 수 있다. 체크포인트 차단 요법은 항-PD-1 항체를 포함할 수 있다. 체크포인트 차단 요법은 항-CTLA4 항체를 포함할 수 있다.
제제는 α3β1 인테그린에 결합하는 항체 또는 항체 단편일 수 있다. 제제는 α3β1 인테그린에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 폴리펩티드일 수 있다. 제제는 CAR 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함할 수 있고, 여기서, CAR 폴리펩티드는 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함한다. 제제는 α3β1 인테그린에 결합하는 항체 또는 항체 단편일 수 있다. 제제는 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드일 수 있다. 제제는 CAR 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함할 수 있고, 여기서, CAR 폴리펩티드는 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함한다. 세포는 T 세포, 자연 킬러 (NK) 세포, 면역 세포, 불변 자연 킬러 T (iNKT) 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포 중 하나 이상으로 추가로 정의될 수 있다. 세포는 NK 세포일 수 있다.
종양 미세환경에서 혈관형성을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 또한 종양 미세환경에서 혈관형성을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 또한 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 또한 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 또한 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 세포 대사를 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 세포 대사를 억제하는 제제를 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 활성화시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 세포외 매트릭스를 분해하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 제제는 프로테아제일 수 있다. 프로테아제는 매트릭스 메탈로프로테이나제일 수 있다. 종양 미세환경에서 세포-세포 부착을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 세포-세포 부착을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 기질 세포 신호전달을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에서 기질 세포 신호전달을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 림프계를 파괴하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 림프관형성을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 림프관형성을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 저산소증 상태를 감쇠시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 저산소증 상태를 개선시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 종양 미세환경에 마크로파지 분극을 변형시키는 제제의 유효량을 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다. 마크로파지 분화를 변형시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법을 개시한다.
제제는 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아의 양을 증가시키기 위해 효과적인 것일 수 있다. 제제는 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아의 양을 감소시키기 위해 효과적인 것일 수 있다. 상기 방법은 종양 미세환경으로 면역치료제를 투여함을 추가로 포함할 수 있다. 면역치료제는 체크포인트 차단 요법을 포함할 수 있다. 체크포인트 차단 요법은 항-PD-1 항체를 포함할 수 있다. 체크포인트 차단 요법은 항-CTLA4 항체를 포함할 수 있다. 종양 미세환경은 췌장 종양 미세환경일 수 있다. 상기 방법은 항생물질을 종양 미세환경으로 투여함을 추가로 포함할 수 있다. 상기 방법은 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리함을 추가로 포함할 수 있다. 박테리아는 제제를 투여하기 전에 종양 마이크로바이옴으로부터 단리될 수 있다. 박테리아는 제제의 투여 후 종양 마이크로바이옴으로부터 단리될 수 있다. 상기 방법은 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함할 수 있다. 캄필로박테랄레스 박테리아의 검출은 종양 마이크로바이옴으로부터 핵산을 서열분석함을 포함한다. 캄필로박테랄레스 박테리아는 제제를 투여하기 전에 검출될 수 있다. 캄필로박테랄레스 박테리아는 제제의 투여 후 검출될 수 있다. 상기 방법은 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함할 수 있다. 박테리오달레스 박테리아의 검출은 종양 마이크로바이옴으로부터 핵산을 서열분석함을 포함할 수 있다. 박테리오달레스 박테리아는 제제를 투여하기 전에 검출될 수 있다. 박테리오달레스 박테리아는 제제의 투여 후 검출될 수 있다.
본원 출원에 걸쳐서, 용어 "약"을 사용하여 값이 측정 또는 정량화 방법에 대해 내재하는 오차의 변동을 포함한다는 것을 나타낸다.
단어 하나("a" 또는 "an")의 사용은, 용어 "포함하는(comprising)"과 연관되어 사용되는 경우, "하나(one)"를 의미할 수 있지만, 또한 "하나 이상의", "적어도 하나", 및 "하나 초과"의 의미와 일치한다.
구문 "및/또는"은 "및" 또는 "또는"을 의미한다. 예시하기 위해, A, B, 및/또는 C는 다음을 포함한다: A 단독, B 단독, C 단독, A 및 B의 조합, A 및 C의 조합, B 및 C의 조합, 또는 A, B, 및 C의 조합. 다시 말해, "및/또는"은 포괄적인 것으로 작동된다.
단어 "포함하는(comprising)" (및 "포함한다(comprise)" 및 "포함한다(comprises)"와 같은 포함하는의 모든 형태), "갖는(having)" (및 "갖다(have)" 및 "갖다(has)"와 같은 갖는의 모든 형태), "포함하는(including)" (및 "포함한다(includes)" 및 "포함한다(include)"와 같은 포함하는의 모든 형태) 또는 "포함하는(containing)" (및 "포함한다(contains)" 및 "포함한다(contain)"와 같은 포함하는의 모든 형태)는 포괄적(inclusive) 또는 개방-말단(open-ended)이고, 추가로 나열되지 않은 성분 또는 방법 단계를 제외하지 않는다.
"개인", "대상자", 및 "환자"는 상호교환하여 사용되고, 할 수 있고, 사람 또는 비-사람을 언급할 수 있다.
이들의 용도를 위한 조성물 및 방법은 명세서를 통해 기재된 성분 또는 단계 중 어느 것을 "포함하거나", "이로 본질적으로 이루어지거나", 또는 "이로 이루어질 수 있다". 기재된 성분 또는 단계 중 어느 것"으로 본질적으로 이루어진" 조성물 및 방법은 청구된 발명의 기본적이고 신규한 특징에 실질적으로 영향을 주지 않는 특정된 물질 또는 단계로 청구항의 범위를 제한한다.
치료학적, 진단적, 또는 생리학적 목적 또는 효과의 맥락에서 임의의 방법은 또한 기재된 치료학적, 진단적, 또는 생리학적 목적 또는 효과를 성취 또는 수행하기 위한 본원에 논의된 임의의 화합물, 조성물, 또는 제제 "의 사용"과 같은 "용도" 청구항 언어로 기재될 수 있다.
본 명세서에 논의된 임의의 실시형태는 본 발명의 임의의 방법 또는 조성물에 대해 실행될 수 있거나, 그 반대일 수 있음을 고려한다. 추가로, 본 발명의 조성물은 본 발명의 방법을 성취하기 위해 사용될 수 있다.
본 발명의 다른 목적, 특징 또는 이점은 하기 상세한 설명로부터 분명해질 것이다. 그러나, 상세한 설명 및 구체적인 실시예가, 다양한 변화 및 개질이 본 발명의 취지 및 범위 내에 이러한 상세한 설명으로부터 당해 기술분야의 숙련가에게 명백할 것이기 때문에, 본 발명의 구체적인 실시형태를 지시하면서, 단지 예시로 제공된다는 것을 이해하여야 한다.
하기 도면은 본 명세서의 부분을 형성하고, 본 발명의 특정한 측면을 추가로 나타내기 위해 포함된다. 본 발명은 본원에 제시된 특정한 실시형태의 상세한 설명과 함께 하나 이상의 이들 도면을 참조하여 더 잘 이해할 수 있다.
도 1a-1h는 암 세포에서 Col1 동종삼량체 결실이 유리한 종양 마이크로바이옴 및 면역 조경을 부여함을 입증하는 결과를 나타낸다. 도 1a는 KPPC 마우스, KPPC;Col1pdxKO 마우스, 또는 야생형 (무-종양) 한배 새끼(littermate) 대조군 마우스로부터 종양내 마이크로바이옴 및 장 (대변) 마이크로바이옴의 박테리아 16S rRNA 유전자 서열분석을 나타낸다. 서열은 목 수준의 분류체계에 의해 분류되었다. 도 1b는 KPPC 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스 (그룹당 n = 5)로부터 종양 섹션의 하이폭시프로브/피모니다졸 면역조직화학 염색 및 양성 정량화의 대표적인 이미지를 나타낸다. 기준자: 100 μm. ** P < 0.01. 도 1c는 16S rRNA 유전자 qRT-PCR 분석에 의해 췌장 조직 샘플 및 대변 샘플에서 총 박테리아 DNA 함량의 평가를 나타낸다. 췌장 조직 (췌장 종양 또는 정상 췌장으로서) 샘플 및 대변 샘플을 광역-스펙트럼 항생물질 또는 비히클 중 어느 하나로 처리한, KPPC 마우스 및 건강한 (무-종양) 한배 새끼로부터 수집하였다. 도 1d는 항생물질 처리되거나 처리되지 않은 KPPC 마우스 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스의 종양에서 CD11b+Gr1+ 골수 세포, CD3+ T 세포, CD4+/CD3+ T 세포, 및 CD8+/CD3+ T 세포의 면역 프로파일링 검정을 나타낸다 (그룹당 n = 4). 도 1e는 광역-스펙트럼 항생물질 (ABX) 처리한 KPPC 마우스, KPPC;Col1pdxKO 마우스, 또는 야생형 (무-종양) 한배 새끼 대조군 마우스로부터 대변 샘플 (장 마이크로바이옴)의 박테리아 16S rRNA 유전자 서열분석을 나타낸다. 서열은 목 수준의 분류체계에 의해 분류되었다. 도 1f는, 비처리된 KPPC;Col1pdxKO 마우스와 비교하여, 광역-스펙트럼 항생물질 처리된 KPPC 마우스 (n = 20) 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스 (n = 28)의 전반적 생존을 나타낸다. 도 1g 및 1h는, 벌크 RNA 서열분석 (RNA-seq) 데이터를 기초로 하여, KPPC 종양 (n = 4)과 비교하여, KPPC;Col1pdxKO 종양 (n = 5)에서 인터페론 반응 경로 유전자의 유의하게 상향조절된 발현을 나타낸다 (도 1g). 유의하게 상향조절된 인터페론 경로를 나타내는 GSEA를 (도 1h)에 나타내었다. * P < 0.05, ** P < 0.01, **** P < 0.0001, NS: 유의하지 않음.
도 2a-2f는 KPPC 마우스 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스로부터 종양내 마이크로바이옴 조성물의 박테리아 16S rRNA 유전자 서열분석을 나타낸다. 서열은 문 (도 2a), 강 (도 2b), 목 (도 2c), 과 (도 2d), 속 (도 2e), 및 종 수준 (도 2f)의 분류체계에 의해 분류되었다.
도 3a-3g는 KPPC 마우스 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스의 대변 샘플로부터 장 마이크로바이옴 조성물의 박테리아 16S rRNA 유전자 서열분석을 나타낸다. 서열은 문 (도 3a), 강 (도 3b), 목 (도 3c), 과 (도 3d), 속 (도 3e), 및 종 (도 3f) 수준의 분류체계에 의해 분류되었다. (도 3g)는 유전자 세트 풍부 분석 (GSEA)이 벌크 RNA-seq 분석을 기초로 하여, 연령-매칭된 (53 일) 마우스로부터 KPPC 종양 (n = 4)과 비교하여, KPPC;Col1pdxKO 종양 (n = 5)에서 유의하게 상향조절된 산화 인산화 (OXPHOS) 및 혈관형성 경로를 나타낸다는 것을 나타낸다.
도 4a-4g는 광역-스펙트럼 항생물질 (ABX)로 처리된 KPPC 마우스 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스의 대변 샘플로부터 장 마이크로바이옴 조성물의 박테리아 16S rRNA 유전자 서열분석을 나타낸다. 서열은 문 (도 4a), 강 (도 4b), 목 (도 4c), 과 (도 4d), 속 (도 4e), 및 종 (도 4f) 수준의 분류체계에 의해 분류되었다. (도 4g)는 광역-스펙트럼 항생물질 처리된 KPPC 마우스 (n = 20) 및 비처리된 KPPC 마우스 (n = 27) 간의 전반적 생존의 비교를 나타낸다. NS: 유의하지 않음.
발명의 상세한 설명
본 개시는, 적어도 부분적으로, 종양 미세환경의 조작이, 암-촉진 마이크로바이옴을 종양-억제 마이크로바이옴 (예를 들면, 캄필로박테랄레스 박테리아의 증가; 박테리오달레스 박테리아의 감소)으로 전환시켜, 이에 의해 암에 대한 면역 반응을 향상시키고, 암을 면역요법에 대해 감작화하는 것을 야기할 수 있다는 놀라운 발견을 기반으로 한다. 본원에 기재된 바와 같이, 하나의 예로서, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용의 파괴는 종양 마이크로바이옴을 더 많은 종양-억제 구성으로 변경시키고, 이에 의해 암 (예를 들면, 췌장 암, 예를 들면, PDAC)에 대해 대상자를 치료할 수 있다. 또한 면역요법 (예를 들면, 체크포인트 차단 요법) 및 종양 미세환경을 변형시키는 제제 (예를 들면, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제)을 투여하여 종양 마이크로바이옴을 변겅시킴을 포함하는 치료학적 방법을 개시한다. 추가로 종양 환경을 조작함 (예를 들면, 혈관형성, 상피에서 중간엽으로 전이 프로그램, 주위세포, 대사, 섬유모세포, 세포외 매트릭스, 세포 부착, 기질 신호전달 등)을 포함하는 종양 마이크로바이옴을 변형하는 다양한 방법을 기재한다.
I. 마이크로바이옴을 변경시키는 종양 미세환경의 조작
본 개시의 측면은 종양 미세환경을 조작하여 대상자의 마이크로바이옴 (예를 들면, 장 마이크로바이옴 또는 종양 마이크로바이옴)을 변경시키는 방법 및 조성물을 지시한다. "마이크로바이옴을 변경시킴"은 마이크로바이옴의 구성의 임의의 변화, 예를 들면, 마이크로바이옴에서 하나 이상의 박테리아 유형 (예를 들면, 종, 속 등)의 증가 또는 감소 또는 박테리아 총량의 증가 또는 감소를 기술한다. 종양 마이크로바이옴의 특정 측면은, 예를 들면, 미국 특허 출원 공보 번호 US 2020/0129569 A1에 기재되어 있고, 이의 전문이 본원에 참조로서 도입된다.
"종양 미세환경의 조작"은, 종양 미세환경의 조성, 구조, 또는 기능의 변화를 포함하는, 종양 미세환경의 구성을 임의로 변화시킴을 기술한다. 이러한 변화는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 증가 또는 감소된 혈관화, 증가 또는 감소된 세포외 매트릭스, 세포외 매트릭스 단백질의 유형의 변화 (예를 들면, 콜라겐, 피브로넥틴, 테나신, 엘라스틴, 라미닌 등), 종양 미세환경으로부터 신호전달 강도의 증가 또는 감소 (예를 들면, 콜라겐/인테그린 신호전달, 예를 들면, α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 / α3β1 인테그린 신호전달, 피브로넥틴/인테그린 신호전달, 라미닌/인테그린 신호전달 등), 및 종양 미세환경에서 하나 이상의 유형의 세포의 증가 또는 감소된 수 (예를 들면, 기질 세포, 섬유모세포, 내피 세포, 면역 세포, 주위세포 등)를 포함한다.
종양 미세환경은 세포, 가용성 인자, 신호전달 분자, 세포외 매트릭스 성분, 혈관, 및 종양을 둘러싸고 이에 영향을 미치는 다른 성분을 포함한다. 종양 미세환경의 측면은, 예를 들면, 문헌[참조: Hinshaw DC, Shevde LA. Cancer Res. 2019;79(18):4557-4566 and Hanash S, Schliekelman M. Genome Med. 2014;6(2):12. Published 2014 Feb 27]에 기재되고, 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다. 이들 종양 미세환경 성분 중 어느 하나 이상을 표적화하는 제제는 장 및/또는 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 조성물 및 방법에 사용하기 위해 본원에 고려된다. 이러한 제제는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 인테그린 단백질 및 피브로넥틴 단백질 간의 상호작용을 파괴하는 제제, 인테그린 단백질 및 라미닌 단백질 간의 상호작용을 파괴하는 제제, 인테그린 단백질 및 콜라겐 단백질 간의 상호작용을 파괴하는 제제, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제, 혈관형성을 자극하는 제제, 혈관형성을 억제하는 제제, 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 자극하는 제제, 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 억제하는 제제, 주위세포 증식을 자극하는 제제, 주위세포 증식을 억제하는 제제, 세포 대사를 자극하는 제제, 세포 대사를 억제하는 제제, 섬유모세포 증식을 활성화하는 제제, 섬유모세포 증식을 억제하는 제제, 세포외 매트릭스를 분해하는 제제 (예를 들면, 매트릭스 메탈로프로테이나제 또는 다른 효소), 세포-세포 부착을 자극하는 제제, 세포-세포 부착을 억제하는 제제, 기질 세포 신호전달을 자극하는 제제, 종양 미세환경에서 기질 세포 신호전달을 억제하는 제제, 림프계를 파괴하는 제제, 림프관형성을 자극하는 제제, 림프관형성을 억제하는 제제, 저산소증 상태를 감쇠시키는 제제, 저산소증 상태를 향상시키는 제제, 마크로파지 분극을 변형시키는 제제, 및 마크로파지 분화를 변형시키는 제제를 포함한다. 종양 미세환경을 표적화하는 제제의 예시 유형은 항체 (예를 들면, 항-α3β1 인테그린 항체, 항- α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 항체), 항체 단편, 항체-유사 분자, 폴리펩티드, 올리고뉴클레오티드 (예를 들면, 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNAs 등), 키메라 항원 수용체 (CARs), CAR T 세포, CAR NK 세포, 및 소 분자 (예를 들면, 인테그린-결합 분자)를 포함한다. 종양 미세환경의 표적화시 유용할 수 있는 특정한 예시적인 제제는 PCT 특허 출원 공보 번호 WO 2020/257296 및 WO 2020/081714에 기재되어 있고, 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
본원에 사용된, 2개의 분자 사이의 "상호작용을 파괴하는" 제제는 2개의 분자 간의 결합 상호작용을 감소시킬 수 있다. 예를 들면, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제는 이들 2개의 분자 사이의 결합을 감소시킬 수 있고, 이에 의해 결과적으로 신호전달을 감소시킨다. 2개의 분자 사이의 상호작용을 파괴하는 제제의 능력은, 예를 들면, 다양한 결합 검정, 예를 들면, ELISA를 포함하는, 당해 기술분야에서 인정된 다양한 수단으로 용이하게 검출 또는 측정될 수 있다. 본원에 고려된 특정한 예시적인 결합 검정은 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된 문헌에 기재된 것들을 포함한다 [참조: Pollard TD. Mol Biol Cell. 2010;21(23):4061-4067 and Hunter SA, Cochran JR. Methods Enzymol. 2016;580:21-44]. 상호작용을 파괴하는 제제의 능력은 또한, 예를 들면, 2개의 분자, 예를 들면, 세포 표면 수용체 및 리간드의 상호작용으로부터 야기되는 세포 신호전달의 감소를 측정하여 측정할 수 있다.
II. 암 요법
일부 측면에서, 개시된 방법은 대상자 또는 환자에게 암 요법을 투여함을 포함한다. 암 요법은 대상자에 대해 계산된 임상적 위험 스코어와 함께 또는 발현 수준 측정치 단독을 기초로 하여 선택될 수 있다. 일부 측면에서, 암 요법은 국소 암 요법을 포함한다. 일부 측면에서, 암 요법은 전신 암 요법을 제외한다. 일부 측면에서, 암 요법은 국소 요법을 제외한다. 일부 측면에서, 암 요법은 전신 암 요법의 투여 없이 국소 암 요법을 포함한다. 일부 측면에서, 암 요법은 체크포인트 억제제 요법일 수 있는 면역요법을 포함한다. 이들 암 요법 중 어느 것은 또한 제외될 수 있다. 이들 요법의 병용이 또한 투여될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "암"은 고형 종양, 전이 암, 또는 비-전이 암을 기술하기 위해 사용할 수 있다. 특정 측면에서, 암은 방광, 혈액, 뼈, 골수, 뇌, 유방, 결장, 식도, 십이지장, 소장, 대장, 결장, 직장, 항문, 잇몸, 머리, 신장, 간, 폐, 비인두, 목, 난소, 췌장, 전립선, 피부, 위, 고환, 혀, 또는 자궁에서 비롯될 수 있다. 일부 측면에서, 암은 I기 암이다. 일부 측면에서, 암은 II기 암이다. 일부 측면에서, 암은 III기 암이다. 일부 측면에서, 암은 IV기 암이다.
암은 특히, 이들로 제한되는 것을 아니지만, 하기 조직학적 유형의 암일 수 있다: 신생물, 악성; 암종; 암종, 미분화; 거대 및 방추 세포 암종; 소세포 암종; 유두모양 암종; 편평 세포 암종; 림프상피 암종; 기저 세포 암종; 모발기질 암종; 이행세포 암종; 유두모양 이행세포 암종; 샘암종; 가스트린종, 악성; 담관암종; 간세포 암종; 조합된 간세포 암종 및 담관암종; 소주상 샘암종; 샘낭 암종; 샘종폴립에서 샘암종; 샘암종, 가족성폴립증 대장; 고형 암종; 카르시노이드 종양, 악성; 아가미-폐포 샘암종; 유두모양 샘암종; 혐색소성 암종; 호산 암종; 호산세포 샘암종; 호염기 암종; 투명 세포 샘암종; 과립 세포 암종; 소포 샘암종; 유두모양 및 소포 샘암종; 비캡슐화 경화 암종; 부신피질 암종; 자궁내막 암종; 피부 부속기 암종; 아포크린 샘암종; 피부기름 샘암종; 귀지샘 샘암종; 점막표피모양 암종; 낭샘암종; 유두모양 낭샘암종; 유두모양 장액 낭샘암종; 점액 낭샘암종; 점액 샘암종; 반지 세포 암종; 침윤 관 암종; 수질성 암종; 소엽 암종; 염증 암종; 파제트병, 유방; 샘꽈리 세포 암종; 선편평상피 암종; 샘암종 w/편평상피 화생; 가슴샘, 악성; 난소 기질 종양, 악성; 난포막종, 악성; 과립층 세포 종양, 악성; 남성모세포종, 악성; 세르톨리 세포 암종; 라이디히 세포 종양, 악성; 지질 세포 종양, 악성; 곁신경절종, 악성; 유방-외 곁신경절종, 악성; 크롬친화세포종; 사구맥관육종; 악성 흑색종; 멜라닌결핍 흑색종; 표재확산 흑색종; 거대색소모반에서 악성 흑색종; 상피모양 세포 흑색종; 청색모반, 악성; 육종; 섬유육종; 섬유조직구종, 악성; 점액 육종; 지방육종; 평활근육종; 횡문근육종; 배아 횡문근육종; 폐포 횡문근육종; 기질 육종; 혼합 종양, 악성; 뮐러리안 혼합 종양; 신장모세포종; 간모세포종; 암육종; 중간엽종, 악성; 브레너 종양, 악성; 엽상 종양, 악성; 윤활막 육종; 중피종, 악성; 이상종자세포종; 배아 암종; 기형종, 악성; 난소 갑상샘종, 악성; 융모막종; 중신종, 악성; 혈관육종; 혈관내피종, 악성; 카포시 육종; 혈관주위세포종, 악성; 림프관육종; 골육종; 피질주위 골육종; 연골육종; 연골모세포종, 악성; 중간엽 연골육종; 뼈의 거대 세포 종양; 유잉 육종; 치원성 종양, 악성; 사기질 치아육육종(odontosarcoma); 사기질모세포종, 악성; 사기질 섬유육종; 송과체종, 악성; 척삭종; 신경아교종, 악성; 뇌실막종; 별아교세포종; 원형질 별아교세포종; 원섬유 별아교세포종; 별아교모세포종; 아교모세포종; 희소돌기아교세포종; 희소돌기아교모세포종; 원시신경외배엽; 소뇌 육종; 신경절신경모세포종; 신경모세포종; 망막모세포종; 후신경원성 종양; 수막종, 악성; 신경섬유육종; 신경집종, 악성; 과립 세포 종양, 악성; 악성 림프종; 호지킨병; 호지킨; 파라육아종; 악성 림프종, 소 림프구; 악성 림프종, 큰세포, 미만성; 악성 림프종, 소포; 균상식육종; 다른 특정된 비-호지킨 림프종; 악성 조직구증; 다중 골수종; 비만세포 육종; 면역증식 소장 질환; 백혈병; 림프구 백혈병; 형질세포 백혈병; 적백혈병; 림프육종 세포 백혈병; 골수 백혈병; 호염기 백혈병; 호산구 백혈병; 단핵구 백혈병; 비만세포 백혈병; 거핵아구성 백혈병; 골수 육종; 및 털모양 세포 백혈병.
일부 측면에서, 췌장에서 비롯된 암을 치료하는 방법이 기재된다. 일부 측면에서, 췌장관 샘암종 (PDAC)를 치료하는 방법이 기재된다.
상기 방법은 적합한 암 "관리 용법"의 측정, 투여, 또는 선택 및 이의 결과의 예측을 수반할 수 있다. 본원에 사용된 문구 "관리 용법"은 이를 필요로 하는 대상자 (예를 들면, 암을 갖는 것으로 진단된 대상자)에게 제공되는 검사, 선별, 진단, 감시, 치료, 및 처치 (예를 들면, 치료제의 투여량, 일정 및/또는 기간)의 유형을 특정하는 관리 계획을 언급한다.
A. 방사선요법
일부 측면에서, 방사선요법, 예를 들면, 이온화 방사선은, 대상자에게 투여된다. 본원에 사용된 "이온화 방사선"은 충분한 에너지를 갖거나 핵 상호작용을 통해 충분한 에너지를 생성할 수 있어서 이온화 (전자 획득 또는 손실)를 발생시키는 입자 또는 광자를 포함하는 방사선을 의미한다. 이온화 방사선의 비-제한적인 예는 x-방사선이다. x-방사선을 표적 조직 또는 세포에 전달하는 수단은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다.
일부 측면에서, 방사선요법은 외부 방사선요법, 내부 방사선요법, 방사선면역요법, 또는 수술중 방사선 요법 (IORT)을 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 외부 방사선요법은 3-차원 입체조형 방사선 요법 (3D-CRT), 강도 조절 방사선 요법 (IMRT), 양성자 빔 요법, 이미지-가이드 방사선 요법 (IGRT), 또는 입체적 방사선 요법을 포함한다. 일부 측면에서, 내부 방사선요법은 사이질 근접치료, 강내 근접치료, 또는 관내 방사선 요법을 포함한다. 일부 측면에서, 방사선요법은 원발 종양에 투여된다.
일부 측면에서, 이온화 방사선의 양은 20 Gy 초과이고, 하나의 용량으로 투여된다. 일부 측면에서, 이온화 방사선의 양은 18 Gy이고, 3회 용량으로 투여된다. 일부 측면에서, 이온화 방사선의 양은 적어도, 최대, 또는 정확히 0.5, 1, 2, 4, 6, 8, 10, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 18, 19, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 또는 60 Gy (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이다. 일부 측면에서, 이온화 방사선은 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)으로 투여된다. 하나 초과의 용량이 투여되는 경우, 용량은 약 1, 4, 8, 12, 또는 24 시간 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8 일 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 또는 16 주 간격, 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위일일 수 있다.
일부 측면에서, 대상자에게 투여되는 방사선요법의 양은 방사선요법의 총 용량으로서 존재할 수 있고, 이에 분획된 용량으로 투여된다. 예를 들면, 일부 측면에서, 총 용량은 각각 5 Gy의 10 회 분획된 용량으로 투여되는 50 Gy이다. 일부 측면에서, 총 용량은 각각 2-3 Gy의 20-60 회 분획된 용량으로 투여되는 50-90 Gy이다. 일부 측면에서, 방사선의 총 용량은 적어도, 최대, 또는 약 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40,41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 125, 130, 135, 140, 또는 150 Gy (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이다. 일부 측면에서, 총 용량은 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50 Gy의 분획된 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)으로 투여된다. 일부 측면에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40,41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 또는 100 회 분획된 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이 투여된다. 일부 측면에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위) 회 분획된 용량은 1일당 투여된다. 일부 측면에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위) 회 분획된 용량은 1주당 투여된다.
B. 암 면역요법
일부 측면에서, 상기 방법은 암 면역요법의 투여를 포함한다. 암 면역요법 (때때로 면역-종양학으로 언급되고, IO로 축약됨)은 암을 치료하기 위한 면역체계의 이용이다. 면역요법은, 일부 경우, 능동, 수동 또는 하이브리드 (능동 및 수동)로서 범주화될 수 있다. 이들 접근법은 암 세포가 종종 종양-회합된 항원(TAAs)으로 공지된 면역체계에 의해 검출될 수 있는 이들의 표면 상 분자를 갖는다는 사실을 이용하고; 이들은 다른 단백질 또는 다른 거대분자 (예를 들면 탄수화물)이다. 능등 면역요법은 TAAs를 표적화하여 종양 세포를 공격하는 면역체계를 지시한다. 수동 면역요법은 존재하는 항-종양 반응을 향상시키고, 단클론성 항체, 림프구 및 사이토킨의 용도를 포함한다. 다양한 면역요법은 당해 기술분야에 공지되어 있고, 특정 예를 하기에 기재된다.
1. 체크포인트 억제제 및 병용 치료
본 개시의 측면은 면역 체크포인트 억제제의 투여를 포함할 수 있고, 이의 예는 하기에 추가로 기재되어 있다. 본원에 개시된 "체크포인트 억제제 요법" (또한 "면역 체크포인트 차단 요법", "면역 체크포인트 요법", "ICT", "체크포인트 차단 면역요법", "체크포인트 차단 요법", 또는 "CBI")은, 하나 이상의 면역 체크포인트 억제제를 암을 앓고 있거나 암을 갖는 것으로 의심되는 대상자에게 제공함을 포함하는 암 요법을 언급한다.
a. PD-1, PDL1, 및 PDL2 억제제
PD-1은 종양 미세 환경에서 작용할 수 있고, 여기서, T 세포는 감염 또는 종양을 접한다. 활성화된 T 세포는 PD-1를 상향조절하고, 말초 조직에서 계속 발현한다. 사이토킨, 예를 들면, IFN-감마는 상피 세포 및 종양 세포에서 PDL1의 발현을 유도한다. PDL2는 마크로파지 및 수지 세포에서 발현된다. PD-1의 주요한 역할은 주변에서 이펙터 T 세포의 활성을 제한하고, 면역 반응 동안 조직에 대한 과도한 손상을 방지하는 것이다. 개시된 억제제는 PD-1 및/또는 PDL1 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
"PD-1"에 대한 대안적인 명칭은 CD279 및 SLEB2를 포함한다. "PDL1"에 대한 대안적인 명칭은 B7-H1, B7-4, CD274, 및 B7-H를 포함한다. "PDL2"에 대한 대안적인 명칭은 B7-DC, Btdc, 및 CD273을 포함한다. 일부 측면에서, PD-1, PDL1, 및 PDL2는 사람 PD-1, PDL1 및 PDL2이다.
일부 측면에서, PD-1 억제제는 이의 리간드 결합 파트너에 대한 PD-1의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PD-1 리간드 결합 파트너는 PDL1 및/또는 PDL2이다. 또다른 측면에서, PDL1 억제제는 이의 결합 파트너에 대한 PDL1의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PDL1 결합 파트너는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 또다른 측면에서, PDL2 억제제는 이의 결합 파트너에 대한 PDL2의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PDL2 결합 파트너는 PD-1이다. 억제제는 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드일 수 있다. 예시적인 항체는 미국 특허 번호 8,735,553, 8,354,509, 및 8,008,449에 기재되어 있고, 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다. 본원에 제공된 방법 및 조성물에서 사용하기 위한 다른 PD-1 억제제는 당해 기술분야에 공지되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 출원 번호 US2014/0294898, US2014/022021, 및 US2011/0008369에 기재되어 있고, 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다.
일부 측면에서, PD-1 억제제는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 측면에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 및 피딜리주맙으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다. 일부 측면에서, PD-1 억제제는 면역접착제, 예를 들면, 불변 영역 (예를 들면, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PDL1 또는 PDL2의 세포외 또는 PD-1 결합 부분을 포함하는 면역접착제이다. 일부 측면에서, PDL1 억제제는 AMP- 224를 포함한다. 또한 MDX-1106-04, MDX-1106, ONO-4538, BMS-936558, 및 OPDIVO®로서 공지된 니볼루맙은, WO2006/121168에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 MK-3475, Merck 3475, 람브롤리주맙, KEYTRUDA®, 및 SCH-900475로서 공지된 펨브롤리주맙은, WO2009/114335에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 CT-011, hBAT, 또는 hBAT-1로서 공지된 피딜리주맙은, WO2009/101611에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 B7-DCIg로서 공지된 AMP-224는, WO2010/027827 및 WO2011/066342에 기재된 PDL2-Fc 융합 가용성 수용체이다. 추가 PD-1 억제제는 또한 AMP-514, 및 REGN2810로서 공지된 MEDI0680를 포함한다.
일부 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 PDL1 억제제, 예를 들면, 또한 MEDI4736로서 공지된 두르발루맙, 또한 MPDL3280A로서 공지된 아테졸리주맙, 또한 MSB00010118C, MDX-1105, BMS-936559로서 공지된 아벨루맙, 또는 이의 조합이다. 특정 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 PDL2 억제제, 예를 들면, rHIgM12B7이다.
일부 측면에서, 억제제는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 중쇄 및 경쇄 CDR 또는 VR을 포함한다. 따라서, 하나의 측면에서, 억제제는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인, 및 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 측면에서, 항체는 상기-언급된 항체와 PD-1, PDL1, 또는 PDL2 상 동일한 에피토프에 대한 결합을 위해 경쟁하고/하거나 이에 결합한다. 또다른 측면에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
b. CTLA-4, B7-1, 및 B7-2
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 세포독성 T-림프구-회합된 단백질 4 (CTLA-4)이고, 또한 CD152로 공지되어 있다. 사람 CTLA-4의 완전한 cDNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 L15006을 갖는다. CTLA-4는 T 세포의 표면 상에서 발견되고, 항원-제시 세포의 표면 상 B7-1 (CD80) 또는 B7-2 (CD86)에 결합되는 경우 "오프" 스위치로서 작용한다. CTLA4는, 헬퍼 T 세포의 표면 상에 발현되고, T 세포에 억제 신호를 전달하는 면역글로불린 상과의 구성원이다. CTLA4는 T-세포 공-자극성 단백질, CD28과 유사하고, 둘 다의 분자는 항원-제시 세포 상 B7-1 및 B7-2에 결합한다. CTLA-4는 억제 신호를 T 세포에 전달하지만, CD28은 자극성 신호를 전달한다. 세포내 CTLA-4는 또한 조절 T 세포에서 발견되고, 이들의 기능에서 중요할 수 있다. T 세포 수용체 및 CD28을 통한 T 세포 활성화는 CTLA-4, B7 분자에 대한 억제 수용체의 증가된 발현을 야기한다. 본 개시의 억제제는 CTLA-4, B7-1, 및/또는 B7-2 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다. 일부 측면에서, 억제제는 CTLA-4 및 B7-1 상호작용을 차단한다. 일부 측면에서, 억제제는 CTLA-4 및 B7-2 상호작용을 차단한다.
일부 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-CTLA-4 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에서 사용하기 위해 적합한 항-사람-CTLA-4 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술에서 인정된 항-CTLA-4 항체를 사용할 수 있다. 예를 들면, US 8,119,129, WO 01/14424, WO 98/42752; WO 00/37504 (CP675,206, 또한 트레멜리무맙; 이전 티실리무맙으로서 공지됨), 미국 특허 번호 6,207,156; 문헌 [참조: Hurwitz et al., 1998]에 기재된 항-CTLA-4 항체는; 본원에 개시된 방법에서 사용할 수 있다. 상기한 공보 각각의 교시는 본원에 참조로서 포함된다. CTLA-4에 결합하기 위해 이들 당해 기술 분야에서 인정되는 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체는 또한 사용할 수 있다. 예를 들면, 사람화 CTLA-4 항체는 국제 특허 출원 번호 WO2001/014424, WO2000/037504, 및 미국 특허 번호 8,017,114에 기재되어 있고; 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다.
본 개시의 방법 및 조성물에서 체크포인트 억제제로서 유용한 추가의 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 (또한 10D1, MDX- 010, MDX- 101, 및 Yervoy®로서 공지됨) 또는 이의 항원 결합 단편 및 변종 (예를 들면, W01/14424 참조)이다.
일부 측면에서, 억제제는 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 중쇄 및 경쇄 CDR 또는 VR을 포함한다. 따라서, 하나의 측면에서, 억제제는 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인, 및 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 측면에서, 항체는 상기-언급된 항체와 PD-1, B7-1, 또는 B7-2 상 동일한 에피토프에 대한 결합을 위해 경쟁하고/하거나 이에 결합한다. 또다른 측면에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
c. LAG3
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 림프구-활성화 유전자 3 (LAG3)이고, 또한 CD223 및 림프구 활성화로서 공지되어 있다3. 사람 LAG3의 완전한 mRNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 NM_002286을 갖는다. LAG3은 활성화된 T 세포, 천연 킬러 세포, B 세포, 및 형질세포양 수지상 세포의 표면 상 발견되는 면역글로불린 상과의 구성원이다. LAG3의 주요 리간드는 MHC 클래스 II이고, CTLA-4 및 PD-1과 유사한 방식으로 T 세포의 세포 증식, 활성화, 및 항상성을 음성적으로 조절하고, Treg 억압 기능에서 역할을 하는 것으로 보고되었다. LAG3은 또한 면역허용원 상태에서 CD8+ T 세포를 유지하는 것을 돕고, PD-1와 함께 작동하여, 만성 바이러스 감염 동안 CD8 고갈을 유지하는 것을 돕는다. LAG3은 또한 수지상 세포의 성숙 및 활성화에 연관된 것으로 공지되어 있다. 본 개시의 억제제는 LAG3 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
일부 실시형태에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-LAG3 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에 유용하게 사용하기 위해 적합한 항-사람-LAG3 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술에서 인정된 항-LAG3 항체는 사용할 수 있다. 예를 들면, 항-LAG3 항체는 하기를 포함할 수 있다: GSK2837781, IMP321, FS-118, Sym022, TSR-033, MGD013, BI754111, AVA-017, 또는 GSK2831781. 하기에 개시된 항-LAG3 항체: US 9,505,839 (BMS-986016, 또한 렐라트리맙로서 공지됨); US 10,711,060 (IMP-701, 또한 LAG525로서 공지됨); US 9,244,059 (IMP731, 또한 H5L7BW로서 공지됨); US 10,344,089 (25F7, 또한 LAG3.1로서 공지됨); WO 2016/028672 (MK-4280, 또한 28G-10로서 공지됨); WO 2017/019894 (BAP050); Burova E., et al., J. ImmunoTherapy Cancer, 2016; 4(Supp. 1):P195 (REGN3767); Yu, X., et al., mAbs, 2019; 11:6 (LBL-007)는 본원에 개시된 방법에서 사용될 수 있다. 청구된 개시에서 유용한 이들 및 다른 항-LAG-3 항체는, 예를 들면 하기에서 발견될 수 있다: WO 2016/028672, WO 2017/106129, WO 2017062888, WO 2009/044273, WO 2018/069500, WO 2016/126858, WO 2014/179664, WO 2016/200782, WO 2015/200119, WO 2017/019846, WO 2017/198741, WO 2017/220555, WO 2017/220569, WO 2018/071500, WO 2017/015560; WO 2017/025498, WO 2017/087589, WO 2017/087901, WO 2018/083087, WO 2017/149143, WO 2017/219995, US 2017/0260271, WO 2017/086367, WO 2017/086419, WO 2018/034227, 및 WO 2014/140180. 상기 언급된 공보 각각의 교시는 참조로서 본원에 도입된다. LAG3에 대한 결합에 대해 이들 기술분야에-인식된 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체가 또한 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 억제제는 항-LAG3 항체의 중쇄 및 경쇄 CDR 또는 VR를 포함한다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 억제제는 항-LAG3 항체의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인을 포함하고, 항-LAG3 항체의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
d. TIM-3
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 T-세포 면역글로불린 및 뮤신-도메인 함유-3 (TIM-3)이고, 또한 A형 간염 바이러스 세포 수용체 2 (HAVCR2) 및 CD366로서 공지된다. 사람 TIM-3의 완전한 mRNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 NM_032782를 갖는다. TIM-3은 표면 IFNγ-생성 CD4+ Th1 및 CD8+ Tc1 세포 상에서 발견된다. TIM-3의 세포외 영역은 막 원위 단일 가변 면역글로불린 도메인 (IgV) 및 막에 더 가까이 위치한 가변 길이의 글리코실화된 뮤신 도메인으로 이루어진다. TIM-3은 면역 체크포인트이고, PD-1 및 LAG3을 포함하는 다른 억제 수용체와 함께, T-세포 탈진을 매개한다. TIM-3은 또한 마크로파지 활성화를 조절하는 CD4+ Th1-특이적 세포 표면 단백질로서 나타났다. 본 개시의 억제제는 TIM-3 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
일부 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-TIM-3 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에서 사용하기 위해 적합한 항-사람-TIM-3 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술 분야에서 인정되는 항-TIM-3 항체를 사용할 수 있다. 예를 들면, 다음을 포함하는 항-TIM-3 항체: MBG453, TSR-022 (또한 코볼리맙으로서 공지됨), 및 LY3321367은 본원에 개시된 방법에 사용될 수 있다. 청구된 발명에 유용한 이들 및 다른 항-TIM-3 항체는, 예를 들면: US 9,605,070, US 8,841,418, US2015/0218274, 및 US 2016/0200815에서 발견될 수 있다. 상기 공보의 각각의 교시는 본원에 참조로서 포함된다. 이들 당해 기술 분야에서 인정되는 TIM-3에 대한 결합을 위해 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체가 또한 사용될 수 있다.
일부 측면에서, 억제제는 항-TIM-3 항체의 중쇄 및 경쇄 CDR 또는 VR을 포함한다. 따라서, 하나의 측면에서, 억제제는 항-TIM-3 항체의 VH 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인, 및 항-TIM-3 항체의 VL 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 측면에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내의 임의의 유도가능한 범위 또는 값) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
2. 공-자극 분자의 활성화
일부 측면에서, 면역요법은 공-자극 분자의 활성화제 (또한 "작용제")를 포함한다. 일부 측면에서, 작용제는 B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), CD28, ICOS, OX40 (TNFRSF4), 4-1BB (CD137; TNFRSF9), CD40L (CD40LG), GITR (TNFRSF18), 및 이의 조합의 작용제를 포함한다. 작용제는 활성화 항체, 폴리펩티드, 화합물, 및 핵산을 포함한다.
3. 수지상 세포 요법
수지상 세포 요법은 수지상 세포가 종양 항원을 림프구에 제시하도록 하고, 이를 활성화하고, 이를 프라이밍하여 항원을 제시하는 다른 세포를 사멸시키는 항-종양 반응을 일으킨다. 수지상 세포는 포유동물 면역체계에서 항원 제시 세포 (APCs)이다. 암 치료에 이들은 암 항원 표적화를 돕는다. 수지상 세포를 기초로 하는 세포 암 요법의 하나의 예는 시풀류셀-T이다.
수지상 세포를 유발하여 종양 항원을 제시하는 방법은 자가 종양 용해물 또는 짧은 펩타이드 (암 세포 상 단백질 항원에 상응하는 단백질의 작은 부분)를 사용한 백신화에 의한 방법이다. 이들 펩타이드는 종종 보조제 (고 면역원성 물질)와 병용하여 제공되어 면역 및 항-종양 반응을 증가시킨다. 다른 보조제는 단백질 또는 수지상 세포를 공격 및/또는 활성화하는 다른 화학물질, 예를 들면, 과립구 마크로파지 집락-자극 인자 (GM-CSF)를 포함한다.
수지상 세포는 또한 종양 세포가 GM-CSF를 발현하도록 하여 생체내 활성화될 수 있다. 이는 종양 세포를 유전적으로 조작하여 GM-CSF를 생성하거나, 종양 세포를 GM-CSF를 발현하는 종양용해 바이러스로 감염시켜 성취할 수 있다.
또다른 전략은 수지상 세포를 환자의 혈액으로부터 제거하고, 수지상 세포를 신체 밖에서 활성화시키는 것이다. 수지상 세포를 단일 종양-특이적 펩타이드/단백질 또는 종양 세포 용해물 (분해된 종양 세포의 용액)일 수 있는 종양 항원의 존재하에 활성화시킨다. 이들 세포 (선택적 보조제와 함께)는 면역 반응에 영향을 미치고 일으킨다.
수지상 세포 요법은 수지상 세포의 표면 상 수용체에 결합하는 항체의 사용을 포함한다. 항원은 항체에 첨가할 수 있고, 수지상 세포를 유발하여 종양에 대한 면역을 발달시키고 제공할 수 있다. 수지상 세포 수용체, 예를 들면, TLR3, TLR7, TLR8 또는 CD40은 항체 표적으로서 사용되었다.
4. CAR-T 세포 요법
키메라 항원 수용체 (CAR, 또한 키메라 면역수용체, 키메라 T 세포 수용체 또는 인공 T 세포 수용체로서 공지됨)는 신규한 특이성을 암 세포를 표적화하는 면역세포와 합하는 조작된 수용체이다. 전형적으로, 이들 수용체는 단클론성 항체의 특이성을 T 세포, 자연 킬러 (NK) 세포, 또는 다른 면역 세포 상으로 이식된다. 수용체는 키메라로서 칭명되는데, 그 이유는 상이한 공급원으로부터의 부분의 수용체가 융합되기 때문이다. CAR-T 세포 요법은 암 요법을 위해 이러한 형질전환된 세포를 이용하는 치료를 언급하고, 여기서, 형질전환된 세포는 T 세포이다. 유사한 요법은, 예를 들면, 형질전환된 NK 세포를 이용하는 CAR-NK 세포 요법이다.
CAR-T 세포 설계의 기본 원리는 항원-결합 및 T-세포 활성화 기능을 조합하는 재조합 수용체를 수반한다. CAR-T 세포의 일반적인 전제는 암 세포 상에서 발견되는 마커에 대해 표적화된 T-세포를 인공적으로 생성하는 것이다. 과학자는 사람으로부터 T-세포를 제거하고, 유전적으로 상기 세포를 변경시키고, 상기 세포를 상기 세포가 암 세포를 공격하도록 위해 환자에게 다시 되돌릴 수 있다. T 세포를 조작하여 CAR-T 세포가 되면, "살아있는 약물"로서 작용한다. CAR-T 세포는 세포내 신호전달 분자에 대한 세포외 리간드 인식 도메인간에 결합을 생성하여 다시 T 세포를 활성화시킨다. 세포외 리간드 인식 도메인은 보통 단일-쇄 가변 단편 (scFv)이다. CAR-T 세포 요법의 안전성의 중요한 측면은 단지 암성 종양 세포만이 표적화되고, 정상 세포를 표적화하지 않는 것을 보장하는 방법이다. CAR-T 세포의 특이성을 표적화된 분자의 선택에 의해 측정된다.
예시적인 CAR-T 요법은 티사겐렉류셀 (Kymriah) 및 악시카브타겐 실로류셀 (Yescarta)을 포함한다.
5. 사이토킨 요법
사이토킨은 종양 내에 존재하는 다수의 형태의 세포에 의해 제조되는 단백질이다. 이들은 면역 반응을 조절할 수 있다. 종양은 종종 사이토킨을 이용하여 면역 반응을 성장시키고 감소되게 한다. 이들 면역-조절 효과는 사이토킨을 면역 반응을 일으키는 약물로서 사용될 수 있게 한다. 2개의 통상 사용되는 사이토킨은 인터페론 및 인터류킨이다.
인터페론은 면역체계에 의해 생성된다. 인터페론은 보통 항-바이러스 반응에 연루되지만, 또한 암을 위한 용도를 갖는다. 인터페론은 3개의 그룹에 속한다: I형 (IFNα 및 IFNβ), II형 (IFNγ) 및 III형 (IFNλ).
인터류킨은 다수의 면역체계 효과를 갖는다. IL-2는 예시적인 인터류킨 사이토킨 요법이다.
6. 입양 T-세포 요법
입양 T 세포 요법은 T-세포의 수혈 (입양 세포 전달)에 의한 수동 면역화의 한 형태이다. 이들은 혈액 및 조직에서 발견되고, 보통 이들이 외래 병원체를 발견하는 경우 활성화된다. 특히 이들은 T-세포의 표면 수용체가 이들의 표면 항원 상 외래 단백질의 부분을 나타내는 세포를 접하는 경우 활성화된다. 이들은 감염된 세포, 또는 항원 제시 세포 (APCs) 중 어느 하나일 수 있다. 이들은 정상 조직에서 및 종양 조직에서 발견되고, 여기서, 이들은 종양 침윤 림프구 (TILs)로서 공지되어 있다. 이들은 APC, 예를 들면, 종양 항원을 제시하는 수지상 세포의 존재에 의해 활성화된다. 이들 세포는 종양을 공격할 수 있지만, 종양 내 환경은 매우 면역억제성이고, 면역-매개된 종양 사멸을 방지한다.
종양 표적화된 T-세포를 제조하고 수득하는 여러가지 방식을 개발하였다. 종양 항원에 특이적인 T-세포는 종양 샘플 (TILs)로부터 제거되거나, 혈액으로부터 여과될 수 있다. 후속적인 활성화 및 배양은 생체외 수행될 수 있고, 결과는 재주입된다(reinfused). 활성화를 유전자 요법을 통해, 또는 T 세포를 종양 항원에 노출시켜 발생시킬 수 있다.
C. 종양용해 바이러스
일부 측면에서, 암 요법은 종양용해 바이러스를 포함한다. 종양용해 바이러스는 암 세포를 우선적으로 감염시키고 사멸시키는 바이러스이다. 감염된 암 세포가 종양용해에 의해 파괴되기 때문에, 이들은 신규한 감염성 바이러스 입자 또는 비리온을 방출하여 잔류 종양을 파괴하는 것을 돕는다. 종양용해 바이러스는 종양 세포의 직접적 파괴를 야기할 뿐만 아니라 장기간 면역요법에 대한 숙주 항-종양 면역 반응을 자극하는 것으로 고려된다.
D. 화학요법
일부 측면에서, 본 개시의 요법은 화학요법을 포함한다. 적합한 부류의 화학요법 제제는 (a) 알킬화 제제, 예를 들면, 질소 머스타드 (예를 들면, 메클로르에타민, 시클로포스파미드, 이포스파미드, 멜팔란, 클로람부실), 에틸렌이민 및 메틸멜라민 (예를 들면, 헥사메틸멜라민, 티오테파), 알킬 설포네이트 (예를 들면, 부설판), 니트로소우레아 (예를 들면, 카르무스틴, 로무스틴, 클로로조티신, 스트렙토조신) 및 트리아진 (예를 들면, 디카르바진), (b) 항대사물질, 예를 들면, 엽산 유사체 (예를 들면, 메토트렉세이트), 피리미딘 유사체 (예를 들면, 5-플루오로우라실, 플록수리딘, 시타라빈, 아자우리딘) 및 푸린 유사체 및 관련 물질 (예를 들면, 6-머캅토푸린, 6-티오구아닌, 펜토스타틴), (c) 천연 제품, 예를 들면, 빈카 알칼로이드 (예를 들면, 빈블라스틴, 빈크리스틴), 에피포도필로톡신 (예를 들면, 에토포시드, 테니포시드), 항생물질 (예를 들면, 닥티노마이신, 다우노루비신, 독소루비신, 블레오마이신, 플리카마이신 및 미톡산트론), 효소 (예를 들면, L-아스파라기나제), 및 생물학적 반응 개질제 (예를 들면, 인터페론-α), 및 (d) 기타 제제, 예를 들면, 백금 배위 복합물 (예를 들면, 시스플라틴, 카보플라틴), 치환된 우레아 (예를 들면, 하이드록시우레아), 메틸하이디아진 유도체 (예를 들면, 프로카르바진), 및 부신피질 억압제 (예를 들면, 탁솔 및 미토탄)을 포함한다. 일부 측면에서, 시스플라틴은 특히 적합한 화학요법 제제이다.
시스플라틴은 암, 예를 들면, 전이 고환 또는 난소 암종, 진행성 방광 암, 두경부 암, 자궁경부 암, 폐 암 또는 다른 종양을 치료하기 위해 광범위하게 사용되었다. 시스플라틴은 경구 흡수되지 않고, 따라서, 다른 경로, 예를 들면, 정맥내, 피하, 종양내 또는 복강내 주사를 통해 전달되어야 한다.
다른 적합한 화학요법 제제는 항미소관 제제, 예를 들면, 파클리탁셀 ("탁솔") 및 독소루비신 하이드로클로라이드 ("독소루비신")를 포함한다. 독소루비신은 열악하게 흡수되고, 바람직하게는 정맥내 투여된다. 특정 측면에서, 성인을 위한 적합한 정맥내 용량은 약 21-일 간격으로 약 60 mg/㎡ 내지 약 75 mg/㎡ 또는 약 3 주 내지 약 4 주 간격으로 각각 반복된 2 또는 3 연속일로 약 25 mg/㎡ 내지 약 30 mg/㎡ 또는 약 20 mg/㎡ 주 1회 포함한다.
질소 머스타드는 본 개시의 방법에 유용한 또다른 적합한 화학요법 제제이다. 질소 머스타드는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 메클로레타민 (HN2), 사이클로포스파미드 및/또는 이포스파미드, 멜팔란 (L-사르콜리신), 및 클로람부실을 포함할 수 있다. 사이클로포스파미드 (CYTOXAN®)은 Mead Johnson에서 이용가능하고, NEOSTAR®은 Adria에서 시용가능함)는, 또다른 적합한 화학요법 제제이다. 성인을 위해 적합한 경구 용량은, 예를 들면, 약 1 mg/kg/일 내지 약 5 mg/kg/일, 정맥내 용량은, 예를 들면, 초기에 약 40 mg/kg 내지 약 50 mg/kg의 분할된 용량으로 약 2 일 내지 약 5 일의 기간 동안 또는 약 10 mg/kg 내지 약 15 mg/kg 약 7 일 내지 약 10 일마다 또는 약 3 mg/kg 내지 약 5 mg/kg 주 2회 또는 약 1.5 mg/kg/일 내지 약 3 mg/kg/일을 포함한다. 유해한 위장 효과 때문에, 특정한 경우 정맥내 경로가 바람직하다. 약물은 또한 때때로 근육내, 침습에 의해 또는 체강으로 투여된다.
추가 적합한 화학요법 제제는 피리미딘 유사체, 예를 들면, 시타라빈 (시토신 아라비노시드), 5-플루오로우라실 (플루오우라실; 5-FU) 및 플록수리딘 (플루오로데-옥시우리딘; FudR)을 포함한다. 5-FU는 대상자에게 약 7.5 내지 약 1000 mg/㎡ 중 어느 것의 투여량으로 투여될 수 있다. 추가로, 5-FU 투약 스케줄은 다양한 시간 기간 동안, 예를 들면, 6 주 이하 동안, 또는 본 개시에 관련된 기술분야의 숙련가게 의해 결정된 바와 같을 수 있다.
환자에게 전달되는 화학요법 제제의 양은 가변적일 수 있다. 하나의 적합한 측면에서, 화학요법 제제는, 화학요법이 작제물과 함께 투여되는 경우, 숙주에서 암의 정지 또는 회귀를 야기하기 위해 효과적인 양으로 투여할 수 있다. 다른 측면에서, 화학요법 제제는 화학요법 제제의 화학요법 유효 용량보다 2 내지 10,000 배 적은 어느 것인 양으로 투여될 수 있다. 예를 들면, 화학요법 제제는 화학요법 제제의 화학요법 유효 용량보다 약 20 배 적은, 약 500 배 적은, 또는 심지어 약 5000 배 적은 양으로 투여될 수 있다. 본 개시의 화학요법은 작제물과 병용하여 목적하는 치료학적 활성을 위해 뿐만 아니라 효과적인 투여량의 측정을 위해 생체내 시험될 수 있다. 예를 들면, 이러한 화합물은 사람에서 시험하기 전에, 이에 제한되는 것은 아니지만, 래트, 마우스, 닭, 소, 원숭이, 토끼 등을 포함하여 적합한 동물 모델 시스템에서 시험될 수 있고, 시험관내 시험을 또한 사용하여 실시예에 기재된 바와 같이 적합한 병용물 및 투여량을 결정할 수 있다.
E. 호르몬 요법
일부 측면에서, 본 개시의 암 요법은 호르몬 요법이다. 특정 측면에서, 전립선 암 요법은 호르몬 요법을 포함한다. 다양한 호르몬 요법은 당해 기술 분야에 공지되어 있고, 본원에 고려된다. 호르몬 요법의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 황체형성 호르몬-방출 호르몬 (LHRH) 유사체, LHRH 길항제, 안드로겐 수용체 길항제, 및 안드로겐 합성 억제제를 포함한다.
F. 수술
암을 갖는 사람의 대략적으로 60%는 일부 유형의 수술을 경험할 것이고, 이는 예방, 진단 또는 스테이징(staging), 치료, 및 및 완화 수술을 포함한다. 치료적 수술은 절제를 포함하고, 여기서, 암성 조직의 전부 또는 일부는 신체적으로 제거, 절개, 및/또는 파괴되고, 다른 요법, 예를 들면, 본원 실시형태의 치료, 화학요법, 방사선요법, 호르몬 요법, 유전자 요법, 면역요법, 및/또는 대안적인 요법과 함께 사용될 수 있다. 종양 절제는 적어도 일부의 종양을 물리적 제거를 언급한다. 종양 절제에 추가하여, 수술에 의한 치료는 레이저 수술, 동결수술, 전기수술, 및 현미경-제어 수술 (모스(Mohs) 수술)을 포함한다.
일부 또는 전부의 암성 세포, 조직, 또는 종양 절개시, 공동이 체내 형성될 수 있다. 치료는 관류, 직접 주사, 또는 추가 항-암 요법을 사용하여 부위의 국소 적용으로 수행될 수 있다. 이러한 치료는, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 일마다, 또는 1, 2, 3, 4, 및 5 주마다 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 개월마다 반복될 수 있다. 이들 치료는 또한 투여량을 변화시킬 수 있다.
G. 추가 암 요법
본원에 개시된 치료학적 방법은 하나 이상의 추가 암 요법을 포함할 수 있다. 본 개시의 암 요법은, 예를 들면, 냉동절제 요법, 고-강도 초음파 (또한 "고-강도 집중 초음파"), 광역학 요법, 레이저 절제, 및/또는 비가역적 전기천공을 포함할 수 있다. 본 개시의 암 요법은 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 별개의 치료학적 방법을 포함할 수 있다.
암 치료는 본원에 기재된 암 치료 중 어느 것을 제외할 수 있는 것으로 고려된다. 또한, 본 개시의 측면은, 본원에 기재된 요법으로 사전 치료되거나, 본원에 기재된 요법으로 현재 치료되고 있거나, 본원에 기재된 요법으로 치료된 적이 없는 환자를 포함한다. 일부 측면에서, 환자는 본원에 기재된 요법에 내성이 있는 것으로 결정된 환자이다. 일부 측면에서, 환자는 본원에 기재된 요법에 민감성인 것으로 결정된 환자이다.
III. 약제학적 조성물
본 개시에 따른 조성물의 투여는 전형적으로 임의의 통상의 경로를 통하는 것일 수 있다. 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 비경구, 동소, 피내, 피하, 경구, 경피, 근육내, 복강내, 복강내, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 뇌실내, 비내 또는 정맥내 주사를 포함한다.
전형적으로, 본 개시의 조성물 및 요법은 투여량 제형과 적합한 방식으로, 및 치료학적으로 효과적이고 면역 조절가능한 이러한 양으로 투여된다. 투여되는 양은 치료될 대상자에 좌우된다. 투여되도록 요구되는 활성 성분의 정확한 양은 실무자의 판단에 좌우된다.
다수의 경우, 최대 또는 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10회 이상의 다중 투여가 바람직할 것이다. 투여는 2-일 내지 12-주 간격의 범위일 수 있고, 보다 일반적으로 1 내지 2 주 간격일 수 있다.
문구 "약제학적으로 허용되는" 또는 "약리학적으로 허용되는"은 동물, 또는 사람에게 투여되는 경우 유해한 반응, 알레르기 반응, 또는 다른 부작용을 생성하지 않는 분자 실체 및 조성물을 언급한다. 본원에 사용된 "약제학적으로 허용되는 담체"는 임의의 및 모든 용매, 분산액 매질, 코팅, 항균제 및 항진균제, 등장성 제제 및 흡수 지연제 등을 포함한다. 약제학적 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 제제의 사용은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다. 임의의 종래의 매질 또는 제제는 활성 성분과 비혼화성인 것을 제외하고는, 치료학적 조성물에서 이의 사용이 고려된다. 본 개시의 약제학적 조성물은 약제학적으로 혀용되는 조성물이다.
본 개시의 조성물은 비경구 투여를 위해 제형화될 수 있고, 예를 들면, 정맥내, 근육내, 피하, 또는 심지어 복강내 경로를 통한 주사를 위해 제형화될 수 있다. 전형적으로, 이러한 조성물은 주사제로서, 액체 용액 또는 현탁액 중 하나로서 제조될 수 있고, 제제는 또한 유화될 수 있다.
주사 용도에 적합한 약제학적 형태는 멸균 수용액 또는 분산액을 포함한다; 제형은 참기름, 땅콩유, 또는 수성 프로필렌 글리콜을 포함한다. 이는 또한 제조 및 저장 상태하에 안정하여야 하고, 미생물, 예를 들면, 박테리아 및 진균의 오염 작용에 대해 보존되어야 한다.
멸균 주사가능한 용액은 활성 성분 (예를 들면, 본 개시의 폴리펩티드)를 적합한 용매 중에 요구되는 양으로 상기 열거한 다양한 다른 성분과 함께 도입하고, 필요한 경우, 여과 멸균하여 제조한다. 일반적으로, 분산액은 다양한 멸균 활성 성분을 기본 분산액 배지 및 상기 열거된 것들로부터의 필요한 다른 성분을 포함하는 멸균 비히클 내로 도입하여 제조한다.
조성물의 유효량은 의도된 목적에 기초하여 결정된다. 용어 "단위 용량" 또는 "투여량"은 대상자에서 사용하기 위해 적합한 물리적으로 별개의 단위를 언급하고, 각각의 단위는 이의 투여, 즉, 적합한 경로 및 용법와 연관되어 본원에 논의된 목적하는 반응을 생성하기 위해 계산된 조성물의 미리 결정된 양을 포함한다. 다수의 치료제 및 단위 용량의 수 둘 다에 따른 투여되는 양은, 목적하는 결과 및/또는 보호에 좌우된다. 조성물의 정확한 양은 또한 실무자의 판단에 좌우되고, 각 개인에 특이적이다. 용량에 영향을 주는 인자는 환자의 신체적 및 임상적 상태, 투여 경로, 의도된 치료 목적 (증상의 경감 대 치유) 및 특정한 조성물의 잠재력, 안정성 및 독성을 포함한다. 제형화시, 용액은 투여량 제형과 적합한 방식으로 치료학적으로 또는 예방적으로 효과적인 양으로 투여될 수 있다. 제형은 다양한 투여량 형태, 예를 들면, 상기한 주사가능한 용액의 유형으로 용이하게 투여된다.
본 개시의 조성물 및 관련 방법, 특히 본 개시의 조성물의 투여는 또한 추가 요법, 예를 들면, 본원에 기재된 추가 치료제의 투여와 병용하여 또는 당해 기술 분야에 공지된 다른 종래 치료제와 병용하여 사용될 수 있다.
본원에 개시된 치료학적 조성물 및 치료제는 또다른 치료제 또는 제제가 선행하거나, 이와 병행하거나, 및/또는 수분 내지 수주 범위의 간격으로 후속될 수 있다. 제제가 세포, 조직 또는 기관에 개별적으로 적용되는 경우, 일반적으로, 각각의 전달 시간 사이에 상당한 시간 기간이 끝나지 않아서, 치료학적 제제가 여전히 세포, 조직 또는 기관에 미치는 유리한 병용 효과를 발휘할 수 있다는 것을 보장할 것이다. 예를 들면, 이러한 예에서, 세포, 조직 또는 기관을 2, 3, 4개 이상의 제제 또는 치료제와 실질적으로 동시에 (즉, 약 1 분 미만 이내) 접촉될 수 있다는 것이 고려된다. 다른 측면에서, 하나 이상의 치료학적 제제 또는 치료제는 또다른 치료학적 제제 또는 치료제의 투여 전 및/또는 후 1 분, 5 분, 10 분, 20 분, 30 분, 45 분, 60 분, 2 시간, 3 시간, 4 시간, 5 시간, 6 시간, 7 시간, 8 시간, 9 시간, 10 시간, 11 시간, 12 시간, 13 시간, 14 시간, 15 시간, 16 시간, 17 시간, 18 시간, 19 시간, 20 시간, 21 시간, 22 시간, 22 시간, 23 시간, 24 시간, 25 시간, 26 시간, 27 시간, 28 시간, 29 시간, 30 시간, 31 시간, 32 시간, 33 시간, 34 시간, 35 시간, 36 시간, 37 시간, 38 시간, 39 시간, 40 시간, 41 시간, 42 시간, 43 시간, 44 시간, 45 시간, 46 시간, 47 시간, 48 시간, 1 일, 2 일, 3 일, 4 일, 5 일, 6 일, 7 일, 8 일, 9 일, 10 일, 11 일, 12 일, 13 일, 14 일, 15 일, 16 일, 17 일, 18 일, 19 일, 20 일, 21 일, 1 주, 2 주, 3 주, 4 주, 5 주, 6 주, 7 주, 또는 8 주 이상, 및 그 내에 유도가능한 임의의 범위 내에 투여되거나 제공될 수 있다.
치료는 다양한 "단위 용량"을 포함할 수 있다. 단위 용량은 치료학적 조성물의 사전결정된-양을 포함하는 것으로 정의된다. 투여되는 양, 및 특정 경로 및 제형은, 임상 기술분야의 숙련가의 결정 기술 내에 있다. 단위 용량은 단일 주사로서 투여될 필요는 없지만, 정해진 기간 걸쳐서 연속 주입을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 단위 용량은 단일 투여가능한 용량을 포함한다.
치료 및 단위 용량의 횟수 둘 다에 따라서 투여되는 양은, 목적하는 치료 효과에 좌우된다. 효과적인 용량은 특정 효과를 성취하기 위해 필요한 양을 언급하는 것으로 이해된다. 10 mg/kg 내지 200 mg/kg의 범위의 용량이 이들 제제의 보호 능력에 영향을 줄 수 있다고 고려된다. 따라서, 용량이 약 0.1, 0.5, 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 및 200, 300, 400, 500, 1000 μg/kg, mg/kg, μg/일, 또는 mg/일 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위의 용량을 포함하는 것을 고려한다. 또한, 이러한 용량은 1일, 및/또는 수일, 수주, 또는 수개월 동안 다회로 투여될 수 있다.
사람에게 투여되는 면역 체크포인트 억제제, 예를 들면, 항체 및/또는 미생물 조절제의 치료학적으로 효과적인 또는 충분한 양은 하나 이상의 투여에 상관없이 약 0.01 내지 약 50 mg/kg의 환자 체중의 범위 내일 수 있다. 사용되는 요법은 예를 들면, 약 0.01 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 내지 약 30 mg/kg, 약 0.01 내지 약 25 mg/kg, 약 0.01 내지 약 20 mg/kg, 약 0.01 내지 약 15 mg/kg, 약 0.01 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 내지 약 5 mg/kg, 또는 약 0.01 내지 약 1 mg/kg 매일 투여일 수 있다. 본원에 기재된 요법은 대상자에게 약 100 mg, 약 200 mg, 약 300 mg, 약 400 mg, 약 500 mg, 약 600 mg, 약 700 mg, 약 800 mg, 약 900 mg, 약 1000 mg, 약 1100 mg, 약 1200 mg, 약 1300 mg 또는 약 1400 mg의 용량으로 21-일 주기의 1일차에 투여될 수 있다. 용량은 단일 용량으로 또는 다중 용량 (예를 들면, 2 또는 3회 용량), 예를 들면, 주입으로 투여될 수 있다. 이러한 요법의 진행은 종래 기술에 의해 용이하게 모니터링된다.
약제학적 조성물의 효과적인 용량은 약 1 μM 내지 150 μM의 혈액 수준을 제공할 수 있는 용량이다. 또다른 실시형태에서, 효과적인 용량은 약 4 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 50 μM; 또는 약 1 μM 내지 40 μM; 또는 약 1 μM 내지 30 μM; 또는 약 1 μM 내지 20 μM; 또는 약 1 μM 내지 10 μM; 또는 약 10 μM 내지 150 μM; 또는 약 10 μM 내지 100 μM; 또는 약 10 μM 내지 50 μM; 또는 약 25 μM 내지 150 μM; 또는 약 25 μM 내지 100 μM; 또는 약 25 μM 내지 50 μM; 또는 약 50 μM 내지 150 μM; 또는 약 50 μM 내지 100 μM (또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위)의 혈액 수준을 제공한다. 용량은 대상자에게 투여되는 치료학적 제제로부터 야기되는 제제의 하기 혈액 수준을 제공할 수 있다: 약, 적어도 약, 또는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 또는 100 μM 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위. 대상자에게 투여될 수 있는 치료학적 제제는 대사된 치료학적 제제로 체내에서 대사되고, 이러한 경우, 혈액 수준은 이러한 제제의 양을 언급할 수 있다. 대안적으로, 치료학적 제제가 대상자에 의해 대사되지 않는 범위까지, 본원에 논의되는 혈액 수준은 대사되지 않은 치료학적 제제를 언급할 수 있다.
치료학적 조성물의 정확한 양은 또한 실무자의 판단에 좌우되고, 각 개인에 특이적이다. 용량에 영향을 주는 인자는 환자의 신체적 및 임상적 상태, 투여 경로, 의도된 치료 목적 (증상의 경감 대 치유) 및 특정한 치료학적 물질의 잠재력, 안정성 및 독성 또는 대상자가 경험할 수 있는 다른 요법을 포함한다.
당해 기술분야의 숙련가는 μg/kg 또는 mg/kg 체중의 투여량 단위를 4 μM 내지 100 μM과 같은 μg/ml 또는 mM (혈액 수준)의 비슷한 농도 단위로 전환하고 표현할 수 있음을 이해할 것이고, 알고 있다. 또한 흡수는 종 및 기관/조직 의존적인 것으로 이해된다. 흡수 및 농도 측정에 관련하여 수행되는 이용가능한 전환 인자 및 생리학적 추정은 잘 공지되어 있고, 당해 기술분야의 숙련가가 하나의 농도 측정을 또다른 것으로 변환시키고 합리적인 비교 및 용량에 대한 결론, 본원에 기재된 효능 및 결과를 수행하도록 할 수 있다.
IV. 검정 방법
A. 서열분석
본 개시의 측면은 종양 샘플, 종양 마이크로바이옴 샘플, 및/또는 장 마이크로바이옴 샘플을 포함하는 샘플로부터 핵산을 서열분석함을 포함한다. 일부 측면에서, 종양 마이크로바이옴 또는 장 마이크로바이옴으로부터 박테리아의 게놈 DNA를 서열분석함을 포함하는 방법이 기재된다. 이러한 방법은, 예를 들면, 종양 마이크로바이옴 또는 장 마이크로바이옴에서 특정 박테리아를 검출 및 확인할 때 유용할 수 있다. 본 개시의 방법은 서열분석 방법을 포함한다. 예시적인 서열분석 방법은 하기에 기재된 것을 포함한다.
1. 대량 병렬 시그니처 서열분석 (MPSS).
차-세대 서열분석 기술의 첫번째, 대량 병렬 시그니처 서열분석 (또는 MPSS)은, Lynx Therapeutics에서 1990년대에 개발되었다. MPSS는 어댑터 결찰, 이어서, 어댑터 디코딩의 복합 접근법을 사용한 비드-기반 방법이고, 서열을 4개의 뉴클레오티드의 증분으로 판독한다. 이러한 방법은 서열-특이적 바이어스 또는 특이적 서열의 손실에 민감하게 되었다. 상기 기술은 너무 복잡하기 때문에, MPSS는 단지 '인-하우스'를 Lynx Therapeutics에 의해 수행하고, 어떠한 DNA 서열분석 기기도 독립 실험실에 판매되지 않았다. Lynx Therapeutics는 Solexa (나중에 Illumina가 인수함)와 2004년에 합병되고, 합성-에의한-서열분석을 개발하고, 더 간단한 접근법이 Manteia Predictive Medicine로부터 획득되고, 이로서 MPSS는 시대에 뒤쳐졌다. 그러나, MPSS 처리량의 본질적 성질은 후기 "차-세대" 데이터 타입의 전형이고, 수백 수천의 짧은 DNA 서열을 포함한다. MPSS의 경우, 이들을 전형적으로 유전자 발현 수준의 측정을 위해 서열분석 cDNA에 대해 사용하였다. 사실상, 강력한 Illumina HiSeq2000, HiSeq2500 및 MiSeq 시스템은 MPSS를 기반으로 한다.
2. 폴로니(polony) 서열분석.
하바드에서 조지 엠. 처치(George M. Church)의 실험실에서 개발된, 폴로니 서열분석 방법은, 첫번째 차-세대 서열분석 시스템 중에 있고, 2005년 대에 전체 게놈을 서열분석하기 위해 사용하였다. 이는 이. 콜리 게놈을 서열분석하기 위해 시험관내 페어링된-태그 라이브러리를 에멀젼 PCR, 자동화 현미경, 및 결찰-기반 서열분석 화학을 함께 합하고, >99.9999%의 정확도이고, 서열분석의 대략적으로 1/9의 비용이다. 상기 기술은 Agencourt Biosciences에 허가되고, 후속적으로 Agencourt Personal Genomics로 스핀아웃되고, 결국 Applied Biosystems 고형 플랫폼으로 도입되었고, 현재 Life Technologies가 소유한다.
3. 454 파이로서열분석.
파이로서열분석의 병렬 버젼은 454 Life Sciences에서 개발하고, 이후 Roche Diagnostics에 의해 취득되었다. 상기 방법은 오일 용액 중 물 액적 내에 DNA를 증폭시키고 (에멀젼 PCR), 각각의 액적은 이후에 클론성 집락을 형성하는 단일 프라이머-코팅된 비드에 부착된 단일 DNA 템플레이트를 포함한다. 서열분석 기계는 다수의 피코리터-용적 웰을 포함하고, 각각은 단일 비드 및 서열분석 효소를 포함한다. 파이로서열분석은 발생기 DNA에 부가된 개별 뉴클레오티드의 검출을 위해 광을 생성하는 루시퍼라제를 사용하고, 합한 데이터를 사용하여 서열 판독을 생성한다. 이러한 기술은 하나의 말단 상 Sanger 서열분석 및 다른 말단 상 Solexa 및 SOLiD과 비교하여 염기당 중간 판독 길이 및 비용을 제공한다.
4. 일루미나 (Illumina) (솔렉사(Solexa)) 서열분석.
현재 Illumina의 일부인 Solexa는, 내부 개방된 가역적 염색-종료자 기술, 및 조작된 폴리머라제를 기반으로 한 서열분석 방법을 개발하였다. 상기 종료 화학(terminated chemistry)을 Solexa 내부에서 개발하고, Solexa 시스템의 개념은 캠브리지 대학의 화학과의 발라수브라마니안(Balasubramanian) 및 클렌너만(Klennerman)에 의해 발명되었다. 2004년에, Solexa는 Manteia Predictive Medicine 회사를 인수하여 표면 상 DNA의 클론 증폭을 수반하는 "DNA 클러스터"에 기반한 대량 병렬 서열분석 기술을 획득하였다. 클러스터 기술은 캘리포니아의 Lynx Therapeutics에 의해 공동으로 취득되었다. Solexa Ltd.는 후에 Lynx에 합병되어 Solexa Inc.를 설립하였다.
이러한 방법에서, DNA 분자 및 프라이머는 첫번째로 슬라이드 상에 부착되고, 폴리머라제로 증폭되어 국소 클론성 DNA 집락, 이후에 주조된 "DNA 클러스터"가, 형성된다. 서열을 결정하기 위해, 4개의 타입의 가역적 종료자 염기 (RT-염기)가 첨가되고, 비-도입된 뉴클레오티드가 세척제거된다. 카메라로 형광 표지화된 뉴클레오티드를 촬영하고, 이어서, 염료를, 터미널 3' 차단제와 함께, DNA로부터 화학적으로 제거하고, 다음 사이클을 시작하게 한다. 파이로서열분석과 달리, DNA 쇄는 한번에 하나의 뉴클레오티드로 연장되고, 영상 취득을 지연된 순간에 수행할 수 있고, 매우 큰 어레이의 DNA 집락을 단일 카메라로 촬영된 순차적인 영상으로 캡춰되게 한다.
효소적 반응 및 영상 캡춰의 분리는 최적 처리량 및 이론적으로 비제한적인 서열분석 능력을 가능하게 한다. 최적 배치를 사용하여, 이에 따라 궁극적으로 도달가능한 장치 처리량은 카메라의 유사체-대-디지털 전환율에 의해서만 지시하고, 카메라의 수를 곱하고, 최적으로 가시화하기 위해 요구되는 DNA 집락당 픽셀의 수로 나눈다 (대략적으로 10 픽셀/집락). 2012년에, 10 MHz A/D 전환 속도 초과로 카메라 조작되고, 광학, 유체공학 및 효소학을 이용하여, 처리량은 1 백만 뉴클레오티드/초로 배가 될 수 있고, 기기당 시간당 1x 범위로 한명의 사람 게놈 등가물에 대략 상응하고, 기기당 시간당 한명의 사람 게놈은 재-서열화된다 (약 30x) (단일 카메라 설치).
5. SOLiD 서열분석.
Applied Biosystems (현재 Thermo Fisher Scientific brand)의 SOLiD 기술은 결찰에 의한 서열분석을 이용한다. 여기서, 고정된 길이의 모든 가능한 올리고뉴클레오티드의 풀(pool)은 서열분석된 위치에 따라서 표지화된다. 올리고뉴클레오티드는 어닐링되고, 결찰되고; 매칭 서열에 대해 DNA 리가제에 의한 우선 결찰은 당해 위치에서 뉴클레오티드의 신호 정보를 야기한다. 서열분석 전에, DNA를 에멀전 PCR에 의해 증폭시킨다. 단일 카피의 동일한 DNA 분자를 포함하는 수득한 비드 각각은, 유리 슬라이드 상에 침착된다. 결과는 Illumina 서열분석과 비교할 만한 수량 및 길이의 서열이다. 이러한 결찰 방법에 의한 서열분석은 서열분석 앞뒤역순상동 서열에 몇가지 문제가 있는 것으로 보고되었다.
6. 이온 토렌트 반도체 서열분석.
Ion Torrent Systems Inc. (현재 Thermo Fisher Scientific가 소유함)는 표준 서열분석 화학을 사용하는 것을 기반으로 하지만 반도체 기반 검출 시스템을 갖는 시스템을 개발하였다. 이러한 서열분석 방법은 다른 서열분석 시스템에서 사용되는 광학 방법에 반대되는 DNA의 중합 동안 방출되는 수소 이온의 검출을 기초로 한다. 서열분석되는 템플레이트 DNA 가닥을 포함하는 마이크로웰은 단일 타입의 뉴클레오티드로 채워진다(flooded). 도입된 뉴클레오티드가 선도 템플레이트 뉴클레오티드에 상보적인 경우, 성장하는 상보적 가닥 내로 도입된다. 이는 과민성 이온 센서를 촉발하는 수소 이온의 방출을 야기하고, 이는 반응이 발생하였음을 지시한다. 단독중합체 반복이 템플레이트 서열에 존재하는 경우, 다중 뉴클레오티드는 단일 사이클에 도입될 것이다. 이는 상응하는 수의 방출된 수소 및 비례적으로 더 큰 전자 신호를 야기한다.
7. DNA 나노볼 서열분석.
DNA 나노볼 서열분석은 유기체의 전체 게놈 서열을 결정하기 위해 사용되는 고 처리량 서열분석 기술의 타입이다. Complete Genomics 회사는 이러한 기술을 이용하여 독립적인 연구자가 제출한 샘플을 서열 분석한다. 상기 방법은 롤링 주기 복제를 사용하여 게놈 DNA의 짧은 단편을 DNA 나노볼로 증폭시킨다. 이어서, 결찰에 의한 언체인 서열분석을 사용하여 뉴클레오티드 서열을 결정한다. 이러한 DNA 서열분석 방법은 큰 수의 DNA 나노볼을 다른 차 세대 서열분석 플랫폼과 비교하여 낮은 시약 비용으로 작동마다 서열분석되게 할 수 있다. 그러나, 단지 짧은 DNA 서열이 각각의 DNA 나노볼로부터 측정되고, 이는 참조 게놈에 대한 짧은 판독을 맵핑하기 더 어렵게 만든다. 이러한 기술은 다중 게놈 서열분석 프로젝트를 위해 사용되었다.
8. 헬리스코프(Heliscope) 단일 분자 서열분석.
헬리스코프 서열분석은 Helicos Biosciences에 의해 개발된 단일-분자 서열분석의 방법이다. 이는 유동 세포 표면에 부착된 부가된 폴리-A 테일 어댑터를 갖는 DNA 단편을 사용한다. 다음 단계는 형광 표지화된 뉴클레오티드를 사용한 유동 세포의 주기적인 세척과 함께 확장-기반 서열분석을 수반한다 (Sanger 방법처럼 한번에 하나의 뉴클레오티드 타입). 판독은 헬리스코프 서열분석기로 수행된다. 팜독은 짧고, 작동당 55 염기 이하이지만, 최근 개선은 하나의 유형의 뉴클레오티드의 스트레치의 보다 정확한 판독을 가능하게 한다. 이러한 서열분석 방법 및 장비를 사용하여 M13 박테리오파지의 게놈을 서열분석하였다.
9. 단일 분자 실시간 (SMRT) 서열분석.
SMRT 서열분석은 합성 접근법에 의한 서열분석을 기초로 한다. DNA는 제로-방식 웨이브-가이드 (ZMWs)에서 합성된다 - 웰의 바닥에 위치한 캡춰 툴을 갖는 작은 웰-유사 컨테이너. 서열분석은 비변형된 폴리머라제 (ZMW 바닥에 부착됨) 및 용액에서 자유 유동하는 형광 표지화된 뉴클레오티드 유동을 사용하여 수행한다. 웰은 웰의 바닥에 의해 발생되는 형광만을 검출하는 방식으로 구축된다. 형광 표지화는 이의 DNA 가닥 내 도입에서 뉴클레오티드로부터 탈착되고, 비변형된 DNA 가닥을 남긴다. SMRT 기술 개발자, Pacific Biosciences에 따르면, 이러한 방법론은 뉴클레오티드 변형물 (예를 들면, 시토신 메틸화)의 검출을 가능하게 한다. 이는 폴리머라제 운동학의 관찰을 통해 발생한다. 이러한 접근법은 20,000 뉴클레오티드 이상의 판독을 가능하게 하고, 평균 판독 길이는 5 킬로베이스이다.
B. 추가 검정 방법
상기 방법은 표적 게놈 영역에 특이적인 적어도 하나의 쌍의 프라이머를 이용하여 하나 이상의 표적 게놈 영역을 증폭 및/또는 서열분석하는 것을 수반할 수 있다. 프라이머는 헵타머일 수 있다. 효소를 첨가하여, 예를 들면, 프리마제 또는 프리마제/폴리머라제 조합 효소와 같은 효소를 증폭 단계에 첨가하여 프라이머를 합성할 수 있다.
어레이를 본 개시의 핵산을 검출하기 위해 사용할 수 있다. 어레이는 고체 지지체를 지지체에 부착된 핵산 프로브와 함께 포함한다. 어레이는 전형적으로 상이한, 공지된 위치에서 기질의 표면에 커플링된 복수의 상이한 핵산 프로브를 포함한다. 이들 어레이는, 또한 "마이크로어레이" 또는 구어로 "칩"으로도 기재되고, 일반적으로 당해 기술분야에 기재되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 번호 5,143,854, 5,445,934, 5,744,305, 5,677,195, 6,040,193, 5,424,186 및 문헌 [참조: Fodor et al., 1991]에 기재되어 있고, 이들 각각이 모득 목적을 위해 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다. 기계적 합성 방법을 사용하는 이들 어레이의 합성 기술은, 예를 들면, 미국 특허 번호 5,384,261에 기재되어 있고, 이는 모득 목적을 위해 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다. 평면 어레이 표면이 특정 측면에서 사용되지만, 어레이는 사실상 임의의 형상의 표면 상에 또는 심지어 다수의 표면 상에 제작될 수 있다. 어레이는 비드, 겔, 중합체 표면, 섬유, 예를 들면, 광섬유, 유리 또는 임의의 다른 적합한 기질 상에 핵산일 수 있고, 미국 특허 번호 5,770,358, 5,789,162, 5,708,153, 6,040,193 및 5,800,992를 참조하고, 이는 이들의 전문이 모든 목적을 위해 본원에 포함된다.
어레이 및 마이크로어레이의 사용에 추가하여, 다수의 차이 검정이 핵산을 분석하기 위해 이용될 수 있다는 것을 고려된다. 이러한 검정은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 핵 증폭, 폴리머라제 쇄 반응, 정량적 PCR, RT-PCR, 동일계내 하이브리드화, 디지털 PCR, ddPCR ("digital droplet PCR" 또는 "droplet digital PCR"), nCounter (nanoString), BEAMing (Beads, Emulsions, Amplifications, and Magnetics) (Inostics), ARMS (Amplification Refractory Mutation Systems), RNA-Seq, TAm-Seg (Tagged-Amplicon deep sequencing), PAP (Pyrophosphorolysis-activation polymerization), 차세대 RNA 서열분석, 노던 하이브리드화, 하이브리드화 보호 검정 (HPA)(GenProbe), 측쇄화 DNA (bDNA) 검정 (Chiron), 롤링 사이클 증폭 (RCA), 단일 분자 하이브리드화 검출 (US Genomics), Invader 검정 (ThirdWave Technologies), 및/또는 Bridge Litigation 검정 (Genaco)를 포함한다.
증폭 프라이머 또는 하이브리드화 프로브를 본원에 기재된 게놈 영역, 바이오마커, 프로브, 또는 올리고에 상보적인 것으로 제조될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "프라이머" 또는 "프로브"는 템플릿-의존 프로세스에서 초기 핵산의 합성을 프라이밍할 수 있고/있거나 본 개시의 올리고, 또는 이의 부분의 단일 가닥과 페어링할 수 있는 임의의 핵산을 포함하는 것을 의미한다. 전형적으로, 프라이머는 10 내지 20 및/또는 30의 핵산 길이의 올리고뉴클레오티드이지만, 더 긴 서열이 이용될 수 있다. 프라이머는 이중-가닥 및/또는 단일-가닥 형태로 제공될 수 있지만, 단일-가닥 형태가 바람직하다.
13 내지 100개의 뉴클레오티드, 특히 17 내지 100개의 뉴클레오티드 길이, 또는 일부 측면에서 1-2 킬로베이스 이상의 길이까지의 프로브 또는 프라이머의 용도는, 안정하고 선택적인 이중 분자의 형성을 가능하게 한다. 20 초과의 염기 길이의 연속적 스트레치에 걸쳐 상보적인 서열을 갖는 분자를 사용하여 입수된 하이브리드 분자의 안정성 및/또는 선택도를 증가시킬 수 있다. 목적하는 경우 20 내지 30개의 뉴클레오티드, 또는 심지어 더 긴 하나 이상의 상보적인 서열을 갖는 하이브리드화를 위해 핵산 분자를 설계할 수 있다. 이러한 단편은, 예를 들면, 화학적 수단으로 단편을 직접적으로 합성하여 또는 재조합 생산을 위해 재조합 벡터 내로 선택된 서열을 도입하여 용이하게 제조할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 각각의 프로브/프라이머는 적어도 15개의 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 각각의 프로브는 적어도 또는 최대 20, 25, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 400개 이상의 뉴클레오티드 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)를 포함할 수 있다. 이들은 이들의 길이를 가질 수 있고, 본원에 기재된 유전자와 동일하거나 상보적인 서열을 가질 수 있다. 특히, 각각의 프로브/프라이머는 상대적으로 높은 서열 복잡성을 갖고, 어떠한 모호한 잔기 (미확인된 "n" 잔기)도 갖지 않는다. 프로브/프라이머는 엄중한 또는 고도의 엄중한 조건하에 이의 RNA 전사를 포함하는 표적 유전자에 하이브리드화할 수 있다. 프로브 또는 프라이머가 이노신 또는 특정 바이오마커에 대한 하나 초과의 사람 서열의 인정을 수용하는 다른 설계 실행을 가질 수 있다는 것이 고려된다.
높은 선택도를 요구하는 적용에서, 전형적으로 하이브리드를 형성하기 위한 상대적으로 높은 엄격한 상태를 이용하는 것이 바람직할 것이다. 예를 들면, 상대적으로 낮은 염 및/또는 고온 상태, 예를 들면, 약 50℃ 내지 약 70℃의 온도에서 약 0.02 M 내지 약 0.10 M NaCl로 제공된다. 이러한 높은 엄격 상태는 프로브 또는 프라이머 및 템플레이트 또는 표적 가닥 간의, 만약에 있다면, 작은 미스매치를 허용하고, 특이적 유전자를 단리하거나 특이적 mRNA 전사를 검출하기 위해 특히 적합할 것이다. 상태는 증가하는 양의 포름아미드를 첨가하여 더 엄격해 질 수 있다는 것이 일반적으로 적용된다.
하나의 실시형태에서, 정량적 RT-PCR (예를 들면, TaqMan, ABI)을 사용하여 샘플에서 핵산의 수준 또는 존재비(abundance)를 검출하고 비교한다. PCR 프로세스의 선형 부분에서 표적 DNA의 농도는 PCR을 시작하기 전 표적의 출발 농도에 비례한다. 동일한 수의 주기를 완료하고 이들의 선형 범위 내에 있는 PCR 반응에서 표적 DNA의 PCR 생성물의 농도를 측정하여, 본래 DNA 혼합물에서 특이 표적 서열의 상대 농도를 측정할 수 있다. PCR 생성물의 농도 및 출발 물질에서 상대 존재비 사이의 이러한 직접적 비례는 PCR 반응의 선형 범위 부분 내에서도 해당된다. 곡선의 정체기(plateau) 부분에서 표적 DNA의 최종 농도를 반응 믹스에서 시약의 이용가능성을 측정하고, 표적 DNA의 본래 농도에 독립적이다. 따라서, 증폭된 PCR 생성물의 샘플링 및 정량화는 PCR 반응이 이들의 곡선의 선형 부분 내에 있는 경우 수행할 수 있다. 추가로, 증폭가능한 DNA의 상대 농도는 일부 독립적인 표준/대조군으로 정규화할 수 있고, 이는 내부에 존재하는 DNA 종 또는 외부 도입된 DNA 종 중 어느 하나를 기초로 할 수 있다. 특정 DNA 종의 존재비는 또한 샘플에서 모든 DNA 종의 평균 존재비에 비해 결정될 수 있다.
하나의 실시형태에서, PCR 증폭은 하나 이상의 내부 PCR 표준을 이용한다. 내부 표준은 세포에서 풍부한 하우스키핑 유전자일 수 있거나, 특히 GAPDH, GUSB 및 β-2 마이크로글로불린일 수 있다. 이들 표준을 발현 수준을 정규화하기 위해 사용하여 상이한 유전자 생성물의 발현 수준을 직접적으로 비교할 수 있다. 당해 기술분야의 숙련가는 내부 표준을 사용하여 발현 수준을 정규화하는 방법을 알고 있을 것이다.
일부 샘플에서 내재하는 문제는 다양한 양 및/또는 품질로 존재한다는 것이다. 이러한 문제는 RT-PCR이 내부 표준과 함께 상대적 정량적 RT-PCR로서 수행되는 경우 극복될 수 있고, 여기서, 내부 표준은 표적 DNA 단편과 유사하거나 더 큰 증폭가능한 DNA 단편이고, 내부 표준을 나타내는 DNA의 존재비는 표적 핵산 영역을 나타내는 DNA보다 대략 5-100 배 높다.
또다른 실시형태에서, 상대적 정량적 RT-PCR은 외부 표준 프로토콜을 사용한다. 이러한 프로토콜하에, PCR 생성물은 이들의 증폭 곡선의 선형 부분으로 샘플링된다. 샘플링을 위해 최적인 PCR 주기의 수는 각각의 표적 DNA 단편에 대해 실험적으로 측정될 수 있다. 추가로, 다양한 샘플로부터 단리된 핵산은 동일한 농도의 증폭가능한 DNA로 정규화될 수 있다.
핵산 어레이는, 상이한 및/또는 동일한 바이오마커에 하이브리드화할 수 있는, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250개 이상의 상이한 폴리뉴클레오티드 프로브를 포함할 수 있다. 동일한 유전자에 대한 다중 프로브는 단일 핵산 어레이에서 사용될 수 있다. 다른 질환 유전자를 위한 프로브는 또한 핵산 어레이에 포함될 수 있다. 어레이에서 프로브 밀도는 임의의 범위일 수 있다. 밀도는 적어도 50, 100, 200, 300, 400, 500개 이상의 프로브/㎠ (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)일 수 있다.
문헌[참조: Hacia et al. (1996) and Shoemaker et al. (1996)]에 기재된 칩-기반 핵산 기술이 특히 고려된다. 간단히, 이들 기술은 상당수의 유전자를 신속하고 정확하게 분석하기 위한 정량적 방법을 수반한다. 유전자를 올리고뉴클레오티드로 태그하거나 고정된 프로브 어레이를 사용하여, 표적 분자를 높은 밀도 어레이로 분리하고 이들 분자를 하이브리드화를 기초로 하여 선별하는 칩 기술을 이용할 수 있다 (참조: Pease et al., 1994; and Fodor et al, 1991). 이러한 기술은 진단적, 예후, 및 치료 방법에 대한 하나 이상의 암 바이오마커의 발현 수준을 평가하는 것과 함께 사용될 수 있다는 것이 고려된다.
특정 측면은 어레이 또는 어레이에서 생성된 데이터의 사용에 관한 것이다. 데이터는 용이하게 이용가능하다. 또한, 어레이는 상관관계 연구에서 사용될 수 있는 데이터를 생성하기 위해 제조될 수 있다.
V. 항체
본 개시의 측면은 α3β1 인테그린, COL1A1, COL1A2, 또는 임의의 다른 종양 미세환경 단백질에 특이적으로 결합할 수 있는 항체, 이의 항원 결합 단편, 또는 폴리펩티드에 관한 것이다. 일부 측면에서, 본 개시는 α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴할 수 있는 항체, 이의 항원 결합 단편, 또는 폴리펩티드를 포함한다.
용어 "항체"는 표적 항원에 특이적으로 결합되는 온전한 항체와 경쟁할 수 있는 이의 임의의 이소형, 또는 단편의 온전한 면역글로불린을 언급하고, 키메라, 사람화, 완전 사람, 및 이특이적 항체를 포함한다. 본원에 사용된, 용어 "항체" 또는 "면역글로불린"은 상호교환하여 사용되고, 동물의 면역 반응의 일부로서 기능하는 구조적으로 관련된 단백질의 수개 분류의 중 어느 것을 언급하고, IgG, IgD, IgE, IgA, IgM, 및 관련 단백질, 뿐만 아니라 항원-결합 활성을 보유하는 항체 CDR 도메인을 포함하는 폴리펩티드를 포함한다.
용어 "항원"은 선택적 결합 제제, 예를 들면, 항체에 의해 결합될 수 있는 분자 또는 분자의 부분을 언급한다. 항원은 상이한 항체와 상호작용할 수 있는 하나 이상의 에피토프를 가질 수 있다.
용어 "에피토프"는 면역글로불린에 또는 T-세포 수용체에 결합하여 면역 반응을 도출할 수 있는 분자의 임의의 영역 또는 부분을 포함한다. 에피토프 결정인자는 화학적 활성 표면 그룹, 예를 들면, 아미노산, 당 측쇄, 포르포릴 또는 설포닐 그룹을 포함할 수 있고, 특이적 3-차원 구조적 특성 및/또는 특이적 하전 특성을 가질 수 있다. 일반적으로, 특정 표적 항원에 대해 특이적인 항체는 착체 혼합물 내에 표적 항원 상 에피토프를 우선적으로 인식할 것이다.
제공된 폴리펩티드의 에피토프 영역은 다수의 상이한 에피토프 맵핑 기술을 사용하여 확인할 수 있고, 다음을 포함하여 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다: x-선 결정학, 핵자기 공명 분광법, 부위 특이적 돌연변이 유도 맵핑, 단백질 디스플레이 어레이를 포함하고 예를 들면, 에피토프 맵핑 프로토콜을 참조한다 (참조: (Johan Rockberg and Johan Nilvebrant, Ed., 2018) Humana Press, New York, N.Y.). 이러한 기술은 당해 기술 분야에 공지되고, 예를 들면, 미국 특허 번호 4,708,871; 문헌 [참조: Geysen et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:3998-4002 (1984); Geysen et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:178-182 (1985); Geysen et al. Molec. Immunol. 23:709-715 (1986)]에 기재되어 있다. 추가로, 단백질의 항원 영역은 또한 표준 항원성 및 수치요법 플롯을 사용하여 예측되고 확인될 수 있다.
용어 "면역원성 서열"은 적어도 하나의 에피토프의 아미노산 서열을 포함하여 분자가 적합한 숙주에서 항체의 생성을 자극할 수 있는 분자를 의미한다. 용어 "면역원성 조성물"은 적어도 하나의 면역원성 분자 (예를 들면, 항원 또는 탄수화물)를 포함하는 조성물을 의미한다.
온전한 항체는 일반적으로 2개의 전체-길이 중쇄 및 2개의 전체-길이 경쇄로 구성되지만, 일부 경우 단지 중쇄만을 포함할 수 있는 소수의 쇄, 예를 들면, 낙타과 천연 발생 항체를 포함할 수 있다. 본원에 개시된 항체는 단일 공급원으로부터 단독으로부터 유도될 수 있거나, "키메라"일 수 있고, 즉, 항체의 상이한 부분은 2개의 상이한 항체로부터 유도될 수 있다. 예를 들면, 가변 또는 CDR 영역은 래트 또는 뮤린 공급원로부터 유도될 수 있지만, 불변 영역은 상이한 동물 공급원, 예를 들면, 사람으로부터 유도된다. 항체 또는 결합 단편은 재조합 DNA 기술에 의해, 또는 온전한 항체의 효소 또는 화학적 절단에 의해 하이브리도마에서 제조될 수 있다. 달리 지시되지 않는 한, 용어 "항체"는 이의 유도체, 변종, 단편, 및 뮤테인을 포함하고, 이의 예는 하기된다 (참조: Sela-Culang et al., Front Immunol. 2013; 4: 302; 2013).
용어 "경쇄"는 결합 특이성을 부여하기 위해 충분한 가변 영역 서열을 갖는 전체-길이 경쇄 및 이의 단편을 포함한다. 전체-길이 경쇄는 약 25,000 달톤의 분자량을 갖고, 가변 영역 도메인 (본원에 VL로서 축약됨), 및 불변 영역 도메인 (본원에 CL로서 축약됨)을 포함한다. 경쇄는 카파 (κ) 및 람다 (λ)로서 2개의 분류가 있다. 용어 "VL 단편"은 CDR을 포함하는 경쇄 가변 영역의 전부 또는 부분을 포함하는 단클론성 항체의 경쇄의 단편을 의미한다. VL 단편은 경쇄 불변 영역 서열을 추가로 포함할 수 있다. 경쇄의 가변 영역 도메인은 폴리펩티드의 아미노-말단에 존재한다.
용어 "중쇄"는 결합 특이성을 부여하기 위해 충분한 가변 영역 서열을 갖는 전체-길이 중쇄 및 이의 단편을 포함한다. 전체-길이 중쇄는 약 50,000 달톤의 분자량을 갖고, 가변 영역 도메인 (본원에 VH로서 축약됨), 및 3개의 불변 영역 도메인 (본원에 CH1, CH2, 및 CH3으로서 축약됨)을 포함한다. 용어 "VH 단편"은 CDR을 포함하는 중쇄 가변 영역의 전부 또는 부분을 포함하는 단클론성 항체의 중쇄의 단편을 의미한다. VH 단편은 중쇄 불변 영역 서열을 추가로 포함할 수 있다. 중쇄 불변 영역 도메인의 수는 이소형에 좌우될 것이다. VH 도메인은 폴리펩티드의 아미노-말단에 존재하고, CH 도메인은 카복시-말단에 존재하고, CH3은 -COOH 말단에 가장 근접한다. 항체의 이소형은 IgM, IgD, IgG, IgA, 또는 IgE일 수 있고, 5개의 분류가 있는 존재하는 중쇄에 의해 정의된다: 각각 뮤 (μ), 델타 (δ), 감마 (γ), 알파 (α), 또는 엡실론 (ε) 쇄. IgG는, 이에 제한되는 것은 아니지만, IgG1, IgG2, IgG3, 및 IgG4를 포함하는 수개의 하위유형을 갖는다. IgM 하위유형은 IgM1 및 IgM2를 포함한다. IgA 하위유형은 IgA1 및 IgA2를 포함한다.
A. 항체의 유형
항체는 임의의 이소형 또는 분류의 전체 면역글로불린, 키메라 항체, 또는 2개 이상의 항원에 특이성을 갖는 하이브리드 항체일 수 있다. 항체는 또한 단편 (예를 들면, F(ab')2, Fab', Fab, Fv 등)일 수 있고, 하이브리드 단편을 포함한다. 면역글로불린은 또한 천연, 합성, 또는 유전적으로 조작된 단백질을 포함하고, 특이적 항원에 결합하고 착체를 형성하여 항체처럼 작용한다. 용어 항체는 유전적으로 조작되거나 그렇지 않으면 면역글로불린의 변형된 형태를 포함한다.
용어 "단량체"는 단지 하나의 Ig 단위를 포함하는 항체를 의미한다. 단량체는 항체의 기본적인 기능성 단위이다. 용어 "이량체"는 항체 중쇄 (Fc, 또는 단편 결정성, 영역)의 불변 도메인을 통해 서로 부착된 2개의 Ig 단위를 포함하는 항체를 의미한다. 착체는 연결 (J) 쇄 단백질에 의해 안정화될 수 있다. 용어 "다량체"는 항체 중쇄 (Fc 영역)의 불변 도메인을 통해 서로 부착된 2개 초과의 Ig 단위를 포함하는 항체를 의미한다. 착체는 연결 (J) 쇄 단백질에 의해 안정화될 수 있다.
용어 "2가 항체"는 2개의 항원-결합 위치를 포함하는 항체를 의미한다. 2개의 결합 위치는 동일한 항원 특이성을 가질 수 있거나, 2개의 항원-결합 위치가 상이한 항원 특이성을 갖는 것을 의미하는 이-특이적일 수 있다.
이특이적 항체는 2개 이상의 별개의 에피토프에 대해 상이한 결합 위치를 갖는 2개의 파라토프를 갖는 항체의 부류이다. 이특이적 항체는 이중파라토프성일 수 있고, 여기서, 이특이적 항체는 동일한 항원으로부터 상이한 에피토프를 특이적으로 인식할 수 있다. 이특이적 항체는 "나노바디"로 칭명되는 상이한 단일 도메인 항체의 쌍으로부터 작제될 수 있다. 단일 도메인 항체는 연골어류와 낙타류로부터 공급되고, 변형된다. 나노바디는 당해 기술분야의 숙련가에게 전형적인 기술을 사용하여 링커에 의해 연결될 수 있다; 나노바디의 선택 및 연결을 위한 방법은 PCT 공보 번호 WO2015044386A1, WO2010037838A2, 및 문헌 [참조: Bever et al., Anal Chem. 86:7875-7882 (2014)]에 기재되어 있고, 이들 각각은 구체적으로 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
이특이적 항체는: 전체 IgG, Fab'2, Fab'PEG, 디아바디로서, 또는 대안적으로 scFv로서 작제될 수 있다. 디아바디 및 scFv는 Fc 영역의 부재하에, 단지 가변 도메인을 사용하여 작제될 수 있고, 잠재적으로 항-이디오타입 반응의 효과를 감소시킨다. 이특이적 항체는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하이브리도마의 융합 또는 Fab' 단편의 결합을 포함하는 다양한 방법으로 생성될 수 있다. 예를 들면, 문헌을 참조하고 [참조: Songsivilai and Lachmann, Clin. Exp. Immunol. 79:315-321 (1990); Kostelny et al., J. Immunol. 148:1547-1553 (1992)], 이들 각각은 구체적으로 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
특정 측면에서, 항원-결합 도메인은 상이한 항원에 결합하는 VH 및 VL 영역 쌍과 다량체화되어 다중특이적 또는 이종특이적일 수 있다. 예를 들면, 항체는 (a) 세포 표면 항원, (b) 이펙터 세포의 표면 상 Fc 수용체, 또는 (c) 적어도 하나의 다른 성분에 결합할 수 있거나, 이와 상호작용할 수 있다. 따라서, 측면은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 에피토프에 및 다른 표적에, 예를 들면, 이펙터 세포 상 Fc 수용체에 지시된, 이특이적, 삼특이적, 사특이적, 및 다른 다중특이적 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함할 수 있다.
다중특이적 항체가 사용될 수 있고, 당해 기술 분야에 공지된 통상의 방법을 사용하여 짧은 유연성 폴리펩티드 쇄를 통해 직접적으로 결합될 수 있다. 하나의 이러한 예는 2가, 이특이적 항체인 디아바디이고, 여기서, VH 및 VL 도메인은 단일 폴리펩티드 쇄에서 발현되고, 너무 짧아서 동일한 쇄 상 도메인 간의 쌍형성을 가능하게 하고, 이에 의해, 도메인이 2개의 항원 결합 위치를 생성하는 또다른 쇄의 상보적인 도메인과 쌍형성시키는 링커를 이용한다. 링커 기능은 트리아바디, 테트라바디, 및 고차 항체 다량체를 위해 이용가능하다. (참조: Hollinger et al., Proc Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993); Polijak et al., Structure 2:1121-1123 (1994); Todorovska et al., J. Immunol. Methods 248:47-66 (2001)).
이특이적 전체 항체에 반대로, 이특이적 디아바디는, 또한 이 콜리(E. coli)에서 작제되고 발현될 수 있기 때문에 유리할 수 있다. 적합한 결합 특이성의 디아바디 (및 다른 폴리펩티드, 예를 들면, 항체 단편)는 라이브러리로부터 파지 디스플레이 (WO94/13804)를 사용하여 용이하게 선택될 수 있다. 디아바디의 하나의 암(arm)이 예를 들어 단백질에 대해 지시된 특이성을 갖고 불변으로 유지되는 경우, 다른 암이 가변적이고 적합한 특이성의 항체가 선택된 라이브러리를 만들 수 있다. 이특이적 전체 항체는 리지웨이 (Ridgeway) 등의 문헌에 기재된 대안적인 조작 방법으로 제조될 수 있고 (Protein Eng., 9:616-621, 1996) and Krah et al., (N Biotechnol. 39:167-173, 2017), 이들 각각은 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
이종접합체 항체는 상이한 특이성을 갖는 2개의 공유결합된 단클론성 항체로 구성된다. 예를 들면, 미국 특허 번호 6,010,902를 참조하고, 이의 전문이 본원에 참조로서 도입된다.
항원의 에피토프에 대해 높은 특이성으로 결합되는 항체 분자의 Fv 단편의 일부는 본원에 "파라토프"로서 언급된다. 파라토프는 항원의 에피토프와 접촉하여 항원 인식을 수행하는 아미노산 잔기로 이루어진다. 항체의 2개의 Fv 단편 각각은 이량체화된 배치인 2개의 가변 도메인, VH 및 VL로 구성된다. 가변 도메인의 각각의 일차 구조는 프레임워크 영역 (FR)에 의해 분리되고 측면화된 3개의 초가변 루프를 포함한다. 초가변 루프는 임의의 포유동물로부터 항체 분자 중에서 최고 기본 서열 가변성의 영역이다. 용어 초가변 루프는 때때로 용어 "상보성 결정 영역 (CDR)"과 상호교환하여 사용된다. 초가변 루프 (또는 CDR)의 길이는 항체 분자 간에 다양하다. 제공된 포유동물로부터 모든 항체 분자의 프레임워크 영역은 높은 기본 서열 유사성/공통성을 갖는다. 프레임워크 영역의 공통성은 프레임워크 영역 및 프레임워크 영역 사이에 산재된 초가변 루프 (또는 CDR) 둘 다를 확인하기 위해 당해 기술분야의 숙련가에 의해 사용될 수 있다. 초가변 루프는 폴리펩티드 내에 이들의 위치 및 이들이 발생하는 도메인을 구별하는 식별 명칭이 제공된다. VL 도메인에서 CDR은 L1, L2, 및 L3으로 확인되고, L1은 가장 원위에서 발생하고, L3은 CL 도메인에 가장 가까이에서 발생한다. CDR은 또한 명칭 CDR-L1 (또는 LCDR1), CDR-L2 (또는 LCDR2), 및 CDR-L3 (또는 LCDR3)으로 제공될 수 있다. L3 (CDR-L3)은 일반적으로 제공된 기관에서 생성된 모든 항체 분자 중에서 최고 가변성의 영역이다. CDR은 일차 구조로 선형 배열되고 프레임워크 영역에 의해 서로 분리된 폴리펩티드 쇄의 영역이다. VL 쇄의 아미노 종말 (N-말단) 말단은 FR1로 칭명된다. FR2로서 확인된 영역은 L1 및 L2 초가변 루프 사이에서 발생한다. FR3은 L2 및 L3 초가변 루프 사이에서 발생하고, FR4 영역은 CL 도메인에 가장 가깝다. 이러한 구조 및 명명법은 CDR-H1 (또는 HCDR1), CDR-H2 (또는 HCDR2), 및 CDR-H3 (또는 HCDR3)으로서 확인되는 3개의 CDR을 포함하는 VH 쇄에 대해 반복된다. 가변 도메인에서 대부분 아미노산 잔기, 또는 Fv 단편 (VH 및 VL)은, 프레임워크 영역의 일부이다 (대략 85%). 3차원, 또는 3차, 항체 분자의 구조는 프레임워크 영역이 분자보다 더 내부이고, 분자의 외부 표면 상 CDR을 갖는 대부분의 구조를 제공한다.
수개의 방법이 개발되었고, 당해 기술분야의 숙련가는 이들 영역 각각을 구성하는 정확한 아미노산을 식별하기 위해 사용할 수 있다. 이는 다수의 다중 서열 정렬 방법 및 알고리즘 중 어느 것을 사용하여 수행될 수 있고, 이는 프레임워크 영역을 구성하는 보존 아미노산 잔기를 식별하고, 이에 따라 길이가 다양할 수 있지만 프레임워크 영역 사이에 위치한 CDR를 식별한다. 3개의 통상 사용되는 방법은 항체의 CDR을 식별하기 위해 개별되었다: Kabat (참조: T. T. Wu and E. A. Kabat, "AN ANALYSIS OF THE SEQUENCES OF THE VARIABLE REGIONS OF BENCE JONES PROTEINS AND MYELOMA LIGHT CHAINS AND THEIR IMPLICATIONS FOR ANTIBODY COMPLEMENTARITY", J Exp Med, vol. 132, no. 2, pp. 211-250, Aug. 1970); Chothia (참조: C. Chothia et al., "Conformations of immunoglobulin hypervariable regions", Nature, vol. 342, no. 6252, pp. 877-883, Dec. 1989); 및 IMGT (참조: M.-P. Lefranc et al., "IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains", Developmental & Comparative Immunology, vol. 27, no. 1, pp. 55-77, Jan. 2003). 이들 방법은 각각 가변 영역을 구성하는 아미노산 잔기의 확인을 위해 고유한 번호매김 시스템을 포함한다. 대부분 항체 분자에서, 실제로 항원의 에피토프와 접촉하는 아미노산 잔기는 CDR에서 발생하지만, 일부 경우, 프레임워크 영역 내의 잔기는 항원 결합에 기여한다.
당해 기술분야의 숙련가는 항체의 파라토프를 측정하기 위한 수개의 방법 중 어느 것을 이용할 수 있다. 이들 방법은 다음을 포함한다:
1) 항체 가변 영역의 아미노산 서열의 화학적 성질 및 에피토프의 조성에 기초한 항체/에피토프 결합 상호작용의 3차 구조의 산출 예측.
2) 수소-듀테륨 교환 및 질량 분광법
3) 폴리펩티드 분절 및 펩티드 맵핑 접근법, 여기서, 전체 길이 폴리펩티드로부터 다중 오버랩 펩티드 단편을 생성하고, 에피토프에 대한 이들 펩티드의 결합 친화도를 평가한다.
4) 항체 파지 디스플레이 라이브러리 분석, 여기서, 포유동물의 유전자를 암호화하는 항체 Fab 단편은 파자의 코트에 도입되는 방식으로 박테리오파지에 의해 발현된다. 이어서, Fab 발현 파지의 이러한 집단은 고정되거나 상이한 외인성 발현 시스템에 의해 발현될 수 있는 항원과 상호작용하도록 허용된다. 비-결합 Fab 단편은 세척 제거되고, 이에 따라, 항원에 부착된 단지 특이적 결합 Fab 단편이 남는다. 결합 Fab 단편은 용이하게 단리되고, 이를 암호화하는 유전자는 측정된다. 이러한 접근은 또한 적합한 경우 Fv 단편 또는 특이적 VH 및 VL 도메인을 포함하는 더 작은 영역의 Fab 단편을 위해 사용될 수 있다.
특정 측면에서, 친화성 성숙 항체는 이의 하나 이상의 CDR에서 하나 이상의 변형에 의해 향상되고, 이들 변경(들)을 갖지 않는 모 항체와 비교하여 표적 항원에 대한 항체의 친화도의 개선을 야기한다. 특정 친화성 성숙 항체는 표적 항원에 대한 나노몰 또는 피코몰 친화도를 가질 것이다. 친화성 성숙 항체는 당해 기술 분야에 공지된 절차에 의해 제조하고, 예를 들면, 문헌[참조: Marks et al., Bio/Technology 10:779 (1992)]는 VH 및 VL 도메인 셔플링에 의한 친화성 성숙을 기재하고, 파지 디스플레이에 이용되는 CDR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이유발은 문헌에 기재되어 있고 [참조: Rajpal et al., PNAS. 24: 8466-8471 (2005) and Thie et al., Methods Mol Biol. 525:309-22 (2009)], 산출 방법에 관련해서는 문헌 [참조: Tiller et al., Front. Immunol. 8:986 (2017)]에서 입증된다.
키메라 면역글로불린은 상이한 종으로부터 유도된 융합된 유전자의 생성물이다; "사람화" 키메라는 일반적으로 사람 면역글로불린으로부터 프레임워크 영역 (FR)을 갖고, 하나 이상의 CDR은 비-사람 공급원에서 유래된다.
특정 측면에서, 중쇄 및/또는 경쇄의 부분은 또다른 특정 종에서 유래되거나 특정 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 상응하는 서열에 동일하거나 상동성인 반면, 쇄(들)의 나머지는, 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한, 또다른 종으로부터 유래되거나 또다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체, 뿐만 아니라 이러한 항체의 단편에서 상응하는 서열에 동일하거나 상동성이다. 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌 [참조: Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851 (1984)]을 참조한다. 키메라 항체에 관련된 방법은, 예를 들면, 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌 [참조: Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1985)]을 참조하고, 이들 각각은 구체적으로 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다. CDR 그래프팅은, 예를 들면, 미국 특허 번호 6,180,370, 5,693,762, 5,693,761, 5,585,089, 및 5,530,101에 기재되어 있고, 이들 전부는 모든 목적을 위해 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
비-사람 종으로부터의 항체 폴리펩티드 서열의 최소화는 키메라 항체 기능을 최적화하고, 면역원성을 감소시킬 수 있다. 비-사람 항체의 비-항원 인식 영역으로부터 특이적 아미노산 잔기는 사람 항체 또는 이소형에서 상응하는 잔기에 상동성으로 변형된다. 하나의 예는 "CDR-그래프팅" 항체이고, 여기서, 항체는 특정 종으로부터 유래되거나 특이적 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 하나 이상의 CDR를 포함하고, 반면, 항체 쇄(들)의 나머지는 또다른 종으로부터 유래되거나 또다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열에 동일하거나 상동성이다. 사람에서 사용하기 위해, 비-사람 면역글로불린으로부터 경쇄 및 중쇄 가변 영역 둘 다에 대해 CDR1, CDR2, 및 부분 CDR3로 구성된 V 영역은, 사람 항체 프레임워크 영역으로 그래프팅되고, 사람 항체의 천연 발생 항원 수용체를 비-사람 CDR로 대체한다. 일부 경우, 상응하는 비-사람 잔기는 사람 면역글로불린의 프레임워크 영역 잔기를 대체한다. 추가로, 사람화 항체는 성능을 개선하기 위해 수용자 항체에서 또는 공여자 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 사람화된 항체는 또한 적어도 일부의 면역글로불린 불변 영역 (Fc), 전형적으로 사람 면역글로불린의 것을 포함할 수 있다. 예를 들면, 문헌을 참조한다 [참조: Jones et al., Nature 321:522 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323 (1988); Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593 (1992); Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma and Immunol. 1:105 (1998); Harris, Biochem. Soc. Transactions 23; 1035 (1995); Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428 (1994); Verhoeyen et al., Science 239:1534-36 (1988).
인트라바디는, 세포외 공간에서 항원에 결합하는 분비된 항체에 반대하는 세포내 항원에 결합하는 세포내 국소화된 면역글로불린이다.
다클론성 항체 제제는 전형적으로 상이한 결정인자 (에피토프)에 대한 상이한 항체를 포함한다. 다클론성 항체를 생성하기 위해, 숙주, 예를 들면, 래빗 또는 염소는, 항원 또는 항원 단편으로, 일반적으로 보조제와 함께 면역화되고, 필요한 경우, 담체에 커플링된다. 항원에 대한 항체는 후속적으로 숙주의 혈청으로부터 수집된다. 다클론성 항체는 단일특이적으로 되는 항원에 대해 정제된 친화도일 수 있다.
단클론성 항체 또는 "mAb"는 배타적 모 세포로부터 동종 항체의 집단으로부터 입수된 항체를 언급하고, 예를 들면, 집단은 최소량으로 존재할 수 있는 천연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 각각의 단클론성 항체는 단일 항원 결정인자에 대해 지시된다.
B. 기능성 항체 단편 및 항원-결합 단편
1. 항원-결합 단편
특정 측면은 항체 단편, 예를 들면, α3β1 인테그린, COL1A1, COL1A2, 또는 임의의 다른 종양 미세환경 단백질에 결합하는 항체 단편에 관한 것이다. 용어 기능성 항체 단편은 항원에 특이적으로 결합하는 능력을 보유하는 항체의 항원-결합 단편을 포함한다. 이들 단편은 다양한 배열의 가변 영역 중쇄 (VH) 및/또는 경쇄 (VL)로 구성되고; 불변 영역 중쇄 1 (CHl) 및 경쇄 (CL)를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 이들은 중쇄 2 (CH2) 및 3 (CH3) 도메인으로 구성된 Fc 영역이 결핍된다. 항원 결합 단편 및 이의 변형물의 측면은 다음을 포함할 수 있다: (i) VL, VH, CL, 및 CHl 도메인으로 구성된 Fab 단편 유형; (ii) VH 및 CHl 도메인으로 구성된 Fd 단편 유형; (iii) VH 및 VL 도메인으로 구성된 Fv 단편 유형; (iv) 단일 VH 또는 VL 도메인으로 구성된 단일 도메인 단편 유형, dAb, (참조: Ward, 1989; McCafferty et al., 1990; Holt et al., 2003); (v) 단리된 상보성 결정 영역 (CDR) 영역. 이러한 용어는, 예를 들면, 문헌 [참조: Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, NY (1989); Molec. Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference (Myers, R. A. (ed.), New York: VCH Publisher, Inc.); Huston et al., Cell Biophysics, 22:189-224 (1993); Pluckthun and Skerra, Meth. Enzymol., 178:497-515 (1989) and in Day, E. D., Advanced Immunochemistry, 2d ed., Wiley-Liss, Inc. New York, N.Y. (1990); Antibodies, 4:259-277 (2015)]에 기술되어 있고, 이들 각각은 참조로서 포함된다.
항원-결합 단편은 또한 경쇄 가변 영역으로부터 정확히, 적어도, 또는 최대 1, 2, 또는 3개의 상보성 결정 영역 (CDR)을 포함하는 항체의 단편을 포함한다. CDR-함유 서열의 Fc 영역 (또는 이의 CH2 또는 CH3 영역)으로의 융합은 이러한 정의 내에 포함되고, 예를 들면, Fc 영역에 직접적으로 또는 간접적으로 융합된 scFv는 본원에 포함된다.
용어 Fab 단편 (또한 "Fab")은 VL, VH, CL 및 CH1 도메인을 포함하는 항체의 1가 항원-결합 단편을 의미한다. 용어 Fab' 단편은 Fab 단편보다 더 큰 단클론성 항체의 1가 항원-결합 단편을 의미한다. 예를 들면, Fab' 단편은 VL, VH, CL 및 CH1 도메인 및 힌지 영역의 전부 또는 부분을 포함한다. 용어 F(ab')2 단편은 힌지 영역에서 디설파이드 브릿지에 의해 결합된 2개의 Fab' 단편을 포함하는 단클론성 항체의 2가 항원-결합 단편을 의미한다. F(ab')2 단편은, 예를 들면, 2개의 VH 및 VL 도메인의 전부 또는 부분을 포함하고, 2개의 CL 및 CH1 도메인의 전부 또는 부분을 추가로 포함할 수 있다.
용어 Fd 단편은 CDR을 포함하는 VH의 전부 또는 부분을 포함하는 단클론성 항체의 중쇄의 단편을 의미한다. Fd 단편은 CH1 영역 서열을 추가로 포함할 수 있다.
용어 Fv 단편은 VL 및 VH의 전부 또는 부분을 포함하고, CL 및 CH1 도메인이 부재한 단클론성 항체의 1가 항원-결합 단편을 의미한다. VL 및 VH는, 예를 들면, CDR을 포함한다. 단일-쇄 항체 (sFv 또는 scFv)는 Fv 분자이고, 여기서, VL 및 VH 영역은 유연성 링커에 의해 연결되어 단일 폴리펩티드 쇄를 형성하고, 이는 항원-결합 단편을 형성한다. 단일 쇄 항체는 국제 특허 출원 공보 번호 WO 88/01649 및 미국 특허 번호 4,946,778 및 5,260,203에서 상세하게 논의되고, 이의 개시는 본원에 참조로서 도입된다. 용어 (scFv)2는 힌지 영역에 의해 sFv에 의해 분리된 이들의 C-말단에서 올리고머화 도메인을 포함하는 2가 또는 이특이적 sFv 폴리펩티드 쇄를 의미한다 (참조: Pack et al. 1992). 올리고머화 도메인은 자가-회합 a-헬리스, 예를 들면, 류신 지퍼를 포함하고, 이는 추가 디설파이드 결합에 의해 추가로 안정화될 수 있다. (scFv)2 단편은 또한 "미니항체" 및 "미니바디"로 공지되어 있다.
단일 도메인 항체는 단지 VH 또는 VL 도메인을 포함하는 항원-결합 단편이다. 일부 경우, 2개 이상의 VH 영역은 펩티드 링커로 공유결합으로 연결되어 2가 도메인 항체를 생성한다. 2가 도메인 항체의 2개의 VH 영역은 동일한 또는 상이한 항원을 표적화할 수 있다.
2. 단편 항원 결합 영역, Fab
본 개시의 Fab 폴리펩티드는 항체의 Fab 항원 결합 단편을 포함한다. 달리 구체적으로 기재되지 않는 한, 용어 "Fab"는 항체의 Fc 부분을 제외하는 폴리펩티드에 관한 것이다. Fab는, 다른 성분, 예를 들면, 추가 항원 결합 도메인, 공자극 도메인, 링커, 펩티드 스페이서, 막횡단 도메인, 엔도도메인, 및 부속 단백질을 포함하는 폴리펩티드에 접합될 수 있다. Fab 폴리펩티드는 당해 기술 분야에 공지된 종래 기술을 사용하여 생성할 수 있고, 문헌에 잘 기재되어 있다.
3. 단편 결정성 영역, Fc
Fc 영역은 항체의 CH2 및 CH3 도메인을 포함하는 2개의 중쇄 단편을 포함한다. 2개의 중쇄 단편은 2개 이상의 디설파이드 결합에 의해 및 CH3 도메인의 소수성 상호작용에 의해 유지된다. 본원에 사용된 용어 "Fc 폴리펩티드"는 항체의 Fc 영역으로부터 유래된 폴리펩티드의 네이티브 및 뮤테인 형태를 포함한다. 이량체화를 촉진하는 힌지 영역을 포함하는 이러한 폴리펩티드의 절두된 형태가 포함된다.
C. 항체 CDR & CDR을 나타내는 골격 도메인을 갖는 폴리펩티드
항원-결합 펩티드 골격, 예를 들면, 상보성-결정 영역 (CDR)을 사용하여 실시형태에 따라 단백질-결합 분자를 생성한다. 일반적으로, 당해 기술분야의 숙련가는 CDR 중 적어도 하나를 그래프팅된 단백질 골격의 유형을 결정할 수 있다. 골격은, 최적으로, 하기한 다수의 기준을 만족시켜야 하는 것으로 공지되어 있다: 우수한 계통발생 보존; 공지된 3차원 구조; 작은 크기; 전사-후 변형이 거의 없거나 없음; 및/또는 생산, 발현 및 정제 용이함. 문헌을 참조한다 [참조: Skerra, J Mol Recognit, 13:167-87 (2000)].
단백질 골격은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기로부터 공급될 수 있다: 피브로넥틴 III형 FN3 도메인 ("모노바디"로서 공지됨), 피브로넥틴 III형 도메인 10, 리포칼린, 안티칼린, 스타필로코쿠스 아우레우스의 단백질 A의 Z- 도메인, 티오레독신 A 또는 반복된 모티프, 예를 들면, "안키린 반복", "아르마딜로 반복", "류신-풍부 반복" 및 "테트라트리코펩티드 반복"을 갖는 단백질. 이러한 단백질은 US 특허 공보 번호 2010/0285564, 2006/0058510, 2006/0088908, 2005/0106660, 및 PCT 공보 번호 WO2006/056464에 기재되어 있고, 이들 각각은 구체적으로 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다. 전갈, 곤충, 식물, 연체동물 등으로부터의 독소로부터 유래된 골격, 및 뉴런 NO 신타제의 단백질 억제제 (PIN)를 또한 사용할 수 있다.
D. 항체 결합
용어 "선택적 결합 제제"는 항원에 결합하는 분자를 언급한다. 비-제한적인 예는 항체, 항원-결합 단편, scFv, Fab, Fab', F(ab')2, 단일 쇄 항체, 펩티드, 펩티드 단편 및 단백질을 포함한다.
용어 "결합"은, 상호작용, 예를 들면, 염 브릿지 및 물 브릿지를 포함하는, 예를 들면, 공유, 정전기, 소수성, 및 이온성 및/또는 수소-결합 상호작용으로 인한 2개의 분자 간의 직접 회합을 언급한다. "면역학적 반응성"은 관심 대상 선택적 결합 제제 또는 항체가 생물학적 샘플에 존재하는 항원에 결합할 것임을 의미한다. 용어 "면역 착체"는 항체 또는 선택적 결합 제제가 항원 상 에피토프에 결합되는 경우 형성된 조합물을 언급한다.
1. 친화도/결합력(Avidity)
용어 "친화도"는 항체 또는 선택적 결합 제제가 에피토프에 결합하는 강도를 언급한다. 항체 결합 반응에서, 이는 임의의 제공된 항체 또는 선택적 결합 제제에 대한 친화도 상수 (Ka 또는 ka는 때때로 회합 상수로서 언급됨)로서 표현된다. 친화도는 관련되지 않은 아미노산 서열에 대한 항체의 결합 강도에 대한 이의 항원에 대한 항체의 결합 강도의 비교로서 측정된다. 친화도는, 예를 들면, 관련되지 않은 아미노산 서열에서보다 20-배 초과의 항체의 이의 항원에 대한 결합 능력으로 표현될 수 있다. 본원에 사용된, 용어 "결합력"은 희석 후 해리에 대한 2개 이상의 제제의 착체의 저항을 언급한다. 용어 "면역반응성" 및 "우선적으로 결합하다"는 항체 및/또는 선택적 결합 제제에 대해 상호교환하여 사용된다.
임의의 제공된 항체 또는 이의 항원을 위한 선택적 결합 제제의 결합 친화도를 평가하기 위해 당해 기술분야의 숙련가에 의해 사용될 수 있는 수개의 실험 방법이 있다. 이는 일반적으로 식 KD = koff/kon = [A][B]/[AB]를 사용하여 평형 해리 상수 (KD 또는 Kd)를 측정하여 수행된다. 용어 koff는 단위 시간당 항체 및 항원 간의 해리 속도이고, 평형상태에서 용액 중 결합되지 않은 형태로 존재하는 항체 및 항원의 농도에 관련된다. 용어 kon은 단위 시간당 항체 및 항원 회합 속도이고, 평형 상태에서 결합된 항원-항체 착체의 농도에 관련된다. KD를 측정하기 위해 사용되는 단위는 mol/L (몰농도, 또는 M), 또는 농도이다. 항체의 Ka는 KD의 반대이고, 식 Ka = 1/KD에 의해 측정된다. KD 값을 측정하기 위해 사용될 수 있는 일부 실험 방법의 예는 다음과 같다: 효소-결합된 면역흡수 검정 (ELISA), 등온 적정 열량법 (ITC), 형광 이방성, 표면 플라스몬 공명 (SPR), 및 친화도 모세관 전기이동 (ACE). 항체의 친화도 상수 (Ka)는 KD의 반대이고, 식 Ka = 1/ KD에 의해 측정된다.
특정 실시형태에서 유용한 것으로 간주되는 항체는 약, 적어도 약, 또는 최대 약 106, 107, 108, 109, 또는 1010 M 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위의 친화도 상수 (Ka)를 가질 수 있다. 유사하게는, 일부 실시형태에서, 항체는 약, 적어도 약 또는 최대 약 10-6, 10-7, 10-8, 10-9, 10-10 M, 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위의 해리 상수를 가질 수 있다. 이들 값은 본원에 논의된 항체에 대해 보고되고, 동일한 검정을 사용하여 이러한 항체의 결합 성질을 평가할 수 있다. 본 발명의 항체는, 해리 상수 (KD)가 ≤10-8 M인 경우, 이의 표적 항원에 "특이적으로 결합"한다고 언급된다 . 항체는, KD가 ≤5x10-9 M인 경우, "높은 친화도"로 항원에 특이적으로 결합되고, KD가 -5x10-10 M인 경우, "매우 높은 친화도"로 결합된다.
2. 에피토프 특이성
항원의 에피토프는, 항체가 결합 친화도를 갖는 항원의 특이적 영역이다. 단백질 또는 폴리펩티드 항원의 경우, 에피토프는 항체가 높은 친화도로 결합하는 특이적 잔기 (또는 특이적 아미노산 또는 단백질 분절)이고, 항체는 단백질 내에 모든 잔기에 반드시 접촉하지 않는다. 단백질 내에 모든 단일 아미노산 치환 또는 결실은 반드시 결합 친화도에 영향을 주지는 않는다. 당해 명세서 및 동반되는 청구범위의 목적을 위해, 용어 "에피토프" 및 "항원 결정인자"는 상호교환하여 사용되고, B 및/또는 T 세포가 반응하거나 인식하는 항원 상 부위를 언급한다. 폴리펩티드 에피토프는 폴리펩티드의 3차 폴딩로 병치된 연속 아미노산 및 비연속 아미노산 둘 다로부터 형성될 수 있다. 에피토프는 전형적으로 적어도 3개, 및 전형적으로 5-10개의 아미노산을 고유한 공간적 형태로 포함한다.
항체의 에피토프 특이성은 다양한 방식으로 측정할 수 있다. 하나의 접근은, 예를 들면, 단백질의 전체 서열을 포괄하고 적은 수의 아미노산 (예를 들면, 3 내지 30개의 아미노산)의 증분에 대해 상이한 15개의 아미노산의 오버랩핑 펩티드의 수집을 시험하는 것을 포함한다. 펩티드를 마이크로티터 디쉬의 개별적인 웰에 고정시킨다. 고정화가, 예를 들면, 펩티드의 하나의 말단을 비오티닐화하여 수행될 수 있다. 이러한 프로세스는 에피토프에 대해 항체 친화도에 영향을 미칠 수 있고, 따라서, 동일한 펩티드의 상이한 샘플을 N 및 C 말단에서 비오티닐화하고, 비교의 목적으로 개별적인 웰에 고정할 수 있다. 이는 말단-특이적 항체를 확인하기 위해 유용하다. 임의로, 관심 대상 특정 아미노산에서 말단화하는 추가 펩티드가 포함될 수 있다. 이러한 접근은 내부 단편에 대한 말단-특이적 항체를 확인하기 위해 유용하다. 항체 또는 항원-결합 단편을 다양한 펩티드 각각에 대한 결합에 대해 선별한다. 에피토프는, 항체가 고 친화도 결합을 나타내는 모든 펩티드에 공통인 아미노산의 분절로서 정의된다.
3. 항체 항원-결합 도메인의 변형
본 발명의 항체가 변형될 수 있고, 이에 따라, 항체는 실질적으로 항체 폴리펩티드 서열, 또는 이의 단편과 동일하고, 본 발명의 에피토프에 여전히 결합하는 것으로 이해된다. 폴리펩티드 서열은, 디폴트 갭 중량을 사용하는 Clustal Omega, IGBLAST, GAP 또는 BESTFIT와 같은 프로그램을 사용하여 최적 정렬되는 경우, "실질적으로 동일하고", 이들은 적어도 80% 서열 동일성, 적어도 90% 서열 동일성, 적어도 95% 서열 동일성, 적어도 96% 서열 동일성, 적어도 97% 서열 동일성, 적어도 98% 서열 동일성, 또는 적어도 99% 서열 동일성 또는 그 내에 임의의 범위를 공유한다.
본원에 논의된, 항체 또는 이의 항원-결합 영역에서 아미노산 서열의 최소 변화는 본 발명에 포함되는 것으로 고려되고, 단, 아미노산 서열의 변화는 적어도 75%, 보다 바람직하게는 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 및 가장 바람직하게는 적어도 99% 서열 동일성을 유지한다. 특히, 보존적 아미노산 대체가 고려된다.
보존적 대체는 이들의 측쇄에 관련된 아미노산 부류 내에 발생하는 것들이다. 유전적으로 암호화된 아미노산은 일반적으로 하기한 측쇄의 화학적 성질을 기준으로 하여 부류로 분리된다; 예를 들면, 산성 (아스파르테이트, 글루타메이트), 염기성 (리신, 아르기닌, 히스티딘), 비극성 (알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌, 트립토판), 및 하전되지 않은 극성 (글리신, 아스파라긴, 글루타민, 시스테인, 세린, 트레오닌, 티로신). 예를 들면, 류신 모이어티의 이소류신 또는 발린 모이어티으로 단리된 대체, 또는 아미노산의 동일한 과의 구조적으로 관련된 아미노산으로 유사한 대체는, 대체가 프레임워크 부위 내에 아미노산에 연루되지 않는 경우, 수득한 분자의 결합 또는 성질에 주요한 영향을 주지지 않는 것으로 예측하는 것이 합리적이다. 아미노산 변화가 기능성 펩티드를 야기하는지 여부는 폴리펩티드 유도체의 특이적 활성을 검정하여 용이하게 측정할 수 있다. 표준 ELISA, 표면 플라스몬 공명 (SPR), 또는 다른 항체 결합 검정은 비변형된 항체 및 당해 기술분야의 숙련가에게 이용가능한 수개의 방법 중 어느 것으로 통해 생성된 보존적 치환을 갖는 임의의 폴리펩티드 유도체 간의 항원 결합 친화도의 정량적 비교를 위해 당해 기술분야의 숙련가에 의해 수행되었다.
항체 또는 면역글로불린 분자의 단편 또는 유사체는 당해 기술분야의 숙련가에 의해 용이하게 제조될 수 있다. 단편 또는 유사체의 바람직한 아미노- 및 카복시-말단은 기능성 도메인의 경계 근처에서 발생한다. 구조적 및 기능성 도메인은 공개된 또는 등록상표의 서열 데이터베에스에 대한 뉴클레오티드 및/또는 아미노산 서열 데이터의 비교에 의해 확인할 수 있다. 바람직하게는, 산출된 비교 방법을 사용하여 공지된 구조 및/또는 기능의 다른 단백질에서 발생하는 서열 모티프 또는 예측된 단백질 형태 도메인를 확인한다. 공지된 3-차원 구조로 폴딩되는 단백질 서열을 확인하는 표준 방법은 당해 기술분야의 숙련가에게 이용가능하다; 참조: Dill and McCallum., Science 338:1042-1046 (2012). 단백질 구조 및 이들을 암호화하는 유전자 서열을 예측하는 수개의 알고리즘을 개발하고, 이들 알고리즘 중 다수는 National Center for Biotechnology Information (월드 와이드 웹 ncbi.nlm.nih.gov/guide/proteins/) 및 Bioinformatics Resource Portal (월드 와이드 웹 expasy.org/proteomics)에서 발견할 수 있다. 따라서, 상기한 예는 당해 기술분야의 숙련가가 본 발명에 따라서 구조적 및 기능성 도메인을 한정하기 위해 사용될 수 있는 서열 모티프를 및 구조적 형태를 인식할 수 있음을 입증한다.
프레임워크 변형은, 예를 들면, 하나 이상의 프레임워크 잔기를 상응하는 생식계열 서열에 대해 "역돌연변이"하여 항체에 수행되어 면역원성을 감소시킬 수 있다.
또한 항원-결합 도메인은 항원-결합 도메인을 동일한 항원 (다-가) 또는 상이한 항원 (다중-특이적)에 결합하는 VH 및 VL 영역 쌍으로 다량체화하여 다중-특이적 또는 다가가 될 수 있다는 것으로 고려된다.
E. 항체의 화학적 변형
일부 측면에서, 항체의 글리코실화 변종이 고려되고, 여기서, 글리코실화 부위(들)의 수 및/또는 유형은 모 폴리펩티드의 아미노산 서열과 비교하여 변경되었다. 폴리펩티드의 글리코실화는, 예를 들면, 폴리펩티드 서열 내에서 글리코실화의 하나 이상의 부위를 변형하여 항원에 대한 폴리펩티드의 친화도를 증가시켜, 변경될 수 있다 (미국 특허 번호 5,714,350 및 6,350,861). 특정 실시형태에서, 항체 단백질 변종은 네이티브 항체보다 더 크거나 적은 수의 N-결합된 글리코실화 부위를 포함한다. N-결합된 글리코실화 부위는 서열에 의해 특성화된다: Asn-X-Ser 또는 Asn-X-Thr, 여기서, X로서 지정된 아미노산 잔기는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산 잔기일 수 있다. 이러한 서열을 생성하는 아미노산 잔기의 치환은 N-결합된 탄수화물 쇄의 부가를 위한 잠재적 신규 부위를 제공한다. 대안적으로, 이러한 서열을 제거 또는 변경시키는 치환은 네이티브 폴리펩티드에 존재하는 N-결합된 탄수화물 쇄를 첨가하여 방지될 것이다. 예를 들면, 글리코실화는 Asn의 결실에 의해 또는 Asn을 상이한 아미노산으로 치환시켜 감소될 수 있다. 다른 실시형태에서, 하나 이상의 신규한 N-결합된 글리코실화 부위가 생성된다. 항체는 전형적으로 Fc 영역에서 N-결합된 글리코실화 부위를 갖는다.
추가 항체 변종은 시스테인 변종을 포함하고, 여기서, 모 또는 네이티브 아미노산 서열에서 하나 이상의 시스테인 잔기는 또다른 아미노산 (예를 들면, 세린)으로부터 결실되거나 이들로 치환된다. 시스테인 변종은 특히 항체가 생물학적 활성 형태로 리폴딩되어야 하는 경우 유용하다. 시스테인 변종은 네이티브 항체보다 소수의 시스테인 잔기를 가질 수 있고, 전형적으로 쌍형성되지 않은 시스테인으로부터 야기된 상호작용을 최소화하기 위해 짝수를 갖는다.
일부 측면에서, 폴리펩티드를 페길화하여 폴리펩티드를 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 또는 PEG의 반응성 에스테르 또는 알데히드 유도체와 하나 이상의 PEG 그룹이 폴리펩티드에 부착되는 조건하에 반응시켜 생물학적 반감기를 증가시킬 수 있다. 폴리펩티드 페길화를 반응성 PEG 분자 (또는 유사한 반응성 수용성 중합체)와 함께 아실화 반응 또는 알킬화 반응으로 수행할 수 있다. 단백질의 페길화 방법은 당해 기술 분야에 공지되어 있고, 본 발명의 폴리펩티드에 적용하여 항체의 PEGyl화 유도체를 수득할 수 있다. 예를 들면, EP 0 154 316 및 EP 0 401 384를 참조한다. 일부 측면에서, 항체는 트랜스티레틴 (TTR) 또는 TTR 변종에 접합되거나 그렇지 않으면 결합된다. TTR 또는 TTR 변종은, 예를 들면, 엑스트란, 폴리(n-비닐 피롤리돈), 폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 단독중합체, 폴리프로필렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 공-중합체, 폴리옥시에틸화된 폴리올, 및 폴리비닐 알콜로 이루어진 그룹으로부터 선택된 화학물질로 화학적으로 변형될 수 있다. 본원에 사용된, 용어 "폴리에틸렌 글리콜"은 다른 단백질을 유도하는데 사용되는 PEG의 형태 중 어느 것을 포함하는 것을 의도한다.
1. 접합
본원에 기재된 항체 및 항원 결합 단편의 유도체가 또한 제공된다. 유도된 항체 또는 이의 단편은 항체 또는 단편에 목적하는 성질을 부여하는 임의의 분자 또는 물질을 포함할 수 있다. 유도된 항체는, 예를 들면, 검출가능한 (또는 표지화) 모이어티 (예를 들면, 방사능활성, 비색, 항원, 또는 효소 분자, 또는 검출가능한 비드), 또다른 분자 (예를 들면, 비오틴 또는 스트렙타비딘)에 결합하는 분자, 치료학적 또는 진단적 모이어티 (예를 들면, 방사능활성, 세포독성, 또는 약제학적 활성 모이어티), 또는 특정 사용 (예를 들면, 대상자에게, 예를 들면, 사람 대상자에게 투여, 또는 생체내 또는 시험관내 용도에서 그외)을 위한 항체의 적합성을 증가시키는 분자를 포함할 수 있다.
임의로, 항체 또는 항체의 면역학적 부분은 다른 단백질과 함께 융합 단백질에 화학적으로 접합되거나 이로서 발현될 수 있다. 일부 측면에서, 폴리펩티드는 폴리펩티드를 혈청 단백질, 예를 들면, 사람 혈청 알부민에 접합 또는 융합하여 화학적으로 변형시켜 수득한 분자의 반감기를 증가시킬 수 있다. 예를 들면, EP 0322094 및 EP 0 486 525를 참조한다. 일부 측면에서, 폴리펩티드는 진단적 제제에 접합될 수 있고, 진단적으로 사용되어 예를 들면, 질환의 발병 또는 진행을 모니터링하고, 제공된 치료 용법의 효능을 측정할 수 있다. 일부 측면에서, 폴리펩티드는 또한 치료학적 제제에 접합되어 폴리펩티드의 치료학적 효과를 조합한 요법을 제공할 수 있다. 추가 적합한 접합된 분자는 리보뉴클레아제 (RNase), DNase I, 안티센스 핵산, 억제 RNA 분자, 예를 들면, siRNA 분자, 면역자극 핵산, 압타머, 리보자임, 트리플렉스 형성 분자, 및 외부 가이드 서열을 포함한다. 기능성 핵산 분자는 표적 분자에 의해 보유되는 특이적 활성의 이펙터, 억제제, 조절제, 및 자극제로서 작용할 수 있거나, 기능성 핵산 분자는 임의의 다른 분자에 독립적으로 드노보 활성을 가질 수 있다.
일부 측면에서, 적어도 하나의 제제에 결합되어 항체 접합체 또는 페이로드를 형성하는 항체 및 항체-유사 분자가 개시된다. 진단학적 또는 치료학적 제제로서 항체 분자의 효능을 증가시키기 위해, 적어도 하나의 목적하는 분자 또는 모이어티에 결합하거나 공유결합하거나 착화되는 것이 통상적이다. 이러한 분자 또는 모이어티는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 적어도 하나의 이펙터 또는 리포터 분자일 수 있다. 이펙터 분자는 목적하는 활성, 예를 들면, 세포독성 활성을 갖는 분자를 포함한다. 이펙터 분자의 비-제한적인 예는 독소, 치료학적 효소, 항생물질, 방사성표지된 뉴클레오티드 등을 포함한다. 반대로, 리포터 분자는 검정을 사용하여 검출될 수 있는 임의의 모이어티로서 한정된다. 항체에 접합된 리포터 분자의 비-제한적인 예는 효소, 방사성표지, 합텐, 형광성 표지, 인광 분자, 화학발광 분자, 발색단, 발광 분자, 광친화성 분자, 유색 입자, 또는 리간드를 포함한다.
a. 접합체 유형
항체 접합체의 특정 예는 항체가 검출가능한 표지에 결합되는 접합체이다. "검출가능한 표지"는 이들의 특이적 기능성 성질, 및/또는 화학적 특성, 항체가 검출 및/또는 목적하는 경우 추가로 정량화되도록 하는 용도로 인해 검출될 수 있는 화합물 및/또는 요소이다. 검출가능한 표지의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 방사능활성 이소토프, 형광물질, 반도체 나노결정, 화학발광자, 발색단, 효소, 효소 기질, 효소 보조인자, 효소 억제제, 염료, 금속 이온, 금속 졸, 리간드 (예를 들면, 비오틴, 스트렙타비딘 또는 합텐) 등을 포함한다. 표지의 특정 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 홀스래디쉬 페옥시다제 (HRP), 플루오레세인, FITC, 로다민, 단실, 움벨리페론, 디메틸 아크리디늄 에스테르 (DMAE), 텍사스 레드, 루미놀, NADPH 및 α- 또는 β-갈락토시다제이다. 항체 접합체는 시험관내 용도를 위해 주로 의도된 것을 포함하고, 여기서, 항체는 이차적인 결합 리간드에 및/또는 효소에 결합하여 발색 기질과 접촉시 유색 생성물을 생성한다. 적합한 효소의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 우레아제, 알칼리성 포스파타제, (홀스래디쉬) 수소 퍼옥시다제, 또는 글루코스 옥시다제를 포함한다. 바람직한 이차적인 결합 리간드는 비오틴 및/또는 아비딘 및 스트렙타비딘 화합물이다. 이러한 표지의 사용은 당해 기술분야의 숙련가에게 잘 공지되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 3,817,837; 3,850,752; 3,939,350; 3,996,345; 4,277,437; 4,275,149 및 4,366,241에 기재되어 있고; 이들 각각은 본원에 참조로서 도입된다. 아지도 그룹을 포함하는 분자는 또한 저 강도 지와선 광에 의해 생성된 반응성 니트렌 중간체를 통해 단백질에 공유결합을 형성하기 위해 사용될 수 있다 (참조: Potter & Haley, 1983).
일부 측면에서, 세포독성 제제, 예를 들면, 화학요법 제제, 약물, 성장 억제 제제, 독소 (예를 들면, 박테리아, 진균, 식물, 또는 동물 기원의 효소 활성 독소, 또는 이의 단편), 또는 방사능활성 이소토프 (즉, 방사성접합체)에 접합된 항체 또는 이의 항원-결합 단편을 포함하는 면역접합체가 고려된다. 이러한 방식으로, 관심 대상 제제를 세포 표면 항원을 포함하는 세포에 직접적으로 표적화할 수 있다. 항체 및 제제는 비-공유 상호작용을 통해, 예를 들면, 정전기 힘을 통해, 또는 공유결합에 의해 회합될 수 있다. 당해 기술 분야에 공지된 다양한 링커를 이용하여 면역접합체를 형성할 수 있다. 추가로, 면역접합체는 융합 단백질의 형태로 제공될 수 있다. 하나의 측면에서, 항체는 다양한 치료학적 물질에 접합되어 세포 표면 항원을 표적화할 수 있다. 접합된 제제의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 금속 킬레이트 착물, 약물, 독소 및 다른 이펙터 분자, 예를 들면, 시토킨, 림포킨, 케모킨, 면역조절제, 방사선민감제, 아스파라기나제, 카보란, 및 방사능활성 할로겐을 포함한다.
항체 약물 접합체 (ADC)에서, 항체 (Ab)를 하나 이상의 약물 모이어티 (D)에 링커 (L)를 통해 접합한다. ADC를 다음을 포함하는 당해 기술분야의 숙련가에게 공지된 유기 화학 반응, 조건, 및 시약을 이용하여 수개의 경로로 제조할 수 있다: (1) 항체의 친핵성 그룹을 2가 링커 시약과 반응시켜, Ab-L을, 공유결합을 통해 형성하고, 이어서, 약물 모이어티 D와 반응시키고; (2) 약물 모이어티의 친핵성 그룹을 2가 링커 시약과 반응시켜, D-L을, 공유결합을 통해 형성하고, 이어서, 항체의 친핵성 그룹과 반응시킴. 항체 약물 접합체는 또한 링커 시약 또는 약물 상 친핵성 치환체와 반응할 수 있는 친전자성 모이어티를 도입하는 항체의 변형에 의해 생성될 수 있다. 대안적으로, 항체 및 세포독성 제제를 포함하는 융합 단백질은, 예를 들면, 재조합 기술 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. DNA의 길이는, 서로 인접하거나 접합체의 목적하는 성질을 파괴하지 않는 링커 펩티드를 암호화하는 영역에 의해 분리된 2개의 부분의 접합체를 암호화하는 각각의 영역을 포함할 수 있다. 또한 또다른 측면에서, 항체는 종양 또는 암 세포 사전-표적화에서 이용하기 위해 "수용체" (예를 들면, 스트렙타비딘)에 접합될 수 있고, 여기서, 항체-수용체 접합체는 환자에게 투여되고, 이어서, 청소 제제를 사용하여 순환으로부터 결합되지 않은 접합체를 제거하고, 이어서, 세포독성 제제 (예를 들면, 방사선뉴클레오티드)에 접합된 "리간드" (예를 들면, 아비딘)를 투여한다.
당해 기술분야의 숙련가에게 공지된 항체-약물 접합체의 예는 세포독성 또는 세포증식억제 제제의 국소 전달에 유용한 전구-약물이다. 즉, 암의 치료에서 종양 세포를 사멸 또는 억제하는 약물이다 (참조: Syrigos and Epenetos, Anticancer Res. 19:605-614 (1999); Niculescu-Duvaz and Springer, Adv. Drg. Del. Rev. 26:151-172 (1997); 미국 특허 번호 4,975,278)]. 이와 대조적으로, 이들 접합되지 않은 약물 제제의 전신 투여는 정상 세포 뿐만 아니라 표적 종양 세포에 허용되지 않는 수준의 독성을 야기할 수 있다 (참조: Baldwin et al., Lancet 1:603-5 (1986); Thorpe, (1985) "Antibody Carriers of Cytotoxic Agents in Cancer Therapy", In: Monoclonal Antibodies '84: Biological and Clinical Applications, A. Pincera et al., (eds.) pp. 475-506). 다클론성 항체 및 단클론성 항체 둘 다는 이들 전략에 유용한 것으로 보고되었다 (참조: Rowland et al., Cancer Immunol. Immunother. 21:183-87 (1986)).
특정 측면에서, ADC는, 예를 들면, 항체 폴리펩티드의 N-말단 또는 C-말단에 융합된 이종 폴리펩티드를 포함하는 재조합 융합 단백질의 발현에 의한, 항체, 또는 이의 항원-결합 단편의 다른 단백질 또는 폴리펩티드와의 공유결합 또는 응집 접합체를 포함한다. 예를 들면, 접합된 펩티드 이종 신호 (또는 리더) 폴리펩티드, 예를 들면, 효모 알파-인자 리더, 또는 펩티드, 예를 들면, 에피토프 태그 (예를 들면, V5-His)일 수 있다. 항체-함유 융합 단백질은 항체 (예를 들면, 폴리-His)의 정제 또는 확인을 실행하기 위해 첨가되는 펩티드를 포함할 수 있다. 항체 폴리펩티드는 또한 FLAG® (Sigma-Aldrich, St. Louis, Mo.) 문헌에 기재된 펩티드 [참조: Hopp et al., Bio/Technology 6:1204 (1988), 및 미국 특허 번호 5,011,912]에 결합될 수 있다. 하나 이상의 항체 폴리펩티드를 포함하는 올리고머는 길항제로서 이용될 수 있다. 올리고머는 공유결합된 또는 비-공유결합된 이량체, 삼량체, 또는 고차 올리고머의 형태일 수 있다. 2개 이상의 항체 폴리펩티드를 포함하는 올리고머가 사용을 위해 고려된다. 다른 올리고머는 이종이량체, 동종삼량체, 이종삼량체, 단독사량체, 이종사량체 등 특정 측면에서, 올리고머는 항체 폴리펩티드에 융합된 펩티드 모이어티 간의 공유 또는 비-공유 상호작용을 통해 연결된 다중 항체 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 펩티드는 펩티드 링커 (스페이서), 또는 올리고머화를 촉진하는 성질을 갖는 펩티드일 수 있다. 류신 지퍼 및 항체로부터 유래된 특정 폴리펩티드는 하기 상세하게 기재된 바와 같이 이에 부착된 항체 폴리펩티드의 올리고머화를 촉진할 수 있는 펩티드 중에 있다.
b. 접합 방법론
항체의 이의 접합체 모이어티로의 부착 또는 접합을 위한 수개의 방법이 당해 기술 분야에 공지되어 있다. 일부 부착 방법은 예를 들면, 유기 킬레이트 제제, 예를 들면, 디에틸렌트리아민펜타아세트산 무수물 (DTPA); 에틸렌트리아민테트라아세트산; N-클로로-p-톨루엔설폰아미드; 및/또는 항체에 부착된 테트라클로로-3-6-디페닐글리코우릴-3 (미국 특허 번호 4,472,509 및 4,938,948, 이들 각각은 본원에 참조로서 도입됨)를 이용하는 금속 킬레이트 착체의 사용을 수반한다. 단클론성 항체는 또한 효소와 커플링 제제, 예를 들면, 글루타르알데히드 또는 페리오데이트의 존재하에 반응할 수 있다. 접합체는 또한 다양한 이기능성 단백질-커플링 제제, 예를 들면, N-석신이미딜-3-(2-피리딜디티올) 프로피오네이트 (SPDP), 이미노티올란 (IT), 이미도에스테르의 이기능성 유도체 (예를 들면, 디메틸 아디피미데이트 HCl), 활성 에스테르 (예를 들면, 디석신이미딜 수베레이트), 알데히드 (예를 들면, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물 (예를 들면, 비스(p-아지도벤조일)헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체 (예를 들면, 비스(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트 (예를 들면, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트), 및 비스-활성 불소 화합물 (예를 들면, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조할 수 있다. 일부 측면에서, 항체 결합 부위를 변경시키지 않는 반응 조건을 사용하여 면역글로불린의 Fc 영역에서 설프하이드릴 그룹을 선택적으로 도입하여 면역글로불린의 유도체화가 고려된다. 이러한 방법론에 따라 생성된 항체 접합체는 개선된 수명, 특이성, 및 민감성을 나타내는 것으로 개시된다 (미국 특허 번호 5,196,066, 본원에 참조로서 도입됨). Fc 영역에서 리포터 또는 이펙터 분자가 탄수화물 잔기에 접합되는, 이펙터 또는 리포터 분자의 부위-특이적 부착은, 또한 문헌에 개시되어 있다 (참조: O'Shannessy et al., 1987).
VI. 억제 올리고뉴클레오티드
일부 측면에서, 본 개시는 종양 미세환경에서 단백질, 예를 들면, 인테그린 단백질 또는 콜라겐 단백질의 유전자 발현을 억제하는 억제 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 측면에서, 본 개시의 억제 올리고뉴클레오티드는 α3β1 인테그린의 발현을 억제한다. 일부 측면에서, 본 개시의 억제 올리고뉴클레오티드는 알파-1 I형 콜라겐 (COL1A1)의 발현을 억제한다. 일부 측면에서, 본 개시의 억제 올리고뉴클레오티드는 알파-2 I형 콜라겐 (COL1A2)의 발현을 억제한다. 억제 올리고뉴클레오티드의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만 siRNA (소 간섭 RNA), 짧은 헤어핀 RNA (shRNA), 이중-표준 RNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드, 리보자임, 및 임의의 이를 암호화하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 억제 올리고뉴클레오티드는 세포에서 유전자의 전사를 억제하거나, 유전자 전사의 번역을 방지할 수 있다. 억제 올리고뉴클레오티드 산은 16 내지 1000개의 뉴클레오티드 길이일 수 있고, 특정 실시형태에서 18 내지 100개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 적어도, 최대, 또는 정확히 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 40, 50, 60, 70, 80, 또는 90 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위) 뉴클레오티드를 가질 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 억제 RNA를 암호화하는 DNA, RNA, 또는 cDNA일 수 있다.
본원에 사용된, "단리된"은 사람 개입을 통해 천연 상태에서 변경 또는 제거됨을 의미한다. 예를 들면, 살아있는 동물에서 천연으로 존재하는 siRNA는 "단리"되지 않지만, 합성 siRNA, 또는 이의 천연 상태의 공존하는 물질로부터 부분적으로 또는 완전히 분리된 siRNA는 "단리된다". 단리된 siRNA는 실질적으로 정제된 형태로 존재할 수 있거나, 비-네이티브 환경, 예를 들면, siRNA가 전달되는 세포에 존재할 수 있다.
억제 올리고뉴클레오티드는 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다. 예를 들면, siRNA 및 이중-표준 RNA는 미국 특허 6,506,559 및 6,573,099, 뿐만 아니라 미국 특허 공보 2003/0051263, 2003/0055020, 2004/0265839, 2002/0168707, 2003/0159161, 및 2004/0064842에 기재되어 있고, 이들 모두는 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다.
특히, 억제 올리고뉴클레오티드는 α3β1 인테그린, COL1A1, COL1A2, 또는 다른 종양 미세환경 단백질의 발현을 적어도 10%, 20%, 30%, 또는 40%까지, 보다 특히 적어도 50%, 60%, 또는 70%, 및 가장 특히 적어도 75%, 80%, 90%, 95%, 99%, 또는 100% 이상 또는 상기한 것들 사이의 임의의 범위 또는 값까지 감소시킬 수 있다.
추가 실시형태에서, α3β1 인테그린, COL1A1, 및/또는 COL1A2 억제제인 합성 올리고뉴클레오티드가 존재한다. 억제제는 17 내지 25 뉴클레오티드 길이 사이에 존재할 수 있고, 성숙 α3β1 인테그린, COL1A1, 및/또는 COL1A2 mRNA의 5' 내지 3' 서열에 적어도 90% 상보적인 5' 내지 3' 서열을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 억제제 분자는 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오티드 길이, 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위이다. 또한, 억제제 분자는 성숙 [POI] mRNA, 특히 성숙, 천연 발생 mRNA의 5' 내지 3' 서열에 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99.1, 99.2, 99.3, 99.4, 99.5, 99.6, 99.7, 99.8, 99.9 또는 100%, 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위로 상보적이거나 적어도 상보적인 서열 (5' 내지 3')을 갖는다. 당해 기술분야의 숙련가는 mRNA 억제제에 대한 서열로서 성숙 mRNA의 서열에 상보적인 프로브 서열의 부분을 사용할 수 있다. 또한, 당해 프로브 서열의 부분은 성숙 mRNA의 서열에 여전히 90% 상보적이도록 변경될 수 있다.
일부 실시형태에서, 억제 올리고뉴클레오티드는 유사체이고, 변형물, 특히 뉴클레아제 저항을 증가시키고, 결합 친화도를 개선시키고/거나, 결합 특이성을 개선시키는 변형물을 포함할 수 있다. 예를 들면, 뉴클레오시드 또는 뉴클레오티드의 당 부분이 카보사이클릭 모이어티에 의해 대체되는 경우, 더 이상 당이 아니다. 또한, 다른 치환, 이러한 당-사이 포스포디에스테르 결합에 대한 치환이 이루어지는 경우, 수득한 물질은 더 이상 진정한 종이 아니다. 모든 이러한 화합물은 유사체인 것으로 고려된다. 본 명세서에 걸쳐서, 핵산 종의 당 부분에 대한 언급은 진정한 당 또는 야생형 핵산의 당의 구조적 위치를 차지하는 종을 언급하는 것으로 이해되어야 한다. 또한, 당-사이 결합에 대한 언급은 당 또는 당 유사체 부분을 야생형 핵산의 방식으로 연결하는 역할을 하는 모이어티를 포함하는 것으로 간주되어야 한다.
본 개시는 변형된 올리고뉴클레오티드, 즉, 올리고뉴클레오티드 유사체 또는 올리고뉴클레오시드, 및 변형을 실시하는 방법에 관한 것이다. 이들 변형된 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 유사체는 이들의 천연 발생 카운터파트에 비해 증가된 화학적 및/또는 효소적 안정성을 나타낼 수 있다. 세포외 및 세포내 뉴클레아제는 일반적으로 인식되지 않고, 이에 따라, 골격-변형된 화합물에 결합되지 않는다. 양성자화 산 형태로서 존재하는 경우, 음으로 하전된 골격의 결핍은 세포 투과를 촉진할 수 있다.
변형된 뉴클레오시드간 결합은 천연-발생 포스포디에스테르-5'-메틸렌 결합을 4개의 원자 결합 그룹으로 대체하여 수득한 화합물에 대해 뉴클레아제 저항 및 향상된 세포 흡수를 부여하는 것을 의도한다.
변형물은 DNA 합성기 기술에서 당해 기술분야의 숙련가에게 통상 공지된 방법론을 사용하는 DNA 합성기와 함께 수동으로 조작되거나 사용될 수 있는 고체 지지체를 사용하여 성취될 수 있다. 일반적으로, 절차는 선택된 서열에서 서로 인접할 수 있는 2개의 뉴클레오시드의 당 모이어티를 관능화함을 수반한다. 5' 내지 3' 센스에서, "업스트림" 신톤, 예를 들면, 구조 H은 이의 말단 3' 부위에서 변형되지만, "다운스트림" 신톤, 예를 들면, 구조 H1은 이의 말단 5' 부위에서 변형된다.
하이드라진, 하이드록시아르닌, 및 다른 결합 그룹에 의해 결합된 올리고뉴클레오시드는 5'-하이드록시에서 디메톡시트리틸 그룹에 의해 보호되고, 3'-하이드록시에서 시아노에틸디이소프로필-포스파이트 모이어티로 커플링하기 위해 활성화될 수 있다. 이들 화합물은 임의의 목적하는 서열 내로 표준, 고체상, 자동화 DNA 합성 기술에 의해 삽입될 수 있다. 가장 선호하는 프로세스 중 하나는 포스포르아미다이트 기술이다. 균일한 골격 결합을 포함하는 올리고뉴클레오티드는 CPG-고체 지지체 및 표준 핵산 합성 기계, 예를 들면, Applied Biosystems Inc. 380B 및 394 및 Milligen/Biosearch 7500 및 8800s를 사용하여 합성할 수 있다. 초기 뉴클레오티드 (3'-말단에서 넘버 1)는 고체 지지체, 예를 들면, 제어된 다공성 유리에 부착된다. 서열 특이적 순서로, 각각의 신규한 뉴클레오티드는 수동 조작에 의해 또는 자동화 합성기 시스템에 의해 부착된다.
유리 아미노 그룹은, 예를 들면, 아세톤 및 나트륨 시아노보로 하이드라이드로 아세트산 중에서 알킬화될 수 있다. 알킬화 단계를 사용하여 거대분자 상 다른, 유용한, 기능성 분자를 도입할 수 있다. 이러한 유용한 기능성 분자는, 이에 제한되는 것은 아니지만 리포터 분자, RNA 절단 그룹, 올리고뉴클레오티드의 약동학 성질을 개선하기 위한 그룹, 및 올리고뉴클레오티드의 약력학 성질을 개선하기 위한 그룹을 포함한다. 이러한 분자는 골격 결합에서 질소 원자에 부착을 통해 거대분자에 부착 또는 접합될 수 있다. 대안적으로, 이러한 분자는 뉴클레오티드 중 하나 이상의 당 모이어티의 하이드록시 그룹으로부터 확장된 펜던트 그룹에 부착될 수 있다. 이러한 다른 유용한 기능성 그룹의 예는 WO1993007883에 제공된다. 이는 본원 및 상기 언급한 특허 출원의 다른 것에 참조로서 도입된다.
고체 지지체는 폴리뉴클레오티드 합성에 대해 당해 기술 분야에 공지된 것들 중 어느 것을 포함할 수 있고, 제어된 다공성 유리 (CPG), 옥살릴 제어된 다공성 유리, TentaGel 지지체 - 아미노폴리에틸렌글리콜 유도된 지지체 또는 다공성 - 폴리스티렌/디비닐벤젠의 공중합체을 포함한다. 뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드의 부착 및 절단은 표준 절차를 통해 수행될 수 있다. 본원에 사용된, 용어 고체 지지체는 추가로 성장하는 올리고뉴클레오시드를 정지상, 예를 들면, CPG에 결합시키는 임의의 링커 (예를 들면, 장쇄 알킬 아민 및 석시닐 잔기)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드는 추가로 하나 이상의 잠금 뉴클레오티드, 에틸렌 가교 뉴클레오티드, 펩티드 핵산, 또는 5'(E)-비닐-포스포네이트 (VP) 변형을 갖는 것으로 정의될 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 인산티오화 DNA 또는 RNA 염기를 갖는다.
VII. 치료학적 병용물의 투여
본원에 제공된 요법은 치료학적 제제, 예를 들면, 첫번째 암 요법 (예를 들면, α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제) 및 두번째 암 요법 (예를 들면, 면역요법)의 병용물의 투여를 포함할 수 있다. 요법은 당해 기술 분야에 공지된 임의의 적합한 방식으로 투여될 수 있다. 예를 들면, 첫번째 및 두번째 암 치료제는 순차적으로 (상이한 시점에) 또는 동시에 (동일한 시점에) 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 첫번째 및 두번째 암 치료제는 개별적인 조성물로 투여된다. 일부 실시형태에서, 첫번째 및 두번째 암 치료제는 동일한 조성물에 존재한다.
일부 실시형태에서, 첫번째 암 요법 및 두번째 암 요법은 실질적으로 동시에 투여된다. 일부 실시형태에서, 첫번째 암 요법 및 두번째 암 요법은 순차적으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 첫번째 암 요법, 두번째 암 요법, 및 세번째 암 요법 (예를 들면, 화학요법)은 순차적으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 첫번째 암 요법은 두번째 암 요법의 투여 전에 투여된다. 일부 실시형태에서, 첫번째 암 요법은 두번째 암 요법의 투여 후 투여된다.
본 개시의 실시형태는 치료학적 조성물을 포함하는 조성물 및 방법에 관한 것이다. 상이한 요법은 1개의 조성물 또는 1개 초과의 조성물, 예를 들면, 2개의 조성물, 3개의 조성물, 또는 4개의 조성물로 투여될 수 있다. 제제의 다양한 병용물이 이용될 수 있다.
본 개시의 치료학적 제제는 동일한 투여 경로 또는 상이한 투여 경로로 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 정맥내, 근육내, 피하, 국소, 경구, 경피, 복강내, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 수막강내, 뇌실내, 또는 비내 투여된다. 일부 실시형태에서, 항생물질은 정맥내, 근육내, 피하, 국소, 경구, 경피, 복강내, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 수막강내, 뇌실내, 또는 비내 투여된다. 적합한 투여량은 치료될 질환의 유형, 질환의 중증도 및 경과, 개인의 임상적 상태, 개인의 임상적 병력 및 치료에 대한 반응, 및 담당의의 재량에 기초하여 결정될 수 있다.
치료는 다양한 "단위 용량"을 포함할 수 있다. 단위 용량은 치료학적 조성물의 사전결정된-양을 포함하는 것으로 정의된다. 투여되는 양, 및 특정 경로 및 제형은, 임상 기술분야의 숙련가가 결정하는 기술 내에 있다. 단위 용량은 단일 주사로서 투여될 필요는 없지만, 정해진 기간 걸쳐서 연속 주입을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 단위 용량은 단일 투여가능한 용량을 포함한다.
치료 및 단위 용량의 횟수 둘 다에 따라서 투여되는 양은, 목적하는 치료 효과에 좌우된다. 효과적인 용량은 특정 효과를 성취하기 위해 필요한 양을 언급하는 것으로 이해된다. 특정 실시형태에서 실시에서, 10 mg/kg 내지 200 mg/kg의 범위의 용량이 이들 제제의 보호 능력에 영향을 줄 수 있다고 고려된다. 따라서, 용량이 약 0.1, 0.5, 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 및 200, 300, 400, 500, 1000 μg/kg, mg/kg, μg/일, 또는 mg/일 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위의 용량을 포함하는 것을 고려한다. 또한, 이러한 용량은 1일, 및/또는 수일, 수주, 또는 수개월 동안 다회로 투여될 수 있다.
특정 실시형태에서, 약제학적 조성물의 효과적인 용량은 약 1 μM 내지 150 μM의 혈액 수준을 제공할 수 있는 용량이다. 또다른 실시형태에서, 효과적인 용량은 약 4 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 50 μM; 또는 약 1 μM 내지 40 μM; 또는 약 1 μM 내지 30 μM; 또는 약 1 μM 내지 20 μM; 또는 약 1 μM 내지 10 μM; 또는 약 10 μM 내지 150 μM; 또는 약 10 μM 내지 100 μM; 또는 약 10 μM 내지 50 μM; 또는 약 25 μM 내지 150 μM; 또는 약 25 μM 내지 100 μM; 또는 약 25 μM 내지 50 μM; 또는 약 50 μM 내지 150 μM; 또는 약 50 μM 내지 100 μM (또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위)의 혈액 수준을 제공한다. 다른 실시형태에서, 용량은 대상자에게 투여되는 치료학적 제제로부터 야기되는 제제의 하기 혈액 수준을 제공할 수 있다: 약, 적어도 약, 또는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 또는 100 μM 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위. 특정 실시형태에서, 대상자에게 투여되는 치료학적 제제는 대사된 치료학적 제제로 체내에서 대사되고, 이러한 경우, 혈액 수준은 이러한 제제의 양을 언급할 수 있다. 대안적으로, 치료학적 제제가 대상자에 의해 대사되지 않는 범위까지, 본원에 논의되는 혈액 수준은 대사되지 않은 치료학적 제제를 언급할 수 있다.
치료학적 조성물의 정확한 양은 또한 실무자의 판단에 좌우되고, 각 개인에 특이적이다. 용량에 영향을 주는 인자는 환자의 신체적 및 임상적 상태, 투여 경로, 의도된 치료 목적 (증상의 경감 대 치유) 및 특정한 치료학적 물질의 잠재력, 안정성 및 독성 또는 대상자가 경험할 수 있는 다른 요법을 포함한다.
당해 기술분야의 숙련가는 μg/kg 또는 mg/kg 체중의 투여량 단위를 4 μM 내지 100 μM과 같은 μg/ml 또는 mM (혈액 수준)의 비슷한 농도 단위로 전환하고 표현할 수 있음을 이해할 것이고, 알고 있다. 또한 흡수는 종 및 기관/조직 의존적인 것으로 이해된다. 흡수 및 농도 측정에 관련하여 수행되는 이용가능한 전환 인자 및 생리학적 추정은 잘 공지되어 있고, 당해 기술분야의 숙련가가 하나의 농도 측정을 또다른 것으로 변환시키고 합리적인 비교 및 용량에 대한 결론, 본원에 기재된 효능 및 결과를 수행하도록 할 수 있다.
특정 경우, 조성물의 다중 투여, 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6회 이상의 투여를 실행하는 것이 바람직할 것이다. 투여는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 내지 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 주 간격일 수 있고, 그 사이의 모든 범위를 포함한다.
문구 "약제학적으로 허용되는" 또는 "약리학적으로 허용되는"은 동물, 또는 사람에게 투여되는 경우 유해한 반응, 알레르기 반응, 또는 다른 부작용을 생성하지 않는 분자 실체 및 조성물을 언급한다. 본원에 사용된 "약제학적으로 허용되는 담체"는 임의의 및 모든 용매, 분산액 매질, 코팅, 항균제 및 항진균제, 등장성 제제 및 흡수 지연제 등을 포함한다. 약제학적 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 제제의 사용은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다. 임의의 종래의 매질 또는 제제는 활성 성분과 비혼화성인 것을 제외하고는, 면역원성 및 치료학적 조성물에서 이의 사용이 고려된다. 보조 활성 성분, 예를 들면, 다른 항-감염 제제 및 백신이, 또한 조성물 내로 도입될 수 있다.
활성 화합물은 비경구 투여를 위해 제형화될 수 있고, 예를 들면, 정맥내, 근육내, 피하, 또는 복강내 경로의 주사를 위해 제형화될 수 있다. 전형적으로, 이러한 조성물은 액체 용액 또는 현탁액으로서 제조될 수 있고; 주사 전 액체의 첨가시 용액 또는 현탁액을 제조하기 위해 사용하기 위한 적합한 고형 형태를 또한 제조할 수 있고; 제제는 또한 유화될 수 있다.
주사 용도를 위해 적합한 약제학적 형태는 멸균 수용액 또는 분산액; 예를 들면, 수성 프로필렌 글리콜을 포함하는 제형; 및 멸균 주사가능한 용액 또는 분산액의 즉석 제제를 위한 멸균 분말을 포함한다. 모든 경우 형태는 멸균성이어야 하고, 용이하게 주사될 수 있는 범위까지 유동성이어야 한다. 또한 제조 및 저장 상태하에 안정하여야 하고, 미생물, 예를 들면, 박테리아 및 진균의 오염 작용에 대해 보존되어야 한다.
단백질성 조성물은 중성 또는 염 형태로 제형화될 수 있다. 약제학적으로 혀용되는 염은, 산 부가 염 (단백질의 유리 아미노 그룹으로 형성됨)을 포함하고, 무기산, 예를 들면, 염산 또는 인산, 또는 유기산, 예를 들면, 아세트산, 옥살산, 타르타르산, 만델산 등으로 형성된다. 유리 카복실 그룹으로 형성된 염은 또한 무기 염기, 예를 들면, 예를 들면, 나트륨, 칼륨, 암모늄, 칼슘, 또는 수산화제2철, 및 유기 염기, 예를 들면, 이소프로필아민, 트리메틸아민, 히스티딘, 프로카인 등으로부터 유도될 수 있다.
약제학적 조성물은, 예를 들면, 물, 에탄올, 폴리올 (예를 들면, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 및 액체 폴리에틸렌 글리콜 등), 이의 적합한 혼합물, 및 식물성 오일을 포함하는 용매 또는 분산액 매질을 포함할 수 있다. 적합한 유동성은, 예를 들면, 코팅, 예를 들면, 레시틴을 사용하여, 분산액의 경우 요구되는 입자 크기를 유지하여, 및 계면활성제를 사용하여 유지될 수 있다. 목적하지 않는 미생물의 작용 예방은 다양한 항균제 및 항진균제, 예를 들면, 파라벤, 클로로부탄올, 페놀, 소르브산, 티메로살 등에 의해 야기될 수 있다. 다수의 경우, 등장성 제제, 예를 들면, 당 또는 염화나트륨을 포함하는 것이 바람직할 것이다. 주사가능한 조성물의 장기간 흡수는 흡수를 지연시키는 제제, 예를 들면, 알루미늄 모노스테아레이트 및 젤라틴의 조성물로 사용하여 야기될 수 있다.
멸균 주사가능한 용액을 활성 화합물을 요구되는 양으로 적합한 용매 중에서 필요한 경우, 상기한 다양한 다른 성분과 함께 도입하고, 이어서, 멸균 또는 등가 절차로 여과하여 제조하였다. 일반적으로, 분산액을 다양한 멸균된 활성 성분을 상기한 것들로부터 기본 분산액 배지 및 요구되는 다른 성분을 포함하는 멸균 비히클 내로 도입하여 제조한다. 멸균 주사가능한 용액의 제제의 멸균 분말의 경우, 바람직한 제조 방법은 진공-건조 및 냉동-건조 기술이고, 이로서 이전 멸균-여과된 용액으로부터 활성 성분, 플러스 임의의 추가 목적하는 성분의 분말을 수득한다.
조성물의 투여는 전형적으로 임의의 통상 경로를 통한 투여일 것이다. 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 경구, 또는 정맥내 투여를 포함한다. 대안적으로, 투여는 동소, 피내, 피하, 근육내, 복강내, 또는 비내 투여에 의한 것일 수 있다. 이러한 조성물은 일반적으로 생리학적으로 허용되는 담체, 완충제 또는 다른 부형제를 포함하는 약제학적으로 혀용되는 조성물로서 투여될 것이다.
제형화시, 용액은 투여량 제형에 적합한 방식으로 및 치료학적으로 또는 예방적으로 효과적인 양으로 투여될 것이다. 제형은 다양한 투여량 형태, 예를 들면, 상기한 주사가능한 용액의 유형으로 용이하게 투여된다.
VIII. 키트
본 개시의 특정 측면은 또한 본 개시의 조성물을 포함하는 키트 또는 본원에 개시된 방법을 실행하기 위한 조성물에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 키트는 하나 이상의 바아오마커를 평가하기 위해 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 키트는 마이크로바이옴 샘플 (예를 들면, 장 마이크로바이옴, 종양 마이크로바이옴)로부터 박테리아의 하나 이상의 유형 (예를 들면, 종, 속 등)을 검출하기 위해 사용할 수 있다. 특정 실시형태에서, 키트는, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 100, 500, 1,000개 이상의 프로브, 프라이머 또는 프라이머 세트, 합성 분자 또는 억제제, 또는 그 내에 유도가능한 임의의 값 또는 범위 또는 조합을 포함하거나 적어도 포함하거나 또는 최대로 포함한다. 일부 실시형태에서, 세포 내에 바아오마커 활성을 평가하기 위한 키트가 있다.
키트는, 개별적으로 패키징되거나 용기, 예를 들면, 튜브, 병, 바이알, 시린지, 또는 다른 적합한 용기 수단에 위치할 수 있는 성분을 포함할 수 있다.
개별적인 성분은 또한 농축된 양으로 키트 내에 제공될 수 있고; 일부 실시형태에서, 다른 성분과 함께 용액으로 존재하기 때문에, 성분은 개별적으로 동일한 농도로 제공된다. 성분의 농도는 1x, 2x, 5x, 10x, 또는 20x 이상으로 제공될 수 있다.
예후 또는 진단적 적용을 위해 본 개시의 프로브, 합성 핵산, 비합성 핵산, 및/또는 억제제를 사용하기 위한 키트는 본 개시의 부분으로서 포함된다. 본원에 확인된 임의의 바아오마커에 상응하는 임의의 이러한 분자가 특히 고려되고, 이는 바아오마커의 전부 또는 부분와 동일하거나 이에 상호보완적인 핵산 프라이머/프라이머 세트 및 프로브를 포함하거나, 바아오마커의 비코딩 서열, 뿐만 아니라 바아오마커의 코딩 서열을 포함할 수 있다.
특정 측면에서, 음성 및/또는 양성 대조군 핵산, 프로브, 및 억제제는 일부 키트 실시형태에 포함된다.
칭명되는 특이적 바이오마커에 연관된 본 개시의 임의의 실시형태는, 이의 서열이 특성화된 핵산의 성숙 서열에 대해 적어도 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99% 동일한 바이오마커에 관련된 실시형태를 포함하는 것으로 고려된다.
IX. 세포
A. 세포 배양
일부 실시형태에서, 세포는 적어도 약 10 일 내지 약 40 일 동안, 적어도 약 15 일 내지 약 35 일 동안, 적어도 약 15 일 내지 21 일 동안, 예를 들면, 적어도 약 15, 16, 17, 18, 19 또는 21 일 동안 배양될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시의 세포는 60 일 이하, 또는 50 일 이하, 또는 45 일 이하 동안 배양될 수 있다. 세포는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40 일 동안 배양될 수 있다. 세포는 액체 배양 배지의 존재하에 배양될 수 있다. 전형적으로, 배지는 당해 기술 분야에 공지된 기저 배지 제형을 포함할 수 있다. 다수의 기저 배지 제형을 사용하여 세포를 배양할 수 있고, 이에 제한되는 것은 아니지만, 이글 최소 필수 배지 (MEM), 둘베코 변형된 이글 배지 (DMEM), 알파 변형된 최소 필수 배지 (알파-MEM), 기저 배지 필수 (BME), 이스코브 변형된 둘베코 배지 (IMDM), BGJb 배지, F-12 영양소 혼합물 (Ham), 리보비츠 L-15, DMEM/F-12, 필수 변형된 이글 배지 (EMEM), RPMI-1640, 및 이의 변형물 및/또는 조합을 포함한다. 상기 기저 배지의 조성은 일반적으로 당해 기술 분야에 공지되어 있고, 배양되는 세포에 필요한 배지 및/또는 배지 보충물의 농도를 변형 도는 조절하는 것은 당해 기술분야의 숙련가 내에 있다. 일부 실시형태에서, 배양 배지 제형은 10% 소태아혈청 (FBS), 100 U/ml 페니실린 G, 100 μg/ml 스트렙토마이신 및 2 mmol/L L-글루타민으로 보충된 IMDM로 구성된 외식편 배지 (CEM)일 수 있다. 다른 실시형태는, 예를 들면, 상기한 것으로부터 선택된 추가 기저 배지 제형을 이용할 수 있다.
시험관내 세포를 지지할 수 있는 임의의 배지를 세포를 배양하기 위해 사용할 수 있다. 세포의 성장을 지지할 수 있는 배지 제형은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 둘베코 변형된 이글 배지 (DMEM), 알파 변형된 최소 필수 배지 (αMEM), 및 로스웰 파크 메모리얼 인스티튜트 배지 1640 (RPMI 배지 1640) 등을 포함한다. 전형적으로, 20% 이하 소태아혈청 (FBS) 또는 1-20% 말 혈청을 상기 배지에 첨가하여 세포의 성장을 지지한다. 그러나, 세포 배양을 위해 필수적인 성장 인자, 사이토킨, 및 호르몬이 배지에 적합한 농도로 제공되는 경우, 한정된 배지를 또한 사용할 수 있다. 본 개시의 방법에서 사용되는 배지는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 항생물질, 미토겐 화합물, 또는 세포 배양에 유용한 분화 화합물을 포함하는, 관심 대상 하나 이상의 화합물을 포함할 수 있다. 세포는 27℃ 내지 40℃, 예를 들면, 31℃ 내지 37℃의 온도에서 성장할 수 있고, 가습 인큐베이터에서 성장할 수 있다. 이산화탄소 함량은 2% 내지 10%에서 유지될 수 있고, 산소 함량은 1% 내지 22%에서 유지될 수 있다. 그러나, 본 개시는 어떠한 방식이든 세포를 단리 및 배양하는 어느 하나의 방법에 제한되는 것으로 간주되어서는 안된다. 오히려, 세포를 단리하고 배양하는 임의의 방법이 본 개시에 포함되는 것으로 간주되어야 한다.
세포 배양에서 사용하기 위해, 배지를 하나 이상의 추가 성분과 함께 공급할 수 있다. 예를 들면, 추가 보충물을 사용하여 세포에 최적 성장 및 확장을 위해 필수적인 미량 원소 및 물질을 공급할 수 있다. 이러한 보충물은 인슐린, 트랜스페린, 셀레늄 염, 및 이의 조합을 포함한다. 이들 성분은 염 용액, 예를 들면, 이에 제한되는 것은 아니지만, 행크스 균형 염 용액 (HBSS), 이글 염 용액에 포함될 수 있다. 추가 항산화제 보충물, 예를 들면, β-머캅토에탄올이 첨가될 수 있다. 다수의 배지는 이미 아미노산을 포함하지만, 일부 아미노산, 예를 들면, 용액 중 덜 안정한 것으로 공지된 L-글루타민은 이후에 보충될 수 있다. 배지는 추가로 항생물질 및/또는 항진균 화합물, 예를 들면, 전형적으로, 페니실린 및 스트렙토마이신의 혼합물, 및/또는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 암포테리신, 암피실린, 겐타미신, 블레오마이신, 하이그로마이신, 카나마이신, 미토마이신, 미코페놀산, 날리딕산, 네오마이신, 니스타틴, 파로모마이신, 폴리믹신, 푸로마이신, 리팜피신, 스펙티노마이신, 테트라사이클린, 티로신, 및 제오신으로 예시되는 다른 화합물이 공급될 수 있다. 또한 포유동물 혈장 또는 혈청를 사용한 세포 배양 배지의 보충이 고려된다. 혈장 또는 혈청는 종종 세포 인자 및 생존력 및 확장을 위해 필수적인 성분을 포함한다. 적합한 혈청 대체의 사용이 또한 고려된다.
특정 완충제, 배지, 시약, 세포, 배양 상태 등, 또는 이들의 일부 하위부류에 대한 언급은, 제한되는 것으로 의도되지 않지만, 논의가 제시된 특정 문맥에서 당해 기술분야의 숙련가가 관심이 있거나 가치있는 것으로 인식할 수 있는 모든 이러한 관련된 물질을 포함하는 것으로 판독되어야 한다. 예를 들면, 종종 하나의 완충 시스템 또는 배양 배지를 또다른 것으로 대체하여 상이하지만 공지된 방법을 사용하여 제시된 방법, 물질 또는 조성물이 지시하는 용도와 동일한 목적을 성취할 수 있다. 특정 실시형태에서, 세포는 바람직하게는 배양 용기 중 세포 배양 배지, 특히 적합한 물질로 보충된 세포 배양 배지를 포함하는 세포 배양 시스템에서 배양되고, 세포를 시험관내 노화로부터 방지하고/하거나 비특이적 또는 특이적 재프로그래밍에서 유도하는 것을 측정한다.
B. 세포 생성
본 개시의 특정 방법은 사람 조직 샘플로부터 입수된 세포를 배양하는 것에 관한 것이다. 본 개시의 특정 실시형태에서, 세포를 세포의 부착을 가능하게 하는 기질 위로 플레이팅한다. 이는, 예를 들면, 세포 부착에 적합한 하나 이상의 기질 표면을 나타내는 배양 플레이트에서 세포를 플레이팅하여 수행할 수 있다. 하나 이상의 기질 표면이 배양 시스템으로 도입된 세포의 현탁액 (예를 들면, 배지에서 현탁액)과 접촉하는 경우, 세포 및 기질 표면 간의 세포 부착을 보장할 수 있다. 따라서, 특정 실시형태에서 세포는 세포의 부착에 일반적으로 적합한 적어도 하나의 기질 표면을 특징으로 하는 배양 시스템 내로 도입되고, 이에 플레이팅된 세포는 상기 기질 표면에 접촉될 수 있고, 이러한 실시형태는 세포의 부착을 가능하게 하는 기질 위로 플레이팅함을 포함한다.
본 개시의 세포는 특이적 마커 단백질, 예를 들면, 세포-표면 마커의 이들의 발현에 의해 확인되고 특성화될 수 있다. 이들 세포의 검출 및 단리는, 예를 들면, 유동 세포 분석법, ELISA, 및/또는 자기 비드를 통해 성취될 수 있다. 역-전사 폴리머라제 쇄 반응 (RT-PCR)을 사용하여 세포-특이적 유전자를 정량화하고/하거나 분화에 대한 반응에서 유전자 발현의 변화를 모니터링할 수 있다.
X. 유전적 서명의 검출
특정 실시형태는 개인으로부터 마이크로바이옴 (예를 들면, 장 마이크로바이옴, 종양 마이크로바이옴)에서 포함하여 개인에서 유전적 서명을 검출하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 유전적 서명을 검출하는 방법은, 예를 들면, 선택적 올리고뉴클레오티드 프로브, 어레이, 대립유전자-특이적 하이브리드화, 분자 비콘, 제한 단편 길이 다형태 분석, 효소 쇄 반응, 플랩 엔도뉴클레아제 분석, 프라이머 확장, 5'-뉴클레아제 분석, 올리고뉴클레오티드 결찰 검정, 단일 가닥 형태 다형태 분석, 온도 구배 겔 전기이동, 변성 고성능 액체 크로마토그래피, 고-용해 용융, DNA 매스매치 결합 단백질 분석, 측량 뉴클레아제 검정, 서열분석, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 유전적 서명을 검출하는 방법은, 예를 들면, 형광성 제자리 하이브리드화, 비교 게놈 하이브리드화, 어레이, 폴리머라제 쇄 반응, 서열분석, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 유전적 서명의 검출은 유전적 서명 중 하나의 특징을 검출하는 특정 방법을 사용하는 것을 수반할 수 있고, 추가로 유전적 서명의 상이한 특성을 검출하는 동일한 방법 또는 상이한 방법을 추가로 사용할 수 있다. 다중 상이한 방법은 독립적으로 또는 조합하여 사용하여 동일한 특성 또는 다수의 특성을 검출할 수 있다.
A. DNA 서열분석
일부 실시형태에서, DNA는 서열분석에 의해 분석될 수 있다. DNA는 당해 기술 분야에 공지된 임의의 방법, 예를 들면, 라이브러리 제제, 하이브리드 포획, 샘플 품질 대조군, 생성물-이용된 결찰-기반 라이브러리 제제, 또는 이의 조합에 의해 서열분석을 위해 제조될 수 있다. DNA는 임의의 서열분석 기술을 위해 제조될 수 있다. 일부 실시형태에서, 서열분석, 예를 들면, 76 염기 쌍형성, 쌍형성된-말단 서열분석은, 대략 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99%를 포함하거나, 20x, 25x, 30x, 35x, 40x, 45x, 50x 초과, 또는 50x 초과 범위에서 표적의 더 큰 백분율을 포함하도록 수행될 수 있다.
B. RNA 서열분석
일부 실시형태에서, RNA는 서열분석에 의해 분석될 수 있다. RNA는 당해 기술 분야에 공지된 임의의 방법, 예를 들면, 폴리-A 선택, cDNA 합성, 표준 또는 비표준 라이브러리 제제, 또는 이의 조합으로 서열분석을 위해 제조될 수 있다. RNA는 표준 특이적 RNA 서열분석을 포함하는 임의의 유형의 RNA 서열분석 기술을 위해 제조될 수 있다. 일부 실시형태에서, 서열분석을 수행하여 쌍형성된 판독을 포함하는 대략 10M, 15M, 20M, 25M, 30M, 35M, 40M 초과 판독을 생성할 수 있다. 서열분석은 대략 50 bp, 55 bp, 60 bp, 65 bp, 70 bp, 75 bp, 80 bp, 85 bp, 90 bp, 95 bp, 100 bp, 105 bp, 110 bp 이상의 판독 길이에서 수행할 수 있다. 일부 실시형태에서, 원시 서열분석 데이터를 추정 판독 계수 (RSEM), 백만 매핑 판독당 전사의 킬로베이스당 단편 (FPKM), 및/또는 백만 매핑 판독당 전사의 킬로베이스당 판독 (RPKM)으로 변환할 수 있다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 생물정보학 장치를 사용하여 기질 함량, 면역 침윤, 및/또는 종양 면역 세포 프로파일을, 예를 들면, 상위 사분위수 정규화 RSEM 데이터를 사용하여 추론할 수 있다.
C. 단백질체학
일부 실시형태에서, 단백질은 질량 분광법에 의해 분석될 수 있다. 단백질은 당해 기술 분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 질량 분광법을 위해 제조될 수 있다. 본원에 포함된 임의의 단리된 단백질을 포함하는 단백질은, DTT, 이어서, 요오도아세트아미드로 처리될 수 있다. 단백질은, 엔도펩티다제, 프로테이나제, 프로테아제, 또는 단백질을 절단하는 임의의 효소를 포함하는 적어도 하나의 펩티다제로 배양될 수 있다. 일부 실시형태에서, 단백질을 엔도펩티다제, LysC 및/또는 트립신. 단백질을 하나 이상의 단백질 절단 효소를 사용하여 대략 1:1000, 1:100, 1:90, 1:80, 1:70, 1:60, 1:50, 1:40, 1:30, 1:20, 1:10, 1:1, 또는 그 사이 임의의 범위의 효소의 μg 대 단백질의 μg의 비를 포함하는 임의의 비로 배양할 수 있다. 일부 실시형태에서, 절단된 단백질을, 예를 들면, 컬럼 정제에 의해 정제할 수 있다. 특정 실시형태에서, 정제된 펩티드는 스냅-냉동 및/또는 건조, 예를 들면, 진공하에 건조될 수 있다. 일부 실시형태에서, 정제된 펩티드는, 예를 들면, 역상 크로마토그래피 또는 베이직 역상 크로마토그래피에 의해 분획화될 수 있다. 분획을 본 개시의 방법의 실시를 위해 조합할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조합된 분획을 포함하여 하나 이상의 분획을, 친화도 크로마토그래피 및/또는 결합, 이온 교환 크로마토그래피, 화학적 유도체화, 면역침강, 공동-침강, 또는 이의 조합에 의해 포스포-풍부를 포함하는 포스포펩티드 풍부에 적용한다. 전체 또는 합한 분율 및/또는 포스포-풍부 분율을 포함하는 하나 이상의 분율의 부분을, 질량 분광법에 적용할 수 있다. 일부 실시형태에서, 원시 질량 분광법 데이터를 적어도 하나의 관련 생물정보학 기기를 사용하여 프로세싱하고 정규화할 수 있다.
실시예
하기 실시예는 본 발명의 바람직한 실시형태를 예시하는 것으로 포함된다. 당해 기술분야의 숙련가는, 하기 실시예에서 개시된 기술이 본 발명의 실시에서 잘 기능하는 본 발명자들에 의해 발견되는 기술을 나타내고, 이에 따라, 이의 실시를 위한 바람직한 방식을 구성하는 것으로 고려될 수 있다는 것을 인식하여야 한다. 그러나, 당해 기술분야의 숙련가는, 본 개시의 면에서, 다수의 변화가 개시된 특이적 실시형태로 수행될 수 있고, 본 발명의 취지 및 범위를 벗어나지 않고 비슷하거나 유사한 결과를 여전히 수득함을 인식하여야 한다.
실시예 1 - 췌장 암 세포에서 Col1 동종삼량체의 결실은 종양내 마이크로바이옴 및 면역 조경을 변경시킨다
결과
장 및 종양 마이크로바이옴을 KPPC;Col1pdxKO 종양에서 종양 면역에 미치는 Col1 결실의 영향에 관하여 조사하였다. 16S rRNA 유전자 서열분석에 의해 조사되는 경우, KPPC;Col1pdxKO 마우스는, KPPC 대조군 마우스로부터 종양과 비교하여, 감소된 박테로이달레스 및 증가된 캄필로박테랄레스를 갖는 유의하게 변경된 종양내 마이크로바이옴 프로파일을 나타내었다 (도 1a 및 도 2a-2f). Col1 결실은 무-종양 (WT) 한배 새끼와 유사한 분류학상 패턴을 갖는 KPPC;Col1pdxKO 마우스의 장 마이크로바이옴 항상성을 보존하였다. KPPC 대조군 마우스는 상이한 마우스 사이에서 더 큰 개체 변동을 갖는 벗어난 장 마이크로바이옴 조성을 나타내고 (도 1a 및 도 3a), 이는 일반적으로 더 진행된 종양 진행과 연관되었다 (3). 종양에서 감소된 박테로이달레스 (혐기성) 및 증가된 캄필로박테랄레스 (미호기성)는, KPPC 종양과 비교하여, KPPC;Col1pdxKO 종양에서 완화된 종양내 저산소증과 연관되었다 (도 1b). 이와 관련하여, KPPC;Col1pdxKO 마우스 및 KPPC 마우스의 종양 조직으로부터 총 RNA에 대한 벌크 RNA 서열분석 (RNA-seq)은, KPPC 종양과 비교하여, KPPC;Col1pdxKO 종양에서 상승된 산화 인산화 (OXPHOS)의 유전자 발현 수준 및 GSEA에 의한 혈관형성 경로를 나타내었다 (도 3b). 건강한 한배 새끼로부터의 정상 췌장은 매우 낮은 수준의 총 박테리아 DNA 함량을 나타내지만, KPPC 마우스로부터 췌장 종양은 검출가능한 박테리아 DNA 함량을 정량적 PCR에 의해 나타내고 (도 1c), 이는 박테리아 전좌가 췌장 종양 진행에 따라 발생한다는 이전 개념과 일치한다 (3).
KPPC;Col1pdxKO 마우스에서 변경된 마이크로바이옴은 또한 억제 PDAC에서 추정상 이점을 갖는 감소된 MDSC 및 증가된 T 세포를 포함하는 종양내 면역 세포 프로파일의 변화와 연관되었다 (도 1d). 종양 면역에 미치는 마이크로바이옴의 영향을 직접적으로 측정하기 위해, 광역-스펙트럼 항생물질 (반코마이신, 네오마이신, 메트로니다졸, 및 암포테리신을 포함함) 치료제 (3)의 병용물을 사용하여 장 및 종양 마이크로바이옴이 변경될 수 있는 경우를 평가하였다. 이전에 보고된 바와 같이, 이러한 항생물질의 병용은 종양 내 박테리아를 정상 췌장과 유사한 검출되지 않는 수준까지 완전히 제거하였다 (도 7c). 유사하게는, 예상되는 바와 같이, 항생물질 처리는 또한 장 마이크로바이옴 함량을 감소시키지만, 제거하지는 않았는데 (도 1c 및 1e), 이는 다른 곳에서 보고된 바와 같이 대변에서 극적으로 풍부한 미생물 함량 때문일 가능성이 있다 (6,7). 그럼에도 불구하고, 항생물질 처리 후 잔류 장 마이크로바이옴의 16S rRNA 유전자 서열분석은 KPPC;Col1pdxKO 마우스 및 KPPC 마우스 간의 미생물 분류체계 차이의 완전한 손실을 나타내었다 (도 1e 및 도 4a).
항생물질 처리에 의한 종양 및 장 마이크로바이옴의 제거는 증가된 MDSC 및 감소된 T 세포를 사용한 KPPC;Col1pdxKO 종양에서 변경된 면역 프로파일을 야기하고 (도 1d), KPPC;Col1pdxKO 마우스의 유의하게 단축된 전반적 생존을 야기하였다 (도 1f). 이러한 광역-스펙트럼 항생물질 처리의 영향은 KPPC 마우스에서 관찰되지 않았다 (도 4b). 이들 결과는, Col1 동종삼량체의 전반적 영향이 부분적으로 Col1-동종삼량체-연관된 마이크로바이옴 및 관련 면역 프로파일 획득 때문임을 지시하였다. 이들 결과는, 암 세포로부터 Col1 동종삼량체 생성의 결실이 유리한 면역 세포 프로파일에 연관된 보호 마이크로바이옴의 유도를 야기함을 확인한다. KPPC;Col1pdxKO 종양의 벌크 RNA-seq는 추가로 유전자의 증가된 발현 프로파일이 I형 인터페론 (IFN) 경로에 관련되고 (도 1g 및 1h), 이는 마이크로바이옴-조절된 항종양 면역 반응과 연관됨 (1,8)을 나타내었다.
이들 연구는 암-유도된 종양발생 Col1 동종삼량체가 면역 억압을 촉진하는데 중요한 역을 한다는 것을 입증하였다. 암 세포에서 Col1 동종삼량체 결실은 종양 내로 T 세포 침윤을 증가시키고, 항-PD-1 체크포인트 차단 요법의 효능증 증강시키고, 이는 마우스의 증가된 전반적 생존과 연관된다. 따라서, Col1 동종삼량체가 암 고유 프로그램을 유도하여 증식/생존 메카니즘을 촉진하고, 또한 종양 면역 미세환경에 영향을 주어 면역억압을 촉진하는 것으로 나타낸다. 이들 연구는, 암 세포에 의해 생성된 종양-촉진 종양형성 Col1이 또한 T 세포를 격퇴하고, MDSC를 동원함을 제시하였다.
추가로, KPPC;Col1pdxKO 종양에서 감소된 MDSC 및 증가된 T 세포는 또한 고유한 종양내 및 장 마이크로바이옴 프로파일과 직접적으로 연관되었다. 이들 결과는 암 세포 생성된 콜라겐 및 종양 마이크로바이옴 간의 상관관계에 대한 신규한 이해를 제공한다. Col1 동종삼량체 고갈된 종양에서 향상된 미호기성 캄필로박테랄레스와 커플링된, 감소된 MDSC 및 박테로이달레스는, 광역-스펙트럼 항생물질 처리로 폐기된, 증가된 종양내 T 세포 및 KPPC;Col1pdxKO 마우스의 생존 감소를 동반하였다.
방법
미생물 DNA 16S rRNA 유전자 서열분석
신선한 종양 샘플 및 대변 샘플을 KPPC 마우스, KPPC;Col1pdxKO 마우스, 또는 야생형 한배 새끼 대조군 마우스로부터 항생물질 처리의 존재 또는 부재하에 수집하였다. 이전에 기재된 (3) 경구 위관영양을 통한 광역-스펙트럼 항생물질 처리는, 반코마이신 (50 mg/mL; Sigma-Aldrich), 네오마이신 (10 mg/mL; Sigma-Aldrich), 메트로니다졸 (100 mg/mL; Alfa Aesar), 및 암포테리신 (1 mg/mL; X-GEN Pharmaceuticals)을 포함하였다. 실험 동안, 마우스 식수를 암피실린 (1 mg/mL; Sigma-Aldrich), 반코마이신 (0.5 mg/mL; Sigma-Aldrich), 네오마이신 (0.5 mg/mL; Sigma-Aldrich), 메트로니다졸 (1 mg/mL; Alfa Aesar), 및 암포테리신 (0.5 μg/mL; X-GEN Pharmaceuticals)와 함께 공급하였다. 게놈 DNA를 제조자의 지시에 따라서, QIAamp 신속 DNA 스툴 키트 (Qiagen)로 집중 비드-비팅 용해의 추가 단계와 함께 단리하였다. 16S rRNA 유전자의 V4 영역을 100 ng의 정제된 게놈 DNA 샘플로부터 515 전방 및 806 역 프라이머 쌍을 사용하여 PCR로 증폭하였다 (9). DNA 라이브러리를 QIAquick 유전자 추출 키트 (Qiagen)를 사용하여 정제하고, Illumina Miseq 서열분석기 시스템으로 2x250 bp 쌍형성-말단 프로토콜을 사용하여 서열분석하였다. 쌍형성-말단 판독을 QIIME로 역-멀티플렉스(de-multiplexed)하고, 이어서, 키메라에 대해 VSEARCH를 사용하여 병합하고, 탈-복제하였다. UNOISE 3 명령 알고리즘을 판독의 노이즈제거 방법으로 사용하였다 (10). 조작 분류학상 단위 (OTU)를 Mothur 방법을 사용하여 Silva 데이터베이스 버젼 138로 분류하였다. 차등 분류-기반 일변향 분석을 위해, 문, 강, 목, 과, 속, 종 수준에서 풍부한 마이크로바이옴 분류를 로짓(logit) 변환 후 Mann-Whitney U-시험에 의해 조사하였다. 데이터 분석을 위해 상세한 산출 파이프라인은 이전 연구를 기반으로 하였다 (5). 종양 및 대변 샘플에서 총 박테리아 DNA 함량을 16S rRNA의 qRT-PCR로 조사하였다.
* * *
본원에 기재되거나 주장된 방법 모두는 본 개시의 관점에서 과도한 시험 없이 수행되고 실행될 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법은 특정 실시형태에 관하여 기술하였지만, 변형이 본 발명의 개념, 취지 및 범위를 벗어나지 않고 상기 방법에 및 본원에 기재된 상기 방법의 단계에서 또는 단계의 순서에서 적용될 수 있다는 것이 당해 기술분야의 숙련가에게 명백할 것이다. 보다 특히, 화학적으로 및 생리학적으로 관련된 특정 제제가, 동일하거나 유사한 결과를 성취하면서, 본원에 기재된 제제 대신에 대체될 수 있다는 것은 명백할 것이다. 당해 기술분야의 숙련가에게 명백한 모든 이러한 유사한 치환 및 변형은 첨부된 청구범위에 정의된 본 발명의 취지, 범위 및 개념 내에 있는 것으로 간주된다.
참조문헌
하기 참조문헌은, 이들이 예시적인 절차 또는 다른 상세한 보충을 제공하는 범위까지, 구체적으로 참조로서 본원에 포함된다.

Claims (99)

  1. α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스(Campylobacterales) 박테리아의 양을 증가시키기 위해 효과적인, 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스(Bacteriodales) 박테리아의 양을 감소시키기 위해 효과적인, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 미세환경에 면역치료제를 투여함을 추가로 포함하는, 방법.
  5. 제4항에 있어서, 상기 면역치료제가 체크포인트 차단 요법을 포함하는, 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-PD-1 항체를 포함하는, 방법.
  7. 제5항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-CTLA4 항체를 포함하는, 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 α3β1 인테그린에 결합하는 항체 또는 항체 단편인, 방법.
  9. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가, α3β1 인테그린에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 폴리펩티드인, 방법.
  10. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 α3β1 인테그린에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함하는, 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 세포가 T 세포, NK 세포, 면역 세포, iNKT 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포인, 방법.
  12. 제11항에 있어서, 상기 세포가 NK 세포인, 방법.
  13. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항체 또는 항체 단편인, 방법.
  14. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드인, 방법.
  15. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함하는, 방법.
  16. 제15항에 있어서, 상기 세포가 T 세포, NK 세포, 면역 세포, iNKT 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포인, 방법.
  17. 제16항에 있어서, 상기 세포가 NK 세포인, 방법.
  18. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 미세환경이 췌장 종양 미세환경인, 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 항생물질을 상기 종양 미세환경에 투여함을 추가로 포함하는, 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리함을 추가로 포함하는, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 상기 박테리아가 상기 제제를 투여하기 전에 상기 종양 마이크로바이옴으로부터 단리되는, 방법.
  22. 제20항에 있어서, 상기 박테리아가 상기 제제를 투여한 후 상기 종양 마이크로바이옴으로부터 단리되는, 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  24. 제23항에 있어서, 캄필로박테랄레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  25. 제23항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  26. 제23항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  28. 제27항에 있어서, 박테리오달레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  29. 제27항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  30. 제27항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  31. 췌장 암에 대해 대상자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은:
    (a) 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리하는 단계; 및
    (b) 상기 대상자에게:
    (i) α3β1 인테그린 및 α1 동종삼량체성 I형 콜라겐 간의 상호작용을 파괴하는 제제; 및
    (ii) 면역요법
    의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  32. 제31항에 있어서, (a)가 (b) 전에 수행되는, 방법.
  33. 제31항에 있어서, (a)가 (b)에 후속하여 수행되는, 방법.
  34. 제31항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아의 양을 증가시키기 위해 효과적인, 방법.
  35. 제31항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아의 양을 감소시키기 위해 효과적인, 방법.
  36. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 α3β1 인테그린에 결합하는 항체 또는 항체 단편인, 방법.
  37. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 α3β1 인테그린에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 폴리펩티드인, 방법.
  38. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 α3β1 인테그린에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함하는, 방법.
  39. 제38항에 있어서, 상기 세포가 T 세포, NK 세포, 면역 세포, iNKT 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포인, 방법.
  40. 제39항에 있어서, 상기 세포가 NK 세포인, 방법.
  41. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항체 또는 항체 단편인, 방법.
  42. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드인, 방법.
  43. 제31항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 αl 동종삼량체성 I형 콜라겐에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 폴리펩티드를 암호화하는 핵산을 포함하는 세포를 포함하는, 방법.
  44. 제43항에 있어서, 상기 세포가 T 세포, NK 세포, 면역 세포, iNKT 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포인, 방법.
  45. 제44항에 있어서, 상기 세포가 NK 세포인, 방법.
  46. 제31항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법이 체크포인트 차단 요법을 포함하는, 방법.
  47. 제46항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-PD-1 항체를 포함하는, 방법.
  48. 제46항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-CTLA4 항체를 포함하는, 방법.
  49. 제31항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  50. 제49항에 있어서, 캄필로박테랄레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  51. 제49항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  52. 제49항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  53. 제31항 내지 제52항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  54. 제53항에 있어서, 박테리오달레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  55. 제53항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  56. 제53항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  57. 종양 미세환경에서 혈관형성을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  58. 종양 미세환경에서 혈관형성을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  59. 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  60. 종양 미세환경의 세포에서 상피에서 중간엽으로 전이를 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  61. 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  62. 종양 미세환경에서 주위세포 증식을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  63. 종양 미세환경에서 세포 대사를 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  64. 종양 미세환경에서 세포 대사를 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  65. 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 활성화시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  66. 종양 미세환경에서 섬유모세포 증식을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  67. 종양 미세환경에서 세포외 매트릭스를 분해하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  68. 제67항에 있어서, 상기 제제가 프로테아제인, 방법.
  69. 제68항에 있어서, 상기 프로테아제가 매트릭스 메탈로프로테이나제인, 방법.
  70. 종양 미세환경에서 세포-세포 부착을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  71. 종양 미세환경에서 세포-세포 부착을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  72. 종양 미세환경에서 기질 세포 신호전달을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  73. 종양 미세환경에서 기질 세포 신호전달을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  74. 림프계를 파괴하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  75. 림프관형성을 자극하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  76. 림프관형성을 억제하는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  77. 저산소증 상태를 감쇠시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  78. 저산소증 상태를 개선시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  79. 마크로파지 분극을 변형시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  80. 마크로파지 분화를 변형시키는 제제의 유효량을 종양 미세환경에 투여함을 포함하는, 종양 마이크로바이옴을 변경시키는 방법.
  81. 제57항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아의 양을 증가시키기 위해 효과적인, 방법.
  82. 제57항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제제가 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아의 양을 감소시키기 위해 효과적인, 방법.
  83. 제57항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 미세환경이 췌장 종양 미세환경인, 방법.
  84. 제57항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 미세환경에 면역치료제를 투여함을 추가로 포함하는, 방법.
  85. 제84항에 있어서, 상기 면역치료제가 체크포인트 차단 요법를 포함하는, 방법.
  86. 제85항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-PD-1 항체를 포함하는, 방법.
  87. 제85항에 있어서, 상기 체크포인트 차단 요법이 항-CTLA4 항체를 포함하는, 방법.
  88. 제57항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 항생물질을 상기 종양 미세환경에 투여함을 추가로 포함하는, 방법.
  89. 제57항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴으로부터 박테리아를 단리함을 추가로 포함하는, 방법.
  90. 제89항에 있어서, 상기 박테리아가 상기 제제를 투여하기 전에 상기 종양 마이크로바이옴으로부터 단리되는, 방법.
  91. 제89항에 있어서, 상기 박테리아가 상기 제제를 투여한 후 상기 종양 마이크로바이옴으로부터 단리되는, 방법.
  92. 제57항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  93. 제92항에 있어서, 캄필로박테랄레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  94. 제92항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  95. 제92항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 캄필로박테랄레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  96. 제57항 내지 제95항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 종양 마이크로바이옴에서 박테리오달레스 박테리아를 검출함을 추가로 포함하는, 방법.
  97. 제96항에 있어서, 박테리오달레스 박테리아의 검출이 상기 종양 마이크로바이옴으로부터의 핵산을 서열분석함을 포함하는, 방법.
  98. 제96항에 있어서, 상기 제제를 투여하기 전에 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
  99. 제96항에 있어서, 상기 제제를 투여한 후 상기 박테리오달레스 박테리아를 검출하는, 방법.
KR1020247023566A 2021-12-15 2022-12-15 종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물 KR20240119326A (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163289805P 2021-12-15 2021-12-15
US63/289,805 2021-12-15
PCT/US2022/081621 WO2023114888A1 (en) 2021-12-15 2022-12-15 Methods and compositions for altering a tumor microbiome

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20240119326A true KR20240119326A (ko) 2024-08-06

Family

ID=86773537

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020247023566A KR20240119326A (ko) 2021-12-15 2022-12-15 종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물

Country Status (6)

Country Link
EP (1) EP4448111A1 (ko)
KR (1) KR20240119326A (ko)
CN (1) CN118742322A (ko)
AU (1) AU2022416543A1 (ko)
CA (1) CA3242398A1 (ko)
WO (1) WO2023114888A1 (ko)

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5561107A (en) * 1993-06-04 1996-10-01 Demeter Biotechnologies, Ltd. Method of enhancing wound healing by stimulating fibroblast and keratinocyte growth in vivo, utilizing amphipathic peptides
WO2002055099A2 (en) * 2000-12-01 2002-07-18 Xoma Technology Ltd Modulation of pericyte proliferation using bpi protein products or bpi inhibitors
US20030211988A1 (en) * 2001-01-09 2003-11-13 Epstein Stephen E Enhancing lymph channel development and treatment of lymphatic obstructive disease
AU2003900541A0 (en) * 2003-02-07 2003-02-20 Ludwig Institute For Cancer Research Modulation of cell adhesion and tumour cell metastasis
US20080107630A1 (en) * 2006-04-10 2008-05-08 New York University Human matrix metalloproteinase-8 gene delivery enhances the oncolytic activity of a replicating adenovirus
US9402820B2 (en) * 2011-04-22 2016-08-02 The United States Of America As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Use of pyruvate or succinate to enhance the efficacy of a hypoxia activated prodrug for the treatment of tumors
CN103736092A (zh) * 2012-08-09 2014-04-23 清华大学 抑制新生淋巴管生成的方法和药物
US9694050B2 (en) * 2012-10-21 2017-07-04 University Of Rochester THY1 (CD90) as a novel therapy to control adipose tissue accumulation
WO2014205511A1 (en) * 2013-06-25 2014-12-31 University Of Canberra Methods and compositions for modulating cancer stem cells
RU2017134104A (ru) * 2015-03-11 2019-04-03 Провиденс Хелт Энд Сервисиз-Орегон Композиции и способы повышения эффективности противораковой терапии
US20160304970A1 (en) * 2015-04-17 2016-10-20 University Of Southern California Gene biomarker to diagnose metastic liver cancer and methods for targeting the same
US10669311B2 (en) * 2015-04-23 2020-06-02 Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute Targeted delivery system and methods of use therefor
WO2017189647A1 (en) * 2016-04-26 2017-11-02 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Methods and compositions for the treatment of myelodysplastic syndrome
GB201609811D0 (en) * 2016-06-05 2016-07-20 Snipr Technologies Ltd Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits
WO2018022666A1 (en) * 2016-07-26 2018-02-01 Flagship Pioneering, Inc. Neuromodulating compositions and related therapeutic methods for the treatment of cancer by modulating an anti-cancer immune response
US10772903B2 (en) * 2016-09-12 2020-09-15 Cedars-Sinai Medical Center Targeting fungi in combination with cancer therapy
WO2019083458A1 (en) * 2017-10-25 2019-05-02 Aslan Pharmaceuticals Pte Ltd VARLITINIB FOR THE TREATMENT OF CANCER TO REDUCE HYPOXIA
CN111886333A (zh) * 2018-02-09 2020-11-03 学校法人庆应义塾 诱导cd8+t细胞的组合物和方法
JP2021519299A (ja) * 2018-03-28 2021-08-10 セレス セラピューティクス インコーポレイテッド 微生物叢モジュレーションによる癌の治療
EP3986426A4 (en) * 2019-06-21 2023-10-18 Board of Regents, The University of Texas System TARGETING ALPHA3BETA1 INTEGRIN FOR THE TREATMENT OF CANCER AND OTHER DISEASES
US11331333B2 (en) * 2019-11-08 2022-05-17 Georg-August-Universität Göttingen Stiftung Öffentichen Rechts, Universitätsmadizin Treatment of aberrant fibroblast proliferation
EP4133107A1 (en) * 2020-04-06 2023-02-15 Yeda Research and Development Co. Ltd Methods of diagnosing cancer and predicting responsiveness to therapy

Also Published As

Publication number Publication date
CN118742322A (zh) 2024-10-01
EP4448111A1 (en) 2024-10-23
AU2022416543A1 (en) 2024-07-25
CA3242398A1 (en) 2023-06-22
WO2023114888A1 (en) 2023-06-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11999794B2 (en) Human mesothelin chimeric antigen receptors and uses thereof
AU2019235842B2 (en) Antibodies that bind CD39 and uses thereof
CA3093740A1 (en) Anti-il-27 antibodies and uses thereof
US20220073626A1 (en) Methods and pharmaceutical compositions for enhancing cd8+ t cell-dependent immune responses in subjects suffering from cancer
CA3121420A1 (en) Anti-il-27 antibodies and uses thereof
US20230139944A1 (en) Targeting alpha3beta1 integrin for treatment of cancer and other diseases
KR20240119326A (ko) 종양 마이크로바이옴을 변경시키기 위한 방법 및 조성물
KR20230104233A (ko) 소세포 폐암의 분류 및 치료를 위한 방법 및 시스템
US20220144926A1 (en) Identification and targeting of pathogenic extracellular matrix for diagnosis and treatment of cancer and other diseases
WO2024056668A1 (en) New anti-itgb8 antibodies and its uses thereof
KR20230088768A (ko) 췌관 샘암종 치료를 위한 병용 면역치료학적 방법 및 조성물