CN117460843A - 用激酶抑制剂治疗癌症的方法 - Google Patents

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CN117460843A CN202280026543.3A CN202280026543A CN117460843A CN 117460843 A CN117460843 A CN 117460843A CN 202280026543 A CN202280026543 A CN 202280026543A CN 117460843 A CN117460843 A CN 117460843A
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雅克利内·P·罗比绍
约翰·V·海马赫
西蒙·希克
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University of Texas System
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Abstract

本公开的方面涉及治疗患有癌症的对象的方法。某些方面涉及通过向对象施用激酶抑制剂来治疗对象的肺癌，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有特定分类的EGFR突变。其他方面涉及通过检测来自对象的肿瘤DNA中的特定分类的EGFR突变并向对象施用有效量的激酶抑制剂来治疗对象的肺癌的方法。还公开了基于EGFR突变分类对对象进行分层和预测的方法。

Description

用激酶抑制剂治疗癌症的方法
本申请要求享有2021年1月29日提交的美国临时申请第63/143710号和2021年9月14日提交的美国临时申请第63/244169号的优先权，其全部内容通过引用并入本文。
背景
本发明是在美国国立卫生研究院授权的R01CA247975的政府支持下完成的。政府拥有本发明的一定权利。
技术领域
本发明的方面一般地至少涉及癌症生物学、分子生物学和医学领域。
背景技术
表皮生长因子受体(EGFR)突变是非小细胞肺癌(NSCLC)的既定的驱动突变，并且其靶向治疗剂被批准用于具有特定EGFR突变的患者。然而，其他EGFR突变的有效治疗方法尚未确定，以及非经典EGFR的突变频率和对药物敏感性的影响尚不清楚。
在10％-15％的非小细胞肺癌(NSCLC)患者中发生的表皮生长因子(EGFR)突变，可分为经典突变和非经典突变1-4。经典的EGFR突变包括L858R和19号外显子缺失(Ex19del)，具有这些突变的患者在接受第一代、第二代和第三代TKI治疗时，临床终点有明显改善5-7。经典EGFR突变型NSCLC患者目前的标准治疗是使用第三代TKI奥西替尼(Osimertinib)8。在奥西替尼的III期临床试验中，初治患者的客观有效率(ORR)为80％，中位无进展生存期(mPFS)为18.9个月7，中位总生存期(MOS)为38.69个月，与前几代EGFR TKI相比，临床结果有显著改善。
激酶结构域(外显子18至21)中的其他EGFR突变也已被确定为NSCLC的癌基因驱动因素，然而，这些NSCLC的治疗选择有限。具有非经典EGFR突变的患者经历了对EGFR抑制剂的异质性和降低的反应1,3,4,10-15。在对携带非经典EGFR突变的初治患者的II期临床试验(KCSG-LU15-09)中，奥西替尼治疗导致50％的ORR和8.2个月的mPFS16，获得性奥西替尼耐药性的研究显示，获得了18号17-22和20号23-28外显子的非经典突变。目前，FDA批准治疗的非经典EGFR突变只有EGFR S768I、L861Q和G719X，根据回顾性研究，阿法替尼(Afatinib)被认为对这些突变有效29-32。没有FDA批准的TKI的非经典EGFR突变通常被视为一个实体，并且对于具有这些突变的患者的EGFR TKI治疗没有明确的既定指南，导致患者经常接受细胞毒性化学疗法。非经典EGFR突变患者的临床试验设计和治疗通常依赖于突变的外显子位置来预测治疗，尽管已经清楚地观察到单个外显子的药物敏感性的异质性1,11,12,33-36。
认识到为了更有效地治疗癌症，需要用于识别和分类EGFR突变的系统以及使用这种系统来预测癌症治疗剂的疗效的方法，所述系统预测用于治疗患者和临床试验设计的癌症治疗剂的反应。
发明内容
本公开的方面通过提供用于治疗对象的癌症(例如，肺癌)的方法和用于预测患者对癌症治疗的反应的方法来解决本领域中的某些需求。因此，本文在一些方面提供了用于治疗对象的癌症例如肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的来自一个或多于一个激酶分类的一种或多于一种激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有一种或多于一种EGFR突变。还公开了用于治疗对象的癌症例如肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的一种或多于一种EGFR突变；以及(b)根据检测到的EGFR突变，施用有效量的来自一个或多于一个激酶分类中一种或多于一种激酶抑制剂。在一些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，癌症是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，EGFR突变是经典样突变、20号外显子近环插入突变(Ex20ins-NL)、20号外显子远环插入突变(Ex20ins-FL)、T790M样敏感突变(T790M-样(like)-3S)、T790M样耐药突变(T790M-样-3R)或P-环和αC-螺旋压缩(PACC)突变。
本公开的实施方案包括用于治疗对象的癌症的方法、用于提高治疗对象的癌症的激酶抑制剂的疗效的方法、用于将患有癌症的对象识别为用特定激酶抑制剂进行治疗的候选对象的方法、用于识别EGFR突变的方法、用于对一种或多于一种EGFR突变进行分类的方法、以及用于治疗患有肺癌的对象的方法和组合物。本发明的方法可以包括以下步骤中的1个、2个、3个、4个、5个、6个或多于6个步骤：确定患有癌症的对象，向对象提供一种或多于一种激酶抑制剂，向对象提供EGFR抑制剂，向对象提供替代治疗剂，向对象提供两种或多于两种类型的癌症治疗剂，识别需要提高疗效的一种或多于一种激酶抑制剂，检测来自对象的肿瘤DNA中的一种或多于一种EGFR突变，将对象识别为一种或多于一种特定激酶抑制剂治疗的候选对象，将对象识别为对一种或多于一种特定激酶抑制剂敏感，将对象识别为对一种或多于一种特定的激酶抑制剂具有耐药性。本公开的某些实施方案可以排除一个或多于一个前述要素和/或步骤。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变；和(b)将癌症样品分类为：(i)经典样EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750delA647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858R P848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858RS784F、L858R S784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M；(ii)T790M-样-3S EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19delT790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719ST790M、H773R T790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790ML792H、L858R T790M V843I、L858RT790M、S768I T790M或T790M；(iii)T790M-样-3REGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19delT790M C797S、Ex19del T790M L792H、G724ST790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；(iv)Exon20ins-NL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；(v)Exon20ins-FL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774 insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775insPR；或(vi)P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774。可以从本公开的实施方案中排除上述EGFR突变的任何一种或多于一种。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
在一些实施方案中，方法还包括如果癌症样品被分类为经典样EGFR突变型癌症样品，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感。在一些实施方案中，方法还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3S EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第三代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，方法还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3R EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，方法还包括如果癌症样品被分类为Exon20ins-NL EGFR突变型癌症样品，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感以及(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，方法还包括如果将癌症样品分类为Exon20ins-FL EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂和第三代EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，方法还包括如果将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790M L718V、Ex19delT790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749del insMKK、L747_K754delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；和(b)将癌症样品分类为T790M-样-3S突变型癌症。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19del T790M L792H、G724ST790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；和(b)将癌症样品分类为T790M-样-3R突变型癌症。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；和(b)将癌症样品分类为20号外显子近环插入EGFR突变型癌症。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774 insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR；和(b)将癌症样品分类为20号外显子远环插入EGFR突变型癌症。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文公开了用于对癌症样品进行分类的方法，方法包括(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19delL792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724S Ex19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718VL858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759delV769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759delinsN、V769L、V769M或V774M；和(b)将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
在一些实施方案中，方法还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。在一些实施方案中，方法还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。在一些实施方案中，(a)包括对癌症样品中的肿瘤DNA进行测序。在一些实施方案中，癌症样品是肺癌样品。在一些实施方案中，肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有经典样EGFR突变。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为厄洛替尼(Erlotinib)、吉非替尼(Geftinib)、AZD3759、沙普替尼(Sapatinib)、拉帕替尼(Lapatinib)、妥卡替尼(Tucatinib)、阿法替尼、达克替尼(Dacomitinib)、来那替尼(Neratinib)、Tarlox-TKI、他索替尼(Tarloxotinib)、奥西替尼、纳扎替尼(Nazartinib)、奥莫替尼(Olmutinib)、罗西替尼(Rocelitinib)、那库替尼(Naquotinib)、拉泽替尼(Lazertinib)、TAS 6417、AZ5104或TAK-788(莫博赛替尼(mobocertinib))。在一些实施方案中，经典样EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709KL858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858RA289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858R P848L、L858R R108K、L858RR324H、L858R R324L、L858R S784F、L858R S784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3S EGFR突变。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI或他索替尼。在一些实施方案中，T790M-样-3S EGFR突变为Ex19delT790M、Ex19del T790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773RT790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790MV843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的酪氨酸激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3REGFR突变，其中所述酪氨酸激酶抑制剂不是EGFR抑制剂。在一些实施方案中，酪氨酸激酶抑制剂是PKC抑制剂。在一些实施方案中，PKC抑制剂为鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林、白屈菜红碱、宫部苔草酚C、杨梅树皮苷、棉酚、毛蕊花糖苷、BIM-1、苔藓抑素1或他莫昔芬。在一些实施方案中，酪氨酸激酶抑制剂是ALK抑制剂。在一些实施方案中，ALK抑制剂为AZD3463、布加替尼、克唑替尼、色瑞替尼、阿来替尼、劳拉替尼、恩沙替尼、恩曲替尼、瑞波替尼、贝扎替尼、奥卡替尼、福瑞替尼(Foritinib)、CEP-37440、TQ-B3139、PLB1003、TPX-0131或ASP-3026。在一些实施方案中，T790M-样-3R EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19del T790ML792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子近环插入EGFR突变。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、TAS 6417、AZ5104或TAK-788(莫博赛替尼)。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼，那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，20号外显子近环插入EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVDL858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子远环插入EGFR突变。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为TAS 6417、AZ5104或TAK-788(莫博赛替尼)。在一些实施方案中，20号外显子远环插入EGFR突变为H773_V774insNPH、H773_V774insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变。在一些实施方案中，EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、TAS 6417、AZ5104或TAK-788(莫博赛替尼)。在一些实施方案中，EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中、EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI或他索替尼。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR抑制剂不是阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI或他索替尼。在一些实施方案中，P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
在一些实施方案中，对象患有肺癌，在一些实施方案中，对象患有非小细胞肺癌。在一些实施方案中，对象不患有肺癌。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼或其组合，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790MV843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M。
在一些方面，本文还公开了用于治疗患有肺癌的对象的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790ML718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749delinsMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；和(b)向对象施用有效量的奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼或其组合。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用纳扎替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥莫替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用罗西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用那库替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用拉泽替尼。
在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M L718V。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为H773R T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为I744_E749delinsMKK。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_K754 delinsATSPE。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M L792H。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RT790M V843I。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为T790M。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或其组合，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。
在一些方面，本文还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；和(b)向对象施用有效量的阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或其组合。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用阿法替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用达克替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用来那替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用tarlox-TKI。在一些实施方案中，方法包括向对象施用他索替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAS6417(CLN-081)。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZ5104。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAK-788(莫博赛替尼)。
在一些实施方案中，EGFR突变为A767_V769dupASV。在一些实施方案中，EGFR突变为A767_S768insTLA。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD L858Q。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVDR958H。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insASV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insGSV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insGVV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insMASVD。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771insNPG。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771insSVD。在一些实施方案中，EGFR突变为D770del insGY。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771 insG。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771 insY H773Y。在一些实施方案中，EGFR突变为N771dupN。在一些实施方案中，EGFR突变为N771dupN G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为N771_P772insHH。在一些实施方案中，EGFR突变为N771_P772insSVDNR。在一些实施方案中，EGFR突变为P772_H773insDNP。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼或其组合，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
在一些方面，本文还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719AS768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724S Ex19del、G724SL858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858RC797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759delinsN、V769L、V769M或V774M；和(b)向对象施用有效量的阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼或其组合。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用阿法替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用达克替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用来那替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用tarlox-TKI。在一些实施方案中，方法包括向对象施用他索替尼。
在一些实施方案中，EGFR突变为A750_I759del insPN。在一些实施方案中，EGFR突变为E709_T710del insD。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A G719A。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为E709K。在一些实施方案中，EGFR突变为E709K G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为E736K。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del A647T。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del R675W。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_T751del insVS768C。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del G796S。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del L792H。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T854I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A D761Y。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A R776C。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719C S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S Ex19del。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为G779F。在一些实施方案中，EGFR突变为I740dupIPVAK。在一些实施方案中，EGFR突变为K757M L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为K757R。在一些实施方案中，EGFR突变为L718Q。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del。在一些实施方案中，EGFR突变为L718Q L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L718V。在一些实施方案中，EGFR突变为L718V L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_S752del A755D。在一些实施方案中，EGFR突变为L747P。在一些实施方案中，EGFR突变为L747S。在一些实施方案中，EGFR突变为L747S L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L747SV774M。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RL792H。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T854S。在一些实施方案中，EGFR突变为N771G。在一些实施方案中，EGFR突变为R776C。在一些实施方案中，EGFR突变为R776H。在一些实施方案中，EGFR突变为E709_T710del insD S22R。在一些实施方案中，EGFR突变为S752_I759del V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I V769L。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I V774M。在一些实施方案中，EGFR突变为T751_I759 delinsN。在一些实施方案中，EGFR突变为V769L。在一些实施方案中，EGFR突变为V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为V774M。在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
在本文公开的方法的一些实施方案中，方法还包括向对象施用其他癌症治疗剂。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括化学治疗剂、放射治疗剂或免疫治疗剂。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括间变性淋巴瘤激酶(ALK)抑制剂。在一些实施方案中，ALK抑制剂为布加替尼或AZD3463。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括蛋白激酶C(PKC)抑制剂。在一些实施方案中，PKC抑制剂为鲁伯斯塔、米哚妥林或索曲妥林。
在一些方面，本文还公开了用于治疗对象的非小细胞肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)第三代EGFR抑制剂、(b)第二代EGFR抑制剂、(c)第一代EGFR抑制剂或(d)对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有经典样EGFR突变。
在一些方面，还公开了用于治疗对象的非小细胞肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)第三代EGFR抑制剂、(b)PKC抑制剂或(c)ALK抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有T790M-样-3S EGFR突变。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第一代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文还公开了用于治疗患有非小细胞肺癌的对象的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)PKC抑制剂或(b)ALK抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有T790M-样-3R EGFR突变。在一些方面，方法还包括向对象施用第三代EGFR抑制剂。在一些方面，方法不包括向对象施用第三代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第一代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文还公开了用于治疗对象的非小细胞肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)第二代EGFR抑制剂或(b)对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有20号外显子近环插入EGFR突变。在一些方面，方法不包括向对象施用第一代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第三代EGFR抑制剂。
在一些实施方案中，还公开了用于治疗对象的非小细胞肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有20号外显子远环插入EGFR突变。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第一代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第三代EGFR抑制剂。
在一些方面，本文公开了用于治疗对象的非小细胞肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量的组合物，该组合物包含(a)第二代EGFR抑制剂、(b)第一代EGFR抑制剂或(c)对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂，其中先前根据对来自对象的肿瘤DNA的分析确定对象具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变。在一些实施方案中，组合物包含第二代EGFR抑制剂。在一些实施方案中，方法不包括向对象施用第三代EGFR抑制剂。
“个体”、“对象”和“患者”可以互换使用，并可以指人类或非人类。
如本文所用，“治疗”或等同术语是指治疗性治疗和预防性或防止性措施，其中目的是防止或减缓(减轻)不期望的生理变化或紊乱，例如癌症的生长、发展或扩散。出于本公开的目的，有益的或期望的临床结果包括但不限于症状的缓解、疾病程度的减轻、疾病状态的稳定(即，不恶化)、疾病进展的延迟或减缓、疾病状态的改善或减轻、以及缓解(无论是部分的还是全部的)，无论是可检测的还是不可检测的。“治疗”还可以指与未接受治疗的预期生存期相比，延长生存期。需要治疗的对象包括已经患有这种病症或疾病的对象，以及容易出现这种病症或疾病的对象，或者需要预防这种病症或疾病的对象。治疗结果可以通过本领域已知的方法来确定，如通过减少施用阿片类药物或其他疼痛药物的需求来确定疼痛的减轻，确定肿瘤负荷的减轻，确定功能的恢复，或本领域已知的其他方法。
在本申请全文，术语“约”用于表明数值包含测量或定量方法的误差的固有变化。
当与术语“包含”一起使用时，要素前面不使用数量词可以表示“一个”，但是其也符合“一个或更多个”、“至少一个”和“一个或多于一个”的意思。
短语“和/或”表示“和”或“或”。举例而言，A、B和/或C包含：单独的A、单独的B、单独的C、A和B的组合、A和C的组合、B和C的组合或A、B和C的组合。换句话说，“和/或”用作包容性的“或”。
词语“包含”、“具有”、“包括”或“含有”是包括性的或开放式的，并且不排除附加的、未列举的要素或方法步骤。
使用的组合物和方法可以“包含”、“基本上组成为”或“组成为”本说明书通篇所公开的任何成分或步骤。“基本上组成为”所公开的任何成分或步骤的组合物和方法将权利要求的范围限制在不实质上影响所要求保护的发明的基础和新颖性特征的特定材料或步骤。
在治疗、诊断或生理目的或作用的上下文中的任何方法也可以用“用途”权利要求语言描述，例如本文讨论的任何化合物、组合物或制剂用于实现或实施所述治疗、诊断或生理目的或作用的“用途”。
预期的是，关于本公开的一个实施方案所讨论的任何限制可以应用于本发明的任何其他实施方案，反之亦然。此外，本公开的任何组合物可以用于实现本公开的方法。
本公开的其他目的、特征和优点通过下面的详细描述会变得明显。然而，应当理解，具体实施方案和具体实施例虽然表明了本公开的具体实施方案，但仅以说明的方式给出，因为根据本具体实施方案在本公开的精神和范围内的各种变化和修改对于本领域技术人员将变得明显。
附图说明
以下附图形成本说明书的一部分，并被包含以进一步证实本公开的特定方面。通过参照这些附图中的一个或多于一个结合本文所提供的具体实施方案的详细说明可以更好地理解本公开。
图1A至图1F。基于药物敏感性和结构变化，可以将EGFR突变分为四个不同的亚组。图1A。在指定药物治疗72小时后，表达指示性突变的Ba/F3细胞的log(突变体/WT)比率的无监督分级聚类热图。为了确定突变体/WT比率，计算每种药物和细胞系的IC50值，然后将其与表达WT EGFR(+10ng/ml EGF以维持生存力)的Ba/F3细胞的平均IC50值进行比较。正方形代表n＝3个重复的平均值。对于同时发生的突变，1号、2号和3号外显子的顺序是任意指定的。根据结构预测进行分组。图1B至图1E。(图1B)经典样、(图1C)T790M样、(图1D)20号外显子环插入(红色/蓝色)和WT(灰色/绿色)和(图1E)PACC突变体的计算机突变图谱。图1F。根据每个药物的基于外显子组的平均值或基于结构功能的平均值的突变的斯皮尔曼相关性绘制的Rho值的点状图。点代表每个突变，条代表平均Rho值±标准偏差(SD)，p值由配对t检验确定。
图2。与基于外显子的分组相比，基于结构功能的分组更能预测药物和突变的敏感性。与基于外显子的组(黄色)或基于结构功能的组(绿色)相比，指示突变的的斯皮尔曼ρ值的柱状图。两个ρ值的δ显示为重叠的灰色条。当δ柱向右移动时，基于结构功能的组的斯皮尔曼ρ值较高，当灰色柱向左移动时，基于外显子的组的斯皮尔曼ρ值较高。
图3A至图3B。通过基于结构功能的组的监督聚类生成的热图比基于外显子的组对药物的敏感性的数据集群更好。图3A至图3B。指示性药物治疗72小时后，表达指示突变的Ba/F3细胞的log(突变体/WT)比率的(图3A)基于外显子或(图3B)基于结构功能的组的监督聚类热图。为了确定突变体/WT比率，计算每种药物和细胞系的IC50值，然后将其与表达WTEGFR(+10ng/ml EGF以维持生存力)的Ba/F3细胞的平均IC50值进行比较。正方形代表n＝3个重复的平均值。对于同时发生的突变，1号、2号和3号外显子的顺序是任意指定的。根据结构预测指定分组。
图4A至图4G。经典样EGFR突变预计不会改变药物结合口袋，并且对第三代EGFRTKI最敏感。图4A至图4B。WT EGFR(PDB 2ITX)的计算机模拟模型同时显示为(图4A)带状和(图4B)空间填充模型。突出了在受体信号和药物结合中重要的残基。图4C至图4D。(图4C)WT(灰色)和L861R(蓝色)的重叠计算机模型和(图4D)L861Q的空间填充模型证明R861取代远离药物结合口袋，并且与WT相比对EGFR的整体结构影响最小。图4E。表达经典样EGFR突变并用指定分类的EGFR TKI治疗的Ba/F3细胞的突变体/WT IC50值的点状图。点代表用单个药物表达经典样突变的单个细胞系的n＝3个重复突变体/WT IC50值的平均值。条形代表每类EGFR TKI和所有经典样细胞系的平均突变体/WT IC50值±SEM。p-值通过ANOVA分析确定，SD用Brown-Forsythe检验确定，以确定SD的差异。用Holm-Sidak多重比较检验来确定组间的差异。图4F。含EGFR L858R E709K复合突变的PDX在指定抑制剂作用下的肿瘤生长曲线。每周测量肿瘤三次，符号为肿瘤体积±SEM。将小鼠随机分为六组。每周给药5天，第28天处死小鼠以获取肿瘤。图4G。图4F中描述了在肿瘤的第28天肿瘤体积的变化百分比的点图。点代表每个肿瘤，条形代表每组的平均±SEM。统计学差异采用普通单因素ANOVA分析确定，其中组间差异用事后Tukey多重比较检验确定。
图5A至图5C。20号外显子环插入是一类独特的EGFR突变。图5A。表达20号外显子环插入突变并用指定分类的EGFR TKI治疗的Ba/F3细胞的突变体/WT IC50值的点状图。点代表用单个药物表达20号外显子环插入突变的单个细胞系的n＝3个重复突变体/WT IC50值的平均值。条形代表每类EGFR TKI和所有20号外显子环插入细胞系的平均突变体/WT IC50值±SEM。p-值通过ANOVA分析确定，SD用Brown-Forsythe检验确定，以确定SD的差异。用Holm-Sidak多重比较检验来确定组间的差异。图5B。含有EGFR S768dupSVD的20号外显子环插入突变的PDX经指定抑制剂治疗后的肿瘤生长曲线。每周测量肿瘤三次，符号为肿瘤体积±SEM。小鼠被随机分成四组。每周给药5天，第21天处死小鼠以获取肿瘤。图5C。图5B中描述的在肿瘤在第21天的肿瘤体积变化百分比的点状图。点代表每个肿瘤，条形代表每组的平均值±SEM。统计学差异采用普通单因素ANOVA分析确定，组间差异用事后Tukey多重比较检验确定。
图6A至图6C。药物再利用可克服T790M样耐药性突变。图6A。在指定药物治疗72小时后，表达指示性突变的Ba/F3细胞的log(突变体/WT)比率的无监督分级聚类热图。正方形代表n＝3个重复的平均值。对于同时发生的突变，1号、2号和3号外显子的顺序是任意指定的。根据等级聚类和已知的耐药性突变进行分组。图6B至6C。表达(图6B)T790M-样-3S(第三代EGFR TKI敏感)和(图6C)T790M-样-3R(第三代EGFR TKI耐药性)EGFR突变并用指定分类的EGFR TKI治疗的Ba/F3细胞的突变体/WT IC50值的点状图。点代表用单个药物表达经典样突变的单个细胞系的n＝3个重复突变体/WT IC50值的平均值。条形代表每类EGFR TKI和所有细胞系的平均突变体/WT IC50值±SEM。p-值通过ANOVA分析确定，SD用Brown-Forsythe检验确定，以确定SD的差异。用Holm-Sidak多重比较检验来确定组间的差异。
图7A至图7G。PACC突变对第二代TKI非常敏感。图7A。EGFR G179S(PDB 2ITN，紫色)与奥西替尼的反应性构象(绿色)和G719S的预测构象(橙色)的计算机模拟证明了吲哚环上TKI-蛋白质相互作用的去稳定化。图7B。表达PACC突变并用指定分类的EGFR TKI治疗的Ba/F3细胞的突变体/WT IC50值的点状图。点代表用单个药物表达PACC突变的单个细胞系的n＝3个重复的突变体/WT IC50值的平均值。条形代表每类EGFR TKI和所有PACC细胞系的平均突变体/WT IC50值±SEM。p-值通过ANOVA分析确定，SD用Brown-Forsythe检验确定，以确定SD的差异。用Holm-Sidak多重比较检验来确定组间的差异。图7C。含有EGFR S768dupSVD的20号外显子环插入突变的PDX经指定抑制剂治疗后的肿瘤生长曲线。每周测量肿瘤三次，符号为肿瘤体积的平均值±SEM。将小鼠随机分为六组。小鼠每周给药5天，第28天处死小鼠以获取肿瘤。图7D。携带G719S E709K复合突变的NSCLC患者在接受阿法替尼治疗前和接受阿法替尼治疗4周后的计算机断层扫描(CT)结果。箭头表示右叶胸腔积液消退，左叶胸腔积液减少和肿瘤缩小。图7E。在指定药物治疗72小时后，表达指示性突变的Ba/F3细胞的log(突变体/WT)比率的无监督分级聚类热图。正方形代表n＝3个重复的平均值。对于同时发生的突变，1号、2号和3号外显子的顺序是任意指定的。根据预测的突变影响指定分组。图7F。用指定分类的EGFR TKI治疗的表达经典EGFR突变(白色条)或经典EGFR突变和获得性PACC突变(彩色条)的Ba/F3细胞的突变体/WT IC50值的点状图。点代表用单个药物表达指定突变的单个细胞系的n＝3个重复突变体/WT IC50值的平均值。条形代表每类EGFR TKI和所指定的细胞系的平均突变体/WT IC50值±SEM。p-值通过ANOVA分析确定，SD用Brown-Forsythe检验确定，以确定SD的差异。用Holm-Sidak多重比较检验来确定组间的差异。图7G。EGFR Ex19delG796S，紫色)与奥西替尼在反应性构象(蓝色)和具有G719S的预测构象(橙色)中的计算机模拟证明了铰链区(黄色)中TKI-蛋白质相互作用的去稳定化，取代了奥西替尼的反应性基团(箭头)。
图8A至图8F。PACC突变改变了P-环和/或α-C-螺旋的取向，并对第二代TKI敏感。图8A。G719S(PdB 2ITN，绿色)和WT EGFR(PdB 2ITX，灰色)晶体结构的重叠显示出P-环上F723(红色箭头)朝苄环向下发生了明显的位移压缩了药物结合口袋中的P-环。此外，与WT晶体结构相比，G719S的α-C-螺旋向内移动。图8B。G719S(PDB 2ITN)的空间填充模型，突出显示了P-环(红色)、α-C-螺旋(蓝色)、铰链区(橙色)、C797(黄色)和DFG基序(绿色)，以证明P-环位移引起的药物结合口袋的空间位阻。图8C。EGFR L718Q(粉色)与预测的奥西替尼结构的计算机同源模型证明了，Q718阻碍奥西替尼(绿色)与M793的相互作用，并使Michael受体(反应基团，绿色箭头)与C797(黄色箭头)比对不一致。图8D。EGFR G719S的计算机模拟。图8E。图3C中描述了在肿瘤的第21天肿瘤体积的变化百分比的点状图。点代表每个肿瘤，条形代表每组的平均值±SEM。统计学差异采用普通单因素ANOVA分析确定，组间差异用事后Tukey多重比较检验确定。图8F。EGFR Ex19del G796S(紫色)的计算机模拟。
图9A至图9D。结构功能组比基于外显子的组能更好地预测患者的结果。图9A。非典型EGFR突变的NSCLC肿瘤患者(N＝358名患者)的阿法替尼治疗持续时间Kaplan-Meier曲线图，按基于结构的组进行分层。图9B。根据图9A中的Kaplan-Meier曲线图计算得出的风险比森林图。使用Mantel-Cox对数秩方法计算风险比和p值。数据代表风险比±95％CI。图9A至图9B。经典样N＝58，T790M样N＝68，Ex20ins N＝76，PACC N＝156。当突变没有明确说明时，这些患者被排除在基于结构功能的分析之外。图9C。包含PACC突变的NSCLC患者的PFSKaplan-Meier曲线图(N＝44，分别接受第一代(N＝13名患者)、第二代(N＝21名患者)或第三代(N＝10名患者)EGFR TKI的治疗)。图9D。根据图C中的Kaplan-Meier曲线图和扩展数据图E使用Mantel-Cox对数秩方法计算的风险比森林图。风险比和p值是计算的。PACC N＝44：第一代N＝13，第二代N＝21和第三代N＝10，非PACC N＝40，第一代N＝20，第二代N＝6和第三代N＝14。
图10A至图10E。与基于外显子的组相比，结构功能组识别出第二代TKI对患者的好处更大。图10A至图10B。根据(图10A)基于结构功能的组(N＝507：经典样N＝91，T790M样N＝103，Ex20ins N＝120，以及PACC N＝193)或(图10B)基于外显子的组(N＝528：18号外显子N＝133，19号外显子N＝22，20号外显子N＝294，21号外显子N＝79)对阿法替尼的总响应率进行分层。当突变没有明确说明时(N＝21)，这些患者被排除在基于结构功能的分析之外。图10C。含有非典型EGFR突变的NSCLC肿瘤患者(N＝364名患者)进行阿法替尼治疗持续时间的Kaplan-Meier曲线图，按基于外显子的分组进行分层。图10D。根据图10C中的Kaplan-Meier曲线图计算得出的风险比森林图。使用Mantel-Cox对数秩方法计算风险比和p值。数据代表了风险比±95％CI。图10C至图10D。18号外显子N＝87，19号外显子N＝19，20号外显子N＝195，和21号外显子N＝63)。图10E。采用第一代(N＝20)、第二代(N＝6)或第三代(N＝14)EGFR TKI治疗的携带非PACC非典型EGFR突变(N＝40)的NSCLC肿瘤患者的PFS的Kaplan-Meier曲线图。
图11显示了所公开的EGFR突变亚组的代表性空间填充模型，显示了药物结合袋的整体形状的变化。显示了每组最常见的突变，药物敏感性或选择性从最具选择性或敏感性到耐药性列出。
具体实施方式
本公开至少部分地是基于出人意料地的发现，即与EGFR基因的外显子出现突变的经典分组相比，四组不同的基于结构功能的EGFR突变组对用癌症治疗剂治疗后的患者结果更具预测性，癌症治疗剂例如激酶抑制剂。值得注意的是，这四组突变中的每一组都对应于不同分类的药物，所述药物对治疗表达每一组的EGFR突变的癌症特别有效，可以被重新用于患者的治疗。此外，基于结构功能的组比基于外显子的组更好地预测对药物分类具有类似敏感性的突变。
因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗对象的癌症例如肺癌的方法，方法包括向对象施用有效量来自一个或多于一个激酶分类的一种或多于一种激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变是经典样突变、20号外显子环插入特异性突变、T790M样敏感(T790M-样-3S)突变、T790M样耐药(T790M-样-3R)突变、或P-环和αC-螺旋压缩的突变。还公开了用于治疗对象的癌症例如肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变是经典样突变、20号外显子环插入特异性突变(例如，Exon20ins-NL或Exon20ins-FL)、T790M样敏感(T790M-样-3S)突变、T790M样耐药(T790M-样-3R)突变、或P-环和α-C-螺旋压缩突变；以及(b)根据检测到的EGFR突变，施用有效量的一个或多于一个激酶分类的一种或多于一种激酶抑制剂。
I.治疗方法
本公开的方面涉及包含一种或多于一种癌症治疗剂的治疗有效量的组合物以及将这种组合物施用给有此需要的对象或患者。在一些实施方案中，一种或多于一种癌症治疗剂包括一种或多于一种激酶抑制剂。
本公开的组合物可用于体内、体外或离体施用。该组合物的施用途径可以是，例如，经肿瘤内、经静脉内、经肌肉内、经腹膜内、经皮下、经关节内、经滑膜内、经鞘内、经口服、经局部、经吸入或经两种或多于两种施用途径的组合。癌症治疗剂可以通过相同或不同的施用途径进行施用。
如本文所用，术语“癌症”可以用于描述实体瘤、转移癌或非转移癌。在某些实施方案中，癌症可能起源于膀胱、血液、骨、骨髓、脑、乳房、结肠、食管、胃肠、头、肾、肝、肺、鼻咽、颈部、卵巢、胰腺、前列腺、皮肤、胃、睾丸、舌头或子宫。
癌症可以具体地是下列病理学分型，尽管它不限制于这些：瘤，恶性的；癌；癌，未分化的；巨型和梭形细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌；毛母质癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性的；胆管细胞型肝癌；肝细胞癌；肝细胞和胆管细胞混合性肝癌；小梁腺瘤；腺样囊性癌；腺瘤性息肉内腺癌；腺癌，家族性结肠息肉；实体癌；类癌瘤，恶性的；细支气管肺泡癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸细胞癌；亲氧腺癌；嗜碱细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡腺癌；乳头状滤泡腺癌；非包裹性硬化性癌；肾上腺皮质癌；子宫内膜癌；皮肤附属器癌；大汗腺腺癌；皮脂腺癌；耵聍腺癌；黏液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液腺癌；印戒细胞癌；浸润性导管癌；髓样癌；小叶癌；炎性癌；佩吉特氏病，乳腺的；腺泡细胞癌；腺鳞状细胞癌；腺癌/鳞状上皮化生；胸腺瘤，恶性的；卵巢间质肿瘤，恶性的；卵泡膜细胞瘤，恶性的；粒层细胞瘤，恶性的；男性母细胞瘤，恶性的；塞尔托利氏细胞癌；莱迪希细胞瘤，恶性的；脂细胞瘤，恶性的；副神经节瘤，恶性的；乳腺外副神经节瘤，恶性的；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤；恶性黑色素瘤；无黑素性黑素瘤；浅表扩散性黑素瘤；恶性黑色素瘤巨大色素痣；上皮样细胞黑素瘤；蓝痣，恶性的；肉瘤；纤维肉瘤；纤维性组织细胞瘤，恶性的；黏液肉瘤；脂肪肉瘤；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；腺泡状横纹肌肉瘤；间质肉瘤；混合肿瘤，恶性的；苗勒氏管混合瘤；肾胚细胞瘤；肝母细胞癌；癌肉瘤；间质瘤，恶性的；布伦纳瘤，恶性的；叶状柄肿瘤，恶性的；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性的；无性细胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性的；卵巢甲状腺瘤，恶性的；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性的；血管内皮瘤；血管内皮瘤，恶性的；卡波济氏肉瘤；血管外皮细胞瘤，恶性的；淋巴管肉瘤；成骨肉瘤；皮质旁成骨肉瘤；软骨肉瘤；成软骨细胞瘤，恶性的；间叶性软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因氏肉瘤；牙源性肿瘤，恶性的；成釉细胞牙肉瘤；成釉细胞瘤，恶性的；成釉细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性的；脊索瘤；胶质瘤，恶性的；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆型星形胶质细胞瘤；纤维型星形胶质细胞瘤；星形细胞瘤；恶性胶质瘤；少突神经胶质瘤；成少突神经胶质细胞瘤；原始神经外胚层；小脑肉瘤；成神经节细胞瘤；成神经细胞瘤；成视网膜细胞瘤；嗅觉神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性的；神经纤维肉瘤；神经鞘膜瘤，恶性的；颗粒细胞瘤，恶性的；恶性淋巴瘤；霍奇金病；霍奇金氏；副肉芽肿；恶性淋巴瘤，小淋巴细胞性；恶性淋巴瘤，大细胞，扩散的；恶性淋巴瘤，卵泡的；阿利贝尔氏病；其他具体的非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增生症；多发性骨髓瘤；浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；骨髓性白血病；嗜碱性粒细胞白血病；嗜酸性粒细胞白血病；单核细胞性白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞白血病；髓样肉瘤和毛细胞白血病。
在一些实施方案中，公开了用于治疗肺癌的方法。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是腺癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是鳞状细胞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是大细胞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是腺鳞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是肉瘤样癌。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些方面，公开了用于治疗不是肺癌的癌症的方法。
在一些实施方案中，癌症治疗剂包括局部癌症治疗剂。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括全身癌症治疗剂。在一些实施方案中，癌症治疗剂不包括全身癌症治疗剂。在一些实施方案中，癌症治疗剂不包括局部癌症治疗剂。
A.激酶抑制剂
在一些实施方案中，一种或多于一种癌症治疗剂包括一种或多于一种激酶抑制剂。在一些实施方案中，所公开的方法包括向对象或有此需要的患者施用一种或多于一种激酶抑制剂。如本文所用，激酶抑制剂描述了抑制激酶的药物化合物。可被本发明的激酶抑制剂抑制的激酶的实例包括表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)和蛋白激酶C(PKC)。激酶是许多细胞功能的一部分，包括细胞信号、生长和分裂。具体地，酪氨酸激酶负责通过信号转导级联反应激活许多蛋白质，这些信号转导级联反应是由酪氨酸激酶对蛋白质进行磷酸化而产生的。激酶抑制剂抑制酪氨酸激酶对蛋白质的磷酸化和随后的激活。
激酶抑制剂通过与三磷酸腺苷、磷酸化实体、底物或两者竞争起作用，或以别构方式起作用，即与活性部位外的位点结合，通过构象变化影响其活性。最近，TKI被证明剥夺了酪氨酸激酶进入其细胞稳定性所依赖的Cdc37-Hsp90分子伴侣系统的途径，导致其泛素化和降解。
递送给患者的一种或多于一种激酶抑制剂的量可能是可变的。在一个合适的实施方案中，可以以导致宿主中的癌症停止或消退的有效的量来施用激酶抑制剂。在其他实施方案中，可以以激酶抑制剂的化学治疗剂有效剂量的2分之一至10000分之一的量来施用激酶抑制剂。例如，可以以激酶抑制剂的化学治疗剂有效剂量的约2分之一、约500分之一或甚至约5000分之一的量来施用激酶抑制剂。
本公开的激酶抑制剂可以单独或与另一种癌症治疗剂联合在体内测试所需的治疗活性，以及用于确定有效剂量。例如，在人体试验之前，可以在合适的动物模型系统中测试这类化合物，包括但不限于大鼠、小鼠、鸡、牛、猴子、兔子等。体外试验也可用于确定如实施例中所述的合适的组合和剂量。
所述一种或多于一种激酶抑制剂组成的组合物可以被定制为或可以不被定制以解决基于对患有癌症的对象的基因组的EGFR基因中的一个或多于一个突变的分析而确定的癌症的任何激酶抑制剂敏感性或耐药性。该组合物可以在没有对其基因组进行事先分析的情况下给予对象。该激酶抑制剂组合物可以包括与治疗癌症的有效治疗剂相关的任何一种或多于一种激酶抑制剂。
可以给予对象一种或多于一种激酶抑制剂组合物，该组合物包括包含一种或多于一种激酶抑制剂的组成，该组成克服了基于对患有癌症的对象的基因组进行的对对象的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析而确定的癌症的任何敏感性或耐药性。该激酶抑制剂可用于治疗癌症和/或增强治疗癌症的疗法。
该激酶抑制剂组合物可以单独施用或与本文公开的一种或多于一种其他治疗剂联合施用。与一种或多于一种其他治疗剂“联合”施用包括同时(同一时间)和以任何顺序连续施用。激酶抑制剂组合物和一个或多于一个其他治疗剂可以在一个组合物中施用，或同时作为两个单独的组合物施用，或顺序施用。给药可以是长期的或间歇的，由主管医师酌情决定，包括考虑到任何不良副作用的变化。
在一些实施方案中，本公开的激酶抑制剂为酪氨酸激酶抑制剂(TKI)。本公开的实施方案包括向患有癌症的对象施用至少1类、2类、3类、4类、5类或6类TKI。在一些实施方案中，1类、2类、3类、4类、5类或6类TKI包括第一代EGFR TKI、第二代EGFR TKI、第三代EGFRTKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI、间变性淋巴瘤激酶(ALK)抑制剂或蛋白激酶C(PKC)抑制剂。
在一些实施方案中，TKI是第一代EGFR TKI，其包括但不限于厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼和埃克替尼(icotinib)。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是厄洛替尼。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是吉非替尼。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是AZD3759。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是沙普替尼。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是拉帕替尼。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是妥卡替尼。在一些方面，第一代EGFR抑制剂是埃克替尼。可以将这些EGFR抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。如本文所用，“第一代EGFR TKI”(也称为“第一代EGFR抑制剂”，在本文可互换使用)描述能够与EGFR蛋白质非共价结合而不能与EGFR共价结合的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，TKI是第二代EGFR TKI，其包括但不限于阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189和舒尼替尼(sutetinib)。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是阿法替尼。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是达克替尼。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是来那替尼。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是Tarlox-TKI。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是他索替尼。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是BDTX189。在一些方面，第二代EGFR抑制剂是舒尼替尼。可以将这些EGFR抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。如本文所用，“第二代EGFR TKI”(也称为“第二代EGFR抑制剂”，在本文可互换使用)描述能够与野生型EGFR蛋白质和某些突变型EGFR蛋白质共价结合而不能与T790M突变型EGFR共价结合(或亲和力降低)的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，TKI是第三代EGFR TKI，其包括但不限于奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼(almonertinib)、伏美替尼(furmonertinib)、阿维替尼(abivertinib)、艾氟替尼(alflutinib)、美乐替尼(mavelertinib)、阿维替尼、奥伏替尼(olafertinib)和瑞泽替尼(rezivertinib)。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是奥西替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是纳扎替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是奥莫替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是罗西替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是那库替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是拉泽替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是WZ4002。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是阿美替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是伏美替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是阿维替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是艾氟替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是美乐替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是阿维替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是奥伏替尼。在一些方面，第三代EGFR抑制剂是瑞泽替尼。可以将这些EGFR抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。如本文所用，“第三代EGFR TKI”(也称为“第三代EGFR抑制剂”，在本文可互换使用)描述能够与T790M突变型EGFR蛋白质、以及野生型EGFR和其他突变型EGFR蛋白质共价结合的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，EGFR TKI是对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI，其包括但不限于TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)和DZD9008。在一些方面，对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂是TAS6417。在一些方面，对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂是AZ5104。在一些方面，对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂是TAK-788(莫博赛替尼)。在一些方面，对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂是DZD9008。可以将这些EGFR抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI(或“EGFR抑制剂”)描述了能够与20号外显子插入突变型EGFR共价结合的EGFR抑制剂。在一些方面，本公开的TKI不是EGFR抑制剂。在一些实施方案中，TKI是ALK抑制剂，其包括但不限于AZD3463、布加替尼、克唑替尼、色瑞替尼、阿来替尼、劳拉替尼、恩沙替尼、恩曲替尼、瑞波替尼、贝扎替尼、奥卡替尼、福瑞替尼、CEP-37440、TQ-B3139、PLB1003、TPX-0131和ASP-3026。在一些方面，ALK抑制剂是AZD3463。在一些方面，ALK抑制剂是布加替尼。在一些方面，ALK抑制剂是克唑替尼。在一些方面，ALK抑制剂是色瑞替尼。在一些方面，ALK抑制剂是阿来替尼。在一些方面，ALK抑制剂是劳拉替尼。在一些方面，ALK抑制剂是恩沙替尼。在一些方面，ALK抑制剂是恩曲替尼。在一些方面，ALK抑制剂是瑞波替尼。在一些方面，ALK抑制剂是贝扎替尼。在一些方面，ALK抑制剂是奥卡替尼。在一些方面，ALK抑制剂是福瑞替尼。在一些方面，ALK抑制剂是CEP-37440。在一些方面，ALK抑制剂是TQ-B3139。在一些方面，ALK抑制剂是PLB1003。在一些方面，ALK抑制剂是TPX-0131。在一些方面，ALK抑制剂是ASP-3026。可以将这些ALK抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。在一些实施方案中，TKI是PKC抑制剂，其包括但不限于鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林、白屈菜红碱、宫部苔草酚C、杨梅树皮苷、棉酚、毛蕊花糖苷、BIM-1、苔藓抑素和他莫昔芬。在一些方面，PKC抑制剂是鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林、白屈菜红碱、宫部苔草酚C、杨梅树皮苷、棉酚、毛蕊花糖苷、BIM-1、苔藓抑素、他莫昔芬。可以将这些PKC抑制剂中的任何一个或多于一个排除在某些实施方案之外。
在一些方面，TKI是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、AZD3463、布加替尼、鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林或其组合。本公开的实施方案包括向患有癌症的对象施用至少1种、2种、3种、4种、5种或多于5种TKI。在一些实施方案中，一种或多于一种TKI包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、AZD3463、布加替尼、鲁伯斯塔、米哚妥林和索曲妥林的两种或多于两种。
在一些实施方案中，EGFR抑制剂为吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。本公开的实施方案包括向患有癌症的对象施用至少1种、2种、3种、4种、5种或多于5种EGFR抑制剂。
在一些实施方案中，本文公开的方法还包括向对象施用其他癌症治疗剂。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括化学治疗剂、放射治疗剂或免疫治疗剂。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括ALK抑制剂。在一些实施方案中，ALK抑制剂为布加替尼或AZD3463。在一些实施方案中，其他癌症治疗剂包括PKC抑制剂。在一些实施方案中，PKC抑制剂为鲁伯斯塔、米哚妥林或索曲妥林。
在一些实施方案中，本公开的激酶抑制剂是设计对一种或多于一种类型的EGFR-突变型癌症的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗经典样EGFR突变型肺癌。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗T790M-样-3S EGFR突变型肺癌。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗T790M-样-3R EGFR突变型肺癌。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗Exon20ins-NL EGFR突变型肺癌。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗Exon20ins-FL EGFR突变型肺癌。在一些实施方案中，激酶抑制剂是设计用于治疗P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型肺癌。
在一些实施方案中，本公开的激酶抑制剂是对一种或多于一种类型的EGFR-突变型癌症优先有效的EGFR抑制剂。在一种类型的EGFR-突变型癌症中“优先有效”的EGFR抑制剂描述了与具有不同类型的EGFR突变的癌细胞相比，其在杀死具有给定类型的EGFR突变的癌细胞方面具有增强的功效的EGFR抑制剂。例如，在经典样EGFR突变型肺癌中优先有效的EGFR抑制剂描述了与具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变的癌细胞(例如，V769L)相比，其在杀伤具有经典样EGFR突变的癌细胞(例如，A702T)方面具有增强的功效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对经典样EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对T790M-样-3S EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对T790M-样-3R EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对Exon20ins-NL EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对Exon20ins-FL EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。在一些实施方案中，激酶抑制剂是对P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型肺癌优先有效的EGFR抑制剂。
B.放射疗法
在一些实施方案中，将如电离辐射之类的放射疗法作为治疗剂施用于对象。如本文所用，“电离辐射”是指包含粒子或光子的辐射，这些粒子或光子具有足够的能量或能够通过核相互作用产生足够的能量以产生电离(电子的获得或损失)。电离辐射的优选非限制性实例是x射线辐射。用于向靶组织或细胞递送x射线的手段是本领域众所周知的。
在一些实施方案中，放射疗法可以包括外部放射疗法、内部放射疗法、放射免疫疗法或术中放射疗法(IORT)。在一些实施方案中，体外放射治疗包括三维适形放射治疗(3D-CRT)、调强放射治疗(IMRT)、质子束治疗、图像引导放疗(IGRT)或立体定向放射治疗。在一些实施方案中，体内放射治疗包括组织间近距离放射治疗、腔内近距离放射治疗或腔内放射治疗。在一些实施方案中，对原发肿瘤施用放射治疗。
在一些实施方案中，电离辐射的量大于20戈瑞，并以一剂施用。在一些实施方案中，电离辐射的量为18戈瑞，并以三剂施用。在一些实施方案中，电离辐射的量为至少、至多或恰好0.5戈瑞、1戈瑞、2戈瑞、4戈瑞、6戈瑞、8戈瑞、10戈瑞、15戈瑞、16戈瑞、17戈瑞、18戈瑞、19戈瑞、20戈瑞、21戈瑞、22戈瑞、23戈瑞、24戈瑞、25戈瑞、26戈瑞、27戈瑞、18戈瑞、19戈瑞、30戈瑞、31戈瑞、32戈瑞、33戈瑞、34戈瑞、35戈瑞、36戈瑞、37戈瑞、38戈瑞、39戈瑞、40戈瑞、41戈瑞、42戈瑞、43戈瑞、44戈瑞、45戈瑞、46戈瑞、47戈瑞、48戈瑞、49戈瑞、50戈瑞、51戈瑞、52戈瑞、53戈瑞、54戈瑞、55戈瑞、56戈瑞、57戈瑞、58戈瑞、59戈瑞或60戈瑞(或其中任何可衍生的范围)。在一些实施方案中，电离辐射以至少、至多或恰好1剂、2剂、3剂、4剂、5剂、6剂、7剂、8剂、9剂或10剂(或其中任何可衍生的范围)施用。如果施用多于一剂，则施用间隔可以为约1小时、4小时、8小时、12小时或24小时、或1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天或8天、或1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、12周、14周或16周、或其中任何可衍生的范围。
在一些实施方案中，向对象施用的放射治疗剂的量可以表示为放射治疗剂的总剂量，然后以分次剂量施用。例如，在一些实施方案中，总剂量是50戈瑞，分10次剂量施用，每次5戈瑞。在一些实施方案中，总剂量为50戈瑞至90戈瑞，分20次至60次施用，每次2戈瑞至3戈瑞。在一些实施方案中，辐射的总剂量为至少、至多或约0.5戈瑞、1戈瑞、2戈瑞、3戈瑞、4戈瑞、5戈瑞、6戈瑞、7戈瑞、8戈瑞、9戈瑞、10戈瑞、11戈瑞、12戈瑞、13戈瑞、14戈瑞、15戈瑞、16戈瑞、17戈瑞、18戈瑞、19戈瑞、20戈瑞、21戈瑞、22戈瑞、23戈瑞、24戈瑞、25戈瑞、26戈瑞、27戈瑞、28戈瑞、29戈瑞、30戈瑞、31戈瑞、32戈瑞、33戈瑞、34戈瑞、35戈瑞、36戈瑞、37戈瑞、38戈瑞、39戈瑞、40戈瑞、41戈瑞、42戈瑞、43戈瑞、44戈瑞、45戈瑞、46戈瑞、47戈瑞、48戈瑞、49戈瑞、50戈瑞、51戈瑞、52戈瑞、53戈瑞、54戈瑞、55戈瑞、56戈瑞、57戈瑞、58戈瑞、59戈瑞、60戈瑞、61戈瑞、62戈瑞、63戈瑞、64戈瑞、65戈瑞、66戈瑞、67戈瑞、68戈瑞、69戈瑞、70戈瑞、71戈瑞、72戈瑞、73戈瑞、74戈瑞、75戈瑞、76戈瑞、77戈瑞、78戈瑞、79戈瑞、80戈瑞、81戈瑞、82戈瑞、83戈瑞、84戈瑞、85戈瑞、86戈瑞、87戈瑞、88戈瑞、89戈瑞、90戈瑞、91戈瑞、92戈瑞、93戈瑞、94戈瑞、95戈瑞、96戈瑞、97戈瑞、98戈瑞、99戈瑞、100戈瑞、101戈瑞、102戈瑞、103戈瑞、104戈瑞、105戈瑞、106戈瑞、107戈瑞、108戈瑞、109戈瑞、110戈瑞、111戈瑞、112戈瑞、113戈瑞、114戈瑞、115戈瑞、116戈瑞、117戈瑞、118戈瑞、119戈瑞、120戈瑞、125戈瑞、130戈瑞、135戈瑞、140戈瑞或150戈瑞(或其中任何可衍生的范围)。在一些实施方案中，总剂量以每次至少、至多或恰好1戈瑞、2戈瑞、3戈瑞、4戈瑞、5戈瑞、6戈瑞、7戈瑞、8戈瑞、9戈瑞、10戈瑞、12戈瑞、14戈瑞、15戈瑞、20戈瑞、25戈瑞、30戈瑞、35戈瑞、40戈瑞、45戈瑞或50戈瑞(或其中任何可衍生的范围)的剂量施用。在一些实施方案中，分至少、至多或恰好2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次、12次、13次、14次、15次、16次、17次、18次、19次、20次、21次、22次、23次、24次、25次、26次、27次、28次、29次、30次、31次、32次、33次、34次、35次、36次、37次、38次、39次、40次、41次、42次、43次、44次、45次、46次、47次、48次、49次、50次、51次、52次、53次、54次、55次、56次、57次、58次、59次、60次、61次、62次、63次、64次、65次、66次、67次、68次、69次、70次、71次、72次、73次、74次、75次、76次、77次、78次、79次、80次、81次、82次、83次、84次、85次、86次、87次、88次、89次、90次、91次、92次、93次、94次、95次、96次、97次、98次、99次或100次(或其中任何可衍生的范围)施用剂量。在一些实施方案中，每天分至少、至多或恰好1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次或12次(或其中任何可衍生的范围)施用剂量。在一些实施方案中，每周分至少、至多或恰好1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次、12次、13次、14次、15次、16次、17次、18次、19次、20次、21次、22次、23次、24次、25次、26次、27次、28次、29次或30次(或其中任何可衍生的范围)施用剂量。
C.癌症免疫疗法
在一些实施方案中，方法包括施用作为治疗剂的癌症免疫疗法。癌症免疫疗法(有时称为免疫肿瘤学，缩写IO)是利用免疫系统治疗癌症。免疫疗法可分为主动型、被动型或混合型(主动和被动)。这些方法利用了癌细胞在其表面上通常有可被免疫系统检测到的分子，称为肿瘤相关抗原(TAA)；它们通常是蛋白质或其他大分子(例如，糖)。主动免疫疗法通过靶向TAA引导免疫系统攻击肿瘤细胞。被动免疫疗法增强现有的抗肿瘤反应并包括使用单克隆抗体、淋巴细胞和细胞因子。各种免疫疗法在本领域中是已知的，下面描述了一些实例。
1.检查点抑制剂和联合治疗
本公开的实施方案可以包括免疫检查点抑制剂的施用，其实例将在下面进一步描述。如本文所公开，“检查点抑制剂疗法”(也称为“免疫检查点阻断疗法”、“免疫检查点疗法”、“ICT”、“检查点阻断免疫疗法”或“CBI”)是指包括向患有或疑似患有癌症的对象提供一个或多于一个免疫检查点抑制剂的癌症疗法。
PD-1可在T细胞遇到感染或肿瘤的肿瘤微环境中起作用。激活的T细胞将上调PD-1并继续在外周组织中表达它。细胞因子如IFN-γ将诱导PDL1在上皮细胞和肿瘤细胞上的表达。PDL2在巨噬细胞和树突状细胞上表达。PD-1的主要作用是限制外周中效应T细胞的活性并防止在免疫反应过程中对组织的过度损伤。本公开的抑制剂可阻断PD-1和/或PDL1活性的一种或多于一种功能。
“PD-1”的替代名称包括CD279和SLEB2。“PDL1”的替代名称包括B7-H1、B7-4、CD274和B7-H。“PDL2”的替代名称包括B7-DC、Btdc和CD273。在一些实施方案中，PD-1、PDL1和PDL2为人PD-1、PDL1和PDL2。
在一些实施方案中，PD-1抑制剂为将抑制PD-1与其配体结合配偶体的结合的分子。在一具体的方面，PD-1配体结合配偶体为PDL1和/或PDL2。在另一个实施方案中，PDL1抑制剂为将抑制PDL1与其结合配偶体的结合的分子。在一具体的方面，PDL1结合配偶体为PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中，PDL2抑制剂为将抑制PDL2与其结合配偶体的结合的分子。在一具体的方面，PDL2结合配偶体为PD-1。抑制剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。示例性抗体在美国专利第8735553、8354509和8008449号中有所描述，其均通过引用并入本文。用于本文提供的方法和组合物中的其他PD-1抑制剂是本领域已知的，如在美国专利申请第US2014/0294898、US2014/022021和US2011/0008369号中描述的，其均通过引用并入本文。
在一些实施方案中，PD-1抑制剂为抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些实施方案中，抗PD-1抗体选自纳武单抗、派姆单抗和匹地利珠单抗。在一些实施方案中，PD-1抑制剂为免疫黏附素(例如，包含融合到恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)的PDL1或PDL2的细胞外或PD-1结合部分的免疫黏附素)。在一些实施方案中，PDL1抑制剂包含AMP-224。纳武单抗，也称MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558和是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。派姆单抗，也称MK-3475、Merck 3475、lambrolizumab、/>和SCH-900475，是WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。匹地利珠单抗，也称CT-011、hBAT或hBAT-1，是WO2009/101611中描述的抗PD-1抗体。AMP-224，也称B7-DCIg，是WO2010/027827和WO2011/066342中描述的PDL2-Fc融合可溶性受体。其他PD-1抑制剂包括MEDI0680，也称AMP-514和REGN2810。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂为PDL1抑制剂如度伐利尤单抗也称MEDI4736、阿替利珠单抗也称MPDL3280A、阿维鲁单抗也称MSB00010118C、MDX-1105、BMS-936559或其组合。在某些方面，免疫检查点抑制剂为PDL2抑制剂如rHIgM12B7。
在一些实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域以及纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，与上述抗体一样，该抗体竞争结合至和/或结合至PD-1、PDL1或PDL2上的同一表位。在另一个实施方案中，该抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或其中任何可衍生的范围)的可变区氨基酸序列同一性。
可在本文提供的方法中靶向的另一个免疫检查点为细胞毒性T-淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)，也称CD152。人CTLA-4的完整cDNA序列具有Genbank登录号L15006。CTLA-4存在于T细胞的表面上并在与抗原呈递细胞的表面上的B7-1(CD80)或B7-2(CD86)结合时充当“关闭”开关。CTLA4是免疫球蛋白超家族的成员，其在辅助性T细胞的表面上表达并向T细胞传递抑制信号。CTLA4类似于T细胞共刺激蛋白CD28，两种分子都与抗原呈递细胞上的B7-1和B7-2结合。CTLA-4向T细胞传递抑制信号，而CD28则传递刺激信号。细胞内CTLA-4也见于调节性T细胞中并且对其功能可能很重要。通过T细胞受体和CD28激活T细胞会导致B7分子的抑制性受体CTLA-4的表达增加。本公开的抑制剂可阻断CTLA-4、B7-1和/或B7-2活性的一种或多于一种功能。在一些实施方案中，抑制剂将阻断CTLA-4和B7-1相互作用。在一些实施方案中，抑制剂将阻断CTLA-4和B7-2相互作用。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂为抗CTLA-4抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。
适合用于本发明方法中的抗人CTLA-4抗体(或自其衍生的VH和/或VL结构域)可使用本领域公知的方法生成。或者，可以使用本领域公认的抗CTLA-4抗体。例如，可在本文公开的方法中使用以下文献中公开的抗CTLA-4抗体：US 8119129；WO 01/14424；WO 98/42752；WO 00/37504(CP675206，也称曲美木单抗，原先的替西木单抗)；美国专利第6207156号；Hurwitz等人,1998。前述出版物中的每一个的教导在此通过引用并入。也可使用与任何这些本领域公认的抗体竞争与CTLA-4的结合的抗体。例如，国际专利申请第WO2001/014424、WO2000/037504号和美国专利第8017114号中描述了人源化的CTLA-4抗体；所有内容均通过引用并入本文。
可在本公开的方法和组合物中用作检查点抑制剂的又一种抗CTLA-4抗体为伊匹单抗(也称10D1、MDX-010、MDX-101和)或其抗原结合片段和变体(参见，例如，WO01/14424)。
在一些实施方案中，抑制剂包含曲美木单抗或伊匹单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含曲美木单抗或伊匹单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域以及曲美木单抗或伊匹单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，与上述抗体一样，该抗体竞争结合至和/或结合至PD-1、B7-1或B7-2上的同一表位。在另一个实施方案中，该抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或其中任何可衍生的范围)的可变区氨基酸序列同一性。
可在本文提供的方法中靶向的另一个免疫检查点为淋巴细胞活化基因3(LAG3)，也称CD223和淋巴细胞激活基因3。人LAG3的完整mRNA序列具有Genbank登录号NM_002286。LAG3是免疫球蛋白超家族的成员，其存在于活化的T细胞、自然杀伤细胞、B细胞和浆细胞样树突状细胞表面。LAG3的主配体是MHC II类分子，与CTLA-4和PD-1类似，负向调节T细胞的增殖、激活和稳态，已有报道其在Treg抑制功能中发挥作用。LAG3还有助于维持CD8+T细胞处于耐受状态，并与PD-1合作，帮助在慢性病毒感染期间维持CD8的耗竭。LAG3也被认为与树突状细胞的成熟与激活有关。本公开的抑制物可以阻断LAG3活性的一个或多于一个功能。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂为抗LAG3抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。
适合用于本发明方法中的抗人LAG3抗体(或自其衍生的VH和/或VL结构域)可使用本领域公知的方法生成。或者，可以使用本领域公认的抗LAG3抗体。例如，抗LAG3抗体可以包括：GSK2837781、IMP321、FS-118、Sym022、TSR-033、MGD013、BI754111、AVA-017、或GSK2831781。可在本文公开的方法中使用以下文献中公开的抗LAG3抗体：US 9505839(BMS-986016，也称瑞拉利单抗)；US10711060(IMP-701，也称LAG525)；US 9244059(IMP731，也称H5L7BW)；US10344089(25F7，也称LAG3.1)；WO 2016/028672(MK-4280，也称28G-10)；WO2017/019894(BAP050)；Burova E.,等人,J.ImmunoTherapy Cancer,2016；4(Supp.1):P195(REGN3767)；Yu,X.,等人,mAbs,2019；11:6(LBL-007)。这些和其他在所要求保护的公开中有用的抗LAG-3抗体可以在以下中发现，例如：WO 2016/028672、WO 2017/106129、WO2017062888、WO 2009/044273、WO 2018/069500、WO 2016/126858、WO 2014/179664、WO2016/200782、WO 2015/200119、WO 2017/019846、WO 2017/198741、WO 2017/220555、WO2017/220569、WO 2018/071500、WO 2017/015560、WO 2017/025498、WO 2017/087589、WO2017/087901、WO 2018/083087、WO 2017/149143、WO 2017/219995、US2017/0260271、WO2017/086367、WO 2017/086419、WO 2018/034227和WO 2014/140180。前述出版物中的每一个的教导在此通过引用并入。也可使用与任何这些本领域公认的抗体竞争与LAG3的结合的抗体。
在一些实施方案中，抑制剂包含抗LAG3抗体的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含抗LAG3抗体的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域以及抗LAG3抗体的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，该抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或其中任何可衍生的范围)的可变区氨基酸序列同一性。
在本文提供的方法中可以作为靶点的另一个免疫检查点是T淋巴细胞免疫球蛋白黏蛋白3(TIM-3)，也称为甲型肝炎病毒细胞受体2(HAVCR2)和CD366。人TIM-3的完整mRNA序列具有Genbank登录号NM_032782。TIM-3发现于IFNγ表面，产生CD4+Th1细胞和CD8+Tc1细胞。TIM-3的胞外区域由膜远端单一可变免疫球蛋白结构域(IGV)和靠近膜的糖基化黏蛋白结构域组成。TIM-3是免疫检查点，与包括PD-1和LAG3的其他抑制性受体一起，介导T细胞的耗竭。TIM-3也被证明是CD4+Th1特异性细胞表面蛋白，调节巨噬细胞的激活。本公开的抑制物可以阻断TIM-3活性的一个或多于一个功能。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂为抗TIM-3抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。
适合用于本发明方法中的抗人TIM-3抗体(或自其衍生的VH和/或VL结构域)可使用本领域公知的方法生成。或者，可以使用本领域公认的抗TIM-3抗体。例如，可以在本文公开的方法中使用包括以下的抗TIM-3抗体：MBG453、TSR-022(也称考伯利单抗)和LY3321367。这些和其他在所要求保护的公开中有用的抗TIM-3抗体可以在以下中发现，例如：US 9605070、US 8841418、US2015/0218274和US2016/0200815。前述出版物中的每一个的教导在此通过引用并入。也可使用与任何这些本领域公认的抗体竞争与LAG3的结合的抗体。
在一些实施方案中，抑制剂包含抗TIM-3抗体的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含抗TIM-3抗体的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域以及抗TIM-3抗体的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，该抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或其中任何可衍生的范围)的可变区氨基酸序列同一性。
2.共刺激分子的激活
在一些实施方案中，免疫疗法包括共刺激分子的激活剂。在一些实施方案中，激动剂包括B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、CD28、ICOS、OX40(TNFRSF4)、4-1BB(CD137；TNFRSF9)、CD40L(CD40LG)、GITR(TNFRSF18)的激动剂及其组合。激动剂包括激活型抗体、多肽、化合物和核酸。
3.树突状细胞疗法
树突状细胞疗法通过使树突状细胞将肿瘤抗原呈递给淋巴细胞来激活淋巴细胞，引发它们杀伤呈递抗原的其他细胞，从而激发抗肿瘤反应。树突状细胞是哺乳动物免疫系统中的抗原呈递细胞(APC)。在癌症治疗中，它们有助于癌症抗原靶向。基于树突状细胞的细胞癌症疗法的一个实例为sipuleucel-T。
诱导树突状细胞呈递肿瘤抗原的一种方法是用自体肿瘤裂解物或短肽(对应于癌细胞上的蛋白质抗原的小部分蛋白质)接种。这些肽通常与佐剂(高免疫原性物质)联合施用以增加免疫和抗肿瘤反应。其他佐剂包括吸引和/或激活树突状细胞的蛋白质或其他化学品，如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。
树突状细胞也可通过使肿瘤细胞表达GM-CSF而在体内被激活。这可通过基因工程改造肿瘤细胞以产生GM-CSF或通过用表达GM-CSF的溶瘤病毒感染肿瘤细胞来实现。
另一种策略是从患者的血液中取出树突状细胞并在体外激活它们。在肿瘤抗原的存在下激活树突状细胞，肿瘤抗原可以是单一肿瘤特异性肽/蛋白质或肿瘤细胞裂解物(裂解的肿瘤细胞的溶液)。输注这些细胞(与任选的佐剂)并激发免疫反应。
树突状细胞疗法包括使用与树突状细胞表面上的受体结合的抗体。可向抗体中加入抗原并可诱导树突状细胞成熟和提供对肿瘤的免疫力。树突状细胞受体如TLR3、TLR7、TLR8或CD40已被用作抗体靶标。
4.CAR-T细胞疗法
嵌合抗原受体(CAR，也称嵌合免疫受体、嵌合T细胞受体或人工T细胞受体)为工程化的受体，其将新的特异性与免疫细胞相结合来靶向癌细胞。通常，这些受体将单克隆抗体的特异性移植到T细胞上。这些受体被称为嵌合体，因为它们由来自不同来源的部分融合而成。CAR-T细胞疗法是指使用这种转化细胞用于癌症疗法的治疗。
CAR-T细胞设计的基本原理涉及组合抗原结合和T细胞激活功能的重组受体。CAR-T细胞的一般前提是人工生成靶向至癌细胞上发现的标志物的T细胞。科学家可从人身上取出T细胞，对它们进行基因改造，然后将它们放回到患者体内以便它们攻击癌细胞。一旦T细胞被工程化为CAR-T细胞，它便会充当“活药”。CAR-T细胞将在细胞外配体识别结构域与细胞内信号传导分子之间建立联系，这继而会激活T细胞。细胞外配体识别结构域通常是衍生自抗体的单链可变片段(scFv)。CAR-T细胞疗法的安全性的一个重要方面是如何确保仅癌性肿瘤细胞被靶向，而正常细胞不被靶向。CAR-T细胞的特异性由被靶向的分子的选择所决定。
实例CAR-T疗法包括Tisagenlecleucel(Kymriah)和Axicabtagene ciloleucel(Yescarta)。
5.细胞因子疗法
细胞因子是由存在于肿瘤内的许多类型的细胞产生的蛋白质。它们可调节免疫反应。肿瘤常采用它们来让其生长并降低免疫反应。这些免疫调节作用使得它们能够用作激发免疫反应的药物。两种常用的细胞因子是干扰素和白介素。
干扰素由免疫系统的细胞产生。它们通常涉及抗病毒反应，但也对癌症有影响。它们分为三组：I型(IFNα和IFNβ)、II型(IFNγ)和III型(IFNλ)。
白介素具有一系列免疫系统作用。IL-2是实例白介素细胞因子疗法。
6.过继性T细胞疗法
过继性T细胞疗法是通过转输T细胞(过继细胞转移)的被动免疫形式。T细胞存在于血液和组织中并通常在其发现外来病原体时激活。具体地，当T细胞表面受体遇到在其表面抗原上显示出部分外来蛋白质的细胞时，它们就会激活。这些细胞可以是被感染的细胞，也可以是抗原呈递细胞(APC)。它们见于正常组织中和肿瘤组织中，在那里它们被称为肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。它们会因APC如呈递肿瘤抗原的树突状细胞的存在而激活。尽管这些细胞可攻击肿瘤，但肿瘤内的环境是高度免疫抑制性的，从而将防止免疫介导的肿瘤死亡。
已开发了多种产生和获得肿瘤靶向T细胞的方法。可从肿瘤样品(TIL)中取出或从血液过滤对肿瘤抗原特异性的T细胞。离体进行随后的激活和培养，并重新输注所得结果。激活可通过基因疗法或将T细胞暴露于肿瘤抗原来进行。
预期癌症治疗可以不包括本文所述的任何癌症治疗。此外，本公开的实施方案包括先前已经接受本文所述的疗法的治疗、当前正在接受本文所述的疗法的治疗、或者没有接受本文所述的疗法的治疗的患者。在一些实施方案中，患者是已经被确定对本文所述的治疗具有抗性的患者。在一些实施方案中，患者是已经被确定对本文所述的治疗敏感的患者。
D.溶瘤病毒
在一些实施方案中，其他疗法包括作为治疗剂的溶瘤病毒。溶瘤病毒是优先感染和杀死癌细胞的病毒。当被感染的癌细胞被肿瘤破坏时，它们会释放新的感染性病毒颗粒或病毒粒子，以帮助破坏剩余的肿瘤。溶瘤病毒被认为不仅能直接破坏肿瘤细胞，还能激发宿主抗肿瘤免疫反应进行长期免疫治疗。
E.多糖
在一些实施方案中，其他疗法包括作为治疗剂的多糖。蘑菇中发现的某些化合物，主要是多糖，可以上调免疫系统，并可能具有抗癌特性。例如，β-葡聚糖如香菇多糖在实验室研究中显示出刺激巨噬细胞、NK细胞、T细胞和免疫系统细胞因子，并在临床试验中作为免疫佐剂进行了研究。
F.新抗原
在一些实施方案中，其他疗法包括作为治疗剂的新抗原。许多肿瘤都表现出突变。这些突变可能产生新的靶向抗原(新抗原)，用于T细胞免疫治疗。通过RNA测序数据识别，CD8+T细胞在癌症病变中的存在，在具有高突变负荷的肿瘤中更高。在许多人类肿瘤中，与自然杀伤细胞和T细胞的杀伤活性相关的转录本水平与突变负荷呈正相关。
G.化学治疗剂
在一些实施方案中，其他疗法包括作为治疗剂的化学治疗剂。合适的化学治疗剂分类包括：(a)烷基化剂，例如氮芥(例如二氯甲基二乙胺、环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑、苯丁酸氮芥)、亚乙基亚胺和甲基三聚氰胺(例如六甲基三聚氰胺、塞替派)、烷基磺酸盐(例如白消安)、亚硝基脲(例如卡莫斯汀、洛莫斯汀、chlorozoticin、链脲菌素)和三嗪(例如二卡巴嗪)，(b)抗代谢药，例如叶酸类似物(例如甲氨蝶呤)、嘧啶类似物(例如5-氟尿嘧啶、氟尿嘧啶、阿糖胞苷、氮杂嘧啶)以及嘌呤类似物和相关物质(例如6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、喷司他丁)，(c)天然产物，例如长春花碱(例如长春碱，长春新碱)、表鬼臼毒素(例如依托泊苷，替尼泊苷)、抗生素(例如放线菌素、柔红霉素、阿霉素、博来霉素、普卡霉素和米托蒽醌)、酶(例如L-天冬酰胺酶)和生物反应调节剂(例如干扰素-α)和(d)其他试剂，例如铂类配合物(例如顺铂、卡铂)、经取代的尿素(例如羟基脲)、甲基肼衍生物(例如甲基苄肼)和肾上腺皮质激素抑制剂(例如紫杉醇和米托坦)。在一些实施方案中，顺铂是特别合适的化学治疗剂。
顺铂已被广泛用于治疗癌症，例如转移性睾丸或卵巢癌、进展期膀胱癌、头颈癌、宫颈癌、肺癌或其他肿瘤。顺铂不是经口服吸收的，必须通过其他途径施用，例如经静脉内注射、经皮下注射、经肿瘤内注射或经腹膜内注射。顺铂可以单独使用或与其他药物联合使用，在临床应用中使用的有效剂量包括约15mg/m2到约20mg/m2，每三周5天，在某些实施方案中考虑总共三个疗程。在一些实施方案中，结合包含可操作地连接到编码治疗性多肽的多核苷酸的Egr-1启动子的构建体向细胞和/或对象递送的顺铂的量少于单独使用顺铂时的递送量。
其他合适的化学疗法剂包括抗微管剂，例如紫杉醇(“紫杉醇”)和盐酸阿霉素(“阿霉素”)。通过腺病毒载体递送的Egr-1启动子/TNFα构建体和多柔比星的组合被确定为在克服对化学治疗剂和/或TNF-α的耐药性方面是有效的，这表明用该构建体和多柔比星的组合治疗克服了对多柔比星和TNF-α的耐药性。
多柔比星吸收差，优选经静脉内施用。在某些实施方案中，成人的合适静脉内剂量包括约每隔21天约60mg/m2至约75mg/m2，或连续2天或3天中每天约25mg/m2至约30mg/m2，以约3周至约4周间隔重复，或约20mg/m2每周一次。最低剂量应用于老年患者，当先前的化学疗法或肿瘤骨髓侵犯导致骨髓抑制时，或当该药物与其他骨髓生成抑制药物联合使用时。
氮芥是在本公开的方法中有用的另一种合适的化学治疗剂。氮芥可以包括但不限于二氯甲基二乙胺(HN2)、环磷酰胺和/或异环磷酰胺、马法兰(L-溶肉瘤素)和苯丁酸氮芥。环磷酰胺可从Mead Johnson获得，而/>(可从Adria获得)是另一种合适的化学治疗剂。成人的合适口服剂量包括例如约1mg/kg/天至约5mg/kg/天，静脉注射剂量包括例如最初分剂量为约2天至约5天约40mg/kg至约50mg/kg、或约每7天至约10天约10mg/kg至约15mg/kg、或每周两次约3mg/kg至约5mg/kg、或约1.5mg/kg/天至约3mg/kg/天。由于不利的胃肠道作用，因此优选静脉内途径。该药物有时也可通过渗透或体腔肌肉注射施用。
其他合适的化学治疗剂包括嘧啶类似物，例如阿糖胞苷(胞嘧啶阿拉伯糖苷)、5-氟尿嘧啶(氟尿嘧啶；5-FU)和氟尿苷(氟脱氧尿苷；FudR)。5-FU可以以约7.5mg/m2至约1000mg/m2的任何剂量施用于对象。此外，5-FU剂量时间表可以是各种时间段，例如至多六周，或由本公开所属领域的普通技术人员确定。
推荐另一种合适的化学治疗剂吉西他滨二磷酸盐(Eli Lilly&Co.，“吉西他滨”)用于治疗晚期和转移性胰腺癌，因此也将在本公开中用于这些癌症。
递送给患者的化学治疗剂的量可以是可变的。在一个合适的实施方案中，当化学疗法与构建体一起施用时，化学治疗剂可以以有效地引起宿主中癌症的阻止或消退的量施用。在其他实施方案中，可以以化学治疗剂的化学治疗有效剂量的2分之一到10000分之一的量来施用化学治疗剂。例如，可以以化学治疗剂的化学治疗有效剂量的约20分之一、约500分之一或甚至约5000分之一的量来给予化学治疗剂。本公开的化学治疗剂可以结合该构建体在体内测试所需的治疗活性，以及确定有效剂量。例如，在人体测试之前，可以在适当的动物模型系统中测试这些化合物，包括但不限于大鼠、小鼠、鸡、牛、猴子、兔子等。体外测试也可用于确定合适的组合和剂量，如实施例中所述。
H.手术
在一些实施方案中，其他疗法包括作为治疗剂的手术。约60％的癌症患者将经历一些类型的手术，包括预防性手术、诊断性手术或分阶段手术、治愈性手术和姑息性手术。治愈性手术包括切除术，其中全部或部分癌组织被物理地除去、切除和/或破坏并可与其他疗法如本发明实施方案的治疗、化学疗法、放射疗法、激素疗法、基因疗法、免疫疗法和/或替代疗法结合使用。肿瘤切除是指物理地除去肿瘤的至少一部分。除了肿瘤切除外，通过手术的治疗还包括激光手术、冷冻手术、电外科和显微控制手术(莫氏手术)。
在切除部分或全部癌细胞、组织或肿瘤后，可能在体内形成空腔。治疗可通过灌注、直接注射或区域局部应用其他抗癌疗法来完成。这样的治疗可例如每1天、2天、3天、4天、5天、6天或7天或者每1周、2周、3周、4周和5周或者每1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月重复一次。这些治疗也可具有不同的剂量。
I.抗EGFR抗体及抗体-药物缀合物
在某些方面，一种或多于一种抗EGFR抗体或抗体样分子(包括，例如，抗体-药物缀合物)被考虑用于与本公开的一种或多于一种EGFR抑制剂联合使用。例如，本公开的治疗方法可以包括用一种或多于一种EGFR抑制剂(可以根据患者的EGFR突变分类来选择该抑制剂)联合一种或多于一种抗EGFR抗体(或其抗体-药物缀合物)来治疗患者。抗EGFR抗体在本领域中是已知的，并且包括例如西妥昔单抗和埃万妥单抗。在特定方面，公开了用于治疗具有20号外显子环插入的EGFR突变型癌症(例如，具有表2.1至表2.5的突变的癌症)的对象的方法，包括提供第二代EGFR抑制剂和埃万妥单抗(或其抗体-药物缀合物)。
J.抗血管生成剂
在某些方面，一种或多于一种抗血管生成剂被考虑用于与本公开的一种或多于一种EGFR抑制剂联合使用。例如，本公开的治疗方法可以包括用一种或多于一种EGFR抑制剂(可以根据患者的EGFR突变分类来选择该抑制剂)联合一种或多于一种抗血管生成剂来治疗患者。抗血管生成剂在本领域中是已知的，并且包括例如雷莫芦单抗和贝伐珠单抗。
K.其他药物
预期其他治疗剂可以与本发明实施方案的某些方面联合使用，以提高治疗的疗效。这些其他药物包括影响细胞表面受体和缝隙连接上调的药物，细胞抑制和分化药物，细胞黏附抑制剂，增加细胞对凋亡诱导剂的敏感性的药物，或其他生物药物。通过增加间隙连接的数量来增加细胞间信号传导将增加对邻近过度增殖细胞群的抗过度增殖作用。在其他实施方案中，细胞抑制剂或分化剂可以与本发明实施方案的某些方面联合使用，以提高治疗的抗过度增殖疗效。预期细胞黏附抑制剂可以提高本发明实施方案的疗效。细胞黏附抑制剂的实例是黏着斑激酶(FAK)抑制剂和洛伐他汀。还考虑了增加过度增殖细胞对凋亡的敏感性的其他药物，例如抗体c225，可以与本发明实施方案的某些方面联合使用，以提高治疗疗效。
II.癌症治疗
本公开的方面涉及包括治疗患有或疑似患有癌症的对象的方法。在一些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是腺癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是鳞状细胞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是大细胞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是腺鳞癌。在一些实施方案中，非小细胞肺癌是肉瘤样癌。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌不是肺癌。
在特定实施方案中，对患有癌症的对象的肿瘤DNA进行分析或测量或评估EGFR基因的一种或多于一种突变，而不考虑实际存在和/或不存在哪些突变。可以以任何合适的方式分析或测量EGFR基因中的一种或多于一种突变。例如，EGFR基因中的突变(“EGFR突变”)可以通过对样品中的DNA和/或RNA(例如，mRNA)进行测序来识别。在特定情况下，具有一个或多于一个EGFR基因突变的癌症对来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性增加(或耐药性降低)。在特定情况下，具有一个或多于一个EGFR基因突变的癌症对来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性降低(或耐药性增加)。
在一些实施方案中，所公开的方法包括通过施用治疗有效量的组合物来治疗患有癌症(例如，肺癌，如非小细胞肺癌)的对象，该组合物包括来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂。在一些实施方案中，一种或多于一种激酶抑制剂属于同一分类。在一些实施方案中，一种或多于一种激酶抑制剂属于不同分类。如本文所用，术语“治疗有效剂量”是“有效量”、“治疗有效剂量”和/或“有效剂量”的同义词，是指足以产生预期结果或对正在治疗的特定情况产生预期影响的药物的量。在一些实施方案中，治疗有效量是指足以改善至少一种与病理、异常或其他不良病情相关的症状、行为或事件的量，或足以防止或降低这种情况将发生或再次发生的可能性的量，或足以延缓此类病情恶化的量。例如，在一些实施方案中，有效量是指包含一种或多于一种激酶抑制剂的组合物的量，其可以治疗或预防对象的癌症。有效量可以根据被治疗的生物体或个体而变化。本领域技术人员可以使用本文提供的指导来确定对于所公开方法的特定应用所施用的适当有效量。如本文所用，术语“治疗”是指试图改变被治疗的对象的自然病程的干预，并且可以为了预防或在疾病或病症的病理过程中进行。治疗可用于实现一种或多于一种不同的期望结果，包括，例如，预防疾病的发生或复发，减轻或降低症状的严重性，和减少疾病的任何直接或间接的病理后果，预防疾病扩散，降低疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态，以及缓解或改善预后。
本公开的方法包括使用来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂治疗癌症(例如，肺癌，如非小细胞肺癌)的组合物和方法，该治疗基于癌症对一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性(或耐药性)。在一些实施方案中，癌症对一个或多于一个酶抑制剂分类中的一种或多于一种激酶抑制剂比对不同类型的激酶抑制剂更敏感(或更不耐药)。在一些情况下，方法用于不确定癌症是否对来自一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂是否更敏感(或更不耐药)的对象，而在其他情况下，该方法用于已知癌症对来自一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂更敏感(或更不耐药)的对象。在其他情况下，已经确定癌症对对象的一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂更敏感(或耐药性更低)，但是本公开的方法仍然作为常规事项或在对象的一般治疗兴趣中使用。在一些情况下，方法用于不确定癌症是否对来自一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂不那么敏感(或更耐药)的对象，而在其他情况下，方法用于已知癌症对来自一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂不那么敏感(或更耐药)的对象。在其他情况下，已经确定癌症对对象的一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂不那么敏感(或更具耐药)，但本公开的方法仍被用作常规事项或在对象的一般治疗兴趣中使用。
从用于治疗癌症(例如，肺癌)的一个或多于一个激酶抑制剂分类中选择一种或多于一种激酶抑制剂可以是对来自患有EGFR基因中有一个或多于一个突变的癌症的对象的肿瘤DNA进行分析的结果。在一些情况下，从一个或多于一个激酶抑制剂分类中选择一种或多于一种激酶抑制剂是对患有癌症的对象的肿瘤DNA进行受试者的EGFR基因中的一个或多于一个突变的分析的结果，并且分析的结果确定了用于治疗癌症的一个或多于一个酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂。在一些实施方案中，一个或多于一个突变是经典样EGFR突变。在一些实施方案中，一个或多于一个突变是20号外显子环插入(ex20ins)突变。在一些实施方案中，一个或多于一个突变是T790M-样-3S突变。在一些实施方案中，一个或多于一个突变是T790M-样-3R突变。在一些实施方案中，一个或多于一个突变是P-环和α-C-螺旋压缩(PACC)突变。
A.经典样EGFR突变
在一些情况下，确定患有癌症(例如，肺癌，如非小细胞肺癌)的对象具有一个或多于一个经典样EGFR突变，并且选择用于治疗癌症的一种或多于一种激酶抑制剂可以包括第一代EGFR TKI、第二代EGFR TKI、第三代EGFR TKI或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性EGFR TKI。经典样EGFR突变包括但不限于下表1.1至表1.5中提供的那些。本公开的经典样EGFR突变可以包括表1.1至表1.5的任何1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个、31个、32个、33个或34个突变。表1.1至表1.5的任何一个或多于一个突变可以从本公开的方面排除。“经典样”EGFR突变描述了远离EGFR蛋白质ATP结合口袋的EGFR突变。还提供了包含经典样EGFR突变的细胞对本文公开的TKI的反应的实例。数据代表具有经典样EGFR突变的细胞的给定TKI的IC50值与具有野生型EGFR的细胞的IC50值的比率。
表1.1：包含经典样EGFR突变的细胞对第一代TKI的反应
表1.2：包含经典样EGFR突变的细胞对第二代TKI的反应
表1.3：包含经典样EGFR突变的细胞对第三代TKI的反应
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表1.4：包含经典样EGFR突变的细胞对Ex20ins-特异性TKI的反应
表1.5：经典样EGFR突变的实例列表
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因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗患有肺癌(例如，NSCLC)的对象的方法，方法包括将有效量的一种或多于一种EGFR抑制剂(例如，厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼或其组合)施用于对象，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变是经典样突变。在一些实施方案中，经典样EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749delA750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858RL833F、L858R P100T、L858R P848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858RS784F、L858R S784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M。还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变是经典样突变；以及(b)向对象施用有效量的一种或多于一种EGFR抑制剂(例如，厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼或其组合)。在一些方面，经典样EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750delA647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858R P848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858RS784F、L858R S784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M。可以从本公开的方面排除任何一个或多于一个先前的EGFR突变。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用厄洛替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用吉非替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZD3759。在一些实施方案中，方法包括向对象施用沙普替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用阿法替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用达克替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用来那替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用tarlox-TKI。在一些实施方案中，方法包括向对象施用他索替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAS6417(CLN-081)。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZ5104。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAK-788(莫博赛替尼)。在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用纳扎替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥莫替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用罗西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用那库替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用拉泽替尼。
在一些实施方案中，EGFR突变为A702T。在一些实施方案中，EGFR突变为A763insFQEA。在一些实施方案中，EGFR突变为A763insLQEA。在一些实施方案中，EGFR突变为D761N。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为E709K L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del A647T。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del L41W。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del R451H。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del E746_A750del。在一些实施方案中，EGFR突变为K754E。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_E749del A750P。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_T751del L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为L833F。在一些实施方案中，EGFR突变为L833V。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RA289V。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R E709V。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RL833F。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R P100T。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RP848L。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R R108K。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RR324H。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R R324L。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RS784F。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R S784Y。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RT725M。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R V834L。在一些实施方案中，EGFR突变为L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为L861R。在一些实施方案中，EGFR突变为S720P。在一些实施方案中，EGFR突变为S784F。在一些实施方案中，EGFR突变为S811F。在一些实施方案中，EGFR突变为T725M。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
B.20号外显子环插入突变
在一些情况下，患有癌症(例如，肺癌，如非小细胞肺癌)的对象被确定具有一个或多于一个20号外显子环插入(ex20ins)EGFR突变，并且所选择的激酶抑制剂可以包括第二代TKI或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性TKI。在一些方面，Ex20ins EGFR突变是Ex20ins近环(NL)突变。Ex20ins EGFR突变包括但不限于下表2.1至表2.5中提供的那些。“Ex20ins”EGFR突变是指EGFR基因的20号外显子中的插入突变，包括EGFR蛋白质α-c-螺旋的c末端的突变。还提供了包含ex20ins EGFR突变的细胞对本文公开的TKI的响应的实例。数据表示具有ex20ins EGFR突变的细胞对给定TKI的IC50值与具有野生型EGFR的细胞的IC50值的比率。
表2.1：包含Ex20ins EGFR突变的细胞对第一代TKI的反应
表2.2：包含Ex20ins EGFR突变的细胞对第二代TKI的反应
表2.3：包含Ex20ins EGFR突变的细胞对第三代TKI的反应
表2.4：包含Ex20ins EGFR突变的细胞对Ex20ins-特异性TKI的反应
表2.5：20号外显子环插入EGFR突变的实例列表
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因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗患有肺癌的对象的方法，方法包括向对象施用有效量的一种或多于一种第二代或20号外显子环插入特异性EGFR抑制剂(例如，阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)或其组合)，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为20号外显子近环插入(ex20ins-NL)突变。在一些方面，exon20ins-NL突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变是exon20ins-NL突变；以及(b)向对象施用有效量的一种或多于一种第二代或20号外显子环插入特异性EGFR抑制剂(例如，阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼、TAS6417(CLN-081)、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或其组合)。在一些方面，ex20ins-NL突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。还公开了方法包括给对象施用EGFR抑制剂，所述对象根据来自对象的肿瘤DNA的分析确定具有20号外显子近环插入EGFR突变。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用阿法替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用达克替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用来那替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用tarlox-TKI。在一些实施方案中，方法包括向对象施用他索替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAS6417(CLN-081)。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZ5104。在一些实施方案中，方法包括向对象施用TAK-788(莫博赛替尼)。
在一些实施方案中，EGFR突变为A767_V769dupASV。在一些实施方案中，EGFR突变为A767_S768insTLA。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD L858Q。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVDR958H。在一些实施方案中，EGFR突变为S768_D770dupSVD V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insASV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insGSV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insGVV。在一些实施方案中，EGFR突变为V769_D770insMASVD。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771insNPG。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771insSVD。在一些实施方案中，EGFR突变为D770del insGY。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771 insG。在一些实施方案中，EGFR突变为D770_N771 insY H773Y。在一些实施方案中，EGFR突变为N771dupN。在一些实施方案中，EGFR突变为N771dupN G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为N771_P772insHH。在一些实施方案中，EGFR突变为N771_P772insSVDNR。在一些实施方案中，EGFR突变为P772_H773insDNP。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
C.T790M样突变
在一些情况下，患有癌症(例如，肺癌)的对象被确定具有一个或多于一个T790M样EGFR突变。“T790M样”EGFR突变体在疏水性裂隙中至少包含一个突变；增加一个或多于一个已知的耐药性突变可以降低对经典的EGFR TKI的敏感性。在一些情况下，患有癌症的对象被确定具有一个或多于一个T790M样EGFR突变，但没有检测到耐药突变(即，C797S37,38、L718X18,24或L792H23,24，这些突变对经典的EGFR TKI产生耐药性)，在本文被称为“T790M-样-3S”突变体，并且所选择的激酶抑制剂可以包括第三代TKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性TKI、ALK抑制剂和/或PKC抑制剂。T790M-样-3S EGFR突变包括但不限于下表3.1至表3.5中提供的那些。T790M-样-3S EGFR突变是指存在于EGFR蛋白质的疏水核中的EGFR突变。还提供了包含T790M-样-3S EGFR突变的细胞对本文公开的TKI的反应的实例。数据代表具有T790M-样-3S EGFR突变的细胞的给定TKI的IC50值与具有野生型EGFR的细胞的IC50值的比率。
表3.1：包含T790M-样-3S EGFR突变的细胞对第一代TKI的反应
表3.2：包含T790M-样-3S EGFR突变的细胞对第二代TKI的反应
表3.3：包含T790M-样-3S EGFR突变的细胞对第三代TKI的反应
表3.4：包含T790M-样-3S EGFR突变的细胞对Ex20ins-特异性TKI的反应
表3.5：T790M-样-3S EGFR突变的实例列表
因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗患有肺癌的对象的方法，方法包括向对象施用有效量的一种或多于一种第三代EGFR抑制剂、PKC抑制剂和/或ALK抑制剂(例如，奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、布加替尼、AZD3463、鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林或其组合)，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为T790M-样-3S突变。在一些方面，T790M-样-3S突变为Ex19delT790M、Ex19del T790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773RT790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790MV843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M。还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变为T790M-样-3S突变；以及(b)向对象施用有效量的一种或多于一种第三代EGFR抑制剂、PKC抑制剂和/或ALK抑制剂(例如，奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、布加替尼、AZD3463、鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林或其组合)。还公开了方法包括给对象施用EGFR抑制剂，所述对象根据来自对象的肿瘤DNA的分析确定具有T790M-样-3S EGFR突变。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用纳扎替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用奥莫替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用罗西替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用那库替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用拉泽替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用布加替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZD3463。在一些实施方案中，方法包括向对象施用鲁伯斯塔。在一些实施方案中，方法包括向对象施用米哚妥林。在一些实施方案中，方法包括向对象施用索曲妥林。
在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M L718V。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为H773R T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为I744_E749delinsMKK。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_K754 delinsATSPE。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M L792H。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M V843I。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为T790M。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
在一些情况下，患有癌症(例如，肺癌)的对象被确定具有一个或多于一个T790M-样EGFR突变和一种或多于一种耐药性突变(即，C797S37,38、L718X18,24或L792H23,24，这些突变对经典的EGFR TKI产生耐药性)，在本文被称为“T790M-样-3R”突变体，并且所选择的激酶抑制剂可以包括ALK抑制剂或PKC抑制剂。T790M-样-3R EGFR突变包括但不限于下表4.1至表4.5中提供的那些。T790M-样-3R EGFR突变可以指包含在EGFR蛋白质的疏水核中的突变(例如，T790M)和EGFR蛋白质疏水核外的突变(例如，C797S、L718X或L792H)。还提供了包含T790M-样-3R EGFR突变的细胞对本文公开的TKI的反应的实例。数据代表具有T790M-样-3REGFR突变的细胞的给定TKI的IC50值与具有野生型EGFR的细胞的IC50值的比率。
表4.1：包含T790M-样-3R EGFR突变的细胞对第一代TKI的反应
表4.2：包含T790M-样-3R EGFR突变的细胞对第二代TKI的反应
表4.3：包含T790M-样-3R EGFR突变的细胞对第三代TKI的反应
表4.4：包含T790M-样-3R EGFR突变的细胞对Ex20ins-特异性TKI的反应
表4.5：T790M-样-3R EGFR突变的实例列表
因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗患有肺癌的对象的方法，方法包括向对象施用有效量的一种或多于一种PKC抑制剂和/或ALK抑制剂(例如，布加替尼、AZD3463、鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林或其组合)，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为T790M-样-3R突变。在一些方面，T790M-样-3R突变为Ex19delT790M C797S、Ex19del T790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S、L858R T790M L718Q或L858R T790M L718V。还公开了方法包括向对象施用酪氨酸激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3R EGFR突变，其中酪氨酸激酶抑制剂不是EGFR抑制剂。
还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变为T790M-样-3R突变；以及(b)向对象施用有效量的一种或多于一种PKC抑制剂和/或ALK抑制剂(例如，布加替尼、AZD3463、鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林或其组合)。在一些方面，T790M-样-3R突变为Ex19del T790M C797S、Ex19del T790ML792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用布加替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用AZD3463。在一些实施方案中，方法包括向对象施用鲁伯斯塔。在一些实施方案中，方法包括向对象施用米哚妥林。在一些实施方案中，方法包括向对象施用索曲妥林。
在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T790M L792H。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为L718Q T790M。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T790M L718Q。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中、癌症治疗剂包括阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI或他索替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括TAS6417(CLN-081)、AZ5104或TAK-788(莫博赛替尼)。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
D.PACC突变
在一些实施方案中，患有癌症(例如，肺癌)的对象被确定具有一个或多于一个P-环和αC-螺旋压缩(PACC)突变，该突变包括跨越EGFR 18号至21号外显子的突变，包括如G719X、L747X、S768I、L792X和T854I和其他突变，并且所选择的激酶抑制剂可以包括第二代TKI。PACC EGFR突变包括但不限于下表5.1至表5.5中提供的那些。“PACC”EGFR突变是指存在于ATP结合口袋内部和/或α-c-螺旋的c-末端的EGFR突变。还提供了包含PACC EGFR突变的细胞对本文公开的TKI的反应的实例。数据表示PACC EGFR突变的细胞的给定TKI的IC50值与具有野生型EGFR的细胞的IC50值的比率。
表5.1：包含PACC EGFR突变的细胞对第一代TKI的反应
表5.2：包含PACC EGFR突变的细胞对第二代TKI的反应
表5.3：包含PACC EGFR突变的细胞对第三代TKI的反应
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表5.4：包含PACC EGFR突变的细胞对Ex20ins-特异性TKI的反应
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表5.5：PACC EGFR突变的实例列表
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因此，在一些实施方案中，公开了用于治疗患有肺癌的对象的方法，方法包括向对象施用有效量的一种或多于一种第二代EGFR抑制剂(例如，阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼或其组合)，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有EGFR突变，其中EGFR突变为PACC突变。在一些实施方案中，PACC突变为A750_I759delinsPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19delC797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719AL861Q、G719A R776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724S Ex19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747SL858R、L747S V774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768IV769L、S768I V774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。还公开了用于治疗对象的肺癌的方法，方法包括：(a)检测来自对象的肿瘤DNA中的EGFR突变，其中EGFR突变是PACC突变；以及(b)向对象施用有效量的一种或多于一种第二代EGFR抑制剂(例如，阿法替尼、达克替尼、来那替尼、tarlox-TKI、他索替尼或其组合)。在一些实施方案中，PACC突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709KG719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719SS768I、G724S、G724S Ex19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768IL861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。还公开了方法包括给对象施用酪氨酸激酶抑制剂，所述对象根据来自对象的肿瘤DNA的分析确定具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变，其中酪氨酸激酶抑制剂不是EGFR抑制剂。
在一些实施方案中，方法包括向对象施用阿法替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用达克替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用来那替尼。在一些实施方案中，方法包括向对象施用tarlox-TKI。在一些实施方案中，方法包括向对象施用他索替尼。
在一些实施方案中，EGFR突变为A750_I759del insPN。在一些实施方案中，EGFR突变为E709_T710del insD。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A G719A。在一些实施方案中，EGFR突变为E709A G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为E709K。在一些实施方案中，EGFR突变为E709K G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为E736K。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del A647T。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_A750del R675W。在一些实施方案中，EGFR突变为E746_T751del insVS768C。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del G796S。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del L792H。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del T854I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A D761Y。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A R776C。在一些实施方案中，EGFR突变为G719A S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719C S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为G719S S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S Ex19del。在一些实施方案中，EGFR突变为G724S L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为G779F。在一些实施方案中，EGFR突变为I740dupIPVAK。在一些实施方案中，EGFR突变为K757M L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为K757R。在一些实施方案中，EGFR突变为L718Q。在一些实施方案中，EGFR突变为Ex19del。在一些实施方案中，EGFR突变为L718Q L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L718V。在一些实施方案中，EGFR突变为L718V L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L747_S752del A755D。在一些实施方案中，EGFR突变为L747P。在一些实施方案中，EGFR突变为L747S。在一些实施方案中，EGFR突变为L747S L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为L747SV774M。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R C797S。在一些实施方案中，EGFR突变为L858RL792H。在一些实施方案中，EGFR突变为L858R T854S。在一些实施方案中，EGFR突变为N771G。在一些实施方案中，EGFR突变为R776C。在一些实施方案中，EGFR突变为R776H。在一些实施方案中，EGFR突变为E709_T710del insD S22R。在一些实施方案中，EGFR突变为S752_I759del V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I L858R。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I L861Q。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I V769L。在一些实施方案中，EGFR突变为S768I V774M。在一些实施方案中，EGFR突变为T751_I759 delinsN。在一些实施方案中，EGFR突变为V769L。在一些实施方案中，EGFR突变为V769M。在一些实施方案中，EGFR突变为V774M。
在一些实施方案中，对象之前接受过癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759或沙普替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼或拉泽替尼。在一些实施方案中，癌症治疗剂包括化学治疗剂。在一些实施方案中，对象被确定对癌症治疗剂有耐药性。
在一些实施方案中，所公开的方法包括基于对象的肿瘤的EGFR基因中的一个或多于一个突变是否存在，将一个或多于一个对象识别为使用来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂进行治疗的候选对象。例如，在一些实施方案中，公开了方法包括通过确定来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂的功效是或将是最佳的，将患有癌症(例如，肺癌)的对象识别为用来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂进行治疗的候选对象。在一些情况下，当确定对象肿瘤中的EGFR基因具有一个或多于一个突变，所述突变使得对一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性增加(或耐药性降低)，来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂是或将是最佳的。在一些情况下，当确定对象肿瘤中的EGFR基因具有一个或多于一个突变，所述突变使得对一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性降低(或耐药性增加)，来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂是或将是次佳的。在一些实施方案中，所公开的方法包括为当前或以前的癌症治疗是或曾经是次佳的对象确定最佳的癌症治疗。在一些实施方案中，对象接受多种类型的癌症治疗，例如多种激酶抑制剂治疗。
在特定实施方案中，本公开涉及基于对对象的肿瘤中的以下生物标志物中的一个或多于一个生物标志物进行分析来预测患有癌症的对象对来自一个或多个激酶抑制物分类的一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性或耐药性的方法：(1)经典样EGFR突变；(2)20号外显子近环插入(ex20ins-NL)EGFR突变；(3)20号外显子远环插入(ex20ins-FL)EGFR突变；(4)T790M-样-3S EGFR突变；(5)T790M-样-3R EGFR突变；或(6)PACC EGFR突变。
在一些实施方案中，本公开涉及预测患有癌症(例如，肺癌)并需要用来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂治疗的对象的治疗结果的方法，包括对来自一个或多于一个激酶抑制物分类的一种或多于一种激酶抑制剂的敏感性或耐药性的可能性。对上述(1)、(2)、(3)、(4)、(5)或(6)的这种分析的结果是确定是否或如何最好地治疗癌症，或者施用一个或多于一个激酶抑制剂分类中的一种或多于一种激酶抑制剂中的哪一种来治疗癌症。
因此，在一些实施方案中，基于对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的分析，确定该对象的EGFR基因中的一个或多于一个突变对给定的激酶抑制剂的敏感性或耐药性的可能性。在这种情况下，作为肿瘤DNA分析的结果，对对象实施有针对性的治疗策略来治疗癌症。例如，对象可以被施用治疗有效量的来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂。
当对患有癌症(例如，肺癌)的对象肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象具有一个或多于一个经典样EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第一代EGFR TKI、第二代EGFR TKI、第三代EGFR TKI、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI的敏感的可能性增加(或耐药的可能性降低)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种第一代EGFR TKI、第二代EGFR TKI、第三代EGFR TKI、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI。当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象不具有一个或多于一个经典样EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第一代EGFR TKI、第二代EGFRTKI、第三代EGFR TKI、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI的敏感的可能性降低(或耐药的可能性增加)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种其他激酶抑制剂。
当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象具有一个或多于一个ex20ins-NL EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第二代EGFR TKI或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI的敏感的可能性增加(或耐药的可能性降低)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种第二代EGFR TKI或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFRTKI。当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象不具有一个或多于一个ex20ins-NL EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第二代EGFR TKI或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI的敏感的可能性降低(或耐药的可能性增加)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种其他激酶抑制剂。
当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象具有一个或多于一个T790M-样-3S EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第三代EGFR TKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI、ALK抑制剂或PKC抑制剂的敏感的可能性增加(或耐药的可能性降低)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种第三代EGFR TKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI、ALK抑制剂或PKC抑制剂。当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象不具有一个或多于一个T790M-样-3S EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第三代EGFR TKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI、ALK抑制剂或PKC抑制剂的敏感的可能性降低(或耐药的可能性增加)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种其他激酶抑制剂。
当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象具有一个或多于一个T790M-样-3R EGFR突变时，该对象对一种或多于一种ALK抑制剂或PKC抑制剂的敏感的可能性增加(或耐药的可能性降低)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种ALK抑制剂或PKC抑制剂。当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象不具有一个或多于一个T790M-样-3R EGFR突变时，该对象对一种或多于一种ALK抑制剂或PKC抑制剂的敏感的可能性降低(或耐药的可能性增加)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种其他激酶抑制剂。
当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象具有一个或多于一个PACC EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第二代EGFR TKI的敏感的可能性增加(或耐药的可能性降低)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种第二代EGFR TKI。当对患有癌症(例如，肺癌)的对象的肿瘤DNA的EGFR基因的一个或多于一个突变的分析表明该对象不具有一个或多于一个PACC EGFR突变时，该对象对一种或多于一种第二代EGFR TKI的敏感的可能性降低(或耐药的可能性增加)，并且在一些情况下，然后可以向该对象提供治疗有效量的一种或多于一种其他激酶抑制剂。
III.制样
在某些方面，方法涉及从对象获得样品(也称为“生物样品”)。本文提供的获得方法可以包括活体组织检查方法，如细针抽吸活检、针穿活检、真空辅助活检、切取活检、切除活检、穿刺活检、刮取活检或皮肤活检。在某些实施方案中，通过前面提到的任何活体组织检查方法从肺组织的活体组织检查获得样品。在其他实施方案中，样品可以从本文提供的任何组织中获得，组织包括但不限于非癌组织或癌组织和来自血清、胆囊、黏膜、皮肤、心脏、肺、乳腺、胰腺、血液、肝脏、肌肉、肾脏、平滑肌、膀胱、结肠、肠、脑、前列腺、食管、或甲状腺组织的非癌组织或癌组织。在一些方面，样品为癌或非癌的肺组织样品。或者，样品可以从任何其他来源获得，包括但不限于血液、血浆、血清、汗液、毛囊、颊组织、泪、月经、粪便、或唾液。在目前方法的某些方面，任何医疗专业人员，如医生、护士或医疗技术员，都可以获取用于检测的生物样品。此外，生物样品可以在没有医疗专业人员帮助的情况下获得。
样品可包括但不限于组织、细胞或来自对象细胞或源自对象细胞的生物材料。生物样品可以是异质或同质的细胞或组织群体。生物样品可以使用本领域已知的可提供适合于本文所述的分析方法的样品的任何方法获得。样品可以通过无创性方法获得，包括但不限于：刮皮肤或子宫颈、擦拭脸颊、唾液收集、尿液收集、粪便收集、月经收集、泪收集或精液收集。
样品可以通过本领域已知的方法获得。在某些实施方案中，样品通过活体组织检查获得。在其他实施方案中，样品通过拭子检查、内窥镜检查、刮取、静脉切开术或本领域已知的任何其他方法获得。在一些情况下，样品可以使用本方法的试剂盒的组分获得、储存或运输。在一些情况下，多个样品，如多个肺组织样品可以通过本文所述的方法获得以用于诊断。在其他情况下，多个样品，如来自一种组织类型(例如肺)的一个或多于一个样品和来自另一种标本(例如血清或血液)的一个或多于一个样品，可以通过本方法获得以用于诊断。在一些情况下，多个样品，如来自一种组织类型(例如肺)的一个或多于一个样品和来自另一种标本(例如血清或血液)的一个或多于一个样品，可以在相同或不同时间获得。样品可以在不同的时间获得，通过不同的方法进行存储和/或分析。例如，样品可以通过常规染色方法或任何其他细胞学分析方法、通过测序(例如，DNA或RNA测序)、通过微阵列或通过任何其他遗传分析方法来获得和分析。
在一些实施方案中，生物样品可以通过医师、护士或其他医疗专业人员，如医疗技术员、内分泌学家、细胞学家、抽血医师、放射科医师或肺科医师获得。医疗专业人员可以指示对样品进行适当的检测或分析。在某些方面，分子图谱分析公司可以咨询哪种分析或检测是最适当的指示。在目前方法的其他方面，患者或对象可以在无医疗专业人员帮助的情况下获得生物样品，如获得全血样品、尿液样品、粪便样品、颊样品、或唾液样品，用于检测。
在其他情况下，样品通过侵入性治疗获得，其包括但不限于：活体组织检查、针吸、内窥镜检查或静脉切开术。针吸方法还可以包括细针抽吸活检、针穿活检、真空辅助活检或粗针活检。在一些实施方案中，可以通过本文的方法获得多个样品以确保足够量的生物材料。
在一些情况下，生物样品是无细胞样品(例如，血清样品)。在这种情况下，生物样品可以包含无细胞核酸如DNA(例如，无细胞肿瘤DNA、无细胞胎儿DNA)或RNA(例如，无细胞肿瘤RMA、无细胞胎儿RNA)。在一些方面，无细胞生物样品包含或疑似包含来自肺癌的DNA或RNA。
获得生物样品的一般方法在本领域中也是已知的。如Ramzy,Ibrahim Clinicalcyto pathology and Aspiration Biopsy 2001的出版物描述了活组织检查和细胞学方法的一般方法，其全部内容通过引用并入本文。在一个实施方案中，样品为肺或疑似肺肿瘤或瘤的细针抽吸物。在一些情况下，可以通过使用超声波、X射线或其他成像设备来指导细针抽吸采样程序。
在本发明方法的一些实施方案中，分子图谱分析公司可以直接从对象、从医疗专业人员、从第三方、或者从分子图谱分析公司或第三方提供的试剂盒获得生物样品。在一些情况下，从对象、医疗专业人员或第三方获得生物样品并将其寄送给分子图谱分析公司后，可以通过分子图谱分析公司获得生物样品。在一些情况下，分子图谱分析公司可以向分子图谱分析公司提供用于存储和运输生物样品的合适的容器和赋形剂。
在本文所述的方法的一些实施方案中，医疗专业人员无需参与初步诊断或样品采集。个人也可以通过使用非处方药(OTC)试剂盒获得样品。OTC试剂盒可以包含用于获得本文所述的所述样品的装置、用于存储所述样品以供检查的装置、以及正确使用试剂盒的说明书。在一些情况下，分子图谱分析服务包括在购买试剂盒的价格中。在其他情况下，分子图谱分析服务单独收费。适合于分子图谱分析公司使用的样品可以是任何含有待测个体的组织、细胞、核酸、基因、基因片段、表达产物、基因表达产物或基因表达产物片段的材料。提供了用于确定样品适宜性和/或充分性的方法。
在一些实施方案中，可将对象转诊给专家，如肿瘤学家、外科医师或内分泌学家。专家同样可以获得用于检测的生物样品，或将个人转诊到检测中心或实验室以提交该生物样品。在一些情况下，医疗专业人员可以将对象提交给检测中心或实验室，以提交生物样品。在其他情况下，对象可以提供样品。在一些情况下，分子图谱分析公司可以获得样品。
IV.分析方法
A.测序
在一些实施方案中，本公开的方法包括测序方法。测序方法的实例包括下面描述的那些。
1.大规模平行测序(MPSS)
第一个二代测序技术，大规模平行测序(或MPSS)，是在1990年代由Lynx治疗公司开发的。MPSS是基于微珠的方法，方法使用接头连接，然后接头解码的复杂方法，以四个核苷酸的增量读取序列。MPSS输出的基本属性是后来的“二代”数据类型的典型，包括数十万个短DNA序列。在MPSS的情况下，这些通常用于对cDNA测序，以测量基因表达水平。
2.Polony测序
Polony测序方法由哈佛大学George M.Church的实验室开发，是第一个二代测序系统之一，并于2005年用于全基因组测序。它将体外成对标签文库与乳液PCR、自动化显微镜和基于连接的测序化学相结合，以>99.9999％的准确度对大肠杆菌基因组进行测序，成本约为桑格测序的1/9。
3.454焦磷酸测序
焦磷酸测序的平行版本在油溶液(乳液PCR)中扩增水滴内的DNA，每个水滴包含附着于单个引物包被微珠的单个DNA模板，然后形成克隆集落。测序仪包含许多皮升体积的孔，每个孔包含单个微珠和测序酶。焦磷酸测序使用荧光素酶生成光来检测加入新生DNA的单个核苷酸，并将组合的数据用于生成序列读取。与一端的桑格测序和另一端的Solexa和SOLiD相比，该技术提供了中等的阅读长度和每碱基的价格。
4.Illumina(Solexa)测序
在这种方法中，DNA分子和引物首先附着在玻片上，然后用聚合酶扩增，从而形成局部克隆DNA集落，后来被称为“DNA簇”。为了确定序列，加入四种类型的可逆终止子碱基(RT-碱基)，洗去未合并的核苷酸。摄像机拍摄荧光标记的核苷酸的图像，然后染料和末端3’阻断剂一起从DNA中化学去除，从而开始下一个循环。不同于焦磷酸测序，DNA链一次延长一个核苷酸，图像采集可以在延迟的时刻进行，从而允许通过从单个相机拍摄的顺序图像捕获非常大的DNA集落阵列。
酶促反应的解耦和图像捕获允许最佳的吞吐量和理论上无限的测序能力。在最佳配置下，最终可达到的仪器吞吐量仅由相机的模数转换速率决定，乘以相机数量，除以最佳可视化所需的每个DNA集落的像素数(大约10个像素/集落)。
5.SOLiD测序
SOLiD技术采用连接测序。本文，根据测序位置标记了固定长度的所有可能的寡核苷酸的池。寡核苷酸被退火和连接；DNA连接酶优先连接序列以匹配序列，结果是该位置的核苷酸的信号信息。测序前，用乳液PCR扩增DNA。产生的微珠，每个都包含同一DNA分子的单一副本，被沉积在玻璃片上。其结果是序列的数量和长度可与Illumina测序相媲美。
6.离子激流半导体测序
Ion Torrent Systems Inc.开发了基于使用标准测序化学的系统，但使用了新颖的基于半导体的检测系统。与其他测序系统中使用的光学方法相反，这种测序方法基于对DNA聚合过程中释放的氢离子的检测。含有待测序的模板DNA链的微孔充满了单一类型的核苷酸。如果引入的核苷酸与前导模板核苷酸互补，它就被并入正在生长的互补链中。这导致氢离子的释放，从而触发高灵敏度的离子传感器，这表明反应已经发生。如果模板序列中存在均聚体重复序列，则多个核苷酸将被合并到单个循环中。这导致相应数量的氢的释放和成比例的更高的电子信号。
7.DNA纳米球测序
DNA纳米球测序是高通量测序技术，用于确定生物体的整个基因组序列。方法使用滚环复制将基因组DNA的小片段扩增成DNA纳米球。然后使用连接的非链测序来确定核苷酸序列。与其他二代测序平台相比，这种DNA测序方法允许在每次运行时对大量DNA纳米球进行测序，并且试剂成本较低。然而，从每个DNA纳米球中只确定了DNA的短序列，这使得将短读取与参考基因组作图变得困难。这项技术已被用于多个基因组测序项目。
8.Heliscope单分子测序
Heliscope测序是Helicos Biosciences开发的单分子测序方法。它使用DNA片段和添加的聚A尾接头，这些接头附着在流动细胞表面。接下来的步骤包括对带有荧光标记核苷酸的流动细胞进行循环清洗的基于延伸的测序(一次一种核苷酸类型，就像桑格法一样)。由Heliscope测序仪进行读取。
9.单分子实时测序(SMRT)
SMRT测序基于合成测序法的测序。DNA是在零模波导(ZMW)中合成的，ZMW是类似井的小容器，捕获工具位于孔的底部。使用未经修饰的聚合酶(附着在ZMW底部)和荧光标记的核苷酸在溶液中自由流动进行测序。以这样的方式构建孔，即只检测孔底部出现的荧光。当并入DNA链时，荧光标记从核苷酸上分离，留下未修饰的DNA链。这种方法允许读取20000个或多于20000个核苷酸，平均读取长度为5千个碱基。
B.其他分析方法
在一些实施方案中，方法涉及使用对靶基因组区域具有特异性的至少一对引物扩增和/或测序一个或多于一个靶基因组区域。在其他实施方案中，向扩增步骤添加酶如引发酶或引发酶/聚合酶组合酶以合成引物。
在一些实施方案中，可以使用阵列来检测本公开的核酸。阵列包含固体支持物，其中核酸探针附着于支持物。阵列通常包含多个不同的核酸探针，其在不同的已知位置结合于基质表面。这些阵列也称为“微阵列”或俗称“芯片”，已在本领域中进行了一般性描述，例如，美国专利第5143854号、第5445934号、第5744305号、第5677195号、第6040193号、第5424186号和Fodor等人1991，其全部内容通过引用并入本文用于所有目的。使用机械合成方法合成这些阵列的技术描述于例如美国专利第5384261号，其全部内容通过引用并入本文用于所有目的。尽管在一些方面使用平面阵列表面，但是阵列可以制造在几乎任何形状的表面或甚至多个表面上。阵列可以是珠子、凝胶、聚合物表面上的核酸、纤维如光纤、玻璃或任何其他合适的基质，参见美国专利第5770358号、第5789162号、第5708153号、第6040193号和第5800992号，其全部内容通过引用并入本文用于所有目的。
核酸阵列可以包括至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、150个、200个、250个或多于250个不同的多核苷酸探针，其可以与不同和/或相同的生物标志物杂交。同一基因的多个探针可用于单个核酸阵列。其他疾病基因的探针也可以包括在核酸阵列中。阵列上的探头密度可以在任何范围内。在一些实施方案中，密度可以是或可以是至少50个、100个、200个、300个、400个、500个或多于500个探针/cm2(或其中可衍生的任何范围)。
具体考虑的是基于芯片的核酸技术，如Hacia等人(1996)和Shoemaker等人(1996年)所述的技术。简而言之，这些技术涉及快速准确地分析大量基因的定量方法。通过用寡核苷酸标记基因或使用固定的探针阵列，人们可以使用芯片技术将目标分子分离为高密度阵列，并在杂交的基础上筛选这些分子(另见Pease等人，1994；和Fodor等人，1991)。预期该技术可与评估一种或多于一种癌症生物标志物在诊断、预后和治疗方法方面的表达水平结合使用。
某些实施方案可能涉及使用阵列或从阵列生成的数据。数据可能很容易获得。此外，可以准备一个阵列，以便产生可以在相关性研究中使用的数据。
除了使用阵列和微阵列之外，预期可以使用许多不同的分析方法来分析核酸。这些分析方法包括，但不限于，核酸扩增、聚合酶链式反应、定量PCR、RT-PCR、原位杂交、数字PCR、ddPCR(液滴数字PCR)、nCounter(nanoString)、BEAMing(小珠、乳浊液、扩增和磁性)(Inostics)、ARMS(扩增阻滞突变系统)、RNA测序、TAm-Seg(标记扩增子深度测序)、PAP(焦磷酸解激活聚合反应)、二代RNA测序、northern杂交、杂交保护分析法(HPA)(GenProbe)、支链DNA(bDNA)分析(Chiron)、滚环扩增(RCA)、单分子杂交检测(US Genomics)、Invaderassay(ThirdWave Technologies)和/或Bridge Litigation Assay(Genaco)。
可以制备扩增引物或杂交探针以与本文所述的基因组区域、生物标志物、探针或寡核苷酸互补。如本文所用，术语“引物”或“探针”意指能够在模板依赖的过程中启动新生核酸的合成和/或与本公开的寡聚体的单链或其部分配对的任何核酸。通常，引物是长度为十至二十和/或三十个核酸的寡核苷酸，但也可以使用更长的序列。引物可以以双链和/或单链的形式提供。
使用长度为13个至100个核苷酸，特别是长度为17个至100个核苷酸，或者在一些方面长度最多1千个至2千个碱基或多于2千个碱基的探针或引物，允许形成既稳定又有选择性的双链分子。在长度大于20个碱基的连续延伸上具有互补序列的分子可用于提高获得的杂化分子的稳定性和/或选择性。人们可以设计用于杂交的核酸分子，其具有20个至30个核苷酸的一个或多于一个互补序列，或者如果需要甚至长于30个核苷酸的互补序列。例如，通过用化学手段直接合成片段或通过将选定的序列引入重组载体以用于重组生产，可以容易地制备这样的片段。
在一个实施方案中，每个探针/引物包括至少15个核苷酸。例如，每个探针可以包括至少或至多20个、25个、50个、75个、100个、125个、150个、175个、200个、225个、250个、275个、300个、325个、350个、400个或多于400个核苷酸(或其中可衍生的任何范围)。它们可以具有这些长度，并且具有与本文所述基因相同或互补的序列。特别地，每个探针/引物具有相对较高的序列复杂度并且不具有任何多义残基(未确定的“n”残基)。在严格或非常严格的条件下，这些探针/引物可以与靶基因，包括其RNA转录本杂交。预期探针或引物可以具有肌苷或其他设计实现，以适应对特定生物标志物的多于一种人类序列的识别。
在一个实施方案中，定量RT-PCR(如TaqMan、ABI)用于检测和比较样品中核酸的水平或丰度。在PCR过程的线性部分中靶DNA的浓度与PCR开始前靶DNA的起始浓度成正比。通过在已完成相同循环数且在其线性范围内的PCR反应中测定靶DNA的PCR产物的浓度，可以确定特定靶序列在初始DNA混合物中的相对浓度。在PCR反应的线性范围部分，PCR产物的浓度与起始物质中的相对丰度之间的这种直接比例是成立的。靶DNA在曲线平台部分的最终浓度由反应混合物中试剂的可用性决定，与靶DNA的初始浓度无关。因此，当PCR反应在其曲线的线性部分时，可以对扩增的PCR产物进行采样和定量。此外，可扩增DNA的相对浓度可以归一化为一些独立的标准/对照，这可能是基于内部存在的DNA种类或外部引入的DNA种类。特定DNA种类的丰度也可以相对于样品中所有DNA种类的平均丰度来确定。
在一个实施方案中，该PCR扩增利用一个或多于一个内部PCR标准品。内标可以是细胞内丰富的基本代谢功能调节基因，也可以具体为GAPDH、GUSB和β-2微球蛋白。这些标准品可以用来对表达水平进行归一化，以便可以直接比较不同基因产品的表达水平。本领域普通技术人员将知道如何使用内标来归一化表达水平。
V.治疗剂组合物的施用
本文提供的疗法包括施用治疗剂的组合，包括来自一个或多于一个激酶抑制剂分类的一种或多于一种激酶抑制剂。在一些实施方案中，施用至少1类、2类、3类、4类、5类或6类的TKI。在一些实施方案中，1类、2类、3类、4类、5类或6类TKI包括第一代EGFR TKI、第二代EGFR TKI、第三代EGFR TKI、对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR TKI、ALK抑制剂或PLC抑制剂。在一些实施方案中，TKI是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、AZD3463、布加替尼、鲁伯斯塔、米哚妥林或索曲妥林。在一些实施方案中，向患有癌症的对象施用至少1种、2种、3种、4种、5种或多于5种TKI。在一些实施方案中，一种或多于一种TKI包括厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、AZD3463、布加替尼、鲁伯斯塔、米哚妥林或索曲妥林的两种或多于两种。可以从本公开的某些实施方案中排除任何一种或多于一种TKI。
本公开的实施方案涉及包含治疗剂组合物的组合物和方法。在一些实施方案中，依次(在不同时间)或同时(在同一时间)施用不同的治疗剂。不同的治疗剂可以在一种组合物中或在多于一种组合物如2种组合物、3种组合物或4种组合物中施用。在一些实施方案中，在单独的组合物中施用治疗剂。在一些实施方案中，在同一的组合物中施用治疗剂。在本文公开的方法的一些实施方案中，施用单一剂量的癌症治疗剂。在本文公开的方法的一些实施方案中，施用多种剂量的癌症治疗剂。可以采用治疗剂的各种组合。例如，第一代TKI为“A”和第二代TKI为“B”。
根据本公开的组合物可以根据标准技术制备，并且可以包含水、缓冲水、盐水、甘氨酸、葡萄糖、等渗蔗糖溶液等，包括用于增强稳定性的糖蛋白，如白蛋白、脂蛋白、球蛋白等。这些组合物可以通过常规的、众所周知的灭菌技术进行灭菌。所得的含水溶液可以包装使用或在无菌条件下过滤并冷冻干燥，冷冻干燥的制剂在施用前与无菌水溶液结合。组合物可以包含接近生理条件所需的药学上可接受的助剂物质，如pH调节和缓冲剂、涨度调节剂等，例如，醋酸钠、乳酸钠、氯化钠、氯化钾、氯化钙等。根据本公开内容，包含癌症治疗剂的组合物的制备对于本领域技术人员来说是已知的，如Remington：The Science andPractice of Pharmacy，21 st Ed.Lippincott Williams and Wilkins，2005所示，其通过引用并入本文。此外，对于动物(例如，人类)施用，会理解制备需要满足生物标准FDA官方所要求的无菌、热源、通用安全和纯度标准。
该组合物将是药学上可接受的或药理方面可接受的。短语“药学上可接受的”或“药理方面可接受的”是指当对动物或人类施用时不产生副作用、过敏反应或其他不良反应的分子实体和组合物。如本文中所使用的，“药学上可接受的载剂”包括任何和所有溶剂、分散介质、涂层、抗菌和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等。这种介质和用于药物活性物质的使用在本领域中是已知的。除非传统介质或试剂与活性成分不相容，否则预期其在治疗剂组合物中的使用。
载剂可以是含有以下的溶剂或分散介质，例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液态聚乙二醇等)、其合适的混合物和植物油。可以通过以下方式来保持适当的流动性：例如通过使用包被，例如卵磷脂，通过在分散体的情况下保持需要的粒径，和通过使用表面活性剂。不理想的微生物作用的预防可以通过各种抗菌剂和抗真菌剂，例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸、硫汞撒等来实现。在许多情况下，优选包含等渗剂，例如糖或氯化钠。可注射组合物的持久的吸收通过在组合物中使用延迟吸收的试剂，例如单硬脂酸铝和明胶来实现。
本公开的癌症治疗剂或治疗剂可以通过相同的施用途径或通过不同的施用途径施用。在一些实施方案中，通过经动脉内、经静脉内、经腹膜内、经皮下、经肌内、经肿瘤内、经局部、经口服、经皮肤、经眼眶内、通过植入、通过吸入、经鞘内、经脑室内或经鼻腔施用癌症治疗剂。适宜的剂量可基于待治疗的疾病的类型、疾病的严重程度和病程、对象的临床状况、对象的临床病史和对治疗的应答以及主治医师的判断来确定。
治疗可以包括各种“单位剂量”。单位剂量被定义为包含预定量的治疗组合物，该预定量的治疗组合物被计算以产生与其施用，即适当的途径和方案，相关的上述期望反应。施用量以及特定的途径和剂型在临床技术领域的技术范围内，并取决于预期的结果和/或保护。单位剂量不必作为单次注射施用，而是可包括在设定的时间段内连续输注。在一些实施方案中，单位剂量包含单一可施用剂量。
通常，组合物以与剂型相容的方式施用，并且施用量为对被治疗的对象治疗或预防有效的量。治疗剂组合物的精确量还取决于医师的判断，并且对每一个体都是独特的。用于最初施用和增效的合适方案也是可变的，但是其特征在于最初施用然后是后续施用。影响剂量的因素包括对象的身体和临床状态、施用的途径、预期的治疗目标(症状减轻与治愈)以及对象可能正在接受的特定治疗物质或其他治疗剂的效力、稳定性和毒性。
待施用的量，根据治疗的次数和单位剂量两者，取决于期望的治疗效果。有效剂量应理解为是指达到特定效果所需的量。在某些实施方案的实践中，预期在10mg/kg至200mg/kg的剂量可影响这些药剂的保护能力。因此，预期剂量包括约0.1、0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195和200、300、400、500、1000μg/kg、mg/kg、μg/天或mg/天的剂量或其中可衍生的任何范围。此外，这样的剂量可在一天中多次和/或在数天、数周或数月内施用。
在某些实施方案中，药物组合物的有效剂量为可以提供约1μM至150μM的血液水平的剂量。在另一个实施方案中，有效剂量提供的血液水平为约4μM至100μM；或约1μM至100μM；或约1μM至50μM；或约1μM至40μM；或约1μM至30μM；或约1μM至20μM；或约1μM至10μM；或约10μM至150μM；或约10μM至100μM；或约10μM至50μM；或约25μM至150μM；或约25μM至100μM；或约25μM至50μM；或约50μM至150μM；或约50μM至100μM(或其中可衍生的任何范围)。在其他实施方案中，所述剂量可提供由向对象施用治疗剂产生的以下药剂血液水平：约、至少约或至多约1μM、2μM、3μM、4μM、5μM、6μM、7μM、8μM、9μM、10μM、11μM、12μM、13μM、14μM、15μM、16μM、17μM、18μM、19μM、20μM、21μM、22μM、23μM、24μM、25μM、26μM、27μM、28μM、29μM、30μM、31μM、32μM、33μM、34μM、35μM、36μM、37μM、38μM、39μM、40μM、41μM、42μM、43μM、44μM、45μM、46μM、47μM、48μM、49μM、50μM、51μM、52μM、53μM、54μM、55μM、56μM、57μM、58μM、59μM、60μM、61μM、62μM、63μM、64μM、65μM、66μM、67μM、68μM、69μM、70μM、71μM、72μM、73μM、74μM、75μM、76μM、77μM、78μM、79μM、80μM、81μM、82μM、83μM、84μM、85μM、86μM、87μM、88μM、89μM、90μM、91μM、92μM、93μM、94μM、95μM、96μM、97μM、98μM、99μM或100μM或其中可衍生的任何范围。在某些实施方案中，施用于对象的治疗剂在体内代谢为经代谢的治疗剂，在这种情况下，血液水平可指该经代谢的治疗剂的量。或者，就治疗剂未被对象代谢的程度而言，本文讨论的血液水平可指未代谢的治疗剂。
本领域技术人员应理解并意识到，剂量单位μg/kg或mg/kg体重可换算并以μg/ml或mM(血液水平)的相当浓度单位表示，如4μM至100μM。还应理解，吸收是物种和器官/组织依赖性的。与吸收和浓度量度相关的适用换算因子和生理学假设是众所周知的，并且将允许本领域技术人员将一种浓度量度换算为另一种并就本文所述的剂量、功效和结果做出合理的比较和结论。
VI.试剂盒
本公开的某些方面还涉及包含本公开的组合物或用于实现本公开的方法的组合物的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒可用于评估一种或多于一种生物标志物。在某些实施方案中，试剂盒包含、包含至少或包含至多1种、2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种、10种、11种、12种、13种、14种、15种、16种、17种、18种、19种、20种、21种、22种、23种、24种、25种、26种、27种、28种、29种、30种、31种、32种、33种、34种、35种、36种、37种、38种、39种、40种、41种、42种、43种、44种、45种、46种、47种、48种、49种、50种、100种、500种、1000种或多于1000种探针、引物或引物集、合成分子或抑制剂、或其中可衍生的任何值或范围和组合。在一些实施方案中，存在用于评估细胞中生物标志物活性的试剂盒。
试剂盒可以包括可单独包装或放置在容器中的组件，如管、瓶、小瓶、注射器或其他合适的容器装置。
单个组分也可以以浓缩量提供在试剂盒中；在一些实施方案中，组分以与其在含有其他组分的溶液中相同的浓度单独提供。可以提供1x、2x、5x、10x或20x或多于20x的组分浓度。
本公开包括用于使用探针、合成核酸、非合成核酸和/或用于预测或诊断应用的公开的抑制剂的试剂盒。特别预期的是对应于在本文识别的任何生物标志物的任何此类分子，其包括与生物标物的全部或部分相同或互补的核酸引物/引物组和探针，其可以包括生物标志物的非编码序列以及生物标志物的编码序列。
在某些方面，一些试剂盒实施方案中包括阴性和/或阳性对照核酸、探针和抑制剂。此外，试剂盒可以包括一种或多于一种生物标志物的阴性或阳性对照的样品。
本公开的任何实施方案涉及具体生物标志物的名称也可用于涵盖涉及其序列与特定核酸的成熟序列至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性的生物标志物的实施方案。
本公开的实施方案包括用于通过评估样品的生物标志物谱来分析病理样品的试剂盒，所述试剂盒在合适的容器装置中包含两种或多于两种种生物标志物探针，其中所述生物标志物探针检测本文中识别的一种或多于一种生物标志物。试剂盒还可以包括用于标记样品中的核酸的试剂。试剂盒还可以包括标记试剂，包括胺修饰的核苷酸、聚(A)聚合酶和聚(A)聚合酶缓冲液中的至少一种。标记试剂可以包括胺类活性染料。
预期本文所述的任何方法或组合物可以相对于本文所述的任何其他方法或组合物实施，并且可以组合不同的实施方案。最初提交的权利要求被认为涵盖了从属于任何提交的权利要求或提交的权利要求的组合的权利要求。
实施例
包括以下实施例以说明本公开的实施方案。本领域技术人员应理解，以下实施例中所公开的技术代表本发明人发现的在本公开的实践中发挥良好作用的技术。然而，根据本公开内容，本领域技术人员应当理解，在不脱离本公开的精神和范围的情况下，可以对所公开的具体实施方案进行许多改变并仍然获得相同或相似的结果。
1.基于结构功能的组比基于外显子的组更好地预测对EGFR TKI的敏感性
为了确定EGFR突变对TKI敏感性的影响，建立了由表达跨越18号至21号外显子的EGFR突变的76个细胞系组成的小组，并对代表一代(非共价)、2代(共价)和3代(共价，靶向T790M)TKI的18种已知EGFR抑制剂以及Ex20ins研究中的化合物进行了筛选。通过对WTEGFR体外选择性的分级聚类和EGFR突变的突变图谱，观察到四种不同的EGFR突变亚群：远离ATP结合口袋的经典样突变(图1A、图1B)、疏水核中的T790M样突变(图1A、图1C)、位于α-c-螺旋的c-末端的Ex20ins(图1A、图1D)以及位于ATP结合口袋的内表面和α-c-螺旋的c-末端的第四组，它们被预测为P-环和α-C-螺旋压缩(PACC)突变(图1A、图1E)。对于各种突变，通过斯皮尔曼相关性测定，基于结构功能的组比基于外显子的组更能预测药物敏感性(p<0.0001，图1F、图2)。基于结构功能的组的监督聚类在热图中保持不同的分组。然而，根据外显子位置的监督聚类似乎扰乱了热图上的药物敏感性模式(图3)。与野生型EGFR相比，经典样、非经典EGFR突变被预测对EGFR的整体结构几乎没有影响(图4A至图4D)，并且对所有分类的EGFR TKI，特别是体外(图4E)和体内(图4F，图4G)的第三代TKI是敏感的和选择性的。在体外(图5A)和体内(图5C、图5D)，Ex20ins突变对第一代和第三代TKI具有耐药性，并且仅对选择的第二代TKI(例如，tarlox-TKI)和ex20ins特异性TKI敏感。这些发现表明，基于结构功能的组可以预测给定突变的药物分类敏感性，并且可以比常规的基于外显子的组更有效地预测哪组突变对给定抑制剂最敏感。
2.ALK和PKC抑制剂可以抑制EGFR TKI耐药的T790M样突变
虽然所有T790M样突变体在疏水核中至少有一个突变，但有两个不同的T790M样突变体亚群，即第三代TKI敏感(T790M-样-3S)和第三代TKI耐药(T790M-样-3R，图6A)。T790M-样-3S突变体对第三代TKI和一些20号外显子特异性抑制剂具有高选择性，对ALK和PKC抑制剂具有中等选择性(图6B)。T790M-样-3R突变体是由T790M和已知的耐药突变(即C797S37,38、L718X18,24或L792H23,24)组成的复杂突变，对经典的EGFR TKI具有耐药性，但对部分ALK和PKC抑制剂保持选择性(图6C)。综上所述，这些数据表明，T790M样突变体在疏水裂隙中至少含有一个突变，已知该突变可表现出对第一代和第二代EGFR TKI的耐药性，但已知的耐药突变的添加会导致对经典的EGFR TKI的敏感性降低，这可以通过用ALK或PKC抑制剂的药物再利用来克服。
3.PACC突变对第二代EGFR TKI最敏感
PACC突变由跨越18号至21号外显子的突变组成，包括突变如G719X、L747X、S768I、L792X和T854I以及其他突变。预测PACC突变通过改变P-环或α-c-螺旋的方向来影响ATP和药物结合口袋的总体积(图5A、图5B)。对奥西替尼与PACC突变G719S和L718Q相互作用的计算机分析预测，P-环方向的变化改变了TKI稳定点如V726和F723的位置，导致奥西替尼的吲哚环与奥西替尼的反应性构象相比远离P-环倾斜，破坏了稳定的药物结合(图7A、图5C)。相比之下，第二代EGFR TKI不与EGFR的P-环相互作用，并在PACC突变体的疏水裂隙中保持必要的相互作用点(图5C、图5D)。当将PACC突变的选择性与第一代、第二代和第三代以及ex20ins特异性EGFR TKI进行比较时，发现第二代EGFR TKI对PACC突变的选择性明显高于任何其他分类的TKI(图7B)。在体内还观察到，携带具有G719A突变的PDX的小鼠对第三代TKI奥西替尼具有耐药性，但对第二代EGFR TKI最敏感(图7C、图5E)。最后，患有复合PACC突变E709K G719S的患者在接受奥西替尼治疗后，看到了用阿法替尼治疗的临床益处和肿瘤缩小(图7D)。总而言之，这些数据表明，PACC突变是EGFR突变的独特的亚组；对第三代EGFRTKI具有耐药性；对第二代EGFR TKI具有敏感性。
类似地，与原发性经典EGFR突变共存的获得性PACC突变保持了对第二代EGFR TKI的敏感性，同时获得了对第三代EGFR TKI的耐药性(图7E、图7F)。如前所述，在获得性PACC突变的获得性药物耐药性中观察到等位基因特异性(图7E)。对获得性突变如与Ex19del同时出现的G796S的计算机分析中，预测通过移动受体的铰链区，防止奥西替尼在M793稳定，并从C797替换奥西替尼的丙烯酰胺基团，从而防止结合，从而赋予对第三代EGFR TKI如奥西替尼的耐药性(图7G)。然而，第二代抑制剂受受体铰链区移位的影响较小，预计将在C797附近保持丙烯酰胺基团的取向(图5F)。在MD Anderson GEMINI数据库中，一名被确定为携带EGFR L858R突变的肺腺癌患者，接受了一线奥西替尼治疗，并随后产生了EGFR依赖的耐药机制。在进展中的活组织检查中识别出PACC突变(图6A、图6B)。该患者获得了L718V突变，并接受了第二代EGFR TKI治疗，并且体验到了疾病稳定和肿瘤缩小的临床益处(图6A、图6B)。综上所述，这些数据表明，在临床前模型和患者中，原发和获得性PACC突变对第二代EGFR TKI都很敏感，基于结构功能的分组可以识别一组新的突变，对这种分组，上一代EGFRTKI具有最高的选择性。
4.基于结构功能的亚组比基于外显子的亚组能更好地预测TKI患者的预后
为了确定与基于外显子的组相比，基于结构功能的组是否能更好地识别最有可能从给定药物中获益的患者，我们使用了公开可用的数据库，该数据库包含阿法替尼治疗的非经典EGFR突变NSCLC患者的临床结果39,40，并对847名患者的ORR和治疗持续时间(DoT)进行了回顾性分析。基于结构功能的组显示了敏感(经典样和PACC)和耐药(T790M-样和Ex20ins)亚组之间的明显差异(ORR 63％比20％)，而基于外显子的组在组之间的差异较小(图10A、图10B)。与基于外显子的组相比，其他基于结构功能的组识别了更多具有显著更长的对阿法替尼治疗的DoT的患者亚组(图9A、图9B和图10C、图10D)。基于外显子的组识别出具有18号外显子突变的患者比具有20号或21号外显子突变的患者具有更长的DoT(图10C、图10D)。而基于结构功能的组识别出具有PACC突变的患者比任何其他亚组经历显著更长的DoT，并且具有经典样突变的患者比具有20号外显子环插入或T790M-样突变的患者具有显著更长的DoT(图9A、图9B)。这些数据表明，与基于外显子的组相比，基于结构的组能更好地识别哪组患者将从给定药物中获得最大益处。
为了确定与常规分组相比，基于结构的分组是否能够确定哪类抑制剂对非经典EGFR突变患者最有益，对MD Anderson GEMINI数据库中接受第一代、第二代或第三代EGFRTKI治疗的非经典EGFR突变患者的mPFS进行了回顾性分析。为了确定基于结构的分组是否能够确定哪类抑制剂对非经典EGFR突变患者最有益，对MD Anderson GEMINI数据库中接受第一代、第二代或第三代EGFR TKI治疗的非经典EGFR突变患者的mPFS进行了回顾性分析。接受第二代EGFR TKI治疗的PACC突变患者的PFS明显长于接受第一代或第三代EGFR TKI治疗的患者(分别为19.3个月比8.5个月和4.1个月，图9C、图9D)。相比之下，在具有非经典突变即非PACC突变的患者中，EGFR TKI分类之间的无进展生存期没有明显差异(图10E)，这证实了PACC突变对第二代EGFR TKI具有较高的敏感性，正如临床前建模所预测的那样。这些数据表明，基于结构的组可以更好地确定哪一类EGFR TKI对特定突变组的患者最有益。
5.结论
非经典EGFR突变的多样性和比以前理解的更高的患病率突出了对NSCLC患者进行全面的二代测序(NGS)的必要性。如本文所述，EGFR突变，包括非经典突变，可以根据结构和功能分成四个不同的亚组，并且基于结构/功能的组可以比基于外显子的组更好地预测药物敏感性和患者结果。这四个亚组是：“经典样”、“T790M-样”、“20号外显子环插入”和“P-环αC-螺旋压缩”(或“PACC”)。图11提供了四个亚组，包括描述和示例突变。“20号外显子环插入”突变还分为20号外显子近环插入(Es20ins-NL)和20号外显子远环插入(Ex20ins-FL)突变。“T790M-样”突变还分为T790M-样-3S和T790M-样-3R突变。
虽然以前的研究表明，第二代EGFR TKI对具有选择的18号外显子突变的患者有活性33,34，但基于结构/功能的分组识别了更大的EGFR突变亚群，PACC突变，对于这些突变，第二代EGFR TKI比第三代EGFR TKI更具选择性。临床上，第二代EGFR TKI与WT EGFR抑制和相关不良事件有关15,35,36；然而，大多数第二代EGFR TKI以最大耐受量施用，导致血浆浓度比抑制PACC突变所需浓度高10倍至100倍。与奥西替尼不同，第二代EGFR TKI的CNS活性有限，这表明需要具有降低WT EGFR抑制和CNS活性的新型EGFR TKI来抑制PACC突变。
这些研究表明，基于结构/功能的组可以识别可能对整个突变组有效的药物分类，反映了观察到基因不同区域的突变可能会导致蛋白质结构的类似变化。例如，L718Q、S768I、T854I分别位于18号、20号和21号外显子，但都是具有相似结构影响药物结合的PACC突变。相反，同一外显子内的突变可能会导致完全不同的变化。L747_K754del-insATSPE、L747P和E746-A750del突变位于19号外显子，但分别为T790M样突变、PACC突变和经典突变，在药物敏感性和结构影响方面存在明显差异。对于治疗EGFR突变癌症患者的医生来说，临床挑战是适当地识别患者的突变，并将其与最佳的EGFR TKI相匹配。本文提出的分类提供了框架，通过该框架，临床医生通过基于互联网的工具或公司提供的NGS报告，可以更有效地个性化EGFR TKI治疗。最后，这些发现支持了这样观点，即对于携带含有不同突变的致癌基因的癌症，采用基于结构/功能的方法可以改善临床试验设计和药物开发。
6.示例性方法
Ba/F3细胞生成、药物筛选和IC50近似值。Ba/F3细胞由Gordon Mills博士赠送(MDAnderson癌症中心)，在含有10％胎牛血清、1％青霉素/链霉素和10ng/ml重组mIL-3(R&DBiosSystems)的RPMI(Sigma)中维持。为建立稳定的Ba/F3细胞系，将含有突变EGFR质粒的逆转录病毒导入Ba/F3细胞12小时至24小时。逆转录病毒是用脂质体2000(Invitgen)用下表6所列的pBabe-Puro为基础的载体对Phoenix 293T-两性细胞(Orbigen)进行转染而产生的。载体由GeneScrip或Bioinnovatise使用下表6中列出的Addgene的亲本载体产生。
表6：用于产生细胞系的EGFR突变体载体
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转导48小时至72小时后，将2μg/ml嘌呤霉素(Invitrogen)加入完全RPMI的Ba/F3细胞系中。通过PE-EGFR(Biolegend)染色和FACS分选，筛选出EGFR阳性的细胞系。分选后，在含有10％FBS、1％青霉素/链霉素和1ng/ml EGF的RPMI中保持EGFR阳性细胞，以支持细胞活力。如前所述进行药物筛选41,42。不久，将细胞以每孔2000个至3000个细胞的密度接种在384孔板(Greiner Bio-One)中，技术上一式三份。加入七种不同浓度的TKI或DMSO载剂，达到每孔40μL的最终体积。72小时后，向每个孔中加入11μL Cell Titer Glo(Promega)。将平板孵育至少10分钟，使用FLUOstar OPTIMA平板读取器(BMG LABTECH)测定生物发光。将初始生物发光值归一化为DMSO对照处理的细胞，并将值在GraphPad Prism中绘制。非线性回归用于拟合具有可变斜率的归一化数据，IC50值由GraphPad prism通过50％抑制浓度的插值来确定。在每个平板上进行技术上一式三份的药物筛选，以及一式两份或三份生物重复。通过将突变体细胞系的IC50值除以表达WT EGFR的Ba/F3细胞的平均IC50值来计算每种药物的突变体与WT的比率(Mut/WT)。各组之间的统计差异由ANOVA确定，如图例中所示。表7显示了所有测试药物的总结。
表7-测试化合物的总结
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计算机突变图谱和对接实验。利用从PDB检索到的野生型EGFR与AMP-PNP(2ITX)的复合体和EGFRL858R突变体与AMP-PNP(2ITV)的复合体的X射线结构进行MD模拟。所有的晶体学配体、离子和水分子都从X射线结构中去除。这些结构中缺失的侧链原子和环是使用Schrodinger中的Prime同源模块43构建的。EGFRL858R突变结构中缺失的激活环区域(862-876)是使用来自另一个EGFR结构(5XGN)的激活环构建的。19号外显子缺失突变体(ΔELREA)是在野生型EGFR上模拟的，使用Prime程序，然后对β3-αC环区域进行基于MM/GBSA的环优化。所有双突变体(EGFRL858R/L718Q、EGFREx19del/L718Q、EGFRL858R/L792H、EGFREx19del/L792H)的侧链预测都是使用Schrodinger中的Prime侧链预测进行的，采用主链取样，然后使突变残基最小化。这些结构最终是使用MOE44中的“QuickPrep”模块准备的。用Pymol软件显示WT(2ITX)EGFR的突变位置，并与EGFR D770insNPG(4LRM)或EGFR G719S(2ITN)进行比对。
热图生成和组的斯皮尔曼相关性。通过使用R和ComplexHeatmap软件包(RFoundation for Statistical Computing，Vienna，Austria.Complex Heatmap)45绘制每种细胞系和每种药物的中位数log(Mut/WT)值，生成热图和分级聚类。通过Mut/WT比率之间的Euclidean距离来确定分级聚类。对于共生突变，外显子顺序是任意指定的，对于获得性突变，外显子按照临床观察到的突变顺序分配。根据突变对受体构象的预测影响对结构功能组进行指定。通过将每个突变和药物的中位数log(Mut/WT)值与突变所属的基于结构功能的组或基于外显子的组的中位数log(Mut/WT)的平均值进行关联，使用斯皮尔曼ρ来确定突变的相关性。对于每个相关性，测试的突变从平均结构功能组和基于外显子的组中去除。平均ρ值比较采用双侧t检验。
PDX的生成和体内实验。作为MD Anderson癌症中心肺癌登月计划的一部分，患者来源的异种移植物的产生和维持符合良好的动物实践，并经MD Anderson癌症中心机构动物护理和使用委员会(Houston,TX)批准，协议编号为PA140276如前所述46。手术标本用含1％青霉素-链霉素的无血清RPMI冲洗，在切除后两小时内植入5至5周龄NSG小鼠右胁腹。如前所述，通过DNA指纹和qPCR验证肿瘤的EGFR突变46。为了繁殖肿瘤，5周龄至6周龄的雌性NSG小鼠(NOD.Cg-Prkdcscid IL2rgtmWjl/Szj)购自Jax实验室(#005557)。将表达EGFRG719S或L858R/E709K的NSCLC肿瘤的片段植入6周龄至8周龄的雌性NSG小鼠中。肿瘤达到2000mm3后，取肿瘤并重新植入6周龄至8周龄雌性NSG小鼠的右胁腹。每周测量肿瘤三次，当肿瘤体积达到275mm3至325mm3的EGFR G719S模型和150mm3至175mm3的L858R/E709K模型时，随机分为治疗组。治疗组包括载剂对照(0.5％甲基纤维素、0.05％吐温-80的dH2O溶液)、100mg/kg厄洛替尼、20mg/kg阿法替尼、5mg/kg奥西替尼和20mg/kg奥西替尼。在治疗期间，每周测量体重和肿瘤体积三次，小鼠每周接受五天治疗(周一至周五)。如果小鼠体重下降超过10％或总体重下降至20克以下，则给予给药假期。
接受第二代TKI治疗的患者的案例研究。根据MD Anderson机构审查委员会批准的GEMINI研究方案(PA13-0589)，患者表示同意。
阿法替尼治疗的ORR和持续时间的回顾性分析。在不常见的EGFR数据库39中列出了803名患者对阿法替尼的反应和阿法替尼治疗的持续时间。报告了529名患者的客观反应率。患者按基于结构功能的组或基于外显子的组进行分层，通过计算报告为完全反应或部分反应的患者的数量来确定ORR。Fisher精确检验用于确定亚组之间的统计学差异(基于结构或基于外显子)。在不常见的EGFR数据库中提供了746名患者的治疗持续时间。根据基于结构功能的组和基于外显子的组对患者进行分层，使用Kaplan-Meier方法计算中位数DoT。使用GraphPad prism软件和Mantel-Cox Log-Rank方法生成Kaplan-Meier图、风险比和p值的统计差异。当突变没有明确说明时(即19号外显子突变)这些患者被排除在基于结构功能的分析之外，但包括在基于外显子的分析中。
非经典突变患者的PFS回顾性分析。在MD Anderson GEMINI数据库中，有333名NSCLC患者的肿瘤表达了非经典突变。在这些患者中，有81名患者接受了至少一种EGFR酪氨酸激酶抑制剂的治疗，并且没有携带20号外显子环插入突变。从各自的数据库中提取临床参数。之前接受化学治疗剂的患者也包括在内，并计算了第一次接受EGFR TKI的PFS。PFS被定义为从第一次EGFR TKI开始到放射进展或死亡的时间。采用Kaplan-Meier法计算PFS的中位数，Mantel-Cox Log-Rank法计算风险比和p值。
表8.1至表8.4列出了在所述研究中分析的EGFR突变，以及分配的亚组。本公开的EGFR突变可以是但不限于表8.1、表8.2、表8.3或表8.4中列出的突变。
表8.1-经典样EGFR突变列表
经典样突变
A702T
A763insFQEA
A763insLQEA
D761N
E709A L858R
E709K L858R
E746_A750del A647T
E746_A750delL41W
E746_A750del R451H
Ex19del E746_A750del
K754E
L747_E749del A750P
L747_T751del L861Q
L833F
L833v
L858R
L858R A289V
L858R E709V
L858R L833F
L858R P100T
L858R P848L
L858R R108K
L858R R324H
L858R R324L
L858R S784F
L858R S784Y
L858R T725M
L858R V834L
L861Q
L861R
S720P
S784F
S811F
T725M
表8.2-PACC EGFR突变列表
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表8.3 20号外显子环插入EGFR突变列表
表8.4-T790M-样EGFR突变列表
表9-患者特征
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本文所公开和要求保护的所有方法根据本公开可以不需要过多实验即而做出和实现。尽管本公开的组合物和方法已经按照某些实施方案进行了描述，但是对于本领域技术人员明显的是，在不脱离本公开的构思、精神和范围的情况下，可以对本文所描述方法以及所述方法的步骤或步骤的顺序进行改变。更具体地，明显地，化学和生理两方面都相关的特定试剂可以替代本文所描述的试剂，同时会实现相同或相似的结果。所有对本领域技术人员明显的这类相似的替代和改变都被视为在如由所附权利要求限定的本公开的精神、范围和概念内。
参考文献
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Claims (232)

1.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变；以及
(b)将癌症样品分类为：
(i)经典样EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751delL861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858RP848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858R S784F、L858R S784Y、L858RT725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M；
(ii)T790M-样-3S EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790ML718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749delinsMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；
(iii)T790M-样-3R EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19delT790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；
(iv)Exon20ins-NL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；
(v)Exon20ins-FL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR；或
(vi)P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709AG719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719AD761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719AS768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
2.根据权利要求1所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
3.根据权利要求2所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
4.根据权利要求1所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
5.根据权利要求4所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
6.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为经典样EGFR突变型癌症样品，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感。
7.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3S EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第三代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂不敏感。
8.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3R EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂不敏感。
9.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为Exon20ins-NL EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感以及(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。
10.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为Exon20ins-FL EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂和第三代EGFR抑制剂不敏感。
11.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
13.根据权利要求12所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
16.根据权利要求15所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
17.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751delL861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858RP848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858R S784F、L858R S784Y、L858RT725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M；和
(b)将癌症样品分类为经典样EGFR突变型癌症。
18.根据权利要求17所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
19.根据权利要求18所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
20.根据权利要求17至19中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
21.根据权利要求20所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
22.根据权利要求17至21中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
23.根据权利要求17至22中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
24.根据权利要求23所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
25.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790ML718V、Ex19del T790M G724S、G719AT790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749delinsMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；和
(b)将癌症样品分类为T790M-样-3S突变型癌症。
26.根据权利要求25所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
27.根据权利要求26所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
28.根据权利要求25所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
29.根据权利要求28所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。
30.根据权利要求25至29中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
31.根据权利要求30所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
32.根据权利要求25至31中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
33.根据权利要求25至32中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
34.根据权利要求33所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
35.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19delT790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；和
(b)将癌症样品分类为T790M-样-3R EGFR突变型癌症。
36.根据权利要求35所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
37.根据权利要求36所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
38.根据权利要求35至37中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
39.根据权利要求38所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
40.根据权利要求35至39中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
41.根据权利要求35至40中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
42.根据权利要求41所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
43.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；和
(b)将癌症样品分类为20号外显子近环插入EGFR突变型癌症。
44.根据权利要求43所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
45.根据权利要求44所述的方法，其中EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
46.根据权利要求43所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
47.根据权利要求46所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
48.根据权利要求43至47中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
49.根据权利要求48所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
50.根据权利要求43至49中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
51.根据权利要求43至49中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
52.根据权利要求43至51中任一项所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
53.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR；和
(b)将癌症样品分类为20号外显子远环插入EGFR突变型癌症。
54.根据权利要求53所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
55.根据权利要求54所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
56.根据权利要求53至55中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
57.根据权利要求56所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
58.根据权利要求53至57中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
59.根据权利要求53至58中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
60.根据权利要求59所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
61.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710delinsD、E709A、E709AG719A、E709AG719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719AS768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724S Ex19del、G724SL858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858RC797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759delinsN、V769L、V769M或V774M；和
(b)将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症。
62.根据权利要求61所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
63.根据权利要求62所述的方法，其中EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。
64.根据权利要求61所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
65.根据权利要求64所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
66.根据权利要求61至65中任一项所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
67.根据权利要求66所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
68.根据权利要求61至67中任一项所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
69.根据权利要求61至68中任一项所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
70.根据权利要求69所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
71.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有经典样EGFR突变。
72.根据权利要求71所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
73.根据权利要求72所述的方法，其中EGFR抑制剂为厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼、瑞泽替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
74.根据权利要求71至73中任一项所述的方法，其中经典样EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750delA647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749delA750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858RL833F、L858R P100T、L858R P848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858RS784F、L858R S784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M。
75.根据权利要求71至74中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
76.根据权利要求75所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
77.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3S EGFR突变。
78.根据权利要求77所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
79.根据权利要求78所述的方法，其中EGFR抑制剂为奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼或瑞泽替尼。
80.根据权利要求77所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。
81.根据权利要求80所述的方法，其中EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
82.根据权利要求77至81中任一项所述的方法，其中T790M-样-3S EGFR突变为Ex19delT790M、Ex19del T790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773RT790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790MV843I、L858R T790M、S768IT790M或T790M。
83.根据权利要求77至82中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
84.根据权利要求83所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
85.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的酪氨酸激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3R EGFR突变，其中酪氨酸激酶抑制剂不是EGFR抑制剂。
86.根据权利要求85所述的方法，其中酪氨酸激酶抑制剂是PKC抑制剂。
87.根据权利要求86所述的方法，其中PKC抑制剂为鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林、白屈菜红碱、宫部苔草酚C、杨梅树皮苷、棉酚、毛蕊花糖苷、BIM-1、苔藓抑素1或他莫昔芬。
88.根据权利要求85所述的方法，其中酪氨酸激酶抑制剂是ALK抑制剂。
89.根据权利要求88所述的方法，其中ALK抑制剂为AZD3463、布加替尼、克唑替尼、色瑞替尼、阿来替尼、劳拉替尼、恩沙替尼、恩曲替尼、瑞波替尼、贝扎替尼、奥卡替尼、福瑞替尼、CEP-37440、TQ-B3139、PLB1003、TPX-0131或ASP-3026。
90.根据权利要求85至89中任一项所述的方法，其中T790M-样-3R EGFR突变为Ex19delT790M C797S、Ex19del T790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M,L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q。
91.根据权利要求85至90中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
92.根据权利要求91所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
93.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子近环插入EGFR突变。
94.根据权利要求93所述的方法，其中EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
95.根据权利要求94所述的方法，其中EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
96.根据权利要求93所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
97.根据权利要求96所述的方法，其中EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼或瑞泽替尼。
98.根据权利要求93至97中任一项所述的方法，其中20号外显子近环插入EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。
99.根据权利要求93至98中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
100.根据权利要求99所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
101.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子远环插入EGFR突变。
102.根据权利要求101所述的方法，其中EGFR抑制剂是对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
103.根据权利要求102所述的方法，其中EGFR抑制剂为TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
104.根据权利要求101至103中任一项所述的方法，其中20号外显子远环插入EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774 insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775insPR。
105.根据权利要求101至104中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
106.根据权利要求105所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
107.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变。
108.根据权利要求107所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
109.根据权利要求108所述的方法，其中EGFR抑制剂为厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、DZD9008。
110.根据权利要求107所述的方法，其中EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。
111.根据权利要求110所述的方法，其中EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
112.根据权利要求107所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第二代EGFR抑制剂。
113.根据权利要求112所述的方法，其中EGFR抑制剂不是阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
114.根据权利要求107至113中任一项所述的方法，其中P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709A G719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insVS768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719AD761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719SS768I、G724S、G724S Ex19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768IL861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
115.根据权利要求107至114中任一项所述的方法，其中对象患有肺癌。
116.根据权利要求115所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
117.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变；以及
(b)将癌症样品分类为：
(i)经典样EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751delL861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858RP848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858R S784F、L858R S784Y、L858RT725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M；
(ii)T790M-样-3S EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790ML718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749delinsMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；
(iii)T790M-样-3R EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19delT790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；
(iv)Exon20ins-NL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；
(v)Exon20ins-FL EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR；或
(vi)P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709AG719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
118.根据权利要求117所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
119.根据权利要求118所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
120.根据权利要求117所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
121.根据权利要求120所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
122.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为经典样EGFR突变型癌症样品，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感。
123.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3SEGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第三代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂不敏感。
124.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为T790M-样-3REGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂不敏感。
125.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为Exon20ins-NLEGFR突变型癌症样品，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂敏感以及(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。
126.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果癌症样品被分类为Exon20ins-FLEGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为对第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂和第三代EGFR抑制剂不敏感。
127.根据权利要求117所述的方法，其还包括如果将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症，则将癌症样品分类为(i)对第二代EGFR抑制剂敏感；和(ii)对第三代EGFR抑制剂不敏感。
128.根据权利要求117所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
129.根据权利要求128所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
130.根据权利要求117所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
131.根据权利要求117所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
132.根据权利要求131所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
133.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750del L41W、E746_A750del R451H、Ex19del E746_A750del、K754E、L747_E749del A750P、L747_T751delL861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858R P100T、L858RP848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858R S784F、L858R S784Y、L858RT725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M；和
(b)将癌症样品分类为经典样EGFR突变型癌症。
134.根据权利要求133所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
135.根据权利要求134所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
136.根据权利要求133所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
137.根据权利要求136所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
138.根据权利要求133所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
139.根据权利要求133所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
140.根据权利要求139所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
141.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790ML718V、Ex19del T790M G724S、G719AT790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749delinsMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790M V843I、L858R T790M、S768I T790M或T790M；和
(b)将癌症样品分类为T790M-样-3S突变型癌症。
142.根据权利要求141所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
143.根据权利要求142所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
144.根据权利要求141所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
145.根据权利要求144所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。
146.根据权利要求141所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
147.根据权利要求146所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
148.根据权利要求141所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
149.根据权利要求141所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
150.根据权利要求149所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
151.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为Ex19del T790M C797S、Ex19delT790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858R T790M L718Q；和
(b)将癌症样品分类为T790M-样-3R EGFR突变型癌症。
152.根据权利要求151所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
153.根据权利要求152所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
154.根据权利要求151所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
155.根据权利要求154所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
156.根据权利要求151所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
157.根据权利要求151所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
158.根据权利要求157所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
159.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP；和
(b)将癌症样品分类为20号外显子近环插入EGFR突变型癌症。
160.根据权利要求159所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
161.根据权利要求160所述的方法，其中EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
162.根据权利要求159所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
163.根据权利要求162所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
164.根据权利要求159所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
165.根据权利要求164所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
166.根据权利要求159所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
167.根据权利要求159所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
168.根据权利要求159所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
169.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为H773_V774 insNPH、H773_V774insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR；和
(b)将癌症样品分类为20号外显子远环插入EGFR突变型癌症。
170.根据权利要求169所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
171.根据权利要求170所述的方法，其中EGFR抑制剂为第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
172.根据权利要求169所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
173.根据权利要求172所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
174.根据权利要求169所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
175.根据权利要求169所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
176.根据权利要求175所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
177.一种对癌症样品进行分类的方法，所述方法包括：
(a)检测癌症样品中的EGFR突变，其中EGFR突变为A750_I759del insPN、E709_T710delinsD、E709A、E709A G719A、E709AG719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719A D761Y、G719A L861Q、G719A R776C、G719AS768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724S Ex19del、G724SL858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718Q L858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747S V774M、L858RC797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insD S22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768I V774M、T751_I759delinsN、V769L、V769M或V774M；和
(b)将癌症样品分类为P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变型癌症。
178.根据权利要求177所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂敏感。
179.根据权利要求178所述的方法，其中EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。
180.根据权利要求177所述的方法，其还包括将癌症样品分类为对EGFR抑制剂不敏感。
181.根据权利要求180所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
182.根据权利要求177所述的方法，其还包括在(a)之前，从对象获得癌症样品。
183.根据权利要求182所述的方法，其还包括从癌症样品中提取肿瘤DNA。
184.根据权利要求177所述的方法，其中(a)包括对来自癌症样品的肿瘤DNA进行测序。
185.根据权利要求177所述的方法，其中癌症样品为肺癌样品。
186.根据权利要求185所述的方法，其中肺癌样品是非小细胞肺癌样品。
187.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有经典样EGFR突变。
188.根据权利要求187所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂、第三代EGFR抑制剂、或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
189.根据权利要求188所述的方法，其中EGFR抑制剂为厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼、瑞泽替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
190.根据权利要求187所述的方法，其中经典样EGFR突变为A702T、A763insFQEA、A763insLQEA、D761N、E709A L858R、E709K L858R、E746_A750del A647T、E746_A750delL41W、E746 A750del R451H、Ex19del E746 A750del、K754E、L747 E749del A750P、L747_T751del L861Q、L833F、L833V、L858R、L858R A289V、L858R E709V、L858R L833F、L858RP100T、L858R P848L、L858R R108K、L858R R324H、L858R R324L、L858R S784F、L858RS784Y、L858R T725M、L858R V834L、L861Q、L861R、S720P、S784F、S811F或T725M。
191.根据权利要求187所述的方法，其中对象患有肺癌。
192.根据权利要求191所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
193.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3S EGFR突变。
194.根据权利要求193所述的方法，其中EGFR抑制剂为第三代EGFR抑制剂。
195.根据权利要求194所述的方法，其中EGFR抑制剂为奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼或瑞泽替尼。
196.根据权利要求193所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第二代EGFR抑制剂。
197.根据权利要求196所述的方法，其中EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
198.根据权利要求193所述的方法，其中T790M-样-3S EGFR突变为Ex19del T790M、Ex19del T790M L718V、Ex19del T790M G724S、G719A T790M、G719S T790M、H773R T790M、I744_E749del insMKK、L747_K754 delinsATSPE、L858R T790M L792H、L858R T790MV843I、L858R T790M、S768IT790M或T790M。
199.根据权利要求193所述的方法，其中对象患有肺癌。
200.根据权利要求199所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
201.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的酪氨酸激酶抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有T790M-样-3R EGFR突变，其中酪氨酸激酶抑制剂不是EGFR抑制剂。
202.根据权利要求201所述的方法，其中酪氨酸激酶抑制剂是PKC抑制剂。
203.根据权利要求202所述的方法，其中PKC抑制剂为鲁伯斯塔、米哚妥林、索曲妥林、白屈菜红碱、宫部苔草酚C、杨梅树皮苷、棉酚、毛蕊花糖苷、BIM-1、苔藓抑素1或他莫昔芬。
204.根据权利要求201所述的方法，其中酪氨酸激酶抑制剂是ALK抑制剂。
205.根据权利要求204所述的方法，其中ALK抑制剂为AZD3463、布加替尼、克唑替尼、色瑞替尼、阿来替尼、劳拉替尼、恩沙替尼、恩曲替尼、瑞波替尼、贝扎替尼、奥卡替尼、福瑞替尼、CEP-37440、TQ-B3139、PLB1003、TPX-0131或ASP-3026。
206.根据权利要求201所述的方法，其中T790M-样-3R EGFR突变为Ex19del T790MC797S、Ex19del T790M L792H、G724S T790M、L718Q T790M、L858R T790M C797S或L858RT790M L718Q。
207.根据权利要求201所述的方法，其中对象患有肺癌。
208.根据权利要求207所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
209.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子近环插入EGFR突变。
210.根据权利要求209所述的方法，其中EGFR抑制剂是第二代EGFR抑制剂或对与EGFR20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
211.根据权利要求210所述的方法，其中EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
212.根据权利要求209所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第一代EGFR抑制剂或第三代EGFR抑制剂。
213.根据权利要求212所述的方法，其中EGFR抑制剂不是厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、奥西替尼、纳扎替尼、奥莫替尼、罗西替尼、那库替尼、拉泽替尼、WZ4002、阿美替尼、伏美替尼、阿维替尼、艾氟替尼、美乐替尼、阿维替尼、奥伏替尼或瑞泽替尼。
214.根据权利要求209所述的方法，其中20号外显子近环插入EGFR突变为A767_V769dupASV、A767_S768insTLA、S768_D770dupSVD、S768_D770dupSVD L858Q、S768_D770dupSVD R958H、S768_D770dupSVD V769M、V769_D770insASV、V769_D770insGSV、V769_D770insGVV、V769_D770insMASVD、D770_N771insNPG、D770_N771insSVD、D770del insGY、D770_N771 insG、D770_N771 insY H773Y、N771dupN、N771dupN G724S、N771_P772insHH、N771_P772insSVDNR或P772_H773insDNP。
215.根据权利要求209所述的方法，其中对象患有肺癌。
216.根据权利要求215所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
217.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确定具有20号外显子远环插入EGFR突变。
218.根据权利要求217所述的方法，其中EGFR抑制剂是对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
219.根据权利要求218所述的方法，其中EGFR抑制剂为TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)或DZD9008。
220.根据权利要求217所述的方法，其中20号外显子远环插入EGFR突变为H773_V774insNPH、H773_V774 insAH、H773dupH、V774_C775 insHV、V774_C775 insPR。
221.根据权利要求217所述的方法，其中对象患有肺癌。
222.根据权利要求221所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
223.一种治疗对象的癌症的方法，方法包括向对象施用有效量的EGFR抑制剂，所述对象通过分析来自对象的肿瘤DNA而被确具有P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变。
224.根据权利要求223所述的方法，其中EGFR抑制剂是第一代EGFR抑制剂、第二代EGFR抑制剂或对与EGFR 20号外显子相关的突变有特异性的EGFR抑制剂。
225.根据权利要求224所述的方法，其中EGFR抑制剂为厄洛替尼、吉非替尼、AZD3759、沙普替尼、拉帕替尼、妥卡替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189、舒尼替尼、TAS 6417、AZ5104、TAK-788(莫博赛替尼)、DZD9008。
226.根据权利要求223所述的方法，其中EGFR抑制剂为第二代EGFR抑制剂。
227.根据权利要求226所述的方法，其中EGFR抑制剂为阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
228.根据权利要求223所述的方法，其中EGFR抑制剂不是第二代EGFR抑制剂。
229.根据权利要求228所述的方法，其中EGFR抑制剂不是阿法替尼、达克替尼、来那替尼、Tarlox-TKI、他索替尼、BDTX189或舒尼替尼。
230.根据权利要求223所述的方法，其中P-环αC-螺旋压缩的EGFR突变为A750_I759delinsPN、E709_T710del insD、E709A、E709A G719A、E709AG719S、E709K、E709K G719S、E736K、E746_A750del A647T、E746_A750del R675W、E746_T751del insV S768C、Ex19del C797S、Ex19del G796S、Ex19del L792H、Ex19del T854I、G719A、G719AD761Y、G719A L861Q、G719AR776C、G719A S768I、G719C S768I、G719S、G719S L861Q、G719S S768I、G724S、G724SEx19del、G724S L858R、G779F、I740dupIPVAK、K757M L858R、K757R、L718Q、Ex19del、L718QL858R、L718V、L718V L858R、L747_S752del A755D、L747P、L747S、L747S L858R、L747SV774M、L858R C797S、L858R L792H、L858R T854S、N771G、R776C、R776H、E709_T710del insDS22R、S752_I759del V769M、S768I、S768I L858R、S768I L861Q、S768I V769L、S768IV774M、T751_I759 delinsN、V769L、V769M或V774M。
231.根据权利要求223所述的方法，其中对象患有肺癌。
232.根据权利要求231所述的方法，其中对象患有非小细胞肺癌。
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