KR20220007619A

KR20220007619A - 면역조절 조성물 및 방법

Info

Publication number: KR20220007619A
Application number: KR1020217038273A
Authority: KR
Inventors: 피터 몬딕스; 제이콥 맨들; 수르비 조쉬
Original assignee: 이네이트 바이올로직스 엘엘씨
Priority date: 2019-05-01
Filing date: 2020-05-01
Publication date: 2022-01-18
Also published as: US20220111017A1; BR112021021839A2; EP3962512A4; EP3962512A1; JP2022531389A; AU2020265755A1; CN114401730A; WO2020223601A1; CA3138860A1

Abstract

본 명세서는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 포함하는 조성물 및 방법을 제공한다. 또한 구성체를 포함하는 약학 조성물 및 이러한 구성체의 투여를 기반으로 염증성 장애를 치료하는 방법이 제공된다.

Description

면역조절 조성물 및 방법

관련 출원에 관한 교차 참조

본 출원은 2019년 5월 1일 출원된 미국 가출원 제62/841,312호로부터 35 U.S.C. §119(e)(1) 하의 우선권을 청구하고, 이의 내용은 참조로 본 명세서에 편입된다.

서열 목록

본 출원은 ASCII 형식으로 전자 제출되었고 그 전문이 참조로 본 명세서에 편입되는 서열 목록을 함유한다. 상기 ASCII 사본은 2020년 5월 1일 생성되었고, 명칭은 G6113-00029_SL.txt이며 크기는 60,849 바이트이다.

발명의 분야

본 발명은 염증성 병태의 치료에서 사용을 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다.

염증은 잠재적으로 유해한 자극, 예컨대 병원체, 자극원 또는 손상된 세포의 인식 및 제거를 위한 생리적 방어 기전이다. 염증은 급성 또는 만성으로 분류된다. 급성 염증은 추가 손상을 예방하고 치유를 촉진시키는 것을 돕기 위한 신체의 즉각적 면역 반응을 의미한다. 급성 염증은 전형적으로 자기-제한적이다. 일정 상황 하에서, 염증 과정이 지속적이게 되어서, 만성 염증의 발생을 초래한다. 만성 염증은 만성 통증, 발적, 종창, 경직, 및 정상 조직 손상을 초래한다. 만성 염증은 전세계적으로 상당한 이환율 및 사망률을 갖는 광범위한 장애, 예를 들어, 관절염 및 관절 질환, 심혈관 질환, 알레르기, 만성 폐쇄성 폐 질환, 당뇨병, 염증성 장 질환, 및 암과 연관있다. 염증성 병태를 치료하는 새롭고 효과적인 방법에 대한 지속적인 요구가 존재한다.

본 명세서는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 포함하는 조성물을 개시한다. 본 명세서에서 제공되는 구성체는 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드 YopE, YopJ, YopM, NleE, NleC, NleB, OspZ, IpaH4.5, IpaH7.8, 및 IpaH9.8의 일부분을 포함하는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 구성체는 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다. 구성체는 염증성 병태의 치료에서 사용을 위한 약학제로서 제제화될 수 있다.

본 발명의 이들 및 다른 특징 및 장점은 첨부된 도면과 함께 고려되어야 하는, 본 발명의 바람직한 구현예의 하기 상세한 설명에서 보다 완전하게 개시될 것이거나, 또는 그를 통해서 자명해질 것이며, 도면에서 유사한 번호는 유사한 부분을 의미하며 추가로 도면은 다음과 같다:
도 1은 박테리아 이펙터 폴리펩티드 아미노산 및 뉴클레오티드 서열의 목록이다.
도 2는 YopE 폴리펩티드 및 OspZ 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 도시한 도면이다.
도 3은 절두형 YopM 폴리펩티드 및 절두형 OspZ 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 도시하는 도면이다.
도 4는 절두형 YopM 폴리펩티드 및 절두형 NleC 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 도시하는 도면이다.
도 5는 전체 길이 IpaH9.8 폴리펩티드 및 전체 길이 IpaH4.5 폴리펩티드의 도메인을 도시하는 도면이다.

바람직한 구현예의 상세한 설명

바람직한 구현예의 이 설명은 본 발명의 전체 기재된 설명의 일부로 간주되어야 하는, 첨부된 도면과 함께 읽히도록 의도된다. 도면은 반드시 비율에 맞는 것은 아니며 본 발명의 일정 특징은 명확함 및 간결함을 위해서 비율이 과장되거나 또는 어느 정도 개략적인 형태로 도시될 수 있다. 설명에서, 상대적 용어 예컨대 "수평", "수직", "위", "아래", "상부" 및 "하부"를 비롯하여 이의 파생어 (예를 들어, "수평으로", "아래로", "위로" 등)는 논의되는 도면에서 설명되거나 또는 도시되는 바와 같은 배향을 의미하는 것으로 해석되어야 한다. 이들 상대적 용어는 설명의 편의를 위한 것이고 보통은 특정 배향을 요구하는 것을 의도하지 않는다. "안으로" 대 "밖으로", "세로" 대 "측면" 등을 포함하는 용어는 적절하다면 서로에 대해서 또는 연신축, 또는 회전 축 또는 중심에 대해서 해석되어야 한다. 부착, 커플링 등에 관한 용어, 예컨대 "연결된", 및 "상호연결된"은 달리 분명하게 설명되지 않으면, 이동가능 또는 강성 부착 또는 관계뿐만 아니라, 구조가 개재 구조를 통해 간접적으로 또는 직접적으로 서로에 부착되거나 또는 고정되는 관계를 의미한다. 용어 "작동적으로 연결된"은 적절한 구조가 그 관계를 통해서 의도하는 대로 작동되게 하는 부착, 커플링 또는 연결이다. 오직 단일 기계가 예시될 때, 용어 "기계"는 또한 본 명세서에서 논의되는 임의의 하나 이상의 방법론을 수행하기 위해 설명서 세트 (또는 다수 세트)를 개별적으로 또는 합동으로 실행하는 임의의 기계 컬렉션을 포함하고자 한다. 청구항에서, 수단-기능 청구항 (means-plus-function clauses)은 사용된다면, 구조적 등가물뿐만 아니라 동등한 구조를 포함하여, 인용된 기능을 수행하기 위해 기재된 설명 또는 도면을 통해서 설명되거나, 제안되거나, 또는 자명해진 구조를 포괄하고자 한다.

본 명세서는 염증성 병태의 치료를 위한 조성물 및 방법을 개시한다. 조성물은 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함하는 구성체를 포함한다. 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 감염 과정 동안 일반적으로 III형 분비 시스템 (T3SS)을 통해서, 숙주 세포로 주입된다. 이러한 폴리펩티드는 숙주 염증성 신호전달 경로를 표적화함으로써, 숙주 면역 반응을 억제하거나 또는 불능으로 만들어서, 병원체가 숙주 방어를 훼손시킬 수 있게 하여 박테리아 생존을 보장한다. 본 명세서에 개시된 조성물 및 방법은 면역조절 활성을 가지며 따라서 염증성 병태의 치료에 유용하다. 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 치료 효능을 증가시키도록 증강된 약동학적 성질 및 생체이용률을 제공할 수 있다.

본 명세서에서 제공되는 구성체는 T3SS 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함할 수 있다. TSS 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드는 생물학적 활성 예컨대 E3 유비퀴틴 리가제 활성, RhoGTPase 조절 활성, 시스테인 메틸라제 활성, 아연 메탈로프로테아제 활성, 아세틸트랜스퍼라제 활성 또는 O-GlcNac 트랜스퍼라제 활성을 가질 수 있다. 본 명세서에서 제공되는 구성체는 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드 YopE, YopJ, YopM, NleC, NleB, OspZ, IpaH4.5, IpaH7.8, 및 IpaH9.8의 일부분을 포함하는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 동일할 수 있거나 또는 그들은 상이할 수 있다. 예시적인 구성체는 절두형 YopE 폴리펩티드 및 절두형 OspZ 폴리펩티드; 절두형 YopM 폴리펩티드 및 절두형 OspZ 폴리펩티드; 절두형 YopM 폴리펩티드 및 절두형 NleC 폴리펩티드; 절두형 YopM 폴리펩티드 및 절두형 NleB 폴리펩티드; 및 절두형 IpaH9.8 폴리펩티드 및 절두형 IpaH4.5 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공되는 구성체는 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드 YopE, YopJ, YopM, NleC, NleB, OspZ, IpaH4.5, IpaH7.8, 및 IpaH9.8의 일부분을 포함하는 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 중 어느 하나를 배제할 수 있다.

유용한 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 표 1에 표시된 바와 같은 생화학적 활성, 표적 특이성 및 세포 효과를 가질 수 있다.

표 1: T3SS 이펙터 활성

조성물

본 명세서에 개시된 구성체는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함한다. 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 기준이 되는 전체 길이 폴리펩티드의 계속되거나 또는 인접하는 부분일 수 있다 (예를 들어, 10 아미노산 길이인 폴리펩티드의 단편은 그 폴리펩티드 내 임의의 10개의 인접하는 잔기일 수 있음). 따라서, 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 기준이 되는 전체 길이 폴리펩티드 내에 존재할 수 있다. 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 기준이 되는 전체 길이 폴리펩티드에 비해서 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 이상의 아미노산 잔기가 더 짧은 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 기준이 되는 전체 길이 폴리펩티드에 비해서 C-말단에 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 이상의 아미노산 잔기가 결여된다. 일부 구현예에서, 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 기준이 되는 전체 길이 폴리펩티드에 비해서 N-말단에 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 이상의 아미노산 잔기가 결여된다.

일부 구현예에서, 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 기준이 되는 전체 길이 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 하나 이상의 활성을 보유한다. 예를 들어, 절두형 E3 유비퀴틴 리가제는 기준이 되는 전체 길이 E3 유비퀴틴 리가제의 E3 유비퀴틴 리가제 활성의 전부 또는 실질적으로 전부를 보유할 수 있다. 일부 구현예에서, 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 기준이 되는 전체 길이 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 하나 이상의 활성이 결여되거나 또는 실질적으로 결여된다.

기준이 되는 전체 길이 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 1; SEQ ID NO.: 3; SEQ ID NO.: 5; SEQ ID NO.: 7; SEQ ID NO.: 9; SEQ ID NO.: 11; SEQ ID NO.: 13; SEQ ID NO.: 15; 또는 SEQ ID NO.: 21에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 기준이 되는 전체 길이 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 1; SEQ ID NO.: 3; SEQ ID NO.: 5; SEQ ID NO.: 7; SEQ ID NO.: 9; SEQ ID NO.: 11; SEQ ID NO.: 13; SEQ ID NO.: 15; 또는 SEQ ID NO.: 21에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다.

구성체는 제1 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열을 포함하는 융합 단백질일 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 인접할 수 있고, 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 펩티드 결합으로 연결된다.

일부 구현예에서, 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 링커에 의해 연결된다. 링커는 절단가능한 링커일 수 있다. 절단가능한 링커는 pH 감응성 링커, 예를 들어, 히드라존; 포스포르아미데이트-기반 링커, 티오말레산; 프로테아솜 특이적 링커, 예를 들어, Phe-Lys 디펩티드 링커, Val-Cit-PABC 링커; 효소 특이적 링커, 예를 들어, 글루쿠로니드-MABC 링커 또는 β-글루쿠로니드 링커; 디술피드 링커, 예를 들어 디티오시클로펩티드 링커, Nfo-SPDB 링커, 또는 SPDB 링커; 금속 보조 링커, 예를 들어 팔라듐 링커 또는 철 링커; 광-절단가능한 링커, 예를 들어, 니트로벤질 링커, 또는 디 6-(3-숙신이미딜 카르보닐옥시메틸-4-니트로-페녹시)-헥산산 디술피드 디에탄올 에스테르 (SCNE) 링커를 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 링커는 적어도 하나의 아미노산 잔기를 포함할 수 있고 적어도 또는 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 또는 50 아미노산 잔기의 펩티드일 수 있다. 링커가 단일 아미노산 잔기인 경우에 임의의 천연 또는 비천연 발생 아미노산 (예를 들어, Gly, Cys, Lys, Glu, 또는 Asp) 또는 2개의 이러한 잔기를 포함하는 디-펩티드 (예를 들어, Gly-Lys)일 수 있다. 링커가 짧은 펩티드인 경우에, 글리신-풍부 펩티드 (탄성 경향이 있음) 예컨대 서열 [Gly-Gly-Gly-Gly-Ser]_n 을 갖는 펩티드 (여기서 n은 1 내지 6의 정수임) (SEQ ID NO.: 25), 또는 세린-풍부 펩티드 링커일 수 있다. 세린 풍부 펩티드 링커는 [X-X-X-X-Gly]_y 의 식 (여기서 X 중 최대 2개는 Thr이고, 나머지 X는 Ser이고, y는 1 내지 5의 정수임)의 것 (SEQ ID NO.: 26) (예를 들어, Ser-Ser-Ser-Ser-Gly (SEQ ID NO.: 27), 여기서 y는 1초과임)을 포함한다. 다른 링커는 강성 링커 (예를 들어, PAPAP (SEQ ID NO.: 28) 및 (PT)_nP (여기서 n은 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7임) (SEQ ID NO.: 29)) 및 α-헬릭스 링커 (예를 들어, A(EAAAK)_nA (여기서, n은 1, 2, 3, 4, 또는 5임) (SEQ ID NO.: 30))를 포함한다. 링커가 숙신산일 때, 이의 하나의 카르복실 기는 아미노산 잔기의 아미노 기와 아미드 결합을 형성할 수 있고, 이의 나머지 카르복실 기는 예를 들어 펩티드의 아미노 기 또는 치환기와 아미드 결합을 형성할 수 있다. 링커가 Lys, Glu, 또는 Asp일 때, 이의 카르복실 기는 아미노산 잔기의 아미노 기와 아미드 결합을 형성할 수 있고, 이의 아미노 기는 예를 들어 치환기의 카르복실 기와 아미드 결합을 형성할 수 있다. Lys이 링커로서 사용될 때, 추가 링커가 치환기 및 Lys의 ε-아미노 기 사이에 삽입될 수 있다. 추가 링커는 Lys의 ε-아미노 기 및 치환기에 존재하는 아미노 기와 아미드 결합을 형성할 수 있는, 숙신산일 수 있다. 일 구현예에서, 추가 링커는 (예를 들어, Lys의 ε-아미노 기와 아미드 결합 및 치환기에 존재하는 카르복실 기와 다른 아미드 결합을 형성하는), Glu 또는 Asp인데, 다시 말해, 치환기는 N^ε-아실화 리신 잔기이다.

본 명세서에 개시된 구성체는 단백질 전달 도메인 (PTD), 즉, 세포 막을 통한 전좌를 매개하는 아미노산 서열을 더 포함할 수 있다. 유용한 단백질 전달 도메인은 YopM 단백질 전달 도메인 및 IpaH 단백질 전달 도메인을 포함할 수 있다. 예시적인 YopM 단백질 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 17에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 예시적인 IpaH9.8 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 11의 아미노산 1-57에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 단백질 전달 도메인 및 제1 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 서열 및 제2 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 서열을 포함하는 구성체는 융합 단백질일 수 있다. 일부 구현예에서, 단백질 전달 도메인 및 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 인접할 수 있는데, 단백질 전달 도메인 및 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 펩티드 결합으로 연결된다. 일부 구현예에서, 단백질 전달 도메인 및 제1 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열 및 제2 절두형 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 아미노산 서열은 링커, 즉 상기 기술된 임의의 링커에 의해 연결된다.

예시적인 구성체 및 이러한 구성체의 아미노산 서열은 도 3 및 4에 도시되어 있다. 도 3은 YopM 단백질 전달 도메인, 절두형 YopM 폴리펩티드, 및 절두형 OspZ 폴리펩티드를 포함하는 융합 단백질을 도시한다. 도 3에 도시된 융합 단백질의 아미노산 서열은 SEQ ID NO.: 23이다. 도 4는 YopM 단백질 전달 도메인, 절두형 YopM 폴리펩티드, 및 절두형 NleC 폴리펩티드를 포함하는 융합 단백질을 도시한다. 도 4에 도시된 융합 단백질의 아미노산 서열은 SEQ ID NO.: 24이다.

본 명세서에 제공되는 폴리펩티드는 천연 폴리펩티드 아미노산 서열에 대해서 하나 이상의 아미노산 부가, 차감, 또는 치환을 가질 수 있고 (본 명세서에서 "변이체" T3SS 폴리펩티드라고도 함) 본 명세서에 기술된 대로 제조 및 변형될 수 있다. 일부 경우에, 아미노산 치환은 (a) 치환 영역 내 펩티드 골격의 구조, (b) 표적 부위에서 분자의 전하 또는 소수성, 또는 (c) 측쇄의 규모를 유지시키는 그들 효과가 유의하게 상이하지 않은 치환을 선택하여 만들 수 있다. 예를 들어, 천연 발생 잔기는 측쇄 성질을 기반으로 다음의 그룹으로 분류될 수 있다: (1) 소수성 아미노산 (노르류신, 메티오닌, 알라닌, 발린, 류신, 및 이소류신); (2) 중성 친수성 아미노산 (시스테인, 세린, 및 트레오닌); (3) 산성 아미노산 (아스파르트산 및 글루탐산); (4) 염기성 아미노산 (아스파라긴, 글루타민, 히스티딘, 리신, 및 아르기닌); (5) 사슬 배향에 영향을 미치는 아미노산 (글리신 및 프롤린); 및 (6) 방향족 아미노산 (트립토판, 티로신, 및 페닐알라닌). 이들 그룹 간에 만들어진 치환은 보존성 치환으로 간주될 수 있다. 유용한 보존성 치환의 비제한적인 예는 제한없이, 알라닌의 발린으로의 치환, 아르기닌의 리신으로의 치환, 아스파라긴의 글루타민으로의 치환, 아스파르트산의 글루탐산으로의 치환, 시스테인의 세린으로의 치환, 글루타민의 아스파라긴으로의 치환, 글루탐산의 아스파르트산으로의 치환, 글리신의 프롤린으로의 치환, 히스티딘의 아르기닌으로의 치환, 이소류신의 류신으로의 치환, 류신의 이소류신으로의 치환, 리신의 아르기닌으로의 치환, 메티오닌의 류신으로의 치환, 페닐알라닌의 류신으로의 치환, 프롤린의 글리신으로의 치환, 세린의 트레오닌으로의 치환, 트레오닌의 세린으로의 치환, 트립토판의 티로신으로의 치환, 티로신의 페닐알라닌으로의 치환, 및/또는 발린의 류신으로의 치환을 포함한다.

일부 구현예에서, 폴리펩티드는 하나 이상의 비-보존성 치환을 포함할 수 있다. 비-보존성 치환은 전형적으로 상기 기술된 부류 중 하나의 구성원을 다른 부류의 구성원으로 교환하는 것을 수반한다. 이러한 생산은 이러한 구성체의 대량 또는 대안적 구현예를 제공하는데 바람직할 수 있다. 아미노산 전하가 기능성 폴리펩티드를 야기시키는지 여부는 펩티드 변이체의 비활성을 어세이하여 쉽게 결정할 수 있다.

본 명세서에서 제공되는 폴리펩티드는 폴리펩티드를 코딩하는 재조합 핵산의 발현을 통해서 또는 화학 합성을 통해서 수득될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 제공되는 폴리펩티드를 코딩하는 발현 벡터를 사용하는 재조합 기술을 사용할 수 있다. 다음으로 최종 폴리펩티드는 예를 들어, 친화성 크로마토그래피 기술 및 HPLC를 사용해 정제될 수 있다. 정제 정도는 제한없이 컬럼 크로마토그래피, 폴리아크릴아미드 겔 전기영동, 또는 고성능 핵산 크로마토그래피를 포함한, 임의의 적절한 방법으로 측정할 수 있다. 본 명세서에서 제공하는 폴리펩티드는 폴리펩티드를 정제 (예를 들어, 친화성 매트릭스 상에 포획)할 수 있게 하는 태그 서열을 함유하도록 설계 또는 조작될 수 있다. 예를 들어, 태그 예컨대 c-myc, 헤마글루티닌, 폴리히스티딘, 또는 Flag™ 태그 (Kodak)가 폴리펩티드 정제를 보조하는데 사용될 수 있다. 이러한 태그는 카르복실 또는 아미노 말단을 포함하여 폴리펩티드 내 어느 곳에나 삽입될 수 있다.

본 명세서에 개시된 폴리펩티드는 숙주 세포의 내부 또는 외부에서 또는 세포가 배양되는 배지로부터 단리될 수 있고 실질적으로 순수하고 균질한 폴리펩티드로서 정제될 수 있다. 실질적으로 순수한 폴리펩티드는 그것이 생산된 이의 숙주 세포 또는 배지로부터 제거되어, 다른 성분 예컨대 미관련 폴리펩티드, 지질, 핵산, 또는 탄수화물이 없거나 또는 실질적으로 없이, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90% 순수할 수 있는 폴리펩티드일 수 있다. 폴리펩티드는 예를 들어, 컬럼 크로마토그래피, 여과, 한외여과, 염석, 용매 침전, 용매 추출, 증류, 면역침전, SDS-폴리아크릴아미드 겔 전기영동, 등전점 전기영동, 투석, 및 재결정화를 적절하게 선택 및 조합하여 단리 및 정제될 수 있다. 크로마토그래피는 예를 들어, 친화성 크로마토그래피, 이온 교환 크로마토그래피, 소수성 크로마토그래피, 겔 여과, 역상 크로마토그래피, 및 흡착 크로마토그래피를 포함한다. 크로마토그래피는 액상 크로마토그래피 예컨대 HPLC 및 FPLC를 사용해 수행될 수 있다.

본 명세서에 제공되는 폴리펩티드는 약학적으로 허용가능한 비독성 부형제 또는 담체와 혼합하여 약학 조성물로서 제제화될 수 있다. 이러한 조성물은 염증성 병태를 치료하는데 유효한 양으로 이를 필요로 하는 대상체에게 투여될 수 있다. 약학 조성물은 경구 또는 비경구 투여, 예를 들어, 비강, 설하, 구강, 동맥내, 관절내, 심장내, 피내, 근육내, 안구내, 골내, 복강내, 척수강내, 정맥내, 방광내, 유리체내, 피하, 경피, 혈관주위 투여를 위해 제조될 수 있다. 관절내 투여는 관절의 염증성 병태의 치료에 유용할 수 있다. 비경구 투여를 위해 제제화된 조성물은 수성 생리적 완충 용액 중 액상 용액 또는 현탁액의 형태일 수 있거나; 경구 투여의 경우, 특히 정제 또는 캡슐의 형태일 수 있거나; 또는 비내 투여의 경우, 특히 분말, 비강 점적액 또는 에어로졸의 형태일 수 있다.

부형제 또는 담체는 투여의 경로 및 제제에 의존하여 다양할 수 있다. 약학 담체는 Remington's Pharmaceutical Sciences (E. W. Martin) 및 USP/NF (United States Pharmacopeia and the National Formulary)에 기술되어 있다. 예시적인 부형제는 당류, 예를 들어, 락토스, 덱스트로서, 수크로스, 솔비톨, 만니톨; 전분, 검 아카시아, 칼슘 포스페이트, 알기네이트, 트라가칸트, 젤라틴, 칼슘 실리케이트, 미세결정질 셀룰로스, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로스, 물, 시럽, 및 메틸 셀룰로스를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제는 윤활제, 습윤제, 유화제, 보존제, 감미제, 또는 풍미제를 포함할 수 있다.

비경구 투여용 제제는 통상의 부형제로서 멸균수 또는 염수, 폴리알킬렌 글리콜 예컨대 폴리에틸렌 글리콜, 식물 기원 오일, 수첨 나프탈렌 등을 함유할 수 있다. 특히, 생체적합성, 생체분해성 락티드 중합체, 락티드/글리콜리드 공중합체, 또는 폴리옥세틸렌-폴리옥시프로필렌 공중합체가 생체내에서 폴리펩티드의 방출을 제어하기 위한 부형제의 예이다. 다른 적합한 비경구 전달 시스템은 에틸렌-비닐 아세테이트 공중합체 입자, 삼투압 펌프, 이식용 주입 시스템, 및 리포솜을 포함한다. 흡입 투여용 제제는 바람직하다면 락토스같은 부형제를 함유할 수 있다. 흡입 제제는 예를 들어, 폴리옥시에틸렌-9-라우릴 에테르, 글리코콜레이트 및 데옥시콜레이트를 함유하는 수용액일 수 있거나, 또는 그들은 비강 점적액의 형태로 투여를 위한 유성 용액일 수 있다. 바람직하다면, 화합물은 비내로 도포되도록 겔로서 제제화될 수 있다. 비경구 투여용 제제는 또한 구강 투여를 위해 글리코콜레이트를 포함할 수 있다.

경구 투여를 위해, 정제 또는 캡슐은 약학적으로 허용가능한 부형제 예컨대 결합제 (예를 들어, 전호화 옥수수 전분, 폴리비닐피롤리돈 또는 히드록시프로필 메틸셀룰로스); 충전제 (예를 들어, 락토스, 미세정질 셀룰로스 또는 칼슘 수소 포스페이트); 윤활제 (예를 들어, 마그네슘 스테아레이트, 탈크 또는 실리카); 붕해제 (예를 들어, 감자 전분 또는 소듐 전분 글리콜레이트); 또는 습윤제 (예를 들어, 소듐 라우릴 술페이트)와 함께 통상의 수단을 통해 제조될 수 있다. 정제는 당분야에 공지된 방법으로 피복될 수 있다. 경구 투여를 위한 조제물은 또한 화합물의 제어 방출을 제공하도록 제제화될 수 있다.

비강 조제물은 액상 형태 또는 건조 생성물로서 존재할 수 있다. 분무 수성 현탁액 또는 용액은 pH 및/또는 장성을 조정하도록 담체 또는 부형제를 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 약학 조성물은 활성 성분의 방출을 조절하도록 제제화될 수 있다. 약학 조성물은 또한 환자에게 투여 후 활성 성분의 신속, 지속 또는 지연 방출을 제공하도록 제제화될 수 있다. 본 명세서에 제공되는 폴리펩티드는 지속 방출 제형으로서 제제화될 수 있다. 예를 들어, 폴리펩티드는 제어 방출 제제로 제제화될 수 있다. 일부 구현예에서, 코팅, 피막, 또는 보호 매트릭스가 본 명세서에 제공된 하나 이상의 폴리펩티드를 함유하도록 제제화될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 코팅, 피막, 및 보호 매트릭스는 내재 장치 예컨대 스텐트, 카테터, 및 복막 투석관을 코팅하는데 사용될 수 있다. 일부 경우에, 본 명세서에 제공되는 폴리펩티드는 중합체 물질, 리포솜, 미세에멀션, 미세입자, 나노입자, 또는 왁스에 유입될 수 있다.

또한 본 명세서에서 개시되는 임의의 구성체를 코딩하는 핵산을 제공한다. 단리된 핵산은 이것이 유래되는 유기체의 천연 발생 게놈 내에서 바로 인접하는 서열의 양쪽 (하나는 5' 말단이고 하나는 3' 말단)과 바로 인접하지 않는 핵산을 의미한다. 예를 들어, 단리된 핵산은 제한없이, 천연적으로 발생된 그 재조합 DNA 분자에 정상적으로는 바로 측접하여 발견되는 핵산 서열 중 하나가 제거되거나 또는 부재되면, 임의 길이의 재조합 DNA 분자일 수 있다. 따라서, 단래된 핵산은 제한없이 벡터, 자율 복제 플라스미드, 바이러스 (예를 들어, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 또는 헤르페스 바이러스), 또는 원핵생물 또는 진핵생물의 게놈 DNA로 도입되는 재조합 DNA를 비롯하여 다른 서열과 독립적인 별도 분자 (예를 들어, PCR 또는 제한 엔도뉴클레아제 처리에 의해 생성된 게놈 DNA 단편 또는 cDNA)로서 존재하는 재조합 DNA를 포함한다. 또한, 단리된 핵산은 하이브리드 또는 융합 핵산 서열의 일부인 재조합 DNA 분자를 포함할 수 있다.

단리된 핵산은 또한 비-천연 발생 핵산 서열이 자연계에서 발견되지 않고 천연 발생 게놈에서 바로 인접한 서열을 갖지 않으므로 임의의 비-천연 발생 핵산을 포함한다. 예를 들어, 비-천연 발생 핵산 예컨대 조작된 핵산은 단리된 핵산으로 간주된다. 조작된 핵산 (예를 들어, SEQ ID NO.: 23 및 SEQ ID NO.: 24에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진 폴리펩티드를 코딩하는 핵산)은 분자 클로닝 또는 화학 핵산 합성 기술을 사용해 만들어질 수 있다. 단리된 비-천연 발생 핵산은 다른 서열과 독립적일 수 있거나, 또는 벡터, 자율 복제 플라스미드, 바이러스 (예를 들어, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 또는 헤르페스 바이러스), 또는 원핵생물 또는 진핵생물의 게놈 DNA에 도입될 수 있다. 또한, 비-천연 발생 핵산은 하이브리드 또는 융합 핵산 서열의 일부인 핵산 분자를 포함할 수 있다. 예를 들어, cDNA 라이브리러 또는 게놈 라이브러리, 또는 게놈 DNA 제한 분해물을 함유하는 겔 슬라이스 내 수백개 내지 수백만개 다른 핵산 중에 존재하는 핵산은 단리된 핵산으로 간주되지 않는다.

핵산은 mRNA, cDNA, 게놈 DNA, 합성 (예를 들어, 화학 합성) DNA, 및 핵산 유사체를 포함하는, RNA 및 DNA일 수 있다. 핵산은 이중-가닥 또는 단일-가닥일 수 있고, 단일-가닥인 경우에, 센스 가닥 또는 안티센스 가닥일 수 있다. 또한, 핵산은 원형 또는 선형일 수 있다. 핵산 유사체는 예를 들어, 핵산의 안정성, 혼성화, 또는 가용성을 개선시키기 위해서 염기 모이어티, 당 모이어티, 또는 포스페이트 골격에서 변형될 수 있다. 염기 모이어티에서의 변형은 데옥시티미딘의 경우 데옥시우리딘, 및 데옥시시티딘의 경우 5-메틸-2'-데옥시시티딘 및 5-브로모-2'-데옥시시티딘을 포함한다. 당 모이어티의 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-O-알릴 당을 형성하도록 리보스 당의 2' 히드록실의 변형을 포함할 수 있다. 데옥시리보스 포스페이트 골격은 변형되어 모르폴리노 핵산을 생성시킬 수 있고, 여기서 각각의 염기 모이어티는 6-원, 모르폴리노 고리, 또는 펩티드 핵산에 연결되고, 데옥시포스페이트 골격은 슈도펩티드 골격으로의 치환되고 4개 염기는 보유된다. 또한, 데옥시포스페이트 골격은 예를 들어 포스포로티오에이트 또는 포스포로디티오에이트 골격, 포스포로아미다이트, 또는 알킬 포스포트리에스테르 골격으로의 치환될 수 있다.

본 명세서에 제공되는 핵산은 SEQ ID NO.: 2; SEQ ID NO.: 4; SEQ ID NO.: 6; SEQ ID NO.: 8; SEQ ID NO.: 10; SEQ ID NO.: 12; SEQ ID NO.: 14; SEQ ID NO.: 16; SEQ ID NO.: 18, SEQ ID NO.: 20, 또는 SEQ ID NO.: 22에 기재된 서열에 기재된 임의의 핵산 서열을 포함할 수 있거나 또는 그로 이루어질 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산은 SEQ ID NO.: 2; SEQ ID NO.: 4; SEQ ID NO.: 6; SEQ ID NO.: 8; SEQ ID NO.: 10; SEQ ID NO.: 12; SEQ ID NO.: 14; SEQ ID NO.: 16; SEQ ID NO.: 18, SEQ ID NO.: 20, 또는 SEQ ID NO.: 22 중 어느 하나의 절두형 핵산을 포함할 수 있다.

제1 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 서열 및 제2 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 서열을 코딩하는 핵산은 코돈 최적화된 것을 포함한다. 발현을 위해서, 핵산은 벡터 (예를 들어, 플라스미드 또는 바이러스 벡터)로 도입될 수 있고, 이러한 벡터는 본 발명에 포괄된다. 핵산은 원핵생물 또는 진핵생물 시스템에서 사용에 적합한 조절 영역에 작동적으로 연결될 수 있다. 특별한 구현예에서, 조절 영역은 예를 들어 프로모터 또는 인핸서일 수 있다. 유용한 프로모터는 세포 유형-특이적 프로모터, 조직-특이적 프로모터, 항상적 활성 프로모터, 및 광범위 발현 프로모터를 포함한다. 본 발명의 폴리펩티드를 발현하는 벡터를 포함하는 숙주 세포가 또한 본 발명에 포괄되고, 이들 세포는 원핵생물 (예를 들어, 박테리아) 또는 진핵생물 (예를 들어, 포유동물)일 수 있다.

전형적으로, 본 명세서에 제공되는 단리된 핵산은 적어도 10 뉴클레오티드 길이 (예를 들어, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 75, 100, 200, 300, 350, 400 이상의 뉴클레오티드 길이)이다. 전체 길이 미만인 핵산 분자는 예를 들어, 프라이머 또는 프로브로서 유용할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 분자 클로닝 및 화학 핵산 합성 기술로 생산될 수 있다. 예를 들어, 중합효소 연쇄 반응 (PCR) 기술을 사용할 수 있다. 단리된 핵산은 또한 단일 핵산 분자 (예를 들어, 포스포르아미다이트 기술을 사용해 3'에서 5' 방향으로 자동화 DNA 합성을 사용) 또는 일련의 올리고뉴클레오티드로서, 화학적으로 합성될 수 있고, 그 다음에 벡터로 결찰될 수 있다.

치료 방법

또한 본 명세서에 개시된 임의의 구성체를 포함하는 약학 조성물의 치료적 유효량을 투여하여 염증성 병태를 갖거나 또는 그의 위험성에 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 치료를 필요로 하는 대상체 (예를 들어, 인간 환자)는 염증성 병태를 갖는다고 의심되거나, 또는 그에 대한 위험성이 있다고 진단된다. 예를 들어 염증성 병태는 관절염 및 관절 질환에서 발견되는 염증성 병태, 예를 들어, 류마티스성 관절염 및 골관절염; 심혈관 질환; 알레르기; 천식; 만성 폐쇄성 폐 질환; 당뇨병; 위장 질환, 예를 들어, 염증성 장 질환, 크론병, 및 회결장염; 암, 예를 들어, 신장 암, 전립선 암, 난소 암, 간세포 암, 췌장 암, 직결장 암, 폐 암, 및 중피종; 만성 신장 질환; 및 알츠하이머 질환을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.

일반적으로, 치료는 질환, 병태, 또는 장애의 병리학 또는 증상학을 경험하거나 또는 나타내는 개체에서 염증성 병태의 하나 이상의 억제 (즉, 병리학 및/또는 증상학의 추가 발생을 정지)를 포함할 수 있다. 치료는 또한 질환, 병태, 또는 장애의 병리학 또는 증상학을 경험하거나 또는 나타내는 개체에서 염증성 병태의 경감 (즉, 병리학 및/또는 증상학의 반전) 예컨대 질환의 중증도의 감소 또는 질환의 하나 이상의 증상의 감소 또는 완화를 포함할 수 있다.

대상체는 인간일 수 있거나 또는 비-인간 동물일 수 있다. 예시적인 비-인간 종은 제한없이, 비-인간 영장류; 가축, 예를 들어, 말, 돼지, 소, 양; 고양이, 개, 마우스 또는 래트를 포함한다. 치료에 적합한 대상체는 염증성 병태, 예컨대 통증, 피로, 위장 증상 예컨대 변비, 설사, 및 산 역류, 체중 증량, 및 빈번한 감염과 통상적으로 연관된 증상의 검출에 의해 확인될 수 있다. 치료에 적합한 대상체는 또한 예를 들어, 혈청 단백질 전기영동 (SPE), 고-감수성 C-반응성 단백질, 피브리노겐, 및 프로-염증성 사이토카인의 검출을 포함한, 실험실 검사를 통해 확인할 수 있다.

치료적 유효량은 연구자, 수의사, 의사 또는 다른 임상의를 통해서 조직, 시스템, 동물, 개체, 또는 인간에서 찾으려는 생물학적 또는 의학적 반응을 유발시키는 활성 화합물 또는 약학제의 양일 수 있다.

본 명세서에서 제공하는 조성물은 관절염 및 관절 질환, 예를 들어, 류마티스성 관절염 및 골관절염; 심혈관 질환; 알레르기; 천식; 만성 폐쇄성 폐 질환; 당뇨병; 위장 질환, 예를 들어, 염증성 장 질환, 크론병, 및 회결장염; 암, 예를 들어, 신장 암, 전립선 암, 난소 암, 간세포 암, 췌장 암, 직결장 암, 폐 암, 및 중피종; 만성 신장 질환; 및 알츠하이머 질환에 대한 치료를 포함하여, 하나 이상의 통상적인 치료제와 병용하여 투여될 수 있다.

본 발명의 특징

일반적으로, 본 발명은 전체 길이-박테리아 이펙터 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함할 수 있는 구성체를 특징으로 한다. 일 양태에서, 구성체는 절두형 T3SS 시스테인 메틸트랜스퍼라제 폴리펩티드에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 T3SS 시스테인 메틸트랜스퍼라제 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 OspZ 폴리펩티드의 일부분을 포함할 수 있다. 절두형 OspZ 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3의 아미노산 226-446과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 OspZ 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3의 아미노산 226-446에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 구성체는 단백질 전달 도메인, 예를 들어, SEQ ID NO.: 17에 기재된 바와 같은 YopM 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 구성체는 SEQ ID NO.: 23에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함한다.

다른 양태에서, 구성체는 절두형 T3SS 아연 메탈로프로테아제 폴리펩티드에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 T3SS 아연 메탈로프로테아제 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 NleC 폴리펩티드의 일부분을 포함할 수 있다. 절두형 NleC 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5의 아미노산 2-187과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 절두형 NleC 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5의 아미노산 2-187에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 절두형 NleC 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5의 아미노산 2-187에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는다. 구성체는 단백질 전달 도메인, 예를 들어, SEQ ID NO.: 17에 기재된 바와 같은 YopM 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 구성체는 SEQ ID NO.: 24에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는다.

일 양태에서, 구성체는 절두형 T3SS O-GlcNac 트랜스퍼라제에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 T3SS O-GlcNac 트랜스퍼라제는 SEQ ID NO.: 9에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 NleB 폴리펩티드의 일부분을 포함할 수 있다. 절두형 NleB 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 9의 아미노산 2-226과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 NleB 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 9의 아미노산 2-226에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 구성체는 단백질 전달 도메인, 예를 들어, SEQ ID NO.: 17에 기재된 바와 같은 YopM 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다.

일 양태에서, 구성체는 절두형 제2 T3SS E3 유비퀴틴 리가제에 연결된 절두형 제1 T3SS E3 유비퀴틴 리가제 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 제1 및 제2 절두형 T3SS E3 유비퀴틴 리가제 폴리펩티드는 상이할 수 있다. 절두형 제1 E3 유비퀴틴 리가제는 SEQ ID NO.: 11에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 IpaH9.8 폴리펩티드의 일부분을 포함할 수 있다. 절두형 제1 IpaH9.8 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 11의 아미노산 56-228과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 절두형 제2 E3 유비퀴틴 리가제는 SEQ ID NO.: 13에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 IpaH4.5 폴리펩티드의 일부분을 포함한다. 절두형 제2 IpaH4.5 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 13의 아미노산 62-270과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 구성체는 단백질 전달 도메인, 예를 들어, SEQ ID NO.: 11의 아미노산 1-57에 기재된 바와 같은 IpaH9.8 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다.

일 양태에서, 구성체는 시스테인 메틸트랜스퍼라제에 연결된 RhoGTPase 조절제를 포함할 수 있고, RhoGTPase 조절제는 pH 감응성 링커를 통해서 시스테인 메틸트랜스퍼라제에 연결된다. RhoGTPase 조절제는 SEQ ID NO.: 1에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 YopE 폴리펩티드일 수 있다. 시스테인 메틸트랜스퍼라제는 SEQ ID NO.: 5에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 OspZ 폴리펩티드일 수 있다. pH 감응성 링커는 히드라진,　포스포르아미데이트-기반 링커, 또는 티오말레산을 포함한다.

일 양태에서, 구성체는 아세틸트랜스퍼라제에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 가질 수 있다. 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 아세틸트랜스퍼라제는 시스테인 172에 돌연변이를 포함하는 SEQ ID NO.: 9에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 YopJ 폴리펩티드일 수 있다.

일 양태에서, 구성체는 아세틸트랜스퍼라제에 연결된 절두형 YopE 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 절두형 YopE 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 1에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 YopE 폴리펩티드의 일부분을 포함할 수 있다. 구성체는 단백질 전달 도메인, 예를 들어, SEQ ID NO.: 11의 아미노산 1-57에 기재된 바와 같은 IpaH9.8 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다.

일 양태에서, 구성체는 단백질 전달 도메인을 더 포함할 수 있다. 단백질 전달 도메인은 YopM 단백질 전달 도메인일 수 있다. YopM 단백질 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다. 단백질 전달 도메인은 IpaH9.8 단백질 전달 도메인일 수 있다. IpaH9.8 단백질 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 23의 아미노산 1-56에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일 양태에서, 임의의 구성체는 융합 단백질을 포함할 수 있다. 제1 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 및 제2 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 링커를 통해서 연결될 수 있다. 링커는 절단가능한 링커일 수 있다. 절단가능한 링커는 pH 감응성 링커일 수 있다. pH 감응성 링커는 히드라진, 포스포르아미데이트-기반 링커, 및 티오말레산으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.

일 양태에서, 또한 본 명세서에 개시된 임의의 구성체를 코딩하는 핵산이 제공된다.

일 양태에서, 구성체는 구성체 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물로서 제제화될 수 있다.

일 양태에서, 본 출원은 염증성 병태를 갖거나 또는 위험성이 있는 대상체를 치료하는 방법을 특징으로 하고, 방법은 제1 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 및 제2 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함할 수 있는 구성체를 포함하는 약학 조성물의 치료적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 방법은 대상체를 확인하는 단계를 포함할 수 있다. 염증성 병태는 위장 장애, 근골격 장애, 자가면역 장애, 또는 피부 장애일 수 있다. 일 양태에서, 염증성 병태는 염증성 장 질환, 크론병, 류마티스성 관절염, 골관절염, 암, 알레르기, 심혈관 질환, 만성 폐쇄성 폐 질환, 및 당뇨병을 포함할 수 있다.

실시예

실시예 1

우리는 THP-1 세포로부터의 사이토카인 방출에 대한 E3 유비퀴틴 리가제 IpaH7.8 및 IpaH9.8의 효과를 분석하였다. THP-1 세포는 증가량 (0.25 ㎍, 0.5 ㎍ 및 1.0 ㎍)의 재조합 IpaH7.8 또는 IpaH9.8의 존재 및 부재 하에서 배양되었다. IpaH7.8의 경우에, 0.25 ㎍의 단백질은 대략 3.87 nM이다. IpaH9.8의 경우에, 0.25 ㎍의 단백질은 대략 4.0 nM이다. 다음으로 배양물은 리포폴리사카라이드 (LPS)로 처리하여 사이토카인 방출을 유도시켰다.

표 2에 표시된 바와 같이, 재조합 IpaH7.8은 IL-1β, TNF-α, MCP-1, IL-6, IL-8, IL-23의 방출을 억제하였다. 표 3에 표시된 바와 같이, 재조합 IpaH9.8은 IL-1β, TNF-α, 및 MCP-1, IL-6, IL-8, IL-23의 방출의 용량-의존적 억제를 일으켰다. 이들 데이터는 E3 유비퀴틴 리가제 IpaH7.8 및 IpaH9.8의 저 나노몰 농도가 THP-1 세포에서 사이토카인 수준을 효과적으로 하향 조절할 수 있었다는 것을 보여주었다.

표　2: 사이토카인 방출에 대한 IpaH7.8의 효과

표 3: 사이토카인 방출에 대한 IpaH9.8의 효과

SEQUENCE LISTING <110> INNATE BIOLOGICS, LLC <120> IMMUNOMODULATORY COMPOSITIONS AND METHODS <130> G6113-00029 <140> <141> <150> 62/841,312 <151> 2019-05-01 <160> 30 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 219 <212> PRT <213> Yersinia pestis <400> 1 Met Lys Ile Ser Ser Phe Ile Ser Thr Ser Leu Pro Leu Pro Ala Ser 1 5 10 15 Val Ser Gly Ser Ser Ser Val Gly Glu Met Ser Gly Arg Ser Val Ser 20 25 30 Gln Gln Lys Ser Asp Gln Tyr Ala Asn Asn Leu Ala Gly Arg Thr Glu 35 40 45 Ser Pro Gln Gly Ser Ser Leu Ala Ser Arg Ile Ile Glu Arg Leu Ser 50 55 60 Ser Met Ala His Ser Val Ile Gly Phe Ile Gln Arg Met Phe Ser Glu 65 70 75 80 Gly Ser His Lys Pro Val Val Thr Pro Ala Leu Thr Pro Ala Gln Met 85 90 95 Pro Ser Pro Thr Ser Phe Ser Asp Ser Ile Lys Gln Leu Ala Ala Glu 100 105 110 Thr Leu Pro Lys Tyr Met Gln Gln Leu Ser Ser Leu Asp Ala Glu Thr 115 120 125 Leu Gln Lys Asn His Asp Gln Phe Ala Thr Gly Ser Gly Pro Leu Arg 130 135 140 Gly Ser Ile Thr Gln Cys Gln Gly Leu Met Gln Phe Cys Gly Gly Glu 145 150 155 160 Leu Gln Ala Glu Ala Ser Ala Ile Leu Asn Thr Pro Val Cys Gly Ile 165 170 175 Pro Phe Ser Gln Trp Gly Thr Val Gly Gly Ala Ala Ser Ala Tyr Val 180 185 190 Ala Ser Gly Val Asp Leu Thr Gln Ala Ala Asn Glu Ile Lys Gly Leu 195 200 205 Gly Gln Gln Met Gln Gln Leu Leu Ser Leu Met 210 215 <210> 2 <211> 1152 <212> DNA <213> Yersinia pestis <400> 2 gaattcccca actttgacac cgataaccgg ttcaatagta tctggaatag acagcgaaag 60 ttgttgaaat aattgagtga tagcttgttc aaatgaatac atttgatctc ctaatagtta 120 gataaaatat caacttaacc aaagcactct cggcagacca tcaattttag cctataattt 180 ttagttttta ttttgtctaa tataacaaca aaaacagcag cggtttttta tataaccacc 240 ggctattttc ccactaagat aaccttgttt taatagccaa gggaataaat agtcatgaaa 300 atatcatcat ttatttctac atcactgccc ctgccggcat cagtgtcagg atctagcagc 360 gtaggagaaa tgtctgggcg ctcagtctca cagcaaaaaa gtgatcaata tgcaaacaat 420 ctggccgggc gcactgaaag ccctcagggt tccagcttag ccagccgtat cattgagagg 480 ttatcatcaa tggcccactc tgtgattgga tttatccaac gcatgttctc ggaggggagc 540 cataaaccgg tggtgacacc agcactcacg cctgcacaaa tgccaagccc tacgtctttc 600 agtgatagta tcaagcaact tgctgctgag acgctgccaa aatacatgca gcagttgagt 660 agcttggatg cagagacgct gcagaaaaat catgaccagt tcgccacggg cagcggccct 720 cttcgtggca gtatcactca atgccaaggg ctgatgcagt tttgtggtgg ggaattgcaa 780 gctgaggcca gtgccatttt aaacacgcct gtttgtggta ttcccttctc gcagtgggga 840 actgttggtg gggcggccag cgcgtacgtc gccagtggcg ttgatctaac gcaggcagca 900 aatgagatca aagggctggg gcaacagatg cagcaattac tgtcattgat gtgatatgga 960 taaaaacaag ggggtagtgt ttcccccttt ttctatcaat attgcgaata tcttcgtccc 1020 tgatctttca ggggcgaatc gttttttagc atgctcattg ttagaatttc tgacttatct 1080 ctcttctgta ttactactca tactctggaa aatcctgagc atttatatct atggattgat 1140 gcagcactcg ag 1152 <210> 3 <211> 462 <212> PRT <213> Shigella flexneri <400> 3 Met Ser Pro Ile Leu Gly Tyr Trp Lys Ile Lys Gly Leu Val Gln Pro 1 5 10 15 Thr Arg Leu Leu Leu Glu Tyr Leu Glu Glu Lys Tyr Glu Glu His Leu 20 25 30 Tyr Glu Arg Asp Glu Gly Asp Lys Trp Arg Asn Lys Lys Phe Glu Leu 35 40 45 Gly Leu Glu Phe Pro Asn Leu Pro Tyr Tyr Ile Asp Gly Asp Val Lys 50 55 60 Leu Thr Gln Ser Met Ala Ile Ile Arg Tyr Ile Ala Asp Lys His Asn 65 70 75 80 Met Leu Gly Gly Cys Pro Lys Glu Arg Ala Glu Ile Ser Met Leu Glu 85 90 95 Gly Ala Val Leu Asp Ile Arg Tyr Gly Val Ser Arg Ile Ala Tyr Ser 100 105 110 Lys Asp Phe Glu Thr Leu Lys Val Asp Phe Leu Ser Lys Leu Pro Glu 115 120 125 Met Leu Lys Met Phe Glu Asp Arg Leu Cys His Lys Thr Tyr Leu Asn 130 135 140 Gly Asp His Val Thr His Pro Asp Phe Met Leu Tyr Asp Ala Leu Asp 145 150 155 160 Val Val Leu Tyr Met Asp Pro Met Cys Leu Asp Ala Phe Pro Lys Leu 165 170 175 Val Cys Phe Lys Lys Arg Ile Glu Ala Ile Pro Gln Ile Asp Lys Tyr 180 185 190 Leu Lys Ser Ser Lys Tyr Ile Ala Trp Pro Leu Gln Gly Trp Gln Ala 195 200 205 Thr Phe Gly Gly Gly Asp His Pro Pro Lys Ser Asp Leu Val Pro Arg 210 215 220 Gly Ser Met Ser Ile Glu Ile Lys Met Ile Ser Pro Ile Lys Asn Ile 225 230 235 240 Lys Asn Val Phe Pro Ile Asn Thr Ala Asn Thr Glu Tyr Ile Val Arg 245 250 255 Asn Ile Tyr Pro Arg Val Glu His Gly Tyr Phe Asn Glu Ser Pro Asn 260 265 270 Ile Tyr Asp Lys Lys Tyr Ile Ser Gly Ile Thr Arg Ser Met Ala Gln 275 280 285 Leu Lys Ile Glu Glu Phe Ile Asn Glu Lys Ser Arg Arg Leu Asn Tyr 290 295 300 Met Lys Thr Met Tyr Ser Pro Cys Pro Glu Asp Phe Gln Pro Ile Ser 305 310 315 320 Arg Asp Glu Ala Ser Thr Pro Glu Gly Ser Trp Leu Thr Val Ile Ser 325 330 335 Gly Lys Arg Pro Met Gly Gln Phe Ser Val Asp Ser Leu Tyr His Pro 340 345 350 Asp Leu His Ala Leu Cys Glu Leu Pro Glu Ile Ser Cys Lys Ile Phe 355 360 365 Pro Lys Glu Asn Ser Asp Phe Leu Tyr Ile Ile Val Val Phe Arg Asn 370 375 380 Asp Ser Pro Gln Gly Glu Leu Arg Ala Asn Arg Phe Ile Glu Leu Tyr 385 390 395 400 Asp Ile Lys Arg Glu Ile Met Gln Val Leu Arg Asp Glu Ser Pro Glu 405 410 415 Leu Lys Ser Ile Lys Ser Glu Ile Ile Ile Ala Arg Glu Met Gly Glu 420 425 430 Leu Phe Ser Tyr Ala Ser Glu Glu Ile Asp Ser Tyr Ile Lys Gln Met 435 440 445 Asn Asp Arg Leu Ser Gln Ile Lys Ala Arg Met Pro Val Thr 450 455 460 <210> 4 <211> 1386 <212> DNA <213> Shigella flexneri <400> 4 atgagcccga ttctgggcta ttggaaaatt aaaggcctgg tgcagccgac ccgcctgctg 60 ctggaatatc tggaagaaaa atatgaagaa catctgtatg aacgcgatga aggcgataaa 120 tggcgcaaca aaaaatttga actgggcctg gaatttccga acctgccgta ttatattgat 180 ggcgatgtga aactgaccca gagcatggcg attattcgct atattgcgga taaacataac 240 atgctgggcg gctgcccgaa agaacgcgcg gaaattagca tgctggaagg cgcggtgctg 300 gatattcgct atggcgtgag ccgcattgcg tatagcaaag attttgaaac cctgaaagtg 360 gattttctga gcaaactgcc ggaaatgctg aaaatgtttg aagatcgcct gtgccataaa 420 acctatctga acggcgatca tgtgacccat ccggatttta tgctgtatga tgcgctggat 480 gtggtgctgt atatggatcc gatgtgcctg gatgcgtttc cgaaactggt gtgctttaaa 540 aaacgcattg aagcgattcc gcagattgat aaatatctga aaagcagcaa atatattgcg 600 tggccgctgc agggctggca ggcgaccttt ggcggcggcg atcatccgcc gaaaagcgat 660 ctggtgccgc gcggcagcat gagcattgaa attaaaatga ttagcccgat taaaaacatt 720 aaaaacgtgt ttccgattaa caccgcgaac accgaatata ttgtgcgcaa catttatccg 780 cgcgtggaac atggctattt taacgaaagc ccgaacattt atgataaaaa atatattagc 840 ggcattaccc gcagcatggc gcagctgaaa attgaagaat ttattaacga aaaaagccgc 900 cgcctgaact atatgaaaac catgtatagc ccgtgcccgg aagattttca gccgattagc 960 cgcgatgaag cgagcacccc ggaaggcagc tggctgaccg tgattagcgg caaacgcccg 1020 atgggccagt ttagcgtgga tagcctgtat catccggatc tgcatgcgct gtgcgaactg 1080 ccggaaatta gctgcaaaat ttttccgaaa gaaaacagcg attttctgta tattattgtg 1140 gtgtttcgca acgatagccc gcagggcgaa ctgcgcgcga accgctttat tgaactgtat 1200 gatattaaac gcgaaattat gcaggtgctg cgcgatgaaa gcccggaact gaaaagcatt 1260 aaaagcgaaa ttattattgc gcgcgaaatg ggcgaactgt ttagctatgc gagcgaagaa 1320 attgatagct atattaaaca gatgaacgat cgcctgagcc agattaaagc gcgcatgccg 1380 gtgacc 1386 <210> 5 <211> 330 <212> PRT <213> Citrobacter rodentium <400> 5 Met Lys Ile Pro Ser Leu Gln Ser Asn Phe Asn Phe Ser Ala Pro Ala 1 5 10 15 Gly Tyr Ser Ala Pro Ile Ala Pro Asn Arg Ala Glu Asn Ala Tyr Ala 20 25 30 Asp Tyr Val Leu Asp Ile Gly Lys Arg Ile Pro Leu Ser Ala Ala Asp 35 40 45 Leu Ser Asn Val Tyr Glu Ser Val Ile Arg Ala Val His Asp Ser Arg 50 55 60 Ser Arg Leu Ile Asp Gln His Thr Val Asp Met Ile Gly Asn Thr Val 65 70 75 80 Leu Asp Ala Leu Ser Arg Ser Gln Thr Phe Arg Asp Ala Val Ser Tyr 85 90 95 Gly Ile His Asn Glu Lys Val His Ile Gly Cys Ile Lys Tyr Arg Asn 100 105 110 Glu Tyr Glu Leu Asn Glu Glu Ser Ser Val Lys Ile Asp Asp Ile Gln 115 120 125 Ser Leu Thr Cys Asn Glu Leu Tyr Glu Tyr Asp Val Gly Gln Glu Pro 130 135 140 Ile Phe Pro Ile Cys Glu Ala Gly Glu Asn Asp Asn Glu Glu Pro Tyr 145 150 155 160 Val Ser Phe Ser Val Ala Pro Asp Thr Asp Ser Tyr Glu Met Pro Ser 165 170 175 Trp Gln Glu Gly Leu Ile His Glu Ile Ile His His Val Thr Gly Ser 180 185 190 Ser Asp Pro Ser Gly Asp Ser Asn Ile Glu Leu Gly Pro Thr Glu Ile 195 200 205 Leu Ala Arg Arg Val Ala Gln Glu Leu Gly Trp Ser Val Pro Asp Phe 210 215 220 Lys Gly Tyr Ala Glu Pro Glu Arg Glu Ala His Leu Arg Leu Arg Asn 225 230 235 240 Leu Asn Ala Leu Arg Gln Ala Ala Met Arg His Glu Glu Asn Glu Arg 245 250 255 Ala Phe Phe Glu Arg Leu Gly Thr Ile Ser Asp Arg Tyr Glu Ala Ser 260 265 270 Pro Asp Phe Thr Glu Tyr Ser Ala Val Ser Asn Ile Gly Tyr Gly Phe 275 280 285 Ile Gln Gln His Asp Phe Pro Gly Leu Ala Ile Asn Asp Asn Leu Gln 290 295 300 Asp Ala Asn Gln Ile Gln Leu Tyr His Gly Ala Pro Tyr Ile Phe Thr 305 310 315 320 Phe Gly Asp Val Asp Lys His Asn Gln Arg 325 330 <210> 6 <211> 1464 <212> DNA <213> Citrobacter rodentium <400> 6 gaattcatcc ggtcaaacgg cttctttttg caggaaagga atatgagtta aaggtcattg 60 atgaaaaaac gcctattatc ctgctctact tgagggattg tcttttatgc acagaagagt 120 agatgctcat ccatattatg atggtttagg taaagggata aagaaatatt ttgattttac 180 tcaattacat gattacaatc atttttatga ctttattgag tttaaacatc caaatattat 240 tatgaacaca agtcagtata caggcagttc atggtaaatg gtttttacat agtttattct 300 gttgtaataa atgattagca tggtattagg tatcaacatg aaaattccct cactccagcc 360 cagcttcaac tttttcgccc cagcaggata ctctgctgcc gttgctccca atcgttcgga 420 caatgcctat gctgattacg tattggatat aggcaagcga ataccacttt ccgcggaaga 480 tttaggcaac ctatatgaaa atgtcattcg cgccgttcgt gacagccgta gcaagctcat 540 agatcagcat acggtcgata tgattggtaa cactatactt gatgctttga gccgatcaca 600 aacctttcgt gatgccgtaa gctatggcat tcataataag gaggtacaca ttggttgcat 660 taaatacaga aacgaatacg agctcaacgg agaatccccc gtcaaagttg atgatattca 720 atcactaacc tgtaccgaat tatatgaata cgatgtcggg caagaaccaa ttttacccat 780 ttgcgaggca ggagaaaacg ataacgaaga gccttatgtc agttttagtg ttgcgccaga 840 tactgactct tatgagatgc catcgtggca ggaagggctg attcacgaga ttattcatca 900 tgtgactgga gctagcgatc cgtctggaga tagtaatata gagctaggac ccacggagat 960 tctcgcacgt cgtgtcgctc aagagctggg atggactgtc cccgacttca taggatatgc 1020 agagccagat cgtgaagctc atcttagggg acgtaacctg aatgcccttc gacaggcggc 1080 catgcgacat gaagataatg agaggacttt cttcgaaagg ctgggtatga tcagtgatcg 1140 atatgaggcg agtcctgatt tcacagagta ttccgctgtg tctaacatag aatatggatt 1200 tatccagcaa catgattttc ccgggttggc tatcgacgat aatttacagg atgcaaatca 1260 gatccaactc tatcatggag caccttatat ctttacattc ggggatgtgg acaaacacaa 1320 tcagcgctga cgcgtctttg cagcgacaca aggctactac tcttgcattt taacggagtt 1380 gatgatggaa aatcgtgcaa ccttgtatgt aaaggcgaaa aaccaaattt tacggtagta 1440 agtgagcctg gcgggaatgg tacc 1464 <210> 7 <211> 288 <212> PRT <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 7 Met Ile Gly Pro Ile Ser Gln Ile Asn Ile Ser Gly Gly Leu Ser Glu 1 5 10 15 Lys Glu Thr Ser Ser Leu Ile Ser Asn Glu Glu Leu Lys Asn Ile Ile 20 25 30 Thr Gln Leu Glu Thr Asp Ile Ser Asp Gly Ser Trp Phe His Lys Asn 35 40 45 Tyr Ser Arg Met Asp Val Glu Val Met Pro Ala Leu Val Ile Gln Ala 50 55 60 Asn Asn Lys Tyr Pro Glu Met Asn Leu Asn Leu Val Thr Ser Pro Leu 65 70 75 80 Asp Leu Ser Ile Glu Ile Lys Asn Val Ile Glu Asn Gly Val Arg Ser 85 90 95 Ser Arg Phe Ile Ile Asn Met Gly Glu Gly Gly Ile His Phe Ser Val 100 105 110 Ile Asp Tyr Lys His Ile Asn Gly Lys Thr Ser Leu Ile Leu Phe Glu 115 120 125 Pro Ala Asn Phe Asn Ser Met Gly Pro Ala Met Leu Ala Ile Arg Thr 130 135 140 Lys Thr Ala Ile Glu Arg Tyr Gln Leu Pro Asp Cys His Phe Ser Met 145 150 155 160 Val Glu Met Asp Ile Gln Arg Ser Ser Ser Glu Cys Gly Ile Phe Ser 165 170 175 Phe Ala Leu Ala Lys Lys Leu Tyr Ile Glu Arg Asp Ser Leu Leu Lys 180 185 190 Ile His Glu Asp Asn Ile Lys Gly Ile Leu Ser Asp Gly Glu Asn Pro 195 200 205 Leu Pro His Asp Lys Leu Asp Pro Tyr Leu Pro Val Thr Phe Tyr Lys 210 215 220 His Thr Gln Gly Lys Lys Arg Leu Asn Glu Tyr Leu Asn Thr Asn Pro 225 230 235 240 Gln Gly Val Gly Thr Val Val Asn Lys Lys Asn Glu Thr Ile Val Asn 245 250 255 Arg Phe Asp Asn Asn Lys Ser Ile Val Asp Gly Lys Glu Leu Ser Val 260 265 270 Ser Val His Lys Lys Arg Ile Ala Glu Tyr Lys Thr Leu Leu Lys Val 275 280 285 <210> 8 <211> 867 <212> DNA <213> Yersinia pseudotuberculosis <400> 8 atgatcggac caatatcaca aataaatatc tccggtggct tatcagaaaa agagaccagt 60 tctttaatca gtaatgaaga gcttaaaaat atcataacac agttggaaac tgatatatcg 120 gatggatcct ggttccataa aaattattca cgtatggatg tagaagtcat gcccgcattg 180 gtaatccagg cgaacaataa atatccggaa atgaatctta atcttgttac atctccattg 240 gacctttcaa tagaaataaa aaacgtcata gaaaatggag ttagatcttc ccgcttcata 300 attaacatgg gggaaggtgg aatacatttc agtgtaattg attacaaaca tataaatggg 360 aaaacatctc tgatattgtt tgaaccagca aactttaaca gtatggggcc agcgatgctg 420 gcaataagga caaaaacggc tattgaacgt tatcaattac ctgattgcca tttctccatg 480 gtggaaatgg atattcagcg aagctcatct gaatgtggta tttttagttt tgcactggca 540 aaaaaacttt acatcgagag agatagcctg ttgaaaatac atgaagataa tataaaaggt 600 atattaagtg atggtgaaaa tcctttaccc cacgataagt tggacccgta tctcccggta 660 actttttaca aacatactca aggtaaaaaa cgtcttaatg aatatttaaa tactaacccg 720 cagggagttg gtactgttgt taacaaaaaa aatgaaacca tcgttaatag atttgataac 780 aataaatcca ttgtagatgg aaaggaatta tcagtttcgg tacataaaaa gagaatagct 840 gaatataaaa cacttctcaa agtataa 867 <210> 9 <211> 336 <212> PRT <213> Escherichia coli <400> 9 Met Ile Pro Pro Leu Asn Arg Tyr Val Pro Ala Leu Ser Lys Asn Glu 1 5 10 15 Leu Val Lys Thr Val Thr Asn Arg Asp Ile Gln Phe Thr Ser Phe Asn 20 25 30 Gly Lys Asp Tyr Pro Leu Cys Phe Leu Asp Glu Lys Thr Pro Leu Leu 35 40 45 Phe Gln Trp Phe Glu Arg Asn Pro Ala Arg Phe Gly Lys Asn Asp Ile 50 55 60 Pro Ile Ile Asn Thr Glu Lys Asn Pro Tyr Leu Asn Asn Ile Ile Lys 65 70 75 80 Ala Ala Thr Ile Glu Lys Glu Arg Leu Ile Gly Ile Phe Val Asp Gly 85 90 95 Asp Phe Phe Pro Gly Gln Lys Asp Ala Phe Ser Lys Leu Glu Tyr Asp 100 105 110 Tyr Glu Asn Ile Lys Val Ile Tyr Arg Asn Asp Ile Asp Phe Ser Met 115 120 125 Tyr Asp Lys Lys Leu Ser Glu Ile Tyr Met Glu Asn Ile Ser Lys Gln 130 135 140 Glu Ser Met Pro Glu Glu Lys Arg Asp Cys His Leu Leu Gln Leu Leu 145 150 155 160 Lys Lys Glu Leu Ser Asp Ile Gln Glu Gly Asn Asp Ser Leu Ile Lys 165 170 175 Ser Tyr Leu Leu Asp Lys Gly His Gly Trp Phe Asp Phe Tyr Arg Asn 180 185 190 Met Ala Met Leu Lys Ala Gly Gln Leu Phe Leu Glu Ala Asp Lys Val 195 200 205 Gly Cys Tyr Asp Leu Ser Thr Asn Ser Gly Cys Ile Tyr Leu Asp Ala 210 215 220 Asp Met Ile Ile Thr Glu Lys Leu Gly Gly Ile Tyr Ile Pro Asp Gly 225 230 235 240 Ile Ala Val His Val Glu Arg Ile Asp Gly Arg Ala Ser Met Glu Asn 245 250 255 Gly Ile Ile Ala Val Asp Arg Asn Asn His Pro Ala Leu Leu Ala Gly 260 265 270 Leu Glu Ile Met His Thr Lys Phe Asp Ala Asp Pro Tyr Ser Asp Gly 275 280 285 Val Cys Asn Gly Ile Arg Lys His Phe Asn Tyr Ser Leu Asn Glu Asp 290 295 300 Tyr Asn Ser Phe Cys Asp Phe Ile Glu Phe Lys His Asp Asn Ile Ile 305 310 315 320 Met Asn Thr Ser Gln Phe Thr Gln Ser Ser Trp Ala Arg His Val Gln 325 330 335 <210> 10 <211> 540 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 10 atgttatctc cattaaatgt tcttcaattt aatttcagag gagagaccgc tttatcagat 60 agtgctcctc tccagactgt ttcctttgct ggaaaagatt attctatgga acccattgat 120 gaaaaaacac ccattctttt tcagtggttt gaagcaaggc cagagcgata cggaaaaggt 180 gaagtaccga tattgaatac caaagagcat ccgtatttga gcaatattat aaatgctgca 240 aaaatagaaa atgagcgcgt aataggagta ctggtagacg gagactttac ttatgagcaa 300 agaaaagaat ttctcagtct tgaagatgaa catcaaaata taaagataat atatcgggaa 360 aatgttgatt tcagtatgta tgataaaaaa ctgtctgata tttatcttga aaatattcat 420 gaacaagaat catatccagc gagtgagaga gataattatc tgttaggctt attaagagaa 480 gagttaaaaa atattccata cggaaaggac tctttgattg aatcatatgc agaaaaaaga 540 <210> 11 <211> 545 <212> PRT <213> Shigella flexneri <400> 11 Met Leu Pro Ile Asn Asn Asn Phe Ser Leu Pro Gln Asn Ser Phe Tyr 1 5 10 15 Asn Thr Ile Ser Gly Thr Tyr Ala Asp Tyr Phe Ser Ala Trp Asp Lys 20 25 30 Trp Glu Lys Gln Ala Leu Pro Gly Glu Glu Arg Asp Glu Ala Val Ser 35 40 45 Arg Leu Lys Glu Cys Leu Ile Asn Asn Ser Asp Glu Leu Arg Leu Asp 50 55 60 Arg Leu Asn Leu Ser Ser Leu Pro Asp Asn Leu Pro Ala Gln Ile Thr 65 70 75 80 Leu Leu Asn Val Ser Tyr Asn Gln Leu Thr Asn Leu Pro Glu Leu Pro 85 90 95 Val Thr Leu Lys Lys Leu Tyr Ser Ala Ser Asn Lys Leu Ser Glu Leu 100 105 110 Pro Val Leu Pro Pro Ala Leu Glu Ser Leu Gln Val Gln His Asn Glu 115 120 125 Leu Glu Asn Leu Pro Ala Leu Pro Asp Ser Leu Leu Thr Met Asn Ile 130 135 140 Ser Tyr Asn Glu Ile Val Ser Leu Pro Ser Leu Pro Gln Ala Leu Lys 145 150 155 160 Asn Leu Arg Ala Thr Arg Asn Phe Leu Thr Glu Leu Pro Ala Phe Ser 165 170 175 Glu Gly Asn Asn Pro Val Val Arg Glu Tyr Phe Phe Asp Arg Asn Gln 180 185 190 Ile Ser His Ile Pro Glu Ser Ile Leu Asn Leu Arg Asn Glu Cys Ser 195 200 205 Ile His Ile Ser Asp Asn Pro Leu Ser Ser His Ala Leu Gln Ala Leu 210 215 220 Gln Arg Leu Thr Ser Ser Pro Asp Tyr His Gly Pro Arg Ile Tyr Phe 225 230 235 240 Ser Met Ser Asp Gly Gln Gln Asn Thr Leu His Arg Pro Leu Ala Asp 245 250 255 Ala Val Thr Ala Trp Phe Pro Glu Asn Lys Gln Ser Asp Val Ser Gln 260 265 270 Ile Trp His Ala Phe Glu His Glu Glu His Ala Asn Thr Phe Ser Ala 275 280 285 Phe Leu Asp Arg Leu Ser Asp Thr Val Ser Ala Arg Asn Thr Ser Gly 290 295 300 Phe Arg Glu Gln Val Ala Ala Trp Leu Glu Lys Leu Ser Ala Ser Ala 305 310 315 320 Glu Leu Arg Gln Gln Ser Phe Ala Val Ala Ala Asp Ala Thr Glu Ser 325 330 335 Cys Glu Asp Arg Val Ala Leu Thr Trp Asn Asn Leu Arg Lys Thr Leu 340 345 350 Leu Val His Gln Ala Ser Glu Gly Leu Phe Asp Asn Asp Thr Gly Ala 355 360 365 Leu Leu Ser Leu Gly Arg Glu Met Phe Arg Leu Glu Ile Leu Glu Asp 370 375 380 Ile Ala Arg Asp Lys Val Arg Thr Leu His Phe Val Asp Glu Ile Glu 385 390 395 400 Val Tyr Leu Ala Phe Gln Thr Met Leu Ala Glu Lys Leu Gln Leu Ser 405 410 415 Thr Ala Val Lys Glu Met Arg Phe Tyr Gly Val Ser Gly Val Thr Ala 420 425 430 Asn Asp Leu Arg Thr Ala Glu Ala Met Val Arg Ser Arg Glu Glu Asn 435 440 445 Glu Phe Thr Asp Trp Phe Ser Leu Trp Gly Pro Trp His Ala Val Leu 450 455 460 Lys Arg Thr Glu Ala Asp Arg Trp Ala Gln Ala Glu Glu Gln Lys Tyr 465 470 475 480 Glu Met Leu Glu Asn Glu Tyr Pro Gln Arg Val Ala Asp Arg Leu Lys 485 490 495 Ala Ser Gly Leu Ser Gly Asp Ala Asp Ala Glu Arg Glu Ala Gly Ala 500 505 510 Gln Val Met Arg Glu Thr Glu Gln Gln Ile Tyr Arg Gln Leu Thr Asp 515 520 525 Glu Val Leu Ala Leu Arg Leu Ser Glu Asn Gly Ser Gln Leu His His 530 535 540 Ser 545 <210> 12 <211> 1822 <212> DNA <213> Shigella flexneri <400> 12 gttaactgaa acagtatcgt ttttttacag ccaattttgt ttatccttat tataataaaa 60 aagtgctgaa gttcatttca tggaatgaac ttcataaaaa ctcctactta tttcttttaa 120 caaagccatt tgtccaccgg ctttaactgg atgcccatca tgttaccgat aaataataac 180 ttttcattgc cccaaaattc tttttataac actatttccg gtacatatgc tgattacttt 240 tcagcatggg ataaatggga aaaacaagcg ctccccggtg aagagcgtga tgaggctgtc 300 tcccgactta aagaatgtct tatcaataat tccgatgaac ttcgactgga ccgtttaaat 360 ctgtcctcgc tacctgacaa cttaccagct cagataacgc tgctcaatgt atcatataat 420 caattaacta acctacctga actgcctgtt acgctaaaaa aattatattc cgccagcaat 480 aaattatcag aattgcccgt gctacctcct gcgctggagt cacttcaggt acaacacaat 540 gagctggaaa acctgccagc tttacccgat tcgttattga ctatgaatat cagctataac 600 gaaatagtct ccttaccatc gctcccacag gctcttaaaa atctcagagc gacccgtaat 660 ttcctcactg agctaccagc attttctgag ggaaataatc ccgttgtcag agagtatttt 720 tttgatagaa atcagataag tcatatcccg gaaagcattc ttaatctgag gaatgaatgt 780 tcaatacata ttagtgataa cccattatca tcccatgctc tgcaagccct gcaaagatta 840 acctcttcgc cggactacca cggcccacgg atttacttct ccatgagtga cggacaacag 900 aatacactcc atcgccccct ggctgatgcc gtgacagcat ggttcccgga aaacaaacaa 960 tctgatgtat cacagatatg gcatgctttt gaacatgaag agcatgccaa caccttttcc 1020 gcgttccttg accgcctttc cgataccgtc tctgcacgca atacctccgg attccgtgaa 1080 caggtcgctg catggctgga aaaactcagt gcctctgcgg agcttcgaca gcagtctttc 1140 gctgttgctg ctgatgccac tgagagctgt gaggaccgtg tcgcgctcac atggaacaat 1200 ctccggaaaa ccctcctggt ccatcaggca tcagaaggcc ttttcgataa tgataccggc 1260 gctctgctct ccctgggcag ggaaatgttc cgcctcgaaa ttctggagga tattgcccgg 1320 gataaagtca gaactctcca ttttgtggat gagatagaag tctacctggc cttccagacc 1380 atgctcgcag agaaacttca gctctccact gccgtgaagg aaatgcgttt ctatggcgtg 1440 tcgggagtga cagcaaatga cctccgcact gccgaagcca tggtcagaag ccgtgaagag 1500 aatgaattta cggactggtt ctccctctgg ggaccatggc atgctgtact gaagcgtacg 1560 gaagctgacc gctgggcgca ggcagaagag cagaaatatg agatgctgga gaatgagtac 1620 cctcagaggg tggctgaccg gctgaaagca tcaggtctga gcggtgatgc ggatgcggag 1680 agggaagccg gtgcacaggt gatgcgtgag actgaacagc agatttaccg tcagctgact 1740 gacgaggtac tggccctgcg attgtctgaa aacggctcac aactgcacca ttcataatca 1800 catcgcataa aactgtcagc gc 1822 <210> 13 <211> 574 <212> PRT <213> Shigella flexneri <400> 13 Met Lys Pro Ile Asn Asn His Ser Phe Phe Arg Ser Leu Cys Gly Leu 1 5 10 15 Ser Cys Ile Ser Arg Leu Ser Val Glu Glu Gln Cys Thr Arg Asp Tyr 20 25 30 His Arg Ile Trp Asp Asp Trp Ala Arg Glu Gly Thr Thr Thr Glu Asn 35 40 45 Arg Ile Gln Ala Val Arg Leu Leu Lys Ile Cys Leu Asp Thr Arg Glu 50 55 60 Pro Val Leu Asn Leu Ser Leu Leu Lys Leu Arg Ser Leu Pro Pro Leu 65 70 75 80 Pro Leu His Ile Arg Glu Leu Asn Ile Ser Asn Asn Glu Leu Ile Ser 85 90 95 Leu Pro Glu Asn Ser Pro Leu Leu Thr Glu Leu His Val Asn Gly Asn 100 105 110 Asn Leu Asn Ile Leu Pro Thr Leu Pro Ser Gln Leu Ile Lys Leu Asn 115 120 125 Ile Ser Phe Asn Arg Asn Leu Ser Cys Leu Pro Ser Leu Pro Pro Tyr 130 135 140 Leu Gln Ser Leu Ser Ala Arg Phe Asn Ser Leu Glu Thr Leu Pro Glu 145 150 155 160 Leu Pro Ser Thr Leu Thr Ile Leu Arg Ile Glu Gly Asn Arg Leu Thr 165 170 175 Val Leu Pro Glu Leu Pro His Arg Leu Gln Glu Leu Phe Val Ser Gly 180 185 190 Asn Arg Leu Gln Glu Leu Pro Glu Phe Pro Gln Ser Leu Lys Tyr Leu 195 200 205 Lys Val Gly Glu Asn Gln Leu Arg Arg Leu Ser Arg Leu Pro Gln Glu 210 215 220 Leu Leu Ala Leu Asp Val Ser Asn Asn Leu Leu Thr Ser Leu Pro Glu 225 230 235 240 Asn Ile Ile Thr Leu Pro Ile Cys Thr Asn Val Asn Ile Ser Gly Asn 245 250 255 Pro Leu Ser Thr His Val Leu Gln Ser Leu Gln Arg Leu Thr Ser Ser 260 265 270 Pro Asp Tyr His Gly Pro Gln Ile Tyr Phe Ser Met Ser Asp Gly Gln 275 280 285 Gln Asn Thr Leu His Arg Pro Leu Ala Asp Ala Val Thr Ala Trp Phe 290 295 300 Pro Glu Asn Lys Gln Ser Asp Val Ser Gln Ile Trp His Ala Phe Glu 305 310 315 320 His Glu Glu His Ala Asn Thr Phe Ser Ala Phe Leu Asp Arg Leu Ser 325 330 335 Asp Thr Val Ser Ala Arg Asn Thr Ser Gly Phe Arg Glu Gln Val Ala 340 345 350 Ala Trp Leu Glu Lys Leu Ser Ala Ser Ala Glu Leu Arg Gln Gln Ser 355 360 365 Phe Ala Val Ala Ala Asp Ala Thr Glu Ser Cys Glu Asp Arg Val Ala 370 375 380 Leu Thr Trp Asn Asn Leu Arg Lys Thr Leu Leu Val His Gln Ala Ser 385 390 395 400 Glu Gly Leu Phe Asp Asn Asp Thr Gly Ala Leu Leu Ser Leu Gly Arg 405 410 415 Glu Met Phe Arg Leu Glu Ile Leu Glu Asp Ile Ala Arg Asp Lys Val 420 425 430 Arg Thr Leu His Phe Val Asp Glu Ile Glu Val Tyr Leu Ala Phe Gln 435 440 445 Thr Met Leu Ala Glu Lys Leu Gln Leu Ser Thr Ala Val Lys Glu Met 450 455 460 Arg Phe Tyr Gly Val Ser Gly Val Thr Ala Asn Asp Leu Arg Thr Ala 465 470 475 480 Glu Ala Met Val Arg Ser Arg Glu Glu Asn Glu Phe Thr Asp Trp Phe 485 490 495 Ser Leu Trp Gly Pro Trp His Ala Val Leu Lys Arg Thr Glu Ala Asp 500 505 510 Arg Trp Ala Gln Ala Glu Glu Gln Lys Tyr Glu Met Leu Glu Asn Glu 515 520 525 Tyr Ser Gln Arg Val Ala Asp Arg Leu Lys Ala Ser Gly Leu Ser Gly 530 535 540 Asp Ala Asp Ala Glu Arg Glu Ala Gly Ala Gln Val Met Arg Glu Thr 545 550 555 560 Glu Gln Gln Ile Tyr Arg Gln Leu Thr Asp Glu Val Leu Ala 565 570 <210> 14 <211> 1725 <212> DNA <213> Shigella flexneri <400> 14 atgaaaccga tcaacaatca ttcttttttt cgttcccttt gtggcttatc atgtatatct 60 cgtttatcgg tagaagaaca gtgtaccaga gattaccacc gcatctggga tgactgggct 120 agggaaggaa caacaacaga aaatcgcatc caggcggttc gattattgaa aatatgtctg 180 gatacccggg agcctgttct caatttaagc ttactgaaac tacgttcttt accaccactc 240 cctttgcata tacgtgaact taatatttcc aacaatgagt taatctccct acctgaaaat 300 tctccgcttt tgacagaact tcatgtaaat ggtaacaact tgaatatact cccgacactt 360 ccatctcaac tgattaagct taatatttca ttcaatcgaa atttgtcatg tctgccatca 420 ttaccaccat atttacaatc actctcggca cgttttaata gtctggagac gttaccagag 480 cttccatcaa cgctaacaat attacgtatt gaaggtaatc gccttactgt cttgcctgaa 540 ttgcctcata gactacaaga actctttgtt tccggcaaca gactacagga actaccagaa 600 tttcctcaga gcttaaaata tttgaaggta ggtgaaaatc aactacgcag attatccaga 660 ttaccgcaag aactattggc actggatgtt tccaataacc tactaacttc attacccgaa 720 aatataatca cattgcccat ttgtacgaat gttaacattt cagggaatcc attgtcgact 780 cacgttctgc aatccctgca aagattaacc tcttcgccgg actaccacgg cccgcagatt 840 tacttctcca tgagtgacgg acaacagaat acactccatc gccccctggc tgatgccgtg 900 acagcatggt tcccggaaaa caaacaatct gatgtatcac agatatggca tgcttttgaa 960 catgaagagc atgccaacac cttttccgcg ttccttgacc gcctttccga taccgtctct 1020 gcacgcaata cctccggatt ccgtgaacag gtcgctgcat ggctggaaaa actcagtgcc 1080 tctgcggagc ttcgacagca gtctttcgct gttgctgctg atgccactga gagctgtgag 1140 gaccgtgtcg cgctcacatg gaacaatctc cggaaaaccc tcctggtcca tcaggcatca 1200 gaaggccttt tcgataatga taccggcgct ctgctctccc tgggcaggga aatgttccgc 1260 ctcgaaattc tggaggatat tgcccgggat aaagtcagaa ctctccattt tgtggatgag 1320 atagaagtct acctggcctt ccagaccatg ctcgcagaga aacttcagct ctccactgcc 1380 gtgaaggaaa tgcgtttcta tggcgtgtcg ggagtgacag caaatgacct ccgcactgcc 1440 gaagctatgg tcagaagccg tgaagagaat gaatttacgg actggttctc cctctgggga 1500 ccatggcatg ctgtactgaa gcgtacggaa gctgaccgct gggcgcaggc agaagagcag 1560 aagtatgaga tgctggagaa tgagtactct cagagggtgg ctgaccggct gaaagcatca 1620 ggtctgagcg gtgatgcgga tgcggagagg gaagccggtg cacaggtgat gcgtgagact 1680 gaacagcaga tttaccgtca gttgactgac gaggtactgg cctga 1725 <210> 15 <211> 367 <212> PRT <213> Yersinia pestis <400> 15 Met Phe Ile Thr Pro Arg Asn Val Ser Asn Thr Phe Leu Gln Glu Pro 1 5 10 15 Leu Arg His Ser Ser Asp Leu Thr Glu Met Pro Val Glu Ala Glu Asn 20 25 30 Val Lys Ser Lys Thr Glu Tyr Tyr Asn Ala Trp Ala Val Trp Glu Arg 35 40 45 Asn Ala Pro Pro Gly Asn Gly Glu Gln Arg Glu Met Ala Val Ser Arg 50 55 60 Leu Arg Asp Cys Leu Asp Arg Gln Ala His Glu Leu Glu Leu Asn Asn 65 70 75 80 Leu Gly Leu Ser Ser Leu Pro Glu Leu Pro Pro His Leu Glu Ser Leu 85 90 95 Val Ala Ser Cys Asn Ser Leu Thr Glu Leu Pro Glu Leu Pro Gln Ser 100 105 110 Leu Lys Ser Leu Gln Val Asp Asn Asn Asn Leu Lys Ala Leu Ser Asp 115 120 125 Leu Pro Pro Ser Leu Glu Phe Leu Ala Ala Gly Asn Asn Gln Leu Glu 130 135 140 Glu Leu Pro Glu Leu Gln Asn Ser Ser Phe Leu Lys Ile Ile Asp Val 145 150 155 160 Asp Asn Asn Ser Leu Lys Lys Leu Pro Asp Leu Pro Pro Ser Leu Glu 165 170 175 Phe Leu Ala Ala Gly Asn Asn Gln Leu Glu Glu Leu Ser Glu Leu Gln 180 185 190 Asn Leu Pro Phe Leu Thr Glu Ile His Ala Asp Asn Asn Ser Leu Lys 195 200 205 Thr Leu Pro Asp Leu Pro Pro Ser Leu Lys Thr Leu Asn Val Arg Glu 210 215 220 Asn Tyr Leu Thr Asp Leu Pro Glu Leu Pro Gln Ser Leu Thr Phe Leu 225 230 235 240 Asp Val Ser Asp Asn Ile Phe Ser Gly Leu Ser Glu Leu Pro Pro Asn 245 250 255 Leu Tyr Tyr Leu Asp Ala Ser Ser Asn Gly Ile Arg Ser Leu Cys Asp 260 265 270 Leu Pro Pro Ser Leu Val Glu Leu Asp Val Arg Asp Asn Gln Leu Ile 275 280 285 Glu Leu Pro Ala Leu Pro Pro His Leu Glu Arg Leu Ile Ala Ser Leu 290 295 300 Asn His Leu Ala Glu Val Pro Glu Leu Pro Gln Asn Leu Lys Gln Leu 305 310 315 320 His Val Glu His Asn Ala Leu Arg Glu Phe Pro Asp Ile Pro Glu Ser 325 330 335 Val Glu Asp Leu Arg Met Asp Ser Glu Arg Val Thr Asp Thr Tyr Glu 340 345 350 Phe Ala His Glu Thr Thr Asp Lys Leu Glu Asp Asp Val Phe Glu 355 360 365 <210> 16 <211> 1104 <212> DNA <213> Yersinia pestis <400> 16 atgtttataa ctccaagaaa tgtatctaat acttttttgc aagaaccatt acgtcattct 60 tctgatttaa ctgagatgcc ggttgaagca gaaaatgtta aatctaagac tgaatattat 120 aatgcatggg cggtatggga acgaaatgcc cctccgggga atggtgaaca gagggaaatg 180 gcggtttcaa ggttacgcga ttgcctggac cgacaagccc atgagctaga actaaataat 240 ctggggctga gttctttgcc ggaattacct ccgcatttag agagtttagt ggcgtcatgt 300 aattctctta cagaattacc ggaattgccg cagagcctga aatcacttca agttgataat 360 aacaatctga aggcattatc cgatttacct ccttcactgg aatttcttgc tgctggtaat 420 aatcagctgg aagaattgcc agagttgcaa aactcgtcct tcttgaaaat tattgatgtt 480 gataacaatt cactgaaaaa actacctgat ttacctcctt cactggaatt tcttgctgct 540 ggtaataatc agctggaaga attgtcagag ttacaaaact tgccattctt gactgagatt 600 catgctgata acaattcact gaaaacatta cccgatttac ccccttccct gaaaacactt 660 aatgtcagag aaaattattt aactgatctg ccagaattac cgcagagttt aaccttctta 720 gatgtttctg ataatatttt ttctggatta tcggaattgc caccaaactt gtattatctc 780 gatgcatcca gcaatggaat aagatcctta tgcgatttac ccccttcact ggtagaactt 840 gatgtcagag ataatcagtt gatcgaactg ccagcgttac ctccacactt agaacgttta 900 atcgcttcac ttaatcatct tgctgaagta cctgaattgc cgcaaaacct gaaacagctc 960 cacgtagagc acaacgctct aagagagttt cccgatatac ctgagtcagt ggaagatctt 1020 cggatggact ctgaacgtgt aactgataca tatgaatttg ctcatgagac tacagacaaa 1080 cttgaagatg atgtatttga gtag 1104 <210> 17 <211> 86 <212> PRT <213> Yersinia pestis <400> 17 Met Phe Ile Asn Pro Arg Asn Val Ser Asn Thr Phe Leu Gln Glu Pro 1 5 10 15 Leu Arg His Ser Ser Asn Leu Thr Glu Met Pro Val Glu Ala Glu Asn 20 25 30 Val Lys Ser Lys Thr Glu Tyr Tyr Asn Ala Trp Ser Glu Trp Glu Arg 35 40 45 Asn Ala Pro Pro Gly Asn Gly Glu Gln Arg Glu Met Ala Val Ser Arg 50 55 60 Leu Arg Asp Cys Leu Asp Arg Gln Ala His Glu Leu Glu Leu Asn Asn 65 70 75 80 Leu Gly Leu Ser Ser Leu 85 <210> 18 <211> 258 <212> DNA <213> Yersinia pestis <400> 18 atgttcatca ctccacgcaa tgtatctaac acctttctgc aggaaccgct gcgtcattct 60 agcgacctga ccgaaatgcc agttgaagcg gagaacgtga aatctaagac tgaatactac 120 aacgcgtggg cagtatggga gcgcaatgca ccaccaggta acggtgaaca gcgtgaaatg 180 gcagtaagcc gtctgcgtga ttgcctggat cgccaggctc acgagctgga gctgaacaac 240 ctgggtctgt ctagcctg 258 <210> 19 <211> 131 <212> PRT <213> Yersinia pestis <400> 19 Met Phe Ile Asn Pro Arg Asn Val Ser Asn Thr Phe Leu Gln Glu Pro 1 5 10 15 Leu Arg His Ser Ser Asn Leu Thr Glu Met Pro Val Glu Ala Glu Asn 20 25 30 Val Lys Ser Lys Thr Glu Tyr Tyr Asn Ala Trp Ser Glu Trp Glu Arg 35 40 45 Asn Ala Pro Pro Gly Asn Gly Glu Gln Arg Glu Met Ala Val Ser Arg 50 55 60 Leu Arg Asp Cys Leu Asp Arg Gln Ala His Glu Leu Glu Leu Asn Asn 65 70 75 80 Leu Gly Leu Ser Ser Leu Pro Glu Leu Pro Pro His Leu Glu Ser Leu 85 90 95 Val Ala Ser Cys Asn Ser Leu Thr Glu Leu Pro Glu Leu Pro Gln Ser 100 105 110 Leu Lys Ser Leu Leu Val Asp Asn Asn Asn Leu Lys Ala Leu Ser Asp 115 120 125 Leu Pro Pro 130 <210> 20 <211> 393 <212> DNA <213> Yersinia pestis <400> 20 atgtttatta acccgcgcaa cgtgagcaac acctttctgc aggaaccgct gcgccatagc 60 agcaacctga ccgaaatgcc ggtggaagcg gaaaacgtga aaagcaaaac cgaatattat 120 aacgcgtgga gcgaatggga acgcaacgcg ccgccgggca acggcgaaca gcgcgaaatg 180 gcggtgagcc gcctgcgcga ttgcctggat cgccaggcgc atgaactgga actgaacaac 240 ctgggcctga gcagcctgcc ggaactgccg ccgcatctgg aaagcctggt ggcgagctgc 300 aacagcctga ccgaactgcc ggaactgccg cagagcctga aaagcctgct ggtggataac 360 aacaacctga aagcgctgag cgatctgccg ccg 393 <210> 21 <211> 565 <212> PRT <213> Shigella flexneri <400> 21 Met Phe Ser Val Asn Asn Thr His Ser Ser Val Ser Cys Ser Pro Ser 1 5 10 15 Ile Asn Ser Asn Ser Thr Ser Asn Glu His Tyr Leu Arg Ile Leu Thr 20 25 30 Glu Trp Glu Lys Asn Ser Ser Pro Gly Glu Glu Arg Gly Ile Ala Phe 35 40 45 Asn Arg Leu Ser Gln Cys Phe Gln Asn Gln Glu Ala Val Leu Asn Leu 50 55 60 Ser Asp Leu Asn Leu Thr Ser Leu Pro Glu Leu Pro Lys His Ile Ser 65 70 75 80 Ala Leu Ile Val Glu Asn Asn Lys Leu Thr Ser Leu Pro Lys Leu Pro 85 90 95 Ala Phe Leu Lys Glu Leu Asn Ala Asp Asn Asn Arg Leu Ser Val Ile 100 105 110 Pro Glu Leu Pro Glu Ser Leu Thr Thr Leu Ser Val Arg Ser Asn Gln 115 120 125 Leu Glu Asn Leu Pro Val Leu Pro Asn His Leu Thr Ser Leu Phe Val 130 135 140 Glu Asn Asn Arg Leu Tyr Asn Leu Pro Ala Leu Pro Glu Lys Leu Lys 145 150 155 160 Phe Leu His Val Tyr Tyr Asn Arg Leu Thr Thr Leu Pro Asp Leu Pro 165 170 175 Asp Lys Leu Glu Ile Leu Cys Ala Gln Arg Asn Asn Leu Val Thr Phe 180 185 190 Pro Gln Phe Ser Asp Arg Asn Asn Ile Arg Gln Lys Glu Tyr Tyr Phe 195 200 205 His Phe Asn Gln Ile Thr Thr Leu Pro Glu Ser Phe Ser Gln Leu Asp 210 215 220 Ser Ser Tyr Arg Ile Asn Ile Ser Gly Asn Pro Leu Ser Thr Arg Val 225 230 235 240 Leu Gln Ser Leu Gln Arg Leu Thr Ser Ser Pro Asp Tyr His Gly Pro 245 250 255 Gln Ile Tyr Phe Ser Met Ser Asp Gly Gln Gln Asn Thr Leu His Arg 260 265 270 Pro Leu Ala Asp Ala Val Thr Ala Trp Phe Pro Glu Asn Lys Gln Ser 275 280 285 Asp Val Ser Gln Ile Trp His Ala Phe Glu His Glu Glu His Ala Asn 290 295 300 Thr Phe Ser Ala Phe Leu Asp Arg Leu Ser Asp Thr Val Ser Ala Arg 305 310 315 320 Asn Thr Ser Gly Phe Arg Glu Gln Val Ala Ala Trp Leu Glu Lys Leu 325 330 335 Ser Ala Ser Ala Glu Leu Arg Gln Gln Ser Phe Ala Val Ala Ala Asp 340 345 350 Ala Thr Glu Ser Cys Glu Asp Arg Val Ala Leu Thr Trp Asn Asn Leu 355 360 365 Arg Lys Thr Leu Leu Val His Gln Ala Ser Glu Gly Leu Phe Asp Asn 370 375 380 Asp Thr Gly Ala Leu Leu Ser Leu Gly Arg Glu Met Phe Arg Leu Glu 385 390 395 400 Ile Leu Glu Asp Ile Ala Arg Asp Lys Val Arg Thr Leu His Phe Val 405 410 415 Asp Glu Ile Glu Val Tyr Leu Ala Phe Gln Thr Met Leu Ala Glu Lys 420 425 430 Leu Gln Leu Ser Thr Ala Val Lys Glu Met Arg Phe Tyr Gly Val Ser 435 440 445 Gly Val Thr Ala Asn Asp Leu Arg Thr Ala Glu Ala Met Val Arg Ser 450 455 460 Arg Glu Glu Asn Glu Phe Thr Asp Trp Phe Ser Leu Trp Gly Pro Trp 465 470 475 480 His Ala Val Leu Lys Arg Thr Glu Ala Asp Arg Trp Ala Gln Ala Glu 485 490 495 Glu Gln Lys Tyr Glu Met Leu Glu Asn Glu Tyr Ser Gln Arg Val Ala 500 505 510 Asp Arg Leu Lys Ala Ser Gly Leu Ser Gly Asp Ala Asp Ala Glu Arg 515 520 525 Glu Ala Gly Ala Gln Val Met Arg Glu Thr Glu Gln Gln Ile Tyr Arg 530 535 540 Gln Leu Thr Asp Glu Val Leu Ala Leu Arg Leu Ser Glu Asn Gly Ser 545 550 555 560 Arg Leu His His Ser 565 <210> 22 <211> 1698 <212> DNA <213> Shigella flexneri <400> 22 atgttctctg taaataatac acactcatca gtttcttgct ccccctctat taactcaaac 60 tcaaccagta atgaacatta tctgagaatc ctgactgaat gggaaaagaa ctcttctccc 120 ggggaagagc gaggcattgc ttttaacaga ctctcccagt gctttcagaa tcaagaagca 180 gtattaaatt tatcagacct aaatttgacg tctcttcccg aattaccaaa gcatatttct 240 gctttgattg tagaaaataa taaattaaca tcattgccaa agctgcctgc atttcttaaa 300 gaacttaatg ctgataataa caggctttct gtgataccag aacttcctga gtcattaaca 360 actttaagtg ttcgttctaa tcaactggaa aaccttcctg ttttgccaaa ccatttaaca 420 tcattatttg ttgaaaataa caggctatat aacttaccgg ctcttcccga aaaattgaaa 480 tttttacatg tttattataa caggctgaca acattacccg acttaccgga taaactggaa 540 attctctgtg ctcagcgcaa taatctggtt acttttcctc aattttctga tagaaacaat 600 atcagacaaa aggaatatta ttttcatttt aatcagataa ccactcttcc ggagagtttt 660 tcacaattag attcaagtta caggattaat atttcaggga atccattgtc gactcgcgtt 720 ctgcaatccc tgcaaagatt aacctcttcg ccggactacc acggcccgca gatttacttc 780 tccatgagtg acggacaaca gaatacactc catcgccccc tggctgatgc cgtgacagca 840 tggttcccgg aaaacaaaca atctgatgta tcacagatat ggcatgcttt tgaacatgaa 900 gagcatgcca acaccttttc cgcgttcctt gaccgccttt ccgataccgt ctctgcacgc 960 aatacctccg gattccgtga acaggtcgct gcatggctgg aaaaactcag tgcctctgcg 1020 gagcttcgac agcagtcttt cgctgttgct gctgatgcca ctgagagctg tgaggaccgt 1080 gtcgcgctca catggaacaa tctccggaaa accctcctgg tccatcaggc atcagaaggc 1140 cttttcgata atgataccgg cgctctgctc tccctgggca gggaaatgtt ccgcctcgaa 1200 attctggagg acattgcccg ggataaagtc agaactctcc attttgtgga tgagatagaa 1260 gtctacctgg ccttccagac catgctcgca gagaaacttc agctctccac tgccgtgaag 1320 gaaatgcgtt tctatggcgt gtcgggagtg acagcaaatg acctccgcac tgccgaagct 1380 atggtcagaa gccgtgaaga gaatgaattt acggactggt tctccctctg gggaccatgg 1440 catgctgtac tgaagcgtac ggaagctgac cgctgggcgc aggcagaaga gcagaagtat 1500 gagatgctgg agaatgagta ctctcagagg gtggctgacc ggctgaaagc atcaggtctg 1560 agcggtgatg cggatgcgga gagggaagcc ggtgcacagg tgatgcgtga gactgaacag 1620 cagatttacc gtcagctgac tgacgaggta ctggccctgc gattgtctga aaacggctca 1680 cgactgcacc attcataa 1698 <210> 23 <211> 379 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 23 Met Phe Ile Thr Pro Arg Asn Val Ser Asn Thr Phe Leu Gln Glu Pro 1 5 10 15 Leu Arg His Ser Ser Asp Leu Thr Glu Met Pro Val Glu Ala Glu Asn 20 25 30 Val Lys Ser Lys Thr Glu Tyr Tyr Asn Ala Trp Ala Val Trp Glu Arg 35 40 45 Asn Ala Pro Pro Gly Asn Gly Glu Gln Arg Glu Met Ala Val Ser Arg 50 55 60 Leu Arg Asp Cys Leu Asp Arg Gln Ala His Glu Leu Glu Leu Asn Asn 65 70 75 80 Leu Gly Leu Ser Ser Leu Pro Glu Leu Pro Pro His Leu Glu Ser Leu 85 90 95 Val Ala Ser Cys Asn Ser Leu Thr Glu Leu Pro Glu Leu Pro Gln Ser 100 105 110 Leu Lys Ser Leu Gln Val Asp Asn Asn Asn Leu Lys Ala Leu Ser Asp 115 120 125 Leu Pro Pro Ser Leu Glu Phe Leu Ala Ala Gly Asn Asn Gln Leu Glu 130 135 140 Glu Leu Pro Glu Leu Gln Asn Ser Ser Phe Leu Lys Ile Ile Asp Met 145 150 155 160 Ser Ile Glu Ile Lys Met Ile Ser Pro Ile Lys Asn Ile Lys Asn Val 165 170 175 Phe Pro Ile Asn Thr Ala Asn Thr Glu Tyr Ile Val Arg Asn Ile Tyr 180 185 190 Pro Arg Val Glu His Gly Tyr Phe Asn Glu Ser Pro Asn Ile Tyr Asp 195 200 205 Lys Lys Tyr Ile Ser Gly Ile Thr Arg Ser Met Ala Gln Leu Lys Ile 210 215 220 Glu Glu Phe Ile Asn Glu Lys Ser Arg Arg Leu Asn Tyr Met Lys Thr 225 230 235 240 Met Tyr Ser Pro Cys Pro Glu Asp Phe Gln Pro Ile Ser Arg Asp Glu 245 250 255 Ala Ser Thr Pro Glu Gly Ser Trp Leu Thr Val Ile Ser Gly Lys Arg 260 265 270 Pro Met Gly Gln Phe Ser Val Asp Ser Leu Tyr His Pro Asp Leu His 275 280 285 Ala Leu Cys Glu Leu Pro Glu Ile Ser Cys Lys Ile Phe Pro Lys Glu 290 295 300 Asn Ser Asp Phe Leu Tyr Ile Ile Val Val Phe Arg Asn Asp Ser Pro 305 310 315 320 Gln Gly Glu Leu Arg Ala Asn Arg Phe Ile Glu Leu Tyr Asp Ile Lys 325 330 335 Arg Glu Ile Met Gln Val Leu Arg Asp Glu Ser Pro Glu Leu Lys Ser 340 345 350 Ile Lys Ser Glu Ile Ile Ile Ala Arg Glu Met Gly Glu Leu Phe Ser 355 360 365 Tyr Ala Ser Glu Glu Ile Asp Ser Tyr Ile Lys 370 375 <210> 24 <211> 345 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 24 Met Phe Ile Thr Pro Arg Asn Val Ser Asn Thr Phe Leu Gln Glu Pro 1 5 10 15 Leu Arg His Ser Ser Asp Leu Thr Glu Met Pro Val Glu Ala Glu Asn 20 25 30 Val Lys Ser Lys Thr Glu Tyr Tyr Asn Ala Trp Ala Val Trp Glu Arg 35 40 45 Asn Ala Pro Pro Gly Asn Gly Glu Gln Arg Glu Met Ala Val Ser Arg 50 55 60 Leu Arg Asp Cys Leu Asp Arg Gln Ala His Glu Leu Glu Leu Asn Asn 65 70 75 80 Leu Gly Leu Ser Ser Leu Pro Glu Leu Pro Pro His Leu Glu Ser Leu 85 90 95 Val Ala Ser Cys Asn Ser Leu Thr Glu Leu Pro Glu Leu Pro Gln Ser 100 105 110 Leu Lys Ser Leu Gln Val Asp Asn Asn Asn Leu Lys Ala Leu Ser Asp 115 120 125 Leu Pro Pro Ser Leu Glu Phe Leu Ala Ala Gly Asn Asn Gln Leu Glu 130 135 140 Glu Leu Pro Glu Leu Gln Asn Ser Ser Phe Leu Lys Ile Ile Asp Lys 145 150 155 160 Ile Pro Ser Leu Gln Ser Asn Phe Asn Phe Ser Ala Pro Ala Gly Tyr 165 170 175 Ser Ala Pro Ile Ala Pro Asn Arg Ala Glu Asn Ala Tyr Ala Asp Tyr 180 185 190 Val Leu Asp Ile Gly Lys Arg Ile Pro Leu Ser Ala Ala Asp Leu Ser 195 200 205 Asn Val Tyr Glu Ser Val Ile Arg Ala Val His Asp Ser Arg Ser Arg 210 215 220 Leu Ile Asp Gln His Thr Val Asp Met Ile Gly Asn Thr Val Leu Asp 225 230 235 240 Ala Leu Ser Arg Ser Gln Thr Phe Arg Asp Ala Val Ser Tyr Gly Ile 245 250 255 His Asn Glu Lys Val His Ile Gly Cys Ile Lys Tyr Arg Asn Glu Tyr 260 265 270 Glu Leu Asn Glu Glu Ser Ser Val Lys Ile Asp Asp Ile Gln Ser Leu 275 280 285 Thr Cys Asn Glu Leu Tyr Glu Tyr Asp Val Gly Gln Glu Pro Ile Phe 290 295 300 Pro Ile Cys Glu Ala Gly Glu Asn Asp Asn Glu Glu Pro Tyr Val Ser 305 310 315 320 Phe Ser Val Ala Pro Asp Thr Asp Ser Tyr Glu Met Pro Ser Trp Gln 325 330 335 Glu Gly Leu Ile His Glu Ile Ile His 340 345 <210> 25 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(30) <223> This sequence may encompass 1-6 "Gly Gly Gly Gly Ser" repeating units <400> 25 Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly 1 5 10 15 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser 20 25 30 <210> 26 <211> 25 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(4) <223> Thr or Ser <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(9) <223> Thr or Ser <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(14) <223> Thr or Ser <220> <221> MOD_RES <222> (16)..(19) <223> Thr or Ser <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(24) <223> Thr or Ser <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(25) <223> This sequence may encompass 1-5 "Xaa Xaa Xaa Xaa Gly" repeating units, wherein Xaa may be Thr or Ser <220> <223> See specification as filed for detailed description of substitutions and preferred embodiments <400> 26 Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Gly Xaa 1 5 10 15 Xaa Xaa Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Gly 20 25 <210> 27 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 27 Ser Ser Ser Ser Gly 1 5 <210> 28 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 28 Pro Ala Pro Ala Pro 1 5 <210> 29 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MISC_FEATURE <222> (1)..(14) <223> This region may encompass 2-7 "Pro Thr" repeating units <400> 29 Pro Thr Pro Thr Pro Thr Pro Thr Pro Thr Pro Thr Pro Thr Pro 1 5 10 15 <210> 30 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MISC_FEATURE <222> (2)..(26) <223> This region may encompass 1-5 "Glu Ala Ala Ala Lys" repeating units <400> 30 Ala Glu Ala Ala Ala Lys Glu Ala Ala Ala Lys Glu Ala Ala Ala Lys 1 5 10 15 Glu Ala Ala Ala Lys Glu Ala Ala Ala Lys Ala 20 25

Claims

둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드를 포함하는 구성체로서, 각각의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 상응하는 전체 길이 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제1항에 있어서, 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 상응하는 전체 길이-T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드의 하나 이상의 활성을 보유하는 것인 구성체.
제1항에 있어서, T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 E3 유비퀴틴 리가제, RhoGTPase 조절제, 시스테인 메틸트랜스퍼라제, 아연 메탈로프로테아제, 아세틸트랜스퍼라제, O-GlcNac 트랜스퍼라제, 및 LRR 모티프 결합 및 격리 폴리펩티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 구성체.
제3항에 있어서, E3 유비퀴틴 리가제는 IpaH 7.8 또는 IpaH9.8이고; RhoGTPase 조절제는 YopE이고; 시스테인 메틸트랜스퍼라제는 OspZ 또는 NleE이고; 아연 메탈로프로테아제는 NleC이고; 아세틸트랜스퍼라제는 YopJ이고; O-GlcNac 트랜스퍼라제는 NleB이고; LRR 모티프 결합 및 격리 폴리펩티드는 YopM인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 절두형 T3SS 시스테인 메틸트랜스퍼라제 폴리펩티드에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함하는 것인 구성체.
제5항에 있어서, 절두형 T3SS 시스테인 메틸트랜스퍼라제 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 OspZ 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제6항에 있어서, 절두형 OspZ 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3의 아미노산 226-446과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제7항에 있어서, 절두형 OspZ 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 3의 아미노산 226-446에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제5항에 있어서, 구성체는 SEQ ID NO.: 23에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 절두형 T3SS 아연 메탈로프로테아제 폴리펩티드에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함하는 것인 구성체.
제10항에 있어서, 절두형 T3SS 아연 메탈로프로테아제 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 NleC 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제11항에 있어서, 절두형 NleC 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5의 아미노산 2-187과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제12항에 있어서, 절두형 NleC 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 5의 아미노산 2-187에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제10항에 있어서, 구성체는 SEQ ID NO.: 24에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 절두형 T3SS O-GlcNac 트랜스퍼라제에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함하는 것인 구성체.
제15항에 있어서, 절두형 T3SS O-GlcNac 트랜스퍼라제는 SEQ ID NO.: 9에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 NleB 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제16항에 있어서, 절두형 NleB 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 9의 아미노산 2-226과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제17항에 있어서, 절두형 NleB 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 9의 아미노산 2-226에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 절두형 제2 T3SS E3 유비퀴틴 리가제에 연결된 절두형 제1 T3SS E3 유비퀴틴 리가제 폴리펩티드를 포함하는 것인 구성체.
제19항에 있어서, 제1 및 제2 절두형 T3SS E3 유비퀴틴 리가제 폴리펩티드는 상이한 것인 구성체.
제19항에 있어서, 절두형 제1 E3 유비퀴틴 리가제는 SEQ ID NO.: 11에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 IpaH9.8 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제20항에 있어서, 절두형 제1 IpaH9.8 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 11의 아미노산 56-228과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제22항에 있어서, 절두형 제2 E3 유비퀴틴 리가제는 SEQ ID NO.: 13에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 IpaH4.5 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제23항에 있어서, 절두형 제2 IpaH4.5 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 13의 아미노산 62-270과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 것인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 시스테인 메틸트랜스퍼라제에 연결된 RhoGTPase 조절제를 포함하는 것인 구성체.
제25항에 있어서, RhoGTPase 조절제는 SEQ ID NO.: 1에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 YopE 폴리펩티드인 구성체.
제26항에 있어서, 시스테인 메틸트랜스퍼라제는 SEQ ID NO.: 5에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 OspZ 폴리펩티드인 구성체.
제1항에 있어서, 구성체는 절두형 아세틸트랜스퍼라제 폴리펩티드에 연결된 절두형 YopM 폴리펩티드를 포함하는 것인 구성체.
제28항에 있어서, 절두형 아세틸트랜스퍼라제는 SEQ ID NO.: 9에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 YopJ 폴리펩티드의 일부분을 포함하는 것인 구성체.
제28항에 있어서, 절두형 YopJ 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 9의 시스테인 172에 점 돌연변이를 포함하는 것인 구성체.
제1항 내지 제18항 중 어느 하나의 항에 있어서, 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열과 적어도 90% 동일한 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제31항에 있어서, 절두형 YopM 폴리펩티드는 SEQ ID NO.: 19에 기재된 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제1항 내지 제32항 중 어느 하나의 항에 있어서, 단백질 전달 도메인을 더 포함하는 것인 구성체.
제27항에 있어서, 단백질 전달 도메인은 YopM 단백질 전달 도메인인 구성체.
제34항에 있어서, YopM 단백질 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 17에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제27항에 있어서, 단백질 전달 도메인은 IpaH9.8 단백질 전달 도메인인 구성체.
제27항에 있어서, IpaH9.8 단백질 전달 도메인은 SEQ ID NO.: 11의 아미노산 2-56에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 것인 구성체.
제1항 내지 제37항 중 어느 하나의 항에 있어서, 구성체는 융합 단백질을 포함하는 것인 구성체.
제1항 내지 제38항 중 어느 하나의 항에 있어서, 둘 이상의 절두형 T3SS 박테리아 이펙터 폴리펩티드는 링커에 의해 연결되는 것인 구성체.
제39항에 있어서, 링커는 절단가능한 링커인 구성체.
제40항에 있어서, 절단가능한 링커는 pH 감응성 링커인 구성체.
제41항에 있어서, pH 감응성 링커는 히드라진,　포스포르아미데이트-기반 링커, 또는 티오말레산을 포함하는 것인 구성체.
제39항에 있어서, 링커는 공유 결합인 구성체.
제1항 내지 제43항 중 어느 하나의 항의 구성체를 코딩하는 핵산.
제1항 내지 제44항 중 어느 하나의 항의 구성체 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물.
염증성 장애를 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 방법은 제45항의 약학 조성물의 치료적 유효량을 투여하는 단계를 포함하는 것인 치료 방법.
제46항에 있어서, 염증성 장애는 피부 장애, 위장 장애, 또는 근골격 장애인 치료 방법.