KR20210081361A - 안구인두 근이영양증 (opmd) 치료 방법 - Google Patents

안구인두 근이영양증 (opmd) 치료 방법 Download PDF

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Abstract

본 명세서는 OPMD를 앓고 있는 또는 이러한 성향이 있는 개체의 안구인두 근이영양증 (OPMD)을 치료하기 위한, RNA 간섭 (RNAi) 시약, 이를 테면, 짧은 헤어핀 마이크로RNA (shmiR), 그리고 PABPN1 대체 시약, 이를 테면, RNAi 시약이 표적으로 하지 않는 기능성 PABPN1을 인코드하는 폴리뉴클레오티드와 조합하여RNA 간섭 (RNAi) 시약, 이를 테면, 짧은 헤어핀 마이크로RNA (shmiR)를 포함하는 유전자 치료요법 구조체를 투여하는 방법에 관계한다. 특정 측면들에서, 상기 방법은 대상체의 인두근에 직접 주사를 포함한다.

Description

안구인두 근이영양증 (OPMD) 치료 방법
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2018년 10월 17일자로 제출된 US 가출원 번호 62/747,089를 우선권으로 주장하며, 이의 전문이 본 명세서의 참고자료에 편입된다.
기술 분야
본 명세서는 안구인두 근이영양증 (OPMD)을 앓고 있는, 또는 이러한 성향이 있는 개체에서 OPMD를 치료하는 방법에 관한 것이다.
배경
OPMD는 상염색체 우성으로 유전되는, 진행이 느린, 후기-발병 퇴행성 근육 장애다. 이 질환은 진행성 눈꺼풀 처짐 (안검 하수)과 음식물삼킴 곤란 (연하 곤란)을 주로 특징으로 한다. 인두근과 윤상인두근은 OPMD에서 특정 표적이다. 근위 사지 쇠약은 질병 진행의 후기 단계에서 뒤 따르는 경향이 있다. 이 질환을 일으키는 돌연변이는 폴리(A) 결합 단백질 핵 1 (PABPN1) 유전자의 (GCN)n 트리뉴클레오티드 반복부의 비-정상적인 확장이다. 이러한 확장은 PABPN1 단백질의 N-말단에서 확장된 폴리알라닌 트랙으로 이어진다: 정상 단백질에는 10개 알라닌이 존재하는데, 돌연변이체 형태에는 알라닌이 11개 내지 18로 확장된다 (expPABPN1). 상기 질환의 주요 병리학적 특징은 expPABPN1의 핵 응집체(aggregates)이다. 확장된 PABPN1의 미스폴딩으로 영향을 받은 세포 내부에 불용성 중합체 원섬유(fibrillar) 응집체의 축적이 초래된다. PABPN1은 응집 경향성(prone) 단백질이며, OPMD 안에 돌연변이체 알라닌-확장된 PABPN1은 야생형 정상 단백질보다는 더 높은 응집률을 갖는다. 그러나, OPMD에서 이러한 핵 응집체가 병인적 기능을 하는지, 또는 세포 방어 기전의 결과로써 보호 역할을 하는지는 여전히 명확하지 않다.
현재 OPMD에 대한 치료, 약리학적 또는 기타 방법은 없다. 증상관련 외과적 개입은 중등도에서 중증의 영향을 받은 개체의 안검 하수를 부분적으로 교정하고, 음식물삼킴을 개선시킬 수 있다. 예를 들면, 윤상인두 근절개는 이러한 환자들의 음식물삼킴을 개선시킬 수 있는 유일한 치료법이다. 그러나, 이것이 인두 근조직의 진행정 퇴행을 교정하지는 못하며, 음식물삼킴 곤란 과 질식 이후 종종 사망에 이르기도 한다.
따라서, OPMD를 앓고 있거나 및/또는 이러한 경향을 보이는 환자에서 이를 치료하기 위한 치료요법 제제의 필요성은 남아있다.
요약
본 명세서는 OPMD 치료용으로 현재 승인된 치료요법 제제가 없다는 발명자의 인지에서 일부 기초한다. 따라서, 본 명세서는 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 mRNA 전사체 영역을 표적으로 하는 RNAi 시약을 투여하는 방법을 제공한다. 더욱이, 본 명세서는 본 명세서의 RNAi 시약 (이후 “PABPN1 대체 시약”)이 표적으로 하지 않은 mRNA 전사체를 갖는 야생형 인간 PABPN1 단백질 발현용 시약 투여 방법을 제공한다.
본 명세서의 특정 측면들은 안구인두 근이영양증 (OPMD)을 앓고 있는 대상체를 치료하는 방법에 관한 것으로, 이 방법은 전술한 대상체에게 다음을 포함하는 조성물의 투여를 포함한다:
(a) 짧은 헤어핀 마이크로-RNA (shmiR)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는 핵산; 그리고
(b) 이 핵산에 의해 인코드된 shmiR(들)에 의해 표적화되지 않는 mRNA 전사체를 갖는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 PABPN1 구조체; 이때 이 조성물은 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여된다.
특정 측면들은 대상체에서 안구인두 근이영양증 (OPMD)의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해시키는 방법에 관한 것이며, 전술한 방법은 해당 대상체에게 다음을 포함하는 조성물의 투여를 포함한다:
(a) 짧은 헤어핀 마이크로-RNA (shmiR)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체; 그리고
(b) 이 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiR(들)에 의해 표적화되지 않는 mRNA 전사체를 갖는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 PABPN1 구조체; 이때 이 조성물은 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여된다.
하나의 실시예에서, 해당 대상체는 이 조성물을 이 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여한 후, 음식물삼킴이 개선되었다.
하나의 실시예에서, 이 조성물은 상기 ddRNAi 구조체, 상기 PABPN1 구조체, 또는 이의 조합을 포함하는 발현 벡터를 포함한다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 5'에서 3' 방향으로, 상기 ddRNAi 구조체 및 상기 PABPN1 구조체를 포함한다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 5'에서 3' 방향으로, 상기 PABPN1 구조체 및 상기 ddRNAi 구조체를 포함한다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 플라스미드 또는 미니서클(minicircle)이다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 아데노-연합된 바이러스 (AAV) 벡터, 레트로바이러스 벡터, 아데노바이러스 (AdV) 벡터 및 렌티바이러스 (LV) 벡터로 구성된 군에서 선택된 바이러스 벡터다. 예를 들면, 상기 발현 벡터는 AAV 벡터 이를 테면, 혈청형 AAV2, AAV8 또는 AAV9의 AAV일 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 핵산, ddRNAi 구조체 및/또는 PABPN1 구조체는 발현 구조체로 구성되며, 이 발현 구조체는 AAV 혈청형의 역전된 말단 반복부 (ITRs)를 포함한다.
하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 코돈 최적화되어, 이의 mRNA 전사체는 상기 핵산에 의해 인코드된 shmiRs 또는 ddRNAi 구조체에 의해 표적화되지 않는다. 예를 들면, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 서열 식별 번호: 73으로 제시된 DNA 서열일 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 해당 PABPN1 구조체 안에 포함된 프로모터에 작동-가능하도록 연계되며, 이 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열의 상류에 위치한다. 예를 들면, 상기 PABPN1 구조체 안에 포함된 프로모터는 근육-특이적 프로모터일 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 핵산은 인간 PABPN1의 RNA 전사체를 표적으로 하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하며, 이때 해당 shmiR은 다음을 포함한다:
최소한 17개 뉴클레오티드 길이의 작동체 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프(stemloop) 서열; 그리고
일차 마이크로 RNA (pri-miRNA) 백본;
이때 상기 작동체 서열은 인간 PABPN1의 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 87에 제시한 서열 (즉, 코딩 인간 PABPN1을 인코딩하는 메신져 RNA 전사체) 안에 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다.
일부 실시예에서, 상기 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다:
최소한 17개 뉴클레오티드 길이의 작동체 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프 서열; 그리고
pri-miRNA 백본;
이때 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성이다.
바람직하게는, 상기 작동체 서열은 30 개 미만의 뉴클레오티드 길이일 것이다. 예를 들면, 적합한 작동체 서열은 17-29 개 범위의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 바람직하게는, 상기 작동체 서열은 20개 뉴클레오티드 길이일 것이다. 더 바람직하게는, 상기 작동체 서열은 21개 뉴클레오티드 길이일 것이며, 상기 작동체 보체 서열은 20개 뉴클레오티드 길이일 것이다.
특정 예시들에서, 핵산에 의해 인코드된 shmiR은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열 (즉, 서열 식별 번호: 1, 서열 식별 번호: 2, 서열 식별 번호: 3, 서열 식별 번호: 4, 서열 식별 번호: 5, 서열 식별 번호: 6, 서열 식별 번호: 7, 서열 식별 번호: 8, 서열 식별 번호: 9, 서열 식별 번호: 10, 서열 식별 번호: 11, 서열 식별 번호: 12, 또는 서열 식별 번호: 13)을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함한다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 4개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 3개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 2개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 1개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 대해 100% 상보적일 수 있다. 미스매취가 존재하는 경우, shmiR의 씨드(seed) 영역에 대응하는 영역, 즉, 상기 작동체 서열의 뉴클레오티드 2-8에는 이들 미스매취가 존재하지 않는 것이 바람직하다.
본 명세서의 방법에 유용할 수 있는 예시적인 핵산은 작동체/작동체 보체 서열 조합을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열(표 2에서 기재된)을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 14에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 15에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 14에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 16에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 17에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 18에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 19에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 18에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 20에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 21에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 20에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 22에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 23에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 22에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 24에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 25에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 24에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 26에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 27에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 26에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 28에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 29에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 28에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 30에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 31에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 32에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 33에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 34에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 35에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 34에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 36에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 37에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 36에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 38에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR이다. 예를 들면, 서열 식별 번호: 39에 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38에 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
하나의 실시예에서, 상기 shmiR은 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함한다:
pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프 서열;
작동체 서열; 그리고
pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열.
하나의 실시예에서, 상기 shmiR은 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함한다:
pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열;
작동체 서열;
스템루프 서열;
작동체 보체 서열; 그리고
pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열.
하나의 실시예에서, 상기 스템루프 서열은 서열 식별 번호: 40으로 제시된 DNA 서열일 수 있다.
하나의 실시예에서, pri-miRNA 백본은 pri-miR-30a 백본이다. 예를 들면, pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열은 서열 식별 번호: 41로 제시된 서열일 수 있고, pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열은 서열 식별 번호: 42로 제시된 서열일 수 있다.
본 명세서의 방법에 유용할 수 있는 예시적인 핵산은 표 3에 기재된 서열을 갖거나 및/또는 표 4의 서열에 의해 인코드된 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본 명세서의 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호: 43-55중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함할 수 있다. 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 56-68중 임의의 하나에서 제시된 DNA 서열에 의해 인코드될 수 있다.
일부 실시예에서 상기 방법은 shmiRs를 인코딩하는 최소한 2개의 핵산을 투여하거나, 또는 최소한 2개의 상기 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 투여하는 것을 포함하며, 이때 각 shmiR은 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질에 대응하는 RNA 전사체에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하며, 이때 각 shmiR은 상이한 작동체 서열을 포함한다.
최소한 2개의 상기 핵산은 별도로 투여되거나 또는 단일 ddRNAi 구조체 안에서 투여될 수 있다. 하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 각각 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 예를 들면, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택될 수 있다: 서열 식별 번호: 15로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 14로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR2)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 17로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR3)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 21로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 20으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR5)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 27로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 26으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR9)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 33으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR14)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고 서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택된다: 서열 식별 번호: 56(shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고 서열 식별 번호: 68(shmiR17)서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 각각 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 예를 들면, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택될 수 있다: 서열 식별 번호: 17로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR3)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 33으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR14)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고 서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택된다: 서열 식별 번호: 57(shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산 또는 동일한 것을 포함하는 ddRNAi 구조체는 다음을 포함한다:
(a) 서열 식별 번호: 31로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 39로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산 또는 동일한 것을 포함하는 ddRNAi 구조체는 다음을 포함한다:
(a) 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)로 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)로 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
임의의 실시예에서 기재된 조성물은 하나 또는 그 이상의 약제학적으로 허용가능한 담체를 더 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 이때 상기 인두근은 하방 수축근 근육, 중간 수측근 근육, 상위 수축근 근육, 입천장-인두근 근육, 귀관-인두근 근육, 경돌-인두근 근육중 하나 또는 그 이상, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
하나의 특정 실시예에 따르면, 본 명세서는 다음을 포함하는 DNA 구조체를 필요로 하는 대상체의 인두근으로 이를 투여하는 방법을 제공한다:
(a) 본원에서 기재된 바와 같은 ddRNAi 구조체; 그리고
(b) 상기 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiR(들)의 표적이 되지 않는 기능성 mRNA 전사체를 갖는 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 PABPN1 구조체. 바람직하게는, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열 코돈 최적화되어, 이의 mRNA 전사체는 상기 ddRNAi 구조체의 shmiRs에 의해 표적화되지 않는다. 하나의 실시예에서, 기능성 PABPN1 단백질은 이를 테면, 서열 식별 번호: 74로 제시된 서열을 갖는 야생형 인간 PABPN1 단백질이다. 하나의 실시예에서 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 DNA 서열은 서열 식별 번호: 73에서 제시된다. 일부 구체예들에서, 상기 DNA 구조체는 하나 또는 그 이상의 프로모터를 포함할 수 있다. 본 명세서의 DNA 구조체에 사용하기 위한 예시적인 프로모터는 근육-특이적 프로모터, 이를 테면, 예를 들면, Spc512 및 CK8이다. 일부 구체예들에서, 상기 DNA 구조체는 상기 PABPN1 구조체에 작동가능하도록-연계된 프로모터 및 상기 ddRNAi 구조체를 포함하며, 이때 상기 프로모터는 해당 PABPN1 구조체와 ddRNAi 구조체의 상류에 위치한다.
일부 구체예들에서, 상기 DNA 구조체는 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함한다:
(a) 근육-특이적 프로모터 이를 테면, Spc512;
(b) 상기 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiRs의 표적이 되지 않는 기능성 mRNA 전사체를 갖는 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 본원에 기재된 PABPN1 구조체; 그리고.
(c) 본원에 기재된 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산 및 본원에 기재된 shmiR17을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 포함하는 본 명세서의 ddRNAi 구조체.
일부 구체예들에서, 상기 인두근은 하방 수축근 근육, 중간 수측근 근육, 상위 수축근 근육, 입천장-인두근 근육, 귀관-인두근 근육, 경돌-인두근 근육중 하나 또는 그 이상, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
도면의 간단한 설명
도 1A는 내생성 PABPN1의 유전자 침묵화와 동시에 2개의 pAAV2 ITRs 사이에 코돈 최적화된 PABPN1 전사체의 3' 해독안된 영역으로 wtPABPN1을 표적화시키는 2개의 shmiRs를 서브클로닝시켜 생성된 코돈 최적화된 PABPN1로 대체시킨 구조체를 도식적으로 예시한다.
도 1B는 내생성 PABPN1의 유전자 침묵화와 동시에, pAAV2 벡터 백본에서 코돈 최적화된 PABPN1 전사체의 3' 해독안된 영역으로 wtPABPN1 (shmiR17 및 shmiR13)을 표적화시키는 2개의 shmiRs를 서브클로닝시켜 생성된 코돈 최적화된 PABPN1로 대체를 위해 기획된 "침묵화 및 대체(silence and replace)" 구조체(SR-r구조체)를 도식적으로 예시한다.
도 1C는 5' 측면 영역, siRNA 센스 스트랜드; 스템/루프 이음(junction) 서열, siRNA 안티-센스 스트랜드, 및 3' 측면 영역을 포함하는 대표적인 shmiR 구조체의 예상되는 2차 구조를 도식적으로 예시한다.
도 2는 SR-구조체의 도식적 예시다. 상기 SR-구조체에서, 상기 '대체' 및 '침묵' 카세트는 모두 단일 벡터에 Spc512 근육 특이적 프로모터와 함께 삽입된다. 2개의 shmiR 서열은 상기 -최적화된 PABPN1 카세트의 3'UTR에 삽입된다.
도 3A는 상기 SR-구조체가 주사된 A17 마우스의 (전경골근) TA 근육에서 shRNA의 발현을 나타낸다. RNA는 SR-구조체 투여-후 14주 TA 샘플로부터 추출되었다.
도 3B는 상기 SR-구조체가 주사된 A17 마우스의 TA 근육에서 PABPN1 발현 (expPABPN1을 비롯하여)의 침묵화를 보여준다. RNA는 SR-구조체 투여-후 14주 TA 샘플로부터 추출되었다.
도 3C는 상기 SR-구조체로 처리 시 A17 마우스 모델에서 정상 PABPN1 수준의 복원을 실증한다. RNA는 SR-구조체 투여-후 14주 TA 샘플로부터 추출되었다.
도 4A는 SR-구조체 투여량(dose) 효과로 PABPN1을 함유하는 불용성 응집체 (핵내 봉입체 (INIs))의 형성이 유의적으로 감소됨을 보여준다. 상기 SR-구조체는 A17 마우스의 TA 근육으로 주사되었다. 근육을 수거하였고, SR-구조체 투여-후 14주차 조직학적 연구를 위해 탑재되었다. PABPN1에 대한 면역형광은 녹색으로 나타내며, 라미닌에 대한 면역형광은 적색으로 나타낸다.
도 4B는 근육 섹션에서 INIs를 함유하는 핵의 백분율 정량화를 나타내는데, 상기 SR-구조체로 처리하면 처리안된 A17 TA 근육과 비교하였을 때, INIs의 양이 상당히 감소됨을 나타낸다 (Bonferroni post-doc 테스트와 함께, 일-원 Anova 테스트, ***p<0.001, ns: 유의적이지 않음).
도 5A는 SR-구조체 투여량-의존적 방식에서 A17 마우스의 TA 근육에 의해 생성된 최대 힘의 유의적인 증가를 나타낸다. 최대 힘은 제자리(in situ) 근육 생리학에 의해 측정되었다.
도 5B는 SR-구조체-처리된 A17 마우스의 TA 근육의 체중(BW)으로 정상화된 근육 중량을 보여준다. 정상화된 근육 중량은 주사를 맞은 TA 당 1e10 vg 이상의 투여량에서 대조군 FvB 마우스의 것에 필적하였다 (평균 ± SEM n = 10, Bonferroni post-doc 테스트와 함께 일-원 Anova 테스트, *p<0.05, ***p<0.001, **p<0.01, ns: 유의적이지 않음).
도 6A는 SR-구조체 투여-후 14주차 A17 마우스의 TA 근육에 의해 생성된 최대 힘을 보여준다. 최대 힘은 제자리(in situ) 근육 생리학에 의해 측정되었다.
도 6B는 SR-구조체 투여-후 20주차 A17 마우스의 TA 근육에 의해 생성된 최대 힘을 보여준다. 최대 힘은 제자리(in situ) 근육 생리학에 의해 측정되었다.
도 7A는 상기 SR-구조체를 양의 인두근으로 직접 주사를 보여준다.
도 7B는 “우회 경로(fausse route)”위험을 갖는 OPMD 인간 환자의 심각한 연하 곤란을 입증하는 방사능라벨된 크림을 이용한 방사능 이미지를 나타낸다.
서열 목록에 대한 안내
서열 식별 번호: 1: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 2로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 2: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 3으로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 3: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 4로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 4: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 5로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 5: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 6으로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 6: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 7로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 7: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 9로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 8: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 11로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 9: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 13으로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 10: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 14로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 11: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 15로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 12: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 16으로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 13: mRNA 전사체 내 PABPN1 mRNA 영역 17로 명명된 PABPN1 단백질에 대응하는 영역에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 14: shmiR2로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 15: shmiR2로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 16: shmiR3으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 17: shmiR3으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 18: shmiR4로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 19: shmiR4로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 20: shmiR5로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 21: shmiR5로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 22: shmiR6으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 23: shmiR6으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 24: shmiR7로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 25: shmiR7로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 26: shmiR9로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 27: shmiR9로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 28: shmiR11로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 29: shmiR11로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 30: shmiR13으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 31: shmiR13으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 32: shmiR14로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 33: shmiR14로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 34: shmiR15로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 35: shmiR15로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 36: shmiR16으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 37: shmiR16으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 38: shmiR17로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 보체 서열.
서열 식별 번호: 39: shmiR17로 명명된 shmiR에 대한 RNA 작동체 서열.
서열 식별 번호: 40: shmiRs에 대한 RNA 스템 루프 서열
서열 식별 번호: 41: pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열.
서열 식별 번호: 42: pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열
서열 식별 번호: 43: shmiR2로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 44: shmiR3으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 45:shmiR4로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 46: shmiR5로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 47:shmiR6으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 48: shmiR7로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 49:shmiR9로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 50: shmiR11로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 51:shmiR13으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 52: shmiR14로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 53:shmiR15로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 54: shmiR16으로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 55:shmiR17로 명명된 shmiR에 대한 RNA 서열.
서열 식별 번호: 56: shmiR2로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 57:shmiR3으로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 58: shmiR4로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 59: shmiR5로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 60: shmiR6으로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 61: shmiR7로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 62: shmiR9로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 63: shmiR11로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 64: shmiR13으로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 65: shmiR14로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 66: shmiR15로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 67: shmiR16으로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 68: shmiR17로 명명된 shmiR을 코딩하는 DNA 서열.
서열 식별 번호: 69: 근육 특이적 CK8 프로모터 제어 하에 shmiR3과 shmiR14, 그리고 Spc512 제어 하에 코돈 최적화된 PABPN1을 인코딩하는 이중 구조체 버젼 1에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 70: 근육 특이적 CK8 프로모터 제어 하에 shmiR17과 shmiR13, 그리고 Spc512 제어 하에 코돈 최적화된 PABPN1을 인코딩하는 이중 구조체 버젼 1에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 71: Spc512의 제어 하에 coPABPN1 그리고 shmiR3 및 shmiR14로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 이중 구조체 버젼 2에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 72: Spc512의 제어 하에 coPABPN1 그리고 shmiR17 및 shmiR13로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 이중 구조체 버젼 2에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 73: 인간 코돈-최적화된 PABPN1 cDNA 서열에 대한 DNA 서열.
서열 식별 번호: 74: 코돈-최적화된 인간 PABPN1 단백질에 대한 아미노산 서열.
서열 식별 번호: 75: FLAG-테그와 함께, 야생형 인간 PABPN1 단백질에 대한 아미노산 서열
서열 식별 번호: 76: FLAG-테그와 함께, 코돈-최적화된 인간 PABPN1 단백질에 대한 아미노산 서열.
서열 식별 번호: 77: wtPABPN1-Fwd로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열.
서열 식별 번호: 78: wtPABPN1-Rev로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 79: wtPABPN1-Probe로 명명된 프로브에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 80: optPABPN1-Fwd로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 81: optPABPN1-Rev로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 82: optPABPN1-Probe로 명명된 프로브에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 83: shmiR3-FWD로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 84: shmiR13-FWD로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 85: shmiR14-FWD로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 86: shmiR17-FWD로 명명된 프라이머에 대한 DNA 서열
서열 식별 번호: 87: 야생형 인간 PABPN1 단백질을 인코딩하는 RNA 서열
서열 식별 번호: 88: AAV VP1의 변형된 포스포리파제 A2 (PLA2) 도메인에 대한 콘센수스 서열
서열 식별 번호: 89: AAV8에 대한 변형된 PLA2 도메인
서열 식별 번호: 90: AAV9에 대한 변형된 PLA2 도메인
상세한 설명
일반적 내용
본 명세서 전체에서, 달리 구체적으로 언급되지 않거나, 또는 문맥이 달리 요구하지 않는 한, 단일 단계, 특징, 물질의 구성, 단계의 그룹 또는 특징의 그룹 또는 물질의 구성에 대한 언급은 이러한 단계, 특징, 물질의 구성, 단계의 그룹 또는 특징의 그룹 또는 물질의 구성의 하나 및 복수 (즉, 하나 또는 그 이상)이 포괄될 것이다.
당업자는 본 개시 내용이 구체적으로 설명된 것 이외의 변형 및 수정될 수 있음을 이해할 것이다. 본 명세서는 그러한 모든 변형 및 수정이 포함한다는 것을 이해해야 한다. 본 출원의 명세서에 개별적으로 또는 집합 적으로 제시된 단계, 특징, 조성물 및/또는 화합물, 및 전술한 단계 또는 특징 중 임의의 둘 또는 그 이상의 임의의 및 모든 조합이 또한 내포된다.
본 명세서는 단지 예시의 목적으로 의도된 본원에 기재된 특정 실시예들에 의해 범위가 제한되지 않아야 한다. 기능적으로-등가의 산물, 조성물 및 방법은 분명히 본 개시 내용의 범위 내에 있다.
본 명세서에서 본 개시 내용의 임의의 예는 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 개시 내용의 임의의 다른 예에 준용하여 적용되어야 한다.
달리 구체적으로 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 당분야(예를 들어, 세포 배양, 분자 유전학, 면역학, 면역 조직 화학, 단백질 화학 및 생화학 분야)의 숙련자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는 것으로 간주되어야 한다.
달리 지시되지 않는 한, 본 명세서 내용에서 사용되는 재조합 DNA, 재조합 단백질, 세포 배양 및 면역 학적 기술은 당업자에게 잘 알려진 표준 절차이다. 이러한 기술들은 출처가 되는 문헌들에서 기술 및 설명되는데, 이를 테면, J. Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning, John Wiley and Sons (1984), J. Sambrook et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989), T.A. Brown (편집자), Essential Molecular Biology: A Practical Approach, Volumes 1 and 2, IRL Press (1991), D.M. Glover and B.D. Hames (편집자), DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes 1-4, IRL Press (1995 and 1996), 그리고 F.M. Ausubel et al. (편집자), Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience (1988, 현재까지 모든 업데이트된 내용 내포), Ed Harlow and David Lane (편집자) Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, (1988), 그리고 J.E. Coligan et al. (편집자) Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons (현재까지 모든 업데이트된 내용 내포)에서 기술 및 설명되어 있다.
본 명세서 전체에서 문맥 상 달리 요구되지 않는 한, "~을 포함하다"라는 단어 또는 "~을 포함하다" 또는 "~을 포함하는"과 같은 변형은 언급된 단계 또는 요소 또는 정수 또는 단계 또는 요소 또는 정수 그룹의 포함을 의미하는 것으로 이해되나, 임의의 다른 단계 또는 요소 또는 정수 또는 단계 또는 요소 또는 정수 그룹을 배제하지는 않는다.
용어 “및/또는”이를 테면, “X 및/또는 Y”는 "X 및 Y" 또는 "X 또는 Y"를 의미하는 것으로 이해되어야 하며, 두 의미 또는 두 의미 중 하나에 대한 명시적인 뒷받침을 제공하는 것으로 간주되어야 한다.
선택된 정의
"RNA"란 최소한 1개의 리보뉴클레오티드 잔기를 포함하는 분자를 의미한다. "리보뉴클레오티드"란 β-D-리보-푸라노스 모이어티의 2' 위치에 히드록실기를 갖는 뉴클레오티드를 의미한다. 이 용어에는 이중-스트랜드로 된 RNA, 단일-스트랜드로 된 RNA, 단리된 RNA, 이를 테면, 부분적으로 정제된 RNA, 본질적으로 순수 RNA, 합성 RNA, 재조합적으로 생산된 RNA, 뿐만 아니라 하나 또는 그 이상의 뉴클레오티드의 추가, 결손, 치환 및/또는 변경으로 인해 자연 발생적 RNA와 상이한 변경된 RNA가 내포된다. 이러한 변경에는 이를 테면, siNA의 단부(들)에 또는 예를 들면 해당 RNA의 하나 또는 그 이상의 뉴클레오티드에서 내부적으로 비-뉴클레오티드 물질의 추가가 내포될 수 있다. 본 명세서의 RNA 분자에서 뉴클레오티드는 비-표준 뉴클레오티드, 이를 테면, 비-자연 발생 뉴클레오티드 또는 화학적으로 합성된 뉴클레오티드 또는 데옥시뉴클레오티드를 또한 포함할 수 있다. 이들 변경된 RNAs는 유사체 또는 자연-발생적 RNA의 유사체로 지칭될 수 있다.
용어 "RNA 간섭" 또는 "RNAi"는 세포의 세포질 안에서 이중 스트랜드로 된 RNA (dsRNA) 분자에 의해 개시되는 유전자 발현의 RNA-의존적 침묵화를 일반적으로 지칭한다. 상기 dsRNA 분자는 표적 핵산 서열의 잔사 산물을 감소 또는 저해시키고, 이로 인하여 해당 유전자의 침묵화, 또는 해당 유전자의 발현이 감소된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "이중 스트랜드로 된 RNA" 또는 "dsRNA"는 듀플렉스 구조를 갖고, 서로 유사한 길이의 작동체서열과 작동체 보체 서열을 포함하는 RNA 분자를 지칭한다. 상기 작동체 서열과 작동체 보체 서열은 단일 RNA 스트랜드이거나, 또는 별도의 RNA 스트랜드일 수 있다 상기 "작동체 서열" (대개 “가이드 스트랜드”로 지칭됨)은 표적 서열에 실질적으로 상보성이며, 본원의 경우, PABPN1 mRNA 전사체의 영역이다. 상기 “작동체 서열”은 또한 “안티센스 서열”로도 지칭될 수 있다. 상기 “작동체 보체 서열”은 상기 작동체 서열에 충분한 상보성일 수 있고, 따라서 해당 작동체 서열에 어닐링되어 듀플렉스를 형성할 수 있다. 이점에 있어서, 상기 작동체 보체 서열은 표적 서열의 영역에 실질적으로 상동성이다. 당업자에게 자명하게, 용어 “작동체 보체 서열”은 “작동체 서열의 보체” 또는 센스 서열로도 또한 지칭될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "듀플렉스(duplex)”란 2개의 상보성 또는 실질적으로 상보성 핵산 (이를 테면, RNAs)에 있는 영역, 또는 단일-스트랜드로 된 핵산 (이를 테면, RNA)의 2개의 상보성 또는 실질적으로 상보성 영역을 지칭하는데, 이들은 Watson-Crick 염기 쌍형성에 의해, 또는 상보성 또는 실질적으로 상보성인 뉴클레오티드 서열 간에 안정화된 듀플렉스가 형성되도록 하는 임의의 다른 방식에 의해 서로 염기쌍을 형성한다. 듀플렉스 영역 안에서, 100% 상보성이 요구되지는 않으며, 실질적 상보성이 허용가능하다는 것은 당업자가 인지할 것이다. 실질적 상보성에는 79% 그 이상의 상보성이 내포된다. 예를 들면, 19개 염기쌍으로 구성된 듀플렉스 영역 내 단일 미스매취 (즉, 18개 염기쌍과 1개의 미스매취)는 94.7% 상보성으로, 해당 듀플렉스 영역에 실질적으로 상보성을 부여한다. 또다른 예시에서, 19개 염기쌍으로 구성된 듀플렉스 영역 내 2개 미스매취 (즉, 17개 염기쌍과 2개의 미스매취)는 89.5% 상보성으로, 해당 듀플렉스 영역에 실질적으로 상보성을 부여한다. 여전히 또다른 예시에서, 19개 염기쌍으로 구성된 듀플렉스 영역 내 3개 미스매취 (즉, 16개 염기쌍과 3개의 미스매취)는 84.2% 상보성으로, 해당 듀플렉스 영역에 실질적으로 상보성을 부여하여, 나머지도 마찬가지다.
상기 dsRNA는 헤어핀 또는 스템 루프 구조로 제공될 수 있고, 듀플렉스 영역은 스템 루프라고 명명되는 최소한 2개 뉴클레오티드 서열에 의해 연계된 작동체 서열과 작동체 보체 서열을 포함한다. dsRNA가 헤어핀 또는 스템 루프 구조로 제공될 때, 이것은 "헤어핀 RNA" 또는 "짧은 헤어핀 RNAi 제제" 또는 "shRNA"로 지칭될 수 있다. 제공되는 다른 dsRNA 분자들이 헤어핀 또는 스템 루프 구조를 만드는 것들에는 일차 miRNA 전사체 (pri-miRNA) 및 전구체 마이크로RNA (pre-miRNA)가 내포된다. Pre-miRNA shRNAs는 스템-루프 구조를 형성하는 일차 miRNA 전사체를 인지하고, 이를 해방시키는 효소 Drosha 및 Pasha의 작용에 의해 pri-miRNA로부터 자연적으로 만들어질 수 있다. 대안으로, 상기 pri-miRNA 전사체는 당해 자연적 스템-루프 구조를 인공적인/재조합 스템-루프 구조로 대체시키도록 공작될 수 있다. 즉, 인공적인/재조합 스템-루프 구조는 이의 자연적 스템-루프 구조가 결핍된 pri-miRNA 백본 서열 안으로 삽입되거나, 또는 클론될 수 있다. pri-miRNA 분자의 일부분으로 발현되도록 공작된 스템루프 서열의 경우, Drosha 및 Pasha는 인공적인 shRNA를 인지하고, 이를 방출시킨다. 이러한 방법에 의해 생산된 dsRNA 분자는 “shmiRNAs”, “shmiRs” 또는 “마이크로RNA 프레임워크 shRNAs”로 공지되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 서열 언급시 용어 “상보성(complementary)”이란 Watson-Crick 염기 쌍형성에 의한 해당 서열의 보체를 지칭하며, 이때 구아닌 (G)은 시토신 (C)과 쌍을 이루며, 아데닌 (A)은 우라실 (U) 또는 티민 (T)과 쌍을 이룬다. 서열은 또다른 서열의 전장에 대해 상보성이거나, 또는 서열은 또다른 서열의 특정 부분 또는 길이에 대해 상보성일 수 있다. 당업자는 U는 RNA에 존재할 수 있으며, T는 DNA에 존재할 수 있음을 인지할 것이다. 따라서, RNA 또는 DNA 서열에서 A는 RNA 서열에서 U와 쌍을 형성하거나, 또는 DNA 서열에서 T와 쌍을 형성할 수 있다. 당업자는 RNA에서 G는 RNA에서 C 또는 U와 쌍을 형성할 수 있음을 또한 인지할 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "실질적으로 상보성"이란 핵산 서열 간, 이를 테면, 상기 작동체 서열과 작동체 보체 서열, 또는 상기 작동체 서열과 표적 서열 간에 안정적이며, 특이적 결합이 일어나기에 충분한 상보성 또는 정확한 쌍형성을 나타낼 때 사용된다. 핵산의 서열은 이의 표적 또는 보체에 대해 100% 상보성일 필요는 없다. 이 용어에는 오버행(overhang)을 제외하고, 또다른 서열에 대한 서열 상보성이 포괄된다. 일부 경우들에서, 서열은 1-2개의 미스매취를 제외하고, 다른 서열에 대해 상보성이다. 일부 경우들에서, 서열은 1개의 미스매취를 제외하고, 상보성이다. 일부 경우들에서, 서열은 2개의 미스매취를 제외하고, 상보성이다. 다른 경우들에서, 서열은 3개의 미스매취를 제외하고, 상보성이다. 여전히 다른 경우들에서, 서열은 4개의 미스매취를 제외하고, 상보성이다.
본 명세서의 shRNA 또는 shmiR 문맥에서 이용되는 용어 "인코드된"이란 DNA 주형으로부터 전사될 수 있는 shRNA 또는 shmiR를 의미하는 것으로 이해될 것이다. 따라서, 본 명세서의 shRNA 또는 shmiR를 인코드하는 핵산은 해당 shRNA 또는 shmiR의 주형으로 작용하는 DNA 서열을 포함할 것이다.
용어 "DNA-지향된 RNAi 구조체" 또는 "ddRNAi 구조체"란 RNAi를 끌어내는 shRNA 또는 shmiR 분자 (바람직하게는 shmiR)를 생산하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 지칭한다. 상기 ddRNAi 구조체는 최소한 2개 뉴클레오티드의 스템 루프에 의해 연계된 듀플렉스 영역을 갖는 헤어핀 구조로 자가-어닐링될 수 있는 단일 RNA, 즉, shRNA 또는 shmiR 또는 다중 shRNAs 또는 shmiRs를 갖는 단일 RNA, 또는 단일 shRNA 또는 shmiR로 폴딩될 수 있는 다중 RNA 전사체로 전사될 수 있는 핵산을 포함할 수 있다. 상기 ddRNAi 구조체는 하나 또는 그 이상의 추가 DNA 서열을 포함하는 더 큰 "DNA 구조체" 안에 제공될 수 있다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 ddRNAi 구조체의 shmiRs에 의해 표적화되지 않도록 코돈 최적화된, 기능성 PABPN1 단백질을 코딩하는 추가 DNA 서열을 포함하는 DNA 구조체로 제공될 수 있다. 동일한 것을 포함하는 ddRNAi 구조체 및/또는 DNA 구조체는 가령, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 발현 벡터 안에 존재할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 “작동가능하도록-연계된” 또는 “작동가능한 링키지” (또는 이와 유사한)란 코딩 핵산 서열이 해당 코딩 서열이 발현될 수 있는 방식으로 조절 서열, 이를 테면, 프로모터에 연계되거나, 또는 연합된 것을 의미한다. 조절 서열에는 프로모터, 인헨서, 및 당분야에서 인지되는 기타 발현 제어 요소들이 내포되며, 해당 코딩 서열의 발현을 지시하도록 선택된다.
“벡터”는 핵산을 세포 안으로 도입시키기 위한 비히클을 의미하는 것으로 이해될 것이다. 벡터에는 플라스미드, 파아지미드, 바이러스, 박테리아, 및 바이러스 또는 박테리아 공급원으로부터 유도된 비히클이 내포되나, 이에 국한되지 않는다. “플라스미드”는 원형의, 이중-스트랜드로 된 DNA 분자이다. 본 명세서에 따른 사용에 유용한 벡터 유형은 바이러스 벡터이며, 이때 이종(heterologous) DNA 서열이 바이러스 게놈으로 삽입되어, 하나 또는 그 이상의 바이러스 유전자 또는 이의 일부분이 결손되도록 변형될 수 있다. 특정 벡터는 숙주 세포 (예를 들어, 숙주 세포에서 기능하는 복제 원점을 가지는 벡터)에서 자율 복제 가능하다. 다른 벡터는 숙주 세포의 게놈에 통합될 수 있으며, 이로써 숙주 게놈과 함께 복제된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "발현 벡터"는 본 명세서의 RNA 분자를 발현시킬 수 있는 벡터를 의미하는 것으로 이해될 것이다.
“기능성 PABPN1 단백질”은 야생형 PABPN1 단백질의 기능 속성, 이를 테면, mRNA 폴리아데닐화 부위를 제어하는 능력 및/또는 포유류 세포 안에서 인트론 스플라이싱을 하는 능력을 갖는 PABPN1 단백질을 의미하는 것으로 이해될 것이다. 따라서, “기능성 PABPN1 단백질”은 대상체 안에서 발현되거나, 또는 존재할 때, OPMD의 원인이 되지 않는 PABPN1 단백질로 이해될 것이다. 하나의 실시예에서, 본원에서 “기능성 PABPN1 단백질”이란 인간 야생형 PABPN1 단백질을 참고한다. 인간 야생형 PABPN1 단백질의 서열은 NCBI RefSeq NP_004634에서 제시된다. 따라서, 기능성 인간 PABPN1 단백질은 NCBI RefSeq NP_004634에서 제시된 인간 PABPN1 단백질의 생체내 기능성 속성을 가질 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "치료하는", "치료하다" 또는 "치료" 및 이의 변이는 임상 병리 과정 동안 처리될 개체 또는 세포의 자연적 과정을 변경시키도록 기획된 임상적 중재를 지칭한다. 치료의 바람직한 효과에는 질병 진행률 감소, 질병 상태 개선 또는 완화, 차도 또는 예후 개선이 내포된다. OPMD의 치료에는 해당 대상체에서 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 감소 또는 저해시키거나, 및/또는 해당 대상체에서 정상적인 길이의 폴리알라닌 잔기를 갖는 PABPN1 단백질을 발현시키는 것이 내포된다. 바람직하게는, OPMD의 치료에는 해당 대상체에서 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 감소 또는 저해시키고, 해당 대상체에서 정상적인 길이의 폴리알라닌 잔기를 갖는 PABPN1 단백질을 발현시키는 것이 내포된다. 예를 들면, 상기 치료 결과중 하나 또는 그 이상이 획득되는 경우, 개체는 성공적으로 "치료된" 것이다.
"치료요법적 효과량"이란 OPMD 상태에서 측정가능한 개선, 이를 테면, OPMD의 하나 또는 그 이상의 증상, 이를 테면, 해당 대상체에서 안검하수, 연하 곤란 및 근육 쇠약이 내포된, 그러나 이에 국한되지 않는 증상에서 측정가능한 개선을 가져오는데 요구되는 최소한의 최소 농도 또는 양이다. 본원에서 치료요법적 효과량은 인자들, 이를 테면, 환자의 질환 상태, 연령, 성별, 및 체중, 그리고 상기 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물이 개체에서 원하는 반응을 유도하는 능력 및/또는 해당 대상체에서 기능성 PABPN1 단백질을 발현시키는 발현 벡터의 능력과 같인 인자들에 따라 가변적일 수 있다. 치료요법적 효과량은 해당 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물이 단독으로, 또는 해당 대상체에서 기능성 PABPN1 단백질 발현의 치료요법적으로 유익한 효과와 조합하여, OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해, 억제 또는 감소시키는 치료요법적으로 유익한 효과가 해당 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물의 임의의 독성 또는 해로운 효과보다 더 클 때의 양이다.
본원에서 사용된 바와 같이, “대상체” 또는 “환자”는 OPMD를 앓고 있거나, 또는 유전적으로 이것에 걸리는 성향이 있는, 즉, OPMD의 원인이 되는 PABPN1 유전자 변이체를 보유하는 인간 또는 비-인간 동물일 수 있다. 상기 “비-인간 동물”은 영장류, 가축 (예를 들면, 양, 말, 소, 돼지, 당나귀), 반려 동물 (예를 들면, 개 및 고양이와 같은 애완 동물), 실험실 실험 동물 (예를 들면, 마우스, 토끼, 렛, 기니아 피그, 초파리, C. 엘레간스(C.elegans), 제브라피쉬), 공연 동물 (예를 들면, 경주마, 낙타, 사냥개) 또는 포로 야생 동물일 수 있다. 하나의 실시예에서, 해당 대상체 또는 환자는 포유류다. 하나의 실시예에서, 해당 대상체 또는 환자는 인간이다.
용어 “감소된 발현”, “발현의 감소” 또는 이와 유사한 것들은 표적 유전자 이를 테면, PABPN1 유전자의 단백질 및/또는 mRNA 산물 수준이 없거나, 관측가능한 감소를 지칭한다. 이러한 감소는 절대적인 것은 아니지만, 본 명세서의 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물에 의해 영향을 받은 RNAi 결과로 탐지가능한 또는 관찰가능한 변화에 충분한 부분적인 감소일 수 있다. 이러한 감소는 상기 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물이 부족한 세포와 비교하여 표적 핵산의 mRNA 및/또는 단백질 수준의 감소를 결정함으로써 측정될 수 있으며, 이는 1 %, 5% 또는 10% 수준으로 작을 수 있거나, 또는 절대적, 즉, 100% 저해일 수 있다. 감소의 영향은 밖으로 드러나는 속성, 즉 세포 또는 유기체의 정량적 및/또는 정성적 표현형의 검사에 의해 결정될 수 있으며, 본 명세서의 shmiR, 이를 인코딩하는 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 또는 조성물을 투여한 후, 세포 또는 유기체에서 expPABPN1의 핵 응집체의 존재 또는 양의 변화 탐지가 내포될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "전달 시스템(delivery system)"란 세포 안으로 도입될 수 있는 이질적(foreign) 유전적 물질, 이를 테면, DNA 또는 RNA를 포장하는 벡터를 지칭한다. 전달 시스템에는 바이러스 벡터, 이를 테면, 아데노-연합된 바이러스 (AAV) 벡터, 레트로바이러스 벡터, 아데노바이러스 벡터 (AdV) 및 렌티바이러스 (LV) 벡터가 내포될 수 있다. 본원에서 기술된 바와 같이, 바이러스 벡터는 이질적 유전적 물질을 세포로 전달하고, 발현시키는데 이용될 수 있다. 따라서, 바이러스 발현 벡터는 본원에서 기술된 바와 같이, 전달 시스템으로 이용될 수 있다.
"인두근(pharyngeal muscle)"은 본원에서 사용된 바와 같이, 인두를 형성하는 하나 또는 그 이상의 근육 집단을 지칭한다. 상기 인두근에는 하나 또는 그 이상의 하방 수축근 근육, 중간 수측근 근육, 상위 수축근 근육, 입천장-인두근 근육, 귀관-인두근 근육, 및/또는 경돌-인두근 근육이 내포될 수 있다.
치료 방법
본 명세서의 특정 측면들은 본원에서 기술된 바와 같이, 이를 필요로 하는 인간 대상체에게 본원에서 기술된 바와 같이 해당 대상체를 치료하거나 및/또는 해당 대상체에서 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질이 내포된 내생성 PABPN1의 발현을 저해시키는데 이용되는 하나 또는 그 이상의 핵산(들), 이를 포함하는 ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 발현 벡터(들), 전달 시스템(들), 또는 조성물(들)을 투여하는 것에 관한 것이며, 이때 이 조성물은 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여된다.
일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 바와 같이 하나 또는 그 이상의 핵산(들), 이를 포함하는 ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 발현 벡터(들), 전달 시스템(들), 또는 조성물(들)은 OPMD를 앓고 있는 대상체에서 이를 치료하는데 이용될 수 있다. 유사하게, 본원에서 기술된 바와 같이 하나 또는 그 이상의 핵산(들), 이를 포함하는 ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 발현 벡터(들), 전달 시스템(들), 또는 조성물(들)은 OPMD를 앓고 있거나, 또는 이에 걸리기 쉬운 성향을 갖는 대상체에서 하나 또는 그 이상의 이의 증상의 발달 또는 진행을 방지하는데 이용될 수 있다.
일부 구체예들에서, 본원에서 기술된 바와 같이 하나 또는 그 이상의 핵산(들), 이를 포함하는 ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 발현 벡터(들), 전달 시스템(들), 또는 조성물(들)을 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여한 후, 해당 대상체의 목삼킴이 개선되었다.
특정 구체예들에서, 본 명세서의 발현 벡터 및/또는 조성물은 본 명세서의 ddRNAi 구조체와 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 모두 포함할 수 있다. 따라서, 상기 발현 벡터 또는 조성물의 투여는 (i) OPMD의 원인이 되는 확장된 폴리알라닌 트랙을 포함하는 PABPN1 단백질을 비롯한 내생성 PABPN1의 발현을 저해, 감소 또는 녹다운시키는데 효과적일 수 있으며, 그리고 (ii) 내생성 PABPN1의 발현을 저해, 감소 또는 녹가운시키는 shmiRs 또는 shRNAs가 표적으로 하지 않는 기능성 PABPN1 단백질의 발현 제공에 효과적일 수 있다. 본 명세서의 조성물은 따라서, PABPN1 단백질 기능, 이를 테면, 이것이 투여되는 세포 또는 동물에서 RNA의 전사-후 프로세싱을 복원시킬 수 있다.
특정 구체예들에서, OPMD의 치료는 해당 대상체에게 (i) OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해시키는 하나 또는 그 이상의 제제, 및 (ii) 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 본 명세서의 코돈-최적화된 핵산 또는 이를 포함하는 조성물을 포함하는 발현 벡터를 해당 대상체에게 별도로 대상체의 인두근에 직접 주사에 의한 투여를 포함할 수 있다. 본원에서 기술된 바와 같이, OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해시키는 하나 또는 그 이상의 제제는 본원에서 기술된 바와 같이 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, 발현 벡터 또는 조성물 또는 이들중 임의의 하나 또는 그 이상의 다수일 수 있다. 상기 대상체에게 성분 (i) 및 (ii)은 함께, 동시에 또는 연속적으로 투여될 수 있다.
일부 구체예들에서, OPMD의 치료는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 본 명세서의 코돈-최적화된 핵산을 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여하는 것을 포함할 수 있고, 이때 해당 대상체는 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해시키지만, 그러나 상기 코돈-최적화된 핵산의 발현을 저해시키지 않는 하나 또는 그 이상의 제제를 이미 투여받았다. 예를 들면, 해당 대상체에게 본원에서 기술된 바와 같이 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, 발현 벡터 또는 조성물 또는 이의 임의의 하나 또는 그 이상의 다수가 이미 투여되었을 수 있다.
일부 구체예들에서, 투여 경로는 IM (이를 테면, 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해)이며, 근육 조직으로 효과적으로 운반되고, 본 명세서의 ddRNAi 구조체 및/또는 본 명세서의 PABPN1을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산의 형질감염, 그리고 shmiRs 또는 shRNA 및/또는 그 안의 코돈-최적화된 핵산의 발현이 실현된다.
임의의 특정 환자에 대한 치료요법적으로 효과적인 투여량 수준은 다른 관련된 인자들과 함께, 다음을 비롯한 다양한 인자들에 의해 달라질 수 있다: 이용되는 조성물; 환자의 나이, 체중, 전반적인 건강, 성별 및 식이; 투여 시간; 투여 경로; 본원에서 기술된 바와 같이 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터 또는 조성물, 또는 이의 임의의 하나 또는 그 이상의 복수의 격리율, 치료 기간.
OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 감소 또는 저해시키고, OPMD의 원인이 되지 않은 기능성 PABPN1 단백질은 PABPN1 기능을 복원시킬 정도로 충분한 양으로 발현시키는 본원에서 기술된 바와 같이 핵산, 이를 포함하는 ddRNAi 구조체, DNA 구조체, 발현 벡터, 전달 시스템 또는 조성물의 능력은 치료를 받은 해당 대상체에서 근육 수축 속성 및/또는 음식물삼킴 곤란을 평가함으로써 결정될 수 있다. 삼킴 능력 및 근육 수축 속성을 테스트하는 방법들은 당분야에 공지되어 있다. 예를 들면, 음식물삼킴 곤란은 비디오형광투시, UGI 내시경 또는 식도 압력 측정 및 임피던스 테스트를 사용하여 평가할 수 있다. OPMD의 임상적 속성을 평가하는 다른 방법들은
Figure pct00001
et al,. (2005) Swiss Medical Weekly, 135:574-586에서 기재되어 있다.
RNAi용 제제
본원에서 기술된 바와 같이, 본 명세서의 방법에 유용한 핵산은 인간 PABPN1의 메신져 RNA 전사체 영역을 표적으로 하는 짧은 헤어핀 마이크로-RNA (shmiR)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하며, 이때 상기 shmiR은 다음을 포함한다:
최소한 17개 뉴클레오티드 길이의 작동체 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프 서열; 그리고
일차 마이크로 RNA (pri-miRNA) 백본;
이때 상기 작동체 서열은 인간 PABPN1의 RNA 전사체 내의 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성이다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 87에서 제시된 서열 내의 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성이다. 일부 실시예에서, 본 명세서는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 제공하며, 전술한 shmiR은 다음을 포함한다:
최소한 17개 뉴클레오티드 길이의 작동체 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프 서열; 그리고
pri-miRNA 백본;
이때 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성이다. 바람직하게는, 상기 작동체 서열은 30 개 미만의 뉴클레오티드 길이일 것이다. 예를 들면, 적합한 작동체 서열은 17-29 개 범위의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 특별히 바람직한 실시예에서, 상기 작동체 서열은 21개 뉴클레오티드 길이일 것이다. 더 바람직하게는, 상기 작동체 서열은 21개 뉴클레오티드 길이일 것이며, 상기 작동체 보체 서열은 20개 뉴클레오티드 길이일 것이다.
특정 구체예들에서, 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 (즉, 서열 식별 번호: 1, 서열 식별 번호: 2, 서열 식별 번호: 3, 서열 식별 번호: 4, 서열 식별 번호: 5, 서열 식별 번호: 6, 서열 식별 번호: 7, 서열 식별 번호: 8, 서열 식별 번호: 9, 서열 식별 번호: 10, 서열 식별 번호: 11, 서열 식별 번호: 12, 또는 서열 식별 번호: 13) RNA 전사체 내의 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함한다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 4개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 3개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 2개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 1개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 대해 100% 상보적일 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함한다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 4개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 3개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 2개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 1개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 100% 상보성일 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함한다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 4개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 3개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 2개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 그리고 이에 대해 1개의 미스매취 염기를 함유하는 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 상기 작동체 서열은 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 100% 상보성일 수 있다.
본 명세서의 shmiR의 작동체 서열이 본원에 기재된 PABPN1 miRNA 전사체 내의 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성이며, 이에 대해 1개, 2개, 3개 또는 4개의 미스매취 염기(들)을 함유하는 실시예에 따르면, 이 미스매취(들)은 shmiR의 씨드 영역에 대응하는 영역 즉, 해당 작동체 서열의 뉴클레오티드 2-8 안에 위치하지 않는 것이 바람직하다.
일부 구체예들에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:14에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:14에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:15에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:15에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:15에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:14에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR2”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:16에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:16에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:17에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:17에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:17에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:16에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR3”으로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:18에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:18에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:19에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:19에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:19에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:18에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR4”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:20에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:20에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:21에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:21에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:21에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:20에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR5”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:22에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:22에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:23에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:23에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:23에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:22에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR6”으로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:24에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:24에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:25에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:25에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:25에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:24에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR7”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:26에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:26에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:27에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:27에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:27에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:26에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR9”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:28에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:28에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:29에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:29에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:29에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:28에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR11”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:30에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:30에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:31에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:31에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:31에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:30에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR13”으로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:32에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:32에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:33에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:33에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:33에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:32에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR14”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:34에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:34에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:35에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:35에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:35에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:34에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR15”로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:36에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:36에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:37에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:37에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:37에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:36에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR16”으로 명명된다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 다음을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다: (i) 작동체 서열이 서열 식별 번호:38에서 제시된 서열과 듀플렉스를 형성할 수 있는 조건이라면, 1개, 2개, 3개 또는 4개 염기 미스매취를 제외하고, 서열 식별 번호:38에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 서열; 그리고 (ii) 이 작동체 서열에 실질적으로 상보성인 서열을 포함하는 작동체 보체 서열. 예를 들면, 상기 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 서열 식별 번호:39에서 제시된 작동체 서열, 그리고 서열 식별 번호:39에 제시된 서열에 실질적으로 상보성이며, 이와 함께 듀플렉스를 형성할 수 있는 작동체 보체 서열을 포함할 수 있다. 서열 식별 번호:39에 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 상기 작동체 보체 서열은 서열 식별 번호:38에서 제시된 서열일 수 있다. 이 실시예에 따른 shmiR은 이하에서 “shmiR17”로 명명된다.
본원에 기재된 임의의 실시예에서, 본 명세서의 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함한다:
pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열;
작동체 보체 서열;
스템루프 서열;
작동체 서열; 그리고
pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열.
본원에 기재된 임의의 실시예에서, 본 명세서의 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함한다:
pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열;
작동체 서열;
스템루프 서열;
작동체 보체 서열; 그리고
pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열.
적합한 루프 서열은 당분야에 공지된 것들로부터 선택될 수 있다. 그러나, 예시적인 스템루프 서열은 서열 식별 번호: 40에서 제시된다.
본 명세서의 핵산에 사용을 위한 적합한 일차 마이크로 RNA (pri-miRNA 또는 pri-R) 백본은 당분야에 공지된 것들로부터 선택될 수 있다. 예를 들면, pri-miRNA 백본은 pri-miR-30a 백본, pri-miR-155 백본, pri-miR-21 백본 및 pri-miR-136 백본으로부터 선택될 수 있다. 그러나, 바람직하게는, pri-miRNA 백본은 pri-miR-30a 백본이다. 상기 pri-miRNA 백본이 pri-miR-30a 백본인 실시예에 따르면, pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열은 서열 식별 번호: 41에서 제시된 서열이며, pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열은 서열 식별 번호: 42에서 제시된 서열이다. 따라서, 본 명세서의 shmiR (이를 테면, 본원에 기재된 shmiR-1 내지 shmiR-17)를 인코딩하는 핵산은 서열 식별 번호: 41에서 제시된 서열을 인코딩하는 DNA 서열과 서열 식별 번호: 42에서 제시된 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 56-68중 임의의 하나에서 제시된 서열에서 선택된 DNA 서열을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 56에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 43에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR2)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 57에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 44에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR3)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 58에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 45에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR4)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 59에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 46에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR5)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 60에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 47에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR6)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 61에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 48에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR7)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 62에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 49에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR9)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 63에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 50에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR11)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 64에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 51에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR13)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 65에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 52에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR14)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 66에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 53에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR15)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 67에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 54에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR16)을 인코드한다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 핵산은 서열 식별 번호: 68에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 55에서 제시된 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 shmiR (shmiR17)을 인코드한다.
본 명세서의 예시적인 핵산은 본원에서 기술된 바와 같이shmiR2, shmiR3, shmiR5, shmiR9, shmiR13, shmiR14 및 shmiR17에서 선택된 shmiR을 인코드한다. 본 명세서에서 기재된 shmiR3, shmiR13, shmiR14 및 shmiR17에서 선택된 shmiRs을 인코딩하는 본 명세서의 핵산은 특히 바람직하다.
본 명세서에 따른 핵산은 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질에 대응하는 RNA 전사체의 영역에 실질적으로 상보성인 최소한 17개의 연접(contiguous) 뉴클레오티드의 작동체 서열을 포함하는 shRNA 또는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 다른 핵산과 복합되거나, 또는 병용하여 이용될 수 있음을 당업자는 인지할 것이다. 하나의 실시예에서, 다음을 포함하는 복수개의 핵산이 제공된다:
(a) 본원에서 기술된 바와 같은 최소한 한 개 핵산; 그리고
(b) 다음에서 선택된 최소한 한 개의 추가 핵산:
(i) 본원에서 기술된 바와 같이 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산; 또는
(ii) 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 짧은 헤어핀 RNA (shRNA)를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산;
이때 (a)의 핵산에 의해 인코드되는 shmiR 및 (b)의 핵산에 의해 인코드되는 shmiR은 또는 shRNA는 상이한 작동체 서열을 포함한다.
따라서, 하나의 실시예에서 본 명세서의 복수개의 핵산은 본원에서 기술된 바의 shmiRs을 인코딩하는 2개 또는 그 이상의 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs을 인코딩하는 2개, 또는 3개, 또는 4개, 또는 5개, 또는 6개, 또는 7개, 또는 8개, 또는 9개, 또는 10개 핵산을 포함할 수 있다.
또다른 예시에서, 본 명세서의 복수개의 핵산은 본원에서 기술된 바의 shmiR을 인코딩하는 최소한 한 개의 핵산과 본원에서 기술된 바의 shmiR의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 최소한 한 개의 핵산을 포함한다. 예를 들면, shmiR2의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA2”로 명명된다. 예를 들면, shmiR3의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA3”으로 명명된다. 예를 들면, shmiR4의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA4”로 명명된다. 예를 들면, shmiR5의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA5”로 명명된다. 예를 들면, shmiR6의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA6”으로 명명된다. 예를 들면, shmiR7의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA7”로 명명된다. 예를 들면, shmiR9의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA9”로 명명된다. 예를 들면, shmiR11의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA11”로 명명된다. 예를 들면, shmiR13의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA13”으로 명명된다. 예를 들면, shmiR14의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA14”로 명명된다. 예를 들면, shmiR15의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA15”로 명명된다. 예를 들면, shmiR16의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA16”으로 명명된다. 예를 들면, shmiR17의 동족성 작동체 및 작동체 보체 서열을 포함하는 shRNA는 이하에서 “shRNA17”로 명명된다.
본원에서 기재된 복수개의 핵산의 하나 또는 그 이상이 shRNA를 인코드하는 임의의 실시예에 따르면, 해당 shRNA는 동족성 작동체 서열과 작동체 보체 서열 사이에 위치한 루프 또는 스템 루프 서열을 포함할 수 있다. 적합한 루프 서열은 당분야에 공지된 것들로부터 선택될 수 있다. 대안으로, 적합한 스템 루프는 새로(de novo) 개발될 수 있다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 shRNA를 인코딩하는 복수개의 핵산은 각각 차례로 작동체 서열과 작동체 보체 서열을 인코딩하는 DNA 서열 사이에 위치한 스템 루프를 인코딩하는 DNA 서열을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR2를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR2를 인코딩하는 예시적인 핵산들이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여(mutatis mutandis) 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 56에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 43에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 56 (shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR3-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR3를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR3를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 57에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 44에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2, shmiR4-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR4를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR4를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 58에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 45에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 58 (shmiR4)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2, shmiR3, shmiR5-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR5를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR5를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 59에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 46에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR4, shmiR6-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR6를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR6을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 60에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 47에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 60 (shmiR6)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR5, shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR7을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR7을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 61에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 48에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 61 (shmiR7)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR6, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR9를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR9를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 62에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 49에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR11을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR11을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 63에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 50에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 63 (shmiR11)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR13을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 64에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 51에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR14-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR14를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR14를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 65에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 52에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13, shmiR15-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR15를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR15를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 66에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 53에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 66 (shmiR15)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR14, 또는 shmiR16-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR16을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR16을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 67에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 54에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 67 (shmiR16)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR15, 또는 shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 shmiR17을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. shmiR17을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 68에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 55에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산, 그리고 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 최소한 하나의 다른 핵산을 포함한다. 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR16 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
본원에서 기술된 바와 같이 복수개의 핵산의 임의의 실시예에 따르면, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiRs를 인코드하는 조건이라면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs 또는 shRNAs을 인코딩하는 2개 또는 그 이상의 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs를 인코딩하는 2개, 또는 3개, 또는 4개, 또는 5개, 또는 6개, 또는 7개, 또는 8개, 또는 9개, 또는 10개의 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 2개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 3개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 4개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 5개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 6개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 7개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 8개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 9개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 10개의 핵산을 포함한다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 1에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 1에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR2에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 2에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 2에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR3에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 4에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 4에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR5에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 7에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 7에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR9에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR13에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 10에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 10에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR14에 대해 본원에서 기재된다.
본원에 기재된 복수개의 핵산의 하나의 실시예에서, 상기 핵산들중 하나는 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함한다. 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 적합한 핵산은 이를 테면, shmiR17에 대해 본원에서 기재된다.
본 명세서의 예시적인 복수개의 핵산은 최소한 2개의 핵산을 포함하며, 각각은 본 명세서의 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하고, 이때 각 shmiR은 상이한 작동체 서열을 포함한다.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산 각각은 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 본원의 예시적인 핵산이 본원에서 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택되는, 방법:
서열 식별 번호: 15에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 14에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 56 (shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 17에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 21에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 20에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 27에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 26에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 31에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 33에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
서열 식별 번호: 39에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 각각 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 본원의 예시적인 핵산이 본원에서 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택될 수 있다:
서열 식별 번호: 17에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 31에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 33에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
서열 식별 번호: 39에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 9에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산, 및 서열 식별 번호: 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산을 포함한다. 예를 들면, 복수개의 핵산은 다음을 포함할 수 있다:
(a) 서열 식별 번호: 31로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 39로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
본 명세서의 예시적인 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산 및 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다.
하나의 실시예에서, 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 2에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산, 및 서열 식별 번호: 10에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산을 포함한다. 예를 들면, 복수개의 핵산은 다음을 포함할 수 있다:
(a) 서열 식별 번호: 17로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 33로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산.
본 명세서의 예시적인 복수개의 핵산은 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산 및 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다.
복수개의 핵산이 제공되는 실시예에 따르면, 이들 핵산의 2개 또는 그 이상은 동일한 폴리뉴클레오티드의 별도 부분을 형성할 수 있다. 또다른 예시에서, 복수개의 핵산에서 2개 또는 그 이상의 핵산은 각각 상이한 폴리뉴클레오티드의 부분을 형성한다. 또다른 예시에서, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 다중 성분 이를 테면, 다중 조성물로 제공된다. 예를 들면, 복수개의 핵산 각각이 별도로 제공될 수 있다. 대안으로, 본 명세서의 3개 또는 그 이상의 핵산이 제공되는 실시예에서, 이들 핵산중 최소한 한 개는 별로도 제공될 수 있으며, 복수개의 핵산에서 2개 또는 그 이상은 함께 제공된다.
일부 실시예에서, 본 명세서에 따른 이 핵산 또는 핵산은 추가 요소들 이를 테면, 상기 shmiR은 또는 shRNA의 전사를 용이하도록 하기 위해 추가 요소들을 포함하거나, 또는 이들과 작동가능한 연계에 있을 수 있다. 예를 들면, 이 핵산 또는 각 핵산은 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 서열에 작동가능하도록 연계된 프로모터를 포함할 수 있다. 다른 요소들 이를 테면, 전사 종결자 및 개시자는 당분야에 공지되어 있거나, 및/또는 본원에 기재된다.
대안으로, 또는 추가적으로, 본 명세서에 따른 이 핵산 또는 각 핵산은 이를 테면, 상기 핵산(들)을 클로닝 또는 발현 벡터로 클로닝을 용이하게 실시할 수 있도록 하나 또는 그 이상의 제한절단 부위(제한절단 부위)를 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 핵산은 본 명세서의 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 서열의 상류 및/또는 하류에 제한절단 부위를 내포할 수 있다. 적합한 제한절단 효소 인지 서열은 당업자에게 공지될 것이다. 그러나, 하나의 실시예에서, 본 명세서의 상기 핵산(들)에는 5' 말단, 즉, 상기 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 서열의 상류에 BamH1 제한절단 부위 (GGATCC), 그리고 3' 말단 즉, 상기 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 서열의 하류에 EcoR1 제한절단 부위 (GAATTC)가 내포될 수 있다.
ddRNAi 구조체
하나의 실시예에서, 본 명세서의 이 핵산 또는 각 핵산은 DNA-지향된 RNAi (ddRNAi) 구조체의 형태로, 또는 이를 포함하는 것으로 제공된다. 따라서, 하나의 실시예에서, 본 명세서는 본원에서 기술된 바의 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 제공한다. 또다른 예시에서, 본 명세서는 본원에서 기술된 바의 복수개의 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 제공한다. 여전히 또다른 예시에서, 본 명세서는 복수개의 ddRNAi 구조체를 제공하는데, 각각은 본원에서 기술된 바의 핵산 복수개를 포함한다 (즉, 이들 복수개의 핵산 모두는 복수개의 ddRNAi 구조체로 제시된다). OPMD의 원인이 되는 PABPN1의 mRNA 전사체를 표적으로 하는 작동체 서열을 포함하는 shmiRs 또는 shRNAs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에서 기재되고, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 프로모터에 작동가능하도록 연계된 본 명세서의 핵산을 포함한다.
상기 ddRNAi 구조체가 본원에서 기술된 바의 핵산 복수개를 포함하는 실시예에 따르면, 이들 핵산 각각은 프로모터에 작동가능하도록 연계될 수 있다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체 안의 핵산은 동일한 프로모터에 작동가능하도록 연계될 수 있다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체 안의 핵산은 상이한 프로모터에 작동가능하도록 연계될 수 있다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR2를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 1에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2를 인코딩하는 예시적인 핵산들이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 56에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 43에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR3-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 56 (shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR3-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR3-shmiR7, shmiR9, shmiR11 및 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR3을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 2에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR3을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 57에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 44에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2, shmiR4-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2, shmiR4-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2, shmiR4-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR4를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 3에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR4를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 58에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 45에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2, shmiR3, shmiR5-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 58 (shmiR4)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2, shmiR3, shmiR5-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2, shmiR3, shmiR5-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR5를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 4에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR5를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 59에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 46에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR4, shmiR6-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR4, shmiR6-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR4, shmiR6-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR6을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 5에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR6을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 60에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 47에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR5, shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 60 (shmiR6)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR5, shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR5, shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR7을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 6에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR7을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 61에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 48에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR6, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 61 (shmiR7)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR6, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR6, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR9를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 7에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR9를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 62에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 49에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, shmiR2-shmiR7, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 예를 들면, 본원에 기재된 복수개의 핵산은 (i) 서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR11을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 8에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR11을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 63에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 50에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, shmiR2-shmiR7, shmiR9 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 63 (shmiR11)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9 또는 shmiR13-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9 또는 shmiR13-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 9에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR13을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 64에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 51에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR14-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR14-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR14-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR14를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 10에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR14를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 65에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 52에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13, shmiR15-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13, shmiR15-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13, shmiR15-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR15를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 11에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR15를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 66에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 53에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR14, 또는 shmiR16-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 상기 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 66 (shmiR15)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR14, 또는 shmiR16-shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR14, 또는 shmiR16-shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR16을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 12에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR16을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 67에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 54에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR15, 또는 shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 67 (shmiR16)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR15, 또는 shmiR17 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR15, 또는 shmiR17로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR17을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 13에서 제시된 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 갖는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR17을 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 68에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 서열 식별 번호: 55에서 제시된 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 shmiR을 인코드하는 핵산을 포함한다. 상기 ddRNAi 구조체는 PABPN1 mRNA 전사체의 영역을 표적으로 하는 shmiR 또는 shRNA를 포함하는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 추가 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바와 같이, shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR16 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 본원에 기재된 ddRNAi 구조체는 (i) 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 (ii) shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR16 또는 이들중 임의의 것에 대응하는 shRNA중 하나를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다. shmiR2-shmiR7, shmiR9, shmiR11 또는 shmiR13-shmiR16으로 명명된 shmiRs를 인코딩하는 예시적인 핵산이 본원에 기재되며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
본원에서 기술된 바의 핵산 복수개를 포함하는 ddRNAi 구조체의 임의의 실시예에 따르면, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건이라면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs 또는 shRNAs를 인코드하는 2개 또는 그 이상의 핵산, 이를 테면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs 또는 shRNAs를 인코드하는 2개, 또는 3개, 또는 4개, 또는 5개, 또는 6개, 또는 7개, 또는 8개, 또는 9개, 또는 10개의 핵산을 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 2개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 3개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 4개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 5개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 6개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 7개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 8개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 9개의 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 이들 핵산중 최소한 한 개가 본 명세서의 shmiR를 인코드한다는 전제 조건으로, 본원에 기재된 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 10개의 핵산을 포함한다.
예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 최소한 2개의 핵산을 포함하며, 각각은 본 명세서의 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하고, 이때 각 shmiR은 상이한 작동체 서열을 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체 안의 최소한 2개의 핵산은 각각 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 본원의 예시적인 핵산이 본원에서 기재되며, ddRNAi 구조체를 기재하는 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 다음으로 구성된 군에서 선택될 수 있다:
서열 식별 번호: 15에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 14에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 56 (shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 17에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 21에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 20에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 27에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 26에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 31에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 33에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
서열 식별 번호: 39에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38에서 제시된 작동체 보체 서열을 인코딩하는 shmiR을 인코딩하는 DNA을 포함하는 핵산 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체 안의 최소한 2개의 핵산은 각각 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드한다. 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 본원의 예시적인 핵산이 본원에서 기재되며, ddRNAi 구조체를 기재하는 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 다음으로 구성된 군에서 선택될 수 있다:
서열 식별 번호: 17에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 31에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산;
서열 식별 번호: 33에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
서열 식별 번호: 39에서 제시된 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38에서 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산.
하나의 실시예에서, 상기 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 9에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산, 및 서열 식별 번호: 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 다음을 포함할 수 있다:
(a) 서열 식별 번호: 31로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 39로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산 및 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다.
하나의 실시예에서, 상기 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 2에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산, 및 서열 식별 번호: 10에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 ddRNAi 구조체는 다음을 포함할 수 있다:
(a) 서열 식별 번호: 17로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
(b) 서열 식별 번호: 33로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산, 이를 테면, 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산.
예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산 및 서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다.
본 명세서의 ddRNAi 구조체를 기재하는 전술한 실시예들 각각에서, 이 안에 포함된 이 핵산 또는 각 핵산은 프로모터에 작동가능하도록 연계될 수 있다. 예를 들면, 상기 본원에서 기재된 바와 같은 ddRNAi 구조체는 이를 테면, 상기 ddRNAi 구조체로부터 하나 또는 그 이상의 shmiRs 및/또는 shRNAs의 발현을 구동시키기 위해, 이 안에 포함된 이 핵산 또는 각 핵산에 작동가능하도록-연계된 단일 프로모터를 포함할 수 있다.
또다른 예시에서, 상기 ddRNAi 구조체 안에 포함된 본 명세서의 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 각 핵산은 별개의 프로모터에 작동가능하도록 연계된다.
다중 프로모터가 존재하는 실시예에 따르면, 이들 프로모터는 동일하거나 또는 상이할 수 있다. 예를 들면, 상기 구조체가 동일한 프로모터의 다중 복사체를 포함하는 경우, 각 복사체는 본 명세서의 상이한 핵산에 작동가능하도록 연계된다. 또다른 예시에서, 본 명세서의 핵산에 작동가능하도록 연계된 각 프로모터는 서로 상이하다. 예를 들면, 2개의 shmiRs를 인코딩하는 ddRNAi 구조체 안에서, shmiR을 인코딩하는 2개의 핵산은 각각 상이한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 대등하게, ddRNAi 구조체가 한 개의 shmiR과 한 개의 shRNA를 인코드하는 실시예에서, shmiR 및 shRNA를 인코딩하는 각 핵산은 각각 상이한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다.
하나의 실시예에서, 상기 프로모터는 구성적 프로모터이다. 프로모터와 관련하여 언급되는 용어 "구성적(constitutive)"이란 프로모터가 특정 자극 (예를 들어, 열 충격, 화학물질, 빛 등)없이 작동가능하도록 연계된 핵산 서열의 전사를 지시 할 수 있음을 의미한다. 전형적으로, 구성적 프로모터는 실질적으로 임의의 세포 및 임의의 조직에서 코딩 서열의 발현을 지시할 수 있다. 본 명세서의 핵산(들)로부터 shmiR 또는 shRNA의 전사에 사용되는 프로모터에는 유비퀴틴, CMV, β-액틴, 히스톤 H4, EF-1α 또는 RNA 중합효소 II에 의해 제어되는 pgk 유전자 또는 RNA 중합 효소 I에 의해 제어되는 프로모터 요소에 대한 프로모터가 내포된다.
하나의 실시예에서, Pol II 프로모터 이를 테면, CMV, SV40, U1, β-액틴 또는 하이브리드 Pol II 프로모터가 이용된다. 다른 적합한 Pol II 프로모터들이 당분야에 공지되어 있으며, 본 명세서의 이 실시예에 따라 이용될 수 있다. 예를 들면, Pol II 프로모터 시스템은 효소 Drosha 및 Pasha의 작용에 의해 하나 또는 그 이상의 shmiRs로 프로세싱되는 pri-miRNA를 발현시키는 본 명세서의 ddRNAi 구조체에서 바람직할 수 있다. Pol II 프로모터 시스템은 또한 단일 프로모터의 제어 하에 복수개의 shRNA 또는 shmiR을 인코딩하는 서열을 포함하는 본 명세서의 ddRNAi 구조체에서 바람직할 수 있다. 조직 특이성이 요구되는 경우, Pol II 프로모터 시스템이 또한 바람직할 수 있다.
또다른 예시에서, RNA 중합효소 III에 의해 제어되는 프로모터, 이를 테면, U6 프로모터 (U6-1, U6-8, U6-9), H1 프로모터, 7SL 프로모터, 인간 Y 프로모터 (hY1, hY3, hY4 (Maraia, et al., Nucleic Acids Res 22(15):3045-52(1994) 참고) 및 hY5 (Maraia, et al., Nucleic Acids Res 24(18):3552-59(1994) 참고), 인간 MRP-7-2 프로모터, 아데노바이러스 VA1 프로모터, 인간 tRNA 프로모터, 또는 5s 리보솜 RNA 프로모터가 이용된다.
본 명세서의 ddRNAi 구조체에서 사용하기에 적합한 프로모터는 US 특허 번호. 8,008,468 및 US 특허 번호. 8,129,510에서 기재되어 있다.
하나의 실시예에서, 상기 프로모터는 RNA pol III 프로모터이다. 예를 들면, 상기 프로모터는 U6 프로모터 (이를 테면, U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터)이다. 또다른 예시에서, 상기 프로모터는 H1 프로모터이다.
복수개의 shmiRs를 인코딩하거나, 또는 하나 또는 그 이상의 shmiRs 및 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 ddRNAi 구조체의 경우, 본원에서 기술된 바와 같이, 해당 ddRNAi 구조체 안의 각 핵산은 U6 프로모터 이를 테면, 별개의 U6 프로모터에 작동가능하도록 연계된다.
하나의 실시예에서, 구조체 안의 프로모터는 U6 프로모터이다. 예를 들면, 상기 프로모터는 U6-1 프로모터이다. 예를 들면, 상기 프로모터는 U6-8 프로모터이다. 예를 들면, 상기 프로모터는 U6-9 프로모터이다.
일부 실시예에서, 다양한 길이의 프로모터들이 이용된다. 예를 들면, 2개 또는 그 이상의 강력한 프로모터 (이를 테면, Pol III-유형 프로모터)의 사용은 이를 테면, 이용가능한 뉴클레오티드 또는 전사에 필요한 다른 세포 성분들의 풀(pool)을 제거함으로써, 해당 세포에게 부담을 줄 수 있다. 추가적으로, 또는 대안으로, 몇 가지 강력한 프로모터의 사용은 세포에서 RNAi 제제, 이를 테면, shmiRs 또는 shRNAs의 발현 수준이 독성 수준에 이르게 할 수 있다. 따라서, 일부 실시예에서 상기 다중-프로모터 ddRNAi 구조체에서 이들 하나 또는 그 이상의 프로모터는 해당 구조체 안의 다른 프로모터보다 더 약하거나, 또는 해당 구조체에서 모든 프로모터는 shmiR 또는 shRNAs를 최대 비율 미만으로 발현시킬 수 있다. 더 약한 수준의 또는 더 강한 수준의 전사를 얻기 위해, 프로모터들은 다양한 분자 기술을 사용하여 변형될 수 있거나, 또는 그렇지 않으면, 예를 들면, 다양한 조절 요소들의 변형을 통하여 변형될 수 있다.　감소된 전사를 얻는 한 가지 수단은 프로모터 활성을 제어하는 것으로 공지된 프로모터 안의 서열 요소들을 변형시키는 것이다. 예를 들면, 근위 서열 요소 (PSE)는 인간 U6 프로모터의 활성에 영향을 주는 것으로 공지되어 있다　(Domitrovich,　et al.,　Nucleic Acids Res　31:　2344-2352　(2003) 참고. 강력한 프로모터, 이를 테면, 인간 U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터 안에 존재하는 PSE 요소들을 약한 프로모터, 이를 테면, 인간 U6-7 프로모터의 해당 요소와 대체시키면, 하이브리드　U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터의 활성이 감소된다. 이 접근법은 본 출원에서 설명된 실시예들에서 사용되었지만, 이러한 결과를 달성하기 위한 다른 수단들이 당업계에 알려져 있다.
본 명세서의 일부 실시예에서 유용한 프로모터들은 조직-특이적 또는 세포-특이적일 수 있다. 프로모터에 적용될 때 해당 용어 "조직 특이적"이란 관심대상의 핵산을 특이적 유형 조직 (이를 테면, 눈 또는 근육 조직)으로 선택적 전사를 지시할 수 있고, 상이한 유형의 조직 (이를 테면, 간)에서는 발현이 상대적으로 없게 하는 프로모터를 지칭한다. 프로모터에 적용될 때 해당 용어 "세포-특이적"이란 관심대상의 핵산을 특이적 유형 세포로 선택적 전사를 지시할 수 있고, 동일한 조직안에 있는 상이한 유형의 세포에서는 발현이 상대적으로 없게 하는 프로모터를 지칭한다. 한 실시예에 따르면, 근육-특이적 프로모터는 이를 테면, Spc512 또는 CK8이 이용된다. 그러나, 다른 근육-특이적 프로모터들이 당분야에 공지되어 있고, 본 명세서의 ddRNAi 구조체에 사용이 고려된다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 본원에 기재된 핵산에 의해 인코도되는 shmiRs 또는 shRNAs의 발현을 증가시키기 위해 하나 또는 그 이상의 인헨서를 추가 포함할 수 있다. 본 명세서의 실시예에 사용에 적절한 인헨서에는 Apo E HCR 인헨서, CMV 인헨서 (Xia et al, Nucleic Acids Res 31-17(2003)), 및 당분야의 숙련자들에게 공지되어 있는 기타 인헨서들이 내포된다. 본 명세서의 ddRNAi 구조체에 사용하기에 적합한 인헨서는 US 특허 번호. 8,008,468에 기재되어 있다.
추가 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 본 명세서의 핵산에 연계된 전사 종결자를 포함할 수 있다. 본원에서 기술된 바의 복수개의 핵산 즉, 다중 shmiRs 및/또는 shRNAs를 인코딩하는 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체의 경우, 각 핵산에 연계된 종결자는 동일하거나 또는 상이할 수 있다. 예를 들면, RNA pol III 프로모터가 이용된 본 명세서의 ddRNAi 구조체에서, 종결자는 4개 또는 그 이상의, 또는 5개 또는 그 이상의, 또는 6개 또는 그 이상의 T 잔기의 연접 스트레치(stretch)일 수 있다. 그러나, 상이한 프로모터가 이용되는 경우, 종결자들은 상이할 수 있고, 해당 종결자가 유래된 유전자의 프로모터와는 합치된다. 이러한 종결자들에는 SV40 poly A, AdV VA1 유전자, 5S 리보솜 RNA 유전자, 및 인간 t-RNAs에 대한 종결자들이 내포되나, 이에 국한되지 않는다. 기타 프로모터와 종결자 조합들이 당분야에 공지되어 있고, 본 명세서의 ddRNAi 구조체에 사용이 고려된다.
추가로, 프로모터와 종결자들은 RNA pol II 프로모터와 종결자에서 흔히 실행되는 것과 같이, 혼합되고, 합치될 수 있다.
하나의 실시예에서, 복수개의 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체에서 각 핵산에 대해 이용되는 프로모터와 종결자 조합은 상이하여, 성분 간에 DNA 재조합 사건의 가능성을 감소시킨다.
하나의 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR13을 인코딩하는 DNA를 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산, 그리고 shmiR17을 인코딩하는 DNA를 포함하거나 이로 구성된 DNA 서열을되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 64에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산, 그리고 서열 식별 번호: 68에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, ddRNAi 구조체 내의 shmiR을 인코딩하는 각 핵산은 별개의 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 또다른 예시에서, ddRNAi 구조체 내의 shmiR을 인코딩하는 각 핵산은 동일한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 예를 들면, 이 프로모터 또는 각 프로모터는 U6 프로모터, 이를 테면, U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터일 수 있다. 예를 들면, 이 프로모터 또는 각 프로모터는 근육 특이적 프로모터, 이를 테면, Spc512 또는 CK8 프로모터일 수 있다.
ddRNAi 구조체 안에서 shmiR13 및 shmiR17을 인코딩하고, 동일한 Spc512 프로모터에 작동가능하도록-연계된 핵산의 실시예에 따르면, 해당 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 72에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된다. ddRNAi 구조체 안에서 shmiR13 및 shmiR17을 인코딩하고, 동일한 CK8 프로모터에 작동가능하도록-연계된 핵산의 실시예에 따르면, 해당 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 70에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된다.
또다른 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR3을 인코딩하는 DNA를 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산, 그리고 shmiR14를 인코딩하는 DNA를 포함하거나 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 57에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산, 그리고 서열 식별 번호: 65에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함한다. 하나의 실시예에서, ddRNAi 구조체 내의 shmiR을 인코딩하는 각 핵산은 별개의 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 또다른 예시에서, ddRNAi 구조체 내의 shmiR을 인코딩하는 각 핵산은 동일한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 예를 들면, 이 프로모터 또는 각 프로모터는 U6 프로모터, 이를 테면, U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터일 수 있다. 예를 들면, 이 프로모터 또는 각 프로모터는 근육 특이적 프로모터, 이를 테면, Spc512 또는 CK8 프로모터일 수 있다.
ddRNAi 구조체 안에서 shmiR3 및 shmiR14을 인코딩하고, 동일한 Spc512 프로모터에 작동가능하도록-연계된 핵산의 실시예에 따르면, 해당 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 71에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된다. ddRNAi 구조체 안에서 shmiR3 및 shmiR14을 인코딩하고, 동일한 CK8 프로모터에 작동가능하도록-연계된 핵산의 실시예에 따르면, 해당 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 69에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된다.
복수개의 ddRNAi 구조체들이 또한 제공된다. 예를 들면, 본원에서 기술된 바의 shmiRs를 인코딩하는 복수개의 핵산이 복수개의 ddRNAi 구조체 안에 제공될 수 있고, 이때 각 ddRNAi 구조체는 하나 또는 그 이상의 본원에 기재된 복수개의 핵산을 포함한다. shmiR을 인코딩하는 핵산 조합이 기재되어, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다. 하나의 실시예에서, 본원에 기재된 복수개의 각 핵산은 이의 자체 ddRNAi 구조체 안에 제공된다.
복수개의 ddRNAi 구조체가 제공된 임의의 실시예에 따르면, 각 ddRNAi 구조체는 shmiR(들)을 포함하는 핵산(들)에 작동가능하도록 연계된 하나 또는 그 이상의 프로모터를 또한 포함할 수 있다. 하나의 실시예에서, 각 ddRNAi 구조체는 shmiR을 인코딩하는 단일 핵산 그리고 이에 작동가능하도록 연계된 프로모터를 포함한다. 하나 또는 그 이상의 복수개의 ddRNAi 구조체가 shmiRs를 인코딩하는 2개 또는 그 이상의 핵산을 포함하는 실시예에 따르면, 하나 또는 그 이상의 해당 ddRNAi 구조체 안의 각 핵산은 별개의 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 하나 또는 그 이상의 상기 복수개의 ddRNAi 구조체가 shmiRs를 인코딩하는 2개 또는 그 이상의 핵산을 포함하는 또다른 실시예에 따르면, 2개 또는 그 이상의 해당 핵산은 해당ddRNAi 구조체 안에 동일한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다.
복수개의 본 명세서의 하나의 예시적인 ddRNAi 구조체는 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체, 그리고 shmiR17을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 포함한다. 예를 들면, 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 64에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체, 그리고 서열 식별 번호: 68에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 프로모터는 이를 테면, U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터로부터 선택된 U6 프로모터이다. 또다른 예시에서, 상기 프로모터는 근육 특이적 프로모터 이를 테면, Spc512 또는 CK8 프로모터이다.
또다른 예시적인 복수개의 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 shmiR3을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체, 그리고 shmiR14를 인코딩하는 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 본원에서 기술된 바와 같이 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 포함한다. 예를 들면, 예시적인 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 57에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체, 그리고 서열 식별 번호: 65에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성되며, 프로모터에 작동가능하도록 연계된 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 포함한다. 하나의 실시예에서, 상기 프로모터는 이를 테면, U6-1, U6-8 또는 U6-9 프로모터로부터 선택된 U6 프로모터이다. 또다른 예시에서, 상기 프로모터는 근육 특이적 프로모터 이를 테면, Spc512 또는 CK8 프로모터이다.
추가적으로, 이 구조체 또는 각 ddRNAi 구조체는 프로모터, shmiR 또는 shRNA를 인코딩하는 핵산 및/또는 기타 조절 요소들이 용이하게 제거되거나 또는 대체될 수 있도록 전략적으로 위치한 하나 또는 그 이상의 다중 클로닝 부위 및/또는 독특한 제한절단 부위를 포함할 수 있다. 이 구조체 또는 각 ddRNAi 구조체는 전략적으로 위치한 제한절단 부위 및/또는 상보성 스티키(sticky) 말단을 이용하여 더 작은 올리고뉴클레오티드 성분으로부터 어셈블리될 수 있다. 본 명세서에 따른 한 가지 접근방식을 위한 기본 벡터는 다중링커 (이때 모든 부위가 독특하다(비록 이것은 절대적 요구사항은 아님))를 갖는 플라스미드를 포함한다. 연속적으로, 각 프로모터는이의 명시된 독특한 부위 사이에 삽입되어, 하나 또는 그 이상의 프로모터를 갖는 기본 카세트를 초래하며, 이들 모두는 가변적 방향을 가질 수 있다. 연속적으로, 다시, 어닐된 프라이머 쌍들은 개별 프로모터의 하류 각각의 독특한 부위로 삽입되어, 단일-, 이중- 또는 다중-발현 카세트 구조체가 만들어진다. 이 삽입물은 당해 단일-, 이중- 또는 다중-발현 카세트 삽입물의 측면에 있는 2개의 독특한 제한절단 효소 부위 (동일한 또는 상이한)를 이용하여 이를 테면, AdV 백본 또는 AAV 백본으로 이동될 수 있다.
이 구조체 또는 각 ddRNAi 구조체는 PCR, 올리고 뉴클레오티드 합성, 제한절단 엔도뉴클레아제 분해, 결찰, 형질전환, 플라스미드 정제 및 DNA 시퀀싱의 표준 기술이 내포된, 그러나 이에 국한되지 않는 당업계에 공지된 임의의 적합한 유전 공학 기술을 사용하여 만들어질 수 있다. 이 구조체 또는 각 구조체가 바이러스 구조체인 경우, 해당 구조체는 예를 들면, 이 ddRNAi 구조체를 바이러스 입자로 포장하는데 필요한 서열 및/또는 이 ddRNAi 구조체를 표적 세포 게놈 안으로 통합하도록 만드는 서열을 포함한다. 일부 실시예에서, 이 구조체 또는 각 바이러스 구조체는 바이러스의 증식 또는 전파를 허용하는 유전자를 추가 함유하지만, 그러나 이러한 유전자들은 트랜스(trans)로 공급될 것이다. 추가적으로, 이 바이러스 구조체 또는 각 바이러스 구조체는 임의의 공지 유지체의 게놈으로부터 유래된, 고유 형태 또는 변형된 형태로 통합된 유전자 또는 유전자 서열을 함유할 수 있다. 예를 들면, 바이러스 구조체는 박테리아에서 해당 구조체 복제에 유용한 서열을 포함할 수 있다.
이 구조체 또는 각 구조체는 또한 추가적으로 유전적 요소들을 함유할 수 있다. 해당 구조체 안에 내포되는 요소들의 유형은 임의의 방식으로 제한되지 않으며, 당업자가 선택할 수 있다. 예를 들면, 추가 유전적 요소들에는 리포터 유전자, 이를 테면, 형광 표지 단백질 이를 테면, GFP 또는 RFP; 용이하게 분석되는 효소 이를 테면, 베타-갈락토시다제, 루시퍼라제, 베타-글루쿠로니다제, 클로람페니콜 아세틸 트랜스퍼라제 또는 분비된 배아 알칼리 포스파타제; 또는 면역분석을 용이하게 하는 단백질, 이를 테면, 호르몬 또는 사이토킨을 인코드하는 하나 또는 그 이상의 유전자들이 내포될 수 있다.
본 명세서의 구체예들에서 사용될 수 있는 다른 유전적 요소들에는 세포에 성장 잇점을 부여하는 단백질을 코딩하는 것들, 이를 테면, 아데노신 데아미나제, 아미노글리코딕 포스포트랜스퍼라제, 디히드로폴레이트 리덕타제, 하이그로마이신-B-포스포트랜스퍼라제, 약물 내성, 또는 영양요구성에서 누락된 생합성 능력을 제공하는 단백질을 인코딩하는 유전자들이 내포된다. 리포터 유전자가 이 구조체 또는 각 구조체에 내포된다면, 내부 리보솜 진입 부위 (IRES) 서열이 내포될 것이다. 하나의 실시예에서, 상기 추가 유전적 요소들은 독립적 프로모터/인헨서에 작동가능하도록 연계되어, 이들에 의해 제어된다. 추가적으로, 박테리아 안에서 해당 구조체의 증식을 위한 적합한 복제 원점이 이용될 수 있다. 복제 원점의 서열은 일반적으로 상기 ddRNAi 구조체 및 기타 유전적 서열과는 분리된다. 이러한 복제 원점은 당분야에 공지되어 있으며, pUC, ColE1, 2-미크론(마이크로n) 또는 SV40 복제 원점이 내포된다.
발현 벡터
하나의 실시예에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체는 발현 벡터 안에 내포된다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 이를 테면, 당분야에 공지된 플라스미드이다. 하나의 실시예에서, 적합한 플라스미드 발현 벡터는 pAAV 벡터 이를 테면, 자가-상보성 pAAV (pscAAV) 플라스미드 벡터 또는 단일-스트랜드로 된 pAAV (pssAAV) 플라스미드 벡터이다. 본원에서 기술된 바와 같이, 상기 플라스미드는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 shmiRs의 발현을 구동시키기 위한 하나 또는 그 이상의 프로모터 (기재된 적합한 예시들)를 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 미니-서클(mini-circle) DNA이다. 미니-서클 DNA은 U.S. 특허 공개 번호 2004/0214329에 기재되어 있다. 미니-서클 DNA는 지속적으로 높은 수준의 핵산 전사에 유용하다. 상기 원형 벡터는 발현-침묵화 박테리아 서열이 없는 것을 특징으로 한다. 예를 들면, 미니-서클 벡터는 복제 원점이 없고, 박테리아 플라스미드에서 흔히 발견되는 약물 선별 표지, 예를 들면, β-락탐아제, tet, 및 이와 유사한 것들이 없어, 박테리아 플라스미드 벡터와는 상이하다. 결과적으로, 미니서클 DNA는 크기가 더 작으며, 이로 인해 더 효율적인 전달이 가능하다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 바이러스 벡터다.
임의의 적합한 바이러스 기반의 바이러스 벡터는 본 명세서의 ddRNAi 전달에 이용될 수 있다. 추가적으로, 하이브리드 바이러스 시스템이 이용될 수 있다. 바이러스 전달 시스템의 선택은 다양한 매개변수, 이를 테면, 전달되는 표적 조직, 해당 시스템의 형질도입 효율, 병인성, 면역학적 그리고 독성 우려사항, 및 이와 유사한 것들에 따라 달라질 것이다.
유전자 치료요법에 사용되는 일반적으로 사용되는 바이러스 시스템의 종류는 이들 게놈이 숙주 세포 염색질에 통합되는지 여부 (온코레트로바이러스 및 렌티바이러스) 또는 주로 염색체외 에피솜으로 세포 핵 안에 지속되는지 여부 (아데노-연합된 바이러스, 아데노바이러스 및 헤르페스바이러스)에 따라 두 그룹으로 분류될 수 있다. 하나의 실시예에서, 본 명세서의 바이러스 벡터는 숙주 세포의 염색질에 통합된다. 또다른 예시에서, 본 명세서의 바이러스 벡터는 숙주 세포의 핵 안에 염색체외 에피솜으로 지속된다.
하나의 실시예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스 (AdV) 벡터이다. 아데노바이러스는 중간-크기의, 이중-스트랜드로 된, 비-외피형 DNA 바이러스로, 선형 게놈 크기는 26-48 Kbp 범위다. 아데노바이러스는 수용체-매개된 결합 및 내재화에 의해 표적 세포로 진입하여, 비-분열 세포와 분열 세포 모두에서 핵으로 침투한다. 아데노바이러스는 생존과 복제에 있어서 숙주 세포에 상당히 의존적이며, 숙주의 복제 기전을 사용하여 척추 동물 세포의 핵에서 복제할 수 있다.
하나의 실시예에서, 바이러스 벡터는 파르보비리데(Parvoviridae) 패닐리에서 유래된다. 상기 파르보비리데는 작은, 단일-스트랜드로 된, 비-외피형 DNA 바이러스 패밀리로써, 게놈의 길이는 대략적으로 5000개의 뉴클레오티드이다. 이 패밀리 구성에는 아데노-연합된 바이러스 (AAV)가 내포된다. 하나의 실시예에서, 본 명세서의 바이러스 벡터는 AAV이다. AAV는 생산성 감염 주기를 개시 및 지속하기 위해, 또다른 바이러스 (전형적으로 아데노바이러스 또는 헤르페스바이러스)와의 공동-감염을 일반적으로 요구하는 의존적 파르보바이러스다. 이러한 헬퍼 바이러스 없이도, AAV는 수용체-매개된 결합 및 내재화에 의해 표적 세포를 감염 또는 형질도입시켜 비-분열 세포와 분열 세포 모두에서 핵으로 침투하는데 여전히 능력이 있다. 후손 바이러스는 헬퍼 바이러스가 없는 상태에서 AAV 감염으로 인해 생성되지 않기 때문에, 형질도입 정도는 바이러스에 감염된 초기 세포로만 제한된다. 이러한 특징으로 인해 AAV는 본 명세서에서 바람직한 벡터가 된다. 더욱이, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 및 헤르페스 단순 바이러스와 달리, AAV는 인간 병원성 및 독성이 없는 것으로 보인다 (Kay, et al., Nature. 424: 251 (2003)). 이 게놈은 오로지 2개의 유전자만을 정상적으로 인코드하기 때문에, 운반 비히클로써, AAV는 4.5 킬로베이스(kb)의 단일 스트랜드로 된 염기를 포장하는 능력으로 제한되는 것은 놀라운 사실이 아니다. 그러나, 이러한 크기 제한은 대체 유전자 치료를 위해 전달될 수 있는 유전자를 제한시킬 수 있지만, shmiRs 및 shRNAs와 같은 더 짧은 서열의 패키징 및 발현에 악영향을 미치지 않는다. 바람직하게는, 발현 벡터 및 전달 시스템으로 이용된 AAV는 인간을 감염시킬 수 있는 혈청형으로부터 유래되며, 이를 테면, AAV 혈청형 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 및 13으로 구성된 군에서 선택된 AAV이다. 하나의 특정 실시예에서, 혈청형 8 또는 9의 AAV가 벡터로 이용된다. 하나의 실시예에서, AAV는 혈청형 8이다. 또다른 예시에서, AAV는 혈청형 9이다. 혈청형 2를 제외한 혈청형으로 부터 유래된 AAV를 사용한 임의의 실시예에 따르면, 해당 AAV는 이를 테면, 해당 AAV의 형질도입 효능을 개선시키기 위해, AAV 혈청형 2 역전된 말단 반복부 (ITRs)를 포함할 수 있다. 대안으로, 또는 추가적으로, 해당 AAV는 이를 테면, 베큘로바이러스 시스템을 이용하여 곤충 세포에서 AAV의 생산을 지원하기 위한 변형된 캡시드 단백질을 포함할 수 있다. 예를 들면, 상기 AAV는 변형된 포스포리파제 (PL) 도메인 서열을 갖는 하위단위 1을 포함하는 바이러스 캡시드 단백질 (VP1)을 포함할 수 있다. 예를 들면, 상기 VP1의 PL 도메인은 위치 1에 세린, 위치 26에 글루탐산, 위치 40에 아르기닌, 위치 43에 아스파르트산, 위치 44에 세린, 그리고 위치 64에 세린을 포함하는 서열을 포함할 수 있으며, 이때 해당 아미노산 위치는 서열 식별 번호: 88에서 제시된 변형안된 서열을 기준으로 특정되며, 이때 위치 1, 26, 40, 43, 44 및 64중 임의의 하나 또는 그 이상의 위치에 있는 아미노산은 대응하는 야생형 서열과 비교하여 변형된다.
하나의 실시예에서, 상기 바이러스 벡터가 혈청형 8의 AAV, 또는 AAV 혈청형 2의 ITRs과 변형된 캡시드 단백질을 포함하는 혈청형 8 캡시드를 갖는 위형(pseudotyped) AAV이며, 이때 VP1은 위치 1에 세린, 위치 26에 글루탐산, 위치 40에 아르기닌, 위치 43에 아스파르트산, 위치 44에 세린, 그리고 위치 64에 세린을 포함하는 서열을 포함하는 PL 도메인 서열을 포함하며, 이때 해당 아미노산 위치는 서열 식별 번호: 88을 기반으로 정의된다. 예를 들면, AAV8의 변형된 캡시드 단백질은 서열 식별 번호: 89에서 제시된 서열을 포함하는 PL 도메인을 포함하는 VP1을 포함할 수 있다. 또다른 예시에서, 상기 바이러스 벡터가 혈청형 9의 AAV, 또는 AAV 혈청형 2의 ITRs과 변형된 캡시드 단백질을 포함하는 혈청형 9 캡시드를 갖는 위형(pseudotyped) AAV이며, 이때 이 VP1은 위치 1에 세린, 위치 26에 글루탐산, 위치 40에 아르기닌, 위치 43에 아스파르트산, 그리고 위치 44에 세린, 그리고 위치 64에 세린을 포함하는 서열을 포함하는 PL 도메인 서열을 포함하며, 이때 해당 아미노산 위치는 서열 식별 번호: 88의 변형안된 서열을 기반으로 정의된다. 예를 들면, AAV9의 변형된 캡시드 단백질은 서열 식별 번호: 90에서 제시된 서열을 포함하는 PL 도메인을 포함하는 VP1을 포함할 수 있다.
유전자 치료요법에 사용에 적합한 AAV (이를 테면, 복제 불충분 AAV)를 만드는 방법은 당분야에 잘 공지되어 있고, 본원에서 고려된다. 예를 들면, AAV는 베큘로바이러스 시스템, 예를 들면, US20120028357 A1, WO2007046703, US20030148506 A1, WO2017184879, US20040197895 A1 및 WO2007148971에서 기술된 베큘로바이러스 시스템을 사용하여 곤충 세포에서 만들어질 수 있고, 이의 내용은 본원의 참고자료에서 기술된다. 재조합 AAV는 포유류 세포(흡착성 세포 및 현탁 세포 모두)에서 또한 만들어질 수 있고, 이 방법은 WO2015031686, WO2009097129, WO2007127264, WO1997009441 및 WO2001049829에서 기재되어 있고, 이의 내용은 본원의 참고자료에서 기술된다. 유전자 치료요법에 사용에 적합한 AAV를 만드는 방법은 Berns KI and Giraud C (1996) Biology of adeno-associated virus. Curr Top Microbiol Immunol 218:1-23, Snyder and Flotte (2002) Curr. Opin. Biotechnol., 13:418-423, 및 Synder RO and Moullier P, Adeno-associated virus; methods and protocols. New York: Humana Press(2011)에서 또한 기술하고 있으며, 이의 내용은 본원의 참고자료에서 기술된다.
본 명세서의 ddRNAi 구조체에 유용한 또다른 바이러스 전달 시스템은 레트로비리데(Retroviridae) 패밀리의 바이러스에 기반을 둔 시스템이다. 레트로바이러스는 2개의 독특한 속성에 의해 특징화된 단일-스트랜드로 된 RNA 동물 바이러스를 포함한다. 첫째, 레트로바이러스의 게놈은 RNA의 2개 복사본으로 구성된 이배수체(diploid)이다. 둘째, 이 RNA는 비리온-연합된 효소 역 전사효소에 의해 이중-스트랜드로 된 DNA로 전사된다. 이러한 이중-스트랜드로 된 DNA 또는 프로바이러스는 그 다음 숙주 게놈에 통합될 수 있고, 숙주 게놈에서 안정적으로-통합된 성분으로써 부모 세포로부터 후손 세포로 계대될 수 있다.
일부 실시예에서, 바이러스 벡터는 렌티바이러스이다. 렌티바이러스 벡터는 인간 면역 결핍 바이러스 (HIV)에서 파생된 수포성 구내염 바이러스 당단백질 (VSV-G); 양에서 뇌염 (visna) 또는 폐렴의 원인이 되는 visan-maedi; 말에서 자가면역성 용혈성 빈혈 및 뇌병증의 원인이 되는 말 감염성 빈혈 바이러스 (EIAV); 고양이의 면역 결핍을 일으키는 고양이 면역 결핍 바이러스 (FIV); 소에서 림프절병증 및 림프구증가증을 유발하는 소 면역 결핍 바이러스 (BIV); 그리고 비-인간 영장류에서 면역 결핍 및 뇌병증을 유발하는 유인원 면역 결핍 바이러스 (SIV)에 의해 대개 위형화된다(pseudotyped). HIV를 기반으로 하는 벡터는 일반적으로 부모 게놈의 < 5 %를 보유하고, 해당 게놈의 <25 % 만이 패키징 구조체에 통합되는데, 이로써 복제-충분성 HIV의 역전 가능성은 최소화된다. 바이오 안전성은 하류 긴-말단-반복(long-terminal-repeat) 서열에서 조절 요소의 결실을 함유하는 자가-비활성화 벡터의 개발에 의해 더욱 증가되었으며, 이러한 변형으로 벡터 동원(mobilization)에 요구되는 통합된 프로-바이러스로부터의 전사는 제거된다. 렌티바이러스 벡터 사용의 주요 이점 중 하나는 유전자 전달이 형질도입된 세포의 세포 분열 후에도 대부분의 조직 또는 세포 유형에서 지속된다는 점이다.
본 명세서의 핵산 및 ddRNAi 구조체로부터 shmiRs 및/또는 shRNAs를 발현하는 데 사용되는 렌티바이러스-기반 구조체는 렌티바이러스의 5' 및 3' 긴 말단 반복부 (LTRs)의 서열을 포함한다. 하나의 실시예에서, 이 바이러스 구조체는 렌티바이러스로부터 비활성화된 또는 자가-비활성화된 3' LTR을 포함한다. 이 3' LTR은 당분야에 공지된 임의의 방법에 의해 자가-비활성화로 만들어질 수 있다. 예를 들면, 3' LTR의 U3 요소는 이의 인헨서 서열, 이를 테면, TATA 상자, Sp1 및 NF-카파 B 부위의 결손을 함유한다. 자가-비활성화 3' LTR의 결과로써, 숙주 게놈으로 통합된 프로바이러스는 비활성화된 5' LTR을 포함하게 될 것이다. 상기 LTR 서열은 임의의 종으로부터 유래된 임의의 렌티바이러스의 LTR 서열일 수 있다. 렌티바이러스-기반 구조체는 MMLV 또는 MSCV, RSV 또는 포유류 유전자에 대한 서열을 또한 통합할 수 있다. 추가적으로, 렌티바이러스 5' LTR의 U3 서열은 해당 바이러스 구조체에 있는 프로모터 서열과 대체될 수 있다. 이로써 패키징 세포계통으로부터 회수된 바이러스 역가가 증가될 수 있다. 인헨서 서열이 또한 내포될 수 있다.
예를 들면, 유전자-결손된 아데노바이러스-트랜스포존 벡터 (Yant, et al., Nature Biotech. 20:999-1004 (2002) 참고); Sindbis 바이러스 또는 Semliki 포레스트 바이러스로부터 유래된 시스템 (Perri, et al, J. Virol. 74(20):9802-07 (2002) 참고); Newcastle 질환 바이러스 또는 Sendai 바이러스로부터 유래된 시스템이 내포되나, 이에 국한되지 않는 당업자에게 공지된 바이러스 또는 비-바이러스 시스템이 본 발명의 ddRNAi 또는 핵산을 관심대상의 세포로 운반하는데 이용될 수 있다.
본 명세서의 shmiR 또는 ddRNAi 구조체 테스트
세포 배양 모델
OPMD에 대한 세포 배양 모델로 유용한 예시적인 세포 계통은 정상 Ala10-humanPABPN1-FLAG (Ala10) 또는 돌연변이체 Ala17-humanPABPN1-FLAG (Ala17)(이것은 OPMD의 특징임)을 발현시키는 벡터로 형질감염된 HEK293T 세포 계통 (HEK293T, ATCC, Manassas, USA)이다.
OPMD에 대한 세포 배양 모델로 유용한 세포 계통의 추가 예는 C2C12 마우스 근육 세포 및 ARPE-19 인간 망막 세포이다.
OPMD의 세포 배양 모델로 유용한 또다른 예시적인 세포 계통은 정상 Ala10-humanPABPN1-FLAG (Ala10) 또는 돌연변이체 Ala17-humanPABPN1-FLAG (Ala17)를 발현시키도록 안정적으로 형질감염된 일차 마우스 근모세포 (IM2) 세포 계통이다. 돌연변이체 Ala17-humanPABPN1-FLAG (Ala17)를 안정적으로 발현시키는 예시적인 IM2 유래된 세포 계통은 H2kB-D7e 세포 계통이다. 상기 H2kB-D7e 세포 계통은 Raz et al., (2011) American Journal of Pathology,179(4):1988-2000에 또한 기재되어 있다.
OPMD에 대한 세포 배양 모델로 유용한 다른 세포 계통들이 당분야에 공지되어 있는데, 이를 테면, Fan et al., (2001) Human Molecular Genetics, 10:2341-2351, Bao et al., (2002) The Journal of Biological Chemistry, 277:12263-12269, 그리고 Abu-Baker et al., (2003) Human Molecular Genetics,12:2609-2623에서 기술되어 있다.
본원에서 구체화된 바와 같이, 본 명세서의 shmiR 활성은 shmiR을 인코딩하는 핵산, 또는 이를 포함하는 ddRNAi 구조체 또는 발현 벡터를 세포에 투여하고, 후속적으로 PABPN1 유전자에 의해 인코드된 RNA 또는 단백질의 발현 수준을 측정함으로써, 결정된다 예를 들면, 세포내 PABPN1 유전자 발현은 PABPN1에 특이적인 하나 또는 그 이상의 프로브 또는 프라이머를 이용한 RT-PCR, 정량적 PCR, 반-정량적 PCR, 또는 엄격한 조건 하에 제자리(in-situ) 하이브리드화중 임의의 하나 또는 그 이상에 의해 분석될 수 있다. PABPN1 mRNA 또는 DNA는 PABPN1에 특이적인 하나 또는 그 이상의 프로브 또는 프라이머를 이용한 PCR에 의해 또한 분석될 수 있으며, 또는 Western 블랏 또는 ELISA를 이용하여 PABPN1 단백질을 탐지할 수 있다.
PABPN1 발현을 탐지하기 위한 RT-PCR, 정량적 PCR 또는 반-정량적 PCR 기술에 이용될 수 있는 폴리뉴클레오티드는 공지되어 있으며, 시판되는 것도 이용가능하다 (Thermo Fisher). 그러나, PCR-기반 탐지 방법에 유용한 폴리뉴클레오티드는 당분야에 공지된 방법 및/또는 소프트웨어를 이용하여 PABPN1에 대한 이용가능한 서열 정보를 기반으로 기획될 수 있다. 하나의 실시예에서, 당분야에 공지된 방법을 이용한 RT-PCR에 의해 PABPN1 mRNA의 존재 또는 부재가 탐지될 수 있다. 하나의 실시예에서, PABPN1 폴리펩티드 또는 단백질의 존재 또는 부재 또는 상대적인 양은 Western 블랏팅, ELISA, 또는 당분야에서 이용가능한 기타 표준 정량적 또는 반-정량적 기술, 또는 이러한 기술의 조합중 임의의 하나 또는 그 이상을 이용하여 탐지될 수 있다. PABPN1의 항체 인지에 의존적인 기술이 고려되며, 본원에서 기술된다. 하나의 실시예에서, PABPN1 폴리펩티드 또는 단백질의 존재 또는 부재 또는 상대적인 양은 포획된 PABPN1 폴리펩티드, 예를 들면 Isonostic ™Assay (Target Discovery, Inc.)를 이용한 전기영동에 의해 해리와 함께 PABPN1 폴리펩티드의 항체 포획을 포함하는 기술에 의해 탐지될 수 있다. PABPN1단백질에 대한 시판 이용가능한 항체들이 있다.
형질감염 또는 형질도입 효율 및 샘플 회수의 차이를 표준화하기 위한 다양한 수단이 당업계에 공지되어 있다.
본 명세서의 RNA 부재 하에서 PABPN1에 의해 인코드된 mRNA 발현 또는 단백질의 수준과 비교하여, 또는 PABPN1의 핵 응집체의 수분과 비교하여, PABPN1에 의해 인코드되는 mRNA 또는 단백질의 발현을 감소시키는 또는 PABPN1 단백질의 핵 응집체 존재를 감소시키는 본 명세서의 핵산, ddRNAi 구조체 또는 발현 벡터는 이를 테면, 내생성 PABPN1의 발현을 감소시키고, 해당 내생성 PABPN1의 일부 또는 전부를 본원에서 기재된 바와 같이 OPMD의 원인이 되지 않는 PABPN1 단백질로 대체시킴으로써, OPMD를 치료하는 치료요법적 응용에 유용한 것으로 간주된다.
동물 모델
OPMD를 연구하는데 이용가능한 몇 가지 작은 동물들이 있으며, 이들의 예시는 Uyama et al., (2005) Acta Myologica, 24(2):84-88 및 Chartier and Simonelig (2013) Drug Discovery Today: technologies, 10:e103-107에 기술된다. 예시적인 동물 모델은 Davies et al., (2005) Nature Medicine, 11:672-677 및 Trollet et al., (2010) Human Molecular Genetics, 19(11):2191-2207에서 이미 설명된 A17.1 유전자삽입 마우스 모델이다.
전술한 동물 모델중 임의의 것을 이용하여 PABPN1 유전자에 의해 인코드된 RNA 또는 단백질의 발현을 녹다운, 감소 또는 저해시키는데 있어서 본 명세서의 shmiR 또는 ddRNAi 구조체의 효과를 결정할 수 있다.
PABPN1 유전자 발현을 검사하는 방법들은 본원에서 세포 모델과 함께 기재되어 있으며, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
기능성 PABPN1의 대체를 위한 제제
하나의 실시예에서, 본 명세서는 이를 테면, 세포에 또는 동물에게 기능성 PABPN1 단백질 대체용 제제를 제공한다. 상기 기능성 PABPN1 단백질은 OPMD의 원인이 되지 않거나, 또는 본 명세서의 shmiR(들) 또는 shRNA(들)의 표적이 되는 mRNA 전사체에 의해 인코드되지 않을 것이다.
하나의 실시예에서, 세포에 또는 동물에게 기능성 PABPN1 단백질 대체용 제제는 핵산 이를 테면, 이를 테면, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 또는 cDNA이다. 예를 들면, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 코돈 최적화될 수 있는데, 이를 테면, 야생형 PABPN1 핵산과 비교하여 하나 또는 그 이상의 축퇴(degenerate) 또는 워블(wobble) 염기를 함유하지만, 그러나 동일한 아미노산을 인코드하고, 따라서 해당 기능성 PABPN1 단백질을 코딩하는 대응하는 mRNA 서열은 본 명세서의 shmiR(들) 또는 shRNA(들)에 의해 인지되지 않는다. 예를 들면, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 핵산은 야생형 PABPN1 핵산과 비교하여, 본 명세서의 shmiR(들) 또는 shRNA(들)에 의해 표적화되는 영역 안에 하나 또는 그 이상의 축퇴 또는 워블(wobble) 염기를 포함할 수 있다. 하나의 실시예에서, 상기 하나 또는 그 이상의 축퇴 또는 워블(wobble) 염기는 본 명세서의 작동체 서열 shmiR 또는 shRNA의 씨드 영역 안에 위치한다.
하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 코돈 최적화되고, 따라서 이의 대응하는 mRNA 서열은 본 명세서의 shmiR(들) 또는 shRNA(들)에 의해 인지되지 않는다. 바람직하게는, 코돈 최적화된 핵산에 의해 인코드된 기능성 PABPN1 단백질은 서열 식별 번호: 74에서 제시된 아미노산 서열 즉, 야생형 인간 PABPN1 단백질의 아미노산 서열을 포함한다. 당업자는 기능성 PABPN1 단백질을 인코드하는데 이용될 수 있는 다수의 뉴클레오티드 서열 조합을 인지할 것이며, 이들 뉴클레오티드 서열의 선택은 shmiR(들) 또는 shRNA(들)의 작동체 서열에 궁극적으로 의존하게 될 것이며, 즉, 해당 코돈-최적화된 핵산은 이들 shmiR(들) 또는 shRNA(들)에 의해 인지되지 않도록 선택될 것이다. 하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질 대체용 제제는 서열 식별 번호: 73에서 제시된 서열을 포함하는 핵산이다. 하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 Kozak 서열을 또한 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산은 해당 기능성 PABPN1 단백질의 발현에 적합한 프로모터에 작동가능하도록 연계된다. 근육에서 상기 기능성 PABPN1 단백질의 발현에 적합한 프로모터가 특별히 적합할 수 있다. 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 함께 사용에 적합한 하나의 예시적인 프로모터는 Spc512 프로모터이다. 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 함께 사용에 적합한 또다른 예시적인 프로모터는 CK8 프로모터이다. 그러나, 당분야에 공지된 임의의 적합한 프로모터가 이용될 수 있다. 예를 들면, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 함께 사용에 적합한 다른 프로모터들은 US 20110212529 A1에 기재되어 있다.
본원에서 기술된 바와 같이, 본 명세서의 일부 실시예에서 유용한 프로모터들은 조직-특이적 또는 세포-특이적일 수 있다.
하나의 실시예에서, 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산은 상기 기능성 PABPN1 단백질 및 이의 대응하는 mRNA 전사체 발현을 증가시키기 위한 하나 또는 그 이상의 인헨서를 추가적으로 포함할 수 있다. 본 명세서의 이러한 실시예에 사용하기에 적합한 인헨서는 당업자들에게 공지되어 있을 것이다.
상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 발현 벡터 안에 포함될 수 있다. 예시적인 발현 벡터는 본 명세서의 핵산 및 ddRNAi 구조체 내용에서 기재되어 있으며, 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
따라서, 하나의 실시예에서, 세포에 또는 동물에게 기능성 PABPN1 단백질 대체용 제제는 해당 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 포함하는 발현 벡터일 수 있다. 예를 들면, 본 명세서의 발현 벡터는 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산과 이의 발현을 위한 프로모터 이를 테면, SpC512 프로모터 또는 CK8 프로모터를 포함할 수 있다. 하나의 실시예에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 핵산 Kozak 서열을 또한 포함할 수 있다.
하나의 실시예에서, 본원에서 기술된 바의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 플라스미드 발현 벡터 안에 포함될 수 있다. 적합한 플라스미드 발현 벡터 본원에 기재되어 있으며, 당분야에 공지될 것이다. 하나의 실시예에서, 적합한 플라스미드 발현 벡터는 pAAV 벡터 이를 테면, pscAAV 플라스미드 벡터 또는 pssAAV 플라스미드 벡터이다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 미니-서클(mini-circle) DNA이다. 미니-서클 DNA 벡터는 본원에 기재되어 있다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 바이러스 벡터다. 예를 들면, 임의의 적합한 바이러스 기반의 바이러스 벡터는 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 핵산을 전달하는데 이용될 수 있다. 추가적으로, 하이브리드 바이러스 시스템이 이용될 수 있다. 바이러스 전달 시스템의 선택은 다양한 매개변수, 이를 테면, 전달되는 표적 조직, 해당 시스템의 형질도입 효율, 병인성, 면역학적 그리고 독성 우려사항, 및 이와 유사한 것들에 따라 달라질 것이다.
세포 또는 동물에게 유전적 물질의 전달을 위한 예시적인 바이러스 시스템은 본 명세서의 RNAs 및 ddRNAi 구조체 내용에서 기재되어 있으며, 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 상기 바이러스 벡터는 AAV (이를 테면, AAV9 또는 변형된 AAV9)이다.
하나의 실시예에서, 상기 바이러스 벡터는 AdV 벡터이다.
하나의 실시예에서, 상기 바이러스 벡터는 렌티바이러스다.
예를 들면, 유전자-결손된 아데노바이러스-트랜스포존 벡터 (Yant, et al., Nature Biotech. 20:999-1004 (2002) 참고); Sindbis 바이러스 또는 Semliki 포레스트 바이러스로부터 유래된 시스템 (Perri, et al, J. Virol. 74(20):9802-07 (2002) 참고); Newcastle 질환 바이러스 또는 Sendai 바이러스로부터 유래된 시스템이 내포되나, 이에 국한되지 않는 당업자에게 공지된 바이러스 또는 비-바이러스 시스템이 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 관심대상의 세포로 운반하는데 이용될 수 있다.
본원에서 기술된 바의 기능성 PABPN1 단백질 본원에서 기술된 바 기능성 PABPN1단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산이 본 명세서의 핵산, ddRNAi 구조체 또는 발현 벡터와 함께 제공되는 실시예에 따르면, 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 해당 핵산은 동일한 발현 벡터 안에 이 핵산 또는 ddRNAi 구조체로써 포함될 수 있다. 따라서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산 및 본 명세서의 핵산 또는 ddRNAi 구조체는 발현 벡터 안에 이를 테면, 단일 DNA 구조체로 제공될 수 있다.
본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산과 본 명세서의 핵산 또는 ddRNAi 구조체가 함께 제공되는 대체 실시예에서, 해당 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산과 상기 핵산 또는 ddRNAi 구조체는 상이한 발현 벡터 안에 포함될 수 있다. 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산과 상기 핵산 또는 ddRNAi 구조체가 상이한 발현 벡터 안에 포함되는 경우, 각 발현 벡터는 동일한 유형의 벡터 또는 상이한 유형의 벡터일 수 있다.
기능성 PABPN1에 대한 테스트
동물 모델
OPMD를 연구하기 위한 예시적인 동물 모델들이 기재되어 있다.
전술한 동물 모델중 임의의 것을 이용하여 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들) 또는 발현 벡터(들)(본 명세서의 하나 또는 그 이상의 shmiR(들)을 발현시키는) 존재 하에서 생체내 기능성 PABPN1 단백질을 대체하는 본 명세서의 제제 효능을 결정할 수 있다.
세포 모델에 대해 PABPN1 발현을 검정하는 방법들이 본원에 기재되어 있고, 본 명세서의 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 조직학적 분석 및 형태학적 분석을 이용하여 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들) 또는 발현 벡터(들)(본 명세서의 하나 또는 그 이상의 shmiR(들)을 발현시키는) 존재 하에서 생체내 기능성 PABPN1 단백질을 대체하는 본 명세서의 제제 효능을 결정할 수 있다. 생체내 기능성 PABPN1 단백질을 대체하는 본 명세서의 제제 효능을 결정하는데 이용될 수 있는 추가 검정법들은 Trollet et al., (2010) Human Molecular Genetics, 19(11): 2191-2207에 기재되어 있다.
ddRNAi 및 기능성 PABPN1 대체를 위한 단일 DNA 구조체
본 명세서는 본원에서 기술된 바의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산 및 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 ddRNAi 구조체(들)을 포함하는 단일 DNA 구조체를 또한 제공한다. 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하는 예시적인 DNA 구조체는 실시예 2에 기재되어 있다. 하나의 실시예에서, 상기 DNA 구조체는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 조합된, 본원에서 기재된 바와 같은 ddRNAi 단일 구조체를 포함할 수 있다. 또다른 예시에서, 상기 DNA 구조체는 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 조합된, 복수개의 ddRNAi 구조체를 포함할 수 있다. 상기 DNA 구조체의 각 예시에서, 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 코돈 최적화되고, 따라서 이의 mRNA 전사체는 상기 ddRNAi 구조체(들)의 shmiR(들)에 의해 표적화되지 않는다.
하나의 실시예에서, 기능성 PABPN1 단백질은 이를 테면, 서열 식별 번호: 74로 제시된 서열을 갖는 야생형 인간 PABPN1 단백질이다. 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 DNA 서열은 상기 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiR(들)에 따라 가변적일 수 있음을 인지할 것이다. 즉, 상기 PABPN1 mRNA 전사체 안에 변형될 특정 코돈은 해당 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiR(들)의 작동체 서열(들)에 따라 가변적일 수 있다. 하나의 실시예에서 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈 최적화된 DNA 서열은 서열 식별 번호: 73에서 제시된다.
상기 DNA 구조체는 이를 테면, 상기 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 기능성 PABPN1 단백질 및/또는 shmiRs의 발현을 구동시키기 위한 하나 또는 그 이상의 프로모터를 또한 포함할 수 있다. 본 명세서의 일부 실시예에서 유용한 프로모터들은 조직-특이적 또는 세포-특이적일 수 있다. 본 명세서의 DNA 구조체에 사용하기 위한 예시적인 프로모터는 근육-특이적 프로모터, 이를 테면, 예를 들면, Spc512 및 CK8이다. 그러나, 당분야에 공지된 임의의 적합한 프로모터가 본원에서 기술된 DNA 구조체와 함께 사용에 고려되며, 이를 테면, US 20110212529 A1에서 기술된 것들이 고려된다.
상기 DNA 구조체는 발현 벡터 형태로 제공될 수 있거나, 또는 발현 벡터 안에 포함될 수 있다. 적합한 발현 벡터 본원에 기재되어 있으며, 당분야에 공지될 것이다.
하나의 실시예에서, 상기 발현 벡터는 바이러스 벡터다. 예를 들면, 임의의 적합한 바이러스 기반의 바이러스 벡터는 본 명세서의 단일 DNA 구조체 전달에 이용될 수 있다. 추가적으로, 하이브리드 바이러스 시스템이 이용될 수 있다. 바이러스 전달 시스템의 선택은 다양한 매개변수, 이를 테면, 전달되는 표적 조직, 해당 시스템의 형질도입 효율, 병인성, 면역학적 그리고 독성 우려사항, 및 이와 유사한 것들에 따라 달라질 것이다.
또다른 예시에서, 적합한 플라스미드 발현 벡터는 pAAV 벡터 이를 테면, pscAAV 플라스미드 벡터 또는 pssAAV 플라스미드 벡터이다. 세포 또는 동물에게 유전적 물질의 전달을 위한 예시적인 바이러스 시스템은 본 명세서의 ddRNAi 구조체 내용에서 기재되어 있으며, 이 실시예에 준용하여 적용되는 것으로 간주된다.
하나의 실시예에서, 상기 DNA 구조체는 5'에서 3' 방향으로, 근육-특이적 프로모터 이를 테면, Spc512 프로모터, 본원에서 기재된 바의 ddRNAi 구조체 및 본원에서 기재된 바의 PABPN1 구조체를 포함하는 pAAV 발현 벡터의 형태로 제공되며, 이를 테면, 이때 해당 ddRNAi 구조체는 해당 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산의 3' 해독안된 영역 (UTR)에 위치한다. 본 실시예에 따른 DNA 구조체는 도 1A에 예시된다.
이 실시예에 따른 예시적인 DNA 구조체는 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함하는 pAAV 발현 벡터이다:
(a) 근육-특이적 프로모터 이를 테면, Spc512;
(b) 상기 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiRs의 표적이 되지 않는 기능성 mRNA 전사체를 갖는 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 본원에 기재된 PABPN1 구조체; 그리고.
(c) 본원에 기재된 shmiR17을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산 및 본원에 기재된 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 포함하는 본 명세서의 ddRNAi 구조체.
이 실시예에 따르면, 상기 DNA 구조체는 서열 식별 번호: 72로 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성될 수 있다.
본 명세서의 DNA 구조체 안에 내포를 위한 shmiR13 및 shmiR17을 인코딩하는 예시적인 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 31에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 보체 서열, 이를 테면, 서열 식별 번호: 30 (shmiR13)로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산, 그리고 서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 39에서 제시된 서열에 실질적으로 상보성인 작동체 보체 서열, 이를 테면, 서열 식별 번호: 38 (shmiR17)로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산을 포함한다. 예를 들면, 상기 DNA 구조체의 실시예에 따른 ddRNAi 구조체는 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산과 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하거나 또는 이로 구성된 핵산을 포함할 수 있다.
특정 실시예들이 기술되었지만, 본 명세서에 따른 DNA 구조체는 하나 또는 그 이상의 shmiRs를 인코딩하는 본원에 기재된 임의의 ddRNAi 구조체가 내포될 수 있음을 인지할 것이다. 예를 들면, 실시예 1 내지 5에서 기재된 shmiRs를 인코딩하는 ddRNAi 구조체가 본 명세서의 DNA 구조체 안에 내포되기에 특히 적합할 수 있다.
조성물 및 담체
일부 실시예에서, 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)은 조성물 안에 제공된다. 일부 실시예에서, 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산은 조성물 안에 제공된다. 일부 실시예에서, 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들) 또는 발현 벡터(들)은 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 핵산과 함께 조성물 안에 제공된다. 일부 실시예에서, 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 하나 또는 그 이상의 핵산(들) 또는 ddRNAi 구조체(들) 및 상기 핵산은 조성물 안에 동일한 발현 벡터 (이를 테면, 본 명세서의 DNA 구조체 안에)에 제공된다.
본원에서 기술된 바와 같이, 상기 발현 벡터는 단독으로 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하거나, 또는 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산과 조합되어 포함될 수 있다. 발현 벡터 및/또는 동일한 것을 포함하는 조성물을 언급하는 경우 다음이 포괄되는 것으로 이해될 것이다: (i) 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하는 벡터, 또는 동일한 것을 포함하는 조성물; (ii) 본 명세서의 ddRNAi 구조체와 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 모두 포함하는 발현 벡터, 또는 동일한 것을 포함하는 조성물; 또는 (iii) 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 포함하는 발현 벡터, 또는 동일한 것을 포함하는 조성물.
따라서, 본 명세서의 조성물은 (i) 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하는 발현 벡터, 그리고 (ii) 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 포함하는 발현 벡터를 포함할 수 있다. 대안으로, 본 명세서의 조성물은 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하는 단일 발현 벡터와 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 포함할 수 있다.
여전히 또다른 예시에서, 본 명세서의 ddRNAi 구조체를 포함하는 발현 벡터는 하나의 조성물에 제공될 수 있고, 본 명세서의 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 코돈-최적화된 핵산을 포함하는 발현 벡터는 또다른 조성물에 제공될 수 있는데, 이를 테면, 이들은 함께 패키지된다.
본 명세서의 조성물은 또한 하나 또는 그 이상의 약제학적으로 허용가능한 담체 또는 희석제를 포함할 수 있다. 예를 들면, 이 조성물은 대상체에게 이 조성물을 투여 후, 해당 대상체의 근육으로 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)을 전달하는데 적합한 담체를 포함할 수 있다.
일부 실시예에서, 상기 담체는 지질-기반 담체, 양이온성 지질 또는 리포솜 핵산 복합체, 리포솜, 미셀, 비로솜, 지질 나노 입자 또는 이들의 혼합물이다.
일부 실시예에서, 상기 담체는 생분해성 중합체-기반 담체이며, 양이온성 중합체-핵산 복합체가 형성된다. 예를 들면, 상기 담체는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)을 눈에 있는 근육 세포 또는 조직으로 전달하는데 적합한 양이온성 중합체 미세입자일 수 있다. 세포에 조성물을 전달하기 위한 양이온성 중합체의 사용은 당업계에 공지되어 있는데, 이를 테면, Judge et al. Nature 25: 457-462 (2005)에 기재되어 있고, 이의 내용은 본원의 참고자료에 편입된다. 예시적인 양이온성 중합체-기반 담체는 양이온성 DNA 결합 중합체, 이를 테면, 폴리에틸아민이다. 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), 또는 발현 벡터(들)과 복합되고, 이를 전달하는데 적합한 기타 양이온성 중합체에는 폴리(L-리신) (PLL), 치토산, PAMAM 덴드라이머, 및 폴리(2-디메틸아미노)에틸 메타아크릴레이트 (pDMAEMA)가 내포된다. 다른 중합체들로는 폴리 베타-아미노 에스테르가 내포된다. 이들은 당업계에 공지된 적합한 기타 양이온성 중합체들이며, Mastrobattista and Hennink, Nature Materials, 11:10-12 (2012), WO/2003/097107 및 WO/2006/041617에 기재되어 있으며, 이의 전체 내용이 본 명세서에 참고자료로 편입된다. 이러한 담체 제형은 비-경구 피하 주사, 정맥 주사 및 흡입을 비롯하여 다양한 전달 경로용으로 개발되었다.
추가 실시예에서, 상기 담체는 시클로덱스트린-기반 담체, 이를 테면, 시클로덱스트린 중합체-핵산 복합체다.
추가 실시예에서, 상기 담체는 단백질-기반 담체, 이를 테면, 양이온성 펩티드-핵산 복합체이다.
또다른 예시에서, 상기 담체는 지질 나노입자다. 예시적인 나노입자들은 예를 들면, US7514099에 기재되어 있다.
일부 실시예에서, 상기 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), 또는 발현 벡터(들)은 양이온성 지질/콜레스테롤/PEG-C-DMA/DSPC (이를 테면, 40/48/2/10 비율), 양이온성 지질/콜레스테롤/PEG-DMG/DSPC (이를 테면, 40/48/2/10 비율), 또는 양이온성 지질/콜레스테롤/PEG-DMG (이를 테면, 60/38/2 비율)을 포함하는 지질 나노입자 조성물과 함께 제형화된다. 일부 실시예에서, 상기 양이온성 지질은 DMA 안에 옥틸 CL, DMA 안에 DL, L-278, DLinKC2DMA, 또는 MC3이다.
또다른 예시에서, 상기 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), 또는 발현 벡터(들)은 WO 2010/021865; WO 2010/080724; WO 2010/042877; WO 2010/105209 또는 WO 2011/022460에서 기재된 양이온성 지질 제형중 임의의 것과 함께 제형화된다.
또다른 예시에서, 본 명세서의 핵산(들) 또는 ddRNAi 구조체(들), 또는 발현 벡터(들)은 이를 테면, 해당 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), 또는 발현 벡터(들)의 운반을 용이하게 하기 위해 또다른 화합물에 콘쥬게이트되거나, 또는 이들과 복합된다. 이러한 콘쥬게이트의 비-제한적인 예시들(이를 테면, CDM-LBA, CDM-Pip-LBA, CDM-PEG, CDM-NAG, 등등)은 US 2008/0152661 및 US 2004/0162260에 기재되어 있다.
또다른 예시에서, 폴리에틸렌 글리콜(PEG)은 본 명세서의 핵산 또는 ddRNAi 구조체 또는 DNA 구조체 또는 발현 벡터에 공유적으로 부착된다. 상기 부착된 PEG는 임의의 분자량, 이를 테면, 약 100 내지 약 50,000 달톤 (Da)의 분자량을 가질 수 있다.
여전히 다른 예시에서, 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)은 예를 들면, WO 96/10391; WO 96/10390; 또는 WO 96/10392에 기재된 바와 같이, 예를 들면, 폴리(에틸렌 글리콜) 지질 (PEG-변형된, 또는 긴-원형 리포좀 또는 스텔스(stealth) 리포좀)이 함유된 표면-변형된 리포좀을 포함하는 담체와 함께 제형화된다.
일부 실시예에서, 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)은 또한 폴리에틸렌이민 또는 이의 유도체, 이를 테면, 폴리에틸렌이민-폴리에틸렌글리콜-N-아세틸갈락토사민 (PEI-PEG-GAL) 또는 폴리에틸렌이민-폴리에틸렌글리콜-트리-N-아세틸갈락토사민 (PEI-PEG-트리GAL) 유도체화 함께 제형화되거나, 또는 이들과 함께 복합체화될 수 있다.
다른 실시예에서, 본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)은 이를 테면, U.S. 특허 출원 공개 번호. 2001/0007666에서 기재된 것과 같은 막 파괴 제제와 함께 복합체화될 수 있다.
다른 담체로는 사이클로덱스트린 (예를 들면, Gonzalez et al., 1999, Bioconjugate Chem., 10, 1068-1074; 또는 WO 03/46185 참고), 폴리(락트-코-글리콜)산 (PLGA) 및 PLCA 미세구 (예를 들면, US 2002130430)가 내포된다.
본 명세서의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들) 및/또는 물질의 생물학적 안정성을 증가시키고, 및/또는 근육 세포에 선택적으로 국소화되거나, 및/또는 이들에 선택적으로 침투되는 해당 조성물의 능력을 증가시키는 물질이 바람직하게 이 조성물에 내포될 것이다. 본 명세서의 치료요법적 조성물은 약제학적으로 허용가능한 담체 (이를 테면, 생리학적 염수)와 함께 투여될 수 있는데, 이러한 담체는 투여 방식 및 경로, 표준 약제학적 관행에 근거하여 선택된다. 당분야에 통상적인 지식을 가진 자는 본 명세서의 하나 또는 그 이상의 핵산(들), ddRNAi 구조체(들), DNA 구조체, 또는 발현 벡터(들)를 포함하는 약제학적 조성물을 용이하게 제형화시킬 수 있다. 일부 경우들에서, 등장성 제형이 이용된다. 일반적으로, 등장성을 위한 첨가제는 염화나트륨, 덱스트로스, 만니톨, 소르비톨, 그리고 락토오스가 내포될 수 있다. 일부 경우들에서, 등장성 용액 이를 테면, 인산염 완충된 염수가 바람직하다. 안정화제에는 젤라틴 및 알부민이 내포된다. 일부 실시예에서, 혈관수축 제제가 해당 제형에 추가된다. 본 명세서에 따른 조성물은 멸균상태로, 그리고 발열원 없이 제공된다. 적합한 약제학적 담체, 뿐만 아니라 약제학적 제형에 사용하는데 약제학적 필수품은 이 분야 및 USP/NF의 표준 참조 텍스트인 Remington: The Science and Practice of Pharmacy (기존의 Remington's Pharmaceutical Sciences), Mack Publishing Co.에 기재되어 있다.
약제학적 조성물의 부피, 농도 및 제형 뿐만 아니라 투약 섭생은 염증 반응과 같은 독성을 최소화하면서, 세포 전달을 최대화하도록 특별히 맞춤화될 수 있는데, 예를 들면, 비교적 많은 부피 (5, 10, 20, 50ml 또는 그 이상)과, 상응하는 저농도의 활성 성분, 뿐만 아니라 코르티코스테로이드와 같은 항-염증 화합물이 바람직한 경우 활용될 수 있다.
본 명세서의 조성물은 임의의 적합한 경로 (이를 테면, 대상체의 인두근으로 전달하는데 적합한)에 의해 투될 수 있도록 제형화될 수 있다. 예를 들면, 투여 경로에는 근육 내, 복강 내, 피내(intradermal), 피하, 정맥 내, 동맥 내, 안구 내 및 경구 뿐만 아니라 경피 또는 흡입 또는 좌약이 내포되지만, 이에 국한되지는 않는다. 예시적인 투여 경로에는 정맥 내 (IV), 근육 내 (IM), 경구, 복강 내, 피내(intradermal) 동맥 내 및 피하 주사가 내포된다. 하나의 실시예에서, 이 본 명세서의 조성물은 IM 투여용으로 제형화된다 (이를 테면, 인두근으로 투여하기 위한 제형). 바람직한 구체예에서, 상기 투여는 대상체의 인두근에 직접 투여된다. 이러한 조성물은 약제학적 응용에 유용하며, 비경구 투여, 예를 들어 IM (예를 들어, 인두 근육에 직접 투여), 정맥 내 (정맥 내 주입 포함), SC 및 복강 내 투여용으로 적절한 멸균, 비-발열성 비히클, 예를 들어, 주사용 완충 식염수로 용이하게 제형화될 수 있다. 바람직한 구체예에서, 이를 테면, IM (이를 테면, 인두근으로 직접)과 같은 투여 경로는 근육 조직으로의 효과적인 전달 및 본 명세서의 PABPN1을 코딩하는 ddRNAi 구축물 및/또는 코돈-최적화된 핵산의 형질 감염, 및 이 안에 RNA 및/또는 코돈-최적화된 핵산의 발현을 달성한다.
Figure pct00002
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
실시예 1 - PABPN1을 표적으로 하는 shmiRs의 기획
siRNA 구조체의 설계를 위한 잠재적 표적을 나타내는 서열은 공개 사용가능한 siRNA 설계 알고리즘(Ambion, Promega, Invitrogen, Origene 및 MWG을 비롯)을 사용하여 PABPN1 mRNA 서열에서 식별되었고: 선택된 정의 서열들은 인간, 비-인간 영장류, 소 및 마우스 종에서 보존되었다. 5' 측면 영역 (서열 식별 번호: 41), siRNA 센스 스트랜드 서열 (작동체 보체 서열), 스템/루프 이음 서열 (서열 식별 번호: 40), siRNA 안티-센스 스트랜드 (작동체 서열), 및 3' 측면 영역 (서열 식별 번호:42)을 포함하는 짧은-헤어핀 마이크로RNA (shmiR)를 인코딩하는 서열을 만들기 위해 pre-miR30a 스캐폴드 안으로 추후 siRNAs를 인코딩하는 서열을 통합시켰다. 대표적인 shmiR의 예측된 이차 구조는 도 1C에서 제시된다. 설계된 shmiRs에 대한 PABPN1 mRNA 전사체의 표적 영역은 표 1에 제시되며, 대응하는 shmiR 작동체 서열 (안티센스 스트랜드)은 표 2에 제시된다.
실시예 2 -내생성 PABPN1의 유전자 침묵화 및 코돈 최적화된 PABPN1로의 동시 대체용 단일 "침묵 및 대체 구조체"의 생성.
optPABPN1 서열과 조합하여, shmiR17 및 shmiR13 (이를 테면, 표 3 및 표 4에 기재된)를 발현시키는 단일 스트랜드로 된 아데노-연합된 바이러스 유형 2 (ssAAV2) 플라스미드가 만들어졌다.
상기 침묵 및 대체 구조체 (이하 “SR-구조체”)는 pAAV2 벡터 백본에서 optPABPN1 전사체의 3' 해독안된 영역 안으로 shmiR17 및 shmiR13을 인코딩하는 DNA 서열(표 4에서 기재된)을 서브클로닝시킴으로써 만들어졌다(pAAV-shmiR 바이러스 플라스미드). 단일 전사체 안에 optPABPN1과 2개의 shmiRs 모두의 발현은 근육 특이적 프로모터 Spc512에 의해 구동된다. 상기 SR-구조체의 계략도는 도 1(A), 도 1(B), 및 도 2에 제공된다.
재조합 위형(pseudotyped) AAV 벡터 스톡이 그 다음 만들어졌다. 간략하게 설명하자면, HEK293T 세포를 10% FBS가 보충된 Dulbecco 변형된 Eagle의 배지에서 세포 공장에서 배양되고, 37℃, 5% CO2에서 항온처리되었다. 상기 pAAV-shmiR 바이러스 플라스미드 (상기 SR-구조체) 및 pAAV헬퍼 및 pAAVrepcap8 플라스미드 또는 pAAV헬퍼 및 pAAV repcap9 또는 pAAV 헬퍼 및 pAAVRH74 플라스미드 (WO2013123503A1에 기재된 바와 같은)는 제작자의 지침에 따라 인산칼슘염과 복합체화되었다. 그 다음, pAAV헬퍼, 다음 캡시드(pAAVrepcap8, pAAVrepcap9 또는 pAAVRH74)중 하나와 조합되어 pAAV-shmiR 플라스미드 (상기 SR-구조체)와 함께 HEK293T 세포에서 삼중-형질감염이 실행되었다. 그 다음 상기 HEK293T 세포는 72 시간 동안 37℃ 및 5% CO2에서 배양되었고, 그 다음 세포를 용해시키고, 해당 SR-구조체를 발현시키는 입자들은 요오딕사놀(Sigma-Aldrich) 단계-구배 초원심분리에 이어 염화세슘 초원심분리를 이용하여 정제되었다. 벡터 게놈의 수는 정량적 중합효소 쇄 반응 (Q-PCR)에 의해 정량화되었다.
실시예 3 - 단일 벡터 “침묵 및 대체" 방법에 의한 생체내 연구
OPMD의 관련 질환 모델에서 실시예 2에 기술된 SR-구조체의 생체 내 효능을 테스트하기 위해, SR-구조체를 10-12 주령의 A17 마우스의 전경골근 (TA) 근육에 근육내 주사를 통해 다양한 용량으로 개별적으로 투여했다. 투여량은 근육당 7.5x1011, 2.5x1011, 5x1010, 1x1010, 2x109, 및 4x108 벡터 게놈으로 설정되었다. 염수가 주사된, 연령-합치되는 A17 마우스를 미치료 대조군으로 삼았다. 치료-후 14주 또는 20주 시점에 마우스를 희생시켰다.
실시예 4 -shmiR 생산, PABPN1 침묵화, 그리고 SR-구조체 처리된 A17 마우스에서 코돈-최적화된 PABPN1 발현의 정량적 평가
SR-구조체 치료 후 14주차 시점에서, 실시예 3의 A17 마우스의 TA 근육을 수거하였고, RNA 추출하였다. TA 근육에서 shmiRs의 SR-구조체-의존적 발현이 정량화되었다 (도 3A). 정량화된 shmiRs의 발현 수준은 SR-구조체 투여량 의존적이며, PABPN1 (expPABPN1을 비롯한)의 침묵화 (도 3B), 및 정상 PABPN1 수준으로의 복귀 (도 3C)도 마찬가지다.
실시예 5 - SR-구조체 처리된 A17 마우스에서 핵내 봉입체(INIs)의 감소
핵내 봉입체 (INIs) 지속에 있어서 상기 SR-구조체의 영향은 실시예 3의 A17 마우스에서 14주차에 테스트되었다. FvB 야생형 마우스 또한 건강한 비교측정자로 내포되었다. AAV 주사-후 14주차 시점에서, 근육을 수거하였고, 조직학적 연구를 위해 탑재되었다. 단편들은 해당 조직으로부터 모든 가용성 PABPN1을 선호적으로 용리시키기 위해 1M KCl로 사전-처리되었다. PABPN1에 대한 면역형광 (녹색) 및 근육 세포의 세포외 매트릭스에 풍부한 라미닌 (적색)이 처리된 근육 단편에서 탐지되었고, SR-구조체-처리된 근육에서 PABPN1-양성 핵내 봉입체 (INIs)의 수는 유의적으로 감소됨을 보여주었다(투여량 효과) (도 4A). 근육 섹션에서 INIs를 함유하는 핵의 백분율 정량화에서 해당 SR-구조체로 처리하면, 처리안된 A17 근육과 비교하였을 때, INIs의 양이 상당히 감소됨을 나타낸다 (Bonferroni post-doc 테스트와 함께, 일-원 Anova 테스트, ***p<0.001, ns: 유의적이지 않음) (도 4B).
실시예 6 - 상기 SR-구조체를 이용한 치료는 처리된 근육의 생리학적 속성 및 기능성을 개선시킨다.
처리된 근육의 생리학적 속성 및 기능성은 실시예 3의 A17 마우스에서 14주차에 측정되었다. FvB 야생형 마우스 또한 건강한 비교측정자로 내포되었다. TA 근육에 의해 만들어지는 최대 힘이 제자리(in situ) 근육 생리학에 의해 측정되었다 (도 5A). SR-구조체는 투여량-의존적 방식으로 TA 근육에 의해 만들어지는 최대 힘을 유의적으로 증가시켰다. 체중 (BW)으로 표준화된 근육 중량 또한 SR-구조체 투여-후 14주차에 측정되었다 (도 5B). SR-처리된 근육의 중량으로 정상화된 근육 중량은 주사를 맞은 TA 당 1e10 vg 이상의 투여량에서 대조군 FvB 마우스의 것에 필적하였다 (평균 ± SEM n = 10, Bonferroni post-doc 테스트와 함께 일-원 Anova 테스트, *p<0.05, ***p<0.001, **p<0.01, ns: 유의적이지 않음).
실시예 7 - 시간 경과에 따른 근육 기능의 복원
SR-구조체-처리된 A17 마우스 및 FvB 야생형 마우스의 TA 근육에 의해 생성되는 최대 힘은 제자리(in situ) 근육 생리학을 이용하여 SR-구조체 투여-후 14주차 (도 6A) 그리고 SR-구조체 투여-후 20주차 (도 6B)에 측정되었다. 중간 투여량 (TA 당 1e10 vg 및 6e10 vg)에서, 근력에 있어서 유익한 효과는 주사-후 14주와 비교하여 20주차에서 더 명료하였다 (평균 ± SEM n = 10, Bonferroni post-doc 테스트와 함께, 일-원(One-way) Anova 테스트, ***p<0.001, **p<0.01).
실시예 8 - 양(sheep)의 인두근으로 직접 투여
상기 SR-구조체를 양의 인두근에서 PABPN1가 테스트되었는데, 이는 위치 95의 한 개 아미노산 잔기를 제외하고, 모든 아미노산 잔기가 양과 인간에서 상당히 보존된다.
상기 SR-구조체를 양의 인두근으로 직접 주사하였다 (도 7A). 양 연구에서 두 마리 동물에게 각각 1.5e13 vg SR-구조체를 윤상인두 근육 (CP)에 주사하고, 그리고 추가적으로 1.0e13 vg SR-구조체를 인두근 (인두)에 주사하였다. SR-구조체 (1.0e10 vg 내지 1.0e13 vg)로 처리된 나머지 10 마리 동물은 오로지 CP에만 주사를 맞았다. CP에는 총 1.5 ml의 용적 (각 0.5 ml 씩 3회 주사)이 주사되었다. 인두에는 총 6 ml의 용적 (좌우 모두 1.5 ml 씩 2 차례 주사)이 주사되었다.
방사능라벨된 크림을 사용한 방사능영상은 “우회 경로(fausse route)”의 위험에 처한 인간 OPMD 환자의 심각한 연하 곤란을 보여준다(도 7B).
당업자는 본 개시의 넓은 범위를 벗어나지 않으면서 상술한 구체예들에 대해 많은 변형 및/또는 변형이 이루어질 수 있음을 이해할 것이다. 따라서, 본 구체예들은 모든 측면에서 예시적이고, 비-제한적인 것으로 간주되어야 한다.
SEQUENCE LISTING <110> Benitec Biopharma Limited <120> Methods for treating oculopharyngeal muscular dystrophy (OPMD) <130> 185516PCT <150> US 62/747,089 <151> 2018-10-17 <160> 90 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 1 gagaagcaga ugaauaugag uccaccuc 28 <210> 2 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 2 gaacgaggua gagaagcaga ugaauaug 28 <210> 3 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 3 gaagcugaga agcuaaagga gcuacaga 28 <210> 4 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 4 gggcuagagc gacaucaugg uauucccc 28 <210> 5 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 5 cugugugaca aauuuagugg ccauccca 28 <210> 6 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 6 gacuauggug caacagcaga agagcugg 28 <210> 7 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 7 cgagguagag aagcagauga auaugagu 28 <210> 8 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 8 cagugguuuu aacagcaggc cccggggu 28 <210> 9 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 9 agagcgacau caugguauuc cccuuacu 28 <210> 10 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 10 gguagagaag cagaugaaua ugagucca 28 <210> 11 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 11 auugaggaga agauggaggc ugaugccc 28 <210> 12 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 12 ggaggaagaa gcugagaagc uaaaggag 28 <210> 13 <211> 28 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 13 aacgagguag agaagcagau gaauauga 28 <210> 14 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR2 <400> 14 agcagaugaa uaugagucca 20 <210> 15 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR2 <400> 15 uggacucaua uucaucugcu u 21 <210> 16 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR3 <400> 16 gagguagaga agcagaugaa 20 <210> 17 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR3 <400> 17 uucaucugcu ucucuaccuc g 21 <210> 18 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR4 <400> 18 cugagaagcu aaaggagcua 20 <210> 19 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR4 <400> 19 uagcuccuuu agcuucucag c 21 <210> 20 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR5 <400> 20 uagagcgaca ucaugguauu 20 <210> 21 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR5 <400> 21 aauaccauga ugucgcucua g 21 <210> 22 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR6 <400> 22 gugacaaauu uaguggccau 20 <210> 23 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR6 <400> 23 auggccacua aauuugucac a 21 <210> 24 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR7 <400> 24 auggugcaac agcagaagag 20 <210> 25 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR7 <400> 25 cucuucugcu guugcaccau a 21 <210> 26 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR9 <400> 26 guagagaagc agaugaauau 20 <210> 27 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR9 <400> 27 auauucaucu gcuucucuac c 21 <210> 28 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR11 <400> 28 gguuuuaaca gcaggccccg 20 <210> 29 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR11 <400> 29 cggggccugc uguuaaaacc a 21 <210> 30 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR13 <400> 30 cgacaucaug guauuccccu 20 <210> 31 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR13 <400> 31 aggggaauac caugaugucg c 21 <210> 32 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR14 <400> 32 gagaagcaga ugaauaugag 20 <210> 33 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR14 <400> 33 cucauauuca ucugcuucuc u 21 <210> 34 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR15 <400> 34 aggagaagau ggaggcugau 20 <210> 35 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR15 <400> 35 aucagccucc aucuucuccu c 21 <210> 36 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR16 <400> 36 gaagaagcug agaagcuaaa 20 <210> 37 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR16 <400> 37 uuuagcuucu cagcuucuuc c 21 <210> 38 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector sequence for shmiR17 <400> 38 agguagagaa gcagaugaau 20 <210> 39 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Effector complement sequence for shmiR17 <400> 39 auucaucugc uucucuaccu c 21 <210> 40 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> Stem loop <400> 40 acugugaagc agaugggu 18 <210> 41 <211> 26 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> 5' flanking sequence of the pri-miRNA backbone <220> <221> misc_feature <222> (26)..(26) <223> n is u or a <400> 41 gguauauugc uguugacagu gagcgn 26 <210> 42 <211> 22 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> 3' flanking sequence of the pri-miRNA backbone <400> 42 cgccuacugc cucggacuuc aa 22 <210> 43 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR2 <400> 43 gguauauugc uguugacagu gagcguagca gaugaauaug aguccaacug ugaagcagau 60 ggguuggacu cauauucauc ugcuucgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 44 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR3 <400> 44 gguauauugc uguugacagu gagcgagagg uagagaagca gaugaaacug ugaagcagau 60 ggguuucauc ugcuucucua ccucgcgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 45 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR4 <400> 45 gguauauugc uguugacagu gagcgacuga gaagcuaaag gagcuaacug ugaagcagau 60 ggguuagcuc cuuuagcuuc ucagccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 46 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR5 <400> 46 gguauauugc uguugacagu gagcgauaga gcgacaucau gguauuacug ugaagcagau 60 ggguaauacc augaugucgc ucuagcgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 47 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR6 <400> 47 gguauauugc uguugacagu gagcgaguga caaauuuagu ggccauacug ugaagcagau 60 ggguauggcc acuaaauuug ucacacgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 48 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR7 <400> 48 gguauauugc uguugacagu gagcgaaugg ugcaacagca gaagagacug ugaagcagau 60 gggucucuuc ugcuguugca ccauacgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 49 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR9 <400> 49 gguauauugc uguugacagu gagcgaguag agaagcagau gaauauacug ugaagcagau 60 ggguauauuc aucugcuucu cuacccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 50 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR11 <400> 50 gguauauugc uguugacagu gagcgagguu uuaacagcag gccccgacug ugaagcagau 60 gggucggggc cugcuguuaa aaccacgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 51 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR13 <400> 51 gguauauugc uguugacagu gagcgacgac aucaugguau uccccuacug ugaagcagau 60 ggguagggga auaccaugau gucgccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 52 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR14 <400> 52 gguauauugc uguugacagu gagcgugaga agcagaugaa uaugagacug ugaagcagau 60 gggucucaua uucaucugcu ucucucgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 53 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR15 <400> 53 gguauauugc uguugacagu gagcgaagga gaagauggag gcugauacug ugaagcagau 60 ggguaucagc cuccaucuuc uccuccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 54 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR16 <400> 54 gguauauugc uguugacagu gagcgagaag aagcugagaa gcuaaaacug ugaagcagau 60 ggguuuuagc uucucagcuu cuucccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 55 <211> 107 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA sequence encoding shmiR17 <400> 55 gguauauugc uguugacagu gagcgaaggu agagaagcag augaauacug ugaagcagau 60 ggguauucau cugcuucucu accuccgccu acugccucgg acuucaa 107 <210> 56 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR2 <400> 56 ggtatattgc tgttgacagt gagcgtagca gatgaatatg agtccaactg tgaagcagat 60 gggttggact catattcatc tgcttcgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 57 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR3 <400> 57 ggtatattgc tgttgacagt gagcgagagg tagagaagca gatgaaactg tgaagcagat 60 gggtttcatc tgcttctcta cctcgcgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 58 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR4 <400> 58 ggtatattgc tgttgacagt gagcgactga gaagctaaag gagctaactg tgaagcagat 60 gggttagctc ctttagcttc tcagccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 59 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR5 <400> 59 ggtatattgc tgttgacagt gagcgataga gcgacatcat ggtattactg tgaagcagat 60 gggtaatacc atgatgtcgc tctagcgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 60 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR6 <400> 60 ggtatattgc tgttgacagt gagcgagtga caaatttagt ggccatactg tgaagcagat 60 gggtatggcc actaaatttg tcacacgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 61 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR7 <400> 61 ggtatattgc tgttgacagt gagcgaatgg tgcaacagca gaagagactg tgaagcagat 60 gggtctcttc tgctgttgca ccatacgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 62 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR9 <400> 62 ggtatattgc tgttgacagt gagcgagtag agaagcagat gaatatactg tgaagcagat 60 gggtatattc atctgcttct ctacccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 63 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR11 <400> 63 ggtatattgc tgttgacagt gagcgaggtt ttaacagcag gccccgactg tgaagcagat 60 gggtcggggc ctgctgttaa aaccacgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 64 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR13 <400> 64 ggtatattgc tgttgacagt gagcgacgac atcatggtat tcccctactg tgaagcagat 60 gggtagggga ataccatgat gtcgccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 65 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR14 <400> 65 ggtatattgc tgttgacagt gagcgtgaga agcagatgaa tatgagactg tgaagcagat 60 gggtctcata ttcatctgct tctctcgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 66 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR15 <400> 66 ggtatattgc tgttgacagt gagcgaagga gaagatggag gctgatactg tgaagcagat 60 gggtatcagc ctccatcttc tcctccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 67 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR16 <400> 67 ggtatattgc tgttgacagt gagcgagaag aagctgagaa gctaaaactg tgaagcagat 60 gggttttagc ttctcagctt cttcccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 68 <211> 107 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> DNA sequence encoding shmiR17 <400> 68 ggtatattgc tgttgacagt gagcgaaggt agagaagcag atgaatactg tgaagcagat 60 gggtattcat ctgcttctct acctccgcct actgcctcgg acttcaa 107 <210> 69 <211> 2532 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Double expression construct version 1 coding for shmiR3, shmiR14 and codon optimized PABPN1 <400> 69 cgatcgcgcg cagatctgtc atgatgatcc tagcatgctg cccatgtaag gaggcaaggc 60 ctggggacac ccgagatgcc tggttataat taacccagac atgtggctgc cccccccccc 120 ccaacacctg ctgcctctaa aaataaccct gcatgccatg ttcccggcga agggccagct 180 gtcccccgcc agctagactc agcacttagt ttaggaacca gtgagcaagt cagcccttgg 240 ggcagcccat acaaggccat ggggctgggc aagctgcacg cctgggtccg gggtgggcac 300 ggtgcccggg caacgagctg aaagctcatc tgctctcagg ggcccctccc tggggacagc 360 ccctcctggc tagtcacacc ctgtaggctc ctctatataa cccaggggca caggggctgc 420 cctcattcta ccaccacctc cacagcacag acagacactc aggagccagc cagcgtcgat 480 cattgaagtt actattccga agttcctatt ctctagaatt cgccaccacg cgtggtatat 540 tgctgttgac agtgagcgag aggtagagaa gcagatgaaa ctgtgaagca gatgggtttc 600 atctgcttct ctacctcgcg cctactgcct cggacttcaa atcatctact ccatggccct 660 ctgcgtttgc tgaagacaga accgcaaagc aggacccgac aggattctcc ccgcctcttc 720 agagactatg tttacaagat atcggtatat tgctgttgac agtgagcgtg agaagcagat 780 gaatatgaga ctgtgaagca gatgggtctc atattcatct gcttctctcg cctactgcct 840 cggacttcaa gtcgacgcta gcaataaagg atcctttatt ttcattggat ccgtgtgttg 900 gttttttgtg tgcggttaat taaggtaccc gagctccacc gcggtggcgg ccgtccgccc 960 tcggcaccat cctcacgaca cccaaatatg gcgacgggtg aggaatggtg gggagttatt 1020 tttagagcgg tgaggaaggt gggcaggcag caggtgttgg cgctctaaaa ataactcccg 1080 ggagttattt ttagagcgga ggaatggtgg acacccaaat atggcgacgg ttcctcaccc 1140 gtcgccatat ttgggtgtcc gccctcggcc ggggccgcat tcctgggggc cgggcggtgc 1200 tcccgcccgc ctcgataaaa ggctccgggg ccggcggcgg cccacgagct acccggagga 1260 gcgggaggcg ccaagctcta gaactagtgg atcccccggg ctgcaggaat tcgatgccac 1320 catggccgct gccgccgctg ctgctgccgc agccggcgct gccggcggaa gaggcagcgg 1380 ccctggcaga cggcggcatc tggtccctgg cgccggaggg gaggccggcg aaggcgcccc 1440 tggcggagcc ggcgactacg gcaacggcct ggaaagcgag gaactggaac ccgaggaact 1500 gctgctggaa cctgagcccg agccagagcc cgaggaagag ccccctaggc caagagcccc 1560 ccctggcgcc ccaggaccag gaccaggctc tggggcacca ggctctcagg aagaggaaga 1620 agagcccggc ctcgtcgagg gagacccagg cgatggcgct atcgaagatc ccgagctgga 1680 agccatcaag gccagagtgc gggagatgga agaggaggcc gaaaaattga aagagctgca 1740 gaacgaagtc gaaaaacaaa tgaacatgtc cccccctcct ggaaatgctg gccctgtgat 1800 catgagcatc gaggaaaaga tggaagccga cgcccggtct atctacgtgg gcaacgtgga 1860 ctacggcgcc accgccgaag aactggaagc ccactttcac ggctgtggca gcgtgaaccg 1920 ggtgaccatc ctgtgcgaca agttcagcgg ccaccccaag ggcttcgcct acatcgagtt 1980 cagcgacaaa gaaagcgtgc ggacctctct ggctctcgac gagtctctgt tcaggggaag 2040 gcagatcaag gtcatcccca agcggaccaa caggcccggc atcagcacca ccgacagagg 2100 cttccctagg gctaggtaca gagcccggac caccaactac aacagcagca gaagccggtt 2160 ctacagcggc ttcaattctc ggcctagagg cagagtgtac cggggcaggg ccagggccac 2220 ctcctggtac agcccctacg aacagaagct gatcagcgag gaagatctgt gatgagatat 2280 ctgatgacat atgacgcgtt taattaactg tgccttctag ttgccagcca tctgttgttt 2340 gcccctcccc cgtgccttcc ttgaccctgg aaggtgccac tcccactgtc ctttcctaat 2400 aaaatgagga aattgcatcg cattgtctga gtaggtgtca ttctattctg gggggtgggg 2460 tggggcagga cagcaagggg gaggattggg aagacaatag caggcatgct ggggatgcgg 2520 tgggctctat gg 2532 <210> 70 <211> 2532 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Double expression construct version 1 coding for shmiR17, shmiR13 and codon optimized PABPN1 <400> 70 cgatcgcgcg cagatctgtc atgatgatcc tagcatgctg cccatgtaag gaggcaaggc 60 ctggggacac ccgagatgcc tggttataat taacccagac atgtggctgc cccccccccc 120 ccaacacctg ctgcctctaa aaataaccct gcatgccatg ttcccggcga agggccagct 180 gtcccccgcc agctagactc agcacttagt ttaggaacca gtgagcaagt cagcccttgg 240 ggcagcccat acaaggccat ggggctgggc aagctgcacg cctgggtccg gggtgggcac 300 ggtgcccggg caacgagctg aaagctcatc tgctctcagg ggcccctccc tggggacagc 360 ccctcctggc tagtcacacc ctgtaggctc ctctatataa cccaggggca caggggctgc 420 cctcattcta ccaccacctc cacagcacag acagacactc aggagccagc cagcgtcgat 480 cattgaagtt actattccga agttcctatt ctctagaatt cgccaccacg cgtggtatat 540 tgctgttgac agtgagcgaa ggtagagaag cagatgaata ctgtgaagca gatgggtatt 600 catctgcttc tctacctccg cctactgcct cggacttcaa atcatctact ccatggccct 660 ctgcgtttgc tgaagacaga accgcaaagc aggacccgac aggattctcc ccgcctcttc 720 agagactatg tttacaagat atcggtatat tgctgttgac agtgagcgac gacatcatgg 780 tattccccta ctgtgaagca gatgggtagg ggaataccat gatgtcgccg cctactgcct 840 cggacttcaa gtcgacgcta gcaataaagg atcctttatt ttcattggat ccgtgtgttg 900 gttttttgtg tgcggttaat taaggtaccc gagctccacc gcggtggcgg ccgtccgccc 960 tcggcaccat cctcacgaca cccaaatatg gcgacgggtg aggaatggtg gggagttatt 1020 tttagagcgg tgaggaaggt gggcaggcag caggtgttgg cgctctaaaa ataactcccg 1080 ggagttattt ttagagcgga ggaatggtgg acacccaaat atggcgacgg ttcctcaccc 1140 gtcgccatat ttgggtgtcc gccctcggcc ggggccgcat tcctgggggc cgggcggtgc 1200 tcccgcccgc ctcgataaaa ggctccgggg ccggcggcgg cccacgagct acccggagga 1260 gcgggaggcg ccaagctcta gaactagtgg atcccccggg ctgcaggaat tcgatgccac 1320 catggccgct gccgccgctg ctgctgccgc agccggcgct gccggcggaa gaggcagcgg 1380 ccctggcaga cggcggcatc tggtccctgg cgccggaggg gaggccggcg aaggcgcccc 1440 tggcggagcc ggcgactacg gcaacggcct ggaaagcgag gaactggaac ccgaggaact 1500 gctgctggaa cctgagcccg agccagagcc cgaggaagag ccccctaggc caagagcccc 1560 ccctggcgcc ccaggaccag gaccaggctc tggggcacca ggctctcagg aagaggaaga 1620 agagcccggc ctcgtcgagg gagacccagg cgatggcgct atcgaagatc ccgagctgga 1680 agccatcaag gccagagtgc gggagatgga agaggaggcc gaaaaattga aagagctgca 1740 gaacgaagtc gaaaaacaaa tgaacatgtc cccccctcct ggaaatgctg gccctgtgat 1800 catgagcatc gaggaaaaga tggaagccga cgcccggtct atctacgtgg gcaacgtgga 1860 ctacggcgcc accgccgaag aactggaagc ccactttcac ggctgtggca gcgtgaaccg 1920 ggtgaccatc 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gcttctctac ctccgcctac tgcctcggac ttcaaatcat 1440 ctactccatg gccctctgcg tttgctgaag acagaaccgc aaagcaggac ccgacaggat 1500 tctccccgcc tcttcagaga ctatgtttac aagatatcgg tatattgctg ttgacagtga 1560 gcgacgacat catggtattc ccctactgtg aagcagatgg gtaggggaat accatgatgt 1620 cgccgcctac tgcctcggac ttcaagtcga cgctagcaat aaaggatcct ttattttcat 1680 tggatccgtg tgttggtttt ttgtgtgcgg ttaattaact gtgccttcta gttgccagcc 1740 atctgttgtt tgcccctccc ccgtgccttc cttgaccctg gaaggtgcca ctcccactgt 1800 cctttcctaa taaaatgagg aaattgcatc gcattgtctg agtaggtgtc attctattct 1860 ggggggtggg gtggggcagg acagcaaggg ggaggattgg gaagacaata gcaggcatgc 1920 tggggatgcg gtgggctcta tgg 1943 <210> 73 <211> 921 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> Human codon-optimized PABPN1 cDNA sequence <400> 73 atggccgctg ccgccgctgc tgctgccgca gccggcgctg ccggcggaag aggcagcggc 60 cctggcagac ggcggcatct ggtccctggc gccggagggg aggccggcga aggcgcccct 120 ggcggagccg gcgactacgg caacggcctg gaaagcgagg aactggaacc cgaggaactg 180 ctgctggaac ctgagcccga 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ccggggcggc ggcgccaucu ugugcccggg gccggugggg aggccgggga gggggccccg 120 gggggcgcag gggacuacgg gaacggccug gagucugagg aacuggagcc ugaggagcug 180 cugcuggagc ccgagccgga gcccgagccc gaagaggagc cgccccggcc ccgcgccccc 240 ccgggagcuc cgggcccugg gccugguucg ggagcccccg gcagccaaga ggaggaggag 300 gagccgggac uggucgaggg ugacccgggg gacggcgcca uugaggaccc ggagcuggaa 360 gcuaucaaag cucgagucag ggagauggag gaagaagcug agaagcuaaa ggagcuacag 420 aacgagguag agaagcagau gaauaugagu ccaccuccag gcaaugcugg cccggugauc 480 auguccauug aggagaagau ggaggcugau gcccguucca ucuauguugg caauguggac 540 uauggugcaa cagcagaaga gcuggaagcu cacuuucaug gcugugguuc agucaaccgu 600 guuaccauac ugugugacaa auuuaguggc caucccaaag gguuugcgua uauagaguuc 660 ucagacaaag agucagugag gacuuccuug gccuuagaug agucccuauu uagaggaagg 720 caaaucaagg ugaucccaaa acgaaccaac agaccaggca ucagcacaac agaccggggu 780 uuuccacgag cccgcuaccg cgcccggacc accaacuaca acagcucccg cucucgauuc 840 uacagugguu uuaacagcag gccccggggu cgcgucuaca ggggccgggc uagagcgaca 900 ucaugguauu ccccuuacua a 921 <210> 88 <211> 64 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Consensus AAV VP1 subsequence comprising PLA2 domain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (15)..(15) <223> Xaa is Gly or Phe <220> <221> MISC_FEATURE <222> (20)..(20) <223> Xaa is Arg or Lys <220> <221> MISC_FEATURE <222> (29)..(29) <223> Xaa is Glu or Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (30)..(30) <223> Xaa is Val or Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (32)..(32) <223> Xaa is Arg or Leu <220> <221> MISC_FEATURE <222> (36)..(36) <223> Xaa is Ile or Lys <220> <221> MISC_FEATURE <222> (37)..(37) <223> Xaa is Ser or Ala <220> <221> MISC_FEATURE <222> (39)..(39) <223> Xaa is Asn or Asp <220> <221> MISC_FEATURE <222> (51)..(51) <223> Xaa is Lys or Arg <220> <221> MISC_FEATURE <222> (61)..(61) <223> Xaa is Glu or Gln <220> <221> MISC_FEATURE <222> (62)..(62) <223> Xaa is Lys or Arg <400> 88 Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro Gly Tyr Asn Tyr Leu Gly Pro Xaa Asn 1 5 10 15 Gly Leu Asp Xaa Gly Glu Pro Val Asn Glu Ala Asp Xaa Xaa Ala Xaa 20 25 30 Glu His Asp Xaa Xaa Tyr Xaa Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro 35 40 45 Tyr Leu Xaa Tyr Asn His Ala Asp Ala Glu Phe Gln Xaa Xaa Leu Lys 50 55 60 <210> 89 <211> 64 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified VP1 PLA2 subsequence for AAV8 <400> 89 Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn 1 5 10 15 Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu 20 25 30 Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro 35 40 45 Tyr Leu Arg Tyr Asn His Ala Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys 50 55 60 <210> 90 <211> 64 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Modified VP1 PLA2 subsequence for AAV9 <400> 90 Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn 1 5 10 15 Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu 20 25 30 Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro 35 40 45 Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys 50 55 60

Claims (35)

  1. 안구인두 근이영양증을 앓고 있는 대상체 (OPMD)를 치료하는 방법에 있어서, 전술한 대상체에게 다음을 포함하는 조성물을 투여하는 것이 포함된, 방법:
    (a) 짧은 헤어핀 마이크로-RNA (shmiR)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는 핵산; 그리고
    (b) 이 핵산에 의해 인코드된 shmiR(들)에 의해 표적화되지 않는 mRNA 전사체를 갖는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 PABPN1 구조체; 이때 이 조성물은 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여된다.
  2. 대상체에서 안구인두 근이영양증 (OPMD)의 원인이 되는 PABPN1 단백질의 발현을 저해시키는 방법에 있어서, 전술한 방법은 해당 대상체에게 다음을 포함하는 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 방법:
    (a) 짧은 헤어핀 마이크로-RNA (shmiR)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체; 그리고
    (b) 이 ddRNAi 구조체에 의해 인코드된 shmiR(들)에 의해 표적화되지 않는 mRNA 전사체를 갖는 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열을 포함하는 PABPN1 구조체; 이때 이 조성물은 해당 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여된다.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 이때 이 조성물을 이 대상체의 인두근으로 직접 주사에 의해 투여한 후, 해당 대상체의 음식물삼킴이 개선되된, 방법.
  4. 청구항 1 내지 3중 임의의 한 항에 있어서, 이때 조성물은 ddRNAi 구조체, PABPN1 구조체, 또는 이의 조합을 포함하는 발현 벡터를 포함하는, 방법.
  5. 청구항 4에 있어서, 이때 상기 발현 벡터는 5'에서 3' 방향으로, ddRNAi 구조체와 상기 PABPN1 구조체를 포함하는, 방법.
  6. 청구항 4에 있어서, 이때 상기 발현 벡터는 5'에서 3' 방향으로, PABPN1 구조체와 ddRNAi 구조체를 포함하는, 방법.
  7. 청구항 4 내지 6중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 발현 벡터는 플라스미드 또는 미니서클인, 방법.
  8. 청구항 4 내지 7중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 발현 벡터는 아데노-연합된 바이러스 (AAV) 벡터, 레트로바이러스 벡터, 아데노바이러스 (AdV) 벡터 및 렌티바이러스 (LV) 벡터로 구성된 군에서 선택된 바이러스 벡터인, 방법.
  9. 청구항 4 내지 8중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 핵산, ddRNAi 구조체 및/또는 PABPN1 구조체는 발현 구조체 안에 포함되며, 이 발현 구조체는 AAV 혈청형의 역전된 말단 반복부 (ITRs)를 포함하는, 방법.
  10. 청구항 4 내지 9중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 AAV 혈청형은 AAV2, AAV8 또는 AAV9인, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열 코돈 최적화되어, 이의 mRNA 전사체는 상기 ddRNAi 구조체의 shmiRs에 의해 표적화되지 않는, 방법.
  12. 청구항 1 내지 11중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 서열 식별 번호: 73에서 제시되는, 방법.
  13. 청구항 1 내지 12중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열은 해당 PABPN1 구조체 안에 포함된 프로모터에 작동-가능하도록 연계되며, 이 기능성 PABPN1 단백질을 인코딩하는 DNA 서열의 상류에 위치하는, 방법.
  14. 청구항 13에 있어서, 이때 상기 PABPN1 구조체 안에 포함된 프로모터는 근육-특이적 프로모터인, 방법.
  15. 청구항 1 내지 14중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 shmiR은 다음을 포함하는, 방법:
    최소한 17개 뉴클레오티드 길이의 작동체 서열;
    작동체 보체 서열;
    스템루프 서열; 그리고
    일차 마이크로 RNA (pri-miRNA) 백본;
    이때 상기 작동체 서열은 인간 PABPN1의 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성일 수 있다.
  16. 청구항 15에 있어서, 이때 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 87에서 제시된 RNA 서열 안에 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는, 방법.
  17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 이때 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 1-13중 임의의 하나에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는, 방법.
  18. 청구항 1 내지 17중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 shmiR은 다음으로 구성된 군에서 선택되는 방법:
    서열 식별 번호: 15으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 14로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 17로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 19로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 18로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 21로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 20으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 23으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 22로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 25로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 24로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 27로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 26으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 29로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 28로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 33으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 35로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 34로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR;
    서열 식별 번호: 37로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 36으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR; 그리고
    서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR.
  19. 청구항 1 내지 18중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 shmiR은 5'에서 3' 방향으로 다음을 포함하는, 방법:
    pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열;
    작동체 보체 서열;
    스템루프 서열;
    작동체 서열; 그리고
    pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열.
  20. 청구항 19에 있어서, 이때 상기 스템루프 서열은 서열 식별 번호: 40으로 제시된 서열인, 방법.
  21. 청구항 19 또는 20에 있어서, 이때 pri-miRNA 백본은 pri-miR-30a 백본인 방법.
  22. 청구항 19 내지 21중 임의의 한 항에 있어서, 이때 pri-miRNA 백본의 5' 측면 서열은 서열 식별 번호: 41로 제시된 서열이며, pri-miRNA 백본의 3' 측면 서열은 서열 식별 번호: 42로 제시된 서열인, 방법.
  23. 청구항 1 내지 22중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 shmiR은 서열 식별 번호: 43-55중 임의의 하나에서 제시된 서열을 포함하는, 방법.
  24. 청구항 1 내지 23중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 shmiR을 인코드하는 DNA 서열은 서열 식별 번호: 56-68중 임의의 하나에서 제시된 서열인, 방법.
  25. 청구항 1 내지 24중 임의의 한 항에 있어서, shmiRs를 인코딩하는 최소한 2개의 핵산을 투여하거나, 또는 최소한 2개의 상기 핵산을 포함하는 ddRNAi 구조체를 투여하는 것을 포함하며, 이때 각 shmiR은 OPMD의 원인이 되는 PABPN1 단백질에 대응하는 RNA 전사체에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하며, 이때 각 shmiR은 상이한 작동체 서열을 포함하는, 방법.
  26. 청구항 25에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 각각 서열 식별 번호: 1, 2, 4, 7, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는, 방법.
  27. 청구항 26에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택되는 방법:
    서열 식별 번호: 15로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 14로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR2)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 17로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR3)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 21로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 20으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR5)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 27로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 26으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR9)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 33으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR14)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산.
  28. 청구항 26에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택되는 방법:
    서열 식별 번호: 56 (shmiR2)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 59 (shmiR5)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 62 (shmiR9)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산.
  29. 청구항 26에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 각각 서열 식별 번호: 2, 9, 10 및 13에서 제시된 RNA 전사체에서 대응하는 길이의 영역에 실질적으로 상보성인 작동체 서열을 포함하는 shmiR을 인코드하는, 방법.
  30. 청구항 26에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택되는, 방법:
    서열 식별 번호: 17로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 16으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR3)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 31로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 33으로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 32로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR14)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    서열 식별 번호: 39로 제시된 작동체 서열과 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하는, 또는 이로 구성된 핵산.
  31. 청구항 26에 있어서, 이때 최소한 2개의 상기 핵산은 다음으로 구성된 군에서 선택되는, 방법:
    서열 식별 번호: 57 (shmiR3)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 64 (shmiR13)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산;
    서열 식별 번호: 65 (shmiR14)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    서열 식별 번호: 68 (shmiR17)에서 제시된 DNA 서열을 포함하는 또는 이로 구성된 핵산.
  32. 청구항 1 내지 31중 임의의 한 항에 있어서, 이때 전술한 ddRNAi 구조체는 다음을 포함하는, 방법:
    (a) 서열 식별 번호: 31로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 30으로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR13)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    (b) 서열 식별 번호: 39로 제시된 DNA 서열 작동체 서열 및 서열 식별 번호: 38로 제시된 작동체 보체 서열을 포함하는 shmiR (shmiR17)을 인코드하는 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산.
  33. 청구항 32에 있어서, 이때 전술한 ddRNAi 구조체는 다음을 포함하는 방법:
    (a) 서열 식별 번호: 64 (shmiR13)로 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
    (b) 서열 식별 번호: 68 (shmiR17)로 제시된 DNA 서열을 포함하거나, 또는 이로 구성된 핵산; 그리고
  34. 청구항 1 내지 33중 임의의 한 항에 있어서, 이때 이 조성물는 하나 또는 그 이상의 약제학적으로 허용가능한 담체를 더 포함하는, 방법.
  35. 청구항 1 내지 34중 임의의 한 항에 있어서, 이때 상기 인두근은 하방 수축근 근육, 중간 수측근 근육, 상위 수축근 근육, 입천장-인두근 근육, 귀관-인두근 근육, 경돌-인두근 근육중 하나 또는 그 이상, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
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