KR20230096919A - 코로나바이러스감염증-19 예방 또는 치료용 약학적 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 약물 가상 스크리닝 기술을 이용한 약물 재창출 기술로 도출한 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것이다. 본 발명에 따른 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 약물 재창출 기술을 이용하여 이미 약효가 입증된 약물의 다른 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도를 도출한 것으로, 새로운 약물에 비하여 부작용이 현저히 낮고, 빠르게 임상에 적용할 수 있어 유용하다.
Description
본 발명은 코로나바이러스감염증-19 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 약물 가상 스크리닝 기술을 이용한 약물 재창출 기술로 도출한 코로나바이러스감염증-19 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것이다.
코로나바이러스는 외피가 있는 단일가닥의 양성 RNA 바이러스이며 게놈 크기는 25-32kb로 지금까지 알려진 RNA 바이러스 중에서는 비교적 큰 바이러스에 속한다. 외피에 곤봉 모양의 돌기인 스파이크(spike) 단백질이 박혀 있어 화염 또는 왕관 모양의 특이적 구조를 가지고 있으며, 라틴어로 왕관이라는 뜻인 Corona로부터 바이러스 이름이 유래되었다. 1937년 닭에서 처음으로 발견된 후 박쥐, 새, 고양이, 개, 소, 돼지, 쥐 등 다양한 조류와 동물에서 발견된 코로나바이러스는 4개의 그룹(Alpha-, Beta-, Gamma-, Delta- corona virus)으로 나누어진다. 알파와 베타코로나바이러스 그룹은 포유류에 주로 감염되고 감마와 델타코로나바이러스 그룹은 조류에서 찾을 수 있다. 코로나바이러스는 동물들에서 위장병 및 호흡기질환과 같은 다양한 질환을 일으킬 수 있다고 알려져 있다. 사람에게 감염되는 사람 코로나바이러스는 1960대 발견된 HCoV-229E와 HCoV-OC43, 사스 대유행 이후 발견된 HCoV-NL63(2004년)과 HCoV-HKU1(2005년)로 이들은 일반적으로 상기도 감염증과 관계가 있다고 알려져 있으나 면역결핍환자들에게는 심각한 폐질환을 유도하기도 한다. 주로 겨울이나 이른 봄에 코로나바이러스에 대한 감염률이 증가된다고 보고되고 있고, 성인 감기환자 중 코로나바이러스가 원인 병원체인 비율이 상당히 높다고 알려져 있다.
코로나바이러스감염증-19는 2019년 12월 중국 우한시에서 발생한 바이러스성 호흡기 질환이다. '우한 폐렴', '신종코로나바이러스감염증', '코로나19'라고도 한다. 신종 코로나바이러스에 의한 유행성 질환으로 호흡기를 통해 감염되며, 증상이 거의 없는 감염 초기에 전염성이 강한 특징을 보인다. 감염 후에는 인후통, 고열, 기침, 호흡곤란 등의 증상을 거쳐 폐렴으로 발전한다. 2020년 3월 전세계로 확산되자, 세계보건기구는 이 질환에 대해 팬데믹을 선언했다.
코로나바이러스감염증-19(Covid-19)는 주로 호흡기로 전염된다. 감염되었을 경우 바이러스는 폐를 침범하며, 고열과 기침, 호흡곤란 등의 증상이 발생하고 폐렴과 유사한 증상을 보인 끝에 심한 경우 폐포가 손상되어 호흡 부전으로 사망에 이르기도 한다. 잠복기는 3~7일이지만 최장 14일까지 이어지기도 한다. 2020년 1월 30일 중국에서는 잠복기가 23일까지 늘어난 사례가 있다고 발표했다. 코로나바이러스감염증-19는 증상이 나타나지 않는 잠복기 중에도 전염되는 사례가 있다고 보고되었다.
제2형 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)는 코로나바이러스감염증-19 유행의 원인인 바이러스이다. 해당 바이러스의 인간 대 인간 전염은 학계에서 확인되었고[4], 이 코로나바이러스는 특히 2m 반경 내 기침이나 콧물에서 온 호흡기 비말에 대한 밀접 접촉을 통해 주로 전파된다(https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/about/transmission.html). 오염된 표면이나 물건 접촉 후 눈, 코, 입을 만지는 것도 해당 감염증에 걸릴 수 있는 다른 원인이다. 이 바이러스의 RNA는 감염된 환자의 대변 검사 표본에서도 발견되었다(ML. Holshue et al., N Engl J Med. Vol. 382, pp. 929-936, 2020.).
SARS-CoV-2의 세포로의 진입은 바이러스 외피에 있고, 외관상으로 '코로나'와 같이 외부로 돌출 된 1273개 아미노산으로 구성된 스파이크 (S) 바이러스 단백질이 안지오텐신 전환 효소 2 (ACE2) 수용체와 결합하여 이루어진다. ACE2는 3 가지 코로나 바이러스 균주인 SARS-CoV, NL63 및 SARSCoV-2의 세포 진입을 매개하며, 특히, SARS-CoV 및 SARS-CoV2는 아미노산 서열에서 76 % 동일성을 공유함으로써, ACE2와의 결합에 대한 이들 바이러스의 경향을 설명한다. 바이러스 진입 과정의 첫 번째 단계는 바이러스 단백질 단위 S1의 N- 말단 부분이 ACE2 수용체의 포켓에 결합하는 것이다. 바이러스 진입에 가장 중요한 것으로 여겨지는 두 번째 단계는 S1과 S2 단위 사이의 단백질 절단으로, Hepsin / TMPRSS 서브 패밀리의 구성원인 수용체 막횡 단백질 세린 2(TMPRSS2)에 의해 매개되는 것으로 알려져 있다(Polo V. et al., European Journal of Internal Medicine, 2020).
한편, 약물 재창출은 이미 시판 중이거나 임상 단계에서 안정성 이외의 이유로 실패한 약물을 대상으로 새로운 적응증을 규명하는 신약 개발 전략 중의 하나이다. 약물 재창출은 동일한 약물 타겟을 통해 새로운 적응증에 효과를 확인하거나, 신규 약물 타겟을 찾아내 새로운 적응증에 효과가 있음을 입증하는 것이다. 약물 재창출은 약물 후보물질 발굴에 소요되는 비용과 시간을 획기적으로 줄일 수 있고, 이미 임상적으로 안전성이 확보된 후보 물질을 대상으로 하기 때문에 약물의 안전성 문제로 임상 중간 단계에서 실패하는 문제를 해결할 수 있는 장점이 있다.
약물 가상 스크리닝 기술은 실제 화합물 라이브러리 제조에 앞서서 약효가 있을 것으로 예상되는 활성 화합물로 구성된 화합물 라이브러리를 컴퓨터를 통하여 신속하게 제작하는 것을 목표로 한다. 약물 가상 스크리닝은 리간드 기반, 약물작용발생단 (pharmacophore) 기반, 단백질 구조 기반 스크리닝과 같이 다양한 전략을 보통 순차적으로 적용하여 수행된다. 리간드 기반의 스크리닝은 약물 타겟에 이미 알려진 활성 화합물의 구조를 레퍼런스로 하여 화합물의 2차원 또는 3차원 구조 유사도가 높은 화합물을 데이터베이스에서 탐색한다. 약물작용발생단 기반의 스크리닝 방식은 약리 작용을 나타내는 분자의 특정 작용기들의 3차원 배열 정보가 유사한 화합물을 스크리닝 하는 방식이다. 단백질 구조 기반의 스크리닝은 약물 타겟에 대한 화합물의 친화력을 도킹 시뮬레이션을 통해 계산하여 후보 물질을 평가하는 방식이다. 이 과정에서 에너지를 계산하는 평가 함수는 force-field based, empirical, knowledge-based, consensus scoring 방식 등이 활용될 수 있다.
약물 가상 스크리닝을 이용한 약물 재창출 방법은 적은 비용으로 최대한의 효과를 낼 수 있는 효율적인 신약개발 방법 중 하나이며, 바이러스 대유행과 같은 긴급한 상황에서 신속하게 약물 후보 물질을 도출하는데 최적의 기술로 평가되고 있다.
코로나바이러스감염증-19는 2021년 4월 기준으로 전 세계에서 1억 4천만명이 넘는 확진자와, 300만명 이상의 사망자가 발생하며, 인류 건강에 치명적인 위협을 가하는 상황이다. 그러나 아직까지 뚜렷한 항바이러스 효과가 입증된 치료제 및 백신이 개발되지 않은 실정이다. 현재 칼레트라, 클로로퀸, 시클레소니드, 나파모스타트, 레보비르, 렘데시비르등의 약물이 약물 재창출 기술을 통해 코로나바이러스감염증-19 치료 용도로 임상 시험 중이다.
칼레트라는 로피나비르/리토나비르(Lpinavir/ritonavir, LPV/r)의 상표명으로서, 에이즈 치료제로서 HIV 바이러스의 복제를 막는 단백질 분해효소 억제제로 알려져 있다(https://www.drugs.com/monograph/lopinavir-and-ritonavir.html).
클로로퀸은 말라리아의 영향력이 있는 지역에서 말라리아 예방 및 치료에 사용되는 약물로서, 특정한 종류의 말라리아, 내성균, 복합적인 케이스들은 보통 다른 약물이나 추가 약물과 함께 사용하며, 창자 밖에서 발생하는 아메바성 감염, 류머티스 관절염, 루푸스병에도 간헐적으로 사용되는 것으로 알려져 있다(http://www.drugs.com/monograph/aralen-phosphate.html).
시클레소니드는 천식 및 알레르기성 비염을 치료하는데 사용되는 글루코코르티코이드로 알려져 있으며, 두통, 비강출혈 및 비강내 감염 등의 부작용이 있는 것으로 알려져 있다(Mutch E et al., Biochemical Pharmacology, Vo.73(10), pp.1657-64, 2007.).
나파모스타트는 세린 프로테아제 저해제로서 short-acting 항응고제, 항바이러스제 및 항암제로서의 기능이 알려져 있으며, 피브리노겐이 피브린으로 분해되는 것을 저해하는데 사용되며, 댕기열에서 혈구가 파괴되는 것을 방지하는 것으로 알려져 있다(Chen X et al., Front Oncol. Vol. 9, pp.852, 2019).
레보비르는 활동성 바이러스의 복제가 확인되고, 혈청 아미노전이효소의 상승이 확인된 만성 B형간염 바이러스 감염증 환자의 바이러스 증식 억제용 항바이러스제인 것으로 알려져 있다(http://www.health.kr/searchDrug/result_drug.asp?drug_cd=A11AOOOOO9960).
렘데시비르는 특정 뉴클레오티드 유사체 프로드러그로 만들어진 항바이러스제이다. 원래는 길리어드 사이언스 사가 에볼라 출혈열과 마버그 바이러스 치료를 위한 약품으로 개발했으나, 이후 여러 실험에서 단일 가닥 RNA 바이러스인 호흡기 세포융합 바이러스, 후닌바이러스, 라사열바이러스, 헤니파바이러스, 코로나바이러스(MERS 및 SARS 바이러스 포함)의 항바이러스 효과를 발휘하는 것으로 알려졌다(Michael K. Lo et al., Scientific reports, Vol. 7, pp.43395, 2017).
이에, 본 발명자들은 상기 문제점들을 해결하고, 코로나바이러스감염증-19를 치료하기 위한 약물을 개발하기 위해 예의 노력한 결과, 약물 가상 스크리닝을 이용한 약물 재창출을 통해 사스-코로나바이러스-2(SARS-CoV-2)의 Mpro 또는 RdRP와 결합하여 각각의 기능을 저해하는 치료제 후보물질을 도출하였다. 도출된 치료제 후보물질을 영장류 세포(Vero) 및 인간 폐세포인 Calu-3에 SARS-CoV-2 바이러스와 함께 처리하여, 낮은 IC50값에서 뛰어난 항 SARS-CoV-2 효과를 나타내는 치료제 물질을 도출하였다. 나아가, 도출된 약물의 시너지 효과를 검증하여, 뛰어난 시너지효과를 나타내는 약물 조합 및 농도를 확인하고 본 발명을 완성하였다.
본 배경기술 부분에 기재된 상기 정보는 오직 본 발명의 배경에 대한 이해를 향상시키기 위한 것이며, 이에 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가지는 자에게 있어 이미 알려진 선행기술을 형성하는 정보를 포함하지 않을 수 있다.
본 발명의 목적은 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 이용한 코로나바이러스감염증-19를 치료하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물의 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도에 관한 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 SARS-CoV-2의 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물을 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.
본 발명은 또한, Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물을 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
본 발명은 또한, 환자에게 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물을 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 치료방법을 제공한다.
본 발명은 또한, Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물을 병용 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료 방법을 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 조성물의 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도를 제공한다.
본 발명은 또한, 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약제 제조를 위한 상기 조성물의 사용을 제공한다.
본 발명에 따른 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약학적 조성물은 약물 재창출 기술을 이용하여 이미 약효가 입증된 약물의 다른 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도를 도출한 것으로, 새로운 약물에 비하여 부작용이 현저히 낮고, 빠르게 임상에 적용할 수 있어 유용하다.
도 1은 본 발명에서 사용되는 약물 가상 스크리닝 절차를 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 Mpro의 구조를 나타낸 것이다.
도 3은 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 RdRp의 구조를 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 RdRp에 결합할 것으로 예측된 약물 후보 물질의 결합 양상을 나타낸 것이다.
도 5는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 Mpro에 결합할 것으로 예측된 약물 후보 물질의 결합 양상을 나타낸 것이다.
도 6은 본 발명에서 사용되는 약물의 항바이러스 효과를 비교하기 위해 사용된 레퍼런스 약물 3종 (chloroquine, lopinavir, Remdesivir)의 용량반응곡선(dose-response curve)을 나타낸 것이다.
도 7의 (A)는 본 발명에서 사용되는 약물의 항바이러스 효과 실험 과정을 나타낸 것이고, (B)는 각 약물의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이며, (C)는 Vero 세포에서의 단일 약물 각각의 용량반응곡선을 나타낸 것이다.
도 8은 Calu-3 세포에서의 단일 약물(Omipalisib, Tipifarnib, Blonanserin, Hypericin, LGH-447, NS-3728 및 Emodin) 각각의 용량반응곡선을 나타낸 것이다.
도 9는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 10은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 11은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 12는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 13은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 14는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 15는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 16은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 17은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 18은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 19는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 20은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 21은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 22는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 23은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 24는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 25는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 26은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 27은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 28은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 29는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 30은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 31은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 32는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 33은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 34는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 35는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 36은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 37은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 38은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 39는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 40은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 41은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 42는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 43은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 44는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 45는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 46은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 47은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 48은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 49는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 50은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 51은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 52는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 53은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 54는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 55는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 56은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 57은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 58은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 Mpro의 구조를 나타낸 것이다.
도 3은 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 RdRp의 구조를 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 RdRp에 결합할 것으로 예측된 약물 후보 물질의 결합 양상을 나타낸 것이다.
도 5는 본 발명에서 사용되는 약물 타겟인 Mpro에 결합할 것으로 예측된 약물 후보 물질의 결합 양상을 나타낸 것이다.
도 6은 본 발명에서 사용되는 약물의 항바이러스 효과를 비교하기 위해 사용된 레퍼런스 약물 3종 (chloroquine, lopinavir, Remdesivir)의 용량반응곡선(dose-response curve)을 나타낸 것이다.
도 7의 (A)는 본 발명에서 사용되는 약물의 항바이러스 효과 실험 과정을 나타낸 것이고, (B)는 각 약물의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이며, (C)는 Vero 세포에서의 단일 약물 각각의 용량반응곡선을 나타낸 것이다.
도 8은 Calu-3 세포에서의 단일 약물(Omipalisib, Tipifarnib, Blonanserin, Hypericin, LGH-447, NS-3728 및 Emodin) 각각의 용량반응곡선을 나타낸 것이다.
도 9는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 10은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 11은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 12는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 13은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Blonanserin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 14는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 15는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 16은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 17은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 18은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Emodin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 19는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 20은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 21은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 22는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 23은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 24는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 25는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 26은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 27은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 28은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Tipifarnib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 29는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 30은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 31은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 32는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 33은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, emdoin)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 34는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 35는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 36은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 37은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 38은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 39는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 40은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 41은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 42는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 43은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Blonanserin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 44는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 45는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 46은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 47은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 48은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Omipalisib)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 49는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 50은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 51은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 52는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 53은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Emodin, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 54는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 용량에 따른 항바이러스 효과를 나타낸 것이다. 좌측은 각각 단일 약물의 용량-반응 곡선(dose-response curve)이며, 우측은 각 단일약물의 용량에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)이다.
도 55는 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Loewe additivity 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 56은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Bliss independence 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 57은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
도 58은 본 발명에서 사용되는 조합약물 (Omipalisib, Remdesivir)의 항바이러스 약물 시너지 효과를 Highest Single Agent (HSA) 모델 기반으로 나타낸 것이다.
다른 식으로 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 숙련된 전문가에 의해서 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로 본 명세서에서 사용된 명명법 및 이하에 기술하는 실험 방법은 본 기술 분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.
본 발명에서는, 기존에 승인 되었거나, 임상시험이 진행 중인 약물의 구조를 데이터베이스화하여 다양한 기준으로 SARS-CoV-2의 특정 타겟 단백질과의 결합 여부를 분석함으로써, SARS-CoV-2에 대해 높은 항바이러스 효과를 나타내는 약물을 도출함으로써, 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 약물을 확인하였다.
코로나바이러스는 지속적으로 변이형이 발견되고 있으며, 변이에 따른 약물의 저항성 문제가 발생할 우려도 있다. 따라서 본 발명자들은 바이러스 복제에 핵심적인 역할을 함과 동시에 다른 코로나계열 바이러스(SARS-CoV, MERS-CoV)와 비교하여 서열이 보존적인 효소 두 가지 (Mpro, RdRp)를 치료에 적합한 약물 타겟으로 정하였다 (Zhou, P. et al. Nature, (2020) 579(7798), 270-273.).
즉, 본 발명의 일 실시예에서는, 다양한 데이터베이스에서 수집한 6,218개의 화합물과 SARS-CoV-2의 단백질인 Mpro와 RdRp가 결합하는 3차원 구조물(1,865,400)의 리간드 모양을 비교하여 일정 유사도 이상을 가지는 화합물을 선별하고, 도킹 에너지, 상호작용 패턴의 유사도 등을 기준으로 약물 후보군을 스크리닝 하였다.
그 뒤, 선별한 후보군을 각각 SARS-CoV-2에 감염된 세포에 처리하여 항바이러스 효과를 나타내는 화합물을 최종 코로나바이러스감염증-19 치료제로서 선별하였다(도 1). 또한, 최종 선별된 코로나바이러스감염증-19 치료제의 조합의 병용 투여에 대해 각 약물의 용량에 따른 항 바이러스 효과 또는 약물 조합의 항 바이러스 효과를 확인하였다.
따라서, 본 발명은 일관점에서, SARS-CoV-2의 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물을 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것으로,
상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 Alobresib, CE-326597, Blonanserin 및 Emodin으로 구성된 군에서 선택되고,
상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 Hypericin, Omipalisib, LGH-447, NS-3728, Tipifarnib, Valopicitabine, Elsamitrucin, NRC-AN-019, Denufosol 및 Isatoribine로 구성된 군에서 선택되는, 약학적 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 용어 “Mpro”는 단백질분해효소 (protease)로써, 바이러스의 폴리펩타이드를 분해하여 바이러스를 구성하는 단백질과 복제에 필수적인 단백질들을 생성하는 역할을 한다 (Jin, Z. et al. Nature, (2020) 1-5.). 본 발명에서는 Mpro의 활성자리 (active site)의 저해제는 바이러스 증식에 필수적인 단백질들의 합성을 억제시킬 수 있어, 항바이러스 효과를 나타낼 수 있다. 본 발명의 용어 “RdRp”는 RNA 복제효소 (RNA replicase)로써, 바이러스의 RNA 복제에 직접적인 역할을 하는 효소이다. RdRp를 저해하는 대표적인 약물이 remdesivir이며, 작용기전이 단백질 3차원 구조로 규명되었다 (Yin, W. et al. Science (2020).). 본 발명에서는 RdRp의 활성자리 저해제는 바이러스 복제 과정을 억제하여 항바이러스 효과를 나타낼 수 있다.
본 발명에 있어서, SARS-CoV-2의 Mpro 또는 RdRP에 결합하는 화합물의 예는 실시예의 표 7에 도시된 것과 같으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 Mpro에 -7.0 kcal/mol 이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있으며, 더욱 바람직하게는 -7.5 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 SARS-CoV-2의 Mpro 단백질에 특이적으로 결합하여 단백질의 합성을 저해하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 RdRP에 -6.4 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있으며, 더욱 바람직하게는 -6.7 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 SARS-CoV-2의 RdRP 단백질에 특이적으로 결합하여 바이러스의 복제를 저해하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 바람직하게는 Blonanserin 또는 Emodin, 더욱 바람직하게는 Emodin인 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 바람직하게는 Hypericin, Omipalisib, LGH-447, NS-3728, 및 Tipifarnib으로 구성된 군에서 선택되는 것 더욱 바람직하게는 Omipalisib, 또는 Tipifarnib인 것을 특징으로 할 수 있다.
한편, 본 발명의 다른 실시예에서는 최종 선별된 단일 후보 약물(Blonanserin, Emodin, Omipalisib 및 Tipifarnib) 및 임상승인된 코로나 치료제인 Remdesivir를 임의로 조합하여 세포주에 주입한 뒤, 각 약물의 용량에 따른 항 바이러스 효과 또는 약물 조합의 항 바이러스 효과를 확인하였다. 확인된 후보 약물 조합의 농도-반응 매트릭스 및 4가지 시너지 평가 모델에 기반하여(1. Loewe additivity 모델; 2. Bliss independence 모델, 3) Zero Interaction Potency (ZIP) 모델, 4) Highest Single Agent (HSA) 모델) 시너지 효과를 평가하였으며, 높은 시너지 효과를 나타내는 최적의 화합물의 조합 및 농도를 도출하였다. 특히, Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir 중 임의의 두 개의 화합물을 조합하는 10가지의 경우에, CoVid-19의 예방 또는 치료에 대해 단독 사용에 의한 기대효과의 10% 내지 80%의 뛰어난 시너지 효과를 나타내었다. (도 7 내지 도 54).
따라서, 본 발명은 다른 관점에서, Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물을 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것이다.
본 발명에 있어서, 바람직하게는 상기 Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 두 개의 화합물을 포함하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (1) 상기 조성물이 Tipifarnib 및 Blonanserin의 조합을 포함하는 경우, 상기 Tipifarnib은 2.75 내지 11 μM의 농도로 포함되며, 상기 Blonanserin은 1.50 내지 47.87μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (2) 상기 조성물이 Tipifarnib
및 Emodin의 조합을 포함하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Emodin은 1.97 내지 31.45μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (3) 상기 조성물이 Tipifarnib 및 Omipalisib의 조합을 포함하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Omipalisib은 0 초과 0.25이하 μM의 농도로 포함되거나, 상기 Tipifarnib은 1.38 내지 11 μM의 농도로 포함되고, 상기 Omipalisib은 0 초과 0.25이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (4) 상기 조성물이 Tipifarnib
및 Remdesivir의 조합을 포함하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Remdesivir는 0초과 20.18이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (5) 상기 조성물이 Blonanserin 및 Emodin의 조합을 포함하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 5.98이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Emodin은 7.86 내지 62.9μM의 농도로 포함되거나, 상기 Blonanserin은 5.98 내지 47.87 μM의 농도로 포함되고, 상기 Emodin은 0초과 62.9이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (6) 상기 조성물이 Blonanserin 및 Omipalisib의 조합을 포함하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 47.87이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Omipalisib은 0.49 내지 1.97μM의 농도로 포함되거나, 상기 Blonanserin은 1.5 내지 47.87 μM의 농도로 포함되고, 상기 Omipalisib은 0초과 0.49이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (7) 상기 조성물이 Blonanserin 및 Remdesivir의 조합을 포함하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 1.5이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 포함되거나, 상기 Blonanserin은 5.0 내지 40 μM의 농도로 포함되고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (8) 상기 조성물이 Emodin 및 Omipalisib의 조합을 포함하는 경우, 상기 Emodin은 0초과 125.81이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Omipalisib은 0초과 1.97이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (9) 상기 조성물이 Emodin 및 Remdesivir의 조합을 포함하는 경우, 상기 Emodin은 0초과 125.81이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, (10) 상기 조성물이 Omipalisib 및 Remdesivir를 포함하는 경우, 상기 Omipalisib은 0초과 1.97이하 μM의 농도로 포함되고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 포함되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 약학 조성물은 바람직하게는 영장류의 치료용도로 사용되는 경우, 상기 10개의 조합을 포함하는 것을 특징으로 할 수 있으며, 보다 바람직하게는 i) Remdesivir 및 Tipifarnib, ii) Omipalisib 및 Emodin, iii) Remdesivir 및 Emodin, iv) Remdesivir 및 Omipalisib, v) Omipalisib 및 Tipifarnib, 또는 vi) Omipalisib 및 Blonanserin의 조합으로 포함하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 약학 조성물은 더욱 바람직하게는 사람의 치료용도로 사용되는 경우, Remdesivir, Tipifarnib, Omipalisib 및 Emodin으로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물, 바람직하게는 상기 군에서 선택되는 두 개의 화합물을 포함하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 따른 조성물은 특히 코로나바이러스감염증-19(CoVid-19)를 치료하는데 사용하는 것이 의도된다.
본 발명에서 용어 "코로나바이러스감염증-19"는 인간 또는 동물 유기체가 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2)에 의해 감염되는 세포를 가짐을 의미한다. 감염은 특히 호흡기 샘플로부터 검출 및/또는 바이러스 적정을 수행하거나, 혈액-순환 SARS-CoV-2 특이적 항체를 검정함으로써 확립될 수 있다. 이러한 특정 바이러스에 의해 감염된 개체에서의 검출은 당업자에 익히 공지된, 특히 분자 생물학의 통상적인 진단 방법 (PCR) 에 의해 이루어진다.
본 발명의 용어 "예방" 및 "치료"는 최광의의 개념으로 해석되어야 하며, "예방"이란, 질환에 노출되거나 질환에 걸리기 쉬울 수 있으나 질환의 증상을 아직 경험하거나 드러내지 아니한 환자에게서 질환의 임상적 증상 중 하나 이상이 진행되지 아니하도록 하는 것을 의미한다. "치료"란, 질환 또는 이의 하나 이상의 임상적 증상의 발달을 저지 또는 감소시키는 모든 행위를 의미한다.
본 발명에서 용어 "치료"는 인간 또는 동물 유기체에서 SARS-CoV-2 감염과 싸우는 것을 의미한다. 본 발명에 따른 적어도 하나의 조성물의 투여에 의해, 유기체에서의 바이러스 감염률 (감염 역가) 은 감소할 것이고, 바람직하게는 바이러스는 유기체로부터 완전히 사라질 수 있다. 본 발명에서 용어 "치료" 는 또한 바이러스 감염과 연관된 증상 (호흡기 증후군, 신부전, 열)을 약화시키는 것을 의미한다.
본 발명의 상기 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 조성물은 약학적으로 허용 가능한 담체를 추가로 포함할 수 있으며, 담체와 함께 제제화될 수 있다.
본 발명에서 용어, "약학적으로 허용 가능한 담체"란 생물체를 자극하지 않고 투여 화합물의 생물학적 활성 및 특성을 저해하지 않는 담체 또는 희석제를 말한다. 액상 용액으로 제제화되는 조성물에 있어서 허용되는 약제학적 담체로는, 멸균 및 생체에 적합한 것으로서, 식염수, 멸균수, 링거액, 완충 식염수, 알부민 주사용액, 덱스트로즈 용액, 말토 덱스트린 용액, 글리세롤, 에탄올 및 이들 성분 중 1 성분 이상을 혼합하여 사용할 수 있으며, 필요에 따라 항산화제, 완충액, 정균제 등 다른 통상의 첨가제를 첨가할 수 있다. 또한 희석제, 분산제, 계면활성제, 결합제 및 윤활제를 부가적으로 첨가하여 수용액, 현탁액, 유탁액 등과 같은 주사용 제형, 환약, 캡슐, 과립 또는 정제로 제제화할 수 있다.
본 발명의 상기 화합물 및 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 조성물은 이를 유효성분으로 포함하는 어떠한 제형으로도 적용가능하며, 경구용 또는 비경구용 제형으로 제조할 수 있다. 본 발명의 약학적 제형은 흡입 (inhalation), 구강(oral), 직장(rectal), 비강(nasal), 국소(topical; 볼 및 혀 밑을 포함), 피하, 질(vaginal) 또는 비경구(parenteral; 근육내, 피하 및 정맥내를 포함) 투여에 적당한 것 또는 주입(insufflation)에 의한 투여에 적당한 형태를 포함한다.
본 발명의 조성물을 유효성분으로 포함하는 경구 투여용 제형으로는, 예를 들어 정제, 트로키제, 로렌지, 수용성 또는 유성현탁액, 조제분말 또는 과립, 에멀젼, 하드 또는 소프트 캡슐, 시럽 또는 엘릭시르제로 제제화할 수 있다. 정제 및 캡슐 등의 제형으로 제제화하기 위해, 락토오스, 사카로오스, 솔비톨, 만니톨, 전분, 아밀로펙틴, 셀룰로오스 또는 젤라틴과 같은 결합제, 디칼슘 포스페이트와 같은 부형제, 옥수수 전분 또는 고구마 전분과 같은 붕괴제, 스테아르산 마스네슘, 스테아르산 칼슘, 스테아릴푸마르산 나트륨 또는 폴리에틸렌글리콜 왁스와 같은 윤활유를 포함할 수 있으며, 캡슐제형의 경우 상기 언급한 물질 외에도 지방유와 같은 액체 담체를 더 함유할 수 있다.
본 발명의 조성물을 유효성분으로 포함하는 비경구 투여용 제형으로는, 피하주사, 정맥주사 또는 근육내 주사 등의 주사용 형태, 좌제 주입방식 또는 호흡기를 통하여 흡입이 가능하도록 하는 에어로졸제 등 스프레이용으로 제제화할 수 있다. 주사용 제형으로 제제화하기 위해서는 본 발명의 조성물을 안정제 또는 완충제와 함께 물에서 혼합하여 용액 또는 현탁액으로 제조하고, 이를 앰플 또는 바이알의 단위 투여용으로 제제화할 수 있다. 좌제로 주입하기 위해서는, 코코아버터 또는 다른 글리세라이드 등 통상의 좌약 베이스를 포함하는 좌약 또는 관장제와 같은 직장투여용 조성물로 제제화할 수 있다. 에어로졸제 등의 스프레이용으로 제형화하는 경우, 수분산된 농축물 또는 습윤 분말이 분산되도록 추진제 등이 첨가제와 함께 배합될 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 용어, "투여"는 어떠한 적절한 방법으로 환자에게 본 발명의 약학적 조성물을 도입하는 것을 의미한다. 본 발명의 조성물의 투여 경로는 목적 조직에 도달할 수 있는 한 경구 또는 비경구의 다양한 경로를 통하여 투여될 수 있으며, 구체적으로, 흡입 (inhalation), 구강, 직장, 국소, 정맥내, 복강내, 근육내, 동맥내, 경피, 비측내, 안구 내 또는 피내경로를 통해 통상적인 방식으로 투여될 수 있다.
본 발명의 치료방법은 본 발명의 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 조성물을 약학적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. 적합한 총 1일 사용량은 올바른 의학적 판단범위 내에서 처치의에 의해 결정될 수 있다는 것은 당업자에게 자명한 일이다. 특정 환자에 대한 구체적인 치료적 유효량은 달성하고자 하는 반응의 종류와 정도, 경우에 따라 다른 제제가 사용되는지의 여부를 비롯한 구체적 조성물, 환자의 연령, 체중, 일반 건강 상태, 성별 및 식이, 투여 시간, 투여 경로 및 조성물의 분비율, 치료기간, 구체적 조성물과 함께 사용되거나 동시 사용되는 약물을 비롯한 다양한 인자와 의약 분야에 잘 알려진 유사 인자에 따라 다르게 적용하는 것이 바람직하다. 따라서 본 발명의 목적에 적합한 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 조성물의 유효량은 전술한 사항을 고려하여 결정하는 것이 바람직하다.
또한, 본 발명의 치료 방법은 코로나바이러스감염증-19가 발생할 수 있는 임의의 동물에 적용가능하며, 동물은 인간 및 영장류뿐만 아니라, 소, 돼지, 양, 말, 개 및 고양이 등의 가축을 포함한다.
본 발명에 따른 사용을 위한 조성물은 상기 화합물을 포함하고, 이는 또한 적합한 약학적으로 허용되는 담체 이외에 다른 활성 화합물을 포함할 수 있음이 자명하다. 이는 이러한 화합물의 활성을 개선될 수 있게 하는 화합물, 또는 심지어 특정 활성으로 공지된 기타 활성제일 수 있다. 이러한 추가 활성 화합물은, 출원 WO 2015/157223 에 언급된 작용제의 약학적 부류, 즉 항균제, 항기생충제, 신경전달 억제제, 에스트로겐 수용체 억제제, DNA 합성 및 복제 억제제, 단백질 성숙 억제제, 키나아제 경로 억제제, 세포골격 억제제, 지질 대사 억제제, 항염증제, 이온 채널 억제제, 세포자멸사 억제제 및 카텝신 억제제로부터 선택될 수 있다. 이러한 활성 화합물은 특히 항균제, 이온 채널 억제제, 면역 억제제 및 항바이러스제로부터 선택될 수 있다. 항바이러스제로서, 아시클로비르가 특히 언급될 수 있다.
본 발명의 약학적 조성물은, 상기 화합물 이외에, 적어도 또다른 항바이러스제를 포함할 수 있다. 상기 항바이러스제는 항바이러스 작용을 갖는데 필요한 투약량으로 사용될 것이며, 이러한 투약량은 "유효"한 것으로 나타내어지고, 이러한 투약량은 당업자에 의해 쉽게 결정될 수 있음이 이해된다. 본 발명의 목적을 위해, 항바이러스제는 관련된 바이러스 감염의 억제 및/또는 감속 및/또는 예방에 의하여, 바이러스에 작용하는 화합물을 나타낸다.
항바이러스제는 이의 작용 방식에 따라 상이한 카테고리로 분류된다. 이는 특히 하기를 포함한다:
- DNA 또는 RNA 합성을 방해 또는 중단시키는 뉴클레오티드 유사체; 및 DNA 또는 RNA 합성에 관여하는 효소의 억제제 (헬리카아제, 레플리카아제);
- 이의 복제 사이클 동안 바이러스 성숙 단계를 억제하는 화합물;
- 세포막 결합 또는 숙주 세포에서의 바이러스 진입을 방해하는 화합물 (융합 또는 진입 억제제);
- 바이러스가 이의 진입 이후 숙주 세포 내에서 발현되는 것을, 세포 내에서의 이의 분해를 차단함으로써, 방지하는 작용제;
- 다른 세포로의 바이러스 전파를 제한하는 작용제.
표적 세포에서의 프로테아제 억제제, 헬리카아제 억제제 및 SARS-CoV-2 바이러스 세포 진입 억제제와 같은 RNA 바이러스와 싸우도록 의도된, 당업자에 익히 공지된 항바이러스제가 특히 언급될 수 있다.
당업자에 익히 공지된 항바이러스제 중에서, 더욱 정확하게는 리바비린, 넓은 항바이러스 스펙트럼을 갖는 구아노신 뉴클레오시드 유사체; 및 숙주 세포에서 바이러스 복제를 억제함으로써 작용하는 인터페론이 언급될 수 있다.
본 발명의 약학적 조성물이 다른 항바이러스제를 포함하는 경우, 상기 다른 항바이러스제는 하기 화합물: 리바비린, 인터페론 또는 이들 둘 모두의 조합으로부터 선택되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명의 목적을 위해, "인터페론" 으로써, 이는 면역 시스템의 세포에 의해 분비되는, 당 단백질인 인터페론 계열에 속하는 화합물을 의미한다.
인터페론은 약 15 000 내지 21 000 달톤의 분자량을 갖는 작은 단백질 분자의 계열이다. 하기 3 개의 주요 인터페론 부류가 식별되었다: 알파, 베타 및 감마. 이러한 3 개의 주요 부류는 그 자체가 상동하지는 않으며, 여러 상이한 인터페론 분자 종을 모을 수 있다. 14 개 초과의 유전적으로 상이한 인간 알파 인터페론이 식별되었다.
본 발명에 따른 약학적 조성물에서, 사용되는 인터페론은 실험실에서 합성되는 재조합 폴리펩티드일 것임이 이해된다.
특히, 사용되는 인터페론은, 생체내 (in vivo) 및 시험관내 (in vitro) 바이러스 복제에 대한 효율이 입증된 재조합 인터페론 알파-2b 일 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료 방법에 관한 것이다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 환자에게 SARS-CoV-2의 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물을 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료방법에 관한 것이다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 Mpro에 -7.0 kcal/mol 이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있으며, 더욱 바람직하게는 -7.5 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 SARS-CoV-2의 Mpro 단백질에 특이적으로 결합하여 단백질의 합성을 저해하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 RdRP에 -6.4 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있으며, 더욱 바람직하게는 -6.7 kcal/mol이하의 결합 에너지(docking energy)를 갖는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 SARS-CoV-2의 RdRP 단백질에 특이적으로 결합하여 바이러스의 복제를 저해하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 Alobresib, CE-326597, Blonanserin 및 Emodin으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 Hypericin, Omipalisib, LGH-447, NS-3728, Tipifarnib, Valopicitabine, Elsamitrucin, NRC-AN-019, Denufosol 및 Isatoribine로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물은 바람직하게는 Blonanserin 또는 Emodin, 더욱 바람직하게는 Emodin인 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물은 바람직하게는 Hypericin, Omipalisib, LGH-447, NS-3728, 및 Tipifarnib으로 구성된 군에서 선택되는 것 더욱 바람직하게는 Omipalisib, 또는 Tipifarnib인 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물을 병용 투여하는 단계를 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료 방법에 관한 것이다.
본 발명에 있어서, 각각의 화합물은 상기 조성물에서 기재된 농도로 투여되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물을 둘 이상 병용 투여함으로써, 단일 약물 사용시와 비교하여, 우수한 상승효과를 거둘 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 병용 투여는 Blonanserin, Emodin, Omipalisib, Tipifarnib 및 Remdesivir로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물의 유효량을 혼합한 혼합제(예를 들어, 본 발명의 약학적 조성물)를 투여함으로써 수행될 수 있다.
(1) 본 발명에 있어서, Tipifarnib 및 Blonanserin의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Tipifarnib은 2.75 내지 11 μM의 농도로 투여하며, 상기 Blonanserin은 1.50 내지 47.87μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(2) 본 발명에 있어서, Tipifarnib
및 Emodin의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Emodin은 1.97 내지 31.45μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(3) 본 발명에 있어서,Tipifarnib 및 Omipalisib의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Omipalisib은 0 초과 0.25이하 μM의 농도로 투여하거나, 상기 Tipifarnib은 1.38 내지 11 μM의 농도로 투여하고, 상기 Omipalisib은 0 초과 0.25이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(4) 본 발명에 있어서, Tipifarnib
및 Remdesivir의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Tipifarnib은 0초과 11이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Remdesivir는 0초과 20.18이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(5) 본 발명에 있어서, Blonanserin 및 Emodin의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 5.98이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Emodin은 7.86 내지 62.9μM의 농도로 투여하거나, 상기 Blonanserin은 5.98 내지 47.87 μM의 농도로 투여하고, 상기 Emodin은 0초과 62.9이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(6) 본 발명에 있어서, Blonanserin 및 Omipalisib의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 47.87이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Omipalisib은 0.49 내지 1.97μM의 농도로 투여하거나, 상기 Blonanserin은 1.5 내지 47.87 μM의 농도로 투여하고, 상기 Omipalisib은 0초과 0.49이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(7) 본 발명에 있어서, Blonanserin 및 Remdesivir의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Blonanserin은 0초과 1.5이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 투여하거나, 상기 Blonanserin은 5.0 내지 40 μM의 농도로 투여하고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(8) 본 발명에 있어서, Emodin 및 Omipalisib의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Emodin은 0초과 125.81이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Omipalisib은 0초과 1.97이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(9) 본 발명에 있어서, Emodin 및 Remdesivir의 조합을 병용 투여하는 경우, 상기 Emodin은 0초과 125.81이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
(10) 본 발명에 있어서, Omipalisib 및 Remdesivir를 병용 투여하는 경우, 상기 Omipalisib은 0초과 1.97이하 μM의 농도로 투여하고, 상기 Remdesivir는 0초과 40.36이하 μM의 농도로 투여하는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 병용 투여되는 화합물은 동시 또는 순차적으로 투여될 수 있으며, 순차적으로 투여하는 경우 그 순서는 제한되지 않는다.
상기 환자는 인간, 원숭이 등을 포함하는 영장류, 마우스, 래트 등을 포함하는 설치류 등을 포함하는 포유류일 수 있다. 또한, 상기 환자는 코로나 바이러스에 감염된 환자일 수 있고, 더욱 바람직하게는 SARS-CoV-2에 감염된 코로나바이러스감염증-19(COVID-19) 환자일 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 방법이 영장류의 치료를 위해 사용되는 경우, 상기 10개의 조합으로 투여되는 것을 특징으로 할 수 있으며, 보다 바람직하게는 i) Remdesivir 및 Tipifarnib, ii) Omipalisib 및 Emodin, iii) Remdesivir 및 Emodin, iv) Remdesivir 및 Omipalisib, v) Omipalisib 및 Tipifarnib, 또는 vi) Omipalisib 및 Blonanserin의 조합으로 투여되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 방법이 사람의 치료를 위해 사용되는 경우, Remdesivir, Tipifarnib, Omipalisib 및 Emodin으로 구성된 군에서 선택되는 둘 이상의 화합물, 바람직하게는 상기 군에서 선택되는 두 개의 화합물의 조합으로 투여되는 것을 특징으로 할 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 조성물의 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도에 관한 것이다.
본 발명은 또 다른 관점에서, SARS-CoV-2의 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물의 코로나바이러스감염증-19의 예방 또는 치료용 용도에 관한 것이다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약제 제조를 위한 상기 조성물의 사용에 관한 것이다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약제 제조를 위한 상기 SARS-CoV-2의 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 또는 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물의 사용에 관한 것이다.
본 발명의 각 관점의 구체적인 구현예는 본 발명의 상기한 다른 관점에서 개시하는 것과 동일한 특징을 공유할 수 잇다.
본 명세서에 기재된 각 화합물의 바람직한 농도는 “초과”, “미만” 등과 같이, 의도적으로 제외되지 않는 한 그 임계범위를 포함하는 것이며, 본 발명은 상기 기재된 농도 범위뿐만 아니라, 본 명세서의 기재를 통해 통상의 기술자에 의해서 도출될 수 있는 실질적으로 동일한 것으로 이해될 수 있는 범위까지 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
실시예
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1: 약물 가상 스크리닝을 위한 화합물 라이브러리 구축
기존에 승인되었거나 임상이 진행된 약물을 수집하기 위하여 DrugBank(https://www.drugbank.ca/), ZINC15(https://zinc15.docking.org/) 및 ChEMBL(https://www.ebi.ac.uk/chembl/)데이터베이스를 사용하여 중복 없이 6,218개의 화합물을 수집하였다.
DrugBank에서는 “approved drugs”와 “investigated drugs" 항목으로 분류된 화합물 구조들을 각각 다운로드 하였다. ZINC15에서는 “in-trials”항목으로 분류된 모든 화합물 구조를 다운로드 하였다. ChEMBL에서는 “polymerase”, “protease”, “antiviral”항목 중 최소 하나에 활성을 가지며 최소 임상 1상이 진행된 화합물에 대해 다운로드 하였다.
세 가지 데이터베이스로부터 취합된 화합물 구조들은 InChI로 변환한 후 중복성 여부를 검사하였다. 데이터베이스에서 얻은 핵산 유사체 약물은 대부분 프로드럭(prodrug) 형태로 존재하는 경우가 많았기 때문에 실제 체내에서 작용하는 활성 형태로 변환하는 작업을 수행하였다. 분자 내에서 라이보오스를 서브 구조로 포함하는 경우에 5'-탄소 위치에 삼인산(triphosphate)를 붙이는 작업을 자동화로 진행하였다. 활성 형태로 전환된 핵산 유사체 약물의 경우, 프로드럭과 활성 형태 두 가지 구조를 모두 약물 가상 스크리닝을 위한 데이터베이스에 포함하였다. 화합물 구조 변환 과정은 오픈 소스인 RDKit 패키지를 사용하여 파이썬 자체 스크립트로 수행하였다(도 1).
실시예 2: 단백질-리간드 도킹을 위한 바이러스 약물 타겟 3차원 구조 확보
실시예 2-1: SARS-CoV-2 Mpro 구조
SARS-CoV-2의 핵심 프로테아제 (Mpro)의 3차원 구조는 Protein Data Bank 데이터베이스에 여러 개 저장되어 있으며, 그 중에서 결정 구조의 해상도가 1.95Å으로 우수하며 활성 리간드가 붙어 있는 구조를 선정하였다(도 2, PDB ID: 6Y2F). 활성 자리 부근에 결실된 아미노산 두 개 (Glu47, Asp48)가 확인되어서 이 부분을 삽입해준 다음, GROMACS 4.5 패키지를 이용하여 steepest descent method로 에너지 최적화 과정을 수행하였다.
실시예 2-2: SARS-CoV-2 RdRp 구조
SARS-CoV-2의 RdRp 구조는 Protein Data Bank 데이터베이스에 저온전자현미경 (cryo-Electron Microscopy) 방식으로 해석된 구조를 사용하였다(도 3, PDB ID: 6M71). 이 구조는 해상도가 2.90Å 이었으며, RNA가 결합하는 활성 자리에 RNA가 결합할 공간이 충분하지 않은 것이 확인되었다. 따라서 GROMACS 4.5 패키지를 사용하여 분자동역학 (molecular dynamics) 시뮬레이션을 수행한 후, root mean-square deviation (RMSD) 값을 기준으로 여러 시간에 따른 단백질 구조의 스냅샷에 대한 클러스터링 분석을 하였다.
높은 빈도로 확인되는 단백질 구조들 중에서 RNA가 결합하는 활성 자리에 충분한 공간이 확보되는 구조를 최종 도킹 시뮬레이션에 사용할 구조로 선정하였다. 실제 약물이 단백질에 활성 자리에 결합 시의 구조를 최대한 모사하였다.
실시예 3: 약물 가상 스크리닝을 통한 SARS-CoV-2 Mpro 저해제
예측
실시예 3-1: 리간드 모양 유사도 (ligand shape similarity)를 이용한 스크리닝
SARS-CoV-2 Mpro에 결합하는 것으로 알려진 활성 물질들을 단백질 공결정 구조 (co-crystal structure)로부터 얻을 수 있었고, 이들을 레퍼런스 구조로 하여 실시예 1에서 얻은 화합물 라이브러리의 화합물들과 리간드 모양의 유사도를 비교하였다. 실시예 1에서 얻은 화합물 라이브러리는 3차원 구조가 아닌 2차원 구조로 저장되어 있기 때문에 3차원 구조로 변환해주는 작업을 선행하였다. RDKit 패키지의 experimental-torsion basic knowledge distance geometry 방법을 이용하여 실험적으로 가장 가능성 높은 3차원 구조 컨포머 (conformer)들을 각 화합물 당 최대 300개씩 생성하였다. 6,218개 화합물에 대해서 총 1,865,400개의 3차원 구조 컨포머가 생성되었다. 이 컨포머들은 알려진 활성 리간드와 리간드 모양 유사도 계산이 수행되었다. 리간드 모양 유사도 계산 방법은 USR (Ultrafast Shape Recognition), USRCAT (USR with Credo Atom Types), ElectroShape 총 세 가지 방식을 사용했다. 세 가지 방법의 평균 값을 계산한 후 0.4 이상의 값을 가지는 화합물 4,019개 에 대하여 다음 단계인 도킹 시뮬레이션 분석을 진행하였다.
실시예 3-2: 도킹 시뮬레이션 (docking simulations)을 이용한 스크리닝
단백질과 화합물 간의 결합 양상 및 결합력 세기를 예측하기 위하여 AutoDock Vina를 이용하여 분자 도킹 시뮬레이션을 수행하였다. AutoDock Vina 프로그램의 input 파일인. PDBQT 파일을 OpenBabel과 MGLTools 패키지를 이용하여 단백질과 리간드에 대해 각각 생성하였다. 단백질의 활성 자리에 리간드가 결합되어 있는 결정 구조 (PDB ID: 6Y2F)를 참조하여, 리간드의 중심으로부터 그리드 박스를 설정하였다. (12Å * 12Å * 12Å) 도킹 결합 에너지 값 -7.0 kcal/mol을 기준으로 더 작거나 같은 화합물 30개를 선별하였다(표 1).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
ZINC000003974230 | -9.4 | ZINC000003974230 |
ZINC000238730509 | -9.0 | ZINC000238730509 |
ZINC000014096578 | -8.8 | ZINC000014096578 |
DB14883 | -8.7 | Lorecivivint |
DB14970 | -8.5 | Alobresib |
ZINC000003919561 | -8.4 | ZINC000003919561 |
DB15145 | -8.4 | Ziresovir |
ZINC000000608087 | -8.3 | Suriclone |
DB00959 | -8.2 | Methylprednisolone |
ZINC000000596712 | -8.2 | Sch-37370 |
DB08883 | -8.2 | Perampanel |
DB12694 | -8.0 | CE-326597 |
DB04885 | -8.0 | Cilansetron |
DB00180 | -7.7 | Flunisolide |
ZINC000257420679 | -7.6 | ZINC000257420679 |
DB09223 | -7.5 | Blonanserin |
ZINC000013487265 | -7.5 | ZINC000013487265 |
DB00377 | -7.5 | Palonosetron |
DB04982 | -7.5 | Talampanel |
ZINC000254010483 | -7.4 | ZINC000254010483 |
DB15257 | -7.3 | Milademetan |
ZINC000043757608 | -7.3 | ZINC000043757608 |
DB03496 | -7.1 | Alvocidib |
DB07715 | -7.1 | Emodin |
ZINC000003779555 | -7.1 | ZINC000003779555 |
ZINC000003872013 | -7.1 | Cgs-15943 |
DB09290 | -7.1 | Ramosetron |
ZINC000254010478 | -7.1 | ZINC000254010478 |
DB11952 | -7.0 | Duvelisib |
ZINC000095092797 | -7.0 | ZINC000095092797 |
DB00860 | -7.0 | Prednisolone |
추가로, 도킹 결합 에너지 값 -7.5 kcal/mol을 기준으로 더 작거나 같은 화합물 19개를 선별하였다(표 2).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
ZINC000003974230 | -9.4 | ZINC000003974230 |
ZINC000238730509 | -9.0 | ZINC000238730509 |
ZINC000014096578 | -8.8 | ZINC000014096578 |
DB14883 | -8.7 | Lorecivivint |
DB14970 | -8.5 | Alobresib |
ZINC000003919561 | -8.4 | ZINC000003919561 |
DB15145 | -8.4 | Ziresovir |
ZINC000000608087 | -8.3 | Suriclone |
DB00959 | -8.2 | Methylprednisolone |
ZINC000000596712 | -8.2 | Sch-37370 |
DB08883 | -8.2 | Perampanel |
DB12694 | -8.0 | CE-326597 |
DB04885 | -8.0 | Cilansetron |
DB00180 | -7.7 | Flunisolide |
ZINC000257420679 | -7.6 | ZINC000257420679 |
DB09223 | -7.5 | Blonanserin |
ZINC000013487265 | -7.5 | ZINC000013487265 |
DB00377 | -7.5 | Palonosetron |
DB04982 | -7.5 | Talampanel |
실시예 3-3: 단백질-리간드 상호작용 유사도 (interaction similarity)를 이용한 스크리닝
SARS-CoV-2 Mpro에 알려진 활성 리간드들의 단백질-리간드 3차원 상호작용 패턴과 도킹 시뮬레이션으로 얻은 30개 화합물을 대상으로 단백질-리간드 3차원 상호작용 패턴의 유사도를 비교하여 상호작용이 유사한 화합물을 추가적으로 선별하였다. 총 6개의 상호작용을 고려하였다. (hydrogen bonds, hydrophobic contacts, pi-stacking, pi-cation interactions, salt bridges, and halogen bonds) 상호작용 유사도는 Tanimoto 유사도 측정 방식을 통해 정량적인 비교를 하였다. 상호작용 유사도가 0.5 이상인 후보 약물 20개를 대상으로 단백질-리간드 사이의 결합 양상이 화학적으로 가능한 것인지 확인하는 과정을 거쳐 최종 후보 약물 10개를 선정하였다(표 3).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
DB14970 | -8.5 | Alobresib |
ZINC000003919561 | -8.4 | ZINC000003919561 |
DB15145 | -8.4 | Ziresovir |
DB04885 | -8.0 | Cilansetron |
DB00180 | -7.7 | Flunisolide |
ZINC000257420679 | -7.6 | ZINC000257420679 |
DB09223 | -7.5 | Blonanserin |
ZINC000013487265 | -7.5 | ZINC000013487265 |
DB00377 | -7.5 | Palonosetron |
DB04982 | -7.5 | Talampanel |
실시예 4: 약물 가상 스크리닝을 통한 SARS-CoV-2 RdRp 저해제 예측
실시예 4-1: 리간드 모양 유사도 (ligand shape similarity)를 이용한 스크리닝
SARS-CoV-2의 RdRp와 유사한 다른 바이러스의 RdRp에 결합하는 것으로 알려진 활성 물질들을 단백질 공결정 구조 (co-crystal structure)로부터 얻을 수 있었고, 이들을 레퍼런스 구조로 하여 실시예 1에서 얻은 화합물 라이브러리의 화합물들과 리간드 모양의 유사도를 비교하였다. 실시예 1에서 얻은 화합물 라이브러리는 3차원 구조가 아닌 2차원 구조로 저장되어 있기 때문에 3차원 구조로 변환해주는 작업을 선행하였다. RDKit 패키지의 experimental-torsion basic knowledge distance geometry 방법을 이용하여 실험적으로 가장 가능성 높은 3차원 구조 컨포머 (conformer)들을 각 화합물 당 최대 300개씩 생성하였다. 이 컨포머들은 알려진 활성 리간드와 리간드 모양 유사도 계산이 수행되었다. 리간드 모양 유사도 계산 방법은 USR (Ultrafast Shape Recognition), USRCAT (USR with Credo Atom Types), ElectroShape 총 세 가지 방식을 사용했다. 세 가지 방법의 평균 값을 계산한 후 0.4 이상의 값을 가지는 화합물 4,554개에 대하여 다음 단계인 도킹 시뮬레이션 분석을 진행하였다.
실시예 4-2: 도킹 시뮬레이션 (docking simulations)을 이용한 스크리닝
단백질과 화합물 간의 결합 양상 및 결합력 세기를 예측하기 위하여 AutoDock Vina를 이용하여 분자 도킹 시뮬레이션을 수행하였다. AutoDock Vina 프로그램의 input 파일인 PDBQT 파일을 OpenBabel과 MGLTools 패키지를 이용하여 단백질과 리간드에 대해 각각 생성하였다. 단백질의 활성 자리에 리간드가 결합되어 있는 결정 구조 (PDB ID: 3N6M)를 참조하여, 리간드의 중심으로부터 그리드 박스를 설정하였다. (12Å * 12Å * 12Å) 도킹 결합 에너지 값 -6.4 kcal/mol을 기준으로 더 작거나 같은 화합물 36개를 선별하였다(표 4).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
DB13014 | -8.9 | Hypericin |
DB12690 | -7.6 | LY2584702 |
ZINC000253637382 | -7.5 | ZINC000253637382 |
ZINC000261494690 | -7.2 | ZINC000261494690 |
CHEMBL2016761 | -7.1 | Remdesivir (active form) |
DB15013 | -7.0 | TAK-243 |
DB12130 | -7.0 | Lorlatinib |
ZINC000003919561 | -7.0 | ZINC000003919561 |
DB04703 | -7.0 | Hesperidin |
DB13920 | -7.0 | Valopicitabine (active form) |
DB05129 | -6.9 | Elsamitrucin |
DB00495 | -6.8 | Zidovudine (active form) |
DB12742 | -6.7 | Amuvatinib |
CHEMBL3818050 | -6.7 | Favipiravir (active form) |
DB12703 | -6.7 | Omipalisib |
DB14883 | -6.7 | Lorecivivint |
DB14723 | -6.7 | Larotrectinib |
ZINC000042190959 | -6.7 | ZINC000042190959 |
DB00266 | -6.6 | Dicoumarol |
DB04983 | -6.6 | Denufosol |
DB12817 | -6.6 | Zoliflodacin |
DB14943 | -6.6 | LGH-447 |
DB12168 | -6.6 | MK-0557 |
DB06595 | -6.6 | Midostaurin |
DB00694 | -6.6 | Daunorubicin |
ZINC000261494616 | -6.6 | ZINC000261494616 |
DB12195 | -6.6 | VP-14637 |
DB05835 | -6.5 | NS3728 |
DB04960 | -6.5 | Tipifarnib |
DB06469 | -6.5 | Lestaurtinib |
ZINC000261494716 | -6.5 | ZINC000261494716 |
DB02594 | -6.5 | 2'-Deoxycytidine (active form) |
DB12101 | -6.5 | CC-220 |
DB00552 | -6.4 | Pentostatin (active form) |
DB04860 | -6.4 | Isatoribine (active form); |
DB14917 | -6.4 | Ceralasertib |
추가로, 도킹 결합 에너지 값 -6.7 kcal/mol을 기준으로 더 작거나 같은 화합물 18개를 선별하였다(표 5).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
DB13014 | -8.9 | Hypericin |
DB12690 | -7.6 | LY2584702 |
ZINC000253637382 | -7.5 | ZINC000253637382 |
ZINC000261494690 | -7.2 | ZINC000261494690 |
CHEMBL2016761 | -7.1 | Remdesivir (active form) |
DB15013 | -7.0 | TAK-243 |
DB12130 | -7.0 | Lorlatinib |
ZINC000003919561 | -7.0 | ZINC000003919561 |
DB04703 | -7.0 | Hesperidin |
DB13920 | -7.0 | Valopicitabine (active form) |
DB05129 | -6.9 | Elsamitrucin |
DB00495 | -6.8 | Zidovudine (active form) |
DB12742 | -6.7 | Amuvatinib |
CHEMBL3818050 | -6.7 | Favipiravir (active form) |
DB12703 | -6.7 | Omipalisib |
DB14883 | -6.7 | Lorecivivint |
DB14723 | -6.7 | Larotrectinib |
ZINC000042190959 | -6.7 | ZINC000042190959 |
실시예 4-3: 단백질-리간드 상호작용 유사도 (interaction similarity)를 이용한 스크리닝
SARS-CoV-2의 RdRp와 유사한 다른 바이러스의 RdRp에 알려진 활성 리간드들의 단백질-리간드 3차원 상호작용 패턴과 도킹 시뮬레이션으로 얻은 38개의 화합물을 대상으로 단백질-리간드 3차원 상호작용 패턴의 유사도를 비교하여 상호작용이 유사한 화합물을 추가적으로 선별하였다. 총 6개의 상호작용을 고려하였다. (hydrogen bonds, hydrophobic contacts, pi-stacking, pi-cation interactions, salt bridges, and halogen bonds) 상호작용 유사도는 Tanimoto 유사도 측정 방식을 통해 정량적인 비교를 하였다. 상호작용 유사도가 0.5 이상인 후보 약물 24개를 대상으로 단백질-리간드 사이의 결합 양상이 화학적으로 가능한 것인지 확인하는 과정을 거쳐 최종 후보 약물 10개를 선정하였다(표 6).
화합물 ID | 도킹 에너지 (kcal/mol) | 약물명 |
DB13014 | -8.9 | Hypericin |
ZINC000253637382 | -7.5 | ZINC000253637382 |
CHEMBL2016761 | -7.1 | Remdesivir (active form) |
DB15013 | -7.0 | TAK-243 |
DB04703 | -7.0 | Hesperidin |
DB13920 | -7.0 | Valopicitabine (active form) |
DB05129 | -6.9 | Elsamitrucin |
DB00495 | -6.8 | Zidovudine (active form) |
CHEMBL3818050 | -6.7 | Favipiravir (active form) |
ZINC000042190959 | -6.7 | ZINC000042190959 |
실시예 5: 후보 물질 세포 실험
실시예 5-1: Vero 세포에서의 단일 후보 약물 성능 검증
Vero 세포(원숭이 신장 세포, American Type Culture Collection (ATCC)에서 구입)에 SARS-CoV-2와 실시예 3 및 4에서 도출한 후보 약물 중 Mpro에 특이적으로 결합하는 화합물 15종 및 RdRP에 특이적으로 결합하는 화합물 23종, 총 38종의 약물을 주입한 후, 면역형광법 (immunofluorescence)으로 바이러스의 감염 정도와 세포 수를 이미지 분석을 통해 정량적으로 측정하였다(표 7). 현재 임상에서 사용 중인 코로나바이러스감염증-19 치료제 3종 (chloroquine, lopinavir, Remdesivir)을 레퍼런스 약물로 사용하였다(도 6).
Mpro 결합 | Compound ID | Drug name | RdRP 결합 | Compound ID | Drug name |
1 | DB15145 | Ziresovir | 1 | DB13014 | Hypericin |
2 | ZINC596712 | Sch-37370 | 2 | DB12690 | LY2584702 |
3 | DB09223 | Blonanserin | 3 | DB15013 | TAK-243 |
4 | DB04982 | Talampanel | 4 | DB12130 | Lorlatinib |
5 | ZINC000043757608 | Fluorometholone | 5 | DB04703 | Hesperidin |
6 | DB07715 | Emodin | 6 | DB00495 | Zidovudine |
7 | ZINC000003872013 | Cgs-15943 | 7 | DB12742 | Amuvatinib |
8 | DB09290 | Ramosetron | 8 | DB12703 | Omipalisib |
9 | DB11952 | Duvelisib | 9 | DB14723 | Larotrectinib |
10 | DB00860 | Prednisolone | 10 | DB00266 | Dicoumarol |
11 | DB14883 | Lorecivivint | 11 | DB14943 | LGH-447 |
12 | DB08883 | Perampanel | 12 | DB06595 | Midostaurin |
13 | DB00180 | Flunisolide | 13 | DB00694 | Daunorubicin |
14 | DB00377 | Palonosetron | 14 | DB00552 | Pentostatin |
15 | DB15257 | Milademetan | 15 | DB12817 | Zoliflodacin |
16 | DB12168 | MK-0557 | |||
17 | DB12195 | VP-14637 | |||
18 | DB05835 | NS-3728 | |||
19 | DB04960 | Tipifarnib | |||
20 | DB06469 | Lestaurtinib | |||
21 | DB02594 | 2'-Deoxycytidine | |||
22 | DB12101 | CC-220 | |||
23 | DB14917 | Ceralasertib |
각 후보 약물에 대한 용량반응곡선 (dose-response curve)을 통해 항바이러스 활성을 정량적으로 측정하였다(도 7). 현재 기준으로 FDA에서 코로나바이러스감염증-19 치료제로 정식 승인한 약물은 Remdesivir가 유일하다.
그 결과, 표 8에 나타낸 바와 같이, Omipalisib은 IC50 값이 Remdesivir보다 20배 이하로 나타났으며, Tipifarnib 및 Blonanserin은 Remdesivir와 유사한 IC50 값을 나타내었다. Hypericin, LGH-447, NS-3728, 및 Emodin은 Remdesivir보다 높은 IC50 값을 나타냈으나, 유의한 항바이러스 활성을 나타내어, 상기 7종의 화합물을 CoVid-19의 치료제의 단일 후보 약물로 결정하였다 (도 7).
표적 | 약물 | IC50 | 표적 | 약물 | IC50(μM) |
RdRP | Omipalisib | 0.49 μM | Mpro | Blonanserin | 11.97 μM |
RdRP | Tipifarnib | 11.01 μM | Mpro | Emodin | 31.45 μM |
RdRP | Hypericin | 19.34 μM | RdRP(Control) | Remdesivir | 10.09 μM |
RdRP | LGH-447 | 23.91 μM | (Control) | chloroquine | 8.89 μM |
RdRP | NS-3728 | 28.37 μM | (Control) | lopinavir | 11.00 μM |
* chloroquine 및 lopinavir는 현재 임상이 중단되어, 코로나 치료제로 인정되지 않음
실시예 5-2: Calu-3 세포에서의 단일 후보 약물 성능 검증
실시예 5-1 에서 Vero 세포를 이용하여 도출한 SARS-CoV-2에 항바이러스 활성을 보인 화합물 7종(표 8)이 Calu-3 세포(사람 폐 세포, American Type Culture Collection (ATCC)에서 구입)에서도 뛰어난 항바이러스 활성을 나타내는지 평가하였다. 실시예 5-1의 Vero 세포에 대한 평가와 동일한 면역형광법을 사용하여 바이러스의 감염 정도와 세포 수를 이미지 분석을 통해 정량적으로 측정하였다. 현재 임상에서 코로나바이러스감염증-19 치료제로 사용 중인 Remdesivir를 레퍼런스 약물로 사용하였다.
각 후보 약물에 대한 용량반응곡선 (dose-response curve)을 통해 후보 약물 7종에 대한 항바이러스 활성을 정량적으로 측정하였다(도 8). 그 결과, 7종의 후보 약물 중 3종의 약물(Omipalisib, Tipifarnib, Emodin)은 사람 폐세포인 Calu-3에서도 항바이러스 활성이 확인되었다. 표 9에 나타낸 바와 같이, Omipalisib은 IC50 값이 Remdesivir 보다 200배 이하로 나타났으며, Tipifarnib도 Remdesivir와 유사한 수준의 IC50 값을 나타내었다.
표적 | 약물 | IC50 | 표적 | 약물 | IC50(μM) |
RdRP | Omipalisib | 0.01 μM | Mpro | Blonanserin | > 50 μM |
RdRP | Tipifarnib | 4.57 μM | Mpro | Emodin | 27.87 μM |
RdRP | Hypericin | > 50 μM | RdRP(Control) | Remdesivir | 2.49 μM |
RdRP | LGH-447 | > 50 μM | |||
RdRP | NS-3728 | > 50 μM |
실시예 5-3: 약물의 시너지 효과 검증
항바이러스 활성이 실험으로 검증된 단일 약물들을 조합으로 약물 시너지 효과를 추가적으로 검증하였다. 약물 조합의 효과를 극대화 시키기 위하여 약물 타겟 별로 IC50 기준으로 항바이러스 활성이 우수했던 약물 2종씩을 선정하였다 (Mpro: Blonanserin, Emodin; RdRp: Omipalisib, Tipifarnib). 또한, 현재 기준 유일하게 FDA 정식 승인을 받은 Remdesivir도 약물 조합의 후보군에 포함시켰다.
총 5가지 약물로 10가지 약물 조합을 구성하여 항바이러스 활성 검증 실험을 수행하였다(표 10). 단일 약물의 실험 방법과 동일하게 Vero 세포에 SARS-CoV-2와 후보 조합약물을 농도 별(각 단일 약물의 IC50값의 4배농도부터 2배씩 희석하여 8개 포인트의 농도 사용) 로 주입한 다음, 면역형광법으로 바이러스의 감염 정도와 세포 수를 이미지 분석을 통해 정량적으로 측정하여, 각각의 조합에 따른 용량-반응 매트릭스(dose-response matrix)를 작성하였다(각, 도 9, 14, 19, 24, 29, 34, 39, 44, 49, 54의 우측).
조합번호 | 약물 조합 | 조합번호 | 약물 조합 |
1 | Tipifarnib, Blonanserin | 6 | Blonanserin, Omipalisib |
2 | Tipifarnib, Emodin | 7 | Blonanserin, Remdesivir |
3 | Tipifarnib, Omipalisib | 8 | Emodin, Omipalisib |
4 | Tipifarnib, Remdesivir | 9 | Emodin, Remdesivir |
5 | Blonanserin, emdoin | 10 | Omipalisib, Remdesivir |
조합약물의 용량 반응 매트릭스(dose-response matrix)를 토대로 항바이러스 활성에 대한 약물 시너지 효과를 평가하기 위해 synergyfinder 프로그램 (Ianevski, A. et al., Bioinformatics, Vol. 33(15), pp. 2413-2415, 2017.)을 사용하였다. 약물 시너지 평가 모델은 다음과 같이 네 가지 약물 시너지 평가 모델을 각각 적용하였다; 1) Loewe additivity 모델 (Loewe, S., Arzneimittelforschung, Vol. 3, pp. 285-290, 1953.), 2) Bliss independence 모델 (Bliss, C. I., Annals of applied biology, Vol. 26(3), pp. 585-615, 1939.), 3) Zero Interaction Potency (ZIP) 모델 (Yadav, B. et al., Computational and structural biotechnology journal, Vol. 13, pp. 504-513, 2015.) 4) Highest Single Agent (HSA) 모델 (Berenbaum, M. C., Pharmacological reviews, Vol. 41(2), pp. 93-141, 1989.).
도 9 내지 도 58에 도시된 각각의 약물조합에 대해 4가지 모델의 평균 시너지 스코어 중에서 가장 스코어가 높은 모델을 선정하고, 해당 모델에서 높은 시너지 효과(붉은색)를 나타내는 농도를 기준으로 각 약물 조합별 최적의 농도를 선정하였다(표 11).
조합번호 | 약물 조합/농도(μM) | 조합번호 | 약물 조합/농도(μM) | ||
1 | Tipifarnib | Blonanserin | 6 | Blonanserin | Omipalisib |
2.75~11 | 1.50~47.87 | 1.5~47.87 | 0~0.49 | ||
0~47.87 | 0.49~1.97 | ||||
2 | Tipifarnib | Emodin | 7 | Blonanserin | Remdesivir |
0~11 | 1.97~31.45 | 0~1.5 | 0~40.36 | ||
5.0~40 | 0~40.36 | ||||
3 | Tipifarnib | Omipalisib | 8 | Emodin | Omipalisib |
0~11 | 0~0.25 | 0~125.81 | 0~1.97 | ||
1.38~11 | 0.25~1.97 | ||||
4 | Tipifarnib | Remdesivir | 9 | Emodin | Remdesivir |
0~11 | 0~20.18 | 0~125.81 | 0~40.36 | ||
5 | Blonanserin | emdoin | 10 | Omipalisib | Remdesivir |
0~5.98 | 7.86~62.9 | 0~1.97 | 0~40.36 | ||
5.98~47.87 | 0~62.9 |
*조합 8, 9 및 10은 전 범위에서 높은 시너지효과를 나타냄Tipifarnib 및 Blonanserin 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Tipifarnib 농도가 2.75~11 μM이면서 Blonanserin 농도가 1.5~47μM인 구간에서 확인되었다(도 11 내지 13). 특히 Tipifarnib 농도가 5.5μM이고, Blonanserin 농도가 23μM인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 40% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 13).
Tipifarnib 및 Emodin 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Tipifarnib 농도가 0~11 μM이면서 Emodin 농도가 1.97~31.45μM인 구간에서 확인되었다(도 16 내지 18). 특히 Tipifarnib 농도가 5.5μM이고, Emodin 농도가 8μM인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 20% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 16 내지 18).
Tipifarnib 및 Omipalisib 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Tipifarnib 농도가 0~11μM 이면서 Omipalisib 농도가 0.5μM 이하인 구간에서 확인되었다(도 20 내지 23). 특히 Tipifarnib 농도가 5.5μM이고, Omipalisib 농도가 0.06μM 부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 30% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 21 내지 23).
Tipifarnib 및 Remdesivir 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Tipifarnib 농도가 0~11 μM이면서 Remdesivir 농도가 0~20μM인 구간에서 확인되었다(도 25 내지 28). 특히 Tipifarnib 농도가 5.5μM이고, Remdesivir 농도가 2.5 μM부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 60% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 26 내지 28).
Blonanserin 및 Emodin 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Blonanserin 농도가 5.98~47.87 μM이면서 Emodin 농도가 0~62.9μM인 구간에서 확인되었다(도 33). 특히 Blonanserin 농도가 25μM 부근이고, Emodin농도가 15 부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 60% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 33).
Blonanserin 및 Omipalisib 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Blonanserin 농도가 2.99~47.87μM 이면서 Omipalisib 농도가 0~1.97μM인 구간에서 확인되었다(도 36 내지 38). 특히 Blonanserin 농도가 40 μM부근이고, Omipalisib 농도가 0.12 μM부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 30~60% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 36 내지 38).
Blonanserin 및 Remdesivir 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Blonanserin 농도가 5.98~47.87 μM이면서 Remdesivir 농도가 0~40.36μM인 구간에서 확인되었다(도 40 내지 43). 특히 Blonanserin 농도가 23.94 μM부근이고, Remdesivir 농도가 2.52 μM부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 50% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 41 내지 43).
Emodin 및 Omipalisib 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Emodin 농도가 0~125.81 μM이면서 Omipalisib 농도가 0~1.97μM인 구간에서 확인되었다(도 45 내지 48). 특히 Emodin 농도가 15 μM부근이고, Omipalisib 농도가 0.25μM 부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 40% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 48).
Emodin 및 Remdesivir 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Emodin 농도가 0~125.81μM 이면서 Remdesivir 농도가 0~40.36μM인 구간에서 확인되었다(도 50 내지 53). 특히 Emodin 농도가 15 μM부근이고, Remdesivir 농도가 4 μM부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 60%~80% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 51 내지 53).
Omipalisib 및 Remdesivir 조합의 시너지 효과는 약물조합 예측모델을 기준으로, Omipalisib 농도가 0~1.97μM 이면서 Remdesivir 농도가 0~40.36μM인 구간에서 확인되었다(도 55 내지 58). 특히 Omipalisib 농도가 0.2μM 부근이고, Remdesivir 농도가 5 μM부근인 구간에서 약물조합 예측모델의 기대효과 보다 40%~60% 향상된 항바이러스 활성이 나타났다(도 56 내지 58).
상기한 결과를 바탕으로, Synergyfinder 프로그램에서 계산되는 평균synergy score 값을 기준으로, 하나 이상의 평가 모델에서 평균 synergy score가 10이상으로 가장 뛰어난 시너지효과를 나타내거나 특정 농도범위에서 synergy score가 높게 확인된 6개의 약물 조합을 확인하였다(표 12). 통상적으로 synergy score 값이 10이상인 경우 매우 강력한 시너지효과를 나타내는 것을 의미한다.
조합번호 | 약물 조합 |
1 | Remdesivir-Tipifarnib |
2 | Omipalisib-Emodin |
3 | Remdesivir-Emodin |
4 | Remdesivir-Omipalisib |
5 | Omipalisib-Tipifarnib |
6 | Omipalisib-blonanserin |
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서, 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
Claims (6)
- SARS-CoV-2의 RdRP에 특이적으로 결합하는 티피파닙(Tipifarnib)을 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
- 블로난세린(Blonanserin), 이모딘(Emodin), 옴미팔리십(Omipalisib), 및 렘데시비르(Remdesivir)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 화합물을 추가로 포함하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
- 제2항에 있어서, 티피파닙(Tipifarnib) 및 블로난세린(Blonanserin)을 포함하며,
상기 티피파닙(Tipifarnib)은 2.75μM 내지 11μM의 농도로 포함하고,
상기 블로난세린(Blonanserin)은 1.50μM 내지 47.87μM의 농도로 포함하는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
- 제2항에 있어서, 티피파닙(Tipifarnib) 및 이모딘(Emodin)을 포함하며,
상기 티피파닙(Tipifarnib)은 0μM 초과 11μM 이하의 농도로 포함하고, 상기 이모딘(Emodin)은 1.97μM 내지 31.45μM의 농도로 포함하는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
- 제2항에 있어서, 티피파닙(Tipifarnib) 및 옴미팔리십(Omipalisib)을 포함하며,
상기 티피파닙(Tipifarnib)은 1.38μM 내지 11μM의 농도로 포함하고, 상기 옴미팔리십(Omipalisib)은 0.25μM 내지 1.97μM의 농도로 포함하거나; 또는
상기 티피파닙(Tipifarnib)은 0μM 초과 11μM 이하의 농도로 포함하고, 상기 옴미팔리십(Omipalisib)은 0μM 초과 0.25μM 이하의 농도로 포함하는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
- 제2항에 있어서, 티피파닙(Tipifarnib) 및 렘데시비르(Remdesivir)을 포함하며,
상기 렘데시비르(Remdesivir)는 0μM 초과 20.18 μM 이하의 농도로 포함하고, 상기 티피파닙(Tipifarnib)은 0μM 초과 11μM 이하의 농도로 포함하는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스감염증-19(Covid-19)의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
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