KR20220067863A - Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof - Google Patents
Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof Download PDFInfo
- Publication number
- KR20220067863A KR20220067863A KR1020200154578A KR20200154578A KR20220067863A KR 20220067863 A KR20220067863 A KR 20220067863A KR 1020200154578 A KR1020200154578 A KR 1020200154578A KR 20200154578 A KR20200154578 A KR 20200154578A KR 20220067863 A KR20220067863 A KR 20220067863A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- protein
- expression level
- fragment
- dry mouth
- measuring
- Prior art date
Links
- 206010013781 dry mouth Diseases 0.000 title claims abstract description 67
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims description 11
- 208000005946 Xerostomia Diseases 0.000 title abstract description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 73
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 60
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 52
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 36
- 102100032258 Prostaglandin reductase 1 Human genes 0.000 claims abstract description 29
- 102100040804 Zymogen granule protein 16 homolog B Human genes 0.000 claims abstract description 25
- 102100033344 Programmed cell death 6-interacting protein Human genes 0.000 claims abstract description 24
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 21
- 101000891848 Homo sapiens Protein FAM3D Proteins 0.000 claims abstract description 16
- 102100040821 Protein FAM3D Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 31
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 29
- 101710184687 Prostaglandin reductase 1 Proteins 0.000 claims description 24
- 102100036339 Calmodulin-like protein 3 Human genes 0.000 claims description 22
- 101710198445 Programmed cell death 6-interacting protein Proteins 0.000 claims description 21
- 101710130275 Zymogen granule protein 16 homolog B Proteins 0.000 claims description 21
- 102100020771 Immunoglobulin kappa variable 1-8 Human genes 0.000 claims description 20
- 101710193052 Calmodulin-like protein 3 Proteins 0.000 claims description 19
- 102100040307 Protein FAM3B Human genes 0.000 claims description 19
- 101710188168 Immunoglobulin kappa variable 1-8 Proteins 0.000 claims description 18
- 102100034260 Mucin-21 Human genes 0.000 claims description 16
- 102100034223 Golgi apparatus protein 1 Human genes 0.000 claims description 14
- 102100022873 Ras-related protein Rab-11A Human genes 0.000 claims description 14
- 101710136851 Ras-related protein Rab-11A Proteins 0.000 claims description 13
- 108010073382 cysteine-rich fibroblast growth factor receptor Proteins 0.000 claims description 13
- 101000891842 Homo sapiens Protein FAM3B Proteins 0.000 claims description 12
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 11
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 11
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 11
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 11
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 11
- 108050003993 Protein FAM3B Proteins 0.000 claims description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 10
- 101001133088 Homo sapiens Mucin-21 Proteins 0.000 claims description 9
- 108050007209 Nucleobindin-2 Proteins 0.000 claims description 8
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 8
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 8
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 8
- 101710155070 Mucin-21 Proteins 0.000 claims description 7
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 5
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 5
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 claims description 4
- 101001133081 Homo sapiens Mucin-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100034263 Mucin-2 Human genes 0.000 claims description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims description 4
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 3
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 claims description 3
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 claims description 3
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims description 2
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 claims description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 claims description 2
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 claims description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 2
- 102000018098 Nucleobindin-2 Human genes 0.000 claims 4
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 claims 3
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 claims 3
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 claims 3
- 102000014115 Protein FAM3B Human genes 0.000 claims 3
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 claims 3
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 claims 3
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 claims 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 1
- 102100027441 Nucleobindin-2 Human genes 0.000 abstract description 19
- 101001008429 Homo sapiens Nucleobindin-2 Proteins 0.000 abstract description 16
- 101000964560 Homo sapiens Zymogen granule protein 16 homolog B Proteins 0.000 abstract description 4
- 101001134621 Homo sapiens Programmed cell death 6-interacting protein Proteins 0.000 abstract 1
- 101000589859 Homo sapiens Prostaglandin reductase 1 Proteins 0.000 abstract 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 abstract 1
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 40
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 23
- 210000003079 salivary gland Anatomy 0.000 description 17
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 12
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 10
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 9
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 8
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108050000633 Lysozyme C Proteins 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- 102000008791 Lysozyme C Human genes 0.000 description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 208000021386 Sjogren Syndrome Diseases 0.000 description 4
- 208000002925 dental caries Diseases 0.000 description 4
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101000714692 Homo sapiens Calmodulin-like protein 3 Proteins 0.000 description 3
- 206010039424 Salivary hypersecretion Diseases 0.000 description 3
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 3
- 230000032683 aging Effects 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 230000006589 gland dysfunction Effects 0.000 description 3
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 3
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 3
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 208000026451 salivation Diseases 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 238000004885 tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 101001138131 Homo sapiens Immunoglobulin kappa variable 1-8 Proteins 0.000 description 2
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 description 2
- 229940124158 Protease/peptidase inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 102000015849 Protein FAM3D Human genes 0.000 description 2
- 108050004088 Protein FAM3D Proteins 0.000 description 2
- 208000007502 anemia Diseases 0.000 description 2
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 2
- AFYNADDZULBEJA-UHFFFAOYSA-N bicinchoninic acid Chemical compound C1=CC=CC2=NC(C=3C=C(C4=CC=CC=C4N=3)C(=O)O)=CC(C(O)=O)=C21 AFYNADDZULBEJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012468 concentrated sample Substances 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 2
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 2
- 108010004145 leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DRCWOKJLSQUJPZ-DZGCQCFKSA-N (4ar,9as)-n-ethyl-1,4,9,9a-tetrahydrofluoren-4a-amine Chemical compound C1C2=CC=CC=C2[C@]2(NCC)[C@H]1CC=CC2 DRCWOKJLSQUJPZ-DZGCQCFKSA-N 0.000 description 1
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 108010074197 15-Oxoprostaglandin 13-Reductase Proteins 0.000 description 1
- PIXJURSCCVBKRF-UHFFFAOYSA-N 2-amino-3-(5-tert-butyl-3-oxo-4-isoxazolyl)propanoic acid Chemical compound CC(C)(C)C=1ONC(=O)C=1CC([NH3+])C([O-])=O PIXJURSCCVBKRF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100024113 40S ribosomal protein S15a Human genes 0.000 description 1
- 101710198769 40S ribosomal protein S15a Proteins 0.000 description 1
- 102100026397 ADP/ATP translocase 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100027573 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 101710170662 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 102100028704 Acetyl-CoA acetyltransferase, cytosolic Human genes 0.000 description 1
- 101710110450 Acetyl-CoA acetyltransferase, cytosolic Proteins 0.000 description 1
- 102100033892 Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100022463 Alpha-1-acid glycoprotein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710186701 Alpha-1-acid glycoprotein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100022712 Alpha-1-antitrypsin Human genes 0.000 description 1
- 102100033326 Alpha-1B-glycoprotein Human genes 0.000 description 1
- 241000372033 Andromeda Species 0.000 description 1
- 102100034278 Annexin A6 Human genes 0.000 description 1
- 102000004411 Antithrombin III Human genes 0.000 description 1
- 108090000935 Antithrombin III Proteins 0.000 description 1
- 101001123995 Bacillus subtilis (strain 168) FMN reductase [NAD(P)H] Proteins 0.000 description 1
- 206010006326 Breath odour Diseases 0.000 description 1
- 102000005701 Calcium-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010045403 Calcium-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100029968 Calreticulin Human genes 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 102100025473 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 Human genes 0.000 description 1
- 101710190842 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 Proteins 0.000 description 1
- 102100032648 Copine-3 Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 102100025901 D-dopachrome decarboxylase-like protein Human genes 0.000 description 1
- 108030003544 D-dopachrome decarboxylases Proteins 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010013911 Dysgeusia Diseases 0.000 description 1
- 102000015689 E-Selectin Human genes 0.000 description 1
- 108010024212 E-Selectin Proteins 0.000 description 1
- 102100039950 Eukaryotic initiation factor 4A-I Human genes 0.000 description 1
- 101710145855 Eukaryotic initiation factor 4A-I Proteins 0.000 description 1
- 102100031758 Extracellular matrix protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108050007372 Fibroblast Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000018233 Fibroblast Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 102100037362 Fibronectin Human genes 0.000 description 1
- 206010017533 Fungal infection Diseases 0.000 description 1
- 102100024637 Galectin-10 Human genes 0.000 description 1
- 101710112780 Gene 1 protein Proteins 0.000 description 1
- 102400000321 Glucagon Human genes 0.000 description 1
- 108060003199 Glucagon Proteins 0.000 description 1
- 101710087641 Golgi apparatus protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100027619 Histidine-rich glycoprotein Human genes 0.000 description 1
- 102100022653 Histone H1.5 Human genes 0.000 description 1
- 101710192088 Histone H1.5 Proteins 0.000 description 1
- 102100021640 Histone H2B type 1-L Human genes 0.000 description 1
- 101710160673 Histone H2B type 1-L Proteins 0.000 description 1
- 102100033572 Histone H2B type 2-E Human genes 0.000 description 1
- 101710162048 Histone H2B type 2-E Proteins 0.000 description 1
- 101000718437 Homo sapiens ADP/ATP translocase 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000925555 Homo sapiens Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 Proteins 0.000 description 1
- 101001060288 Homo sapiens Alpha-2-HS-glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 101000780137 Homo sapiens Annexin A6 Proteins 0.000 description 1
- 101000793651 Homo sapiens Calreticulin Proteins 0.000 description 1
- 101000941769 Homo sapiens Copine-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000866526 Homo sapiens Extracellular matrix protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001027128 Homo sapiens Fibronectin Proteins 0.000 description 1
- 101001051087 Homo sapiens Galectin-10 Proteins 0.000 description 1
- 101001091385 Homo sapiens Kallikrein-6 Proteins 0.000 description 1
- 101000990902 Homo sapiens Matrix metalloproteinase-9 Proteins 0.000 description 1
- 101000972273 Homo sapiens Mucin-7 Proteins 0.000 description 1
- 101000577891 Homo sapiens Myeloid cell nuclear differentiation antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000990908 Homo sapiens Neutrophil collagenase Proteins 0.000 description 1
- 101000735354 Homo sapiens Poly(rC)-binding protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000606506 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase eta Proteins 0.000 description 1
- 101000659324 Homo sapiens Twinfilin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000782180 Homo sapiens WD repeat-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000013463 Immunoglobulin Light Chains Human genes 0.000 description 1
- 108010065825 Immunoglobulin Light Chains Proteins 0.000 description 1
- 102100026215 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Human genes 0.000 description 1
- 101710111858 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Proteins 0.000 description 1
- 102100036890 Immunoglobulin heavy variable 1-24 Human genes 0.000 description 1
- 101710199154 Immunoglobulin heavy variable 1-24 Proteins 0.000 description 1
- 102100028319 Immunoglobulin heavy variable 3-49 Human genes 0.000 description 1
- 101710111752 Immunoglobulin heavy variable 3-49 Proteins 0.000 description 1
- 102100031802 Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 Human genes 0.000 description 1
- 102100034866 Kallikrein-6 Human genes 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 102100030635 Leukocyte elastase inhibitor Human genes 0.000 description 1
- 101710091916 Leukocyte elastase inhibitor Proteins 0.000 description 1
- 102000013519 Lipocalin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010051335 Lipocalin-2 Proteins 0.000 description 1
- 229930184725 Lipoxin Natural products 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 102100038225 Lysosome-associated membrane glycoprotein 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100033468 Lysozyme C Human genes 0.000 description 1
- 208000002720 Malnutrition Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 102100030412 Matrix metalloproteinase-9 Human genes 0.000 description 1
- 239000004909 Moisturizer Substances 0.000 description 1
- 102100022492 Mucin-7 Human genes 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 102100027994 Myeloid cell nuclear differentiation antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100036640 Myosin-10 Human genes 0.000 description 1
- 101710115163 Myosin-10 Proteins 0.000 description 1
- 102100030411 Neutrophil collagenase Human genes 0.000 description 1
- 208000007117 Oral Ulcer Diseases 0.000 description 1
- 208000025157 Oral disease Diseases 0.000 description 1
- -1 PAUF Proteins 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 229940122907 Phosphatase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108091014577 Phospholipid phosphatase-related protein type 4 Proteins 0.000 description 1
- 102100038124 Plasminogen Human genes 0.000 description 1
- 108010051456 Plasminogen Proteins 0.000 description 1
- 102100034960 Poly(rC)-binding protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010026552 Proteome Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 102100039808 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase eta Human genes 0.000 description 1
- 108010029987 Salivary Proteins and Peptides Proteins 0.000 description 1
- 102000001848 Salivary Proteins and Peptides Human genes 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 102100036223 Twinfilin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100036551 WD repeat-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010029777 actin interacting protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 238000001467 acupuncture Methods 0.000 description 1
- 238000000540 analysis of variance Methods 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000003110 anti-inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 229940125715 antihistaminic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000000739 antihistaminic agent Substances 0.000 description 1
- 229960005348 antithrombin iii Drugs 0.000 description 1
- 238000003782 apoptosis assay Methods 0.000 description 1
- 101150088806 atpA gene Proteins 0.000 description 1
- 210000000227 basophil cell of anterior lobe of hypophysis Anatomy 0.000 description 1
- OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N bis-tris Chemical compound OCCN(CCO)C(CO)(CO)CO OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004094 calcium homeostasis Effects 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003593 chromogenic compound Substances 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 239000005515 coenzyme Substances 0.000 description 1
- NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M coomassie brilliant blue Chemical compound [Na+].C1=CC(OCC)=CC=C1NC1=CC=C(C(=C2C=CC(C=C2)=[N+](CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=2C=CC(=CC=2)N(CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=C1 NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 239000012470 diluted sample Substances 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 238000001647 drug administration Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 150000002066 eicosanoids Chemical class 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 229940126864 fibroblast growth factor Drugs 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 238000002546 full scan Methods 0.000 description 1
- 206010018388 glossodynia Diseases 0.000 description 1
- MASNOZXLGMXCHN-ZLPAWPGGSA-N glucagon Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O)C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC=1NC=NC=1)[C@@H](C)O)[C@@H](C)O)C1=CC=CC=C1 MASNOZXLGMXCHN-ZLPAWPGGSA-N 0.000 description 1
- 229960004666 glucagon Drugs 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 108010044853 histidine-rich proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000013632 homeostatic process Effects 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003914 insulin secretion Effects 0.000 description 1
- 210000004020 intracellular membrane Anatomy 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000005040 ion trap Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000003368 label free method Methods 0.000 description 1
- 239000003591 leukocyte elastase inhibitor Substances 0.000 description 1
- VNYSSYRCGWBHLG-AMOLWHMGSA-M leukotriene B4(1-) Chemical compound CCCCC\C=C/C[C@@H](O)\C=C\C=C\C=C/[C@@H](O)CCCC([O-])=O VNYSSYRCGWBHLG-AMOLWHMGSA-M 0.000 description 1
- 150000002617 leukotrienes Chemical class 0.000 description 1
- 150000002639 lipoxins Chemical class 0.000 description 1
- 238000001294 liquid chromatography-tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000001050 lubricating effect Effects 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 230000001333 moisturizer Effects 0.000 description 1
- 208000030194 mouth disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002200 mouth mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 238000005319 nano flow HPLC Methods 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 210000000653 nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 238000009206 nuclear medicine Methods 0.000 description 1
- 235000018343 nutrient deficiency Nutrition 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 208000028169 periodontal disease Diseases 0.000 description 1
- 201000001245 periodontitis Diseases 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 230000005522 programmed cell death Effects 0.000 description 1
- 150000003180 prostaglandins Chemical class 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000002207 retinal effect Effects 0.000 description 1
- 108010038196 saccharide-binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 208000037921 secondary disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 102000030938 small GTPase Human genes 0.000 description 1
- 108060007624 small GTPase Proteins 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 238000000539 two dimensional gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000003260 vortexing Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/18—Dental and oral disorders
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
구강건조증을 진단하기 위한 타액 바이오마커, 이를 이용한 구강건조증 진단용 조성물, 키트 및 이를 이용한 바이오마커의 검출 방법에 관한 것이다.To a salivary biomarker for diagnosing dry mouth, a composition and kit for diagnosing dry mouth using the same, and a method for detecting a biomarker using the same.
타액선 기능은 여러가지 상태에 따라 영향을 받게 된다. 구강건조증은 입 안에 침이 없어, 주관적으로 구강 건조함을 느끼는 것이다. 구강건조증으로 인하여 타액선의 기능이 감소하고 윤활 작용 또는 항균 작용의 기능이 떨어지면, 구강에 나타나는 이차 질환으로 치아 우식과 치주 질환이 나타날 수 있다. 구강건조증은 타액 분비 기능 저하 초기 단계에서는 인지하기가 어렵고, 일시적인 구강건조증과 기질적인 구강건조증과 구분이 어려워서, 기질적인 타액선기능저하로 인한 구강건조증은 빠른 진단이 어렵다. 노화에 의한 노인성 구강건조증도 기질적인 타액선 기능저하에 기인한다. 타액선 기능저하에 의한 구강건조증은 병이 진행된 이후에 완치가 어렵고, 치료법 또한 질병을 완전히 치료하는 것이 아니라 증상을 완화해주는데 중점을 두고 있다.Salivary gland function is affected by several conditions. Dry mouth is a subjective feeling of dry mouth because there is no saliva in the mouth. When the function of the salivary glands decreases due to dry mouth and the function of lubricating or antibacterial action decreases, dental caries and periodontal disease may appear as secondary diseases in the oral cavity. Dry mouth disease is difficult to recognize in the early stage of decreased salivary function, and it is difficult to distinguish between temporary dry mouth and organic dry mouth. Geriatric dry mouth due to aging is also caused by organic salivary gland dysfunction. Dry mouth caused by salivary gland dysfunction is difficult to cure after the disease has progressed, and treatment focuses on alleviating symptoms rather than completely curing the disease.
구강건조증은 쇼그렌 증후군, 빈혈, 당뇨, 노화, 약물복용, 신경계 질환 등 다양한 원인으로 발생할 수 있다. 최근, 구강건조증을 갖는 개체의 타액 시료에서 바이오마커를 검출하여 쇼그렌 증후군을 진단 및 치료하는 방법이 개발된 바 있다(미국 특허공고 US9,833,519B2). 그러나, 구강건조증을 진단하기 위한 바이오마커는 개발된 바가 없다.Dry mouth can be caused by various causes, such as Sjogren's syndrome, anemia, diabetes, aging, drug use, and nervous system diseases. Recently, a method for diagnosing and treating Sjogren's syndrome by detecting a biomarker in a saliva sample of an individual having dry mouth has been developed (US Patent Publication No. 9,833,519B2). However, a biomarker for diagnosing dry mouth has not been developed.
따라서, 구강건조증을 신속하고 객관적이고 간편하고 비용이 저렴하게 진단할 수 있고, 진단의 정확도 및 특이도가 높은 바이오마커를 개발할 필요가 있다. Therefore, there is a need to develop a biomarker capable of diagnosing dry mouth disease quickly, objectively, simply and inexpensively, and with high diagnostic accuracy and specificity.
구강건조증 진단용 조성물을 제공한다.Provided is a composition for diagnosing dry mouth.
구강건조증 진단용 키트를 제공한다.Provides a kit for diagnosing dry mouth.
구강건조증의 진단 방법을 제공한다.A method for diagnosing dry mouth is provided.
일 양상은 NUCB2(Nucleobindin-2), PDCD6IP(Programmed cell death 6-interacting protein), PTGR1(Prostaglandin reductase 1), FAM3D, 및 ZG16B(Zymogen granule protein 16 homolog B)로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 구강건조증 진단용 조성물을 제공한다.One aspect is the expression level of a gene selected from the group consisting of NUCB2 (Nucleobindin-2), PDCD6IP (Programmed cell death 6-interacting protein), PTGR1 (Prostaglandin reductase 1), FAM3D, and ZG16B (Zymogen
용어 "구강건조증(xerostomia 또는 dry mouth)"은 침 분비가 줄어들거나 그외 다른 다양한 원인에 의해 입 안이 마르는 증상을 말한다. 구강건조증은 타액선 기능 저하(salivary gland hypofunction)로도 불릴 수 있다. 구강건조증은 쇼그렌 증후군, 빈혈, 당뇨, 영양소 결핍, 노화, 약물 복용(예, 항히스타민제, 정신신경계 작용 약물, 고혈압 치료제), 신경계 질환, 정신적 질환(예, 우울증), 및 방사선요법 등의 원인에 의해 야기될 수 있다. 구강건조증이 유발되면, 건조감 자체로 인하여 음식물을 삼키기가 곤란하고, 말을 하기 어려운 불편감을 느낄 수 있고, 충치(치아우식증) 및 풍치(치주염)의 발생이 증가하고 악화되기 쉽고, 구강 내 곰팡이 감염, 혀 통증, 구취, 미각 이상 등이 유발될 수 있다. 구강건조증은 구강궤양과 같은 구강질환의 발생에도 영향을 미칠 수 있다. 구강건조증은 타액분비량 측정(휴식시 타액 분비량이 0.1 mL/분 이하), 타액 조영술, 조직 검사, 또는 핵의학 검사 방법으로 진단될 수 있다. 또한 타액선 조직검사를 통해서도 진단할 수 있는데, 타액선 조직에서 타액선 실질의 퇴축의 정도로 진단할 수 있다. 쇼그렌 증후군 증후군에서 타액선기능저하에 대한 평가로 타액선 조직내의 면역세포의 침투 양상을 측정하여, 면역세포의 침투가 많은 정도에 따라 스코어 0 내지 6으로 분류할 수 있다.The term "xerostomia or dry mouth" refers to a symptom of dry mouth due to decreased salivation or various other causes. Dry mouth can also be referred to as salivary gland hypofunction. Dry mouth can be caused by Sjogren's syndrome, anemia, diabetes, nutritional deficiencies, aging, drug use (e.g., antihistamines, drugs that act on the nervous system, high blood pressure), nervous system disorders, mental disorders (e.g. depression), and radiation therapy. can be caused by When dry mouth is induced, it is difficult to swallow food due to the dryness itself, and you may feel discomfort that it is difficult to speak, the occurrence of tooth decay (dental caries) and tooth decay (periodontitis) increases and is easy to worsen, fungal infection in the mouth, It can cause tongue pain, bad breath, and taste abnormalities. Dry mouth can also affect the development of oral diseases such as oral ulcers. Dry mouth can be diagnosed by measurement of salivation (salivation volume at rest less than 0.1 mL/min), salivography, biopsy, or nuclear medicine examination. It can also be diagnosed through salivary gland biopsy, and the degree of regression of the salivary gland parenchyma in the salivary gland tissue can be diagnosed. In Sjögren's syndrome, the infiltration pattern of immune cells in the salivary gland tissue is measured as an evaluation of salivary gland dysfunction, and it can be classified into
상기 조성물은 타액 시료에서 검출하기 위한 것일 수 있다. 상기 발현 수준은 정상 대조군의 발현 수준에 비해 감소하는 것일 수 있다. The composition may be for detection in a saliva sample. The expression level may be reduced compared to the expression level of the normal control.
NUCB2(Nucleobindin-2)는 칼슘 항상성에 기능을 수행할 수 있는 칼슘-결합 단백질로서, HEL-S-109 또는 NEFA으로도 불릴 수 있다. NUCB2 단백질은 NUCB2 유전자에 의해 코딩되는 단백질일 수 있다. NUCB2는 인간에서 Uniprot 번호 P80303의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. NUCB2는 마우스에서 Uniprot 번호 P81117의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.NUCB2 (Nucleobindin-2) is a calcium-binding protein capable of performing a function in calcium homeostasis, and may also be referred to as HEL-S-109 or NEFA. The NUCB2 protein may be a protein encoded by a NUCB2 gene. NUCB2 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P80303 in humans. NUCB2 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P81117 in a mouse.
PDCD6IP(Programmed cell death 6-interacting protein)는 세포내도입(endocytosis) 또는 예정 세포사(programmed cell death)에 기능을 하는 단백질로서, AIP1, ALIX, DRIP4, 또는 HP95로도 불릴 수 있다. PDCD6IP의 과발현은 세포자살(apoptosis)를 차단할 수 있다. PDCD6IP는 인간에서 Uniprot 번호 Q8WUM4의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. PDCD6IP는 마우스에서 Uniprot 번호 Q9WU78의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.Programmed cell death 6-interacting protein (PDCD6IP) is a protein that functions in endocytosis or programmed cell death, and may also be referred to as AIP1, ALIX, DRIP4, or HP95. Overexpression of PDCD6IP can block apoptosis. PDCD6IP may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q8WUM4 in humans. PDCD6IP may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q9WU78 in the mouse.
PTGR1(Prostaglandin reductase 1)은 프로스타글란딘(prostaglandin), 류코트리엔(leukotriene) 및 리포신(lipoxin)의 염증성 및 항염증성 에이코사노이드(eicosanoid)의 대사 불활성화에 관여하는 NAD(P)H-의존성 산화환원효소이다. PTGR1는 PRG-1, 15-옥소프로스타글란딘 13-환원효소(15-oxoprostaglandin 13-reductase), 디티오에티온-유도성 유전자 1 단백질(dithiolethione-inducible gene 1 protein), DIG-1, 류코트리엔 B4 12-히드록시탈수소효소(leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase: LTB4DH), 또는 NAD(P)H-의존성 알켄/온 산화환원효소(NAD(P)H-dependent alkenal/one oxidoreductase)로도 불릴 수 있다. PTGR1은 인간에서 Uniprot 번호 Q14914의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. PTGR1 마우스에서 Uniprot 번호 P48758의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.PTGR1 (Prostaglandin reductase 1) is a NAD(P)H-dependent oxidoreductase involved in the metabolic inactivation of inflammatory and anti-inflammatory eicosanoids of prostaglandin, leukotriene and lipoxin. to be. PTGR1 is PRG-1, 15-oxoprostaglandin 13-reductase, dithioethione-
FAM3D는 사이토카인 활성에 기능할 수 있고, 글루카곤 분비 또는 인슐린 분비에서 음성 조절을 담당할 수 있다. FAM3D는 인간에서 Uniprot 번호 Q96BQ1의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. FAM3D는 마우스에서 Uniprot 번호 P97805의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.FAM3D may function in cytokine activity and may be responsible for negative regulation in glucagon secretion or insulin secretion. FAM3D may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q96BQ1 in humans. FAM3D may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P97805 in a mouse.
ZG16B(Zymogen granule protein 16 homolog B)는 탄수화물 결합 또는 망막 항상성에 기능을 담당할 수 있다. ZG16B는 EECP, HRPE773, JCLN2, PAUF, PRO1567, 또는 LOC124220으로도 불릴 수 있다. ZG16B는 인간에서 Uniprot 번호 Q96DA0의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. ZG16B는 래트에서 Uniprot 번호 A0A0G2K7Y9의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
상기 단편(fragment)은 상기 단백질의 일부로서, 면역원성 폴리펩티드일 수 있다.The fragment is a part of the protein and may be an immunogenic polypeptide.
상기 유전자는 상기 단백질을 암호화하는 핵산을 말한다. 상기 유전자의 발현 수준은 상기 단백질을 암호화하는 mRNA의 발현 수준일 수 있다. mRNA의 발현 수준은 mRNA의 상대적 양 또는 절대적인 양일 수 있다. 상기 유전자의 발현 수준을 측정하는 것은 mRNA의 양을 측정하는 것일 수 있다.The gene refers to a nucleic acid encoding the protein. The expression level of the gene may be the expression level of mRNA encoding the protein. The expression level of mRNA may be a relative amount or an absolute amount of mRNA. Measuring the expression level of the gene may be measuring the amount of mRNA.
상기 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준은 상기 단백질 또는 이의 단편의 상대적 양 또는 절대적인 양일 수 있다. 상기 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 것은 상기 단백질 또는 이의 단편의 양을 측정하는 것일 수 있다.The expression level of the protein or fragment thereof may be a relative amount or an absolute amount of the protein or fragment thereof. Measuring the expression level of the protein or fragment thereof may be measuring the amount of the protein or fragment thereof.
상기 제제는 상기 단백질 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 앱타머(aptamer)일 수 있다. 상기 항체는 폴리클론 항체 또는 모노클론 항체일 수 있다. 용어 "항체(antibody)"는 용어 "면역글로불린(immunoglobulin)"과 상호교환적으로 사용될 수 있다. 상기 항체는 폴리클론 항체 또는 모노클론 항체일 수 있다. 상기 항체는 전장 항체일 수 있다. 상기 항원 결합 단편은 항원 결합 부위를 포함하는 폴리펩티드를 말한다. 상기 항원 결합 단편은 단일-도메인 항체(single-domain antibody), Fab, Fab', 또는 scFv일 수 있다. 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 고체 지지체에 부착된 것일 수 있다. 상기 고체 지지체는 예를 들어, 금속 칩, 플레이트, 또는 웰(well)의 표면이다. 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 항체 또는 항원 결합 단편일 수 있다. 상기 앱타머는 상기 단백질 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 단일 가닥의 핵산(DNA, RNA 또는 변형핵산)이나 펩티드일 수 있다.The agent may be an antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically binds to the protein or fragment thereof, or an aptamer. The antibody may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody. The term “antibody” may be used interchangeably with the term “immunoglobulin”. The antibody may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody. The antibody may be a full-length antibody. The antigen-binding fragment refers to a polypeptide comprising an antigen-binding site. The antigen-binding fragment may be a single-domain antibody, Fab, Fab', or scFv. The antibody or antigen-binding fragment may be attached to a solid support. The solid support is, for example, a metal chip, a plate, or the surface of a well. The antibody or antigen-binding fragment may be an antibody or antigen-binding fragment. The aptamer may be a single-stranded nucleic acid (DNA, RNA or modified nucleic acid) or peptide that specifically binds to the protein or fragment thereof.
상기 제제는 상기 단백질 또는 이의 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 동일하거나 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산일 수 있다. 상기 핵산은 프라이머, 프로브, 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 상기 프라이머, 프로브, 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 그의 말단 또는 내부에 형광 물질, 화학발광물질(chemiluminescent) 또는 방사성 동위원소 등으로 표지된 것일 수 있다.The agent may be a nucleic acid comprising a polynucleotide identical to or complementary to a polynucleotide encoding the protein or fragment thereof. The nucleic acid may be a primer, a probe, or an antisense oligonucleotide. The primer, probe, or antisense oligonucleotide may be labeled with a fluorescent material, chemiluminescent material, or radioactive isotope at the end or inside thereof.
상기 조성물은 KV108(Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1(Golgi apparatus protein 1), FAM3B(Protein FAM3B), MUC21(Mucin-21), RB11A(Ras-related protein Rab-11A), LYSC(Lysozyme C), 및 CALL3(Calmodulin-like protein 3)로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 제제를 더 포함할 수 있다.The composition is KV108 (Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1 (Golgi apparatus protein 1), FAM3B (Protein FAM3B), MUC21 (Mucin-21), RB11A (Ras-related protein Rab-11A), LYSC (Lysozyme C) , and CALL3 (Calmodulin-like protein 3) may further include an agent for measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of, or the expression level of a protein or a fragment thereof.
KV108(Immunoglobulin kappa variable 1-8)은 면역글로불린 경쇄의 가변 부위일 수 있다. KV108은 IGKV18, L9, 또는 IGKV1-8로도 불릴 수 있다. KV108은 인간에서 Uniprot 번호 A0A0C4DH67의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.KV108 (Immunoglobulin kappa variable 1-8) may be a variable region of an immunoglobulin light chain. KV108 may also be referred to as IGKV18, L9, or IGKV1-8. KV108 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number A0A0C4DH67 in humans.
GSLG1(Golgi apparatus protein 1)은 섬유아세포 성장 인자(Fibroblast growth factor)와 E-selectin에 결합할 수 있다. GSLG1은 CFR-1(Cysteine-rich fibroblast growth factor receptor), ESL-1(E-selectin ligand 1), 또는 Golgi sialoglycoprotein MG-160으로도 불릴 수 있다. GSLG1은 인간에서 Uniprot 번호 Q92896의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. GSLG1은 마우스에서 Uniprot 번호 Q61543의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.Golgi apparatus protein 1 (GSLG1) can bind to fibroblast growth factor and E-selectin. GSLG1 may also be referred to as CFR-1 (Cysteine-rich fibroblast growth factor receptor), ESL-1 (E-selectin ligand 1), or Golgi sialoglycoprotein MG-160. GSLG1 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q92896 in humans. GSLG1 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q61543 in a mouse.
FAM3B(Protein FAM3B)는 췌장에서 알파 세포 및 베타 세포의 세포자살을 유도할 수 있다. FAM3B는 Cytokine-like protein 2-21 또는 PANDER(Pancreatic-derived factor)로도 불릴 수 있다. FAM3B는 인간에서 Uniprot 번호 P58499의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. FAM3B는 마우스에서 Uniprot 번호 Q9D309의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.Protein FAM3B (FAM3B) can induce apoptosis of alpha cells and beta cells in the pancreas. FAM3B may also be called Cytokine-like protein 2-21 or Pancreatic-derived factor (PANDER). FAM3B may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P58499 in humans. FAM3B may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q9D309 in a mouse.
MUC21(Mucin-21)은 폐암종의 바이오마커일 수 있다. MUC21은 Epiglycanin으로도 불릴 수 있다. MUC21은 인간에서 Uniprot 번호 Q5SSG8의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. MUC21은 마우스에서 Uniprot 번호 D9N008 또는 A8QW50의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.MUC21 (Mucin-21) may be a biomarker of lung cancer. MUC21 may also be referred to as Epiglycanin. MUC21 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number Q5SSG8 in humans. MUC21 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number D9N008 or A8QW50 in a mouse.
RB11A(Ras-related protein Rab-11A)는 세포내 막 이동을 조절하는 small GTPase Rab일수 있다. RB11A는 Rab-11 또는 YL8으로도 불릴 수 있다. RB11A 인간에서 Uniprot 번호 P62491의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. RB11A는 마우스에서 Uniprot 번호 P62492의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.Ras-related protein Rab-11A (RB11A) may be a small GTPase Rab that regulates intracellular membrane migration. RB11A may also be referred to as Rab-11 or YL8. RB11A may comprise the amino acid sequence of Uniprot No. P62491 in humans. RB11A may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P62492 in a mouse.
LYSC(Lysozyme C)는 가수분해와 당전이에 기능을 효소이다. LYSC는 1,4-beta-N-acetylmuramidase C로도 불릴 수 있다. LYSC는 인간에서 Uniprot 번호 P61626의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. LYSC는 마우스에서 Uniprot 번호 P17897 또는 P08905의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.LYSC (Lysozyme C) is an enzyme that functions in hydrolysis and glycosylation. LYSC may also be referred to as 1,4-beta-N-acetylmuramidase C. LYSC may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P61626 in humans. The LYSC may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P17897 or P08905 in a mouse.
CALL3(Calmodulin-like protein 3)는 미오신-10의 특정 경쇄로서 기능할 수 있다. CALL3는 CLP(CaM-like protein) 또는 Calmodulin-related protein NB-1로도 불릴 수 있다. CALL3는 인간에서 Uniprot 번호 P27482의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. CALL3는 마우스에서 Uniprot 번호 의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.CALL3 (Calmodulin-like protein 3) can function as a specific light chain of myosin-10. CALL3 may also be referred to as CLP (CaM-like protein) or Calmodulin-related protein NB-1. CALL3 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number P27482 in humans. CALL3 may comprise the amino acid sequence of Uniprot number in the mouse.
다른 양상은 NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, 및 ZG16B로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 구강건조증 진단용 키트를 제공한다.Another aspect provides a kit for diagnosing dry mouth comprising an agent for measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, and ZG16B, or the expression level of a protein or fragment thereof.
NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, ZG16B, 및 구강건조증은 전술한 바와 같다.NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, ZG16B, and xerostomia are as described above.
상기 키트는 구강건조증 진단에 필요한 시료를 더 포함할 수 있다. 상기 키트는 고체 지지체, 항체 또는 항원 결합 단편의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적합한 완충용액, 발색 효소, 형광물질로 표지된 2차 항체, 또는 발색 기질을 포함할 수 있다. 상기 키트는 핵산 검출을 위하여, 중합효소, 완충제, 핵산, 조효소, 형광물질, 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 상기 중합 효소는 예를 들어 Taq 중합효소이다.The kit may further include a sample necessary for diagnosing dry mouth. The kit may include a solid support, a substrate for immunological detection of an antibody or antigen-binding fragment, a suitable buffer, a chromogenic enzyme, a secondary antibody labeled with a fluorescent material, or a chromogenic substrate. The kit may include a polymerase, a buffer, a nucleic acid, a coenzyme, a fluorescent material, or a combination thereof for nucleic acid detection. The polymerase is, for example, Taq polymerase.
상기 키트는 KV108(Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1(Golgi apparatus protein 1), FAM3B(Protein FAM3B), MUC2(Mucin-21), RB11A(Ras-related protein Rab-11A), LYSC(Lysozyme C), 및 CALL3(Calmodulin-like protein 3)로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 제제를 더 포함할 수 있다.The kit includes KV108 (Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1 (Golgi apparatus protein 1), FAM3B (Protein FAM3B), MUC2 (Mucin-21), RB11A (Ras-related protein Rab-11A), LYSC (Lysozyme C) , and CALL3 (Calmodulin-like protein 3) may further include an agent for measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of, or the expression level of a protein or a fragment thereof.
다른 양상은 구강건조증이 의심되는 개체로부터 분리된 타액 시료에서 NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, 및 ZG16B로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 단계; 상기 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계; 및 상기 발현 수준이 정상 대조군의 발현 수준과 비교하여 감소한 경우, 구강건조증으로 결정하는 단계를 포함하는, 구강건조증 진단 방법 또는 구강건조증의 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여 바이오마커를 검출하는 방법을 제공한다.Another aspect comprises the steps of measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, and ZG16B, or the expression level of a protein or a fragment thereof in a saliva sample isolated from a subject suspected of dry mouth; comparing the measured expression level with the expression level of a normal control; And when the expression level is decreased compared to the expression level of the normal control, it provides a method of detecting a biomarker in order to provide information necessary for diagnosing dry mouth or dry mouth, comprising the step of determining dry mouth do.
NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, ZG16B, 및 구강건조증은 전술한 바와 같다.NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, ZG16B, and xerostomia are as described above.
상기 방법은 구강건조증이 의심되는 개체로부터 분리된 타액 시료에서 NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, 및 ZG16B로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함한다.The method comprises measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, and ZG16B, or the expression level of a protein or a fragment thereof, in a saliva sample isolated from a subject suspected of dry mouth. .
상기 개체는 포유동물, 예를 들면, 인간, 소, 말, 돼지, 개, 양, 염소, 또는 고양이일 수 있다. 상기 개체는 구강건조증 장애를 앓고 있거나 구강건조증에 걸린 것으로 의심되는 개체일 수 있다.The subject may be a mammal, such as a human, cow, horse, pig, dog, sheep, goat, or cat. The subject may be suffering from a dry mouth disorder or may be an individual suspected of suffering from dry mouth.
상기 타액 시료는 상기 개체로부터 수득된 타액 시료를 말한다. 상기 타액 시료는 원심분리, 여과 등의 전처리를 거친 시료일 수 있다. 상기 타액 시료는 타액 시료로부터 수득된 단백질 시료 또는 핵산 시료를 포함한다.The saliva sample refers to a saliva sample obtained from the subject. The saliva sample may be a sample that has been subjected to pretreatment such as centrifugation and filtration. The saliva sample includes a protein sample or a nucleic acid sample obtained from the saliva sample.
상기 측정하는 단계는 상기 타액 시료와, 상기 단백질 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 앱타머를 인큐베이션시키거나, 또는 상기 유전자를 코딩하는 폴리뉴클레오티드와 동일하거나 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 인큐베이션시키는 단계를 포함할 수 있다.The measuring may include incubating the saliva sample with an antibody or antigen-binding fragment thereof, or an aptamer that specifically binds to the protein or fragment thereof, or the same as or complementary to a polynucleotide encoding the gene. It may include incubating the specific polynucleotide.
상기 측정하는 단계는 전기영동, 면역블로팅, 효소 결합 면역흡착 분석법(Enzyme-Linked Immunosorbent Assay: ELISA), 중합효소 연쇄 반응, 노던 블로팅(Northern blotting), 폴리머라제 증폭 반응(polymerase chain reaction: PCR), 단백질 칩, 면역침강, 마이크로어레이, 전자현미경법(electron microscopy), 또는 이들의 조합으로 수행될 수 있다. 상기 전기영동은 SDS-PAGE, 등전점 전기영동, 2차원 전기영동, 또는 이들의 조합일 수 있다.The measuring step includes electrophoresis, immunoblotting, enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), polymerase chain reaction, Northern blotting, polymerase chain reaction (PCR). ), protein chip, immunoprecipitation, microarray, electron microscopy, or a combination thereof. The electrophoresis may be SDS-PAGE, isoelectric point electrophoresis, two-dimensional electrophoresis, or a combination thereof.
상기 방법은 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 상기 방법은 NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, 및 ZG16B로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나의 발현 수준이 정상 대조군의 발현 수준과 비교하여 감소하였는지 확인하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 정상 대조군은 구강건조증에 걸리지 않은 군으로서 음성 대조군을 의미한다. 상기 방법에서, 측정된 타액 시료의 발현 수준의 양이 정상 대조군의 발현 수준에 비해 감소할 수 있다. 예를 들어, 검출된 바이오마커의 양이 정상 대조군의 양 보다 적은 경우, 상기 개체는 구강건조증에 걸리거나 걸릴 확률이 높은 것으로 진단될 수 있다. 구강건조증으로 진단된 개체에 구강 관리, 약물 투여 조절, 타액 대체제 투여, 구강보습제 투여, 구강의 전기 자극 또는 침 등의 치료를 수행할 수 있다.The method comprises comparing the measured expression level to the expression level of a normal control. The method may include determining whether the expression level of any one selected from the group consisting of NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, and ZG16B is reduced compared to the expression level of a normal control. The normal control group is a group that does not have dry mouth and means a negative control group. In the method, the amount of the measured expression level of the saliva sample may be reduced compared to the expression level of the normal control. For example, when the amount of the detected biomarker is less than the amount of a normal control, the subject may be diagnosed as having or having a high probability of having dry mouth. Treatments such as oral care, control of drug administration, administration of saliva substitutes, administration of oral moisturizers, electrical stimulation of the oral cavity or acupuncture may be performed on an individual diagnosed with dry mouth.
상기 방법은 KV108(Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1(Golgi apparatus protein 1), FAM3B(Protein FAM3B), MUC2(Mucin-21), RB11A(Ras-related protein Rab-11A), LYSC(Lysozyme C), 및 CALL3(Calmodulin-like protein 3)로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자의 발현 수준, 또는 단백질 또는 이의 단편의 발현 수준을 측정하는 단계를 더 포함할 수 있다.The method is KV108 (Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1 (Golgi apparatus protein 1), FAM3B (Protein FAM3B), MUC2 (Mucin-21), RB11A (Ras-related protein Rab-11A), LYSC (Lysozyme C) The method may further include measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of , and CALL3 (Calmodulin-like protein 3), or the expression level of a protein or a fragment thereof.
일 양상에 따른 구강건조증 진단용 조성물, 키트, 및 이를 이용한 구강건조증의 진단 방법에 따르면, 구강건조증을 간편하고 객관적이고, 높은 정확도 및 특이도로 진단하는데 이용할 수 있다.According to a composition and kit for diagnosing dry mouth disease, and a method for diagnosing dry mouth disease using the same according to an aspect, it can be used to diagnose dry mouth disease simply, objectively, with high accuracy and specificity.
도 1은 정상 대조군과 구강건조증 환자 그룹의 타액 시료의 SDS-PAGE 겔 이미지이다.
도 2는 타액 시료에서 동정된 단백질과 p-값이 0.05 미만으로 통계적으로 유의한 단백질을 분석하여 개수를 나타낸 벤다이어그램이다.
도 3a 내지 도 3e는 Nucleobindin-2, Programmed cell death 6-interacting protein, Prostaglandin reductase 1, Protein FAM3D, 및 Zymogen granule protein 16 homolog B의 정상대조군과 구강건조증 환자군의 스코어에 따른 발현 수준을 나타내는 그래프이다(y 축: 형광 강도, N: 정상대조군, S1: 스코어 1, S2: 스코어 2, S345: 스코어 3 이상).1 is an SDS-PAGE gel image of saliva samples of a normal control group and a group of patients with dry mouth.
2 is a Venn diagram showing the number of proteins identified in a saliva sample and proteins having a p-value of less than 0.05 analyzed and statistically significant.
3a to 3e are graphs showing the expression levels of Nucleobindin-2, Programmed cell death 6-interacting protein,
이하 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나 이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, it will be described in more detail through examples. However, these examples are for illustrative purposes of one or more embodiments, and the scope of the present invention is not limited to these examples.
실시예 1. 구강건조증 환자의 타액 시료에서 차등 발현된 바이오마커의 확인Example 1. Identification of differentially expressed biomarkers in saliva samples of dry mouth patients
1. 구강건조증 환자의 타액 시료의 준비1. Preparation of saliva samples from dry mouth patients
한양대학교로부터 정상 대조군(n=3)과 구강건조증으로 진단된 환자에서 타액 시료를 수집하였다. 구강 건조증은 타액선 분비와 구강 점막 상태에 대한 임상 검사와 타액선 스캔에서 타액선 기능을 평가하여 진단하였다. 타액선 기능은 타액선 조직 검사를 시행하여 타액선 조직의 상태와 타액선 실질 주변에 림프구의 침투 여부에 따라서 스코어 1 내지 스코어 5로 분류하였다. 스코어 1, 스코어 2, 및 스코어 3 내지 5의 3 군으로 분류하여 타액 샘플링을 시행하였다.Saliva samples were collected from a normal control group (n=3) and a patient diagnosed with dry mouth from Hanyang University. Dry mouth was diagnosed by evaluating salivary gland function in clinical examinations of salivary gland secretion and oral mucosa condition, and salivary gland scans. Salivary gland function was classified into a score of 1 to 5 depending on the condition of the salivary gland tissue and the infiltration of lymphocytes around the parenchyma of the salivary gland by performing a salivary gland biopsy. Saliva sampling was performed by classification into 3 groups of
타액 시료의 단백질 분해 또는 변형을 막기 위해, 혈청을 수득한 직후에 수득된 타액 시료에 단백질 분해효소 저해제로서 cOmplete, Mini EDTA-free 프로테아제 저해제 칵테일(Roche) 및 포스파타아제 저해제로서 PhosSTOP(Roche)을 첨가하였다. 상기 저해제는 제조자의 프로토콜에 따라 1개의 정제를 200 ㎕의 인산완충식염수(phosphate bufffered saline: PBS)에 녹여 50 X로 만든 후, 각 시료에 저해제의 최종 농도 1.5 X가 되도록 첨가하였다. 저해제를 첨가한 타액 시료를 정량한 후, 실험에 사용하기 전까지 -80℃에서 보관하였다.In order to prevent proteolysis or modification of the saliva sample, cOmplete as a protease inhibitor, Mini EDTA-free protease inhibitor cocktail (Roche) and PhosSTOP (Roche) as a phosphatase inhibitor were added to the saliva sample obtained immediately after the serum was obtained. added. The inhibitor was dissolved in 200 μl of phosphate buffered saline (PBS) according to the manufacturer's protocol to make 50 X, and then added to each sample so that the final concentration of the inhibitor was 1.5 X. After quantification of the saliva sample to which the inhibitor was added, it was stored at -80°C until used in the experiment.
2. 타액 시료의 농축 및 정량2. Concentration and Quantification of Saliva Samples
4개의 그룹의 총 12개의 타액 시료를 3k 원심분리 필터(Amicon Ultra, Millipore)를 사용하여 농축하였다. 3k 원심분리 필터에 400 ㎕의 물(HPLC 등급, J.T Baker)로 2회 및 400 ㎕의 0.1%(w/v) SDS가 포함된 10 mM Tris 완충액(pH 8.0)을 2회 가하여 필터를 준비하였다.A total of 12 saliva samples from 4 groups were concentrated using a 3k centrifugal filter (Amicon Ultra, Millipore). A filter was prepared by adding 400 μl of water (HPLC grade, J.T Baker) twice and 400 μl of 10 mM Tris buffer (pH 8.0) containing 0.1% (w/v) SDS twice to a 3k centrifugal filter. .
타액 시료를 0.1%(w/v) SDS가 포함된 10 mM Tris 완충액으로 2배 희석하고, 볼텍싱(vortexing)하여 침전물을 제거하였다. 희석된 시료를 준비된 필터에 가한 후, 14000x g의 속도로 10℃에서 약 10분 동안 원심분리하여 시료를 농축하였다. 그 후 시료가 포함된 필터를 0.05%(w/v) SDS가 포함된 10 mM Tris 완충액으로 5회 세척하였다. 새로운 튜브에 세척 후 농축된 시료가 함유된 필터를 뒤집어서 끼운 후, 3000x g의 속도로 10℃에서 약 2분 동안 원심분리하여 농축된 시료를 회수(recovery)하였다.The saliva sample was diluted 2-fold with 10 mM Tris buffer containing 0.1% (w/v) SDS, and the precipitate was removed by vortexing. After adding the diluted sample to the prepared filter, the sample was concentrated by centrifugation at a speed of 14000x g at 10°C for about 10 minutes. After that, the filter containing the sample was washed 5 times with 10 mM Tris buffer containing 0.05% (w/v) SDS. After washing in a new tube, the filter containing the concentrated sample was turned upside down, and the concentrated sample was recovered by centrifugation at a speed of 3000x g at 10°C for about 2 minutes.
회수된 시료는 비신크로니닉산(bicinchoninic acid: BCA) 분석법으로 정량하였다.The recovered sample was quantified by bicinchoninic acid (BCA) analysis.
3. 질량 분석을 위한 시료의 준비 및 젤 내 분해(In-gel digestion)3. Preparation of samples for mass spectrometry and in-gel digestion
프로테옴 분석을 위해, 2.에서 수득된 4개의 그룹의 12개의 개별 시료 55 ㎍을 NuPAGE 겔(4% 내지 12%의 Bis-Tris 겔, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA)을 사용하여 분자량에 따라 분리하였다. 겔을 쿠마시 브릴리언트 블루(Coomassie Brillant Blue R-250)로 염색하였다(도 1). 12개의 개별 시료에 대하여 염색된 젤을 12개의 조각(slice)으로 나누고, 각각의 젤 조각을 마이크로 원심분리 튜브에 옮겼다. 각각의 겔 조각에 함유된 단백질을 56℃에서 이황화 결합을 환원시킨 후, 25℃의 어두운 환경에서 알킬화시키고, 트립신으로 밤새 분해하였다. 이어서, 67%(v/v)의 아세토니트릴(acetonitrile: ACN)/5%(v/v)의 포름산(formic acid: FA)(Wako Pure Chemicals, Osaka, Japan) 용액에서 펩티드를 추출하였다. 추출된 펩티드는 Speedvac에서 건조시킨 후 20 ㎕의 0.4%(v/v) 아세트산에 용해시켰다.For proteome analysis, 55 μg of 12 individual samples from 4 groups obtained in 2. were separated according to molecular weight using NuPAGE gels (Bis-Tris gels from 4% to 12%, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). did The gel was stained with Coomassie Brilliant Blue R-250 (FIG. 1). The stained gel for 12 individual samples was divided into 12 slices, and each gel slice was transferred to a microcentrifuge tube. Proteins contained in each gel piece were reduced by disulfide bonds at 56°C, then alkylated in a dark environment at 25°C, and digested with trypsin overnight. Then, the peptide was extracted from a solution of 67% (v/v) acetonitrile (ACN)/5% (v/v) formic acid (FA) (Wako Pure Chemicals, Osaka, Japan). The extracted peptides were dried in Speedvac and dissolved in 20 μl of 0.4% (v/v) acetic acid.
4. 질량 스펙트럼 분석4. Mass Spectrum Analysis
3.에서 수득한 각각의 시료 10 ㎕를 Eksigent MDLC 시스템(Eksigent Technologies Dublin, CA, USA) 상에서 역상 Magic C18AQ 컬럼(15 cm X 75 ㎛)에 주입하였다. 상기 컬럼을 95%의 완충액 A(0.1%(v/v)의 포름산을 함유하는 100%(v/v)의 물)와 5%(v/v)의 완충액 B(0.1%(v/v)의 포름산을 함유하는 100%(v/v)의 ACN)를 혼합한 완충액으로 평형화시켰다. 작업 유속은 다음의 구배 조건에서 0.35 ㎕/분(min)으로 하였다:10 μl of each sample obtained in 3. was injected onto a reversed-phase Magic C18AQ column (15 cm X 75 μm) on an Eksigent MDLC system (Eksigent Technologies Dublin, CA, USA). The column was mixed with 95% Buffer A (100% (v/v) water containing 0.1% (v/v) formic acid) and 5% (v/v) Buffer B (0.1% (v/v) of 100% (v/v) ACN) containing formic acid) was equilibrated with a mixed buffer. The working flow rate was 0.35 μl/min (min) under the following gradient conditions:
0분 내지 5분에서 100% 완충액 A; 5분 내지 85분에서 92% 완충액 A 및 8% 완충액 B; 85분 내지 90분에서 70% 완충액 A 및 30% 완충액 B; 90분 내지 95분에서 30% 완충액 A 및 70% 완충액 B; 95분 내지 100분에서 30% 완충액 A 및 70% 완충액 B; 및 100분 내지 110분에서 98% 완충액 A 및 2% 완충액 B.100% Buffer A from 0 min to 5 min; 92% Buffer A and 8% Buffer B from 5 min to 85 min; 70% Buffer A and 30% Buffer B from 85 to 90 minutes; 30% Buffer A and 70% Buffer B from 90 min to 95 min; 30% Buffer A and 70% Buffer B from 95 to 100 minutes; and 98% Buffer A and 2% Buffer B from 100 to 110 minutes.
나노 HPLC 시스템을 LTQ XL-Orbitrap 질량 스펙트로미터(Thermo Scientific, San Jose, CA, USA)에 장착하였다. 분무 전압(spray voltage)은 2.5 kV로 설정하였고, 가열된 모세관의 온도는 250℃로 설정하였다. 조사 전체-스캔 MS 스펙트라(Survey full-scan MS spectra)(300 내지 1,800 m/z)를 1 마이크로스캔(microscan) 및 60,000의 해상도(resolution)로 수득하여, 선도물질(precursor)을 선별하고 전하 상태 측정을 위한 미리보기 모드를 설정하였다. 미리보기 조사 스캔으로부터 10 개의 가장 강력한 이온에 대한 MS/MS 스펙트라를 하기와 같은 옵션으로 전체 스캔에 대한 이온 트랩에서 수득하였다: 분리 간격(isolation width), 2 m/z(질량 대 전하); 표준화된 충돌 에너지(collision energy), 35%; 동적 배제 시간(dynamic exclusion duration), 360 초(sec). +1 전하 및 전하 상태가 정해지지 않은 갖는 선도 물질은 데이터-종속적으로(data-dependent) 수득하는 동안 폐기하였다.The nano HPLC system was mounted on an LTQ XL-Orbitrap mass spectrometer (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA). The spray voltage was set at 2.5 kV, and the temperature of the heated capillary was set at 250°C. Survey full-scan MS spectra (300-1,800 m/z) were obtained with 1 microscan and a resolution of 60,000 to select precursors and charge states A preview mode for measurement was set. MS/MS spectra for the 10 most potent ions from the preview irradiation scan were obtained in the ion trap for the full scan with the following options: isolation width, 2 m/z (mass versus charge); normalized collision energy, 35%; dynamic exclusion duration, 360 seconds (sec). Lead materials with +1 charge and undetermined charge states were discarded during data-dependent acquisition.
각각의 LC-MS/MS 파일을 MaxQunat1.5.8.3의 Andromeda 알고리즘을 이용하여 분석하였다. MS 및 MS/MS 데이터를 SwissProt 인간 데이터 베이스(January 2019)와 비교 조사하였다. 조사는 두개의 미절단(missed cleavages) 트립신 분해된 펩티드 (tryptic peptide)를 허용하는 것으로 제한하였다. 시스테인(cysteine)의 카르보아미도메틸화(carboamidomethylation)를 고정된 수식화 (+57.021 Da)로, 메티오닌 산화를 유동형 수식화(+15.995 Da)로 설정하였다. 질량 허용 범위 (mass tolerance)를 MS/MS 데이터에 대하여 0.5 Da 및 MS 데이터에 대하여 15 ppm로 설정하였다. 디코이(decoy) 데이터 베이스 조사를 위해, 0.01의 엄격한 오류 발견 비율(False Discovery Rate: FDR)과 0.05의 완화된 FDR, 총 두개의 목표 수치를 적용하였다. 모든 단백질은 2개 이상의 일치하는 펩티드를 이용하여 동정하였다.Each LC-MS/MS file was analyzed using the Andromeda algorithm of MaxQunat1.5.8.3. MS and MS/MS data were compared against SwissProt human database (January 2019). The investigation was limited to accepting tryptic peptides with two missed cleavages. Carboamidomethylation of cysteine was set as a fixed modification (+57.021 Da) and methionine oxidation as a fluid modification (+15.995 Da). Mass tolerance was set at 0.5 Da for MS/MS data and 15 ppm for MS data. For decoy database research, two target values were applied: a strict false discovery rate (FDR) of 0.01 and a relaxed FDR of 0.05. All proteins were identified using two or more matching peptides.
5. 라벨 프리(Label-free) 정량 분석5. Label-free quantitative analysis
정상 대조군과 구강건조증 환자군의 3개의 그룹에서 타액 시료를 각각 3개씩 수집한 총 12개의 샘플에 존재하는 단백질들의 상대적인 존재량을 라벨 프리 정량 강도 분석법(Label-free quantification intensity: LFQ 강도)에 기초하여 산출하였다. MaxQunat1.5.8.3을 사용하여 강도를 추출하였다. 이어서, 각각의 단백질에 대한 LFQ 강도를 Perseus를 이용하여, 상대적인 정량분석을 수행하였다. 단백질이 존재하지 않거나 또는 검출 한계 이하인 경우에도, 영점(null) 수치를 보상하였다. 정상 대조군과 구강건조증에 따른 환자군의 그룹 사이의 배수 차이를 계산하기 위하여 normal distribution에서 넓이 0.3 그리고 1.8만큼을 downshift하여 missing value를 채웠다. 통계적인 유의성은 정상 대조군과 구강건조증에 따른 환자군의 3개의 개별 시료로 ANOVA 검정으부터 얻은 LFQ 강도에 대하여 수행하여, p-값이 0.05미만인 경우 통계적으로 유의한 것으로 간주하였다.Based on the label-free quantification intensity (LFQ intensity), the relative abundance of proteins in a total of 12 samples in which 3 saliva samples were collected from 3 groups of the normal control group and the dry mouth patients group calculated. The intensity was extracted using MaxQunat1.5.8.3. Then, the LFQ intensity for each protein was analyzed for relative quantitative analysis using Perseus. Even when no protein was present or below the detection limit, null values were compensated. In order to calculate the fold difference between the normal control group and the group of patients with dry mouth, the missing values were filled in by downshifting the width by 0.3 and 1.8 from the normal distribution. Statistical significance was performed on the LFQ intensity obtained from the ANOVA test with three separate samples of the normal control group and the patient group with dry mouth, and a p-value of less than 0.05 was considered statistically significant.
6. 구강건조증에 따른 환자군과 관련된 타액 단백질의 동정 및 차등 발현된 단백질의 확인6. Identification of salivary proteins related to patient groups according to dry mouth and identification of differentially expressed proteins
LFQ 강도 분석으로부터, 정상 대조군과 구강건조증에 따른 그룹의 12개의 개별 시료에서 총 703종의 단백질을 동정하였다. 동정된 단백질 중에서, p-값이 0.05 미만인 단백질이 51종을 확인하였다. 동정된 단백질과 p-값이 0.05 미만으로 통계적으로 유의한 단백질을 분석하여 개수를 벤다이어그램으로 나타낸 결과를 도 2에 나타내었다.From the LFQ intensity analysis, a total of 703 proteins were identified in 12 individual samples of the normal control group and the dry mouth group. Among the identified proteins, 51 proteins with a p-value of less than 0.05 were identified. Fig. 2 shows the results of analyzing the identified proteins and proteins having a p-value of less than 0.05 and showing the number as a Venn diagram.
또한, p-값이 0.05 미만으로 통계적으로 유의한 단백질을 표 1에 나타내었다.In addition, Table 1 shows proteins that were statistically significant with a p-value of less than 0.05.
p-값이 0.05 미만으로 통계적으로 유의한 단백질 중에서 정상 대조군에 비해 발현 수준이 감소하는 단백질을 표 2에 나타내었다.Table 2 shows the proteins whose expression level decreased compared to the normal control, among the proteins with a p-value of less than 0.05, which were statistically significant.
(스코어1/정상군)Differential expression ratio
(Score1/Normal group)
(스코어2/정상군)Differential expression ratio
(
(스코어3 이상/정상군)Differential expression ratio
(
(정상군에서만 검출)0
(detected only in normal group)
(정상군에서만 검출)0
(detected only in normal group)
표 2에 기재된 단백질들의 정상대조군과 구강건조증 환자군의 스코어에 따른 발현 수준을 도 3a 내지 도 3e에 나타내었다(N: 정상대조군, S1: 스코어 1, S2: 스코어 2, S345: 스코어 3 이상).Expression levels of the proteins listed in Table 2 according to the scores of the normal control group and the dry mouth disease patient group are shown in FIGS. 3A to 3E (N: normal control group, S1: score 1, S2: score 2, S345: score 3 or higher).
도 3a 내지 도 3e에 나타난 바와 같이, Nucleobindin-2, Programmed cell death 6-interacting protein, Prostaglandin reductase 1, Protein FAM3D, 및 Zymogen granule protein 16 homolog B는 구강건조증에서 유의하게 발현 수준이 감소하고, 구강건조증의 스코어에 따라 발현 수준이 달라짐을 확인하였다. As shown in FIGS. 3A to 3E , Nucleobindin-2, Programmed cell death 6-interacting protein,
Claims (13)
상기 단백질 또는 이의 단편에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 앱타머; 또는
상기 단백질 또는 이의 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 동일하거나 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산인 것인 조성물.The method according to claim 1, wherein the agent is
an antibody or antigen-binding fragment thereof, or an aptamer that specifically binds to the protein or fragment thereof; or
The composition is a nucleic acid comprising a polynucleotide identical to or complementary to the polynucleotide encoding the protein or fragment thereof.
상기 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계; 및
상기 발현 수준이 정상 대조군의 발현 수준과 비교하여 감소한 경우, 구강건조증으로 결정하는 단계를 포함하는,
구강건조증의 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여 바이오마커를 검출하는 방법.Measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of NUCB2, PDCD6IP, PTGR1, FAM3D, and ZG16B, or the expression level of a protein or a fragment thereof in a saliva sample isolated from a subject suspected of dry mouth;
comparing the measured expression level with the expression level of a normal control; and
When the expression level is decreased compared to the expression level of the normal control, comprising the step of determining dry mouth,
A method of detecting a biomarker to provide information necessary for the diagnosis of dry mouth.
The method according to claim 10, KV108 (Immunoglobulin kappa variable 1-8), GSLG1 (Golgi apparatus protein 1), FAM3B (Protein FAM3B), MUC2 (Mucin-21), RB11A (Ras-related protein Rab-11A), LYSC (Lysozyme) C), and CALL3 (Calmodulin-like protein 3), the method further comprising the step of measuring the expression level of a gene selected from the group consisting of, or the expression level of a protein or a fragment thereof.
Priority Applications (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020200154578A KR102452510B1 (en) | 2020-11-18 | 2020-11-18 | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof |
EP21205380.5A EP4001434A3 (en) | 2020-11-18 | 2021-10-28 | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof |
JP2021180275A JP7384365B2 (en) | 2020-11-18 | 2021-11-04 | Salivary biomarkers and their uses for diagnosing xerostomia |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020200154578A KR102452510B1 (en) | 2020-11-18 | 2020-11-18 | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20220067863A true KR20220067863A (en) | 2022-05-25 |
KR102452510B1 KR102452510B1 (en) | 2022-10-11 |
Family
ID=81800264
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020200154578A KR102452510B1 (en) | 2020-11-18 | 2020-11-18 | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR102452510B1 (en) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20170151303A1 (en) * | 2008-11-13 | 2017-06-01 | David A. Hamlin | Compositions and Methods for Alleviating Hyposalivation and for Providing Oral Comfort |
KR101789910B1 (en) * | 2016-01-21 | 2017-11-20 | 가톨릭대학교 산학협력단 | Use of SIGLEC5 as a marker for the diagnosis of Sjogren's syndrome |
-
2020
- 2020-11-18 KR KR1020200154578A patent/KR102452510B1/en active IP Right Grant
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20170151303A1 (en) * | 2008-11-13 | 2017-06-01 | David A. Hamlin | Compositions and Methods for Alleviating Hyposalivation and for Providing Oral Comfort |
KR101789910B1 (en) * | 2016-01-21 | 2017-11-20 | 가톨릭대학교 산학협력단 | Use of SIGLEC5 as a marker for the diagnosis of Sjogren's syndrome |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
Tomoko Ichiyama et al., 'Expression of aquaporin 3 and 5 as a potential marker for distinguishing dry mouth from Sjogren's syndrome', Journal of Oral Science, 2018, Vol. 60, pp 212-220. 1부.* * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR102452510B1 (en) | 2022-10-11 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Tokushige et al. | Discovery of a novel biomarker in the urine in women with endometriosis | |
Bostanci et al. | Label-free quantitative proteomics reveals differentially regulated proteins in experimental gingivitis | |
Yang et al. | Activity-dependent neuroprotector homeobox protein: A candidate protein identified in serum as diagnostic biomarker for Alzheimer's disease | |
US20160341742A1 (en) | Methods and materials for monitoring myeloma using quantitative mass spectrometry | |
JP5420396B2 (en) | Examination of mucosal dryness | |
Cabras et al. | Significant modifications of the salivary proteome potentially associated with complications of Down syndrome revealed by top-down proteomics | |
WO2018046542A1 (en) | Detection of cancer biomarkers using nanoparticles | |
US20150072360A1 (en) | Biomarkers of pulmonary hypertension | |
US20160003786A1 (en) | Methods Of Detecting Cancer | |
CN113176411B (en) | Biomarker for detecting novel coronavirus infection by saliva and application thereof | |
Singh et al. | Early and rapid detection of UCHL1 in the serum of brain-trauma patients: a novel gold nanoparticle-based method for diagnosing the severity of brain injury | |
US20180120328A1 (en) | Biomarker for psychiatric and neurological disorders | |
WO2013074504A1 (en) | Methods and compositions for biomarkers of fatigue | |
CN111521828A (en) | Application of RSPH9 as diagnosis marker or therapeutic target of oligoasthenospermia | |
EP2894477A1 (en) | Method for determining breast cancer | |
KR102417667B1 (en) | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof | |
KR102164490B1 (en) | Biomarker composition for diagnosing Alzheimer's dementia and use thereof | |
Zhou et al. | Saliva biomarkers in oral disease | |
KR102452510B1 (en) | Salivary biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof | |
JP7384365B2 (en) | Salivary biomarkers and their uses for diagnosing xerostomia | |
KR102417668B1 (en) | Salivary gland tissue biomarker for diagnosing xerostomia and use thereof | |
AU2013285362B2 (en) | Tropomyosin isoforms related to Alzheimers disease and Mild Cognitive Impairment | |
US20210140979A1 (en) | Method of diagnosing periodontal conditions using salivary protein markers | |
JP2010181403A (en) | Cancer detecting method, and kit used for the same | |
JP7328950B2 (en) | Method for detecting infant atopic dermatitis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
GRNT | Written decision to grant |