KR20240009980A - 단백질 항원-결합 분자 - Google Patents
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Abstract
본 개시내용은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항원-결합 분자를 제공한다. 이를 제조하고 사용하기 위한 핵산, 발현 5종의 벡터, 및 세포. 특히 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 ACE2 사이의 상호작용을 억제하여, 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염에 대한 길항제로서 거동할 수 있는 중화 항체와 같은 항원-결합 분자. 본원에 기재된 항원-결합 분자에는 알려진 SARS-CoV-2 항체에 비해 유리한 특성의 조합이 제공된다.
Description
관련 출원에 대한 참조
본 출원은 2021년 5월 15일에 출원된 싱가포르 특허 출원 번호 10202105095U; 2021년 6월 25일에 출원된 싱가포르 특허 출원 번호 10202107013P; 및 2022년 4월 28일에 출원된 싱가포르 특허 출원 번호 10202204610V를 우선권 주장하며, 이들 출원의 내용은 본원에 참조로 포함된다.
기술 분야
본 개시내용은 일반적으로 코로나바이러스 감염, 특히 SARS 관련 베타 코로나바이러스 (사르베코바이러스(sarbecovirus))의 치료 또는 예방에서 사용하기에 적합한 단백질 항원-결합 분자(antigen-binding molecule)와 같은 분자에 관한 것이다.
본 발명의 배경에 대한 다음의 논의는 단지 본 발명의 이해를 용이하게 하기 위한 것이다. 논의는 언급된 자료 중 임의의 것이 본 발명의 우선일 현재 어떤 관할권에서든 관련 기술분야의 통상의 기술자의 공개된, 공지된 또는 통상적인 일반 지식의 일부였음을 인정하거나 승인하는 것이 아니라는 것을 인식하여야 한다.
세계가 코로나바이러스 (CoV)에 의해 유발된 세 가지 주요 인간 감염성 질환(infectious disease)을 겪었기 때문에, 최근 생겨난 인수공통(zoonotic) 바이러스는 지난 20년 동안 공중 보건과 세계 경제에 주요 위협이 되었다. 코로나바이러스 (CoV)에 의해 유발된 세 가지 주요 인간 감염성 질환 범유행(pandemic)은 SARS-CoV에 의해 유발된 2002 - 2003년에 SARS (Peiris et al. Nat Med 2004, 10:S88-97), 2012년 이후 MERS (Zaki et al. N Engl J Med 2012, 367:1814-1820) 및 SARS-CoV-2에 의해 유발된 진행 중인 COVID-19 (Wang et al. Lancet 2020, 395:470-473)를 포함한다. 이들 모두는 전 세계적으로 막대한 경제적 및 인적 손실을 유발하였다. SARS 및 MERS의 경우, 이들 바이러스에 의한 미래 감염에 대해 허가된 치료 또는 예방을 여전히 갖고 있지 않다. COVID-19의 경우, 백신 개발의 전례 없는 속도는 인간용으로 많은 허가된 백신을 초래하였다 (Fauci Science 2021, 372:109).
야생 병원소(reservoir) 동물, 특히 박쥐에 존재하는 다수의 CoV가 있다. 상이하나, 관련된 CoV에 의해 유발된 미래 발병 (SARS3, SARS4 등)의 가능성이 높다. CoV의 현재 분류는 도 1에 나타냈다. 네 가지 속 (알파, 베타, 델타 및 감마)이 확인되었으며 인간 감염에 가장 위험한 바이러스는 모두 베타코로나바이러스(Betacoronavirus) 속 (Nat Microbiol 2020, 5:536-544), 특히 사르베코바이러스 하위-속으로부터의 것들이다. 사르베코바이러스는 인간에게 가장 전염성이 있는 코로나바이러스인데, 이는 아마도 이들이 모두 인간 안지오텐시노겐 전환 효소 2 (ACE2) 수용체를 인간 세포로의 진입으로서 사용하기 때문일 것이다. 비-인간 종만 감염시키는 것으로 알려진 SARS-관련 코로나바이러스 (SARSr-CoV)의 수백 가지의 균주가 있으며; 박쥐는 SARS-관련 코로나바이러스의 많은 균주의 주요 병원소이다. 사르베코바이러스에는 두 가지 주요 클레이드(clade)가 있다. 클레이드 1a는 SARS-CoV 관련 CoV (SC2r-CoV)를 포함하고 클레이드 1b는 SARS-CoV-2 관련 CoV (SC2r-CoV)를 포함한다. 사르베코바이러스는 SARS-CoV, SC1r-CoV WIV-1, SC1r-CoV RsSHC014, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7 (알파), SARS-CoV-2 B.1.351 (베타), SARS-CoV-2 B1.617.2 (델타), SC2r-CoV GD-1, GX-P5L 및 SC2r-CoV RaTG13을 포함한다. 연구는 SARS-CoV와 SARS-CoV-2 사이에는 교차 중화가 제한적으로 존재하는 것으로 나타났다 (Yang R, et al. EBioMedicine 2020, 58:102890).
범유행병 대비 및 대응에 있어서, 백신, 치료용 단일클로날 항체 및 소분자 약물을 포함하는 최근 생겨난 인수공통 바이러스를 퇴치하기 위한 다각적인 접근법이 필요하다. SARS-CoV-2의 경우, FDA 긴급 사용 승인 (EUA)을 받은 첫 번째 대항책 상용 제품(countermeasure commercial product)은 코로나-19 환자로부터 유래된 치료용 모노클로날 항체 (mAb)였다. 항체와 T-세포 면역은 둘 다 SARS-CoV-2 또는 기타 사르베코바이러스 감염과 같은 바이러스 감염을 제어하는데 중요하다. 이에 비해, 중화 항체 (Nab)는 바이러스 진입을 예방하여 초기 감염을 예방하는데 더 중요하며, 한편 T-세포 면역은 감염 후반에 개시되어(kick) 질환 진행을 감소시키거나 제어할 것이다. Nab는 감염이나 백신접종(vaccination)을 통해 유도될 수 있다. 치료용 mAb를 사용한 수동 면역화는, 특히 취약한 집단 (면역손상된 환자 등)에서 중증 환자를 치료하거나 표적 고위험 집단에서 링-펜스(ring-fence) 적용에 의한 지속적인 전파를 예방하는데 중요한 역할을 할 수 있기 때문에 범유행병 대응 및 봉쇄의 중요한 부분으로 남아 있다. 불행하게도, COVID-19를 위한 치료용 mAb의 1세대는 새롭게 출현한 우려 변이체(variants of concern) (VOC)에 대해서는 효과가 적거나 효과적이지 않은 것으로 입증되었다.
SARS-CoV-2 변이체, 알파 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.1.7; 20H/501Y.V2 또는 501Y.V2로도 알려진 베타 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.351; 감마 변이체 P.1., 델타 SARS-CoV-2 B.1.617.2; 및 오미크론 변이체 SARS-CoV-2 B.1.1.529 BA.1 및 BA.2의 최근 출현 및 원래 바이러스 균주를 기반으로 한 백신으로부터의 새로운 변이체에 대한 면역 보호의 관찰된 감소는 모든 알려진 그리고 미래의 SARS-CoV-2 변이체에 대한 폭넓은 효능을 지닌(broad-spectrum) 치료 또는 예방의 필요성에 대한 새로운 도전과제를 제기하였다. 다른 코로나바이러스는 야생 병원소 예컨대 천산갑(pangolin)에서의 SC2r-CoV GD-1 및 SC2r-CoV GX-P5L 및 박쥐에서의 SC2r-CoV RaTG13, SC1r-CoV WIV-1 및 SC1r-CoV RsSHC014에서 순환하는 것으로 알려져 있으며, 이는 상이하나, 관련된 코로나바이러스에 의해 유발된 미래 발병 (SARS3, SARS4 등)의 가능성을 생성한다.
현재 인간에게 사용하도록 허가된 대부분의 SARS-CoV-2 백신은 우한에서 처음 확인된 조상(ancestral) 균주의 S 단백질에 대해 개발되었다. VOC의 출현과 우세는 VOC 중 일부, 특히 VOC 오미크론이 백신 유형에 관계없이 감염되거나 백신접종을 받은 개체 및 심지어 부스터 백신접종 또는 감염과 백신접종으로 인한 하이브리드 면역(hybrid immunity)을 가진 개체에서 NAb의 회피를 통해 면역을 탈출하도록 진화했기 때문에 상당한 위협과 도전과제를 제기하였다.
사르베코바이러스에 의해 유발된 인간 감염의 치료 또는 예방에서 사용하고 전술한 문제 중 적어도 하나를 완화하기 위한 분자를 개발할 필요성이 존재한다.
사르베코바이러스에 의해 유발된 코로나바이러스 감염의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 폭넓은 효능을 지닌 범(pan)-사르베코바이러스에 적합한 단백질 항원-결합 분자 예컨대 모노클로날 항체, 핵산, 발현 벡터, 세포 또는 조성물이 구상된다.
따라서, 본 발명의 측면은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크(spike) 단백질에 결합하는 항원-결합 분자로서, 다음을 포함하는 항원-결합 분자에 관한 것이다:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
서열번호: 1 또는 서열번호: 111과 적어도 85%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1
서열번호: 2 또는 서열번호: 112와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR2;
서열번호: 3 또는 서열번호: 113과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3; 및
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
서열번호: 4 또는 서열번호: 114와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1; 및
서열번호: 5 또는 서열번호: 115와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2
서열번호: 6 또는 서열번호: 116과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3.
본 발명의 또 다른 측면은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자로서, 다음을 포함하는 항원-결합 분자에 관한 것이다:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
화학식 I: X1-X2-X3-Φ-X4-Xn1-X5-X6을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1:
여기서, X1은 G 및 E 중 하나로부터 선택되고;
X2는 F, Y, N, G, D, 및 V 중 하나로부터 선택되고;
X3은 P, T, S, I 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Φ는 F, V, L, 및 I 중 하나로부터 선택되고;
X4는 S, T, R, N, G, L, 및 I 중 하나로부터 선택되고;
Xn1은 S, SN, N, M, H, T, G, P, G 및 D 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y, S, N, I 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 Y, G, W, E, A, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
아미노산 화학식 II: X7-X8-X9-Xn2-π-Xn3-X10를 갖는 HC-CDR2:
여기서, X7은 I 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X8은 Y, S, N, G, A 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X9는 S, F, P, N, H, I, Y, G, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
Xn2는 G, YN, DD, T, NG, DG, S, SS, D, ST, 및 NT 중 하나로부터 선택되고;
π는 G, S, P, A 및 E 중 하나로부터 선택되고;
Xn3은 S, I, D, G, F, N, RT, L, 및 RN 중 하나로부터 선택되고;
X10은 T, R, M, K, S, 및 P 중 하나로부터 선택되고;
화학식 III: Ψ-ζ1-Xn4-X11-Xn5-X12-X13-X14-ζ2-X15을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3;
여기서, Ψ는 A 및 V 중 하나로부터 선택되고,
ζ1은 R, T, K 및 L-N 중 하나로부터 선택되고
Xn4는 E, HLGGG, GGG, LDIII, DSI, GEAG, RVAIF, LQNG, VTYTS, ADIV, DSLA, DSL, AISQQ, DYYDN, DPL, EGIQG, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고;
X11은 L, S, Y, T, A, N, V, 및 W 중 하나로부터 선택되고;
Xn5는 R, S, LET, P, SAT, MATIWV, DGY, SY, PLPF, GS, VV, SVT, FDS, GYYY, EGAAS, V, 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고;
X12는 H, W, G, P, T, S, N, 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X13은 Y, P, A, L, S, F, I, V, 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X14는 F, I, N, Y, L, 및 M 중 하나로부터 선택되고;
ζ2는 D, E, G, 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X15는 Y, S, L, N, H, C, V, 및 F 중 하나로부터 선택되고;
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
화학식 IV: X16-X17-X18-Xn6-ζ3-X19를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1:
여기서 X16은 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X17은 G, S, T, N, I, 및 A 중 하나로부터 선택되고;
X18은 V, I, T, F 및 L 중 하나로부터 선택되고;
Xn6은 S, G, N, V, R, LYSSNNK, LYRSNNK, LQNNGY, VQSNGY, VHSDGN, MQLNGY 및 SS 중 하나로부터 선택되고;
ζ3은 S, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X19는 W, Y, S 및 N 중 하나로부터 선택되고;
화학식 V: X20-X21-S를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2:
여기서, X20은 A, W, K, T, G, L, 및 D 중 하나로부터 선택되고;
X21은 A, S, G, I, 및 T 중 하나로부터 선택되고
화학식 VI: X22-ζ4-X23-Xn7-ζ5-X24-X25-Xn8-ζ6을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3:
여기서, X22는 Q, H, 및 M 중 하나로부터 선택되고;
ζ4는 Q 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X23은 Y, S, G, A, L, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
Xn7은 F, Y, N, S, L, G, T, YR, 및 YI 중 하나로부터 선택되고;
ζ5는 S, T, N, Q, 및 D 중 하나로부터 선택되고;
X24는 S, Y, T, D, H, F, P, W, 및 I 중 하나로부터 선택되고;
X25는 P, I, 및 R 중 하나로부터 선택되고;
Xn8은 F, W, K, G, Y, R, P, L, PY, EY, ED, GY, QY, 및 QI 중 하나로부터 선택되고;
ζ6은 T 및 S 중 하나로부터 선택된다.
또 다른 측면에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 코딩하는, 핵산, 또는 임의로 단리된 복수개의 핵산이 있다.
또 다른 측면에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는, 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터가 있다.
또 다른 측면에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원 결합 분자를 발현할 수 있는 세포를, 상기 세포에 의한 항원-결합 분자의 발현에 적합한 조건 하에 배양하는 것을 포함하는, 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자를 제조하는 방법이 있다.
또 다른 측면에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 및 약제학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제(excipient) 또는 아주반트(adjuvant)를 포함하는 조성물이 있다.
또 다른 측면에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물이 있다.
또 다른 측면에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약(medicament)의 제조에서의, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물의 용도가 있다.
또 다른 측면에 따르면, 대상체(subject)에게 치료적 또는 예방적 유효량의 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법이 있다.
또 다른 측면에 따르면, 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염을 억제하기 위한 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도가 있다.
본 발명의 다른 측면 및 특색은 첨부된 도면과 함께 본 발명의 구체적 실시양태에 대한 다음의 설명을 검토하면 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 명백해질 것이다.
단지 비제한적인 예로서 본 발명의 실시양태를 예시하는 도면에서,
[도 1]: 네 가지의 공지된 코로나바이러스 속의 가계도
[도 2]: A) 루미넥스(Luminex) 플랫폼 상에서의 멀티플렉스 sVNT. B) 나타낸 바와 같이, 모든 여섯 가지의 RBD 단백질은 다음의 순서 (높은 친화도로부터 낮은 친화도까지)로 예상된 바와 같이 hACE2 수용체 분자에 결합가능하다: SARS-CoV-2 B.1.351 > SARS-CoV-2 B.1.1.7 = SC2r-CoV GX-P5L (천산갑) > SARS-CoV-2 > SARS-CoV > SC2r-CoV RaTG13 (박쥐).
[도 3]: 열 가지의 상이한 사르베코바이러스에 대한 인간 혈청 (상기에 표시됨)의 다섯 가지 패널로부터 수득한 멀티플렉스 sVNT 분석. 모든 혈청은 1:20로 사용되었다. 이전에 결정된 바와 같이 30%의 컷오프가 설정되었다. 이전에 결정된 바와 같이 30%의 컷오프가 설정되었다.
[도 4]: A에서와 동일한 혈청 패널 및 바이러스를 사용하여 NT50에서 발현된 NAb의 적정. 샘플은 4배 연속 적정을 사용하여 1:20 내지 1:20,480으로 희석하여 시험하였다. 이전에 결정된 바와 같이 1:100의 컷오프가 설정되었다.
[도 5]. 유전적으로 먼 사르베코바이러스 항원(들)을 이용한 교차-면역화에 의해 비-우세 교차-중화 항체 반응을 면역 우세 교차-중화 항체 반응으로 전환
[도 6]: 상이한 인간 혈청 패널에 의한 범-사르베코바이러스 mAb-RBD 상호작용의 억제. (A) 범-사르베코바이러스 RBD 결합 능력을 갖는 토끼 mAb 5D7B7에 의한 RBD-ACE2 상호작용의 억제. (B) 표시된 바와 같이 다섯 가지의 혈청 패널에 의한 상이한 RBD에 대한 5B7D7 결합의 억제. 산점도는 모든 데이터 포인트를 나타내며 0번째, 25번째, 50번째, 75번째, 및 100번째 백분위수가 표시된다. 윌콕슨 부호-순위 검정(Wilcoxon signed-rank test)을 사용하여 통계적 유의성을 결정하였다. 비교를 위한 참조군으로서 "SARS-백신접종"을 설정하였다.
[도 7]. 형광 표지된 RBD를 이용한 B 세포 염색. (A) SARS-CoV-1- 및 SARS-CoV-2- 이중 양성 세포의 빈도를 나타내는 SARS-백신접종 군 (n=5), 건강-백신접종 군 (n=6) 및 COVID-19-백신접종 군 (n=5)에 대한 대표적인 유세포측정(flow cytometry) 플롯. (B) 모든 SARS-CoV-1 또는 SARS-CoV-2-양성 세포의 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 이중 양성 세포의 빈도에 대한 산점도. 산점도는 모든 데이터 포인트를 나타내며 0번째, 25번째, 50번째, 75번째, 및 100번째 백분위수가 표시된다. 윌콕슨 부호-순위 검정을 사용하여 통계적 유의성을 결정하였다. P 값은 각각의 플롯의 상단에 표시되었다. n.s는 P > 0.05로, 유의하지 않음을 나타낸다.
[도 8]: 상이한 베타 코로나바이러스 RBD 단백질을 표적으로 하는 토끼 고면역(hyper immune) 혈청으로부터의 중화 패턴. 이전에 결정된 바와 같이 1:100의 컷오프가 설정되었다.
[도 9]: 두 바이러스 모두로부터의 RBD에 결합하는 항체를 생산하는 이중 양성 B 세포를 분류하기 위한 개략도.
[도 10]: ACE2-결합 사르베코바이러스 RBD의 계통발생 분석(Phylogenetic analysis) 및 서열 정렬. (A) 인간 ACE2에 결합할 수 있는 사르베코바이러스의 수용체 결합 도메인 (RBD) 서열을 기반으로 한 계통수(Phylogenetic tree). 상기 계통수는 일반-시간-가역(general-time-reversible) (GTR) 치환 모델 및 1,000회의 부트스트랩(bootstrap) 복제를 가진 PhyML을 사용하여 생성되었다. 분기(branch)의 숫자는 연관된 노드에 대한 백분율 부트스트랩 값이다. 스케일 바는 사이트당 치환의 횟수를 나타낸다. 본 연구에 관여한 사르베코바이러스 RBD는 볼드체로 나타냈다. (B) SARS-CoV-1 (우측에서 좌측) 및 SARS-CoV-2 (좌측에서 우측)에 대해 내림차순으로 상이한 사르베코바이러스 간의 RBD 아미노산 서열 동일성 백분율. (C) 본 연구에 사용된 사르베코바이러스 RBD의 아미노산 서열의 정렬. 적색은 돌연변이/결실을 표시한다. SARS-CoV-2 RBD-ACE2 상호작용에 중대한 아미노산은 상기에 청색 점으로 표시된다. SARS-CoV-1 클레이드 내의 바이러스는 회색으로 음영처리된다.
[도 11]: CD19+ B 세포는 SARS-CoV-1 (SC1+) 및 SARS-CoV-2 (SC2+) RBD 사량체에 대한 결합에 대해 양성인 세포들에 대해 분류되었다.
[도 12]: 멀티플렉스 sVNT 플랫폼을 사용한 예비 스크린에서 확인된 상위 여섯 가지의 모노클로날 항체 및 네 가지 대조군 모노클로날 항체에 대한 데이터.
[도 13]: 멀티플렉스 대용 바이러스 중화(multiplex surrogate virus neutralization) 경쟁 형식을 사용하여 RBD-ACE2 결합을 차단하는데 있어서 모노클로날 항체의 50% 억제 농도 (IC50; ng/ml).
[도 14]: SARS-CoV-2 조상 및 네 가지의 VOC (알파, 델타, 베타 및 감마), 두 가지의 인수공통 사르베코바이러스 (GX-P5L 및 WIV-1), 및 SARS-CoV-1을 포함한 여덟 가지의 스파이크-위형(pseudotyped) 리포터 바이러스에 대해 상이한 사르베코바이러스를 중화하는 모노클로날 항체의 능력.
[도 15]: 세 가지 상이한 플랫폼 A 멀티플렉스 sVNT, B 슈도바이러스 중화 시험 (pVNT) 및 C 플라크 감소 중화 시험 (PRNT)을 사용하여, 조상 SARS-CoV-2, 오미크론 BA.1 및 오미크론 BA.2 바이러스에 대한 모노클로날 항체 중화 시험의 결과.
[도 1]: 네 가지의 공지된 코로나바이러스 속의 가계도
[도 2]: A) 루미넥스(Luminex) 플랫폼 상에서의 멀티플렉스 sVNT. B) 나타낸 바와 같이, 모든 여섯 가지의 RBD 단백질은 다음의 순서 (높은 친화도로부터 낮은 친화도까지)로 예상된 바와 같이 hACE2 수용체 분자에 결합가능하다: SARS-CoV-2 B.1.351 > SARS-CoV-2 B.1.1.7 = SC2r-CoV GX-P5L (천산갑) > SARS-CoV-2 > SARS-CoV > SC2r-CoV RaTG13 (박쥐).
[도 3]: 열 가지의 상이한 사르베코바이러스에 대한 인간 혈청 (상기에 표시됨)의 다섯 가지 패널로부터 수득한 멀티플렉스 sVNT 분석. 모든 혈청은 1:20로 사용되었다. 이전에 결정된 바와 같이 30%의 컷오프가 설정되었다. 이전에 결정된 바와 같이 30%의 컷오프가 설정되었다.
[도 4]: A에서와 동일한 혈청 패널 및 바이러스를 사용하여 NT50에서 발현된 NAb의 적정. 샘플은 4배 연속 적정을 사용하여 1:20 내지 1:20,480으로 희석하여 시험하였다. 이전에 결정된 바와 같이 1:100의 컷오프가 설정되었다.
[도 5]. 유전적으로 먼 사르베코바이러스 항원(들)을 이용한 교차-면역화에 의해 비-우세 교차-중화 항체 반응을 면역 우세 교차-중화 항체 반응으로 전환
[도 6]: 상이한 인간 혈청 패널에 의한 범-사르베코바이러스 mAb-RBD 상호작용의 억제. (A) 범-사르베코바이러스 RBD 결합 능력을 갖는 토끼 mAb 5D7B7에 의한 RBD-ACE2 상호작용의 억제. (B) 표시된 바와 같이 다섯 가지의 혈청 패널에 의한 상이한 RBD에 대한 5B7D7 결합의 억제. 산점도는 모든 데이터 포인트를 나타내며 0번째, 25번째, 50번째, 75번째, 및 100번째 백분위수가 표시된다. 윌콕슨 부호-순위 검정(Wilcoxon signed-rank test)을 사용하여 통계적 유의성을 결정하였다. 비교를 위한 참조군으로서 "SARS-백신접종"을 설정하였다.
[도 7]. 형광 표지된 RBD를 이용한 B 세포 염색. (A) SARS-CoV-1- 및 SARS-CoV-2- 이중 양성 세포의 빈도를 나타내는 SARS-백신접종 군 (n=5), 건강-백신접종 군 (n=6) 및 COVID-19-백신접종 군 (n=5)에 대한 대표적인 유세포측정(flow cytometry) 플롯. (B) 모든 SARS-CoV-1 또는 SARS-CoV-2-양성 세포의 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 이중 양성 세포의 빈도에 대한 산점도. 산점도는 모든 데이터 포인트를 나타내며 0번째, 25번째, 50번째, 75번째, 및 100번째 백분위수가 표시된다. 윌콕슨 부호-순위 검정을 사용하여 통계적 유의성을 결정하였다. P 값은 각각의 플롯의 상단에 표시되었다. n.s는 P > 0.05로, 유의하지 않음을 나타낸다.
[도 8]: 상이한 베타 코로나바이러스 RBD 단백질을 표적으로 하는 토끼 고면역(hyper immune) 혈청으로부터의 중화 패턴. 이전에 결정된 바와 같이 1:100의 컷오프가 설정되었다.
[도 9]: 두 바이러스 모두로부터의 RBD에 결합하는 항체를 생산하는 이중 양성 B 세포를 분류하기 위한 개략도.
[도 10]: ACE2-결합 사르베코바이러스 RBD의 계통발생 분석(Phylogenetic analysis) 및 서열 정렬. (A) 인간 ACE2에 결합할 수 있는 사르베코바이러스의 수용체 결합 도메인 (RBD) 서열을 기반으로 한 계통수(Phylogenetic tree). 상기 계통수는 일반-시간-가역(general-time-reversible) (GTR) 치환 모델 및 1,000회의 부트스트랩(bootstrap) 복제를 가진 PhyML을 사용하여 생성되었다. 분기(branch)의 숫자는 연관된 노드에 대한 백분율 부트스트랩 값이다. 스케일 바는 사이트당 치환의 횟수를 나타낸다. 본 연구에 관여한 사르베코바이러스 RBD는 볼드체로 나타냈다. (B) SARS-CoV-1 (우측에서 좌측) 및 SARS-CoV-2 (좌측에서 우측)에 대해 내림차순으로 상이한 사르베코바이러스 간의 RBD 아미노산 서열 동일성 백분율. (C) 본 연구에 사용된 사르베코바이러스 RBD의 아미노산 서열의 정렬. 적색은 돌연변이/결실을 표시한다. SARS-CoV-2 RBD-ACE2 상호작용에 중대한 아미노산은 상기에 청색 점으로 표시된다. SARS-CoV-1 클레이드 내의 바이러스는 회색으로 음영처리된다.
[도 11]: CD19+ B 세포는 SARS-CoV-1 (SC1+) 및 SARS-CoV-2 (SC2+) RBD 사량체에 대한 결합에 대해 양성인 세포들에 대해 분류되었다.
[도 12]: 멀티플렉스 sVNT 플랫폼을 사용한 예비 스크린에서 확인된 상위 여섯 가지의 모노클로날 항체 및 네 가지 대조군 모노클로날 항체에 대한 데이터.
[도 13]: 멀티플렉스 대용 바이러스 중화(multiplex surrogate virus neutralization) 경쟁 형식을 사용하여 RBD-ACE2 결합을 차단하는데 있어서 모노클로날 항체의 50% 억제 농도 (IC50; ng/ml).
[도 14]: SARS-CoV-2 조상 및 네 가지의 VOC (알파, 델타, 베타 및 감마), 두 가지의 인수공통 사르베코바이러스 (GX-P5L 및 WIV-1), 및 SARS-CoV-1을 포함한 여덟 가지의 스파이크-위형(pseudotyped) 리포터 바이러스에 대해 상이한 사르베코바이러스를 중화하는 모노클로날 항체의 능력.
[도 15]: 세 가지 상이한 플랫폼 A 멀티플렉스 sVNT, B 슈도바이러스 중화 시험 (pVNT) 및 C 플라크 감소 중화 시험 (PRNT)을 사용하여, 조상 SARS-CoV-2, 오미크론 BA.1 및 오미크론 BA.2 바이러스에 대한 모노클로날 항체 중화 시험의 결과.
본 개시내용은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항원-결합 분자(들), 특히 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 ACE2 사이의 상호작용을 억제하여, 다양한 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염에 대한 길항제(antagonist)로서 거동할 수 있는 중화 항체를 제공한다. 본원에 기재된 항원-결합 분자에는 알려진 SARS-CoV-2 항체에 비해 유리한 특성의 조합이 제공된다.
본 문서 전반에 걸쳐, 달리 반대로 명시하지 않는 한, 용어 "포함하는", "로 이루어진", "갖는" 등은, 완전하지 않은(non-exhaustive) 것으로 해석되어야 하거나, 환언하면, "포함하나, 이에 제한되지는 않음"을 의미하는 것으로 해석되어야 한다.
더욱이, 본 문서 전반에 걸쳐, 문맥상 달리 요구하지 않는 한, 단어 "포함하다" 또는 변형 예컨대 "포함한다" 또는 "포함하는"는 명시된 정수 또는 정수 그룹의 포함을 의미하나 임의의 다른 정수 또는 정수 그룹의 제외를 의미하지는 않는 것으로 이해될 것이다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 다른 과학 기술 용어는 본 주제가 속하는 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.
다양한 실시양태에 따르면, 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자로서, 다음을 포함하는 항원-결합 분자가 있다:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
서열번호: 1 또는 서열번호: 111과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1
서열번호: 2 또는 서열번호: 112와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR2;
서열번호: 3 또는 서열번호: 113과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3; 및
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
서열번호: 4 또는 서열번호: 114와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1
서열번호: 5 또는 서열번호: 115와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2
서열번호: 6 또는 서열번호: 116과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3.
설명 전반에 걸쳐, 용어 "항원-결합 분자" 및 이의 복수 형태는 표적 항원에 결합할 수 있는 하나 이상의 분자를 지칭하며, 이들이 관련 표적 분자(들)에 대한 결합을 표시하고 ACE2를 통해 세포로의 진입을 차단하는 한, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 단일특이적 및 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적 항체), 및 항체 단편 (예를 들어, Fv, scFv, Fab, scFab, F(ab')2, Fab2, 디아바디, 트리아바디, scFv-Fc, 미니바디, 단일 도메인 항체 (예를 들어, VhH) 등)를 포함한다는 것을 인식하여야 한다.
다양한 실시양태에서, 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스는 2, 또는 3, 또는, 4, 또는 5 또는 6 또는 7 또는 8 또는 9 또는 10개 또는 그 초과의 상이한 사르베코바이러스의 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항원-결합 분자를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 예를 들어, 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있고, 이는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 또한 결합할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 다중 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다. 예를 들어, 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며; 및/또는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며 및 또는 SARS-CoV-2 알파에 결합할 수 있으며, 및/또는 SARS-CoV-2 베타에 결합할 수 있으며 및/또는 SARS-CoV-2 델타에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV RaTG13에 결합할 수 있으며, 및/또는 SC2r-CoV GX-P5L에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV GD-1에 결합할 수 있으며 및/또는 임의의 다른 사르베코바이러스 스파이크 단백질 예컨대 SC2r-CoVRmYN02; RacCS203 또는 미래에 알려지지 않은 사르베코바이러스에 결합할 수 있다. 폭넓은 효능을 지닌 항원-결합 분자는 대부분의 사르베코바이러스를 효과적으로 차단할 수 있어 알려진 사르베코바이러스 및 알려지지 않은 사르베코바이러스 둘 다의 감염을 예방하는데 도움이 된다는 이점이 있다.
다양한 실시양태에서, 결합할 수 있는이라는 용어는 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 ACE2 사이의 30% 이상의 결합의 억제 또는 중화를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 ACE2 사이의 30% 이상의 결합의 억제 또는 중화는 적어도 30%, 35%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%,61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과의 억제 또는 중화 중 하나로부터 선택될 수 있다. 다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 ACE2 사이의 30% 이상의 결합의 억제 또는 중화 (예를 들어 적어도 30%, 35%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 49%, 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%,61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 75%, 80% 또는 그 초과의 억제 또는 중화 중 하나)를 포함하는 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 SARS를 앓았다가 회복된 환자로부터 단리된 폴리클로날 항체를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 SARS를 앓았다가 회복되었으며 COVID-19 백신접종으로 백신접종된 환자로부터 단리된 폴리클로날 항체를 포함한다. 예를 들어, 폴리클로날 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있고, 이는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 또한 결합할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 폴리클로날 항원-결합 분자는 다중 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다. 예를 들어, 폴리클로날 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며; 및/또는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며 및 또는 SARS-CoV-2 알파에 결합할 수 있으며, 및/또는 SARS-CoV-2 베타에 결합할 수 있으며 및/또는 SARS-CoV-2 델타에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV RaTG13에 결합할 수 있으며, 및/또는 SC2r-CoV GX-P5L에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV GD-1에 결합할 수 있으며 및/또는 임의의 다른 사르베코바이러스 스파이크 단백질 예컨대 SC2r-CoVRmYN02; RacCS203 또는 미래의 알려지지 않은 사르베코바이러스에 결합할 수 있다. 폭넓은 효능을 지닌 항원-결합 분자는 대부분의 사르베코바이러스를 효과적으로 차단할 수 있어 알려진 사르베코바이러스 및 알려지지 않은 사르베코바이러스 둘 다의 감염을 예방하는데 도움이 된다는 이점이 있다.
다양한 실시양태에서, 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자는 다음을 포함한다:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
화학식 I: X1-X2-X3-Φ-X4-Xn1-X5-X6을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1:
여기서, X1은 아미노산 G 및 E 중 하나로부터 선택되고; X2는 F, Y, N, G, D, 및 V 중 하나로부터 선택되고; X3은 아미노산 P, T, S, I 및 F 중 하나로부터 선택되고; Φ는 소수성 아미노산 F, V, L, 또는 I 중 하나로부터 선택되고; X4는 아미노산 S, T, R, N, G, L, 및 I 중 하나로부터 선택되고; Xn1은 아미노산 서열 S, SN, N, M, H, T, G, P, G 및 D 중 하나로부터 선택되고; X5는 아미노산 Y, S, N, I 및 H 중 하나로부터 선택되고; X6은 아미노산 Y, G, W, E, A, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
아미노산 화학식 II: X7-X8-X9-Xn2-π-Xn3-X10를 갖는 HC-CDR2:
여기서, X7은 아미노산 I 및 T 중 하나로부터 선택되고; X8은 아미노산 Y, S, N, G, A 및 T 중 하나로부터 선택되고; X9는 아미노산 S, F, P, N, H, I, Y, G, 및 T 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 아미노산 서열 G, YN, DD, T, NG, DG, S, SS, D, ST, 및 NT 중 하나로부터 선택되고; π는 소형 아미노산 G, S, P, A 및 E 중 하나로부터 선택되고; Xn3은 아미노산 서열 S, I, D, G, F, N, RT, L, 및 RN 중 하나로부터 선택되고; X10은 아미노산 T, R, M, K, S, 및 P 중 하나로부터 선택되고;
화학식 III: Ψ-ζ1-Xn4-X11-Xn5-X12-X13-X14-ζ2-X15을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3;
여기서, Ψ는 지방족 아미노산 A 및 V 중 하나로부터 선택되고, ζ1은 친수성 아미노산 R, T, K 및 L-N 중 하나로부터 선택되고; Xn4는 아미노산 서열 E, HLGGG, GGG, LDIII, DSI, GEAG, RVAIF, LQNG, VTYTS, ADIV, DSLA, DSL, AISQQ, DYYDN, DPL, EGIQG, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고; X11은 아미노산 L, S, Y, T, A, N, V, 및 W 중 하나로부터 선택되고; Xn5는 아미노산 서열 R, S, LET, P, SAT, MATIWV, DGY, SY, PLPF, GS, VV, SVT, FDS, GYYY, EGAAS, V, 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고; X12는 아미노산 H, W, G, P, T, S, N, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X13은 아미노산 Y, P, A, L, S, F, I, V, 및 G 중 하나로부터 선택되고; X14는 아미노산 F, I, N, Y, L, 및 M 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 친수성 아미노산 D, E, G, 및 S 중 하나로부터 선택되고; X16은 아미노산 Y, S, L, N, H, C, V, 및 F 중 하나로부터 선택되고;
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
화학식 IV: X16-X17-X18-Xn6-ζ3-X19를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1:
여기서, X16은 아미노산 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X17은 아미노산 G, S, T, N, I. 및 A 중 하나로부터 선택되고; X18은 아미노산 V, I, T, F 및 L 중 하나로부터 선택되고; Xn6은 아미노산 서열 S, G, N, V, R, LYSSNNK, LYRSNNK, LQNNGY, VQSNGY, VHSDGN, MQLNGY 및 SS 중 하나로부터 선택되고; ζ3은 친수성 아미노산 S, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고; X19는 아미노산 W, Y, S 및 N 중 하나로부터 선택되고;
화학식 V: X20-X21-S를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2:
여기서, X20은 아미노산 A, W, K, T, G, L, 및 D 중 하나로부터 선택되고; X21은 아미노산 A, S, G, I, 및 T 중 하나로부터 선택되고
화학식 VI: X22-ζ4-X23-Xn7-ζ5-X24-X25-Xn8-ζ6을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3:
여기서, X22는 아미노산 Q, H, 및 M 중 하나로부터 선택되고; ζ4는 친수성 아미노산 Q 및 H 중 하나로부터 선택되고; X23은 아미노산 Y, S, G, A, L, 및 T 중 하나로부터 선택되고; Xn7은 아미노산 서열 F, Y, N, S, L, G, T, YR, 및 YI 중 하나로부터 선택되고; ζ5는 친수성 S, T, N, Q, 및 D 중 하나로부터 선택되고; X24는 아미노산 S, Y, T, D, H, F, P, W, 및 I 중 하나로부터 선택되고; X25는 아미노산 P, I, 및 R 중 하나로부터 선택되고; Xn8은 아미노산 서열 F, W, K, G, Y, R, P, L, PY, EY, ED, GY, QY, 및 QI 중 하나로부터 선택되고; ζ6은 친수성 아미노산 T 및 S 중 하나로부터 선택된다.
이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 SARS-CoV-2를 포함한 몇몇 사르베코바이러스에 걸쳐 중화를 입증하였다. 항체 1 (SS6V1-B5) 내지 20 (SS6V20-F5)은 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자의 예이다. 이들은 현재까지 보고된 최상의 교차-클레이드 중화 항체 중 일부이다.
다양한 실시양태에서, 화학식은, 화학식 I의 Φ는 소수성 아미노산 F, L, 또는 I 중 하나로부터 선택되고; 화학식 I의 X5는 Y, S, I 및 H 중 하나로부터 선택되고; 화학식 I의 X6은 Y, W, E, A, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고; 화학식 II의 X8 은 I이고; 화학식 II의 Xn2는 DD, T, NG, DG, S, SS, D, ST, 및 NT 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III의 ζ1은 친수성 아미노산 R, T, 및 K 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III의 Xn4는 HLGGG, GGG, LDIII, DSI, GEAG, LQNG, VTYTS, ADIV, DSLA, DSL, AISQQ, DYYDN, DPL, EGIQG, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III의 X11은 S, Y, T, A, V, 및 W 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III의 Xn5는 S, LET, P, SAT, MATIWV, SY, PLPF, GS, VV, SVT, FDS, GYYY, EGAAS, V, 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III의 X12는 W, G, P, T, S, N, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; 화학식 IV의 Xn6은 S, G, N, V, R, LYRSNNK, LQNNGY, VQSNGY, VHSDGN, MQLNGY 및 SS 중 하나로부터 선택되고; 화학식 VI의 X23은 Y, S, G, A, 및 T 중 하나로부터 선택되고; 화학식 VI의 Xn8은 F, W, K, G, Y, R, P, L, EY, ED, GY, QY, 및 QI 중 하나로부터 선택되는 것을 제외하고는 상기에 열거된 것들과 동일하다. 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2를 포함한 매우 폭넓은 사르베코바이러스에 걸쳐 범-사르베코바이러스 중화를 입증하였다. 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 RBD 단백질 둘 다에 의한 염색에 대해 이중 양성이었다. 항체 1 (SS6V1-B5) 및 항체 4 내지 20 (SS6V4-A1, SS6V5-C3.... 내지 SS6V20-F5)는 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자의 예이다.
다양한 실시양태에서, 여기서, X1은 G이고; X2는 G, F, Y 및 V 중 하나로부터 선택되고; X3은 S, I, T 및 F 중 하나로부터 선택되고; Φ는 F, L 및 I 중 하나로부터 선택되고; X4는 R, S, G, L, T 및 I 중 하나로부터 선택되고; Xn1은 P, N, T, D 및 G 중 하나로부터 선택되고; X5는 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고; X6은 E, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X7은 I이고; X8은 G, S, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X9는 I, N, S, T 및 F 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 T, S, SS 및 NT 중 하나로부터 선택되고; π는 G, E, S 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn3은 G, S, F, I 및 N 중 하나로부터 선택되고; X10은 T, M 및 P 중 하나로부터 선택되고; ψ는 A이고; ζ1은 R이고; Xn4는 VTYTS, GGG; DYYDN, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고; X11은 S, Y 및 W 중 하나로부터 선택되고; Xn5는 PLPF,LET, GYYY 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고; X12는 W, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고; X13은 F, P, G, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X14는 F, M 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 D 및 E 중 하나로부터 선택되고; X15는 Y, L, V, F 및 S 중 하나로부터 선택되고; X16은 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X17은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고; X18은 I, F 및 L 중 하나로부터 선택되고; Xn6은 G, LQNNGY, R, VQSNGY, S 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; ζ3은 N, S 및 T 중 하나로부터 선택되고; X19는 Y 또는 S 중 하나로부터 선택되고; X20은 A, L 및 G 중 하나로부터 선택되고; X21은 A, S, T 및 G 중 하나로부터 선택되고; X22는 Q, M 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ4는 Q이고; X23은 T, S, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고; Xn7은 YR, L, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; ζ5는 T, Q, 및 S 중 하나로부터 선택되고; X24는 P, I, W 및 T 중 하나로부터 선택되고; X25는 P이고; Xn8은 ED, G, QI 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ6은 S 및 T 중 하나로부터 선택된다. 즉 다양한 실시양태에서 화학식 I은 GX2X3ΦX4X5X6X7을 포함하고 여기서 X2는 G, F, Y 및 V 중 하나로부터 선택되고; X3은 S, I, T 및 F 중 하나로부터 선택되고; Φ는 F, L 및 I 중 하나로부터 선택되고; X4는 R, S, G, L, T 및 I 중 하나로부터 선택되고; X5는 P, N, T, D 및 G 중 하나로부터 선택되고; X6은 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고; X7은 E, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고; 화학식 II는 IX9X10Xn1πXn2X11을 포함하고 여기서 X9는 G, S, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X10은 I, N, S, T 및 F 중 하나로부터 선택되고; Xn1은 S, SS 및 NT 중 하나로부터 선택되고; π는 G, E, S 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 G, S, F, I 및 N 중 하나로부터 선택되고; X11은 T, M 및 P 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III은 ARXn3X12Xn4X13X14X15ζ2X16을 포함하고 여기서 Xn3은 VTYTS, GGG; DYYDN, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고; X12는 S, Y 및 W 중 하나로부터 선택되고; Xn4는 PLPF,LET, GYYY 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고; X13은 W, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고; X14는 F, P, G, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X15는 F, M 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 D 및 E 중 하나로부터 선택되고; X16은 Y, L, V, F 및 S 중 하나로부터 선택되고; 화학식 IV는 X17X18X19Xn5ζ3Ω를 포함하고 여기서 X17은 방향족 아미노산 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고; X18은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고; X19는 I, F 및 L 중 하나로부터 선택되고; Xn5는 G, LQNNGY, R, VQSNGY, S 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; ζ3은 N, S 및 T 중 하나로부터 선택되고; Ω는 Y 또는 S 중 하나로부터 선택되고; 화학식 V는 X20X21S를 포함하고 여기서 X20은 A, L 및 G 중 하나로부터 선택되고; X21은 A, S, T 및 G 중 하나로부터 선택되고;; 화학식 VI은 X22QX23Xn6ζ5X25PXn7ζ6을 포함하고 여기서 X22는 Q, L, M 및 L 중 하나로부터 선택되고; X23은 T, S, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고; Xn6은 YR, L, 및 Y 중 하나로부터 선택되고; ζ5는 T, Q, 및 S 중 하나로부터 선택되고; X25는 P, I, W 및 T 중 하나로부터 선택되고; Xn7은 ED, G, QI 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ6은 S 및 T 중 하나로부터 선택된다. 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2를 포함한 대부분의 사르베코바이러스에 걸쳐 범-사르베코바이러스 중화 효능 및 폭을 입증하였다. 항체 1 (SS6V1-B5), 항체 11 (SS6V11-E7), 항체 12 (SS6V12-E11), 항체 13 (SS6V13-F1), 항체 19 (SS6V19-F4) 및 항체 20 (SS6V20-F5)은 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자의 예이다.
다양한 실시양태에서, 중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFILRNYE, GGFIGPHY, GFTFSTYN, GVSILGSY, GYTFTDYN 및 GGSIIGYY 중 하나로부터 선택된 HC-CDR1; 아미노산 서열 IGNTGGT, IYISGST, ISSSSSFM, IYFSENT, INTNTGIP 및 IYFSANT 중 하나로부터 선택된 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARVTYTSSPLPFWFLDL, ARGGGYLETGPFEY, ARDYYDNSGYYYYGMDV, ARGGGYLETGPFDS, ARDGGWQLPYWYFDL 및 ARGGGYLETGPLDF 중 하나로부터 선택된 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSIGNY, QSLLQNNGYNY, QSIRTY, QGLVQSNGYNY, YSFSSS 및 QSLMQLNGYNY 중 하나로부터 선택된 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS, LSS, GTS 및 LGS 중 하나로부터 선택된 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQTYRTPPEDS, MQSLQIPGT, LQTYSTPQIT, MQGLQTPGT, QQYYSWPLT 및 MQGLQIPGT 중 하나로부터 선택된 LC-CDR3.
다양한 실시양태에서, 여기서 X1은 G이고; X2는 G 및 V 중 하나로부터 선택되고; X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고; Φ는 I이고; X4는 G, L 및 I 중 하나로부터 선택되고; Xn1은 P 및 G 중 하나로부터 선택되고; X5는 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고; X6은 Y이고; X7은 I이고; X8은 Y이고; X9는 I 및 F 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 S이고; π는 G, E 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn3은 S 및 N 중 하나로부터 선택되고; X10은 T이고; ψ는 A이고; ζ1은 R이고; Xn4는 GGG이고; X11은 Y이고; Xn5는 LET이고; X12는 G이고; X13은 P이고; X14는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 D, 및 E 중 하나로부터 선택되고; X15는 Y, F 및 S 중 하나로부터 선택되고; X16은 Q이고; X17은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고; X18은 L이고; Xn6은 LQNNGY, VQSNGY 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; ζ3은 N이고; X19는 Y이고; X20은 L이고; X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; X22는 M이고; ζ4는 Q이고; X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; Xn7은 L이고; ζ5는 Q이고; X24는 I 및 T 중 하나로부터 선택되고; X25는 P이고; Xn8은 G이고; ζ6은 T이다. 즉 다양한 실시양태에서 화학식 I은 GX2X3IX4X5X6Y를 포함하고 여기서 X2는 G 및 V 중 하나로부터 선택되고; X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고; X4는 G, L 및 I 중 하나로부터 선택되고; X5는 P 및 G 중 하나로부터 선택되고; X6은 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고; 화학식 II는 IYX10SπXn2T를 포함하고 여기서 X10은 I 및 F 중 하나로부터 선택되고; π는 G, E 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 S 및 N 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III은 ARGGGYLETGPX15ζ2X16을 포함하고 여기서 X15는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 D 및 E 중 하나로부터 선택되고; X16은 Y, F 및 S 중 하나로부터 선택되고; 화학식 IV는 QX18LXn5NY를 포함하고 여기서 X18은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고; Xn5는 LQNNGY, VQSNGY 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; 화학식 V는 LX21S를 포함하고 여기서 X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; 화학식 VI은 MQX23LQX25PGT를 포함하고 여기서 X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; X25는 I 및 T 중 하나로부터 선택된다. 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2를 포함한 시험된 모든 사르베코바이러스의 범-사르베코바이러스 중화 효능 및 폭을 입증하였다. 항체 11 (SS6V11-E7), 항체 13 (SS6V13-F1) 및 항체 20 (SS6V20-F5)은 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자의 예이다. 이들 항체는 보고된 가장 높은 효능을 입증하였다. 이 그룹에 속하는 세 가지 모노클로날 항체는 상이한 바이러스 중화 검정 플랫폼에서 대부분의 SARS-CoV-2 VOC 및 VOI 및 클레이드-1a 사르베코바이러스에 걸쳐 이의 강한 중화 능력을 유지하였다. 세 가지 항체 모두 이의 중쇄 및 경쇄 서열에서 90% 초과의 유사성을 나타내는 중쇄 및 경쇄 유전자 클래스의 특유의 조합을 활용하였다. 이들 서열은 사르베코바이러스-특이적 항체에 대해 이전에 보고된 적이 없다.
다양한 실시양태에서, 중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGFIGPHY, GVSILGSY 및 GGSIIGYY 중 하나로부터 선택된 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYISGST, IYFSENT 및 IYFSANT 중 하나로부터 선택된 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGGGYLETGPFEY, ARGGGYLETGPFDS 및 ARGGGYLETGPLDF 중 하나로부터 선택된 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSLLQNNGYNY, QGLVQSNGYNY 및 QSLMQLNGYNY 중 하나로부터 선택된 LC-CDR1; 아미노산 서열 LSS 및 LGS 중 하나로부터 선택된 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQSLQIPGT, MQGLQTPGT 및 MQGLQIPGT 중 하나로부터 선택된 LC-CDR3.
다양한 실시양태에서, 여기서 X1은 G이고; X2는 G이고; X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고; Φ는 I이고; X4는 G, 및 I 중 하나로부터 선택되고; Xn1은 P 및 G 중 하나로부터 선택되고; X5는 Y 및 H 중 하나로부터 선택되고; X6은 Y이고; X7은 I이고; X8은 Y이고; X9는 I 및 F 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 S이고; π는 G 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn3은 S 및 N 중 하나로부터 선택되고; X10은 T이고; ψ는 A이고; ζ1은 R이고; Xn4는 GGG이고; X17은 Y이고; Xn5는 LET이고; X12는 G이고; X13은 P이고; X14는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고; ζ2는 D, 및 E 중 하나로부터 선택되고; X15는 Y 및 F 중 하나로부터 선택되고; X16은 Q이고; X17은 S이고; X18은 L이고; Xn6은 LQNNGY, 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; ζ3은 N이고; X19는 Y이고; X20은 L이고; X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; X22는 M이고; ζ4는 Q이고; X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; Xn7은 L이고; ζ5는 Q이고; X24는 I이고; X25는 P이고; Xn8은 G이고; ζ6은 T이다. 즉 다양한 실시양태에서 화학식 I은 GGX3IX4X5X6Y를 포함하고 여기서 X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고; X4는 G, 및 I 중 하나로부터 선택되고; X5는 P 및 G 중 하나로부터 선택되고; X6은 Y 및 H 중 하나로부터 선택되고; 화학식 II는 IYX10SπXn2T를 포함하고 여기서 X10은 I 및 F 중 하나로부터 선택되고; π는 G 및 A 중 하나로부터 선택되고; Xn2는 S 및 N 중 하나로부터 선택되고; 화학식 III은 ARGGGYLETGPX15ζ2X16을 포함하고 여기서 X15는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고; X16은 Y 및 F 중 하나로부터 선택되고 ζ2는 D 및 E 중 하나로부터 선택되고; 화학식 IV는 QSLXn5NY를 포함하고 여기서 Xn5는 LQNNGY, 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고; 화학식 V는 LX21S를 포함하고 여기서 X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고; 화학식 VI은 MQX23LQIPGT를 포함하고 여기서 X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택된다. 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자는 현재까지 보고된 임의의 다른 항체와 비교하여 최상의 범-사르베코바이러스 중화 효능 및 폭을 입증하였다. 이들 화학식 내에 속하는 항체의 에피토프 매핑 연구는 항체가 RBD에서 특유의 접촉 풋프린트(footprint)를 가지고 있음을 나타낸다. 항체 11 (SS6V11-E7) 및 항체 20 (SS6V20-F5)은 이들 화학식 내에 속하는 CDR을 가진 항원-결합 분자의 예이다.
다양한 실시양태에서, 중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGFIGPHY 및 GGSIIGYY 중 하나로부터 선택된 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYISGST 및 IYFSANT 중 하나로부터 선택된 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGGGYLETGPFEY 및 ARGGGYLETGPLDF 중 하나로부터 선택된 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSLLQNNGYNY 및 QSLMQLNGYNY 중 하나로부터 선택된 LC-CDR1; 아미노산 서열 LSS 및 LGS 중 하나로부터 선택된 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQSLQIPGT 및 MQGLQIPGT 중 하나로부터 선택된 LC-CDR3.
다양한 실시양태에서, 중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFILRNYE를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IGNTGGT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARVTYTSSPLPFWFLDL을 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSIGNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQTYRTPPEDS를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 1 (SS6V1-B5)의 중쇄 서열번호: 71 및 경쇄 서열번호: 72에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTVSSNY를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYSGGST를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARELRHYFDY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QGISSY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQLNSYPPYS를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 2 (SS6V2-G1)의 중쇄 서열번호: 73 및 경쇄 서열번호: 74에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다. 이 항체는 SC2+ 단일 양성 B 세포로부터 클로닝되었으며 이는 SARS-CoV-2 RBD에 대한 반응성을 입증하지만 SARS-CoV-1 RBD에 대해서는 최소한의 반응성을 나타냈다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GYSFTNSG를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 TNFYNGIT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ALNRVAIFNDGYNPLGY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSVLYSSNNKNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 WAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYFSSPFS를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 3 (SS6V3-G2)의 중쇄 서열번호: 75 및 경쇄 서열번호: 76에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다. 이 항체는 SC2+ 단일 양성 B 세포로부터 클로닝되었으며 이는 SARS-CoV-2 RBD에 대한 반응성을 입증하지만 SARS-CoV-1 RBD에 대해서는 최소한의 반응성을 나타냈다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GYTFSMYW를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYPDDSDR을 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARLQNGYSYGLLEN을 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSTLYRSNNKNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 WAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYYSYPWT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 4 (SS6V4-A1)의 중쇄 서열번호: 77 및 경쇄 서열번호: 78에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GYTFTHYW를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYPDDSDT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ATADIVVGSNFFDH를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSISTW를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 KAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QHYNSYIKT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 5 (SS6V5-C3)의 중쇄 서열번호: 79 및 경쇄 서열번호: 80에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFNTYA를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 ISNGGIT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 VKDSLATVVTLLSY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QTISSY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQSYSTPGT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 6 (SS6V6-C4)의 중쇄 서열번호: 81 및 경쇄 서열번호: 82에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 ENIFSGYW를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYPDDSDT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARHLGGGGSSWPIDY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QGISNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYSSYPFT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 7 (SS6V7-C5)의 중쇄 서열번호: 83 및 경쇄 서열번호: 84에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFSTYA를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IASDGGIT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 VKDSLTSVTTIFDC를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QNINSY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 TAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQSYTDPYT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 8 (SS6V8-D3)의 중쇄 서열번호: 85 및 경쇄 서열번호: 86에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGSISSNIW를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYHSGST를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARAISQQYFDSSVLGY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSVVTN을 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 GAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYNNWPGYT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 9 (SS6V9-D11)의 중쇄 서열번호: 87 및 경쇄 서열번호: 88에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 EDSFTGYW를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYPDDGDT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARHLGGGSSWPIDS를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QGIRNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYNNHPFT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 10 (SS6V10-E1)의 중쇄 서열번호: 89 및 경쇄 서열번호: 90에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGFIGPHY를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYISGST를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGGGYLETGPFEY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSLLQNNGYNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 LSS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQSLQIPGT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 항체 11 (SS6V11-E7)의 중쇄 서열번호: 91 및 경쇄 서열번호: 92에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다. 이들 CDR을 가진 항체는 오미크론 BA.2에 대해 중화 능력을 가진 유일한 항체를 포함하여 현재까지 보고된 임의의 다른 항체와 비교하여 최상의 범-사르베코바이러스 중화 효능 및 폭 중 하나를 입증하였다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFSTYN을 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 ISSSSSFM을 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARDYYDNSGYYYYGMDV를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSIRTY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 LQTYSTPQIT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 항체 12 (SS6V12-E11)의 중쇄 서열번호: 93 및 경쇄 서열번호: 94에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GVSILGSY를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYFSENT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGGGYLETGPFDS를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QGLVQSNGYNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 LGS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQGLQTPGT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 13 (SS6V13-F1)의 중쇄 서열번호: 95 및 경쇄 서열번호: 96에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGPISSYY를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYYSGST를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARDPLAEGAASSGFDN을 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSISSY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQSYTTPRT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 14 (SS6V14-F2)의 중쇄 서열번호: 97 및 경쇄 서열번호: 98에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFSSYA를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 ISYDGRTK를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARLDIIITPPANDY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QIVSSNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열이 DAS인 LC-CDR2; 아미노산 서열 HQYGDSRRT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 15 (SS6V15-F6)의 중쇄 서열번호: 99 및 경쇄 서열번호: 100에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 EFTFSRYT를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IGGSTPLS를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARDSIASATTLFDL을 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QAISSY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQSYITPPEYS를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 16 (L8N16-C7)의 중쇄 서열번호: 101 및 경쇄 서열번호: 102에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFSSYA를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 ISYDGRNK를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGEAGTMATIWVSSYDY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSLVHSDGNTY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 KIS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQATQFPPT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 17 (L8N17-G3)의 중쇄 서열번호: 103 및 경쇄 서열번호: 104에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GFTFSSYA를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 ITSNGGGT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 AREGIQGWVTYFDY를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSISTN을 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 AAS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQTYTTPQYS를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 18 (SS6V18-E3)의 중쇄 서열번호: 105 및 경쇄 서열번호: 106에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GYTFTDYN을 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 INNTTGIP를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARDGGWQLPYWYFDL을 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 YSFSSS를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 GTS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 QQYYSWPLT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 19 (SS6V19-F4)의 중쇄 서열번호: 107 및 경쇄 서열번호: 108에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다.
중쇄 가변 (VH) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 GGSIIGYY를 갖는 HC-CDR1; 아미노산 서열 IYFSANT를 갖는 HC-CDR2; 아미노산 서열 ARGGGYLETGPLDF를 갖는 HC-CDR3; 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역은 하기의 CDR을 포함한다: 아미노산 서열 QSLMQLNGYNY를 갖는 LC-CDR1; 아미노산 서열 LGS를 갖는 LC-CDR2; 아미노산 서열 MQGLQIPGT를 갖는 LC-CDR3. 다양한 실시양태에서 이들 CDR은 항체 20 (SS6V20-F5)의 중쇄 서열번호: 109 및 경쇄 서열번호: 110에서 형성된다. 다양한 실시양태에서, 이들 CDR은 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다면 하기에 열거된 다른 항원 결합 스캐폴드에서 형성된다. 이들 CDR을 가진 항체는 현재까지 보고된 임의의 다른 항체와 비교하여 최상의 범-사르베코바이러스 중화 효능 및 폭 중 하나를 입증하였다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 폴리클로날 항원-결합 분자를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 적어도 2개의 상이한 항원-결합 도메인 (즉, 예를 들어 동일하지 않은 VH 및 VL을 포함하는, 적어도 2개의 항원-결합 도메인)을 포함한다. 개시된 항체의 더 높은 중화 효능은 더 낮은 투여량의 항원-결합 분자가 개별 항원-결합 분자로서 임상적으로 사용될 수 있게 하거나 2개 이상의 항원-결합 분자 또는 2개 이상의 상이한 항원-결합 도메인을 가진 항원-결합 분자의 칵테일에 혼합될 수 있게 할 것이다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 2종의 상이한 사르베코바이러스 스파이크 단백질, 예컨대 SARS-CoV 스파이크 단백질 및 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합하므로, 적어도 이중특이적이다. 용어 "이중특이적"은 항원-결합 분자가 적어도 2개의 별개의 항원 결정인자에 특이적으로 결합할 수 있음을 의미한다.
다양한 실시양태에서, 이중특이적 항원-결합 분자는 항원-결합 분자가 특이적인 표적에 결합할 수 있는 항원-결합 분자를 포함할 수 있다. 예를 들어, SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있고, SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 성분, 및 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 두 번째 성분을 포함할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본 개시내용에 따른 항원-결합 분자는 항원-결합 분자가 특이적인 표적에 결합할 수 있는 항원-결합 폴리펩티드 또는 항원-결합 폴리펩티드 복합체를 포함할 수 있는 다중특이적 항원-결합 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 더 큰 항원-결합 분자의 성분 항원-결합 분자는 더 큰 항원-결합 분자의 "항원 결합 도메인" 또는 "항원-결합 영역"으로 지칭될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 다중특이적 항원-결합 분자는 다중 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있다. 예를 들어, 다중특이적 항원-결합 분자는 SARS-CoV 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며; 및/또는 SARS-CoV-2 스파이크 단백질에 결합할 수 있으며 및 또는 SARS-CoV-2 알파에 결합할 수 있으며, 및/또는 SARS-CoV-2 베타에 결합할 수 있으며 및/또는 SARS-CoV-2 델타에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV RaTG13에 결합할 수 있으며, 및/또는 SC2r-CoV GX-P5L에 결합할 수 있으며 및/또는 SC2r-CoV GD-1에 결합할 수 있으며 및/또는 임의의 다른 사르베코바이러스 스파이크 단백질 예컨대 SC2r-CoVRmYN02; RacCS203 또는 미래에 알려지지 않은 사르베코바이러스에 결합할 수 있다. 폭넓은 효능을 지닌 항원-결합 분자는 대부분의 사르베코바이러스를 효과적으로 차단할 수 있어 알려진 사르베코바이러스 및 알려지지 않은 사르베코바이러스 둘 다의 감염을 예방하는데 도움이 된다는 이점이 있다.
설명 전반에 걸쳐, 용어 '사르베코바이러스' 및 이의 복수 형태는 안지오텐시노겐 전환 효소 2 (ACE2) 수용체를 세포 내로의 진입으로서 사용하는 임의의 베타 코로나바이러스를 포함한다는 것을 인식하여야 한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 ACE2 수용체를 세포 내로의 진입으로서 사용하는 임의의 베타 코로나바이러스를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 인간 ACE2 수용체를 인간 세포 내로의 진입으로서 사용하는 임의의 베타 코로나바이러스를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 임의의 공지된 또는 새로운 사르베코바이러스를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, SARS-CoV, SC2r-CoV WIV-1, SC1r-CoV RsSHC014, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타, SARS-CoV-2 델타, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GD-1 및 SC2r-CoV GX-P5L을 포함하거나 이로 이루어진 군으로부터 선택된다.
설명 전반에 걸쳐, 용어 'SARS-CoV'는 진뱅크(GenBank): NC_004718.3의 뉴클레오티드 서열을 갖는 SARSr-CoV ("중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 단리물(Severe acute respiratory syndrome coronavirus isolate), 완전한 게놈(complete genome)")를 지칭하며, 서열번호: 7에 제시된 진뱅크: NC_004718.3의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85%의 서열 동일성 (예를 들어 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 99.9% 또는 그 초과 중 어느 하나의 서열 동일성)을 가진 뉴클레오티드 서열을 갖는 이의 변이체를 포함한다는 것을 인식하여야 한다.
설명 전반에 걸쳐, 용어 'SARS-CoV-2'는 진뱅크: NC_045512.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 SARSr-CoV ("중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2 단리물 우한-후(Wuhan-Hu) 1, 완전한 게놈")을 지칭하며, 문헌 [Zhou et al., Nature (2020) 579: 270-273]에 보고되어 있으며, 서열번호: 8에 제시된 진뱅크: NC_045512.2의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85%의 서열 동일성 (예를 들어 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 99.9% 또는 그 초과 중 하나의 서열 동일성)을 가진 뉴클레오티드 서열을 갖는 이의 변이체를 포함한다는 것을 인식하여야 한다.
모든 코로나바이러스와 마찬가지로 사르베코바이러스는 네 가지 주요 구조 단백질: 스파이크 (S) 단백질, 외피 (E) 단백질, 막 (M) 단백질. 및 뉴클레오캡시드 (N) 단백질을 코딩하는 게놈을 가진다. 일반적으로, 스파이크 단백질은 수용체 결합 도메인 (RBD)을 포함하는 섹션을 가진다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질은 서열번호: 18 내지 25 (서열번호: 18; 서열번호: 19; 서열번호: 20; 서열번호: 21; 서열번호: 22; 서열번호: 23; 서열번호: 24; 또는 서열번호: 25)에 제시된 컨센서스(consensus) 아미노산 서열 중 어느 하나를 특징으로 할 수 있다.
사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 25, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1,000, 1,100 또는 1,200개의 아미노산 중 하나의 최소 길이를 가질 수 있으며, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1,000, 1,100 또는 1,200개 아미노산 중 하나의 최대 길이를 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, SARS-CoV의 스파이크 단백질은 서열번호: 9에 나타낸 아미노산 서열을 갖는다. SARS-CoV 스파이크 단백질은 S1 (서열번호: 11) 및 S2 서브유닛을 포함한다. S1 서브유닛은 서열번호: 12 또는 서열번호: 17을 포함하는 수용체-결합 도메인 (RBD)을 포함하며, 이를 통해 SARSr-CoV가 숙주 세포에 의해 발현되는 ACE2에 결합한다.
다양한 실시양태에서, SARS-CoV-2의 스파이크 단백질은 서열번호: 10에 나타낸 아미노산 서열을 갖는다. SARS-CoV-2 스파이크 단백질은 S1 (서열번호: 13 또는 서열번호: 16) 및 S2 서브유닛을 포함한다. S1 서브유닛은 서열번호: 14 또는 서열번호: 15를 포함하는 수용체-결합 도메인 (RBD)을 포함하며, 이를 통해 SARSr-CoV-2가 숙주 세포에 의해 발현되는 ACE2에 결합한다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 RBD는 서열번호: 12, 14, 15, 17, 또는 26-30 중 어느 하나에 나타낸 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 또는 서열번호: 12, 14, 15, 17, 또는 26-30 중 어느 하나에 대해75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과 중 어느 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 폴리펩티드를 지칭한다. 이러한 폴리펩티드는 예를 들어, SARS-CoV-2에 의해 코딩된 스파이크 단백질의 RBD의 이소형, 단편, 변이체, 그리고 다른 SARSr-CoV 또는 다른 알려진 사르베코바이러스로부터의 스파이크 단백질 상동체의 상응하는 영역을 포함할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 RBD 단편은 10, 20, 30, 40, 50, 100, 150, 200개 아미노산 중 하나의 최소 길이를 가질 수 있고, 20, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 150, 200개 아미노산 중 하나의 최대 길이를 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, 이소형, 단편, 변이체 또는 상동체는 임의로 기능적 이소형, 단편, 변이체, 또는 상동체일 수 있으며, 예를 들어, ACE2를 통해 숙주 세포에 결합하거나 진입하는 기능적 특성/활성에 대한 적합한 검정에 의한 분석에 의해 결정된 바와 같이, 참조 단백질의 기능적 특성/활성을 갖는다. 예를 들어, 사르베코바이러스의 스파이크 단백질의 이소형, 단편, 변이체 또는 상동체는 ACE2와 연관을 나타낼 수 있다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질은 컨센서스 사르베코바이러스 스파이크 단백질 서열번호: 18-25 (서열번호: 18; 서열번호: 19; 서열번호: 20; 서열번호: 21; 서열번호: 22; 서열번호: 23; 서열번호: 24; 또는 서열번호: 25) 중 어느 하나에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진 스파이크 단백질을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질은 서열번호: 9, 10, 또는 18-25 중 어느 하나에 대해 5%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 13-16에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 12, 14, 15, 17, 또는 26-30에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 26에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 27에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 28에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 29에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 단편은 서열번호: 30에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다.
일부 실시양태에서, SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 RBD의 단편은 서열번호: 12, 14, 15, 17, 또는 26-30에 대해 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 중 하나를 포함하여, 적어도 75%의 아미노산 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나, 이로 이루어진다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 2개의 항원-결합 분자를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질의 수용체 결합 도메인 (RBD)에 결합한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 안지오텐시노겐 전환 효소 2 (ACE2) 사이의 상호작용을 억제한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염을 억제한다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 SARS-CoV는 진뱅크: NC_004718.3의 뉴클레오티드 서열을 갖는 SARSr-CoV를 지칭하며, 문헌 [He et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 316 (2), 476-483 (2004)]에 보고되어 있으며, 진뱅크: NC_004718.3의 뉴클레오티드 서열에 대해 적어도 85%의 서열 동일성 (예를 들어 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 99.9% 또는 그 초과 중 하나의 서열 동일성)을 가진 뉴클레오티드 서열을 갖는 이의 변이체를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 SARS-CoV-2는 진뱅크: NC_045512.2의 뉴클레오티드 서열을 갖는 SARSr-CoV를 지칭하며, 문헌 [Wu et al., Nature 579 (7798), 265-269 (2020)]에 보고되어 있으며, 진뱅크: NC_045512.2의 뉴클레오티드 서열에 대해 적어도 85%의 서열 동일성 (예를 들어 적어도 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 99.9% 또는 그 초과 중 하나의 서열 동일성)을 가진 뉴클레오티드 서열을 갖는 이의 변이체를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스 SARS-CoV-2 변이체는 영국 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.1.7, 20H/501Y.V2, 또는 501Y.V2 변이체로도 알려진 남아프리카 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.351, 인도 변이체 B1.617, 및 브라질 변이체 P.1을 포함한다.
본 개시내용의 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 모노클로날 항체 (mAb)의 서열을 사용하여 설계되고 제조될 수 있다. 단일 쇄 가변 단편 (scFv), Fab 및 F(ab')2 단편과 같은, 항체의 항원-결합 영역이 또한 사용/제공될 수 있다. "항원-결합 영역"은 주어진 항체가 특이적인 표적에 결합할 수 있는 항체의 임의의 단편이다. mAb는 최근 생겨나는 인수공통 바이러스, 특히 사르베코바이러스에 맞서 싸우기 위한 신속한 개발 및 배포를 위한 가장 효율적이고 강력한 도구 중 하나이다.
항체는 일반적으로 여섯 가지의 상보성-결정 영역 (CDR); 중쇄 가변 (VH) 영역에 3개: HC-CDR1, HC-CDR2 및 HC-CDR3, 그리고 경쇄 가변 (VL) 영역에 3개: LC-CDR1, LC-CDR2 및 LC-CDR3을 포함한다. 여섯 가지의 CDR은 함께 표적 항원에 결합하는 항체의 일부인 항체의 파라토프를 정의한다.
VH 영역 및 VL 영역은 CDR에 대한 스캐폴드를 제공하는, 각각의 CDR의 양쪽에 프레임워크 영역 (FR)을 포함한다. N-말단에서 C-말단까지, VH 영역은 다음의 구조를 포함한다: N term-[HC-FR1]-[HC-CDR1]-[HC-FR2]-[HC-CDR2]-[HC-FR3]-[HC-CDR3]-[HC-FR4]-C term; 그리고 VL 영역은 다음의 구조를 포함한다: N term-[LC-FR1]-[LC-CDR1]-[LC-FR2]-[LC-CDR2]-[LC-FR3]-[LC-CDR3]-[LC-FR4]-C term. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 31에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 32에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 33에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 34에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 35에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 36에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 37에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 38에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 39에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 40에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 41에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 42에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 43에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 44에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 45에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 46에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 47에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 48에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 49에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 50에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 51에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 52에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 53에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 54에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 55에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 56에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 57에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 58에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 59에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 60에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 61에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 62에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 63에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 64에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 65에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 66에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 67에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 68에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다. 다양한 실시양태에서, VH 영역은 서열번호: 69에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함하고, VL 영역은 서열번호: 70에 제시된 핵산 서열에 의해 코딩된 아미노산을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체의 CDR을 포함하거나 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체로부터 유래된 CDR을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항원-결합 분자는 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체의 FR을 포함하거나 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체로부터 유래된 FR을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항원-결합 분자는 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체의 CDR 및 FR을 포함하거나 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체로부터 유래된 CDR 및 FR을 포함한다. 즉, 일부 실시양태에서 항원-결합 분자는 본원에 기재된 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체의 VH 영역 및 VL 영역을 포함하거나 본원에 기재된사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체로부터 유래된 VH 및 VL 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서 항원-결합 분자는 SARS-CoV, SC2r-CoV WIV-1, SC1r-CoV RsSHC014, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타, SARS-CoV-2 델타, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GD-1 및 SC2r-CoV GX-P5L의 사르베코바이러스 스파이크 단백질 중 어느 하나로부터 선택되는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합할 수 있는 항체의 CDR, FR 및/또는 VH 및/또는 VL 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 다음을 포함한다:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
서열번호: 1의 아미노산 서열을 갖는 HC-CDR1
서열번호: 2의 아미노산 서열을 갖는 HC-CDR2
서열번호: 3의 아미노산 서열을 갖는 HC-CDR3; 및
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
서열번호: 4의 아미노산 서열을 갖는 LC-CDR1
서열번호: 5의 아미노산 서열을 갖는 LC-CDR2
서열번호: 6의 아미노산 서열을 갖는 LC-CDR3.
다양한 실시양태에서, 항원-결합 분자는 서열번호: 2, 3 또는 4의 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역; 및 서열번호: 5, 6 또는 7의 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 1의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 2의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 3의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 4의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 5의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역을 포함한다.
다양한 실시양태에서 항원-결합 분자는 서열번호: 6의 아미노산 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 중 하나의 서열 동일성을 포함하여, 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역을 포함한다.
하나 이상의 아미노산이 또 다른 아미노산으로 치환되는 본 개시내용에 따른 실시양태에서, 치환은 보존적 치환일 수 있으며, 예를 들어 지방족 아미노산은 또 다른 지방족 아미노산으로 대체되며 예컨대 비-극성 아미노산 G, 또는 A, 또는 P, 또는 I, 또는 L, 또는 V는 상이한 비-극성 아미노산으로 대체되고; 예컨대 극성 비전하 아미노산 C, 또는 S, 또는 T, 또는 M, 또는 N, 또는 Q는 상이한 극성 비전하 아미노산으로 대체되고 예컨대 극성 전하 아미노산 D, 또는 E, 또는 K, 또는 R은 상이한 극성 전하 아미노산으로 대체되거나 방향족 아미노산은 또 다른 방향족 아미노산으로 대체되고 예컨대 H, 또는 F, 또는 W, 또는 Y는 상이한 방향족 아미노산으로 대체된다.
다양한 실시예에서, 치환(들)은 기능적으로 보존적일 수 있다. 즉, 일부 실시양태에서 치환은 동등한 비치환 분자와 비교하여 치환을 포함하는 항원-결합 분자의 하나 이상의 기능적 특성 (예를 들어, 표적 결합)에 영향을 미치지 않을 수 있다 (또는 실질적으로 영향을 미치지 않을 수 있다).
항체의 항원-결합 영역의 VH 및 VL 영역은 함께 Fv 영역을 구성한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용에 따른 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 Fv 영역을 포함하거나, 이로 이루어진다. 다양한 실시양태에서, Fv의 VH 및 VL 영역은 링커 영역에 의해 연결된 단일 폴리펩티드, 즉 단일쇄 Fv (scFv)로서 제공될 수 있다.
항체의 항원-결합 영역의 VL 및 경쇄 불변 (CL) 영역, 및 VH 영역 및 중쇄 불변 1 (CH1) 영역은 함께 Fab 영역을 구성한다. 일부 실시양태에서 항원-결합 분자는 VH, CH1, VL 및 CL (예를 들어, Cκ 또는 Cλ)을 포함하는 Fab 영역을 포함한다. 다양한 실시양태에서, Fab 영역은 VH 및 CH1을 포함하는 폴리펩티드 (예를 들어, VH-CH1 융합 폴리펩티드), 및 VL 및 CL을 포함하는 폴리펩티드 (예를 들어, VL-CL 융합 폴리펩티드)를 포함한다. 다양한 실시양태에서, Fab 영역은 VH 및 CL을 포함하는 폴리펩티드 (예를 들어, VH-CL 융합 폴리펩티드) 및 VL 및 CH를 포함하는 폴리펩티드 (예를 들어, VL-CH1 융합 폴리펩티드)를 포함하고; 즉, 일부 실시양태에서 Fab 영역은 CrossFab 영역이다. 다양한 실시양태에서, Fab 또는 CrossFab의 VH, CH1, VL 및 CL 영역은 링커 영역에 의해 연결된 단일 폴리펩티드, 즉 단일쇄 Fab (scFab) 또는 단일쇄 CrossFab (scCrossFab)로서 제공된다.
다양한 실시양태에서, 본 개시내용의 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 Fab 영역을 포함하거나, 이로 이루어진다
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 전체 항체를 포함하거나, 이로 이루어진다. 본원에 사용된 바와 같이, "전체 항체"는 면역글로불린 (Ig)의 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖는 항체를 지칭한다.
유형 G (즉, IgG)의 면역글로불린은 2개의 중쇄와 2개의 경쇄를 포함하는 ~150 kDa 당단백질이다. N-말단에서 C-말단까지, 중쇄는 VH에 이어서 3개의 불변 도메인 (CH1, CH2 및 CH3)을 포함하는 중쇄 불변 영역을 포함하고, 유사하게 경쇄는 VL에 이어서 CL을 포함한다. 중쇄에 따라, 면역글로불린은 IgG (예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgA (예를 들어, IgA1, IgA2), IgD, IgE 또는 IgM으로 분류될 수 있다. 경쇄는 카파 (κ) 또는 람다 (λ)일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 IgG (예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgA (예를 들어, IgA1, IgA2), IgD, IgE 또는 IgM을 포함하거나, 이로 이루어진다 .
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항원-결합 분자는 면역글로불린 중쇄 불변 서열의 하나 이상의 영역 (예를 들어, CH1, CH2, CH3 등)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 면역글로불린 중쇄 불변 서열은 IgG (예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgA (예를 들어, IgA1, IgA2), IgD, IgE 또는 IgM, 예를 들어 인간 IgG (예를 들어 hIgG1, hIgG2, hIgG3, hIgG4), hIgA (예를 들어 hIgA1, hIgA2), hIgD, hIgE 또는 IgM의 중쇄 불변 서열이거나, 그로부터 유래된다. 일부에서 면역글로불린 중쇄 불변 서열은 인간 IgG1 동종이인자형(allotype) (예를 들어, G1m1, G1m2, G1m3 또는 G1m17)의 중쇄 불변 서열이거나, 그로부터 유래된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자가 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 항원-결합 분자는 SARS-CoV-2 감염되었거나 백신접종을 받은 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, 또는 SARS-CoV-2 베타, SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도가 있다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체에서 치료 또는 예방에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 치료 또는 예방에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 대상체에게 치료적 또는 예방적 유효량의 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 투여하는 것을 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법이 있다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 사르베코바이러스 감염으로 진단받은 개체이다
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체이다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 코딩하는 핵산, 또는 임의로 단리된 복수개의 핵산이 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는, 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터가 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터가 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터는, SARS-CoV-2에 감염되었거나 백신접종을 받은 개체에서 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터는, SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, 또는 SARS-CoV-2 B.1.351을 포함한 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터는, 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터가 있다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터의 용도는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체에서 치료 또는 예방에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터의 용도는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 치료 또는 예방에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 발현할 수 있는, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 상기 핵산 또는 복수개의 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터의 용도는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1,SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 대상체에게 치료적 또는 예방적 유효량의 항원-결합 분자를 투여하는 것을 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 여기서 항원-결합 분자가 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산에 의해 발현되거나, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터에서 발현되는 것인 방법이 있다
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 사르베코바이러스 감염으로 진단받은 개체이다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 또는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터를 포함하는 세포가 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 세포에 의한 항원-결합 분자의 발현에 적합한 조건 하에 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포를 배양하는 것을 포함하는, 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자를 제조하는 방법이 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포가 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 세포는 SARS-CoV-2에 감염되었거나 백신접종을 받은 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 세포는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 세포는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포의 용도가 있다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포의 용도는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포의 용도는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포의 용도는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 대상체에게 치료적 또는 예방적 유효량의 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자를 투여하는 것을 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 여기서 항원은 결합 분자는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포에서 발현되는 것인 방법이 있다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV-2 백신접종을 받은 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체이다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 핵산 또는 복수개의 핵산, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 세포, 및 약제학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 아주반트를 포함하는 조성물이 있다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물이 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물은 SARS-CoV-2에 감염되었거나 백신접종을 받은 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 본원에서 상기에 논의된 조성물은 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 상기에 논의된 바와 같은 조성물은 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물의 용도가 있다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물의 용도는 SARS-CoV-2 백신접종을 받은 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물의 용도는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 의약의 제조에서, 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물의 용도는 사르베코바이러스 감염으로 진단된 개체의 치료에서 사용하기에 적합하다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 대상체에게 치료적 또는 예방적 유효량의 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법이 있다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV-2 백신접종을 받았거나 감염된 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 SARS-CoV, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타 또는 SARS-CoV-2 델타를 포함하는 임의의 사르베코바이러스에 감염되었거나 백신접종을 받은 적이 없는 개체이다.
다양한 실시양태에서, 대상체는 사르베코바이러스 감염으로 진단받은 개체이다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV, SC2r-CoV WIV-1, SC1r-CoV RsSHC014, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타, SARS-CoV-2 델타, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GD-1 및 SC2r-CoV GX-P5L을 포함하는 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에 따르면, 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염을 억제하기 위한 본원에서 상기에 논의된 바와 같은 항원-결합 분자의 용도가 있다.
다양한 실시양태에서, 사르베코바이러스는 SARS-CoV, SC2r-CoV WIV-1, SC1r-CoV RsSHC014, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 알파, SARS-CoV-2 베타, SARS-CoV-2 델타, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GD-1 및 SC2r-CoV GX-P5L을 포함하는 군으로부터 선택된다
서열
상기에 기재된 서열번호: 31-70에서 CDR 영역을 코딩하는 핵산은 굵은 글씨로 밑줄쳐져 있다. 상기에 기재된 서열번호: 71-110에서 CDR 영역의 아미노산은 굵은 글씨로 밑줄쳐져 있다.
실시예
다음에서, 발명자들은 단지 예로서 광범위한 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자를 제시한다.
실시예 1 인간 혈청 패널
본 연구에 포함된 4개의 혈청 패널은 아래와 같이 설명되었다. (1) SARS 환자 (n = 11): 이들은 2021년 2월에 백신접종 프로그램이 시작되기 전에 상이한 시점 (2003, 2012 및 2020년)에 싱가포르에서 SARS 생존자로부터 수집된 혈청이었다; (2) COVID-19 환자 (n = 40): 이 혈청 그룹은 국가 종단 연구의 일환으로 2020년에 수집되었다 (Chia et al.: Lancet Microbe 2021). (3) 건강한 개체-COVID-19 백신 (이 경우에 화이자 mRNA 백신) (n = 20)으로 백신접종: 이들은 화이자-바이오엔테크(BioNTech) BNT162b2 mRNA 백신의 두 번째 용량 후 14일 (또는 첫 번째 용량 후 35일)에 수집된 혈청이었다. (4) SARS 생존자-COVID-19 백신 (이 경우에 화이자 mRNA 백신)으로 백신접종 (n=9): 화이자-바이오엔테크 BNT162b2 mRNA 백신의 첫 번째 백신접종 후 21-62일에 SARS 생존자로부터 채취한 혈청.
놀랍게도, SARS 생존자들이 COVID-19 백신 (이 경우에 화이자 mRNA 백신)으로 면역화되었을 때, 우리는 항-SARS-CoV NAb의 예상치 못한 높은 수준의 부스트(boost)를 발견하였다 ([표 1] 참조).
[표 1]
COVID-19 백신으로의 면역화 후 SARS-CoV Nab의 부스트 (NT50%).
SARS-CoV와 SARS-CoV-2가 대략 80%의 게놈 동일성을 공유한다는 점을 고려하면 일정 수준의 부스팅(boosting)이 가능한 것으로 간주되었긴 하지만 (Zhou et al.: Nature 2020, 579:270-273.), SARS-CoV 특이적 NAb의 배수 증가 (5-6배)는 예상되지 않았다. 중요하게는, 이 관찰은 시험된 처음 두 명의 SARS 생존자에 제한되는 것은 아니었으며, 더 많은 개체 (N=9)가 시험되었을 때 추세가 유지되었다 (아래 참조).
여섯 가지의 상이한 사르베코바이러스로부터의 RBD를 기반으로 한 멀티플렉스 대용 바이러스 중화 시험(Multiplex surrogate Virus Neutralizing Test) (sVNT)
바이러스 RBD는 고체상 (자기 비드)에 고정화되었고 형광 염료 (이 경우에는 피코에리트린 (PE))와 함께 사용되었으며, 바이러스-수용체 결합을 측정하기 위해 ACE2에 접합되었으며 ([도 2]), 이는 상이한 사르베코바이러스에 대한 NAb의 멀티플렉스 검출을 가능하게 하였다. 여섯 가지의 상이한 사르베코바이러스로부터의 총 여섯 가지 RBD 단백질 SARS-CoV; SARS-CoV-2; SARS-CoV-2 B.1.1.7; SARS-CoV-2 B1.351; SC2r-CoV GX-P5L 및 SC2r-CoV RaTG13을 사용하였다.
상이한 사르베코바이러스로부터의 여섯 가지의 AviTag-비오티닐화 RBD를 매그플렉스(MagPlex) 아비딘(Avidin) 미세구체 (루미넥스(Luminex))에 5 μg/100만개의 비드로 코팅하였다. 멀티플렉스 sVNT에서, RBD-코팅 미세구체 (600개의 비드/항원)를 800 rpm 교반하면서 37℃에서 1시간 동안 1:20의 최종 농도에서 혈청과 함께 미리 인큐베이션하였다. 1시간 인큐베이션 후, 50 μl의 PE-접합 hACE2 (젠스크립트(GenScript), 1000 ng/ml)를 웰에 첨가하고 교반하면서 37℃에서 30분 동안 인큐베이션한 후, PBS-1% BSA로 2회 세척하였다. 데이터는 MAGPIX 시스템을 사용하여 획득하였다.
교차-NAb 데이터는 두 가지 매우 중요한 특색을 나타냈다: 1) SARS 생존자의 백신접종은 연구된 모든 바이러스 ([도 3D])에 대해서, 심지어 박쥐 및 천산갑 바이러스에 대해서도, 매우 높은 NAb를 생산하였으며; 2) 그들은 정상적인 두 가지 용량을 받은 나이브() 개체보다 SARS-CoV-2 변이체를 더 잘 중화하였으며 ([도 3C]); 3) SARS 환자는 백신접종 전에 다른 5종 바이러스 중 임의의 것에 대해 최소한의 교차-NAb를 가졌으며 ([도 3A]), 한편 COVID-19 환자는 다른 바이러스에 대해 교차-NAb를 가졌으며 (이들 모두는 SARS-CoV-2와 관련됨), SARS-CoV에 대한 저항력을 그다지 갖고 있지 않았다 ([도 3B]).
mRNA 백신은 SARS-CoV-2에 대해 매우 높은 수준의 중화 항체 (Nab)를 유도하는 탁월한 능력을 갖는 것으로 입증되었다. 그러나 보고된 획기적인 감염 (Hacisuleyman et al.: N Engl J Med 2021) 및 [도 3C]에서의 데이터로부터, 일부 개체는 알파 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.1.7에 대해 더 낮은 NAb를 가졌기 때문에, NAb는 상대적으로 좁은 스펙트럼을 가지며; 및/또는 20H/501Y.V2 또는 501Y.V2 변이체로도 알려진 베타 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.351; 즉, NAb는 mRNA 백신에 사용되는 바이러스 서열에 매우 특이적이라는 것이 분명하다. 이는 COVID-19 환자 혈청에서도 동일하게 관찰되었다 ([도 3B]).
SARS-CoV와 SARS-CoV-2는 80% 게놈 동일성을 공유하고 교차-NAb가 과거에 (인간과 동물 둘 다에서) 발견되었긴 하지만, 그들의 스파이크 단백질 (S)의 RBD 영역에서 주요 면역 우세 중화 에피토프의 대부분은 매우 바이러스 또는 변이체-특이적이다. 그러나, 예기치 않게, 교차 면역화가 수행되는 경우 (감염 또는 백신접종을 통해), 교차-NAb 에피토프(들)를 더욱 면역 우세하도록 만드는 것이 가능하다.
범-사르베코바이러스 mAb 억제 검정
상기에서 개발된 멀티플렉스 sVNT를 사용하여, 연구는 교차-NAb를 SARS-CoV-2 변이체로 검사하고, 더 중요하게는, 인간 감염에 대해 잠재적으로 위험에 처해 있는 것으로 간주되는 박쥐와 천산갑에서 검출되는 다른 사르베코바이러스로 확장되었다 (Lam et al.: Nature 2020, 583:282-285.).
RBD-코팅된 미세구체 (600개 비드/항원)를 1:100 희석 혈청과 함께 37℃에서 1시간 동안 교반하면서 미리 인큐베이션하였다. 결합되지 않은 항체는 PBS-1% BSA로 2회 세척에 의해 제거되었다. 이어서 범-사르베코바이러스 mAb (1000 ng/ml)를 첨가한 후, 교반하면서 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션한 다음에 세척하였다. RBD에 대한 범-사르베코바이러스 mAb의 결합은 PE-접합 항-마우스 IgG 항체에 의해 검출되었다. 데이터는 MAGPIX 시스템을 사용하여 획득되었다.
연속 희석을 사용하여, SARS-백신접종 그룹에 의한 범-사르베코바이러스 교차-중화의 최상의 성능을 추가로 예시하였다 ([도 4]). 이는 범-사르베코바이러스 항원-결합 분자의 실현 가능성을 입증하는 최초의 실제 인간 연구/데이터이다.
이전 연구에서는, SARS 생존자가 COVID-19 백신으로 면역화되었을 때 (이 경우에 화이자 mRNA 백신), SARS-CoV와 SARS-CoV-2 사이에 제한된 교차 중화가 있음을 나타냈지만 (Yang R, et al. EBioMedicine 2020, 58:102890), 우리는 현재 연구에 사용된 여섯 가지 상이한 사르베코바이러스를 중화할 수 있는 높은 수준의 교차-NAb가 생산되었음을 발견하였다 ([도 4]). 이는 높은 효능과 폭넓은 효능을 가진 범-사르베코바이러스 NAb 생성의 실현 가능성을 입증하는 최초의 인간 연구/데이터이다.
mRNA 백신은 SARS-CoV-2에 대해 매우 높은 수준의 NAb를 유도하는 탁월한 능력을 갖는 것으로 입증되었다. 그러나 보고된 획기적인 감염 (Hacisuleyman, et al. N Engl J Med 2021.) 및 [도 4]에서의 데이터로부터, 일부 개체는 알파 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.1.7; 및/또는 20H/501Y.V2 또는 501Y.V2 변이체로도 알려진 베타 COVID-19 변이체 SARS-CoV-2 B.1.351에 대해 더 낮은 NAb를 갖고; 출현 전 박쥐 및 천산갑 바이러스에 대해서는 훨씬 더 낮은 NAb를 가지며, SARS-CoV-1에 대한 NA는 가장 낮기 때문에 NAb는 상대적으로 좁은 스펙트럼을 갖는다는 것이 분명하다.
[도 5]에 도시된 바와 같이, 이러한 교차-중화 부스팅의 가장 가능성 있는 메커니즘은 2종의 상이한 사르베코바이러스의 2종의 개별 에피토프에 대한 노출을 통한 것으로 추정된다: SARS-CoV-1과 SARS-CoV-2는 80% 게놈 동일성을 공유하고 교차-NAb가 과거에 (인간과 동물 둘 다에서) 발견되었긴 하지만, 그들의 스파이크 단백질 (S)의 RBD 영역에서 주요 면역 우세 중화 에피토프의 대부분은 매우 바이러스 또는 변이체-특이적이다. 그러나, 교차 면역화가 수행되는 경우 (감염 또는 백신접종을 통해), 교차-NAb 에피토프(들)를 더욱 면역 우세하도록 만드는 것이 가능하다.
BNT162b2 mRNA 백신을 받은 SARS-CoV-1 생존자는 SARS-CoV-2 및 인수공통 사르베코바이러스의 다중 VOC를 포함하여 클레이드 1a 및 1b의 열 가지 사르베코바이러스에 대한 광범위한 중화 항체를 생성하였다.
실시예 2. 마우스 연구
본 연구에서, 마우스 mAb 5B7D7 (젠스크립트)을 사용하였다. [도 6A]에 나타낸 바와 같이, mAb는 GX-P5L에 대한 효능이 약간 더 낮긴 하지만, 여섯 가지 바이러스를 모두 중화할 수 있다. PE-hACE2를 mAb로 대체하여 sVNT와 동일한 원리인 차단 검정을 사용하여, 우리는 네 가지 상이한 혈청 패널이 mAb의 중화 능력을 차단하는 능력을 결정하였다 ([도 6B]). 분석으로부터 몇 가지 중요한 발견이 이루어졌다. 첫째, SARS-백신접종 그룹의 교차-중화 능력이 4개 그룹 중에서 가장 우수하다는 것이 분명하다. 둘째, 자연 감염 (SARS 및 COVID-19의 경우) 동안, SC2r-CoV (및 관련 바이러스)와 SARS-CoV 사이의 두 계통에 걸쳐 교차-중화 항체의 최소한의 활성화가 있다. 셋째, mRNA 백신접종은 SCr2-CoV에 대한 전반적인 중화 능력을 부스트하였긴 하지만, 이는 SARS-CoV에 대한 교차-중화에 대해 최소한의 영향을 미쳤다.
SARS-CoV-1과 SARS-CoV-2 사이의 교차 중화는 흔하지 않긴 하지만, 이 모노클로날 항체는 RBD에 결합하여 SARS-CoV-1과 SARS-CoV-2 둘 다뿐만 아니라 다른 사르베코바이러스도 교차-중화한다.
SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2로부터의 RBD 염색에 의한 B 세포 프로파일링
유세포측정 분석을 위해, 냉동보존된 PBMC를 해동하고 BV421 (바이오레전드(biolegend), Cat#405225)과 스트렙타비딘-접합 또는 PE (비디 파르밍겐(BD Pharmigen), Cat#554061)과 스트렙타비딘-접합으로 사량체화된 비오티닐화된 SARS-CoV-1 RBD 또는 SARS-CoV-2 RBD (젠스크립트에서 맞춤 제작)로 제조된 미끼 사량체를 사용하여 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 특이적 B 세포에 대해 표면 염색하였다. 간단히 말하면, 해동된 PBMC를 SARS-CoV-1-RBD 사량체 및 SARS-CoV-2-RBD 사량체와 FACS 염색 완충제 (2 mM EDTA 및 2% FBS가 보충된 PBS) 중 10% FBS와 함께 실온에서 40분 동안 인큐베이션한 후 표면 패널 형광색소-접합 항체로 염색을 진행하였다. 표면 염색은 생존 염료(viability dye) (인비트로겐(Invitrogen), LIVE/DEAD® 픽서블 아쿠아 데드 셀 스테인(Fixable AQUA Dead Cell Stain)), FITC와 접합된 항인간 CD3 항체, FITC와 접합된 항인간 CD14 항체, FITC와 접합된 항인간 CD56 항체, PE-시아닌(Cyanine)5와 접합된 인간 CD19 항체, APC-H7과 접합된 항인간 CD27 항체 및 BV786과 접합된 항인간 CD38 항체를 사용하여 FACS 염색 완충제에서 4℃에서 30분 동안 수행하였다. 염색된 세포를 FACS 염색 완충제로 2회 세척하고 같은 날 획득하였다. 샘플은 355, 405, 488, 561, 및 640 nm 레이저가 장착된 BD LSR 포르테싸(Fortessa)TM 분석기 또는 BD FACS 아리아(Aria) III 상에서 획득하였다. SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 특이적 B 세포는 AQUA-양성 사멸 세포와 CD3+,CD14+, CD56+ 세포를 제외한 후 CD19+ B 세포에 게이팅함으로써 정량화하였다. SARS-백신접종 그룹에서 교차-NAb의 부스팅은 바이러스-특이적 RBD 단백질을 사용하여 B 세포를 직접 염색하여 추가로 확인하였다. [도 7]에 나타낸 바와 같이, 이중 염색된 B 세포, 즉, SARS-CoV-1과 SARS-CoV-2 둘 다로부터의 RBD에 결합하는 B 세포는, 건강-백신접종 그룹과 비교하여 SARS-백신접종 그룹에서 10배 초과로 유의하게 농축화되었다.
실시예 3 토끼 연구
바이러스/균주-특이적 면역우세 항체 반응은 특정 바이러스/균주를 표적으로 하는 토끼 고면역 혈청을 사용하여 추가로 확인되었다. 이 연구에 사용된 네 가지 주요 바이러스 (예를 들어, SARS-CoV, RaTG13, GX-P5L 및 SARS-CoV-2) 외에도 RmYN02 및 HKU1을 또한 포함시켰다. RmYN02는 SARS-CoV-2와 유전적 관계가 매우 밀접한 박쥐 사르베코바이러스이나, 이의 RBD는 hACE2와 결합하지 못하였다 (Wacharapluesadee et al.: Nat Commun 2021, 12:972). RmYN02는 또한 태국에서 박쥐에서 발견된, 또 다른 박쥐 사르베코바이러스인 RacCS203과 매우 밀접하게 관련되어 있다 (Wacharapluesadee et al.: Nat Commun 2021, 12:972). HKU1은 인간 베타 코로나바이러스이나, 사르베코바이러스는 아니며, 여기서 음성 대조군으로서 포함되었다.
여섯 가지 상이한 베타 코로나바이러스의 RBD를 표적으로 하는 토끼 고면역 혈청을 사용한 멀티플렉스 sVNT 분석.
토끼 항-RBD 혈청은 각각의 바이러스의 RBD를 항원으로서 사용하여 젠스크립트 바이오테크(GenScript Biotech)와의 상업적 계약에 의해 생산되었다. 테스트는 상기에 기재한 것들과 본질적으로 동일하게 수행되었다. 토끼 혈청은 1:20부터 시작하여 4배 연속 희석하여 사용하였다.
[도 8]에 제시된 데이터는 교차-중화가 5개의 사르베코바이러스 SC2r-CoV 중에서 균주/계통 수준으로만 제한된다는 것을 나타낸다. SC2r-CoV와 SARS-CoV 사이에는 어떤 교차-중화도 없으며 음성 대조군 HKU1은 표시된 바와 같이 어떤 바이러스/균주도 중화하지 않았다. RmYN02가 hACE2와 결합하지 않는 것으로 나타나긴 했지만 (Wacharapluesadee et al.: Nat Commun 2021, 12:972), 여전히 박쥐 사르베코바이러스 RaTG13에 대한 중화 항체를 생산할 수 있다는 점은 주목할 가치가 있다.
SARS-백신접종 공여자로부터 상기에 기재한 다양한 실시양태를 기반으로 하여, 인간 범-사르베코바이러스 NAb는 다음과 같이 형성된다:
SARS1-SARS2 이중 양성 B 세포 분류: [도 9]에 나타낸 바와 같이, SRARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2로부터의 RBD를 사용하여, 두 RBD (도면에서 유형 C)를 모두 인식할 수 있는 항체를 생산하는 B 세포를 선택하고 상이한 사르베코바이러스에 대한 중화 여부를 시험한다.
소규모 모노클로날 항체 생산을 위한 B 세포 클로닝 및 배양: B 세포 수용체를 검출하기 위해 두 가지 방법이 사용된다. 첫째, 단일 B 세포는 초기 스크리닝을 위해 mAb가 상청액으로 지속적으로 분비되도록 하는 3T3 피더 시스템에서 성장시킨 후에, 최상의 클론의 B 세포 수용체를 클로닝한다. 둘째, 분류된 B는 세포로 직접 용해되고 B 세포 수용체 서열은 RNA로부터 검출된 후 그 서열을 mAb 발현 플라스미드로 서브클로닝된다.
범-사르베코바이러스 중화 활성 테스트: 개별 mAb를 함유하는 상청액을 사용하여 본원에서 상기에 기재한 멀티플렉스 sVNT 플랫폼을 사용하여 교차-NAb 활성을 시험한다.
대규모 생산 및 추가 특성화: 에피토프 매핑을 위한 구조 분석, 생 바이러스에 대한 중화 활성 결정 및 동물 시험감염 모델에서 생체내 보호 점검과 같은 추가 특성화를 위해 상위 후보가 선택된다.
실시예 4. BNT162b2-백신접종된 SARS1 생존자 공여자로부터 광범위하게 사르베코바이러스-중화 mAb의 단리.
SARS-CoV-1 생존자 SS6V로부터 혈액을 수득하였으며, SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2에 대한 공여자 혈청의 중화 능력은 대용 바이러스 중화 시험을 사용하여 BNT162b2 백신접종 전후에 확인되었다. 첫 번째 백신접종 후 23일차로부터의 PBMC와 혈장을 EDTA 전혈로부터 분리하고 장기 보관을 위해 냉동보관하였다. PBMC를 해동하고, 먼저 SARS-CoV-1 RBD 및 SARS-CoV-2 RBD 사량체에 대해 염색한 다음에, LIVE/DEAD 픽서블 아쿠아 데스 셀 균주 (인비트로겐)로 표면 염색하고, 항인간 CD3-FITC, 항인간 CD14-FITC, 항인간 CD56-FITC, 항인간 CD19-PE-Cy5, 항인간 CD27-APC-H7, 항인간 CD38-BV786을, 355-nm, 405-nm, 488-nm, 561-nm 및 640 nm-레이저가 장착된 BD FACS아리아 III (비디 바이오사이언시즈(BD Biosciences))을 사용하여 10 mM TRIS pH 8.0 및 10 U의 RNasin 리보뉴클레아제 억제제 (프로메가(Promega))를 함유하는 RT-PCR 캐치(catch) 완충제 10 μl/웰로 미리 충전된 96웰 PCR 플레이트 (악시겐(Axygen))에 단일 세포 분류하였다. 이어서, 플레이트를 드라이 아이스에서 급속 냉동하고 사용할 때까지 -80℃에서 보관하였다.
다음으로, 분류된 B 세포의 각각의 플레이트 상에서 퀴아젠 원스톱(Qiagen OneStep) RT-PCR 키트를 사용하여 역전사를 수행하였다. Q5 폴리머라제 (NEB)를 사용하여 중첩된(nested) PCR을 행하고 상응하는 중쇄 및 경쇄를 함유하는 웰을 서열분석을 위해 정제하였다. 서열을 분석한 후, 이어서 특정 프라이머를 사용하여 개별 유전자 패밀리를 증폭시켰고 PCR 생성물을 pTRIOZ 발현 벡터 (인비보젠(Invivogen))에 클로닝하였다.
pTRIOZ 작제물(construct)을 퓨진(Fugene) 6(프로메가)을 사용하여 HEK293 세포에 형질감염시키고 상청액을 수확하여 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 RBD 결합 ELISA 및 대용 바이러스 중화 시험 (sVNT)을 사용하여 소규모 효능 스크리닝을 점검하였다. 결합 ELISA 검정을 위해, 100 ng의 단백질을 맥시소르프(Maxisorp) 플레이트 (넝크(Nunc)) 상에 4℃에서 밤새 코팅하였다. OptEIA 차단 완충제 (BD)로 차단한 후, 각각의 상청액 50 μl를 웰당 순수 첨가하고 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서 OptEIA에 희석된 1:5000의 염소 항인간 IgG-HRP (베틸(Bethyl))를 첨가하였으며 이는 시테이션(Cytation) 5 판독기 (바이오텍(BioTek))를 사용한 정량화를 위해 TMB 기질을 비색 판독값으로 변환할 것이다. sVNT의 경우, 시판되는 SARS-CoV-2를 위한 키트 (cPass; 젠스크립트)를 사용하였으며 제조업체의 프로토콜을 따랐다. 동일한 키트를 사용하여 SARS-CoV-2 RBD-HRP 시약을 SARS-CoV-1 RBD-HRP (젠스크립트)의 6 ng/웰로 대체하여 SARS-CoV-1에 대한 중화 항체의 양을 측정하였다. 이어서, 초기 결합 및 중화 스크리닝으로부터 최상의 mAb (SS6V1-B5, SS6V11-E7, SS6V12-E11, SS6V13-F1, SS6V19-F4 및 SS6V20-F5) 및 대조군 mAb (S309, CR3022, S2X259 및 LyCoV-1404)를 대규모 발현을 위해 EXPI293 세포에 형질감염시켜 배치(batch) 생산하고 하류 특성화를 위해 프로테인(Protein) G 아가로스 비드 (밀리포어(Millipore))를 사용하여 정제하였다.
결과는 [표 2]에 요약되어 있다
[표 2]
sVNT에 의해 측정한 본 연구에 모집된 공여자의 백신접종 전후 중화 항체 수준
BNT162b2 백신의 첫 번째 용량 후 23일차에 말초 혈액 단핵구 (PBMC)를 B 세포 농축화 및 단리를 위해 채취하였다. SARS-CoV-1 (SC1+) 및 SARS-CoV-2 (SC2+) RBD 사량체에 대한 결합에 양성인 CD19+ B 세포 [도 11]를 분류하고 이의 항체 유전자를 증폭 및 클로닝하였다. 총, 19개의 쌍형성된 무거운 및 가벼운 카파 단편이 단일 B 세포로부터 회수되었고, pTRIOZ 발현 벡터로 재작제되었으며, 모노클로날 항체 (mAb)가 시험관내에서 발현되었다. 대부분 (19개 중 17개)은 이중-양성 (SC1+SC2+) B 세포로부터의 것이었으며, 한편 SC2+로부터 2개, SC1+ 단일-양성 B 세포로부터는 어떤 것도 회수되지 않았다.
대조 및 비교 연구를 위해, 본 연구에서 네 가지의 공개된 폭넓은 효능을 지닌 mAb인 S309 (소트로비맙(Sotrovimab), GSK), CR3022, S2X259 (비르비오텍(VirBiotech)) 및 LyCoV-1404 (일라이 릴리(Eli Lily))를 또한 포함시켰다. SC2+ 단일 양성 B 세포로부터 클로닝된 두 가지 mAb는 SARS-CoV-1 RBD에 대해 최소한의 반응성을 나타냈다 [표 3]. SC1+SC2+ B 세포로부터 회수된 17 가지의 mAb는 SARS-CoV-1 및 SARS-CoV-2 RBD 둘 다에 대한 결합을 나타냈으나, 이의 중화 능력은 상이한 mAb에 걸쳐 달랐다. 가장 강력한 중화제 중 여섯 가지 (SS6V1-B5, SS6V11-E7, SS6V12-E11, SS6V13-F1, SS6V19-F4 및 SS6V20-F5)가 대규모 생산 및 추가 특성화를 위해 선택되었다. 이들은 상기에 항체 1, 11-13, 19 및 20으로 열거되어 있다. 가장 강력한 mAb (SS6V11-E7, SS6V13-F1 및 SS6V20-F5)는 현재까지 보고되지 않은 특유의 중쇄 및 경쇄 유전자 패밀리 조합을 활용한다. 이들은 상기에 항체 11, 13 및 20으로 열거되어 있다. 세 가지 mAb 모두 IGHV4-59 중쇄와 IGKV2-28/IGKJ5 경쇄를 사용하는데, 이는 B 세포가 동일한 클로날 패밀리로부터 기원했을 가능성이 가장 높으며 중쇄와 경쇄의 약간의 변형이 과다체세포 돌연변이(hypersomatic mutation)를 통해 발생했음을 시사한다.
[표 3]
본 연구에서 수득한 mAb의 결합 및 중화 활성 (H = 무거운 유전자 패밀리, K = 카파 가벼운 유전자 패밀리, L = 람다 가벼운 유전자 패밀리)
실시예 5 범-사르베코바이러스 mAb의 효능, 폭 및 변이체 탈출성(escapability)
18-플렉스 sVNT를 SARS-CoV-2 조상 바이러스 및 이의 변이체 (알파, 베타, 델타, 델타 플러스, 감마, 람다, 뮤); 인수공통 사르베코바이러스 BANAL-52, BANAL-236, GD-1, RaTG13, GX-P5L, Rs2018B, LYRa11, RsSHC014, WIV-1; 및 SARS-CoV-1로부터 유래된 RBD를 기반으로 하여 수행하였다. 예비 스크린에서 확인된 상위 여섯 가지의 mAb와 세 가지의 대조군 mAb에 대한 데이터를 [도 12]에 나타냈다. SS6V11-E7, SS6V13-F1 및 SS6V20-F5 mAb는 10.44-120.30 ng/ml (0.070-0.802 nM)의 범위의 중화 역가 50% (NT50)로 18 가지의 사르베코바이러스를 모두 중화하는 초강력 능력을 나타냈다. 이들은 상기에 항체 11, 13 및 20으로서 열거되어 있다. 나머지 세 가지의 mAb SS6V1-B5, SS6V12-E11 및 SS6V19-F4도 폭넓은 효능을 지닌 중화 활성을 나타냈으나, 이들은 시험된 일부 바이러스, 즉 람다에 대한 SS6V12-E11, 람다에 대한 SS6V19-F4, GX-P5L 및 RsSHC014에 대해서는 덜 활성/불활성이었다. 이들은 상기에 항체 1, 12 및 19로서 열거되어 있다. 이의 NT50은 일부 클라데-1b 사르베코바이러스의 경우 1,000 ng/ml (6.67 nM) 범위 초과일 수 있고 클라데-1a 사르베코바이러스의 경우 200 ng/ml (1.33 nM) 범위 초과일 수 있다. 네 가지 대조군 mAb의 경우, 일부 면역 탈출, 즉, 람다 및 WIV-1에 의한 S309, 일부 클라데-1b 인수공통 사르베코바이러스 (RaTG13 및 GX-P5L)에 의한 LyCoV-1404, 및 모든 클라데-1a 사르베코바이러스 (WIV) -1, RsSHC014, Rs2018B 및 SARS-CoV-1) [도 13]가 또한 관찰되었다. 따라서, LyCoV-1404는 다수의 변이체에 대해 강력한 활성, 즉 변이체-방지(variant-proof) 효과를 유지하긴 하지만, 이는 범-사르베코바이러스 mAb는 아니라는 결론을 내렸다. 주요 목표는 범-사르베코바이러스를 광범위하게 중화하는 mAb를 개발하는 것이므로, LyCoV-1404는 나머지 검정에서 비교 대상으로서 포함되지 않았다. S2X259는 시험된 18 가지 균주 모두에서 범-사르베코바이러스를 중화하는 활성을 유지한 유일한 시험된 대조군 mAb이며, NT50 범위는 47.39-370.50 ng/ml (0.316 - 2.47 nM)의 사이이다.
실시예 6 범-사르베코바이러스를 중화하는 mAb의 기능성
다수의 검정으로부터 상기에 제시된 데이터를 사용하여, SS6V11-E7, SS6V13-F1 및 SS6V20-F5를 세 가지 대조군 mAb S309, CR3022 및 S2X257과 함께 추가 특성화를 위해 선택하였으며, 모두 직접 구매 또는 계약 생산으로 상업적 공급업체로부터 공급받았다.
상이한 사르베코바이러스를 중화하는 능력에 있어서 이들 mAb의 기능성은 SARS-CoV-2 조상 및 네 가지 VOC (알파, 델타, 베타 및 감마), 두 가지 인수공통 사르베코바이러스 (GX-P5L 및 WIV-1), 및 SARS-CoV-1에 대해 추가로 평가하였다. 모든 세 가지 시험 mAb는 모든 여덟 가지 슈도바이러스에 대해 매우 강력한 중화 활성을 유지했으며, 상대적 절반 최대 중화 역가 (NT50)는 10 ng/ml (0.067 nM) 미만인 것으로 관찰되었다 (도 14). S309는 SARS-CoV-2 VOC 및 발병 전 사르베코바이러스에 대해 100-1000 ng/ml (0.667 - 6.67 nM)의 NT50을 가진다. 일반적으로, S2X259는 S309보다 성능이 양호하다. 그러나, 이는 현재 연구에서 확인된 세 가지의 mAb와 비교하여 효능이 ~10배 낮았다. CR3022는 일부 클라데-1a 사르베코바이러스 (WIV-1 및 SARS-CoV-1)만 중화할 수 있었고, 클라데-1b 사르베코바이러스 중 어떤 것도 중화할 수 없었다.
실시예 7 상이한 하위계통의 오미크론 바이러스를 중화하는 능력
현재 연구의 마지막 단계 동안, 새로운 하위계통인 오미크론 BA.2가 출현하여 원래 오미크론 BA.1 바이러스와 동등하게 우세한 바이러스가 되고 있다. 이들 두 가지 바이러스 변이체에 대해 새로 확인된 mAb의 중화 능력을 결정하기 위해, 멀티플렉스 sVNT, 슈도바이러스 중화 시험 (pVNT) 및 플라크 감소 중화 시험 (PRNT)의 세 가지 상이한 플랫폼을 사용하여 테스트를 수행하였다.
새로 개발된 멀티플렉스-sVNT 검정을 사용하여 혈청 샘플을 시험하였다. 간단히 말하면, 조상 SARS-CoV-2 및 SARS-CoV-1로부터의 AviTag-비오티닐화 RBD 단백질, 아홉 가지의 VOC/VOI (알파, 델타, 베타, 감마, 델타 플러스, 람다, 뮤, 오미크론 BA.1, 오미크론 BA.2) 및 열 가지의 인수공통 사르베코바이러스 (BANAL-52, BANAL-236, GD-1, RaTG13, GX-P5L, Rs2018B, LYRa11, RsSHC014 및 WIV-1)를, 매그플렉스 아비딘 미세구체 (루미넥스)에 5 μg/1백만개 비드로 코팅하였다. RBD-코팅된 미세구체 (600개의 비드/항원)를 250 rpm으로 교반하면서 37℃에서 15분 동안 4배 연속 희석된 10,000 ng/ml의 시작 농도에서 mAb와 함께 미리 인큐베이션하였다. 15분 인큐베이션 후, 50 μL의 2 μg/mL 피코에리트린 (PE)-접합 hACE2 (젠스크립트)를 웰에 첨가하고 교반하면서 37℃에서 15분 동안 인큐베이션한 후, PBS-1% BSA로 2회 세척을 수행하였다. 최종 판독값은 MAGPIX 시스템 (루미넥스 코포레이션(Luminex Corporation))을 사용하여 획득되었다. [도 15]에 나타낸 데이터는 SS6V11-E7 및 SS6V20-F5가 BA.1 및 BA.2 오미크론 둘 다에서 강력한 활성을 유지했으며 여기서 멀티플렉스 sVNT에서 평균 NT50 범위가 177-315 ng/ml (1.18 - 2.10 nM) 사이임을 나타낸다.
SARS-CoV-2 우한-후-1 (조상), 알파, 델타, 베타, 감마, 오미크론 BA.1, 오미크론 BA.2, GX-P5L, WIV-1 및 SARS-CoV-1 전장 스파이크 위형 바이러스가 생산되어 포장되었다. 간단히 말하면, 퓨진6 (프로메가)을 사용하여 5백만 개의 HEK293T 세포를 20 μg의 pCAGGS 스파이크 플라스미드로 형질감염시켰다. 형질감염 후 24시간에, 세포를 VSVΔG luc 씨드 바이러스 (MOI 5)와 함께 2시간 동안 인큐베이션하였다. PBS로 2회 세척 후, 감염된 세포에 1:5000 희석된 항-VSV-G mAb (클론 8GF11, 케라패스트(Kerafast))가 보충된 완전 성장 배지를 보충하였다. 감염 후 24시간에, 슈도바이러스를 2,000 × g에서 5분 동안 원심분리하여 수확하였다. pVNT 검정을 위해, 3 × 106 RLU의 슈도바이러스를 20 ug/ml의 시작 농도에서 4배 연속 희석된 mAb와 함께 미리 인큐베이션하여 최종 부피 50 μl로 37℃에서 1시간 동안 감염시킨 후, ACE2-안정적-발현 A549 세포를 감염시켰다. 감염 후 20-24시간에, 동일한 부피의 ONE-Glo 루시퍼라제 기질 (프로메가)을 첨가하고 Gen5 소프트웨어 버전 3.10을 가진 시테이션 5 마이크로플레이트 판독기 (바이오텍)를 사용하여 발광 신호를 측정하였다.
mAb는 2% FBS를 함유하는 DMEM을 사용하여 20 ug/ml의 시작 농도에서 4배 연속 희석하였다. 이어서, SARS-CoV-2 바이러스 (조상 또는 오미크론 BA.1 및 BA.2 균주)를 500 PFU/ml로 희석하고 희석된 mAb와 혼합하고 mAb와 바이러스가 결합할 수 있도록 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 1시간 후, mAb-바이러스 혼합물을 A549-ACE2 단층에 첨가하고 37℃에서 추가로 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서 접종원을 오염제거하였다. 세포에 플라크 배지 (2% FBS, 0.8% 아비셀 및 0.2% 카르복실메틸셀룰로스가 보충된 DMEM)를 보충하고 37℃에서 3일 동안 인큐베이션하였다. 플라크를 고정하고 각각 10% 완충 포르말린과 0.2% 크리스탈 바이올렛으로 염색하였다.
실제 바이러스 중화 시험에서 상기에 항체 11로 열거된 SS6V11-E7만이 pVNT 또는 PRNT 검정 각각을 사용하여 1400 ng/ml (9.3 nM) 또는 500 ng/ml (3.33 nM)의 NT50에서 BA.2를 중화하는 능력을 계속해서 나타냈다 [도 15B 및 15C] 참조. 생화학적 멀티플렉스-sVNT 검정과 비교하여 생 바이러스 검정 (pVNT 및 PRNT)에 의해 측정한 BA.2 변이체에 대한 중화 효능의 ~2-4배 불일치는 생 바이러스 검정에서 두드러졌던, 전체 BA.2 스파이크에 존재하는 돌연변이에 의해 도움을 받는 추가적인 항체 탈출 효과가 있을 수 있음을 시사하였다. 그럼에도 불구하고, 우리는 SS6V11-E7만이 오미크론 BA.2에 대해 중화 능력을 유지하였으며, 한편 세 가지의 대조군 mAb를 포함하여 시험된 다른 모든 mAb는 효능을 완전히 상실한 것을 관찰하였다.
대안이나 대체물이 아닌, 상기에 기재된 특색의 변형 및 조합이 조합되어, 본 발명의 의도된 범위 내에 속하는 또 다른 실시양태를 형성할 수 있다는 것이 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 추가로 인식되어야 한다.
관련 기술분야의 통상의 기술자가 이해하는 바와 같이, 각각의 실시양태는 다른 실시양태 또는 몇몇 실시양태와 조합하여 사용될 수 있다.
Claims (24)
- 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스(sarbecovirus)로부터의 사르베코바이러스 스파이크(spike) 단백질에 결합하는 항원-결합 분자(antigen-binding molecule)로서, 다음을 포함하는 항원-결합 분자:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
서열번호: 1 또는 서열번호: 111과 적어도 85%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1
서열번호: 2 또는 서열번호: 112와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR2
서열번호: 3 또는 서열번호: 113과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3; 및
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
서열번호: 4 또는 서열번호: 114와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1
서열번호: 5 또는 서열번호: 115와 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2
서열번호: 6 또는 서열번호: 116과 적어도 85%의 서열 동일성을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3. - 2종 이상의 상이한 사르베코바이러스로부터의 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자로서, 다음을 포함하는 항원-결합 분자:
(i) 하기의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 (VH) 영역:
화학식 I: X1-X2-X3-Φ-X4-Xn1-X5-X6을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR1:
여기서, X1은 G 및 E 중 하나로부터 선택되고;
X2는 F, Y, N, G, D, 및 V 중 하나로부터 선택되고;
X3은 P, T, S, I 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Φ는 F, V, L, 또는 I 중 하나로부터 선택되고;
X4는 S, T, R, N, G, L, 및 I 중 하나로부터 선택되고;
Xn1은 S, SN, N, M, H, T, G, P, G 및 D 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y, S, N, I 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 Y, G, W, E, A, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
아미노산 화학식 II: X7-X8-X9-Xn2-π-Xn3-X10를 갖는 HC-CDR2:
여기서, X7은 I 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X8은 Y, S, N, G, A 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X9는 S, F, P, N, H, I, Y, G, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
Xn2는 G, YN, DD, T, NG, DG, S, SS, D, ST, 및 NT 중 하나로부터 선택되고;
π는 G, S, P, A 및 E 중 하나로부터 선택되고;
Xn3은 S, I, D, G, F, N, RT, L, 및 RN 중 하나로부터 선택되고;
X10은 T, R, M, K, S, 및 P 중 하나로부터 선택되고;
화학식 III: Ψ-ζ1-Xn4-X11-Xn5-X12-X13-X14-ζ2-X15을 갖는 아미노산을 갖는 HC-CDR3;
여기서, Ψ는 A 및 V 중 하나로부터 선택되고,
ζ1은 R, T, K 및 L-N 중 하나로부터 선택되고
Xn4는 E, HLGGG, GGG, LDIII, DSI, GEAG, RVAIF, LQNG, VTYTS, ADIV, DSLA, DSL, AISQQ, DYYDN, DPL, EGIQG, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고;
X11은 L, S, Y, T, A, N, V, 및 W 중 하나로부터 선택되고;
Xn5는 R, S, LET, P, SAT, MATIWV, DGY, SY, PLPF, GS, VV, SVT, FDS, GYYY, EGAAS, V, 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고;
X12는 H, W, G, P, T, S, N, 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X13은 Y, P, A, L, S, F, I, V, 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X14는 F, I, N, Y, L, 및 M 중 하나로부터 선택되고;
ζ2는 D, E, G, 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X15는 Y, S, L, N, H, C, V, 및 F 중 하나로부터 선택되고;
(ii) 하기의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역:
화학식 IV: X16-X17-X18-Xn6-ζ3-X19를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR1:
여기서, X16 은 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X17은 G, S, T, N, I, 및 A 중 하나로부터 선택되고;
X18은 V, I, T, F 및 L 중 하나로부터 선택되고;
Xn6은 S, G, N, V, R, LYSSNNK, LYRSNNK, LQNNGY, VQSNGY, VHSDGN, MQLNGY 및 SS 중 하나로부터 선택되고;
ζ3은 S, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X19는 W, Y, S 및 N 중 하나로부터 선택되고;
화학식 V: X20-X21-S를 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR2:
여기서, X20은 A, W, K, T, G, L, 및 D 중 하나로부터 선택되고;
X21은 A, S, G, I, 및 T 중 하나로부터 선택되고
화학식 VI: X22-ζ4-X23-Xn7-ζ5-X24-X25-Xn8-ζ6을 갖는 아미노산을 갖는 LC-CDR3:
여기서, X22는 Q, H, 및 M 중 하나로부터 선택되고;
ζ4는 Q 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X23은 Y, S, G, A, L, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
Xn7은 F, Y, N, S, L, G, T, YR, 및 YI 중 하나로부터 선택되고 ;
ζ5는 S, T, N, Q, 및 D 중 하나로부터 선택되고 ;
X24는 S, Y, T, D, H, F, P, W, 및 I 중 하나로부터 선택되고 ;
X25는 P, I, 및 R 중 하나로부터 선택되고;
Xn8은 F, W, K, G, Y, R, P, L, PY, EY, ED, GY, QY, 및 QI 중 하나로부터 선택되고;
ζ6은 T 및 S 중 하나로부터 선택된다. - 제2항에 있어서,
Φ는 F, L, 또는 I 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y, S, I 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 Y, W, E, A, N, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X8은 I이고;
Xn2는 DD, T, NG, DG, S, SS, D, ST, 및 NT 중 하나로부터 선택되고;
ζ1은 R, T, 및 K 중 하나로부터 선택되고;
Xn4는 HLGGG, GGG, LDIII, DSI, GEAG, LQNG, VTYTS, ADIV, DSLA, DSL, AISQQ, DYYDN, DPL, EGIQG, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고 ;
X11은 S, Y, T, A, V, 및 W 중 하나로부터 선택되고 ;
Xn5는 S, LET, P, SAT, MATIWV, SY, PLPF, GS, VV, SVT, FDS, GYYY, EGAAS, V, 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고;
X12는 W, G, P, T, S, N, 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
Xn6은 S, G, N, V, R, LYRSNNK, LQNNGY, VQSNGY, VHSDGN, MQLNGY 및 SS 중 하나로부터 선택되고;
X23은 Y, S, G, A, 및 T 중 하나로부터 선택되고;
Xn8은 F, W, K, G, Y, R, P, L, EY, ED, GY, QY, 및 QI 중 하나로부터 선택된 것인, 항원-결합 분자. - 제2항 또는 제3항에 있어서,
X1은 G이고;
X2는 G, F, Y 및 V 중 하나로부터 선택되고 ;
X3은 S, I, T 및 F 중 하나로부터 선택되고 ;
Φ는 F, L 및 I 중 하나로부터 선택되고 ;
X4는 R, S, G, L, T 및 I 중 하나로부터 선택되고 ;
Xn1은 P, N, T, D 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 E, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X7은 I이고;
X8은 G, S, N 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X9는 I, N, S, T 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Xn2는 T, S, SS 및 NT 중 하나로부터 선택되고;
π는 G, E, S 및 A 중 하나로부터 선택되고;
Xn3은 G, S, F, I 및 N 중 하나로부터 선택되고;
X10은 T, M 및 P 중 하나로부터 선택되고;
Ψ는 A이고;
ζ1은 R이고;
Xn4는 VTYTS, GGG; DYYDN, 및 DGG 중 하나로부터 선택되고;
X11은 S, Y 및 W 중 하나로부터 선택되고;
Xn5는 PLPF,LET, GYYY 및 QLPY 중 하나로부터 선택되고;
X12는 W, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X13은 F, P, G, 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X14는 F, M 및 L 중 하나로부터 선택되고;
ζ2는 D 및 E 중 하나로부터 선택되고;
X15는 Y, L, V, F 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X16은 Q 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
X17은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X18은 I, F 및 L 중 하나로부터 선택되고;
Xn6은 G, LQNNGY, R, VQSNGY, S 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고;
ζ3은 N, S 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X19는 Y 또는 S 중 하나로부터 선택되고;
X20은 A, L 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X21은 A, S, T 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X22는 Q, M 및 L 중 하나로부터 선택되고;
ζ4는 Q이고;
X23은 T, S, Y 및 G 중 하나로부터 선택되고;
Xn7은 YR, L, 및 Y 중 하나로부터 선택되고;
ζ5는 T, Q, 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X24는 P, I, W 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X25는 P이고;
Xn8은 ED, G, QI 및 L 중 하나로부터 선택되고;
ζ6은 S 및 T 중 하나로부터 선택된 것인, 항원-결합 분자. - 제2항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
X1은 G이고;
X2는 G 및 V 중 하나로부터 선택되고;
X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Φ는 I이고;
X4는 G, L 및 I 중 하나로부터 선택되고;
Xn1은 P 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y, S 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 Y이고;
X7은 I이고;
X8은 Y이고;
X9는 I 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Xn2는 S이고;
π는 GG, E 및 A 중 하나로부터 선택되고;
Xn3은 S 및 N 중 하나로부터 선택되고;
X10은 T이고;
Ψ는 A이고;
ζ1은 R이고;
Xn4는 GGG이고;
X11은 Y이고;
Xn5는 LET이고;
X12는 G이고;
X13은 P이고;
X14는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고;
ζ2는 D, 및 E 중 하나로부터 선택되고;
X15는 Y, F 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X16은 Q이고;
X17은 G 및 S 중 하나로부터 선택되고;
X18은 L이고;
Xn6은 LQNNGY, VQSNGY 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고;
ζ3은 N이고;
X19는 Y이고;
X20은 L이고;
X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X22는 M이고;
ζ4는 Q이고;
X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고;
Xn7은 L이고;
ζ5는 Q이고;
X24는 I 및 T 중 하나로부터 선택되고;
X25는 P이고;
Xn8은 G이고;
ζ6은 T인, 항원-결합 분자. - 제2항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
X1은 G이고;
X2는 G이고;
X3은 S, 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Φ는 I이고;
X4는 G, 및 I 중 하나로부터 선택되고;
Xn1은 P 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X5는 Y 및 H 중 하나로부터 선택되고;
X6은 Y이고;
X7은 I이고;
X8은 Y이고;
X9는 I 및 F 중 하나로부터 선택되고;
Xn2는 S이고;
π는 G 및 A 중 하나로부터 선택되고;
Xn3은 S 및 N 중 하나로부터 선택되고;
X10은 T이고;
Ψ는 A이고;
ζ1은 R이고;
Xn4는 GGG이고;
X17은 Y이고;
Xn5는 LET이고;
X12는 G이고;
X13은 P이고;
X14는 F 및 L 중 하나로부터 선택되고;
ζ2는 D, 및 E 중 하나로부터 선택되고;
X15는 Y 및 F 중 하나로부터 선택되고;
X16은 Q이고;
X17은 S이고;
X18은 L이고;
Xn6은 LQNNGY, 및 MQLNGY 중 하나로부터 선택되고;
ζ3은 N이고;
X19는 Y이고;
X20은 L이고;
X21은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고;
X22는 M이고;
ζ4는 Q이고;
X23은 S 및 G 중 하나로부터 선택되고;
Xn7은 L이고;
ζ5는 Q이고;
X24는 I이고;
X25는 P이고;
Xn8은 G이고;
ζ6 은 T인, 항원-결합 분자. - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상이한 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 2종의 항원-결합 분자를 포함하는, 항원-결합 분자.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 사르베르코바이러스 스파이크 단백질의 수용체 결합 도메인 (RBD)에 결합하는, 항원-결합 분자.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 사르베코바이러스 스파이크 단백질과 안지오텐시노겐 전환 효소 2 (ACE2) 사이의 상호작용을 억제하는, 항원-결합 분자.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염을 억제하는, 항원-결합 분자.
- 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 사르베코바이러스가 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택되는 것인, 항원-결합 분자.
- 제1항에 있어서, 다음을 포함하는, 항원-결합 분자:
서열번호: 1, 2, 및 3의 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 영역; 및
서열번호: 4, 5, 및 6의 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 영역. - 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자를 코딩하는, 핵산, 또는 임의로 단리된 복수개의 핵산.
- 제13항에 따른 핵산, 또는 복수개의 핵산을 포함하는, 발현 벡터, 또는 복수개의 발현 벡터.
- 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 분자를 발현할 수 있는 세포를, 상기 세포에 의한 항원-결합 분자의 발현에 적합한 조건 하에 배양하는 것을 포함하는, 사르베코바이러스 스파이크 단백질에 결합하는 항원-결합 분자를 생산하기 위한 방법.
- 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자, 제13항에 따른 핵산 또는 복수개의 핵산, 제14항에 따른 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 및 약제학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제(excipient) 또는 아주반트(adjuvant)를 포함하는 조성물.
- 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한, 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자, 제13항에 따른 핵산 또는 복수개의 핵산, 제14항에 따른 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터.
- 사르베코바이러스가 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택되는 것인, 제17항에 따른 용도를 위한, 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자, 제13항에 따른 핵산 또는 복수개의 핵산, 제14항에 따른 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 제16항에 따른 조성물.
- 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환의 치료 또는 예방에서 사용하기 위한 의약(medicament)의 제조에서의, 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자, 제13항에 따른 핵산 또는 복수개의 핵산, 제14항에 따른 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 제16항에 따른 조성물의 용도
- 제19항에 있어서, 사르베코바이러스가 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택되는 것인, 용도.
- 대상체(subject)에게 치료적 또는 예방적 유효량의 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자, 제13항에 따른 핵산 또는 복수개의 핵산, 제14항에 따른 발현 벡터 또는 복수개의 발현 벡터, 또는 제16항에 따른 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 사르베코바이러스 감염에 의해 유발된 질환을 치료 또는 예방하는 방법.
- 제21항에 있어서, 사르베코바이러스가 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
- 사르베코바이러스에 의한 ACE2-발현 세포의 감염을 억제하기 위한, 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 따른 항원-결합 분자의 용도
- 제23항에 있어서, 사르베코바이러스가 SARS-CoV-2, SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 B.1.1.7, SARS-CoV-2 B.1.351, SARS-CoV-2 B.1.617.2, SARS-CoV-2 C37, SARS-CoV-2 B.1.621, SARS-CoV-2 P.1, SARS-CoV-2 BA.1, SARS-CoV-2 BA.2, SC2r-CoV BANAL-52, SC2r-CoV BANAL-236, SC2r-CoV GD-1, SC2r-CoV RaTG13, SC2r-CoV GX-P5L, SC1r-CoV Rs2018B, SC1r-CoV RsSHC014, SC1r-CoV LYRa11, SC1r-CoV WIV-1, 및 SARS-CoV를 포함하는 군으로부터 선택되는 것인, 용도.
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