KR20230150295A - 키나제 억제제를 이용한 암의 치료 방법 - Google Patents

키나제 억제제를 이용한 암의 치료 방법 Download PDF

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재클린 피. 로비쇼
존 브이. 헤이마치
사이먼 히케
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더 보드 오브 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 텍사스 시스템
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Abstract

본 개시내용의 측면은 암을 갖는 대상자를 치료하는 방법을 지시한다. 특정 측면은 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 특정 분류의 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 키나제 억제제를 투여하여 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 것에 관한 것이다. 추가 측면은 대상자로부터 종양 DNA에서 특정 분류의 EGFR 돌연변이를 검출하고 키나제 억제제의 유효량을 대상자에게 투여하여 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 또한 EGFR 돌연변이 분류를 기준으로 하여 대상자를 계층화하고 예측하는 방법을 개시한다.

Description

키나제 억제제로 암을 치료하는 방법
본 출원은, 이의 전문이 본원에 참조로서 포함되는 2021년 1월 29일에 출원된 미국 가출원 번호 63/143,710, 및 2021년 9월 14일에 출원된 미국 가출원 번호 63/244,169에 대한 이권을 주장한다.
배경
본 발명은 미국 국립보건원이 수여한 R01CA247975하에 정부 지원을 받아 수행되었다. 정부는 본 발명에 대해 특정 권리를 갖는다.
I. 본 개시내용의 분야
본 개시내용의 측면은, 일반적으로, 적어도 암 생물학, 분자 생물학, 및 의학 분야에 관한 것이다.
II. 배경
표피 성장 인자 수용체 (EGFR) 돌연변이는 비-소세포 폐 암 (NSCLC)에서 확립된 동인(driver) 돌연변이이고, 표적화 요법은 선택적 EGFR 돌연변이를 갖는 환자에 대해 승인된다. 그러나, 효과적인 요법이 아직 확인되지 않은 추가 EGFR 돌연변이가 존재하고, 비정형 EGFR 돌연변이의 빈도 및 약물 민감도에 미치는 영향은 공지되어 있지 않다.
표피 성장 인자 (EGFR)에서 돌연변이는 비-소세포 폐 암 (NSCLC)을 갖는 환자의 10-15%에서 발생하고, 전형적 또는 비정형 돌연변이로 나누어질 수 있다1-4. 전형적 EGFR 돌연변이는 L858R 및 엑손 19 결실 (Ex19del)을 포함하고, 이들 돌연변이를 갖는 환자는 제1-, 제2-, 및 제3-세대 TKI로 처리되는 경우 임상적 종점의 현저한 개선을 갖는다5-7. 전형적 EGFR 돌연변이 NSCLC를 갖는 환자의 현행 치료 표준은 제3-세대 TKI 오시머티닙을 사용한 치료이다8. 오시머티닙의 III기 연구는 치료-나이브(naive) 환자에서 80%의 객관적 반응률 (ORR), 18.9 개월의 중앙값 무진행 생존 (mPFS)7, 및 38.6 개월의 중앙값 전체 생존 (mOS)9, EGFR TKI의 이전 세대와 비교하여, 임상적 결과에서 상당한 개선을 야기하였다.
키나제 도메인 (엑손 18-21)에서 다른 EGFR 돌연변이는 또한 NSCLC에 대한 종양유전자 동인으로서 확립되었고, 그러나, 이들 NSCLC를 위한 치료학적 선택은 제한된다. 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자는 EGFR 억제제에 대한 이질적이고 감소된 반응을 경험하였다1,3,4,10-15. 비정형 EGFR 돌연변이를 보유하는 치료-나이브 환자의 II상 연구 (KCSG-LU15-09)에서, 오시머티닙 치료는 50%의 ORR 및 8.2 개월의 mPFS를 야기하고16, 획득 오시머티닙-저항성 연구는 엑손 1817-22 및 2023-28에서 비정형 돌연변이의 획득을 나타내었다. 현재, FDA-승인된 치료제를 갖는 유일한 비정형 EGFR 돌연변이는 EGFR S768I, L861Q, 및 G719X이고, 이에 대해 아파티닙이 후향(retrospective) 연구를 기초로 하여 효과적인 것으로 간주된다29-32. FDA-승인된 TKI가 없는 비정형 EGFR 돌연변이는 종종 하나의 실체로서 나타나고, 이들 돌연변이를 갖는 환자를 위해 EGFR TKI 치료에 대해 명백하게 확립된 가이드라인이 없고, 결과로서 환자는 종종 세포독성 화학요법을 받는다. 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자의 임상적 시도 설계 및 치료는 종종 돌연변이의 엑손 위치에 의존하여 치료를 예측하지만, 단일 엑손에 걸친 약물 민감도의 이질성이 명확하게 관찰되었다1,11,12,33-36.
환자의 치료를 위해 및 임상적 시도 설계를 위해 암 요법에 대한 반응을 예측하는 EGFR 돌연변이를 확인하고 분류하기 위한 시스템, 뿐만 아니라 더 효과적으로 암을 치료하는 암 요법의 효능을 예측하기 위한 이러한 시스템을 사용하는 방법이 필요하다는 것을 인식한다.
요지
본 개시내용의 측면은 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자를 치료하는 방법 및 암 요법에 대해 환자 반응을 예측하는 방법을 제공하여 당해 기술분야에 특정 요구사항을 해결한다. 따라서, 일부 측면에서, 암, 예를 들면, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 제공되고, 상기 방법은 하나 이상의 키나제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 하나 이상의 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 대상자를 암, 예를 들면, 폐 암에 대해 치료하는 방법을 또한 개시하고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 하나 이상의 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및 (b) 하나 이상의 키나제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 유효량을 검출된 EGFR 돌연변이에 좌우되어 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 암은 폐 암이다. 일부 실시형태에서, 암은 비-소세포 폐 암이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 전형적-유형 돌연변이, 엑손 20 근위-루프 삽입 돌연변이 (Ex20ins-NL), 엑손 20 원위-루프 삽입 돌연변이 (Ex20ins-FL), T790M-유형-민감성 (T790M-유형-3S) 돌연변이, T790M-유형-저항성 (T790M-유형-3R) 돌연변이, 또는 P-루프 및 αC-나선 압축 (PACC) 돌연변이이다.
본 개시내용의 실시형태는 암을 갖는 대상자를 치료하는 방법, 암을 갖는 대상자를 치료하기 위해 사용되는 키나제 억제제의 효능을 개선시키는 방법, 암을 갖는 대상자를 특정 키나제 억제제를 사용한 치료를 위한 후보자로서 확인하는 방법, EGFR 돌연변이를 확인하는 방법, 하나 이상의 EGFR 돌연변이를 분류하는 방법, 및 폐 암을 갖는 대상자를 치료하기 위한 방법 및 조성물을 포함한다. 본 개시내용의 방법은 하기 단계 중 1, 2, 3, 4, 5, 6개 이상을 포함할 수 있다: 대상자를 암을 갖는 것으로 결정하는 단계, 하나 이상의 키나제 억제제를 대상자에게 제공하는 단계, EGFR 억제제를 대상자에게 제공하는 단계, 대안적인 요법을 대상자에게 제공하는 단계, 2개 이상의 유형의 암 요법을 대상자에게 제공하는 단계, 개선된 효능이 필요한 하나 이상의 키나제 억제제를 확인하는 단계, 대상자로부터 종양 DNA에서 하나 이상의 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 대상자가 하나 이상의 특정 키나제 억제제를 사용한 치료를 위한 후보자인 것으로 확인하는 단계, 대상자가 하나 이상의 특정 키나제 억제제에 민감성인 것으로 확인하는 단계, 대상자가 하나 이상의 특정 키나제 억제제에 저항성인 것으로 확인하는 단계. 본 개시내용의 특정 실시형태는 선행하는 요소 및/또는 단계 중 하나 이상을 배제할 수 있다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및 (b) 암 샘플을 하기와 같이 분류하는 단계를 포함한다: (i) 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M임; (ii) T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M임; (iii) T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q임; (iv) Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP임; (v) Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR임; 또는 (vi) P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암, 여기서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774임. 선행하는 EGFR 돌연변이 중 임의의 하나 이상은 본 개시내용의 실시형태에서 제외될 수 있다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암 샘플로서 분류되는 경우, 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 암 샘플을 (i) 제3 세대 EGFR 억제제에 민감성이고; (ii) 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 및 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은, 암 샘플이 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성으로 분류함을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M임; 및 (b) 암 샘플을 T790M-유형-3S 돌연변이 암으로 분류하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제3 세대 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제이다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q임; 및 (b) 암 샘플을 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제이다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP임; 및 (b) 암 샘플을 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암로서 분류하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 또는 제3-세대 EGFR 억제제이다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR임; 및 (b) 암 샘플을 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제이다.
일부 측면에서, 암 샘플을 분류하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M임; 및 (b) 암 샘플을 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제2-세대 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제3 세대 EGFR 억제제이다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은, (a) 전에, 대상자로부터 암 샘플을 수득함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 샘플은 폐 암 샘플이다. 일부 실시형태에서, 폐 암 샘플은 비-소세포 폐 암 샘플이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, TAS 6417, AZ5104, 또는 TAK-788 (모보세르티닙)이다. 일부 실시형태에서, 전형적-유형 EGFR 돌연변이는 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제3 세대 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 또는 라제르티닙이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제가 아니다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 또는 탈록소티닙이 아니다. 일부 실시형태에서, T790M-유형-3S EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 티로신 키나제 억제제의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 티로신 키나제 억제제는 EGFR 억제제가 아니다. 일부 실시형태에서, 티로신 키나제 억제제는 PKC 억제제이다. 일부 실시형태에서, PKC 억제제는 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 켈레리트린, 미야베놀 C, 미리시트린, 고시폴, 버바스코시드, BIM-1, 브리오스타틴 1, 또는 타목시펜이다. 일부 실시형태에서, 티로신 키나제 억제제는 ALK 억제제이다. 일부 실시형태에서, ALK 억제제는 AZD3463, 브리가티닙, 크리조티닙, 세리티닙, 알렉티닙, 로를라티닙, 엔사르티닙, 엔트렉티닙, 레포트렉티닙, 벨리자티닙, 알코티닙, 포리티닙, CEP-37440, TQ-B3139, PLB1003, TPX-0131, 또는 ASP-3026이다. 일부 실시형태에서, T790M-유형-3R EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS 6417, AZ5104, 또는 TAK-788 (모보세르티닙)이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제3 세대 EGFR 억제제가 아니다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 또는 라제르티닙이 아니다. 일부 실시형태에서, 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 TAS 6417, AZ5104, 또는 TAK-788 (모보세르티닙)이다. 일부 실시형태에서, 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이는 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR이다.
일부 측면에서, 대상자를 암에 대해 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS 6417, AZ5104, 또는 TAK-788 (모보세르티닙)이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제2-세대 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 또는 탈록소티닙이다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 제2-세대 EGFR 억제제가 아니다. 일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 또는 탈록소티닙이 아니다. 일부 실시형태에서, P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 폐 암을 갖고, 일부 실시형태에서, 대상자는 비-소세포 폐 암을 갖는다. 일부 실시형태에서, 대상자는 폐 암을 갖지 않는다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 또는 이의 조합의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M이다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M임; 및 (b) 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 또는 이의 조합의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 오시머티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나자르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 올무티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 로셀리티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나쿠오티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 라제르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M L718V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 H773R T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 I744_E749del insMKK이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_K754 delinsATSPE이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M V843I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 T790M이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 이의 조합의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP이다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 본원에 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP임; 및 (b) 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 이의 조합의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 아파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 다코미티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 네라티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록스-TKI를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록소티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAS6417 (CLN-081)을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZ5104를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAK-788 (모보세르티닙)을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A767_S768insTLA이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD L858Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD R958H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insASV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insGSV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insGVV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insMASVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771insNPG이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771insSVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770del insGY이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771 insG이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771 insY H773Y이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771dupN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771dupN G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771_P772insHH이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771_P772insSVDNR이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 P772_H773insDNP이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, 또는 이의 조합의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M이다.
일부 측면에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 본원에 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M임; 및 (b) 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, 또는 이의 조합의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 아파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 다코미티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 네라티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록스-TKI를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록소티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709_T710del insD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A G719A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709K이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709K G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E736K이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del A647T이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del R675W이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_T751del insV S768C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del G796S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T854I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A D761Y이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A R776C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719C S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S Ex19del이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G779F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 I740dupIPVAK이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 K757M L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 K757R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718Q L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718V L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_S752del A755D이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747P이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S V774M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T854S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771G이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 R776C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 R776H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709_T710del insD S22R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S752_I759del V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I V769L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I V774M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 T751_I759 delinsN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V774M이다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
본원에 개시된 방법의 일부 실시형태에서, 상기 방법은 대상자에게 추가 암 요법을 투여함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 화학요법, 방사선요법, 또는 면역요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 역형성 림프종 키나제 (ALK) 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, ALK 억제제는 브리가티닙 또는 AZD3463이다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 단백질 키나제 C (PKC) 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, PKC 억제제는 루복시스타우린, 미도스타우린, 또는 소트라스타우린이다.
일부 측면에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 제3-세대 EGFR 억제제, (b) 제2-세대 EGFR 억제제, (c) 제1-세대 EGFR 억제제, 또는 (d) EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다.
일부 측면에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법을 추가로 기재하고, 상기 방법은 (a) 제3-세대 EGFR 억제제, (b) PKC 억제제, 또는 (c) ALK 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제2-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제1-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다.
일부 측면에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) PKC 억제제 또는 (b) ALK 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다. 일부 측면에서, 상기 방법은 제3-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 추가로 포함한다. 일부 측면에서, 상기 방법은 제3-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제2-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제1-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다.
일부 측면에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 (b) EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다. 일부 측면에서, 상기 방법은 제1-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제3-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다.
일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법을 추가로 개시하고, 상기 방법은 (a) EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제1-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제2-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제3-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다.
일부 측면에서, 비-소세포 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 본원에 개시되고, 상기 방법은 (a) 제2-세대 EGFR 억제제, (b) 제1-세대 EGFR 억제제, 또는 (c) EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제를 포함하는 조성물의 유효량을 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, 대상자는 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 이전에 결정되었다. 일부 실시형태에서, 조성물은 제2-세대 EGFR 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 제3-세대 EGFR 억제제를 대상자에게 투여함을 포함하지 않는다.
"개인, "대상자", 및 "환자"는 상호교환적으로 사용되고, 사람 또는 비-사람을 언급할 수 있다.
본원에 사용된 "치료하다", "치료하는", 또는 "치료" 또는 등가의 용어는 치료학적 치료 및 예방적(prophylactic) 또는 예방적(preventative) 조치 둘 다를 언급하고, 여기서, 목적은 목적하지 않는 생리학적 변화 또는 장애, 예를 들면, 암의 성장, 발달, 또는 확산을 예방 또는 서행 (저하)시키는 것이다. 본 개시내용의 목적을 위해, 유리하거나 목적하는 임상적 결과는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 증상의 경감, 질환 범위의 축소, 질환의 안정된 (즉, 악화되지 않은) 상태, 질환의 지연 또는 질환 진행의 서행, 질환 상태의 개선 또는 일시적 완화, 및 관해 (부분적이든 전체적이든), 검출가능 또는 검출불가능 여부를 포함한다. "치료"는 또한 치료를 받지 않는 경우 예상되는 생존과 비교하여 연장된 생존을 의미할 수 있다. 치료가 필요한 자는 상태 또는 장애를 이미 갖고 있는 자 뿐만 아니라 상태 또는 장애를 가질 경향이 있는 자 또는 상태 또는 장애가 예방되어야 하는 자를 포함한다. 치료의 결과는, 아편제 또는 다른 진통제 투여의 요구 감소, 종양 부하의 감소 측정, 기능의 회복 측정, 또는 당해 기술분야에 공지된 다른 방법으로 측정된 통증 감소의 측정과 같은 당해 기술분야에 공지된 방법으로 측정될 수 있다.
본원 출원에 걸쳐서, 용어 "약"을 사용하여 값이 측정 또는 정량화 방법에 대해 내재하는 오차의 변동을 포함한다는 것을 나타낸다.
단어 하나("a" 또는 "an")의 사용은, 용어 "포함하는(comprising)"과 연관되어 사용되는 경우, "하나(one)"를 의미할 수 있지만, 또한 "하나 이상의", "적어도 하나", 및 "하나 초과"의 의미와 일치한다.
구문 "및/또는"은 "및" 또는 "또는"을 의미한다. 예시하기 위해, A, B, 및/또는 C는 다음을 포함한다: A 단독, B 단독, C 단독, A 및 B의 조합, A 및 C의 조합, B 및 C의 조합, 또는 A, B, 및 C의 조합. 다시 말해, "및/또는"은 포괄적인 것으로 작동된다.
단어 "포함하는(comprising)" (및 "포함한다(comprise)" 및 "포함한다(comprises)"와 같은 포함하는의 모든 형태), "갖는(having)" (및 "갖다(have)" 및 "갖다(has)"와 같은 갖는의 모든 형태), "포함하는(including)" (및 "포함한다(includes)" 및 "포함한다(include)"와 같은 포함하는의 모든 형태) 또는 "포함하는(containing)" (및 "포함한다(contains)" 및 "포함한다(contain)"와 같은 포함하는의 모든 형태)는 포괄적(inclusive) 또는 개방-말단(open-ended)이고, 추가로 나열되지 않은 성분 또는 방법 단계를 제외하지 않는다.
이들의 용도를 위한 조성물 및 방법은 명세서를 통해 기재된 성분 또는 단계 중 어느 것을 "포함하거나", "이로 본질적으로 이루어지거나", 또는 "이로 이루어질 수 있다". 기재된 성분 또는 단계 중 어느 것"으로 본질적으로 이루어진" 조성물 및 방법은 본 개시내용의 기본적이고 신규한 특징에 실질적으로 영향을 주지 않는 특정된 물질 또는 단계로 청구항의 범위를 제한한다.
치료학적, 진단적, 또는 생리학적 목적 또는 효과의 맥락에서 임의의 방법은 또한 기재된 치료학적, 진단적, 또는 생리학적 목적 또는 효과를 성취 또는 수행하기 위한 본원에 논의된 임의의 화합물, 조성물, 또는 제제 "의 사용"과 같은 "용도" 청구항 언어로 기재될 수 있다.
본 명세서에 논의된 임의의 실시형태는 본 개시내용의 임의의 방법 또는 조성물에 대해 실행될 수 있거나, 그 반대일 수 있음을 고려한다. 추가로, 본 개시내용의 조성물은 본 개시내용의 방법을 성취하기 위해 사용될 수 있다.
본 개시내용의 다른 목적, 특징 또는 이점은 하기 상세한 설명로부터 분명해질 것이다. 그러나, 상세한 설명 및 구체적인 실시예가, 다양한 변화 및 개질이 본 개시내용의 취지 및 범위 내에 이러한 상세한 설명으로부터 당해 기술분야의 숙련가에게 명백할 것이기 때문에, 본 개시내용의 구체적인 실시형태를 지시하면서, 단지 예시로 제공된다는 것을 이해하여야 한다.
하기 도면은 본 명세서의 부분을 형성하고, 본 개시내용의 특정한 측면을 추가로 나타내기 위해 포함된다. 본 개시내용은 본원에 제시된 특정한 실시형태의 상세한 설명과 함께 하나 이상의 이들 도면을 참조하여 더 잘 이해할 수 있다.
도 1a-1f. EGFR 돌연변이를 약물 민감도 및 구조적 변화를 기초로 하여 4개의 별개의 하위그룹으로 분리할 수 있다. 도 1a. 지시된 약물 치료 72 시간 후 지시된 돌연변이를 발현하는 Ba/F3 세포로부터 로그 (돌연변이/WT) 비의 무감독 계층적 집락화를 사용한 히트맵. 돌연변이/WT 비를 측정하기 위해, 각각의 약물 및 세포에 대한 IC50 값을 계산하고, 이어서, WT EGFR을 발현하는 Ba/F3 세포의 평균 IC50 값과 비교하였다 (생존력을 유지하기 위해 +10ng/ml EGF). 정사각형은 n=3 복제의 평균을 나타낸다. 동시-발생하는 돌연변이에 대해, 엑손 1, 2, 및 3의 순서를 임의로 할당하였다. 그룹은 구조적 예측을 기초로 하여 할당하였다. 도 1b-1e. (도 1b) 전형적-유형, (도 1c) T790M-유형, (도 1d) 엑손 20 루프 삽입 (적색/청색) 및 WT (회색/녹색) 및 (도 1e) PACC 돌연변이의 인실리코(in silico) 돌연변이 맵핑. 도 1f. 점은 각각의 약물에 대하여 엑손 기반 그룹 평균 또는 구조-기능 기반 평균에 대해 돌연변이의 스피어먼 상관관계로부터 로(Rho) 값를 도시한다. 점은 각각의 돌연변이를 나타내고, 막대는 평균 로 값 ± 표준 편차 (SD)를 나타내고, p-값을 대응표본 스튜던트 t-검정을 사용하여 측정하였다.
도 2. 구조-기능 기반 그룹화는 엑손 기반 그룹화와 비교하여 약물 및 돌연변이 민감도에 대해 더 잘 예측가능하다. 막대는 엑손 기반 그룹 (황색) 또는 구조-기능 기반 그룹 (녹색)과 비교하여 지시된 돌연변이에 대한 스피어먼 로 값를 도시한다. 2개의 로 값의 델타는 중첩된 회색 막대로서 나타낸다. 델타 막대가 오른쪽으로 이동하는 경우, 스피어먼 로 값은 구조-기능 기반 그룹에서 더 높고, 회색 막대가 왼쪽으로 이동하는 경우, 스피어먼 로 값을 엑손 기반 그룹에서 더 높았다.
도 3a-3b. 엑손 기반 그룹보다 더 우수한 구조-기능 기반 그룹 집락 약물 민감도에 의해 감독하 집락화을 통해 생성된 히트맵. 도 3a-3b. 지시된 약물 치료 72 시간 후 지시된 돌연변이를 발현하는 Ba/F3 세포로부터 로그 (돌연변이/WT) 비의 (도 3a) 엑손 기반 또는 (도 3b) 구조-기능 기반 그룹에 의한 히트맵 감독하 집락화. 돌연변이/WT 비를 측정하기 위해, 각각의 약물 및 세포에 대한 IC50 값을 계산하고, 이어서, WT EGFR을 발현하는 Ba/F3 세포의 평균 IC50 값과 비교하였다 (생존력을 유지하기 위해 +10ng/ml EGF). 정사각형은 n=3 복제의 평균을 나타낸다. 동시-발생하는 돌연변이에 대해, 엑손 1, 2, 및 3의 순서를 임의로 할당하였다. 그룹은 구조적 예측을 기초로 하여 할당하였다.
도 4a-4g. 전형적-유형 EGFR 돌연변이는 약물-결합 포켓을 변경하는 것을 예측하지 못하고, 제3-세대 EGFR TKI에 가장 민감성이다. 도 4a-4b. (도 4a) 리본 및 (도 4b) 공간 채움 모델 둘 다로서 가시화된 WT EGFR (PDB 2ITX)의 인실리코 모델. 수용체 신호전달 및 약물 결합에서 중요한 잔기는 강조표시된다. 도 4c-4d. (도 4c) WT (회색) 및 L861R (청색)의 중첩된 인실리코 모델 및 (도 4d) L861Q의 공간 채움 모델은 R861 치환이 약물 결합 포켓로부터 원위이고, WT와 비교하여 EGFR의 전체 구조에 최소 영향을 미친다는 것을 입증한다. 도 4e. 점은 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 발현하고 지시된 부류의 EGFR TKI로 처리된 Ba/F3 세포의 돌연변이/WT IC50 값을 도시한다. 점은 개별적인 약물을 사용하여 전형적-유형 돌연변이를 발현하는 개별적인 세포의 n=3 복제 돌연변이/WT IC50 값의 평균을 나타낸다. 막대는 각 부류의 EGFR TKI 및 모든 전형적-유형 세포주에 대한 평균 돌연변이/WT IC50 값 ± SEM을 나타낸다. p-값을 SD의 차이를 측정하기 위한 브라운-포사이드 검정로 측정된 부등 SD를 사용하는 ANOVA 분석으로 측정하였다. 홀름-시다크 다중 비교 검정을 사용하여 그룹 간 차이를 측정하였다. 도 4f. 지시된 억제제로 처리된 EGFR L858R E709K 복합 돌연변이를 보유하는 PDX에 대한 종양 성장 곡선. 종양을 주당 3회 측정하고, 기호는 종양 용적 ± SEM의 평균이다. 마우스를 6개의 그룹으로 무작위배정하였다. 마우스에게 약물을 주당 5 일 투여하고, 마우스를 28일째에 안락사시켜 종양을 수거하였다. 도 4g. 점은 도 4f에 기술된 종양의 28일째에 종양 용적의 변화 백분율을 도시한다. 점은 각각의 종양를 나타내고, 막대는 각각의 그룹에 대해 평균 ± SEM을 나타낸다. 통계학적 차이를 사후 터키 다중 비교 검정과 함께 일반적인 일원 ANOVA로 측정하여 그룹간 차이를 측정하였다.
도 5a-5c. 엑손 20 루프 삽입은 별개의 부류의 EGFR 돌연변이이다. 도 5a. 점은 엑손 20 루프 삽입 돌연변이를 발현하고 지시된 부류의 EGFR TKI로 처리된 Ba/F3 세포의 돌연변이/WT IC50 값을 도시한다. 점은 개별적인 약물을 사용하여 엑손 20 루프 삽입 돌연변이를 발현하는 개별적인 세포의 n=3 복제 돌연변이/WT IC50 값의 평균을 나타낸다. 막대는 각 부류의 EGFR TKI 및 모든 엑손 20 루프 삽입 세포주에 대한 평균 돌연변이/WT IC50 값 ± SEM을 나타낸다. p-값을 SD의 차이를 측정하기 위한 브라운-포사이드 검정로 측정된 부등 SD를 사용하는 ANOVA 분석으로 측정하였다. 홀름-시다크 다중 비교 검정을 사용하여 그룹 간 차이를 측정하였다. 도 5b. 지시된 억제제로 처리된 EGFR S768dupSVD 엑손 20 루프 삽입 돌연변이를 보유하는 PDX에 대한 종양 성장 곡선. 종양을 주당 3회 측정하고, 기호는 종양 용적 ± SEM의 평균이다. 마우스를 4개의 그룹으로 무작위배정하였다. 마우스에게 약물을 주당 5 일 투여하고, 마우스를 21일째에 안락사시키고 종양을 수거하였다. 도 5c. 점은 도 5b에 기술된 종양의 21일째에 종양 용적의 변화 백분율을 도시한다. 점은 각각의 종양을 나타내고, 막대는 각각의 그룹에 대해 평균 ± SEM을 나타낸다. 통계학적 차이를 사후 터키 다중 비교 검정과 함께 일반적인 일원 ANOVA로 측정하여 그룹 간의 차이를 측정하였다.
도 6a-6c. 약물 목표 변경은 T790M-유형 저항성 돌연변이를 극복할 수 있다. 도 6a. 지시된 약물 치료 72 시간 후 지시된 돌연변이를 발현하는 Ba/F3 세포로부터 로그 (돌연변이/WT) 비의 무감독 계층적 집락화를 사용한 히트맵. 정사각형은 n=3 복제의 평균을 나타낸다. 동시-발생하는 돌연변이에 대해, 엑손 1, 2, 및 3의 순서를 임의로 할당하였다. 그룹은 계층적 집락화 및 공지된 저항성 돌연변이를 기초로 하여 할당하였다. 도 6b-6c. 점은 (도 6b) T790M-유형-3S (제3-세대 EGFR TKI 민감성) 및 (도 6c) T790M-유형-3R (제3-세대 EGFR TKI 저항성) EGFR 돌연변이를 발현하고 지시된 부류의 EGFR TKI로 처리된 Ba/F3 세포의 돌연변이/WT IC50 값을 도시한다. 점은 개별적인 약물을 사용하여 전형적-유형 돌연변이를 발현하는 개별적인 세포의 n=3 복제 돌연변이/WT IC50 값의 평균을 나타낸다. 막대는 각 부류의 EGFR TKI 및 모든 세포주에 대한 평균 돌연변이/WT IC50 값 ± SEM을 나타낸다. p-값을 SD의 차이를 측정하기 위한 브라운-포사이드 검정로 측정된 부등 SD를 사용하는 ANOVA 분석으로 측정하였다. 홀름-시다크 다중 비교 검정을 사용하여 그룹 간 차이를 측정하였다.
도 7a-7g. PACC 돌연변이는 제2-세대 TKI에 대해 강건한 민감성이다. 도 7a. 반응성 형태 (녹색) 및 G719S을 갖는 예측된 형태 (주황색)에서 오시머티닙를 사용한 EGFR G179S (PDB 2ITN, 자색)의 인실리코 모델링은 인돌 환에서 TKI-단백질 상호작용의 탈안정화를 나타낸다. 도 7b. 점은 PACC 돌연변이를 발현하고 지시된 부류의 EGFR TKI로 처리된 Ba/F3 세포의 돌연변이/WT IC50 값을 도시한다. 점은 개별적인 약물을 사용하여 PACC 돌연변이를 발현하는 개별적인 세포의 n=3 복제 돌연변이/WT IC50 값의 평균을 나타낸다. 막대는 각 부류의 EGFR TKI 및 모든 PACC 세포주에 대한 평균 돌연변이/WT IC50 값 ± SEM을 나타낸다. p-값을 SD의 차이를 측정하기 위한 브라운-포사이드 검정로 측정된 부등 SD를 사용하는 ANOVA 분석으로 측정하였다. 홀름-시다크 다중 비교 검정을 사용하여 그룹 간 차이를 측정하였다. 도 7c. 지시된 억제제로 처리된 EGFR S768dupSVD 엑손 20 루프 삽입 돌연변이를 보유하는 PDX에 대한 종양 성장 곡선. 종양을 주당 3회 측정하고, 기호는 종양 용적 ± SEM의 평균이다. 마우스를 6개의 그룹으로 무작위배정하였다. 마우스에게 약물을 주당 5 일 투여하고, 마우스를 28일째에 안락사시켜 종양을 수거하였다. 도 7d. 아파티닙 치료 및 아파티닙 치료 4 주 후 G719S E709K 복합 돌연변이를 보유하는 NSCLC를 갖는 환자의 컴퓨터 단층촬영 (CT) 스캔. 화살표는 오른쪽 엽에서 해소된 흉막 삼출을 지시하고, 왼쪽 엽에서 감소된 흉막 삼출 및 종양 크기를 지시한다. 도 7e. 지시된 약물 치료 72 시간 후 지시된 돌연변이를 발현하는 Ba/F3 세포로부터 로그 (돌연변이/WT) 비의 무감독 계층적 집락화를 사용한 히트맵. 정사각형은 n=3 복제의 평균을 나타낸다. 동시-발생하는 돌연변이에 대해, 엑손 1, 2, 및 3의 순서를 임의로 할당하였다. 그룹은 예측되는 돌연변이 영향을 기초로 하여 할당하였다. 도 7f. 점은 전형적 EGFR 돌연변이 (백색 막대) 또는 전형적 EGFR 돌연변이 및 획득 PACC 돌연변이 (착색 막대)를 발현하고 지시된 부류의 EGFR TKI로 처리된 Ba/F3 세포의 돌연변이/WT IC50 값을 도시한다. 점은 개별적인 약물을 사용하여 지시된 돌연변이를 발현하는 개별적인 세포의 n=3 복제 돌연변이/WT IC50 값의 평균을 나타낸다. 막대는 각 부류의 EGFR TKI 및 지시된 세포주에 대한 평균 돌연변이/WT IC50 값 ± SEM을 나타낸다. p-값을 SD의 차이를 측정하기 위한 브라운-포사이드 검정로 측정된 부등 SD를 사용하는 ANOVA 분석으로 측정하였다. 홀름-시다크 다중 비교 검정을 사용하여 그룹 간 차이를 측정하였다. 도 7g. 반응성 형태 (청색) 및 G719S를 갖는 예측된 형태 (주황색)에서 오시머티닙를 사용한 EGFR Ex19del G796S, 자색)의 인실리코 모델링은, 오시머티닙의 반응성 그룹 (화살표)을 치환하는, 힌지 영역 (황색)에서 TKI-단백질 상호작용의 탈안정화를 나타낸다.
도 8a-8f. PACC 돌연변이는 P-루프 및/또는 α-C-나선의 방향을 변경시키고, 제2-세대 TKI에 민감성이다. 도 8a. G719S (PDB 2ITN, 녹색) 및 WT EGFR (PDB 2ITX, 회색) 결정 구조의 중첩은 약물 결합 포켓에서 P-루프를 축합하는 위치 아래로 벤질 환을 지향하는 P-루프에서 F723 (적색 화살표)의 상당한 이동을 나타낸다. 추가로, G719S는 WT 결정 구조와 비교하여 α-C-나선의 안쪽으로 이동을 갖는다. 도 8b. P-루프 (적색), α-C-나선 (청색), 힌지 영역 (주황색), C797 (황색), 및 DFG 모티프 (녹색)를 사용한 G719S (PDB 2ITN)의 공간 채움 모델은 이동된 P-루프에 의해 야기된 약물 결합 포켓의 입체 장해를 입증하기 위해 강조표시하였다. 도 8c. 예측된 오시머티닙 구조를 갖는 EGFR L718Q (분홍색)의 인실리코 상동성 모델은, Q718이 오시머티닙 (녹색)의 M793과의 상호작용을 방해하고, 마이클 수용기 (반응성 그룹, 녹색 화살표)를 C797 (황색 화살표)과의 정렬에서 이동시킴을 나타낸다. 도 8d. EGFR G719S의 인실리코 모델링. 도 8e. 점은 도 3C에 기술된 종양의 28일째에 종양 용적의 변화 백분율을 도시한다. 점은 각각의 종양을 나타내고, 막대는 각각의 그룹에 대해 평균 ± SEM을 나타낸다. 통계학적 차이를 사후 터키 다중 비교 검정와 함께 일반적인 일원 ANOVA로 측정하여 그룹간 차이를 측정하였다. 도 8f. EGFR Ex19del G796S (자색)의 인실리코 모델링.
도 9a-9d. 구조-기능 그룹은 엑손 기반 그룹보다 환자 결과를 더 우수하게 예측한다. 도 9a. 구조 기반 그룹에 의해 계층화된 비정형 EGFR 돌연변이 (N= 358 환자)를 보유하는 NSCLC 종양을 갖는 환자의 아파티닙 치료 기간의 캐플란-마이어 플롯. 도 9b. 도 9a에서 캐플란-마이어 플롯으로 계산된 위험 비의 포레스트 플롯(Forest plot). 위험 비 및 p-값을 맨텔-콕스, 로그-랭크 방법을 사용하여 계산하였다. 데이터는 위험 비 ± 95% CI를 나타낸다. 도 9a-9b. 전형적-유형 N=58, T790M-유형 N=68, Ex20ins N=76, 및 PACC N=156. 돌연변이가 명시적으로 기재되지 않는 경우, 이들 환자를 구조-기능 기반 분석에서 제외하였다. 도 9c. 제1- (N=13 환자), 제2- (N=21 환자), 또는 제3-세대 (N=10 환자) EGFR TKI로 처리된 PACC 돌연변이 (N= 44)를 보유하는 NSCLC 종양을 갖는 환자의 PFS의 캐플란-마이어 플롯. 도 9d. 패널 C 및 연장된 데이터 도 E에서 캐플란-마이어 플롯으로 계산된 위험 비의 포레스트 플롯. 위험 비 및 p-값을 맨텔-콕스, 로그-랭크 방법을 사용하여 계산하였다. PACC N=44: 제1 N=13, 제2 N=21, 및 제3 N=10, 비-PACC N= 40, 제1 N=20, 제2 N=6, 및 제3 N=14.
도 10a-10e. 구조-기능 그룹은 엑손 기반 그룹보다 제2-세대 TKI에 대해 더 큰 이득을 갖는 환자를 확인한다. 도 10a-10b. (도 10a) 구조-기능 기반 그룹 (N= 507: 전형적-유형 N=91, T790M-유형 N=103, Ex20ins N=120, 및 PACC N=193) 또는 (도 10b) 엑손 기반 그룹 (N= 528: 엑손 18 N=133, 엑손 19 N=22, 엑손 20 N=294, 엑손 21 N=79)에 의해 계층화된 아파티닙의 전체 반응률. 돌연변이가 명시적으로 기재되지 않는 경우 (N=21), 이들 환자를 구조-기능 기반 분석에서 제외하였다. 도 10c. 엑손 기반 그룹에 의해 계층화된 비정형 EGFR 돌연변이 (N= 364 환자)를 보유하는 NSCLC 종양을 갖는 환자의 아파티닙 치료 기간의 캐플란-마이어 플롯. 도 10d. 도 10c에서 캐플란-마이어 플롯으로 계산된 위험 비의 포레스트 플롯. 위험 비 및 p-값을 맨텔-콕스, 로그-랭크 방법을 사용하여 계산하였다. 데이터는 위험 비 ± 95% CI를 나타낸다. 도 10c-10d. 엑손 18 N=87, 엑손 19 N=19, 엑손 20 N=195, 및 엑손 21 N=63). 도 10e. 제1- (N=20), 제2- (N=6), 또는 제3-세대 (N=14) EGFR TKI로 처리된 비-PACC 비정형 EGFR 돌연변이 (N= 40)를 보유하는 NSCLC 종양을 갖는 환자의 PFS의 캐플란-마이어 플롯.
도 11은 약물-결합 포켓의 전체 형태의 변화를 나타내는 개시된 EGFR 돌연변이 하위그룹의 대표적인 공간-채움 모델을 나타낸다. 가장 일반적인 돌연변이를 각각의 그룹에 대해 나타내고, 약물 민감도 또는 선택도는 가장 선택적 또는 민감성에서 저항성까지 열거된다.
상세한 설명
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, EGFR 돌연변이의 4개의 별개의 구조-기능 기반 그룹은, 돌연변이가 나타나는 EGFR 유전자에서 엑손에 의한 돌연변이의 전형적 그룹화에서보다, 암 요법, 예를 들면, 키나제 억제제로 치료 후 환자 결과를 더 잘 예측가능하다는 놀라운 발견을 기반한다. 주목할만하게도, 돌연변이의 4개의 그룹 각각은 환자의 치료를 목표 변경할 수 있는 그룹 각각으로부터 EGFR 돌연변이를 발현하는 암을 치료하기 위해 특히 효과적인 별개의 부류의 약물에 상응한다. 추가로, 구조-기능 기반 그룹은 엑손-기반 그룹화보다 약물 부류에 유사한 민감도를 갖는 돌연변이의 예측에서 더 우수하다.
따라서, 일부 실시형태에서, 암, 예를 들면, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 키나제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 전형적-유형 돌연변이, 엑손 20 루프 삽입-특이적 돌연변이, T790M-유형-민감성 (T790M-유형-3S) 돌연변이, T790M-유형-저항성 (T790M-유형-3R) 돌연변이, 또는 P-루프 및 αC-나선 압축 돌연변이이다. 암, 예를 들면, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 전형적-유형 돌연변이, 엑손 20 루프 삽입-특이적 돌연변이 (예를 들면, Exon20ins-NL 또는 Exon20ins-FL), T790M-유형-민감성 (T790M-유형-3S) 돌연변이, T790M-유형-저항성 (T790M-유형-3R) 돌연변이, 또는 P-루프 및 α-C-나선 압축 돌연변이임; 및 (b) 검출된 EGFR 돌연변이에 좌우되어 하나 이상의 키나제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 유효량을 투여하는 단계를 포함한다.
I. 치료학적 방법
본 개시내용의 측면은 하나 이상의 암 요법의 치료학적 유효량을 포함하는 조성물 및 이러한 조성물을 대상자 또는 이를 필요로 하는 환자에게 투여함을 지시한다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 암 요법은 하나 이상의 키나제 억제제를 포함한다.
본 개시내용의 조성물은 생체내, 시험관내, 또는 생체외 투여를 위해 사용될 수 있다. 조성물의 투여 경로는, 예를 들면, 종양내, 정맥내, 근육내, 복강내, 피하, 관절내, 윤활막내, 경막내, 경구, 국부, 흡입을 통해, 또는 2개 이상의 투여 경로의 조합을 통해서일 수 있다. 암 요법은 동일하거나 상이한 투여 경로를 통해 투여할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "암"은 고형 종양, 전이 암, 또는 비-전이 암을 기술하기 위해 사용할 수 있다. 특정 실시형태에서, 암은 혈액, 방광, 뼈, 골수, 뇌, 유방, 결장, 식도, 십이지장, 소장, 대장, 결장, 직장, 항문, 잇몸, 머리, 신장, 간, 폐, 비인두, 목, 난소, 췌장, 전립선, 피부, 위, 고환, 혀, 또는 자궁에서 비롯될 수 있다.
암은 특히, 이들로 제한되는 것을 아니지만, 하기 조직학적 유형의 암일 수 있다: 신생물, 악성; 암종; 암종, 미분화; 거대 및 방추 세포 암종; 소세포 암종; 유두모양 암종; 편평 세포 암종; 림프상피 암종; 기저 세포 암종; 모발기질 암종; 이행세포 암종; 유두모양 이행세포 암종; 샘암종; 가스트린종, 악성; 담관암종; 간세포 암종; 조합된 간세포 암종 및 담관암종; 소주상 샘암종; 샘낭 암종; 샘종폴립에서 샘암종; 샘암종, 가족성폴립증 대장; 고형 암종; 카르시노이드 종양, 악성; 아가미-폐포 샘암종; 유두모양 샘암종; 혐색소성 암종; 호산 암종; 호산세포 샘암종; 호염기 암종; 투명 세포 샘암종; 과립 세포 암종; 소포 샘암종; 유두모양 및 소포 샘암종; 비캡슐화 경화 암종; 부신피질 암종; 자궁내막 암종; 피부 부속기 암종; 아포크린 샘암종; 피부기름 샘암종; 귀지샘 샘암종; 점막표피모양 암종; 낭샘암종; 유두모양 낭샘암종; 유두모양 장액 낭샘암종; 점액 낭샘암종; 점액 샘암종; 반지 세포 암종; 침윤 관 암종; 수질성 암종; 소엽 암종; 염증 암종; 파제트병, 유방; 샘꽈리 세포 암종; 선편평상피 암종; 샘암종 w/편평상피 화생; 가슴샘, 악성; 난소 기질 종양, 악성; 난포막종, 악성; 과립층 세포 종양, 악성; 남성모세포종, 악성; 세르톨리 세포 암종; 라이디히 세포 종양, 악성; 지질 세포 종양, 악성; 곁신경절종, 악성; 유방-외 곁신경절종, 악성; 크롬친화세포종; 사구맥관육종; 악성 흑색종; 멜라닌결핍 흑색종; 표재확산 흑색종; 거대색소모반에서 악성 흑색종; 상피모양 세포 흑색종; 청색모반, 악성; 육종; 섬유육종; 섬유조직구종, 악성; 점액 육종; 지방육종; 평활근육종; 횡문근육종; 배아 횡문근육종; 폐포 횡문근육종; 기질 육종; 혼합 종양, 악성; 뮐러리안 혼합 종양; 신장모세포종; 간모세포종; 암육종; 중간엽종, 악성; 브레너 종양, 악성; 엽상 종양, 악성; 윤활막 육종; 중피종, 악성; 이상종자세포종; 배아 암종; 기형종, 악성; 난소 갑상샘종, 악성; 융모막종; 중신종, 악성; 혈관육종; 혈관내피종, 악성; 카포시 육종; 혈관주위세포종, 악성; 림프관육종; 골육종; 피질주위 골육종; 연골육종; 연골모세포종, 악성; 중간엽 연골육종; 뼈의 거대 세포 종양; 유잉 육종; 치원성 종양, 악성; 사기질 치아육육종(odontosarcoma); 사기질모세포종, 악성; 사기질 섬유육종; 송과체종, 악성; 척삭종; 신경아교종, 악성; 뇌실막종; 별아교세포종; 원형질 별아교세포종; 원섬유 별아교세포종; 별아교모세포종; 아교모세포종; 희소돌기아교세포종; 희소돌기아교모세포종; 원시신경외배엽; 소뇌 육종; 신경절신경모세포종; 신경모세포종; 망막모세포종; 후신경원성 종양; 수막종, 악성; 신경섬유육종; 신경집종, 악성; 과립 세포 종양, 악성; 악성 림프종; 호지킨병; 호지킨; 파라육아종; 악성 림프종, 소 림프구; 악성 림프종, 큰세포, 미만성; 악성 림프종, 소포; 균상식육종; 다른 특정된 비-호지킨 림프종; 악성 조직구증; 다중 골수종; 비만세포 육종; 면역증식 소장 질환; 백혈병; 림프구 백혈병; 형질세포 백혈병; 적백혈병; 림프육종 세포 백혈병; 골수 백혈병; 호염기 백혈병; 호산구 백혈병; 단핵구 백혈병; 비만세포 백혈병; 거핵아구성 백혈병; 골수 육종; 및 털모양 세포 백혈병.
일부 실시형태에서, 폐 암를 치료하는 방법이 개시된다. 일부 실시형태에서, 폐 암은 비-소세포 폐 암이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 샘암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 편평 세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 큰세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 선편평상피 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 육종성 암종이다. 일부 실시형태에서, 폐 암은 소세포 폐 암이다. 일부 측면에서, 폐 암이 아닌 암를 치료하는 방법이 개시된다.
일부 실시형태에서, 암 요법은 국소 암 요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 전신 암 요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 전신 암 요법을 제외한다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 국소 암 요법을 제외한다.
A. 키나제 억제제
일부 실시형태에서, 하나 이상의 암 요법은 하나 이상의 키나제 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 개시된 방법은 이를 필요로 하는 대상자 또는 환자에게 하나 이상의 키나제 억제제의 투여를 포함한다. 본원에 사용된 키나제 억제제는 키나제를 억제하는 약제학적 화합물을 기재한다. 본 개시내용의 키나제 억제제에 의해 억제될 수 있는 키나제의 예는 표피 성장 인자 수용체 (EGFR), 역형성 림프종 키나제 (ALK), 및 단백질 키나제 C (PKC)를 포함한다. 키나제는, 세포 신호전달, 성장, 및 분할을 포함하는 다수의 세포 기능의 부분이고, 한다. 특히, 티로신 키나제는 티로신 키나제에 의해 단백질의 인산화로부터 야기되는 신호 전달 캐스케이드에 의해 다수 단백질의 활성화를 담당한다. 키나제 억제제는 티로신 키나제에 의한 단백질의 인산화 및 순차적인 활성화를 억제한다.
키나제 억제제는 아데노신 트리포스페이트, 인산화 실체, 기질, 또는 이들 둘 다와 경쟁하거나, 알로스테릭 방식으로 작용하여 작동하고, 즉, 활성 부위 외부 부위에 결합하여 형태 변화에 의해 이의 활성에 영향을 준다. 최근, TKI는 세포 안정성에 의존하는 Cdc37-Hsp90 분자 샤페론 시스템에 대한 티로신 키나제의 접근을 박탈하여 이들의 편재화 및 분해를 야기하는 것으로 나타났다.
환자에게 전달되는 하나 이상의 키나제 억제제의 양은 가변적일 수 있다. 하나의 적합한 실시형태에서, 키나제 억제제는 숙주에서 암을 정지 또는 회귀시키는데 효과적인 양으로 투여할 수 있다. 다른 실시형태에서, 키나제 억제제는 키나제 억제제의 화학요법 유효 용량보다 2 내지 10,000 배 미만 사이 어느 곳에 존재하는 양으로 투여할 수 있다. 예를 들면, 키나제 억제제는 키나제 억제제의 화학요법 유효 용량보다 약 20 배 미만, 약 500 배 미만 또는 심지어 약 5000 배 미만인 양으로 투여할 수 있다.
본 개시내용의 키나제 억제제는 단독으로 또는 또다른 암 요법과 조합하여 목적하는 치료학적 활성에 대해, 뿐만 아니라 효과적인 투여량의 측정에 대해 생체내 시험될 수 있다. 예를 들면, 이러한 화합물은, 사람에서 시험하기 전에, 이에 제한되는 것은 아니지만, 래트, 마우스, 닭, 소, 원숭이, 토끼 등을 포함하는 적합한 동물 모델 시스템에서 시험될 수 있다. 시험관내 시험은 또한 실시예에서 기재한 바와 같이 적합한 조합 및 투여량을 결정하기 위해 사용될 수 있다.
하나 이상의 키나제 억제제 조성물의 조성은 대상자의 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 암을 갖는 대상자의 게놈의 분석을 기초로 하여 측정하였을 때, 암의 임의의 키나제 억제제 민감도 또는 저항성을 해결하기 위해 조절될 수 있거나 조절되지 않을 수 있다. 조성물은 이들의 게놈의 이전 분석 없이 대상자에게 제공될 수 있다. 키나제 억제제 조성물은 암을 치료하는 유효한 요법에 연관된 임의의 하나 이상의 키나제 억제제를 포함할 수 있다.
대상자의 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 암을 갖는 대상자의 게놈의 분석을 기초로 하여 측정하였을 때, 대상자에게 암의 임의의 민감도 또는 저항성을 극복하는 하나 이상의 키나제 억제제를 포함하는 조성물을 포함하는 하나 이상의 키나제 억제제 조성물이 제공될 수 있다. 키나제 억제제는 암을 치료하기 위해 및/또는 암을 치료하는 요법을 개선시키기 위해 제공될 수 있다.
키나제 억제제 조성물은 단독으로 또는 본원에 개시된 하나 이상의 추가 치료제와 병용하여 투여될 수 있다. 하나 이상의 추가 치료제"와 병용한" 투여는 동시 (동시에) 및 임의의 순서의 연속 투여 둘 다를 포함한다. 키나제 억제제 조성물 및 하나 이상의 추가 치료제는 하나의 조성물로, 또는 동시에 2개의 개별적인 조성물로서, 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 투여는 임의의 목적하지 않는 부작용의 임의의 변화를 고려함을 포함하여 감독 의사에 의해 적절한 것으로 간주하는 대로 만성적 또는 간헐적일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 키나제 억제제는 티로신 키나제 억제제 (TKI)이다. 본 개시내용의 실시형태는 암을 갖는 대상자에게 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 부류의 TKI의 투여를 포함한다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 TKI 부류는 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI, 역형성 림프종 키나제 (ALK) 억제제, 또는 단백질 키나제 C (PKC) 억제제를 포함한다.
일부 실시형태에서, TKI는 제1-세대 EGFR TKI이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 및 이코티닙을 포함한다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 에를로티닙이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 게프티닙이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 AZD3759이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 사파티닙이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 라파티닙이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 투카티닙이다. 일부 측면에서, 제1-세대 EGFR 억제제는 이코티닙이다. 이들 EGFR 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다. 본원에 사용된 "제1-세대 EGFR TKI" (또한 본원에 상호교환되어 사용되는 "제1 세대 EGFR TKI", "제1-세대 EGFR 억제제", 및 "제1 세대 EGFR 억제제")는 EGFR 단백질에 비-공유 결합할 수 있고, EGFR에 공유 결합할 수 없는 EGFR 억제제를 기술한다. 일부 실시형태에서, TKI는 제2-세대 EGFR TKI이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 및 수테티닙을 포함한다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 아파티닙이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 다코미티닙이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 네라티닙이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 탈록스-TKI이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 탈록소티닙이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 BDTX189이다. 일부 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제는 수테티닙이다. 이들 EGFR 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다. 본원에 사용된 "제2-세대 EGFR TKI" (또한 본원에 상호교환되어 사용되는 "제2 세대 EGFR TKI", "제2-세대 EGFR 억제제", 또는 "제2 세대 EGFR 억제제")는 야생형 EGFR 단백질 및 특정 돌연변이 EGFR 단백질에 공유 결합할 수 있지만, T790M 돌연변이 EGFR에 결합 불가능한 (또는 이에 대해 감소된 친화도를 갖는) EGFR 억제제를 기술한다. 일부 실시형태에서, TKI는 제3-세대 EGFR TKI이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 및 레지버티닙을 포함한다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 오시머티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 나자르티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 올무티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 로셀리티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 나쿠오티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 라제르티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 WZ4002이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 알모너티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 푸르모너티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 아비버티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 알플루티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 마벨러티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 아비버티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 올라퍼티닙이다. 일부 측면에서, 제3-세대 EGFR 억제제는 레지버티닙이다. 이들 EGFR 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다. 본원에 사용된 "제3-세대 EGFR TKI" (또한 본원에 상호교환되어 사용되는 "제3 세대 EGFR TKI", "제3-세대 EGFR 억제제", 및 "제3 세대 EGFR 억제제")는 야생형 EGFR 및 다른 돌연변이 EGFR 단백질 이외에 T790M 돌연변이 EGFR 단백질에 공유 결합할 수 있는 EGFR 억제제를 기술한다. 일부 실시형태에서, EGFR TKI는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 및 DZD9008을 포함한다. 일부 측면에서, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제는 TAS 6417이다. 일부 측면에서, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제는 AZ5104이다. 일부 측면에서, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제는 TAK-788 (모보세르티닙)이다. 일부 측면에서, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제는 DZD9008이다. 이들 EGFR 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다. EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI (또는 "EGFR 억제제")는 엑손 20-삽입 돌연변이 EGFR에 공유 결합할 수 있는 EGFR 억제제를 기술한다. 일부 측면에서, 본 개시내용의 TKI는 EGFR 억제제가 아니다. 일부 실시형태에서, TKI는 ALK 억제제이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, AZD3463, 브리가티닙, 크리조티닙, 세리티닙, 알렉티닙, 로를라티닙, 엔사르티닙, 엔트렉티닙, 레포트렉티닙, 벨리자티닙, 알코티닙, 포리티닙, CEP-37440, TQ-B3139, PLB1003, TPX-0131, 및 ASP-3026을 포함한다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 AZD3463이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 브리가티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 크리조티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 세리티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 알렉티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 로를라티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 엔사르티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 엔트렉티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 레포트렉티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 벨리자티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 알코티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 포리티닙이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 CEP-37440이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 TQ-B3139이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 PLB1003이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 TPX-0131이다. 일부 측면에서, ALK 억제제는 ASP-3026이다. 이들 ALK 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다. 일부 실시형태에서, TKI는 PKC 억제제이고, 이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 켈레리트린, 미야베놀 C, 미리시트린, 고시폴, 버바스코시드, BIM-1, 브리오스타틴 1, 및 타목시펜을 포함한다. 일부 측면에서, PKC 억제제는 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 켈레리트린, 미야베놀 C, 미리시트린, 고시폴, 버바스코시드, BIM-1, 브리오스타틴 1, 타목시펜이다. 이들 PKC 억제제 중 임의의 하나 이상은 특정 실시형태에서 제외될 수 있다.
일부 실시형태에서, TKI는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, AZD3463, 브리가티닙, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 또는 이의 조합이다. 본 개시내용의 실시형태는 암을 갖는 대상자에게 적어도 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 TKI의 투여를 포함한다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 TKI는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, AZD3463, 브리가티닙, 루복시스타우린, 미도스타우린, 및 소트라스타우린 중 2개 이상을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 억제제는 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 또는 라제르티닙이다. 본 개시내용의 실시형태는 암을 갖는 대상자에게 적어도 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 EGFR 억제제의 투여를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본원에 개시된 방법은 대상자에게 추가 암 요법을 투여함을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 화학요법, 방사선요법, 또는 면역요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 ALK 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, ALK 억제제는 브리가티닙 또는 AZD3463이다. 일부 실시형태에서, 추가 암 요법은 PKC 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, PKC 억제제는 루복시스타우린, 미도스타우린, 또는 소트라스타우린이다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 키나제 억제제는 하나 이상의 유형의 EGFR-돌연변이 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 전형적-유형 EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 폐 암에서 활성인 것으로 설계되는 EGFR 억제제이다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 키나제 억제제는 하나 이상의 유형의 EGFR-돌연변이 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. EGFR-돌연변이 암의 유형에서 "우선적으로 효과적인" EGFR 억제제는, 상이한 유형의 EGFR 돌연변이를 갖는 암 세포와 비교하여, 제공된 유형의 EGFR 돌연변이를 갖는 암 세포를 사멸시킬 때 증가된 효능을 갖는 EGFR 억제제를 기술한다. 예를 들면, 전형적-유형 EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제는, P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 (예를 들면, V769L)를 갖는 암 세포와 비교하여, 전형적-유형 EGFR 돌연변이 (예를 들면, A702T)를 갖는 암 세포를 사멸시킬 때 증가된 효능을 갖는 EGFR 억제제를 기술한다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 전형적-유형 EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다. 일부 실시형태에서, 키나제 억제제는 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 폐 암에서 우선적으로 효과적인 EGFR 억제제이다.
B. 방사선요법
일부 실시형태에서, 방사선요법, 예를 들면, 이온화 방사선은, 대상자에게 치료제로서 투여된다. 본원에 사용된 "이온화 방사선"은 충분한 에너지를 갖거나 핵 상호작용을 통해 충분한 에너지를 생성할 수 있어서 이온화 (전자 획득 또는 손실)를 발생시키는 입자 또는 광자를 포함하는 방사선을 의미한다. 이온화 방사선의 바람직한 비-제한적인 예는 x-방사선이다. x-방사선을 표적 조직 또는 세포에 전달하는 수단은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다.
일부 실시형태에서, 방사선요법은 외부 방사선요법, 내부 방사선요법, 방사선면역요법, 또는 수술중 방사선 요법 (IORT)을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 외부 방사선요법은 3-차원 입체조형 방사선 요법 (3D-CRT), 강도 조절 방사선 요법 (IMRT), 양성자 빔 요법, 이미지-가이드 방사선 요법 (IGRT), 또는 입체적 방사선 요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 내부 방사선요법은 사이질 근접치료, 강내 근접치료, 또는 관내 방사선 요법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 방사선요법은 원발 종양에 투여된다.
일부 실시형태에서, 이온화 방사선의 양은 20 Gy 초과이고, 하나의 용량으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 이온화 방사선의 양은 18 Gy이고, 3회 용량으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 이온화 방사선의 양은 적어도, 최대, 또는 정확히 0.5, 1, 2, 4, 6, 8, 10, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 18, 19, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 또는 60 Gy (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이다. 일부 실시형태에서, 이온화 방사선은 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)으로 투여된다. 하나 초과의 용량이 투여되는 경우, 용량은 약 1, 4, 8, 12, 또는 24 시간 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8 일 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 또는 16 주 간격, 또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위일일 수 있다.
일부 실시형태에서, 대상자에게 투여되는 방사선요법의 양은 방사선요법의 총 용량으로서 존재할 수 있고, 이에 분획된 용량으로 투여된다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 총 용량은 각각 5 Gy의 10 회 분획된 용량으로 투여되는 50 Gy이다. 일부 실시형태에서, 총 용량은 각각 2-3 Gy의 20-60 회 분획된 용량으로 투여되는 50-90 Gy이다. 일부 실시형태에서, 방사선의 총 용량은 적어도, 최대, 또는 약 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40,41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 125, 130, 135, 140, 또는 150 Gy (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이다. 일부 실시형태에서, 총 용량은 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50 Gy의 분획된 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)으로 투여된다. 일부 실시형태에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40,41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 또는 100 회 분획된 용량 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)이 투여된다. 일부 실시형태에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위) 회 분획된 용량은 1일당 투여된다. 일부 실시형태에서, 적어도, 최대, 또는 정확히 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위) 회 분획된 용량은 1주당 투여된다.
C. 암 면역요법
일부 실시형태에서, 상기 방법은 치료제로서 암 면역요법의 투여를 포함한다. 암 면역요법 (때때로 면역-종양학으로 언급되고, IO로 축약됨)은 암을 치료하기 위한 면역체계의 이용이다. 면역요법은 능동, 수동 또는 하이브리드 (능동 및 수동)로서 범주화될 수 있다. 이들 접근법은 암 세포가 종종 종양-회합된 항원(TAAs)으로 공지된 면역체계에 의해 검출될 수 있는 이들의 표면 상 분자를 갖는다는 사실을 이용하고; 이들은 다른 단백질 또는 다른 거대분자 (예를 들면 탄수화물)이다. 능등 면역요법은 TAAs를 표적화하여 종양 세포를 공격하는 면역체계를 지시한다. 수동 면역요법은 존재하는 항-종양 반응을 향상시키고, 단클론성 항체, 림프구 및 사이토킨의 용도를 포함한다. 다양한 면역요법은 당해 기술분야에 공지되어 있고, 이의 예를 하기에 기재된다.
1. 체크포인트 억제제 및 병용 치료
본 개시내용의 실시형태는 면역 체크포인트 억제제의 투여를 포함할 수 있고, 이의 예는 하기에 추가로 기재되어 있다. 본원에 개시된 "체크포인트 억제제 요법" (또한 "면역 체크포인트 차단 요법", "면역 체크포인트 요법", "ICT", "체크포인트 차단 면역요법", 또는 "CBI")은, 하나 이상의 면역 체크포인트 억제제를 암을 앓고 있거나 암을 갖는 것으로 의심되는 대상자에게 제공함을 포함하는 암 요법을 언급한다.
PD-1은 종양 미세 환경에서 작용할 수 있고, 여기서, T 세포는 감염 또는 종양을 접한다. 활성화된 T 세포는 PD-1를 상향조절하고, 말초 조직에서 계속 발현한다. 사이토킨, 예를 들면, IFN-감마는 상피 세포 및 종양 세포에서 PDL1의 발현을 유도한다. PDL2는 마크로파지 및 수지 세포에서 발현된다. PD-1의 주요한 역할은 주변에서 이펙터 T 세포의 활성을 제한하고, 면역 반응 동안 조직에 대한 과도한 손상을 방지하는 것이다. 개시된 억제제는 PD-1 및/또는 PDL1 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
"PD-1"에 대한 대안적인 명칭은 CD279 및 SLEB2를 포함한다. "PDL1"에 대한 대안적인 명칭은 B7-H1, B7-4, CD274, 및 B7-H를 포함한다. "PDL2"에 대한 대안적인 명칭은 B7-DC, Btdc, 및 CD273을 포함한다. 일부 실시형태에서, PD-1, PDL1, 및 PDL2는 사람 PD-1, PDL1 및 PDL2이다.
일부 실시형태에서, PD-1 억제제는 이의 리간드 결합 파트너에 대한 PD-1의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PD-1 리간드 결합 파트너는 PDL1 및/또는 PDL2이다. 또다른 실시형태에서, PDL1 억제제는 이의 결합 파트너에 대한 PDL1의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PDL1 결합 파트너는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 또다른 실시형태에서, PDL2 억제제는 이의 결합 파트너에 대한 PDL2의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 측면에서, PDL2 결합 파트너는 PD-1이다. 억제제는 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드일 수 있다. 예시적인 항체는 미국 특허 번호 8,735,553, 8,354,509, 및 8,008,449에 기재되어 있고, 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다. 본원에 제공된 방법 및 조성물에서 사용하기 위한 다른 PD-1 억제제는 당해 기술분야에 공지되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 출원 번호 US2014/0294898, US2014/022021, 및 US2011/0008369에 기재되어 있고, 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다.
일부 실시형태에서, PD-1 억제제는 항-PD-1 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 실시형태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 및 피딜리주맙으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다. 일부 실시형태에서, PD-1 억제제는 면역접착제, 예를 들면, 불변 영역 (예를 들면, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PDL1 또는 PDL2의 세포외 또는 PD-1 결합 부분을 포함하는 면역접착제이다. 일부 실시형태에서, PDL1 억제제는 AMP- 224를 포함한다. 또한 MDX-1106-04, MDX-1106, ONO-4538, BMS-936558, 및 OPDIVO®로서 공지된 니볼루맙은, WO2006/121168에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 MK-3475, Merck 3475, 람브롤리주맙, KEYTRUDA®, 및 SCH-900475로서 공지된 펨브롤리주맙은, WO2009/114335에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 CT-011, hBAT, 또는 hBAT-1로서 공지된 피딜리주맙은, WO2009/101611에 기재된 항-PD-1 항체이다. 또한 B7-DCIg로서 공지된 AMP-224는, WO2010/027827 및 WO2011/066342에 기재된 PDL2-Fc 융합 가용성 수용체이다. 추가 PD-1 억제제는 또한 AMP-514, 및 REGN2810로서 공지된 MEDI0680를 포함한다.
일부 실시형태에서, 면역 체크포인트 억제제는 PDL1 억제제, 예를 들면, 또한 MEDI4736로서 공지된 두르발루맙, 또한 MPDL3280A로서 공지된 아테졸리주맙, 또한 MSB00010118C, MDX-1105, BMS-936559로서 공지된 아벨루맙, 또는 이의 조합이다. 특정 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 PDL2 억제제, 예를 들면, rHIgM12B7이다.
일부 실시형태에서, 억제제는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 중쇄 및 경쇄 CDRs 또는 VRs을 포함한다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 억제제는 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인, 및 니볼루맙, 펨브롤리주맙, 또는 피딜리주맙의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 PD-1, PDL1, 또는 PDL2 상 동일한 에피토프에 대한 결합을 위해 경쟁하고/하거나 이에 결합한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 세포독성 T-림프구-회합된 단백질 4 (CTLA-4)이고, 또한 CD152로 공지되어 있다. 사람 CTLA-4의 완전한 cDNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 L15006을 갖는다. CTLA-4는 T 세포의 표면 상에서 발견되고, 항원-제시 세포의 표면 상 B7-1 (CD80) 또는 B7-2 (CD86)에 결합되는 경우 "오프" 스위치로서 작용한다. CTLA4는, 헬퍼 T 세포의 표면 상에 발현되고, T 세포에 억제 신호를 전달하는 면역글로불린 상과의 구성원이다. CTLA4는 T-세포 공-자극성 단백질, CD28과 유사하고, 둘 다의 분자는 항원-제시 세포 상 B7-1 및 B7-2에 결합한다. CTLA-4는 억제 신호를 T 세포에 전달하지만, CD28은 자극성 신호를 전달한다. 세포내 CTLA-4는 또한 조절 T 세포에서 발견되고, 이들의 기능에서 중요할 수 있다. T 세포 수용체 및 CD28을 통한 T 세포 활성화는 CTLA-4, B7 분자에 대한 억제 수용체의 증가된 발현을 야기한다. 본 개시내용의 억제제는 CTLA-4, B7-1, 및/또는 B7-2 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다. 일부 실시형태에서, 억제제는 CTLA-4 및 B7-1 상호작용을 차단한다. 일부 실시형태에서, 억제제는 CTLA-4 및 B7-2 상호작용을 차단한다.
일부 실시형태에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-CTLA-4 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에서 사용하기 위해 적합한 항-사람-CTLA-4 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술에서 인정된 항-CTLA-4 항체를 사용할 수 있다. 예를 들면, US 8,119,129, WO 01/14424, WO 98/42752; WO 00/37504 (CP675,206, 또한 트레멜리무맙; 이전 티실리무맙으로서 공지됨), 미국 특허 번호 6,207,156; Hurwitz et al., 1998에 기재된 항-CTLA-4 항체는; 본원에 개시된 방법에서 사용할 수 있다. 상기한 공보 각각의 교시는 본원에 참조로서 포함된다. CTLA-4에 결합하기 위해 이들 당해 기술 분야에서 인정되는 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체는 또한 사용할 수 있다. 예를 들면, 사람화 CTLA-4 항체는 국제 특허 출원 번호 WO2001/014424, WO2000/037504, 및 미국 특허 번호 8,017,114에 기재되어 있고; 이들 모두는 참조로서 본원에 포함된다.
본 개시내용의 방법 및 조성물에서 체크포인트 억제제로서 유용한 추가의 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 (또한 10D1, MDX- 010, MDX- 101, 및 Yervoy®로서 공지됨) 또는 이의 항원 결합 단편 및 변종 (예를 들면, W01/14424 참조)이다.
일부 실시형태에서, 억제제는 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 중쇄 및 경쇄 CDRs 또는 VRs을 포함한다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 억제제는 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인, 및 트레멜리무맙 또는 이필리무맙의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 PD-1, B7-1, 또는 B7-2 상 동일한 에피토프에 대한 결합을 위해 경쟁하고/하거나 이에 결합한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 림프구-활성화 유전자 3 (LAG3)이고, 또한 CD223 및 림프구 활성화로서 공지되어 있다3. 사람 LAG3의 완전한 mRNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 NM_002286을 갖는다. LAG3은 활성화된 T 세포, 천연 킬러 세포, B 세포, 및 형질세포양 수지상 세포의 표면 상 발견되는 면역글로불린 상과의 구성원이다. LAG3의 주요 리간드는 MHC 클래스 II이고, CTLA-4 및 PD-1과 유사한 방식으로 T 세포의 세포 증식, 활성화, 및 항상성을 음성적으로 조절하고, Treg 억압 기능에서 역할을 하는 것으로 보고되었다. LAG3은 또한 면역허용원 상태에서 CD8+ T 세포를 유지하는 것을 돕고, PD-1와 함께 작동하여, 만성 바이러스 감염 동안 CD8 고갈을 유지하는 것을 돕는다. LAG3은 또한 수지상 세포의 성숙 및 활성화에 연관된 것으로 공지되어 있다. 본 개시내용의 억제제는 LAG3 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
일부 실시형태에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-LAG3 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에 유용하게 사용하기 위해 적합한 항-사람-LAG3 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술에서 인정된 항-LAG3 항체는 사용할 수 있다. 예를 들면, 항-LAG3 항체는 하기를 포함할 수 있다: GSK2837781, IMP321, FS-118, Sym022, TSR-033, MGD013, BI754111, AVA-017, 또는 GSK2831781. 하기에 개시된 항-LAG3 항체: US 9,505,839 (BMS-986016, 또한 렐라트리맙로서 공지됨); US 10,711,060 (IMP-701, 또한 LAG525로서 공지됨); US 9,244,059 (IMP731, 또한 H5L7BW로서 공지됨); US 10,344,089 (25F7, 또한 LAG3.1로서 공지됨); WO 2016/028672 (MK-4280, 또한 28G-10로서 공지됨); WO 2017/019894 (BAP050); Burova E., et al., J. ImmunoTherapy Cancer, 2016; 4(Supp. 1):P195 (REGN3767); Yu, X., et al., mAbs, 2019; 11:6 (LBL-007)는 본원에 개시된 방법에서 사용될 수 있다. 청구된 개시내용에서 유용한 이들 및 다른 항-LAG-3 항체는, 예를 들면 하기에서 발견될 수 있다: WO 2016/028672, WO 2017/106129, WO 2017062888, WO 2009/044273, WO 2018/069500, WO 2016/126858, WO 2014/179664, WO 2016/200782, WO 2015/200119, WO 2017/019846, WO 2017/198741, WO 2017/220555, WO 2017/220569, WO 2018/071500, WO 2017/015560; WO 2017/025498, WO 2017/087589, WO 2017/087901, WO 2018/083087, WO 2017/149143, WO 2017/219995, US 2017/0260271, WO 2017/086367, WO 2017/086419, WO 2018/034227, 및 WO 2014/140180. 상기 언급된 공보 각각의 교시는 참조로서 본원에 도입된다. LAG3에 대한 결합에 대해 이들 기술분야에-인식된 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체가 또한 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 억제제는 항-LAG3 항체의 중쇄 및 경쇄 CDRs 또는 VRs를 포함한다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 억제제는 항-LAG3 항체의 VH 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인을 포함하고, 항-LAG3 항체의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내에 임의의 유도가능한 범위) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
본원에 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 또다른 면역 체크포인트는 T-세포 면역글로불린 및 뮤신-도메인 함유-3 (TIM-3)이고, 또한 A형 간염 바이러스 세포 수용체 2 (HAVCR2) 및 CD366로서 공지된다. 사람 TIM-3의 완전한 mRNA 서열은 진뱅크 수탁 번호 NM_032782를 갖는다. TIM-3은 표면 IFNγ-생성 CD4+ Th1 및 CD8+ Tc1 세포 상에서 발견된다. TIM-3의 세포외 영역은 막 원위 단일 가변 면역글로불린 도메인 (IgV) 및 막에 더 가까이 위치한 가변 길이의 글리코실화된 뮤신 도메인으로 이루어진다. TIM-3은 면역 체크포인트이고, PD-1 및 LAG3을 포함하는 다른 억제 수용체와 함께, T-세포 탈진을 매개한다. TIM-3은 또한 마크로파지 활성화를 조절하는 CD4+ Th1-특이적 세포 표면 단백질로서 나타났다. 본 개시내용의 억제제는 TIM-3 활성의 하나 이상의 기능을 차단할 수 있다.
일부 실시형태에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-TIM-3 항체 (예를 들면, 사람 항체, 사람화 항체, 또는 키메라 항체), 이의 항원 결합 단편, 면역접착제, 융합 단백질, 또는 올리고펩타이드이다.
본 방법에서 사용하기 위해 적합한 항-사람-TIM-3 항체 (또는 이로부터 유도된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 생성할 수 있다. 대안적으로, 당해 기술 분야에서 인정되는 항-TIM-3 항체를 사용할 수 있다. 예를 들면, 다음을 포함하는 항-TIM-3 항체: MBG453, TSR-022 (또한 코볼리맙으로서 공지됨), 및 LY3321367은 본원에 개시된 방법에 사용될 수 있다. 청구된 개시내용에 유용한 이들 및 다른 항-TIM-3 항체는, 예를 들면: US 9,605,070, US 8,841,418, US2015/0218274, 및 US 2016/0200815에서 발견될 수 있다. 상기 공보의 각각의 교시는 본원에 참조로서 포함된다. 이들 당해 기술 분야에서 인정되는 LAG3에 대한 결합을 위해 항체 중 어느 것과 경쟁하는 항체가 또한 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 억제제는 항-TIM-3 항체의 중쇄 및 경쇄 CDRs 또는 VRs을 포함한다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 억제제는 항-TIM-3 항체의 VH 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인, 및 항-TIM-3 항체의 VL 영역의 CDR1, CDR2, 및 CDR3 도메인을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 항체는 상기-언급된 항체와 적어도 약 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 또는 99% (또는 그 내의 임의의 유도가능한 범위 또는 값) 가변 영역 아미노산 서열 동일성을 갖는다.
2. 공-자극 분자의 활성화
일부 양태에서, 면역요법은 공-자극 분자의 작용제를 포함한다. 일부 양태에서, 작용제는 B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), CD28, ICOS, OX40 (TNFRSF4), 4-1BB (CD137; TNFRSF9), CD40L (CD40LG), GITR (TNFRSF18), 및 이의 조합의 활성화제를 포함한다. 작용제는 작용성 항체, 폴리펩티드, 화합물, 및 핵산을 포함한다.
3. 수지상 세포 요법
수지상 세포 요법은 수지상 세포가 종양 항원을 림프구에 제시하도록 하고, 이를 활성화하고, 이를 프라이밍하여 항원을 제시하는 다른 세포를 사멸시키는 항-종양 반응을 일으킨다. 수지상 세포는 포유동물 면역체계에서 항원 제시 세포 (APCs)이다. 암 치료에 이들은 암 항원 표적화를 돕는다. 수지상 세포를 기초로 하는 세포 암 요법의 하나의 예는 시풀류셀-T이다.
수지상 세포를 유발하여 종양 항원을 제시하는 방법은 자가 종양 용해물 또는 짧은 펩타이드 (암 세포 상 단백질 항원에 상응하는 단백질의 작은 부분)를 사용한 백신화에 의한 방법이다. 이들 펩타이드는 종종 보조제 (고 면역원성 물질)와 병용하여 제공되어 면역 및 항-종양 반응을 증가시킨다. 다른 보조제는 단백질 또는 수지상 세포를 공격 및/또는 활성화하는 다른 화학물질, 예를 들면, 과립구 마크로파지 집락-자극 인자 (GM-CSF)를 포함한다.
수지상 세포는 또한 종양 세포가 GM-CSF를 발현하도록 하여 생체내 활성화될 수 있다. 이는 종양 세포를 유전적으로 조작하여 GM-CSF를 생성하거나, 종양 세포를 GM-CSF를 발현하는 종양용해 바이러스로 감염시켜 성취할 수 있다.
또다른 전략은 수지상 세포를 환자의 혈액으로부터 제거하고, 수지상 세포를 신체 밖에서 활성화시키는 것이다. 수지상 세포를 단일 종양-특이적 펩타이드/단백질 또는 종양 세포 용해물 (분해된 종양 세포의 용액)일 수 있는 종양 항원의 존재하에 활성화시킨다. 이들 세포 (선택적 보조제와 함께)는 면역 반응에 영향을 미치고 일으킨다.
수지상 세포 요법은 수지상 세포의 표면 상 수용체에 결합하는 항체의 사용을 포함한다. 항원은 항체에 첨가할 수 있고, 수지상 세포를 유발하여 종양에 대한 면역을 발달시키고 제공할 수 있다. 수지상 세포 수용체, 예를 들면, TLR3, TLR7, TLR8 또는 CD40은 항체 표적으로서 사용되었다.
4. CAR-T 세포 요법
키메라 항원 수용체 (CARs, 또한 키메라 면역수용체, 키메라 T 세포 수용체 또는 인공 T 세포 수용체로서 공지됨)는 신규한 특이성을 암 세포를 표적화하는 면역세포와 합하는 조작된 수용체이다. 전형적으로, 이들 수용체는 단클론성 항체의 특이성을 T 세포 상으로 이식된다. 수용체는 키메라로서 칭명되는데, 그 이유는 상이한 공급원으로부터의 부분의 수용체가 융합되기 때문이다. CAR-T 세포 요법은 암 요법을 위해 이러한 형질전환된 세포를 이용하는 치료를 언급한다.
CAR-T 세포 설계의 기본 원리는 항원-결합 및 T-세포 활성화 기능을 조합하는 재조합 수용체를 수반한다. CAR-T 세포의 일반적인 전제는 암 세포 상에서 발견되는 마커에 대해 표적화된 T-세포를 인공적으로 생성하는 것이다. 과학자는 사람으로부터 T-세포를 제거하고, 유전적으로 상기 세포를 변경시키고, 상기 세포를 상기 세포가 암 세포를 공격하도록 위해 환자에게 다시 되돌릴 수 있다. T 세포를 조작하여 CAR-T 세포가 되면, "살아있는 약물"로서 작용한다. CAR-T 세포는 세포외 리간드 인식 도메인 및 세포내 신호전달 분자간에 결합을 생성하여 다시 T 세포를 활성화시킨다. 세포외 리간드 인식 도메인은 보통 단일-쇄 가변 단편 (scFv)이다. CAR-T 세포 요법의 안전성의 중요한 측면은 단지 암성 종양 세포만이 표적화되고, 정상 세포를 표적화하지 않는 것을 보장하는 방법이다. CAR-T 세포의 특이성을 표적화된 분자의 선택에 의해 측정된다.
예시적인 CAR-T 요법은 티사겐렉류셀 (Kymriah) 및 악시카브타겐 실로류셀 (Yescarta)을 포함한다.
5. 사이토킨 요법
사이토킨은 종양 내에 존재하는 다수의 형태의 세포에 의해 제조되는 단백질이다. 이들은 면역 반응을 조절할 수 있다. 종양은 종종 사이토킨을 이용하여 면역 반응을 성장시키고 감소되게 한다. 이들 면역-조절 효과는 사이토킨을 면역 반응을 일으키는 약물로서 사용될 수 있게 한다. 2개의 통상 사용되는 사이토킨은 인터페론 및 인터류킨이다.
인터페론은 면역체계에 의해 생성된다. 인터페론은 보통 항-바이러스 반응에 연루되지만, 또한 암을 위한 용도를 갖는다. 인터페론은 3개의 그룹에 속한다: I형 (IFNα 및 IFNβ), II형 (IFNγ) 및 III형 (IFNλ).
인터류킨은 다수의 면역체계 효과를 갖는다. IL-2는 예시적인 인터류킨 사이토킨 요법이다.
6. 입양 T-세포 요법
입양 T 세포 요법은 T-세포의 수혈 (입양 세포 전달)에 의한 수동 면역화의 한 형태이다. 이들은 혈액 및 조직에서 발견되고, 보통 이들이 외래 병원체를 발견하는 경우 활성화된다. 특히 이들은 T-세포의 표면 수용체가 이들의 표면 항원 상 외래 단백질의 부분을 나타내는 세포를 접하는 경우 활성화된다. 이들은 감염된 세포, 또는 항원 제시 세포 (APCs) 중 어느 하나일 수 있다. 이들은 정상 조직에서 및 종양 조직에서 발견되고, 여기서, 이들은 종양 침윤 림프구 (TILs)로서 공지되어 있다. 이들은 APC, 예를 들면, 종양 항원을 제시하는 수지상 세포의 존재에 의해 활성화된다. 이들 세포는 종양을 공격할 수 있지만, 종양 내 환경은 매우 면역억제성이고, 면역-매개된 종양 사멸을 방지한다.
종양 표적화된 T-세포를 제조하고 수득하는 여러가지 방식을 개발하였다. 종양 항원에 특이적인 T-세포는 종양 샘플 (TILs)로부터 제거되거나, 혈액으로부터 여과될 수 있다. 후속적인 활성화 및 배양은 생체외 수행될 수 있고, 결과는 재주입된다(reinfused). 활성화를 유전자 요법을 통해, 또는 T 세포를 종양 항원에 노출시켜 발생시킬 수 있다.
암 치료는 본원에 기재된 암 치료 중 어느 것을 제외할 수 있는 것으로 고려된다. 또한, 본 개시내용의 실시형태는, 본원에 기재된 요법으로 사전 치료되거나, 본원에 기재된 요법으로 현재 치료되고 있거나, 본원에 기재된 요법으로 치료된 적이 없는 환자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 환자는 본원에 기재된 요법에 내성이 있는 것으로 결정된 환자이다. 일부 실시형태에서, 환자는 본원에 기재된 요법에 민감성인 것으로 결정된 환자이다.
D. 종양용해 바이러스
일부 실시형태에서, 추가 요법은 종양용해 바이러스를 치료제로서 포함한다. 종양용해 바이러스는 암 세포를 우선적으로 감염시키고 사멸시키는 바이러스이다. 감염된 암 세포가 종양용해에 의해 파괴되기 때문에, 이들은 신규한 감염성 바이러스 입자 또는 비리온을 방출하여 잔류 종양을 파괴하는 것을 돕는다. 종양용해 바이러스는 종양 세포의 직접적 파괴를 야기할 뿐만 아니라 장기간 면역요법에 대한 숙주 항-종양 면역 반응을 자극하는 것으로 고려된다.
E. 폴리삭카라이드
일부 실시형태에서, 추가 요법은 폴리삭카라이드를 치료제로서 포함한다. 버섯에서 발견되는 특정 화합물, 주로 폴리삭카라이드는, 면역계를 상향-조절할 수 있고, 항-암 성질을 가질 것이다. 예를 들면, 베타-글루칸, 예를 들면, 렌티난은 마크로파지, NK 세포, T 세포 및 면역계 사이토킨을 자극하는 것으로 실험실 연구에서 나타나고, 임상적 시도에서 면역학적 보조제로서 조사되었다.
F. 신생항원
일부 실시형태에서, 추가 요법은 신생항원 투여를 치료제로서 포함한다. 다수의 종양은 돌연변이를 발현한다. 이들 돌연변이는 T 세포 면역요법에서 사용하기 위해 신규한 표적가능한 항원 (신생항원)을 잠재적으로 생성한다. RNA 서열분석 데이터를 사용하여 확인되는 암 병변에서 CD8+ T 세포의 존재는, 높은 돌연변이 부하를 갖는 종양에서 더 높다. 자연 킬러 세포 및 T 세포의 세포용해 활성과 연관된 전사의 수준은 다수의 사람 종양에서 돌연변이 적재와 긍정적인 상관관계가 있다.
G. 화학요법
일부 실시형태에서, 추가 용법은 화학요법을 치료제로서 포함한다. 적합한 부류의 화학요법 제제는 (a) 알킬화 제제, 예를 들면, 질소 머스타드 (예를 들면, 메클로르에타민, 시클로포스파미드, 이포스파미드, 멜팔란, 클로람부실), 에틸렌이민 및 메틸멜라민 (예를 들면, 헥사메틸멜라민, 티오테파), 알킬 설포네이트 (예를 들면, 부설판), 니트로소우레아 (예를 들면, 카르무스틴, 로무스틴, 클로로조티신, 스트렙토조신) 및 트리아진 (예를 들면, 디카르바진), (b) 항대사물질, 예를 들면, 엽산 유사체 (예를 들면, 메토트렉세이트), 피리미딘 유사체 (예를 들면, 5-플루오로우라실, 플록수리딘, 시타라빈, 아자우리딘) 및 푸린 유사체 및 관련 물질 (예를 들면, 6-머캅토푸린, 6-티오구아닌, 펜토스타틴), (c) 천연 제품, 예를 들면, 빈카 알칼로이드 (예를 들면, 빈블라스틴, 빈크리스틴), 에피포도필로톡신 (예를 들면, 에토포시드, 테니포시드), 항생물질 (예를 들면, 닥티노마이신, 다우노루비신, 독소루비신, 블레오마이신, 플리카마이신 및 미톡산트론), 효소 (예를 들면, L-아스파라기나제), 및 생물학적 반응 개질제 (예를 들면, 인터페론-α), 및 (d) 기타 제제, 예를 들면, 백금 배위 복합물 (예를 들면, 시스플라틴, 카보플라틴), 치환된 우레아 (예를 들면, 하이드록시우레아), 메틸하이디아진 유도체 (예를 들면, 프로카르바진), 및 부신피질 억압제 (예를 들면, 탁솔 및 미토탄)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 시스플라틴은 특히 적합한 화학요법 제제이다.
시스플라틴은 암, 예를 들면, 전이 고환 또는 난소 암종, 진행성 방광 암, 두경부 암, 자궁경부 암, 폐 암 또는 다른 종양을 치료하기 위해 광범위하게 사용되었다. 시스플라틴은 경구 흡수되지 않고, 따라서, 다른 경로, 예를 들면, 정맥내, 피하, 종양내 또는 복강내 주사를 통해 전달되어야 한다. 시스플라틴은 단독으로 또는 다른 제제와 병용하여 총 3회 과정 동안 3 주마다 5 일 동안 약 15 mg/㎡ 내지 약 20 mg/㎡를 포함하는 임상적 적용에서 사용된 유효한 용량으로 사용할 수 있다는 것이 특정 실시형태에서 고려된다. 일부 실시형태에서, 치료학적 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드에 작동적으로 연결된 Egr-1 프로모터를 포함하는 작제물과 함께 세포 및/또는 대상자에게 전달되는 시스플라틴의 양은 시스플라틴을 단독 사용하는 경우 전달될 양보다 더 적다.
다른 적합한 화학요법 제제는 항미소관 제제, 예를 들면, 파클리탁셀 ("탁솔") 및 독소루비신 하이드로클로라이드 ("독소루비신")를 포함한다. 아데노바이러스 벡터를 통해 전달된 Egr-1 프로모터/TNFα 작제물 및 독소루비신의 병용은 화학요법 및/또는 TNF-α에 대한 저항성을 극복하기 위해 효과적인 것으로 결정되고, 이는 작제물 및 독소루비신을 사용한 병용 치료가 독소루비신 및 TNF-α 둘 다에 대한 저항성을 극복한다는 것을 제시한다.
독소루비신은 열악하게 흡수되고, 바람직하게는 정맥내 투여된다. 특정 실시형태에서, 성인을 위한 적합한 정맥내 용량은 약 21-일 간격으로 약 60 mg/㎡ 내지 약 75 mg/㎡ 또는 약 3 주 내지 약 4 주 간격으로 각각 반복된 2 또는 3 연속일로 약 25 mg/㎡ 내지 약 30 mg/㎡ 또는 약 20 mg/㎡ 주 1회 포함한다. 최저 용량은, 이전 화학요법 또는 신생물 골수 침습에 의해 야기된 이전 골수 억제가 있는 경우 또는, 약물이 다른 골수형성 억압제 약물과 병용되는 경우, 노인 환자에서 사용되어야 한다.
질소 머스타드는 본 개시내용의 방법에 유용한 또다른 적합한 화학요법 제제이다. 질소 머스타드는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 메클로레타민 (HN2), 사이클로포스파미드 및/또는 이포스파미드, 멜팔란 (L-사르콜리신), 및 클로람부실을 포함할 수 있다. 사이클로포스파미드 (CYTOXAN®)은 Mead Johnson에서 이용가능하고, NEOSTAR®은 Adria에서 시용가능함)는, 또다른 적합한 화학요법 제제이다. 성인을 위해 적합한 경구 용량은, 예를 들면, 약 1 mg/kg/일 내지 약 5 mg/kg/일, 정맥내 용량은, 예를 들면, 초기에 약 40 mg/kg 내지 약 50 mg/kg의 분할된 용량으로 약 2 일 내지 약 5 일의 기간 동안 또는 약 10 mg/kg 내지 약 15 mg/kg 약 7 일 내지 약 10 일마다 또는 약 3 mg/kg 내지 약 5 mg/kg 주 2회 또는 약 1.5 mg/kg/일 내지 약 3 mg/kg/일을 포함한다. 유해한 위장 효과 때문에, 정맥내 경로가 바람직하다. 약물은 또한 때때로 근육내, 침습에 의해 또는 체강으로 투여된다.
추가 적합한 화학요법 제제는 피리미딘 유사체, 예를 들면, 시타라빈 (시토신 아라비노시드), 5-플루오로우라실 (플루오우라실; 5-FU) 및 플록수리딘 (플루오로데-옥시우리딘; FudR)을 포함한다. 5-FU는 대상자에게 약 7.5 내지 약 1000 mg/㎡ 중 어느 것의 투여량으로 투여될 수 있다. 추가로, 5-FU 투약 스케줄은 다양한 시간 기간 동안, 예를 들면, 6 주 이하 동안, 또는 본원 개시내용이 관련된 기술분야의 숙련가게 의해 결정된 바와 같을 수 있다.
겜시타빈 디포스페이트 (GEMZAR®, Eli Lilly & Co., "겜시타빈"), 또다른 적합한 화학요법 제제는, 진행 및 전이 췌장 암의 치료를 위해 추천되고, 따라서, 본 개시내용에서 이들 암을 위해 또한 유용할 것이다.
환자에게 전달되는 화학요법 제제의 양은 가변적일 수 있다. 하나의 적합한 실시형태에서, 화학요법 제제는, 화학요법이 작제물과 함께 투여되는 경우, 숙주에서 암의 정지 또는 회귀를 야기하기 위해 효과적인 양으로 투여할 수 있다. 다른 실시형태에서, 화학요법 제제는 화학요법 제제의 화학요법 유효 용량보다 2 내지 10,000 배 적은 어느 것인 양으로 투여될 수 있다. 예를 들면, 화학요법 제제는 화학요법 제제의 화학요법 유효 용량보다 약 20 배 적은, 약 500 배 적은, 또는 심지어 약 5000 배 적은 양으로 투여될 수 있다. 본 개시내용의 화학요법은 작제물과 병용하여 목적하는 치료학적 활성을 위해 뿐만 아니라 효과적인 투여량의 측정을 위해 생체내 시험될 수 있다. 예를 들면, 이러한 화합물은 사람에서 시험하기 전에, 이에 제한되는 것은 아니지만, 래트, 마우스, 닭, 소, 원숭이, 토끼 등을 포함하여 적합한 동물 모델 시스템에서 시험될 수 있고, 시험관내 시험을 또한 사용하여 실시예에 기재된 바와 같이 적합한 병용물 및 투여량을 결정할 수 있다.
H. 수술
일부 실시형태에서, 추가 요법은 치료제로서 수술을 포함한다. 암을 갖는 사람의 대략적으로 60%는 일부 유형의 수술을 경험할 것이고, 예방, 진단 또는 스테이징(staging), 치료, 및 및 완화 수술을 포함한다. 치료적 수술은 절제를 포함하고, 여기서, 암성 조직의 전부 또는 일부는 신체적으로 제거, 절개, 및/또는 파괴되고, 다른 요법, 예를 들면, 본원 실시형태의 치료, 화학요법, 방사선요법, 호르몬 요법, 유전자 요법, 면역요법, 및/또는 대안적인 요법과 함께 사용될 수 있다. 종양 절제는 적어도 일부의 종양의 물리적 제거를 언급한다. 종양 절제에 추가하여, 수술에 의한 치료는 레이저 수술, 동결수술, 전기수술, 및 현미경-제어 수술 (모스(Mohs) 수술)을 포함한다.
일부 또는 전부의 암성 세포, 조직, 또는 종양 절개시, 공동이 체내 형성될 수 있다. 치료는 관류, 직접 주사, 또는 추가 항-암 요법을 사용하여 부위의 국소 적용으로 수행될 수 있다. 이러한 치료는, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 일마다, 또는 1, 2, 3, 4, 및 5 주마다 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 개월마다 반복될 수 있다. 이들 치료는 또한 투여량을 변화시킬 수 있다.
I. 항-EGFR 항체 및 항체-약물 접합체
특정 측면에서, 하나 이상의 항-EGFR 항체 또는 항체-유형 분자 (예를 들면, 항체-약물 접합체를 포함함)는 본 개시내용의 하나 이상의 EGFR 억제제와 병용하여 사용하기 위해 고려된다. 예를 들면, 본 개시내용의 치료학적 방법은 하나 이상의 항-EGFR 항체 (또는 이의 항체-약물 접합체)와 병용하여 하나 이상의 EGFR 억제제 (이러한 억제제는 환자의 EGFR 돌연변이 분류를 기초로 하여 선택될 수 있음)를 사용하여 환자를 치료함을 포함할 수 있다. 항-EGFR 항체는 당해 기술분야에 공지되어 있고, 예를 들면, 세툭시맙 및 아미반타맙을 포함한다. 특정 측면에서, 제2-세대 EGFR 억제제 및 아미반타맙 (또는 이의 항체-약물 접합체) 둘 다를 제공함을 포함하는 엑손 20 루프 삽입 EGFR 돌연변이 암 (예를 들면, 표 2.1-2.5의 돌연변이를 갖는 암)을 갖는 대상자의 치료 방법을 개시한다.
J. 신생혈관 억제제
특정 측면에서, 하나 이상의 신생혈관 억제제는 본 개시내용의 하나 이상의 EGFR 억제제와 병용하여 사용하기 위해 고려된다. 예를 들면, 본 개시내용의 치료학적 방법은 하나 이상의 신생혈관 억제제와 병용하여 하나 이상의 EGFR 억제제 (이러한 억제제는 환자의 EGFR 돌연변이 분류를 기초로 하여 선택할 수 있음)를 사용하여 환자를 치료함을 포함할 수 있다. 신생혈관 억제제는 당해 기술분야에 공지되어 있고, 예를 들면, 라무시루맙 및 베바시주맙을 포함한다.
K. 다른 제제
다른 치료제는 치료의 치료학적 효능을 향상시키는 본 실시형태의 특정 측면과 조합하여 사용될 수 있다는 것이 고려된다. 이들 추가 제제는 세포 표면 수용체 및 GAP 접합의 상향조절에 영향을 주는 제제, 세포증식억제 및 분화 제제, 세포 부착 억제제, 아폽토시스 유도제에 대한 과다증식성 세포의 민감도를 증가시키는 제제, 또는 다른 생물학적 제제를 포함한다. GAP 접합의 수 상승에 의한 세포간 신호전달의 증가는 인접 과다증식성 세포 집단에 미치는 항-과다증식성 효과를 증가시킬 것이다. 다른 실시형태에서, 세포증식억제 또는 분화 제제는 치료의 항-과다증식성 효능을 향상시키는 본 실시형태의 특정 측면과 조합하여 사용할 수 있다. 세포 부착의 억제제는 본 실시형태의 효능을 향상시키는 것으로 고려된다. 세포 부착 억제제의 예는 국소 부착 키나제 (FAK) 억제제 및 로바스타틴이다. 항체 c225와 같은 아폽토시스에 대한 과다증식성 세포의 민감도를 증가시키고, 본 실시형태의 특정 측면과 조합하여 치료 효능을 향상시키기 위해 사용할 수 있는 다른 제제가 추가로 고려된다
II. 암 치료
본 개시내용의 측면은 암을 앓고 있거나, 암을 갖는 것으로 의심되는 대상자를 치료함을 포함하는 방법을 지시한다. 일부 실시형태에서, 암은 폐 암이다. 일부 실시형태에서, 폐 암은 비-소세포 폐 암이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 샘암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 편평 세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 큰세포 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 선편평상피 암종이다. 일부 실시형태에서, 비-소세포 폐 암은 육종성 암종이다. 일부 실시형태에서, 폐 암은 소세포 폐 암이다. 일부 실시형태에서, 암은 폐 암이 아니다.
특정 실시형태에서, 암을 갖는 대상자의 종양 DNA를, 돌연변이가 실제 존재 및/또는 부재하는지에 상관없이, EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 분석 또는 측정하거나 평가한다. EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 임의의 적합한 방식으로 분석 또는 측정할 수 있다. 예를 들면, EGFR 유전자에서 돌연변이 ("EGFR 돌연변이")는 샘플로부터 DNA 및/또는 RNA (예를 들면, mRNA) 서열분석에 의해 확인될 수 있다. 특정한 경우, EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 암은 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 증가된 민감도 (또는 감소된 저항성)을 갖는다. 특정한 경우, EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 암은 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 감소된 민감도 (또는 증가된 저항성)를 갖는다.
일부 실시형태에서, 개시된 방법은 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 포함하는 조성물의 치료학적 유효량을 투여함을 포함하여 암 (예를 들면, 폐 암, 예를 들면, 비-소세포 폐 암)을 앓고 있는 대상자를 치료함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 키나제 억제제는 동일한 부류이다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 키나제 억제제는 상이한 부류이다. 본원에 사용된 용어 "치료학적 유효량"은 "유효량", "치료학적으로 효과적인 용량", 및/또는 "효과적인 용량"과 동의어이고, 목적하는 결과를 생성하고 치료될 특정한 상태에 목적하는 효과를 발취하기 위해 충분한 제제의 양을 언급한다. 일부 실시형태에서, 치료학적 유효량은 병리학적, 비정상 또는 그렇지 않으면 목적하지 않는 상태와 연관된 적어도 하나의 증상, 거동 또는 사건을 개선하기 위해 충분한 양 또는 이러한 상태가 발생 또는 재발할 가능성을 예방하거나 약화시키기 위해 충분한 양 또는 이러한 상태의 악화를 지연시키기 위해 충분한 양이다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 유효량은 대상자에서 암을 치료 또는 예방할 수 있는 하나 이상의 키나제 억제제를 포함하는 조성물의 양을 언급한다. 유효량은 치료되는 유기체 또는 개인에 좌우되어 가변적일 수 있다. 개시된 방법의 특정한 적용을 위해 투여하기에 적합한 유효량은 당해 기술분야의 숙련가에 의해, 본원에 제공된 지침을 사용하여 결정될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "치료", "치료하다", 또는 "치료하는"은 치료될 대상자의 자연스러운 과정을 변경시키는 시도에서 간섭을 언급하고, 예방을 위해 또는 질환 또는 상태의 병리학 과정 동안 수행될 수 있다. 치료는, 예를 들면, 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상 중증도의 경감 또는 감소, 및 질환의 임의의 직접적 또는 간접적 병리학적 결과의 축소, 질환 확산의 예방, 질환 진행 속도의 저하, 질환 상태의 개선 또는 일시적 완화, 및 관해 또는 개선된 예후를 포함하는 다양한 목적하는 결과 중 하나 이상을 수행하기 위해 수행될 수 있다.
본 개시내용의 방법은 하나 이상의 키나제 억제제에 대한 암의 민감도 (또는 저항성)를 기초로 하여 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 사용하여 암 (예를 들면, 폐 암, 예를 들면, 비-소세포 폐 암)을 치료하기 위한 조성물 및 방법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 암은 상이한 키나제 억제제 부류로부터 키나제 억제제보다 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 큰 민감성 (또는 더 적은 저항성)이다. 일부 경우, 상기 방법은 암이 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 큰 민감성 (또는 더 적은 저항성)인지 아닌지 여부는 불확실한 대상자를 위해 이용되는 반면, 다른 경우 상기 방법은 암이 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 큰 민감성 (또는 더 적은 저항성)인 것으로 공지된 대상자를 위해 이용된다. 다른 경우, 암이 대상자에 대해 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 큰 민감성 (또는 더 적은 저항성)인 것이 결정되었지만, 본 개시내용의 방법은 일상적인 문제로서 또는 대상자의 일반적인 치료를 위해 여전히 이용된다. 일부 경우, 상기 방법은 암이 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 적은 민감성 (또는 더 큰 저항성)인지 아닌지 여부는 불확실한 대상자를 위해 이용되는 반면, 다른 경우 상기 방법은 암이 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 적은 민감성 (또는 더 큰 저항성)인 것으로 공지된 대상자를 위해 이용된다. 다른 경우, 암이 대상자에 대해 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 더 적은 민감성 (또는 더 큰 저항성)인 것으로 결정되었지만, 본 개시내용의 방법은 일상적인 문제로서 또는 대상자의 일반적인 치료를 위해 여전히 이용된다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 치료하기 위해 사용되는 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 선택은 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대한 암을 갖는 대상자로부터 종양 DNA의 분석 결과일 수 있다. 일부 경우, 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 선택은 대상자의 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대한 암을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석 결과이고, 분석 결과는 암을 치료하기 위해 사용되는 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 결정한다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 전형적-유형 EGFR 돌연변이이다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 엑손 20 루프 삽입 (ex20ins) 돌연변이이다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 T790M-유형-3S 돌연변이이다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 T790M-유형-3R 돌연변이이다. 일부 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 P-루프 및 α-C-나선 압축 (PACC) 돌연변이이다.
A. 전형적-유형 EGFR 돌연변이
일부 경우, 암을 갖는 대상자 (예를 들면, 폐 암, 예를 들면, 비-소세포 폐 암)는 하나 이상의 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정되고, 암을 치료하기 위해 선택된 하나 이상의 키나제 억제제는 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI를 포함할 수 있다. 전형적-유형 EGFR 돌연변이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기 표 1.1-1.5에 제공된 것들을 포함한다. 본 개시내용의 전형적-유형 EGFR 돌연변이는 표 1.1-1.5의 돌연변이 중 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 또는 34개를 포함할 수 있다. 표 1.1-1.5의 임의의 하나 이상의 돌연변이는 본 개시내용의 측면에서 제외될 수 있다. "전형적-유형" EGFR 돌연변이는 EGFR 단백질의 ATP 결합 포켓으로부터 원위에 있는 EGFR 돌연변이를 기술한다. 본원에 개시된 TKI에 대한 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 포함하는 세포의 반응의 예가 또한 제공된다. 데이터는 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 세포에 대해 제공된 TKI에 대한 IC50 값 대 야생형 EGFR을 갖는 세포에 대한 IC50 값의 비를 나타낸다.
표 1.1
Figure pct00001
표 1.2
Figure pct00002
표 1.3
Figure pct00003
표 1.4
Figure pct00004
표 1.5
Figure pct00005
따라서, 일부 실시형태에서, 폐 암 (예를 들면, NSCLC)에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 EGFR 억제제 (예를 들면, 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 사파티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 전형적-유형 돌연변이이다. 일부 실시형태에서, 전형적-유형 EGFR 돌연변이는 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M이다. 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 전형적-유형 돌연변이임; 및 (b) 하나 이상의 EGFR 억제제 (예를 들면, 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 사파티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 측면에서, 전형적-유형 EGFR 돌연변이는 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M이다. 선행하는 EGFR 돌연변이 중 임의의 하나 이상은 본 개시내용의 측면에서 제외될 수 있다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 에를로티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 게피티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZD3759를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 사파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 아파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 다코미티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 네라티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록스-TKI를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록소티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAS6417 (CLN-081)을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZ5104를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAK-788 (모보세르티닙)을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 오시머티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나자르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 올무티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 로셀리티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나쿠오티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 라제르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A702T이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A763insFQEA이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A763insLQEA이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D761N이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709K L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del A647T이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del L41W이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del R451H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del E746_A750del이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 K754E이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_E749del A750P이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_T751del L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L833F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L833V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R A289V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R E709V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R L833F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R P100T이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R P848L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R R108K이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R R324H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R R324L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R S784F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R S784Y이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T725M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R V834L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L861R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S720P이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S784F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S811F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 T725M이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
B. 엑손 20 루프 삽입 돌연변이
일부 경우, 암 (예를 들면, 폐 암, 예를 들면, 비-소세포 폐 암)을 갖는 대상자는 하나 이상의 엑손 20 루프 삽입 (ex20ins) EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정되고, 선택된 키나제 억제제는 제2-세대 TKI 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 TKI를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, Ex20ins EGFR 돌연변이는 Ex20ins 근위-루프 (NL) 돌연변이이다. Ex20ins EGFR 돌연변이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기 표 2.1-2.5에 제공된 것들을 포함한다. "Ex20ins" EGFR 돌연변이는 EGFR 단백질의 α-c-나선의 c-말단에서 돌연변이를 포함하는 EGFR 유전자의 엑손 20에서 삽입 돌연변이인 EGFR 돌연변이를 기술한다. 본원에 개시된 TKI에 대한 ex20ins EGFR 돌연변이를 포함하는 세포의 반응의 예가 또한 제공된다. 데이터는 ex20ins EGFR 돌연변이를 갖는 세포에 대해 제공된 TKI에 대한 IC50 값 대 야생형 EGFR을 갖는 세포에 대한 IC50 값의 비를 나타낸다.
표 2.1
Figure pct00006
표 2.2
Figure pct00007
표 2.3
Figure pct00008
표 2.4
Figure pct00009
표 2.5
Figure pct00010
Figure pct00011
따라서, 일부 실시형태에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 제2-세대 또는 Exon20 루프 삽입-특이적 EGFR 억제제 (예를 들면, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 Exon20 근위-루프 삽입 (ex20ins-NL) 돌연변이이다. 일부 측면에서, Exon20ins-NL 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP이다. 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 Exon20ins-NL 돌연변이임; 및 (b) 하나 이상의 제2-세대 또는 Exon20 루프 삽입-특이적 EGFR 억제제 (예를 들면, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, TAS6417 (CLN-081), AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 측면에서, ex20ins-NL 돌연변이는 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP이다. EGFR 억제제를 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 Exon20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는 방법이 추가로 개시된다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 아파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 다코미티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 네라티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록스-TKI를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록소티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAS6417 (CLN-081)을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZ5104를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 TAK-788 (모보세르티닙)을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A767_V769dupASV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A767_S768insTLA이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD L858Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD R958H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768_D770dupSVD V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insASV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insGSV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insGVV이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769_D770insMASVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771insNPG이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771insSVD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770del insGY이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771 insG이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 D770_N771 insY H773Y이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771dupN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771dupN G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771_P772insHH이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771_P772insSVDNR이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 P772_H773insDNP이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
C. T790M-유형 돌연변이
일부 경우, 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자는 하나 이상의 T790M-유형-EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된다. "T790M-유형" EGFR 돌연변이는 소수성 틈새(cleft)에서 적어도 하나의 돌연변이를 포함하고; 하나 이상의 공지된 저항성 돌연변이의 첨가는 전형적 EGFR TKI에 대한 민감도를 감소시킬 수 있다. 일부 경우, 암을 갖는 대상자는 하나 이상의 T790M-유형-EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정되지만, "T790M-유형-3S" 돌연변이로서 본원에 언급되는 저항성 돌연변이 (즉, 전형적 EGFR TKI에 저항성을 부여하는 C797S37,38, L718X18,24, 또는 L792H23,24)는 검출되지 않고, 선택된 키나제 억제제는 제3-세대 TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 TKI, ALK 억제제, 및/또는 PKC 억제제를 포함할 수 있다. T790M-유형-3S EGFR 돌연변이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기 표 3.1-3.5에 제공된 것들을 포함한다. T790M-유형-3S EGFR 돌연변이는 EGFR 단백질의 소수성 코어에 존재하는 EGFR 돌연변이를 기술할 수 있다. 본원에 개시된 TKI에 대한 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 포함하는 세포의 반응의 예가 또한 제공된다. 데이터는 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 세포에 대해 제공된 TKI에 대한 IC50 값 대 야생형 EGFR을 갖는 세포에 대한 IC50 값의 비를 나타낸다.
표 3.1
Figure pct00012
표 3.2
Figure pct00013
표 3.3
Figure pct00014
표 3.4
Figure pct00015
표 3.5
Figure pct00016
따라서, 일부 실시형태에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 제3-세대 EGFR 억제제, PKC 억제제, 및/또는 ALK 억제제 (예를 들면, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 브리가티닙, AZD3463, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 T790M-유형-3S 돌연변이이다. 일부 측면에서, T790M-유형-3S 돌연변이는 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M이다. 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 T790M-유형-3S 돌연변이임; 및 (b) 하나 이상의 제3-세대 EGFR 억제제, PKC 억제제, 및/또는 ALK 억제제 (예를 들면, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, 브리가티닙, AZD3463, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다. EGFR 억제제를 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는 방법이 추가로 개시된다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 오시머티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나자르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 올무티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 로셀리티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 나쿠오티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 라제르티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법을 브리가티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZD3463을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 루복시스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 미도스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 소트라스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M L718V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 H773R T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 I744_E749del insMKK이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_K754 delinsATSPE이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M V843I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 T790M이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
일부 경우, 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자는 하나 이상의 T790M-유형 EGFR 돌연변이 및 "T790M-유형-3R" 돌연변이로서 본원에 언급되는 하나 이상의 저항성 돌연변이 (즉, 전형적 EGFR TKI에 저항성을 부여하는 C797S37,38, L718X18,24, 또는 L792H23,24)를 갖는 것으로 결정되고, 선택된 키나제 억제제는 ALK 억제제 또는 PKC 억제제를 포함할 수 있다. T790M-유형-3R EGFR 돌연변이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기 표 4.1-4.5에 제공된 것들을 포함한다. T790M-유형-3R EGFR 돌연변이는 EGFR 단백질 (예를 들면, T790M)의 소수성 코어 내의 돌연변이 및 또한 EGFR 단백질 (예를 들면, C797S, L718X, 또는 L792H)의 소수성 코어 밖의 돌연변이를 포함하는 EGFR 돌연변이를 기술할 수 있다. 본원에 개시된 TKI에 대한 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 포함하는 세포의 반응의 예가 또한 제공된다. 데이터는 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 세포에 대해 제공된 TKI에 대한 IC50 값 대 야생형 EGFR을 갖는 세포에 대한 IC50 값의 비를 나타낸다.
표 4.1
Figure pct00017
표 4.2
Figure pct00018
표 4.3
Figure pct00019
표 4.4
Figure pct00020
표 4.5
Figure pct00021
따라서, 일부 실시형태에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 PKC 억제제 및/또는 ALK 억제제 (예를 들면, 브리가티닙, AZD3463, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 T790M-유형-3R 돌연변이이다. 일부 측면에서, T790M-유형-3R 돌연변이는 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, L858R T790M L718Q, 또는 L858R T790M L718V이다. 티로신 키나제 억제제를 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는 방법이 추가로 개시되고, 여기서, 티로신 키나제 억제제는 EGFR 억제제가 아니다.
폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 T790M-유형-3R 돌연변이임; 및 (b) 하나 이상의 PKC 억제제 및/또는 ALK 억제제 (예를 들면, 브리가티닙, AZD3463, 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 측면에서, T790M-유형-3R 돌연변이는 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q이다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 브리가티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 AZD3463을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 루복시스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 미도스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 소트라스타우린을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T790M L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718Q T790M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T790M L718Q이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 TAS6417 (CLN-081), AZ5104, 또는 TAK-788 (모보세르티닙)을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
D. PACC 돌연변이
일부 실시형태에서, 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자는, 돌연변이, 예를 들면, G719X, L747X, S768I, L792X, 및 T854I 및 다른 것들을 포함하는 EGFR 엑손 18-21을 포괄하는 돌연변이를 포함하는 하나 이상의 P-루프 및 αC-나선 압축 (PACC) 돌연변이를 갖는 것으로 결정되고, 선택된 키나제 억제제는 제2-세대 TKI를 포함할 수 있다. PACC EGFR 돌연변이는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기 표 5.1-5.5에 제공된 것들을 포함한다. "PACC" EGFR 돌연변이는 ATP 결합 포켓의 내부에 및/또는 α-c-나선의 c-말단에 존재하는 EGFR 돌연변이를 기술한다. 본원에 개시된 TKI에 대한 PACC EGFR 돌연변이를 포함하는 세포의 반응의 예가 또한 제공된다. 데이터는 PACC EGFR 돌연변이를 갖는 세포에 대해 제공된 TKI에 대한 IC50 값 대 야생형 EGFR을 갖는 세포에 대한 IC50 값의 비를 나타낸다.
표 5.1
Figure pct00022
표 5.2
Figure pct00023
표 5.3
Figure pct00024
Figure pct00025
표 5.4
Figure pct00026
표 5.5
Figure pct00027
Figure pct00028
따라서, 일부 실시형태에서, 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 개시되고, 상기 방법은 하나 이상의 제2-세대 EGFR 억제제 (예를 들면, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 여기서, EGFR 돌연변이는 PACC 돌연변이이다. 일부 측면에서, PACC 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M이다. 폐 암에 대해 대상자를 치료하는 방법이 또한 개시되고, 상기 방법은: (a) 대상자로부터 종양 DNA에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계, 여기서, EGFR 돌연변이는 PACC 돌연변이임; 및 (b) 하나 이상의 제2-세대 EGFR 억제제 (예를 들면, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, 또는 이의 조합)의 유효량을 대상자에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 측면에서, PACC 돌연변이는 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M이다. 티로신 키나제 억제제를 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는 방법이 추가로 개시되고, 여기서, 티로신 키나제 억제제는 EGFR 억제제가 아니다.
일부 실시형태에서, 상기 방법은 아파티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 다코미티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 네라티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록스-TKI를 대상자에게 투여함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 상기 방법은 탈록소티닙을 대상자에게 투여함을 포함한다.
일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 A750_I759del insPN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709_T710del insD이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A G719A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709A G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709K이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709K G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E736K이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del A647T이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_A750del R675W이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E746_T751del insV S768C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del G796S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del T854I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A D761Y이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A R776C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719A S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719C S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G719S S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S Ex19del이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G724S L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 G779F이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 I740dupIPVAK이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 K757M L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 K757R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 Ex19del이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718Q L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718V이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L718V L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747_S752del A755D이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747P이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L747S V774M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R C797S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R L792H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 L858R T854S이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 N771G이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 R776C이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 R776H이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 E709_T710del insD S22R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S752_I759del V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I L858R이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I L861Q이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I V769L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 S768I V774M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 T751_I759 delinsN이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769L이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V769M이다. 일부 실시형태에서, EGFR 돌연변이는 V774M이다.
일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법으로 이전에 치료되었다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 에를로티닙, 게피티닙, AZD3759, 또는 사파티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 화학요법을 포함하였다. 일부 실시형태에서, 대상자는 암 요법에 저항성인 것으로 결정되었다.
일부 실시형태에서, 개시된 방법은, 대상자의 종양의 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이의 존재 또는 부재를 기초로 하여, 하나 이상의 대상자를 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 사용한 치료를 위한 후보자인 것으로 확인함을 포함한다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자를, 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 효능이 최적이거나 최적일 것인지를 측정하여 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 사용하는 치료를 위한 후보자인 것으로 확인하는 방법을 개시한다. 일부 경우, 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제는, 대상자가 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 증가된 민감도 (또는 감소된 저항성)을 부여하는 대상자의 종양에서 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는 경우, 최적이거나 최적일 수 있다. 일부 경우, 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제는, 대상자가 하나 이상의 키나제 억제제에 대해 감소된 민감도 (또는 증가된 저항성)를 부여하는 대상자의 종양에서 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는 경우, 차선이거나 차선일 수 있다. 일부 실시형태에서, 개시된 방법은, 현행 또는 이전 암 치료가 차선이거나 차선이었던 대상자에 대해 최적 암 치료를 결정함을 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상자에게 다중 유형의 암 요법, 예를 들면 다중 키나제 억제제 요법이 제공된다.
특정 실시형태에서, 본 개시내용은, 대상자의 종양에서 하기 바이오마커 중 하나 이상을 분석하는 것으로 기초로 하여, 암을 갖는 대상자에서 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대한 민감도 또는 저항성을 예측하는 방법에 관한 것이다: (1) 전형적-유형 EGFR 돌연변이; (2) 엑손 20 근위-루프 삽입 (ex20ins-NL) EGFR 돌연변이; (3) 엑손 20 원위-루프 삽입 (ex20ins-FL) EGFR 돌연변이, (4) T790M-유형-3S EGFR 돌연변이; (5) T790M-유형-3R EGFR 돌연변이; 또는 (6) PACC EGFR 돌연변이.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은, 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제에 대한 민감도 또는 저항성의 가능성을 포함하는, 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자 및 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 사용하는 치료를 필요로 하는 대상자를 위한 요법 결과를 예측하는 방법에 관한 것이다. 상기한 (1), (2), (3), (4), (5), 또는 (6)을 분석하여, 암을 치료할지 여부 또는 암을 치료하는 가장 좋은 방법 또는 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 어느 것을 암을 치료하기 위해 투여할지를 결정한다.
따라서, 일부 실시형태에서, 제공된 키나제 억제제에 대한 민감도 또는 저항성의 가능성은 대상자의 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석을 기초로 하여 결정된다. 이러한 경우, 종양 DNA 분석의 결과로서, 암을 치료하기 위한 표적화 치료학적 전략이 대상자에게 투여된다. 예를 들면, 대상자에게 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 가짐을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI에 대한 민감도가 증가할 가능성 (또는 저항성이 감소할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다. 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖지 않음을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI에 대한 민감도가 감소할 가능성 (또는 저항성이 증가할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 대안적인 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 ex20ins-NL EGFR 돌연변이를 가짐을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI에 대한 민감도가 증가할 가능성 (또는 저항성이 감소할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다. 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 ex20ins-NL EGFR 돌연변이를 갖지 않음을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI에 대한 민감도가 감소할 가능성 (또는 저항성이 증가할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 대안적인 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 가짐을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제3-세대 EGFR TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI, ALK 억제제, 또는 PKC 억제제에 대한 민감도가 증가할 가능성 (또는 저항성이 감소할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 제3-세대 EGFR TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI, ALK 억제제, 또는 PKC 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다. 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖지 않음을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제3-세대 EGFR TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI, ALK 억제제, 또는 PKC 억제제에 대한 민감도가 감소할 가능성 (또는 저항성이 증가할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 대안적인 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 가짐을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 ALK 억제제 또는 PKC 억제제에 대한 민감도가 증가할 가능성 (또는 저항성이 감소할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 ALK 억제제 또는 PKC 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다. 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖지 않음을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 ALK 억제제 또는 PKC 억제제에 대한 민감도가 감소할 가능성 (또는 저항성이 증가할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 대안적인 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 PACC EGFR 돌연변이를 가짐을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI에 대한 민감도가 증가할 가능성 (또는 저항성이 감소할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다. 암 (예를 들면, 폐 암)을 갖는 대상자의 종양 DNA의 분석이 EGFR 유전자에서 하나 이상의 돌연변이에 대해 대상자가 하나 이상의 PACC EGFR 돌연변이를 갖지 않음을 지시하는 경우, 대상자는 하나 이상의 제2-세대 EGFR TKI에 대한 민감도가 감소할 가능성 (또는 저항성이 증가할 가능성)을 가질 수 있고, 대상자에게, 일부 경우, 이어서 하나 이상의 대안적인 키나제 억제제의 치료학적 유효량이 제공될 수 있다.
III. 샘플 제조
특정 측면에서, 상기 방법은 대상자로부터 샘플 (또한 "생물학적 샘플")을 입수하는 것을 수반한다. 본원에 제공된 입수 방법은 생검 방법, 예를 들면, 미세 바늘 흡인, 코어 바늘 생검, 진공 보조 생검, 절개 생검, 절제 생검, 펀치 생검, 표층 생검 또는 피부 생검을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서 샘플은 이전에 언급한 생검 방법 중 어느 것으로 폐 조직으로부터 생검을 입수한다. 다른 실시형태에서 샘플은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 비-암성 또는 암성 조직 및 혈청으로부터 비-암성 또는 암성 조직, 담낭, 점막, 피부, 심장, 폐, 유방, 췌장, 혈액, 간, 근육, 신장, 평활근, 방광, 결장, 장, 뇌, 전립선, 식도, 또는 갑상샘 조직을 포함하는 본원에 제공된 조직 중 어느 것으로부터 입수할 수 있다. 일부 측면에서, 샘플은 암성 또는 비-암성 폐 조직 샘플이다. 대안적으로, 샘플은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 혈액, 땀, 모낭, 협측 조직, 눈물, 월경, 대변, 또는 타액을 포함하는 임의의 다른 공급원으로부터 입수할 수 있다. 현행 방법의 특정 측면에서, 임의의 의료 전문가, 예를 들면, 의사, 간호사 또는 의학적 기술자는 시험을 위해 생물학적 샘플을 입수할 수 있다. 또한 추가로, 생물학적 샘플은 의료 전문가의 도움 없이 입수할 수 있다.
샘플은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 세포로부터 또는 대상자의 세포로부터 유도된 조직, 세포, 또는 생물학적 물질을 포함할 수 있다. 생물학적 샘플은 이종 또는 동종 집단의 세포 또는 조직일 수 있다. 생물학적 샘플은 본원에 기재된 분석 방법을 위해 적합한 샘플을 제공할 수 있는 당해 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 입수할 수 있다. 샘플은, 이에 제한되는 것은 아니지만,: 피부 또는 자궁경부의 긁음, 볼의 면봉닦기, 타액 수집물, 소변 수집물, 대변 수집물, 월경 수집물, 눈물, 또는 정액을 포함하는 비-침습적 방법으로 입수할 수 있다.
샘플은 당해 기술분야에 공지된 방법에 의해 입수할 수 있다. 특정 실시형태에서 샘플은 생검으로 입수된다. 다른 실시형태에서 샘플은 면봉닦기, 내시경검사, 긁음, 정맥절개, 또는 당해 기술분야에 공지된 임의의 다른 방법으로 입수할 수 있다. 일부 경우, 샘플은 본원 방법의 키트의 컴포넌트를 사용하여 입수, 저장 또는 수송할 수 있다. 일부 경우, 다중 샘플, 예를 들면, 다중 폐 조직 샘플은 진단을 위해 본원에 기재된 방법에 의해 입수할 수 있다. 다른 경우, 다중 샘플, 예를 들면, 하나의 조직 유형 (예를 들면 폐)으로부터 하나 이상의 샘플 및 또다른 표본 (예를 들면 혈청 또는 혈액)으로부터 하나 이상의 샘플을 진단을 위한 방법으로 입수할 수 있다. 일부 경우, 다중 샘플, 하나의 조직 유형 (예를 들면, 폐)으로부터 하나 이상의 샘플 및 또다른 표본 (예를 들면, 혈청 또는 혈액)으로부터 하나 이상의 샘플을 동일한 또는 상이한 시간에 입수할 수 있다. 샘플은 상이한 시간에 입수할 수 있고, 상이한 방법으로 저장 및/또는 분석할 수 있다. 예를 들면, 샘플은 입수하고, 일반적 염색 방법 또는 임의의 다른 세포학적 분석 방법, 서열분석 (예를 들면, DNA 또는 RNA 서열분석), 마이크로어레이, 또는 임의의 다른 유전적 분석 방법으로 분석할 수 있다.
일부 실시형태에서 생물학적 샘플은 내과의사, 간호사, 또는 다른 의료 전문가, 예를 들면, 의학적 기술자, 내분비학자, 세포학자, 정맥학자, 방사선 전문의, 또는 폐전문의가 입수할 수 있다. 의료 전문가는 샘플을 수행하기 위한 적합한 시험 또는 검정을 지시할 수 있다. 특정 측면에서 분자 프로파일링 회사는 검정 또는 시험이 가장 적합하게 지시되는지에 대해 상담할 수 있다. 현행 방법의 추가 측면에서, 환자 또는 대상자는 의료 전문가의 도움 없이 시험하기 위해 생물학적 샘플을 입수할 수 있고, 전혈 샘플, 소변 샘플, 대변 샘플, 협측 샘플, 또는 타액 샘플을 입수할 수 있다.
다른 경우, 샘플은 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기를 포함하는 침습적 절차로 입수될 수 있다: 생검, 바늘 흡인, 내시경검사, 또는 정맥절개. 바늘 흡인 방법은 추가로 미세 바늘 흡인, 코어 바늘 생검, 진공 보조 생검, 또는 거대 코어 생검을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 다중 샘플은 충분한 양의 생물학적 물질을 보장하기 위한 방법으로 입수할 수 있다.
일부 경우, 생물학적 샘플은 무-세포 샘플 (예를 들면, 혈청 샘플)이다. 이러한 경우, 생물학적 샘플은 무-세포 핵산, 예를 들면, DNA (예를 들면, 무-세포 종양 DNA, 무-세포 태아 DNA) 또는 RNA (예를 들면, 무-세포 종양 RNA, 무-세포 태아 RNA)를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 무-세포 생물학적 샘플은 폐 암으로부터 DNA 또는 RNA를 포함하거나, 포함하는 것으로 의심받는다.
생물학적 샘플을 입수하는 일반적인 방법은 또한 당해 기술분야에 공지되어 있다. 본원에 이의 전문이 포함된 간행물[참조: Ramzy, Ibrahim Clinical Cytopathology and Aspiration Biopsy 2001]은, 일반적인 생검 방법 및 세포학적 방법을 기술한다. 하나의 실시형태에서, 샘플은 폐 또는 의심되는 폐 종양 또는 신생물의 미세 바늘 흡인물이다. 일부 경우, 미세 바늘은 흡인물 샘플링 절차는 초음파, X-선, 또는 다른 영상화 장치를 사용하여 안내될 수 있다.
본원 방법의 일부 실시형태에서, 분자 프로파일링 회사는 직접적으로 대상자로부터, 의료 전문가로부터, 제삼자로부터, 또는 분자 프로파일링 회사 또는 제삼자가 제공한 키트로부터 생물학적 샘플을 입수할 수 있다. 일부 경우, 생물학적 샘플은 대상자, 의료 전문가, 또는 제삼자가 획득하고 생물학적 샘플을 분자 프로파일링 회사에 보낸 후, 분자 프로파일링 회사가 입수할 수 있다. 일부 경우, 분자 프로파일링 회사는 분자 프로파일링 회사로 생물학적 샘플의 저장 및 수송을 위한 적합한 컨테이너, 및 부형제를 제공하였다.
본원에 기재된 방법의 일부 실시형태에서, 의료 전문가는 초기 진단 또는 샘플 획득에 관여할 필요가 없다. 개인은 대안적으로 샘플을 처방전 없이 살 수 있는 일반 의약품 (OTC) 키트 사용을 통해 입수할 수 있다. OTC 키트는 본원에 기재된 상기 샘플을 입수하기 위한 수단, 검사를 위해 상기 샘플을 저장하기 위한 수단, 및 키트의 적합한 사용을 위한 지시서를 포함할 수 있다. 일부 경우, 분자 프로파일링 서비스는 키트의 구매 가격에 포함된다. 다른 경우, 분자 프로파일링 서비스는 개별적으로 지불된다. 분자 프로파일링 회사에 의해 사용하기 위한 적합한 샘플은 검사받는 개인의 조직, 세포, 핵산, 유전자, 유전자 단편, 발현 생성물, 유전자 발현 생성물, 또는 유전자 발현 생성물 단편을 포함하는 임의의 물질일 수 있다. 샘플 적합성 및/또는 적절성을 결정하는 방법이 제공된다.
일부 실시형태에서, 대상자는 종양학자, 외과의, 또는 내분비학자와 같은 전문가를 언급할 수 있다. 전문가는 또한 시험하기 위해 생물학적 샘플을 입수할 수 있고, 개인에게 생물학적 샘플의 제출을 위한 시험 센터 또는 실험실을 지시할 수 있다. 일부 경우 의료 전문가는 대상자에게 생물학적 샘플의 제출을 위한 시험 센터 또는 실험실을 지시할 수 있다. 다른 경우, 대상자는 샘플을 제공할 수 있다. 일부 경우, 분자 프로파일링 회사는 샘플을 입수할 수 있다.
IV. 검정 방법
A. 서열분석
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 서열분석 방법을 포함한다. 예시적인 서열분석 방법은 하기에 기재된 것을 포함한다.
1. 대량 병렬 시그니처 서열분석 (MPSS).
차-세대 서열분석 기술의 첫번째, 대량 병렬 시그니처 서열분석 (또는 MPSS)은, Lynx Therapeutics에서 1990년대에 개발되었다. MPSS는 어댑터 결찰, 이어서, 어댑터 디코딩의 복합 접근법을 사용한 비드-기반 방법이고, 서열을 4개의 뉴클레오티드의 증분으로 판독한다. MPSS 처리량의 본질적 성질은 후기 "차-세대" 데이터 타입의 전형이고, 수백 수천의 짧은 DNA 서열을 포함한다. MPSS의 경우, 이들을 전형적으로 유전자 발현 수준의 측정을 위해 서열분석 cDNA에 대해 사용하였다.
2. 폴로니(polony) 서열분석.
하바드에서 조지 엠. 처치(George M. Church)의 실험실에서 개발된, 폴로니 서열분석 방법은, 첫번째 차-세대 서열분석 시스템 중에 있고, 2005년 대에 전체 게놈을 서열분석하기 위해 사용하였다. 이는 이. 콜리 게놈을 서열분석하기 위해 시험관내 페어링된-태그 라이브러리를 에멀젼 PCR, 자동화 현미경, 및 결찰-기반 서열분석 화학을 함께 합하고, >99.9999%의 정확도이고, 서열분석의 대략적으로 1/9의 비용이다.
3. 454 파이로서열분석.
파이로서열분석의 병렬 버젼은 오일 용액 중 물 액적 내에 DNA를 증폭시키고 (에멀젼 PCR), 각각의 액적은 이후에 클론성 집락을 형성하는 단일 프라이머-코팅된 비드에 부착된 단일 DNA 템플레이트를 포함한다. 서열분석 기계는 다수의 피코리터-용적 웰을 포함하고, 각각은 단일 비드 및 서열분석 효소를 포함한다. 파이로서열분석은 발생기 DNA에 부가된 개별 뉴클레오티드의 검출을 위해 광을 생성하는 루시퍼라제를 사용하고, 합한 데이터를 사용하여 서열 판독을 생성한다. 이러한 기술은 하나의 말단 상 Sanger 서열분석 및 다른 말단 상 Solexa 및 SOLiD과 비교하여 염기당 중간 판독 길이 및 비용을 제공한다.
4. 일루미나 (Illumina) (솔렉사(Solexa)) 서열분석.
이러한 방법에서, DNA 분자 및 프라이머는 첫번째로 슬라이드 상에 부착되고, 폴리머라제로 증폭되어 국소 클론성 DNA 집락, 이후에 주조된 "DNA 클러스터"가, 형성된다. 서열을 결정하기 위해, 4개의 타입의 가역적 종료자 염기 (RT-염기)가 첨가되고, 비-도입된 뉴클레오티드가 세척제거된다. 카메라로 형광 표지화된 뉴클레오티드를 촬영하고, 이어서, 염료를, 터미널 3' 차단제와 함께, DNA로부터 화학적으로 제거하고, 다음 사이클을 시작하게 한다. 파이로서열분석과 달리, DNA 쇄는 한번에 하나의 뉴클레오티드로 연장되고, 영상 취득을 지연된 순간에 수행할 수 있고, 매우 큰 어레이의 DNA 집락을 단일 카메라로 촬영된 순차적인 영상으로 캡춰되게 한다.
효소적 반응 및 영상 캡춰의 분리는 최적 처리량 및 이론적으로 비제한적인 서열분석 능력을 가능하게 한다. 최적 배치를 사용하여, 이에 따라 궁극적으로 도달가능한 장치 처리량은 카메라의 유사체-대-디지털 전환율에 의해서만 지시하고, 카메라의 수를 곱하고, 최적으로 가시화하기 위해 요구되는 DNA 집락당 픽셀의 수로 나눈다 (대략적으로 10 픽셀/집락).
5. SOLiD 서열분석.
SOLiD 기술은 결찰에 의한 서열분석을 이용한다. 여기서, 고정된 길이의 모든 가능한 올리고뉴클레오티드의 풀(pool)은 서열분석된 위치에 따라서 표지화된다. 올리고뉴클레오티드는 어닐링되고, 결찰되고; 매칭 서열에 대해 DNA 리가제에 의한 우선 결찰은 당해 위치에서 뉴클레오티드의 신호 정보를 야기한다. 서열분석 전에, DNA를 에멀전 PCR에 의해 증폭시킨다. 단일 카피의 동일한 DNA 분자를 포함하는 수득한 비드 각각은, 유리 슬라이드 상에 침착된다. 결과는 Illumina 서열분석과 비교할 만한 수량 및 길이의 서열이다.
6. 이온 토렌트 반도체 서열분석.
Ion Torrent Systems Inc.는 표준 서열분석 화학을 사용하는 것을 기반으로 하지만 반도체 기반 검출 시스템을 갖는 시스템을 개발하였다. 이러한 서열분석 방법은 다른 서열분석 시스템에서 사용되는 광학 방법에 반대되는 DNA의 중합 동안 방출되는 수소 이온의 검출을 기초로 한다. 서열분석되는 템플레이트 DNA 가닥을 포함하는 마이크로웰은 단일 타입의 뉴클레오티드로 채워진다(flooded). 도입된 뉴클레오티드가 선도 템플레이트 뉴클레오티드에 상보적인 경우, 성장하는 상보적 가닥 내로 도입된다. 이는 과민성 이온 센서를 촉발하는 수소 이온의 방출을 야기하고, 이는 반응이 발생하였음을 지시한다. 단독중합체 반복이 템플레이트 서열에 존재하는 경우, 다중 뉴클레오티드는 단일 사이클에 도입될 것이다. 이는 상응하는 수의 방출된 수소 및 비례적으로 더 큰 전자 신호를 야기한다.
7. DNA 나노볼 서열분석.
DNA 나노볼 서열분석은 유기체의 전체 게놈 서열을 결정하기 위해 사용되는 고 처리량 서열분석 기술의 타입이다. 상기 방법은 롤링 주기 복제를 사용하여 게놈 DNA의 짧은 단편을 DNA 나노볼로 증폭시킨다. 이어서, 결찰에 의한 언체인 서열분석을 사용하여 뉴클레오티드 서열을 결정한다. 이러한 DNA 서열분석 방법은 큰 수의 DNA 나노볼을 다른 차 세대 서열분석 플랫폼과 비교하여 낮은 시약 비용으로 작동마다 서열분석되게 할 수 있다. 그러나, 단지 짧은 DNA 서열이 각각의 DNA 나노볼로부터 측정되고, 이는 참조 게놈에 대한 짧은 판독을 맵핑하기 더 어렵게 만든다. 이러한 기술은 다중 게놈 서열분석 프로젝트를 위해 사용되었다.
8. 헬리스코프(Heliscope) 단일 분자 서열분석.
헬리스코프 서열분석은 Helicos Biosciences에 의해 개발된 단일-분자 서열분석의 방법이다. 이는 유동 세포 표면에 부착된 부가된 폴리-A 테일 어댑터를 갖는 DNA 단편을 사용한다. 다음 단계는 형광 표지화된 뉴클레오티드를 사용한 유동 세포의 주기적인 세척과 함께 확장-기반 서열분석을 수반한다 (Sanger 방법처럼 한번에 하나의 뉴클레오티드 타입). 판독은 헬리스코프 서열분석기로 수행된다.
9. 단일 분자 실시간 (SMRT) 서열분석.
SMRT 서열분석은 합성 접근법에 의한 서열분석을 기초로 한다. DNA는 제로-방식 웨이브-가이드 (ZMWs)에서 합성된다 - 웰의 바닥에 위치한 캡춰 툴을 갖는 작은 웰-유사 컨테이너. 서열분석은 비변형된 폴리머라제 (ZMW 바닥에 부착됨) 및 용액에서 자유 유동하는 형광 표지화된 뉴클레오티드 유동을 사용하여 수행한다. 웰은 웰의 바닥에 의해 발생되는 형광만을 검출하는 방식으로 구축된다. 형광 표지화는 이의 DNA 가닥 내 도입에서 뉴클레오티드로부터 탈착되고, 비변형된 DNA 가닥을 남긴다. 이러한 접근법은 20,000 뉴클레오티드 이상의 판독을 가능하게 하고, 평균 판독 길이는 5 킬로베이스이다.
B. 추가 검정 방법
일부 실시형태에서, 상기 방법은 표적 게놈 영역에 특이적인 적어도 하나의 쌍의 프라이머를 이용하여 하나 이상의 표적 게놈 영역을 증폭 및/또는 서열분석하는 것을 수반한다. 다른 실시형태에서, 프리마제 또는 프리마제/폴리머라제 조합 효소와 같은 효소를 증폭 단계에 첨가하여 프라이머를 합성한다.
일부 실시형태에서, 어레이를 본 개시내용의 핵산을 검출하기 위해 사용할 수 있다. 어레이는 고체 지지체를 지지체에 부착된 핵산 프로브와 함께 포함한다. 어레이는 전형적으로 상이한, 공지된 위치에서 기질의 표면에 커플링된 복수의 상이한 핵산 프로브를 포함한다. 이들 어레이는, 또한 "마이크로어레이" 또는 구어로 "칩"으로도 기재되고, 일반적으로 당해 기술분야에 기재되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 번호 5,143,854, 5,445,934, 5,744,305, 5,677,195, 6,040,193, 5,424,186 및 문헌 [참조: Fodor et al., 1991]에 기재되어 있고, 이들 각각이 모득 목적을 위해 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다. 기계적 합성 방법을 사용하는 이들 어레이의 합성 기술은, 예를 들면, 미국 특허 번호 5,384,261에 기재되어 있고, 이는 모득 목적을 위해 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다. 평면 어레이 표면이 특정 측면에서 사용되지만, 어레이는 사실상 임의의 형상의 표면 상에 또는 심지어 다수의 표면 상에 제작될 수 있다. 어레이는 비드, 겔, 중합체 표면, 섬유, 예를 들면, 광섬유, 유리 또는 임의의 다른 적합한 기질 상에 핵산일 수 있고, 미국 특허 번호 5,770,358, 5,789,162, 5,708,153, 6,040,193 및 5,800,992를 참조하고, 이는 이들의 전문이 모든 목적을 위해 본원에 포함된다.
핵산 어레이는, 상이한 및/또는 동일한 바이오마커에 하이브리드화할 수 있는, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250개 이상의 상이한 폴리뉴클레오티드 프로브를 포함할 수 있다. 동일한 유전자에 대한 다중 프로브는 단일 핵산 어레이에서 사용될 수 있다. 다른 질환 유전자를 위한 프로브는 또한 핵산 어레이에 포함될 수 있다. 어레이에서 프로브 밀도는 임의의 범위일 수 있다. 일부 실시형태에서, 밀도는 적어도 50, 100, 200, 300, 400, 500개 이상의 프로브/㎠ (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)일 수 있다.
문헌[참조: Hacia et al. (1996) and Shoemaker et al. (1996)]에 기재된 칩-기반 핵산 기술이 특히 고려된다. 간단히, 이들 기술은 상당수의 유전자를 신속하고 정확하게 분석하기 위한 정량적 방법을 수반한다. 유전자를 올리고뉴클레오티드로 태그하거나 고정된 프로브 어레이를 사용하여, 표적 분자를 높은 밀도 어레이로 분리하고 이들 분자를 하이브리드화를 기초로 하여 선별하는 칩 기술을 이용할 수 있다 (참조: Pease et al., 1994; and Fodor et al, 1991). 이러한 기술은 진단적, 예후, 및 치료 방법에 대한 하나 이상의 암 바이오마커의 발현 수준을 평가하는 것과 함께 사용될 수 있다는 것이 고려된다.
특정 실시형태는 어레이 또는 어레이에서 생성된 데이터의 사용에 관한 것이다. 데이터는 용이하게 이용가능하다. 또한, 어레이는 상관관계 연구에서 사용될 수 있는 데이터를 생성하기 위해 제조될 수 있다.
어레이 및 마이크로어레이의 사용에 추가하여, 다수의 차이 검정이 핵산을 분석하기 위해 이용될 수 있다는 것을 고려된다. 이러한 검정은, 이에 제한되는 것은 아니지만, 핵 증폭, 폴리머라제 쇄 반응, 정량적 PCR, RT-PCR, 동일계내 하이브리드화, 디지털 PCR, ddPCR (droplet digital PCR), nCounter (nanoString), BEAMing (Beads, Emulsions, Amplifications, and Magnetics) (Inostics), ARMS (Amplification Refractory Mutation Systems), RNA-Seq, TAm-Seg (Tagged-Amplicon 심화 서열분석), PAP (열인산분해-활성화 중합), 차세대 RNA 서열분석, 노던 하이브리드화, 하이브리드화 보호 검정 (HPA)(GenProbe), 측쇄화 DNA (bDNA) 검정 (Chiron), 롤링 사이클 증폭 (RCA), 단일 분자 하이브리드화 검출 (US Genomics), Invader 검정 (ThirdWave Technologies), 및/또는 Bridge Litigation 검정 (Genaco)를 포함한다.
증폭 프라이머 또는 하이브리드화 프로브를 본원에 기재된 게놈 영역, 바이오마커, 프로브, 또는 올리고에 상보적인 것으로 제조될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "프라이머" 또는 "프로브"는 템플릿-의존 프로세스에서 초기 핵산의 합성을 프라이밍할 수 있고/있거나 본 개시내용의 올리고, 또는 이의 부분의 단일 가닥과 페어링할 수 있는 임의의 핵산을 포함하는 것을 의미한다. 전형적으로, 프라이머는 10 내지 20 및/또는 30의 핵산 길이의 올리고뉴클레오티드이지만, 더 긴 서열이 이용될 수 있다. 프라이머는 이중-가닥 및/또는 단일-가닥 형태로 제공될 수 있다.
13 내지 100개의 뉴클레오티드, 특히 17 내지 100개의 뉴클레오티드 길이, 또는 일부 측면에서 1-2 킬로베이스 이상의 길이까지의 프로브 또는 프라이머의 용도는, 안정하고 선택적인 이중 분자의 형성을 가능하게 한다. 20 초과의 염기 길이의 연속적 스트레치에 걸쳐 상보적인 서열을 갖는 분자를 사용하여 입수된 하이브리드 분자의 안정성 및/또는 선택도를 증가시킬 수 있다. 목적하는 경우 20 내지 30개의 뉴클레오티드, 또는 심지어 더 긴 하나 이상의 상보적인 서열을 갖는 하이브리드화를 위해 핵산 분자를 설계할 수 있다. 이러한 단편은, 예를 들면, 화학적 수단으로 단편을 직접적으로 합성하여 또는 재조합 생산을 위해 재조합 벡터 내로 선택된 서열을 도입하여 용이하게 제조할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 각각의 프로브/프라이머는 적어도 15개의 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 각각의 프로브는 적어도 또는 최대 20, 25, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 400개 이상의 뉴클레오티드 (또는 그 내에서 임의로 유도가능한 범위)를 포함할 수 있다. 이들은 이들의 길이를 가질 수 있고, 본원에 기재된 유전자와 동일하거나 상보적인 서열을 가질 수 있다. 특히, 각각의 프로브/프라이머는 상대적으로 높은 서열 복잡성을 갖고, 어떠한 모호한 잔기 (미확인된 "n" 잔기)도 갖지 않는다. 프로브/프라이머는 엄중한 또는 고도의 엄중한 조건하에 이의 RNA 전사를 포함하는 표적 유전자에 하이브리드화할 수 있다. 프로브 또는 프라이머가 이노신 또는 특정 바이오마커에 대한 하나 초과의 사람 서열의 인정을 수용하는 다른 설계 실행을 가질 수 있다는 것이 고려된다.
하나의 실시형태에서, 정량적 RT-PCR (예를 들면, TaqMan, ABI)을 사용하여 샘플에서 핵산의 수준 또는 존재비(abundance)를 검출하고 비교한다. PCR 프로세스의 선형 부분에서 표적 DNA의 농도는 PCR을 시작하기 전 표적의 출발 농도에 비례한다. 동일한 수의 주기를 완료하고 이들의 선형 범위 내에 있는 PCR 반응에서 표적 DNA의 PCR 생성물의 농도를 측정하여, 본래 DNA 혼합물에서 특이 표적 서열의 상대 농도를 측정할 수 있다. PCR 생성물의 농도 및 출발 물질에서 상대 존재비 사이의 이러한 직접적 비례는 PCR 반응의 선형 범위 부분 내에서도 해당된다. 곡선의 정체기(plateau) 부분에서 표적 DNA의 최종 농도를 반응 믹스에서 시약의 이용가능성을 측정하고, 표적 DNA의 본래 농도에 독립적이다. 따라서, 증폭된 PCR 생성물의 샘플링 및 정량화는 PCR 반응이 이들의 곡선의 선형 부분 내에 있는 경우 수행할 수 있다. 추가로, 증폭가능한 DNA의 상대 농도는 일부 독립적인 표준/대조군으로 정규화할 수 있고, 이는 내부에 존재하는 DNA 종 또는 외부 도입된 DNA 종 중 어느 하나를 기초로 할 수 있다. 특정 DNA 종의 존재비는 또한 샘플에서 모든 DNA 종의 평균 존재비에 비해 결정될 수 있다.
하나의 실시형태에서, PCR 증폭은 하나 이상의 내부 PCR 표준을 이용한다. 내부 표준은 세포에서 풍부한 하우스키핑 유전자일 수 있거나, 특히 GAPDH, GUSB 및 β-2 마이크로글로불린일 수 있다. 이들 표준을 발현 수준을 정규화하기 위해 사용하여 상이한 유전자 생성물의 발현 수준을 직접적으로 비교할 수 있다. 당해 기술분야의 숙련가는 내부 표준을 사용하여 발현 수준을 정규화하는 방법을 알고 있을 것이다.
V. 치료학적 조성물의 투여
본원에 제공된 요법은 적어도 하나 이상의 키나제 억제제 부류로부터 하나 이상의 키나제 억제제를 포함하는 치료제의 병용물의 투여를 포함한다. 일부 실시형태에서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 부류의 TKI가 투여된다. 일부 실시형태에서, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 TKI 부류는 제1-세대 EGFR TKI, 제2-세대 EGFR TKI, 제3-세대 EGFR TKI, EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR TKI, ALK 억제제, 또는 PLC 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, TKI는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, AZD3463, 브리가티닙, 루복시스타우린, 미도스타우린, 또는 소트라스타우린이다. 일부 실시형태에서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 TKI는 암을 갖는 대상자에게 투여된다. 실시형태에서, 하나 이상의 TKI는 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, AZD3463, 브리가티닙, 루복시스타우린, 미도스타우린, 또는 소트라스타우린 중 2개 이상을 포함한다. 임의의 하나 이상의 TKI는 본 개시내용의 특정 실시형태로부터 제외될 수 있다.
본 개시내용의 실시형태는 조성물 및 치료학적 조성물을 포함하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 상이한 요법은 순차적으로 (상이한 시점에) 또는 동시에 (동일 시점에) 투여된다. 상이한 요법은 하나의 조성물로 또는 하나 초과의 조성물, 예를 들면, 2개의 조성물, 3개의 조성물, 또는 4개의 조성물로 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 요법은 분리된 조성물로 투여된다. 일부 실시형태에서, 요법은 동일한 조성물로 투여된다. 본원에 개시된 방법의 일부 실시형태에서, 암 요법의 단일 용량이 투여된다. 본원에 개시된 방법의 일부 실시형태에서, 다중 용량의 암 요법이 투여된다. 제제의 다양한 병용이 이용될 수 있다. 예를 들면, 제1-세대 TKI는 "A"이고, 제2-세대 TKI는 "B"이다:
A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B
B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A
B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A
본 개시내용에 따른 조성물은 표준 기술에 따라 제조될 수 있고, 물, 완충수, 염수, 글리신, 덱스트로즈 등-삼투성 수크로스 용액 등을 포함할 수 있고, 향상된 안정성을 위한 당단백질, 예를 들면, 알부민, 지질단백질, 글로불린 등을 포함한다. 이들 조성물은 종래의, 잘-공지된 멸균 기술로 멸균할 수 있다. 수득한 수용액은 사용하기 위해 패키징하거나, 무균성 상태하에 여과하거나, 동결건조할 수 있고, 동결건조된 제제는 투여 전에 멸균 수용액과 배합된다. 조성물은 대략적인 생리학적 상태에 필요한 약제학적으로 허용되는 보조 물질, 예를 들면, pH 조절 및 완충 제제, 등장성 조절제 등, 예를 들면, 나트륨 아세테이트, 나트륨 락테이트, 염화나트륨, 염화칼륨, 염화칼슘 등을 포함할 수 있다. 암 요법을 포함하는 조성물의 제제는 본 개시내용의 관점에서 참조로서 본원에 포함된 문헌[참조: Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Ed. Lippincott Williams and Wilkins, 2005]에 예시된 바와 같이 당해 기술분야의 숙련가에게 공지될 것이다. 또한, 동물 (예를 들면, 사람) 투여를 위해, 제제는 FDA 생물학적 표준 사무국에서 요청되는 무균, 발열원성, 일반적인 안전성, 및 순도 표준을 충족시켜야 한다는 것이 이해될 것이다.
조성물은 약제학적으로 허용되거나 또는 약리학적으로 허용될 수 있다. 문구 "약제학적으로 허용되는" 또는 "약리학적으로 허용되는"은 동물, 또는 사람에게 투여되는 경우 유해한 반응, 알레르기 반응, 또는 다른 부작용을 생성하지 않는 분자 실체 및 조성물을 언급한다. 본원에 사용된 "약제학적으로 허용되는 담체"는 임의의 및 모든 용매, 분산액 매질, 코팅, 항균제 및 항진균제, 등장성 제제 및 흡수 지연제 등을 포함한다. 약제학적 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 제제의 사용은 당해 기술분야에 잘 공지되어 있다. 임의의 종래의 매질 또는 제제는 활성 성분과 비혼화성인 것을 제외하고는, 치료학적 조성물에서 이의 사용이 고려된다.
담체는, 예를 들면, 물, 에탄올, 폴리올 (예를 들면, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 및 액체 폴리에틸렌 글리콜) 등), 이의 적합한 혼합물, 및 식물성 오일을 포함하는 용매 또는 분산액 매질일 수 있다. 적합한 유동성은, 예를 들면, 코팅, 레시틴을 사용하여, 분산액의 경우 요구되는 입자 크기를 유지하여, 및 계면활성제를 사용하여 유지될 수 있다. 목적하지 않는 미생물의 작용 예방은 다양한 항균제 및 항진균제, 예를 들면, 파라벤, 클로로부탄올, 페놀, 소르브산, 티메로살 등에 의해 야기될 수 있다. 다수의 경우, 등장성 제제, 예를 들면, 당 또는 염화나트륨을 포함하는 것이 바람직할 것이다. 주사가능 조성물의 장기간 흡수는 흡수를 지연시키는 제제, 예를 들면, 알루미늄 모노스테아레이트 및 젤라틴의 조성물로 사용하여 야기될 수 있다.
본 개시내용의 암 요법 또는 치료제는 동일한 투여 경로 또는 상이한 투여 경로로 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 암 요법은 동맥내, 정맥내, 복강내, 피하, 근육내, 종양내, 국부, 경구, 경피, 안와내, 이식에 의해, 흡입에 의해, 경막내, 심실내, 또는 비내 투여된다. 적합한 투여량은 치료될 질환 유형, 질환의 중증도 및 과정, 대상자의 임상적 상태, 대상자의 임상적 병력 및 치료에 대한 반응, 및 담당 의사의 재량을 기초로 하여 측정될 수 있다.
치료는 다양한 "단위 용량"을 포함할 수 있다. 단위 용량은, 이의 투여, 즉, 적합한 경로 및 용법과 연관된 상기 논의된 목적하는 반응을 생성하기 위해 계산된 치료학적 조성물의 사전결정된-양을 포함하는 것으로 정의된다. 투여되는 양, 및 특정 경로 및 제형은, 임상 기술분야의 숙련가의 결정 기술 내에 있고, 목적하는 결과 및/또는 보호에 좌우된다. 단위 용량은 단일 주사로서 투여될 필요는 없지만, 정해진 기간 걸쳐서 연속 주입을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 단위 용량은 단일 투여가능한 용량을 포함한다.
전형적으로, 조성물은 투여량 제형에 적합한 방식으로, 및 치료될 대상자에게 치료학적으로 또는 예방적으로 효과적일 수 있는 양으로 투여된다. 치료학적 조성물의 정확한 양은 또한 실무자의 판단에 좌우되고, 각 개인에 특이적이다. 초기 투여 및 부스터를 위한 적합한 용법은 또한 가변적이지만, 초기 투여, 이어서, 순차적인 투여가 전형적이다. 용량에 영향을 주는 인자는 환자의 신체적 및 임상적 상태, 투여 경로, 의도된 치료 목적 (증상의 경감 대 치유) 및 잠재력, 안정성 및 특정한 치료학적 물질의 독성 또는 대상자가 경험할 수 있는 다른 요법을 포함한다.
치료 및 단위 용량의 횟수 둘 다에 따라서 투여되는 양은, 목적하는 치료 효과에 좌우된다. 효과적인 용량은 특정 효과를 성취하기 위해 필요한 양을 언급하는 것으로 이해된다. 특정 실시형태에서 실시에서, 10 mg/kg 내지 200 mg/kg의 범위의 용량이 이들 제제의 보호 능력에 영향을 줄 수 있다고 고려된다. 따라서, 용량이 약 0.1, 0.5, 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 및 200, 300, 400, 500, 1000 μg/kg, mg/kg, μg/일, 또는 mg/일 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위의 용량을 포함하는 것을 고려한다. 또한, 이러한 용량은 1일, 및/또는 수일, 수주, 또는 수개월 동안 다회로 투여될 수 있다.
특정 실시형태에서, 약제학적 조성물의 효과적인 용량은 약 1 μM 내지 150 μM의 혈액 수준을 제공할 수 있는 용량이다. 또다른 실시형태에서, 효과적인 용량은 약 4 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 100 μM; 또는 약 1 μM 내지 50 μM; 또는 약 1 μM 내지 40 μM; 또는 약 1 μM 내지 30 μM; 또는 약 1 μM 내지 20 μM; 또는 약 1 μM 내지 10 μM; 또는 약 10 μM 내지 150 μM; 또는 약 10 μM 내지 100 μM; 또는 약 10 μM 내지 50 μM; 또는 약 25 μM 내지 150 μM; 또는 약 25 μM 내지 100 μM; 또는 약 25 μM 내지 50 μM; 또는 약 50 μM 내지 150 μM; 또는 약 50 μM 내지 100 μM (또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위)의 혈액 수준을 제공한다. 다른 실시형태에서, 용량은 대상자에게 투여되는 치료제로부터 야기되는 제제의 하기 혈액 수준을 제공할 수 있다: 약, 적어도 약, 또는 최대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 또는 100 μM 또는 그 내에 유도될 수 있는 임의의 범위. 특정 실시형태에서, 대상자에게 투여되는 치료제는 대사된 치료제로 체내에서 대사되고, 이러한 경우, 혈액 수준은 이러한 제제의 양을 언급할 수 있다. 대안적으로, 치료제가 대상자에 의해 대사되지 않는 범위까지, 본원에 논의되는 혈액 수준은 대사되지 않은 치료제를 언급할 수 있다.
μg/kg 또는 mg/kg 체중의 투여량 단위를 4 μM 내지 100 μM과 같은 μg/ml 또는 mM (혈액 수준)의 비슷한 농도 단위로 전환하고 표현할 수 있음을 당해 기술분야의 숙련가가 이해할 것이고, 알고 있다. 또한 흡수는 종 및 기관/조직 의존적인 것으로 이해된다. 흡수 및 농도 측정에 관련하여 수행되는 이용가능한 전환 인자 및 생리학적 추정은 잘 공지되어 있고, 당해 기술분야의 숙련가가 하나의 농도 측정을 또다른 것으로 변환시키고 합리적인 비교 및 용량에 대한 결론, 본원에 기재된 효능 및 결과를 수행하도록 할 수 있다.
VI. 키트
본 개시내용의 특정 측면은 또한 본 개시내용의 조성물을 포함하는 키트 또는 본 개시내용의 방법을 실행하기 위한 조성물에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 키트는 하나 이상의 바아오마커를 평가하기 위해 사용될 수 있다. 특정 실시형태에서, 키트는, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 100, 500, 1,000개 이상의 프로브, 프라이머 또는 프라이머 세트, 합성 분자 또는 억제제, 또는 그 내에 유도가능한 임의의 값 또는 범위 또는 조합을 포함하거나 적어도 포함하거나 또는 최대로 포함한다. 일부 실시형태에서, 세포 내에 바아오마커 활성을 평가하기 위한 키트가 있다.
키트는, 개별적으로 패키징되거나 용기, 예를 들면, 튜브, 병, 바이알, 시린지, 또는 다른 적합한 용기 수단에 위치할 수 있는 성분을 포함할 수 있다.
개별적인 성분은 또한 농축된 양으로 키트 내에 제공될 수 있고; 일부 실시형태에서, 다른 성분과 함께 용액으로 존재하기 때문에, 성분은 개별적으로 동일한 농도로 제공된다. 성분의 농도는 1x, 2x, 5x, 10x, 또는 20x 이상으로 제공될 수 있다.
예후 또는 진단적 적용을 위해 본 개시내용의 프로브, 합성 핵산, 비합성 핵산, 및/또는 억제제를 사용하기 위한 키트는 본 개시내용의 부분으로서 포함된다. 본원에 확인된 임의의 바아오마커에 상응하는 임의의 이러한 분자가 특히 고려되고, 이는 바아오마커의 전부 또는 부분와 동일하거나 이에 상호보완적인 핵산 프라이머/프라이머 세트 및 프로브를 포함하거나, 바아오마커의 비코딩 서열, 뿐만 아니라 바아오마커의 코딩 서열을 포함할 수 있다.
특정 측면에서, 음성 및/또는 양성 대조군 핵산, 프로브, 및 억제제는 일부 키트 실시형태에 포함된다. 추가로, 키트는 하나 이상의 바이오마커에 대해 음성 또는 양성인 샘플을 포함할 수 있다.
칭명되는 특이적 바이오마커에 연관된 본 개시내용의 임의의 실시형태는, 이의 서열이 특성화된 핵산의 성숙 서열에 대해 적어도 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99% 동일한 바이오마커에 관련된 실시형태를 포함하는 것으로 고려된다.
본 개시내용의 실시형태는, 적합한 컨테이너 수단 중, 2개 이상의 바이오마커 프로브를 포함하는 샘플에 대한 바이오마커 프로파일을 검정하여 병리학적 샘플의 분석을 위한 키트를 포함하고, 여기서, 바이오마커 프로브는 본원에 확인된 하나 이상의 바이오마커를 검출한다. 키트는 추가로 샘플 중 핵산을 표지화하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 키트는 또한 표지화 시약을 포함할 수 있고, 아민-변형된 뉴클레오티드, 폴리(A) 폴리머라제, 및 폴리(A) 폴리머라제 완충액 중 적어도 하나를 포함한다. 표지화 시약은 아민-반응성 안료를 포함할 수 있다.
본원에 기재된 임의의 방법 또는 조성물이 본원에 기재된 임의의 다른 방법 또는 조성물에 대해 수행될 수 있고, 상이한 실시형태가 조합된 것으로 고려된다. 본래 제출된 청구항은 임의의 제출된 청구항 중 어느 것 또는 제출된 청구항의 조합을 다수 의존하는 청구항을 포함하는 것으로 고려된다.
실시예
하기 실시예는 본 개시내용의 실시형태를 예시하기 위해 포함된다. 당해 기술분야의 숙련가에게 하기한 실시예에 개시된 기술이 본 개시내용의 실시를 잘 기능하게 하도록 본 발명자들에 의해 발견된 기술을 나타낸다는 것이 인식되어야 한다. 그러나, 당해 기술분야의 숙련가는, 본 개시내용의 관점에서, 다수의 변화가 개시된 특이적 실시형태에서 수행될 수 있고, 본 개시내용의 취지 및 범위를 벗어나지 않고 여전히 유사하게 수득되거나 유사한 결과를 야기할 수 있음을 인식하여야 한다.
1. 구조-기능 기반 그룹은 엑손-기반 그룹보다 더 우수한 EGFR TKI 민감도를 예측한다
TKI 민감도에 영향을 미치는 EGFR 돌연변이의 효과를 측정하기 위해, 엑손 18-21을 포괄하는 EGFR 돌연변이를 발현하는 76 세포의 패널을 생성하고, 제1 (비-공유), 제2 (공유), 및 제3 (공유, T790M 표적화) 세대 TKI를 나타내는 18개의 공지된 EGFR 억제제, 및 Ex20ins에 대한 조사하의 화합물에 대해 선별하였다. WT EGFR에 대한 시험관내 선택도의 계층적 집락화 및 EGFR 돌연변이의 돌연변이 맵핑을 통해, 4개의 별개의 하위그룹의 EGFR 돌연변이를 관찰하였다: ATP 결합 포켓에서 원위에 있는 전형적-유형 돌연변이 (도 1a, 도 1b) 소수성 코어에서 T790M-유형 돌연변이 (도 1a, 도 1c), α-c-나선의 c-말단에서 Ex20ins (도 1a, 도 1d), 및 ATP 결합 포켓의 내부 표면 및 α-c-나선의 c-말단 상 제4 그룹, P-루프 및 α-C-나선 압축 (PACC) 돌연변이인 것으로 예측됨 (도 1a, 도 1e). 다양한 돌연변이에 대해, 구조-기능 기반 그룹은 스피어먼 상관관계를 측정하여 엑손 기반 그룹보다 약물 민감도에 대해 더 예측가능하였다 (p <0.0001, 도 1f, 도 2). 구조-기능 기반 그룹에 의한 감독하 집락화는 히트맵 내에 별개의 그룹화를 유지하였다. 그러나, 엑손 위치에 의한 감독하 집락화는 히트맵 상 약물 민감도 패턴을 무질서하게 하는 것으로 나타났다 (도 3). 전형적-유형, 비정형 EGFR 돌연변이는 WT EGFR와 비교하여 EGFR의 전체 구조에 적은 영향을 미치는 것으로 예측하고 (도 4a-4d), 모든 부류의 EGFR TKI, 특히 제3-세대 TKI 시험관내 (도 4e) 및 생체내 (도 4f, 도 4g)에 대해 민감성이고 선택적이었다. Ex20ins 돌연변이는 시험관내 (도 5a) 및 생체내 (도 5c, 도 5d)에서 제1 및 제3-세대 TKI에 저항성이고, 제2-세대 TKI (예를 들면, 탈록스-TKI) 및 ex20ins 특이적 TKI를 선택하기 위해서만 민감성이었다. 이들 발견은 구조-기능 기반 그룹이 제공된 돌연변이에 대한 약물 부류 민감도를 예측할 수 있고, 어느 그룹의 돌연변이가 전통적인 엑손 기반 그룹화보다 더 효과적으로 제공된 억제제에 가장 민감성인지 예측할 수 있음을 입증한다.
2. EGFR TKI 저항성 T790M-유형 돌연변이는 ALK 및 PKC 억제제에 의해 억제될 수 있다
모든 T790M-유형 돌연변이가 소수성 코어에 적어도 하나의 돌연변이를 갖는 동시에, 2개의 별개의 하위그룹의 T790M-유형 돌연변이, 제3-세대 TKI 민감성 (T790M-유형-3S) 및 제3-세대 TKI 저항성 (T790M-유형-3R, 도 6a)이 있다. T790M-유형-3S 돌연변이는 제3-세대 TKI 및 일부 엑손 20 특이적 억제제에 대해 높은 선택도를 갖고, ALK 및 PKC 억제제에 대해 중간 선택도를 가졌다 (도 6b). T790M-유형-3R 돌연변이는 T790M 및 공지된 약물 저항성 돌연변이 (즉, C797S37,38, L718X18,24, 또는 L792H23,24)로 구성된 복합 돌연변이고, 전형적 EGFR TKI에 저항성이지만, 선택된 ALK 및 PKC 억제제에 대해 선택도를 보유하였다 (도 6c). 함께 고려하였을 때, 이들 데이터는 T790M-유형 돌연변이가 제1 및 제2-세대 EGFR TKI에 저항성을 전달하는 것으로 공지된 적어도 하나의 돌연변이를 소수성 틈새에 포함하고, 그러나, 공지된 저항성 돌연변이의 추가는, ALK 또는 PKC 억제제로 목표 변경된 약물로 극복될 수 있는, 전형적 EGFR TKI에 대한 감소된 민감도를 야기하였음을 입증한다.
3. PACC 돌연변이는 제2-세대 EGFR TKI에 가장 민감성이다
PACC 돌연변이는, 돌연변이, 예를 들면, G719X, L747X, S768I, L792X, 및 T854I 및 다른 것들을 포함하는 엑손 18-21을 포괄하는 돌연변이로 구성되었다. PACC 돌연변이를, P-루프 또는 α-c-나선의 방향의 변경을 통해 ATP 및 약물 결합 포켓의 전체 용적의 영향에 대해 예측하였다 (도 5a, 도 5b). 오시머티닙의 PACC 돌연변이 G719S 및 L718Q와의 상호작용의 인실리코 분석으로, P-루프의 방향의 변화가 V726 및 F723와 같은 TKI 안정화 지점의 위치를 변경시켜 오시머티닙의 인돌 환이 P-루프에서 밖으로 기울어지게 한다는 것을, 약물 결합을 탈안정화시키는 오시머티닙의 반응성 형태와 비교하여, 예측하였다 (도 7a, 도 5c). 대조적으로, 제2-세대 EGFR TKI는 EGFR의 P-루프와 상호작용하지 않고, PACC 돌연변이에서 소수성 틈새에서 본질적인 상호작용 지점을 유지한다 (도 5c, 도 5d). PACC 돌연변이의 선택도를 제1, 제2, 및 제3-세대, 및 ex20ins 특이적 EGFR TKI과 비교한 경우, 제2-세대 EGFR TKI가 임의의 다른 분류의 TKI (도 7b)보다 PACC 돌연변이에 대해 상당히 더 선택적인 것을 발견하였다. 생체내에서 또한 G719A 돌연변이를 갖는 PDX를 보유하는 마우스는 제3-세대 TKI, 오시머티닙에 대해 저항성이고, 그러나, 제2-세대 EGFR TKI에 대해 가장 민감성인 것 (도 7c, 도 5e)이 관찰되었다. 마지막으로, 복합 PACC 돌연변이, E709K G719S를 갖는 환자는, 오시머티닙 진행 후 아파티닙 치료를 사용하여 임상적 이득 및 종양 수축을 나타내었다 (도 7d). 종합하면, 이들 데이터는, PACC 돌연변이가 EGFR 돌연변이의 별개의 하위그룹이고; 제3-세대 EGFR TKI에 대해 저항성이고; 제2-세대 EGFR TKI에 대해 민감성임을 입증하였다.
유사하게, 일차 전형적 EGFR 돌연변이와 동시-발생하는 획득 PACC 돌연변이는 제2-세대 EGFR TKI에 대한 민감도를 보유하면서 동시에 제3-세대 EGFR TKI에 대해 저항성을 획득하였다 (도 7e, 도 7f). 이전에 기술된 바와 같이, 대립유전자 특이성은 획득 PACC 돌연변이를 갖는 획득 약물 저항성에서 관찰되었다 (도 7e). 획득 돌연변이, 예를 들면, Ex19del와 동시-발생하는 G796S의 인실리코 분석은, M793에서 오시머티닙의 안정화를 방해하는 수용체의 힌지 영역을 이동시킴에 의해 및 오시머티닙의 아크릴아미드 그룹을 C797로부터 떨어지게 변위시켜 결합을 방지함에 의해, 제3-세대 EGFR TKI, 예를 들면, 오시머티닙에 대해 저항성 부여하는 것으로 예측되었다 (도 7g). 그러나, 제2-세대 억제제는 수용체의 힌지 영역에서 이동에 의해 더 적게 영향을 받고, C797 근처로 아크릴아미드 그룹의 방향을 유지하는 것으로 예측된다 (도 5f). MD 앤더슨 GEMINI 데이터베이스 내에 한명의 환자는 EGFR L858R 돌연변이를 보유하는 폐 샘암종으로 확인되고, 제1-선 오시머티닙 치료를 받고 순차적으로 EGFR-의존 저항성 기전을 발달시켰다. PACC 돌연변이를 진행에서 생검시 확인하였다 (도 6a, 도 6b). 환자는 L718V 돌연변이를 획득하고, 제2-세대 EGFR TKI로 처리되고, 안정한 질환 및 종양 수축의 임상적 이득을 경험하였다 (도 6a, 도 6b). 함께 고려하였을 때, 이들 데이터는 일차 및 획득 PACC 돌연변이 둘 다는 전임상 모델에서 및 환자에서 제2-세대 EGFR TKI에 대해 민감성임을 입증하고, 구조-기능 기반 그룹화는 이전 세대의 EGFR TKI가 최대 선택도를 갖는 돌연변이의 신규한 그룹화를 확인할 수 있다.
4. 구조-기능 기반 하위그룹은 엑손-기반 하위그룹보다 더 우수한 TKI에 대한 환자 결과를 예측한다
구조-기능 기반 그룹이 엑손 기반 그룹과 비교하여 아마도 제공된 약물로부터 이득을 얻을 것 같은 환자를 더 우수하게 확인할 수 있는지를 결정하기 위해, 아파티닙로 처리된 비정형 EGFR 돌연변이를 보유하는 NSCLC를 갖는 환자로부터 임상적 결과의 공개적으로 이용가능한 데이터베이스를 사용하고39,40, 후향 분석은 847명의 환자의 ORR 및 치료 기간 (DoT)을 수행한다. 구조-기능 기반 그룹화는 민감성 (전형적-유형 및 PACC) 및 저항성 (T790M-유형 및 Ex20ins) 하위그룹 (ORR 63% 대 20%) 간의 명백한 차이를 나타내고, 반면 엑손 기반 그룹은 그룹간 더 적은 변이를 가졌다 (도 10a, 도 10b). 추가 구조-기능 기반 그룹은 엑손 기반 그룹보다 아파티닙 치료에 대해 상당히 더 긴 DoT를 갖는 더 많은 환자의 하위그룹을 확인하였다 (도 9a, 도 9b 및 도 10c, 도 10d). 엑손 기반 그룹은 엑손 18 돌연변이를 갖는 환자가 엑손 20 또는 21에서 돌연변이를 갖는 환자보다 더 긴 DoT를 갖는 것을 확인하였다 (도 10c, 도 10d). 반면 구조-기능 기반 그룹은 PACC 돌연변이를 갖는 환자가 임의의 다른 하위그룹보다 상당히 더 긴 DoT를 경험하고, 전형적-유형 돌연변이를 갖는 환자가 엑손 20 루프 삽입 또는 T790M-유형 돌연변이를 갖는 환자보다 상당히 더 긴 DoT를 갖는다는 것을 확인하였다 (도 9a, 도 9b). 이들 데이터는 구조 기반 그룹화가, 엑손 기반 그룹화보다, 어느 그룹의 환자가 제공된 약물로부터 가장 큰 이득을 받았는지 더 우수하게 확인하였음을 입증한다.
구조 기반 그룹이 어느 부류의 억제제가 전통적인 그룹화와 비교하여 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자에게 가장 이득을 제공하는지를 확인할 수 있는지 결정하기 위해, 후향 분석은 MD 앤더슨 GEMINI 데이터베이스에서 제1-, 제2-, 또는 제3-세대 EGFR TKI 중 어느 하나로 처리된 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자의 mPFS를 수행하였다. 구조-기반 그룹이 어느 부류의 억제제가 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자에게 가장 이득을 제공하는지를 확인할 수 있는지를 결정하기 위해, 후향 분석은 MD 앤더슨 GEMINI 데이터베이스에서 제1-, 제2-, 또는 제3-세대 EGFR TKI 중 어느 하나로 처리된 비정형 EGFR 돌연변이를 갖는 환자의 mPFS를 수행하였다. 제2-세대 EGFR TKI로 처리된 PACC 돌연변이를 갖는 환자는 제1- 또는 제3-세대 EGFR TKI 중 어느 하나로 처리된 환자보다 상당히 더 긴 PFS를 갖는다 (각각 19.3 개월 대 8.5 개월 및 4.1 개월, 도 9c, 도 9d). 반대로, 무진행 생존은 비-PACC 돌연변이인 비정형 돌연변이를 갖는 환자에서 EGFR TKI의 부류 간에 상당히 상이하지 않았고 (도 10e), 이로서 PACC 돌연변이가 전-임상적 모델링에 의해 예측된 바와 같이 제2-세대 EGFR TKI에 대해 높아진 민감도를 갖는다는 것은 확인한다. 이들 데이터는 구조-기반 그룹화가 어느 부류의 EGFR TKI가 특정 그룹의 돌연변이를 갖는 환자에게 가장 이득을 제공하는지를 더 우수하게 확인할 수 있음을 입증한다.
5. 결론
비정형 EGFR 돌연변이의 다양성 및 이전에 평가된 것보다 높은 유병률은 NSCLC를 갖는 환자에 대한 종합적인 차세대 서열분석 (NGS)의 필요성을 강조한다. 본원에 기재된 바와 같이, 비정형 돌연변이를 포함하는 EGFR 돌연변이는, 구조 및 기능을 기준으로 하여 4개의 별개의 하위그룹으로 나누어질 수 있고, 구조/기능-기반 그룹은 엑손-기반 그룹보다 더 우수한 약물 민감도 및 환자 결과를 예측할 수 있다. 이들 4개의 하위그룹은 다음과 같다: "전형적-유형", "T790M-유형", "엑손 20 루프 삽입", 및 "P-루프 αC-나선 압축", (또는 "PACC"). 명세서 및 실시예 돌연변이를 포함하는 4개의 하위그룹은 도 11에 제공된다. "엑손 20 루프 삽입" 돌연변이는 추가로 엑손 20 근위-루프 삽입 (Es20ins-NL) 및 엑손 20 원위-루프 (Ex20ins-FL) 돌연변이로 나누어진다. "T790M-유형" 돌연변이는 추가로 T790M-유형-3S 및 T790M-유형-3R 돌연변이로 나누어진다.
이전 연구가 선택 엑손 18 돌연변이를 갖는 환자에서 제2-세대 EGFR TKI의 활성을 나타내지만33,34, 구조/기능-기반 그룹화는 더 큰 하위그룹의 EGFR 돌연변이, PACC 돌연변이를 확인하고, 제2-세대 EGFR TKI는 제3-세대 EGFR TKI보다 더 선택적이었다. 임상적으로, 제2-세대 EGFR TKI는 WT EGFR 억제 및 관련 유해 사건에 연관되고15,35,36; 그러나, 대부분 제2-세대 EGFR TKI는 최대 허용 용량으로 투약되고, PACC 돌연변이를 억제하는데 필요한 농도보다 10-100 배 더 큰 혈장 농도를 야기한다. 오시머티닙과 달리, 제2-세대 EGFR TKI는 제한된 CNS 활성을 갖고, 감소된 WT EGFR 억제 및 PACC 돌연변이를 억제할 수 있는 CNS 활성을 갖는 신규한 EGFR TKI에 대한 필요성을 입증한다.
이들 연구는 구조/기능-기반 그룹이 돌연변이의 모든 그룹에 효과적일 수 있는 약물의 부류를 확인할 수 있음을 입증하고, 이는 유전자의 상이한 영역에서 돌연변이가 단백질 구조의 유사한 변화를 유도할 수 있다는 관찰을 반영한다. 예를 들면, L718Q, S768I, T854I는 각각 엑손 18, 20, 및 21에 존재하지만, 약물 결합에 유사한 구조적 영향을 주는 모든 PACC 돌연변이이다. 반대로, 동일한 엑손 내에 돌연변이는 상당히 과도한 변화를 유도할 수 있다. L747_K754del-insATSPE, L747P, 및 E746-A750del 돌연변이는 엑손 19에 존재하지만, 약물 민감도 및 구조적 영향에서 별개의 차이가 있는, 각각 T790M-유형, PACC, 및 전형적 돌연변이이다. EGFR 돌연변이 암을 갖는 환자를 치료하는 내과의사의 임상적 도전은 환자 돌연변이를 최선의 EGFR TKI와 적합하게 확인하고 일치시킨다. 본원에 제공된 분류는 프레임워크를 제공하고, 이를 통해, 임사의는, NGS 보고서를 제공하는 인터넷-기반 기구 또는 회사에 의해 통지받고, 더 효과적으로 EGFR TKI 요법을 개인화할 수 있다. 최근에, 이들 발견은 다양한 돌연변이를 갖는 종양유전자를 보유하는 암에 대해, 구조/기능-기반 접근법을 채택하는 것이 임상적 시도 설계 및 약물 개발을 개선시킬 수 있다는 생각을 뒷받침한다.
6. 예시적인 방법
Ba/F3 세포 생성, 약물 스크리닝, 및 IC50 근사치. Ba/F3 세포를 닥터 고든 밀즈(Gordon Mills) (MD Anderson Cancer Center)로부터 선물로서 입수하고, 10% FBS, 1% 페니실린/스트렙토마이신, 및 10ng/ml 재조합 mIL-3 (R&D Biosystems)를 포함하는 RPMI (Sigma)에 유지하였다. 안정한 Ba/F3 세포를 확립하기 위해, Ba/F3 세포를 돌연변이 EGFR 플라스미드를 포함하는 레트로바이러스로 12-24 시간 동안 형질도입하였다. 레트로바이러스 하기 표 6에 나열된 pBabe-Puro 기반 벡터로 Phoenix 293T-ampho 세포 (Orbigen)의 Lipofectamine 2000 (Invitrogen) 형질감염을 사용하여 생성하였다. 벡터를 GeneScript 또는 Bioinnovatise에 의해 하기 표 6에 나열된 Addgene으로부터 모 벡터를 사용하여 생성하였다.
표 6
Figure pct00029
형질도입 48-72 시간 후, 2μg/ml 퓨로마이신 (Invitrogen)을 완전 RPMI 중 Ba/F3 세포에 첨가하였다. EGFR 양성 세포에 대해 선택하기 위해, 세포를 PE-EGFR (Biolegend)로 염색하고, FACS로 분류하였다. 분류 후, EGFR 양성 세포를 10% FBS, 1% 페니실린/스트렙토마이신, 및 세포 생존력을 지지하기 위한 1ng/ml EGF를 포함하는 RPMI에 유지하였다. 약물 스크리닝을 이전에 기재된 바와 같이 수행하였다41,42. 간략히, 세포를 384-웰 플레이트 (Greiner Bio-One)에서 웰당 2000-3000 세포에서 기술적 삼중으로 플레이팅하였다. 7개의 상이한 농도의 TKI 또는 DMSO 비히클을 첨가하여 웰당 40μL의 최종 용적에 도달하게 하였다. 72 시간 후, 11μL의 Cell Titer Glo (Promega)를 각 웰에 첨가하였다. 플레이트를 최소 10 분 동안 인큐베이팅하고, 생물발광을 FLUOstar OPTIMA 플레이트 판독기 (BMG LABTECH)를 사용하여 측정하였다. 미처리 생물발광 값을 DMSO 대조군 처리된 세포로 정규화하고, 값을 GraphPad 프리즘에서 플롯팅하였다. 비-선형 회귀를 사용하여 정규화된 데이터를 가변적인 기울기와 피팅하고, IC50 값을 GraphPad 프리즘으로 50% 억제에서 농도를 내삽하여 측정하였다. 약물 선별을 기술적 삼중으로 각각의 플레이트에서 및 어느 하나로 이중으로 또는 삼중으로 생물학적 복제로 수행하였다. 각각의 약물에 대한 돌연변이 대 WT 비 (Mut/WT)를 돌연변이 세포의 IC50 값을 각각의 약물에 대해 10ng/ml EGF가 보충된 WT EGFR을 발현하는 Ba/F3 세포의 평균 IC50 값으로 나누어 계산하였다. 그룹 간의 통계학적 차이를 도면 범례에 기술된 ANOVA로 측정하였다. 표 7은 시험된 약물 모두의 요지를 나타낸다.
표 7
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
인실리코 돌연변이 맵핑 및 도킹 시험. AMP-PNP (2ITX)와 복합물인 야생형 EGFR 및 PDB로부터 검색한 AMP-PNP (2ITV)와 복합물인 EGFR L858R 돌연변이의 X-선 구조를 MD 모의실험을 위해 사용하였다. 모든 결정학적 리간드, 이온, 및 물 분자를 X-선 구조로부터 제거하였다. 이들 구조에서 상실된 측쇄 원자 및 루프를 Schrodinger의 Prime 상동성 모듈을 사용하여 만들었다43. EGFR L858R 돌연변이 구조에서 상실 활성화 루프 영역 (862-876)을 또다른 EGFR 구조 (5XGN)로부터 활성화 루프를 사용하여 만들었다. 엑손 19 결실 돌연변이 (ΔELREA)를 야생형 EGFR에서, Prime 프로그램을 사용하여, 이어서, β3-αC 루프 영역을 위해 MM/GBSA 기반 루프 정제에 의해 모델링하였다. 모든 이중 돌연변이 (EGFR L858R/L718Q, EGFR Ex19del/L718Q, EGFR L858R/L792H, EGFR Ex19del/L792H)에 대한 측쇄 예측을 Schrodinger의 Prime 측쇄 예측을 사용하고, 척추 샘플링을 이용하고, 이어서, 돌연변이된 잔기를 최소화하여 수행하였다. 구조를 최종적으로 MOE44의 "QuickPrep" 모듈을 사용하여 제조하였다. Pymol 소프트웨어를 WT (2ITX) EGFR의 돌연변이 위치의 가시화를 위해, 및 EGFR D770insNPG (4LRM) 및 EGFR G719S (2ITN)과의 정렬을 위해 사용하였다.
히트맵 생성 및 그룹의 스피어먼 상관관계. 히트맵 및 계층적 집락화를 각각의 세포 및 각각의 약물에 대해 R 및 ComplexHeatmap 패키지 (R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. Complex Heatmap)을 사용하여 중앙값 로그 (Mut/WT) 값을 플롯팅하여 생성하였다45. 계층적 집락화를 Mut/WT 비 간의 Euclidean 거리에 의해 측정하였다. 동시-발생하는 돌연변이에 대해, 엑손 순서를 임의로 할당하고, 획득 돌연변이에 대해, 엑손을 돌연변이가 임상적으로 관찰되는 순서로 할당하였다. 구조-기능 그룹은 수용체 형태에 미치는 돌연변이의 예측되는 영향을 기초로 하여 할당하였다. 돌연변이에 대한 상관관계를 스피어먼 로를 사용하여, 각각의 돌연변이 및 약물에 대한 중앙값 로그 (Mut/WT) 값 대 돌연변이가 속하는 구조-기능 기반 그룹 또는 엑손 기반 그룹에 대한 중앙값 로그 (Mut/WT) 값의 평균의 상관관계를 보여줌에 의해 결정하였다. 각각의 상관관계에 대해, 시험된 돌연변이를 평균 구조 기능 및 엑손 기반 그룹으로부터 제거하였다. 평균 로 값을 2-면 스튜던트 t-검정에 의해 비교하였다.
PDX 생성 및 생체내 시험. MD 앤더슨 캔서 센터 폐 암 문 샷(MD Anderson Cancer Center Lung Cancer Moon Shots) 프로그램의 일부로서, 환자 유도된 이종이식을 올바른 동물 관리(Good Animal Practices)에 따라서 MD 앤더슨 캔서 센터 기관 동물 관리 및 사용 위원회(MD Anderson Cancer Center Institutional Animal Care and Use Committee) (Houston, TX)의 이전에 기재된 프로토콜 번호 PA140276하에 승인받아 생성하고, 유지하였다46. 수술 샘플을 1% 페니실린-스트렙토마이신과 함께 공급된 무-혈청 RPMI로 세정하고, 이어서, 5- 내지 5-주령 NSG 마우스의 오른쪽 옆구리 내로 절제 2시간 내에 이식하였다. 종양을 DNA 핑거프린트법 및 기재된 qPCR에 의해 EGFR 돌연변이에 대해 입증하였다46. 종양을 전파하기 위해, 5- 내지 6-주령 암컷 NSG 마우스 (NOD.Cg-Prkdcscid IL2rgtmWjl/Szj)를 Jax Labs (#005557)에서 구입하였다. EGFR G719S 또는 L858R/E709K를 발현하는 NSCLC 종양의 단편을 6-8 주령 암컷 NSG 마우스 내로 이식하였다. 종양이 2000 ㎣에 도달하면, 종양을 수거하고, 6-8 주령 암컷 NSG 마우스의 오른쪽 옆구리 내로 재-이식하였다. 종양을 주당 3회 측정하고, 종양이 EGFR G719S 모델의 경우 275-325 ㎣, 및 L858R/E709K 모델의 경우 150-175 ㎣의 용적에 도달하였을 때 치료 그룹으로 무작위배정하였다. 치료 그룹은 비히클 대조군 (0.5% 메틸셀룰로스, dH2O 중 0.05% Tween-80), 100mg/kg 에를로티닙, 20mg/kg 아파티닙, 5mg/kg 오시머티닙, 및 20mg/kg 오시머티닙를 포함하였다. 치료 동안, 체중 및 종양 용적을 주당 3회 측정하고, 마우스에게 치료제를 주당 5일 투여하였다 (월요일-금요일). 투약 휴일은 마우스 체중이 10% 초과 감소하거나 전체 체중이 20 그램 아래로 떨어지는 경우 제공한다.
제2-세대 TKI로 처리된 환자의 케이스 연구. 환자는 MD 앤더슨 기관감사위원회에 따라 승인된 GEMINI 프로토콜 (PA13-0589)하에 동의하였다.
ORR의 후향 분석 및 아파티닙을 사용한 치료 기간. 아파티닙에 대한 반응 및 아파티닙 치료 기간을 흔하지 않은(Uncommon) EGFR 데이터베이스에서 803명의 환자로부터 표로 작성하였다39. 객관적 반응률는 529명의 환자에서 보고되었다. 환자를 구조-기능 기반 그룹 또는 엑손 기반 그룹 중 어느 하나에 의해 계층화하고, ORR을 완전 반응 또는 부분 반응을 갖는 것으로 보고된 환자의 수를 계수하여 결정하였다. 피셔의 정확한 검정을 사용하여 하위그룹 (구조 기반 또는 엑손 기반) 간의 통계학적 차이를 측정하였다. 치료 기간을 흔하지 않은 EGFR 데이터베이스에서 746명의 환자에 대해 제공하였다. 환자를 구조-기능 기반 그룹 및 엑손 기반 그룹으로 계층화하고, 중앙값 DoT를 캐플란-마이어 방법을 사용하여 계산하였다. 캐플란-마이어 플롯에서 통계학적 차이, 위험 비, 및 p-값을 GraphPad 프리즘 소프트웨어 및 맨텔-콕스 로그-랭크 방법을 사용하여 생성하였다. 돌연변이가 명시적으로 기재되지 않는 경우 (즉, 엑손 19 돌연변이), 이들 환자는 구조-기능 기반 분석에서 제외되지만, 엑손 기반 분석에는 포함되었다.
비정형 돌연변이를 갖는 환자의 PFS의 후향 분석. 비정형 돌연변이를 발현하는 종양을 갖는 MD 앤더슨 GEMINI 데이터베이스에서 확인된 333명의 NSCLC를 갖는 환자가 있었다. 이들 환자 중에서, 81명의 환자는 적어도 일선의 EGFR 티로신 키나제 억제제 치료를 받았고, 엑손 20 루프 삽입 돌연변이를 보유하지 않았다. 임상적 파라미터를 각각의 데이터베이스로부터 추출하였다. 이전에 화학요법을 받은 환자를 포함하고, PFS를 받은 제1 EGFR TKI에 대해 계산하였다. PFS를 제1 EGFR TKI의 개시에서부터 방사선 진행 또는 사멸까지 시간으로 정의하였다. 중앙값 PFS를 캐플란-마이어 방법을 사용하여 계산하고, 위험 비 및 p-값을 맨텔-콕스 로그-랭크 방법을 사용하여 계산하였다.
표 8.1-8.4는 기술한 연구에서 뿐만 아니라 할당된 하위그룹에서 분석된 EGFR 돌연변이를 나열한다. 본 개시내용의 EGFR 돌연변이는, 제한 없이, 표 8.1, 표 8.2, 표 8.3, 또는 표 8.4에 나열된 돌연변이일 수 있다.
표 8.1
Figure pct00033
표 8.2
Figure pct00034
Figure pct00035
표 8.3
Figure pct00036
표 8.4
Figure pct00037
표 9
Figure pct00038
Figure pct00039
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
본원에 기재되거나 주장된 방법 모두는 본 개시내용의 관점에서 과도한 시험 없이 수행되고 실행될 수 있다. 본 개시내용의 조성물 및 방법은 특정 실시형태에 관하여 기술하였지만, 변형이 본 개시내용의 개념, 취지 및 범위를 벗어나지 않고 상기 방법에 및 본원에 기재된 상기 방법의 단계에서 또는 단계의 순서에서 적용될 수 있다는 것이 당해 기술분야의 숙련가에게 명백할 것이다. 보다 특히, 화학적으로 및 생리학적으로 관련된 특정 제제가, 동일하거나 유사한 결과를 성취하면서, 본원에 기재된 제제 대신에 치환될 수 있다는 것은 명백할 것이다. 당해 기술분야의 숙련가에게 명백한 모든 이러한 유사한 치환 및 변형은 첨부된 청구범위에 정의된 본 개시내용의 취지, 범위 및 개념 내에 있는 것으로 간주된다.
참조문헌
하기 참조문헌은, 이들이 예시적인 절차 또는 다른 상세한 보충을 제공하는 범위까지, 구체적으로 참조로서 본원에 포함된다
Figure pct00044
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Figure pct00046
Figure pct00047
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Claims (232)

  1. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을:
    (i) 상기 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암;
    (ii) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암;
    (iii) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암;
    (iv) 상기 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암;
    (v) 상기 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암; 또는
    (vi) 상기 EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774인, P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로서 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  3. 제2항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  5. 제4항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  6. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암 샘플로서 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  7. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제3 세대 EGFR 억제제에 민감성이고; (ii) 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  8. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  10. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 및 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  11. 제1항에 있어서, 상기 암 샘플이 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  13. 제12항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  16. 제15항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  17. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  18. 제17항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  19. 제18항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  20. 제17항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  22. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  23. 제17항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  24. 제23항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  25. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 T790M-유형-3S 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  26. 제25항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  27. 제26항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  28. 제25항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  29. 제28항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  30. 제25항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  31. 제30항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  32. 제25항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  33. 제25항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  34. 제33항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  35. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  36. 제35항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  37. 제36항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  38. 제35항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  39. 제38항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  40. 제35항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  41. 제35항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  42. 제41항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  43. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  44. 제43항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  45. 제44항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  46. 제43항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  47. 제46항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 또는 제3-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  48. 제43항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  49. 제48항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  50. 제43항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  51. 제43항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  52. 제43항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  53. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  54. 제53항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  55. 제54항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  56. 제53항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  57. 제56항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  58. 제53항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  59. 제53항 내지 제58항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  60. 제59항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  61. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  62. 제61항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  63. 제62항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  64. 제61항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  65. 제64항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  66. 제61항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  67. 제66항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  68. 제61항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  69. 제61항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  70. 제69항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  71. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  72. 제71항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  73. 제72항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 레지버티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 DZD9008인, 방법.
  74. 제71항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 전형적-유형 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 방법.
  75. 제71항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  76. 제75항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  77. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  78. 제77항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  79. 제78항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 또는 레지버티닙인, 방법.
  80. 제77항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  81. 제80항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙이 아닌, 방법.
  82. 제77항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, 방법.
  83. 제77항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  84. 제83항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  85. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 티로신 키나제 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 상기 티로신 키나제 억제제가 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  86. 제85항에 있어서, 상기 티로신 키나제 억제제가 PKC 억제제인, 방법.
  87. 제86항에 있어서, 상기 PKC 억제제가 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 켈레리트린, 미야베놀 C, 미리시트린, 고시폴, 버바스코시드, BIM-1, 브리오스타틴 1, 또는 타목시펜인, 방법.
  88. 제85항에 있어서, 상기 티로신 키나제 억제제가 ALK 억제제인, 방법.
  89. 제88항에 있어서, 상기 ALK 억제제가 AZD3463, 브리가티닙, 크리조티닙, 세리티닙, 알렉티닙, 로를라티닙, 엔사르티닙, 엔트렉티닙, 레포트렉티닙, 벨리자티닙, 알코티닙, 포리티닙, CEP-37440, TQ-B3139, PLB1003, TPX-0131, 또는 ASP-3026인, 방법.
  90. 제85항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, 방법.
  91. 제85항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  92. 제91항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  93. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  94. 제93항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  95. 제94항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙) 또는 DZD9008인, 방법.
  96. 제93항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제3 세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  97. 제96항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 또는 레지버티닙이 아닌, 방법.
  98. 제93항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, 방법.
  99. 제93항 내지 제98항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  100. 제99항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  101. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  102. 제101항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  103. 제102항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 DZD9008인, 방법.
  104. 제101항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, 방법.
  105. 제101항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  106. 제105항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  107. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  108. 제107항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  109. 제108항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), DZD9008인, 방법.
  110. 제107항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  111. 제110항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙인, 방법.
  112. 제107항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  113. 제112항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙이 아닌, 방법.
  114. 제107항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M인, 방법.
  115. 제107항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  116. 제115항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  117. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을:
    (i) 상기 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암;
    (ii) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암;
    (iii) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암;
    (iv) 상기 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암;
    (v) 상기 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암; 또는
    (vi) 상기 EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774인, P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로서 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  118. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  119. 제118항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  120. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  121. 제120항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  122. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암 샘플로서 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감한 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  123. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제3 세대 EGFR 억제제에 민감성이고; (ii) 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  124. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  125. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 Exon20ins-NL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3-세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  126. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 Exon20ins-FL EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 및 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  127. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류되는 경우, 상기 암 샘플을 (i) 제2-세대 EGFR 억제제에 민감성이고, (ii) 제3 세대 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  128. 제117항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  129. 제128항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  130. 제117항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  131. 제117항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  132. 제131항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  133. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 전형적-유형 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  134. 제133항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  135. 제134항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  136. 제133항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  137. 제136항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  138. 제133항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  139. 제133항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  140. 제139항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  141. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 T790M-유형-3S 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  142. 제141항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  143. 제142항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  144. 제141항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  145. 제144항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  146. 제141항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  147. 제146항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  148. 제141항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  149. 제141항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  150. 제149항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  151. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  152. 제151항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  153. 제152항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  154. 제151항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  155. 제154항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  156. 제151항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  157. 제151항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  158. 제157항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  159. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  160. 제159항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  161. 제160항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  162. 제159항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  163. 제162항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 또는 제3-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  164. 제159항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  165. 제164항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  166. 제159항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  167. 제159항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  168. 제159항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  169. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) 상기 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  170. 제169항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  171. 제170항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  172. 제169항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  173. 제172항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  174. 제169항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  175. 제169항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  176. 제175항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  177. 암 샘플을 분류하는 방법으로서, 상기 방법이:
    (a) EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M인, 상기 암 샘플에서 EGFR 돌연변이를 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 암 샘플을 P-루프 C-나선 압축 EGFR 돌연변이 암으로 분류하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  178. 제177항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 민감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  179. 제178항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  180. 제177항에 있어서, 상기 암 샘플을 EGFR 억제제에 둔감성인 것으로 분류하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  181. 제180항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  182. 제177항에 있어서, (a) 전에, 대상자로부터 상기 암 샘플을 수득하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  183. 제182항에 있어서, 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 추출하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  184. 제177항에 있어서, (a) 상기 암 샘플로부터 종양 DNA를 서열분석하는 것을 포함하는, 방법.
  185. 제177항에 있어서, 상기 암 샘플이 폐 암 샘플인, 방법.
  186. 제185항에 있어서, 상기 폐 암 샘플이 비-소세포 폐 암 샘플인, 방법.
  187. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 전형적-유형 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  188. 제187항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 제3 세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  189. 제188항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 레지버티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 DZD9008인, 방법.
  190. 제187항에 있어서, 상기 전형적-유형 EGFR 돌연변이가 A702T, A763insFQEA, A763insLQEA, D761N, E709A L858R, E709K L858R, E746_A750del A647T, E746_A750del L41W, E746_A750del R451H, Ex19del E746_A750del, K754E, L747_E749del A750P, L747_T751del L861Q, L833F, L833V, L858R, L858R A289V, L858R E709V, L858R L833F, L858R P100T, L858R P848L, L858R R108K, L858R R324H, L858R R324L, L858R S784F, L858R S784Y, L858R T725M, L858R V834L, L861Q, L861R, S720P, S784F, S811F, 또는 T725M인, 방법.
  191. 제187항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  192. 제191항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  193. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  194. 제193항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제3 세대 EGFR 억제제인, 방법.
  195. 제194항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 또는 레지버티닙인, 방법.
  196. 제193항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제2-세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  197. 제196항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙이 아닌, 방법.
  198. 제193항에 있어서, 상기 T790M-유형-3S EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M, Ex19del T790M L718V, Ex19del T790M G724S, G719A T790M, G719S T790M, H773R T790M, I744_E749del insMKK, L747_K754 delinsATSPE, L858R T790M L792H, L858R T790M V843I, L858R T790M, S768I T790M, 또는 T790M인, 방법.
  199. 제193항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  200. 제199항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  201. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 티로신 키나제 억제제의 유효량을 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하고, 상기 티로신 키나제 억제제가 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  202. 제201항에 있어서, 상기 티로신 키나제 억제제가 PKC 억제제인, 방법.
  203. 제202항에 있어서, 상기 PKC 억제제가 루복시스타우린, 미도스타우린, 소트라스타우린, 켈레리트린, 미야베놀 C, 미리시트린, 고시폴, 버바스코시드, BIM-1, 브리오스타틴 1, 또는 타목시펜인, 방법.
  204. 제201항에 있어서, 상기 티로신 키나제 억제제가 ALK 억제제인, 방법.
  205. 제204항에 있어서, 상기 ALK 억제제가 AZD3463, 브리가티닙, 크리조티닙, 세리티닙, 알렉티닙, 로를라티닙, 엔사르티닙, 엔트렉티닙, 레포트렉티닙, 벨리자티닙, 알코티닙, 포리티닙, CEP-37440, TQ-B3139, PLB1003, TPX-0131, 또는 ASP-3026인, 방법.
  206. 제201항에 있어서, 상기 T790M-유형-3R EGFR 돌연변이가 Ex19del T790M C797S, Ex19del T790M L792H, G724S T790M, L718Q T790M, L858R T790M C797S, 또는 L858R T790M L718Q인, 방법.
  207. 제201항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  208. 제207항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  209. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  210. 제209항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  211. 제210항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙) 또는 DZD9008인, 방법.
  212. 제209항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제 또는 제3 세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  213. 제212항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 오시머티닙, 나자르티닙, 올무티닙, 로셀리티닙, 나쿠오티닙, 라제르티닙, WZ4002, 알모너티닙, 푸르모너티닙, 아비버티닙, 알플루티닙, 마벨러티닙, 아비버티닙, 올라퍼티닙, 또는 레지버티닙이 아닌, 방법.
  214. 제209항에 있어서, 상기 엑손 20 근위-루프 삽입 EGFR 돌연변이가 A767_V769dupASV, A767_S768insTLA, S768_D770dupSVD, S768_D770dupSVD L858Q, S768_D770dupSVD R958H, S768_D770dupSVD V769M, V769_D770insASV, V769_D770insGSV, V769_D770insGVV, V769_D770insMASVD, D770_N771insNPG, D770_N771insSVD, D770del insGY, D770_N771 insG, D770_N771 insY H773Y, N771dupN, N771dupN G724S, N771_P772insHH, N771_P772insSVDNR, 또는 P772_H773insDNP인, 방법.
  215. 제209항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  216. 제215항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  217. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  218. 제217항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  219. 제218항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), 또는 DZD9008인, 방법.
  220. 제217항에 있어서, 상기 엑손 20 원위-루프 삽입 EGFR 돌연변이가 H773_V774 insNPH, H773_V774 insAH, H773dupH, V774_C775 insHV, V774_C775 insPR인, 방법.
  221. 제217항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  222. 제221항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
  223. 대상자를 암에 대해 치료하는 방법으로서, 상기 방법이 EGFR 억제제의 유효량을, 대상자로부터 종양 DNA를 분석하여 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상자에게 투여함을 포함하는, 방법.
  224. 제223항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제1-세대 EGFR 억제제, 제2-세대 EGFR 억제제, 또는 EGFR 엑손 20과 연관된 돌연변이에 특이적인 EGFR 억제제인, 방법.
  225. 제224항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 에를로티닙, 게프티닙, AZD3759, 사파티닙, 라파티닙, 투카티닙, 이코티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 수테티닙, TAS 6417, AZ5104, TAK-788 (모보세르티닙), DZD9008인, 방법.
  226. 제223항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제인, 방법.
  227. 제226항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙인, 방법.
  228. 제223항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 제2-세대 EGFR 억제제가 아닌, 방법.
  229. 제228항에 있어서, 상기 EGFR 억제제가 아파티닙, 다코미티닙, 네라티닙, 탈록스-TKI, 탈록소티닙, BDTX189, 또는 수테티닙이 아닌, 방법.
  230. 제223항에 있어서, 상기 P-루프 αC-나선 압축 EGFR 돌연변이가 A750_I759del insPN, E709_T710del insD, E709A, E709A G719A, E709A G719S, E709K, E709K G719S, E736K, E746_A750del A647T, E746_A750del R675W, E746_T751del insV S768C, Ex19del C797S, Ex19del G796S, Ex19del L792H, Ex19del T854I, G719A, G719A D761Y, G719A L861Q, G719A R776C, G719A S768I, G719C S768I, G719S, G719S L861Q, G719S S768I, G724S, G724S Ex19del, G724S L858R, G779F, I740dupIPVAK, K757M L858R, K757R, L718Q, Ex19del, L718Q L858R, L718V, L718V L858R, L747_S752del A755D, L747P, L747S, L747S L858R, L747S V774M, L858R C797S, L858R L792H, L858R T854S, N771G, R776C, R776H, E709_T710del insD S22R, S752_I759del V769M, S768I, S768I L858R, S768I L861Q, S768I V769L, S768I V774M, T751_I759 delinsN, V769L, V769M, 또는 V774M인, 방법.
  231. 제223항에 있어서, 상기 대상자가 폐 암을 갖는, 방법.
  232. 제231항에 있어서, 상기 대상자가 비-소세포 폐 암을 갖는, 방법.
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