KR20200132902A - Egfr 활성화 돌연변이를 갖는 암의 치료 방법 - Google Patents

Egfr 활성화 돌연변이를 갖는 암의 치료 방법 Download PDF

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존 브이. 헤이막
모니크 닐슨
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Abstract

본 명세서는 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 환자에서 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 투여에 의해 암을 치료하는 방법을 제공한다.

Description

EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 암의 치료 방법
본 출원은 2018년 3월 13일자로 출원된 미국 가출원 제 62/642,472호의 이익을 주장하며, 그 전부는 본원에 참고로 인용된다.
본 발명은 국립 보건원에 의해 부여된 번호 CA190628에 따른 정부의 지원으로 이루어진 것이다. 정부는 본 발명에 대해 특정 권리를 갖는다.
1. 분야
본 발명은 일반적으로 암 생물학 및 의학 분야에 관한 것이다. 특히, 이는 활성화 EGFR 돌연변이를 갖는 암을 치료하는 방법에 관한 것이다.
2. 관련 기술 설명
EGFR 돌연변이 NSCLC 환자는 초기에는 EGFR 표적 요법에 반응하지만, 내성 질환이 필연적으로 발생한다. 내성 사례의 거의 절반에서, 종양은 T790M과 같은 2차 EGFR 돌연변이가 없고 2세대 및 3세대 EGFR 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 불응성이다. T790M-음성 내성과 같은 TKI에 내성을 갖는 암에 대한 효능이 있는 치료 요법을 찾는 것이 주요 임상 과제로 남아있다.
일부 실시양태에서, 본 명세서는 유효량의 사이클린 의존성 키나아제 (CDK) 저해제 (inhibitor) 및/또는 방추 조립 체크포인트 (spindle assembly checkpoint, SAC) 성분 저해제를 대상체에 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 대상체는 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는, 대상체에서 암을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 양태에서, 대상체는 2, 3, 또는 4개의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된다. 특정 양태에서, 대상체는 인간이다.
일부 양태에서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입으로 이루어지는 군에서 선택된다. 특정 양태에서, 엑손 19 결실은 E746-A750 결실, L747-E749 결실, 또는 A750P와 같은, L747 및 L749 사이의 인-프레임 결실이다. 특정 양태에서, 엑손 20 삽입은 N771Del Ins FH이다. 일부 양태에서, EGFR 돌연변이는 G7하나9S, G719A, S768I, E709A, R776H, 또는 L861Q이다.
특정 양태에서, 대상체는 대상체로부터의 게놈 샘플을 분석함으로써 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된다. 일부 양태에서, 게놈 샘플은 타액, 혈액, 소변, 정상 조직, 또는 종양 조직으로부터 단리된다. 일부 양태에서, EGFR 활성화 돌연변이의 존재는 핵산 시퀀싱 (sequencing) 또는 PCR 분석에 의해 결정된다.
일부 양태에서, CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK9 저해제로 추가로 정의된다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌, 또는 RO-3306이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413이다. 일부 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 CDK4 저해제 및/또는 CDK6 저해제가 아니다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 팔로시클립 (PD0332991), 아베마시클립 (LY2835219), 또는 리보시클롭이 아니다.
특정 양태에서, SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈 (survivin), 및/또는 KSP 저해제로 추가로 정의된다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214이다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 볼라서팁 또는 ON-01910이다. 다른 양태에서, SAC 저해제는 PLK1 저해제가 아니다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제이다. 특정 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트이다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG-900 또는 앨리서팁이다. 일부 양태에서, KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921이다. 일부 양태에서, 설비빈 저해제는 YM155이다.
일부 양태에서, 치료는 G2/M 단계의 세포의 축적, 확대된 핵 크기, 및/또는 배수성을 야기한다.
특정 양태에서, 암은 하나 이상의 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 대해 내성을 갖는다. 일부 양태에서, 하나 이상의 TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 포지오티닙, 다코미티닙, 및 CO-1686으로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 양태에서, 암은 광범위한 약제 내성을 획득하였다. 일부 양태에서, 암은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및/또는 젬시타빈에 대해 내성을 갖는다. 특정 양태에서, 암은 포지오티닙 및/또는 다른 TKI에 대해 후천적 돌연변이를 가진다. 일부 양태에서, 포지오티닙에 대한 후천적 돌연변이는 EGFR 엑손 20 삽입을 포함한다. 일부 양태에서, 암은 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪는다. 일부 양태에서, EMT는 감소된 E-카드헤린 발현, 비멘틴 및/또는 Axl의 증가된 발현, 및/또는 증가된 침윤 표현형으로 설명된다.
추가적인 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 포함하는 것으로 추가로 결정된다. 일부 양태에서, 제2 돌연변이는 T790M 내성 돌연변이이다. 다른 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다. 일부 양태에서, 대상체는 T790M 내성 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다.
추가 양태에서, 방법은 적어도 하나의 추가적인 항암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 화학요법, 방사선요법, 유전자 요법, 수술, 호르몬 요법, 항신생혈관형성 요법 또는 면역요법이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법이다. 특정 양태에서, TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 또는 CO-1686이다. 특정 양태에서, 화학요법은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 또는 젬시타빈이다.
일부 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 정맥내, 피하, 골내, 경구, 경피, 지속 방출, 제어 방출, 지연 방출, 좌약으로, 또는 설하 투여된다. 일부 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법의 투여는 국소, 부위 또는 전신 투여를 포함한다. 특정 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 2회 이상 투여된다.
일부 양태에서, 암은 구강암, 구강인두암, 비인두암, 호흡기 암, 비뇨생식기 암, 소화기 암, 중추 또는 말초신경계 조직 암, 내분비 또는 신경내분비 암 또는 조혈암, 신경교종, 육종, 암종, 림프종, 흑색종, 섬유종, 수막종, 뇌암, 구강인두암, 비인두암, 신장암, 담관암, 갈색세포종, 췌장 도세포 (islet cell) 암, 리-프라우메니 종양 (Li-Fraumeni tumor), 갑상선암, 부갑상선암, 뇌하수체 종양, 부신 선 종양, 골원성 육종 종양, 다발성 신경내분비성 I형 및 II형 종양, 유방암, 폐암, 두경부암, 전립선암, 식도암, 기관암, 간암, 방광암, 위암, 췌장암, 난소암, 자궁암, 자궁경부암, 고환암, 결장암, 직장암 또는 피부암이다. 특정 양태에서, 암은 비소세포 폐암이다.
다른 실시양태에서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상체에서 사용하기 위한, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제를 포함하는 약학 조성물이 제공된다.
일부 양태에서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입으로 이루어지는 군에서 선택된다. 특정 양태에서, 엑손 19 결실은 L747 및 L749 사이의 인-프레임 결실이다. 특정 양태에서, 엑손 20 삽입은 N771Del Ins FH이다.
특정 양태에서, 대상체는 환자로부터의 게놈 샘플을 분석함으로써 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되었다. 일부 양태에서, 게놈 샘플은 타액, 혈액, 소변, 정상 조직, 또는 종양 조직으로부터 단리된다. 일부 양태에서, EGFR 활성화 돌연변이의 존재는 핵산 시퀀싱 또는 PCR 분석에 의해 결정된다.
일부 양태에서, CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK 9 저해제로 추가로 정의된다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌, 또는 RO-3306이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413이다. 일부 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 CDK4 저해제 및/또는 CDK6 저해제가 아니다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 팔로시클립 (PD0332991), 아베마시클립 (LY2835219), 또는 리보시클롭이 아니다.
특정 양태에서, SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈, 및/또는 KSP 저해제로 추가로 정의된다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214이다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 볼라서팁 또는 ON-01910이다. 다른 양태에서, SAC 저해제는 PLK1 저해제가 아니다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제이다. 특정 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트이다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG-900 또는 앨리서팁이다. 일부 양태에서, KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921이다. 일부 양태에서, 설비빈 저해제는 YM155이다.
특정 양태에서, 암은 하나 이상의 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 내성을 갖는다. 일부 양태에서, 하나 이상의 TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 포지오티닙, 다코미티닙, 및 CO-1686으로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 양태에서, 암은 광범위한 약제 내성을 획득하였다. 일부 양태에서, 암은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및/또는 젬시타빈에 대해 내성을 갖는다. 특정 양태에서, 암은 포지오티닙 및 다른 TKI에 대한 후천적 돌연변이를 가진다. 일부 양태에서, 포지오티닙에 대한 후천적 돌연변이는 EGFR 엑손 20 삽입을 포함한다. 일부 양태에서, 암은 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪는다. 일부 양태에서, EMT는 감소된 E-카드헤린 발현, 비멘틴 및/또는 Axl의 증가된 발현, 및/또는 증가된 침윤 표현형으로 설명된다.
추가적인 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 포함하는 것으로 추가로 결정된다. 일부 양태에서, 제2 돌연변이는 T790M 내성 돌연변이, C797S 내성 돌연변이 또는 L792H 내성 돌연변이이다. 다른 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다. 일부 양태에서, 대상체는 T790M 내성 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다.
추가 양태에서, 조성물은 적어도 하나의 추가적인 항암 요법을 추가로 포함한다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 화학요법, 방사선요법, 유전자 요법, 수술, 호르몬 요법, 항신생혈관형성 요법 또는 면역요법이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법이다. 특정 양태에서, TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 또는 CO-1686이다. 특정 양태에서, 화학요법은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 또는 젬시타빈이다.
일부 양태에서, 암은 구강암, 구강인두암, 비인두암, 호흡기 암, 비뇨생식기 암, 소화기 암, 중추 또는 말초신경계 조직 암, 내분비 또는 신경내분비 암 또는 조혈암, 신경교종, 육종, 암종, 림프종, 흑색종, 섬유종, 수막종, 뇌암, 구강인두암, 비인두암, 신장암, 담관암, 갈색세포종, 췌장 도세포 암, 리-프라우메니 종양, 갑상선암, 부갑상선암, 뇌하수체 종양, 부신 선 종양, 골원성 육종 종양, 다발성 신경내분비성 I형 및 II형 종양, 유방암, 폐암, 두경부암, 전립선암, 식도암, 기관암, 간암, 방광암, 위암, 췌장암, 난소암, 자궁암, 자궁경부암, 고환암, 결장암, 직장암 또는 피부암이다. 특정 양태에서, 암은 비소세포 폐암이다.
다른 실시양태에서, 암을 가지는 대상체에서 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 제2 항암 요법과의 병용에 대한 반응을 예측하는 방법으로, 상기 환자로부터 얻은 게놈 샘플에서 EGFR 활성화 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하며, 여기서 샘플이 EGFR 활성화 돌연변이의 존재에 대해 양성인 경우, 환자는 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 항암 요법과의 병용에 대해 호의적인 반응을 보일 것으로 예측되는 방법을 제공한다.
일부 양태에서, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 항암 요법과의 병용에 대한 호의적인 반응은, 종양 크기 또는 부담의 감소, 종양 성장의 차단, 종양-관련 통증의 감소, 암 관련 병리의 감소, 암 관련 증상의 감소, 암 비-진행, 증가된 무병 기간, 진행까지의 증가된 시간, 관해 유도, 전이의 감소, 또는 증가된 환자 생존을 포함한다.
일부 양태에서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입으로 이루어지는 군에서 선택된다. 특정 양태에서, 엑손 19 결실은 L747 및 L749 사이의 인-프레임 결실이다. 특정 양태에서, 엑손 20 삽입은 N77하나Del Ins FH이다.
특정 양태에서, 대상체는 환자로부터의 게놈 샘플을 분석함으로써 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되었다. 일부 양태에서, 게놈 샘플은 타액, 혈액, 소변, 정상 조직, 또는 종양 조직으로부터 분리된다. 일부 양태에서, EGFR 활성화 돌연변이의 존재는 핵산 시퀀싱 또는 PCR 분석에 의해 결정된다.
일부 양태에서, CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK 9 저해제로 추가로 정의된다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌, 또는 RO-3306이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413이다. 일부 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥이다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 CDK4 저해제 및/또는 CDK6 저해제가 아니다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 팔로시클립 (PD0332991), 아베마시클립 (LY2835219), 또는 리보시클롭이 아니다.
특정 양태에서, SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈, 및/또는 KSP 저해제로 추가로 정의된다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214이다. 일부 양태에서, PLK1 저해제는 볼라서팁 또는 ON-01910이다. 다른 양태에서, SAC 저해제는 PLK1 저해제가 아니다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제이다. 특정 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트이다. 일부 양태에서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG-900 또는 앨리서팁이다. 일부 양태에서, KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921이다. 일부 양태에서, 설비빈 저해제는 YM155이다.
특정 양태에서, 암은 하나 이상의 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 내성을 갖는다. 일부 양태에서, 하나 이상의 TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 포지오티닙, 다코미티닙, 및 CO-1686으로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 양태에서, 암은 광범위한 약제 내성을 획득하였다. 일부 양태에서, 암은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및/또는 젬시타빈에 내성을 갖는다. 특정 양태에서, 암은 포지오티닙 및 다른 TKI에 대한 후천적 돌연변이를 가진다. 일부 양태에서, 포지오티닙에 대한 후천적 돌연변이는 EGFR 엑손 20 삽입을 포함한다. 일부 양태에서, 암은 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪는다. 일부 양태에서, EMT는 감소된 E-카드헤린 발현, 비멘틴 및/또는 Axl의 증가된 발현, 및/또는 증가된 침윤 표현형으로 설명된다.
추가적인 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 포함하는 것으로 추가로 결정된다. 일부 양태에서, 제2 돌연변이는 T790M 내성 돌연변이이다. 다른 양태에서, 대상체는 제2 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다. 일부 양태에서, 대상체는 T790M 내성 돌연변이를 갖지 않는 것으로 결정된다.
추가적인 양태에서, 방법은 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 병용한 제2 항암 요법을, 호의적인 반응을 보일 것으로 예측되는 상기 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 화학요법, 방사선요법, 유전자 요법, 수술, 호르몬 요법, 항신생혈관형성 요법 또는 면역요법이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법이다. 특정 양태에서, TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 또는 CO-1686이다. 특정 양태에서, 화학요법은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 또는 젬시타빈이다.
일부 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 정맥내, 피하, 골내, 경구, 경피, 지속 방출, 제어 방출, 지연 방출, 좌약으로, 또는 설하 투여된다. 일부 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법을 투여하는 것은 국소, 부위 또는 전신 투여를 포함한다. 특정 양태에서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 2회 이상 투여된다.
일부 양태에서, 암은 구강암, 구강인두암, 비인두암, 호흡기 암, 비뇨생식기 암, 소화기 암, 중추 또는 말초신경계 조직 암, 내분비 또는 신경내분비 암 또는 조혈암, 신경교종, 육종, 암종, 림프종, 흑색종, 섬유종, 수막종, 뇌암, 구강인두암, 비인두암, 신장암, 담관암, 갈색세포종, 췌장 도세포 암, 리-프라우메니 종양, 갑상선암, 부갑상선암, 뇌하수체 종양, 부신 선 종양, 골원성 육종 종양, 다발성 신경내분비성 I형 및 II형 종양, 유방암, 폐암, 두경부암, 전립선암, 식도암, 기관암, 간암, 방광암, 위암, 췌장암, 난소암, 자궁암, 자궁경부암, 고환암, 결장암, 직장암 또는 피부암이다. 특정 양태에서, 암은 비소세포 폐암이다.
본 발명의 기타 목적, 특징 및 장점은 다음의 상세한 설명으로부터 명백해질 것이다. 그러나, 본 발명의 사상 및 범위 내의 다양한 변경 및 수정은 본 상세한 설명으로부터 당업자에게 명백해질 것이므로, 상세한 설명 및 구체적인 실시예는 본 발명의 바람직한 실시양태를 나타내지만 단지 예시로만 제공됨을 이해하여야 한다.
다음의 도면은 본 명세서의 일부를 형성하며 본 발명의 특정 양태를 추가적으로 설명하고자 포함된다. 본 발명은 본 명세서에 제시된 특정 실시양태의 상세한 설명과 조합하여 1개 이상의 이러한 도면을 참조함으로써 보다 잘 이해될 수 있다.
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도 1: HCC827 및 HCC4006 ER 세포는 T790M 2차 EGFR 돌연변이에 대해 음성이었다. HCC827 ER 세포는 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, C0-1686, 및 오시머티닙을 포함하는 다수의 EGFR 저해제에 내성이 있었다.
도 2A-2D: (A) HCC827 엘로티닙 내성 (ER) 및 HCC4006 ER 변이체는 E-카드헤린의 손실 및 비멘틴 및 Axl의 증가된 발현으로 결정되는 것과 같이 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪었다. (B) HCC827 ER 및 HCC4006 ER 세포는 보이든 챔버 어세이에서 결정되는 것과 같이 유의하게 증가된 침윤 능력을 보인다. (C) RPPA 단백질체 분석은 모 NSCLC 세포주와 비교할 때 ER 세포 내 EMT-관련 단백질 및 신호 전달 경로에서의 변형을 보여주었다. (D) RPPA 단백질체 프로파일링은 동일한 모 세포주로부터 유래된 ER 클론 간의 이질성을 보여준다.
도 3A-3C: 1,321개의 화합물의 효능을 테스트하기 위한 고속 대량 약물 스크리닝을 수행하였다. EMT를 겪은 EGFR TKI 내성 세포는 화학요법제 (A), 세린/트레오닌 키나아제 저해제 (B) 및 티로신 키나아제 저해제 (C)에 대한 광범위한 약제 내성을 획득하였다.
도 4A-4H: (A-B) 고속 대량 약물 스크리닝 분석은 EGFR TKI 내성 세포가 사이클린 의존성 키나아제 (CDK), 오로라 키나아제, 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1), Bcl, KSP 및 설비빈를 표적하는 제제에 대한 지속적인 민감성을 나타냄을 밝혔다. (C) 웨스턴 블롯팅에 의해 결정된 EGFR TKI 내성 세포에서의 PLK1, 오로라-A, 설비빈 및 KSP의 단백질 발현. (D) EGFR TKI 내성 세포가 증가하는 농도의 오로라 키나아제 (앨리서팁, AMG900), PLK1 (볼라서팁), 또는 KSP (이스피네십)의 저해제로 2주 동안 처리되었고 생존능을 클론생성 어세이에 의해 평가되었다. (E-H) 클론생성 어세이의 정량화는 오로라 키나아제, PLK1, 및 KSP를 표적하는 저해제 처리 시 종양 세포 생존이 유의하게 저해됨을 보여준다.
도 5A-5D: (A) PI 염색 및 유세포 분석에 의해 결정되는 것과 같이 EGFR TKI 내성 세포를 CDK 저해제 디나시클립 또는 알보시딥으로 처리하는 것은 서브-G1 세포의 백분율을 유의하게 증가시킨다. (B) PLK1, KSP, 또는 오로라 키나아제의 저해는 G2/M 정지, 증가된 서브-G1 군집, 및 다배체 세포의 증가된 백분율을 야기한다. (C-D) CDK, PLK1, KSP, 또는 오로라 키나아제의 저해로 핵 크기가 향상된다.
도 6A-6D: 환자-유래 NSCLC 세포주 MDA-011은 EGFRL858R (A) 및 중간엽 표현형을 나타내는 마커를 발현하며 (B), 엘로티닙 및 오시머티닙에 내성이 있다 (C). (D) MDA-11 세포는 CDK 저해제 (디나시클립, 알보시딥), PLK1 저해제 (볼라서팁, ON-01910), KSP 저해제 (이스피네십, SB743921) 및 오로라 A 저해제 (AMG900, 앨리서팁)에 민감하다.
도 7: EGFR 돌연변이 Hl975 세포는 EGFR 저해제 오시머티닙에 매우 민감하다. H.1975 세포는 내성 세포가 나타낼 때까지 오시머티닙에서 연속적으로 배양되었다 (H1975 OR5 및 H1975 OR16). 모세포 H1975 및 Hl975 OR5 및 Hl975 OR16 (오시머티닙 내성) 세포 모두 PLK1 (볼라서팁), KSP (이스피네십) 및 오로라 키나아제 (AMG900 및 앨리서팁)를 표적하는 약물을 포함하는 SAC 저해제에 민감하였다.
도 8: EGFR 엑손 20 삽입 돌연변이를 갖는 YUL0019 세포는 EGFR 저해제 포지오티닙에 매우 민감하다. YUL0019 세포는 내성 세포가 나타낼 때까지 포지오티닙에서 연속적으로 배양되었다 (YUL0019 PR8). 모세포 YUL0019 및 YUL0019 PR8 (포지오티닙 내성) 세포 모두 PLKl (볼라서팁), KSP (이스피네십) 및 오로라 키나아제 (AMG900 및 앨리서팁)를 표적하는 약물을 포함하는 SAC 저해제에 민감하였다.
TKI-내성 암에 대한 치료 요법에 대해 충족되지 않은 요구를 해결하기 위해, EGFR TKI, 엘로티닙에 후천적 내성을 갖는 NSCLC 세포주 패널이 본 연구에서 도출되었다. EGFR TKI 내성 변이체의 서브세트는 2차 EGFR 돌연변이에 대해 음성이었고, 오스머티닙, 아파티닙, 및 다코미티닙을 포함하는 2세대 및 3세대 EGFR TKI에 내성이 있었으며, 보이든 챔버 어세이에 의해 결정된 것과 같이 E-카드헤린의 손실, N-카드헤린 및 Axl의 향상된 발현 및 증가된 침윤 표현형에 의해 증명되는 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪었다. 단백질체 프로파일링은, EGFR TKI 내성 세포가 유사한 중간엽 및 침윤 표현형을 나타냄에도 불구하고, 동일한 모 세포주로부터 유래한 내성 변이체 간에 단백질 발현 및 경로 활성화에 유의한 이질성이 있음을 밝혔다.
EMT-관련 EGFR TKI 내성에 대해 활성을 가지는 치료제를 찾기 위하여, 고속-대량 약물 스크리닝이 수행되어 1,321개 화합물의 효능을 테스트하였다. EMT-관련 EGFR TKI 내성은 광범위한 약제 내성의 획득을 수반하였다. 모세포와 비교할 때, 중간엽 EGFR TKI 내성 세포는 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및 젬시타빈을 포함하는, NSCLC 치료에 사용되는 화학요법제에 유의하게 더 내성이 있었다. EGFR TKI 내성 세포는 147개의 다른 티로신 키나아제 및 세린/트레오닌 키나아제 저해제에 후천적 내성을 보였다. 대조적으로, 모세포 및 중간엽 EGFR TKI 내성 변이체 모두 CDK 저해제 및 PLK1, 오로라, KSP, 및 설비빈을 포함한 방추 조립 체크포인트 (SAC) 성분을 표적하는 제제에 매우 민감했다. 이러한 결과는 MTS 및 클론생성 어세이에 의해 검증되었다. SAC 저해제의 처리는 G2/M 단계의 세포의 축적, 확대된 핵 크기, 및 배수성을 유도하였다.
이러한 발견을 임상적으로 검증하기 위하여, 엘로티닙에 T790M-음성 내성인 EGFR 돌연변이 NSCLC 환자의 흉수로부터 세포주 (MDA-011)가 확립되었다. 시험관내에서, MDA-011 세포는 엘로티닙 및 오시머티닙에 내성이 있었다. MDA-011 세포는 MTS 및 클론생성 어세이에 의해 결정된 것과 같이 CDK 저해제 및 SAC 저해제에 매우 민감하였다. 이들 데이터는 EGFR TKI에 대한 EMT-관련 내성이 광범위한 약제 내성과 연관되나 CDK 및 SAC 저해에 대한 취약성을 NSCLC 환자에서 내성 질환을 극복하기 위해 잠재적으로 이용할 수 있음을 나타내었다.
따라서, 특정 실시양태에서, 본 명세서는 NSCLC와 같이 활성화 EGFR 돌연변이를 갖는 암을 CDK의 저해제 및/또는 SAC 성분의 저해제를 이용하여 치료하는 방법을 제공한다. EGFR 돌연변이 NSCLC 세포는 EGFR TKI에 대해 내성을 획득했거나 획득하지 않았을 수 있다. 예시적인 CDK 저해제는 디나시클립 및 알보시딥을 포함하며, 방추 조립 체크포인트 (SAC) 성분을 표적하는 예시적인 제제는 PLK1 (볼라서팁), 오로라 A (AMG-900 및 앨리서팁), 및 KSP (이스피네십)를 포함한다. 일부 양태에서, NSCLC와 같은 암 세포는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입과 같은 EGFR 활성화 돌연변이를 발현한다. 암 세포는 T790M 돌연변이 및/또는 상피 중간엽 이행으로 인한 것과 같은, EGFR TKI에 대한 내성 및/또는 광범위한 약제 내성을 획득하였을 수 있다.
I. 정의
“EGFR 활성화 돌연변이”는 본 명세서에서 폐암과 같은 암의 진행으로 이어질 수 있는 체세포 돌연변이(들)로 지칭되며, EGFR의 엑손 18-21에서 발견된다. 예시적인 EGFR 활성화 돌연변이는 단일-뉴클레오티드 치환, 예를 들어 L858R, V765A, T783, 또는 G719가 세린, 알라닌, 또는 시스테인으로 치환되는 것, 엑손 19 결실(들) (예를 들어, L747과 L749 사이 엑손 19의 인-프레임 결실), 및 엑손 20 삽입(들) 및/또는 중복(들) (예를 들어, D770_N771 (ins NPG), D770_(ins SVQ) 및 D770_(ins G) N771T)를 포함한다. 다른 “내성 돌연변이”는 T790M과 같이 획득될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 것과 같이, 단수형 (“a” 또는 “an”)은 1 이상을 의미할 수 있다. 청구항(들)에서 사용된 것과 같이, 단어 “포함하는”과 함께 사용될 때, 단어들 (“a” 또는 “an”)은 하나 또는 그 이상을 의미할 수 있다.
청구항 내 용어 “또는”의 사용은, 본 명세서가 대안만을 그리고 “및/또는”만을 지칭하는 정의를 뒷받침하더라도, 대안만을 지칭하도록 명시적으로 지시하지 않는 한, 또는 대안들이 상호 배타적이지 않는 한, “및/또는”을 의미하도록 사용된다. 본 명세서에서 사용되는 것과 같이 “또 다른”은 적어도 제2의 또는 그 이상을 의미할 수 있다. 용어 “약”, “실질적으로” 및 “대략”은 일반적으로 언급된 값에 5%를 더하거나 뺀 것을 의미한다.
“치료” 또는 “치료하는”은 (1) 질병의 병리 또는 증상을 경험하거나 나타내는 대상체 또는 환자에서 질병을 억제하는 것 (예를 들어, 병리 및/또는 증상의 추가적인 진행을 막음), (2) 질병의 병리 또는 증상을 겪거나 나타내는 대상체 또는 환자에서 질병을 개선하는 것 (예를 들어, 병리 및/또는 증상을 역전함), 및/또는 (3) 질병의 병리 또는 증상을 겪거나 나타내는 대상체 또는 환자에서 질병의 임의의 측정가능한 감소를 가져오는 것을 포함한다.
“예방” 또는 “예방하는”은 (1) 질병의 위험이 있을 수 있고/있거나 질병에 걸리기 쉬우나 아직 질병의 임의의 또는 모든 병리 또는 증상을 경험하거나 나타내지 않은 대상체 또는 환자에서 질병의 개시를 억제하고/하거나, (2) 질병의 위험이 있을 수 있고/있거나 질병에 걸리기 쉬우나 아직 질병의 임의의 또는 모든 병리 또는 증상을 경험하거나 나타내지 않은 대상체 또는 환자에서 질병의 병리 또는 증상의 개시를 늦추는 것을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 것과 같이, 용어 “환자” 또는 “대상체”는 살아있는 인간, 원숭이, 소, 양, 염소, 개, 고양이, 마우스, 랫트, 기니 피그, 또는 그의 유전자이식 종과 같은 포유류 유기체를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 환자 또는 대상체는 영장류이다. 인간 환자의 비-제한적인 예는 성인, 청소년, 유아 및 태아이다.
용어 “유효한”은 명세서 및/또는 청구범위에서 사용될 때, 원하는, 예상되는, 또는 의도된 결과를 달성하기에 적절한 것을 의미한다. “유효량”, “치료적 유효량” 또는 “약학적으로 유효한 양”은 환자 또는 대상체를 화합물로 치료하는 맥락에서 사용될 때, 질병의 치료 또는 예방을 위해 대상체 또는 환자에 투여될 때 질병의 이러한 치료 또는 예방에 영향을 미치기에 충분한 화합물의 양을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 것과 같이, 용어 “IC50”은 얻은 최대 반응의 50%인 억제 용량을 지칭한다. 이 정량적인 기준은 얼마나 많은 특정 약물 또는 기타 물질 (저해제)이, 주어진 생물학적, 생화학적 또는 화학적 공정 (또는 공정의 성분, 즉, 효소, 세포, 세포 수용체 또는 미생물)을 절반으로 저해하는데 필요한지를 나타낸다.
"항암" 제제는 예를 들어, 암 세포의 사멸을 촉진하고, 암 세포에서 아폽토시스를 유도하고, 암 세포의 성장률을 감소시키고, 전이의 발생 정도 또는 수를 감소시키고, 종양 크기를 감소시키고, 종양 성장을 저해하고, 종양 또는 암 세포로의 혈액 공급을 감소시키고, 암 세포 또는 종양에 대한 면역 반응을 촉진하고, 암의 진행을 예방 또는 억제하고, 또는 암을 가진 대상체의 수명을 증가시킴으로써 대상체 내 암 세포/종양에 부정적으로 영향을 미칠 수 있다.
용어 “삽입(들)” 또는 “삽입 돌연변이(들)”은 DNA 서열 내로의 1 이상 뉴클레오티드 염기쌍의 첨가를 지칭한다. 예를 들어, EGFR의 엑손 20의 삽입 돌연변이는 약 2-21개의 염기쌍의 아미노산 767 내지 774 사이에서 발생할 수 있다.
“검출”, “검출할 수 있는” 및 그의 문법적 등가물은 표적 핵산 서열의 존재 및/또는 양 및/또는 정체를 결정하는 방법을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 검출은 표적 핵산 서열을 증폭하여 발생한다. 다른 실시양태에서, 표적 핵산의 시퀀싱은 표적 핵산을 “검출”하는 것으로 특징 지을 수 있다. 프로브에 부착된 표지는 예를 들어, 화학적 또는 물리적 수단에 의해 검출될 수 있는, 당업계에 공지된 임의의 다양한 상이한 표지를 포함할 수 있다. 프로브에 부착될 수 있는 표지는 예를 들어, 형광 및 발광 물질을 포함할 수 있다.
“증폭시키는”, “증폭”, 및 그의 문법적 등가물은 선형적 또는 기하급수적으로 핵산 서열을 증폭하는 광범위한 기술을 제한없이 포함하는, 표적 핵산 서열의 적어도 일부가 주형-의존적 방식으로 재생산되는 임의의 방법을 지칭한다. 증폭 단계를 수행하는 예시적인 수단은 리가아제 연쇄 반응 (LCR), 리가아제 검출 반응 (LDR), 라이게이션에 이은 Q-레플리카제 증폭, PCR, 프라이머 신장, 가닥 치환 증폭 (SDA), 초분지 가닥 치환 증폭, 다중 치환 증폭 (MDA), 핵산 가닥-기반 증폭 (NASBA), 2단계 다중화 증폭, 회전 환 증폭 (RCA), 재조합효소-중합효소 증폭 (RPA) (TwistDx, Cambridg, UK), 및 자체-지속성 서열 복제 (3SR)을 포함하며, 이는 다중 버전 또는 그의 조합, 예를 들어 이에 제한되는 것은 아니나, OLA/PCR, PCR/OLA, LDR/PCR, PCR/PCR/LDR, PCR/LDR, LCR/PCR, PCR/LCR (조합된 연쇄 반응-CCR으로도 알려져 있음) 등을 포함한다. 이러한 기술의 설명은 다른 곳 중에서, 문헌 [Sambrook et al. Molecular Cloning, 3rd Edition]에서 찾을 수 있다.
본 명세서에서 일반적으로 사용되는 “약학적으로 허용가능한”은 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 합리적인 이익/위험 비율에 부합하는 다른 문제 또는 합병증 없이, 타당한 의학적 판단의 범위 내에서, 인간 및 동물의 조직, 기관, 및/또는 체액과 접촉하여 사용하기에 적합한, 화합물, 물질, 조성, 및/또는 투여 형태를 지칭한다.
“약학적으로 허용가능한 염”은 정의된 것과 같은 약학적으로 허용가능하고 원하는 약리학적 활성을 가지는, 본 발명의 화합물의 염을 의미한다. 이러한 염의 비제한적인 예는 염산, 브롬화수소산, 황산, 질산, 및 인산과 같은 무기산; 또는 1,2-에탄디설폰산, 2-하이드록시에탄설폰산, 2-나프탈렌설폰산, 3-페닐프로피온산, 4,4′-메틸렌비스(3-하이드록시-2-엔-1-카르복시산), 4-메틸비시클로[2.2.2]옥트-2-엔-1-카르복시산, 아세트산, 지방족 모노- 및 디카르복시산, 지방족 황산, 방향족 황산, 벤젠설폰산, 벤조산, 캄포설폰산, 탄산, 신남산, 시트르산, 시클로펜탄프로피온산, 에탄설폰산, 푸마르산, 글루코헵톤산, 글루콘산, 글루탐산, 글리콜산, 헵탄산, 헥산산, 하이드록시나프토산, 락트산, 라우릴황산, 말레산, 말산, 말론산, 만델산, 메탄설폰산, 뮤콘산, o-(4-하이드록시벤조일)벤조산, 옥살산, p-클로로벤젠설폰산, 페닐-치환된 알칸산, 프로피온산, p-톨루엔설폰산, 피루브산, 살리실산, 스테아산, 숙신산, 타르타르산, 3차 부틸아세트산, 및 트리메틸아세트산과 같은 유기산으로 형성된 산 부가 염을 포함한다. 약학적으로 허용가능한 염은 존재하는 산성 양성자가 무기 또는 유기 염기와 반응할 수 있을 때 형성될 수 있는 염기 부가 염을 또한 포함한다. 허용 가능한 무기 염기는 수산화나트륨, 탄산나트륨, 수산화칼륨, 수산화알루미늄 및 수산화칼슘을 포함한다. 허용가능한 유기 염기의 비제한적인 예로는 에탄올아민, 디에탄올아민, 트리에탄올아민, 트로메타민, 및 N-메틸글루카민이 포함된다. 본 발명의 임의의 염의 일부를 형성하는 특정 음이온 또는 양이온은, 염이 전체로서 약학적으로 허용가능한 한, 중요하지 않은 것으로 인식되어야 한다. 약학적으로 허용가능한 염 및 그의 제조 방법 및 용도의 추가적인 예는 문헌 [Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, and Use (P. H. Stahl & C. G. Wermuth eds., Verlag Helvetica Chimica Acta, 2002)]에 제시된다.
II. EGFR 활성화 돌연변이
본 명세서의 특정 실시양태는 대상체가 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이, 예를 들어 L858R, 엑손 19 결실(들), 또는 엑손 20 돌연변이(들), 예를 들어 삽입 돌연변이, 특히 하나 이상의 삽입 돌연변이를 가지고 있는지 결정하는 것에 대한 것이다. 대상체는 2, 3, 4, 또는 그 이상의 활성화 EGFR 돌연변이를 가질 수 있다. FISH 및 CGH 뿐만 아니라 PCR 분석 및 핵산 시퀀싱을 포함하는 돌연변이 검출 방법이 공지되어 있다. 특정 양태에서, 엑손 20 돌연변이는 DNA 시퀀싱에 의해, 예를 들어 혈장으로부터의 순환 유리 DNA로부터 또는 종양으로부터 검출된다.
EGFR 엑손 19 돌연변이(들)는 747 내지 749 사이의 엑손 19의 아미노산 인-프레임 결실 사이의 3-18 뉴클레오티드의 하나 이상의 점 돌연변이, 삽입, 및/또는 결실을 포함할 수 있다.
EGFR 엑손 20 돌연변이(들)는 아미노산 763-778 사이의 3-18 뉴클레오티드의 하나 이상의 점 돌연변이, 삽입, 및/또는 결실을 포함할 수 있다. 하나 이상의 EGFR 엑손 20 돌연변이는 A763, A767, S768, V769, D770, N771, P772, 및 H773으로 이루어지는 군에서 선택되는 하나 이상의 잔기에 위치될 수 있다.
EGFR 엑손 20 삽입은 H773_V774insH, A767_v769ASV, N771_P772insH, D770_N771insG, H779_V774insH, N771delinsHH, S768_D770dupDVD, A767_V769dupASV, A767_V769dupASV, P772_H773dup, N771_H773dupNPH, S768_D770dupSVD, N771delinsGY, S768_D770delinsSVD, D770_D770delinsGY, A767_V769dupASV, 및/또는 H773dup를 포함할 수 있다. 특정 양태에서, 엑손 20 돌연변이는 A763insFQEA, A767insASV, S768dupSVD, V769insASV, D770insSVD, D770insNPG, H773insNPH, N771del insGY, N771del insFH 및/또는 N771dupNPH이다.
환자 샘플은 대상체에서 폐암으로부터의 핵산을 포함하는 임의의 신체 조직 또는 체액일 수 있다. 특정 실시양태에서, 샘플은 순환 종양 세포 또는 세포 유리 DNA를 포함하는 혈액 샘플일 것이다. 다른 실시양태에서, 샘플은 폐 조직과 같은 조직일 수 있다. 폐 조직은 종양 조직에서 유래할 수 있고 신선 냉동 또는 포르말린-고정, 파라핀-포매 (FFPE)일 수 있다. 특정 실시양태에서, 폐 종양 FFPE 샘플이 얻어진다.
본 명세서에서 기술되는 방법에서 사용하기에 적합한 샘플은 유전 물질, 예를 들어, 게놈 DNA (gDNA)를 포함한다. 게놈 DNA는 혈액 또는 구강 내벽의 점막 스크래핑과 같은 생물학적 샘플로부터 일반적으로 추출되나 소변, 종양, 또는 거담제를 포함하는 다른 생물학적 샘플로부터 추출될 수 있다. 샘플 그 자체는 유핵 세포 (예를 들어, 혈액 또는 구강 세포) 또는 일반 또는 종양 조직을 포함하여 대상체로부터 제거된 조직을 일반적으로 포함할 것이다. 샘플을 수득, 가공, 분석하기 위한 방법 및 시료는 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, 샘플은 예를 들어, 혈액 채취를 위해 의료인의 도움으로 얻어진다. 일부 실시양태에서, 구강 면봉 또는 브러쉬을 이용하여 얻어지는 구강 세포를 포함하는 샘플, 또는 구강세척제 샘플과 같이, 예를 들어, 샘플이 비침습적으로 얻어지는 경우, 샘플은 의료인의 도움없이 얻어진다.
경우에 따라, 생물학적 샘플은 DNA 단리를 위해 가공될 수 있다. 예를 들어, 세포 또는 조직 샘플 내 DNA는 샘플의 다른 성분으로부터 분리될 수 있다. 세포는 당업계에 공지된 표준 기술을 이용하여 생물학적 샘플로부터 수집될 수 있다. 예를 들어, 세포는 세포 샘플의 원심분리 및 펠릿화된 세포의 재현탁에 의해 수집될 수 있다. 세포는 인산-완충 식염수 (PBS)와 같은 완충 용액에 재현탁될 수 있다. 세포 현탁액을 원심분리하여 세포 펠릿을 얻은 후, 세포는 DNA, 예를 들어, gDNA를 추출하기 위해 용해될 수 있다. 예를 들어, Ausubel et al. (2003)을 참조한다. 샘플은 DNA 단리를 위해 농축 및/또는 정제될 수 있다. 임의의 종류의 추가 가공 처리된 것을 포함하여, 대상체로부터 얻은 모든 샘플은 대상체에서 얻은 것으로 간주된다. 생물학적 샘플로부터 게놈 DNA 추출을 위해, 예를 들어, 페놀 추출을 포함하는 통상적인 방법이 사용될 수 있다. 또는, 게놈 DNA는 QIAamp® 조직 키트 (Qiagen, Chatsworth, Calif.) 및 Wizard® 게놈 DNA 정제 키트 (Promega)와 같은 키트를 이용하여 추출될 수 있다. 샘플 공급원의 비제한적인 예는 소변, 혈액, 및 조직을 포함한다.
본 명세서에서 기술되는 EGFR 활성화 돌연변이의 존재 또는 부재는 당업계에 공지된 방법을 이용하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 겔 전기영동, 모세관 전기영동, 크기 배제 크로마토그래피, 시퀀싱, 및/또는 어레이는 삽입 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 바람직한 경우, 핵산의 증폭은 당업계에 공지된 방법, 예를 들어, PCR을 이용하여 수행될 수 있다. 일 예로, 샘플 (예를 들어, 게놈 DNA를 포함하는 샘플)이 대상체로부터 얻어진다. 샘플 내 DNA는 이후 본 명세서에서 기술되는 삽입 돌연변이의 정체를 결정하기 위해 검사된다. 삽입 돌연변이는 본 명세서에서 기술된 임의의 방법에 의해, 예를 들어, 서열 분석에 의해 또는 게놈 DNA, RNA, 또는 cDNA 내 유전자를 핵산 프로브, 예를 들어, DNA 프로브 (cDNA 및 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함함) 또는 RNA 프로브에 혼성화하여 검출될 수 있다. 핵산 프로브는 특정 변이체와 특이적으로 또는 우선적으로 혼성화하도록 설계될 수 있다.
프로브 세트는 전형적으로 본 명세서의 실행가능한 처리 권고사항에서 사용되는, 표적 유전자 변이 (예를 들어, EGFR 활성화 돌연변이)를 검출하는데 사용되는 프라이머 세트, 일반적으로 프라이머 쌍, 및/또는 검출가능하게-표지된 프로브를 지칭한다. 프라이머 쌍은 전술된 유전자 각각에 대한 표적 유전자 변이 영역에 걸친 앰플리콘을 정의하기 위하여 증폭 반응에서 사용된다. 앰플리콘 세트는 매치된 프로브 세트에 의해 검출된다. 예시적인 실시양태에서, 본 방법은 EGFR 활성화 돌연변이와 같은 표적 유전자 변이 세트를 검출하는데 사용되는 TaqMan™ (Roche Molecular Systems, Pleasanton, Calif.) 어세이를 사용할 수 있다. 일 실시양태에서, 프로브 세트는 핵산 시퀀싱 반응, 예를 들어 차세대 시퀀싱 반응에 의해 검출되는 앰플리콘을 생성하는데 사용되는 프라이머 세트이다. 이러한 실시양태에서, 예를 들어, AmpliSEQ™ (Life Technologies/Ion Torrent, Carlsbad, Calif.) 또는 TruSEQ™ (Illumina, San Diego, Calif.) 기술이 이용될 수 있다.
핵산 마커의 분석은 서열 분석, 및 전기영동 분석을 제한없이 포함하여 당업계에 공지된 기술을 이용하여 수행될 수 있다. 서열 분석의 비제한적인 예는 맥삼-길버트 (Maxam-Gilbert) 시퀀싱, 생어 (Sanger) 시퀀싱, 모세관 어레이 DNA 시퀀싱, 열순환 시퀀싱 (Sears et al., 1992), 고체상 시퀀싱 (Zimmerman et al., 1992), 매트릭스-보조 레이저 탈착/이온화 비행시간형 질량 분석기와 같은 질량 분석기를 이용한 시퀀싱 (MALDI-TOF/MS; Fu et al., 1998), 및 혼성화에 의한 시퀀싱 (Chee et al., 1996; Drmanac et al., 1993; Drmanac et al., 1998)을 포함한다. 전기영동 분석의 비제한적인 예는 아가로스 또는 폴리아크릴아미드 겔 전기영동과 같은 슬랩 겔 전기영동, 모세관 전기영동, 및 변성 구배 겔 전기영동을 포함한다. 추가적으로, 차세대 시퀀싱 방법은 Life Technologies/Ion Torrent PGM 또는 Proton, Illumina HiSEQ 또는 MiSEQ, 및 Roche/454 차세대 시퀀싱 시스템과 같이 회사로부터 상업적으로 입수 가능한 키트 및 기기를 이용하여 수행될 수 있다.
핵산 분석의 다른 방법은 직접적인 수동식 시퀀싱 (Church and Gilbert, 1988; Sanger et al., 1977; 미국 특허 번호 5,288,644); 자동화 형광 시퀀싱; 단일-가닥 구조 다형성 어세이 (SSCP) (Schafer et al., 1995); 클램핑된 변성 겔 전기영동 (CDGE); 2차원 겔 전기영동 (2DGE 또는 TDGE); 형태 민감성 겔 전기영동 (CSGE); 변성 구배 겔 전기영동 (DGGE) (Sheffield et al., 1989); 변성 고성능 액체 크로마토그래피 (DHPLC, Underhill et al., 1997); 적외선 매트릭스-보조 레이저 탈착/이온화 (IR-MALDI) 질량 분석 (WO 99/57318); 이동성 변화 분석 (Orita et al., 1989); 제한 효소 분석 (Flavell et al., 1978; Geever et al., 1981); 정량적 실시간 PCR (Raca et al., 2004); 헤테로듀플렉스 분석; 화학적 미스매치 절단 (CMC) (Cotton et al., 1985); RNA 가수분해효소 보호 어세이 (Myers et al., 1985); 뉴클레오티드 미스매치를 인식하는 폴리펩티드, 예를 들어, E. coli mutS 단백질의 사용; 대립유전자-특이적 PCR, 및 이러한 방법의 조합을 포함할 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 공개 번호 2004/0014095를 참고하며, 이는 그 전체가 참조로서 본 명세서에 포함된다.
일 예로, 샘플 내 EGFR 활성화 돌연변이를 검정(identify)하는 방법은 상기 샘플로부터의 핵산을, 돌연변이된 EGFR 단백질, 또는 돌연변이를 포함하는 그의 단편을 코딩하는 핵산에 특이적으로 혼성화될 수 있는 핵산 프로브와 접촉시키는 단계, 및 상기 혼성화를 검출하는 단계를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 프로브는 방사성 동위원소 (3H, 32P, 또는 33P), 형광제 (로다민, 또는 플루오레세인) 또는 발색제 같은 것으로 검출가능하도록 표지된다. 특정 실시양태에서, 프로브는 안티센스 올리고머, 예를 들어 PNA, 모르폴리노-포스포르아미데이트, LNA 또는 2′-알콕시알콕시이다. 프로브는 약 8개의 뉴클레오티드 내지 약 100개의 뉴클레오티드, 또는 약 10개 내지 약 75개, 또는 약 15개 내지 약 50개, 또는 약 20개 내지 약 30개일 수 있다. 다른 양태에서, 본 명세서의 상기 프로브는 샘플에서 EGFR 활성화 돌연변이를 검정하는 키트 내에 제공되며, 상기 키트는 EGFR 유전자 내 돌연변이 부위에 특이적으로 혼성화하거나 이에 인접한 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 키트는 키트를 사용한 혼성화 테스트 결과에 기초하여 CDK 저해제 및/또는 SAC 저해제로 EGFR 활성화 돌연변이를 포함하는 종양을 가진 환자를 치료하기 위한 설명서를 추가로 포함할 수 있다.
다른 양태에서, 샘플에서 엑손 20 돌연변이를 검출하는 방법은, 상기 샘플로부터 돌연변이를 포함하는 것으로 의심되는 상기 EGFR 유전자의 엑손 20에 상응하는 핵산, 또는 그의 단편을 증폭하는 단계, 및 증폭된 핵산의 전기영동 이동성을 상응하는 야생형 EGFR 또는 그의 단편의 전기영동 이동성과 비교하는 단계를 포함한다. 이동성 차이는 증폭된 핵산 서열 내의 돌연변이의 존재를 나타낸다. 전기영동 이동성은 폴리아크릴아미드 겔에서 결정될 수 있다.
또는, 핵산은 효소적 돌연변이 검출 (EMD)을 이용한 돌연변이 검출을 위해 분석될 수 있다 (Del Tito et al., 1998). EMD는 박테리오파지 레솔바제 (resolvase) T4 엔도뉴클레아제 VII를 이용하는데, 이는 점 돌연변이, 삽입 및 결실로부터 야기되는 염기 쌍 미스매치에 의해 유발된 구조적 왜곡을 검출하고 절단할 때까지, 이중가닥 DNA를 따라 스캔한다. 예를 들어 겔 전기영동에 의한, 레솔바제 절단에 의해 형성된 2개의 짧은 단편의 검출은 돌연변이의 존재를 나타낸다. EMD 방법의 이점은 PCR 반응으로부터 직접적으로 분석된 점 돌연변이, 결실, 및 삽입을 검정하는 단일 프로토콜로, 샘플 정제의 필요를 없애고, 혼성화 시간을 줄이며, 신호-대-잡음 비를 증가시킨다. 최대 20배 초과의 정상적인 DNA 및 최대 4 kb 크기의 단편을 포함하는 혼합 샘플이 분석될 수 있다. 그러나, EMD 스캐닝은, 필요한 경우 돌연변이의 정체에 대한 추가적인 시퀀싱 절차를 필요로 하는 돌연변이 양성 샘플에서 발생하는 특정 염기 변화를 검정하지 않는다. 미국 특허 번호 5,869,245에서 설명된 것과 같이 CEL I 효소가 레솔바제 T4 엔도뉴클레아제 VII과 유사하게 사용될 수 있다.
III. 치료 방법
L858R 돌연변이, 엑손 20 결실, 및/또는 엑손 20 삽입과 같은 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 개체(individual)에, 유효량의 CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 또는 구조적으로 유사한 저해제를 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대상체에서 암을 치료하거나 암의 진행을 지연시키는 방법이 본 명세서에서 추가적으로 제공된다. 대상체는 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이를 가질 수 있다.
치료를 위해 고려되는 암의 예로는 폐암, 두경부암, 유방암, 췌장암, 전립선암, 신장암, 골암, 고환암, 자궁경부암, 소화기 암, 림프종, 폐 내 전-신생물 병변 (pre-neoplastic lesion), 결장암, 흑색종, 및 방광암이 포함된다. 특정 양태에서, 암은 비소세포 폐암이 포함된다.
일부 실시양태에서, 대상체는 포유류, 예를 들어, 영장류, 바람직하게는 고등 영장류, 예를 들어, 인간 (예를 들어, 본 명세서에서 기술되는 질병을 갖고 있거나 가질 위험이 있는 환자)이다. 일 실시양태에서, 대상체는 면역 반응을 향상시킬 필요가 있다. 특정 실시양태에서, 대상체는 면역력이 약화되었거나 약화될 위험이 있다. 예를 들어, 대상체는 화학요법 치료 및/또는 방사선 요법을 받고 있거나 받은 적이 있다. 대안적으로, 또는 조합하여, 대상체는 감염의 결과로서 면역력이 약화되었거나 약화될 위험이 있다.
CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK 9 저해제일 수 있다. CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌, 또는 RO-3306일 수 있다. 추가로 예시적인 CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413을 포함한다. 특정 양태에서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥일 수 있다.
SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈, 및/또는 KSP 저해제일 수 있다. PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214일 수 있다. 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제일 수 있다. 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트일 수 있다. KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921일 수 있다. 설비빈 저해제는 YM155일 수 있다. 일부 양태에서, SAC 성분 저해제는 MAD2 저해제가 아니다.
특정 실시양태는 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제와 병용하여 TKI를 투여하는 것에 관한 것이다. TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 포지오티닙, 다코미티닙, 및 CO-1686 또는 당업계에 공지된 다른 TKI일 수 있다. 일부 양태에서, TKI는 포지오티닙 (HM781-36B, HM781-36, 및 1-[4-[4-(3,4-디클로로-2-플루오로아닐리노)-7-메톡시퀴나졸린-6-일]옥시피페리딘-1-일]프로프-2-엔-1-온으로도 알려져 있음)이 투여된다. 포지오티닙은 HER1, HER2, 및 HER4를 포함하는 HER 패밀리의 티로신-키나아제 수용체를 통한 신호 전달을 비가역적으로 차단하는 퀴나졸린계 팬 (pan)-HER 저해제이다. 포지오티닙 또는 구조적으로 유사한 화합물 (예를 들어, 미국 특허 번호 8,188,102 및 미국 특허 공개 번호 20130071452; 이들은 참조로 본 명세서에서 포함됨)이 본 방법에 사용될 수 있다.
A. 약학 조성물
L858 돌연변이, 엑손 19 결실, 또는 엑손 20 삽입과 같은 EGFR 활성화 돌연변이를 가지는 것으로 결정된 대상체를 위한, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 조성물 및 제형이 본 명세서에서 또한 제공된다.
본 명세서에서 기술되는 약학 조성물 및 제형은 원하는 정도의 순도를 갖는 활성 성분 (항체 또는 폴리펩티드와 같은)을 하나 이상의 선택가능한 약학적으로 허용가능한 담체 (Remington's Pharmaceutical Sciences 22nd edition, 2012)와 동결건조 제형 또는 수용액의 형태로 혼합하여 제조될 수 있다. 약학적으로 허용가능한 담체는 사용된 투여량 및 농도에서 수용자에게 일반적으로 무독성이며, 이에 제한되는 것은 아니나, 완충제, 예를 들어 포스페이트, 시트레이트, 및 다른 유기산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함하는 항산화제; 보존제 (예를 들어, 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 메틸 또는 프로필 파라벤과 같은 알킬 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레솔); 저분자량 (약 10개 미만의 잔기) 폴리펩티드; 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린과 같은 단백질; 폴리비닐피롤리돈과 같은 친수성 중합체; 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 리신과 같은 아미노산; 단당류, 이당류, 및 글루코스, 만노스, 또는 덱스트린을 포함하는 다른 탄수화물; EDTA와 같은 킬레이트제; 수크로오스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨과 같은 당류; 나트륨과 같은 염-형성 반대-이온; 금속 착물 (예를 들어, Zn-단백질 착물); 및/또는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)과 같은 비이온성 계면활성제를 포함한다. 본 명세서에서 예시적인 약학적으로 허용가능한 담체는 가용성 중성-활성 히알루로니다아제 당단백질 (sHASEGP), 예를 들어, 인간 가용성 PH-20 히알루로니다아제 당단백질, 예를 들어 rHuPH20 (HYLENEX®, Baxter International, Inc.)와 같은 간질성 약물 분산제를 추가로 포함한다. rHuPH20을 포함한, 특정 예시적인 sHASEGP 및 사용 방법은 미국 특허 공개 번호 2005/0260186 및 2006/0104968에 기술되어 있다. 일 양태에서, sHASEGP는 콘드로이티나아제와 같은 하나 이상의 추가적인 글리코사미노글리카나아제와 조합된다.
B. 병용 요법
특정 실시양태에서, 본 실시양태의 조성물 및 방법은 적어도 하나의 추가적인 요법과 조합된 CDK 저해 및/또는 SAC 성분 저해를 포함한다. 추가적인 요법은 방사선 요법, 수술 (예를 들어, 종괴절제 및 유방절제술), 화학요법, 유전자 요법, DNA 요법, 바이러스 요법, RNA 요법, 면역요법, 골수 이식, 나노요법, 단일클론 항체 요법, 또는 전술한 것의 조합일 수 있다. 추가적인 요법은 보강제 및 신보강제 요법의 형태일 수 있다.
일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 저분자 효소적 저해제 또는 항-전이제의 투여이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 부작용 제한제 (예를 들어, 항오심제 등과 같이, 치료의 부작용의 발생 및/또는 심각도를 줄이기 위한 제제)의 투여이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 방사선 요법이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 수술이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 방사선 요법 및 수술의 병용이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 감마선 조사이다. 일부 실시양태에서, 추가적인 요법은 PBK/AKT/mTOR 경로를 표적하는 요법, HSP90 저해제, 튜불린 저해제, 아폽토시스 저해제, 및/또는 화학예방성 제제이다. 추가적인 요법은 당업계에 공지된 하나 이상의 화학요법제일 수 있다.
저해제는 면역 체크포인트 요법과 같은 추가적인 암 요법의 이전에, 그 동안, 그 이후에, 또는 이에 대한 다양한 조합으로 투여될 수 있다. 투여는 동시에서부터 수 분, 수 일, 수 주 범위에 이르기까지의 간격으로 이루어질 수 있다. 저해제가 추가적인 치료제와는 별도로 환자에게 제공되는 실시양태에서, 2개의 화합물이 여전히 환자에 대해 유리하게 조합된 효과를 발휘할 수 있도록, 유의한 기간이 각각의 전달 시간 사이에서 끝나지 않도록 일반적으로 보장될 것이다. 이러한 경우, 서로의 약 12 내지 24 또는 72시간 내에, 더욱 상세하게는, 서로의 약 6-12시간 내에 항체 요법과 항암 요법을 환자에게 제공할 수 있는 것으로 고려된다. 어떤 상황에서는 각 투여 간에 수 일 (2, 3, 4, 5, 6, 또는 7)에서 수 주 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8)가 경과하는 경우 치료 기간을 유의하게 연장하는 것이 바람직할 수 있다.
다양한 조합이 사용될 수 있다. 예를 들어 아래에서 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제는 “A”이고 항암 요법은 “B”이다:
A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B
B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A
B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A
환자에 대한 본 실시양태의 임의의 화합물 또는 요법의 투여는, 존재한다면, 제제의 독성을 고려하여, 이러한 화합물의 투여를 위한 일반적인 프로토콜을 따를 것이다. 따라서, 일부 실시양태에서 병용 요법으로 인한 독성을 모니터링하는 단계가 있다.
1. 화학요법
다양한 화학요법제가 본 실시양태에 따라 사용될 수 있다. 용어 “화학요법”은 암을 치료하기 위한 약물의 사용을 지칭한다. “화학요법제”는 암 치료에서 투여되는 화합물 또는 조성물을 포함하기 위해 사용된다. 이들 제제 또는 약물은 세포 내에서의 활성 모드, 예를 들어, 세포 주기에 영향을 미치는지 여부 및 어느 단계에서 영향을 미치는지에 의해 분류된다. 또는, 제제는 DNA를 직접적으로 가교결합하는 능력, DNA에 삽입되는 능력, 또는 핵산 합성에 영향을 끼쳐 염색체 및 유사분열 이상을 유도하는 능력을 기초로 특징 지어질 수 있다.
화학요법제의 예로는 알킬화제, 예를 들어 티오테파 및 사이클로스포스파미드; 알킬 설포네이트, 예를 들어 부설판, 임프로설판, 및 피포설판; 아지리딘, 예를 들어 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 에틸렌이민, 및 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드, 및 트리메틸롤로멜라민을 포함한 메틸아멜라민; 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신 (합성 유사체 토포테칸을 포함함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체를 포함함); 크립토피신 (특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8); 도라스타틴; 듀오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1을 포함함); 엘루테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예를 들어 클로람부실, 클로르나파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 및 우라실 머스타드; 니트로스우레아, 예를 들어 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님누스틴; 항생제, 예를 들어 에네디인 항생제 (예를 들어, 칼리키아미신, 특히 칼리키아미신 감마 II 및 칼리키아미신 오메가II); 디네미신 A를 포함하는, 디네미신; 비스포스포네이트, 예를 들어 클로드로네이트; 에스페라미신; 및 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 발색단단백질 에네디인 항생제 발색단, 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라르나이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신 (모르폴리노-독소루비신, 시아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신을 포함함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예를 들어 미토마이신 C, 미코페놀산, 노갈라르나이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 푸로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 및 조루비신; 항-대사제, 예를 들어 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 폴산 유사체, 예를 들어 데노프테린, 프테로프테린, 및 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예를 들어 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 및 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예를 들어 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 및 플록수리딘; 안드로겐, 예를 들어 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 및 테스톨락톤; 항-부신 (anti-adrenals), 예를 들어 미토탄 및 트릴로스탄; 폴산 보충물, 예를 들어 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈룸 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드, 예를 들어 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라지드; 프로카르바진; PSK폴리사카라이드 복합체; 라족산; 리족신; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2”-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노사이드 (“Ara-C”); 시클로포스파미드; 탁소이드, 예를 들어, 파클리탁셀 및 도세탁셀 젬시타빈; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 백금 배위 착물, 예를 들어 시스플라틴, 옥살리플라틴, 및 카르보플라틴; 빈블라스틴; 백금; 에토포시드 (VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 빈크리스틴; 비노렐빈; 노반트론; 테니포시드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 크셀로다; 이반드로네이트; 이리노테칸 (예를 들어, CPT-11); 토포이소머라제 저해제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드, 예를 들어 레티노산; 카페시타빈; 카르보플라틴, 프로카르바진, 플리코마이신, 젬시타빈, 나벨빈, 파네실-단백질 트랜스퍼라제 저해제, 트랜스플라티늄, 및 이들 중 임의의 것의 약학적으로 허용가능한 염, 산, 또는 유도체가 포함된다.
2. 방사선요법
DNA 손상을 유발하고 광범위하게 사용되는 다른 요인으로는 일반적으로 γ-선, X-선, 및/또는 종양 세포로의 방사성 동위원소의 직접 전달로 알려진 것이 포함된다. 마이크로파, 양성자 빔 조사 (미국 특허 5,760,395 및 4,870,287), 및 UV-조사와 같은, DNA 손상 인자의 다른 형태가 또한 고려된다. 이러한 모든 인자들은 DNA, DNA 전구체, DNA의 복제 및 복구, 및 염색체의 조립 및 유지에 대한 광범위한 손상에 영향을 미칠 가능성이 매우 높다. X-선 투여량 범위는 장기간 동안 (3 내지 4주) 50 내지 200 뢴트겐의 일일 투여량부터 2000 내지 6000 뢴트겐의 단일 투여량까지이다. 방사성 동위원소의 투여량 범위는 매우 다양하고, 동위원소의 반감기, 방출된 방사선의 강도 및 유형, 및 신생물 세포의 흡수에 따라 다르다.
3. 면역요법
당업자는 추가적인 면역요법이 실시양태의 방법과 조합하여 또는 함께 사용될 수 있음을 이해할 것이다. 암 치료의 맥락에서, 면역요법은 암 세포를 표적하고 파괴하기 위하여 면역 효과기 세포 및 분자의 사용에 일반적으로 의존한다. 리툭시맙 (RITUXAN®)이 그러한 예이다. 면역 효과기는 예를 들어, 종양 세포 표면 상의 일부 마커에 대해 특이적인 항체일 수 있다. 항체만으로 요법의 효과기로 작용할 수 있거나 세포 사멸에 실제로 영향을 미치는 다른 세포를 모집할 수 있다. 항체는 또한 약물 또는 독소 (화학요법, 방사성핵종, 리신 A 쇄, 콜레라 독소, 백일해 독소 등)에 접합될 수 있고 표적 제제로 작용할 수 있다. 또는, 효과기는 종양 세포 표적과 직접적으로 또는 간접적으로 상호작용하는 표면 분자를 가지는 림프구일 수 있다. 다양한 효과기 세포는 세포독성 T 세포 및 NK 세포를 포함한다.
항체-약물 접합체는 암 치료요법 개발에 획기적인 접근법으로 등장하였다. 암은 세계에서 가장 큰 사망 원인 중 하나이다. 항체-약물 접합체 (ADC)는 세포-사멸 약물에 공유 결합하는 단일클론 항체 (Mab)를 포함한다. 이러한 접근법은 항원 표적에 대한 높은 특이성의 Mab를 매우 강력한 세포독성 약물과 조합하여, 탑재물 (약물)을 항원 수준이 풍부한 종양 세포로 전달하는 "무장된" MAb를 생성하도록 한다. 약물의 표적 전달은 또한 정상 조직에서 약물의 노출을 최소화하여, 독성을 감소시키고 치료 지수를 향상시킨다. 2종의 ADC 약물, 2011년 애드세트리스 (ADCETRIS®) (브렌툭시맙 베도틴)(2011년) 및 2013년 캐드실라(KADCYLA®) (트라스투주맙 엠탄신 또는 T-DM1)(2013년)의 FDA 승인은 이 접근법을 검증하였다. 현재 암 치료를 위한 다양한 임상 시험 단계에 30종이 넘는 ADC 약물 후보가 있다 (Leal et al., 2014). 항체 조작 및 링커-탑재물 최적화가 점점 더 성숙해짐에 따라, 새로운 ADC의 발견 및 개발은 이 접근법에 적합한 새로운 표적의 검정 및 검증, 및 표적화 mAb의 생성에 점점 더 의존하고 있다. ADC 표적에 대한 2가지 기준은 종양 세포에서의 상향조절된/높은 수준의 발현 및 강력한 내재화이다.
면역요법의 일 양태에서, 종양 세포는 쉽게 표적화할 수 있는, 즉, 대부분의 다른 세포에는 존재하지 않는 일부 마커를 가져야 한다. 많은 종양 마커가 존재하며, 이 중 임의의 마커는 본 실시양태의 맥락에서 표적화에 적합할 수 있다. 일반적인 종양 마커는 CD20, 암배아 항원, 티로시나아제 (p97), gp68, TAG-72, HMFG, 시알릴 루이스 항원, MucA, MucB, PLAP, 라미닌 수용체, erb B, 및 p155를 포함한다. 면역요법의 대안적 양태는 항암 효과와 면역 자극 효과를 조합하는 것이다. 면역 자극 분자가, 사이토카인, 예를 들어 IL-2, IL-4, IL-12, GM-CSF, 감마-IFN, 케모카인, 예를 들어 MIP-1, MCP-1, IL-8, 및 성장 인자, 예를 들어 FLT3 리간드를 포함하여 또한 존재한다.
면역요법의 예로는, 면역 보강제, 예를 들어, 미코박테리움 보비스 (Mycobacterium bovis), 플라스모디움 팔시파룸 (Plasmodium falciparum), 디니트로클로로벤젠, 및 방향족 화합물 (미국 특허 5,801,005 및 5,739,169; Hui and Hashimoto, 1998; Christodoulides et al., 1998); 사이토카인 요법, 예를 들어, 인터페론 α, β 및 γ, IL-1, GM-CSF, 및 TNF (Bukowski et al., 1998; Davidson et al., 1998; Hellstrand et al., 1998); 유전자 요법, 예를 들어, TNF, IL-1, IL-2, 및 p53(Qin et al., 1998; Austin-Ward and Villaseca, 1998; 미국 특허 5,830,880 및 5,846,945); 및 단일클론 항체, 예를 들어, 항-CD20, 항-강글리오시드 GM2, 및 항-p185 (Hollander, 2012; Hanibuchi et al., 1998; U.S. Patent 5,824,311)가 포함된다. 본 명세서에 기술된 항체 요법과 함께 1종 이상의 항암 요법이 사용될 수 있는 것으로 고려된다.
일부 실시양태에서, 면역요법은 면역 체크포인트 저해제일 수 있다. 면역 체크포인트는 신호를 높이거나 (예를 들어, 공동 자극 분자) 신호를 낮춘다. 면역 체크포인트 차단에 의해 표적화될 수 있는 억제성 면역 체크포인트에는 아데노신 A2A 수용체 (A2AR), B7-H3 (CD276으로도 알려져 있음), B 및 T 림프구 감쇠자 (BTLA), 세포독성 T-림프구-관련 단백질 4 (CTLA-4, CD152로도 알려져 있음), 인돌아민 2,3-디옥시게나아제 (IDO), 살해-세포 면역글로불린 (KIR), 림프구 활성화 유전자-3 (LAG3), 예정 세포사 1 (PD-1), T-세포 면역글로불린 도메인 및 뮤신 도메인 3 (TIM-3) 및 T 세포 활성화의 V-도메인 Ig 억제인자 (VISTA)가 포함된다. 특히, 면역 체크포인트 저해제는 PD-1 축 및/또는 CTLA-4를 표적한다.
면역 체크포인트 저해제는 저분자, 리간드 또는 수용체의 재조합 형태와 같은 약물일 수 있거나, 특히 인간 항체와 같은 항체이다 (예를 들어, 국제 특허 공개 WO2015016718; Pardoll, Nat Rev Cancer, 12(4): 252-64, 2012; 모두 본 명세서에 참조로 포함됨). 면역 체크포인트 단백질 또는 그의 유사체의 공지된 저해제가 사용될 수 있으며, 특히 키메라화, 인간화 또는 인간 형태의 항체가 사용될 수 있다. 당업자가 알고 있는 것과 같이, 대안적이고/이거나 동등한 명칭이 본 명세서에 언급된 특정 항체에 대해 사용될 수 있다. 이러한 대안적이고/이거나 동등한 명칭은 본 발명의 맥락에서 상호 교환 가능하다. 예를 들어, 람브롤리주맙은 대안적이고 동등한 명칭 MK-3475 및 펨브롤리주맙으로도 알려져 있다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 안타고니스트는 PD-1의 그의 리간드 결합 파트너에 대한 결합을 저해하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 리간드 결합 파트너는 PDL1 및/또는 PDL2이다. 다른 실시양태에서, PDL1 결합 안타고니스트는 PDL1의 그의 결합 파트너에 대한 결합을 저해하는 분자이다. 특정 양태에서, PDL1 결합 파트너는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 다른 실시양태에서, PDL2 결합 안타고니스트는 PDL2의 그의 결합 파트너에 대한 결합을 저해하는 분자이다. 특정 양태에서, PDL2 결합 파트너는 PD-1이다. 안타고니스트는 항체, 그의 항원 결합 단편, 면역접합체 (immunoadhesin), 융합 단백질, 또는 올리고펩티드일 수 있다. 예시적인 항체는 미국 특허 번호 8,735,553, 8,354,509, 및 8,008,449에 기술되어 있으며, 모두 본 명세서에 참조로 포함된다. 모두 본 명세서에 참조로 포함된, 미국 특허 공개 번호 US20140294898, US2014022021, 및 US20110008369에 기술된 것과 같이, 본 명세서에 제공된 방법에 사용하기 위한 다른 PD-1 축 안타고니스트는 당업계에 공지되어 있다.
일부 실시양태에서, PD-1 결합 안타고니스트는 항-PD-1 항체 (예를 들어 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙, 펨브롤리주맙 및 CT-011로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 안타고니스트는 면역접합체 (예를 들어 불변 영역 (예를 들어 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PDL1 또는 PDL2의 세포 외 또는 PD-1 결합 부분을 포함하는 면역접합체)이다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 안타고니스트는 AMP-224이다. MDX-1106-04, MDX-1106, ONO-4538, BMS-936558, 및 옵디보(OPDIVO®)로도 알려져 있는 니볼루맙은 WO2006/121168에 기재된 항-PD-1 항체이다. MK-3475, Merck 3475, 람브롤리주맙, 키트루다 (KEYTRUDA®), 및 SCH-900475로도 알려져 있는 펨브롤리주맙은 WO2009/114335에 기재된 항-PD-1 항체이다. hBAT 또는 hBAT-1로도 알려져 있는 CT-011은 WO2009/101611에 기재된 항-PD-1 항체이다. B7-DCIg로도 알려져 있는 AMP-224는 WO2010/027827 및 WO2011/066342에 기재된 PDL2-Fc 융합 가용성 수용체이다.
본 명세서에서 제공된 방법에서 표적화될 수 있는 다른 면역 체크포인트는 CD152로도 알려져 있는 세포독성 T-림프구-관련 단백질(CTLA-4)이다. 인간 CTLA-4의 완전한 cDNA 서열은 진뱅크 (Genbank) 등록 번호 L15006을 갖는다. CTLA-4는 T 세포의 표면에서 발견되며, 항원 제시 세포 표면의 CD80 또는 CD86에 결합될 때 "오프" 스위치로 작동한다. CTLA4는, 헬퍼 T 세포의 표면에서 발현되고 T 세포로 저해 신호를 전송하는 면역글로불린 슈퍼패밀리의 멤버이다. CTLA4는 T-세포 공동자극 단백질 CD28과 유사하며, 두 분자는 모두 항원 제시 세포 상의 각각 B7-1 및 B7-2라고도 불리는, CD80 및 CD86에 결합한다. CTLA4는 T 세포로 저해 신호를 전송하는 반면 CD28은 자극 신호를 전송한다. 세포내 CTLA4는 또한 조절 T 세포에서 발견되며 그 기능에 중요할 수 있다. T 세포 수용체 및 CD28을 통한 T 세포 활성화는 B7 분자에 대한 억제 수용체인 CTLA-4의 증가된 발현으로 이어진다.
일부 실시양태에서, 면역 체크포인트 저해제는 항-CTLA-4 항체 (예를 들어, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체), 그의 항원 결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 또는 올리고펩티드이다.
본 방법에 사용하기에 적합한 항-인간-CTLA-4 항체 (또는 그로부터 유래된 VH 및/또는 VL 도메인)는 당업계에 잘 알려진 방법을 이용하여 생성될 수 있다. 또는, 당업계에서 인정된 항-CTLA-4 항체가 이용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [미국 특허 번호 8,119,129, 국제 특허 공개 번호 WO 01/14424, WO 98/42752 및 WO 00/37504 (CP675,206, 트레멜리무맙; 이전에는 티실리무맙으로도 알려져 있음); 미국 특허 번호 6,207,156; Hurwitz et al., 1998; Camacho et al., 2004; 및 Mokyr et al., 1998]에 개시된 항-CTLA-4 항체가 본 명세서에 개시된 방법에 사용될 수 있다. 전술된 간행물 각각의 교시는 본 명세서에 참조로 포함된다. CTLA-4에 대한 결합을 위해 이러한 당업계에서 인정된 항체들 중 임의의 것과 경쟁하는 항체도 사용될 수 있다. 예를 들어, 인간화 CTLA-4 항체가 국제 특허 출원 번호 WO2001014424, 및 WO2000037504, 및 미국 특허 번호 8,017,114에 기술되어 있으며; 모두 본 명세서에 참조로 포함된다.
예시적인 항-CTLA-4 항체는 이필리무맙 (10D1, MDX-010, MDX-101, 및 예르보이 (Yervoy®)로도 알려져 있음) 또는 이의 항원 결합 단편 및 변이체이다 (예를 들어, WO 01/14424를 참조함). 다른 실시양태에서, 항체는 이필리무맙의 중쇄 및 경쇄 CDR 또는 VR을 포함한다. 따라서, 일 실시양태에서, 항체는 이필리무맙의 VH 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인, 및 이필리무맙의 VL 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 도메인을 포함한다. 다른 실시양태에서, 항체는 결합에 대해 CTLA-4 상의 상기 언급된 항체와 동일한 에피토프와 경쟁하고/경쟁하거나 그 에피토프와 결합한다. 다른 실시양태에서, 항체는 상기 언급된 항체와 적어도 약 90%의 가변 영역 아미노산 서열 동일성 (예를 들어, 이필리무맙과 적어도 약 90%, 95%, 또는 99%의 가변 영역 동일성)을 갖는다.
CTLA-4를 조절하기 위한 다른 분자로는, 모두 본 명세서에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 5,844,905, 5,885,796 및 국제 특허 출원 번호 WO1995001994 및 WO1998042752에 기재된 것과 같은 CTLA-4 리간드 및 수용체, 및 본 명세서에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 8,329,867에 기재된 것과 같은 면역접합체가 포함된다.
4. 수술
암을 가진 사람의 약 60%는 일부 유형의 수술을 받게 되며, 이러한 수술은 예방적, 진단적 또는 병기 결정, 근치 및 완화 수술을 포함한다. 근치 수술은 암성 조직의 전부 또는 일부를 물리적으로 제거, 절제 및/또는 파괴하는 절제술을 포함하며 본 실시양태의 요법, 화학요법, 방사선요법, 호르몬 요법, 유전자 요법, 면역요법 및/또는 대체 요법과 같은 다른 요법과 함께 사용될 수 있다. 종양 절제술은 종양의 적어도 일부의 물리적 제거를 지칭한다. 종양 절제술 외에, 수술에 의한 치료는 레이저 수술, 냉동수술, 전기수술, 및 현미경으로 제어되는 수술 (모즈 수술)을 포함한다.
암성 세포, 조직, 또는 종양의 일부 또는 전부를 절제하면, 신체에 공동이 형성될 수 있다. 치료는 관류, 직접 주입, 또는 추가적인 항암 요법을 이용한 부위의 국소 적용에 의해 이루어질 수 있다. 이러한 치료는, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7일마다, 또는 1, 2, 3, 4, 및 5 주마다 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개월마다 반복될 수 있다. 이러한 치료는 또한 다양한 투여량으로 이루어질 수 있다.
5. 기타 제제
요법의 치료 효능을 개선하기 위하여 다른 제제가 본 실시양태의 특정 양태와 조합하여 사용될 수 있다는 것이 고려된다. 이러한 추가적인 제제에는 세포 표면 수용체 및 GAP 접합의 상향 조절에 영향을 미치는 제제, 세포 증식 억제 및 분화 제제, 세포 부착 저해제, 이상증식 세포의 아폽토시스 유도인자에 대한 민감성을 증가시키는 제제, 또는 기타 생물학적 제제가 포함된다. GAP 접합의 수를 상승시킴에 따른 세포 간 신호전달 증가는 이웃한 이상증식 세포 군집에 대한 항-이상증식 효과를 증가시킬 것이다. 다른 실시양태에서, 세포증식억제 또는 분화 제제는 치료의 항-이상증식 효능을 개선하기 위하여 본 실시양태의 특정 양태와 조합하여 사용될 수 있다. 본 실시양태의 효능을 개선하기 위하여 세포 부착 저해제가 고려된다. 세포 부착 저해제의 예는 국소 부착 키나아제 (FAK) 저해제 및 로바스타틴이다. 이상증식 세포의 아폽토시스에 대한 민감성을 증가시키는, 항체 c225와 같은 다른 제제가, 치료 효능을 개선하기 위하여 본 실시양태의 특정 양태와 조합하여 사용될 수 있다는 것이 추가적으로 고려된다.
IV. 키트
또한, 본 명세서에 개시된 것들과 같은 EGFR 활성화 돌연변이를 검출하기 위한 키트가 또한 본 명세서의 범위 내에 있다. 이러한 키트의 예는 L858R, 엑손 19 결실, 및/또는 엑손 20 돌연변이-특이적 프라이머 세트를 포함할 수 있다. 키트는 본 명세서에 기재된 특이적인 EFGR 활성화 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하기 위한 프라이머의 사용을 위한 설명서를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 암 환자로부터의 샘플에서 본 명세서에 기재된 EGFR 활성화 돌연변이의 양성 검정이, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제에 대한 민감성을 나타낸다고 보여주는 진단 목적을 위한 설명서를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 암 환자로부터의 샘플에서 본 명세서에 기재된 EGFR 활성화 돌연변이의 양성 검정이, 환자가 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제로 치료되어야 함을 나타낸다고 보여주는 설명서를 추가로 포함할 수 있다.
V. 실시예
다음 실시예는 본 발명의 바람직한 실시양태를 설명하기 위하여 포함된다. 다음의 실시예에 개시된 기술들이 본 발명의 실시에서 잘 기능하기 위해 발명자에 의해 발견된 기술들을 나타내며, 따라서 그의 실시에 바람직한 방식을 구성하는 것으로 간주될 수 있음이 당업자에 의해 이해되어야 한다. 그러나 당업자는 본 명세서의 관점에서, 많은 변화가 본 발명의 사상 및 범위로부터 벗어나지 않으면서, 개시되고 여전히 유사한 또는 비슷한 결과를 획득하는 특정한 실시양태에서 이루어질 수 있음을 이해해야 한다.
실시예 1 - EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 암의 치료 방법의 검정
EGFR 돌연변이 NSCLC 환자는 초기에 EGFR 표적 요법에 반응하지만, 내성 질환은 필연적으로 발생하며 내성 사례 중 거의 절반에서, 종양은 T790M과 같은 2차 EGFR 돌연변이가 없고 2세대 및 3세대 EGFR 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 불응성이다. T790M-음성 내성에 대한 효능이 있는 치료 요법을 찾는 것이 주요 임상 과제로 남아있다. 이러한 미충족 요구를 해결하기 위하여, EGFR TKI, 엘로티닙, 게피티닙, 오시머티닙 또는 포지오티닙에 대한 후천적 내성을 가지는 NSCLC 세포주 패널이 도출되었다.
내성 세포의 단백질체 프로파일링은 상피 중간엽 이행 (EMT) 마커에 대한 역상 단백질 어레이 (RPPA) 및 웨스턴 블롯팅에 의해 수행되었다. 고속-대량 384 웰 플레이트 시스템 내 세포 역가 글로우 어세이 (Cell Titer glow assay)를 약물 스크리닝에 사용하였다. SAC 및 CDK 저해제의 장기적 효과는 J 4일 클론생성 어세이에 의해 평가되었다.
HCC827 및 HCC4006 (EGFR 돌연변이 NSCLC 세포)을 이용하여, EGFR TKI 내성 변이체가, 엘로티닙과 같은 증가하는 농도의 TKI 내에서 세포를 연속적으로 배양함으로써 시험관내 유도되었다. 엘로티닙 내성 세포 (ER)는 2차 EGFR 돌연변이에 대해 음성이었고 오시머티닙, 아파티닙, 및 다코미티닙을 포함하는 2세대 및 3세대 EGFR TKI에 내성이 있었으며 (도 1) 보이든 (Boyden) 챔버 어세이에 의해 결정된 것과 같이 E-카드헤린의 손실, N-카드헤린 및 Axl의 향상된 발현 및 증가된 침윤 표현형으로 입증되는 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪었다. 단백질체 프로파일링은, EGFR TKI 내성 세포는 유사한 중간엽 및 침윤 표현형을 나타내나, 동일한 모세포주에서 유래된 내성 변이체 사이에서 단백질 발현 및 경로 활성화에 상당한 이질성이 있음을 밝혔다.
EMT-관련 EGFR TKI 내성에 대한 활성을 갖는 치료제를 찾기 위하여, 1,321개의 화합물의 효능을 테스트하기 위한 고속-대량 약물 스크리닝이 수행되었다. EMT-관련 EGFR TKI 내성은 광범위한 약제 내성의 획득을 수반하였다. 모세포와 비교하여, 중간엽 EGFR TKI 내성 세포는 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및 젬시타빈을 포함하는 NSCLC 치료에 사용되는 화학요법제에 훨씬 더 내성이 있었다. EGFR TKI 내성 세포는 147개의 다른 티로신 키나아제 및 세린/트레오닌 키나아제 저해제에 대해 후천적 내성을 보였다. 대조적으로, 모세포 및 중간엽 EGFR TKI 내성 변이체는 모두 CDK 저해제 및 PLK1, 오로라, KSP, 및 설비빈을 포함한 방추 조립 체크포인트 (SAC) 성분을 표적하는 제제에 매우 민감하였다. 이러한 발견은 MTS 및 클론생성 어세이에 의해 검증되었다. SAC 저해제를 이용한 처리는 G2/M 단계의 세포의 축적, 확대된 핵 크기, 및 배수성을 유도하였다.
이러한 발견을 임상적으로 검증하기 위하여, 엘로티닙에 대한 T790M-음성 내성을 갖는 EGFR 돌연변이 NSCLC 환자의 흉수로부터 세포주 (MDA-011)를 확립하였다. 시험관내에서, MDA-011 세포는 엘로티닙 및 오시머티닙에 대해 내성이 있었다. MTS 및 클론생성 어세이에 의해 결정된 것과 같이 MDA-011 세포는 CDK 저해제 및 SAC 저해제에 매우 민감하였다. 이들 데이터는 EGFR TKI에 대한 EMT-관련 내성이 광범위한 약제 내성과 관련이 있으나 NSCLC 환자에서 내성 질환을 극복하기 위해 이용될 수 있는 CDK 및 SAC 저해에 대한 취약성을 가짐을 나타내었다.
Figure pct00001
Figure pct00002
Figure pct00003
Figure pct00004
다음으로, 내성 변이체가 나타날 때까지 H1975 세포 (T790M에 양성인 EGFR 돌연변이)가 오시머티닙에서 배양되었다. 오시머티닙 내성 세포 (H1975 OR5 및 H1975 OR16)는 EMT를 겪었으며 CDK 저해제 및 PLKl (볼라서팁), 오로라 (AMG-900 및 앨리서팁), KSP (이스피네십)를 포함한 SAC 성분을 표적으로 하는 제제에 민감했다 (도 7).
또한, CDK 및 SAC 저해제에 대해, EGFR 엑손 20 삽입 돌연변이에 대항한 활성을 갖는 저해제에 대한 후천적 내성의 환경이 조사되었다. YUL-0019 세포는 EGFR 엑손 20 삽입 돌연변이를 가지고 있으며 EGFR 저해제, 포지오티닙에 매우 민감하다. 내성 변이체가 나타날 때까지 YUL-0019 세포가 포지오티닙에서 연속적으로 배양되었다. YUL-0019 세포 및 YUL-0019 PR8 (포지오티닙 내성) 세포는 CDK 저해제 (디나시클립 및 알보시딥을 포함함) 및 PLKI (볼라서팁), 오로라 (AMG-900 및 앨리서팁), 및 KSP (이스피네십)를 포함하는 SAC 저해제에 매우 민감하였다 (도 8). 이들 데이터는 EGFR TKI에 대한 EMT-관련 내성이 광범위한 약제 내성과 관련이 있으나 NSCLC 환자에서 내성 질환을 극복하기 위해 이용될 수 있는 CDK 및 SAC 저해에 대한 취약성을 가짐을 나타낸다.
* * *
본 명세서에서 개시되고 청구된 모든 방법은 본 명세서의 관점에서 과도한 실험 없이 이루어지고 실행될 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법은 바람직한 실시양태의 측면에서 설명되었으나, 본 발명의 개념, 사상 및 범위를 벗어나지 않고 방법 및 본 명세서에 기재된 방법의 단계 또는 단계의 순서에 변화가 적용될 수 있음은 당업자에게 분명할 것이다. 보다 구체적으로, 동일하거나 유사한 결과가 달성되는 동안, 화학적으로 그리고 생리적으로 관련된 특정 제제가 본 명세서에 기재된 제제를 대체할 수 있음이 분명할 것이다. 당업자에게 분명한 모든 이러한 유사한 대체물 및 변형은 첨부된 청구범위에 의해 한정된 것과 같이, 본 발명의 사상, 범위 및 개념 내에 있는 것으로 간주된다.
참고문헌
다음의 참고 문헌은 본 명세서에 설명 된 것들에 보충적이고 예시적인 절차 적 또는 다른 세부 사항을 제공하는 범위 내에서 구체적으로 본 명세서에 참고로 포함된다.
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Claims (81)

  1. 유효량의 사이클린 의존성 키나아제 (CDK) 저해제(inhibitor) 및/또는 방추 조립 체크포인트 (spindle assembly checkpoint, SAC) 성분 저해제를 대상체(subject)에 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 대상체는 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는, 대상체에서 암을 치료하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입으로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
  3. 제2항에 있어서, 엑손 19 결실은 E746-A750 결실, L747-E749 결실, 또는 A750P인, 방법.
  4. 제2항에 있어서, 엑손 20 삽입은 N771Del Ins FH인, 방법.
  5. 제1항 내지 제4항에 있어서, 대상체는 2, 3, 또는 4개의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는, 방법.
  6. 제1항에 있어서, 대상체는 대상체로부터의 게놈 샘플을 분석함으로써 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되었던, 방법.
  7. 제6항에 있어서, 게놈 샘플은 타액, 혈액, 소변, 정상 조직, 또는 종양 조직으로부터 분리되는, 방법.
  8. 제6항에 있어서, EGFR 활성화 돌연변이의 존재는 핵산 시퀀싱(sequencing) 또는 PCR 분석에 의해 결정되는, 방법.
  9. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK 9 저해제로 추가로 정의되는, 방법.
  10. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌, 또는 RO-3306인, 방법.
  11. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413인, 방법.
  12. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥인, 방법.
  13. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 CDK4 저해제 및/또는 CDK6 저해제가 아닌, 방법.
  14. 제1항에 있어서, CDK 저해제는 팔로시클립 (PD0332991), 아베마시클립 (LY2835219), 또는 리보시클롭이 아닌, 방법.
  15. 제1항에 있어서, SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈(survivin), 및/또는 KSP 저해제로 추가로 정의되는, 방법.
  16. 제15항에 있어서, PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214인, 방법.
  17. 제15항에 있어서, PLK1 저해제는 볼라서팁 또는 ON-01910인, 방법.
  18. 제1항에 있어서, SAC 저해제는 PLK1 저해제가 아닌, 방법.
  19. 제15항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제인, 방법.
  20. 제15항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트인, 방법.
  21. 제1항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG-900 또는 앨리서팁인, 방법.
  22. 제15항에 있어서, KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921인, 방법.
  23. 제15항에 있어서, 설비빈 저해제는 YM155인, 방법.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 치료는 G2/M 단계의 세포의 축적, 확대된 핵 크기, 및/또는 배수성을 야기하는, 방법.
  25. 제1항에 있어서, 암은 하나 이상의 티로신 키나아제 저해제 (TKI)에 내성인, 방법.
  26. 제25항에 있어서, 하나 이상의 TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 포지오티닙, 다코미티닙, 및 CO-1686으로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
  27. 제1항에 있어서, 암은 광범위한 약제 내성을 획득한, 방법.
  28. 제1항에 있어서, 암은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 및/또는 젬시타빈에 내성인, 방법.
  29. 제1항에 있어서, 암은 포지오티닙, 엘로티닙, 또는 오시머티닙에 대한 후천적 돌연변이를 가지는, 방법.
  30. 제29항에 있어서, 포지오티닙, 엘로티닙, 또는 오시머티닙에 대한 후천적 돌연변이는 EGFR 엑손 20 삽입을 포함하는, 방법.
  31. 제1항에 있어서, 암은 상피 중간엽 이행 (EMT)을 겪는, 방법.
  32. 제31항에 있어서, EMT는 감소된 E-카드헤린 발현, 비멘틴 및/또는 Axl의 증가된 발현, 및/또는 증가된 침윤 표현형으로 입증되는, 방법.
  33. 제1항에 있어서, 대상체는 제2 돌연변이를 포함하는 것으로 추가로 결정된, 방법.
  34. 제33항에 있어서, 제2 돌연변이는 T790M 내성 돌연변이, C797S 내성 돌연변이 또는 L792H 내성 돌연변이인, 방법.
  35. 제1항에 있어서, 암은 제2 돌연변이를 포함하지 않는, 방법.
  36. 제1항에 있어서, 암은 T790M 내성 돌연변이를 포함하지 않는, 방법.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  38. 제37항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 화학요법, 방사선요법, 유전자 요법, 수술, 호르몬 요법, 항신생혈관형성 요법 또는 면역요법인, 방법.
  39. 제37항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법인, 방법.
  40. 제39항에 있어서, TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 또는 CO-1686인, 방법.
  41. 제39항에 있어서, 화학요법은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 또는 젬시타빈인, 방법.
  42. 제39항에 있어서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 정맥내, 피하, 골내, 경구, 경피, 지속 방출, 제어 방출, 지연 방출, 좌약으로, 또는 설하 투여되는, 방법.
  43. 제39항에 있어서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법의 투여는 국소, 부위 또는 전신 투여를 포함하는, 방법.
  44. 제39항에 있어서, CDK 저해제, SAC 성분 저해제, 및/또는 항암 요법은 2회 이상 투여되는, 방법.
  45. 제1항에 있어서, 대상체는 인간인, 방법.
  46. 제45항에 있어서, 대상체는 암을 가지는, 방법.
  47. 제46항에 있어서, 암은 구강암, 구강인두암, 비인두암, 호흡기 암, 비뇨생식기 암, 소화기 암, 중추 또는 말초신경계 조직 암, 내분비 또는 신경내분비 암 또는 조혈암, 신경교종, 육종, 암종, 림프종, 흑색종, 섬유종, 수막종, 뇌암, 구강인두암, 비인두암, 신장암, 담관암, 갈색세포종, 췌장 도세포(islet cell) 암, 리-프라우메니 종양(Li-Fraumeni tumor), 갑상선암, 부갑상선암, 뇌하수체 종양, 부신 선 종양, 골원성 육종 종양, 다발성 신경내분비성 I형 및 II형 종양, 유방암, 폐암, 두경부암, 전립선암, 식도암, 기관암, 간암, 방광암, 위암, 췌장암, 난소암, 자궁암, 자궁경부암, 고환암, 결장암, 직장암 또는 피부암인, 방법.
  48. 제46항에 있어서, 암은 비소세포 폐암인, 방법.
  49. 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정된 대상체에서 사용하기 위한, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제를 포함하는 약학 조성물.
  50. 제49항에 있어서, 하나 이상의 EGFR 활성화 돌연변이는 L858R, 엑손 19 결실, 및 엑손 20 삽입으로 이루어지는 군에서 선택되는, 조성물.
  51. 제50항에 있어서, 엑손 19 결실은 E746-A750 결실, L747-E749 결실, 또는 A750P인, 조성물.
  52. 제50항에 있어서, 엑손 20 삽입은 N771Del Ins FH인, 조성물.
  53. 제49항에 있어서, 대상체는 2, 3, 또는 4개의 EGFR 활성화 돌연변이를 갖는 것으로 결정되는, 조성물.
  54. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 CDK2 저해제, CDK5 저해제, CDK1 저해제, 또는 CDK 9 저해제로 추가로 정의되는, 조성물.
  55. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 디나시클립 (SCH727965), 알보시딥 (플라보피리돌), 로스코비틴 (셀리시클립, CYC202), SNS-032 (BMS-387032), LY2857785, ADZ5438, BMS-265246, NU6027, LDC000067, 우고닌(wogonin), 또는 RO-3306인, 조성물.
  56. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 MSC2530818, 세넥신 A, LDC4297 (LDC044297), PHA-793887, BS-181 HCl, PHA-767491, THX1 2HCl, 또는 XL413인, 조성물.
  57. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 디나시클립 또는 알보시딥인, 조성물.
  58. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 CDK4 저해제 및/또는 CDK6 저해제가 아닌, 조성물.
  59. 제49항에 있어서, CDK 저해제는 팔로시클립 (PD0332991), 아베마시클립 (LY2835219), 또는 리보시클롭이 아닌, 조성물.
  60. 제49항에 있어서, SAC 성분 저해제는 폴로-유사 키나아제 1 (PLK1) 저해제, 오로라 키나아제 저해제, 설비빈, 및/또는 KSP 저해제로 추가로 정의되는, 조성물.
  61. 제60항에 있어서, PLK1 저해제는 BI 2536, 볼라서팁, GSK461364, ON-01910, GW 843682X, 또는 HMN-214인, 조성물.
  62. 제60항에 있어서, PLK1 저해제는 볼라서팁 또는 ON-01910인, 조성물.
  63. 제49항에 있어서, SAC 저해제는 PLK1 저해제가 아닌, 조성물.
  64. 제60항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 팬-오로라 (Pan-Aurora) 저해제, 오로라 A/B 저해제, 또는 오로라 A 저해제인, 조성물.
  65. 제60항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG 900, 앨리서팁, PF-03814735, 토자서팁, MLN8054, 또는 SNS-314 메실레이트인, 조성물.
  66. 제49항에 있어서, 오로라 키나아제 저해제는 AMG-900 또는 앨리서팁인, 조성물.
  67. 제60항에 있어서, KSP 저해제는 이스피네십 또는 SB743921인, 조성물.
  68. 제60항에 있어서, 설비빈 저해제는 YM155인, 조성물.
  69. 제49항에 있어서, 암은 T790M 내성 돌연변이를 포함하지 않는, 조성물.
  70. 제49항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 조성물.
  71. 제70항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 화학요법, 방사선요법, 유전자 요법, 수술, 호르몬 요법, 항신생혈관형성 요법 또는 면역요법인, 조성물.
  72. 제70항에 있어서, 적어도 하나의 추가적인 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법인, 조성물.
  73. 제72항에 있어서, TKI는 오시머티닙, 엘로티닙, 게피티닙, 아파티닙, 다코미티닙, 또는 CO-1686인, 조성물.
  74. 제72항에 있어서, 화학요법은 페메트렉시드, 이리노테칸, 빈블라스틴, 또는 젬시타빈인, 조성물.
  75. 제49항에 있어서, 암은 비소세포 폐암인, 조성물.
  76. 제49항에 있어서, 대상체는 인간인, 조성물.
  77. 암을 가지는 대상체에서 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 제2 항암 요법과의 병용에 대한 반응을 예측하는 방법으로서, 상기 대상체로부터 얻은 게놈 샘플에서 EGFR 활성화 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하며, 여기서 샘플이 EGFR 활성화 돌연변이의 존재에 대해 양성인 경우, 대상체는 CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 제2 항암 요법과의 병용에 대해 호의적인 반응을 보일 것으로 예측되는 방법.
  78. 제77항에 있어서, 항암 요법은 TKI 및/또는 화학요법인, 방법.
  79. 제77항에 있어서, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 항암 요법과의 병용에 대한 호의적인 반응은, 종양 크기 또는 부담의 감소, 종양 성장의 차단, 종양-관련 통증의 감소, 암 관련 병리의 감소, 암 관련 증상의 감소, 암 비-진행, 증가된 무병 기간, 진행까지의 증가된 시간, 관해 유도(induction of remission), 전이의 감소, 또는 증가된 대상체 생존을 포함하는, 방법.
  80. 제77항에 있어서, CDK 저해제 및/또는 SAC 성분 저해제 단독 또는 이와 제2 항암 요법과의 병용을, 호의적인 반응을 보일 것으로 예측되는 상기 대상체에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  81. 제80항에 있어서, 제2 항암 요법은 TKI 또는 화학요법인, 방법.
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