KR20190019895A - 네오에피토프의 바이러스 전달을 위한 개선된 조성물 및 방법 및 이의 용도 - Google Patents

네오에피토프의 바이러스 전달을 위한 개선된 조성물 및 방법 및 이의 용도 Download PDF

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패트릭 순-시옹
샤흐루즈 라비자데흐
카이반 니아치
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난트 홀딩스 아이피, 엘엘씨
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Abstract

암 면역요법은 암 관련된 또는 종양-특이적 (네오)에피토프와 동시 자극 분자 및/또는 다른 면역 활성화인자의 동시 발현에 의해 개선된다. 원하는 경우, 면역 체크포인트 억제제를 투여하여 치료를 개선할 수 있다.

Description

네오에피토프의 바이러스 전달을 위한 개선된 조성물 및 방법 및 이의 용도
본원은 2015년 12월 7일자로 출원된 미국 가출원 번호 제62/263812호를 우선권으로 주장한다.
발명의 분야
본 발명의 분야는 신생물 질환의 치료이며, 특히 재조합 바이러스를 사용한 신생물 질환의 예방 및 치료에 관한 것이다.
배경 기술은 본 발명을 이해하는 데 유용할 수 있는 정보를 포함한다. 본원에 제공된 임의의 정보가 선행 기술이거나 본원에 청구된 발명과 관련이 있다거나 또는 구체적으로 또는 암시적으로 언급된 임의의 공보가 선행 기술임을 인정하는 것은 아니다.
본원에 인용된 모든 공보 및 특허 출원은 각각의 개별 공보 또는 특허 출원이 구체적으로 및 개별적으로 참조로 인용되도록 지시된 것과 동일한 정도로 본원에 참고로 인용된다. 인용된 참고문헌에서의 용어의 정의 또는 사용이 일관성이 없거나 본원에 제공된 해당 용어의 정의와 상반되는 경우에는 본원에 제공된 해당 용어의 정의가 적용되며 참고문헌에서의 해당 용어의 정의는 적용되지 않는다.
모든 신생물 질환이 아니더라도 대부분의 신생물 질환에는 점 돌연변이, 삽입, 결실 및 전좌를 포함한 비교적 많은 수의 돌연변이가 동반되는 것으로 익히 공지되어 있다. 따라서, 종양 세포는 또한 하나 이상의 돌연변이된 단백질의 존재에 의해 특징지어져야 한다고 가정하는 것이 합리적이다. 불행하게도, 이러한 단순한 전제 조건에도 불구하고, 진단 및 치료요법에 적합한 돌연변리된 단백질의 검색은 상이한 암 유형이 상이한 돌연변이된 단백질을 갖고 있다는 사실에 의해 복잡해졌으며, 더 나쁜 것은, 동일한 종양 유형을 갖는 상이한 환자가 돌연변리된 단백질의 아주 상이한 저장소를 갖고 있다는 것이다.
보다 최근에는, 많은 연구 노력의 결과로서, T-세포 정의된 인간 종양 항원의 비교적 작은 수집물이 가용하게 되었지만(예를 들어, Cancer Immunity (15 July 2013) Vol. 13, p. 15 참조), 이들 항원은 단일 효과적인 치료제를 초래하지 않았다. 또한, 이들 항원이 이미 암으로 진단받은 환자에게 존재하기 때문에, 면역요법에서 이들 항원의 사용은 이들 항원이 적절한 면역 반응을 일으켜야 했기 때문에 적어도 개념적으로 의심스럽다. 또한, 종양 특이적 항원이 동정되어 암 백신에 사용 되더라도, 이러한 항원에 대한 면역 반응은 치료 효과를 이끌어 내기에 충분히 강하지 않을 수 있다.
따라서, 적어도 이론적으로 모든 종양 항원이 동정될 수 있지만, 동정은 의미 있고 실행 가능한 데이터 세트를 제공하지 못할 것이다. 따라서, 암 네오에피토프의 신속한 동정, 진단 및/또는 치료학적 사용 뿐만 아니라 이러한 항원에 대한 예방학적 및/또는 치료학적으로 유효한 면역 반응을 이끌어 낼 필요성이 있는 신규한 시스템 및 방법이 필요하다.
본 발명에 이르러, 본 발명자들은 암 네오에피토프를 먼저 동정한 다음, 환자의 HLA-유형과 네오에피토프 사이의 HLA-유형 매칭을 확인한 후 네오에피토프를 암호화하는 핵산을 환자의 면역 능력이 있는 세포에 전달할 뿐만 아니라 동시 자극 분자(co-stimulatory molecule)를 제공하는 발현 시스템(전형적으로 바이러스 전달/발현 시스템)을 사용하는 오믹스 분석의 사용에 의해, 네오에피토프-기반 암 면역요법이 합리적으로 유도될 수 있음을 발견하였다. 또한, 이러한 치료는 또한 견고한 면역 반응을 추가로 증가시키거나 자극하기 위해 하나 이상의 면역 체크포인트 억제제의 투여를 포함할 수 있다.
본 발명의 대상의 일 양태에서, 발명자들은 환자의 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 하나의 단계, 환자의 HLA-유형으로의 네오에피토프의 결합을 결정하고 네오에피토프의 발현 수준을 결정하는 추가의 단계, 적어도 하나의 동시 자극 분자를 선택하는 추가의 단계, 및 적어도 하나의 동시 자극 분자 및 암-관련된 네오에피토프를 암호화하는 핵산을 포함하도록 바이러스를 유전학적으로 변형시키는 단계를 포함하는 재조합 바이러스를 생성하는 방법을 고려한다.
바이러스와 관련하여, 일반적으로 바이러스는 아데노바이러스 또는 복제 결핍 바이러스인 것으로 언급된다. 또한, 바이러스가 비-면역원성인 것이 더 바람직하다. 따라서, 특히 바람직한 바이러스는 아데노바이러스, 특히 Ad5 [E1-E2b-]를 포함한다.
환자의 암-관련된 네오에피토프는 바람직하게는 종양 및 매칭된 정상 샘플의 오믹스 데이터의 위치-유도 동시 정렬에 의해 인 실리코(in silico) 동정되며, 고려된 방법은 인 실리코로 환자의 HLA 유형을 예측하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 본 발명의 대상을 제한하려는 것은 아니지만, 네오에피토프의 발현 수준은 매칭된 정상 샘플과 비교하여 적어도 20%인 것이 바람직하다.
동시 자극 분자가 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는 것이 추가로 고려된다. 또한, 핵산은 사이토카인(예를 들어, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(superagonist)(IL-15N72D), 및/또는 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체)을 암호화하는 서열을 추가로 포함할 수 있다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 핵산은 추가로 SMAC(예를 들어, CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및/또는 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물(counterparts))의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열을 포함할 수도 있다. 원하는 경우, 핵산은 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질과 같은 STING 경로의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함할 수 있다.
또한, 적어도 제2 (또는 제3 또는 제4 등) 별개의 암-관련된 네오에피토프를 암호화하는 핵산에 분절이 포함될 수 있다는 것이 또한 고려된다. 따라서, 생성된 재조합 바이러스를 이어서 배양하여 적어도 104 또는 보다 전형적으로 107 바이러스 입자를 수득할 수 있다.
결론적으로, 본 발명자들은 또한 재조합 바이러스로 감염된 세포에서 네오에피토프 및 동시 자극 분자를 발현하기 위한 프로모터에 기능적으로 커플링된 하나 이상의 HLA-매칭된 암 네오에피토프 및 하나 이상의 동시 자극 분자를 암호화하는 핵산을 포함하는 재조합 바이러스를 고려한다. 바람직하게는, 바이러스는 아데노바이러스이며 가장 바람직하게는 Ad5 [E1-E2b-]이다.
본 발명의 대상의 일부 양태에서, 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택된다. 또한, 고려된 바이러스 내 핵산은 사이토카인(예를 들어, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(IL-15N72D), 및/또는 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체)을 암호화하는 서열, SMAC(예를 들어, CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및/또는 CD45 또는 이들의 각각의 결합하는 대응물)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열 및/또는 STING 경로(예를 들어, EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질)의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함할 수 있다.
여전히 추가로 고려되는 양태에서, 본원에 제시된 하나 이상 (아마도 별개의) 재조합 바이러스를 포함하는 약제학적 조성물이 고려된다. 다른 용도 중에서, 본원에 제시된 재조합 바이러스는 환자의 암 치료에 사용되는 것이 일반적으로 고려된다.
따라서, 본 발명자들은 또한 환자로부터 종양 샘플 및 매칭된 정상 샘플을 수득하는 단계, 환자의 HLA-유형을 동정하고 환자의 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 또 다른 단계, (i) 결합 친화성이 소정의 임계값 미만인 경우 네오에피토프를 암호화하는 핵산, 및 (ii) 적어도 하나의 동시 자극 분자를 암호화하는 핵산을 포함하도록 바이러스를 유전학적으로 변형시키는 추가의 단계, 및 (예를 들어, 피하 또는 종양내 주사를 통해) 환자에게 유전학적으로 변형된 바이러스를 투여하거나 투여하게 하는 단계를 포함하여, 환자를 치료하는 방법을 고려한다.
일부 양태에서, 환자의 HLA-유형을 동정하고 환자의 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 단계는 종양 샘플 및 매칭된 정상 샘플로부터 게놈 정보를 사용하여 인 실리코 수행된다. 적합한 동시 자극 분자, 사이토카인, SMAC의 성분, 및 STING 경로의 활성화인자와 관련하여, 상기 논의된 것과 동일 고려사항이 적용된다. 마찬가지로, 투여에 바람직한 바이러스는 아데노바이러스 및 특히 Ad5 [E1-E2b-]를 포함한다. 원하는 경우, 고려되는 방법은 면역 체크포인트 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 대상의 다양한 목적, 특징, 양태 및 이점은, 동일한 숫자가 동일한 성분을 나타내는 첨부된 도면과 함께 바람직한 구현예에 대한 하기의 상세한 설명으로부터 더욱 명백해질 것이다.
도 1a 및 1b는 인간 염색체, 대립형질 다양성(도 1a), 및 발현 및 막 위치(도 1b) 상의 HLA-유형의 위치에 대한 예시적인 개략도이다.
도 2는 계산된 네오에피토프에 대한 필터링 결과를 나타내는 예시적인 플롯이다.
도 3은 T-세포의 활성화 동안 동시 자극 수용체와 리간드의 예시적인 상호작용을 나타내는 그래프이다.
본 발명에 이르러, 본 발명자들은 면역치료학적 조성물의 효능이 바람직하게는 비- 또는 저-면역원성 바이러스 전달 벡터를 사용하여 동시 자극 분자의 동시 전달과 함께 환자-특이적 HLA-매칭된 네오에피토프를 표적화함으로써 개선될 수 있음을 발견하였다. 바람직한 양태에서의 동시 전달은 단일 재조합 전달 시스템으로부터 신생항원(들) 및 동시 자극 분자의 단일-, 이중 또는 다중-시트론 발현에 의해 달성될 수 있다.
이를 위해, 바이러스 벡터 또는 다른 발현 시스템을 사용하여 하나 이상의 환자- 및 질환-특이적 항원(예를 들어, 네오에피토프, 암-특이적 항원, 예컨대 PSA, PSMA, 등, 또는 암-관련된 항원, 예컨대 브라큐리(brachyury), CEACAM, 등)을 암으로 감염된 개체에게 전달하여 동일한 세포에서 하나 이상의 동시 자극 분자의 동시 발현에 의해 추가로 개선된 치료학적 효과를 생성하는 다양한 시스템, 조성물, 및 면역요법의 방법이 제시된다. 특정 이론 또는 가설로 제한되기를 원하지 않지만, 본 발명자들은 동시 자극 분자의 동시 발현이 T-세포를 활성화시키기에 충분한 기간 동안 항원 제시 세포와 T-세포 사이의 면역 시냅스의 형성 및 유지를 돕는 다는 것을 고려한다. 따라서, 치료 효과는 항원을 운반하는 암 세포에 대한 방어적 면역 반응인 것으로 고려된다.
아래에 보다 상세히 논의된 바와 같이, 본 발명의 대상의 특히 고려되는 일 양태에서, 암으로 진단된 개체의 환자- 및 암-특이적 네오에피토프는 바람직하게는 환자의 종양 및 매칭된 정상(즉, 비-암) 조직 샘플로부터 핵산 서열 정보를 사용하여 결정된다. 이러한 맥락에서, 네오에피토프가 종양 및 매칭된 정상 샘플을 사용하여 동정되는 경우, 환자 샘플과 기준 게놈 간의 다른 관찰된 비-종양 관련 변화의 전부 또는 거의 모든 것이 배제된다는 것을 이해해야 한다. 따라서, 다른 관점에서 볼 때, 동일한 환자의 종양 샘플과 매칭된 정상 샘플 간의 비교는, 달리 상대적으로 높은 빈도로 발생하는 모든 대인간 또는 환자-기준 간 변동을 제거하므로 많은 양의 잠재적 위양성 네오에피토프를 제거할 것이다.
또한, 이렇게 동정된 환자- 및 암-특이적 네오에피토프의 적절한 제시 및 인식 가능성을 높이기 위해, (예를 들어, 아래에서 보다 상세하게 기술되는 바와 같은 인 실리코 예측을 사용하여) 환자의 특정 HLA-유형을 결정하고 동정된 네오에피토프의 결합 친화도를 상기 결정된 HLA-유형에 대해 인 실리코 시험한다. 가장 전형적으로, HLA-유형 결정은 적어도 3종의 MHC-I 하위-유형(예를 들어, HLA-A, HLA-B, HLA-C) 및 적어도 3종의 MHC-II 하위-유형(예를 들어, HLA-DP, HLA-DQ, HLA-DR)을 포함하며, 여기서 바람직하게는 각각의 하위-유형은 적어도 4-자리 깊이(4-digit depth)로 결정된다. 그런 다음 이렇게 동정된 고친화도 결합제에 대한 서열은 각각의 상응하는 핵산 서열로 역-번역되어, 그 후, 바이러스 감염 후 숙주 세포에서의 발현을 위한 하나 이상의 조절 서열의 제어하에 재조합 발현 시스템(예를 들어, 아데노바이러스 Ad5[E1-E2b-]) 내로 클로닝된다. 또한, 바람직한 발현 시스템은 고친화도를 가지고 있는 발현된 네오에피토프(들)를 MHC-I 및/또는 MHC-II 하위-유형으로 유도하게 할 네오에피토프 서열(들)과 관련하여 하나 이상의 서열 요소를 포함할 것임을 인색해야 한다.
따라서, 재조합 바이러스 또는 다른 발현 시스템이, 단지 네오에피토프에 대해 높은 친화도을 갖도록 확립된 HLA-제시에 적합할 뿐만 아니라 HLA-제시를 향하는 진정한 환자- 및 암-특이적 네오에피토프의 세포내 발현을 유도하고, 이는 또한 높은 예측 가능성을 갖는 면역 반응을 생성하여 숙주 내 종양에 대한 치료학적으로 효과적인 면역 반응을 유도할 것으로 기대된다. 종양에 대한 치료학적으로 유효한 면역 반응의 기회를 더욱 증가시키기 위해, 네오에피토프는 항원과 동시 자극 분자를 동시 발현하는 항원 제시 세포와 및 T-세포 사이에 활성화 면역 시냅스를 어셈블링하는데 필요한 하나 이상의 동시 자극 분자(예를 들어, ICAM-1, B7.1, CD48 및 다른 SLAM 단백질, 예컨대 CD84, CD150, CD229, 및/또는 CD244), 및/또는 T-세포 활성화에 필요한 하나 이상의 동시 자극 분자(예컨대, B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), ICAM-1 (CD54), ICOS-L, LFA-3 (CD58), 4-1BBL, CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, GITRL, OX40L, 및/또는 TL1A)로 동시 발현된다.
물론, 다수의 네오에피토프 및 동시 자극 분자가 본원에 제시된 교시와 함께, 특히 바람직한 양태에서, 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개 또는 적어도 5개의 상이한 네오에피토프 및 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개 또는 적어도 5개의 상이한 동시 자극 분자(예를 들어, 동일한 재조합 바이러스 또는 별개의 바이러스로 인코딩될)가 사용될 것이라는 점에 주목해야 한다. 마지막으로, 적합한 발현 시스템은 네오에피토프가 발현되는 세포 환경 내에서 면역 반응을 지지하는 단백질을 암호화하는 부가적인 서열을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, 적합한 단백질은 면역 자극성 사이토카인(예를 들어, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15 또는 IL-15 초작용제 등), 및/또는 체크포인트 억제제(예를 들어, CTLA-4 또는 PD1 신호전달 억제제)를 포함한다.
재조합 바이러스 또는 다른 발현 시스템과 관련하여, 이러한 시스템은 항원 제시 세포를 유전학적으로 조작하고, 특히 수지상 세포를 형질감염 시키는데 사용되는 것으로 고려된다. 대안적으로, 그리고 또한 하기에 보다 상세히 추가로 기술된 바와 같이, 재조합 바이러스 또는 다른 발현 시스템은 또한 DNA 백신으로서, 또는 피하 또는 종양내 주사를 통해 투여될 수 있다. 유사하게는, 재조합 바이러스 또는 다른 발현 시스템을 사용하여 시험관내 다양한 세포를 형질감염시킨 다음 개인에게 투여할 수 있다.
네오에피토프의 선택
네오에피토프는 고유한 종양 특이적 항원을 생성하는 종양 세포에서 무작위 돌연변이를 발현한 것을 특징으로 할 수 있다. 따라서, 다른 관점에서 볼 때, 네오에피토프는 침묵 및 다른 비-연관 (예를 들어, 비-발현된) 돌연변이를 제거시키는 제1 내용 필터로서 작용할 수 있는 돌연변이의 유형(예를 들어, 결실, 삽입, 전환, 전이, 전좌) 및 영향(예를 들어, 넌센스(non-sense), 미스센스, 프레임 이동 등)을 고려하여 식별할 수 있다. 또한, 네오에피토프 서열은 비교적 짧은 길이(예를 들어, 7 내지 11mer)의 서열 신장으로 정의될 수 있으며, 여기서 이러한 신장은 아미노산 서열의 변화(들)를 포함할 것이라는 점을 이해해야 한다. 가장 전형적으로, 변화된 아미노산은 중앙 아미노산 위치 또는 그 근처에 있을 것이다. 예를 들어, 전형적인 네오에피토프는 A4-N-A4, 또는 A3-N-A5, 또는 A2-N-A7, 또는 A5-N-A3, 또는 A7-N-A2의 구조를 가질 수 있으며, 여기서 A는 단백질생성 아미노산이고 N은 변화된 아미노산(야생형 또는 매칭된 정상군에 대해)이다. 예를 들어, 본원에서 고려되는 네오에피토프 서열은 비교적 짧은 길이(예를 들어, 5 내지 30mer, 보다 전형적으로 7 내지 11mer 또는 12 내지 25mer)의 서열 신장을 포함하며, 여기서 이러한 신장은 아미노산 서열의 변화(들)를 포함한다.
따라서, 단일 아미노산 변화가, 변화된 아미노산의 위치에 따라, 변화된 아미노산을 포함하는 다수의 네오에피토프 서열에 제시될 수 있음을 이해해야 한다. 유리하게는, 이러한 서열 가변성은 네오에피토프의 다중 선택을 가능하게 하여 하나 이상의 바람직한 형질(예를 들어, 환자 HLA-유형에 대한 가장 높은 친화도, 가장 높은 구조적 안정성 등)을 기초로 선택될 수 있는 잠재적으로 유용한 표적의 수를 증가시킨다. 가장 전형적으로, 네오에피토프는 2 내지 50개의 아미노산, 보다 전형적으로는 5 내지 30개의 아미노산, 가장 전형적으로는 9 내지 15개의 아미노산의 길이를 갖도록 계산되며, 변화된 아미노산은 바람직하게는 중앙에 위치하거나 그렇지 않으면 MHC와의 결합을 향상시키는 방식으로 위치한다. 예를 들어, 에피토프가 MHC-I 복합체에 의해 제공되는 경우, 전형적인 네오에피토프 길이는 약 8 내지 11개의 아미노산이고, MHC-II 복합체를 통해 제시된 전형적인 네오에피토프 길이는 약 13 내지 17개의 아미노산을 가질 것이다. 용이하게 이해되는 바와 같이, 네오에피토프에서의 변화된 아미노산의 위치는 중심이 아니기 때문에, 실제 펩타이드 서열 및 네오에피토프의 실제 위상은 상당히 다를 수 있다.
물론, 네오에피토프의 동정 또는 발견은 새로운 생검, 동결 또는 달리 보존된 조직 또는 세포 샘플, 순환형 종양 세포, 엑소좀, 다양한 체액(및 특히 혈액)을 비롯한 다양한 생물학적 물질로 시작될 수 있다는 것을 이해해야 한다. 따라서, 적절한 오믹스 분석 방법은 핵산 시퀀싱, 특히 DNA 상에서 작동하는 NGS 방법(예를 들어, 일루미나 시퀀싱, 이온 토렌트 시퀀싱, 454 파이로시퀀싱, 나노기공 시퀀싱 등), RNA 시퀀싱(예를 들어, RNAseq, 역전사 기반 시퀀싱 등), 및 단백질 시퀀싱 또는 질량 분광학 기반 시퀀싱(예를 들어, SRM, MRM, CRM 등)을 포함한다.
이와 같이, 특히 핵산 기반 시퀀싱의 경우, 종양 조직의 높은 처리량의 게놈 시퀀싱이 특히 네오에피토프의 신속한 동정을 허용할 것이라는 점을 인식해야 한다. 그러나, 이렇게 획득된 서열 정보가 표준 참조와 비교되는 경우, 이종접합뿐만 아니라 정상적으로 발생하는 환자 간 변화(예를 들어, SNP, 짧은 삽입-결실(indel), 상이한 반복 횟수 등에 기인함)가 비교적 많은 수의 잠재적인 위양성 네오에피토프를 초래한다. 결과적으로, 동정된 네오에피토프 중 많은 수가 성공적인 면역 접종 전략의 후보자가 될 수는 없을 것이다. 특히, 환자의 종양 샘플이 동일한 환자의 매칭된 정상(즉, 비-종양) 샘플과 비교되는 경우, 이러한 부정확성은 제거될 수 있다.
본 발명의 대상 중 하나의 특히 바람직한 양태에서, DNA 분석은 종양 및 매칭된 정상 샘플 둘 다의 전체 게놈 시퀀싱 및/또는 엑손 시퀀싱(전형적으로 적어도 10x, 보다 전형적으로는 적어도 20x의 커버리지(coverage) 깊이에서)에 의해 수행된다. 대안적으로, DNA 데이터는 또한 이전의 서열 결정으로부터 이미 확립된 서열 기록(예를 들어, SAM, BAM, FASTA, FASTQ 또는 VCF 파일)으로부터 제공될 수도 있다. 따라서, 데이터 세트는 처리되지 않거나 처리된 데이터 세트를 포함할 수 있고, 예시적인 데이터 세트는 BAMBAM 포맷, SAMBAM 포맷, FASTQ 포맷 또는 FASTA 포맷을 갖는 것들을 포함할 수 있다. 그러나, 데이터 세트가 BAMBAM 포맷 또는 BAMBAM 디프(diff) 대상물로 제공되는 것이 특히 바람직하다(예를 들어, US2012/0059670A1 및 US2012/0066001A1 참조). 또한, 데이터 세트는 동일한 환자의 종양 및 매칭된 정상 샘플을 반영하여 환자 및 종양 특이적 정보를 얻는다는 점에 유의해야 한다. 따라서, 종양을 유발하지 않는 유전적 배선 변이(예를 들어, 침묵 돌연변이, SNP 등)가 배제될 수 있다. 물론, 종양 샘플은 초기 종양, 치료 시작시 종양, 재발성 종양 또는 전이 부위 등에서 유래될 수 있다는 것을 인식해야 한다. 대부분의 경우, 환자의 매칭된 정상 샘플은 종양과 동일한 조직 유형의 혈액 또는 비-질환 조직일 수 있다.
마찬가지로, 서열 데이터의 컴퓨터 분석은 다양한 방식으로 수행될 수 있다. 그러나, 가장 바람직한 방법에서, BAM 파일 및 BAM 서버를 사용하여 예를 들어, US 2012/0059670A1 및 US 2012/0066001A1에 개시된 바와 같이 종양 및 매칭된 정상(동일한 환자의 건강한 조직으로부터의) 샘플의 오믹스 데이터의 위치-유도 동시 정렬에 의해 인 실리코 분석된다. 이러한 분석은 위양성 네오에피토프를 유리하게 감소시키고 메모리 및 계산 자원에 대한 요구를 상당히 감소시킨다.
컴퓨터에 지시된 임의의 언어는 서버, 인터페이스, 시스템, 데이터베이스, 에이전트, 피어(peer), 엔진, 컨트롤러, 또는 개별적으로 또는 집합적으로 작동하는 기타 유형의 컴퓨팅 장치를 포함하는 컴퓨팅 장치들의 임의의 적절한 조합을 포함하도록 판독되어야 한다는 점에 유의해야 한다. 컴퓨팅 장치는 유형의(tangible) 비-일시적인 컴퓨터 판독가능한 저장 매체(예를 들어, 하드 드라이브, 솔리드 스테이트 드라이브, RAM, 플래시, ROM 등) 상에 저장된 소프트웨어 명령을 실행하도록 구성된 프로세서를 포함하는 것으로 이해해야 한다. 소프트웨어 명령은 바람직하게는 개시된 장치와 관련하여 후술되는 바와 같은 역할, 책임 또는 다른 기능을 제공하도록 컴퓨팅 장치를 구성한다. 또한, 개시된 기술은 프로세서로 하여금 컴퓨터-기반 알고리즘, 프로세스, 방법 또는 다른 명령들의 구현과 관련된 개시된 단계들을 실행하게 하는 소프트웨어 명령들을 저장하는 비-일시적인 컴퓨터 판독가능한 매체를 포함하는 컴퓨터 프로그램 제품으로서 구현될 수 있다. 특히 바람직한 구현예에서, 다양한 서버, 시스템, 데이터베이스, 또는 인터페이스는 아마도 HTTP, HTTPS, AES, 공개-개인 키 교환, 웹 서비스 API, 공지의 금융 거래 프로토콜 또는 다른 전자 정보 교환 방법 기반의 표준화된 프로토콜 또는 알고리즘을 사용하여 데이터를 교환한다. 장치간 데이터 교환은 패킷-교환 네트워크, 인터넷, LAN, WAN, VPN, 또는 다른 유형의 패킷 교환 네트워크; 회선 교환 네트워크; 셀 교환 네트워크; 또는 다른 유형의 네트워크를 통해 수행될 수 있다.
컴퓨터 분석을 더욱 용이하게 하고 네오에피토프 기반 치료법의 치료 결과를 개선시키기 위해, 네오에피토프 서열은 MHC-I 결합(예를 들어, 적어도 5 내지 6개의 아미노산)에 필요한 최소 크기 및 MHC-I 결합에 유리한 최대 크기(예를 들어, 9 내지 11개의 아미노산)를 갖는 비교적 작은 단편 또는 MHC-II 결합에 필요한 최소 크기(예를 들어, 적어도 12 내지 14개의 아미노산) 및 MHC-II 결합에 유리한 최대 크기(예를 들어, 19 내지 21개의 아미노산)를 갖는 비교적 작은 단편으로 한정될 것이다. 따라서, 네오에피토프는 전형적으로 MHC-I 결합에 대해 7 내지 12개의 아미노산 길이 및 MHC-II 결합에 대해 14 내지 20개의 아미노산 길이를 가질 것이다. 예를 들어, 적합한 네오에피토프는 변화된 아미노산을 포함하는 9개의 아미노산 길이(여기서 이들은 MHC-I에 결합하는 것으로 결정된다) 및 변화된 아미노산을 포함하는 20개의 아미노산 길이(여기서 이들은 MHC-II에 결합하는 것으로 결정된다)를 가질 수 있다.
상이한 관점에서 볼 때, 5 내지 25개 아미노산의 소정의 길이를 가지며 적어도 하나의 변화된 아미노산을 포함하는 서열의 환자- 및 암-특이적인 인 실리코 수집을 확립할 수 있다. 이러한 수집은 전형적으로 각각의 변화된 아미노산에 대해, 변화된 아미노산의 위치가 동일하지 않은 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 또는 적어도 6개의 구성원을 포함할 것이다. 그런 다음, 이러한 수집은 하기에 보다 상세히 설명되는 바와 같이 (예를 들어, 하위-세포 위치, 전사/발현 수준, MHC-I 및/또는 II 친화도 등에 의해) 추가의 여과를 위해 사용될 수 있다.
예를 들어, 종양 및 매칭된 정상 서열 데이터에 동시 위치 유도 분석법을 사용하여, 본 발명자들은 이전에 BLCA, BRCA, CESC, COAD, DLBC, GBM, HNSC, KICH, KIRC, KIRP, LAML, LGG, LIHC, LUAD, LUSC, OV, PRAD, READ, SARC, SKCM, STAD, THCA, 및 UCEC와 같은 암 유형을 포함하는 각종의 암 및 환자로부터 다양한 암 네오에피토프를 동정하였다. 모든 네오에피토프 데이터는 국제 출원 제PCT/US16/29244호에서 찾을 수 있으며, 이를 본원에 참고로 인용한다.
암의 유형과 단계에 따라, 네오에피토프의 수가 면역 요법에 사용하기에 실용적인 숫자를 훨씬 초가할 수 있음에 유의해야 한다. 더욱이, 이렇게 동정된 모든 네오에피토프가 반드시 환자에서 치료학적으로 효과적인 반응을 유도하는 것은 아니다. 실제로, 일부의 네오에피토프만이 면역 반응을 생성한다는 것은 당업계에 잘 알려져 있다. 치료학적으로 바람직한 반응의 가능성을 높이기 위해, 네오에피토프를 추가로 필터링할 수 있다. 물론, 다운스트림 분석은 본원에서 제시된 방법의 목적을 위한 침묵 돌연변이를 고려할 필요가 없음을 이해해야 한다. 그러나, 바람직한 돌연변이 분석은 돌연변이 유형(예를 들어 결손, 삽입, 전환, 전이, 전좌)뿐만 아니라 돌연변이 영향(예를 들어, 넌센스, 미스센스 등)에 대한 정보를 제공하며, 침묵 돌연변이를 제거시키는 제1 내용 필터로서 작용할 수 있다. 예를 들어, 네오에피토프는 돌연변이가 프레임-이동, 넌센스 및/또는 미스센스 돌연변이인 추가 고려를 위해 선택될 수 있다.
추가적인 필터링 접근법에서, 네오에피토프는 또한 하위-세포 위치 파라미터에 대한 상세한 분석 대상이 될 수 있다. 예를 들어, 네오에피토프 서열은 네오에피토프가 막 관련 위치를 갖는 것으로 동정된 경우(예를 들어, 세포의 세포막 외부에 위치하는 경우) 및/또는 인 실리코 구조 계산에 의해 네오에피토프가 용매에 노출되거나 구조적으로 안정한 에피토프(예를 들어, 문헌[J Exp Med 2014])를 나타낼 수 있는 경우에 추가적인 고찰을 위해 선택될 수 있다.
네오에피토프를 필터링하는 것과 관련하여, 네오에피토프는 네오에피토프가 실제로 발현되는 것으로 밝혀진 오믹스(또는 다른) 분석에 사용하기에 특히 적합하다고 고려된다. 네오에피토프의 발현 및 발현 수준의 동정은 당업계에 공지된 모든 방식으로 수행될 수 있으며, 바람직한 방법은 정량적 RNA(hnRNA 또는 mRNA) 분석 및/또는 정량적 프로테오믹스 분석을 포함한다. 가장 전형적으로, 네오에피토프를 포함하는 것에 대한 임계치 수준은 상응하는 매칭된 정상 서열의 발현 수준의 적어도 20%, 보다 전형적으로 50%의 발현 수준이 될 것이므로, (네오)에피토프가 면역 시스템에 적어도 잠재적으로 "가시적"인 것으로 보인다. 이러한 맥락에서, 네오에피토프의 발현 수준은 네오에피토프 없이 상응하는 ('야생형', 매칭된 정상) 서열의 발현 수준에 상대적이다. 따라서, 오믹스 분석은 또한 유전자 발현 분석(전사체 분석(transcriptomic analysis))을 포함하여 돌연변이가 있는 유전자 발현 수준을 동정하는 것이 일반적으로 바람직하다.
당해 분야에 공지된 전사체 분석의 수많은 방법이 존재하며, 공지된 모든 방법이 본원에서의 사용에 적합한 것으로 간주된다. 예를 들어, 바람직한 물질은 mRNA 및 1차 전사체(hnRNA)를 포함하고, RNA 서열 정보는 동일한 환자의 종양 샘플 및 매칭된 정상(건강한) 샘플로부터 차례로 얻어지는 역전사된 폴리 A+-RNA로부터 얻을 수 있다. 마찬가지로, 폴리 A+-RNA는 전형적으로 전사체의 표현으로서 바람직하지만, 다른 형태의 RNA(hn-RNA, 비-폴리아데닐화된 RNA, siRNA, miRNA 등)도 본원에서의 사용에 적합한 것으로 간주됨을 유의해야 한다. 바람직한 방법은 정량적 RNA(hnRNA 또는 mRNA) 분석 및/또는 정량적 프로테오믹스 분석, 특히 예를 들어, RNAseq를 포함한다. 다른 양태에서, 다양한 대안적인 방법(예를 들어, 고상 하이브리드화-기반 방법)이 또한 적합한 것으로 여겨지지만, RNA 정량화(quantification) 및 시퀀싱은 qPCR 및/또는 rtPCR 기반 방법을 사용하여 수행된다. 또 다른 관점에서 볼 때, 전사체 분석은 암- 및 환자-특이적 돌연변이를 갖는 유전자를 동정하고 정량화하기 위해 (단독으로 또는 게놈 분석과 함께) 적합할 수 있다.
유사하게, 프로테오믹스 분석은 네오에피토프의 RNA의 실제적인 번역을 확인하기 위해 다양한 방식으로 수행될 수 있으며, 프로테오믹스 분석의 모든 공지된 방식이 본원에서 고려된다. 그러나, 특히 바람직한 프로테오믹스 방법은 항체-기반 방법 및 질량 분광분석 방법을 포함한다. 또한, 프로테오믹스 분석은 단백질 그 자체에 관한 정성적 또는 정량적 정보를 제공할 뿐만 아니라, 단백질이 촉매 작용 또는 다른 기능적 활성을 갖는 단백질 활성 데이터를 또한 포함할 수 있음을 주목해야 한다. 프로테오믹스 분석을 수행하기 위한 하나의 예시적인 기술은 본원에 참고로 인용된 US 7473532에 기재되어 있다. 단백질 발현의 더 적절한 동정 및 심지어 정량화의 또 하나의 적합한 방법은 다양한 질량분광 분석(예를 들어, 선택적 반응 모니터링(SRM), 다중 반응 모니터링(MRM) 및 연속 반응 모니터링(CRM))을 포함한다.
필터링의 또 다른 양태에서, 네오에피토프는 인간-동일 서열의 사용을 피하기 위해 (예를 들어, 환자 또는 환자 집단의) 공지된 인간 서열을 함유하는 데이터베이스와 비교될 수 있다. 또한, 필터링은 SNP가 종양 및 매칭된 정상 서열 둘 다에 존재하는 환자의 SNP로 인한 네오에피토프 서열의 제거를 포함할 수도 있다. 예를 들어, dbSNP(단일 뉴클레오티드 다형성 데이터베이스(Single Nucleotide Polymorphism Database))는 국립 인간 게놈 연구소(NHGRI)와 공동으로 국립 생물공학 정보 센터(NCBI)가 개발하고 호스팅한 여러 종에 걸친 유전적 변이에 대한 무료 공개 아카이브이다. 데이터베이스의 명칭이 한 종류의 다형성(단일 뉴클레오티드 다형성(SNP))의 집합만을 의미하지만, 실제로는 (1) SNP, (2) 짧은 결실 및 삽입 다형성(인델/DIP), (3) 마이크로위성(microsatellite) 마커 또는 짧은 탠덤 반복(STR), (4) 다중 뉴클레오티드 다형성(MNP), (5) 이종접합 서열, 및 (6) 명명된 변이체와 같은 비교적 광범위한 분자적 변이를 포함한다. dbSNP는 명백하게도 중성 다형성, 공지된 표현형에 상응하는 다형성, 및 불변 영역을 수용한다. 상기한 바와 같은 데이터베이스 및 다른 필터링 옵션을 사용하여, 환자 및 종양 특이적 네오에피토프를 필터링하여 이들 공지된 서열을 제거함으로써, 실질적으로 감소된 위양성을 갖는 다수의 네오에피토프 서열을 갖는 서열 세트를 산출할 수 있다.
덜 바람직한 양태에서, 암- 및 환자-특이적 네오에피토프는 보다 일반적인 네오에피토프로 보강되거나 심지어 대체될 수 있다. 예를 들어, 고려되는 일반적인 네오에피토프는 다양한 암 관련된 및 암 특이적 항원(예를 들어, 적어도 0.1%, 또는 적어도 0.5%, 또는 적어도 1%, 또는 적어도 5%의 빈도를 갖는)을 포함한다. 대안적으로, 적합한 신생항원은 또한 소정의 최소 빈도(예를 들어, 적어도 0.1%, 또는 적어도 0.5%, 또는 적어도 1%, 또는 적어도 5%)로 적어도 1종의 특정 MHC 하위-유형으로서 동정되는 것들을 포함할 수 있다. 동일하게 관련된 네오에피토프, 방법 및 시스템의 다른 양태는 본원에 참고로 인용된 공동 소유의 국제 출원 PCT/US16/26798 및 PCT/US16/29244에 개시되어 있다.
HLA 결정 및 매칭
인간 주요 조직적합성 복합체(MHC) 또는 인간 백혈구 항원(HLA) 복합체는 공동-발현되는 고도의 다형성 세포 표면 항원의 2개의 별개의 부류를 암호화하는 적어도 7개의 좌위를 포함하는 많은 유전 좌위를 포함한다. 이들 분자는 처리된 펩타이드와 결합하여 순환하는 T-세포 림프구에 제시되며 세포성 및 체액성 면역 반응에 중요한 역할을 한다. 결과적으로, 면역 요법의 맥락에서, 네오에피토프가 MHC 복합체에 결합되고 제시될 때 네오에피토프가 보다 효과적일 것이라는 것은 너무나도 분명하다.
그러나 불행하게도 MHC 복합체는 매우 다양하고 다른 환자들 사이에서 뚜렷이 나타나 네오에피토프 결합 예측을 어렵게 만든다. 클래스 I 분자, HLA-A, HLA-B 및 HLA-C, 및 클래스 II 분자, DR, DQ 및 DP는 염색체 6p21.31의 짧은 팔(arm)의 약 3500 kbp 분절로 암호화된다(도면 1a 및 1b에 개략적으로 도시되어 있다). 클래스 I 항원은 모든 핵생성 세포에 존재하며, 여기서 이는 세포 표면 헤테로다이머로 작용하여 주로 세포질(바이러스 및 자가 펩타이드)에서 유래된 펩타이드를 순환하는 CD8+ T 세포에 제공한다. 클래스 I 세포 표면 헤테로다이머는 하나의 고도의 다형성 알파 사슬을 가지며, 가변 잔기는 펩타이드 결합 틈새 내에서 클러스터링되며, 이는 유전자의 엑손 2 및 3에 의해 암호화된다. HLA 클래스 I 분자는 또한 살해 면역글로불린 수용체(KIR)의 리간드로서 작용하여 자연 살해(NK) 세포의 세포독성 활성을 조절한다. HLA 클래스 II 분자는 B 세포, 대식세포 및 다른 항원 제시 세포의 표면에서 발견되며, 여기서 알파-베타 헤테로다이머는 순환하는 CD4+ T 세포에 주로 외인성으로 유도된 펩타이드(박테리아 및 화학 독소)를 제공한다. 클래스 II 분자에서, 베타 사슬은, 유전자의 엑손 2에 국한되어 펩타이드-결합 틈새를 암호화하는 고도의 다형성 영역을 함유한다.
따라서, 효과적인 결합 및 제시는 환자의 네오에피토프 서열과 특정 HLA-유형의 조합된 기능임을 이해해야 한다. 가장 전형적으로, HLA-유형 결정은 적어도 3종의 MHC-I 하위-유형(예를 들어, HLA-A, HLA-B, HLA-C) 및 적어도 3종의 MHC-II 하위-유형(예를 들어, HLA-DP, HLA-DQ, HLA-DR)을 포함하며, 여기서 바람직하게는 각각의 하위-유형은 적어도 4-자리 깊이로 결정된다. 그러나, 더 큰 깊이(예를 들어, 6자리, 8자리)도 또한 본원에서 고려된다.
(공지의 화학 또는 인 실리코 결정을 사용하여) 일단 환자의 HLA-유형이 확인되면, HLA-유형에 대한 구조 용액을 데이터베이스에서 계산하거나 얻은 다음, HLA 구조 용액에 대한 (전형적으로 필터링된) 네오에피토프의 결합 친화력을 결정하기 위해 인 실리코 도킹(docking) 모델에 사용한다. 하기에서 추가로 논의되는 바와 같이, 결합 친화력을 결정하기에 적합한 시스템은 NetMHC 플랫폼을 포함한다(예를 들어, 문헌[Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1; 36(Web Server issue): W509-W512.] 참조). 그런 다음, 환자의 MHC-I/II 하위-유형에 대한 지식과 함께, 사전 결정된 HLA-유형에 대해 높은 친화도(예를 들어, 100 nM 미만, 75 nM 미만, 50 nM 미만)를 갖는 네오에피토프가 요법 생성을 위해 선택된다.
HLA 결정은 당해 분야에 잘 공지된 습식-화학에서의 다양한 방법을 사용하여 수행될 수 있고, 이들 방법 모두는 본원에서의 사용에 적합한 것으로 간주된다. 그러나, 특히 바람직한 방법에서, HLA-유형은 또한 하기에 보다 상세히 도시된 바와 같이 공지된 및/또는 공통 HLA-유형의 대부분 또는 전부를 함유하는 참조 서열을 사용하여 인 실리코의 오믹스 데이터로부터 예측될 수 있다.
예를 들어, 본 발명의 대상에 따른 하나의 바람직한 방법에서, 염색체 6p21.3(또는 HLA 대립 형질이 발견되는 곳/근처에 있는 임의의 다른 위치)에 매핑하는 비교적 다수의 환자 서열 판독이 데이터베이스 또는 시퀀싱 기계에 의해 제공된다. 가장 전형적으로, 서열 판독은 약 100 내지 300개의 염기의 길이를 가지며 판독 품질, 정렬 정보, 배향, 위치 등을 포함한 메타데이터를 포함한다. 예를 들어, 적절한 포맷에는 SAM, BAM, FASTA, GAR 등이 포함된다. 본 발명의 대상을 제한하는 것은 아니지만, 일반적으로 환자 서열 판독은 적어도 5x, 보다 전형적으로는 적어도 10x, 더욱 전형적으로는 적어도 20x, 가장 전형적으로는 적어도 30x의 커버리지의 깊이를 제공하는 것이 바람직하다.
환자 서열 판독에 추가하여, 고려된 방법은 공지된 별개의 HLA 대립형질의 다수의 서열을 포함하는 하나 이상의 참조 서열을 추가로 이용한다. 예를 들어, 전형적인 참조 서열은 상기 HLA-유형의 다중 HLA-대립형질을 갖는 적어도 하나의 HLA-유형의 서열 분절을 포함하는 합성(상응하는 인간 또는 다른 포유동물 대응물을 갖지 않음) 서열일 수 있다. 예를 들어, 적합한 참조 서열은 HLA-A의 적어도 50개의 상이한 대립형질에 대한 공지된 게놈 서열의 집합을 포함한다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 상기 참조 서열은 또한 HLA-A의 적어도 50개의 상이한 대립형질에 대한 공지된 RNA 서열의 집합을 포함할 수 있다. 물론, 이하에서 보다 상세히 논의되는 바와 같이, 참조 서열은 HLA-A의 50개의 대립형질에 한정되지 않고 HLA-유형 및 대립형질의 수/조성에 대한 대안적인 조성물을 가질 수 있다. 가장 전형적으로, 참조 서열은 컴퓨터 판독가능한 포맷으로 존재하고 데이터베이스 및 다른 데이터 저장 장치로부터 제공될 것이다. 예를 들어, 적합한 참조 서열 포맷은 FASTA, FASTQ, EMBL, GCG 또는 GenBank 포맷을 포함하고, 공용 데이터 저장소(예를 들어, 국제 면역유전학 정보 시스템(IMGT) 또는 대립형질 빈도 네트 데이터베이스(The Allele Frequency Net Database), EUROSTAM, www.allelefrequencies.net)의 데이터로부터 직접 얻거나 구축할 수 있다. 대안적으로, 참조 서열은 또한 대립형질 빈도, 종족 대립형질 분포, 공통 또는 희귀 대립형질 유형 등과 같은 하나 이상의 사전 결정된 기준에 기초한 개별적인 공지의 HLA-대립형질로부터 구축될 수 있다.
참조 서열을 사용하여, 환자 서열 판독은 이제 드브루인(de Bruijn) 그래프를 통해 쓰레딩되어(threaded) 가장 적합한 대립형질을 동정할 수 있다. 이러한 맥락에서, 각 개인은 각각의 HLA-유형에 대해 2개의 대립형질을 갖고 있으며 이러한 대립형질은 매우 유사하거나 어떤 경우에는 동일할 수도 있다는 점에 주목해야 한다. 이러한 고도의 유사성은 전통적인 정렬 방식에 상당한 문제를 제기한다. 본 발명자들은 이제 HLA 대립형질 및 심지어 매우 밀접하게 관련된 대립형질이 드브루인 그래프가 상대적으로 작은 k-mer(전형적으로 10 내지 20개의 염기 길이를 가짐)로 판독된 서열을 분해함으로써 그리고 대립형질의 서열과 매칭되는 서열 판독의 k-mer에 기초하여 각각의 환자 서열 판독이 각각의 대립형질에 대한 투표("정량적 판독 지원")를 제공하는 가중 투표 과정을 구현함으로써 구성되는 접근법을 사용하여 해결될 수 있음을 발견하였다. 그런 다음, 대립형질에 대해 누적적으로 가장 높은 투표가 가장 가능성이 높게 예측된 HLA 대립형질을 나타낸다. 또한, 일반적으로 대립형질에 매칭되는 각각의 단편을 사용하여 대립형질의 전체적인 커버리지와 커버리지의 깊이를 계산하는 것이 바람직하다.
특히 탑 히트(top hit) 중 많은 부분이 유사한 경우(예를 들어, 스코어의 상당 부분이 고도로 공유된 k-mer 세트의 경우) 스코어를 더 높이거나 세분화할 수 있다. 예를 들어, 스코어 정제는 현재의 탑 히트와 실질적으로 유사한(예를 들어, 99% 초과 또는 다른 소정의 값) 대립 형질이 차후 고려사항으로부터 제거되는 가중치 방식을 포함할 수 있다. 현재의 탑 히트에 의해 사용되는 k-mer에 대한 카운트는 인자(예를 들어, 0.5)에 의해 재-가중되고, 각 HLA 대립형질에 대한 스코어는 이들 가중된 카운트를 합산함으로써 재계산된다. 이러한 선택 과정은 새로운 탑 히트를 구하기 위해 반복된다. 이러한 방법의 정확성은 심지어 DNA에 존재하는 2개의 대립형질 중 때로는 단지 1개일 수 있는 종양에 의해 발현되는 대립형질을 동정할 수 있는 RNA 서열 데이터를 사용하여 더욱 개선될 수 있다. 고려된 시스템 및 방법의 또 다른 유리한 양태에서, DNA 또는 RNA, 또는 DNA와 RNA 둘 다의 조합을 처리하여 고도로 정확하고 종양 또는 혈액 DNA 또는 RNA로부터 유도될 수 있는 HLA 예측을 수행할 수 있다. 인 실리코 HLA 타이핑에서의 고정밀도에 대한 추가의 양태, 적합한 방법 및 고려사항은 본원에 참고로 인용된 국제 출원 제PCT/US16/48768호에 기재되어 있다.
원하는 경우, 네오에피토프는 대립형질 빈도에 백만 개당 전사체를 곱하여 우도 스코어(likelihood score)를 얻기 위해 스코어를 매기거나 순위를 매길 수 있다. 이러한 스코어는 이어서 HLA 정보를 사용하여 추가로 보강될 수 있으며 환자의 HLA 유형에 대한 실제 결합 친화도를 위해 계산될 수 있다. 예를 들어, 예시적인 순위 포맷은 다음과 같을 수 있다:
Figure pct00001
여기서, 파일은 FASTA 포맷의 파일이며 항목은 샘플 정보를 보고하는 '>' 문자로 시작한다. 다음 라인은 네오에피토프이다. 샘플 정보 라인에는 샘플 색인화에 사용되는 번호(예를 들어, 254), Refseq Gene ID(예를 들어, NM_001000.3), HUGO 일반 명칭(예를 들어, RPL39), 변이체 분류(예를 들어, 미스센스), 단백질 변화(예를 들어, p.M29K), 염기쌍 변화(예를 들어, A->T), 정상 에피토프(예를 들어, 정상: WIRMKTGNK), 대립형질 빈도(예를 들어, AF: 0.179104477612), 이러한 유전자에 대한 백만개 당 전사체(예를 들어, TPM: 1023.96), 모든 유전자의 중간 발현 수준인 TPM_MEDIAN(예를 들어, TPM_MEDIAN: 7.35), LL 스코어는 단지 AF × TPM(예를 들어, LL: 183.395820896), netMHC 예측 결합 값(예를 들어, netMHC: 242.96), 및 네오에피토프가 결합하는 특정 HLA 대립형질(예를 들어, 대립형질: HLA-A0301)이 포함된다. 이어서 다음 라인은 네오에피토프(예를 들어, WIRKKTGNK)이다.
일단 환자 및 종양 특이적 네오에피토프 및 HLA-유형이 확인되면, HLA에 네오에피토프를 도킹하고 예를 들어, NetMHC를 사용하여 최상의 결합제(예를 들어, 최저 KD 예컨대 500 nM 미만, 또는 250 nM 미만, 또는 150 nM 미만, 또는 50 nM 미만)를 결정하여 추가적인 컴퓨터 분석을 수행할 수 있다. 이러한 접근법은 환자 및 종양에 진정한 특정 네오에피토프를 동정할 뿐만 아니라 세포 상에 나타날 가능성이 가장 높고 치료 효과에 의해 면역 반응을 이끌어낼 가능성이 가장 큰 네오에피토프를 동정할 수 있음을 이해해야 한다. 물론, 이와 같이 동정된 HLA-매칭된 네오에피토프는 추가로 후술되는 바와 같이 페이로드(payload)로서 에피토프를 암호화하는 핵산을 바이러스 내에 포함시키기 전에 시험관내에서 생화학적으로 유효화될 수 있음을 이해해야 한다.
물론, 환자의 HLA-유형과 환자- 및 암-특이적 네오에피토프의 매칭은 NetMHC 이외의 시스템을 사용하여 수행될 수 있으며, 적합한 시스템에는 NetMHC II, NetMHCpan, IEDB 분석 자원(URL immuneepitope.org), RankPep, PREDEP, SVMHC, Epipredict, HLABinding 및 기타(예를 들어, 문헌[J Immunol Methods 2011; 374: 1-4] 참조)가 포함된다. 가장 높은 친화도를 계산할 때, 변형된 아미노산의 위치가 이동된 네오에피토프 서열의 수집(상술됨)이 사용될 수 있다는 점에 주목해야 한다. 대안적으로 또는 부가적으로, 네오에피토프에 대한 변형은 N- 및/또는 C-말단 변형을 가함으로써 발현된 네오에피토프와 환자 HLA-유형의 결합을 더욱 증가시킴으로써 구현될 수 있다. 따라서, 네오에피토프는 특정 HLA-유형에 보다 잘 매칭되도록 동정되거나 추가로 변형된 상태의 원형일 수 있다.
또한, 필요한 경우, 상응하는 야생형 서열(즉, 아미노산 변화가 없는 네오에피토프 서열)의 결합을 계산하여 높은 차등 친화도를 보장할 수 있다. 예를 들어, 네오에피토프와 이의 상응하는 야생형 서열 간의 MHC 결합에서 특히 바람직한 높은 차등 친화도는 적어도 2배, 적어도 5배, 적어도 10배, 적어도 100배, 적어도 500배, 적어도 1000배 등이다.
도 2는 일련의 필터링 단계의 전형적인 결과를 예시적으로 도시한다. 여기서, 동시 위치 유도 정렬에서 매칭되는 정상(즉, 동일한 환자의 비-질환 조직과 비교시)에 대한 삼중 네거티브 유방암 샘플의 전체 게놈 시퀀싱 분석은 종양 샘플에서 네오에피토프의 비교적 다수(약 18,000)를 나타냈다. 특히, 첫 번째 필터링 단계는 발현 강도를 기초로 동정된 모든 네오에피토프의 50% 이상을 제거했다. 여기서, 네오에피토프 서열은 매칭된 정상 샘플과 비교하여 20% 미만의 발현 수준으로 제거되었다. 나머지 서열을 인 실리코 분석하여 동일한 샘플의 단일 특이적 HLA-유형에 결합하는 서열(예를 들어, 500 nM 미만의 친화도)을 결정하였다. 한 번 더 상당한 분율의 네오에피토프가 제거되었고 궁극적으로 모든 네오에피토프 중 단지 1.3% 미만이 사용에 적합한 것으로 밝혀졌다는 것에 주목해야 한다.
이러한 분석은 각각의 HLA-유형이 종종 매우 유사한 대립형질을 가지고 있기 때문에 DNA 및/또는 RNA 시퀀싱 정보로부터의 HLA 결정에 특히 유리하며, 전통적인 정렬 방법은 일반적으로 서열이 높은 유사성 정도를 갖는 경우 중요한 분화능을 갖지 못한다는 점에 유의해야 한다. 또한, 이러한 분석은 유리하게는 전용 실험실 장비를 필요로 하지 않고 환자로부터 이미 얻어진 오믹스 데이터를 시퀀싱하는 것으로부터 수행된다는 것을 이해해야 한다. 다른 관점에서 보면, 네오에피토프 발견, 필터링, HLA-유형 결정, 이렇게 동정된 네오에피토프를 환자의 특정 HLA 유형에 결합하는 것조차 모두 인 실리코에서 수행될 수 있다.
동시 자극 분자의 선택
적합한 동시 자극 분자와 관련하여, 항원 제시 세포에서 발현될 때 T-세포 활성화와 관련하여 상기 분자가 상향 조절 효과를 갖는 한, 모든 동시 자극 분자가 적절한 것으로 간주된다는 것이 일반적으로 고려된다. 예를 들어, 도 3은 예시적으로 수지상 세포 상의 동시 자극 분자 및 T-세포 상의 이들의 수용체를 예시한다.
고려되는 상향 조절 효과는 동시 억제의 억제(예를 들어, CTLA4, PD1, CD160, 또는 BTLA에 의해 매개됨) 및/또는 T-세포에서의 동시 자극 수용체(예를 들어, CD28, CD40L, ICOS, CD27, OX40, 4-1BB, GITR, HVEM, Galectin9, TIM1, LFA, CD2, 등을 통해)의 활성 때문일 수 있다. 따라서, 적합한 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD40, ICOSL CD70, OX40L, 4-1BB, GITRL, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM1, 및 LFA3을 포함한다. 대안적으로 또는 부가적으로, 고려된 동시 자극 분자는 또한 활성화에 있어서 이들의 특정 기능에 의해 선택될 수 있다. 예를 들어, 동시 자극 분자는 면역 시냅스의 형성 및/또는 유지에서 이들의 역할로 인해 및/또는 다운스트림 활성화 이벤트에서의 이들의 역할로 인해 선택될 수 있다. 따라서, 적합한 동시 자극 분자는 cSMAC(예를 들어, CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, 및/또는 Fyn, 또는 이들의 결합 대응물), pSMAC(예를 들어, LFA1 또는 이의 결합 대응물), 및 d-SMAC(예를 들어, CD43, CD45 또는 이들이 결합 대응물)의 요소를 포함하는, 초분자 활성화 클러스터(SMAC)의 하나 이상의 성분을 포함한다. 예를 들어, 하나 이상의 동시 자극 분자가 사용되는 경우, ICAM-1, CD60, CD80, CD86, 및/또는 CD48 중 적어도 2개가 특히 바람직할 수 있다.
가장 전형적으로, 세포 (및 특히 항원 제시 세포, 예컨대 수지상 세포)의 형질감염을 위한 고려된 재조합 핵산은 바람직하게는 하나 이상의 네오에피토프 서열에 추가하여 또한 상기 논의된 바와 같은 동시 자극 분자를 암호화하는 하나 이상의 서열 요소를 포함할 것이다. 실제로, 적합한 재조합 핵산은 동시 자극 분자를 암호화하는 적어도 2개 또는 적어도 3개 또는 적어도 4개의 서열 요소를 포함할 것으로 일반적으로 고려된다. 가장 전형적으로, 다중 동시 자극 분자가 존재하는 경우, 동시 자극 분자는 T-세포 활성화/활성에 대해 상승작용 효과를 제공하는 것으로 고려된다. 결과적으로, 재조합 핵산은 동시 자극 분자 및 네오에피토프가 동시적으로 발현되도록(예를 들어, 단일 프로모터 또는 다중 유도성 프로모터를 사용하여 달성될 수 있음) 구성되는 것을 이해해야 한다. 또한, 동시 자극 분자가 단일 폴리펩타이드 쇄 상에 또는 2개의 별개의 분자로서 적합한 리간드 또는 수용체와 함께 발현될 수 있다는 것을 또한 이해해야 한다. 예를 들어, 발현된 수용체가 OX40인 경우, 수용체는 OX40L과 동시 발현될 수 있다. 마찬가지로, 발현된 리간드가 4-1BBL인 경우, 리간드는 4-1BB와 함께 동시 발현될 수 있다. 또한, 동시 자극 분자는 이들의 각각의 막 도메인으로 발현되어 동시 자극 분자를 발현하는 세포에서 막 고정을 허용하는 것이 일반적으로 바람직하지만, 동시 자극 분자를 암호화하는 핵산은 리간드(및 일부 경우에서 수용체)가 가용성 형태로 발현될 수 있도록 변형될 수 있음을 주목해야 한다.
또한, 재조합 핵산은 또한 하나 이상의 사이토카인을 암호화할 수 있으며, 특히 바람직한 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(예를 들어, IL15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체(예를 들어, ALT803)를 포함함을 이해해야 한다. 이러한 사이토카인은 전형적으로 면역 활성화를 추가로 개선시키기 위해 네오에피토프 및 동시 자극 분자와 함께 동시 발현된다. 추가의 고려된 양태에서, 동시 자극 분자는 또한 다양한 추가의 면역 자극 성분을 포함할 것이며, 고려된 추가의 성분은 다양한 SLAM(신호전달 림프구 활성화 분자) 단백질, 예컨대 CD84, CD150, CD229, 및/또는 CD244를 포함하며, 이는 바람직하게는 선택된 네오에피토프 및/또는 동시 자극 분자와 동시 발현된다.
마찬가지로, 추가의 고려된 양태에서, 추가의 성분은 또한 내재 면역 반응 경로, 및 특히 STING(인터페론 유전자의 자극인자: Stimulator of Interferon Gene) 경로의 양성 조절인자일 수 있다. 다른 적합한 양성 조절인자 중에서, 특히 바람직한 양성 조절인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 STING 경로와 관련된, 특히 예를 들어, WO 2014/039961에 기재된 바와 같은 IPS1의 신호전달 도메인과 관련된 신호전달 단백질의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함한다. 서열번호 1은 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 쥐 IPS1의 신호전달 도메인에 용합된 예시적인 키메라 분자를 제공한다.
이러한 키메라 단백질에서, 적어도 1개, 또는 적어도 2개, 또는 적어도 3개의 IPS 신호전달 도메인에 융합된 LMP1 단백질의 적어도 1개, 보다 전형적으로 적어도 2개, 보다 전형적으로 적어도 3개, 가장 전형적으로 적어도 6개 막관통 도메인을 갖는 것이 일반적으로 바람직하다. 물론, IPS1의 신호전달 도메인이 바람직하지만, 다른 활성화인자는 또한 본원에서 사용하기에 적합하다고 여겨지며, 특히 종양 괴사 인자 수용체 수퍼 패밀리(TNFRSF)의 다양한 단백질 수용체를 포함함을 주목해야 한다.
잠재성 막 단백질-1(LMP1)은 엡스타인-바르 바이러스(EBV)의 유전자이다. N-말단은 단백질을 막에 고정시키는 6개의 인접한 막관통 도메인을 포함한다. LMP1의 세포질내 도메인은 CD40 수용체의 신호전달 도메인인 TNFRSF와 유사하며 하나 이상의 IPS1 신호전달 도메인으로 대체될 수 있다. 특히, LMP1은 N-말단 막관통 도메인이 자발적으로 세포막에 클러스터를 형성하고 이로 인하여 세포질내 신호전달 도메인을 클러스터링하기 때문에 이의 세포질 도메인을 통한 신호전달을 개시하기 위한 리간드 또는 항체가 필요하지 않다. LMP1의 세포질내 도메인을 IPS1 신호전달 도메인으로 대체함으로써, STING 경로의 구성적인 활성화가 달성된다. 물론, 이러한 키메라 단백질은 개선된 면역 자극을 제공하기 위해 다른 동시 자극 분자 및/또는 네오에피토프와 동시 발현될 수 있음을 인식해야 한다. 이러한 경우, 동시 자극 분자와 키메라 면역 활성화인자의 조합은 STING 관련 유전자 발현 및 면역 시냅스 형성의 활성화와 같은 2개의 별개의 경로를 통한 T-세포의 활성화로 인해 상승적으로 작용할 수 있음이 고려된다.
바이러스 구성
바람직한 환자- 및 암-특이적 HLA 매칭된 네오에피토프 및 적합한 동시 자극 분자/키메릭 활성화인자를 선택하면, 재조합 핵산을 세포내 발현에 이어서 세포상의 네오에피토프의 제시를 위해 구성할 수 있다. 재조합 핵산은 네오에피토프가 MHC-I 및/또는 MHC-II 제공 경로로 유도되고 네오에피토프가 높은 친화도를 갖는 것으로 알려진 MHC 하위-유형(들)으로 유도되도록 한 배열에서 하나 이상의 환자- 및 암-특이적 네오에피토프를 암호화하는 서열 부분을 포함한다. 또한, 재조합 핵산은 또한 적절한 동시 자극 분자/키메라 활성화인자를 암호화하는 서열 부분을 포함할 것이다. MHC-표적화되고 이성적인 표현은 하나 이상의 동시 자극 분자 및/또는 키메라 활성화인자의 동시 발현에 의해 추가로 보강될, 보다 강력한 면역 반응을 생성하는 것으로 생각된다.
물론, 이러한 재조합 핵산(들) 전달의 모든 방식이 적합하고 재조합 핵산(들)이 DNA 백신, 재조합 바이러스 게놈 또는 형질전환 조성물에서 전달가능한 DNA 또는 RNA로서 제형화될 수 있음을 이해해야 한다. 따라서, 당업계에 공지된 모든 발현 시스템(예를 들어, 세균 발현 시스템, 효모 발현 시스템, '누드(naked)' DNA 및 RNA 발현 시스템)은 본원에서의 사용에 적합한 것으로 간주된다는 점에 유념해야 한다.
유사하게는, 특정 재조합 핵산 제형에 따라, 형질감염된 세포의 유형은 상당히 다양할 수 있다. 그러나, 세포가 면역 적격 세포, 특히 항원 제시 세포(수지상 세포, 대식세포, 등)인 것이 일반적으로 바람직하다. 이러한 세포는 바람직하게는 재조합 세포를 투여받은 환자 또는 개체에게 자가조직일 것이며, 자가 세포는 농축되거나 배양된 세포일 수 있다. 예를 들어, 수지상 세포는 초기 B-세포 및 전혈의 단핵구 결핍(예를 들어, CD14/19 마커를 통한)에 의해 단리되고, 적절한 수지상 세포 마커(예를 들어, CD304, CD141, 및 CD1c)를 사용하여 수지상 세포의 자기 분리에 의해 단리될 수 있다. 대안적으로, 수지상 세포는 또한 줄기 세포로부터 배양될 수 있다(예를 들어, World J Stem Cells 2014 Jan 26; 6(1): 1-10 참조). 여전히 추가로 고려되는 양태에서, 특히 재조합 핵산이 바이러스 발현 벡터인 경우, 환자는 특히 바이러스가 아데노바이러스인 경우 바이러스에 감염될 수 있다(예를 들어, 피하 또는 종양내 주사를 사용하여).
예를 들어, 아데노바이러스, 아데노-관련 바이러스, 알파바이러스, 헤르페스 바이러스, 렌티바이러스 등을 포함하여 유전자 치료에서 이미 확립된 바이러스를 사용하는 것이 특히 바람직하다. 그러나, 다른 적절한 선택 중에서도, 아데노바이러스가 특히 바람직하다. 또한, 일반적으로, 바이러스는, 선택된 바이러스 단백질(예를 들어, E1, E3 단백질)의 표적화된 결실에 의해 전형적으로 달성되는 복제 결핍 및 비-면역원성 바이러스인 것이 더욱 바람직하다. 본원에서 사용되는 용어 "비-면역원성"은 바이러스를 박멸하는 면역 반응을 일으키지 않으면서 바이러스를 반복적으로 개체에 투여할 수 있음을 의미한다. 이러한 바람직한 특성은 E2b 유전자 기능을 결실시킴으로써 더욱 강화될 수 있으며, 최근에 보고된 바와 같이 유전자 변형된 인간 293 세포를 사용하여 높은 역가의 재조합 바이러스를 달성할 수 있다(예를 들어, 문헌[J Virol 1998 Feb; 72(2): 926-933]). 가장 전형적으로, (바이러스 감염된 세포로부터의 발현을 위한) 원하는 핵산 서열은 당업계에 널리 공지된 적절한 조절 요소의 제어하에 있다.
네오에피토프 및 동시 자극 분자 및/또는 키메라 활성화인자를 암호화하는 서열 부분의 통합과 관련하여, 다양한 서열 요소가 다양한 방식으로 배열될 수 있음을 주목해야 한다. 예를 들어, 전사 또는 번역 단위가 전형적으로 프로테아제 절단 부위를 추가로 포함할 수 있는 짧은 링커(예를 들어, 4 내지 20개의 아미노산을 갖는 가요성 링커)에 의해 분리된 다중 에피토프의 연쇄체성(concatemeric) 배열을 가질 수 있다. 이러한 연쇄체에는 (전형적으로 바이러스를 통해 전달될 수 있는 재조합 핵산의 크기에 의해 제한되는) 1 내지 20개의 네오에피토프가 포함될 수 있으며, 연쇄체는 MHC-I 및 MHC-II 복합체에 전달하기 위해 동일하거나 상이할 수 있음에 유념해야 한다. 따라서, 그리고 후술되는 바와 같이, MHC-I 및/또는 MHC-II를 통한 우선적 또는 심지어 특이적 발현을 달성하기 위해 다양한 펩타이드가 특정 세포 구획으로 전달될 수 있음을 이해해야 한다. 또 다른 관점에서 볼 때, 종양 관련 항원 및 네오에피토프는 발현 경로 모두를 통해 또는 선택적으로 동시에 또는 이후의 치료 회차에서 하나 또는 다른 경로로 제공될 수 있음을 인식해야 한다. 동시 자극 분자 및/또는 키메라 활성화인자는 바람직하게는 하기에 추가로 논의되는 바와 같이 단리된 펩타이드 단위로서 발현될 것이다. 또한, 동시 자극 분자 및/또는 키메라 활성화인자를 암호화하는 재조합 핵산은 전형적으로 또한 단백질을 막 상에 고정시키기 위해 재조합 단백질을 세포 막으로 유도하도록 서열 요소를 포함할 것이다.
유전적으로 변형된 바이러스의 '페이로드(payload)'와 관련하여, 하나 초과 예를 들어, 2, 3, 4, 5개 및 그 이상의 네오에피토프의 발현이 바람직하며, 이는 다수의 별개의 변형된 바이러스, 또는 하나 초과의 네오에피토프 서열(예를 들어, 연쇄체 또는 키메라 서열로서)을 갖는 바이러스를 사용하여 달성될 수 있다. 본 발명의 대상을 한정하는 것은 아니지만, 일반적으로 네오에피토프 서열은 탠덤 미니유전자(minigene)(예를 들어, aa12-네오에피토프12-aa12) 또는 키메라 단백질로 번역되거나 번역되지 않을 수 있는 단일 전사 단위로 구성되는 것이 바람직하다. 따라서, 에피토프는 모노머, 멀티머, 개별적으로 또는 연쇄체성으로, 또는 N- 및/또는 C-말단 펩타이드와의 하이브리드 서열로 존재할 수 있음을 이해해야 한다. 가장 전형적으로, 핵산 서열은 바이러스 및/또는 숙주 코돈 선호도를 수용하기 위해 적절한 코돈 사용법을 사용하여 역-번역되는 것이 바람직하다. 그러나, 대체 코돈 사용 또는 비-매칭된 코돈 사용도 적절한 것으로 간주된다. 추가의 적합한 구성 및 발현 카세트에 관해, 본원에 참고로 인용된 2016년 3월 2일자로 출원된 동시-계류중인 미국 가출원 제62/302168호 및 2016년 3월 28일자로 출원된 미국 가출원 제62/314366호를 참조한다.
또한, 네오에피토프 서열(예를 들어, 단일 네오에피토프 또는 폴리토프로서 발현된)은 적합한 서열 요소를 사용하여 하나 또는 둘 모두의 MHC 발현 경로로 구성되고 유도될 수 있음을 이해해야 한다. 이와 같이 발현된 네오에피토프를 목적하는 MHC 시스템으로 전달하는 것과 관련하여, MHC-I 발현된 펩타이드는 전형적으로 프로테아좀 처리 및 소포체를 통한 전달을 통해 세포질로부터 발생할 것이라는 점에 주목해야 한다. 따라서, MHC-I 제시를 위해 의도된 에피토프의 발현은 일반적으로 하기에 더 상세히 논의되는 바와 같이 세포질로 유도될 것이다. 한편, MHC-II 제시된 펩타이드는 전형적으로 세포막에 전달되기 전에 산성 프로테아제(예를 들어, 레그마인, 카텝신 L 및 카텝신 S)에 의한 분해 및 가공을 통해 엔도좀성 및 리소좀성 구획으로부터 발생할 것이다. 따라서, MHC-II 제시를 위해 의도된 에피토프의 발현은 일반적으로 하기에 보다 상세히 논의되는 바와 같이 엔도좀성 및 리소좀성 구획으로 유도될 것이다.
가장 바람직한 양태에서, 신호 펩타이드는 네오에피토프를 엔도좀성 및 리소좀성 구획으로 (MHC-II에 대한 네오에피토프 제시를 유도하면서) 트래피킹(trafficking)하거나 세포질 공간에 (MHC-I에 대한 네오에피토프 제시를 유도하면서) 머무르도록 하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, 펩타이드가 엔도좀성 및 리소좀성 구획을 표적으로 하는 예비-서열(presequences)을 표출하는 경우, 내부 표적화 펩타이드가 사용될 수 있다. 표적화 펩타이드의 예비-서열은 바람직하게는 N-말단에 부가되고 6 내지 136개의 염기성 및 소수성 아미노산을 포함한다. 퍼옥시좀 표적화의 경우, 표적화 서열은 C-말단에 있을 수 있다. 다른 신호(예를 들어, 신호 패치)가 사용될 수 있으며, 펩타이드 서열에서 분리되고 적절한 펩타이드 접힙시 기능성이 되는 서열 요소를 포함할 수 있다. 또한, 글리코실화와 같은 단백질 변형은 표적화를 유도할 수 있다. 다른 적합한 표적화 신호 중에서도, 본 발명자들은 N-말단 근처에 위치하는 노나펩타이드인 퍼옥시좀 표적화 신호 1(PTS1), C-말단 트리펩타이드 및 퍼옥시좀 표적화 신호 2(PTS2)를 고려한다. 또한, 엔도좀 및 리소좀에 대한 단백질의 분류는, 전형적으로 짧은 선형 서열을 포함하는, 단백질의 세포질 도메인 내의 신호에 의해 매개될 수 있다. 일부 신호는 티로신-계 분류 신호라고 하며 NPXY 또는 YXXØ공통 모티프에 순응한다. 다이류신-계 신호로 알려진 다른 신호는 [DE]XXXL[LI] 또는 DXXLL 공통 모티프에 적합하다. 이러한 모든 신호는 막의 세포질 표면과 관련된 주변의 단백질 코팅 성분으로 인식된다. YXXØ및 [DE]XXXL[LI] 신호는 어댑터 단백질(AP) 복합체 AP-1, AP-2, AP-3 및 AP-4에 의해 특징적인 미세 특이성으로 인식되지만, DXXLL 신호는 어댑터는 GGA로 알려진 어댑터의 또 다른 계통으로 인식된다. 또한, 액포 단백질 분류 및 엔도좀 기능과 관련되어 있는 FYVE 도메인을 추가할 수 있다. 또 다른 양태에서, 인간 CD1 꼬리 서열을 사용하여 엔도좀 구획을 표적화할 수도 있다(예를 들어, 문헌[Immunology, 122, 522-531] 참조).
세포질 구획 내 트래피킹 또는 보유는 반드시 하나 이상의 특정 서열 요소를 필요로 하지 않을 수 있다. 그러나, 적어도 일부 양태에서, 막-고정 단백질 또는 막-고정 단백질의 막 앵커 도메인을 포함하는 N- 또는 C-말단 세포질 보유 신호가 추가될 수 있다. 예를 들어, 막-고정 단백질은 SNAP-25, 신택신(syntaxin), 시냅토프레빈(synaptrevin), 시냅토택민(synaptotagmin), 소포 관련 막 단백질(VAMP), 시냅스 소포 당단백질(SV2), 고친화도 콜린 수송체, 뉴렉신(Neurexin), 전압-관문 칼슘 채널, 아세틸콜린에스터라제 및 NOTCH를 포함한다.
또한, 바이러스 전달 비히클은 또한 감염된 수지상 세포와 T-세포 사이의 상호작용을 향상시키기 위해 적어도 1종, 보다 전형적으로 적어도 2종, 보다 더 전형적으로 적어도 3종, 가장 전형적으로 적어도 4종의 동시 자극 분자를 코딩하는 것으로 고려된다. 예를 들어, 적절한 동시 자극 분자는 특히 B7.1(CD80) 및/또는 B7.2(CD86)와 조합된 ICAM-1(CD54), ICOS-L 및 LFA-3(CD58)을 포함한다. 추가 고려되는 동시 자극 분자는 4-1BBL, CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, GITRL, OX40L 및 TL1A를 포함한다. 또한, 동시 자극 분자의 발현은 바람직하게는 항원 및/또는 네오에피토프가 하나 이상의 동시 자극 분자와 함께 제시되도록 조정된다는 것을 이해해야 한다. 따라서, 전형적으로, 동시 자극 분자는 예를 들어, 내부 리보좀 진입 부위 또는 2A 서열을 사용하여 단일 전사체로부터, 또는 다중 전사체로부터 생성되는 것으로 간주된다.
마찬가지로, 바이러스 벡터는 체크포인트 수용체에 결합하는 하나 이상의 펩타이드 리간드를 암호화하는 서열 부분을 추가로 포함할 것으로 예상된다. 가장 전형적으로, 결합은 수용체를 통한 신호전달을 억제하거나 적어도 감소시킬 것이며, 특히 고려되는 수용체는 CTLA-4(특히 CD8+ 세포의 경우) 및 PD-1(특히 CD4+ 세포의 경우)을 포함한다. 예를 들어, 펩타이드 결합제는 항체 단편 및 특히 scFv뿐만 아니라 수용체에 특이적으로 결합하는 소분자 펩타이드 리간드를 포함할 수 있다. 다시 한번, 펩타이드 분자의 발현은 바람직하게는 항원 및/또는 네오에피토프가 하나 이상의 펩타이드 분자와 함께 제시되도록 배위될 것임을 이해해야 한다. 따라서, 전형적으로, 펩타이드 분자는 예를 들어, 내부 리보좀 진입 부위 또는 2A 서열을 사용하여 단일 전사체로부터, 또는 다중 전사체로부터 생성되는 것으로 간주된다.
이어서, 바이러스는 전형적으로 투여 단위당 104 내지 1011 바이러스 입자의 바이러스 역가를 갖는 멸균 주사용 조성물로서 제형화된 약제학적 조성물에서 치료 백신으로서 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있다. 대안적으로, 바이러스는 환자(또는 다른 HLA 매칭된) 세포를 생체외에서 감염시키기 위해 사용될 수 있고 이렇게 감염된 세포는 환자에게 수혈된다. 추가의 예에서, 바이러스에 의한 환자의 치료는 베어(bare) 형태의 동종이식 또는 자가 자연 살해 세포 또는 T 세포에 의하거나 또는 네오에피토프, 네오에피토프들, 종양 관련 항원 또는 바이러스와 동일한 페이로드를 표적으로 하는 항체를 발현하는 키메라성 항원 수용체에 의해 달성될 수 있다. 환자-유래 NK-92 세포주를 포함하는 자연 살해 세포는 또한 CD16을 발현할 수 있으며 항체와 커플링될 수 있다. 본원에 사용된 약제학적 조성물 또는 약물을 "투여하는"이란 용어는 약제학적 조성물 또는 약물의 직접 및 간접 투여 둘 다를 의미하고, 여기서 약제학적 조성물 또는 약물의 직접 투여는 전형적으로 건강 관리 전문가(예를 들어, 의사, 간호사 등)에 의해 수행되며, 간접 투여는 (예를 들어, 주사, 주입, 경구 전달, 국소 전달 등을 통한) 직접 투여를 위해 건강 관리 전문가에게 약제학적 조성물 또는 약물을 제공하거나 이용가능하게 하는 단계를 포함한다. 원한다면, 재조합 바이러스의 투여가 면역 체크포인트 억제제의 투여와 함께 수행될 수 있다는 것도 또한 고려된다. 예를 들어, 적합한 체크 포인트 억제제는 PD-1(예를 들어, 니볼루브, 펨브롤리주맙), CTLA-4(예를 들어, 이필리무맙), 또는 리간드 결합시 T-세포 활성을 하향조절하는 다른 수용체를 표적화하는 제제를 포함한다.
마지막으로, 바이러스가 다수의 네오에피토프를 암호화하는 핵산 페이로드를 포함하는 경우, 다수의 네오에피토프가 숙주 면역 반응을 적어도 부가적으로 또는 상승작용적으로 증강시킬 수 있다는 점에 주목해야 한다. 유사하게, 각각의 바이러스가 상이한 네오에피토프를 갖는 다수의 바이러스가 사용되는 경우, 다수의 네오에피토프는 숙주 면역 반응을 적어도 부가적으로 또는 상승작용적으로 증강시킬 수 있는 것으로 고려된다. 이러한 부가적 또는 상승작용적 효과는 특정 종양 또는 단계에 대해 전정한 것이거나 또는 특정 환자 파라미터(예를 들어, 연령, 성별, 이전 치료 등)에 특이적일 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명의 특정 구현예를 기술하고 청구하는데 사용되는 성분의 양, 농도, 반응 조건 등과 같은 성질을 나타내는 수는 일부 경우 용어 "약"으로 변형된 것으로 이해되어야 한다. 따라서, 일부 구현예에서, 서술된 설명 및 첨부된 청구항에 제시된 수치 파라미터는 특정 구현예에 의해 수득될 수 있는 원하는 성질에 따라 변할 수 있는 근사치이다. 일부 구현예에서, 수치 파라미터는 보고 된 유효 자릿수의 수와 일반적인 반올림 기술을 적용하여 해석되어야 한다.
본 명세서의 설명 및 후속하는 청구항 전반에 걸쳐 사용된 바와 같이, 단수형태("a", "an" 및 "the")의 의미는 문맥상 달리 나타내지 않는 한 복수의 대상을 포함한다. 또한, 본원의 설명에 사용된 바와 같이, 문맥상 달리 나타내지 않는 한 "내에(in)"의 의미는 "내에(in)" 및 "위에(on)"를 포함한다. 문맥에 반대로 나타내지 않는 한, 본원에 제시된 모든 범위는 이들의 종점을 포함하는 것으로 해석되어야 하며 개방형 범위는 상업적으로 실용적인 값을 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 유사하게는, 문맥에 반대로 나타내지 않는 한, 모든 값 목록은 중간 값을 포함하는 것으로 간주되어야 한다.
본원에 기재된 모든 방법은 본원에서 달리 나타내지 않거나 문맥에 명백하게 모순되지 않는 한 임의의 적합한 순서로 수행될 수 있다. 본원의 특정 구현예와 관련하여 제공된 임의의 및 모든 예, 또는 예시적인 언어(예를 들어, "~와 같은")의 사용은 단지 본 발명을 보다 잘 나타내도록 의도된 것이며, 달리 청구된 본 발명의 범위에 제한을 두지 않는다. 명세서에서 어떠한 언어도 본 발명의 실시에 필수적인 청구되지 않은 요소를 나타내는 것으로 해석되어서는 안된다.
본 발명의 개념을 벗어나지 않고 이미 기술된 것들 이외에 많은 수정이 가능하다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 따라서, 본 발명의 대상은 첨부된 청구범위의 범주를 제외하고는 제한되지 않는다. 또한, 명세서 및 청구범위 모두를 해석함에 있어서, 모든 용어는 문맥에 따라 가능한 가장 넓은 방식으로 해석되어야 한다. 특히, 용어 "포함하는"은 요소, 성분 또는 단계를 비-배타적인 방식으로 참조하여, 그 참조된 요소, 성분 또는 단계가 명시적으로 언급되지 않은 다른 요소, 성분 또는 단계들과 함께 존재하거나 이용되거나 조합될 수 있음을 나타내는 것으로 해석되어야 한다. 명세서가 A, B, C ... 및 N으로 이루어진 군으로부터 선택된 것 중 적어도 하나를 가리키는 경우, 본문은 A와 N, 또는 B와 N 등이 아닌, 군으로부터 단지 하나의 요소만을 필요로 하는 것으로 해석되어야 한다.
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<110> Nant Holdings IP, LLC <120> Improved Compositions And Methods For Viral Delivery Of Neoepitopes And Uses Thereof <130> 102650.0019PCT <150> US 62/263812 <151> 2015-12-07 <160> 1 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 2082 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Chimeric protein between EBV LMP1 transmembrane domain and murine IPS1 signaling domain <220> <221> misc_feature <222> (1)..(578) <223> EBV LMP1 transmembrane domain <220> <221> misc_feature <222> (579)..(2082) <223> Murine IPS1 signaling domain <400> 1 atggaacacg accttgagag gggcccaccg ggcccgcgac ggccccctcg aggacccccc 60 ctctcctctt ccataggcct tgctctcctt ctcctgctct tggcgctact gttttggctg 120 tacatcatta tgagtaactg gactggagga gccctccttg tcctctatgc ctttgctctc 180 atgcttgtga ttatcatttt gatcatcttt atcttcagaa gagaccttct ctgtccactt 240 ggagcccttt gtctactcct actgatgatc accctcctgc tcatcgctct ctggaatttg 300 cacggacagg cattgtacct tggaattgtg ctgttcatct tcgggtgctt acttgtctta 360 ggtctctgga tctacttatt ggagattctc tggcgacttg gtgccaccat ctggcagctt 420 ttggccttct tcctagcctt cttcctagac atcatcctgc tcattattgc tctctatcta 480 caacaaaact ggtggactct attggttgat ctcctttggc tcctcctgtt tctggcgatt 540 ttaatctgga tgtattacca tggacaacga atgacatttg ctgaggacaa gacctataag 600 tatatccgag acaaccacag caagttttgc tgtgttgacg ttctggagat cctgccttac 660 ctgtcctgcc tcacagctag tgaccaggat cgactgcggg cttcctacag gcagatcggg 720 aaccgggaca cactctgggg actcttcaat aatctccagc gccggcctgg ctgggtggag 780 gtcttcatcc gggcactgca gatctgtgag ctgcctgggc tggctgatca agtgactcga 840 gtttatcaga gctacctgcc tccggggacc tcactccgct ccctagagcc actgcagtta 900 ccagactttc ctgctgcggt ttctggaccc tctgcatttg cgccaggtca caacatccct 960 gaccatggct tacgagagac accaagttgc cccaagcctg tccaggacac ccagccacca 1020 gagtccccag tagagaattc agagcaactc ctccagacca actccggggc cgtcgcgagg 1080 atgtctggtg gctctttgat accctctcct aaccagcagg ctctcagccc tcagccctcc 1140 agagagcatc aagagcaaga accagaactg ggtggcgccc acgcagcaaa tgttgcctct 1200 gttcccatag caacctatgg acctgtgtct ccaaccgttt ccttccagcc ccttccacgt 1260 actgccctga ggacaaacct cttgtctggg gtcacagtat cagccctatc tgctgatacc 1320 tctttgtcct cctcgtccac tggatcagct tttgcaaagg gagctggtga ccaggccaaa 1380 gctgccacct gtttcagtac tacactcacc aattctgtga ctaccagctc agtgccttct 1440 cccagattgg tcccagtaaa aaccatgtct tccaagttgc ccctcagttc aaagtccact 1500 gctgcgatga cgtctactgt gctcaccaat acagcgccat caaaattacc cagcaactca 1560 gtgtatgcgg gcacagtgcc atccagagtg cctgctagtg tggccaaagc acctgccaac 1620 acaataccac ctgagaggaa cagcaagcaa gccaaggaga ccccggaggg tccagcaacc 1680 aaagtcacca ctggaggcaa ccagactgga ccaaatagca gtatcaggag cttgcactct 1740 ggaccagaga tgagcaagcc aggtgtgctg gtatcccagt tggacgagcc attctcagcc 1800 tgctctgtgg accttgccat tagccctagc agctccttgg tctcagaacc caaccatggt 1860 ccagaggaga atgagtattc gtcctttaga atccaggtag acgaaagccc cagtgctgat 1920 ctattaggaa gccctgagcc actagccacc cagcagcccc aagaagagga agaacattgt 1980 gccagttcaa tgccctgggc taagtggctt ggggccacca gtgcactctt ggctgtattc 2040 ctggcagtga tgctgtaccg tagtaggcgc ctggcccagt ga 2082

Claims (69)

  1. 재조합 바이러스를 생성하는 방법으로서,
    환자의 환자-특이적(patient-specific) 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 단계;
    상기 동일한 환자의 HLA-유형으로의 네오에피토프의 결합을 결정하고, 상기 네오에피토프의 발현 수준을 결정하는 단계;
    적어도 하나의 동시 자극 분자(co-stimulatory molecule)를 선택하는 단계; 및
    상기 적어도 하나의 동시 자극 분자 및 상기 암-관련된 네오에피토프를 암호화하는 핵산을 포함하도록 바이러스를 유전학적으로 변형시키는 단계를 포함하는, 재조합 바이러스를 생성하는 방법.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 바이러스는 아데노바이러스인, 방법.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 바이러스는 복제 결핍인, 방법.
  4. 청구항 1 내지 3 중 어느 한 항에 있어서, 상기 바이러스는 비-면역원성인, 방법.
  5. 청구항 1 내지 4 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 암-관련된 네오에피토프는 종양 및 매칭된 정상 샘플의 오믹스 데이터의 위치-유도 동시 정렬에 의해 인 실리코(in silico) 동정되는, 방법.
  6. 청구항 1 내지 5 중 어느 한 항에 있어서, 인 실리코로 상기 환자의 HLA 유형을 예측하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  7. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현 수준은 매칭된 정상 샘플과 비교하여 적어도 20%인, 방법.
  8. 청구항 1 내지 7 중 어느 한 항에 있어서, 상기 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는, 방법.
  9. 청구항 1 내지 8 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 사이토카인을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  10. 청구항 9에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(superagonist)(IL-15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 SMAC(초분자 활성화 클러스터)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, 상기 SMAC의 적어도 하나의 성분은 CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물(counterparts)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  13. 청구항 1 내지 12 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 STING(인터페론 유전자의 자극인자: Stimulator of Interferon Gene) 경로의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 STING 경로의 활성화인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함하는, 방법.
  15. 청구항 1 내지 14 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산에 적어도 제2의 별개의 암-관련된 네오에피토프를 암호화하는 분절을 포함하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  16. 청구항 1 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 104 바이러스 입자를 수득하기 위해 유전학적으로 변형된 바이러스를 배양하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  17. 청구항 1 내지 16 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 107 바이러스 입자를 수득하기 위해 유전학적으로 변형된 바이러스를 배양하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  18. 청구항 1에 있어서, 상기 바이러스는 복제 결핍인, 방법.
  19. 청구항 1에 있어서, 상기 바이러스는 비-면역원성인, 방법.
  20. 청구항 1에 있어서, 상기 환자의 암-관련된 네오에피토프는 종양 및 매칭된 정상 샘플의 오믹스 데이터의 위치-유도 동시 정렬에 의해 인 실리코 동정되는, 방법.
  21. 청구항 1에 있어서, 인 실리코로 상기 환자의 HLA 유형을 예측하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  22. 청구항 1에 있어서, 상기 발현 수준은 매칭된 정상 샘플과 비교하여 적어도 20%인, 방법.
  23. 청구항 1에 있어서, 상기 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는, 방법.
  24. 청구항 1에 있어서, 상기 핵산은 사이토카인을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(IL-15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  26. 청구항 1에 있어서, 상기 핵산은 SMAC(초분자 활성화 클러스터)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  27. 청구항 26에 있어서, 상기 SMAC의 적어도 하나의 성분은 CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  28. 청구항 1에 있어서, 상기 핵산은 STING(인터페론 유전자의 자극인자) 경로의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  29. 청구항 28에 있어서, 상기 STING 경로의 활성화인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함하는, 방법.
  30. 청구항 1에 있어서, 상기 핵산에 적어도 제2의 별개의 질환-관련된 네오에피토프를 암호화하는 분절을 포함하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  31. 청구항 1에 있어서, 적어도 104 바이러스 입자를 수득하기 위해 유전학적으로 변형된 바이러스를 배양하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  32. 청구항 1에 있어서, 적어도 107 바이러스 입자를 수득하기 위해 유전학적으로 변형된 바이러스를 배양하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  33. 상기 재조합 바이러스로 감염된 세포에서 HLA-매칭된 환자-특이적 암 네오에피토프 및 동시 자극 분자를 발현하기 위한 프로모터에 기능적으로 커플링된 HLA-매칭된 암 네오에피토프 및 동시 자극 분자를 암호화하는 핵산을 포함하는, 재조합 바이러스.
  34. 청구항 33에 있어서, 상기 핵산은 적어도 제2의 별개의 질환-관련된 네오에피토프를 암호화하는 분절을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  35. 청구항 33 내지 34 중 어느 한 항에 있어서, 상기 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  36. 청구항 33 내지 35 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 사이토카인을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  37. 청구항 36에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(IL-15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  38. 청구항 33 내지 37 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 SMAC(초분자 활성화 클러스터)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  39. 청구항 38에 있어서, 상기 SMAC의 적어도 하나의 성분은 CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  40. 청구항 33 내지 39 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산은 STING(인터페론 유전자의 자극인자) 경로의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 STING 경로의 활성화인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함하는, 재조합 바이러스.
  42. 청구항 33 내지 41 중 어느 한 항에 있어서, 상기 바이러스는 아데노바이러스인, 재조합 바이러스.
  43. 청구항 42에 있어서, 상기 아데노바이러스가 Ad5 [E1-E2b-]인, 재조합 바이러스.
  44. 청구항 33에 있어서, 상기 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  45. 청구항 33에 있어서, 상기 핵산은 사이토카인을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  46. 청구항 45에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(IL-15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  47. 청구항 33에 있어서, 상기 핵산은 SMAC(초분자 활성화 클러스터)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  48. 청구항 47에 있어서, 상기 SMAC의 적어도 하나의 성분은 CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 재조합 바이러스.
  49. 청구항 33에 있어서, 상기 핵산은 STING(인터페론 유전자의 자극인자) 경로의 활성화인자를 암호화하는 서열을 추가로 포함하는, 재조합 바이러스.
  50. 청구항 49에 있어서, 상기 STING 경로의 활성화인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함하는, 재조합 바이러스.
  51. 청구항 33에 있어서, 상기 바이러스는 아데노바이러스인, 재조합 바이러스.
  52. 청구항 51에 있어서, 상기 아데노바이러스는 Ad5 [E1-E2b-]인, 재조합 바이러스.
  53. 청구항 44 내지 52 중 어느 한 항에 따른 재조합 바이러스를 포함하는 약제학적 조성물.
  54. 청구항 53에 있어서, 청구항 44 내지 52 중 어느 한 항에 따른 제2의 별개의 바이러스를 추가로 포함하는, 약제학적 조성물
  55. 암 치료에서 청구항 44 내지 52 중 어느 한 항에 따른 재조합 바이러스의 용도.
  56. 환자를 치료하는 방법으로서,
    상기 환자로부터 종양 샘플 및 매칭된 정상 샘플을 수득하는 단계;
    상기 환자의 HLA-유형을 동정하고 상기 동일한 환자의 환자-특이적 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 단계;
    (i) 결합 친화성이 소정의 임계값 미만인 경우 상기 네오에피토프를 암호화하는 핵산, 및 (ii) 적어도 하나의 동시 자극 분자를 암호화하는 핵산을 포함하도록 바이러스를 유전학적으로 변형시키는 단계; 및
    상기 환자에게 상기 유전학적으로 변형된 바이러스를 투여하는 단계를 포함하는, 환자를 치료하는 방법.
  57. 청구항 56에 있어서, 상기 환자의 HLA-유형을 동정하고 상기 환자의 암-관련된 네오에피토프를 동정하는 단계는 상기 종양 샘플 및 상기 매칭된 정상 샘플로부터 게놈 정보를 사용하여 인 실리코 수행되는, 방법.
  58. 청구항 56에 있어서, 상기 동시 자극 분자는 B7.1 (CD80), B7.2 (CD86), CD30L, CD40, CD40L, CD48, CD70, CD112, CD155, ICOS-L, 4-1BB, GITR-L, LIGHT, TIM3, TIM4, ICAM-1, 및 LFA3 (CD58)의 군으로부터 선택되는, 방법.
  59. 청구항 56에 있어서, 상기 바이러스는 사이토카인을 암호화하는 핵산을 추가로 포함하는, 방법.
  60. 청구항 59에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-15 초작용제(IL-15N72D), 및 IL-15 초작용제/IL-15RαSushi-Fc 융합 복합체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  61. 청구항 56에 있어서, 상기 바이러스는 SMAC(초분자 활성화 클러스터)의 적어도 하나의 성분을 암호화하는 핵산을 추가로 포함하는, 방법.
  62. 청구항 61에 있어서, 상기 SMAC의 적어도 하나의 성분은 CD2, CD4, CD8, CD28, Lck, Fyn, LFA-1, CD43, 및 CD45 또는 이들의 각각의 결합 대응물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  63. 청구항 56에 있어서, 상기 바이러스는 STING(인터페론 유전자의 자극인자) 경로의 활성화인자를 암호화하는 핵산을 추가로 포함하는, 방법.
  64. 청구항 63에 있어서, 상기 STING 경로의 활성화인자는 EBV의 LMP1의 막관통 도메인이 IPS-1의 신호전달 도메인에 융합되는 키메라 단백질을 포함하는, 방법.
  65. 청구항 56에 있어서, 상기 바이러스는 아데노바이러스인, 방법.
  66. 청구항 65에 있어서, 상기 아데노바이러스는 Ad5 [E1-E2b-]인, 방법.
  67. 청구항 56에 있어서, 상기 바이러스는 적어도 하나의 추가의 암-관련된 네오에피토프를 암호화하는 핵산을 추가로 포함하는, 방법.
  68. 청구항 56에 있어서, 면역 체크포인트 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  69. 청구항 56에 있어서, 상기 유전학적으로 변형된 바이러스는 피하 또는 종양내 주사를 통해 투여되는, 방법.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10793875B2 (en) 2015-12-07 2020-10-06 Nant Holdings Ip, Llc Compositions and methods for viral delivery of neoepitopes and uses thereof

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11207392B2 (en) 2016-06-30 2021-12-28 Nantcell Inc. Coordinated multi-prong cancer therapy
WO2018094309A2 (en) * 2016-11-21 2018-05-24 Nant Holdings Ip, Llc Fractal combination therapy
MX2019006245A (es) 2016-11-28 2020-01-20 Aratingabio Aio Construcciones de vectores virales para la expresion de adyuvantes geneticos que activan las rutas cd40 y sting.
US11638752B2 (en) 2016-11-28 2023-05-02 Aratinga.Bio Aio Viral vector constructs for expression of genetic adjuvants activating the STING pathway
EP3548897A4 (en) 2016-12-01 2020-08-12 Nantomics, LLC PRESENTATION AND TREATMENT OF TUMOR ANTIGENICITY
US20200225229A1 (en) * 2017-09-25 2020-07-16 Nant Holdings Ip, Llc Validation of Neoepitope Presentation
AU2018348048B2 (en) 2017-10-10 2021-08-26 Nantbio, Inc. Modified EC7 cells having low toxicity to viral production payloads
US11823773B2 (en) 2018-04-13 2023-11-21 Nant Holdings Ip, Llc Nant cancer vaccine strategies
WO2020101037A1 (ja) * 2018-11-16 2020-05-22 株式会社Ｔｎｐパートナーズ オーダーメイド医療基幹システム

Family Cites Families (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
IT1223579B (it) * 1987-12-22 1990-09-19 Eniricerche Spa Clonaggio e sequenziamento del gene codificante per una nuova subunita' pilinica di bordetella pertussis
US6544780B1 (en) * 2000-06-02 2003-04-08 Genphar, Inc. Adenovirus vector with multiple expression cassettes
JP2004507231A (ja) 2000-06-15 2004-03-11 アメリカ合衆国 免疫応答を向上させるための、ｇｍ−ｃｓｆを発現する組換え非−複製性ウィルスおよびその使用
EP1224943A1 (en) 2001-01-19 2002-07-24 Crucell Holland B.V. Fibronectin as a tumor marker detected by phage antibodies
CA2518569C (en) 2003-03-10 2011-11-15 Expression Pathology, Inc. Liquid tissue preparation from histopathologically processed biological samples, tissues and cells
JP2007503834A (ja) * 2003-09-05 2007-03-01 サノフィ パストゥール リミテッド 黒色腫用の多抗原ベクター
EP2295588B1 (en) * 2004-05-27 2018-03-07 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Novel artificial antigen presenting cells and uses thefor
WO2007002811A2 (en) 2005-06-29 2007-01-04 The Wistar Institute Of Anatomy And Biology Methods and compositions for treating melanoma
AU2010248761B2 (en) * 2009-05-15 2016-02-11 Irx Therapeutics, Inc. Vaccine immunotherapy
WO2011119628A2 (en) 2010-03-23 2011-09-29 The Regents Of The University Of California Compositions and methods for self-adjuvanting vaccines against microbes and tumors
CN103180730B (zh) * 2010-05-14 2016-03-02 综合医院公司 鉴定肿瘤特异性新抗原的组合物和方法
KR102042253B1 (ko) 2010-05-25 2019-11-07 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 Ｂａｍｂａｍ：고처리율 서열분석 데이터의 병렬 비교 분석
US9646134B2 (en) 2010-05-25 2017-05-09 The Regents Of The University Of California Bambam: parallel comparative analysis of high-throughput sequencing data
EP2892930B1 (en) * 2012-09-07 2019-08-14 University Of Miami Fusion proteins for promoting an immune response, nucleic acids encoding same, and methods of making and use thereof
AU2013318338B2 (en) 2012-09-21 2017-05-25 Intensity Therapeutics, Inc Method of treating cancer
WO2014168874A2 (en) 2013-04-07 2014-10-16 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for personalized neoplasia vaccines
KR20230076867A (ko) 2013-12-20 2023-05-31 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 신생항원 백신과의 병용 요법
PE20161344A1 (es) 2014-01-02 2016-12-23 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Determinantes de respuesta del cancer a la inmunoterapia
TWI733719B (zh) 2015-12-07 2021-07-21 美商河谷控股Ｉｐ有限責任公司 改善的組合物及用於新表位之病毒遞送的方法及其應用

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10793875B2 (en) 2015-12-07 2020-10-06 Nant Holdings Ip, Llc Compositions and methods for viral delivery of neoepitopes and uses thereof
US11441160B2 (en) 2015-12-07 2022-09-13 Nant Holdings Ip, Llc Compositions and methods for viral delivery of neoepitopes and uses thereof

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AU2016366183A1 (en) 2018-07-12

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