KR20220161361A

KR20220161361A - 면역요법을 위해 단일 세포 분석에 의해 말초 혈액으로부터 t 세포 및 t 세포 수용체를 단리하는 방법

Info

Publication number: KR20220161361A
Application number: KR1020227036226A
Authority: KR
Inventors: 라미 요셉; 에이미 알 코플랜드; 스리 크리슈나; 프랭크 제이 3세 로워리; 스티븐 에이 로젠버그; 폴 에프 로빈스
Original assignee: 더 유나이티드 스테이츠 오브 어메리카, 애즈 리프리젠티드 바이 더 세크러테리, 디파트먼트 오브 헬쓰 앤드 휴먼 서비씨즈
Priority date: 2020-03-20
Filing date: 2021-03-19
Publication date: 2022-12-06
Also published as: IL296608A; US20230183802A1; WO2021188941A1; EP4121513A1; CA3171583A1; CN115485368A; AU2021239379A1; JP2023526157A

Abstract

표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 방법이 제공된다. 이러한 방법은 환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계; 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계; 및 선택된 T 세포를 선택되지 않은 세포로부터 분리하는 단계를 포함한다. 분리된 선택된 T 세포는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제공한다. T 세포 수용체(TCR)를 단리하는 방법, TCR을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법, 단리된 TCR, 단리된 세포의 집단, 약학 조성물, 및 포유동물에서 병태를 치료 또는 예방하는 방법이 또한 제공된다.

Description

면역요법을 위해 단일 세포 분석에 의해 말초 혈액으로부터 T 세포 및 T 세포 수용체를 단리하는 방법

관련 출원에 대한 상호 참조

본 특허 출원은 2020년 3월 20일에 출원된 미국 가특허 출원 번호 제62/992,715호를 우선권 주장하며, 이는 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.

연방 지원 연구 또는 개발에 관한 진술

본 발명은 국립 보건원(National Institutes of Health), 국립 암연구소(National Cancer Institute)의 프로젝트 번호 ZIA BC 010984 하에 정부 지원으로 이루어졌다. 정부는 본 발명에 대한 특정 권리를 갖는다.

암 특이적 돌연변이에 의해 인코딩된 신생항원을 표적으로 하는 T 세포를 사용하는 입양 세포 치료법(ACT: adoptive cell therapy)은 일부 환자에서 양성 임상 반응을 일으킬 수 있다. 그럼에도 불구하고, 암 및 기타 병태의 치료를 위한 ACT의 성공적인 사용에 대한 몇 가지 장애가 남아 있다. 예를 들어, 암 반응성 T 세포를 생산하기 위해 사용되는 현행 방법은 상당한 시간이 필요하며 암 표적에 결합하는 원하는 T 세포 수용체를 쉽게 식별하지 못할 수 있다. 따라서, ACT를 위해 단리된 세포의 집단을 수득하는 개선된 방법이 필요하다.

본 발명의 양태는 하기를 포함하는 표적 항원에 대한 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단(enriched population)을 제조하는 방법을 제시한다: 환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계; 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계; 및 선택되지 않은 세포로부터 선택된 T 세포를 분리하는 단계, 이때 분리된 선택된 T 세포는 표적 항원에 대한 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제공하고, 상기 표적 항원은 암 특이적 돌연변이에 의해 인코딩된 신생항원(neoantigen), 암 항원, 또는 암 관련 바이러스 항원이고, 상기 유전자 발현 프로파일은 하기를 포함한다: (a) ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 중 하나 이상; (b) CARS⁺, CD39⁺(ENTPD1)⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, PDCD1⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 중 하나 이상; (c) CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^-; (d) CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상; (e) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺ 중 하나 이상; (f) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺ 중 하나 이상; (g) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺ 중 하나 이상; (h) CD4⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 중 하나 이상; (i) CD4⁺, 및 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺ 중 하나 이상; (j) CD4⁺, 및 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺ 중 하나 이상; (k) AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺ 중 하나 이상; (l) ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺ 중 하나 이상; (m) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상; (n) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺ 중 하나 이상; 또는 (o) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^- 중 하나 이상.

본 발명의 또 다른 양태는, 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계; 농축된 집단 중의 T 세포를 별도의 단일 T 세포 샘플로 분류하는 단계; 하나 이상의 별도의 단일 T 세포 샘플에서의 TCR 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 시퀀싱하는 단계; CDR3을 포함하는 알파 쇄 가변 영역을 별도의 단일 T 세포 샘플의 핵산에 의해 인코딩된 CDR3을 포함하는 베타 쇄 가변 영역과 짝짓는 단계; 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 숙주 세포 내로 도입하고, 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 숙주 세포에 의해 발현시키는 단계; 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 발현하는 숙주 세포를 표적 항원에 대한 항원 특이성에 관하여 스크리닝(screening)하는 단계; 및 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 선택하는 단계를 포함하고, 이때, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분이 단리되는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분을 단리하는 방법을 제공한다.

본 발명의 또 다른 양태는 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 TCR 또는 항원 결합 부분을 단리하는 단계; 및 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 말초 혈액 단핵 세포(PBMC: peripheral blood mononuclear cell) 내로 도입하여 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포를 수득하는 단계를 포함하는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법을 제공한다.

본 발명의 추가 양태는 관련된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분, 단리된 세포의 집단, 및 임의의 본 발명의 방법에 따라 제조된 약학 조성물을 제공한다.

본 발명의 추가 양태는 포유동물의 병태를 치료 또는 예방하는 관련 방법 및 포유동물의 병태를 치료 또는 예방하기 위한 약제를 제조하는 관련 방법을 제공하며, 이때, 병태는 암 또는 바이러스 병태이다.

도 1은 공지된 신생항원-반응성 T 세포의 테트라머(tetramer)-농축에 이어서 본 발명의 양태에 따른 단일 세포 분석을 사용하여 전처리 환자 말초 혈액 샘플로부터 신생항원-반응성 T 세포 유전자 시그니처(gene signature)를 식별하는 전략에 대한 개략도이다.
도 2a는 대장암 환자 4246의 말초 혈액으로부터 테트라머-농축된 샘플로부터의 단일 세포 전사체의 t-SNE 분석의 결과를 도시한 것이다(t-SNE 맵(map)). 클러스터(cluster)는 0 내지 10으로 번호부여된다.
도 2b는 도 2a의 t-SNE 맵에 투영된 공지된 신생항원-반응성 TCR을 도시한 것이다. 공지된 신생항원-반응성 TCR은 클러스터 4(상자 영역)에 위치시켰다.
도 3은 도 2a의 클러스터 4 내의 환자 4246 T 세포에 의한 선택된 유전자의 발현을 도시한 것이다.
도 4a 내지 4c는 공지된 반응성의 테트라머(MYO5B 또는 ARMC9)에 의해 염색된 클러스터 4로부터의 각각의 하나의 최상(top) 15 TCR(TCR1-TCR6 (4A); TCR7-TCR12 (4B); TCR13-TCR14 (4C))에 의해 형질도입된 동종이계 T 세포의 유세포 분석의 결과를 도시한 것이다. 미형질도입된 세포를 대조군(4C)으로 하였다. 사각형 안의 %는 지시되는 테트라머에 결합된 형질도입된 세포의 %를 지시한다. PE 및 APC는, 테트라머(Tet)에 접합되고 세포를 이의 결합을 기준으로 FACS 분류에 사용된 형광단이다.
도 5는 도 2a의 t-SNE 맵에 투영된 실험적으로 시험된 TCR을 도시한 것이다. MYO5B 특이적 TCR은 대부분 클러스터 4에 위치하였고, ARMC9 특이적 TCR은 대부분 클러스터 4에 위치하였고, TCR14는 대부분 클러스터 6에 위치하였다. 매우 소수의 MYO5B 특이적 TCR 또는 ARMC9 특이적 TCR이 다른 클러스터들에서 보인다.
도 6a 내지 6n은 100 ng HLA B40:01에 의해 형질감염되고 지시되는 돌연변이(원 표시) 또는 야생형(사각형 표시) 펩티드에 의해 펄싱(pulsing)된 표적 Cos7 세포와 공동-배양된 효과기에 의해 분비된 인터페론(IFN)-감마(pg/mL)의 양을 나타내는 그래프이다. 효과기 세포는 지시된 재구축된 TCR(TCR1 (6A), TCR2 (6B), TCR3 (6C), TCR4 (6D), TCR5 (6E), TCR6 (6F), TCR7 (6G), TCR8 (6H), TCR9 (6I), TCR10 (6J), TCR11 (6K), TCR12 (6L), TCR13 (6M) 또는 TCR15 (6N))에 의해 형질도입된 환자 4246에 대해 동종이계인 T 세포였다. 표적 세포를 DMSO에 의해 처리하거나(p), 탠덤(tandem) 미니유전자(TMG) 3(돌연변이된 MYO5B를 함유함) 또는 TMG 4(돌연변이된 ARMC9를 함유함)(q)(대조군으로 함)에 의해 형질도입하였다.
도 7a는 환자 4246, 4287 및 4317의 말초 혈액으로부터의 테트라머-농축된 샘플의 단일 세포 전사체의 t-SNE 분석의 결과를 도시한 것이다(t-SNE 맵). 클러스터는 0 내지 10으로 번호부여된다.
도 7b는 도 7a의 t-SNE 맵에 투영된, 환자 4246, 4287 및 4317로부터의 공지된 신생항원-반응성 TCR 및 환자 4287로부터의 공지된 EBV-반응성 TCR을 도시한 것이다. 공지된 신생항원-반응성 TCR은 클러스터 9에 위치하였다.
도 8은 도 7a의 t-SNE 맵에 투영된, 유전자 표직의 95번째 백분위수(95th percentile)를 발현하는 신생항원-반응성 말초 혈액 CD8⁺ T 세포를 도시한 것이다. "A"로 표시된 영역 내 세포는 도 7b에서도 나타난다.
도 9a는 선택된 표면 마커를 발현하는 CD4⁺ 세포를 분류함에 이어서 본 발명의 양태에 따른 단일 세포 분석에 의해 전처리 환자 말초 혈액 샘플로부터 신생항원-반응성 T 세포 유전자 시그니처를 식별하는 전략에 대한 개략도이다.
도 9b는 암 환자 4400(UMAP 공간)의 말초 혈액으로부터 세포 표면 마커-농축된 샘플의 단일 세포 전사체의 UMAP 분석의 결과를 도시한 것이다. 클러스터는 0 내지 16으로 번호부여된다.
도 9c는 도 9b의 UMAP 공간에 투영된 공지된 신생항원-반응성 TCR을 도시한 것이다. 공지된 신생항원-반응성 TCR은 클러스터 7 및 12에 위치한다.
도 9d는 도 9b의 UMAP 공간에 투영된 유전자 90번째 백분위수를 발현하는 말초 혈액 CD4⁺ T 세포를 도시한 것이다.
도 9e는 Treg의 식별을 위해 도 9b의 UMAP 공간에 투영된 FoxP3을 발현하는 말초 혈액 CD4⁺ T 세포를 도시한 것이다. Treg 세포는 가장 위의 원 면적에 있다.
도 9f는 도 9b의 UMAP 공간에 대한 유전자 시그니처의 90번째 백분위수를 발현하는 말초 혈액 Treg^neg CD4⁺를 도시한 것이다.
도 10a는 대장암 환자 4382, 4214 및 4422(UMAP 공간)의 말초 혈액으로부터의 세포 표면 마커-농축된 샘플의 단일 세포 전사체의 UMAP의 결과를 도시한 것이다. 클러스터는 0 내지 13으로 번호부여된다. 앞서 공지된 신생항원-반응성 T 세포는 클러스터 4 및 8(화살표로 지시됨)에 주로 클러스터화되었다.
도 10b는 환자 4246, 4382, 4287로부터의 공지된 신생항원-반응성 TCR 및 환자 4287로부터의 EBV-반응성 TCR이 도 10a의 UMAP에 투영된 것을 도시한 것이다. EBV, Flu, 및 CMV, EBV 또는 Flu(CEFx)로부터 펩티드의 풀(pool)에 대한 활성을 나타내는 세포는 도 10a의 UMAP 공간에 투영된다.
도 10c는 도 10a의 UMAP 공간에 투영된 유전자 시그니처의 90번째 백분위수를 발현하는 신생항원-반응성 말초 혈액 CD8⁺ T 세포를 도시한 것이다. 큰 원에 포함되는 영역에서의 세포는 EBV 및 CEFx에 대해 반응성이다. 작은 원에 포함되는 영역에서의 세포는 Flu에 대해 반응성이다.

진행된 암 환자를 종양-침투성(tumor-infiltrating) 림프구(TIL)에 관여하는 ACT에 의해 치료하는 것은 고형 종양에서 종양 퇴화를 야기할 수 있다. 그러나, TIL 요법은 종양 절제술, 종양 단편의 시험관 내(in vitro) 성장, 종양-반응성 T 세포를 고착(harboring)시키는 단편을 선택하기 위한 기능적 분석, 및 최종적으로, 세포 전달을 위한 단편 배양물의 증대(expansion)를 요한다. TIL 치료는 침습적이고/거나 수고를 요하고/하거나 시간-소모적일 수 있고, 이는 진행된 전이성 암 환자를 치료할 때 불리할 수 있다. 수술의 필요를 우회하기 위해, 몇몇 선행 방법들은 혈액으로부터 종양- 및 신생항원-반응성 T 세포를 단리하는 것을 제안하여 왔다. 그러나, 이러한 선행 방법들은, 예를 들어, 하기 중 임의의 하나 이상을 요하는 것을 비롯한 다양한 단점 중 임의의 하나 이상을 가질 수 있다: 환자의 백혈구 항원(HLA) 조성물에 대한 사전 지식, 종양에 발현되는 돌연변이에 대한 사전 지식, 및 HLA에 대한 추정상 항원(putative antigen)의 결합 친화도의 예측. 이러한 단점들은 보다 흔히 연구되는 HLA에 대한 방법들을 제한할 수 있다. 이러한 방법들의 성공에 대한 추가적인 난제는 혈액 중 신생항원-반응성 세포의 빈도가 가능하게는 상기 방법들의 검출 수준 미만으로 매우 낮다는 것일 수 있다. 유사한 난제는 암 관련 바이러스 항원에 대한 T 세포 반응성의 식별에 있어서도 존재한다.

본 발명의 방법은 항원, 예컨대, 암 특이적 항원 및 암 관련 바이러스 항원에 대한 T 세포 반응성의 T 세포 및 TCR 서열을 신속하게 식별함으로써 상기 및 다른 단점들을 개선할 수 있고, 이는 요법을 위한 T 세포를 조작하는 데 사용될 수 있다. 유리하게는, 본 발명의 방법은 종양 표본으로부터 종양-반응성 T 세포 및 TCR를 단리하는 데 흔히 사용되는 침습적 종양 절제술의 필요를 감소시키거나 제거할 수 있다.

말초 혈액으로부터 단리된 T 세포의 단일 세포 분석이 표적 항원에 대해 반응성인 선행 식별된 TCR의 대다수를 포괄한다는 것이 밝혀졌다. 이러한 집단은 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일에 의해 정의될 수 있다. 예를 들어, 환자 혈액으로부터의 독특한 신체적으로 개인화된 돌연변이를 표적으로 하는 클로닝으로 정의된(clonally defined) T 세포 수용체를 사용하여, 본원에 기재된 유전자 발현을 갖는 세포에 의해 발현되는 미지의 TCR을 재구축하였고, 이는 표적 항원에 대해 반응성인 것으로 밝혀졌다. 본 발명의 방법은 종양 침투성 T 세포를 성장시키기는 것, 고비용이고 시간-소모적인 스크리닝 및/또는 침습성 종양 절제술의 필요 없이, 일반적인 암의 세포-기반 면역요법을 위해 T 세포 및 TCR을 신속하게 단리하기 위한 잠재력을 크게 증가시킬 수 있다. 본 발명의 방법은 구별되는 T 세포 유전자 시그니처를 기반으로 암 환자의 혈액 샘플로부터 표적 항원에 대해 반응성인 TCR의 단리 및 구축을 위한 중립적인(unbiased) 접근법을 제시한다. 유리하게는, 본원에 기재된 유전자 프로파일은 또한 암 관련 바이러스 항원에 반응성인 T 세포 및 TCR을 식별할 수 있다.

본 발명의 한 양태는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 방법을 제공한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "항원 특이적" 및 "항원 특이성"이라는 문구는, T 세포의 항원 또는 이의 에피토프로의 결합이 면역 반응을 유도하도록, T 세포가 항원 또는 이의 에피토프에 특이적으로 결합하여 항원 또는 이의 에피토프를 면역학적으로 인식함을 의미한다. 이와 관련하여, 본 발명의 방법에 의해 수득된 T 세포의 집단은 본 발명의 방법에 의해 수득되지 않은 세포의 집단에 비해 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포를 더 높은 비율로 포함할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, 표적 항원은 암 항원이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "암 항원"은 항원이 종양 또는 암과 관련되도록 종양 세포 또는 암 세포에 의해 단독으로 또는 우세하게 발현되거나 과발현되는 임의의 분자(예: 단백질, 폴리펩티드, 펩티드, 지질, 탄수화물 등)를 지칭한다. 암 항원은 정상, 비종양 또는 비암성 세포에 의해 추가로 발현될 수 있다. 그러나, 이러한 경우, 정상적인 비종양 또는 비암성 세포에 의한 암 항원의 발현은 종양 또는 암 세포에 의한 발현만큼 강력하지 않다. 이와 관련하여, 종양 또는 암 세포는 정상적인 비종양 또는 비암성 세포에 의한 항원의 발현과 비교하여 항원을 과발현하거나 유의적으로 더 높은 수준으로 항원을 발현할 수 있다. 또한, 암 항원은 발달 또는 성숙에 대하여 상이한 상태의 세포에 의해 추가로 발현될 수 있다. 예를 들어, 암 항원은 일반적으로 성체 숙주에서 발견되지 않는 배아 또는 태아기의 세포에 의해 추가로 발현될 수 있다. 대안적으로, 암 항원은 일반적으로 성체 숙주에서 발견되지 않는 줄기 세포 또는 전구 세포에 의해 추가로 발현될 수 있다. 암 항원은 당업계에 공지되어 있으며, 예를 들어, 메조텔린(mesothelin), CD19, CD22, CD276(B7H3), gp100, MART-1, 상피 성장 인자 수용체 변이체 III(EGFRVIII), TRP-1, TRP-2, 티로시나제, NY-ESO-1(CAG-3으로도 공지됨), MAGE-1, MAGE-3 등이 포함된다

본 발명의 한 양태에서, 표적 항원은 암 특이적 돌연변이에 의해 인코딩되는 신생항원이다. 신생항원은 발현된 단백질의 암 특이적 돌연변이에서 발생하는 암 항원의 한 부류이다. 용어 "신생항원"은 정상(비암성) 세포에 의해 발현되는 상응하는 야생형(비돌연변이) 펩티드 또는 단백질과 비교하여 하나 이상의 아미노산 변형을 포함하는 암 세포에 의해 발현되는 펩티드 또는 단백질과 관련된다. 신생항원은 환자 특이적일 수 있다. "암 특이적 돌연변이"는 종양 또는 암 세포의 핵산에는 존재하지만 상응하는 정상적인(즉, 비종양성 또는 비암성) 세포의 핵산에는 존재하지 않는 체세포 돌연변이이다.

본 발명의 한 양태에서, 표적 항원은 바이러스 특이적 항원이다. 바이러스 특이적 항원은 당업계에 공지되어 있으며, 예를 들어, 바이러스에 감염되지 않은 세포에 의해 발현되거나 제시되지 않는 바이러스 감염 세포(APC: virally-infected cell)에 의해 발현되거나 제시되는 임의의 바이러스 단백질 또는 펩티드, 예를 들어, env, gag, pol, gp120, 티미딘 키나제 등을 포함한다. 본 발명의 한 양태에서, 바이러스 특이적 항원은 암 관련 바이러스 항원, 예를 들어, 인간 유두종바이러스(HPV: human papillomavirus) 16 E4, HPV 16 E6, HPV 16 E7, HPV 18 E6, HPV 18 E7 등이다. 바이러스 특이적 항원은, 예를 들어, 헤르페스(herpes) 바이러스 항원, 폭스(pox) 바이러스 항원, 헤파드나바이러스(hepadnavirus) 항원, 유두종 바이러스 항원, 아데노바이러스(adenovirus) 항원, 코로나바이러스(coronavirus) 항원, 오르토믹소바이러스(orthomyxovirus) 항원, 파라믹소바이러스(paramyxovirus) 항원, 플라비바이러스(flavivirus) 항원 및 칼리시바이러스(calicivirus) 항원일 수 있다. 예를 들어, 바이러스 특이적 항원은 호흡기 세포융합 바이러스(RSV: respiratory syncytial virus) 항원, 인플루엔자 바이러스 항원, 단순 헤르페스 바이러스 항원, 엡슈타인-바르 바이러스(EBV: Epstein-Barr virus) 항원, HPV 항원, 수두(varicella) 바이러스 항원, 거대 세포 바이러스 항원, A형 간염 바이러스 항원, B형 간염 바이러스 항원, C형 간염 바이러스 항원, 인간 면역결핍 바이러스(HIV) 항원, 인간 T-림프성 바이러스 항원, 칼리시바이러스 항원, 아데노바이러스 항원 및 아레나 바이러스 항원으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 암 관련 바이러스 항원은 HPV 항원 또는 EBV 항원이다.

상기 방법은 환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계를 포함할 수 있다. 혈액 샘플은 말초 혈액 샘플일 수 있다. 이러한 혈액 샘플은 임의의 적합한 수단, 예컨대, 비제한적으로, 정맥 천공 및 동맥 천공에 의해 수득될 수 있다. 환자에 의해 발현되는 HLA 분자가 본 발명의 양태에서 식별될 수 있지만, 상기 방법은 환자에 의해 발현되는 임의의 HLA 분자를 식별함을 요하지 않는다. 유사하게, 환자에 의해 발현되는 하나 이상의 표적 항원이 본 발명의 양태에서 식별될 수 있지만, 상기 방법은 환자에 의해 발현되는 임의의 항원을 식별함을 요하지 않는다. 본 발명의 양태에서, 환자는 암 환자이다. 본 발명의 또 다른 양태에서, 환자는 바이러스 병태를 앓는 환자이다.

혈액 샘플은 T 세포 요법에 의해 치료받은 환자로부터의 것일 수 있지만, 바람직한 양태에서, 혈액 샘플은 T 세포 요법에 의해 치료받지 않은 환자로부터의 것이다. T 세포 요법은 (i) 하나 이상의 T 세포 및 (ii) T 세포 수용체를 발현하도록 변형된 하나 이상의 세포 중 하나 또는 둘 다의 투여를 포함하는 임의의 요법을 포함할 수 있다. 혈액 샘플은 T 세포 치료 이외의 면역요법의 형태에 의해 치료받은 환자로부터의 것일 수 있다. 암 면역요법은 암 세포를 공격하는 면역 체계를 사용하는 암 치료의 형태이다. 항바이러스 면역요법은 바이러스 또는 바이러스에 감염된 세포를 공격하는 면역 체계를 사용하는 치료의 형태이다. T 세포 요법 이외의 면역요법은 비제한적으로 억제제, 백신, 사이토카인, 항체 및 키메라 항원 수용체(CAR) 중 임의의 하나 이상의 투여를 포함할 수 있다.

본 발명의 양태에서, 환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 것은 상기 혈액 샘플로부터 CD8⁺ T 세포를 단리하는 것을 포함한다. 본 발명의 또 다른 양태에서, 환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 것은 상기 혈액 샘플로부터 CD4⁺ T 세포 단리하는 것을 포함한다.

상기 방법은 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 T 세포를 별도의 단일 T 세포 샘플로 분류하고, 하나 이상의 단일 T 세포에 의한 하나 이상의 유전자의 발현 및/또는 비-발현을 별도로 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 단일 세포 전사체 분석을 수행하는 단계를 포함한다.

하나 이상의 단일 T 세포에 의한 하나 이상의 유전자의 발현 및/또는 비-발현의 검출은 예를 들어, CHROMIUM 단일 세포 유전자 발현 솔루션 시스템(Single Cell Gene Expression Solution system)[10x 제노믹스(Genomics), 캘리포니아주 플레젠튼 소재]("CHROMIUM 시스템")을 사용하여 수행될 수 있다. CHROMIUM 시스템은 세포별로 높은 처리량의 디지털 유전자 발현에 의해 복합적 세포의 집단의 심층 프로파일링을 수행한다. CHROMIUM 시스템은 5' 전사 또는 TCR 분석을 위해 개별 세포의 cDNA를 바코드로 표시한다. 예를 들어, 샘플은 10,000개 세포의 입력으로 시작하여 약 500개 유전자/세포의 평균에 의해 약 3000개 세포/샘플에 대한 데이터를 산출할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 전사체 분석, 시퀀싱 분석에 의한 에피토프, 및 시퀀싱에 의한 전사체 및 에피토프의 세포 인덱싱(CITE-Seq: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing) 분석 중 하나 이상을 수행하는 단계를 포함한다. CITE-Seq는 예를 들어, 스토에키우스(Stoeckius) 등의 문헌[Nat. Methods, 14(9): 865-868 (2017)]에 기재되어 있다. 간단히 말해서, CITE-seq는 많은 단일 세포에 대한 전사체 프로파일링과 함께 단백질 마커의 항체 기반 검출을 병렬로 조합한다. 올리고뉴클레오티드-표지화된 항체는 세포 단백질 및 전사체 측정을 효율적인 단일 세포 판독에 통합하는 데 사용된다.

단일 세포 전사체 분석(예를 들어, 약 3000개 세포/샘플 및 약 500개 유전자/세포)에 의해 산출된 데이터의 높은 차원수 때문에, 유전자 발현 데이터의 분석을 위해 차원 축소가 수행될 수 있다. 따라서, 본 발명의 한 양태에서, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 하나 이상의 단일 세포 차원 축소 방법을 수행하는 단계를 포함한다. 단일 세포 차원 축소 방법의 일예는 t-분포 확률론적 이웃 임베딩(t-SNE: t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding) 분석이다. t-SNE는 각 데이터 포인트에 2차원 또는 3차원 맵의 위치를 제공하여 고차원 데이터를 시각화한다. t-SNE는 예를 들어, 반 데르 마텐(Van der Maaten) 및 힌턴(Hinton, J.)의 문헌[Machine Learning Res., 9: 2579-2605(2008)]에 기재되어 있다. 간단히 말해서, t-SNE는 두 단계로 수행된다. 1 단계에서는 다양한 인접 지점 간의 관계를 나타내는 고차원 공간에 확률 분포가 생성된다. 2 단계에서, 가능한 한 최상의 확률 분포를 따르는 저차원 공간이 재생성된다. t-SNE의 "t"는 2 단계에서 사용된 분포인 t-분포에서 기원된다. "S" 및 "N"("확률론적" 및 "이웃")은 이웃한 포인트를 가로지르는 확률 분포의 사용에서 기원된다. 단일 세포 차원 축소 방법의 또 다른 예는 균일한 매니폴드 추정 및 투영(UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection)이다.

유전자 발현 프로파일은 (i) 하나 이상의 유전자의 양성 발현, (ii) 하나 이상의 유전자의 음성 발현, 또는 (iii) 하나 이상의 유전자의 음성 발현과 조합된 하나 이상의 유전자의 양성 발현을 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "양성"(이는 "+"로 약칭될 수 있음)은 지시된 유전자의 발현과 관련하여 T 세포가 환자의 혈액 샘플에서의 다른 T 세포와 비교하여 지시된 유전자의 발현을 상향조절함을 의미한다. 상향조절된 발현은 예를 들어, 약 1, 약 2, 약 3, 약 4, 약 5, 약 6, 약 7, 약 8, 약 9, 약 10, 약 11, 약 12, 약 13, 약 14, 약 15, 약 16, 약 17, 약 18, 약 19, 약 20, 약 21, 약 22, 약 23, 약 24, 약 25, 약 26, 약 27, 약 28, 약 29, 약 30, 약 31, 약 32, 약 33, 약 34, 약 35, 또는 전술된 값 중 임의의 두 값 사이의 범위, 또는 그 이상의 평균 대수 배수 변화(염기 2에 대한)에 의한 지시된 유전자의 발현의 정량적 증가를 포함할 수 있다. 용어 "음성"(이는 "-"로 약칭될 수 있음)은, 지시된 유전자의 발현과 관련하여 본원에 사용되는 바와 같이, T 세포가 환자의 혈액 샘플에서 다른 T 세포와 비교하여 지시된 유전자의 발현을 하향조절함을 의미한다. 하향조절된 발현은 예를 들어, 약 -1, 약 -2, 약 -3, 약 -4, 약 -5, 약 -6, 약 -7, 약 -8, 약 -9, 약 -10, 약 -20, 약 -30, 약 -40, 약 -50, 약 -60, 약 -70, 약 -80, 약 -90, 약 -100, 약 -110, 약 -120, 약 -130, 약 -140, 약 -150, 약 -160, 약 -170, 약 -180, 약 -190, 약 -200, 약 -210, 약 -220, 약 -230, 약 -240, 약 -250, 약 -260, 약 -270, 약 -280, 약 -290, 약 -300, 약 -310, 약 -320, 약 -330, 약 -340, 약 -350, 약 -360, 약 -370, 약 -380, 약 -390, 약 -400, 약 -410, 약 -420, 약 -430, 약 -440, 약 -450, 약 -460, 약 -470, 약 -480, 약 -490, 약 -500, 약 -510, 약 -520, 약 -530, 약 -540, 약 -550, 약 -560, 약 -570, 약 -580, 약 -590, 약 -600, 또는 전술된 값 중 임의의 두 값 사이의 범위, 또는 그 이상의 평균 대수 배수 변화(염기 2에 대한)에 의한 표시된 유전자의 발현의 양적 감소를 포함할 수 있다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^-을 포함할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CARS⁺, CD39⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, PDCD1⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 CARS⁺, CD39⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, PDCD1⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺를 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CARS⁺, CD39⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, PDCD1⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^- 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^-을 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^- 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예컨대, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺ 및 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 또는 24개 이상(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺을 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예컨대, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺ 및 임의의 1, 2, 3, 4, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺을 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺ 및 임의의 1, 2, 3, 4, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺를 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 임의의 1, 2, 3, 4, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺을 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 임의의 1, 2, 3, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺를 포함한다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺ 중 하나 이상을 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺을 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺ 중 하나 이상을 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 CD4⁺, 및 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 본원에 기재된 임의의 유전자 발현 프로파일은 CD25^- 및 CD127^- 중 하나 또는 둘 다를 추가로 포함할 수 있다. Treg 세포는 CD25⁺CD127^lo 발현에 의해 정의될 수 있다. 이와 관련하여, 표적 항원에 대한 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단은 Treg를 배제할 수 있다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺를 포함할 수 있다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺를 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺을 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺을 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 또는 그 초과의 개수(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺를 포함할 수 있다. 본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺ 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^- 중 하나 이상을 포함한다.

예를 들어, 유전자 발현 프로파일은 임의의 1 내지 159개 이상(또는 전술한 값 중 임의의 2개의 범위)의 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^-을 포함할 수 있다.

본 발명의 양태에서, 유전자 발현 프로파일은 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^- 모두를 포함한다.

본 발명의 양태에서, 임의의 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일은 HAVCR2⁺(TIM3)⁺ 및 PDCD1⁺(PD1⁺) 중 하나 또는 둘 다를 추가로 포함할 수 있다.

유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일에서 유전자(들)의 발현 생성물(들)의 존재 또는 부재를 검출하거나 그 양을 측정하는 것을 포함할 수 있다. 이와 관련하여, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일의 양성으로 발현된 유전자(들)에 의해 인코딩되는 단백질(들)의 존재를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서의 발현에 대해 음성인 유전자(들)에 의해 인코딩되는 단백질(들)의 부재를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 것은 (i) 유전자 프로파일의 양성으로 발현된 유전자(들)에 의해 인코딩된 단백질(들)의 존재를 검출하는 단계; 및/또는 (ii) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 음성인 유전자(들)에 의해 인코딩되는 단백질(들)의 부재를 검출하는 단계를 포함할 수 있고, 이때, 유전자 발현 프로파일은 CARS⁺, CD39⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, PDCD1⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 중 하나 이상을 포함한다. 본 발명의 한 양태에서, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서 하나 이상의 유전자의 세포 표면 발현의 존재 및/또는 부재를 검출하는 단계를 포함한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서의 발현에 대해 음성인 유전자(들)에 의해 인코딩되는 단백질(들)의 양을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서의 발현에 대해 양성인 유전자(들)에 의해 인코딩되는 단백질(들)의 양을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서 하나 이상의 유전자의 세포 표면 발현의 양을 측정하는 단계를 포함한다. 세포 표면 발현은 임의의 적합한 방법, 예를 들어, 유세포 분석법[예를 들어, 형광 활성화 세포 분류(FACS: fluorescence-activated cell sorting)]에 의해 검출 또는 측정될 수 있다.

대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일의 양성으로 발현된 유전자(들)에 의해 인코딩되는 RNA의 존재를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일에서의 발현에 대해 음성인 유전자(들)에 의해 인코딩된 RNA의 부재를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 (i) 유전자 발현 프로파일의 양성적으로 발현된 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 존재를 검출하는 단계; 및/또는 (ii) 유전자 발현 프로파일에서의 발현에 대해 음성인 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 부재를 검출하는 단계를 포함할 수 있고, 이때, 유전자 발현 프로파일은 ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 중 하나 이상을 포함한다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일의 양성으로 발현된 유전자(들)에 의해 인코딩되는 RNA의 양을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계는 유전자 발현 프로파일의 음성으로 발현된 유전자(들)에 의해 인코딩되는 RNA의 양을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 방법은 T 세포의 수를 확장하는 것을 포함하지 않는다. T 세포의 수의 확장은 예를 들어, 미국 특허 제8,034,334호; 미국 특허 제8,383,099호; 미국 특허 출원 공개공보 제2012/0244133호; 두들리(Dudley) 등의 문헌[J. Immunother., 26:332-42(2003)]; 및 리델(Riddell) 등의 문헌[J. Immunol. Methods, 128: 189-201(1990)]에 기재된 바와 같이 당업계에 공지된 임의의 다수의 방법에 의해 달성될 수 있다. 예를 들어, T 세포의 수의 확장은 T 세포를 OKT3 항체, IL-2 및 피더 PBMC(예를 들어, 조사된 동종이계 PBMC)와 함께 배양함으로써 수행된다. 표적 항원에 대해 원하는 특이성을 갖는 희귀한 및/또는 취약한 T 세포는 T 세포의 수를 확장하는 동안 손실될 수 있다. 본 발명의 방법은 유리하게는 T 세포의 수를 확장하지 않고 본 발명의 방법을 수행함으로써 이러한 희귀한 및/또는 취약한 T 세포를 포함하는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조할 수 있다.

상기 방법은 선택되지 않은 세포로부터 선택된 T 세포를 분리하는 단계를 추가로 포함할 수 있으며, 이때, 분리된 선택된 T 세포는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제공한다. 이와 관련하여, 선택된 세포는 선택되지 않은 세포, 즉 유전자 발현 프로파일을 갖지 않는 세포로부터 물리적으로 분리될 수 있다. 선택된 세포는 예를 들어, 분류와 같은 임의의 적절한 방법에 의해 선택되지 않은 세포로부터 분리될 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 단리하는 방법을 제공한다.

본원에서 사용되는 바와 같이, TCR의 "항원 결합 부분"은, 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 바와 같이, 항원 결합 부분이 표적 항원에 특이적으로 결합하는 한, 그것의 모체가 되는 TCR의 연속 아미노산을 포함하는 임의의 부분을 지칭한다. 용어 "항원 결합 부분"은 본 발명의 TCR의 임의의 부분 또는 단편을 지칭하며, 이 부분 또는 단편은 그것의 모체가 되는 TCR(모 TCR)의 생물학적 활성을 보유한다. 항원 결합 부분은 예를 들어, 모 TCR과 비교하여 유사한 정도로, 동일한 정도로, 또는 더 높은 정도로 표적 항원에 특이적으로 결합하거나, 또는 병태를 검출, 치료 또는 예방하는 능력을 유지하는 TCR의 부분을 포함한다. 모 TCR과 관련하여, 기능적 부분은 예를 들어, 모 TCR의 약 10%, 25%, 30%, 50%, 68%, 80%, 90%, 95%, 또는 그 이상을 포함할 수 있다.

항원 결합 부분은 본 발명의 TCR의 α 및 β 쇄 중 하나 또는 둘 다의 항원 결합 부분, 예컨대, 본 발명의 TCR의 α 쇄 및/또는 β 쇄의 가변 영역(들)의 상보성 결정 영역(CDR)1, CDR2 및 CDR3중 하나 이상을 포함하는 부분을 포함할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 항원 결합 부분은 α 쇄의 CDR1(CDR1α), α 쇄의 CDR2(CDR2α), α 쇄의 CDR3(CDR3α), β 쇄의 CDR1(CDR1β), β 쇄의 CDR2(CDR2β), β 쇄의 CDR3(CDR3β), 또는 이들의 임의의 조합의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 부분은 본 발명의 TCR의 CDR1α, CDR2α 및 CDR3α의 아미노산 서열; CDR1β, CDR2β 및 CDR3β의 아미노산 서열; 또는 CDR1α, CDR2α, CDR3α, CDR1β, CDR2β 및 CDR3β 모두의 아미노산 서열을 포함한다.

본 발명의 한 양태에서, 항원 결합 부분은 예를 들어, 상기 제시된 CDR 영역의 조합을 포함하는 본 발명의 TCR의 가변 영역을 포함할 수 있다. 이와 관련하여, 항원 결합 부분은 본 발명의 TCR의 α 쇄의 가변 영역의 아미노산 서열(Vα), β 쇄의 가변 영역의 아미노산 서열(Vβ), 또는 Vα 및 Vβ 둘 다의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, 항원 결합 부분은 가변 영역 및 불변 영역의 조합을 포함할 수 있다. 이와 관련하여, 항원 결합 부분은 본 발명의 TCR의 α 또는 β 쇄, 또는 α 및 β 쇄 둘 다의 전체 길이를 포함할 수 있다.

상기 방법은 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 본 발명의 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계를 포함할 수 있다.

상기 방법은 농축된 집단에서의 T 세포를 별도의 단일 T 세포 샘플로 분류하고, 하나 이상의 별도의 단일 T 세포 샘플에서의 TCR 알파 쇄 CDR3 및 베타 쇄 CDR3을 시퀀싱하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, TCR 알파 쇄 CDR3 및 베타 쇄 CDR3의 시퀀싱은 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일을 분석하기 위해 사용되는 단일 세포 전사체 분석을 사용하여 수행될 수 있다. TCR 알파 쇄 CDR3 및 베타 쇄 CDR3을 시퀀싱하기 위한 다른 기술은 예를 들어, US 제2020/0056237호 및 WO 제2017/048614호에 기재되어 있다.

상기 방법은 CDR3을 포함하는 알파 쇄 가변 영역을 별도의 단일 T 세포 샘플의 핵산에 의해 인코딩된 CDR3을 포함하는 베타 쇄 가변 영역과 짝짓는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 이와 관련하여, 상기 방법은 CDR3을 포함하는 알파 쇄 가변 영역과 CDR3을 포함하는 베타 쇄 가변 영역의 짝짓기가 기능적 TCR을 산출하도록 TCR을 재구성하는 단계를 포함할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, TCR은 인실리코 재구성된다. TCR을 인실리코 재구성하고 CDR3을 포함하는 알파 쇄 가변 영역을 CDR3을 포함하는 베타 쇄 가변 영역과 짝짓는 방법은 예를 들어, US 제2020/0056237호 및 WO 제2017/048614호에 기재되어 있다.

상기 방법은 선택된 T 세포로부터 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 단리하는 단계를 포함할 수 있으며, 이때, TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는다.

상기 방법은 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 숙주 세포 내로 도입하고, 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 숙주 세포에 의해 발현시키는 단계를 포함할 수 있다. 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 재조합 발현 벡터)을 숙주 세포 내로 도입하는 단계는 예를 들어, 그린(Green) 등(Eds.)의 문헌[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press; 4th Ed. (2012)]에 기재된 바와 같이 당업계에 공지된 임의의 다양한 상이한 방식으로 수행될 수 있다. 뉴클레오티드 서열을 숙주 세포 내로 도입하는데 유용한 기술의 비제한적 예는 형질전환, 형질도입, 형질감염 및 전기천공을 포함한다.

본 발명의 한 양태에서, 상기 방법은 예를 들어, 그린(Green) 등의 상기 문헌에 기재된 바와 같은 확립된 분자 클로닝 기술을 사용하여 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 재조합 발현 벡터 내로 클로닝하는 단계를 포함할 수 있다. 재조합 발현 벡터는 임의의 적합한 재조합 발현 벡터일 수 있고, 임의의 적합한 숙주 세포를 형질전환 또는 형질감염시키는데 사용될 수 있다. 적합한 벡터는 플라스미드 및 바이러스와 같이 증식 및 확장 또는 발현 또는 둘 다를 위해 설계된 벡터를 포함한다. 벡터는 트랜스포존(transposon)/트랜스포사제(transposase), pUC 시리즈[퍼멘타스 라이프 사이언시즈(Fermentas Life Sciences)], pBluescript 시리즈[스타르타겐(Stratagene), 캘리포니아주 라호야 소재], pET 시리즈[노바겐(Novagen), 위스콘신주 매디슨 소재], pGEX 시리즈[파마시아 바이오텍(Pharmacia Biotech), 스웨덴 웁살라 소재] 및 pEX 시리즈[클론텍(Clontech), 캘리포니아주 팔로 알토 소재]로 구성된 군에서 선택될 수 있다. λGT10, λGT11, λZapII(스트라타겐), λEMBL4 및 λNM1149와 같은 박테리오파지 벡터도 사용할 수 있다. 식물 발현 벡터의 예는 pBI101, pBI101.2, pBI101.3, pBI121 및 pBIN19(클론텍)를 포함한다. 동물 발현 벡터의 예는 pEUK-Cl, pMAM 및 pMAMneo(클론텍)를 포함한다. 바람직하게는, 재조합 발현 벡터는 바이러스 벡터, 예를 들어, 레트로바이러스 벡터 또는 렌티바이러스 벡터이다. 본 발명의 한 양태에서, 재조합 발현 벡터는 트랜스포존이다.

숙주 세포(들)는 진핵 세포, 예를 들어, 식물, 동물, 진균류 또는 조류일 수 있거나, 또는 원핵 세포, 예를 들어, 박테리아 또는 원생동물일 수 있다. 숙주 세포(들)는 배양된 세포 또는 1차 세포, 즉 유기체, 예를 들어, 인간으로부터 직접적으로 단리된 세포일 수 있다. 숙주 세포(들)는 부착 세포 또는 현탁 세포, 즉 현탁액에서 성장하는 세포일 수 있다. 적합한 숙주 세포는 당업계에 공지되어 있으며, 예를 들어, DH5α 콜라이(E. coli) 세포, 차이니즈 햄스터 난소 세포, 원숭이 VERO 세포, COS 세포, HEK293 세포 등을 포함한다. TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 증폭 또는 복제할 목적으로, 숙주 세포는 바람직하게는 원핵 세포, 예를 들어, DH5α 세포이다. 재조합 TCR을 생산할 목적으로, 숙주 세포는 바람직하게는 포유동물 세포이다. 가장 바람직하게는, 숙주 세포는 인간 세포이다. 숙주 세포는 임의의 세포 유형일 수 있고, 임의의 유형의 조직으로부터 유래할 수 있고, 임의의 발달 단계일 수 있지만, 숙주 세포는 바람직하게는 말초 혈액 림프구(PBL: peripheral blood lymphocyte) 또는 PBMC이다. 보다 바람직하게는, 숙주 세포는 T 세포이다.

본원의 목적을 위해, T 세포는 임의의 T 세포, 예컨대, 배양된 T 세포, 예를 들어, 1차 T 세포, 또는 배양된 T 세포주, 예를 들어, Jurkat, SupT1 등으로부터의 T 세포, 또는 포유동물로부터 수득된 T 세포일 수 있다. 포유동물로부터 수득되는 경우, T 세포는 혈액, 골수, 림프절, 흉선, 또는 기타 조직 또는 체액을 포함하나 이에 제한되지 않는 수많은 공급원으로부터 수득될 수 있다. T 세포는 또한 농축되거나 정제될 수 있다. 바람직하게는, T 세포는 인간 T 세포이다. T 세포는 임의의 유형의 T 세포일 수 있고 임의의 발단 단계일 수 있으며, CD4⁺/CD8⁺ 이중 양성 T 세포, CD4⁺ 헬퍼 T 세포, 예를 들어, Th₁ 및 Th₂ 세포, CD4⁺ T 세포, CD8⁺ T 세포(예를 들어, 세포독성 T 세포), TIL, 기억 T 세포(예를 들어, 중추 기억 T 세포 및 효과기 기억 T 세포), 나이브 T 세포 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

상기 방법은 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 발현하는 숙주 세포를 표적 항원에 대한 항원 특이성에 관하여 스크리닝하는 단계 및 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 선택하는 단계를 포함할 수 있고, 이때, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분이 단리된다. 항원 특이성에 대한 숙주 세포의 스크리닝 및 항원 특이성을 갖는 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역의 선택은 예를 들어, US 제2017/0218042호 및 US 제2017/0224800호에 기재된 바와 같은 공지된 기술을 사용하여 수행될 수 있다.

본 발명의 방법에 의해 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 입양 세포 치료법을 위한 세포를 제조하는 데 유용할 수 있다. 이와 관련하여, 본 발명의 한 양태는 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 바와 같이 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 단리하는 단계, 및 단리된 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 PBMC 내로 도입하여 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포를 수득하는 단계를 포함하는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법을 제공한다.

단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 재조합 발현 벡터)을 PBMC 내로 도입하는 단계는 상기 그린(Green) 등의 문헌에 기재된 바와 같이 당업계에 공지된 다양한 방식 중 임의의 방법으로 수행될 수 있다. 뉴클레오티드 서열을 PBMC 내로 도입하는데 유용한 기술의 비제한적 예는 형질전환, 형질도입, 형질감염 및 전기천공을 포함한다.

본 발명의 한 양태에서, 상기 방법은 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 환자의 자가유래 조직인 PBMC 내로 도입하는 단계를 포함한다. 이와 관련하여, 본 발명의 방법에 의해 식별 및 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 각 환자에 대해 개인화될 수 있다. 그러나, 또 다른 양태에서, 본 발명의 방법은 재발성("공유된 돌연변이(shared mutation)"로도 지칭됨) 암 특이적 돌연변이에 의해 인코딩되는 돌연변이된 아미노산 서열에 대한 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 식별하고 단리할 수 있다. 이와 관련하여, 상기 방법은 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 환자에게 동종이계인 PBMC 내로 도입하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 상기 방법은 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 동일한 MHC 분자와 관련하여 종양이 동일한 돌연변이를 발현하는 다른 환자의 PBMC 내로 도입하는 단계를 포함할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, PBMC는 T 세포를 포함한다. T 세포는 임의의 유형의 T 세포, 예를 들어, 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 T 세포일 수 있다. 특정 이론이나 기전에 얽매이지 않고, 덜 분화된 "어린" T 세포는 더 분화된 "오래된" T 세포와 비교하여 더 큰 생체내 지속성, 증식 및 항종양 활성 중 하나 이상과 연관될 수 있다고 여겨진다. 따라서, 본 발명의 방법은 유리하게는 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 식별 및 단리하고, TCR 또는 이의 항원 결합 부분이 단리되어질 수 있는 "오래된" T 세포(예: 환자 종양에서의 효과기 세포)와 비교하여 더 큰 생체내 지속성, 증식 및 항종양 활성 중 하나 이상을 제공할 수 있는 "더 어린" T 세포 내로 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 도입할 수 있다.

본 발명의 한 양태에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법은 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 PBMC의 수를 확장하는 단계를 추가로 포함한다. PBMC의 수를 확장하는 단계는 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 바와 같이 수행될 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법은 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 PBMC의 수를 확장하는 단계를 포함하는 반면, 상기 방법은 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 방법은 T 세포의 수를 확장하는 단계를 포함하지 않는다.

본 발명의 또 다른 양태는 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 의해 단리되는 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 제공한다. 본 발명의 한 양태는 2개의 폴리펩티드를 포함하는 TCR(즉 폴리펩티드 쇄), 예컨대, TCR의 알파(α) 쇄, TCR의 베타(β) 쇄, TCR의 감마(γ) 쇄, TCR의 델타(δ) 쇄, 또는 이들의 조합을 제공한다. 본 발명의 또 다른 양태는, 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 바와 같이, TCR의 하나 이상의 CDR 영역, 하나 이상의 가변 영역, 또는 α 및 β 쇄 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 TCR의 항원 결합 부분을 제공한다. 본 발명의 TCR의 폴리펩티드 또는 이의 항원 결합 부분은, TCR 또는 이의 항원 결합 부분이 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 한, 임의의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태는 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 제조된 단리된 세포의 집단을 제공한다. 세포의 집단은 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하지 않는 하나 이상의 다른 세포, 예를 들어, 숙주 세포(예를 들어, PBMC), 또는 T 세포 이외의 세포, 예를 들어, B 세포, 대식세포, 호중구, 적혈구, 간세포, 내피 세포, 상피 세포, 근육 세포, 뇌 세포 등에 더하여 단리된 TCR을 발현하는 PBMC 또는 이의 항원 결합 부분을 포함하는 이종 집단일 수 있다. 대안적으로, 세포의 집단은 실질적으로 동종의 집단일 수 있고, 이때, 이러한 집단은 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 PBMC를 주로 포함한다(예를 들어, 본질적으로 구성된다). 이러한 집단은 또한 세포의 클론 집단일 수 있으며, 이때, 집단의 모든 세포는 집단의 모든 세포가 단리된 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하도록 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 단일 PBMC의 클론이다. 본 발명의 한 양태에서, 세포의 집단은, 본원에 기재된 바와 같이, 단리된 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 PBMC를 포함하는 클론 집단이다. 단리된 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 PBMC 내로 도입함으로써, 본 발명의 방법은 유리하게는 단리된 TCR을 발현하고 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 PBMC 세포를 높은 비율로 포함하는 세포의 집단을 제공할 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 세포의 집단의 약 1% 내지 약 100%, 예를 들어, 약 1%, 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 약 100%, 또는 전술된 값 중 임의의 두 값에 의해 정의된 범위는 단리된 TCR을 발현하고 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 PBMC 세포를 포함한다. 특정 이론이나 기전에 얽매이지 않고, 단리된 TCR을 발현하고 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 PBMC 세포를 높은 비율로 포함하는 세포의 집단은 PBMC의 기능, 예를 들어, 표적 세포의 파괴를 표적화하고/하거나 병태를 치료 또는 예방하는 PBMC의 능력을 방해할 수 있는 관련 없는 세포의 비율이 더 낮다고 여겨진다. 표적 세포는 예를 들어, 암 세포 또는 바이러스 감염된 세포를 포함할 수 있다.

본 발명의 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분, 및 세포의 집단은 약학 조성물과 같은 조성물로 제형화될 수 있다. 이와 관련하여, 본 발명은 임의의 본 발명의 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분, 또는 세포의 집단 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 본 발명의 약학 조성물은 본 발명의 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분, 또는 세포의 집단을 또 다른 약학 활성제(들) 또는 약물(들), 예컨대, 화학요법제, 예를 들어, 아스파라기나제(asparaginase), 부설판(busulfan), 카보플라틴(carboplatin), 시스플라틴(cisplatin), 다우노루비신(daunorubicin), 독소루비신(doxorubicin), 플루오로우라실(fluorouracil), 젬시타빈(gemcitabine), 하이드록시우레아(hydroxyurea), 메토트렉세이트(methotrexate), 파클리탁셀(paclitaxel), 리툭시맙(rituximab), 빈블라스틴(vinblastine), 빈크리스틴(vincristine) 등과 조합하여 포함할 수 있다.

바람직하게는, 담체는 약학적으로 허용되는 담체이다. 약학 조성물과 관련하여, 담체는 고려되는 본 발명의 특정 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분, 또는 세포의 집단에 대해 통상적으로 사용되는 임의의 담체일 수 있다. 이러한 약학적으로 허용되는 담체는 당업자에게 잘 알려져 있고 대중에게 쉽게 이용가능하다. 약학적으로 허용가능한 담체는 사용 조건하에서 유해한 부작용이나 독성이 없는 것이 바람직하다.

담체의 선택은 부분적으로 본 발명의 특정 TCR, 이의 항원 결합 부분 또는 세포의 집단에 의해 결정될 뿐만 아니라 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분 또는 세포의 집단을 투여하는 데 사용되는 특정 방법에 의해 결정될 것이다. 따라서, 본 발명의 약학 조성물의 다양한 적합한 제형이 존재한다. 적합한 제형은 경구, 종양내, 비경구, 피하, 정맥내, 근육내, 동맥내, 척추강내, 또는 복강내 투여를 위한 임의의 제형을 포함할 수 있다. 하나 이상의 경로를 사용하여 본 발명의 TCR 또는 세포의 집단을 투여할 수 있으며, 특정 경우에, 특정 경로는 다른 경로보다 더 즉각적이고 효과적인 반응을 제공할 수 있다.

바람직하게는, 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 또는 세포의 집단은 주사에 의해, 예를 들어, 정맥내로 투여된다. 본 발명의 세포의 집단이 투여되는 경우, 주사용 세포에 대한 약학적으로 허용되는 담체는 임의의 등장성 담체, 예를 들어, 식염수(물 중 약 0.90% w/v의 NaCl, 물 중 약 300 mOsm/ℓ NaCl, 또는 물 1 리터당 약 9.0 g의 NaCl), NORMOSOL R 전해액[애봇(Abbott), 일리노이주 시카고 소재], PLASMA-LYTE A[박스터(Baxter), 일리노이주 디어필드], 물 중 약 5% 덱스트로스, 또는 링거(Ringer)의 락트산염을 포함할 수 있다. 한 양태에서, 약학적으로 허용되는 담체는 인간 혈청 알부민으로 보충된다.

본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단, 및 약학 조성물은 병태를 치료 또는 예방하는 방법에 사용될 수 있는 것으로 고려된다. 특정 이론이나 기전에 얽매이지 않고, 본 발명의 TCR 또는 이의 항원 결합 부분은, 세포에 의해 발현될 때 TCR 또는 이의 항원 결합 부분이 표적 항원을 발현하는 표적 세포에 대한 면역 반응을 매개할 수 있도록, 표적 항원에 특이적으로 결합하는 것으로 여겨진다. 이와 관련하여, 본 발명은 (i) 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계, 또는 (ii) 본 발명의 다른 양태에 따라 본원에 기재된 임의의 방법에 따라, TCR 또는 이의 항원-결합 부분을 발현하는 세포의 단리된 집단을 제조하는 단계; 및 포유동물의 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 세포의 집단을 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하는, 포유동물에서 병태를 치료 또는 예방하는 방법을 제공한다.

본원에서 사용되는 바와 같이, "치료하다" 및 "예방하다"라는 용어와 이로부터 파생된 단어는 반드시 100% 또는 완전한 치료 또는 예방을 의미하는 것은 아니다. 오히려, 당업자가 잠재적인 이점 또는 치료 효과를 갖는 것으로 인식하는 다양한 정도의 치료 또는 예방이 존재한다. 이와 관련하여, 본 발명의 방법은 포유동물에서 병태의 임의의 수준의 치료 또는 예방을 위한 임의의 양을 제공할 수 있다. 또한, 본 발명의 방법에 의해 제공되는 치료 또는 예방은 치료 또는 예방되는 병태의 하나 이상의 징후 또는 증후의 치료 또는 예방을 포함할 수 있다. 예를 들어, 치료 또는 예방에는 종양의 퇴행 촉진이 포함될 수 있다. 또한, 본원의 목적을 위해, "예방"은 병태의 발병, 또는 이의 증후, 징후 또는 재발을 지연시킴을 포함할 수 있다.

본 발명의 목적을 위해, 투여되는 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단, 또는 약학 조성물의 양 또는 용량(예를 들어, 본 발명의 세포의 집단이 투여되는 경우 세포의 수)은 합리적인 시간 기간에 걸쳐 포유동물에서 예를 들어, 치료학적 또는 예방학적 반응에 영향을 미치기에 충분해야 한다. 예를 들어, 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단 또는 약학 조성물의 용량은 표적 항원에 결합하거나 투여 시간으로부터 약 2시간 또는 그 이상, 예를 들어, 12 내지 24시간 또는 그 이상의 기간 동안 병태를 검출, 치료 또는 예방하기에 충분해야 한다. 특정 양태에서 기간은 훨씬 더 길 수 있다. 용량은 투여되는 본 발명의 특정 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단 또는 약학 조성물의 효능 및 치료될 포유동물(예를 들어, 인간)의 병태, 뿐만 아니라 포유동물(예를 들어, 인간)의 체중에 의해 결정될 것이다.

투여 용량을 결정하기 위한 많은 분석이 당업계에 공지되어 있다. 본 발명의 목적을 위해, 각각 상이한 용량의 T 세포가 제공되는 일련의 포유동물들 중에서 한 포유동물에게 소정의 용량의 이러한 T 세포를 투여할 경우 표적 세포가 용해되거나, 본 발명의 TCR, 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 T 세포에 의해 IFN-γ가 분비되는 정도를 비교하는 것을 포함하는 분석은 포유동물에게 투여될 시작 용량을 결정하는 데 사용될 수 있다. 특정 용량의 투여 시 표적 세포가 용해되거나 IFN-γ가 분비되는 정도는 당업계에 공지된 방법에 의해 분석될 수 있다.

본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단, 또는 약학 조성물의 용량은 또한 특정 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단, 또는 약학 조성물의 투여에 수반될지도 모르는 임의의 부작용의 존재, 성질 및 정도에 의해 결정될 것이다. 일반적으로 주치의는 연령, 체중, 일반적인 건강, 식이, 성별, 투여될 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단 또는 약학 조성물, 투여 경로, 및 치료되는 병태의 중증도과 같은 다양한 요인을 고려하여, 각 개별 환자를 치료할 본 발명의 TCR, 이의 항원 결합 부분, 세포의 집단 또는 약학 조성물의 투여량을 결정할 것이다.

본 발명의 세포의 집단이 투여되는 한 양태에서, 주입당 투여되는 세포의 수는 예를 들어, 100만 내지 1000억개 세포의 범위로 다양할 수 있지만; 이러한 예시적인 범위 미만 또는 초과의 양은 본 발명의 범주 내에 있다. 예를 들어, 본 발명의 숙주 세포의 1일 용량은 약 100만 내지 약 1500억개 세포(예를 들어, 약 500만개 세포, 약 2500만개 세포, 약 5억개 세포, 약 10억개 세포, 약 50억개 세포, 약 200억개 세포, 약 300억개 세포, 약 400억개 세포, 약 600억개 세포, 약 800억개 세포, 약 1000억개 세포, 약 1200억개 세포, 약 1300억개 세포, 약 1500억개 세포, 또는 전술된 값 중 임의의 두 값에 의해 정의된 범위), 바람직하게는 약 1000만 내지 약 1300억개 세포(예를 들어, 약 2000만개 세포, 약 3000만개 세포, 약 4000만개 세포, 약 6000만개 세포, 약 7000만개 세포, 약 8000만개 세포, 약 9000만개 세포, 약 100억개 세포, 약 250억개 세포, 약 500억개 세포, 약 750억개 세포, 약 900억개 세포, 약 1000억개 세포, 약 1100억개 세포, 약 1200억개 세포, 약 1300억개 세포, 또는 전술된 값 중 두 값에 의해 정의된 범위), 보다 바람직하게는 약 1억개 세포 내지 약 1300억개 세포(예를 들어, 약 1억 2천만개 세포, 약 2억 5천만개 세포, 약 3억 5천만개 세포, 약 4억 5천만개 세포, 약 6억 5천만개 세포, 약 8억개 세포, 약 9억개 세포, 약 30억개 세포, 약 300억개 세포, 약 450억개 세포, 약 500억개 세포, 약 750억개 세포, 약 900억개 세포, 약 1000억개 세포, 약 1100억개 세포, 약 1200억개 세포, 약 1300억개 세포 또는 전술된 값 중 두 값에 의해 정의된 범위)일 수 있다.

세포의 집단이 투여되는 본 발명의 방법의 목적을 위해, 세포는 포유동물에 대해 동종이계 또는 자가유래인 세포일 수 있다. 바람직하게는, 세포는 포유동물에 대하여 자가유래이다.

본 발명의 또 다른 양태는 (i) 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계; 또는 (ii) 본 발명의 다른 양태와 관련하여 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 TCR 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 단리된 세포의 집단을 제조하는 단계를 포함하는, 포유동물에서 병태의 치료 또는 예방을 위한 약제의 제조 방법을 제공한다.

본 발명의 한 양태에서, 병태는 암이다. 암은 유리하게는 임의의 급성 림프구성 암, 급성 골수성 백혈병, 폐포 횡문근 육종, 골암, 뇌암, 유방암, 항문암, 항문관 또는 항문직장암, 안암, 간내 담관암, 관절암, 목, 담낭, 또는 흉막의 암, 코, 비강, 또는 중이의 암, 구강암, 질암, 외음부암, 담관암, 만성 림프구성 백혈병, 만성 골수암, 결장암, 식도암, 자궁경부암, 위암, 위장관 유암종, 신경교종, 호지킨 림프종, 하인두암, 콩팥암, 후두암, 간암, 폐암(예: 비소세포 폐암), 악성 중피종, 흑색종, 다발성 골수종, 비인두암, 비호지킨 림프종, 구인두암, 난소암, 음경암, 췌장암, 복막, 장막 및 장간막의 암, 인두암, 전립선암, 직장암, 신장암, 피부암, 소장암, 연조직암, 위암, 고환암, 갑상선암, 자궁암, 요관암, 방광암, 고형암, 및 액체 종양을 포함하는 임의의 암일 수 있다. 바람직하게는, 암은 상피암이다. 한 양태에서, 암은 담관암종, 흑색종, 결장암, 직장암, 유방암, 폐암, 항문암, 식도암 또는 위암이다.

본 발명의 한 양태에서, 병태는 바이러스 병태이다. 본원의 목적을 위해, "바이러스 병태"는 사람에서 사람으로 또는 유기체에서 유기체로 옮겨질 수 있고 바이러스에 의해 유발되는 병태를 의미한다. 본 발명의 한 양태에서, 바이러스 병태는 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 헤파드나바이러스, 유두종 바이러스, 아데노바이러스, 코로나바이러스, 오르토믹소바이러스, 파라믹소바이러스, 플라비바이러스 및 칼리시바이러스로 이루어진 군으로부터 선택된 바이러스에 의해 유발된다. 예를 들어, 바이러스 병태는 호흡기 세포융합 바이러스(RSV), 인플루엔자 바이러스, 단순 헤르페스 바이러스, 엡슈타인-바르 바이러스, HPV, 수두 바이러스, 거대 세포 바이러스, A형 간염 바이러스, B형 간염 바이러스, C형 간염 바이러스, 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 인간 T-림프자극성 바이러스, 칼리시바이러스, 아데노바이러스 및 아레나 바이러스로 이루어진 군으로부터 선택된 바이러스에 의해 유발될 수 있다. 본 발명의 한 양태에서, 바이러스 병태는 본원에 기재된 임의의 바이러스에 의해 유발된 만성 바이러스 감염일 수 있다. 바이러스 병태는 예를 들어, 인플루엔자, 폐렴, 헤르페스, 간염, A형 간염, B형 간염, C형 간염, 만성 피로 증후군, 중증 급성 호흡기 증후군(SARS: sudden acute respiratory syndrome), 위장염, 장염, 심장염, 뇌염, 세기관지염, 호흡기 유두종증, 수막염, HIV/AIDS, HPV 감염 및 단핵구증일 수 있다. 본 발명의 한 실시양태에서, 바이러스 병태는 암 관련 바이러스에 의해 유발되는 바이러스 감염이다.

본 발명의 방법에서 언급된 포유동물은 임의의 포유동물일 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "포유동물"은 마우스 및 햄스터와 같은 설치목의 포유동물, 및 토끼와 같은 중치목의 포유동물을 포함하나 이에 제한되지 않는 임의의 포유동물을 지칭한다. 포유동물은 고양이과(고양이) 및 개과(개)를 포함하는 육식 동물목에서 유래하는 것이 바람직하다. 바람직하게는, 포유동물은 소류(소) 및 돼지류(돼지)를 포함하는 우제목 또는 말류(말)를 포함하는 기제목에서 유래한다. 바람직하게는, 포유동물은 영장류, 세보이드(Ceboid) 또는 시모이드(Simoid)(원숭이)목 또는 유인원목(인간 및 유인원)으로부터 유래한다. 보다 바람직한 포유동물은 인간이다. 특히 바람직한 양태에서, 포유동물은 표적 항원을 발현하는 환자이다.

하기 실시예는 본 발명을 추가로 예시하지만, 물론 그 범주를 어떤 식으로든 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다.

실시예

실시예 1

본 실시예는 대장암 환자의 말초 혈액으로부터 신생항원-반응성 T 세포에 의해 공유되는 유전자 발현 프로파일의 식별을 입증하고, 상기 유전자 프로파일은 단일 세포 전사체 분석의 결과의 tSNE 분석을 사용하여 식별된다.

유전자 시그니처를 확립하기 위해, 먼저 CD8⁺ T 세포를 대장암 환자(4246)로부터 상기 환자에게 ACT를 투여하기 전에 혈액 샘플로부터 분리하였다. 이어서, 종양 단편 기능적 스크리닝에 의해 앞서 식별하였던 공지된 신생항원에 의해 로딩(loading)된 HLA 테트라머에 의한 염색을 사용하여, 신생항원-반응성 세포를 형광-활성화된 세포 분류(FACS)에 의해 상기 샘플의 나머지로부터 분리하였다. 이어서, 분류된 신생항원-반응성 세포를 테트라머에 의해 염색되지 않은 T 세포에 의해 1:10 비(신생항원-반응성 : 비반응성)로 희석하고, 샘플을 10배 단일 세포 전사체 및 TCR 시퀀싱으로 보냈다(도 1). 혈액 중 신생항원-반응성 세포의 빈도는 1 x 10⁶ T 세포 중 1로 낮을 수 있기 때문에, 혈액으로부터의 신생항원-반응성 세포의 분류를 수행하여 신생항원-반응성 세포의 빈도를 증가시켰다. 테트라머 음성 세포를 첨가하여 혈액 중 신생항원-반응성 T 세포가, 이를 동일한 혈액 샘플로부터의 비신생항원-반응성 세포로부터 분리할 수 있는 구별되는 유전자 시그니처를 나타내는지에 대해 시험하였다(도 2a 및 2b). 공지된 신생항원으로 로딩된 HLA 테트라머가 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일을 식별하는 본 실험에 사용되었지만, 본원에 기재된 유전자 발현 프로파일은 임의의 HLA 분자, 신생항원, 또는 환자에 의해 발현되는 돌연변이를 식별하거나 임의의 테트라머 음성 세포를 샘플에 첨가함 없이 신생항원-반응성 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 데 사용될 수 있는 것으로 여겨진다.

2개의 CD8⁺ T 세포 한정된(CD8⁺ T-cell restricted) 신생항원(MYO5B 및 ARMC9)을 통상적인 TIL 단편 스크린에 의해 대장암 환자 4246에서 선행하여 식별하였다. 이어서, 신생한원 특이적 HLA-돌연변이 펩티드(pHLA) 테트라머를 구축하였다. pHLA 테트라머 양성 및 음성 T 세포를 1:10 비로 분류하였다. 도 1에 개관되어 있는 바와 같이, 테트라머 음성 CD8 농축된/분리된 혈액 T 세포를 스파이킹(spiking)한 후, 혈액으로부터의 T 세포의 전사체 및 T 세포 수용체(scRNA 및 scTCR)의 조합된 단일 세포 분석을 수행하였다.

scRNA 분석의 tSNE 분석은 그 유전자 시그니처에 의해 클러스터로 분리될 수 있는 상이하고 구별되는 집단을 나타냈다(도 2a). 공지된 신생항원-반응성 TCR 서열을 tSNE 플롯 상에 중첩시키는 것은 대다수의 공지된 신생항원-반응성 TCR이 클러스터 4에 존재함을 나타냈다(도 2b). 이는 종양 반응성 신생항원 특이적 T 세포가, 단일 세포 분석에 의해 전처리 혈액 중 포획된 톡특한 전사 상태를 나타냄을 시사한다.

클러스터 4의 더 정밀한 분석은 공지된 신생항원 특이적 TCR을 갖는 클러스터 4가 상기 클러스터 내의 상향조절된 유전자, 예를 들어, CARS, CD39(ENTPD1), CD70, CD82, CTLA4, CXCL13, HAVCR2(TIM3), HLA-DRA, HLA-DRB1, ITAGE, LAG3, LGALS3, PDCD1(PD-1), SA100A4, TIGIT 및 TOX, 및 일부의 기억 관련 유전자, 예컨대, CD62L(SELL)을 기반으로 하는 활성화된-기능장애적 시그니처를 나타냄을 시사하였다(도 3). 본 실시예에 기재된 유전자는 다수의 반응성 세포를 함유하는 클러스터(농축 클러스터) 내의 상향조절된 유전자이다.

실시예 2

본 실시예는 대장암 환자의 말초 혈액으로부터 단리된 신생항원-반응성 T 세포에 의해 공유되는 유전자 발현 프로파일의 식별을 입증하고, 상기 유전자 프로파일은 혈액 샘플 중 신생항원-반응성 T 세포의 유전자 발현을 모든 타 세포의 유전자 발현과 비교함으로써 식별된다.

단일 세포 전사체 분석을 사용하여, 실시예 1에서 식별된 신생항원-반응성 T 세포에 의한 다양한 유전자의 발현 수준을 측정하고 환자 4246의 말초 혈액 샘플 중 비신생항원-반응성 T 세포의 것과 비교하였다.

표 1A는 차이 발현 분석(differential expression analysis)에 의해 측정할 때 비신생항원-반응성 T 세포와 비교한 신생항원-반응성 T 세포에 의해 발현되는 최상 유전자를 나타낸다.

표 1B는 차이 발현 분석에 의해 측정할 때 비신생항원-반응성 T 세포와 비교한 신생항원-반응성 T 세포에 의해 하향조절되는 최상 유전자를 나타낸다.

[표 1A]

[표 1B]

실시예 3

본 실시예는 실시예 1의 클러스터 4에서 식별된 대다수(93.33%)의 재구축된 TCR이 환자에 의해 발현되는 두 신생항원 중 하나를 특이적으로 인식함을 입증한다.

이어서, 클러스터 4의 유전자 시그니처가 신생항원-반응성을 예측할 수 있는 지를 시험하기 위해, 클러스터 4에 존재하는 15개의 상이한 TCR을 구축하였다(표 2A). 표 2A는 공지된 TCR을 배제하고, 빈도에 의한 클러스터 4의 최상 TCR을 나타낸다. TCR 1 내지 15를 클러스터 내의 이의 빈도를 기반으로 구축하였다. 선행 공지된 신생항원-반응성 TCR은 표 2B에 제시된다.

[표 2A]

[표 2B]

이어서, 상기 15개의 TCR의 각각의 하나에 대해, 상기 TCR을 인코딩한 뉴클레오티드 서열을 포함하는 재조합 발현 벡터를 동종이계 T 세포에 형질도입하고 공지된 신생항원을 포괄하는 테트라머에 의해 염색하였다. APC 또는 PE 형광단에 접합된 스트렙타비딘을 갖는 테트라머를 사용하여 결합에 기반하는 FACS에 의해 세포를 분류하였다. 발색단 둘 다의 사용은, 진(true) TCR이 상기 발색단 중 어느 것이든 갖는 테트라머에 결합하지만 비특이적 결합은 일반적으로 단일 양성으로만 발생함에 기인하여, 보다 특이적이다.

구축된 15개의 TCR 중, 14개의 TCR(93.33%)은 두 테트라머 중 하나에 대한 특이적 염색을 나타냈다(도 4a 내지 4c). 흥미롭게도, 테트라머 둘 다에 대해 염색을 나타내지 않았던 TCR 14번은 다른 클러스터들과 비교하여 클러스터 4에서 농축을 나타내지 않은 유일한 TCR이었다(표 3, 도 5). 클러스터 4 중 T 세포의 대략 68%가 신생항원 특이적인 것으로 추정된다.

TCR-형질도입된 세포(n = 50,000)를 100 ng HLA B40:01에 의해 형질감염된 Cos7 세포(n = 60,000)와 공동-배양하고 다양한 농도 또는 돌연변이 MYO5B, 야생형(WT) MYO5B, 돌연변이 ARMC9, 또는 WT ARMC9에 의해 펄싱하였다. TCR-형질감염된 세포는 돌연변이된 펩티드를 특이적으로 인식하였다(도 6a 내지 6n).

[표 3]

실시예 1 내지 3에서 입수한 데이터는 하기 결론을 시사한다:

1. 혈액 중 신생항원 특이적 T 세포는 scRNA에 의해 포획된 특유의 전사 시그니처를 발현함(도 3, 표 1a 및 1b);

2. 동일한 전사 모듈(module)로부터의 다른 미지의 TCR의 재구축은 동일한 2개의 신생항원을 인식하는 14개의 추가적인 TCR을 포획함(도 4a 내지 4c, 표3); 및

3. 전처리 혈액으로부터 환자 종양 특이적 신생항원 반응성 TCR을 식별하고 재구축하는 것은 고차원 분석(high dimensional analysis)을 사용하여 실현가능함.

환자 혈액으로부터 신생항원 특이적 TCR을 단리하는 선행 시도들은 상기 T 세포의 매우 낮은 전구체 빈도, 및 혈액으로부터 상기 세포의 표현형 마커를 판정할 수 있는 정확한 접근법의 부재로 인해 역사적으로 어려움이 있어왔다. 본 발명의 방법은 종양 특이적 TCR을 이의 종양 절제술 전에 식별 및 잠재적으로는 단리하여 보다 덜 침습적인 면역요법을 사용할 특유의 기회를 제공하는 플랫폼을 제공한다.

실시예 4

본 실시예는 3명의 암환자의 말초 혈액으로부터 신생항원-반응성 T 세포에 의해 공유되는 종합적 유전자 발현 프로파일의 식별을 입증하고, 상기 유전자 발현은 단일 전사체 분석의 결과의 tSNE 분석을 사용하여 식별된다. 또한, 본 실시예는 암 환자의 말초 혈액으로부터 EBV-반응성 T 세포에 의해 공유되는 종합적인 유전자 발현 프로파일의 식별을 입증하고, 이때, 상기 유전자 프로파일은 단일 세포 전사체 분석의 결과의 tSNE 분석을 사용하여 식별된다.

실시예 1 내지 3에 기재된 방법을 2명의 추가적인 전이성 암 환자 4287(결장암) 및 4317(직장암)에 대해 수행하였다. 분석은 3명의 환자 전체, 즉 환자 4287, 4317 및 환자 4246으로부터의 샘플로부터 종합적인 유전자 시그니처를 제공하였다. 환자 4246은 실시예 1 내지 3에서 분석하였다.

환자 4287은 또한 엡슈타인-바르 바이러스에 양성이었다. 실시예 1 내지 3에 기재된 방법을 또한 환자 4287에 대한 EBV-반응성 T 세포에 대해 수행하였다.

scRNA 분석의 tSNE 분석은 그 시그니처에 의해 클러스터로 분리될 수 있는 상이하고 구별되는 집단을 나타냈다(도 7a). 공지된 신생항원-반응성 TCR 서열(및 환자 4287에 대한 EBV-반응성 TCR 서열)을 tSNE 플롯에 중첩시키는 것은 대다수의 공지된 신생항원-반응성 TCR(및 EBV-반응성 TCR 서열)이 클러스터 9에 존재함을 나타냈다(도 7b).

본 실시예에서 식별되는 신생항원-반응성 T 세포에 의한 다양한 유전자에 의한 발현 수준을 단일 세포 전사체 분석을 사용하여 측정하고 환자 4246, 4287 및 4317의 말초 혈액 샘플 중 비신생항원-반응성 T 세포의 것과 비교하였다.

표 4A는 차이 발현 분석에 의해 측정할 때, 비신생항원-반응성 T 세포와 비교하여 신생항원-반응성 T 세포에 의해 발현된 최상 유전자를 나타낸다.

표 4B는 차이 발현 분석에 의해 측정할 때, 비신생항원-반응성 T 세포와 비교하여 신생항원-반응성 T 세포에 의해 하향조절된 최상 유전자를 나타낸다.

환자 4246, 4287 및 4317의 말초 혈액 CD8⁺ T 세포에 의한 발현을 시험하여 각각의 세포의 유전자 발현 프로파일이 표 4A 및 4B에 식별된 유전자 발현 분석에 어느 정도 근접하는 지를 판정하였다. 표 4A 및 4B에 식별된 것과 가장 근접한 유전자 발현 프로파일을 나타내는 상기 세포의 최상 95번째 백분위수의 유전자 발현 프로파일을 하기 표 5에 나타냈다.

[표 4A]

[표 4B]

본 실시예에서 식별된 대체(alternative) 유전자 프로파일은 하기 표 4C에 제시된다.

[표 4C]

[표 5]

실시예 5

본 실시예는 CD39⁺CD103⁺-발현 세포를 FACS-분류함에 의한 환자 4246의 전처리 혈액 샘플로부터 신생항원-반응성 TCR의 검출을 입증한다.

실시예 4의 단일 세포 시퀀싱 결과를 기반으로, 혈액 중 활성화된 기억 T 세포 상의 표면 마커(예컨대, CD39⁺CD103⁺, CD39⁺TIGIT⁺ 및 CD39⁺PD-1⁺)의 발현에 근거하여 신생항원-반응성 T 세포를 분류-농축하는 방법을 개발하였다.

환자 4246의 전처리 혈액 샘플로부터의 CD8⁺ 세포를 CD45RO⁺CD45RA^-HLA-DR⁺의 발현 및 CD39 및 CD103의 공동-발현에 기반하여 분류하고 TCR 시퀀싱하였다. 분류된 집단 중 공지된 신생항원-반응성 TCR의 빈도를 벌크(bulk) 전처리 혈액 샘플 중 이의 빈도와 비교하여 표 6에 나타냈다(N.D.: 검출되지 않음, N/A 적용가능하지 않음).

[표 6]

실시예 6

본 실시예는 전이성 HPV⁺ 항문암 환자의 말초 혈액으로부터 HPV-반응성 CD8⁺ T 세포의 검출을 입증한다.

CD39⁺CD103⁺을 발현하는 CD8⁺ T 세포(CD8⁺CD45RO⁺CD45RA^-HLA-DR⁺를 통해 게이팅(gating)됨)를 전이성 HPV⁺ 항문암 환자의 혈액 샘플로부터 분류하였다. 분류된 세포를 HPV-반응성 CD8⁺ T 세포에 대해 농축시켰다. 분류된 집단 중 공지된 HPV-반응성 TCR의 빈도를 실시예 5에 기재된 벌크 전처리 혈액 샘플 중 이의 밀도와 비교하였다. HPV-반응성 클론의 빈도는 분류된 하위 집합 중 4%(4/96) 및 혈액 중 0.2%였다.

실시예 7

본 실시예는 CD39⁺-발현 세포를 FACS-분류함에 의한 대장암 환자 4400의 전처리 혈액 샘플로부터 신생항원-반응성 CD4⁺ T 세포 수용체의 검출을 입증한다.

CD4⁺ 세포의 농축 전략은 도 9a에 도시되어 있다. 요약하여, CD8⁺ T 세포에 대해 실시예 1 내지 3에 사용된 접근법과 유사하게, 신생항원-반응성 CD4⁺ T 세포 공동-발현 HLA-DR 및 CD39를 분류하고 벌크 CD4⁺ T 세포와 혼합하였다(1:1 비율). 상기 혼합물을 10x 단일 세포 전사체 및 TCR 시퀀싱으로 보냈다. CD4⁺ TCR에 대한 테트라머의 이용가능성 및 신뢰성이 제한되기 때문에, CD8⁺ 결과, 및 신생항원-반응성 CD4⁺ 세포가 활성화된 기억 표현형을 발현한다는 추정에 근거하여, 신생항원-반응성 CD4⁺ T 세포를 CD4⁺CD45RO⁺CD45RA^-HLA-DR⁺CD39⁺-발현 세포를 FACS-분류함에 의해 농축시켰다(도 9b).

균일 다중 근사 및 투영(Uniform Manifold Approximation and Projection, UMAP) 분석에 기반하여, 선행 공지된 반응성 클론은 클러스터 7 및 12에 주로 존재하였다(도 9b 및 9c). 상기 클러스터에서 현저히 상향조절된 유전자의 표를 생성하였다(표 7). 표 7에서의 유전자는 CD8⁺ 세포에 대해 생성된 유전자 시그니처와 겹쳐졌다.

이어서, 유전자 시그니처가 공지된 반응성 클론과 추정상 신생항원-반응성 클러스터를 포획할 수 있는 지를 시험하였다. 분석은 유전자 시그니처가 CD4⁺ 세포에 사용될 수 있고, 추정상 신생항원-반응성 클러스터를 포획할 수 있음을 나타냈다(도 9d). 현저하게, 유전자 시그니처의 높은 발현(90번째 백분위수)을 나타내는 세포 중에서 CD4⁺ Treg 세포의 하위 집합이 있었다. 상기 세포는 생물정보학적으로 제거될 수 있고(도 9e 및 9f), CD25 및 CD127 표면 마커(예컨대, CD25^- 및 CD127^-)를 사용하여 FACS-분류로부터 배제될 수 있다(Treg 세포는 CD25⁺CD127^lo 발현에 의해 정의될 수 있음).

[표 7]

실시예 8

본 실시예는 세포 표면 마커를 기반으로 하여 세포를 FACS-분류함에 의해 3명의 추가적인 전이성 위장암 환자의 전처리 혈액 샘플로부터 신생항원-반응성 CD8⁺ T 세포의 검출을 입증한다.

상기 방법을 시험하기 위해, 신생항원-반응성 CD8⁺ T 세포는 세포 표면 마커를 사용하여 3명의 추가적인 전이성 위장암 환자(4382, 4214 및 4422)로부터 농축된 세포였다. CD8⁺CD45RO⁺CD45RA^-HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 또는 CD103⁺ 또는 CD39⁺CD103⁺을 발현하는 세포를 벌크 CD8⁺세포와 공지된 비율로 혼합하였다. 이어서, 세포를 단일 세포 차세대-시퀀싱(next-generation-sequencing)에 투입하고 처음 3명의 환자와 함께 분석하였다. 도 10a에서, UMAP 분석은 상기 세포가 13개의 클러스터에서 클러스터화되고, 4명의 환자로부터의 선행 공지된 신생항원-반응성 T 세포가 클러스터 4 및 8에서 주로 클러스터화됨을 나타냈다(도 10b). 클러스터 4 및 8에서 상향조절된 유전자를 표 8A(클러스터 8) 및 8B(클러스터 4)에 나타냈다.

[표 8A]

[표 8B]

EBV, Flu, 및 CMV, EBV 또는 Flu(CEFx)로부터 유래된 펩티드의 풀에 대한 반응성을 나타내는 세포를 도 10b에서 UMAP 공간에 투영시켰다. 3명의 환자(4246, 4317 및 4287)의 샘플로부터 발달한 유전자 시그니처를 시험하기 위해(표 4A 및 4B), 표 4A 및 4B에 식별된 가장 근접한 유전자 발현 프로파일을 나타내는 상기 세포의 최상 90번째 백분위수를 UMAP 및 강조된 클러스터 4 및 8에 투영시켰다(도 10c).

본원에 인용된 간행물, 특허 출원 및 특허를 포함한 모든 참고문헌은, 각 참고문헌이 개별적으로 및 구체적으로 참고로 포함되는 것으로 지시되고 그 전체가 본원에 제시된 것과 동일한 정도로 참고로 본원에 포함된다.

본 발명을 설명하는 데 있어서(특히 하기 청구범위와 관련하여) 용어 "하나" 및 "한개" 및 "그" 및 "하나 이상", 및 유사한 지시체의 사용은, 본원에 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 단수 및 복수 둘 다를 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 하나 이상의 항목의 목록이 수반되는 "하나 이상"이라는 용어(예를 들어, "A 및 B 중 하나 이상")의 사용은, 본원에 달리 지시되거나 문맥상 명백하게 모순되지 않는 한, 나열된 항목들로부터 선택된 하나의 항목(A 또는 B) 또는 나열된 항목 중 둘 이상의 임의의 조합(A 및 B)을 의미하는 것으로 해석되어야 한다. "포함하는", "갖는", "포함되는" 및 "함유하는"이라는 용어는, 달리 언급되지 않는 한, 개방형 용어(즉, "포함하지만 이에 제한되지 않는"을 의미함)로 해석되어야 한다. 본원에서 값의 범위에 대한 언급은, 본원에 달리 지시되지 않는 한 범위 내에 속하는 각각의 별도의 값을 개별적으로 지칭하는 약식 방법으로서 역할을 하기 위한 것일 뿐이며, 각각의 별도의 값은 본원에 개별적으로 인용된 것처럼 명세서에 포함된다. 본원에 기재된 모든 방법은, 본원에 달리 지시되거나 문맥상 명백히 모순되지 않는 한, 임의의 적합한 순서로 수행될 수 있다. 본원에 제공된 임의의 모든 예 또는 예시적인 언어(예를 들어, "~와 같은")의 사용은 단지 본 발명을 더 잘 설명하기 위한 것이며 달리 청구되지 않는 한 본 발명의 범주를 제한하지 않는다. 명세서의 어떤 언어도 청구되지 않은 요소를 본 발명의 실행에 필수적인 것으로 나타낸다고 해석되어서는 안 된다.

본 발명을 수행하기 위해 본 발명자들에게 알려진 최상의 방식을 포함하여 본 발명의 바람직한 양태가 본원에 기재된다. 이러한 바람직한 양태의 변형은 전술한 기재내용을 읽을 때 당업자에게 명백해질 수 있다. 본 발명자들은 적절하다면 당업자가 그러한 변형을 사용하기를 기대하고, 본 발명자들은 본원에 구체적으로 기재된 것과는 다르게 본 발명이 실시되기를 의도한다. 따라서, 본 발명은 적용 가능한 법률이 허용하는 바에 따라 본원에 첨부된 청구범위에 인용된 대상의 모든 변형 및 등가물을 포함한다. 더욱이, 본원에 달리 지시되거나 문맥상 명백히 모순되지 않는 한, 본 발명의 모든 가능한 변형에서의 상기-기재된 요소의 임의의 조합은 본 발명에 포함된다.

Claims

환자의 종양 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계;
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계; 및
선택된 T 세포를 선택되지 않은 세포로부터 분리하는 단계
를 포함하고, 이때, 분리된 선택된 T 세포가 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제공하고, 표적 항원이 암 특이적 돌연변이, 암 항원 또는 암 관련 바이러스 항원에 의해 인코딩된 신생항원이고, 유전자 발현 프로파일이
(a) ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 중 하나 이상;
(b) CARS⁺, CD39⁺(ENTPD1)⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CTLA4⁺, CXCL13⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LAG3⁺, LGALS3⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 중 하나 이상;
(c) CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^- 중 하나 이상;
(d) CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상;
(e) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺ 중 하나 이상;
(f) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺ 중 하나 이상;
(g) CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺ 중 하나 이상;
(h) CD4⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 중 하나 이상;
(i) CD4⁺, 및 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺ 중 하나 이상;
(j) CD4⁺, 및 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺ 중 하나 이상;
(k) AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺ 중 하나 이상;
(l) ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺;
(m) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺ 중 하나 이상;
(n) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺ 중 하나 이상; 또는
(o) ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^-중 하나 이상
을 포함하는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 방법.
제1항에 있어서,
(a) 유전자 발현 프로파일이 ACTG1⁺, AES⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARPC2⁺, ARPC3⁺, CD3D⁺, CD52⁺, CD7⁺, CD62L⁺, CD99⁺, CORO1A⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCL13⁺, EMP3⁺, FLNA⁺, FTL⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, H2AFV⁺, HMGB2⁺, IL32⁺, ITGB1⁺, LSP1⁺, LTB⁺, PPIA⁺, S100A10⁺, S100A4⁺, S100A6⁺, SLC25A5⁺, SUB1⁺, TIGIT⁺, TMSB10⁺, VIM⁺, ACTB^-, B2M^-, BTG1^-, CCL4^-, CCL4L2^-, CCL5^-, CD74^-, EEF1A1^-, FTH1^-, GZMK^-, HLA-DRA^-, MTRNR2L12^-, PNRC1^-, RPL10^-, RPL13^-, RPL3^-, RPL30^-, RPL32^-, RPL34^-, RPLP1^-, RPL39^-, RPL5^-, RPLP0^-, RPS12^-, RPS14^-, RPS18^-, RPS19^-, RPS21^-, RPS23^-, RPS24^-, RPS3^-, RPS3A^-, RPS4X^-, RPS6^- 및 ZC3HAV1^- 모두를 포함하거나;
(b) 유전자 발현 프로파일이 CARS⁺, CD39⁺(ENTPD1)⁺, CD62L⁺, CD70⁺, CD82⁺, CXCL13⁺, HLA-DRB1⁺, ITAGE⁺, LGALS3⁺, SA100A4⁺, TIGIT⁺ 및 TOX⁺ 모두를 포함하거나;
(c) 유전자 발현 프로파일이 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, CYTOR⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, RBPJ⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, UBXN11⁺, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CYTIP^-, EEF1G^-, GZMH^-, IMPDH2^-, LINC02446^-, LYAR^-, MYC^-, NKG7^-, NUCB2^-, PITPNC1^-, PLAC8^- 및 TCF7^- 모두를 포함하거나;
(d) 유전자 발현 프로파일이 CD8⁺, 및 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, CARS⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, COTL1⁺, FLNA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MYO1G⁺, PASK⁺, S100A11⁺, TIGIT⁺ 및 UBXN11⁺ 모두를 포함하거나;
(e) 유전자 발현 프로파일이 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 CD103⁺ 모두를 포함하거나;
(f) 유전자 발현 프로파일이 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 TIGIT⁺ 모두를 포함하거나;
(g) 유전자 발현 프로파일이 CD8⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺, CD39⁺ 및 PD-1⁺ 모두를 포함하거나;
(h) 유전자 발현 프로파일이 CD4⁺, 및 CD45RO⁺, CD45RA^-, HLA-DR⁺ 및 CD39⁺ 모두를 포함하거나;
(i) 유전자 발현 프로파일이 CD4⁺, 및 AK4⁺, APOBEC3G⁺, C12orf75⁺, CCL5⁺, CD74⁺, CLIC1⁺, COTL1⁺, CST7⁺, CXCL13⁺, CXCR3⁺, DUSP2⁺, EEF1A1⁺, F2R⁺, GAPDH⁺, GNLY⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, HCST⁺, HLA-DPA1⁺, LYAR⁺, LYST⁺, MRPL10⁺, MYO1G⁺, NKG7⁺, PABPC1⁺, PDCD1⁺, PFN1⁺, PRF1⁺, RAB27A⁺, RPL10⁺, RPL11⁺, RPL13⁺, RPL18A⁺, RPL19⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL8⁺, RPL9⁺, RPLP1⁺, RPS12⁺, RPS13⁺, RPS23⁺, RPS3A⁺, RPS8⁺, SARAF⁺, SELL⁺, TC2N⁺, TMSB4X⁺ 및 TPT1⁺ 모두를 포함하거나;
(j) 유전자 발현 프로파일이 CD4⁺, 및 AC004585.1⁺, ACTB⁺, ACTG1⁺, ALOX5AP⁺, ANXA1⁺, ANXA5⁺, CD52⁺, CD99⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, FAM45A⁺, FTH1⁺, FYB1⁺, GAPDH⁺, GIMAP4⁺, GYPC⁺, IFITM1⁺, IFITM2⁺, IGFBP4⁺, ITGB1⁺, LCP1⁺, LIMS1⁺, LMO4⁺, MALAT1⁺, MIF⁺, MSN⁺, MT-ND3⁺, NDUFA12⁺, PASK⁺, PFN1⁺, PGAM1⁺, PPP2R5C⁺, RARRES3⁺, RILPL2⁺, RPL30⁺, RPL32⁺, RPL34⁺, RPL9⁺, RPS13⁺, RPS25⁺, RPS3A⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SERF2⁺, SLC25A5⁺, SMC4⁺, TIMP1⁺, TMSB4X⁺, VDAC1⁺ 및 ZFP36L2⁺ 모두를 포함하거나;
(k) 유전자 발현 프로파일이 AHNAK⁺, AK4⁺, ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ANXA6⁺, ARL6IP1⁺, ARPC4⁺, ATP2B4⁺, BIN1⁺, BRI3⁺, C12orf75⁺, CALHM2⁺, CAPN2⁺, CAPNS1⁺, CARHSP1⁺, CD74⁺, CD81⁺, CDC25B⁺, CDCA7⁺, CLDND1⁺, CNN2⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DOK2⁺, DYNLL1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ESYT1⁺, FLNA⁺, GPR171⁺, GYG1⁺, GZMA⁺, GZMK⁺, H1FX⁺, HACD4⁺, HIST1H1C⁺, HLA-DMA⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM3⁺, IDH2⁺, IFI27L2⁺, INPP5D⁺, IQGAP2⁺, ITGAL⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, JPT1⁺, LAG3⁺, LGALS1⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LIMS1⁺, MAD1L1⁺, MAP2K2⁺, MAP4K1⁺, MBD2⁺, MED15⁺, MIS18BP1⁺, MKNK2⁺, MXD4⁺, MYADM⁺, MYO1F⁺, MYO1G⁺, NCK2⁺, NDUFA7⁺, NFATC2⁺, OPTN⁺, OSBPL8⁺, P2RY8⁺, PAG1⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PHACTR2⁺, PRDX3⁺, PREX1⁺, PRKCB⁺, PSD4⁺, PSMA2⁺, PYCARD⁺, RAD23B⁺, RASA3⁺, RBM38⁺, RBPJ⁺, RCSD1⁺, RNPEPL1⁺, S1PR4⁺, SH2D1A⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SLC16A3⁺, SLC2A4RG⁺, SLC4A7⁺, SLF1⁺, SPN⁺, STK24⁺, TC2N⁺, TEX264⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TLN1⁺, TMC8⁺, TMX4⁺, TOX⁺, TPM4⁺, TRAPPC5⁺, TXN⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, VOPP1⁺, WNK1⁺, YWHAE⁺ 및 YWHAQ⁺ 모두를 포함하거나;
(l) 유전자 발현 프로파일이 ALOX5AP⁺, ARID5B⁺, CCR4⁺, CD55⁺, CDKN1B⁺, COTL1⁺, CREM⁺, DCXR⁺, DGKA⁺, ELOVL5⁺, EML4⁺, EZR⁺, GATA3⁺, GPR183⁺, ICAM2⁺, IL7R⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITM2A⁺, LEF1⁺, LEPROTL1⁺, LTB⁺, NR3C1⁺, P2RY10⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP2R5C⁺, PRKX⁺, RALA⁺, RASA3⁺, RCAN3⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR1⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELL⁺, SESN3⁺, SETD2⁺, SMCHD1⁺, TMEM123⁺, TRAT1⁺ 및 ZFP36⁺ 모두를 포함하거나;
(m) 유전자 발현 프로파일이 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, ARID5B⁺, CAPN2⁺, CARS⁺, CDC25B⁺, CLDND1⁺, COTL1⁺, CREM⁺, CRIP1⁺, CXCR3⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, EMB⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, GATA3⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, IL10RA⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, MED15⁺, MX1⁺, NDUFA12⁺, NR3C1⁺, NSMCE1⁺, P2RY8⁺, PASK⁺, PPP2R5C⁺, RHBDD2⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S1PR4⁺, SAMHD1⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, TIGIT⁺, TRADD⁺ 및 UBXN11⁺ 모두를 포함하거나;
(n) 유전자 발현 프로파일이 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺ 및 YWHAB⁺ 모두를 포함하거나;
(o) 유전자 발현 프로파일이 ALOX5AP⁺, ANXA2⁺, ANXA5⁺, APOBEC3G⁺, ARHGEF1⁺, ARID5B⁺, BIN1⁺, BIN2⁺, C12orf75⁺, C4orf48⁺, CAMK4⁺, CAPN2⁺, CAPZB⁺, CARD16⁺, CARS⁺, CCNDBP1⁺, CD5⁺, CD55⁺, CD82⁺, CDC25B⁺, CHN1⁺, CLECL1⁺, CNN2⁺, CORO1B⁺, COTL1⁺, CRIP1⁺, CYTOR⁺, DCXR⁺, DYNLL1⁺, DYNLT1⁺, EID1⁺, EIF3A⁺, ELOVL5⁺, EMB⁺, ETHE1⁺, FBXW5⁺, FLNA⁺, FYB1⁺, GATA3⁺, GNG2⁺, GSTK1⁺, HLA-DPA1⁺, HLA-DPB1⁺, HLA-DQA2⁺, HLA-DQB1⁺, HLA-DRA⁺, HLA-DRB1⁺, HLA-DRB5⁺, HNRNPUL1⁺, ICAM2⁺, ICAM3⁺, IL10RA⁺, IRF7⁺, ISG15⁺, ISG20⁺, ITGAE⁺, ITGB1⁺, ITGB7⁺, ITM2A⁺, KLF2⁺, LGALS3⁺, LIME1⁺, LY6E⁺, MAD1L1⁺, MED15⁺, MFNG⁺, MTERF4⁺, MX1⁺, MYO1G⁺, NDUFA12⁺, NDUFB9⁺, NELL2⁺, NR3C1⁺, NUDT21⁺, OCIAD2⁺, OPTN⁺, P2RY8⁺, PARP1⁺, PASK⁺, PLP2⁺, PPP1R7⁺, PPP2R5C⁺, PSMB2⁺, PSTPIP1⁺, PYCARD⁺, RBPJ⁺, RHBDD2⁺, RNASEH2B⁺, RNASET2⁺, S100A11⁺, S100A4⁺, S1PR4⁺, SAMSN1⁺, SELPLG⁺, SH3KBP1⁺, SHMT2⁺, SIT1⁺, SMCHD1⁺, SPN⁺, STK38⁺, SYTL1⁺, SYTL3⁺, TAGAP⁺, TBC1D10C⁺, TGFB1⁺, TIGIT⁺, TMPO⁺, TMX4⁺, TPGS1⁺, TPM4⁺, TRADD⁺, TSPO⁺, TXN⁺, UBE2L6⁺, UBXN11⁺, UCP2⁺, YWHAB⁺, ANKRD12^-, APMAP^-, CCL4^-, CCL5^-, CCR7^-, CD48^-, CD8B^-, CXCR4^-, CYTIP^-, DARS^-, EEF1B2^-, EEF1G^-, GZMH^-, HSP90AB1^-, IMPDH2^-, ISCU^-, LBH^-, LINC02446^-, LYAR^-, MGST3^-, MT-ND2^-, MT-ND5^-, MYC^-, NDUFV2^-, NFKBIA^-, NKG7^-, NUCB2^-, PDCD4^-, PITPNC1^-, PLAC8^-, PRF1^-, PRMT2^-, RPL17^-, RPS17^-, SNHG7^-, SNHG8^-, STK17A^-, TCF7^-, TOMM7^-, WSB1^- 및 ZFAS1^- 모두를 포함하는, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서,
유전자 발현 프로파일이 HAVCR2⁺(TIM3)⁺ 및 PDCD1⁺(PD1⁺) 중 하나 또는 둘 다를 추가로 포함하는, 방법.
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
혈액 샘플이 T 세포 요법으로 치료받지 않은 환자로부터의 것인, 방법.
제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계가 상기 혈액 샘플로부터 CD8⁺ T 세포를 단리하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
환자의 혈액 샘플로부터 T 세포를 단리하는 단계가 상기 혈액 샘플로부터 CD4⁺ T 세포를 단리하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
환자에 의해 발현되는 임의의 HLA 분자를 식별하는 것을 요하지 않는 방법.
제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가
(i) 유전자 발현 프로파일의 양성으로 발현된 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 존재를 검출하는 단계;
(ii) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 음성인 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 부재를 검출하는 단계;
(iii) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 음성인 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 양을 측정하는 단계; 및/또는
(iv) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 양성인 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 양을 측정하는 단계
를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가
(i) 유전자 발현 프로파일의 양성으로 발현된 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 존재를 검출하는 단계;
(ii) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 음성인 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 부재를 검출하는 단계;
(iii) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 음성인 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 양을 측정하는 단계; 및/또는
(iv) 유전자 발현 프로파일에서 발현에 대해 양성인 유전자에 의해 인코딩된 RNA의 양을 측정하는 단계
를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가 하나 이상의 단일 세포 차원 축소 방법을 수행하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가 전사체 분석의 세포 인덱싱(indexing)을 수행하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가 시퀀싱(sequencing) 분석에 의한 에피토프를 수행하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서,
유전자 발현 프로파일을 갖는 단리된 T 세포를 선택하는 단계가 단일 세포 전사체 분석을 수행하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
(a)를 포함하는 방법.
제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
(b)를 포함하는 방법.
제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
방법이 (i) 또는 (j)를 포함하고, 유전자 발현 프로파일이 CD25^- 및 CD127^- 중 하나 또는 둘 다를 추가로 포함하는, 방법.
제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
암 관련 바이러스 항원이 인유두종바이러스(HPV: human papillomavirus) 항원 또는 엡슈타인-바르 바이러스(EBV: Epstein-Barr virus)인, 방법.
제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계;
농축된 집단에서의 T 세포를 별도의 단일 T 세포 샘플로 분류하는 단계;
하나 이상의 별도의 단일 T 세포 샘플에서의 T 세포 수용체(TCR: T cell receptor) 상보성 결정 영역 3(CDR3)을 시퀀싱하는 단계;
CDR3을 포함하는 알파 쇄 가변 영역을 별도의 단일 T 세포 샘플의 핵산에 의해 인코딩된 CDR3을 포함하는 베타 쇄 가변 영역과 짝짓는 단계;
짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 숙주 세포 내로 도입하고, 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 숙주 세포에 의해 발현시키는 단계;
짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 발현하는 숙주 세포를 표적 항원에 대한 항원 특이성에 관하여 스크리닝(screening)하는 단계; 및
표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 짝지어진 알파 쇄 가변 영역 및 베타 쇄 가변 영역을 선택하는 단계
를 포함하고, 이때, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분이 단리되는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 단리하는 방법.
제18항에 따른 방법에 따라 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 단리하는 단계; 및
단리된 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 말초 혈액 단핵 세포(PBMC: peripheral blood mononuclear cell) 내로 도입하여 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포를 수득하는 단계
를 포함하는, 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포의 집단을 제조하는 방법.
제19항에 있어서,
T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 PBMC의 수를 확장시키는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제18항에 따른 방법에 따라 단리된 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분.
제1항 내지 제17항, 제19항 및 제20항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 제조된 단리된 세포의 집단.
제22항에 따른 단리된 세포의 집단 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물.
포유동물에서 암 또는 바이러스 병태인 병태를 치료 또는 예방하는데 사용하기 위한 제21항에 따른 T 세포 수용체, 제22항에 따른 단리된 세포의 집단, 또는 제23항에 따른 약학 조성물.
(i) 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 표적 항원에 대하여 항원 특이성을 갖는 T 세포의 농축된 집단을 제조하는 단계; 또는
(ii) 제19항 또는 제20항에 따른 방법에 따라 T 세포 수용체 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 단리된 세포의 집단을 제조하는 단계
를 포함하는, 암 또는 바이러스 병태인 병태의 치료 또는 예방을 위한 약제를 제조하는 방법.