KR20240046927A - 카복시펩티데이스 난황형성 유사(cpvl) 저해제를 사용하여 피부암을 치료하는 방법 - Google Patents

카복시펩티데이스 난황형성 유사(cpvl) 저해제를 사용하여 피부암을 치료하는 방법 Download PDF

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에릭 조겐슨
아리스 바라스
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Abstract

본 개시내용은 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법 및 피부암이 발생할 위험이 증가된 대상체를 확인하는 방법을 제공한다.

Description

카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 사용하여 피부암을 치료하는 방법
서열 목록에 대한 참조
본 출원은 2022년 7월 2일에 생성되고 크기가 440킬로바이트인 18923807002SEQ라는 이름의 텍스트 파일로 전자적으로 제출된 서열 목록을 포함한다. 서열 목록은 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
기술 분야
본 개시내용은 일반적으로 카복시펩티데이스 난황형성 유사(Carboxypeptidase Vitellogenic Like: CPVL) 저해제를 사용한 피부암이 있는 대상체의 치료 및 피부암이 발생할 위험이 증가된 대상체를 확인하는 방법에 관한 것이다.
피부암은 피부에서 발생하는 모든 암을 지칭한다. 이러한 상대적으로 흔한 암은 종종 환자가 비악성 피부 이상으로 오인하는 경우가 많으며, 이로 인해 발견이 늦어져 치료가 어려워지고 치명적인 결과를 초래할 수 있다. 가장 흔한 피부암은 기저 세포 암종(basal cell carcinoma: BCC)으로, 이는 전체 피부암의 약 80%를 차지한다. 다른 유형의 피부암으로는 전체 피부암의 대략 16%를 차지하는 편평 세포 암종(squamous cell carcinoma: SCC) 및 약 4%를 차지하는 흑색종이 있다. BCC 및 SCC는 총칭하여 비흑색종 피부암(non-melanoma skin cancer: NMSC)으로 지칭된다. 흑색종은 표피의 멜라닌 세포에서 발생하며, 이 중 다수는 사망에 이르게 하는 전이성 암 또는 암종이다. 2000년에는, 47,000명이 새로운 흑색종을 앓고 있는 것으로 확인되었으며, 이 중 7,700명이 사망한 것으로 보고되었다(Greenlee et al., Cancer J. Clin., 2000, 50, 7-33). 자외선에 의한 흑색종은 만성적인 자외선 노출보다는 강렬한 태닝과 같은 간헐적인 노출에 의해 발생하는 것으로 추정된다(Gilchrest et al., New Engl. J. Med., 1999, 340, 1341-1348). 또 다른 희귀한 형태의 공격성 피부암은 흑색종과 유사한 메르켈 세포 암종(Merkel cell carcinoma: MCC)이다.
카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL)는 카복시펩티데이스이며, 세린 카복시펩티데이스와 강한 서열 유사성을 가지고 있다. 카복시펩티데이스는 단백질 또는 펩타이드의 카복시 말단으로부터 단일 아미노산을 절단하는 역할을 하는 대규모의 프로테이스 클래스이다. 그러나, 이 단백질 정확한 기능은 아직 밝혀지지 않았다. CPVL은 라이소솜에서의 식세포화된 입자의 소화, 염증성 프로테이스 캐스케이드 참여 및 항원 제시를 위한 펩타이드의 트리밍(trimming)에 관여할 수 있다.
본 개시내용은 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 비흑색종 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 비흑색종 피부암의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 기저 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 기저 세포 암종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 편평 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 편평 세포 암종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 흑색종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 흑색종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 메르켈 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 메르켈 세포 암종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 융기성 피부섬유육종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 융기성 피부섬유육종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 피지샘 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 피지샘 암종의 발병을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제로 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 대상체는 피부암이 있고, 해당 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것; 및 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드(CPVL predicted loss-of-function polypeptide)를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖고 있는지 결정하기 위하여 생물학적 샘플에 대해 서열 분석을 수행하거나 수행한 것에 의하여, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및 i) 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제를 표준 투여량(dosage amount)으로 CPVL 참조(reference)인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계; ii) 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계; 또는 iii) 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하는 단계를 포함하되; CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타낸다.
본 개시내용은 또한 피부암을 예방하는 치료제로 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것; 및 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖고 있는지 결정하기 위하여 생물학적 샘플에 대해 서열 분석을 수행하거나 수행한 것에 의하여, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계 및: i) 피부암을 예방하는 치료제를 표준 투여량으로 CPVL 참조인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계; ii) 피부암을 예방하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계; 또는 iii) 피부암을 예방하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하는 단계를 포함하되; CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타낸다.
본 개시내용은 또한 피부암이 발생할 위험이 증가된 대상체를 확인하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하되; 대상체가 CPVL 참조인 경우, 상기 대상체는 피부암이 발병할 위험이 증가되고; 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성이면 대상체는 피부암이 발생할 위험이 감소한다.
본 개시내용은 또한 a) CPVL 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암의 치료 또는 예방에 사용하기 위한 피부암을 치료 또는 저해 또는 예방하는 치료제를 제공한다.
본 개시내용은 또한 a) CPVL 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; 또는 b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암의 치료 또는 예방에 사용하기 위한 CPVL 저해제를 제공한다.
특허 또는 출원 파일에는 컬러로 실행된 적어도 하나의 도면이 포함되어 있습니다. 컬러 도면(들)이 포함된 본 특허 또는 특허 출원 간행물의 사본은 요청하고 필요한 수수료를 지불하면 관청에서 제공될 것이다.
도 1은 흑색종 종양의 CPVL 발현(회복된 분자/세포)을 보여준다.
도 2는 기저 세포 암종의 CPVL 발현(회복된 분자/세포)을 보여준다.
본 개시내용의 양태와 관련된 다양한 용어가 명세서 및 청구범위 전반에 걸쳐 사용된다. 이러한 용어는 달리 명시되지 않는 한 해당 분야에서의 일반적인 의미로 부여된다. 기차 구체적으로 정의된 용어는 본 명세서에 제공된 정의와 일치하는 방식으로 해석되어야 한다.
달리 명시적으로 언급되지 않는 한, 본 명세서에 제시된 임의의 방법 또는 양태는 결코 이의 단계가 특정 순서로 수행되도록 요구하는 것으로 해석되도록 의도된 것은 아니다. 따라서, 청구항 또는 설명에서 방법 청구항이 특정 순서로 제한되어야 함을 구체적으로 명시하지 않은 경우, 어떤 면에서도 순서가 추론되도록 의도된 것은 아니다. 이는 단계의 배열 또는 작업 흐름과 관련되니 논리적 문제, 문법적 구성이나 구두점으로부터 파생된 일반 의미 또는 명세서에 기술된 양태의 수 또는 유형을 포함하여 해석을 위한 임의의 가능한 비표현적 근거에 적용된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "단수" 형태는 문맥에서 달리 명시하지 않는 한 복수형을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "약"은 인용된 수치 값이 대략적이며 작은 변화가 개시된 실시형태의 실시에 크게 영향을 미치지 않는다는 것을 의미한다. 수치 값이 사용되는 경우, 문맥상 달리 나타내지 않는 한, 용어 "약"은 수치 값이 ±10%만큼 변할 수 있으며 개시된 실시형태의 범위 내에서 유지될 수 있음을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "포함하는"은 목적하는 대로 특정 실시형태에서 "~로 이루어지는" 또는 "~로 본질적으로 이루어지는"으로 대체될 수 있다.
핵산 분자 또는 폴리펩타이드와 관련하여 본 명세서에서 사용되는 용어 "단리된"은 핵산 분자 또는 폴리펩타이드가 혈액 및/또는 동물 조직과는 별개와 같은 천연 환경 이외의 상태에 있음을 의미한다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자 또는 폴리펩타이드는 다른 핵산 분자 또는 다른 폴리펩타이드, 특히 동물 기원의 다른 핵산 분자 또는 폴리펩타이드가 실질적으로 없다. 일부 실시형태에서, 핵산 분자 또는 폴리펩타이드는 고도로 정제된 형태, 즉, 95% 초과의 순수한 형태 또는 99% 초과의 순수한 형태일 수 있다. 이러한 맥락에서 사용될 때, 용어 "단리된"은 이량체 또는 대안적으로 인산화되거나 이량체화 형태와 같은 대안적인 물리적 형태의 동일한 핵산 분자 또는 폴리펩타이드의 존재를 배제하지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "핵산", "핵산 분자", "핵산 서열", "폴리뉴클레오타이드" 또는 "올리고뉴클레오타이드"는 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 중합체 형태를 포함할 수 있고, DNA 및/또는 RNA를 포함할 수 있고, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 다중 가닥일 수 있다. 핵산의 한 가닥은 또한 이의 상보체를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "대상체"는 포유동물을 포함하는 임의의 동물을 포함한다. 포유동물은 농장 동물(예를 들어, 말, 소, 돼지), 반려 동물(예를 들어, 개, 고양이), 실험실 동물(예를 들어, 마우스, 래트, 토끼) 및 비인간 영장류를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시형태에서, 인간은 의사의 치료를 받는 환자이다.
본 개시내용에 따르면, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자(이러한 변이가 특정 대상체에서 동형접합성이든 이형접합성이든)는 피부암 발생 위험의 감소와 연관되어 있는 것으로 관찰되었다. CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 흑색종과 연관되지 않은 것으로 여겨진다. 더욱이, 추가적인 변이체와 유전자 부담 마스크(mask) 사이의 연관성의 본 개시내용에 의한 확인은 CPVL 자체(또 다른 유전자의 변이체와의 연관 불균형보다는)가 비흑색종 피부암 및 흑색종에서의 보호 효과의 원인임을 나타낸다.
따라서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 CPVL 참조이거나 이형접합성인 대상체는 피부암이 저해되거나 예방되고, 이의 증상이 감소되거나 예방되고/되거나 증상의 발생이 억제되거나 예방되도록 CPVL 저해제로 치료될 수 있다. 또한, 피부암이 있는 이러한 대상체는 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제로 추가로 치료될 수 있는 것으로 여겨진다.
본 개시내용의 목적을 위해, 인간과 같은 임의의 특정 대상체는 다음 세 가지 CPVL 유전자형 중 하나를 갖는 것으로 분류될 수 있다: i) CPVL 참조; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성. 대상체는 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 카피를 갖고 있지 않은 경우, CPVL 참조이다. 대상체는 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 카피를 갖고 있는 경우, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측되는 부분적 기능 상실 또는 예측되는 완전한 기능 상실을 갖는 변이체 CPVL 폴리펩타이드를 암호화하는 임의의 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 또는 cDNA 분자)이다. 부분적 기능 상실(또는 예측되는 부분적 기능 상실)을 갖는 CPVL 폴리펩타이드를 갖는 대상체는 CPVL에 대해 저차형(hypomorphic)이다. 대상체는 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 2개의 카피(동일하거나 상이한)를 갖는 경우, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다.
CPVL 참조인 것으로 유전자형이 확인되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 비흑색종 피부암, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종, 흑색종, 메르켈 세포 암종, 융기성 피부섬유육종 및/또는 피지샘 암종과 같은 피부암이 발생할 위험이 증가한다. CPVL 참조이거나 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 것으로 유전자형이 확인되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체 또는 대상체들은 CPVL 저해제로 치료될 수 있다.
본 명세서에 기재된 임의의 실시형태에서, CPVL 저해제를 투여함으로써 피부암이 예방되는 대상체는 가족성 또는 유전적 위험이 있는 대상체, 노인 대상체, 유럽 혈통의 대상체 및 피부 색소가 밝은 대상체를 포함하지만 이에 제한되지 않는 피부암이 발생할 위험이 있는 사람은 누구라도 될 수 있다. 또한, 일부 실시형태에서, 임의의 대상체는 피부암이 발생할 위험이 있다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제의 투여는 이미 하나 이상의 피부암이 있는 대상체에서 추가적인 피부암(들)의 발병을 예방하기 위해 수행될 수 있다.
본 명세서에 기재된 임의의 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측되는 부분적 기능 상실 또는 예상되는 완전한 기능 상실을 갖는 CPVL 변이체 폴리펩타이드를 암호화하는 임의의 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 또는 cDNA 분자)일 수 있다. 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 참조 CPVL과 비교하여 CPVL 리간드에 대한 시험관내 반응의 감소와 연관되어 있다. 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 인간 참조 게놈 서열과 비교하여 CPVL 폴리펩타이드의 조기 절단을 초래하거나 초래할 것으로 예측되는 CPVL 변이체이다. 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 Polyphen, SIFT 또는 유사한 알고리즘과 같은 시험관내 예측 알고리즘에 의해 손상될 것으로 예상되는 변이체이다. 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 CPVL에서 비동의적 아미노산 치환을 유발하거나 유발할 것으로 예측되고 이의 대립유전자 빈도가 대상체가 선택된 집단에서 1/100 대립유전자 미만인 변이체이다. 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 임의의 희귀한 미스센스 변이체(대립유전자 빈도 < 0.1%; 또는 1,000개의 대립유전자 중 1개) 또는 임의의 스플라이스-부위, 종결 획득(stop-gain), 개시 손실(start-loss), 종결 손실(stop-loss), 프레임시프트 또는 프레임내 indel 또는 다른 프레임시프트 CPVL 변이체이다.
본 명세서에 기재된 임의의 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측되는 부분적 기능 상실 또는 예상되는 완전한 기능 상실을 갖는 임의의 CPVL 폴리펩타이드일 수 있다.
본 명세서에 기재된 임의의 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 CPVL 참조 게놈 핵산 분자의 뉴클레오타이드 서열(서열번호 1; GRCh38/hg38 인간 게놈 어셈블리의 ENSG00000106066.15 chr7:28,995,637-29,195,276)을 참조 서열로 사용하여 7번 염색체 위치에 변이를 포함할 수 있다.
CPVL에는 rs117744081(Tyr168His), rs147771477(Arg464Gln) 및 rs138216401(Ser61Asn)을 포함하지만 이에 제한되지 않는 CPVL 폴리펩타이드 서열의 후속 변화를 일으키는 수많은 유전적 변이체가 존재한다.
CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 임의의 하나 이상(즉, 임의의 조합)은 대상체가 피부암이 발생할 위험이 증가하는지 여부를 결정하기 위해 본 명세서에 기재된 임의의 방법 내에서 사용될 수 있다. 특정 변이체의 조합은 CPVL의 특정 상관관계 및 피부암이 발생할 위험의 증가에 대한 통계적 분석에 사용되는 마스크를 형성할 수 있다.
본 명세서에 기재된 임의의 실시형태에서, 피부암은 비흑색종 피부암, 기저 세포 암종, 편평 세포 암종(피부 편평 세포 암종 포함), 흑색종, 메르켈 세포 암종, 융기성 피부섬유육종 및/또는 피지샘 암종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 비흑색종 피부암이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 기저 세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 편평 세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 흑색종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 메르켈 세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 융기성 피부섬유육종이다. 일부 실시형태에서, 피부암은 피지샘 암종이다.
세포 암종의 증상은 개체의 머리, 목 또는 어깨의 햇빛에 노출된 피부에 융기되고 매끄러우며 진주 같은 돌기(bump)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 종종 작은 혈관이 종양 내에서 보일 수 있다. 종양의 가피(Crusting)가 생길 뿐만 아니라 출혈이 발생할 수 있다. 사람들은 때때로 기저 세포 암종을 치유되지 않은 상처로 착각한다. 기저 세포 암종은 피부암 중 가장 덜 치명적인 형태이며, 적절한 치료를 통해 종종 완전히 제거될 수 있다.
편평 세포 암종의 증상은 개체의 햇빛에 노출된 피부에 붉은 낙설(scaling), 두꺼워진 반점(patch)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 편평 세포 암종의 일부 형태는 딱딱하고 단단한 결절과 돔 모양으로 나타난다. 결절의 파열 및 출혈이 발생할 수 있다. 치료하지 않으면, 편평 세포 암종은 큰 덩어리로 발전할 수 있다. 편평 세포 암종은 두 번째로 흔한 형태의 피부암이다.
흑색종의 증상은 음영 또는 갈색 내지 흑색의 병변을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 또한, 분홍색, 빨간색 또는 살색으로 나타나는 흑색종도 있으며, 이들을 멜라닌결핍성 흑색종이라고 한다. 멜라닌결핍성 흑색종은 흑색종의 보다 공격적인 형태이다. 악성 흑색종의 일부 경고성 징후는 크기, 모양, 색상의 변화, 점(mole)의 융기, 사춘기에서 성인으로의 전환기에 새로운 점의 발생, 소양증, 궤양 또는 출혈을 포함할 수 있다. 흑색종은 피부암의 가장 치명적인 형태이다.
메르켈 세포 암종의 증상은 빠르게 자라는, 일반적으로 통증이나 가려움증이 없는 부드럽지 않은 살색 내지 빨간색/보라색의 돌기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 이러한 돌기는 햇빛에 많이 노출된 머리, 목 및 팔의 피부에 나타난다. 사람들은 종종 메르켈 세포 암종을 낭종 또는 다른 유형의 암으로 착각한다.
융기성 피부섬유육종의 증상은 1 센티미터 내지 5 센티미터 너비의 작고, 약간 융기된 피부의 빨간색 또는 보라색 반점을 포함하지만 이에 제한되지 않으며, 이는 융기된 결절이 될 수 있으며 일부 경우에는 발적, 벌어짐 또는 출혈을 유발할 수 있다.
피지샘 암종의 증상은 눈꺼풀에서 서서히 커지는 때때로 노란색의 통증이 없는 혹(lump)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 돌기에서 피가 나거나 스며나올 수 있으며, 또한 눈꺼풀과 속눈썹이 만나는 부분에 딱지가 두꺼워지거나 노란색 또는 붉은색을 띌 수도 있다.
본 개시내용은 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 피부암이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 비흑색종 피부암이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 기저 세포 암종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 편평 세포 암종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 흑색종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 메르켈 세포 암종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 융기성 피부섬유육종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 피지샘 암종이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 피부암이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 비흑색종 피부암이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 기저 세포 암종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 편평 세포 암종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 흑색종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 메르켈 세포 암종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 융기성 피부섬유육종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 피지샘 암종이 발생하는 것을 예방하는 방법을 제공한다.
일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 저해성 핵산 분자를 포함한다. 저해성 핵산 분자의 예는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA) 및 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 이러한 저해성 핵산 분자는 CPVL 핵산 분자의 임의의 영역을 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 실시형태에서, 안티센스 RNA, siRNA 또는 shRNA는 CPVL 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자 내의 서열에 혼성화되어 대상체의 세포에서 CPVL 폴리펩타이드의 발현을 감소시킨다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 CPVL 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화되어 대상체의 세포에서 CPVL 폴리펩타이드의 발현을 감소시키는 안티센스 분자를 포함한다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 CPVL 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화되어 대상체의 세포에서 CPVL 폴리펩타이드의 발현을 감소시키는 siRNA를 포함한다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 CPVL 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화되어 대상체의 세포에서 CPVL 폴리펩타이드의 발현을 감소시키는 shRNA를 포함한다.
저해성 핵산 분자는 RNA, DNA 또는 RNA와 DNA 둘 다를 포함할 수 있다. 저해성 핵산 분자는 또한 벡터 또는 이종 표지와 같은 이종 핵산 서열에 연결되거나 융합될 수 있다. 예를 들어, 저해성 핵산 분자는 벡터 내에 있을 수 있거나, 저해성 핵산 분자 및 이종 핵산 서열을 포함하는 외인성 공여자 서열일 수 있다. 저해성 핵산 분자는 또한 이종 표지에 연결되거나 융합될 수 있다. 표지는 직접적으로 검출 가능(예를 들어, 형광단)하거나 간접적으로 검출 가능(예를 들어, 합텐, 효소 또는 형광단 소광제)할 수 있다. 이러한 표지는 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단으로 검출할 수 있다. 이러한 표지는 예를 들어, 방사성 표지, 색소, 염료, 색원체, 스핀 표지 및 형광 표지를 포함한다. 표지는 또한, 예를 들어, 화학발광성 기질; 금속-함유 기질; 또는 효소-의존적 2차 신호 생성이 일어나는 효소일 수 있다. 용어 "표지"는 또한 접합된 분자가 후속적으로 기질과 함께 첨가될 때 검출 가능한 신호를 생성하는 데 사용되도록 접합된 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 "태그" 또는 합텐을 지칭할 수 있다. 예를 들어, 바이오틴은 서양고추냉이 과산화효소(HRP)의 아비딘 또는 스트렙타비딘 접합체와 함께 태그로 사용되어 태그에 결합할 수 있고, 열량측정 기질(예를 들어, 테트라메틸벤지딘(TMB)) 또는 형광성 기질을 사용하여 검사하여 HRP의 존재를 검출할 수 있다. 정제를 용이하게 하기 위한 태그로서 사용될 수 있는 예시적인 표지는 myc, HA, FLAG 또는 3XFLAG, 6XHis 또는 폴리히스티딘, 글루타티온-S-트랜스퍼레이스(GST), 말토스 결합 단백질, 에피토프 태그 또는 면역글로불린의 Fc 부분을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 수많은 표지는, 예를 들어, 입자, 형광단, 합텐, 효소 및 이의 열량측정, 형광성 및 화학발광성 기질 및 기타 표지를 포함한다.
저해성 핵산 분자는, 예를 들어, 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 유사체 또는 뉴클레오타이드 대체물과 같은 비천연 또는 변형된 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 이러한 뉴클레오타이드는 변형된 염기, 당 또는 포스페이트기를 포함하거나 또는 이의 구조에 비천연 모이어티를 포함하는 뉴클레오타이드를 포함한다. 비천연 뉴클레오타이드의 예는 다이데옥시뉴클레오타이드, 바이오티닐화, 아민화, 탈아민화, 알킬화, 벤질화 및 형광단-표지된 뉴클레오타이드를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
저해성 핵산 분자는 또한 하나 이상의 뉴클레오타이드 유사체 또는 대체물을 포함할 수 있다. 뉴클레오타이드 유사체는 염기, 당 또는 포스페이트 모이어티에 대한 변형을 포함하는 뉴클레오타이드이다. 염기 모이어티에 대한 변형은 A, C, G 및 T/U의 천연 및 합성 변형뿐만 아니라, 예를 들어, 슈도우리딘, 우라실-5-일, 하이포잔틴-9-일(I) 및 2-아미노아데닌-9-일과 같은 상이한 퓨린 또는 피리미딘 염기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 변형된 염기는 5-메틸사이토신(5-me-C), 5-하이드록시메틸 사이토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 아데닌과 구아닌의 6-메틸 및 기타 알킬 유도체, 아데닌과 구아닌의 2-프로필 및 기타 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오사이토신, 5-할로우라실 및 사이토신, 5-프로핀일 우라실 및 사이토신, 6-아조 우라실, 사이토신 및 티민, 5-우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-하이드록실 및 기타 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-할로(예를 들어, 5-브로모), 5-트라이플루오로메틸 및 다른 5-치환된 우라실 및 사이토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 8-아자구아닌, 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌 및 3-데아자아데닌을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
뉴클레오타이드 유사체는 또한 당 모이어티의 변형을 포함할 수 있다. 당 모이어티에 대한 변형은 리보스 및 데옥시 리보스의 천연 변형뿐만 아니라 합성 변형을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 당 변형은 2' 위치에 다음의 변형: OH; F; O-, S- 또는 N-알킬; O-, S- 또는 N-알켄일; O-, S- 또는 N-알킨일; 또는 O-알킬-O-알킬을 포함하지만 이에 제한되지 않되, 알킬, 알켄일 및 알킨일은 치환 또는 비치환된 C1-10알킬 또는 C2-10알켄일 및 C2-10알킨일일 수 있다. 예시적인 2' 당 변형은 또한 -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)n-ONH2 및 -O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2를 포함하지만 이에 제한되지 않으며, 여기서 n 및 m은 독립적으로 1 내지 약 10이다. 2' 위치에서의 다른 변형은 C1-10알킬, 치환된 저급 알킬, 알크아릴, 아르알킬, O-알크아릴 또는 O-아르알킬, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, 헤테로사이클로알킬, 헤테로사이클로알크아릴, 아미노알킬아미노, 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, RNA 절단 그룹, 리포터기, 삽입제(intercalator), 올리고뉴클레오타이드의 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기 또는 올리고뉴클레오타이드의 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기 및 유사한 특성을 갖는 기타 치환기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 유사한 변형이 당의 다른 위치, 특히 3' 말단 뉴클레오타이드 또는 2'-5' 연결된 올리고뉴클레오타이드의 당의 3' 위치 및 5' 말단 뉴클레오타이드의 5' 위치에서도 이루어질 수 있다. 변형된 당은 또한 CH2 및 S와 같은 브리징 고리 산소에 변형을 포함하는 것들을 포함할 수 있다. 뉴클레오타이드 당 유사체는 또한 펜토퓨라노실 당 대신 사이클로뷰틸 모이어티와 같은 당 모방체를 가질 수 있다.
뉴클레오타이드 유사체는 또한 포스페이트 모이어티에서 변형될 수 있다. 변형된 포스페이트 모이어티는 두 뉴클레오타이드 사이의 연결이 포스포로티오에이트, 카이랄 포스포로티오에이트, 포스포로다이티오에이트, 포스포트라이에스터, 아미노알킬포스포트라이에스터, 메틸 및 3'-알킬렌 포스포네이트와 카이랄 포스포네이트를 포함하는 기타 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포라미데이트 및 아미노알킬포스포라미데이트를 포함하는 포스포라미데이트, 티오노포스포라미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트라이에스터 및 보라노포스페이트를 포함하도록 변형될 수 있는 것들을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 두 뉴클레오타이드 사이의 이러한 포스페이트 또는 변형된 포스페이트 연결은 3'-5' 연결 또는 2'-5' 연결을 통해 이루어질 수 있고, 연결은 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'와 같은 반전 극성을 포함할 수 있다. 다양한 염, 혼합염 및 유리산 형태도 포함된다. 뉴클레오타이드 대체물은 또한 펩타이드 핵산(PNA)을 포함한다.
일부 실시형태에서, 안티센스 핵산 분자는 갭머(gapmer)이므로, 5' 및 3' 말단의 처음 1개 내지 7개의 뉴클레오타이드는 각각 2'-메톡시에틸(2'-MOE) 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 5개의 뉴클레오타이드는 각각 2'-MOE 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 1개 내지 7개의 뉴클레오타이드는 RNA 뉴클레오타이드이다. 일부 실시형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 5개의 뉴클레오타이드는 RNA 뉴클레오타이드이다. 일부 실시형태에서, 뉴클레오타이드 사이의 각각의 백본 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시형태에서, siRNA 분자는 말단 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥의 5' 말단은 인산화된다. 일부 실시형태에서, 5'-(E)-바이닐-포스포네이트와 같은 가수분해될 수 있는 5'-포스페이트 유사체가 사용된다.
일부 실시형태에서, siRNA 분자는 백본 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 연속적인 리보스 뉴클레오사이드를 연결하는 변형된 포스포다이에스터기는 siRNA의 안정성 및 생체내 생체이용률을 향상시키는 것으로 나타났다. 포스포다이에스터 연결의 비에스터기(-OH, =O)는 황, 붕소 또는 아세테이트로 대체되어 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 및 포스포노아세테이트 연결을 생성할 수 있다. 또한, 포스포다이에스터기를 포스포트라이에스터로 치환하면 음전하를 제거하여 siRNA의 세포 흡수 및 혈청 성분의 유지를 촉진할 수 있다. 일부 실시형태에서, siRNA 분자는 당 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 당은 탈양성자화되고(엑소- 및 엔도뉴클레이스에 의해 촉매되는 반응), 이에 의해 2'-하이드록실은 친핵체로서 작용하며 포스포다이에스터 결합에서 인접한 인을 공격할 수 있다. 이러한 대안은 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 및 2'-플루오로 변형을 포함한다.
일부 실시형태에서, siRNA 분자는 염기 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 염기는 슈도우리딘, 5'-메틸사이티딘, N6-메틸아데노신, 이노신 및 N7-메틸구아노신과 같은 변형된 염기로 치환될 수 있다.
일부 실시형태에서, siRNA 분자는 지질에 접합된다. 지질은 siRNA의 5' 또는 3' 말단에 접합되어 혈청 지질단백질과 회합시킴으로써 생체내 생체이용률을 개선시킬 수 있다. 대표적인 지질은 콜레스테롤 및 바이타민 E 및 지방산, 예컨대, 팔미테이트 및 토코페롤을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 대표적인 siRNA는 다음의 식을 갖는다:
센스: mN*mN*/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/*mN*/32FN/
안티센스: /52FN/*/i2FN/*mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN*N*N
여기서, "N"은 염기이고; "2F"는 2'-F 변형이고; "m"은 2'-O-메틸 변형이고, "i"는 내부 염기이고; "*"는 포스포로티오에이트 백본 연결이다.
본 개시내용은 또한 저해성 핵산 분자의 임의의 하나 이상을 포함하는 벡터를 제공한다. 일부 실시형태에서, 벡터는 저해성 핵산 분자 및 이종 핵산 중 임의의 하나 이상을 포함한다. 벡터 핵산 분자를 운반할 수 있는 바이러스 또는 비바이러스 벡터일 수 있다. 일부 실시형태에서, 벡터는 플라스미드 또는 코스미드(예를 들어, 추가적인 DNA 분절이 결찰될 수 있는 원형 이중 가닥 DNA)이다. 일부 실시형태에서, 벡터는 바이러스 벡터이되, 추가적인 DNA 분절은 바이러스 게놈에 결찰될 수 있다. 발현 벡터는 플라스미드, 코스미드, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스(AAV), 식물 바이러스, 예컨대, 콜리플라워 모자이크 바이러스 및 담배 모자이크 바이러스, 효모 인공 염색체(YAC), 엡스타인-바(EBV) 유래 에피솜 및 당업계에 공지된 기타 발현 벡터를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
본 개시내용은 또한 저해성 핵산 분자 중 임의의 하나 이상을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 약제학적 조성물이다. 일부 실시형태에서, 조성물은 담체 및/또는 부형제를 포함한다. 담체의 예는 폴리(락트산)(PLA) 마이크로스피어, 폴리(D,L-락트산-코글리콜산)(PLGA) 마이크로스피어, 리포솜, 마이셀, 역 마이셀, 지질 코클레에이트 및 지질 미세소관을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 담체는 PBS, HBSS 등과 같은 완충염 용액을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 인식 서열(들)에서 하나 이상의 닉(nick) 또는 이중 가닥 절단을 유도하는 뉴클레이스 작용제 또는 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 인식 서열에 결합하는 DNA-결합 단백질을 포함한다. 인식 서열은 CPVL 유전자의 코딩 영역 내 또는 유전자의 발현에 영향을 미치는 조절 영역 내에 위치할 수 있다. DNA-결합 단백질 또는 뉴클레이스 작용제의 인식 서열은 인트론, 엑손, 프로모터, 인핸서, 조절 영역 또는 임의의 비단백질 코딩 영역에 위치할 수 있다. 인식 서열은 CPVL 유전자의 시작 코돈을 포함하거나 이에 근접할 수 있다. 예를 들어, 인식 서열은 시작 코돈으로부터 약 10개, 약 20개, 약 30개, 약 40개, 약 50개, 약 100개, 약 200개, 약 300개, 약 400개, 약 500개 또는 약 1,000개의 뉴클레오타이드에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 2개 이상의 뉴클레이스 작용제가 사용될 수 있으며, 각각은 시작 코돈을 포함하거나 이에 근접한 뉴클레이스 인식 서열을 표적으로 한다. 또 다른 예로서, 2개의 뉴클레이스 작용제가 사용될 수 있으며, 하나는 시작 코돈을 포함하거나 이에 근접한 뉴클레이스 인식 서열을 표적으로 하고 다른 하나는 종결 코돈을 포함하거나 이에 근접한 뉴클레이스 인식 서열을 표적으로 하되, 뉴클레이스 작용제에 의한 절단은 2개의 뉴클레이스 인식 서열 사이의 코딩 영역에 결실을 초래할 수 있다. 목적하는 인식 서열에 닉 또는 이중 가닥 절단을 유도하는 임의의 뉴클레이스 작용제가 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다. 목적하는 인식 서열에 결합하는 임의의 DNA-결합 단백질이 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다.
본 명세서에 사용하기에 적합한 뉴클레이스 작용제 및 DNA-결합 단백질은 아연 핑거 단백질 또는 아연 핑거 뉴클레이스(zinc finger nuclease: ZFN) 쌍, 전사 활성제-유사 효과기(Transcription Activator-Like Effector: TALE) 단백질 또는 전사 활성제-유사 효과기 뉴클레이스(Transcription Activator-Like Effector Nuclease: TALEN) 또는 클러스터링된 규칙적으로 간격을 둔 짧은 회문 반복(Clustered Regularly Interspersed Short palindromic Repeat: CRISPR)/CRISPR 관련(Cas) 시스템을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 인식 서열의 길이는 다양할 수 있으며, 예를 들어, 아연 핑거 단백질 또는 ZFN 쌍의 경우 약 30bp 내지 36bp, 각 ZFN의 경우 약 15bp 내지 18bp, TALE 단백질 또는 TALEN의 경우 약 36bp 및 CRISPR/Cas 가이드 RNA의 경우 약 20bp인 인식 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, CRISPR/Cas 시스템이 세포 내 CPVL 게놈 핵산 분자를 변형시키는 데 사용될 수 있다. 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물은 CPVL 핵산 분자의 부위-지정 절단을 위해 CRISPR 복합체(Cas 단백질과 복합체화된 가이드 RNA(gRNA) 포함함)를 이용함으로써 CRISPR-Cas 시스템을 사용할 수 있다.
Cas 단백질은 일반적으로 gRNA와 상호작용할 수 있는 적어도 하나의 RNA 인식 또는 결합 도메인을 포함한다. Cas 단백질은 또한 뉴클레이스 도메인(예를 들어, DNase 또는 RNase 도메인), DNA 결합 도메인, 헬리케이스 도메인, 단백질-단백질 상호작용 도메인, 이량체화 도메인 및 기타 도메인을 포함할 수 있다. 적합한 Cas 단백질은, 예를 들어, 야생형 Cas9 단백질 및 야생형 Cpf1 단백질(예를 들어, FnCpf1)을 포함한다. Cas 단백질은 CPVL 게놈 핵산 분자에서 이중 가닥 절단을 생성하는 완전한 절단 활성을 가질 수 있거나, CPVL 게놈 핵산 분자에서 단일 가닥 절단을 생성하는 닉케이스(nickase)일 수 있다. Cas 단백질의 추가적인 예는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas5e(CasD), Cas6, Cas6e, Cas6f, Cas7, Cas8a1, Cas8a2, Cas8b, Cas8c, Cas9(Csn1 또는 Csx12), Cas10, Cas10d, CasF, CasG, CasH, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1(CasA), Cse2(CasB), Cse3(CasE), Cse4(CasC), Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, 및 Cu1966 및 이의 상동체 또는 변형된 버전을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. Cas 단백질은 또한 융합 단백질로서 이종 폴리펩타이드에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 절단 도메인, 후생적 변형 도메인, 전사 활성화 도메인 또는 전사 억제 도메인에 융합될 수 있다. Cas 단백질은 임의의 형태로 제공될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 gRNA와 복합체화된 Cas 단백질과 같은 단백질의 형태로 제공될 수 있다. 대안적으로, Cas 단백질은 RNA 또는 DNA와 같은 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 분자의 형태로 제공될 수 있다.
일부 실시형태에서, CPVL 게놈 핵산 분자의 표적화된 유전적 변형은 세포를 Cas 단백질 및 CPVL 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내의 하나 이상의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 하나 이상의 gRNA와 접촉시킴으로써 생성될 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 서열번호 1의 영역 내에 위치할 수 있다. gRNA 인식 서열은 CPVL 게놈 핵산 분자의 시작 코돈 또는 CPVL 게놈 핵산 분자의 종결 코돈을 포함하거나 이에 근접할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 시작 코돈 또는 종결 코돈의 약 10개, 약 20개, 약 30개, 약 40개, 약 50개, 약 100개, 약 200개, 약 300개, 약 400개, 약 500개 또는 약 1,000개의 뉴클레오타이드에 위치할 수 있다.
CPVL 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내의 gRNA 인식 서열은 프로토스페이서 인접 모티프(Protospacer Adjacent Motif: PAM) 서열 근처에 위치하며, Cas9 뉴클레이스에 의해 표적화되는 DNA 서열 바로 뒤에 있는 2개 내지 6개의 염기쌍 DNA 서열이다. 표준 PAM은 5'-NGG-3' 서열이되, "N"은 뒤에 2개의 구아닌("G") 핵염기가 있는 임의의 핵염기이다. gRNA는 유전자 편집을 위해 Cas9를 게놈의 어느 곳으로나 운반할 수 있지만, Cas9가 PAM을 인식하는 위치 이외의 임의의 부위에서는 편집이 발생할 수 없다. 또한, 5'-NGA-3'는 인간 세포에 대한 매우 효율적인 비표준 PAM일 수 있다. 일반적으로, PAM은 gRNA에 의해 표적화된 DNA 서열의 하류에 있는 약 2개 내지 6개의 뉴클레오타이드이다. PAM은 gRNA 인식 서열에 측접할 수 있다. 일부 실시형태에서, gRNA 인식 서열은 PAM에 의해 3' 말단에 측접될 수 있다. 일부 실시형태에서, gRNA 인식 서열은 PAM에 의해 5' 말단에 측접될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질의 절단 부위는 PAM 서열의 상류 또는 하류에 있는 약 1개 내지 약 10개, 약 2개 내지 약 5개의 염기쌍 또는 3개의 염기쌍일 수 있다. (S. 피오게네스(S. pyogenes)로부터의 Cas9 또는 밀접하게 관련된 Cas9가 사용되는 것과 같은) 일부 실시형태에서, 비상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-NGG-3'일 수 있되, N은 임의의 DNA 뉴클레오타이드이며 표적 DNA의 비상보적 가닥의 gRNA 인식 서열 바로 옆의 3'이다. 이와 같이, 상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-CCN-3'일 수 있되, N은 임의의 DNA 뉴클레오타이드이며 표적 DNA의 상보적 가닥의 gRNA 인식 서열의 바로 옆의 5'이다.
gRNA는 Cas 단백질에 결합하며 Cas 단백질을 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 특정 위치로 표적화하는 RNA 분자이다. 예시적인 gRNA는 Cas 효소가 CPVL 게놈 핵산 분자에 결합하거나 이를 절단하도록 지시하는 데 효과적인 gRNA이되, gRNA는 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 DNA 표적화 분절을 포함한다. 예시적인 gRNA는 시작 코돈 또는 종결 코돈을 포함하거나 이에 근접한 CPVL 게놈 핵산 분자 내에 존재하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 DNA-표적화 분절을 포함한다. 예를 들어, gRNA는 시작 코돈의 약 5개, 약 10개, 약 15개, 약 20개, 약 25개, 약 30개, 약 35개, 약 40개, 약 45개, 약 50개, 약 100개, 약 200개, 약 300개, 약 400개, 약 500개 또는 약 1,000개의 뉴클레오타이드에 위치하거나 종결 코돈의 약 5개, 약 10개, 약 15개, 약 20개, 약 25개, 약 30개, 약 35개, 약 40개, 약 45개, 약 50개, 약 100개, 약 200개, 약 300개, 약 400개, 약 500개 또는 약 1,000개의 뉴클레오타이드에 위치하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되도록 선택될 수 있다. 적합한 gRNA는 약 17개 내지 약 25개의 뉴클레오타이드, 약 17개 내지 약 23개의 뉴클레오타이드, 약 18개 내지 약 22개의 뉴클레오타이드 또는 약 19개 내지 약 21개의 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, gRNA는 20개의 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다.
인간 CPVL 참조 유전자 내에 위치하는 적합한 gRNA 인식 서열의 예는 서열번호 57 내지 76으로 표 1에 제시되어 있다.
Cas 단백질과 gRNA는 복합체를 형성하고, Cas 단백질은 표적 CPVL 게놈 핵산 분자를 절단한다. Cas 단백질은 gRNA의 DNA-표적화 분절이 결합할 표적 CPVL 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열 내부 또는 외부의 부위에서 핵산 분자를 절단할 수 있다. 예를 들어, CRISPR 복합체(gRNA 인식 서열에 혼성화되고 Cas 단백질과 복합체화되는 gRNA를 포함)의 형성은 gRNA의 DNA-표적화 분절이 결합할 CPVL 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열 또는 그 근처(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 20개, 50개 이상의 염기쌍 이내)에서 가닥 중 하나 또는 둘 다의 절단을 초래할 수 있다.
이러한 방법은, 예를 들어, 서열번호 1의 영역이 파괴되거나, 시작 코돈이 파괴되거나, 종결 코돈이 파괴되거나, 코딩 서열이 파괴되거나 결실된 CPVL 게놈 핵산 분자를 생성할 수 있다. 선택적으로, 세포는 CPVL 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내의 추가적인 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 하나 이상의 추가적인 gRNA와 추가로 접촉될 수 있다. 세포를 하나 이상의 추가적인 gRNA(예를 들어, 제2 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 제2 gRNA)와 접촉시킴으로써, Cas 단백질에 의한 절단은 2개 이상의 이중 가닥 절단 또는 2개 이상의 단일 가닥 절단을 생성할 수 있다.
일부 실시형태에서, 치료 및/또는 예방 방법은 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 더 포함한다. 본 개시내용 전반에 걸쳐 사용되는 바와 같이, "CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자"는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측되는 부분적 기능 상실 또는 예상되는 완전한 기능 상실을 갖는 CPVL 폴리펩타이드를 암호화하는 임의의 CPVL 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 또는 cDNA 분자)이다.
본 개시내용은 또한 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제로 대상체를 치료하는 방법을 제공하되, 대상체는 피부암을 갖고 있다. 본 개시내용은 또한 피부암을 예방하는 치료제를 투여함으로써 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것 및 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖고 있는지 결정하기 위하여 생물학적 샘플에 대해 서열 분석을 수행하거나 수행한 것에 의하여, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 방법은 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 표준 투여량으로 CPVL 참조인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시형태에서, 방법은 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 대상체에게 투여하거나 계속 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시형태에서, 방법은 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하는 단계를 더 포함한다. CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 참조이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다.
CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 CPVL 참조 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 확인되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체에게는 본 명세서에 기재된 바와 같은 CPVL 저해제가 투여될 수 있다.
대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하고/하거나 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기재된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 현장에서(in situ) 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 생체내에서 수행될 수 있다. 임의의 이러한 실시형태에서, 핵산 분자는 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 참조인 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 투여된다.
일부 실시형태에서, 치료 및/또는 예방 방법은 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있지 않은 경우, 대상체에게 또한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는 경우, 대상체에게 또한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 투여된다.
본 개시내용은 또한 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제로 대상체를 치료하는 방법을 제공하되, 대상체는 피부암을 갖고 있다. 일부 실시형태에서, 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것 및 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는지 결정하기 위하여 생물학적 샘플에 대해 검정을 수행하거나 수행한 것에 의하여, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있지 않은 경우, 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제가 표준 투여량으로 대상체에게 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 대상체에게 투여된다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는 경우, 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 대상체에게 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 대상체에게 투여된다. CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재는 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있지 않다.
본 개시내용은 또한 피부암을 예방하는 치료제를 투여함으로써 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것 및 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는지 결정하기 위하여 생물학적 샘플에 대해 검정을 수행하거나 수행한 것에 의하여, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있지 않은 경우, 피부암을 예방하는 치료제가 표준 투여량으로 대상체에게 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 대상체에게 투여된다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는 경우, 피부암을 예방하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 대상체에게 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 대상체에게 투여된다. CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재는 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있지 않다.
대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재 또는 부재를 검출하고/하거나 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖고 있는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기재된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 현장에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 생체내에서 수행될 수 있다. 임의의 이러한 실시형태에서, 폴리펩타이드는 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 저분자(small molecule)이다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 하이드록시메틸(N-메틸이미노다이아세트산)보로네이트(하이드록시메틸(MIDA)보로네이트), 아지도메틸(N-메틸이미노다이아세트산)보로네이트(아지도메틸(MIDA)보로네이트) 또는 α-작용화된 알킬(MIDA)보로네이트 화합물(문헌[Adachi et al., Chem. Commun., 2015, 51, 3608-3611]의 표 1 참조)이다. 추가적인 저해제는 다음 화합물을 포함하지만 이에 제한되지 않는다:
, 및 .
일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 면역 종양제 또는 면역 관문 저해제이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 항-PD-1 작용제, 항-PD-L1 작용제 또는 항-CTLA-4 작용제이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는, 예를 들어, KEYTRUDA®(펨브롤리주맙), OPDIVO®(니볼루맙) 및 LIBTAYO®(세미플리맙)와 같은 항-PD-1 작용제이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 KEYTRUDA®(펨브롤리주맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 펨브롤리주맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 OPDIVO®(니볼루맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 니볼루맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 LIBTAYO®(세미플리맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 세미플리맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는, 예를 들어, TECENTRIQ®(아테졸리주맙), BAVENCIO®(아벨루맙) 및 IMFINZI®(더발루맙)와 같은 항-PD-L1 작용제이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 TECENTRIQ®(아테졸리주맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 아테졸리주맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 BAVENCIO®(아벨루맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 아벨루맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 IMFINZI®(더발루맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 더발루맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는, 예를 들어, YERVOY®(이필리무맙) 및 트레멜리무맙과 같은 항-CTLA-4 작용제이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 YERVOY®(이필리무맙) 또는 트레멜리무맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 YERVOY®(이필리무맙)이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 이필리무맙이다. 일부 실시형태에서, 면역 관문 저해제는 트레멜리무맙이다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 본 명세서에 기재된 임의의 CPVL 저해제와 본 명세서에 기재된 임의의 면역 관문 저해제의 조합이다. 일부 실시형태에서, CPVL 저해제는 본 명세서에 기재된 임의의 CPVL 저해제 및 항-PD-1 작용제 및 항-CTLA-4 작용제의 조합이다.
기저 세포 암종을 치료하거나 저해하는 치료제의 예는 이미퀴모드, 플루오로우라실, 세미플리맙-rwlc, 소니데깁 및 비스모데깁 또는 이들의 임의의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 치료제는 이미퀴모드이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 플루오로우라실이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 세미플리맙-rwlc이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 소니데깁이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 비스모데깁이다.
편평 세포 암종을 치료하거나 저해하는 치료제의 예는 세미플리맙-rwlc 및 펨브롤리주맙 또는 이들의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 치료제는 세미플리맙-rwlc이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 펨브롤리주맙이다.
흑색종을 치료하거나 저해하는 치료제의 예는 알데스류킨, 코비메티닙, 다브라페닙, 다카바진, 재조합 인터페론 알파-2b, 이필리무맙, 니볼루맙, 니볼루맙, 페그인터페론 알파-2b, 펨브롤리주맙, 탈리모겐 라허파렙벡, 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드 및 베무라페닙 또는 이들의 임의의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 치료제는 알데스류킨이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 코비메티닙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 다브라페닙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 다카바진이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 재조합 인터페론 알파-2b이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 이필리무맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 니볼루맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 니볼루맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 페그인터페론 알파-2b이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 펨브롤리주맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 탈리모겐 라허파렙벡이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 베무라페닙이다.
메르켈 세포 암종을 치료하거나 저해하는 치료제의 예는 아벨루맙, 펨브롤리주맙, 에토포시드(VP16) 및 카보플라틴 조합 양생법 또는 이들의 임의의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 치료제는 아벨루맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 펨브롤리주맙이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 에토포시드(VP16)이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 카보플라틴 조합 양생법이다.
융기성 피부섬유육종을 치료하거나 저해하는 치료제의 예는 이마티닙을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제의 용량은 CPVL 참조인 대상체(표준 투여량을 받을 수 있는 사람)와 비교하여 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에 대해 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80% 또는 약 90% 감소될 수 있다(즉, 표준 투여량 미만). 일부 실시형태에서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제의 용량은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40% 또는 약 50% 감소될 수 있다. 또한, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 CPVL 참조인 대상체에 비해 덜 자주 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제의 용량은 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체와 비교하여 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에 대해 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50% 감소될 수 있다. 일부 실시형태에서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제의 용량은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40% 또는 약 50% 감소될 수 있다. 또한, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에서 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제의 용량은 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에 비해 덜 자주 투여될 수 있다.
피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제 및/또는 CPVL 저해제의 투여는, 예를 들어, 1일, 2일, 3일, 5일, 1주, 2주, 3주, 1개월, 5주, 6주, 7주, 8주, 2개월 또는 3개월 후에 반복될 수 있다. 반복 투여는 동일한 용량 또는 상이한 용량으로 이루어질 수 있다. 투여는 1회, 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 10회 이상 반복될 수 있다. 예를 들어, 소정의 투여 양생법에 따라, 대상체는, 예를 들어, 6개월, 1년 이상과 같이 장기간 동안 요법을 받을 수 있다.
피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제 및/또는 CPVL 저해제의 투여는 비경구, 정맥내, 경구, 피하, 동맥내, 두개내, 척수강내, 복강내, 국소, 비강내 또는 근육내를 포함하지만 이에 제한되지 않는 임의의 적합한 경로에 의해 발생할 수 있다. 투여를 위한 약제학적 조성물은 바람직하게는 멸균되고, 실질적으로 등장성이며, GMP 조건하에 제조된다. 약제학적 조성물은 단위 투여 (즉, 단일 투여를 위한 투여) 형태로 제공될 수 있다. 약제학적 조성물은 하나 이상의 생리학적 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제를 사용하여 제형화될 수 있다. 제형은 선택한 투여 경로에 따라 달라진다. 용어 "약제학적으로 허용 가능한"은 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제가 제형의 다른 성분과 상용성이며 수용자에게 실질적으로 유해하지 않음을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같은 용어 "치료하다", "치료하는"과 "치료" 및 "예방하다", "예방하는"과 "예방"은 각각 치료적 및 예방적 효과와 같은 목적하는 생물학적 반응을 이끌어내는 것을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 치료적 효과는 피부암의 감소(decrease/reduction), 피부암의 중증도 감소(decrease/reduction)(예를 들어, 피부암 발생의 감소 또는 저해), 증상 및 피부암 관련 효과의 감소(decrease/reduction), 증상 및 피부암 관련 효과의 발생 지연, 피부암 관련 효과의 증상의 중증도 감소, 증상 및 피부암 관련 효과의 수 감소, 증상 및 피부암 관련 효과의 잠복기 감소, 증상 및 피부암 관련 효과의 개선, 2차 증상의 감소, 2차 감염의 감소, 피부암의 재발 방지, 재발 에피소드의 수 또는 빈도 감소, 증후성 에피소드 간 잠복기 증가, 지속적인 진행까지의 시간 증가, 회복 속도 향상 또는 대안적인 치료법에 대한 효능 증가 또는 저항성 감소 및/또는 작용제 또는 작용제를 포함하는 조성물의 투여 후 영향을 받은 숙주 동물의 생존 시간 증가 중 하나 이상을 포함한다. 예방적 효과는 피부암 발생/진행의 완전한 또는 부분적인 회피/저해 또는 지연(예를 들어, 완전한 또는 부분적인 회피/저해 또는 지연) 및 치료적 프로토콜 투여 후 영향을 받은 숙주 동물의 생존 시간의 증가를 포함할 수 있다. 피부암의 치료는 임의의 임상적 단계 또는 발현(manifestation)에서 임의의 형태의 피부암이 있는 것으로 이미 진단된 대상체의 치료, 피부암의 증상 또는 징후의 발병 또는 진화 또는 가중 또는 악화의 지연 및/또는 피부암의 중증도의 예방 및/또는 감소를 포함한다.
본 개시내용은 또한 피부암이 발생할 위험이 증가된 대상체를 확인하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 방법은 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 CPVL 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및/또는 cDNA 분자)의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함한다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자가 결여된 경우(즉, 대상체는 유전자형적으로 CPVL 참조로 분류됨), 대상체는 피부암이 발생할 위험이 증가한다. 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는 경우(즉, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성임), 대상체는 피부암이 발생할 위험이 감소한다.
CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 카피를 갖는 것은 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 카피가 없는 것보다 피부암 발생에 대해 대상체를 더 잘 보호한다. 임의의 특정 이론 또는 작용 메커니즘에 얽매이지 않고, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 카피(즉, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성)는 피부암 발생에 대해 대상체를 보호하는 것으로 여겨지며, 또한 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 2개의 카피(즉, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성)는 단일 카피를 갖는 대상체에 비해 피부암 발생에 대해 대상체를 더 잘 보호하는 것으로 여겨진다. 따라서, 일부 실시형태에서, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 카피는 피부암 발생에 대해 대상체를 완전히 보호할 수는 없지만, 대신에 부분적으로 또는 불완전하게 보호할 수 있다. 임의의 특정 이론에 얽매이지 않고, CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 카피를 갖는 대상체에 여전히 존재하는 피부암 발생과 관련된 추가적인 요인 또는 분자가 있을 수 있으므로, 피부암 발생에 대한 완전한 보호는 이루어지지 않는다.
대상체로부터의 생물학적 샘플에서 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하고/하거나 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기재된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 현장에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 방법은 생체내에서 수행될 수 있다. 임의의 이러한 실시형태에서, 핵산 분자는 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서, 대상체가 피부암이 발생할 위험이 증가하는 것으로 확인된 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제 및/또는 본 명세서에 기재된 바와 같은 CPVL 저해제가 투여된다. 예를 들어, 대상체가 CPVL 참조이고 이에 따라 피부암이 발생할 위험이 증가하는 경우, 대상체에게 CPVL 저해제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 이러한 대상체에게 또한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 이러한 대상체에게 또한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 참조이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 임의의 방법은 피부암이 발생할 위험의 감소와 연관된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자 및/또는 CPVL 예측 기능 상실 변이체 폴리펩타이드를 갖고 있는 대상체의 총 부담(aggregate burden)을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 총 부담은 CPVL 유전자의 모든 변이체의 합이며, 피부암과의 연관성 분석에서 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 대상체는 피부암이 발생할 위험의 감소와 연관된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 하나 이상의 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 피부암이 발생할 위험의 감소와 연관된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 하나 이상의 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. 연관성 분석의 결과는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자가 피부암이 발생할 위험의 감소와 연관되어 있음을 시사한다. 대상체의 총 부담이 낮은 경우, 대상체는 피부암이 발생할 위험이 높으며, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여된다. 대상체의 총 부담이 큰 경우, 대상체는 피부암이 발생할 위험이 낮으며, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 투여되거나 계속 투여된다. 총 부담이 클수록, 피부암이 발생할 위험은 낮아진다. 총 부담 분석에 사용될 수 있는 CPVL 변이체는 표 2의 다음 중 임의의 하나 이상 또는 임의의 조합을 포함한다:
일부 실시형태에서, 임의의 하나 이상의 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 대상체의 총 부담은 복수의 임의의 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 가중합(weighted sum)을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 총 부담은 CPVL 유전자 내 또는 그 주변(최대 10Mb)에 존재하는 적어도 약 2개, 적어도 약 3개, 적어도 약 4개, 적어도 약 5개, 적어도 약 10개, 적어도 약 20개, 적어도 약 30개, 적어도 약 40개, 적어도 약 50개, 적어도 약 60개, 적어도 약 70개, 적어도 약 80개, 적어도 약 100개, 적어도 약 120개, 적어도 약 150개, 적어도 약 200개, 적어도 약 250개, 적어도 약 300개, 적어도 약 400개, 적어도 약 500개, 적어도 약 1,000개, 적어도 약 10,000개, 적어도 약 100,000개 또는 적어도 약 1,000,000개 또는 그 이상의 유전적 변이체를 사용하여 계산되며, 여기서 유전적 부담은 대립유전자의 수에 피부암과의 연관성 추정치 또는 각 대립유전자에 대한 관련 결과(예를 들어, 가중 다유전자 부담 점수)를 곱한 값이다. 이는 유전적 연관성 분석에서 피부암 관련 형질과 0이 아닌 연관성을 보이는 CPVL 유전자에 근접한(최대 10Mb 주변 유전자) 게놈 주석과 관계없이 임의의 유전적 변이체를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 대상체가 목적하는 역치 점수를 초과하는 총 부담을 갖는 경우, 대상체는 피부암이 발생할 위험이 감소한다. 일부 실시형태에서, 대상체가 목적하는 역치 점수 미만인 총 부담을 갖는 경우, 대상체는 피부암이 발생할 위험이 증가한다.
일부 실시형태에서, 총 부담은 5분위수, 예를 들어, 상위 5분위수, 중위 5분위수 및 하위 5분위수로 나눌 수 있되, 총 부담의 상위 5분위수는 가장 낮은 위험 그룹에 해당하고, 총 부담의 하위 5분위수는 가장 높은 위험 그룹에 해당한다. 일부 실시형태에서, 더 큰 총 부담을 갖는 대상체는 대상체 집단으로부터의 총 부담의 상위 10%, 상위 20%, 상위 30%, 상위 40% 또는 상위 50%를 포함하지만 이에 제한되지 않는 가장 높은 가중 총 부담을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전적 변이체는 연관성에 대한 p값 범위의 상위 10%, 상위 20%, 상위 30%, 상위 40% 또는 상위 50%의 피부암과의 연관성을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 확인된 유전적 변이체 각각은 p값이 약 10-2, 약 10-3, 약 10-4, 약 10-5, 약 10-6, 약 10-7, 약 10-8, 약 10-9, 약 10-10, 약 10-11, 약 10-12, 약 10-13, 약 10-14, 약 또는 10-15 이하인 피부암과의 연관성을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 확인된 유전적 변이체는 p값이 5×10-8 미만인 피부암과의 연관성을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 확인된 유전적 변이체는 분포의 상위 20%에 대해 약 1.5 이상, 약 1.75 이상, 약 2.0 이상 또는 약 2.25 이상; 또는 약 1.5 이상, 약 1.75 이상, 약 2.0 이상, 약 2.25 이상, 약 2.5 이상 또는 약 2.75 이상의 오즈비(odds ratio: OR)를 갖는 나머지 참조 집단과 비교하여 고위험 대상체에서 피부암과의 연관성을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 오즈비(OR)는 약 1.0 내지 약 1.5, 약 1.5 내지 약 2.0, 약 2.0 내지 약 2.5, 약 2.5 내지 약 3.0, 약 3.0 내지 약 3.5, 약 3.5 내지 약 4.0, 약 4.0 내지 약 4.5, 약 4.5 내지 약 5.0, 약 5.0 내지 약 5.5, 약 5.5 내지 약 6.0, 약 6.0 내지 약 6.5, 약 6.5 내지 약 7.0 이상 또는 7.0 이상의 범위일 수 있다. 일부 실시형태에서, 고위험 대상체는 참조 집단에서 하위 10분위수, 5분위수 또는 3분위수의 총 부담을 갖는 대상체를 포함한다. 총 부담의 역치는 의도된 실제 적용의 본질과 해당 실제 적용에 의미 있는 것으로 간주되는 위험의 차이를 기반으로 결정된다.
일부 실시형태에서, 대상체가 피부암이 발생할 위험이 증가하는 것으로 확인된 경우, 대상체에게 본 명세서에 기재된 바와 같은 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제 및/또는 CPVL 저해제가 추가로 투여된다. 예를 들어, 대상체가 CPVL 참조이고 이에 따라 피부암이 발생할 위험이 증가하는 경우, 대상체에게 CPVL 저해제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 이러한 대상체에게 또한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우, 대상체는 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 참조이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. 또한, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 것에 대한 총 부담이 낮고 이에 따라 피부암이 발생할 위험이 증가하는 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 것에 대한 총 부담이 낮은 경우, 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제가 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 것에 대한 총 부담이 더 큰 대상체에게 투여되는 표준 투여량과 동일하거나 그 이상의 투여량으로 투여된다.
본 개시내용은 또한 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자(즉, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 또는 mRNA 분자로부터 생성된 cDNA 분자)의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다. 집단 내의 유전자 서열 및 이러한 유전자에 의해 암호화되는 mRNA 분자는 단일-뉴클레오타이드 다형성과 같은 다형성으로 인해 달라질 수 있는 것으로 이해된다. CPVL 변이체 게놈 핵산 분자, CPVL 변이체 mRNA 분자 및 CPVL 변이체 cDNA 분자에 대해 본 명세서에 제공된 서열은 단지 예시적인 서열이다. CPVL 변이체 게놈 핵산 분자, 변이체 mRNA 분자 및 변이체 cDNA 분자에 대한 다른 서열도 가능하다.
생물학적 샘플은 대상체의 임의의 세포, 조직 또는 생물학적 유체로부터 유래될 수 있다. 생물학적 샘플은 골수 샘플, 종양 생검, 미세 바늘 흡인물과 같은 임의의 임상적으로 관련된 조직 또는 혈액, 치은열구액, 혈장, 혈청, 림프액, 복수액, 낭액 또는 소변과 같은 체액 샘플을 포함할 수 있다. 일부 경우에, 샘플은 협측 면봉을 포함한다. 본 명세서에 개시된 방법에 사용되는 생물학적 샘플은 검정 형식, 검출 방법의 특성 및 샘플로 사용되는 조직, 세포 또는 추출물에 따라 달라질 수 있다. 생물학적 샘플은 사용되는 검정에 따라 상이하게 처리될 수 있다. 예를 들어, CPVL 예측 기능상실 폴리펩타이드를 암호화하는 임의의 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 검출할 때, 게놈 DNA에 대한 생물학적 샘플을 단리하거나 농축하도록 설계된 예비 처리가 사용될 수 있다. 이러한 목적을 위해 다양한 기법이 사용될 수 있다. 임의의 CPVL 변이체 mRNA 분자의 수준을 검출할 때, mRNA 분자가 있는 생물학적 샘플을 풍부하게 하기 위해 다양한 기법이 사용될 수 있다. mRNA 분자의 존재 또는 수준, 또는 특정 변이체 게놈 DNA 유전자좌의 존재를 검출하기 위해 다양한 방법이 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 대상체에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 검출하는 것은 생물학적 샘플 내 CPVL 게놈 핵산 분자 및/또는 생물학적 샘플 내 CPVL mRNA 분자 및/또는 생물학적 샘플 내 CPVL mRNA 분자로부터 생성된 cDNA 분자가 기능 상실(부분 또는 완전)을 유발하거나 기능 상실(부분 또는 완전)을 유발할 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함하는지 여부를 결정하기 위해 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에 대해 서열 분석을 수행하는 것을 포함한다.
일부 실시형태에서, 대상체에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및/또는 mRNA 분자로부터 생성된 cDNA 분자)의 존재 또는 부재를 검출하는 방법은 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에 대해 검정을 수행하는 단계를 포함한다. 검정은 생물학적 샘플 내 핵산 분자가 특정 뉴클레오타이드 서열을 포함하는지 여부를 결정한다.
일부 실시형태에서, 생물학적 샘플은 세포 또는 세포 용해물을 포함한다. 이러한 방법은, 예를 들어, 대상체로부터 CPVL 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자를 포함하는 생물학적 샘플을 얻는 단계 및 mRNA의 경우, 선택적으로 mRNA를 cDNA로 역전사시키는 단계를 더 포함할 수 있다. 이러한 검정은, 예를 들어, 특정 CPVL 핵산 분자의 이러한 위치의 동일성을 결정하는 것을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 방법은 시험관내 방법이다.
일부 실시형태에서, 결정하는 단계, 검출하는 단계 또는 서열 분석은 생물학적 샘플 내 CPVL 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하되, 시퀀싱되는 부분은 기능 상실(부분 또는 완전)을 유발하거나 기능 상실(부분 또는 완전)을 유발할 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함한다.
일부 실시형태에서, 검정은 전체 핵산 분자를 시퀀싱하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, CPVL 게놈 핵산 분자만 분석된다. 일부 실시형태에서, CPVL mRNA만 분석된다. 일부 실시형태에서, CPVL mRNA로부터 생성된 CPVL cDNA만 분석된다.
변경 특이적 중합효소 연쇄 반응 기법은 핵산 서열에서 SNP와 같은 돌연변이를 검출하는 데 사용될 수 있다. 주형과의 불일치가 존재할 때 DNA 폴리머레이스는 신장되지 않기 때문에 변경 특이적 프라이머가 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 샘플 내 핵산 분자는 mRNA이고, mRNA는 증폭하는 단계 전에 cDNA로 역전사된다. 일부 실시형태에서, 핵산 분자는 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재한다.
일부 실시형태에서, 검정은 생물학적 샘플을 엄격한 조건하에서 상응하는 CPVL 참조 서열이 아닌 CPVL 변이체 게놈 서열, 변이체 mRNA 서열 또는 변이체 cDNA 서열에 특이적으로 혼성화되는 변경 특이적 프라이머 또는 변경 특이적 프로브와 같은 프라이머 또는 프로브와 접촉시키는 단계 및 혼성화가 발생하였는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 결정하는 단계, 검출하는 단계 또는 서열 분석은 a) CPVL 폴리펩타이드를 암호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭시키는 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변경 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계; 및 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 검정은 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 검정은 또한 역전사효소 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)과 같이 mRNA를 cDNA로 역전사시키는 것을 포함한다.
일부 실시형태에서, 방법은 표적 뉴클레오타이드 서열에 결합하며 CPVL 변이체 게놈 핵산 분자, 변이체 mRNA 분자 또는 변이체 cDNA 분자를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 특이적으로 검출 및/또는 확인하기에 충분한 뉴클레오타이드 길이의 프로브 및 프라이머를 이용한다. 혼성화 조건 또는 반응 조건은 이러한 결과를 달성하기 위해 조작자에 의해 결정될 수 있다. 뉴클레오타이드 길이는 본 명세서에 기재되거나 예시된 임의의 검정을 포함하여 선택된 검출 방법에 사용하기에 충분한 임의의 길이일 수 있다. 이러한 프로브 및 프라이머는 매우 엄격한 혼성화 조건하에서 표적 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있다. 프로브 및 프라이머는 표적 뉴클레오타이드 서열 내 인접 뉴클레오타이드의 완전한 뉴클레오타이드 서열 동일성을 가질 수 있지만, 표적 뉴클레오타이드 서열과 다르며 표적 뉴클레오타이드 서열을 특이적으로 검출 및/또는 확인하는 능력을 보유하는 프로브는 통상적인 방법에 의해 설계될 수 있다. 프로브 및 프라이머는 표적 핵산 분자의 뉴클레오타이드 서열과 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99% 또는 100%의 서열 동일성 또는 상보성을 가질 수 있다.
핵산 시퀀싱 기법의 예시적인 예는 사슬 종결자(chain terminator)(Sanger) 시퀀싱 및 염료 종결자 시퀀싱을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 다른 방법은 정제된 DNA, 증폭된 DNA 및 고정된 세포 제조물(형광 현장 혼성화(fluorescence in situ hybridization: FISH))에 대해 지시된 표지된 프라이머 또는 프로브를 사용하는 것을 포함하여 시퀀싱 이외의 핵산 혼성화 방법을 포함한다. 일부 방법에서, 표적 핵산 분자는 검출 전 또는 이와 동시에 증폭될 수 있다. 핵산 증폭 기법의 예시적인 예는 중합효소 연쇄 반응(PCR), 라이게이스 연쇄 반응(ligase chain reaction: LCR), 가닥 변위 증폭(strand displacement amplification: SDA) 및 핵산 서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification: NASBA)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 다른 방법은 라이게이스 연쇄 반응, 가닥 변위 증폭 및 호열성 SDA(thermophilic SDA: tSDA)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
혼성화 기법에서, 프로브 또는 프라이머가 표적에 특이적으로 혼성화되도록 엄격한 조건이 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오타이드 프라이머 또는 프로브는 배경에 비해 10-배 이상을 포함하여 배경에 비해 적어도 2-배, 적어도 3-배, 적어도 4-배 이상과 같이 다른 비표적 서열보다 검출 가능하게 더 높은 정도로 표적 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시형태에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오타이드 프라이머 또는 프로브는 적어도 2-배만큼 다른 뉴클레오타이드 서열보다 검출 가능하게 더 높은 정도로 표적 뉴클레오타이드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시형태에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오타이드 프라이머 또는 프로브는 적어도 3-배만큼 다른 뉴클레오타이드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 표적 뉴클레오타이드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시형태에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오타이드 프라이머 또는 프로브는 적어도 4-배만큼 다른 뉴클레오타이드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 표적 뉴클레오타이드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시형태에서, 엄격한 조건하에서 폴리뉴클레오타이드 프라이머 또는 프로브는 배경에 비해 10-배 이상만큼 다른 뉴클레오타이드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 표적 뉴클레오타이드 서열에 혼성화할 것이다. 엄격한 조건은 서열-의존적이며, 다양한 상황에 따라 달라질 것이다.
DNA 혼성화를 촉진하는 적절한 엄격한 조건, 예를 들어, 약 45℃에서의 6X 소듐 클로라이드/소듐 시트레이트(SSC)에 이어 50℃에서의 2X SSC의 세척은 알려져 있거나 문헌[Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6]에서 찾을 수 있다. 전형적으로, 혼성화 및 검출을 위한 엄격한 조건은 염 농도가 pH 7.0 내지 8.3에서 약 1.5M Na+ 이온 미만, 전형적으로 약 0.01M 내지 1.0M Na+ 이온 농도(또는 다른 염)이고, 온도가 짧은 프로브(예를 들어, 10개 내지 50개의 뉴클레오타이드)의 경우 적어도 약 30℃ 및 더 긴 프로브(예를 들어, 50개 초과의 뉴클레오타이드)의 경우 적어도 약 60℃인 조건들일 것이다. 엄격한 조건은 또한 폼아마이드와 같은 불안정화제를 첨가하여 달성될 수 있다. 선택적으로, 세척 완충액은 약 0.1% 내지 약 1% SDS를 포함할 수 있다. 혼성화 기간은 일반적으로 약 24시간 미만, 일반적으로 약 4시간 내지 약 12시간이다. 세척 시간은 적어도 평형에 도달하기에 충분한 시간일 것이다.
일부 실시형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5개, 적어도 약 8개, 적어도 약 10개, 적어도 약 11개, 적어도 약 12개, 적어도 약 13개, 적어도 약 14개, 적어도 약 15개, 적어도 약 16개, 적어도 약 17개, 적어도 약 18개, 적어도 약 19개, 적어도 약 20개, 적어도 약 21개, 적어도 약 22개, 적어도 약 23개, 적어도 약 24개, 적어도 약 25개, 적어도 약 30개, 적어도 약 35개, 적어도 약 40개, 적어도 약 45개, 적어도 약 50개, 적어도 약 55개, 적어도 약 60개, 적어도 약 65개, 적어도 약 70개, 적어도 약 75개, 적어도 약 80개, 적어도 약 85개, 적어도 약 90개, 적어도 약 95개, 적어도 약 100개, 적어도 약 200개, 적어도 약 300개, 적어도 약 400개, 적어도 약 500개, 적어도 약 600개, 적어도 약 700개, 적어도 약 800개, 적어도 약 900개, 적어도 약 1000개, 적어도 약 2000개, 적어도 약 3000개, 적어도 약 4000개 또는 적어도 약 5000개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5개, 적어도 약 8개, 적어도 약 10개, 적어도 약 11개, 적어도 약 12개, 적어도 약 13개, 적어도 약 14개, 적어도 약 15개, 적어도 약 16개, 적어도 약 17개, 적어도 약 18개, 적어도 약 19개, 적어도 약 20개, 적어도 약 21개, 적어도 약 22개, 적어도 약 23개, 적어도 약 24개 또는 적어도 약 25개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 18개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 약 10개 내지 약 35개, 약 10개 내지 약 30개, 약 10개 내지 약 25개, 약 12개 내지 약 30개, 약 12개 내지 약 28개, 약 12개 내지 약 24개, 약 15개 내지 약 30개, 약 15개 내지 약 25개, 약 18개 내지 약 30개, 약 18개 내지 약 25개, 약 18개 내지 약 24개 또는 약 18개 내지 약 22개의 뉴클레오타이드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 약 18개 내지 약 30개의 뉴클레오타이드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개의 뉴클레오타이드 내지 적어도 약 35개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 실시형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 엄격한 조건하에서 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및/또는 cDNA 분자)에 혼성화된다. 이러한 핵산 분자는, 예를 들어, 본 명세서에 개시되거나 예시된 바와 같은 프로브, 프라이머, 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머로서 사용될 수 있고, 제한 없이 프라이머, 프로브, 안티센스 RNA, shRNA 및 siRNA를 포함하며, 이들 각각은 본 명세서의 다른 곳에서 더 자세히 설명되어 있다.
일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자 및/또는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자와 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99% 또는 100% 동일한 핵산 분자의 적어도 약 15개의 연속 뉴클레오타이드에 혼성화된다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 약 15개 내지 약 100개의 뉴클레오타이드 또는 약 15개 내지 약 35개의 뉴클레오타이드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 약 15개 내지 약 100개의 뉴클레오타이드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시형태에서, 단리된 핵산 분자는 약 15개 내지 약 35개의 뉴클레오타이드로 이루어지거나 이를 포함한다.
일부 실시형태에서, 변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머는 DNA를 포함한다. 일부 실시형태에서, 변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머는 RNA를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 프로브 및 프라이머(변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머 포함)는 본 명세서에 개시된 임의의 핵산 분자 또는 이의 상보체에 특이적으로 혼성화되는 뉴클레오타이드 서열을 갖는다. 일부 실시형태에서, 프로브 및 프라이머는 엄격한 조건하에서 본 명세서에 개시된 임의의 핵산 분자에 특이적으로 혼성화한다.
일부 실시형태에서, 변경 특이적 프라이머를 포함한 프라이머는 2세대 시퀀싱 또는 고속 대량 시퀀싱에서 사용될 수 있다. 일부 예에서, 변경 특이적 프라이머를 포함한 프라이머는 변형될 수 있다. 특히, 프라이머는, 예를 들어, 대규모 병렬 시그니처 시퀀싱(Massive Parallel Signature Sequencing: MPSS), 폴로니 시퀀싱 및 454 파이로시퀀싱의 여러 단계에서 사용되는 다양한 변형을 포함할 수 있다. 변형된 프라이머는 클로닝 단계의 바이오티닐화 프라이머 및 비드 로딩 단계 및 검출하는 단계에서 사용되는 형광 표지된 프라이머를 포함하여 과정의 여러 단계에서 사용될 수 있다. 폴로니 시퀀싱은 일반적으로 DNA 주형의 각 분자의 길이가 약 135bp인 쌍말단 태그 라이브러리를 사용하여 수행된다. 바이오티닐화 프라이머는 비드 로딩 단계 및 에멀션 PCR에서 사용된다. 형광 표지된 축퇴성 노나머 올리고뉴클레오타이드는 검출하는 단계에서 사용된다. 어댑터는 DNA 라이브러리를 스트렙타비딘-코팅된 비드에 고정하기 위한 5'-바이오틴 태그를 포함할 수 있다.
본 명세서에 기재된 프로브 및 프라이머는 본 명세서에 개시된 임의의 CPVL 변이체 미스센스 게놈 핵산 분자, CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자 및/또는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자 내의 뉴클레오타이드 변이를 검출하는 데 사용될 수 있다. 본 명세서에 기재된 프라이머는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자 또는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자 또는 이들의 단편을 증폭시키는 데 사용될 수 있다.
본 개시내용의 맥락에서, "특이적으로 혼성화되는"은 프로브 또는 프라이머(예를 들어, 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머)가 CPVL 참조 게놈 핵산 분자, CPVL 참조 mRNA 분자 및/또는 CPVL 참조 cDNA 분자를 암호화하는 핵산 서열에 혼성화되지 않는다는 것을 의미한다.
일부 실시형태에서, 프로브(예를 들어, 변경 특이적 프로브)는 표지를 포함한다. 일부 실시형태에서, 표지는 형광 표지, 방사성 표지 또는 바이오틴이다.
본 개시내용은 또한 본 명세서에 개시된 프로브 중 임의의 하나 이상이 부착되는 기재(substrate)를 포함하는 지지체를 제공한다. 고체 지지체는 본 명세서에 개시된 임의의 프로브와 같은 분자가 회합될 수 있는 고체-상태 기재 또는 지지체이다. 고체 지지체의 형태는 어레이이다. 고체 지지체의 또 다른 형태는 어레이 검출기이다. 어레이 검출기는 여러 개의 상이한 프로브가 어레이, 그리드 또는 다른 조직화된 패턴으로 커플링된 고체 지지체이다. 고체-상태 기재의 형태는 표준 96-웰 유형과 같은 미세역가 접시(dish)이다. 일부 실시형태에서, 일반적으로 웰당 하나의 어레이를 포함하는 다중 웰 유리 슬라이드가 사용될 수 있다.
CPVL 참조 게놈 핵산 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 1(GRCh38/hg38 인간 게놈 어셈블리의 chr7:28,995,637-29,195,276을 포함하는 ENSG00000106066.15)에 제시되어 있다.
CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 2에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 3에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 4에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 5에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 6에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 7에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 8에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 9에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 10에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 11에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 12에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 13에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 14에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 15에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 16에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 17에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 18에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 19에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 20에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 21에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 22에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 23에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 24에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 25에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 mRNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 26에 제시되어 있다.
CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 27에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 28에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 29에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 30에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 31에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 32에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 33에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 34에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 35에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 36에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 37에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 38에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 39에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 40에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 41에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 42에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 43에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 44에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 45에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 46에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 47에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 48에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 49에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 50에 제시되어 있다. 또 다른 CPVL 참조 cDNA 분자의 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 51에 제시되어 있다.
CPVL 참조 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 52에 제시되어 있고, 476개의 아미노산 길이이다. 또 다른 CPVL 참조 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 53에 제시되어 있고, 406개의 아미노산 길이이다. 또 다른 CPVL 참조 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 54에 제시되어 있고, 490개의 아미노산 길이이다. 또 다른 CPVL 참조 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 55에 제시되어 있고, 298개의 아미노산 길이이다. 또 다른 CPVL 참조 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 서열번호 56에 제시되어 있고, 233개의 아미노산 길이이다.
게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및 cDNA 분자는 임의의 유기체로부터 유래할 수 있다. 예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및 cDNA 분자는 인간 유래 또는 비인간 포유동물, 설치류, 마우스 또는 래트와 같은 또 다른 유기체로부터의 오쏘로그일 수 있다. 집단 내의 유전자 서열은 단일 뉴클레오타이드 다형성과 같은 다형성으로 인해 달라질 수 있는 것으로 이해된다. 본 명세서에 제공된 예는 단지 예시적인 서열일 뿐이다. 다른 서열도 가능하다.
또한, 개시된 핵산 분자와 상호작용할 수 있는 기능성 폴리뉴클레오타이드가 본 명세서에 제공된다. 기능성 폴리뉴클레오타이드의 예는 안티센스 분자, 압타머, 리보자임, 삼중체 형성 분자 및 외부 가이드 서열을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 기능성 폴리뉴클레오타이드는 표적 분자가 갖는 특정 활성의 효과기, 저해제, 조절제 및 자극제로서 작용할 수 있거나, 기능성 폴리뉴클레오타이드는 임의의 다른 분자와는 독립적으로 새로운(de novo) 활성을 가질 수 있다.
본 명세서에 개시된 단리된 핵산 분자는 RNA, DNA 또는 RNA와 DNA 둘 다를 포함할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 벡터 또는 이종 표지와 같은 이종 핵산 서열에 연결되거나 융합될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 단리된 핵산 분자는 벡터 내에 있을 수 있거나 단리된 핵산 분자 및 이종 핵산 서열을 포함하는 외인성 공여체 서열로서 존재할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 이종 표지에 연결되거나 융합될 수 있다. 표지는 직접적으로 검출 가능하거나(예를 들어, 형광단) 간접적으로 검출 가능할 수 있다(예를 들어, 합텐, 효소 또는 형광단 소광제). 이러한 표지는 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 검출할 수 있다. 이러한 표지는, 예를 들어, 방사성 표지, 색소, 염료, 발색체, 스핀 표지 및 형광 표지를 포함한다. 표지는 또한, 예를 들어, 화학발광 물질; 금속-함유 물질; 또는 효소 의존적 2차 신호의 생성이 일어나는 효소일 수 있다. 용어 "표지"는 또한 접합된 분자가 후속적으로 기질과 함께 첨가될 때 검출 가능한 신호를 생성하는 데 사용되도록 해당 접합된 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 "태그" 또는 합텐을 지칭할 수 있다. 예를 들어, 바이오틴은 서양고추냉이 과산화효소(HRP)의 아비딘 또는 스트렙타비딘 접합체와 함께 태그로 사용되어 태그에 결합할 수 있고, 열량측정 기질(예를 들어, 테트라메틸벤지딘(TMB)) 또는 형광성 기질을 사용하여 검사하여 HRP의 존재를 검출한다. 정제를 용이하게 하기 위해 태그로 사용될 수 있는 예시적인 표지는 myc, HA, FLAG 또는 3XFLAG, 6Xhis 또는 폴리히스티딘, 글루타티온-S-트랜스퍼레이스(GST), 말토스 결합 단백질, 에피토프 태그 또는 면역글로불린의 Fc 부분을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 수많은 표지는, 예를 들어, 입자, 형광단, 합텐, 효소 및 이들의 열량측정, 형광성 및 화학발광 기질 및 기타 표지를 포함한다.
핵산 분자 내의 뉴클레오타이드 서열 또는 폴리펩타이드 내의 아미노산 서열의 특정 신장부(stretch) 사이의 동일성 퍼센트(또는 상보성 퍼센트)는 BLAST 프로그램(기본 국소 정렬 검색 도구) 및 PowerBLAST 프로그램(Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656)을 사용하거나 Smith 및 Waterman(Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489)의 알고리즘을 사용하는 기본 설정을 사용하는 갭 프로그램(위스콘신 서열 분석 패키지, Unix용 버전 8, 위스콘신 의학 대학 연구 단지의 유전학 컴퓨터 그룹)을 사용하여 일상적으로 결정될 수 있다. 본 명세서에서, 서열 동일성 퍼센트가 언급된다면, 서열 동일성의 백분율이 높은 것이 낮은 것보다 바람직하다.
특정 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열 또는 위치의 넘버링과 관련하여 사용될 때, 본 명세서에서 사용되는 어구 "~에 상응하는" 또는 이의 문법적 변형어는 특정 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열을 참조 서열(예를 들어, 서열번호 1)과 비교할 때 지정된 참조 서열의 넘버링을 지칭한다. 즉, 특정 중합체의 잔기(예를 들어, 뉴클레오타이드 또는 아미노산) 번호 또는 잔기(예를 들어, 뉴클레오타이드 또는 아미노산) 위치는 특정 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열 내 잔기의 실제 수치적 위치보다는 참조 서열과 관련하여 지정된다. 예를 들어, 특정 뉴클레오타이드 서열은 두 서열 사이의 잔기 일치를 최적화하기 위해 갭을 도입함으로써 참조 서열에 정렬될 수 있다. 이러한 경우, 갭이 존재하더라도, 특정 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 서열 내 잔기의 넘버링은 정렬된 참조 서열과 관련하여 이루어진다.
첨부된 서열 목록에 나열된 뉴클레오타이드 및 아미노산 서열은 뉴클레오타이드 염기에 대한 표준 문자 약어 및 아미노산에 대한 3문자 코드를 사용하여 표시된다. 뉴클레오타이드 서열은 서열의 5' 말단에서 시작하여 3' 말단으로 정방향으로(즉, 각 줄의 왼쪽에서 오른쪽으로) 진행되는 표준 관례를 따른다. 각 뉴클레오타이드 서열의 한 가닥만이 표시되지만, 상보적 가닥은 표시된 가닥에 대한 임의의 참조에 의해 포함되는 것으로 이해된다. 아미노산 서열은 서열의 아미노 말단에서 시작하여 카복시 말단으로 정방향으로(즉, 각 줄의 왼쪽에서 오른쪽으로) 진행되는 표준 관례를 따른다.
본 개시내용은 또한 a) 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암의 치료 및/또는 예방에 사용하기 위한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 제공한다. 본 명세서에 기재된 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 임의의 치료제는 이러한 방법에 사용될 수 있다.
본 개시내용은 또한 a) 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암을 치료 및/또는 예방하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 제공한다. 본 명세서에 기재된 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 임의의 치료제는 이러한 방법에 사용될 수 있다.
본 개시내용은 또한 a) 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암의 치료 및/또는 예방에 사용하기 위한 CPVL 저해제를 제공한다. 본 명세서에 기재된 임의의 CPVL 저해제는 이러한 방법에 사용될 수 있다.
본 개시내용은 또한 a) 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나; b) i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자; ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는 iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 피부암을 치료 및/또는 예방하기 위한 약제의 제조에서의 CPVL 저해제의 용도를 제공한다. 본 명세서에 기재된 임의의 CPVL 저해제는 이러한 방법에 사용될 수 있다.
위 또는 아래에 인용된 모든 특허 문서, 웹사이트, 기타 간행물, 등록 번호 등은 각 개별 항목이 참조에 의해 원용되도록 구체적이고 개별적으로 표시된 것과 동일한 정도로 모든 목적을 위해 전체가 참조에 의해 원용된다. 서열의 상이한 버전이 상이한 시점의 등록 번호와 연관되어 있는 경우, 본 출원의 유효 출원일의 등록 번호와 연관된 버전을 의미한다. 유효 출원일은 실제 출원일 또는 해당되는 경우 등록 번호를 참조하는 우선권 출원의 출원일 중 빠른 날짜를 의미한다. 마찬가지로, 간행물, 웹사이트 등의 상이한 버전이 상이한 시기에 공개된 경우, 달리 명시하지 않는 한 본 출원의 유효 출원일의 가장 최근에 공개된 버전을 의미한다. 본 개시내용의 임의의 특징, 단계, 요소, 실시형태 또는 양태는 달리 구체적으로 나타내지 않는 한 임의의 다른 특징, 단계, 요소, 실시형태 또는 양태와 조합하여 사용될 수 있다. 본 개시 내용은 명확성과 이해를 목적으로 예시와 실시예를 통해 어느 정도 상세하게 설명되었지만, 소정의 변경 및 수정이 첨부된 청구범위의 범위 내에서 실시될 수 있다는 것은 명백할 것이다.
실시형태를 보다 상세히 설명하기 위해 다음의 실시예가 제공된다. 이는 청구된 실시형태를 제한하려는 것이 아니라 설명하고자 하는 것이다. 다음 실시예는 본 명세서에 기술된 화합물, 조성물, 물품, 장치 및/또는 방법이 어떻게 제조되고 평가되는지에 대한 개시 및 설명을 당업자에게 제공하며, 이는 순전히 예시적인 것이며 임의의 청구범위의 범위를 제한하려는 것이 아니다. 수치(예를 들어, 양, 온도 등)에 대한 정확성을 보장하기 위해 노력했지만, 일부 오류와 편차가 있을 수 있다. 달리 명시하지 않는 한, 부(part)는 중량부이고, 온도는 ℃이거나 주변 온도이며, 압력은 대기압 또는 대기압에 가깝다.
실시예
실시예 1: GWAS의 메타 분석은 CPVL의 보호 유전자 부담 연관성을 보여준다
Regeneron은 현재까지 최대 규모의 엑솜 전체 암 연관성 분석을 수행하였으며, 이로 인해 CPVL을 식별할 수 있게 되었다. UKB와 GHS 코호트에서 수행된 게놈 전체 연관성 연구(GWAS)의 메타 분석은 CPVL pLOF 돌연변이가 비흑색종 피부암 위험의 감소와 연관되어 있음을 입증하였다(표 3; 표현형 = NMSC; 7번 염색체, CPVL의 28995771번 위치). 또한, 이전 GWAS에서 백반증과 연관된 대부분의 유전자좌는 비흑색종 피부암을 보호한다(데이터 미제시).
또한, UKB와 GHS 코호트에서 수행된 GWAS는 CPVL pLOF 돌연변이가 흑색종 위험의 감소와 연관되어 있음을 보여주었다(표 4; 표현형 = 흑색종; 7번 염색체, CPVL의 28995771번 위치).
실시예 2: 대식세포에서의 CPVL 발현
공개적으로 이용 가능한 단일 세포 RNA 발현 연구를 분석하여 CPVL 발현의 세포 유형 특이성을 정량화하였다(표 5, 문헌[Jerby-Arnon et al., Cell, 2018, 175, 984-987]; 표 6, 문헌[Yost et al., Nat. Med., 2019, 25, 1251-1259]; 및 표 7, 문헌[Hughes et al., Immunity, 2020, 53, 878-894] 참조).
흑색종 종양의 종양 미세환경에서, CPVL은 대식세포에 의해 거의 독점적으로 발현되는 것으로 밝혀졌다. 암 관련 섬유아세포(CAF) 및 내피 세포의 하위집단도 유전자를 발현하는 것으로 보였다(도 1 참조). 또한, 기저 세포 암종(BCC) 데이터세트에서, CPVL은 대식세포에서는 고도로 발현되고 멜라닌 세포에서는 적당히 발현되는 것으로 나타났다(도 2 참조; 하단 패널은 문헌[Yost et al., Nat. Med., 2019, 25, 1251-1259]에서 발췌된 내용임).
본 명세서에 기술된 것 이외의 기술된 특허 대상의 다양한 수정이 전술한 설명으로부터 당업자에게 명백할 것이다. 이러한 수정은 또한 첨부된 청구범위의 범위 내에 속하도록 의도된다. 본 출원에 인용된 각 참고문헌(저널 논문, 미국 및 미국 이외의 특허, 특허 출원 공개, 국제 특허 출원 공개, 유전자 은행 등록 번호 등을 포함하지만 이에 제한되지 않음)은 모든 목적을 위해 전체가 참조에 의해 원용된다.

Claims (105)

  1. 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(Carboxypeptidase Vitellogenic Like: CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  2. 비흑색종 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 비흑색종 피부암의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  3. 기저 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 기저 세포 암종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  4. 편평 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 편평 세포 암종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  5. 흑색종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 흑색종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  6. 메르켈 세포 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 메르켈 세포 암종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  7. 융기성 피부섬유육종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 융기성 피부섬유육종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  8. 피지샘 암종이 있는 대상체를 치료하거나 대상체에서 피지샘 암종의 발병을 예방하는 방법으로서, 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 CPVL 핵산 분자에 혼성화되는 저해성 핵산 분자를 포함하는, 방법.
  10. 제9항에 있어서, 상기 저해성 핵산 분자는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는, 방법.
  11. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 Cas 단백질 및 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는, 방법.
  12. 제11항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인, 방법.
  13. 제11항 또는 제12항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 1 내에 위치하는, 방법.
  14. 제11항 또는 제12항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(Protospacer Adjacent Motif: PAM) 서열은 상기 gRNA 인식 서열 하류에 있는 약 2개 내지 약 6개의 뉴클레오타이드인, 방법.
  15. 제11항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17개 내지 약 23개의 뉴클레오타이드를 포함하는, 방법.
  16. 제11항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 57 내지 76 중 어느 하나에 따른 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드(CPVL predicted loss-of-function polypeptide)를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 더 포함하는, 방법.
  18. 제17항에 있어서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 표준 투여량으로 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함하되, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 상기 생물학적 샘플에 존재하지 않는, 방법.
  19. 제17항에 있어서, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만의 투여량으로 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 투여하는 단계를 더 포함하는, 방법.
  20. 제17항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 예측 미스센스 변이체 핵산 분자는 스플라이스-부위 변이체, 종결 획득 변이체, 개시 손실 변이체, 종결 손실 변이체, 프레임시프트 변이체 또는 프레임내 indel 변이체 또는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 변이체인, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는, 방법.
  22. 피부암을 치료하거나 저해하는 치료제로 피부암이 있는 대상체를 치료하거나 피부암을 예방하는 치료제를 투여함으로써 대상체에서 피부암의 발병을 예방하는 방법으로서,
    상기 대상체로부터 생물학적 샘플을 획득하거나 획득한 것; 및
    상기 대상체가 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 갖고 있는지를 결정하기 위하여 상기 생물학적 샘플에 대해 서열 분석을 수행하거나 수행한 것
    에 의하여 상기 대상체가 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및
    피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제를 표준 투여량으로 CPVL 참조(reference)인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계;
    피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하고/하거나 CPVL 저해제를 상기 대상체에게 투여하는 단계; 또는
    피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 투여하거나 계속 투여하는 단계
    를 포함하되; 상기 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 유전자형의 존재는 상기 대상체에게 피부암이 발생할 위험이 감소되었음을 나타내는, 방법.
  23. 제22항에 있어서, 상기 대상체는 CPVL 참조이고, 상기 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여되는, 방법.
  24. 제22항에 있어서, 상기 대상체는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여되는, 방법.
  25. 제22항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 스플라이스-부위 변이체, 종결 획득 변이체, 개시 손실 변이체, 종결 손실 변이체, 프레임시프트 변이체 또는 프레임내 indel 변이체 또는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 변이체인, 방법.
  26. 제22항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는, 방법.
  27. 제22항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 CPVL 핵산 분자에 혼성화되는 저해성 핵산 분자를 포함하는, 방법.
  28. 제27항에 있어서, 상기 저해성 핵산 분자는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는, 방법.
  29. 제22항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 Cas 단백질 및 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는, 방법.
  30. 제29항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인, 방법.
  31. 제29항 또는 제30항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 1 내에 위치하는, 방법.
  32. 제29항 또는 제30항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열은 상기 gRNA 인식 서열 하류에 있는 약 2개 내지 약 6개의 뉴클레오타이드인, 방법.
  33. 제29항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17개 내지 약 23개의 뉴클레오타이드를 포함하는, 방법.
  34. 제29항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 57 내지 76 중 어느 하나에 따른 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  35. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 비흑색종 피부암인, 방법.
  36. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종인, 방법.
  37. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종인, 방법.
  38. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종인, 방법.
  39. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종인, 방법.
  40. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종인, 방법.
  41. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 피지샘 암종인, 방법.
  42. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종이고, 상기 치료제는 이미퀴모드, 플루오로우라실, 세미플리맙-rwlc, 소니데깁 및 비스모데깁 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  43. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종이고, 상기 치료제는 세미플리맙-rwlc 및 펨브롤리주맙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  44. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종이고, 상기 치료제는 알데스류킨, 코비메티닙, 다브라페닙, 다카바진, 재조합 인터페론 알파-2b, 이필리무맙, 니볼루맙, 니볼루맙, 페그인터페론 알파-2b, 펨브롤리주맙, 탈리모겐 라허파렙벡, 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드 및 베무라페닙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  45. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종이고, 상기 치료제는 아벨루맙, 펨브롤리주맙 및 에토포시드(VP16) 및 카보플라틴 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  46. 제22항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종이고, 상기 치료제는 이마티닙인, 방법.
  47. 피부암이 발생할 위험이 증가된 대상체를 확인하는 방법으로서,
    상기 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하되;
    상기 대상체가 CPVL 참조인 경우, 상기 대상체는 피부암이 발병할 위험이 증가하고; 그리고
    상기 대상체가 상기 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성인 경우, 상기 대상체는 피부암이 발생할 위험이 감소하는, 방법.
  48. 제47항에 있어서, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 스플라이스-부위 변이체, 종결 획득 변이체, 개시 손실 변이체, 종결 손실 변이체, 프레임시프트 변이체 또는 프레임내 indel 변이체 또는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 변이체인, 방법.
  49. 제47항에 있어서, 상기 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자는 절단된 CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는, 방법.
  50. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 CPVL 참조이고, 상기 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여되는, 방법.
  51. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 CPVL 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 상기 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그 미만인 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 CPVL 저해제가 투여되는, 방법.
  52. 제50항 또는 제51항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 CPVL 핵산 분자에 혼성화되는 저해성 핵산 분자를 포함하는, 방법.
  53. 제52항에 있어서, 상기 저해성 핵산 분자는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는, 방법.
  54. 제50항 또는 제51항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 Cas 단백질 및 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는, 방법.
  55. 제54항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인, 방법.
  56. 제54항 또는 제55항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 1 내에 위치하는, 방법.
  57. 제50항 또는 제51항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열은 상기 gRNA 인식 서열 하류에 있는 약 2개 내지 약 6개의 뉴클레오타이드인, 방법.
  58. 제53항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17개 내지 약 23개의 뉴클레오타이드를 포함하는, 방법.
  59. 제53항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 57 내지 76 중 어느 하나에 따른 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  60. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 비흑색종 피부암인, 방법.
  61. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종인, 방법.
  62. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종인, 방법.
  63. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종인, 방법.
  64. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종인, 방법.
  65. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종인, 방법.
  66. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 피지샘 암종인, 방법.
  67. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종이고, 상기 치료제는 이미퀴모드, 플루오로우라실, 세미플리맙-rwlc, 소니데깁 및 비스모데깁 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  68. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종이고, 상기 치료제는 세미플리맙-rwlc 및 펨브롤리주맙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  69. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종이고, 상기 치료제는 알데스류킨, 코비메티닙, 다브라페닙, 다카바진, 재조합 인터페론 알파-2b, 이필리무맙, 니볼루맙, 니볼루맙, 페그인터페론 알파-2b, 펨브롤리주맙, 탈리모겐 라허파렙벡, 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드 및 베무라페닙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  70. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종이고, 상기 치료제는 아벨루맙, 펨브롤리주맙 및 에토포시드(VP16) 및 카보플라틴 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 방법.
  71. 제47항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종이고, 상기 치료제는 이마티닙인, 방법.
  72. 대상체에서 피부암의 치료 및/또는 예방에 사용하기 위한, 피부암을 치료, 예방 또는 저해하는 치료제로서, 상기 대상체는,
    a) 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나;
    b) 다음에 대해 이형접합성인, 치료제:
    i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자;
    ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는
    iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자.
  73. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 비흑색종 피부암인, 치료제.
  74. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종인, 치료제.
  75. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종인, 치료제.
  76. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종인, 치료제.
  77. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종인, 치료제.
  78. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종인, 치료제.
  79. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 피지샘 암종인, 치료제.
  80. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종이고, 상기 치료제는 이미퀴모드, 플루오로우라실, 세미플리맙-rwlc, 소니데깁 및 비스모데깁 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 치료제.
  81. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종이고, 상기 치료제는 세미플리맙-rwlc 및 펨브롤리주맙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 치료제.
  82. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종이고, 상기 치료제는 알데스류킨, 코비메티닙, 다브라페닙, 다카바진, 재조합 인터페론 알파-2b, 이필리무맙, 니볼루맙, 니볼루맙, 페그인터페론 알파-2b, 펨브롤리주맙, 탈리모겐 라허파렙벡, 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드 및 베무라페닙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 치료제.
  83. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종이고, 상기 치료제는 아벨루맙, 펨브롤리주맙 및 에토포시드(VP16) 및 카보플라틴 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, 치료제.
  84. 제72항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종이고, 상기 치료제는 이마티닙인, 치료제.
  85. 대상체에서 피부암의 치료 및/또는 예방에 사용하기 위한 카복시펩티데이스 난황형성 유사(CPVL) 저해제로서, 상기 대상체는,
    a) CPVL 게놈 핵산 분자, CPVL mRNA 분자 또는 CPVL cDNA 분자에 대해 참조이거나;
    b) 다음에 대해 이형접합성인, 저해제:
    i) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자;
    ii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 mRNA 분자; 또는
    iii) CPVL 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 암호화하는 CPVL 미스센스 변이체 cDNA 분자.
  86. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 비흑색종 피부암인, CPVL 저해제.
  87. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종인, CPVL 저해제.
  88. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종인, CPVL 저해제.
  89. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종인, CPVL 저해제.
  90. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종인, CPVL 저해제.
  91. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종인, CPVL 저해제.
  92. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 피지샘 암종인, CPVL 저해제.
  93. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 기저 세포 암종이고, 상기 치료제는 이미퀴모드, 플루오로우라실, 세미플리맙-rwlc, 소니데깁 및 비스모데깁 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, CPVL 저해제.
  94. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 편평 세포 암종이고, 상기 치료제는 세미플리맙-rwlc 및 펨브롤리주맙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, CPVL 저해제.
  95. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 흑색종이고, 상기 치료제는 알데스류킨, 코비메티닙, 다브라페닙, 다카바진, 재조합 인터페론 알파-2b, 이필리무맙, 니볼루맙, 니볼루맙, 페그인터페론 알파-2b, 펨브롤리주맙, 탈리모겐 라허파렙벡, 트라메티닙 다이메틸 설폭사이드 및 베무라페닙 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, CPVL 저해제.
  96. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 메르켈 세포 암종이고, 상기 치료제는 아벨루맙, 펨브롤리주맙 및 에토포시드(VP16) 및 카보플라틴 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택되는, CPVL 저해제.
  97. 제85항에 있어서, 상기 피부암은 융기성 피부섬유육종이고, 상기 치료제는 이마티닙인, CPVL 저해제.
  98. 제85항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 CPVL 핵산 분자에 혼성화되는 저해성 핵산 분자를 포함하는, CPVL 저해제.
  99. 제98항에 있어서, 상기 저해성 핵산 분자는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는, CPVL 저해제.
  100. 제85항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CPVL 저해제는 Cas 단백질 및 CPVL 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는, CPVL 저해제.
  101. 제100항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인, CPVL 저해제.
  102. 제100항 또는 제101항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 1 내에 위치하는, CPVL 저해제.
  103. 제100항 또는 제101항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열은 상기 gRNA 인식 서열 하류에 있는 약 2개 내지 약 6개의 뉴클레오타이드인, CPVL 저해제.
  104. 제100항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17개 내지 약 23개의 뉴클레오타이드를 포함하는, CPVL 저해제.
  105. 제100항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열번호 57 내지 76 중 어느 하나에 따른 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, CPVL 저해제.
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US20070154889A1 (en) * 2004-06-25 2007-07-05 Veridex, Llc Methods and reagents for the detection of melanoma
WO2011127222A1 (en) * 2010-04-06 2011-10-13 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Diagnosis and treatment of melanoma through nuak2 assessment and modulation
AU2013254254A1 (en) * 2012-04-23 2014-12-04 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Methods and compositions for treating cancer
JP6659250B2 (ja) * 2015-06-19 2020-03-04 国立大学法人滋賀医科大学 癌の検査方法、癌細胞増殖阻害剤、抗癌剤及び抗癌剤のスクリーニング方法
CN109825587B (zh) * 2019-03-14 2022-04-08 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） 一种胶质瘤预后标志物cpvl及其应用
CN109929844B (zh) * 2019-03-14 2021-02-12 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） 一种胶质瘤预后标志物cpvl抑制剂及其应用

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