CN111867586A - 用于治疗具有egfr激活突变的癌症的方法 - Google Patents

Abstract

本公开内容提供了用于通过施用CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂来在被确定为具有EGFR激活突变的患者中治疗癌症的方法。

Description

用于治疗具有EGFR激活突变的癌症的方法

本申请要求于2018年3月13日提交的美国临时专利申请No.62/642,472的权益，其通过引用整体并入本文。

背景

本发明在由国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的基金号CA190628的政府支持下完成。政府对本发明具有某些权利。

1.技术领域

本发明一般地涉及癌症生物学和医学领域。更特别地，其涉及用于治疗具有EGFR激活突变的癌症的方法。

2.背景技术

尽管EGFR突变体NSCLC患者最初对EGFR靶向治疗有响应，但不可避免地出现了抗性疾病。在近一半的抗性情况中，肿瘤缺乏继发性EGFR突变(例如T790M)，并且对于第二代和第三代EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor，TKI)是难治的。鉴定针对对TKI具有抗性(例如T790M阴性抗性)的癌症有效的治疗方案仍然是主要的临床挑战。

发明内容

在一些实施方案中，本公开内容提供了在对象中治疗癌症的方法，其包括向所述对象施用有效量的周期蛋白依赖性激酶(cyclin dependent kinase，CDK)抑制剂和/或纺锤体组装检查点(spindle assembly checkpoint，SAC)组分抑制剂，其中所述对象被确定为具有一个或更多个EGFR激活突变。在一些方面中，对象被确定为具有2、3或4个EGFR激活突变。在一些特别的方面中，对象是人。

在一些方面中，一个或更多个EGFR激活突变选自L858R、外显子19缺失和外显子20插入。在某些方面中，外显子19缺失是L747和L749之间的框内缺失，例如E746-A750缺失、L747-E749缺失或A750P。在一些特别的方面中，外显子20插入是N771Del Ins FH。在一些方面中，EGFR突变是G719S、G719A、S768I、E709A、R776H或L861Q。

在某些方面中，通过分析来自患者的基因组样品，对象被确定为具有EGFR激活突变。在一些方面中，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在一些方面中，通过核酸测序或PCR分析来确定EGFR激活突变的存在。

在一些方面中，CDK抑制剂进一步被限定为CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。在某些方面中，CDK抑制剂是地那西利(dinaciclib)(SCH727965)、阿伏西地(alvocidib)(夫拉平度(flavopiridol))、罗斯科维汀(roscovitine)(塞利西利(seliciclib)，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。在某些方面中，CDK抑制剂是MSC2530818、senexin A、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。在一些方面中，CDK抑制剂是地那西利或阿伏西地。在某些方面中，CDK抑制剂不是CDK4抑制剂和/或CDK6抑制剂。在一些特别的方面中，CDK抑制剂不是哌柏西利(palociclib)(PD0332991)、阿贝西利(abemaciclib)(LY2835219)或瑞博西利(ribociclob)。

在某些方面中，SAC组分抑制剂进一步被限定为极样激酶1(polo-like kinase 1，PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。在一些方面中，PLK1抑制剂是BI2536、伏拉色替(volasertib)、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。在一些方面中，PLK1抑制剂是伏拉色替或ON-01910。在另一些方面中，SAC抑制剂不是PLK1抑制剂。在一些方面中，极光激酶抑制剂是泛极光抑制剂(Pan-Aurora inhibitor)、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。在某些方面中，极光激酶抑制剂是AMG 900、阿利色替(alisertib)、PF-03814735、陶扎色替(Tozasertib)、MLN8054或甲磺酸SNS-314。在一些方面中，极光激酶抑制剂是AMG-900或阿利色替。在一些方面中，KSP抑制剂是伊匹尼塞(ispinesib)或SB743921。在一些方面中，存活蛋白抑制剂是YM155。

在一些方面中，治疗导致G2/M期细胞积累、核尺寸增大和/或多倍性。

在某些方面中，癌症对一种或更多种酪氨酸激酶抑制剂(TKI)具有抗性。在一些方面中，一种或更多种TKI选自奥西替尼(osimertinib)、厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、阿法替尼(afatinib)、波齐替尼(poziotinib)、达可替尼(dacomitinib)和CO-1686。在一些方面中，癌症已获得广谱抗药性。在一些方面中，癌症对培美曲塞(pemetrexed)、伊立替康(irinotecan)、长春碱(vinblastine)和/或吉西他滨(gemcitabine)具有抗性。在某些方面中，癌症已经获得了针对波齐替尼和/或另一些TKI的突变。在一些方面中，所获得的针对波齐替尼的突变包含EGFR外显子20插入。在一些方面中，癌症已经经历了上皮向间充质转换(epithelial to mesenchymal transition，EMT)。在一些方面中，EMT通过降低的E-钙黏着蛋白表达、提高的波形蛋白和/或Axl表达和/或提高的侵袭性表型来示出。

在另一些方面中，对象还被确定为包含继发性突变。在一些方面中，继发性突变是T790M抗性突变。在另一些方面中，对象被确定为不具有继发性突变。在一些方面中，对象被确定为不具有T790M抗性突变。

在另一些方面中，所述方法还包括施用至少一种另外的抗癌治疗。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。在一些特别的方面中，TKI是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、达可替尼或CO-1686。在某些方面中，化学治疗是培美曲塞、伊立替康、长春碱或吉西他滨。

在一些方面中，CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗静脉内、皮下、骨内、经口、经皮、以持续释放、以受控释放、以延迟释放、作为栓剂或舌下施用。在一些方面中，施用CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗包括局部、区域或全身性施用。在某些方面中，CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗施用两次或更多次。

在一些方面中，癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌症或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌(carcinoma)、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌(biliary cancer)、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤(Li-Fraumenitumor)、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌I型和II型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌(head and neck cancer)、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。在一些特别的方面中，癌症是非小细胞肺癌。

在另一个实施方案中，提供了包含CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的药物组合物，其用于被确定为具有一个或更多个EGFR激活突变的对象。

在一些方面中，一个或更多个EGFR激活突变选自L858R、外显子19缺失和外显子20插入。在某些方面中，外显子19缺失是L747和L749之间的框内缺失。在一些特别的方面中，外显子20插入是N771Del Ins FH。

在某些方面中，通过分析来自患者的基因组样品，对象被确定为具有EGFR激活突变。在一些方面中，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在一些方面中，通过核酸测序或PCR分析来确定EGFR激活突变的存在。

在一些方面中，CDK抑制剂进一步被限定为CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。在某些方面中，CDK抑制剂是地那西利(SCH727965)、阿伏西地(夫拉平度)、罗斯科维汀(塞利西利，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。在某些方面中，CDK抑制剂是MSC2530818、senexinA、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181 HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。在一些方面中，CDK抑制剂是地那西利或阿伏西地。在某些方面中，CDK抑制剂不是CDK4抑制剂和/或CDK6抑制剂。在一些特别的方面中，CDK抑制剂不是哌柏西利(PD0332991)、阿贝西利(LY2835219)或瑞博西利。

在某些方面中，SAC组分抑制剂进一步被限定为极样激酶1(PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。在一些方面中，PLK1抑制剂是BI 2536、伏拉色替、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。在一些方面中，PLK1抑制剂是伏拉色替或ON-01910。在另一些方面中，SAC抑制剂不是PLK1抑制剂。在一些方面中，极光激酶抑制剂是泛极光抑制剂、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。在某些方面中，极光激酶抑制剂是AMG 900、阿利色替、PF-03814735、陶扎色替、MLN8054或甲磺酸SNS-314。在一些方面中，极光激酶抑制剂是AMG-900或阿利色替。在一些方面中，KSP抑制剂是伊匹尼塞或SB743921。在一些方面中，存活蛋白抑制剂是YM155。

在某些方面中，癌症对一种或更多种酪氨酸激酶抑制剂(TKI)具有抗性。在一些方面中，一种或更多种TKI选自奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、波齐替尼、达可替尼和CO-1686。在一些方面中，癌症已获得广谱抗药性。在一些方面中，癌症对培美曲塞、伊立替康、长春碱和/或吉西他滨具有抗性。在某些方面中，癌症已经获得了针对波齐替尼和另一些TKI的突变。在一些方面中，所获得的针对波齐替尼的突变包含EGFR外显子20插入。在一些方面中，癌症已经经历了上皮向间充质转换(EMT)。在一些方面中，EMT通过降低的E-钙黏着蛋白表达、提高的波形蛋白和/或Axl表达和/或提高的侵袭性表型来示出。

在另一些方面中，对象还被确定为包含继发性突变。在一些方面中，继发性突变是T790M抗性突变、C797S抗性突变或L792H抗性突变。在另一些方面中，对象被确定为不具有继发性突变。在一些方面中，对象被确定为不具有T790M抗性突变。

在另一些方面中，组合物还包含至少一种另外的抗癌治疗。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。在一些特别的方面中，TKI是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、达可替尼或CO-1686。在某些方面中，化学治疗是培美曲塞、伊立替康、长春碱或吉西他滨。

在一些方面中，癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌症或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌I型和II型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。在一些特别的方面中，癌症是非小细胞肺癌。

在另一个实施方案中，提供了在患有癌症的对象中预测对单独的或与第二抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的响应的方法，其包括检测获自所述患者的基因组样品中的EGFR激活突变，其中如果所述样品对于EGFR激活突变的存在呈阳性，则预测所述患者具有对单独的或与抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的有利响应。

在一些方面中，对单独的或与抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的有利响应包括减小肿瘤尺寸或负荷、阻断肿瘤生长、减轻肿瘤相关疼痛、减轻癌症相关病理状况、减轻癌症相关症状、癌症无进展、延长无疾病间隔、延长进展时间、诱导缓解、减轻转移或延长患者存活。

在一些方面中，一个或更多个EGFR激活突变选自L858R、外显子19缺失和外显子20插入。在某些方面中，外显子19缺失是L747和L749之间的框内缺失。在一些特别的方面中，外显子20插入是N771Del Ins FH。

在某些方面中，通过分析来自患者的基因组样品，对象被确定为具有EGFR激活突变。在一些方面中，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在一些方面中，通过核酸测序或PCR分析来确定EGFR激活突变的存在。

在一些方面中，CDK抑制剂进一步被限定为CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。在某些方面中，CDK抑制剂是地那西利(SCH727965)、阿伏西地(夫拉平度)、罗斯科维汀(塞利西利，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。在某些方面中，CDK抑制剂是MSC2530818、senexinA、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181 HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。在一些方面中，CDK抑制剂是地那西利或阿伏西地。在某些方面中，CDK抑制剂不是CDK4抑制剂和/或CDK6抑制剂。在一些特别的方面中，CDK抑制剂不是哌柏西利(PD0332991)、阿贝西利(LY2835219)或瑞博西利。

在某些方面中，SAC组分抑制剂进一步被限定为极样激酶1(PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。在一些方面中，PLK1抑制剂是BI2536、伏拉色替、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。在一些方面中，PLK1抑制剂是伏拉色替或ON-01910。在另一些方面中，SAC抑制剂不是PLK1抑制剂。在一些方面中，极光激酶抑制剂是泛极光抑制剂、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。在某些方面中，极光激酶抑制剂是AMG 900、阿利色替、PF-03814735、陶扎色替、MLN8054或甲磺酸SNS-314。在一些方面中，极光激酶抑制剂是AMG-900或阿利色替。在一些方面中，KSP抑制剂是伊匹尼塞或SB743921。在一些方面中，存活蛋白抑制剂是YM155。

在某些方面中，癌症对一种或更多种酪氨酸激酶抑制剂(TKI)具有抗性。在一些方面中，一种或更多种TKI选自奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、波齐替尼、达可替尼和CO-1686。在一些方面中，癌症已获得广谱抗药性。在一些方面中，癌症对培美曲塞、伊立替康、长春碱和/或吉西他滨具有抗性。在某些方面中，癌症已经获得了针对波齐替尼和另一些TKI的突变。在一些方面中，所获得的针对波齐替尼的突变包含EGFR外显子20插入。在一些方面中，癌症已经经历了上皮向间充质转换(EMT)。在一些方面中，EMT通过降低的E-钙黏着蛋白表达、提高的波形蛋白和/或Axl表达和/或提高的侵袭性表型来示出。

在另一些方面中，对象还被确定为包含继发性突变。在一些方面中，继发性突变是T790M抗性突变。在另一些方面中，对象被确定为不具有继发性突变。在一些方面中，对象被确定为不具有T790M抗性突变。

在另一些方面中，所述方法还包括向预期具有有利响应的所述患者施用单独的或与第二抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。在一些方面中，至少一种另外的抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。在一些特别的方面中，TKI是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、达可替尼或CO-1686。在某些方面中，化学治疗是培美曲塞、伊立替康、长春碱或吉西他滨。

在一些方面中，CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗静脉内、皮下、骨内、经口、经皮、以持续释放、以受控释放、以延迟释放、作为栓剂或舌下施用。在一些方面中，施用CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗包括局部、区域或全身性施用。在某些方面中，CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗施用两次或更多次。

在一些方面中，癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌症或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌I型和II型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。在一些特别的方面中，癌症是非小细胞肺癌。

本发明的另一些目的、特征和优点将从以下详细描述中变得明显。然而，应理解，详细描述和具体实例尽管指出了本发明的一些优选实施方案，但是仅作为举例说明给出，因为通过本详细描述，在本发明精神和范围之内的多种变化和修改对于本领域技术人员而言将变得明显。

附图说明

以下附图构成本说明书的一部分并且为了进一步示出本发明的某些方面而包括在内。通过参照与本文中提出的一些具体实施方案的详细描述组合的这些附图中的一个或更多个可更好地理解本发明。

专利或申请文件包含至少一张彩色附图。在请求并支付必要的费用之后，专利局将提供带有彩色附图的本专利或专利申请公布的副本。

图1：HCC827和HCC4006 ER细胞对于T790M继发性EGFR突变呈阴性。HCC827 ER细胞对多种EGFR抑制剂(包括厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、C0-1686和奥西替尼)具有抗性。

图2A至2D：(A)HCC827厄洛替尼抗性(erlotinib resistant，ER)和HCC4006 ER变体已经经历了上皮向间充质转换(EMT)，如通过E-钙黏着蛋白的损失以及提高的波形蛋白和Axl表达所示出的。(B)HCC827 ER和HCC4006 ER细胞显示出显著提高的侵袭能力，如通过博登室测定法(Boyden chamber assay)所确定的。(C)RPPA蛋白质组分析揭示了相比于亲本NSCLC细胞系，ER细胞中EMT相关蛋白和信号转导途径的变化。(D)RPPA蛋白质组分析揭示了源自相同亲本细胞系的ER克隆之间的异质性。

图3A至3C：进行高通量药物筛选以测试1,321种化合物的效力。已经经历了EMT的EGFR TKI抗性细胞已获得了针对化学治疗剂(A)、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂(B)和酪氨酸激酶抑制剂(C)的广谱抗药性。

图4A至4H：(A至B)高通量药物筛选分析显示，EGFR TKI抗性细胞对靶向周期蛋白依赖性激酶(CDK)、极光激酶、极样激酶1(PLK1)、Bcl、KSP和存活蛋白的药剂表现出持续的敏感性。(C)如通过Western印迹测定的EGFR TKI抗性细胞中PLK1、极光-A、存活蛋白和KSP的蛋白质表达。(D)用提高浓度的极光激酶(阿利色替、AMG900)、PLK1(伏拉色替)或KSP(伊匹尼塞)的抑制剂处理EGFR TKI抗性细胞两周，并通过克隆形成测定(clonogenic assay)来评价生存力。(E至H)克隆形成测定的定量显示，用靶向极光激酶、PLK1和KSP的抑制剂处理之后，肿瘤细胞的生存力被显著抑制。

图5A至5D：(A)用CDK抑制剂地那西利或阿伏西地处理EGFR TKI抗性细胞显著提高了sub-G1细胞的百分比，如通过PI染色和流式细胞术所确定的。(B)PLK1、KSP或极光激酶的抑制导致了G2/M阻滞、亚G1群体增多和多倍体细胞百分比提高。(C至D)CDK、PLK1、KSP或极光激酶的抑制导致核尺寸增大。

图6A至6D：患者来源的NSCLC细胞系MDA-011表达EGFR^L858R(A)和指示间充质表型的标志物(B)，并且对厄洛替尼和奥西替尼具有抗性(C)。(D)MDA-11细胞对CDK(地那西利、阿伏西地)、PLK1(伏拉色替、ON-01910)、KSP(伊匹尼塞、SB743921)和极光A(AMG900、阿利色替)的抑制剂敏感。

图7：EGFR突变体H1975细胞对EGFR抑制剂奥西替尼高度敏感。在奥西替尼中连续培养H.1975细胞，直到出现抗性细胞(H1975 OR5和H1975 OR16)。亲本H1975细胞以及Hl975OR5细胞和Hl975 OR16细胞(对奥西替尼具有抗性)均对SAC抑制剂(包括靶向PLK1的药物(伏拉色替)、靶向KSP的药物(伊匹尼塞)和靶向极光激酶的药物(AMG900和阿利色替))敏感。

图8：具有EGFR外显子20插入突变的YUL0019细胞对EGFR抑制剂波齐替尼高度敏感。在波齐替尼中连续培养YUL0019细胞，直到出现抗性细胞(YUL0019 PR8)。亲本YUL0019细胞和YUL0019 PR8细胞(对波齐替尼具有抗性)二者均对SAC抑制剂(包括靶向PLK1的药物(伏拉色替)、靶向KSP的药物(伊匹尼塞)和靶向极光激酶的药物(AMG900和阿利色替))敏感。

具体实施方式

为了解决对TKI抗性癌症的治疗方案的未得到满足的需求，在本研究中获得了具有针对EGFR TKI厄洛替尼的获得性抗性的一组NSCLC细胞系。EGFR TKI抗性变体的子集对继发性EGFR突变呈阴性，并且对第二代和第三代EGFR TKI(包括奥西替尼、阿法替尼和达可替尼)具有抗性，并且已经经历了上皮向间充质转换(EMT)，如通过E-钙黏着蛋白的损失、增强的N-钙黏着蛋白和Axl表达以及由博登室测定法所确定的提高的侵袭性表型所示出的。蛋白质组分析显示，尽管EGFR TKI抗性细胞表现出相似的间充质和侵袭性表型，但在源自相同亲本细胞系的抗性变体中，蛋白质表达和途径激活存在显著异质性。

为了鉴定对EMT相关的EGFR TKI抗性具有活性的治疗剂，进行了高通量药物筛选以测试1,321种化合物的效力。EMT相关的EGFR TKI抗性伴随着广谱抗药性的获得。与亲本细胞相比，间充质EGFR TKI抗性细胞对用于治疗NSCLC的化学治疗剂(包括培美曲塞、伊立替康、长春碱和吉西他滨)具有显著更高的抗性。EGFR TKI抗性细胞显示出对147种另外的酪氨酸激酶和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的获得性抗性。相比之下，亲本细胞和间充质EGFRTKI抗性变体二者均对CDK抑制剂和靶向纺锤体组装检查点(SAC)组分(包括PLK1、极光、KSP和存活蛋白)的药剂高度敏感。这些发现通过MTS和克隆形成测定来验证。用SAC抑制剂进行治疗诱导了G2/M期细胞积累、核尺寸增大和多倍性。

为了临床上验证这些发现，从对厄洛替尼具有T790M阴性抗性的EGFR突变体NSCLC患者的胸腔积液建立了细胞系(MDA-011)。在体外，MDA-011细胞对厄洛替尼和奥西替尼具有抗性。如通过MTS和克隆形成测定所确定的，MDA-011细胞对CDK抑制剂和SAC抑制剂高度敏感。这些数据表明，针对EGFR TKI的EMT相关抗性与广谱抗药性相关，但可潜在地开发对CDK和SAC抑制的脆弱性(vulnerability)以克服NSCLC患者中的抗性疾病。

因此，在某些实施方案中，本公开内容提供了用CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂治疗具有EGFR激活突变的癌症(例如NSCLC)的方法。EGFR突变体NSCLC细胞可具有或可不具有对EGFR TKI的获得性抗性。示例性的CDK抑制剂包括地那西利和阿伏西地，并且靶向纺锤体组装检查点(SAC)组分的示例性药剂包括PLK1(伏拉色替)、极光A(AMG-900和阿利色替)和KSP(伊匹尼塞)。在一些方面中，癌症(例如NSCLC)细胞表达EGFR激活突变，例如L858R、外显子19缺失和外显子20插入。癌细胞可具有针对EGFR TKI的获得性抗性和/或广谱抗药性，例如由于T790M突变和/或上皮向间充质转换。

I.定义

“EGFR激活突变”在本文中是指可导致癌症(例如肺癌)发展的体细胞突变，并且见于EGFR的外显子18至21中。一些示例性的EGFR激活突变包括单核苷酸替换(例如L858R、V765A、T783或G719变为丝氨酸、丙氨酸或半胱氨酸)、外显子19缺失(例如，L747至L749之间的外显子19的框内缺失)以及外显子20插入和/或复制(例如，D770_N771(ins NPG)、D770_(ins SVQ)和D770_(ins G)N771T)。可获得另一些“抗性突变”，例如T790M。

如本文中在说明书中所用的，没有数量词修饰的名词可意指一个/种或更多个/种。如本文中在权利要求书中所用的，当与词语“包含/包括”联合使用时，没有数量词修饰的名词可意指一个/种或多于一个/种。

虽然本公开内容支持指仅替代方案和“和/或”的定义，但是权利要求书中术语“或/或者”的使用用于意指“和/或”，除非明确地指出仅指替代方案或者替代方案相互排斥。本文中使用的“另一”可意指至少第二个或更多个。术语“约”、“基本上”和“大约”通常意指指定值±5％。

“治疗”包括：(1)在经历或显示出疾病之病理状况或症状的对象或患者中抑制疾病(例如，阻止病理状况和/或症状的进一步发展)，(2)在经历或显示出疾病之病理状况或症状的对象或患者中改善疾病(例如，逆转病理状况和/或症状)，和/或(3)在经历或显示出疾病之病理状况或症状的对象或患者中实现疾病的任何可测量的减轻。

“预防”包括：(1)在可处于疾病风险之中和/或易患疾病但尚未经历或显示出疾病的任何或全部病理状况或症状的对象或患者中抑制疾病的发生，和/或(2)在可处于疾病风险之中和/或易患疾病但尚未经历或显示出疾病的任何或全部病理状况或症状的对象或患者中减慢疾病之病理状况或症状的发生。

本文中使用的术语“患者”或“对象”是指活的哺乳动物生物体，例如人、猴、牛、绵羊、山羊、狗、猫、小鼠、大鼠、豚鼠或其转基因物种。在某些实施方案中，患者或对象是灵长类动物。人患者的一些非限制性实例是成年人、青少年、婴儿和胎儿。

术语“有效”如该术语在说明书和/或权利要求书中所使用的，意指足以实现期望的、预期的或想要的结果。当在用化合物治疗患者或对象的情况下使用时，“有效量”、“治疗有效量”或“药学有效量”意指当向对象或患者施用以治疗或预防疾病时化合物的量是足以影响疾病的这样的治疗或预防的量。

本文中使用的术语“IC₅₀”是指为所获得的最大响应之50％的抑制剂量。这种定量量度表明抑制给定的生物、生化或化学过程(或过程的组分，即酶、细胞、细胞受体或微生物)的一半需要多少特定药物或其他物质(抑制剂)。

“抗癌”剂能够负面地影响对象中的癌细胞/肿瘤，例如通过促进癌细胞的杀伤、诱导癌细胞的凋亡、降低癌细胞的生长速率、减轻转移的发生率或数量、减小肿瘤尺寸、抑制肿瘤生长、降低向肿瘤或癌细胞的血液供应、促进针对癌细胞或肿瘤的免疫应答、预防或抑制癌症的进展或者延长患有癌症的对象的寿命。

术语“插入”或“插入突变”是指向DNA序列中添加一个或更多个核苷酸碱基对。例如，EGFR外显子20插入突变可发生在第767至774位氨基酸之间的约2至21个碱基对。

“检测”、“可检测的”及其语法等同物是指确定靶核酸序列之存在和/或数量和/或特性的方式。在一些实施方案中，检测发生扩增靶核酸序列。在另一些实施方案中，靶核酸的测序可表征为“检测”靶核酸。连接至探针的标记可包括可通过例如化学或物理的方式检测的本领域中已知的多种不同标记中的任一种。可连接至探针的标记可包括例如荧光和发光材料。

“扩增”及其语法等同物是指以模板依赖性的方式(包括但不限于用于扩增核酸序列的广泛范围的技术)线性地或指数性地复制靶核酸序列的至少一部分的任何方法。用于进行扩增步骤的一些示例性方法包括：连接酶链式反应(ligase chain reaction，LCR)、连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)、连接之后Q-复制酶扩增、PCR、引物延伸、链置换扩增(strand displacement amplification，SDA)、超支化链置换扩增、多置换扩增(multiple displacement amplification，MDA)、基于核酸链的扩增(nucleic acidstrand-based amplification，NASBA)、两步多重扩增、滚环扩增(rolling circleamplification，RCA)、重组酶-聚合酶扩增(recombinase-polymerase amplification，RPA)(TwistDx，Cambridg，UK)和自持续序列复制(self-sustained sequencereplication，3SR)，包括多版本或其组合，例如但不限于OLA/PCR、PCR/OLA、LDR/PCR、PCR/PCR/LDR、PCR/LDR、LCR/PCR、PCR/LCR(也称为组合链式反应-CCR)等。这样的技术的描述尤其可见于Sambrook et al.Molecular Cloning，第三版中。

本文中通常使用的“可药用”是指与合理的效益/风险比相称的在合理的医学判断范围内适用于与人和动物的组织、器官和/或体液接触而无过度的毒性、刺激性、变应性应答或者其他问题或并发症的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。

“可药用盐”意指本发明化合物的盐，其是如上文定义的可药用的并且其具有期望的药理学活性。这样的盐的一些非限制性实例包括与无机酸形成的酸加成盐，所述无机酸例如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸和磷酸；或与有机酸形成的酸加成盐，所述有机酸例如1，2-乙二磺酸、2-羟基乙磺酸、2-萘磺酸、3-苯基丙酸、4，4’-亚甲基双(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、4-甲基双环[2.2.2]辛-2-烯-1-羧酸、乙酸、脂肪族单羧酸和二羧酸、脂肪族硫酸、芳香族硫酸、苯磺酸、苯甲酸、樟脑磺酸、碳酸、肉桂酸、柠檬酸、环戊烷丙酸、乙磺酸、富马酸、葡庚糖酸、葡糖酸、谷氨酸、乙醇酸、庚酸、己酸、羟基萘甲酸、乳酸、月桂基硫酸、马来酸、苹果酸、丙二酸、扁桃酸、甲磺酸、黏康酸、o-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、草酸、对氯苯磺酸、苯基取代的烷酸、丙酸、对甲苯磺酸、丙酮酸、水杨酸、硬脂酸、琥珀酸、酒石酸、叔丁基乙酸和三甲基乙酸。可药用盐还包括当存在的酸性质子能够与无机碱或有机碱反应时可形成的碱加成盐。可接受的无机碱包括氢氧化钠、碳酸钠、氢氧化钾、氢氧化铝和氢氧化钙。可接受的有机碱的一些非限制性实例包括乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨丁三醇和N-甲基葡糖胺。应认识到，形成本发明的任何盐的一部分的特定阴离子或阳离子不是关键的，只要该盐作为整体在药理学上是可接受的即可。可药用盐及其制备和使用方法的另外的实例示于Handbookof Pharmaceutical Salts：Properties，and Use(P.H.Stahl&C.G.Wermuth编辑，VerlagHelvetica Chimica Acta，2002)中。

II.EGFR激活突变

本公开内容的某些实施方案涉及确定对象是否具有一个或更多个EGFR激活突变，例如L858R、外显子19缺失或外显子20突变，例如插入突变，特别是一个或更多个插入突变。对象可具有2、3、4或更多个EGFR激活突变。突变检测方法是本领域中已知的，包括PCR分析和核酸测序以及FISH和CGH。在一些特别的方面中，通过DNA测序(例如来自于肿瘤或来自血浆的循环游离DNA)来检测外显子20突变。

EGFR外显子19突变可包含在747至749之间外显子19的氨基酸框内缺失之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。

EGFR外显子20突变可包含第763至778位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。所述一个或更多个EGFR外显子20突变可位于选自A763、A767、S768、V769、D770、N771、P772和H773的一个或更多个残基处。

EGFR外显子20插入可包括H773_V774insH、A767_v769ASV、N771_P772insH、D770_N771insG、H779_V774insH、N771delinsHH、S768_D770dupDVD、A767_V769dupASV、A767_V769dupASV、P772_H773dup、N771_H773dupNPH、S768_D770dupSVD、N771delinsGY、S768_D770delinsSVD、D770_D770delinsGY、A767_V769dupASV和/或H773dup。在一些特别的方面中，外显子20突变是A763insFQEA、A767insASV、S768dupSVD、V769insASV、D770insSVD、D770insNPG、H773insNPH、N771del insGY、N771del insFH和/或N771dupNPH。

患者样品可以是任何身体组织或流体，其包含来自对象中肺癌的核酸。在某些实施方案中，样品将是包含循环肿瘤细胞或无细胞DNA的血液样品。在另一些实施方案中，样品可以是组织，例如肺组织。肺组织可来自肿瘤组织，并且可以是新鲜冷冻的或经福尔马林固定、经石蜡包埋的(formalin-fixed，paraffin-embedded，FFPE)。在某些实施方案中，获得肺肿瘤FFPE样品。

适用于本文中所述方法的样品包含遗传物质，例如基因组DNA(genomic DNA，gDNA)。一般来说，基因组DNA从生物样品(例如血液或口腔被覆的黏膜刮屑)中提取，但也可从其他生物样品(包括尿、肿瘤或祛痰物(expectorant))中提取。一般来说，样品本身将包含有核细胞(例如，血液或颊细胞)或从对象移除的组织，包括正常组织或肿瘤组织。用于获得、处理和分析样品的方法和试剂是本领域中已知的。在一些实施方案中，在健康护理提供者的帮助下(例如抽血)获得样品。在一些实施方案中，在没有健康护理提供者的帮助下获得样品，例如，其中样品是非侵入性获得的，例如使用颊拭子或刷获得的包含颊细胞的样品或漱口水样品。

在一些情况下，可处理生物样品用于DNA分离。例如，细胞或组织样品中的DNA可与样品的其他组分分离。可使用本领域中已知的标准技术从生物样品中收获细胞。例如，可通过离心细胞样品并重悬沉淀的细胞来收获细胞。细胞可重悬于缓冲溶液(例如磷酸缓冲盐水(phosphate-buffered saline，PBS))中。在离心细胞混悬液以获得细胞沉淀之后，可裂解细胞以提取DNA，例如gDNA。参见，例如，Ausubel et al.(2003)。可浓缩和/或纯化样品以分离DNA。获自对象的所有样品(包括经受任何类别的进一步处理的那些)被认为是从对象获得的。常规方法可用于从生物样品提取基因组DNA，包括例如酚提取(phenolextraction)。或者，基因组DNA可用试剂盒(例如

组织试剂盒(Qiagen，Chatsworth，Calif.)和

基因组DNA纯化试剂盒(Promega))进行提取。样品之来源的一些非限制性实例包括尿、血液和组织。

可使用本领域中已知的方法来确定本文中所述的EGFR激活突变的存在或不存在。例如，凝胶电泳、毛细管电泳、尺寸排阻色谱法、测序和/或阵列可用于检测插入突变的存在或不存在。在期望的情况下，可使用本领域中已知的方法(例如PCR)来完成核酸的扩增。在一个实例中，样品(例如，包含基因组DNA的样品)获自对象。然后检查样品中的DNA以确定本文中所述的插入突变的特性。插入突变可通过本文中所述的任何方法来检测，例如通过测序或通过基因组DNA、RNA或cDNA中的基因与核酸探针(例如DNA探针(其包括cDNA和寡核苷酸探针)或RNA探针)的杂交来检测。核酸探针可设计成与特定变体特异性或优先杂交。

一般来说，一组探针是指一组引物(通常是引物对)和/或经可检测标记的探针，其用于检测用于本公开内容的可行治疗建议的靶遗传变异(例如，EGFR激活突变)。引物对用于扩增反应以限定扩增子，所述扩增子跨越针对各个前述基因的靶遗传变异的区域。通过一组相匹配的探针检测该组扩增子。在一个示例性实施方案中，本发明方法可使用TaqMan^TM(Roche Molecular Systems，Pleasanton，Calif.)测定法，其用于检测一组靶遗传变异，例如EGFR激活突变。在一个实施方案中，该组探针是用于产生通过核酸测序反应(例如下一代测序反应)检测的扩增子的一组引物。在这些实施方案中，例如，可使用AmpliSEQ^TM(LifeTechnologies/Ion Torrent，Carlsbad，Calif.)或TruSEQ^TM(Illumina，San Diego，Calif.)技术。

可使用本领域中已知的技术(包括但不限于序列分析和电泳分析)进行核酸标志物的分析。序列分析的一些非限制性实例包括Maxam-Gilbert测序、Sanger测序、毛细管阵列DNA测序、热循环测序(Sears et al.，1992)、固相测序(Zimmerman et al.，1992)、使用质谱(例如基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF/MS))的测序(Fu et al.，1998)以及通过杂交的测序(Chee et al.，1996；Drmanac et al.，1993；Drmanac et al.，1998)。电泳分析的一些非限制性实例包括平板凝胶电泳(例如琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳)、毛细管电泳和变性梯度凝胶电泳。另外，可使用可从公司商购的试剂盒和仪器(例如Life Technologies/Ion Torrent PGM或Proton、Illumina HiSEQ或MiSEQ、以及Roche/454下一代测序系统)进行下一代测序方法。

核酸分析的其他方法可包括直接人工测序(Church and Gilbert，1988；Sangeret al.，1977；美国专利No.5,288,644)；自动荧光测序；单链构象多态性分析(single-stranded conformation polymorphism assay，SSCP)(Schafer et al.，1995)；钳位变性凝胶电泳(clamped denaturing gel electrophoresis，CDGE)；二维凝胶电泳(two-dimensional gel electrophoresis，2DGE或TDGE)；构象敏感性凝胶电泳(conformationalsensitive gel electrophoresis，CSGE)；变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gelelectrophoresis，DGGE)(Sheffield et al.，1989)；变性高效液相色谱(denaturing highperformance liquid chromatography)(DHPLC，Underhill et al.，1997)；红外基质辅助激光解吸/电离(infrared matrix-assisted laser desorption/ionization，IR-MALDI)质谱(WO 99/57318)；迁移率变动分析(Orita et al.，1989)；限制性酶分析(Flavell etal.，1978；Geever et al.，1981)；定量实时PCR(Raca et al.，2004)；异源双链体分析(heteroduplex analysis)；化学错配切割(chemical mismatch cleavage，CMC)(Cottonet al.，1985)；核糖核酸酶保护测定法(RNase protection assay)(Myers et al.，1985)；使用识别核苷酸错配的多肽，例如大肠杆菌(E.coli)mutS蛋白；等位基因特异性PCR，以及这样的方法的组合。参见例如美国专利公开No.2004/0014095，其通过引用整体并入本文。

在一个实例中，鉴定样品中EGFR激活突变的方法包括使来自所述样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针能够与编码突变的EGFR蛋白之核酸或其并入了突变的片段特异性杂交；并检测所述杂交。在一个具体实施方案中，所述探针例如用放射性同位素(³H、³²P或³³P)、荧光剂(罗丹明(rhodamine)或荧光素)或显色剂(chromogenic agent)可检测地标记。在一个具体实施方案中，探针是反义寡聚体，例如PNA、吗啉代-氨基磷酸酯、LNA或2’-烷氧基烷氧基。探针可以是约8个核苷酸至约100个核苷酸、或约10至约75个、或约15至约50个、或约20至约30个。在另一方面，本公开内容的所述探针在用于鉴定样品中EGFR激活突变的试剂盒中提供，所述试剂盒包含特异性杂交至EGFR基因中的突变位点或与其相邻的寡核苷酸。所述试剂盒还可包含用于基于使用所述试剂盒的杂交测试结果，用CDK抑制剂和/或SAC抑制剂治疗患有包含EGFR激活突变之肿瘤的患者的说明书。

在另一方面，用于检测样品中外显子20突变的方法包括扩增来自所述样品的对应于所述EGFR基因的外显子20的核酸、或其疑似包含突变之片段，并比较经扩增的核酸的电泳迁移率与相应的野生型EGFR或其片段的电泳迁移率。迁移率的差异表明经扩增的核酸序列中存在突变。可在聚丙烯酰胺凝胶上确定电泳迁移率。

或者，可使用酶促突变检测(Enzymatic Mutation Detection，EMD)分析核酸以检测突变(Del Tito et al.，1998)。EMD使用噬菌体解离酶T₄内切核酸酶VII，其沿双链DNA扫描直至其检测到并切割由点突变、插入和缺失导致的碱基对错配引起的结构扭曲。检测到由解离酶切割形成的两个短片段(例如通过凝胶电泳)表明存在突变。EMD方法的优点是直接从PCR反应鉴定所测定的点突变、缺失和插入的单一方案，消除了对样品纯化的需要，缩短了杂交时间，并提高了信噪比。可测定包含高至20倍过量的正常DNA和尺寸大至4kb的片段的混合样品。然而，EMD扫描不识别在突变阳性样品中发生的特定碱基变化，如果必需的话，需要另外的测序操作来鉴定突变。如在美国专利No.5,869,245中所示出的，可类似于解离酶T₄内切核酸酶VII使用CEL I酶。

III.治疗方法

本文中还提供了用于在个体中治疗或延迟癌症进展的方法，其包括对于被确定为具有EGFR激活突变(例如L858R突变、外显子20缺失和/或外显子20插入)的对象，向个体施用有效量的CDK抑制剂、SAC组分抑制剂或结构类似的抑制剂。对象可具有多于一个EGFR激活突变。

考虑用于进行治疗的癌症的一些实例包括肺癌、头颈癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肾癌、骨癌、睾丸癌、宫颈癌、胃肠癌、淋巴瘤、肺中的肿瘤前病变、结肠癌、黑素瘤和膀胱癌。在一些特别的方面中，癌症是非小细胞肺癌。

在一些实施方案中，对象是哺乳动物，例如灵长类，优选高级灵长类，例如人(例如，患有本文中所述病症或处于其患病风险之中的患者)。在一个实施方案中，对象需要增强免疫应答。在某些实施方案中，对象是免疫受损的或处于免疫受损的风险之中。例如，对象正在经历或已经历化学治疗性治疗和/或放射治疗。或者，或组合地，对象是由于感染而免疫受损的或处于由于感染而免疫受损的风险之中。

CDK抑制剂可以是CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。CDK抑制剂可以是为以下的CDK抑制剂：地那西利(SCH727965)、阿伏西地(夫拉平度)、罗斯科维汀(塞利西利，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。另一些示例性CDK抑制剂包括MSC2530818、senexin A、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。在一些特别的方面中，CDK抑制剂可以是地那西利或阿伏西地。

SAC组分抑制剂可以是极样激酶1(PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。PLK1抑制剂可以是BI 2536、伏拉色替、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。极光激酶抑制剂可以是泛极光抑制剂、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。极光激酶抑制剂可以是AMG 900、阿利色替、PF-03814735、陶扎色替、MLN8054或甲磺酸SNS-314。KSP抑制剂可以是伊匹尼塞或SB743921。存活蛋白抑制剂可以是YM155。在一些方面中，SAC组分抑制剂不是MAD2抑制剂。

某些实施方案涉及与CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂组合的TKI的施用。TKI可以是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、波齐替尼、达可替尼和CO-1686或本领域已知的另一些TKI。在一些方面中，施用为波齐替尼(也称为HM781-36B、HM781-36和1-[4-[4-(3，4-二氯-2-氟苯胺基)-7-甲氧基喹唑啉-6-基]氧基哌啶-1-基]丙-2-烯-1-酮)的TKI。波齐替尼是基于喹唑啉的泛HER(pan-HER)抑制剂，其不可逆地阻断通过酪氨酸激酶受体的HER家族(包括HER1、HER2和HER4)的信号传导。波齐替尼或结构类似的化合物(例如，美国专利No.8,188,102和美国专利公开No.20130071452；通过引用并入本文)可用于本发明方法。

A.药物组合物

本文中还提供了包含CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂以及可药用载体的药物组合物和制剂，其用于被确定为具有EGFR激活突变(例如L858突变、外显子19缺失或外显子20插入)的对象。

本文中所述的药物组合物和制剂可以以经冻干的制剂或水溶液的形式，通过将具有期望纯度程度的活性成分(例如抗体或多肽)与一种或更多种任选的可药用载体混合来制备(Remington’s Pharmaceutical Sciences第22版，2012)。可药用载体在所使用的剂量和浓度下通常对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，例如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(例如十八烷基二甲基苄基氯化铵；氯化六甲铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；以及间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，例如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，例如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，例如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，例如EDTA；糖，例如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐反荷离子，例如钠；金属配合物(例如Zn-蛋白质配合物)；和/或非离子表面活性剂，例如聚乙二醇(PEG)。本文中的示例性可药用载体还包括形成空隙的(insterstitial)药物分散剂，例如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，例如rHuPH20(

Baxter International，Inc.)。某些示例性sHASEGP(包括rHuPH20)和使用的方法描述于美国专利公开No.2005/0260186和2006/0104968中。在一个方面中，sHASEGP与一种或更多种另外的糖胺聚糖酶(例如软骨素酶)组合。

B.组合治疗

在某些实施方案中，一些本发明实施方案的组合物和方法涉及CDK抑制和/或SAC成分抑制与至少一种另外的治疗组合。另外的治疗可以是放射治疗、手术(例如，肿块切除术和乳房切除术)、化学治疗、基因治疗、DNA治疗、病毒治疗、RNA治疗、免疫治疗、骨髓移植、纳米治疗、单克隆抗体治疗或前述的组合。另外的治疗可以是辅助或新辅助治疗的形式。

在一些实施方案中，另外的治疗是施用小分子酶抑制剂或抗转移剂。在一些实施方案中，另外的治疗是施用副作用限制剂(例如，旨在降低治疗副作用的发生和/或严重程度的药剂，例如抗恶心剂等)。在一些实施方案中，另外的治疗是放射治疗。在一些实施方案中，另外的治疗是手术。在一些实施方案中，另外的治疗是放射治疗和手术的组合。在一些实施方案中，另外的治疗是γ辐照。在一些实施方案中，另外的治疗是靶向PBK/AKT/mTOR途径的治疗、HSP90抑制剂、微管蛋白抑制剂、凋亡抑制剂和/或化学预防剂。另外的治疗可以是本领域中已知的一种或更多种化学治疗剂。

抑制剂可在相对于另外的癌症治疗(例如免疫检查点治疗)之前、期间、之后或以多种组合施用。施用可以以同时至间隔数分钟至数天至数周进行。在其中将抑制剂与另外的治疗剂分开提供给患者的一些实施方案中，通常将确保在每次递送的时间之间相当长的一段时间内不会失效，使得两种化合物仍然能够对患者发挥有利的组合作用。在这样的情况下，考虑在彼此相隔约12小时至24小时或72小时内，并且更特别地，在彼此相隔约6小时至12小时内，可为患者提供抗体治疗和抗癌治疗。在一些情况下，可期望显著地延长治疗的时间期，其中各施用之间间隔数天(2、3、4、5、6或7)至数周(1、2、3、4、5、6、7或8)。

可使用多种组合。对于以下的实例，CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂是“A”，并且抗癌治疗是“B”：

考虑到药剂的毒性(如果有的话)，向患者施用本发明实施方案的任何化合物或治疗将遵循用于施用这样的化合物的一般方案。因此，在一些实施方案中，存在可归因于组合治疗的监测毒性的步骤。

1.化学治疗

可根据本发明实施方案使用广泛多种的化学治疗剂。术语“化学治疗”是指使用药物来治疗癌症。“化学治疗剂”用于意指在癌症治疗中施用的化合物或组合物。这些药剂或药物通过其在细胞内的活性模式(例如其是否影响细胞周期和在什么阶段影响细胞周期)进行分类。或者，可基于药剂直接交联DNA、嵌入到DNA中或通过影响核酸合成来诱导染色体和有丝分裂畸变的能力来表征药剂。

化学治疗剂的一些实例包括：烷化剂，例如噻替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯类，例如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶类，例如苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替哌(meturedopa)和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimine)和甲基蜜胺类(methylamelamine)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethiylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱类(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(topotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；卡利抑素(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；海兔毒素(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustard)，例如氯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸甲氧氮芥(mechlorethamine oxidehydrochloride)、美法仑、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)和尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；硝基脲类(nitrosurea)，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，例如烯二炔类(enediyne)抗生素(例如，加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；双膦酸盐类(bisphosphonate)，例如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新抑癌菌素(neocarzinostatin)生色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素生色团、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素、氨茴霉素(authrarnycin)、氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycinis)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯代-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、依达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(例如丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺加霉素(nogalarnycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfimromycin)、嘌呤霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星、链黑菌素、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁和佐柔比星；抗代谢物类，例如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、蝶罗呤(pteropterin)和三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)和硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、多西氟尿啶(doxifluridine)、依诺他滨和氟尿苷；雄激素类，例如卡鲁睾酮、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷和睾内酯；抗肾上腺类，例如米托坦(mitotane)和曲洛司坦；叶酸补充剂，例如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基酮戊酸；恩尿嘧啶；氨吖啶(amsacrine)；贝他布昔(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟氨酸(elformithine)；醋酸羟吡咔唑(elliptinium acetate)；埃博霉素类(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登素生物碱类(maytansinoid)，例如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；苯来美特(phenamet)；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；PSK多糖复合物)；雷佐生(razoxane)；根毒素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2，2’，2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯类(trichothecene)(尤其是T-2毒素、疣孢菌素A(verracurinA)、杆孢菌素A和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛；达卡巴嗪；甘露氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；紫杉烷类，例如紫杉醇和多西他赛(docetaxel)；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；铂配位复合物，例如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春碱；铂类；依托泊苷(VP-16)；异磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺安托(novantrone)；替尼泊苷；依达曲沙；柔红霉素；氨基蝶呤；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(例如，CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，例如视黄酸；卡培他滨；卡铂、丙卡巴肼、普卡霉素(plicomycin)、吉西他滨、诺维本、法呢基蛋白转移酶抑制剂、反铂；以及以上任一种的可药用盐、酸或衍生物。

2.放射治疗

导致DNA损伤并已广泛使用的其他因素包括通常被称为γ射线、X射线的那些和/或向肿瘤细胞定向递送放射性同位素。还考虑了其他形式的DNA损伤因素，例如微波、质子束辐照(美国专利5,760,395和4,870,287)和UV辐照。最有可能所有这些因素对DNA、DNA前体、DNA的复制和修复以及染色体的组装和维持引起广泛的损害。X射线的剂量范围以50至200伦琴日剂量持续一段长时间(3至4周)至2000至6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围变化很大，并且取决于同位素的半衰期、所发射辐射的强度和类型、以及肿瘤细胞的摄取。

3.免疫治疗

技术人员将理解，另外的免疫治疗可与一些实施方案的方法组合或结合使用。在癌症治疗的情况下，免疫治疗剂通常依赖于使用免疫效应细胞和分子以靶向并破坏癌细胞。利妥昔单抗

就是这样的一个实例。免疫效应物可以是例如对肿瘤细胞表面上的一些标志物特异的抗体。抗体单独可充当治疗的效应物，或者其可募集其他细胞以实际影响细胞杀伤。抗体还可与药物或毒素(化学治疗剂、放射性核素、蓖麻毒素A链、霍乱毒素、百日咳毒素等)缀合并且充当靶向剂。或者，效应物可以是直接或间接地与肿瘤细胞靶标相互作用的携带表面分子的淋巴细胞。多种效应物细胞包括细胞毒性T细胞和NK细胞。

已经出现抗体-药物缀合物作为癌症治疗剂开发的突破性方法。癌症在世界上是首要死亡原因之一。抗体-药物缀合物(Antibody-drug conjugate，ADC)包含与杀伤细胞的药物共价连接的单克隆抗体(monoclonal antibody，MAb)。该方法将Mab针对其抗原靶标的高特异性与高效细胞毒性药物组合，产生将有效载荷(药物)递送至具有丰富水平抗原的肿瘤细胞的“武装”MAb。药物的靶向递送还使其在正常组织中的暴露最小化，导致毒性降低和治疗指数提高。FDA对两种ADC药物的批准(2011年

(维汀-布仑妥昔单抗(brentuximab vedotin))和2013年

(曲妥珠单抗美坦新(trastuzumabemtansine)或T-DM1))验证了该方法。目前存在超过30种ADC药物候选者处于癌症治疗临床试验的多个阶段(Leal et al.，2014)。随着抗体工程和接头-有效载荷优化变得越来越成熟，新ADC的发现和开发越来越依赖于适合于该方法和靶向Mab产生的新靶标的鉴定和验证。ADC靶标的两个标准是在肿瘤细胞中上调/高水平的表达和稳健的内化。

在免疫治疗的一个方面中，肿瘤细胞必须携带可进行靶向的一些标志物，即，不存在于大多数其他细胞上。存在许多肿瘤标志物，并且这些肿瘤标志物中的任一种可适于本发明实施方案的情况中的靶向。常见的肿瘤标志物包括CD20、癌胚抗原、酪氨酸酶(p97)、gp68、TAG-72、HMFG、唾液酸化的路易斯抗原(Sialyl Lewis Antigen)、MucA、MucB、PLAP、层黏连蛋白受体、erb B和p155。免疫治疗的一个替代方面是将抗癌作用与免疫刺激作用组合。还存在免疫刺激分子，其包括：细胞因子，例如IL-2、IL-4、IL-12、GM-CSF、γ-IFN；趋化因子，例如MIP-1、MCP-1、IL-8；以及生长因子，例如FLT3配体。

免疫治疗的一些实例包括免疫佐剂，例如，牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)、恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、二硝基氯苯和芳香族化合物(美国专利5,801,005和5,739,169；Hui and Hashimoto，1998；Christodoulides et al.，1998)；细胞因子治疗，例如干扰素α、β和γ，IL-1、GM-CSF和TNF(Bukowski et al.，1998；Davidson et al.，1998；Hellstrand et al.，1998)；基因治疗，例如，TNF、IL-1、IL-2和p53(Qin et al.，1998；Austin-Ward and Villaseca，1998；美国专利5,830,880和5,846,945)；以及单克隆抗体，例如抗CD20、抗神经节苷脂GM2和抗p185(Hollander，2012；Hanibuchi et al.，1998；美国专利5,824,311)。考虑一种或更多种抗癌治疗可与本文中所述的抗体治疗一起使用。

在一些实施方案中，免疫治疗可以是免疫检查点抑制剂。免疫检查点调高信号(例如共刺激分子)或调低信号。可通过免疫检查点阻断被靶向的抑制性免疫检查点包括：腺苷A2A受体(A2A receptor，A2AR)、B7-H3(也称为CD276)、B和T淋巴细胞衰减剂(B and Tlymphocyte attenuator，BTLA)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein4，CTLA-4，也称为CD152)、吲哚胺2，3-双加氧酶(indoleamine 2，3-dioxygenase，IDO)、杀伤细胞免疫球蛋白(killer-cellimmunoglobulin，KIR)、淋巴细胞激活基因-3(lymphocyte activation gene-3，LAG3)、程序性死亡1(programmed death 1，PD-1)、T-细胞免疫球蛋白结构域和黏蛋白结构域3(T-cell immunoglobulin domain and mucin domain 3，TIM-3)和T细胞激活的V结构域Ig抑制剂(V-domain Ig suppressor of T cell activation，VISTA)。特别地，免疫检查点抑制剂靶向PD-1轴和/或CTLA-4。

免疫检查点抑制剂可以是药物，例如小分子、重组形式的配体或受体，或者特别是抗体，例如人抗体(例如，国际专利公开WO2015016718；Pardoll，Nat Rev Cancer；12(4)：252-64，2012；二者均通过引用并入本文)。可使用免疫检查点蛋白或其类似物的已知抑制剂，特别是可使用嵌合、人源化或人形式的抗体。如本领域技术人员将知晓的，替代和/或等同名称可用于本公开内容中提及的某些抗体。在本发明的上下文中，这样的替代和/或等同名称是可互换的。例如，已知，兰罗利珠单抗(lambrolizumab)也以替代和等同名称MK-3475和派姆单抗为人所知。

在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PD-1配体结合配偶体是PDL1和/或PDL2。在另一个实施方案中，PDL1结合拮抗剂是抑制PDL1与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PDL1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中，PDL2结合拮抗剂是抑制PDL2与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面，PDL2结合配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫黏附蛋白、融合蛋白或寡肽。一些示例性抗体描述于美国专利No.8,735,553、8,354,509和8,008,449中，其均通过引用并入本文。用于本文中提供的方法的其他PD-1轴拮抗剂在本领域中是已知的，例如描述于美国专利公开No.US20140294898、US2014022021和US20110008369中，其均通过引用并入本文。

在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些实施方案中，抗PD-1抗体选自纳武单抗、派姆单抗和CT-011。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是免疫黏附蛋白(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PDL1或PDL2的胞外或PD-1结合部分的免疫黏附蛋白)。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。纳武单抗(也称为MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558和

)是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。派姆单抗(也称为MK-3475、Merck3475、兰罗利珠单抗、

和SCH-900475)是WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。CT-011(也称为hBAT或hBAT-1)是WO2009/101611中描述的抗PD-1抗体。AMP-224(也称为B7-DCIg)是WO2010/027827和WO2011/066342中描述的PDL2-Fc融合可溶性受体。

可在本文中提供的方法中被靶向的另一种免疫检查点是细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)，也称为CD152。人CTLA-4的完整cDNA序列具有Genbank登录号L15006。CTLA-4见于T细胞表面上并且当与抗原呈递细胞表面上的CD80或CD86结合时用作“关闭”开关。CTLA4是免疫球蛋白超家族的成员，其在辅助性T细胞的表面上表达并向T细胞传递抑制信号。CTLA4与T细胞共刺激蛋白CD28类似，并且这两种分子与抗原呈递细胞上的CD80和CD86(也分别称为B7-1和B7-2)结合。CTLA4向T细胞传递抑制信号，而CD28传递刺激信号。胞内CTLA4也见于调节性T细胞中并且可对其功能很重要。通过T细胞受体和CD28的T细胞激活导致CTLA-4(B7分子的抑制性受体)的表达提高。

在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗CTLA-4抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)、其抗原结合片段、免疫黏附蛋白、融合蛋白或寡肽。

可使用本领域中公知的方法来产生适用于本发明方法的抗人CTLA-4抗体(或从其来源的VH和/或VL结构域)。或者，可使用本领域公认的抗CTLA-4抗体。例如，在以下中公开的抗CTLA-4抗体可用于本文中公开的方法中：美国专利No.8,119,129；国际专利公开No.WO01/14424、WO 98/42752和WO 00/37504(CP675,206，也称为曲美目单抗；以前的ticilimumab)；美国专利No.6,207,156；Hurwitz et al.，1998；Camacho et al.，2004；以及Mokyr et al.，1998。每个上述出版物的教导在此通过引用并入。也可使用与任何这些本领域公认的抗体竞争与CTLA-4结合的抗体。例如，国际专利申请No.WO2001014424和WO2000037504和美国专利No.US8,017,114中描述了人源化CTLA-4抗体；其均通过引用并入本文。

示例性的抗CTLA-4抗体是伊匹单抗(也称为10D1、MDX-010、MDX-101和

)或其抗原结合片段和变体(参见例如WO 01/14424)。在另一些实施方案中，抗体包含伊匹单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抗体包含伊匹单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域，以及伊匹单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体竞争与CTLA-4上的相同表位结合和/或结合至CTLA-4上的相同表位。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体具有至少约90％的可变区氨基酸序列同一性(例如，与伊匹单抗具有至少约90％、95％或99％的可变区同一性)。

用于调节CTLA-4的其他分子包括例如美国专利No.5,844,905、5,885,796和国际专利申请No.WO1995001994和WO1998042752(其均通过引用并入本文)中描述的CTLA-4配体和受体，以及例如美国专利No.8,329,867(通过引用并入本文)中描述的免疫黏附蛋白。

4.手术

约60％患有癌症的人将经历某种类型的手术，其包括预防性、诊断性或分期、治愈性和姑息性手术。治愈性手术包括其中全部或一部分癌组织被物理去除、切除和/或破坏的切除术，并且可与其他治疗(例如本发明实施方案的治疗、化学治疗、放射治疗、激素治疗、基因治疗、免疫治疗和/或替代治疗)结合使用。肿瘤切除术是指物理去除至少一部分肿瘤。除肿瘤切除术之外，通过手术的治疗包括激光手术、冷冻手术、电外科手术和用显微镜控制的手术(莫氏手术(Mohs’surgery))。

在切除一部分或全部癌性细胞、组织或肿瘤之后，可在体内形成腔。治疗可通过灌注、直接注射或向该区域局部施用另外的抗癌治疗来实现。这样的治疗可以重复，例如每1、2、3、4、5、6或7天，或者每1、2、3、4和5周，或者每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。这些治疗也可具有多种剂量。

5.其他药剂

考虑可将另外的药剂与本发明实施方案的某些方面组合使用以改善治疗的治疗效力。这些另外的药剂包括影响细胞表面受体和GAP连接的上调的药剂、细胞抑制剂和分化剂、细胞黏附抑制剂、提高过度增殖细胞对细胞凋亡诱导剂或其他生物药剂之敏感性的药剂。通过提高GAP连接数提高细胞间信号转导将提高相邻过度增殖细胞群的抗过度增殖性作用。在另一些实施方案中，细胞抑制剂或分化剂可与本发明实施方案的某些方面组合使用以改善治疗的抗过度增殖效力。考虑细胞黏附抑制剂以改善本发明实施方案的效力。细胞黏附抑制剂的一些实例是黏着斑激酶(focal adhesion kinase，FAK)抑制剂和洛伐他汀。还考虑提高过度增殖细胞对细胞凋亡之敏感性的另一些药剂(例如抗体c225)可与本发明实施方案的某些方面组合使用以改善治疗效力。

IV.试剂盒

用于检测EGFR激活突变(例如本文中公开的那些)的试剂盒也在本公开内容的范围内。这样的试剂盒的一个实例可包含一组L858R、外显子19缺失和/或外显子20突变特异性引物。试剂盒可还包含用于使用引物以检测本文中所述的特定EFGR激活突变之存在或不存在的说明书。试剂盒可还包含用于诊断目的的说明书，指示在来自癌症患者的样品中本文中所述的EGFR激活突变的阳性鉴定表明对CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的敏感性。所述试剂盒可还包含说明书，其指示在来自癌症患者的样品中本文中所述的EGFR激活突变的阳性鉴定表明患者应用CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂进行治疗。

V.实施例

包含以下实施例以示出本发明的一些优选实施方案。本领域技术人员应理解，在以下实施例中公开的技术表示本发明人发现的在本发明的实践中运行良好的技术，并因此可被认为构成用于其实施的一些优选模式。然而，根据本公开内容，本领域技术人员应理解，可对所公开的具体实施方案作出许多改变，并且仍然获得相似或类似的结果而不背离本发明的精神和范围。

实施例1-用于治疗具有EGFR激活突变的癌症的方法的鉴定

尽管EGFR突变体NSCLC患者最初对EGFR靶向治疗有响应，但不可避免地出现了抗性疾病，并且在近一半的抗性情况中，肿瘤缺乏继发性EGFR突变(例如T790M)，并且对于第二代和第三代EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)是难治的。鉴定对T790M阴性抗性有效的治疗方案仍然是主要的临床挑战。为了解决这一未得到满足的需求，得到了具有针对EGFR TKI厄洛替尼、吉非替尼、奥西替尼或波齐替尼的获得性抗性的一组NSCLC细胞系。

对于上皮向间充质转换(EMT)的标志物，通过反相蛋白质阵列(reverse phaseprotein array，RPPA)和Western印迹分析对抗性细胞进行蛋白质组分析。使用高通量384孔板系统中的Cell Titer glow测定法进行药物筛选。SAC和CDK抑制剂的长期作用通过J4天克隆形成测定来评价。

使用HCC827和HCC4006(EGFR突变体NSCLC细胞)，通过在提高浓度的TKI(例如厄洛替尼)中连续培养细胞来体外获得EGFR TKI抗性变体。厄洛替尼抗性细胞(ER)对继发性EGFR突变呈阴性，并且对第二代和第三代EGFR TKI(包括奥西替尼、阿法替尼和达可替尼)具有抗性(图1)，并且已经经历了上皮向间充质转换(EMT)，如通过E-钙黏着蛋白的损失、增强的N-钙黏着蛋白和Axl表达以及由博登室测定法所确定的提高的侵袭性表型所示出的。蛋白质组分析显示，尽管EGFR TKI抗性细胞表现出相似的间充质和侵袭性表型，但在源自相同亲本细胞系的抗性变体中，蛋白质表达和途径激活存在显著异质性。

为了鉴定对EMT相关的EGFR TKI抗性具有活性的治疗剂，进行了高通量药物筛选以测试1,321种化合物的效力。EMT相关的EGFR TKI抗性伴随着广谱抗药性的获得。与亲本细胞相比，间充质EGFR TKI抗性细胞对用于治疗NSCLC的化学治疗剂(包括培美曲塞、伊立替康、长春碱和吉西他滨)具有显著更高的抗性。EGFR TKI抗性细胞显示出对147种另外的酪氨酸激酶和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的获得性抗性。相比之下，亲本细胞和间充质EGFRTKI抗性变体二者均对CDK抑制剂和靶向纺锤体组装检查点(SAC)组分(包括PLK1、极光、KSP和存活蛋白)的药剂高度敏感。这些发现通过MTS和克隆形成测定来验证。用SAC抑制剂进行治疗诱导了G2/M期细胞积累、核尺寸增大和多倍性。

为了临床上验证这些发现，从对厄洛替尼具有T790M阴性抗性的EGFR突变体NSCLC患者的胸腔积液建立了细胞系(MDA-011)。在体外，MDA-011细胞对厄洛替尼和奥西替尼具有抗性。如通过MTS和克隆形成测定所确定的，MDA-011细胞对CDK抑制剂和SAC抑制剂高度敏感。这些数据表明，针对EGFR TKI的EMT相关抗性与广谱抗药性相关，但对CDK和SAC抑制具有脆弱性，其可被开发以克服NSCLC患者的中抗性疾病。

表1：5天Cell Titer Glo测定的SAC抑制剂的IC50。

表2：5天Cell Titer Glo测定的SAC抑制剂的IC50。

药物	靶标	HCC4006 GIC<sub>50</sub>(μM)	HCC4006 ER GIC<sub>50</sub>(μM)
				BI2538	PLKI	0.01	0.07
BI6727(伏拉色替)	PLK1	0.01	0.54
				GSK461364	PLK1	0.01	0.01
ON-01910	PLK1	0.02	0.02
				GW 843682X	PLK1	0.17	0.22
HMN-214	PLK1	0.70	0.69
				ON-01910	PLKI	0.01	0.02
AMG 900	泛极光	0.01	0.01
				MLN8054	泛极光	0.25	0.08
MLN8237(阿利色替)	极光A	0.03	0.02
				PF-03814735	极光A/B	0.02	0.02
甲磺酸SNS-314	泛极光	0.05	0.03
				TOZASERTIB	极光A	0.02	0.04
伊匹尼塞(SB-713992)	KSP	0.01	0.03
				SB 743921	KSP	0.01	0.03
YM155	存活蛋白	0.01	0.03

表3：5天Cell Titer Glo测定的CDK抑制剂的IC50。

药物	靶标	HCC4006 GIC<sub>50</sub>(μM)	HCC4006 ER GIC<sub>50</sub>(μM)
				AZD5438	CDK	0.18	0.28
地那西利	CDK	0.01	0.01
				阿伏西地	CDK	0.05	0.04
阿贝西利	CDK	0.03	0.30
				哌柏西利	CDK	0.04	0.04
药物	靶标	HCC4006 GIC<sub>50</sub>(μM)	HCC4006 ER GIC<sub>50</sub>(μM)
				AZD5438	CDK	0.16	0.11
地那西利	CDK	0.01	0.01
				阿伏西地	CDK	0.03	0.03
阿贝西利	CDK	0.06	0.11
				哌柏西利	CDK	0.40	0.88

接下来，在奥西替尼中培养H1975细胞(EGFR突变，T790M阳性)，直到出现抗性变体。奥西替尼抗性细胞(H1975 OR5和H1975 OR16)已经经历了EMT并且对CDK抑制剂和靶向SAC组分的药剂(包括PLK1(伏拉色替)、极光(AMG-900和阿利色替)、KSP(伊匹尼塞))敏感(图7)。

另外，在针对对EGFR外显子20插入突变具有活性的抑制剂的获得性抗性设置中，研究了CDK和SAC抑制剂。YUL-0019细胞具有EGFR外显子20插入突变，并且对EGFR抑制剂波齐替尼高度敏感。在波齐替尼中连续培养YUL-0019细胞，直到出现抗性细胞。YUL-0019细胞和YUL-0019 PR8细胞(波齐替尼抗性)对CDK抑制剂(包括地那西利和阿伏西地)、SAC抑制剂(包括PLKI(伏拉色替)、极光(AMG-900和阿利色替)和KSP(伊匹尼塞))高度敏感(图8)。这些数据表明，针对EGFR TKI的EMT相关抗性与广谱抗药性相关，但对CDK和SAC抑制具有脆弱性，其可被开发以克服NSCLC患者的中抗性疾病。

***

根据本公开内容，本文中公开且要求保护的所有方法均可在不进行过度实验的情况下做出和执行。虽然本发明的组合物和方法已根据一些优选实施方案进行描述，但是对于本领域技术人员来说将明显的是，在不偏离本发明的概念、精神和范围的情况下可对本文中所述方法以及本文中所述方法的步骤或步骤顺序作出改变。更具体地，将明显的是，在化学和生理学两方面都相关的某些试剂可替代本文中所述的试剂而实现相同或类似的结果。对本领域技术人员而言明显的所有这样的类似替代和修改被认为在由所附权利要求书限定的本发明的精神、范围和概念之内。

参考文献

以下参考文献就其提供补充本文中阐述内容的示例性操作或其他细节而言特别地通过引用并入本文。

Austin-Ward and Villaseca，Revista Medica de Chile，126(7)：838-845，1998.

Ausubel et al.，Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley&amp；Sons，New York，NY，2003.

Bukowski et al.，Clinical Cancer Res.，4(10)：2337-2347，1998.

Camacho et al.J Clin Oncology 22(145)：Abstract No.2505(antibody CP-675206)，2004.

Chee et al.，Science，274：610-614，1996.

Cho et al.，Cancer Res 73：6770-9，2013.

Christodoulides et al.，Microbiology，144(Pt 11)：3027-3037，1998.

Church and Gilbert，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81：1991-1995(1988).

Cotton et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85：4397-4401(1985).

Davidson et al.，J.Immunother.，21(5)：389-398，1998.

Del Tito et al.，Clinical Chemistry 44：731-739，1998.

Drmanac et al.，Nat.Biotechnol.，16：54-58，1998.

Drmanac et al.，Science，260：1649-1652，1993.

Flavell et al.，Cell 15：25(1978).

Fu et al.，Nat.Biotechnol.，16：381-384，1998/

Geever et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78：5081(1981).

Hanibuchi et al.，Int.J.Cancer，78(4)：480-485，1998.

Hellstrand et al.，Acta Oncologica，37(4)：347-353，1998.

Hollander，Front.Immun.，3：3，2012.

Hui and Hashimoto，Infection Immun.，66(11)：5329-5336，1998.

Hurwitz et al.Proc Natl Acad Sci USA 95(17)：10067-10071，1998.

国际专利公开No.WO 99/57318

国际专利公开No.WO1995001994

国际专利公开No.WO1998042752

国际专利公开No.WO2000037504

国际专利公开No.WO2001014424

国际专利公开No.WO2009/101611

国际专利公开No.WO2009/114335

国际专利公开No.WO2010/027827

国际专利公开No.WO2011/066342

国际专利公开No.WO2015016718

国际专利公开No.WO01/14424

国际专利公开No.WO98/42752

Leal，M.，Ann N Y Acad Sci 1321，41-54，2014.

Mokyr et al.Cancer Res 58：5301-5304，1998.

Pardoll，Nat Rev Cancer，12(4)：252-64，2012.

Qin et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，95(24)：14411-14416，1998.

Raca et al.，Genet Test 8(4)：387-94(2004).

Sanger et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74：5463-5467(1977).

Sears et al.，Biotechniques，13：626-633，1992.

Sheffield et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：232-236(1989).

美国专利No.4,870,287

美国专利No.5,288,644

美国专利No.5,739,169

美国专利No.5,760,395

美国专利No.5,801,005

美国专利No.5,824,311

美国专利No.5,830,880

美国专利No.5,844,905

美国专利No.5,846,945

美国专利No.5,869,245

美国专利No.5,885,796

美国专利No.6,207,156

美国专利No.8,008,449

美国专利No.8,017,114

美国专利No.8,119,129

美国专利No.8,188,102

美国专利No.8,329,867

美国专利No.8,354,509

美国专利No.8,735,553

美国专利公开No.2004/0014095

美国专利公开No.2005/0260186

美国专利公开No.2006/0104968

美国专利公开No.20110008369

美国专利公开No.20130071452

美国专利公开No.2014022021

美国专利公开No.20140294898

Zimmerman et al.，Methods Mol.Cell.Biol.，3：39-42，1992.

Claims (81)

1.在对象中治疗癌症的方法，其包括向所述对象施用有效量的周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂和/或纺锤体组装检查点(SAC)组分抑制剂，其中所述对象被确定为具有一个或更多个EGFR激活突变。

2.权利要求1所述的方法，其中所述一个或更多个EGFR激活突变选自L858R、外显子19缺失和外显子20插入。

3.权利要求2所述的方法，其中所述外显子19缺失是E746-A750缺失、L747-E749缺失或A750P。

4.权利要求2所述的方法，其中所述外显子20插入是N771Del Ins FH。

5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述对象被确定为具有2、3或4个EGFR激活突变。

6.权利要求1所述的方法，其中通过分析来自所述对象的基因组样品，所述对象被确定为具有EGFR激活突变。

7.权利要求6所述的方法，其中所述基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。

8.权利要求6所述的方法，其中通过核酸测序或PCR分析来确定EGFR激活突变的存在。

9.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂进一步被限定为CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。

10.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂是地那西利(SCH727965)、阿伏西地(夫拉平度)、罗斯科维汀(塞利西利，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。

11.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂是MSC2530818、senexin A、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181 HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。

12.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂是地那西利或阿伏西地。

13.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂不是CDK4抑制剂和/或CDK6抑制剂。

14.权利要求1所述的方法，其中所述CDK抑制剂不是哌柏西利(PD0332991)、阿贝西利(LY2835219)或瑞博西利。

15.权利要求1所述的方法，其中所述SAC组分抑制剂进一步被限定为极样激酶1(PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。

16.权利要求15所述的方法，其中所述PLK1抑制剂是BI 2536、伏拉色替、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。

17.权利要求15所述的方法，其中所述PLK1抑制剂是伏拉色替或ON-01910。

18.权利要求1所述的方法，其中所述SAC抑制剂不是PLK1抑制剂。

19.权利要求15所述的方法，其中所述极光激酶抑制剂是泛极光抑制剂、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。

20.权利要求15所述的方法，其中所述极光激酶抑制剂是AMG 900、阿利色替、PF-03814735、陶扎色替、MLN8054或甲磺酸SNS-314。

21.权利要求1所述的方法，其中所述极光激酶抑制剂是AMG-900或阿利色替。

22.权利要求15所述的方法，其中所述KSP抑制剂是伊匹尼塞或SB743921。

23.权利要求15所述的方法，其中所述存活蛋白抑制剂是YM155。

24.权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述治疗导致G2/M期细胞积累、核尺寸增大和/或多倍性。

25.权利要求1所述的方法，其中所述癌症对一种或更多种酪氨酸激酶抑制剂(TKI)具有抗性。

26.权利要求25所述的方法，其中所述一种或更多种TKI选自奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、波齐替尼、达可替尼和CO-1686。

27.权利要求1所述的方法，其中所述癌症已获得广谱抗药性。

28.权利要求1所述的方法，其中所述癌症对培美曲塞、伊立替康、长春碱和/或吉西他滨具有抗性。

29.权利要求1所述的方法，其中所述癌症已经获得了针对波齐替尼、厄洛替尼或奥西替尼的突变。

30.权利要求29所述的方法，其中所获得的针对波齐替尼、厄洛替尼或奥西替尼的突变包含EGFR外显子20插入。

31.权利要求1所述的方法，其中所述癌症已经经历了上皮向间充质转换(EMT)。

32.权利要求31所述的方法，其中EMT通过降低的E-钙黏着蛋白表达、提高的波形蛋白和/或Axl表达和/或提高的侵袭性表型来示出。

33.权利要求1所述的方法，其中所述对象还被确定为包含继发性突变。

34.权利要求33所述的方法，其中所述继发性突变是T790M抗性突变、C797S抗性突变或L792H抗性突变。

35.权利要求1所述的方法，其中所述癌症不包含继发性突变。

36.权利要求1所述的方法，其中所述癌症不包含T790M抗性突变。

37.权利要求1至36中任一项所述的方法，其还包括施用至少一种另外的抗癌治疗。

38.权利要求37所述的方法，其中所述至少一种另外的抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。

39.权利要求37所述的方法，其中所述至少一种另外的抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。

40.权利要求39所述的方法，其中所述TKI是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、达可替尼或CO-1686。

41.权利要求39所述的方法，其中所述化学治疗是培美曲塞、伊立替康、长春碱或吉西他滨。

42.权利要求39所述的方法，其中所述CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗静脉内、皮下、骨内、经口、经皮、以持续释放、以受控释放、以延迟释放、作为栓剂或舌下施用。

43.权利要求39所述的方法，其中施用所述CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗包括局部、区域或全身性施用。

44.权利要求39所述的方法，其中所述CDK抑制剂、SAC组分抑制剂和/或抗癌治疗施用两次或更多次。

45.权利要求1所述的方法，其中所述对象是人。

46.权利要求45所述的方法，其中所述对象患有癌症。

47.权利要求46所述的方法，其中所述癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌症或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌I型和II型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。

48.权利要求46所述的方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌。

49.包含CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的药物组合物，其用于被确定为具有一个或更多个EGFR激活突变的对象。

50.权利要求49所述的组合物，其中所述一个或更多个EGFR激活突变选自L858R、外显子19缺失和外显子20插入。

51.权利要求50所述的组合物，其中所述外显子19缺失是E746-A750缺失、L747-E749缺失或A750P。

52.权利要求50所述的组合物，其中所述外显子20插入是N771Del Ins FH。

53.权利要求49所述的组合物，其中所述对象被确定为具有2、3或4个EGFR激活突变。

54.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂进一步被限定为CDK2抑制剂、CDK5抑制剂、CDK1抑制剂或CDK9抑制剂。

55.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂是地那西利(SCH727965)、阿伏西地(夫拉平度)、罗斯科维汀(塞利西利，CYC202)、SNS-032(BMS-387032)、LY2857785、ADZ5438、BMS-265246、NU6027、LDC000067、汉黄芩素或RO-3306。

56.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂是MSC2530818、senexin A、LDC4297(LDC044297)、PHA-793887、BS-181HCl、PHA-767491、THX1 2HCl或XL413。

57.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂是地那西利或阿伏西地。

58.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂不是CDK4抑制剂和/或CDK6抑制剂。

59.权利要求49所述的组合物，其中所述CDK抑制剂不是哌柏西利(PD0332991)、阿贝西利(LY2835219)或瑞博西利。

60.权利要求49所述的组合物，其中所述SAC组分抑制剂进一步被限定为极样激酶1(PLK1)抑制剂、极光激酶抑制剂、存活蛋白和/或KSP抑制剂。

61.权利要求60所述的组合物，其中所述PLK1抑制剂是BI 2536、伏拉色替、GSK461364、ON-01910、GW 843682X或HMN-214。

62.权利要求60所述的组合物，其中所述PLK1抑制剂是伏拉色替或ON-01910。

63.权利要求49所述的组合物，其中所述SAC抑制剂不是PLK1抑制剂。

64.权利要求60所述的组合物，其中所述极光激酶抑制剂是泛极光抑制剂、极光A/B抑制剂或极光A抑制剂。

65.权利要求60所述的组合物，其中所述极光激酶抑制剂是AMG900、阿利色替、PF-03814735、陶扎色替、MLN8054或甲磺酸SNS-314。

66.权利要求49所述的组合物，其中所述极光激酶抑制剂是AMG-900或阿利色替。

67.权利要求60所述的组合物，其中所述KSP抑制剂是伊匹尼塞或SB743921。

68.权利要求60所述的组合物，其中所述存活蛋白抑制剂是YM155。

69.权利要求49所述的组合物，其中所述癌症不包含T790M抗性突变。

70.权利要求49所述的组合物，其还包括施用至少一种另外的抗癌治疗。

71.权利要求70所述的组合物，其中所述至少一种另外的抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。

72.权利要求70所述的组合物，其中所述至少一种另外的抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。

73.权利要求72所述的组合物，其中所述TKI是奥西替尼、厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼、达可替尼或CO-1686。

74.权利要求72所述的组合物，其中所述化学治疗是培美曲塞、伊立替康、长春碱或吉西他滨。

75.权利要求49所述的组合物，其中所述癌症是非小细胞肺癌。

76.权利要求49所述的组合物，其中所述对象是人。

77.在患有癌症的对象中预测对单独的或与第二抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的响应的方法，其包括检测获自所述对象的基因组样品中的EGFR激活突变，其中如果所述样品对于所述EGFR激活突变的存在呈阳性，则预测所述对象具有对所述单独的或与抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的有利响应。

78.权利要求77所述的方法，其中所述抗癌治疗是TKI和/或化学治疗。

79.权利要求77所述的方法，其中对单独的或与抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂的有利响应包括减小肿瘤尺寸或负荷、阻断肿瘤生长、减轻肿瘤相关疼痛、减轻癌症相关病理状况、减轻癌症相关症状、癌症无进展、延长无疾病间隔、延长进展时间、诱导缓解、减轻转移或延长对象存活。

80.权利要求77所述的方法，其还包括向预期具有有利响应的所述对象施用单独的或与第二抗癌治疗组合的CDK抑制剂和/或SAC组分抑制剂。

81.权利要求80所述的方法，其中所述第二抗癌治疗是TKI或化学治疗。

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