KR102621775B1 - 영유아의 장내 미생물 불균형도를 탐지하는 방법 - Google Patents
영유아의 장내 미생물 불균형도를 탐지하는 방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 영유아의 장내 미생물 분석을 이용하여 시험 대상 영유아의 장내 미생물 불균형 정보를 제공하는 방법에 관한 것으로서, 영유아 장내 미생물 불균형의 판단 또는 영유아의 장내 미생물 불균형에 대한 정량적인 예측이 가능하다. 보다 구체적으로, 본 발명은 장내 미생물 분석을 이용하여 영유아의 장내 미생물 발달 단계를 규정하고, 상기 발달 단계에 기초하여 영유아의 장내 미생물 불균형 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
Description
본 발명은 영유아의 시료 및/또는 메타 데이터를 분석하여 영유아의 장내 미생물 불균형도의 탐지 방법 및 상기 탐지방법으로 얻어진 영유아의 장내 미생물 불균형도를 개선하는 방법에 관한 것이다.
인간의 몸에는 인체의 세포 수보다 많은 미생물들이 피부, 소화기, 호흡기 등 다양한 부위에서 인체와 상호 작용하며 살아가고 있다. 인체에 존재하는 미생물의 대부분 장 내에 서식하고 있는데, 거듭된 연구와 실험 기술의 발달로 인하여 장내 미생물의 기능과 효과가 점차 알려지고 있다. 장내의 미생물은 인간의 면역, 영양 흡수와 관련이 있으며, 스트레스 호르몬인 코티졸 분비를 조절하여 기분이나 정신적인 문제에도 영향을 미친다. 장내 미생물은 식이 습관 및 숙주의 상태에 따라 변화하고, 개인별로 다르게 형성되어 있다.
인체 장내 미생물은 인간이 태어나는 순간부터 형성되기 시작하며, 생애 초기 단계의 면역, 대사, 영양적인 측면에서 중요한 역할을 수행한다. 영유아의 장내 미생물 조성은 성인과 분명히 구별되며, 수유 시기, 이유식, 일반식을 거치면서 점차적으로 성인의 장내 미생물과 유사한 군집 구조를 보인다. 영양 섭취 방법과 더불어 영유아의 장내 미생물에 큰 영향을 주는 주요 요소는 자연분만이나 제왕절개 등과 같은 분만 형태, 항생제 투약 여부 등이다.
장내 미생물 불균형 (Dysbiosis)은 장내 미생물 생태계가 불균형을 이룬 상태를 일컫는 용어로, 장내 미생물 불균형이 염증성 장 질환, 비만, 당뇨, 자폐증 등의 현대 질환과 직간접적으로 연관되어 있다는 연구가 최근 늘어나고 있다. 장내 미생물 불균형은 무분별한 가공식품 섭취, 항생제 복용 등의 요인에 의해 발생하는 것으로 알려져 있다.
영유아 장내 미생물 군집 연구는 천이 (Succession) 과정 및 영유아 장내 미생물의 성숙도에 대한 관점으로 진행된 바 있으나, 장내 미생물 불균형 관점에서 영유아 장내 미생물을 해석한 연구는 아직 미흡하다. 영유아의 장내 미생물 생태계는 아이가 정상적으로 성장하고 있는 경우에도 안정적이지 않다. 따라서, 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 성숙 단계에 따라 적절하게 규정하는 시도가 필요하다. 영유아 장내 미생물 데이터 및/또는 메타 데이터를 포함하는 데이터베이스를 이용한 영유아 장내 미생물 불균형 상태의 규명은, 장내 미생물의 생리적 기능이나 면역작용과 같은 인체와의 상호작용에 있어 필수적인 연구주제라고 할 수 있다.
이에, 본 발명은 비배양 분석 방법으로 분석한 영유아 장내 미생물 군집 데이터베이스를 구축하였으며, 장내 미생물 불균형의 지표가 되는 여러 가지 메타 데이터를 함께 고려하여 유의미한 패턴을 탐색하는 연구를 진행하였다. 또한, 대량 데이터 분석에 효과적인 기계학습을 통해 장내 미생물 관점에서 영유아 발달 단계, 영유아 장내 미생물 불균형 상태, 및 영유아 장내 미생물 불균형 지표종을 규정하였다.
본 발명의 일 예는, 영유아의 장내 미생물 군집 분석을 이용하여 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지 또는 분석하는 방법을 제공하는 것이다. 상기 영유아의 장내 미생물 군집 분석에 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지하는 미생물 바이오마커를 이용할 수 있다.
본 발명의 일 예는, 영유아의 장내 미생물 군집 분석을 이용하여 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지 또는 분석하는 방법을 제공하는 것이다. 상기 영유아의 장내 미생물 군집 분석에 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지하는 미생물 바이오마커를 이용할 수 있다.
본 발명의 추가 예는 상기 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지하는 미생물 바이오마커 또는 상기 바이오마커를 검출하는 제제를 포함하는, 영유아 장내 미생물 군집의 불균형 정도 및/또는 장 발달단계의 탐지용 조성물 또는 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 추가 예는 상기 영유아 장내 미생물 불균형 정도를 탐지하는 미생물 바이오마커 또는 상기 바이오마커를 검출하는 제제를 포함하는, 장내 미생물을 이용한 영유아의 장 성숙도의 탐지용 조성물 또는 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 추가 일 예는 상기 얻어진 영유아의 장내 미생물 불균형도를 개선하는 방법 또는 영유아의 장내 미생물 성숙도를 높이는 방법에 관한 것이다. 상기 바이오마커를 검출하는 제제를 포함하는 영유아 장내 미생물 불균형의 판별용 또는 위험도 예측용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명은 배양 비의존적 방법(CIMs)으로 속(Genus) 또는 종(Species) 수준의 정확도를 가지는, 영유아의 장내 미생물 불균형 판별용 또는 위험도 예측용 바이오마커를 제공하는 것이다. 또한, 본 발명은 영유아 장내 미생물 군집 분석을 활용하여 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 또는 위험도 예측하는 방법에 관한 것이며, 이에 따라 장내 미생물 불균형 해소를 위한 추가 처치단계를 포함하여 영유아 성장 상태를 개선할 수 있는 방법에 관한 것이다. 구체적으로, 영유아의 장내 미생물 군집을 분석하여 영유아의 장내 미생물 불균형 및 성장 상태를 진단할 수 있는 정보를 제공할 수 있다.
영유아 시기는 장내 미생물 환경이 만들어지는 시기이며, 미생물 군집이 지속적으로 변화하며, 장내 미생물의 환경의 균형을 점착 찾아가게 된다. 따라서, 성인과 달리 영유아의 장내 미생물 군집의 균형 또는 불균형 여부의 결정은 다양한 인자를 고려하여 설정해야 한다. 따라서, 본 발명은 영유아의 장내 미생물의 균형여부 또는 발달 상태를 탐지하기 위해, 장내 미생물 군집을 활용한 영유아의 장내 미생물 불균형도 또는 발달 상태를 탐지하고자 하며, 더욱 바람직하게는 영유아의 메타데이타 정보, 예를 들면, 월령, 식이, 분만방법. 항생제 투여 이력 등의 정보를 조합하여 탐지할 수 있다.
본 명세서에서 영유아 장내 미생물의 불균형군 또는 장내 미생물의 불균형 이라 함은 장내 미생물의 불균형에 양의 상관성을 갖는 또는 장내 미생물의 불균형에 기여하거나 초래하는 메타 데이터와 연관되어 있는 장내 미생물 군집을 보유한 샘플군을 의미하고, 균형군이라 함은, 장내 미생물의 균형에 양의 상관성을 갖는 또는 장내 미생물의 균형에 기여하거나 초래하는 메타 데이터와 연관되어 있는 장내 미생물 군집을 보유한 샘플군을 의미한다.
예를 들면, 장내 미생물 불균형과 관련된 메타 데이터는 장내 미생물 불균형을 일으키는 것으로 알려진 설사, 제왕절개, 항생제 복용, 분유 수유이다. 동일한 발달 단계 내에서, 장내 미생물 불균형 관련 그룹과 구별되는 샘플군은 모유 수유, 자연 분만과 관련되어 있으므로 장내 미생물의 균형과 관련된 그룹으로 규정할 수 있다. 장내 미생물의 불균형 및 장내 미생물의 균형과 강한 연관을 보이는 메타 데이터 인자를 정리하면, 영유아의 발달단계를 1 및 2그룹으로 구분하는 경우, 발달단계 1의 균형 그룹은 자연분만 및 모유수유이며, 불균형 그룹은 설사 및 항생제 투여 경험이고, 발달단계 2의 균형 그룹은 자연분만이며, 불균형 그룹은 설사 및 항생제 투여 경험이다.
상기 영유아 발달 단계는 식이단계, 월령 및 영유아 발달 지수 (장내 미생물 군집의 정보에 기초)로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상의 기준으로 판별할 수 있으며, 상기 영유아 발달 지수는 발달단계 특이적 바이오마커를 이용하여 구분할 수 있으며, 각 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 발달지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 발달지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 발달단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달단계 2로 선정한다. 본 발명의 일 예에 따라 영유아의 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 일예는 영유아의 발달단계 1에 특이적인 바이오마커는 하기 표 10 및 표 11에 기재되어 있고, 발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 하기 표 12 및 표 13에 기재되어 있다.
상기 영유아의 "장내 미생물의 불균형도"라 함은 영유아의 성장 속도에 맞는 장내 미생물 군집 환경 (장내 미생물의 균형)에 근접 여부 또는 장내 미생물 군집의 발달 상태를 의미한다. 이에, 본 발명에 따른 영유아의 장내 미생물 군집의 불균형도를 검출하여 영유아의 장내 미생물 군집의 발달 상태를 파악하고, 아이의 성장속도에 맞추어 적정 속도로 장내 미생물 군집의 균형도를 달성하고자 한다.
본 발명의 구체적 일 예에서, 본 발명에 따른 영유아의 장내 미생물 군집 불균형군과 균형군의 구별은 발달단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 수행할 수 있다.
구체적으로, 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커는 표 29 및 표 30과 도 10의 계통도에 나타내고, 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 33 및 표 34과 도 11의 계통도에 나타낸다. 또한 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커는 표 31, 표 32 및 도 12의 계통도에 나타내고, 발달단계 2의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 35 및 표 36과 도 13의 계통도에 나타낸다.
본 발명에 따른 탐지 방법에 의해 분석한 영유아의 장내 미생물 불균형도 탐지결과로서, 미생물 생태나이, 미생물의 다양성, 유익한 미생물, 또래 영유아의 장내 미생물 우점종에 대한 정보를 제공할 수 있다. 미생물 생태나이(microbiota age)는 아이의 성장 속도에 따른 장내 미생물 군집이 성숙 정도를 나타내며, 예를 들면 영유아의 월령 별 장내 미생물 군집의 균형도 또는 불균형도로 표시할 수 있다. 미생물 다양성(commensal diversity)은 장내 미생물 종류의 다양성을 나타내며, 장내 존재하는 미생물의 종류의 다양성으로 표시될 수 있다. 유익한 미생물은 영유아의 성장에 긍정적 영향을 미치는 미생물의 분포를 의미한다. 장내 미생물 군집에서 유익한 미생물의 발달이 부족하면 질환 발생 위험이 높아진다. 유산균은 초기 장내 미생물 군집에서 소화를 도와 영양분 흡수에 기여하고 면역력을 강화하는 역할을 하고 있으며, 장내 미생물 군집이 안정을 찾으면 사라져 그 비율이 감소한다.
이하, 본 발명에 따른 영유아 장 발달단계 및/또는 장내 미생물 불균형도 탐지방법에 대해 구성 단계 별로 상세히 설명하고자 하다.
본 발명의 일 예에서, 영유아 장내 미생물 불균형도 탐지방법은 하기 단계를 포함할 수 있다:
(A) 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계,
(B) 시험대상 영유아의 메타데이타 정보를 얻는 단계,
(C) 상기 단계(A)의 장내 미생물 군집 정도 및 단계(B)의 메타데이타 정보로 이루어지는 군에서 선택된 1이상의 정보에 근거하여, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준에 따라 장내 미생물 군집의 발달 단계를 선정하는 단계, 및
(D) 상기 선정된 발달 단계에 따라, 발달 단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 장내 미생물 군집의 불균형군 또는 균형군 여부를 결정하는 단계.
더욱 자세하게는, 본 발명의 일 예에서 영유아 장내 미생물 불균형도 탐지방법의 (A) 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계는, 다양한 방법으로 시험 대상의 미생물 군집 정보를 얻을 수 있으며, 예를 들면
(A-1) 시험 대상의 시료, 예컨대 대변 시료로부터 장내 미생물의 유전체 DNA를 얻는 단계;
(A-2) 상기 장내 미생물 유전체 DNA로부터 16S rRNA 유전 정보를 얻는 단계; 및
(A-3) 상기 장내 미생물의 16S rRNA 정보를 분석하여 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 분석하는 단계를 포함할 수 있다.
(A-1) 실험 대상 영유아의 대변 시료로부터 장내 미생물의 유전체 DNA를 얻는 단계
상기 시험 대상은 영유아일 수 있으며, 본 발명에서 "영유아"란, 생후 36개월 이하의 신생아 또는 유아를 의미한다.
본 발명의 일 실시예에서, 국제건강기구(WHO)에서 규정한 대로 생후 4주 초과 내지 만 3세(36개월)의 영유아를 선별하여, 각 영유아의 법정대리을 통해 채집된 시험 대상 영유아의 분변 총 120개 샘플을 수집하였다. 상기 시험 대상의 대변 샘플은 미생물의 변이를 막는 완충액에 담겨 수집되었다. 상기 완충액은 4%(w/v) SDS(Sodium Dodecyl Sulfate), 50mM Tris-HCl, 50mM EDTA 및 500mM NaCl로 구성되었다.
상기 수집된 대변 시료로부터 DNA를 얻는 단계는 배양 비의존적 방법(CIMs)으로 이루어질 수 있다. 상기 배양 비의존적 방법을 이용함으로써, 미생물 배양 과정에서 발생하는 데이터 왜곡을 방지할 수 있으며, 실제 장내 미생물 생태계와 유사한 미생물 군집 규모 정보를 얻을 수 있는 장점이 있다.
(A-2) 상기 장내 미생물 DNA로부터 장내 미생물의 16S rRNA 유전 정보를 얻는 단계
상기 16S rRNA 유전 정보를 얻는 단계는, 차세대 유전체 염기서열분석(NGS) 플랫폼을 이용하여, 상기 추출된 DNA의 16S rRNA 유전자 서열을 분석하는 단계일 수 있다.
상기 추출된 DNA의 16S rRNA 유전자 서열을 분석하는 단계는, 16S rRNA의 가변 영역(variable region)을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계, 바람직하게는 16S rRNA의 V3 내지 V4 영역을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 이용하여 PCR을 수행하는 단계, 더욱 바람직하게는 하기 서열을 갖는 universal primer를 이용하여 PCR을 수행하여 앰플리콘을 생성하는 단계를 포함할 수 있으며, universal primer의 예시적인 서열은 하기와 같다:
정방향 universal primer (서열번호 161): 5'-CCTACGGGNGGCWGCAG -3'
역방향 universal primer (서열번호 162): 5'-GACTACHVGGGTATCTAATCC -3'
(A-3) 상기 장내 미생물의 16S rRNA 정보를 분석하여 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 분석하는 단계
군집 정보를 분석하는 단계는, 상기 차세대 유전체 염기서열분석 (NGS)기법으로 하나의 샘플에서 생성된 수천 개의 유전자 서열을 표준 균주 및 비배양 미생물의 16S 리보솜 RNA 유전자 서열 데이터베이스 (EzTaxon) 및 이지바이오클라우드 분석시스템 (http://www.ezbiocloud.com)으로 미생물 커뮤니티(bacterial community) 정보를 문(phylum)에서 종(species) 수준까지 분석하는 단계일 수 있다. 차세대 유전체 염기서열분석기법의 결과물이 같다면, 군집 정보 분석을 위한 방법은 Eztaxon 및 이지바이오클라우드 분석 시스템에 국한되지 않는다.
상기 미생물 마커는, 상기 기계 학습을 수행하기 위한 부트스트랩 반복 결과, 전체 반복 수 중 각 미생물이 특정 발달 단계 특이적인 미생물로 판정된 횟수의 비율을 근거로 선별되는 것일 수 있다. 바람직하게는, 상기 미생물 마커의 선별 단계 이후, 선별된 미생물 마커의 해당 발달 단계에서의 군집 규모가 다른 발달 단계에서의 군집 규모에 비해 낮은 경우, 해당 미생물 마커를 제외하는 검증 단계를 추가로 포함할 수 있다. 바람직하게는, 상기 미생물 마커는 서열번호 1 내지 160의 염기서열 중 어느 하나의 염기서열로 이루어지는 16S rRNA를 포함하는 미생물일 수 있다.
상기 미생물 군집을 분석하는 단계는, 표준 균주 및 비배양 미생물의 16S rRNA 유전자 서열의 데이터베이스를 이용하여, 상기 분석된 16S rRNA 유전자 서열을 분석하여, 서열번호 1 내지 160의 염기서열 중 어느 하나의 염기 서열을 가지는 미생물 바이오마커 군집 규모(population)를 분석하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 미생물 군집을 분석하는 단계는, 본 발명에서 제공하는 서열번호 1 내지 160의 16S rRNA를 포함하는 미생물의 존부를 확인하고 존재가 확인된 미생물에 대해서만 군집 규모를 분석함으로써, 전체 미생물 군집을 동정하는 것보다 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 및 예후 예측에 필요한 시간과 노동력을 절감할 수 있다.
상기 미생물 군집을 분석하는 단계는, 16S rRNA 데이터베이스를 이용하여 미생물을 속 또는 종 수준으로 동정 및 분류하는 단계 및/또는 각 미생물 군집 규모(population)를 분석하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.
상기 미생물의 동정 및 분류에 사용되는 데이터베이스는 필요에 따라 당업자가 적절히 선택하여 사용할 수 있으며, 예를 들어, EzBioCloud, SILVA, RDP 및 Greengene으로 이루어지는 군에서 선택되는 하나 이상의 데이터베이스일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 미생물 군집 규모는 전체 장내 미생물 균총에서 특정 미생물 군집이 차지하는 비율(%)로 나타내어질 수 있다. 상기 미생물 군집이 차지하는 비율(%)은 전체 시퀀싱 리드 수 중 특정 미생물의 16S rRNA 리드 수 빈도(frequency)의 백분율로 나타내어 질 수 있다. 상기 특정 미생물은 본 발명이 제공하는 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 또는 예측용 미생물 바이오마커일 수 있다.
(B) 시험대상 영유아의 메타데이타 정보를 얻는 단계
본 발명의 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 또는 예측에 관한 정보를 제공하는 방법은, (B) 시험 영유아로부터 장내 미생물 불균형 관련 항목이 포함된 메타 데이터를 수집하는 단계를 포함한다.
상기 메타 데이터의 수집 단계는 상기 (A-1)단계의 시험 대상의 대변 시료 수집과 동시에 및/또는 이시에 이루어질 수 있다.
상기 메타 데이터는 영유아의 발달 단계, 건강 상태, 및/또는 장내 미생물 불균형 상태를 판단하기 위한 인자라면 제한없이 수집되어 분석에 이용될 수 있으며, 예를 들어 영유아의 성별, 월령, 키, 체중, 영유아의 식이 형태, 수유 방법, 유산균 포함 식이 진행 여부, 대변의 형태, 대변의 색, 항생제 복용 정보, 질병 진단 정보, 모체의 해당 영유아 임신기간 중 식이 형태, 영유아의 출산 후 모체의 식이 형태 및 모체의 항생제 복용 정보로 이루어지는 군에서 선택되는 하나 이상의 인자를 포함하는 데이터를 수집할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 메타 데이터 수집 과정에서 수집되는 정보 중 상기 식이 형태 정보는, 유산균을 포함하는 식이 섭취 여부, 발효 식품의 섭취 정보, 또는 비발효 건강기능식품 또는 비발효식품의 섭취 정보로 이루어지는 군에서 하나 이상의 정보일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에서, 다양한 설문 항목을 이용하여 장내 미생물 불균형 정보 관련 메타 데이터가 수집되었다. 상기 메타 데이터를 얻는 단계는, 설문 항목을 이용하여, 장내 미생물 불균형에 영향을 미칠 수 있는 인자가 포함된 설문 항목에 대한 전체 설문 항목의 답변을 상기에서 분석한 16S rRNA 시퀀스 데이터에 첨부 수집하여 저장 혹은 데이터베이스화 하는 단계일 수 있다.
구체적 설문은 설문은 수유식, 이유식, 유아식 및 일반식 중에서 샘플 수집 시에 해당하는 식이 유형으로 설문지를 작성할 수 있도록 설문지를 A(수유), B(이유), C(일반)의 세 가지 유형으로 나누었으며, 설문지 유형은 연구대상 영유아의 법정대리인의 판단으로 선택하도록 하였다. 설문 항목은 분만 방법, 수유 방법, 이유식, 유아식 및 일반식의 종류, 대변 형태 등으로 이루어져 있다. 구체적인 설문 문항을 표 2에 나타내었다.
(C) 상기 단계(A)의 장내 미생물 군집 정도 및 단계(B)의 메타데이타 정보로 이루어지는 군에서 선택된 1이상의 정보에 근거하여, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준에 따라 장내 미생물 군집의 발달 단계를 선정하는 단계
상기 시험 영유아의 발달 단계 구분기준를 선정하는 방법은, 식이단계, 월령 및 영유아 발달 지수 (장내 미생물 군집의 정보에 기초)로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상의 기준으로 판별할 수 있다. 상기 영유아 발달 지수는 하기 표 10 내지 표 13의 바이오마커는 영유아의 장내 미생물 군집의 발달 단계를 구분하는 바이오마커로서 2차로 선정된 최종 바이오마커를 활용한 것이다. 하기 표 14에 각 발달 단계 판별 기준에 따른 발달 단계 판별 방법을 요약하였다.
구체적으로, 식이단계를 이용한 영유아 발달 단계의 구분, 월령을 이용한 영유아 발달 단계의 구분 또는 발달단계 특이적 바이오마커를 이용한 영유아 발달 단계의 구분할 수 있다.
상기 발달단계 특이적 바이오마커를 시험 영유아의 발달 단계를 선정하는 방법은, 시험 영유아의 대변으로부터 수집한 16S rRNA 분석 결과를 영유아 장내 미생물 발달 단계 예측 모델에 적용하고 영유아 발달 지수를 계산하는 단계를 포함한다.
상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준은,
(A')기준 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계,
(B')기준 영유아의 메타데이타 정보를 얻는 단계, 및
(C')상기 단계(A')의 장내 미생물 군집 정도 및 단계(B')의 메타데이타 정보로 이루어지는 군에서 선택된 1이상의 정보에 근거하여, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계를 포함한다.
상기 단계(C')에서 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계는, 기준 영유아의 식이단계, 월령 및 발달단계 특이적 미생물 바이오마커로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상을 이용하여 수행될 수 있다.
상기 단계(C)에서 발달 단계를 선정하는 단계에서, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준은 고형 식이, 생후 15개월 도과 여부 또는 영유아 발달지수 1.19 충족 여부인 것일 수있다.
식이단계를 이용한 영유아 발달 단계의 구분
식이단계를 통한 영유아 발달 단계 판별은, 영유아가 섭취하는 식이를 액상의 수유식, 겔상의 이유식, 고형의 유아식 및 고형의 일반식으로 분류하고, 영유아의 메타데이타 정보 (식이)에 근거하여 액상의 수유식 또는 겔상의 이유식 식이 단계를 발달단계 1로, 고형 식이 즉 유아식 또는 일반식을 섭취하는 단계를 발달단계 2로 분류하는 방법이다. 따라서 액상 또는 겔상의 수유식 또는 이유식에서 고형의 식이를 섭취하는 시점을 판단 기준으로 삼는다.
월령을 이용한 영유아 발달 단계의 구분
생후 개월수(월령)를 기준으로 한 발달 단계 판별의 경우, 영유아의 메타데이타 정보 (영유아의 월령)에 근거하여, 조사 대상 영유아의 월령이 15개월 미만인 경우 발달단계 1로, 월령이 15개월 이상인 경우 발달단계 2로 판별한다. 식이 형태가 겔상에서 고형으로 전환되는 시기와, 실시예 4-2의 DMM clustering 방법을 통해 그룹이 분류된 시기를 통해 15개월이라는 기준을 규정하였다. 따라서, 상기 방법으로 규정한 15개월이라는 기준은 식이 단계가 가장 뚜렷하게 나누어지는 시기인 것과, 장내 미생물 군집의 미생물 종류와 각각의 미생물 점유율이 가장 크게 변화하는 시기인 것을 의미한다. 출생 직후의 영유아 장내 미생물은 면역, 모유의 소화 및 장내 안정화 등에 기여하는 미생물 종류가 주를 이루며, 15개월을 기점으로 미생물 종 다양성이 큰 폭으로 증가하고 식이섬유 등 다양한 음식물의 대사와 관련된 미생물 종류가 주를 이룬다.
발달단계 특이적 바이오마커를 이용한 영유아 발달 단계의 구분
영유아 발달 지수를 기준으로 하는 경우, 수집된 장내 미생물의 군집 분석 데이터에 근거하여 각 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 상술한 영유아 발달 단계 예측 모델에 적용함으로써 발달 단계를 판별하는 방법이다.
상기 발달단계 특이적 미생물 바이오마커를 이용하여 발달단계 1 및 발달단계 2로 구분하는 경우, 상기 발달단계 1에 특이적인 바이오마커는 상기 표 10 및 표 11에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상이고, 상기 발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 상기 표 12 및 표 13에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다.
각 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 발달지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 발달지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 발달단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달단계 2로 선정한다.
상기 단계(C')에서 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계는, 영유아의 발달 단계 1 내지 2의 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 영유아 발달 지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 발달 단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달 단계 2로 선정하는 것이다.
상기 단계(C)에서 발달 단계를 선정하는 단계에서, 시험대상 영유아의 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하고,
상기 시험대상 영유아의 산정된 영유아 발달 지수가, 상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준인 cut-off 값을 기준에 따라 설정값 미만인 경우를 발달 단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달 단계 2로 선정하는 것일 수 있다.
본 실험에서는, 상기 실시예 4-7에 의해, 발달지수 1.19를 기준으로 1.19 미만인 경우 발달단계 1로, 발달지수 1.19 이상인 경우 발달단계 2로 판별한다.
설문의 응답에 의존하는 식이 단계 및 생후 개월 수를 기준으로 발달 단계를 판별하는 경우, 상기 표 2의 문항을 포함하는 형태의 설문에 대한 응답이 선행되어야 한다. 영유아 발달 지수를 기준으로 한 판별의 경우, 실시예 2의 방법을 이용한 장내 미생물 분석이 선행되어야 한다.
영유아 장내 미생물 생태계는 부모 및 주변 환경에 상주하는 미생물들이 무균 상태의 신생아에 전달되어 정착해 나감으로써 형성되고, 영유아의 성장과 식이에 따라 영유아 장내의 종 풍부도 및 다양성이 증가한다. 이러한 증가 추세에서, 영유아 발달 단계 특이적 바이오마커는 영유아의 성장에 따른 장내 미생물 생태계의 발달 양상을 구체적으로 나타낸다. 영유아의 발달단계 1에 특이적인 바이오마커는 상기 표 10 및 표 11에 기재되어 있고, 발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 상기 표 12 및 표 13에 기재되어 있다.
상기 영유아 발달 지수는, 하기 수학식 4 내지 7의 수학식를 이용하여 산출하여 수행되는 것일 수 있다:
[수학식 4]
[수학식 5]
[수학식 6]
[수학식 7]
(D) 상기 선정된 발달 단계에 따라, 발달 단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 장내 미생물 군집의 불균형군 또는 균형군 여부를 결정하는 단계
시험 영유아의 장내 미생물 불균형 여부를 선정하는 방법은, 상기에서 판별한 시험 영유아의 발달 단계에 따라, 발달 단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 수행한다.
본 발명에 따른 영유아의 장내 미생물 군집 불균형군과 균형군의 구별은 발달단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 수행할 수 있다.
구체적으로, 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커는 표 29 및 표 30과 도 10의 계통도에 나타내고, 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 33 및 표 34과 도 11의 계통도에 나타낸다. 또한 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커는 표 31 및 표 32 도 12의 계통도에 나타내고, 발달단계 2의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 35 및 표 36과 도 13의 계통도에 나타낸다.
구체적인 일예에서, 표 37의 영유아 장내 미생물 불균형 판별 기준을 이용하여, 상기 시험 영유아의 대변으로부터 수집한 16S rRNA 분석 결과를 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델에 적용하고 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 계산하는 단계를 포함한다.
상기 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델은 영유아 장내 미생물 불균형 및/또는 장내 균형 예측용 미생물 바이오마커의 장내 미생물 군집 규모를 데이터베이스와 대조하여 시험 대상의 영유아 불균형 지수를 계산하기 위한 파라미터를 제공하는 것일 수 있다.
상기 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델은 시험 대상에서 검출된 영유아 장내 미생물 불균형군 및/또는 균형군 특이적 바이오마커 목록 및 coefficient값을 기계 학습 함수 및 지수화 수학식(하기 수학식 1 내지 7)에 대입하여 미지 시료에 대한 영유아 불균형 지수를 계산하고 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 및/또는 예측에 활용하는 것일 수 있다.
상기 데이터베이스는 미생물 바이오마커 특정을 위해 수집된 영유아 샘플군의 장내 균총 데이터베이스를 활용하는 것일 수 있으며, 구체적으로, WHO에서 명시한 생후 4주 초과 내지 만 3세(36개월)이하의 영유아를 대상으로 모집한 인체 장내 마이크로바이옴 데이터베이스일 수 있다.
상기 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델은 기계 학습(machine learning)을 이용하여 영유아 장내 미생물 불균형이군 및/또는 장내 균형군 특이적 미생물 바이오마커를 선별 및 영유아 장내 미생물 불균형 판별을 위한 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 계산하여 영유아 장내 미생물 불균형을 판별할 수 있는 것을 특징으로 한다.
미생물 군집 분석 결과를 지수화하는 단계는 기계 학습 함수 및 지수화 수학식(하기 수학식 1 내지 7)에 대입하여 미생물 마커와 해당 마커의 Coefficient 값을 이용하여 영유아 장내 미생물 불균형 판별을 위한 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 계산하는 과정을 포함할 수 있다.
상기 단계(c') 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계이후에, 기준 영유아의 상기 단계 (D')에서 발달 단계별 불균형군의 결정 기준을 선정하는 단계를 추가로 포함하며,상기 단계 (D')에서 발달 단계별 불균형군의 결정 기준은, 기준 영유아의 각 발달 단계별 균형군 또는 불균형군 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 불균형 결정 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 불균형 판결 지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 균형군로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 불균형군으로 선정하는 것일 수 있다.
상기 시험 대상이 영유아 장내 미생물 불균형인지 여부를 결정하는 단계는 상기 지수가 전체 데이터베이스의 영유아 장내 미생물 불균형 지수 분포상의 위치를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 영유아 미생물 불균형 지수는 전체 데이터베이스의 영유아 장내 미생물 불균형 지수 분포에서, 균형 구간에 포함되거나 가까워 질수록 장내 미생물 불균형의 예후가 좋아지는 것으로 판단할 수 있다. 상기 전체 데이터베이스는 예를 들어, 상기 예측 모델의 구축에 사용된 트레이닝 세트, 테스트 세트 및 시험 대상 시료를 포함하는 전체 샘플의 영유아 장내 미생물 불균형 지수 데이터베이스일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 (D) 장내 미생물 군집의 불균형군 또는 균형군 여부를 결정하는 단계에서, 시험대상 영유아의 각 발달 단계별 균형군 또는 불균형군 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 불균형 결정 지수를 산정하고,
상기 시험대상 영유아의 산정된 불균형 결정 지수가, 상기 기준 영유아의 불균형 결정 지수의 구분기준인 cut-off 값 기준에 따라 설정값 미만인 경우를 균형군으로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 불균형군로 선정하는 것일 수 있다.
상기 불균형 결정 지수는, 하기 수학식 4 내지 7의 수학식를 이용하여 산출하여 수행되는 것일 수 있다:
[수학식 4]
[수학식 5]
[수학식 6]
[수학식 7]
상기 영유아 장내 미생물 불균형 지수는 영유아 장내 미생물 불균형 지수의 분포 구간을 적어도 2 이상의 구간으로 구분하여 표시하는 것일 수 있으며, 바람직하게는 발달 단계에 따라 적정, 빠름, 느림의 3개의 구간으로 구분하여 표시할 수 있다.
상기 구간의 구분은 상기 영유아 장내 불균형 지수의 특이도가 가장 높은 값을 기준으로 하여 구분되는 것일 수 있다.
본 발명의 일 예에서, 발달 단계 1과 발달 단계 2에서 각각 영유아 장내 불균형 지수를 기준으로 불균형 및 균형 단계를 분류하였으며, 발달 단계 별로 하위 0 내지 70%는 균형, 70 내지 100%는 불균형 단계로 분류하였다.
보다 구체적으로, 발달 단계 1에서 하위 0 내지 70%는 적정, 70 내지 100%는 '빠름' 단계이며, 발달 단계 2에서 하위 0 내지 70%는 적정, 70 내지 100%는 '느림' 단계로 규정하였다.
상기 구분에서, '빠름' 및 '느림' 단계는 발달 단계 1에서 나타나는 장내 불균형 특이적 바이오마커가 발달 단계 2에서 주로 나타나는 미생물들인 점과, 발달 단계 2에서 나타나는 장내 불균형 특이적 바이오마커는 발달 단계 1에서 주로 나타나는 미생물들인 점을 통해 규정하였다.
본 발명의 영유아 장내 미생물 불균형의 예측에 관한 정보를 제공하는 방법은, 시간에 따른 시험 대상의 영유아 장내 미생물 불균형 지수 변화를 모니터링하는 단계를 더 포함할 수 있다.
상기 시간에 따른 영유아의 장내 미생물 불균형 지수 변화를 모니터링하는 단계는, 시간의 경과에 따라 영유아 장내 미생물 불균형 지수 분포 구간이 하위 0%에 가까워 질수록 예후가 좋은 것으로 결정하는 것일 수 있다.
본 발명의 영유아 장내 미생물 불균형도의 탐지방법은, 추가로 (E)시험 영유아의 장내 미생물 군집의 불균형 여부를 결정하는 단계에서 결정된 그룹에 따라, 프리바이오틱스(prebiotic), 프로바이오틱스(probiotics), 약물, 식이, 및 생활습관 제안 등으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상의 처리를 수행하여, 영유아의 장 불균형도를 개선하거나 장 성숙도를 개선하는 단계를 포함하는 장내 미생물의 균형을 달성하기 위한 단계를 수행할 수 있다.
상기 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스는 시험 대상의 장내 미생물 발달단계 및 장내 미생물의 불균형 정도를 이용하여, 미생물 종류 및 함량을 결정할 수 있다.
상기 프로바이오틱스의 예는, 영유아 장내 미생물이 발달 단계에 따라 기준 영유아 집단의 장내 미생물 균형군의 마커 미생물을 포함할 수 있으며 구체적으로 시험 대상이 발달단계 1로 분석된 경우 표 29 및 표 30에 나타낸 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상을 포함하며, 시험 대상이 발달단계 2로 분석된 경우 표 31 및 표 32에 나타낸 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상 포함할 수 있다.
또한, 상기 프리바이오틱스는, 시험 대상이 발달단계 1로 분석된 경우, 표 29 및 표 30에 나타낸 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상의 상대적 풍부도를 증가 및/또는 표 33 및 표 34에 나타낸 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상의 감소를 달성하는 물질을 포함할 수 있다. 또는, 시험 대상이 발달단계 2로 분석된 경우, 상기 프리바이오틱스는 표 31 및 표 32에 나타낸 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상의 상대적 풍부도를 증가 및/또는 표 35 및 표 36에 나타낸 발달단계 2의 불균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상의 상대적 풍부도(상대적 점유 비율)를 감소시키는 물질을 포함할 수 있다.
본 발명의 영유아 장내 미생물 불균형군 및/또는 장내 균형군 특이적 바이오마커 및 이를 이용한 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델을 이용한 영유아 장내 미생물 불균형 지수 제공 절차는 하기의 단계를 거쳐 수행될 수 있다.
(1) 시험 대상 영유아의 채변 샘플 수집 단계,
(2) 상기 채변 샘플로부터 시험대상의 DNA를 추출하고, 추출된 DNA를 주형으로 16S rRNA의 universal primer로 PCR을 수행하여 앰플리콘(amplicon)을 생성하는 단계,
(3) 차세대 유전체 서열분석 (NGS) 플랫폼을 이용하여, 상기 앰플리콘의 16S rRNA 유전자 서열을 분석하는 단계,
(4) 표준(standard) 균주 및 비배양 미생물의 16S rRNA 유전자 서열의 데이터베이스를 이용하여 상기 분석된 16S rRNA 유전자 서열을 분석하여, 시험 대상의 미생물 군집 분석을 수행하는 단계,
(5) 시험 대상 영유아로부터 장내 미생물 불균형 관련 항목이 포함된 메타 데이터를 수집하는 단계,
(6) 상기 (4) 혹은 (5)의 결과에 근거하여, 기준(refernece) 영유아의 발달 단계 구분에 따라, 시험 영유아의 발달 단계를 선정하는 단계,
(7) 시험 영유아의 해당 발달 단계에 따른 기준 영유아 집단의 장내 미생물 불균형이군 및 장내 미생물 균형군의 미생물 군집과 구성 미생물의 점유율 분포를 비교하는 단계, 및
(8) 상기 비교 결과, 영유아 장내 미생물 불균형 지수 기준을 충족하는 경우, 시험 영유아의 장내 미생물 군집의 불균형 여부를 결정하는 단계.
상기 영유아 장내 미생물 불균형 예측 결과를 지수화하여 분석 리포트로 제공할 수 있다. 상기 분석 리포트는 하기의 정보를 포함할 수 있다.
(1) 검사 대상의 발달 단계 및 장내 미생물 불균형 지수
검사 대상에 대하여 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델을 적용하여 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 계산한 결과를 포함한다.
(2) 검출된 영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커 미생물의 정보
또한, 상기 분석 리포트에는 영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커에 해당하는 미생물 중에서 대표적인 미생물에 대한 설명과 비율을 나타낼 수 있다.
본 발명이 제공하는 영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커(infant dysbiosis biomarker)를 통해 장내 미생물 분석 결과에 대하여 영유아 장내 미생물 불균형의 판별이 가능하다. 구체적으로, 본 발명은 영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커 및 이를 이용한 영유아 장내 미생물 불균형의 판단 또는 장내 미생물 불균형 예측 방법, 또는 영유아 장내 미생물 불균형의 판단 또는 장내 미생물 불균형 예측용 키트를 제공하며, 이를 통해 영유아 장내 미생물 불균형의 판단 또는 영유아 장내 미생물 불균형에 대한 정량적인 예측이 가능하다.
도 1은 본 발명의 일 예에 따른 영유아의 장내 미생물 군집을 분석하기 위한 시료의 전처리 및 품질 검사 단계를 나타낸 모식도이다.
도 2는 영유아 월령에 따른 장내 미생물 11종의 미생물 군집 비율 변화를 나타낸 그래프이다.
도 3a 및 3b는 영유아 월령에 따른 식이 단계 분포를 나타낸 그래프로서, 도 3a은 수유식, 이유식, 일반식의 분포, 도 3b은 초기 이유식, 중기 이유식, 후기 이유식, 유아식 단계의 분포를 나타낸다.
도 4a 및 4b는 실시예 3-1의 DMM 클러스터링 방법에 따라 영유아 시료를 발달 단계에 따라 그룹화한 결과를 나타내는 그래프이다. 도 4a의 원 모양 점은 제1그룹을, 세모 모양 점은 제2그룹을 의미한다. 도 4b는 영유아 발달단계 그룹 1(cluster1) 및 그룹 2(cluster 2)의 분포를 영유아의 월령에 따라 나타낸 그래프로서, 가로축은 영유아의 월령, 세로축은 시료의 분포 밀도(Density)를 의미하며, 두 그룹이 나누어지는 기준 월령을 세로줄로 표시하였다.
도 5는 영유아 발달 단계의 결정을 위한 기계 학습 모델이 Test set에 대한 발달 단계를 검정한 결과를 나타낸 ROC 및 AUC 그래프이다.
도 6은 실시예 4-7에 따라 영유아 발달 단계의 결정 지수를 선정하기 위해 cut-off 수치에 따른 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도(Accuarcy)를 계산한 결과를 나타내는 그래프로서, 가로축은 cut-off 수치를 나타내고, 가로축은 계산된 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도 수치를 나타낸다.
도 7a 및 도 7b는 영유아 발달단계 1 및 발달단계 2를 각각 두 가지 하위 그룹으로 세분화한 DMM 클러스터링 결과를 이용하여 장내 미생물 불균형 관련 인자의 좌표 중심점을 계산한 결과 그래프이다. 도 7a는 발달단계 1, 도 7b는 발달단계 2의 시료를 분석한 그래프이다.
도 8a 및 도 8b은 영유아 발달단계 1 및 발달단계 2의 각 발달단계에 따른 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델을 검증하기 위한 ROC 곡선 및 AUC 그래프이다. 도 8a 은 발달단계 1, 도 8b는 발달단계 2의 시료를 분석한 그래프이다.
도 9a 및 도 9b는 영유아의 각 발달단계에 따른 미생물 불균형 여부를 결정하기 위한 cut-off 수치에 따른 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도(Accuarcy)를 계산한 결과 그래프이다. 도 9a은 발달단계 1, 도 9b은 발달단계 2의 샘플을 대상으로 한 그래프이다.
도 10은 영유아 발달단계 1의 장내 미생물 균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 특이적 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 11은 영유아 발달단계 1의 장내 미생물 불균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 특이적 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 12는 영유아 발달단계 2의 장내 미생물 균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 13은 영유아 발달단계 2의 장내 미생물 불균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 2는 영유아 월령에 따른 장내 미생물 11종의 미생물 군집 비율 변화를 나타낸 그래프이다.
도 3a 및 3b는 영유아 월령에 따른 식이 단계 분포를 나타낸 그래프로서, 도 3a은 수유식, 이유식, 일반식의 분포, 도 3b은 초기 이유식, 중기 이유식, 후기 이유식, 유아식 단계의 분포를 나타낸다.
도 4a 및 4b는 실시예 3-1의 DMM 클러스터링 방법에 따라 영유아 시료를 발달 단계에 따라 그룹화한 결과를 나타내는 그래프이다. 도 4a의 원 모양 점은 제1그룹을, 세모 모양 점은 제2그룹을 의미한다. 도 4b는 영유아 발달단계 그룹 1(cluster1) 및 그룹 2(cluster 2)의 분포를 영유아의 월령에 따라 나타낸 그래프로서, 가로축은 영유아의 월령, 세로축은 시료의 분포 밀도(Density)를 의미하며, 두 그룹이 나누어지는 기준 월령을 세로줄로 표시하였다.
도 5는 영유아 발달 단계의 결정을 위한 기계 학습 모델이 Test set에 대한 발달 단계를 검정한 결과를 나타낸 ROC 및 AUC 그래프이다.
도 6은 실시예 4-7에 따라 영유아 발달 단계의 결정 지수를 선정하기 위해 cut-off 수치에 따른 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도(Accuarcy)를 계산한 결과를 나타내는 그래프로서, 가로축은 cut-off 수치를 나타내고, 가로축은 계산된 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도 수치를 나타낸다.
도 7a 및 도 7b는 영유아 발달단계 1 및 발달단계 2를 각각 두 가지 하위 그룹으로 세분화한 DMM 클러스터링 결과를 이용하여 장내 미생물 불균형 관련 인자의 좌표 중심점을 계산한 결과 그래프이다. 도 7a는 발달단계 1, 도 7b는 발달단계 2의 시료를 분석한 그래프이다.
도 8a 및 도 8b은 영유아 발달단계 1 및 발달단계 2의 각 발달단계에 따른 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델을 검증하기 위한 ROC 곡선 및 AUC 그래프이다. 도 8a 은 발달단계 1, 도 8b는 발달단계 2의 시료를 분석한 그래프이다.
도 9a 및 도 9b는 영유아의 각 발달단계에 따른 미생물 불균형 여부를 결정하기 위한 cut-off 수치에 따른 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity) 및 정확도(Accuarcy)를 계산한 결과 그래프이다. 도 9a은 발달단계 1, 도 9b은 발달단계 2의 샘플을 대상으로 한 그래프이다.
도 10은 영유아 발달단계 1의 장내 미생물 균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 특이적 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 11은 영유아 발달단계 1의 장내 미생물 불균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 특이적 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 12는 영유아 발달단계 2의 장내 미생물 균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
도 13은 영유아 발달단계 2의 장내 미생물 불균형 그룹 특이적 속 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수와 종 수준 바이오마커를 유전적 거리에 의해 분류하여 각 서브그룹을 표시한 계통수이다.
이하 본 발명을 실시예에 의해 더욱 자세히 설명한다. 그러나 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 권리범위를 제한하지 않는다.
실시예 1. 영유아 시료 및 메타 데이터 수집
1-1. 영유아의 선별 기준 및 시료 수집
본 실험을 위해 국제건강기구(WHO)에서 규정한 대로, 생후 4주 초과 내지 만 3세(36개월)이하의 영유아를 선별하였으며, 연구대상 영유아의 법정대리인으로부터 채집된 영유아의 분변을 전달받아 총 120개 샘플을 수집했다. 상기 분변은 미생물의 변성을 막는 완충액에 담겨 전달 되었다. 완충액의 조성은 표 1에 나타내었다.
1-2. 영유아의 메타 데이터 수집
각 샘플 수집 시에는, 해당 시기에서의 영유아 식생 습관에 대해 알기 위한 항목으로 구성된 설문지를 함께 작성하여 제출받았다.
설문은 수유식, 이유식, 유아식 및 일반식 중에서 샘플 수집 시에 해당하는 식이 유형으로 설문지를 작성할 수 있도록 설문지를 A(수유), B(이유), C(일반)의 세 가지 유형으로 나누었으며, 설문지 유형은 연구대상 영유아의 법정대리인의 판단으로 선택하도록 하였다. 설문 항목은 분만 방법, 수유 방법, 이유식, 유아식 및 일반식의 종류, 대변 형태 등으로 이루어져 있다. 구체적인 설문 문항을 표 2에 나타내었다.
Type A(수유) 설문지 |
1. 아이 정보(1) 성별 (2) 개월 (3) 키 (4) 몸무게 2. 분만 정보 (1)자연 분만 (2) 제왕 절개 (3)자연분만 시도 중 제왕절개 3. 엄마의 항생제 복용 시기 (1) 임신기간 중 (2) 출산 시 (3)잘 모름 (4) 해당사항 없음 4. 출산 후부터 현재까지 엄마의 항생제 복용 경험 (1) 예 (항생제명) (2) 아니오 5. 수유 방법 (1) 모유 수유 (2) 분유 수유 ( ) (3)혼합 수유 ( ) (분유 수유나 혼합 수유를 하시는 경우에는 현재 사용하시는 제품명 기재) * ‘(1) 모유 수유’ 또는 ‘(2) 분유 수유’를 선택하신 경우 7번 문항으로 이동 6. 5번 문항에서 ‘(3)혼합 수유’를 선택한 경우, 모유와 분유의 비율은 다음 중 어느 정도입니까? (1) 주로 모유 (2) 주로 분유 (3)모유, 분유 비슷한 비율 (4) 잘 모름 7. 임신 기간 중, 유산균 식품 (정제된 약품 형태가 아닌 치즈, 요거트 등의 발효식품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하였습니까? (1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음 8. 임신 기간 중, 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품 (치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하였습니까? (1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음 9. 현재, 귀하는 유산균 식품 (정제된 약품 형태가 아닌 치즈, 요거트 등의 발효식품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하고 있습니까? (1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음 10. 현재, 귀하는 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품 (치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 복용하고 있습니까? (1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음 11. 현재, 아이는 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품 (치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 복용하고 있습니까? (분유에 섞어서 먹이는 것 포함) (1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음 12. 지난 한 달 사이에 아이가 항생제를 복용한 적이 있습니까? (1) 예 (2) 아니오 (3)잘 모름 * ‘(2) 아니오’ 또는 ‘(3)잘 모름’을 선택하신 경우 14번 문항으로 이동 13. 아이가 항생제를 복용했을 때의 복용 기간은 다음 중 무엇입니까? (1) 1-2일 (2) 3-6일 (3)7일 이상 14. 지난 한 달 동안 일반적인 대변의 형태는 다음 중 무엇입니까? (1) 설사가 많음 (2) 일반적인 묽은변 (3)기타 (_________________________________) 15. 지난 한 달 동안 일반적인 대변의 색깔은 다음 중 무엇입니까? (한 가지만 선택해주세요.) (1) 황금색 (2) 갈색 (3)검은색 (4) 쑥색 (녹색) (5) 이 외의 다른 색 (_________________) 16. 아이가 다음과 같은 질병을 병원에서 진단 받은 적이 있습니까? (중복 선택 가능) (1) 해당사항 없음 (2) 아토피 (3)자폐증 (4) ADHD (5) 유아비만 (6) 기타 질병 (__________________) |
[Type B(이유) 설문지]
1. 아이 정보
(1) 성별 (2) 개월 (3) 키 (4) 몸무게
2. 분만 정보
(1) 자연 분만 (2) 제왕 절개 (3)자연분만 시도 중 제왕절개
3. 엄마의 항생제 복용 시기
(1) 임신기간 중 (2) 출산 시 (3)잘 모름 (4) 해당사항 없음
4. 출산 후부터 현재까지 엄마의 항생제 복용 경험
(1) 예 (항생제명) (2) 아니오
5. 이유식 혹은 유아식을 수유와 함께 진행하고 계십니까?
(1) 예 (2) 아니오
* ‘(2) 아니오’를 선택하신 경우 8번 문항으로 이동
6. 5번 문항에서 ‘(1) 예’를 선택하신 경우, 수유 방법은 다음 중 무엇입니까? (분유 수유 혹은 혼합 수유라면, 사용하시는 제품의 이름을 함께 적어 주십시오)
(1) 모유 수유 (2) 분유 수유 ( ) (3)혼합 수유 ( )
*(1) 또는 (2) 번을 선택하신 경우 8번 문항으로 이동
7. 6번 문항에서 ‘(4) 혼합 수유’를 선택한 경우, 모유 수유와 분유 수유의 비율은 어떠합니까?
(1) 주로 모유 수유 (2) 주로 분유 수유 (3)모유, 분유 수유 동등한 비율
8. 현재, 엄마는 유산균 식품 (정제된 약품 형태가 아닌 치즈, 요거트 등의 발효식품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
9. 현재, 엄마는 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품 (치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
10. 아이가 일반적으로 섭취하는 이유식은 무엇입니까?
(1) 초기 이유식 (물 같은 미음) (2) 중기 이유식 (묽은 죽, 으깬 것) (3)후기 이유식 (된죽) (4) 유아식 (죽 이외의 음식)
11. 현재, 아이는 유산균 식품(정제된 약품 형태가 아닌 치즈, 요거트 등의 발효식품) 을 일주일에 몇 일 정도 섭취하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
12. 현재, 아이는 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품 (치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 복용 하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
13. 지난 한 달 사이에 아이가 항생제를 복용한 적이 있습니까? * 모르시면 공백
(1) 예 (항생제명: _________________) (2) 아니오
*(2) 아니오 경우 15번 문항으로 이동
14. 아이의 항생제 복용 기간은 어떻게 됩니까?
(1) 1-2일 (2) 3-6일 (3)7일 이상
15. 현재 이유식을 진행하는 경우, 지난 한 달 동안 아이의 일반적인 대변 형태는 다음 중 무엇입니까?
(1) 설사가 많음 (2) 일반적인 묽은변 (3)기타 (__________________)
* 17번 문항으로 이동해주세요.
16. 유아식을 진행하는 경우, 지난 한 달 동안 아이의 일반적인 대변 형태는 다음 중 무엇입니까? (한 가지만 선택해주세요.)
(1) 심한 변비 (큰 구슬 모양으로 나오는 단단한 변) (2) 약한 변비 (구슬 모양이 보이는 울퉁불퉁한 변) (3)건조한 변 (표면이 갈리진 모양이 보이는 변) (4) 촉촉한 변 (표면이 매끈한 변) (5) 묽은 변 (수분을 많이 함유하여 여러 덩어리로 분리 된 변) (6) 약한 설사 (수분이 매우 많아 진흙처럼 나오는 변) (7) 심한 설사 (물처럼 나오는 변)
17. 지난 한 달 동안 일반적인 대변의 색깔은 다음 중 무엇입니까? (한 가지만 선택해주세요.)
(1) 황금색 (2) 갈색 (3)검은색 (4) 쑥색 (녹색) (5) 이 외의 다른 색 (_________________)
18. 아이가 다음과 같은 질병을 진단 받은 적이 있습니까? (중복 선택 가능)
(1) 해당사항 없음 (2) 아토피 (3)자폐증 (4) ADHD (5) 유아비만 (6) 기타 질병 (__________________)
19. 질병 진단을 받았다면 증상이 이유식 혹은 유아식을 시작 후 나타났습니까?
(1) 예 (2) 아니오
[Type C(일반) 설문지]
1. 아이 정보
(1) 성별 (2) 개월 (3) 키 (4) 몸무게
2. 분만 정보
(1) 자연 분만 (2) 제왕 절개 (3)자연분만 시도 중 제왕절개
3. 엄마의 항생제 복용 시기
(1) 임신기간 중 (2) 출산 시 (3)잘 모름 (4) 해당사항 없음
4. 출산 후부터 현재까지 엄마의 항생제 복용 경험
(1) 예 (항생제명) (2) 아니오
5. 현재 수유 중입니까?
(1) 예 (2) 아니오
* ‘(2) 아니오’를 선택하신 경우 8번 문항으로 이동
6. 현재 수유를 진행하는 경우, 수유 방법은 다음 중 무엇입니까? 분유 수유나 혼합 수유를 하시는 경우에는 현재 사용하시는 제품의 이름을 함께 적어 주십시오.
(1) 모유 수유 (2) 분유 수유 ( ) (3)혼합 수유 ( )
* ‘(1) 모유 수유’ 또는 ‘(2) 분유 수유’를 선택하신 경우 8번 문항으로 이동
7. 6번 문항에서 ‘(3)혼합 수유’를 선택한 경우, 모유와 분유의 비율은 다음 중 어느 정도입니까?
(1) 주로 모유 (2) 주로 분유 (3)모유, 분유 비슷한 비율 (4) 잘 모름
8. 아이가 주로 섭취하는 일반식 재료 3가지를 적어주세요.
(1)______________________ (2)______________________
(3)______________________
9. 현재, 아이는 유산균 식품 (정제된 약품 형태가 아닌 치즈, 요거트 등의 발효식품)을 일주일에 몇 일 정도 섭취하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
10. 현재, 아이는 프로바이오틱스 또는 프리바이오틱스 제품(치즈, 요거트 등의 발효식품 형태가 아닌 건강기능제품)을 일주일에 몇 일 정도 복용하고 있습니까?
(1) 주 1 - 2일 (2) 주 3 - 5일 (3)주 6 - 7일 (4) 섭취하지 않음
11. 현재, 아이의 설탕이 포함된 음료 (탄산, 과일주스 등)의 주간 섭취 빈도는 다음 중 무엇입니까?
(1) 매일 (2) 3-5일 (3)1-2일 (4) 주 1일 이하 (5) 섭취하지 않음 (6) 잘 모름
12. 현재, 아이의 설탕이 포함된 과자(예: 초콜릿, 사탕, 젤리 등)의 주간 섭취 빈도는 다음 중 무엇입니까?
(1) 매일 (2) 3-5일 (3)1-2일 (4) 주 1일 이하 (5) 섭취하지 않음 (6) 잘 모름
13. 지난 한 달 사이에 아이가 항생제를 복용한 적이 있습니까?
(1) 예 (2) 아니오 (3)잘 모름
* ‘(2) 아니오’ 또는 ‘(3)잘 모름’을 선택하신 경우 14번 문항으로 이동
14. 아이가 항생제를 복용했을 때의 복용 기간은 다음 중 무엇입니까?
(1) 1-2일 (2) 3-6일 (3)7일 이상
15. 지난 한 달 동안 일반적인 대변의 형태는 다음 중 무엇입니까? (한 가지만 선택해주세요.)
(1) 심한 변비 (큰 구슬 모양으로 나오는 단단한 변) (2) 약한 변비 (구슬 모양이 보이는 울퉁불퉁한 변) (3)건조한 변 (표면이 갈리진 모양이 보이는 변) (4) 촉촉한 변 (표면이 매끈한 변) (5) 묽은 변 (수분을 많이 함유하여 여러 덩어리로 분리 된 변) (6) 약한 설사 (수분이 매우 많아 진흙처럼 나오는 변) (7) 심한 설사 (물처럼 나오는 변)
16. 지난 한 달 동안 일반적인 대변의 색깔은 다음 중 무엇입니까? (한 가지만 선택해주세요.)
(1) 황금색 (2) 갈색 (3)검은색 (4) 쑥색 (녹색) (5) 붉은색 (6) 이 외의 다른 색 (_________________)
17. 아이가 다음과 같은 질병을 진단 받은 적이 있습니까? (중복 선택 가능)
(1) 해당사항 없음 (2) 아토피 (3)자폐증 (4) ADHD (5) 유아비만 (6) 기타 질병 (__________________)
18. 질병 진단을 받았다면 증상이 일반식을 시작한 후 나타났습니까?
(1) 예 (2) 아니오
실시예 2. 차세대염기서열분석(Next Generation Sequencing; NGS)을 이용한 장내 미생물 군집 분석
2-1. 16S 리보솜 RNA 유전자 서열 획득 및 분석
상기 1-1의 방법으로 수집된 대변 샘플을 이용하여 대변의 genomic DNA를 추출하였다. 모든 샘플은 DNA 완충액에 담겨 수집된 상태이므로, 구체적으로, 수집 직후 FastPrep (MP Biomedicals)에서 speed 6.0으로 40 초간 homogenization하여 물리적인 방법으로 유전체 DNA(genomic DNA)를 추출하였다.
구체적으로, 상기 유전체 DNA 추출 방법으로 추출된 DNA를 이용, universal primer를 사용하여 중합효소 연쇄 반응(PCR reaction)을 통해 광범위한 Taxonomic group을 대상으로 한 다양한 유형의 앰플리콘(amplicon)을 생성하였다. 상기 universal primer의 서열은 하기와 같으며, 앰플리콘 형성을 위한 PCR pre-mix의 조성 및 PCR 수행 조건을 표 3 및 표 4에 각각 나타내었다.
정방향 universal primer (서열번호 161): 5'-CCTACGGGNGGCWGCAG-3'
역방향 universal primer (서열번호 162): 5'-GACTACHVGGGTATCTAATCC-3'
조성(component) | 함량(1X) |
template (유전체 DNA) | 0.5 ul |
2x buffer | 10 ul |
정방향 universal primer (10 pmole) | 0.5 ul |
약방향 universal primer (10 pmole) | 0.5 ul |
Polymerase | 0.3 ul |
3' D.W | 8.2 ul |
전체 | 20 ul |
단계(cycle step) | 온도(temperature) | 시간(time) |
Initial denaturation | 95 ℃ | 3 min |
Denaturation annealing& Extension (25 cycles) |
95 ℃ 55 ℃ 72 ℃ |
30 sec 30 sec 30 sec |
Final extension | 72 ℃4 ℃ | 5 min ∞ |
이렇게 생성된 앰플리콘들은 정제한 후 Bioanalyzer (Agilent), qPCR 등을 이용하여 앰플리콘 품질 검사 단계(Quality Control; QC)를 수행하여, 대변의 genomic DNA에서 추출된 장내 미생물의 16S rRNA 서열을 얻은 것을 확인한 후, MiSeq(Illumina) 장비를 통해 차세대 염기서열 분석기술(Next Generation Sequencing; NGS)을 이용하여, 상기 시료의 16s 리보솜 RNA 유전자 서열 분석을 시행하였다.
시료 전처리 및 QC 과정의 모식도를 도 1에 나타내었다. 구체적으로, DNA 증폭 과정에서 Gel QC 결과 650bp 부근에서 DNA band가 나타나는 것을 확인하고, Picogreen 시약을 이용한 DNA 정량 분석 결과 DNA 농도가 5 ng/ul 이상이 되도록 하였다. 샘플 혼합 단계에서는 Bioanalyzer QC 결과 DNA peak에 main peak 이외의 short peak이 관찰되지 않는 지 확인하고, picogreen QC 결과 DNA 농도가 5 ng/ul 이상을 기준으로 quality control을 수행하였다.
2-2. 미생물 군집 분석
상기 차세대염기서열분석기법 (NGS)으로 하나의 샘플에서 수천 개의 유전자 서열을 생성한 후에는, 표준 균주 및 비배양 미생물의 16S 리보솜 RNA 유전자 서열 데이터베이스 (EzTaxon) 및 이지바이오클라우드 분석시스템 (http://www.ezbiocloud.com)으로 미생물 커뮤니티(bacterial community) 정보를 문(phylum)에서 종(species) 단계까지 분석하였다. 분석 정보는 천랩의 인체 마이크로바이옴 데이터베이스에 상기 실시예 1-2의 메타 데이터와 함께 축적하였다.
시료에서 얻어진 미생물의 16S rRNA 중에서 가장 큰 비율을 차지하는 11개 분류군의 개월수 별 변화를 도 2에 나타내었다. 상기 11개 분류군은 각각 Anaerostipes 속, Bacterioides 속, Bifidobacterium 속, Blautia 속, Clostridium 속, Lachnospiraceae 과 미발표 속, Enterococcus 속, Escherichia 속, Faecalibacterium 속, Streptococcus 속 및 veillonella 속으로 구성되었다.
영유아의 월령에 따른 11개 분류군의 변화를 보다 구체적으로 살펴보면, 영유아의 성장에 따라 Bifidobacterium 속의 감소 및 Bacteroides 속 및 Faecalibacterium 속의 증가가 두드러지게 나타났다. Bifidobacterium 속은 신생아의 면역력 강화 및 영양분 흡수에 도움을 주는 대표적인 유산균으로, 모유를 통해 장내에 전달되어 초기 장내 미생물들의 정착을 돕는 것으로 알려져 있다. 도 2에서 확인할 수 있는 바와 같이, 전체 장내 균총 규모를 1로 두었을 때 Bifidobacterium 균은 2개월 째에 0.7수준으로 증가하였다가 10개월 이후 장내 균총 내 규모가 감소하여 0.2 수준으로 유지되었다.
시간에 따른 균총 내 증가세가 두드러진 Bacteroides 속 및 Faecalibacterium 속 미생물들은 식물성 탄수화물의 대사 및 짧은 사슬 지방산의 생성과 연관되어 있다. 영유아의 월령이 늘어나고 이유식 및 유아식을 하는 인원이 증가함에 따라 식이섬유 분해 및 짧은 사슬 지방산 생성균이 증가하는 것으로 추정할 수 있다. 짧은 사슬 지방산은 주로 섬유질이 분해되는 과정에서 나타나는 산물로, 에너지 생산 촉진, 비타민 생성 촉진, 장내 세포 결속 강화 등 인체에 유익한 영향을 주는 물질로 알려져 있다.
Bacteriodes 균은 8개월 이전의 영아에서는 전체 균총 내 차지하는 비율이 약 0.05 수준으로 매우 낮았으나, 9개월 이후 점차 그 비율이 증가하여 두 돌에 이르면 0.48 수준으로 규모가 증가하였다.
Faecalibacteium 속 미생물의 경우, 3개월까지는 분포가 매우 낮게 나타났으나, 3개월 이후 군집 규모가 점차 증가하여 12개월에 이르면 0.2 수준이 되었고, 이후 약 0.25 수준에서 군집 규모가 유지되는 양상을 보였다.
실시예 3. 장내 미생물 분석 데이터 그룹화 및 그룹 별 특징 선택
3-1. DMM clustering을 이용한 장내 미생물 분석 데이터 그룹화
디리클레 다항분포 혼합모델 (Dirichlet multinomial mixtures, DMM) 클러스터링은 다양한 요인을 모두 적용하여 그룹화(grouping)할 수 있는 분석 방법으로, 방대한 장내 미생물 분석 데이터를 반영하기에 적합하다. DMM 클러스터링 방법에 따라 장내 미생물 군집의 확률분포를 하기 수학식 1과 같이 설정하여 최적의 그룹을 찾았다.
[수학식 1]
우선 각 샘플의 군집을 계통군의 확률 벡터 (i=1,....N)로 나타낸다. 이때 N은 총 샘플의 개수에 해당한다. 그리고 위 확률 벡터는 각 군집 그룹별로 다른 하이퍼파라미터 (k=1,....K)를 가지는 디리클레 분포의 혼합 사전분포로부터 생성된다. K는 총 군집 그룹의 개수이며, 는 혼합모델의 가중치에 해당한다.
샘플들의 관측값 은 위 군집별 확률벡터로부터 다항분포 샘플링으로 생성된다. 최종적으로 관측값의 likelihood는 수학식 2와 같이 정의된다.
[수학식 2]
위 likelihood와 사전분포를 조합하면 수학식 3과 같은 사후분포를 도출할 수 있다.
[수학식 3]
베이지안 방법론에서는 이를 최대로 하는 모델의 하이퍼파라미터를 찾는다. 이때, Expectation-maximization 방법을 이용하였으며, Laplace approximation 값을 이용하여 모델의 적합도를 판별하였다. 이는 통계분석 프로그램 R의 DirichletMultinomial 패키지를 이용하여 계산하였다.
3-2. 기계 학습(Machine learning) 모델 구축
기계 학습을 위해서, 모든 영유아 샘플은 training set과 test set으로 나누어졌다. Training set은 기계학습 모델의 학습에, test set은 기계학습 모델에 대한 평가에 사용하였다. 상기 실시예 3-1의 방법으로 나눈 각각의 그룹에서 샘플을 약 2:1의 비율로 무작위로 선정하여 test set과 training set을 규정하였다. 기계 학습 모델 구축 시, 회귀계수의 기대값을 도출하기 위해 100번의 부트스트랩 반복 (bootstrap replication)으로 상기의 샘플 선정 과정을 반복하였으며, test set과 training set은 부트스트랩(bootstrap) 반복 수행마다 무작위로 재설정된다.
기계 학습은 실시예 3-1과 같이 나눈 그룹 별 장내 미생물 패턴을 통계적으로 유의미하게 인식하는 단계로서, 이러한 예측 모델은 라소(Least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)를 이용하였다. LASSO의 특징 선택 알고리즘은 모델의 회귀계수(regression coefficient)의 합계에 벌점(penalty)을 부과하여 그룹을 나누는 예측 변수와 가장 강한 연관관계를 보이는 미생물만을 선택할 수 있도록 하는 특징이 있다(Friedman, Hastie & Thirani, J Stat Softw, 2010., S. J. Kim, K. Koh, M. Lustig, S. Boyd and D. Gorinevsky, in IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, 2007.).
LASSO 모델의 예측 함수는 하기 수학식 4와 같다.
[수학식 4]
[수학식 5]
각 변수는 하기와 같다.
상기 X 는 모델의 독립변수이며 이는 영유아 대변 분석 결과 상의 미생물 군집 비율에 해당한다.
상기 β는 모델의 회귀계수(Coefficient)이고 미생물과 예측 변수의 관련도를 나타낸다.
상기 p 는 모델의 예측 점수이고 0에서 1사이의 확률값을 가진다.
상기 는 학습에 사용한 n개의 시료의 미생물 군집 비율에 해당하며, 상기 는 사용한 시료의 실제 데이터(그룹화에 사용된 실제 변수에 따라 각각 0과 1의 값)에 해당한다.
상기 m은 학습에 사용된 미생물 분류군 수로서, 자연수 값을 가진다.
상기 λ 값은 기계 학습 모델의 하이퍼파라미터(hyper parameter)이다.
이때 사용하는 가중치인 정규화 파라미터(regularization parameter)를 미생물 군집데이터에 맞게 설정하는 단계가 가장 먼저 필요하다. 이를 위해 정규화 파라미터를 0.0001 에서 10000 사이에서 지수 스케일로 균등하게 10개로 잘라 10개의 모델을 생성하여 가장 좋은 예측 결과(가장 높은 AUC 수치)를 주는 모델 파라미터를 선별하는 과정을 거쳤다. 이러한 그리드서치(grid search)를 통해 최적화(optimization)된 하이퍼파라미터(hyperparameter)를 얻을 수 있다.
3-3. 그룹별 바이오마커의 탐색
실시예 3-2에서 찾은 최적의 모델 파라미터를 이용하여 특징적 선택 (feature selection) 과정을 진행하였다. 상기 100번의 반복 학습에서 각 그룹의 마커로 판별된 빈도는 Robustness, 각 그룹의 관련도(β)를 평균 계산한 값은 Coefficient라고 정의된다. Coefficient 값은 바이오마커의 영향력을 나타낸 값으로서, 각 바이오마커가 각 그룹에서 어느 그룹에 특정하는지에 대한 정보 역시 포함하고 있다.
각각의 그룹에서 더 많은 군집 규모(population)를 보이는 경우에 따라, Coefficient 값은 음수값과 양수값으로 분포하며, 이를 수학식 4와 같은 logistic function에 적용하여 각 그룹에 대한 특이점을 판별한다. 제1그룹에 더 많이 분포할 경우 음수값, 제2그룹에 더 많이 분포할 경우 양수값으로 표현되도록 설정하였다.
3-4. 그룹 별 바이오마커의 특징 선택
상기 실시예 3-3의 LASSO 적용 결과를 각 그룹을 구분하는 기준에 따라 보정하여, 최종 미생물 바이오마커를 선정한다. 예를 들어, 제1그룹에 특이적인 바이오마커로 판별된 미생물은 제1그룹에 특이적인 마커로서 판별한 미생물이기 때문에, 제2그룹에 비해 제1그룹에서 미생물 분류군의 군집 규모(population)가 더 높은 비율을 보여야 한다. 따라서, 제1그룹의 최종적인 바이오마커는 제2그룹에서 미생물 분류군의 군집 규모(population)가 더 높은 비율로 나타난 미생물 분류군을 제외하여 선별한다. 이러한 과정을 통해 LASSO를 적용하여 얻어낸 바이오마커를 각 그룹을 나누는 미리 규정된 기준에 따라 보정할 수 있다.
3-5. Test set을 이용한 모델 검증
상기 실시예 3-2에서 100번 반복으로 선정된 Test set을 최적화 기계 학습 모델에 적용하였다. 실시예 3-5에서 선택한 특이적 마커와 해당 마커의 Coefficient 값을 이용하여 그룹 판별을 위한 예측점수(prediction score)를 계산할 수 있다.
실시예 3-5에서 선별한 미생물들의 계수(coefficient)를 , 선별한 미생물들의 군집 규모가 장내 균총에서 차지하는 비율을 X' 라고 할 때, 예측 점수 는 하기 수학식 6와 같이 계산한다. 수학식 6에서 각 파라미터 정의는 상기한 바와 같다.
[수학식 6]
상기 수학식 6에서,
는 선별한 미생물들의 coefficient이고,
X' 는 선별한 미생물들의 군집 규모 비율이다.
상기 예측점수(prediction score)는 Test set의 장내 미생물 군집 데이터에서 실시예 3-5를 통해 선택한 미생물 마커를 찾고 상기 미생물 마커의 군집 규모 비율을 해당 바이오마커의 Coefficient와 내적곱을 하여 0 내지 1의 값으로 계산한다.
Test set에 대한 예측 모델 적용 결과의 ROC 곡선 (receiver operating characteristic curve) 및 AUC (area under curve) 그래프를 통해 이를 검증할 수 있다. ROC 곡선의 경우 활 모양으로 크게 굽어져 있는지, AUC값의 경우 1에 가까운 값을 보이는지를 통해 test set에 적용한 예측 모델이 유의미함을 알 수 있다.
3-6. 예측 모델 판별 결과의 지수화
기계 학습 모델의 예측 확률은 Train set의 판별 결과에 근거하여 계산된 확률이며 이는 실제 인구에서 정확히 판별한 확률이 아니다. 이에 정확한 임상적 해석을 부여하기 위해, 0과 1사이의 확률값을 학습에 사용한 제1그룹와 제2그룹의 비율로 나눠 리스케일하였다. 수학식 7에서 각 파라미터 정의는 상기한 바와 같다.
[수학식 7]
상기 수학식 7에서,
는 특정 그룹의 판별을 위한 시험 대상의 예측 점수이고,
P 0 는 예측 모델 구축에 사용된 training set에 존재하는 제2그룹 샘플의 비율이며,
Ncase 는 training set 내 제2그룹 샘플의 수이고,
Ntrain 는 training set의 전체 샘플 수이다.
위에서 구한 판별 지수를 통해 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 정확도(Accuracy) 값을 확인한다. 민감도는 제2그룹 전체 시료 중 실제로 제2그룹인 비율, 특이도는 제2그룹으로 판정된 전체 시료 중 실제 제2그룹인 비율을 의미하며, 정확도는 전체 시료 중 제1그룹 또는 제2그룹이 각각 정확하게 판정된 비율을 나타낸다.
구체적으로, 전체 샘플에서 분포하는 민감도, 특이도, 정확도 값을 20등분하여 판별 지수의 기준(cut off)을 정한다. 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 정확도(Accuracy)는 하기 수학식 8 내지 10과 같이 계산한다. 수학식 8 내지 10에서 각 파라미터 정의는 상기한 바와 같다.
[수학식 8]
[수학식 9]
[수학식 10]
상기 수학식 8 내지 10에서,
TP는 제2그룹에 해당하는 시료에서 판별 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고,
TN은 제2그룹에 해당하는 시료에서 판별 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이고,
FP는 제1그룹에 해당하는 시료에서 판별 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고,
FN은 제1그룹에 해당하는 시료에서 판별 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이다.
정확도가 가장 높게 계산된 지수를 기준으로 판별할 경우, 해당 지수에서 나타나는 특이도 혹은 민감도로 제1그룹 혹은 제2그룹에 대한 정확한 판별능을 기대할 수 있다.
실시예 4. 영유아 발달 단계의 규정
4-1. 식이 단계를 통한 영유아 샘플 분류
실시예 1의 샘플 수집 시에는 해당 시기에서의 영유아 식생 습관에 대해 알기 위한 설문지에 근거하여, 전체 120개 영유아 샘플에 대한 수유식, 이유식, 일반식의 분포를 도 3a에 나타내고 식이 단계 별 개월수(age) 분포를 살펴보았다. 수유식, 이유식, 일반식의 식이 단계는 영유아가 섭취하는 식이의 형태에 따라 정의하며, 각각 액상 (수유식), 겔상(이유식), 고형(일반식)의 식품을 섭취하는 식이 형태를 의미한다. 도 3b에 따르면 식이 단계는 생후 약 6개월, 15개월을 기준으로 다르게 분포한다. 상기 일반식 식이는 성인과 동일한 고형 식이를 의미한다.
다만, 생후 6 내지 24개월에 해당하는 영유아의 식이 단계는 넓게 혼재되어 있다. 이 시기의 식이 단계를 세분화하여 살펴보기 위해, 초기 이유식(갈색), 중기 이유식(분홍색), 후기 이유식(회색), 유아식(노란색)으로 나누어 개월수(age)를 살펴보았다. 이유식 단계는 상기 표 2의 B유형 설문 10번 문항을 이용하였으며, 그 결과를 도 3b에 나타내었다. 도 3b에 따르면, 초기, 중기, 후기 이유식과 유아식이 생후 약 15개월을 기점으로 구분된다. 초기 이유식은 물 같은 미음 위주(겔상), 중기 이유식은 묽은 죽, 으깬 것 위주(겔상), 후기 이유식은 된죽 위주(겔상), 유아식은 죽 이외의 음식 위주(고형)의 식이를 한다고 답변한 경우이다.
도 3a 및 3b로 미루어볼 때, 실시예 1의 샘플은 식이 구분을 통해 2개 그룹으로 나눌 수 있으며, 구체적으로, 수유식(액상)과 이유식(겔상)을 하는 그룹과, 유아식 및 일반식(고형)을 하는 그룹으로 구분할 수 있다.
따라서, 식이의 형태에 따라 영유아를 액상 및 겔상 식이와 고형 식이를 하는 시기에 따라 발달단계 1 및 발달단계 2로 규정하였다. 전체 영유아의 개월수(age) 별 식이 단계 분포를 표 5에 나타내었다.
구분 | 0-10개월 | 11-14개월 | 15-36개월 | 계 |
수유식 | 28 | 0 | 0 | 28 |
초기 이유식 | 4 | 0 | 0 | 4 |
중기 이유식 | 18 | 1 | 0 | 19 |
후기 이유식 | 2 | 9 | 1 | 12 |
유아식 | 1 | 3 | 7 | 11 |
일반식 | 0 | 1 | 45 | 46 |
계 | 53 | 14 | 53 | 120 |
4-2. 장내 미생물 분석 데이터를 통한 발달 단계의 그룹화
상기 실시예 3-1의 DMM 클러스터링 방법에 따라, 장내 미생물 데이터를 이용하여 전체 영유아 샘플을 그룹화하였으며 도 4a 및 도 4b에 그 결과를 나타내었다. DMM 클러스터링 방법에 따르면, 전체 영유아 샘플은 총 2개 발달단계 그룹으로 나누어졌으며, 도 4a에 그 결과를 나타내었다. 제1그룹에서 69개 샘플, 제2그룹에서 51개 샘플로 나타났으며, 제1그룹과 제2그룹에 생후 개월수(월령)를 적용한 결과, 약 15개월을 기준으로 샘플들이 두 가지 그룹으로 분리되어 분포하였다. 이러한 결과는 도 4b에 나타내었다. 따라서 상기 그룹화 결과가 영유아의 월령과 유의미한 상관 관계를 나타냄을 확인하였다. 실시예 4-1을 참고하여, 제1그룹은 발달단계 1, 제2그룹은 발달단계 2로 명명하였다.
총 샘플 수: 120
제1그룹: 발달단계 1
제1그룹 샘플 수: 69
제2그룹: 발달단계 2
제2그룹 샘플 수: 51
4-3. 발달 단계별 기계 학습 모델의 적용
상기 실시예 3-2에 따라, 상기 규정한 발달단계별 장내 미생물 분석 데이터를 기계 학습에 적용하였다. 모델의 하이퍼파라미터에 해당하는 정규화 파라미터 즉, 본 발명에 따른 최적화된 영유아 발달 단계 예측 모델은 상기 수학식 1의 λ 값 중 가장 좋은 예측 결과를 보이는 값을 통해 선택되었다. 발달 단계를 판별하는 최적화 예측 결과값(하이퍼파라미터)은 10으로 확정하였다.
4-4. 발달 단계 예측 모델을 이용한 바이오마커의 특징적 선택(1차)
실시예 4-3의 결과에 따라, 각 발달 단계에서 1차적으로 나타나는 특징적인 바이오마커를 선별하였다. 발달단계 1과 관련된 바이오마커는 종 수준(Species level)에서 44개, 속 수준(Genus level)에서 12개 분류군으로 나타났다. 반면, 발달단계 2와 관련된 바이오마커는 종 수준(Species level)에서 59개, 속 수준(Genus level)에서 22개 분류군으로 나타났다. 표 6 내지 표 9에는 발달단계 1과 관련된 종 및 속 수준 바이오마커, 발달단계 2와 관련된 종 및 속 수준 바이오마커의 종류를 나타내었다.
하기 표 6 내지 9에서, coefficient 는 상기 수학식 4의 β에 해당하며, 음수 값은 발달단계 1에 특이적인 미생물, 양수 값은 발달단계 2에 특이적인 미생물임을 의미한다. robustness 는 부트스트랩 반복 100회 중 각 미생물이 각 발달단계로 나타난 횟수를 비율로 나타낸 것이며, 1에 가까울수록 해당 그룹에 특이적임을 의미한다. 또한, 균형균 비율 및 불균형균 비율은 각 미생물 군집의 규모 (population)를 의미하며, 각각 동정된 전체 미생물의 총 reads 수에 대비하여 해당 미생물이 차지하는 reads 수를 통해 비율을 계산하여 얻은 수치이다.
하기 표 6 내지 표 9의 바이오마커는 영유아의 장내 미생물 군집의 발달 단계를 구분하는 바이오마커로서 1차로 선정된 것이다. 하기 표 7 및 표 9에서 기재된 (Genus) 수준 바이오마커라 함은 미생물 바이오마커의 종(speies)가 구분되나, 구체적으로 동정이 종 수준까지 수행되지 않은 것으로서, 실질적으로 species 수준에서 구별되는 미생물 바이오마커임을 의미한다.
시료번호(species level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Enterococcus faecalis | -0.618223 | 1 | 1.885624 | 0.01247 |
Streptococcus peroris | -0.497649 | 0.95 | 0.414597 | 0.014475 |
Bifidobacterium longum | -0.314397 | 1 | 28.477828 | 4.755615 |
Bifidobacterium scardovii | -0.244088 | 0.916667 | 1.498041 | 0.681195 |
Enterococcus faecium | -0.201899 | 0.95 | 7.106151 | 1.48029 |
Rothia mucilaginosa | -0.152262 | 0.533333 | 0.177708 | 0.001652 |
Veillonella parvula | -0.129975 | 0.716667 | 0.876127 | 0.032537 |
Clostridioides difficile | -0.061403 | 0.35 | 0.331878 | 0.100077 |
Veillonella dispar | -0.056745 | 0.5 | 2.840242 | 0.776448 |
Bifidobacterium pseudolongum | -0.055155 | 0.333333 | 0.102172 | 0.032258 |
Lactobacillus paracasei | -0.052383 | 0.3 | 0.662389 | 0.099017 |
Lactobacillus fermentum | -0.047133 | 0.3 | 0.182245 | 0.111444 |
Staphylococcus aureus | -0.046645 | 0.266667 | 0.190544 | 0.003756 |
Streptococcus sinensis | -0.03878 | 0.2 | 0.124871 | 0.123921 |
Lactobacillus delbrueckii | -0.036624 | 0.316667 | 0.034776 | 0.000525 |
Streptococcus salivarius | -0.029187 | 0.25 | 4.33701 | 2.858201 |
Clostridium paraputrificum | -0.024316 | 0.15 | 0.225459 | 0.042078 |
Bacteroides caccae | -0.024235 | 0.15 | 0.209986 | 0.211941 |
Clostridium tertium | -0.023736 | 0.183333 | 0.243511 | 0.010923 |
Bifidobacterium animalis | -0.012494 | 0.15 | 0.226015 | 0.217978 |
Clostridium butyricum | -0.012275 | 0.116667 | 0.172851 | 0.003612 |
Granulicatella adiacens | -0.011808 | 0.133333 | 0.032141 | 0.016157 |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | -0.011279 | 0.116667 | 1.046689 | 0.030994 |
Streptococcus gallolyticus | -0.010265 | 0.183333 | 1.033063 | 0.269234 |
Enterobacteriaceae | -0.009719 | 0.166667 | 1.469605 | 0.367475 |
Bifidobacterium breve | -0.009272 | 0.183333 | 7.049017 | 1.053326 |
Clostridium perfringens | -0.009186 | 0.1 | 0.152768 | 0.005388 |
Escherichia coli | -0.007864 | 0.166667 | 6.548644 | 1.762086 |
Terrisporobacter petrolearius | -0.006267 | 0.083333 | 0.025722 | 0.080401 |
Bacteroides vulgatus | -0.005773 | 0.1 | 1.839026 | 1.638793 |
PAC001163_s (Genus Blautia) | -0.004732 | 0.066667 | 0.336045 | 0.060607 |
KQ235774_s (Genus Klebsiella) | -0.004721 | 0.05 | 0.113268 | 0.106438 |
Sutterella wadsworthensis | -0.004474 | 0.05 | 0.027164 | 0.112334 |
Clostridium ramosum | -0.002546 | 0.05 | 0.713797 | 0.236914 |
Bacteroides dorei | -0.001847 | 0.033333 | 0.2586 | 1.951592 |
Prevotella copri | -0.001655 | 0.016667 | 0.087912 | 0.017899 |
Veillonella atypica | -0.001547 | 0.033333 | 0.447658 | 0.065735 |
Citrobacter koseri | -0.001237 | 0.016667 | 0.041994 | 0.023602 |
CP011914_s (Genus Eubacterium) | -0.00086 | 0.016667 | 0.013024 | 0.033725 |
Clostridium celatum | -0.000719 | 0.016667 | 0.598248 | 1.369989 |
PAC001178_s (Genus Epulopiscium) | -0.000559 | 0.016667 | 0.284282 | 0.030382 |
Collinsella aerofaciens | -0.000549 | 0.016667 | 0.210585 | 0.184206 |
Leuconostoc lactis | -0.000532 | 0.016667 | 0.033191 | 0.012436 |
Bacteroides uniformis | -0.000289 | 0.033333 | 0.091656 | 1.41397 |
시료번호(species level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Enterococcus | -0.205616 | 0.983333 | 9.101523 | 1.514777 |
Bifidobacterium | -0.13326 | 0.983333 | 40.409598 | 14.897967 |
Streptococcus | -0.078202 | 0.733333 | 6.331705 | 3.528536 |
Lactobacillus | -0.04119 | 0.633333 | 2.375967 | 0.931366 |
Rothia | -0.013894 | 0.283333 | 0.191178 | 0.00428 |
Veillonella | -0.005144 | 0.15 | 5.807609 | 2.012367 |
Clostridioides | -0.004674 | 0.066667 | 0.342586 | 0.10047 |
Enterobacteriaceae_g (Genus Enterobacteriaceae) | -0.0043 | 0.1 | 1.469605 | 0.367475 |
Klebsiella | -0.002829 | 0.066667 | 1.051937 | 0.031341 |
Actinomyces | -0.001029 | 0.05 | 0.306497 | 0.029024 |
Clostridium | -0.000232 | 0.016667 | 2.230602 | 1.767117 |
Staphylococcus | -0.000149 | 0.033333 | 0.191791 | 0.003814 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Hungatella hathewayi | 0.000251 | 0.016667 | 0.094561 | 0.073049 |
Clostridium innocuum | 0.000519 | 0.016667 | 0.536483 | 0.496771 |
Blautia obeum | 0.000728 | 0.016667 | 0.025596 | 0.283337 |
Roseburia intestinalis | 0.000808 | 0.016667 | 0.033406 | 0.376978 |
Clostridium neonatale | 0.000935 | 0.066667 | 0.561752 | 0.061132 |
Bacteroides ovatus | 0.001029 | 0.016667 | 0.170532 | 1.268938 |
DQ799557_s (Genus Bacteroides) | 0.001128 | 0.016667 | 0.079239 | 0.269888 |
PAC001177_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001172 | 0.1 | 0.095936 | 0.16772 |
Coprobacillus cateniformis | 0.001199 | 0.016667 | 0.032492 | 0.015334 |
LT907848_s (Genus Anaerobutyricum) | 0.001287 | 0.016667 | 0.180159 | 0.692164 |
PAC001143_s (Genus Eisenbergiella) | 0.001374 | 0.016667 | 0.012706 | 0.27321 |
PAC001046_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001967 | 0.016667 | 0.000392 | 0.434514 |
PAC001305_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001981 | 0.033333 | 0.000453 | 0.177736 |
Intestinibacter bartlettii | 0.001984 | 0.033333 | 0.534782 | 0.886648 |
Bacteroides xylanisolvens | 0.003104 | 0.05 | 0.043177 | 0.756637 |
CCMM_s (Family Erysipelotrichaceae) | 0.003396 | 0.1 | 0.126861 | 0.53309 |
KQ968618_s (Genus Akkermansia) | 0.003604 | 0.066667 | 0.000306 | 0.666025 |
Megasphaera micronuciformis | 0.003705 | 0.016667 | 0.033965 | 0.040222 |
Clostridium nexile | 0.003745 | 0.116667 | 0.591177 | 0.435947 |
Roseburia inulinivorans | 0.003771 | 0.05 | 0.035658 | 0.738106 |
Ruminococcus gnavus | 0.004187 | 0.183333 | 3.57294 | 2.883981 |
Eggerthella lenta | 0.005097 | 0.066667 | 0.143669 | 0.123881 |
Bifidobacterium adolescentis | 0.005224 | 0.05 | 0.006449 | 1.546615 |
Romboutsia timonensis | 0.005618 | 0.083333 | 0.666966 | 0.798258 |
Lactobacillus rogosae | 0.005688 | 0.083333 | 0.052894 | 0.563106 |
DQ799511_s (Genus Blautia) | 0.006537 | 0.066667 | 0.002242 | 0.054269 |
Clostridium clostridioforme | 0.008845 | 0.083333 | 0.124666 | 0.190663 |
Akkermansia muciniphila | 0.011069 | 0.183333 | 0.605722 | 1.20175 |
Cellulosilyticum lentocellum | 0.011502 | 0.066667 | 0.022776 | 0.037526 |
Parasutterella excrementihominis | 0.014228 | 0.1 | 0.001163 | 0.321641 |
Agathobaculum butyriciproducens | 0.015198 | 0.116667 | 0.000282 | 0.165948 |
Eubacterium hallii | 0.015404 | 0.2 | 0.094473 | 1.256658 |
Faecalimonas umbilicata | 0.016121 | 0.166667 | 0.049223 | 0.204978 |
LN913006_s (Genus Blautia) | 0.016775 | 0.133333 | 0.036213 | 0.425286 |
Ruminococcus bromii | 0.019532 | 0.183333 | 0.015017 | 0.603128 |
PAC001136_s (Genus Clostridium) | 0.021142 | 0.233333 | 0.004555 | 0.188245 |
Fusicatenibacter saccharivorans | 0.024694 | 0.216667 | 0.314287 | 1.907538 |
Ruminococcus faecis | 0.027194 | 0.15 | 0.124086 | 0.669968 |
Bifidobacterium catenulatum | 0.027944 | 0.316667 | 1.915472 | 5.482113 |
Faecalibacterium prausnitzii | 0.03736 | 0.383333 | 0.98172 | 9.068555 |
Bacteroides fragilis | 0.049211 | 0.5 | 1.637415 | 5.670545 |
Prevotella buccae | 0.049889 | 0.25 | 0.000156 | 0.560138 |
Blautia faecis | 0.05423 | 0.35 | 0.000464 | 0.520471 |
Sellimonas intestinalis | 0.054853 | 0.366667 | 0.032135 | 0.243094 |
Lactobacillus plantarum | 0.057454 | 0.4 | 0.600968 | 0.335825 |
PAC001048_s (Genus Ruminococcaceae) | 0.063003 | 0.35 | 0.002535 | 0.281593 |
Roseburia cecicola | 0.072292 | 0.383333 | 0.108276 | 0.459604 |
Clostridium spiroforme | 0.096748 | 0.383333 | 0.07068 | 0.044219 |
Veillonella ratti | 0.120458 | 0.7 | 1.346032 | 1.103508 |
Agathobacter rectalis | 0.133908 | 0.666667 | 0.057285 | 0.579458 |
Clostridium symbiosum | 0.13445 | 0.65 | 0.145693 | 0.118909 |
Anaerostipes hadrus | 0.171178 | 0.816667 | 0.304226 | 3.597979 |
Gemmiger formicilis | 0.175736 | 0.75 | 0.080487 | 1.546753 |
Alistipes onderdonkii | 0.202069 | 0.616667 | 0.000477 | 0.411531 |
Blautia hansenii | 0.271272 | 0.883333 | 0.151363 | 0.166795 |
PAC001148_s (Family Lachnospiraceae) | 0.28366 | 0.933333 | 0.271439 | 0.640186 |
Bifidobacterium bifidum | 0.309518 | 0.916667 | 0.87911 | 0.874891 |
Ruminococcus torques | 0.379602 | 0.866667 | 0.002731 | 0.228165 |
Blautia wexlerae | 0.660876 | 1 | 0.634202 | 6.432939 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Coprococcus_g2 (Family Lachnospiraceae) | 0.000345 | 0.033333 | 0.634298 | 0.518112 |
Prevotella | 0.000503 | 0.033333 | 0.728 | 1.326638 |
Agathobacter | 0.000716 | 0.066667 | 0.057737 | 0.59893 |
PAC000672_g (Family Ruminococcaceae) | 0.00116 | 0.033333 | 0.002775 | 0.282116 |
Pseudoflavonifractor | 0.001503 | 0.05 | 0.159467 | 0.221574 |
Lachnospira | 0.001773 | 0.016667 | 0.316929 | 1.607492 |
Eubacterium_g5 (Family Lachnospiraceae) | 0.001984 | 0.05 | 0.278224 | 2.044322 |
Alistipes | 0.00218 | 0.05 | 0.000794 | 0.539207 |
Clostridium_g24 (Family Lachnospiraceae) | 0.003903 | 0.1 | 0.479107 | 1.181915 |
Akkermansia | 0.004259 | 0.1 | 0.607531 | 1.890071 |
Ruminococcus_g5 (Family Lachnospiraceae) | 0.005001 | 0.133333 | 3.606215 | 2.937409 |
Roseburia | 0.021967 | 0.416667 | 0.179598 | 1.660123 |
Fusicatenibacter | 0.022191 | 0.366667 | 0.317638 | 1.958465 |
Sellimonas | 0.0305 | 0.5 | 0.033008 | 0.279463 |
Ruminococcus_g2 (Family Ruminococcaceae) | 0.033029 | 0.483333 | 0.020473 | 1.177464 |
Bacteroides | 0.03449 | 0.7 | 4.901392 | 16.590086 |
Eisenbergiella | 0.036326 | 0.4 | 0.042349 | 0.415958 |
Subdoligranulum | 0.043866 | 0.65 | 0.145427 | 1.898761 |
Ruminococcus_g4 (Family Lachnospiraceae) | 0.054933 | 0.683333 | 0.178463 | 1.097635 |
Anaerostipes | 0.146638 | 0.883333 | 0.552492 | 3.926105 |
Faecalibacterium | 0.153494 | 0.95 | 0.98321 | 9.194765 |
Blautia | 0.326798 | 1 | 1.464729 | 8.879734 |
4-5. 발달 단계 예측 모델을 이용한 미생물의 특징적 선택(2차)
상기 실시예 4-4의 방법으로 1차적으로 선택한 특징적 바이오마커를, 상기 실시예 3-4에 기재된 방법으로 보정을 수행하였다. 구체적으로, 상기 표 6의 발달단계 1 특이적 종 수준 바이오마커 중, 발달단계 2에서 미생물 분류군의 군집 규모가 더 높은 비율로 나타난 Bacteroides caccae, Terrisporobacter pertrolearius 등 총 7개 미생물 종을 제외하였다. 또한 상기 표 8의 발달단계 2 특이적 바이오마커 중 발달단계 1에서 미생물 분류군의 군집 규모가 더 높은 비율로 나타난 Lachnospiraceae 과 미발표종, Clostridium innocuum, Hungatella hathewayi 등의 총 14개 미생물 종을 제외하였다.
상기 제외된 미생물 분류군를 고려하여, 발달 단계별 특징적 바이오마커를 하기 표 10 내지 표 13에 나타내었다. 하기 표 10 내지 표 13의 바이오마커는 영유아의 장내 미생물 군집의 발달 단계를 구분하는 바이오마커로서 2차로 선정된 최종 바이오마커이다. 발달단계 1에 특이적 바이오마커는 Species level 37개 분류군, Genus level 동정 미생물이 12개 분류군으로 이루어져 있고, 발달단계 2 특이적 바이오마커는 Species level 47개 분류군, Genus level 20개 분류군으로 이루어져 있다. 표 11 및 표 13에서 기재된 (Genus) 수준 바이오마커라 함은 미생물 바이오마커의 종(speies)가 구분되나, 구체적으로 동정이 종 수준까지 수행되지 않은 것으로서, 실질적으로 species 수준에서 구별되는 미생물 바이오마커임을 의미한다.
시료번호(species level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Enterococcus faecalis | -0.618223 | 1 | 1.885624 | 0.01247 |
Streptococcus peroris | -0.497649 | 0.95 | 0.414597 | 0.014475 |
Bifidobacterium longum | -0.314397 | 1 | 28.477828 | 4.755615 |
Bifidobacterium scardovii | -0.244088 | 0.916667 | 1.498041 | 0.681195 |
Enterococcus faecium | -0.201899 | 0.95 | 7.106151 | 1.48029 |
Rothia mucilaginosa | -0.152262 | 0.533333 | 0.177708 | 0.001652 |
Veillonella parvula | -0.129975 | 0.716667 | 0.876127 | 0.032537 |
Clostridioides difficile | -0.061403 | 0.35 | 0.331878 | 0.100077 |
Veillonella dispar | -0.056745 | 0.5 | 2.840242 | 0.776448 |
Bifidobacterium pseudolongum | -0.055155 | 0.333333 | 0.102172 | 0.032258 |
Lactobacillus paracasei | -0.052383 | 0.3 | 0.662389 | 0.099017 |
Lactobacillus fermentum | -0.047133 | 0.3 | 0.182245 | 0.111444 |
Staphylococcus aureus | -0.046645 | 0.266667 | 0.190544 | 0.003756 |
Streptococcus sinensis | -0.03878 | 0.2 | 0.124871 | 0.123921 |
Lactobacillus delbrueckii | -0.036624 | 0.316667 | 0.034776 | 0.000525 |
Streptococcus salivarius | -0.029187 | 0.25 | 4.33701 | 2.858201 |
Clostridium paraputrificum | -0.024316 | 0.15 | 0.225459 | 0.042078 |
Clostridium tertium | -0.023736 | 0.183333 | 0.243511 | 0.010923 |
Bifidobacterium animalis | -0.012494 | 0.15 | 0.226015 | 0.217978 |
Clostridium butyricum | -0.012275 | 0.116667 | 0.172851 | 0.003612 |
Granulicatella adiacens | -0.011808 | 0.133333 | 0.032141 | 0.016157 |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | -0.011279 | 0.116667 | 1.046689 | 0.030994 |
Streptococcus gallolyticus | -0.010265 | 0.183333 | 1.033063 | 0.269234 |
Enterobacteriaceae | -0.009719 | 0.166667 | 1.469605 | 0.367475 |
Bifidobacterium breve | -0.009272 | 0.183333 | 7.049017 | 1.053326 |
Clostridium perfringens | -0.009186 | 0.1 | 0.152768 | 0.005388 |
Escherichia coli | -0.007864 | 0.166667 | 6.548644 | 1.762086 |
Bacteroides vulgatus | -0.005773 | 0.1 | 1.839026 | 1.638793 |
PAC001163_s (Genus Blautia) | -0.004732 | 0.066667 | 0.336045 | 0.060607 |
KQ235774_s (Genus Klebsiella) | -0.004721 | 0.05 | 0.113268 | 0.106438 |
Clostridium ramosum | -0.002546 | 0.05 | 0.713797 | 0.236914 |
Prevotella copri | -0.001655 | 0.016667 | 0.087912 | 0.017899 |
Veillonella atypica | -0.001547 | 0.033333 | 0.447658 | 0.065735 |
Citrobacter koseri | -0.001237 | 0.016667 | 0.041994 | 0.023602 |
PAC001178_s (Genus Epulopiscium) | -0.000559 | 0.016667 | 0.284282 | 0.030382 |
Collinsella aerofaciens | -0.000549 | 0.016667 | 0.210585 | 0.184206 |
Leuconostoc lactis | -0.000532 | 0.016667 | 0.033191 | 0.012436 |
시료번호(species level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Enterococcus | -0.205616 | 0.983333 | 9.101523 | 1.514777 |
Bifidobacterium | -0.13326 | 0.983333 | 40.409598 | 14.897967 |
Streptococcus | -0.078202 | 0.733333 | 6.331705 | 3.528536 |
Lactobacillus | -0.04119 | 0.633333 | 2.375967 | 0.931366 |
Rothia | -0.013894 | 0.283333 | 0.191178 | 0.00428 |
Veillonella | -0.005144 | 0.15 | 5.807609 | 2.012367 |
Clostridioides | -0.004674 | 0.066667 | 0.342586 | 0.10047 |
Enterobacteriaceae_g (Genus Enterobacteriaceae) | -0.0043 | 0.1 | 1.469605 | 0.367475 |
Klebsiella | -0.002829 | 0.066667 | 1.051937 | 0.031341 |
Actinomyces | -0.001029 | 0.05 | 0.306497 | 0.029024 |
Clostridium | -0.000232 | 0.016667 | 2.230602 | 1.767117 |
Staphylococcus | -0.000149 | 0.033333 | 0.191791 | 0.003814 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Blautia obeum | 0.000728 | 0.016667 | 0.025596 | 0.283337 |
Roseburia intestinalis | 0.000808 | 0.016667 | 0.033406 | 0.376978 |
Bacteroides ovatus | 0.001029 | 0.016667 | 0.170532 | 1.268938 |
DQ799557_s (Genus Bacteroides) | 0.001128 | 0.016667 | 0.079239 | 0.269888 |
PAC001177_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001172 | 0.1 | 0.095936 | 0.16772 |
LT907848_s (Genus Anaerobutyricum) | 0.001287 | 0.016667 | 0.180159 | 0.692164 |
PAC001143_s (Genus Eisenbergiella) | 0.001374 | 0.016667 | 0.012706 | 0.27321 |
PAC001046_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001967 | 0.016667 | 0.000392 | 0.434514 |
PAC001305_s (Family Lachnospiraceae) | 0.001981 | 0.033333 | 0.000453 | 0.177736 |
Intestinibacter bartlettii | 0.001984 | 0.033333 | 0.534782 | 0.886648 |
Bacteroides xylanisolvens | 0.003104 | 0.05 | 0.043177 | 0.756637 |
CCMM_s (Family Erysipelotrichaceae) | 0.003396 | 0.1 | 0.126861 | 0.53309 |
KQ968618_s (Genus Akkermansia) | 0.003604 | 0.066667 | 0.000306 | 0.666025 |
Megasphaera micronuciformis | 0.003705 | 0.016667 | 0.033965 | 0.040222 |
Roseburia inulinivorans | 0.003771 | 0.05 | 0.035658 | 0.738106 |
Bifidobacterium adolescentis | 0.005224 | 0.05 | 0.006449 | 1.546615 |
Romboutsia timonensis | 0.005618 | 0.083333 | 0.666966 | 0.798258 |
Lactobacillus rogosae | 0.005688 | 0.083333 | 0.052894 | 0.563106 |
DQ799511_s (Genus Blautia) | 0.006537 | 0.066667 | 0.002242 | 0.054269 |
Clostridium clostridioforme | 0.008845 | 0.083333 | 0.124666 | 0.190663 |
Akkermansia muciniphila | 0.011069 | 0.183333 | 0.605722 | 1.20175 |
Cellulosilyticum lentocellum | 0.011502 | 0.066667 | 0.022776 | 0.037526 |
Parasutterella excrementihominis | 0.014228 | 0.1 | 0.001163 | 0.321641 |
Agathobaculum butyriciproducens | 0.015198 | 0.116667 | 0.000282 | 0.165948 |
Eubacterium hallii | 0.015404 | 0.2 | 0.094473 | 1.256658 |
Faecalimonas umbilicata | 0.016121 | 0.166667 | 0.049223 | 0.204978 |
LN913006_s (Genus Blautia) | 0.016775 | 0.133333 | 0.036213 | 0.425286 |
Ruminococcus bromii | 0.019532 | 0.183333 | 0.015017 | 0.603128 |
PAC001136_s (Genus Clostridium) | 0.021142 | 0.233333 | 0.004555 | 0.188245 |
Fusicatenibacter saccharivorans | 0.024694 | 0.216667 | 0.314287 | 1.907538 |
Ruminococcus faecis | 0.027194 | 0.15 | 0.124086 | 0.669968 |
Bifidobacterium catenulatum | 0.027944 | 0.316667 | 1.915472 | 5.482113 |
Faecalibacterium prausnitzii | 0.03736 | 0.383333 | 0.98172 | 9.068555 |
Bacteroides fragilis | 0.049211 | 0.5 | 1.637415 | 5.670545 |
Prevotella buccae | 0.049889 | 0.25 | 0.000156 | 0.560138 |
Blautia faecis | 0.05423 | 0.35 | 0.000464 | 0.520471 |
Sellimonas intestinalis | 0.054853 | 0.366667 | 0.032135 | 0.243094 |
PAC001048_s (Genus Lachnospiraceae) | 0.063003 | 0.35 | 0.002535 | 0.281593 |
Roseburia cecicola | 0.072292 | 0.383333 | 0.108276 | 0.459604 |
Agathobacter rectalis | 0.133908 | 0.666667 | 0.057285 | 0.579458 |
Anaerostipes hadrus | 0.171178 | 0.816667 | 0.304226 | 3.597979 |
Gemmiger formicilis | 0.175736 | 0.75 | 0.080487 | 1.546753 |
Alistipes onderdonkii | 0.202069 | 0.616667 | 0.000477 | 0.411531 |
Blautia hansenii | 0.271272 | 0.883333 | 0.151363 | 0.166795 |
PAC001148_s (Family Lachnospiraceae) | 0.28366 | 0.933333 | 0.271439 | 0.640186 |
Ruminococcus torques | 0.379602 | 0.866667 | 0.002731 | 0.228165 |
Blautia wexlerae | 0.660876 | 1 | 0.634202 | 6.432939 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Prevotella | 0.000503 | 0.033333 | 0.728 | 1.326638 |
Agathobacter | 0.000716 | 0.066667 | 0.057737 | 0.59893 |
PAC000672_g (Family Ruminococcaceae) | 0.00116 | 0.033333 | 0.002775 | 0.282116 |
Pseudoflavonifractor | 0.001503 | 0.05 | 0.159467 | 0.221574 |
Lachnospira | 0.001773 | 0.016667 | 0.316929 | 1.607492 |
Eubacterium_g5 (Family Lachnospiraceae) | 0.001984 | 0.05 | 0.278224 | 2.044322 |
Alistipes | 0.00218 | 0.05 | 0.000794 | 0.539207 |
Clostridium_g24 (Family Lachnospiraceae) | 0.003903 | 0.1 | 0.479107 | 1.181915 |
Akkermansia | 0.004259 | 0.1 | 0.607531 | 1.890071 |
Roseburia | 0.021967 | 0.416667 | 0.179598 | 1.660123 |
Fusicatenibacter | 0.022191 | 0.366667 | 0.317638 | 1.958465 |
Sellimonas | 0.0305 | 0.5 | 0.033008 | 0.279463 |
Ruminococcus_g2 (Family Ruminococcaceae) | 0.033029 | 0.483333 | 0.020473 | 1.177464 |
Bacteroides | 0.03449 | 0.7 | 4.901392 | 16.590086 |
Eisenbergiella | 0.036326 | 0.4 | 0.042349 | 0.415958 |
Subdoligranulum | 0.043866 | 0.65 | 0.145427 | 1.898761 |
Ruminococcus_g4 (Family Lachnospiraceae) | 0.054933 | 0.683333 | 0.178463 | 1.097635 |
Anaerostipes | 0.146638 | 0.883333 | 0.552492 | 3.926105 |
Faecalibacterium | 0.153494 | 0.95 | 0.98321 | 9.194765 |
Blautia | 0.326798 | 1 | 1.464729 | 8.879734 |
4-6. 영유아 발달 단계 예측 모델의 검증
상기 실시예 3-5의 방법을 이용하여, 영유아 발달 단계를 학습한 최적화 기계 학습 모델이 실제로 영유아 발달 단계를 정확하게 구별하는지 살펴보았다.
최적화 기계 학습 모델이 Test set에 대한 발달 단계를 판정한 결과의 ROC 곡선 (receiver operating characteristic curve) 및 AUC (area under curve) 그래프를 도 6에 나타내었다. ROC 곡선이 활 모양으로 크게 굽어져 있고, AUC는 0.98로 1에 가까운 값을 보이므로 상기 실시예 4-3에서 영유아 발달 단계를 예측한 결과가 유의미함을 확인하였다.
4-7. 영유아 발달 단계의 판별 지수
상기 실시예 4-6의 예측 결과에 정확한 임상적 해석을 부여하기 위해, 상기 실시예 3-6과 실질적으로 동일한 방법으로, 각 바이오마커 미생물의 군집 규모 비율과 Coefficient의 내적곱으로 계산한 0과 1사이의 확률값을, 학습에 사용한 발달단계 1과 발달단계 2의 비율로 나눠 리스케일하였다.
상기 수학식 7에서, 는 발달단계 2의 판별을 위한 시험 대상의 예측 점수이고, P 0 는 예측 모델 구축에 사용된 training set에 존재하는 발달단계 2에 해당하는 샘플의 비율이며, Ncase 는 training set 내 발달단계 2에 해당하는 샘플의 수이고, Ntrain 은 training set의 전체 샘플 수이다. 이렇게 계산된 지수는 '영유아 발달 지수'로 명명하였다.
상기 영유아 발달 지수를 통해 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 정확도(Accuracy) 값을 확인하였다. 상기 수학식 8 내지 10에서, FP는 발달단계 1에 해당하는 시료에서 영유아 발달 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고, FN은 발달단계 1에 해당하는 시료에서 영유아 발달 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이고, TP는 발달단계 2에 해당하는 시료에서 영유아 발달 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고, TN은 발달단계 2에 해당하는 시료에서 영유아 발달 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이고, 이러한 결과를 도 6에 나타내었다.
정확도가 약 98%로 계산된 가장 높은 지수 1.19를 기준으로 영유아 발달 단계를 판별할 경우, 발달단계 2를 정확하게 맞추는 특이도는 약 98%, 영유아 발달단계 1을 정확하게 판단하는 민감도는 약 97%이다. 해당 정확도 그래프를 도 6에 나타내었다.
영유아 발달 지수 1.19를 기준으로 장내 미생물 불균형 여부를 판별할 때, 특이도는 약 98%로 발달 단계를 정확하게 구별할 수 있으므로 임상학적으로 높은 판별능을 보이는 것을 알 수 있다. 따라서, 영유아 발달 지수가 1.19 이상인 경우, 발달단계 2로 판별할 수 있으며, 1.19 미만으로 계산되는 경우, 발달단계 1로 판별할 수 있다.
4-8. 영유아 장내 미생물 발달 단계의 구분
(A) 영유아 발달 단계의 구분 개요
영유아 발달 단계는 식이단계, 월령 및 영유아 발달 지수 (장내 미생물 군집의 정보에 기초)로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상의 기준으로 판별할 수 있다. 상기 영유아 발달 지수는 하기 표 10 내지 표 13의 바이오마커는 영유아의 장내 미생물 군집의 발달 단계를 구분하는 바이오마커로서 2차로 선정된 최종 바이오마커를 활용한 것이다. 하기 표 14에 각 발달 단계 판별 기준에 따른 발달 단계 판별 방법을 요약하였다.
구분 | 발달단계 1 | 발달단계 2 |
식이 단계 | 수유식(액상 식이)이유식(겔상 식이) | 고형 식이 |
생후 개월수(월령) | 15개월 미만 | 15개월 이상 |
영유아 발달 지수 | 발달 지수 1.19 미만 | 발달 지수 1.19 이상 |
(B) 식이단계를 이용한 영유아 발달 단계의 구분
식이단계를 통한 영유아 발달 단계 판별은, 영유아가 섭취하는 식이를 액상의 수유식, 겔상의 이유식, 고형의 유아식 및 고형의 일반식으로 분류하고, 영유아의 메타데이타 정보 (식이)에 근거하여 액상의 수유식 또는 겔상의 이유식 식이 단계를 발달단계 1로, 고형 식이 즉 유아식 또는 일반식을 섭취하는 단계를 발달단계 2로 분류하는 방법이다. 따라서 액상 또는 겔상의 수유식 또는 이유식에서 고형의 식이를 섭취하는 시점을 판단 기준으로 삼는다.
(C) 월령을 이용한 영유아 발달 단계의 구분
생후 개월수(월령)를 기준으로 한 발달 단계 판별의 경우, 영유아의 메타데이타 정보 (영유아의 월령)에 근거하여, 조사 대상 영유아의 월령이 15개월 미만인 경우 발달단계 1로, 월령이 15개월 이상인 경우 발달단계 2로 판별한다.
15개월이라는 기준 시기는 식이 형태가 겔상에서 고형으로 전환되는 시기이며, 실시예 4-2의 DMM clustering 방법을 통해 그룹이 분류되는 시기이다. 영유아의 장내 미생물 생태계는 특정 시점, 예를 들면 15개월을 기점으로 미생물 종류, 미생물 종의 양, 미생물 종의 다양성이 가장 크게 변한다. 출생 직후부터 15개월까지는 면역, 모유의 소화 및 장내 안정화 등에 기여하는 미생물 종으로 이루어져 있으며, 15개월 이후로 식이섬유 등 다양한 음식물의 대사와 관련된 미생물 종이 늘어나고 종 다양성이 큰 폭으로 증가한다.
(D) 발달단계 특이적 바이오마커를 이용한 영유아 발달 단계의 구분
영유아 발달 지수를 기준으로 하는 경우, 수집된 장내 미생물의 군집 분석 데이터에 근거하여 각 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 상술한 영유아 발달 단계 예측 모델에 적용함으로써 발달 단계를 판별하는 방법이다. 각 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 발달지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 발달지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 발달단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달단계 2로 선정한다.
본 실험에서는, 상기 실시예 4-7에 의해, 발달지수 1.19를 기준으로 1.19 미만인 경우 발달단계 1로, 발달지수 1.19 이상인 경우 발달단계 2로 판별한다.
설문의 응답에 의존하는 식이 단계 및 생후 개월 수를 기준으로 발달 단계를 판별하는 경우, 상기 표 2의 문항을 포함하는 형태의 설문에 대한 응답이 선행되어야 한다. 영유아 발달 지수를 기준으로 한 판별의 경우, 실시예 2의 방법을 이용한 장내 미생물 분석이 선행되어야 한다.
영유아 장내 미생물 생태계는 부모 및 주변 환경에 상주하는 미생물들이 무균 상태의 신생아에 전달되어 정착해 나감으로써 형성되고, 영유아의 성장과 식이에 따라 영유아 장내의 종 풍부도 및 다양성이 증가한다. 이러한 증가 추세에서, 영유아 발달 단계 특이적 바이오마커는 영유아의 성장에 따른 장내 미생물 생태계의 발달 양상을 구체적으로 나타낸다. 영유아의 발달단계 1에 특이적인 바이오마커는 상기 표 10 및 표 11에 기재되어 있고, 발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 상기 표 12 및 표 13에 기재되어 있다.
발달단계 1에 특이적인 바이오마커 중 Enterococcus, Streptococcus, 및 Lactobacillus는 Firmicutes 문(phylum)에 포함되고, Bifidobacterium은 Actinobacteria 문(phylum)에 포함되는 미생물이다. 상기 Enterococcus, Bifidobacterium, Streptococcus, 및 Lactobacillus는 모두 유산균으로, 유산균은 산모의 신체로부터 자녀로 전달되어 가장 먼저 무균 상태의 신생아의 장에 정착하는 미생물로, 다른 미생물보다 장내 환경에 용이하게 정착한 뒤, 항균 물질을 분비하여 다양한 외부 항원의 정착을 막는 역할을 한다. 또한 발달단계 1에 특이적인 종 수준 바이오마커 중 하나인 Bifidobacterium longum의 경우에는, 외부 항원에서 나타나는 단백질 가수분해 효소를 세르핀이라는 물질로 저해하는 기작으로 면역력에 기여한다. 무엇보다, 유산균은 유당을 분해하는 미생물로, 영유아가 모유를 잘 소화할 수 있도록 돕는 역할이 가장 크다. phylum Proteobacteria에 포함되는 대장균 계열(Escherichia)의 경우, 유산균이 전해지기 전, 태변에서 가장 많이 발견되는 미생물로, 신생아의 장내 환경에 가장 먼저 정착하여 장내의 산소를 흡수함으로써 장내를 혐기성 환경으로 조성하여, 안정화에 도움을 준다.
발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 크게 Blautia, Faecalibacterium, Anaerostipes을 비롯한 phylum firmicutes 계열과 Prevotella, Bacteroides의 phylum Bacteroidetes 계열로 나눌 수 있다.
장내 미생물 군집이 유산균 위주의 phylum Firmicutes, Actinobacteria(발달단계 1)에서 phylum Firmicutes, Bacteroidetes로 전환된 것을 알 수 있다. Phylum Firmicutes 및 Bacteroidetes가 장내 미생물 군집에서 두드러지는 양상은 성인에게서 가장 보편적으로 나타나는 특징이다. 이러한 양상은 영유아의 장내 미생물 생태계가 성인의 장내 환경과 비슷한 모습으로 발달하고 있는 것을 의미한다. 영유아가 신체적으로 성장하고, 필요로 하는 영양소가 다양해짐에 따라, 섭취하는 식품 또한 다양해지면서 장내 미생물 군집의 미생물 종과, 각각의 미생물 종들이 가진 대사적 다양성이 증가하게 된다.
발달단계 2에 특이적인 바이오마커의 구성은 상기 실시예 2-2에서 언급한 바와 같이 섬유질 대사와 관련된 짧은 사슬 지방산 생성균이 주를 이루고 있다. 특히, 발달단계 2의 Firmicutes 문의 경우, 대표적인 짧은 사슬 지방산의 생성균이 가장 많이 포함된 Clostridiales 목(order)의 미생물 종들(Blautia, Faecalibacterium, Anaerostipes)이 가장 높은 coefficient 값을 보인다.
Phylum Bacteroidetes의 genus Prevotella 및 Bacteroides는 식이섬유와 단백질을 분해하는 대표적인 미생물이다. 이 미생물들은 인종, 지역, 개인을 아우르는, 성인의 장 유형(enterotype)을 나누는 기준으로 2011년 학술지 nature를 통해 언급된 바 있다. 장 유형에 대한 후속 연구에서 주로 고식이섬유-저단백질 식습관에서 Prevotella가 나타나고, 저식이섬유(단순당)-고단백질 식습관에서 Bacteroides가 많이 나타나는 특징이 보고된 바 있다. 발달단계 2에서 Prevotella 및 Bacteroides가 가지는 coefficient 및 robustness 값을 보면, Bacteroides가 Prevotella에 비해 모두 높은 값을 보이고 있다. 이를 통해, 영유아의 장내 미생물 유형은 주로 Bacteroides 형으로 발달하는 것을 알 수 있다. 단, 아직 Prevotella 및 Bacteroides 유형을 정확히 규명하기에는 연구가 미흡한 실정이며, 영유아 장내 미생물에서 주로 나타나는 장 유형에 대한 해석의 여지 또한 아직 많다.
실시예 5. 영유아의 발달 단계 별 장내 미생물의 불균형 및 균형 구분
5-1. 발달 단계 별 장내 미생물 분석 데이터의 그룹화
상기 실시예 3-1의 DMM 클러스터링 방법에 따라, 장내 미생물 분석 데이터를 이용하여 발달 단계 별 영유아 샘플을 그룹화하였다. 각 발달 단계에서 2개 그룹이 나뉘었으며, 총 4개 그룹이 클러스터링되었다. 각 발달 단계 별 영유아 샘플은 다음과 같이 분포한다.
총 샘플 수: 120
발달 단계1 제1 그룹 샘플 수: 36
발달 단계1 제2 그룹 샘플 수: 33
발달 단계2 제 3 그룹 샘플 수: 32
발달 단계2 제 4 그룹 샘플 수: 19
5-2. 영유아 메타 데이터를 이용한 영유아 장내 미생물 불균형의 규정
장내 미생물 불균형 및 균형 관련 인자들과의 연관성을 계산하기 위해, Chong의 2018년 연구(Factors Affecting Gastrointestinal Microbiome Development in Neonates. Nutrients. 2018 Feb 28;10(3).)를 참고하였다.
장내 미생물 불균형은 일반적으로 생태계의 종 다양성을 낮아지게 하는 요인인 가공식품 섭취, 항생제 복용 등에 의해 일어나는 불균형 상태로 정의된다. 장내 미생물 균형 상태를 정의하는 뚜렷한 기준은 아직 없으나, 본 발명에서는 불균형 인자를 포함하지 않는 건강한 영유아 샘플의 장내 미생물 생태계를 균형 상태로 정의하였다. 따라서, 장내 미생물의 불균형군이라 함은 장내 불균형을 일으키는 메타 데이터와 연관되어 있는 장내 미생물 군집을 보유한 샘플군으로 정의하고, 균형군이라 함은 장내 불균형의 완화하는 메타 데이터와 연관되어 있는 장내 미생물 군집을 보유한 샘플군으로 정의한다. 장내 미생물 불균형 및 균형과 관련된 인자는 표 2의 설문지로 수집한 메타 데이터와 상기 Chong의 2018년 연구에서 언급한 항목을 참고하여 선정하였다. 신생아의 장내 미생물에 영향을 미치는 요인은 영유아의 나이, 항생제 복용 여부, 출산 형태, 수유 방법, 설사 유무 등이다. 표 15에 선정한 항목 및 답변에 따른 분류를 나타내었다.
장내 미생물 불균형 관련 인자 각각을 군집 좌표와 (permutational) MANOVA를 수행하여 P-value와 R2를 계산하였다. P-value가 낮고 R2가 높을수록 해당 인자와 군집 좌표의 상관관계가 높다고 볼 수 있다. 또한 각 장내 미생물 불균형 관련 인자들의 좌표 중심점을 계산하여 해당 인자와 양의 상관관계를 갖는 샘플들의 위치를 예측하였다. 위 분석들은 통계분석 프로그램 R의 vegan 패키지를 이용하여 계산하였다. 발달단계 1에 대한 P-value 및 R2값을 표 16에, 발달단계 1에 대한 메타 데이터의 방향성에 대한 계산 결과를 표 17에 나타내었으며, 발달단계 2에 대한 P-value 및 R2값은 표 18에, 발달단계 2에 대한 메타 데이터의 방향성에 대한 계산 결과는 표 19에 나타내었다.
하기 표 17 및 표 19에서, coord1 및 coord2는 각각의 그룹에 유의적으로 관련이 있는 장내 불균형 관련 인자의 좌표 상 화살표(correlation arrows)의 위치이다. coord1은 가로축의 좌표값을, coord2는 세로축의 좌표값을 의미한다. 좌표 상 화살표는 각 그룹과 연관된 정도에 따라 해당 방향과 길이로 나타난다.
메타 데이터 종류 | R2 | P-value |
lactation_bf | 0.040322 | 0.0599 |
age_month | 0.070071 | 0.0918 |
birth_mode_natural | 0.018764 | 0.2866 |
Antibiotics | 0.007639 | 0.6059 |
Diarrhea | 0.0049 | 0.7248 |
메타 데이터 종류 | coord1 | coord2 |
age_month | 0.017031 | -0.26416 |
antibioticsFALSE | 0.001282 | 0.009315 |
antibioticsTRUE | -0.004248 | -0.030855 |
diarrheaFALSE | -0.002856 | -0.000619 |
diarrheaTRUE | 0.062828 | 0.013628 |
birth_mode_naturalFALSE | 0.020454 | 0.030504 |
birth_mode_naturalTRUE | -0.010909 | -0.016269 |
lactation_bfFALSE | 0.031211 | -0.016939 |
lactation_bfTRUE | -0.038259 | 0.020764 |
메타 데이터 종류 | R2 | P-value |
antibiotics | 0.075639 | 0.0211 |
age_month | 0.118405 | 0.0482 |
birth_mode_natural | 0.058039 | 0.0489 |
diarrhea | 0.017417 | 0.4513 |
메타 데이터 종류 | coord1 | coord2 |
age_month | -0.097983 | 0.329856 |
antibioticsFALSE | -0.03849 | -0.022217 |
antibioticsTRUE | 0.070565 | 0.040732 |
diarrheaFALSE | -0.005357 | 0.00231 |
diarrheaTRUE | 0.131238 | -0.056605 |
birth_mode_naturalFALSE | 0.056386 | 0.028105 |
birth_mode_naturalTRUE | -0.03947 | -0.019673 |
도 7a 및 도 7b은 DMM 클러스터링 결과로 그룹화된 각 발달단계에 따라 장내 미생물 불균형 관련 인자의 좌표 상 화살표를 나타낸 그래프이다. 선정된 메타 데이터의 장내 미생물 불균형 관련 인자 중에서, 생후 개월수(age_month)는 표 16 및 표 18에서 R2값이 각각 0.070071과 0.118405로 다른 불균형 관련 인자에 비해 가장 높은 상관 관계를 보였다. 표 17과 표 19의 좌표값을 통해 도 7에서 나타난 바를 보더라도, 생후 개월수가 다른 인자들에 비해 가장 구별되어 있음을 알 수 있다. 이는 생후 개월수가 발달 단계에 가장 큰 영향을 미치는 요인이되, 발달 단계 내의 두 그룹을 나누는 기준이 아니라는 것을 의미한다. 즉, 월령은 장내 미생물 불균형에는 유의미한 영향을 미치지 않았다.
도 7a 및 도 7b를 보면, 상기 실시예 3-2에 따라 구분된 발달단계 1(도 7a )과 발달단계 2(도 7b의 두 그룹은 각각 설사 유무, 항생제 복용 여부, 출산 방식, 모유 수유 여부의 좌표값과 연관되어 있는 것을 알 수 있다. 도 7a에 따르면, 실시예 3-2에 따라 나뉜 발달단계 1에서 모유 수유(lactation_bfTRUE), 자연 분만(birth_mode_naturalTRUE)의 좌표값이 항생제 복용(antibioticsTRUE), 설사(diarrheaTRUE) 좌표값에 비해 1그룹의 중심점을 향하고 있고, 2그룹의 중심점은 설사(diarrheaTRUE) 좌표값과 강한 연관을 보인다. 도 7의 B 패널에 따르면 자연 분만(birth_mode_naturalTRUE)의 좌표값이 항생제 복용(antibioticsTRUE), 설사(diarrheaTRUE) 좌표값에 비해 1그룹의 중심점을 향하고 있고, 2그룹의 중심점은 항생제 복용(antibioticsTRUE) 및 설사(diarrheaTRUE) 좌표값과 강한 연관성을 보인다.
따라서, 발달단계 1과 발달단계 2에서 DMM 클러스터링에 의해 각각 그룹화된 두 그룹은 장내 미생물 분석 데이터뿐만 아니라, 장내 미생물 불균형 메타 데이터와 관련성이 강한 그룹이다. 특히, 장내 미생물 불균형을 일으키는 것으로 알려진 설사, 제왕절개, 항생제 복용, 분유 수유와 관련된 그룹은 장내 미생물 불균형과 관련된 그룹으로 규정할 수 있다. 또한, 동일한 발달 단계 내에서, 장내 미생물 불균형 관련 그룹과 구별되는 샘플군은 모유 수유, 자연 분만과 관련되어 있으므로 장내 균형과 관련된 그룹으로 규정할 수 있다. 장내 미생물 불균형 및 장내 균형과 강한 연관을 보이는 메타 데이터 인자를 표 20에 나타내었다.
발달 단계 | 균형여부 | 관련 메타 데이터 인자 | coord1 | coord2 |
발달단계 1 | 균형 그룹 | birth_mode_naturalTRUE | -0.010909 | -0.016269 |
lactation_bfTRUE | -0.038259 | 0.020764 | ||
불균형 그룹 | diarrheaTRUE | 0.062828 | 0.013628 | |
antibioticsTRUE | -0.004248 | -0.030855 | ||
발달단계 2 | 균형 그룹 | birth_mode_naturalTRUE | -0.03947 | -0.019673 |
불균형 그룹 | diarrheaTRUE | 0.131238 | -0.056605 | |
antibioticsTRUE | 0.070565 | 0.040732 |
5-3. 발달 단계 별 기계 학습 모델의 적용
상기 실시예 3-2에 따라, 상기 규정한 발달 단계 별 장내 미생물 불균형 및 균형 그룹의 장내 미생물 분석 데이터를 기계 학습에 적용하였다. 모델의 하이퍼파라미터에 해당하는 정규화 파라미터 즉, 본 발명에 따른 최적화된 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델은 상기 수학식 1의 λ값 중 가장 좋은 예측 결과를 보이는 값을 통해 선택한다. 발달단계 1에서 불균형 여부를 판별하는 최적화 예측 결과값은 0.05, 발달단계 2의 최적화 예측 결과값은 100으로 확정하였다.
5-4. 장내 미생물 불균형 예측 모델을 이용한 바이오마커의 특징적 선택(1차)
1차 특징적 선택으로 나타난 장내 균형군과 관련된 바이오마커는 종 수준(Species level)에서 31개, 속 수준(Genus level)에서 26개 분류군으로 나타났다. 반면, 불균형군과 관련된 바이오마커는 종 수준(Species level)에서 26개, 속 수준(Genus level)에서 24개 분류군이다. 표 21 내지 표 28에는 균형군과 관련된 종 수준 바이오마커 및 균형군과 관련된 속 수준 바이오마커, 불균형군과 관련된 종 수준 바이오마커, 불균형군과 관련된 속 수준 바이오마커의 종류를 발달 단계 별로 각각 표시하였다.
하기 표 21 내지 28에서, 상기 실시예 3-4와 마찬가지로, coefficient 는 수학식 4의 β를 계산하여 얻고, 음수값일 경우 균형군에 특이적인 미생물임을 의미하며, 양수값일 경우 불균형군에 특이적인 미생물임을 의미한다. robustness 는 100번 반복 수행한 부트스트랩 결과를 통해 해당 미생물이 해당 결과로 나타난 경우를 계산하여 얻고, 1에 가까울수록 반복적으로 해당 그룹에 특이적인 결과임을 의미한다. 또한, 균형군 비율과 불균형 비율은 각각 동정된 전체 미생물의 총 reads 수에 대비하여 해당 미생물이 차지하는 reads 수를 통해 비율을 계산하여 얻고, 군집 규모(population)를 의미한다.
시료번호(species level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Bifidobacterium longum | -0.070612 | 0.933333 | 51.243026 | 21.23793 |
Lactobacillus gasseri | -0.031707 | 0.616667 | 1.055237 | 0.22722 |
Streptococcus peroris | -0.023587 | 0.4 | 0.814519 | 0.221563 |
Bifidobacterium bifidum | -0.011173 | 0.3 | 1.745036 | 0.563617 |
Enterococcus faecalis | -0.011012 | 0.3 | 3.588835 | 1.564981 |
Streptococcus pneumonia | -0.007745 | 0.166667 | 0.203145 | 0.075435 |
Bifidobacterium breve | -0.005682 | 0.216667 | 8.686701 | 7.201174 |
Rothia mucilaginosa | -0.001013 | 0.033333 | 0.397782 | 0.075418 |
Streptococcus salivarius | -0.000717 | 0.016667 | 4.78868 | 2.924272 |
Anaerostipes hadrus | -0.00063 | 0.033333 | 0.266833 | 0.03419 |
Enterococcus faecium | -0.000245 | 0.033333 | 6.333801 | 4.757783 |
Eggerthella lenta | -0.000058 | 0.016667 | 0.189416 | 0.074407 |
시료번호(genus level) (균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Bifidobacterium | -0.168201 | 1 | 62.580789 | 33.045218 |
Enterococcus | -0.001554 | 0.083333 | 10.041681 | 6.371829 |
Akkermansia | -0.000945 | 0.016667 | 0.212773 | 1.174082 |
Rothia | -0.000901 | 0.05 | 0.407708 | 0.084993 |
Eggerthella | -0.000268 | 0.016667 | 0.202414 | 0.076959 |
Lactobacillus | -0.000171 | 0.016667 | 2.804877 | 2.013835 |
Ruminococcus_g5 (Family Ruminococcaceae) | -0.000124 | 0.016667 | 0.727894 | 3.103867 |
Anaerostipes | -0.000071 | 0.016667 | 0.30337 | 0.157415 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | 0.000031 | 0.016667 | 0.149975 | 1.899234 |
Flavonifractor plautii | 0.000576 | 0.033333 | 0.005163 | 0.229055 |
Streptococcus gallolyticus | 0.001891 | 0.1 | 0.243751 | 1.754617 |
Clostridium neonatale | 0.002055 | 0.116667 | 0.010955 | 1.006057 |
Clostridioides difficile | 0.010121 | 0.25 | 0.091256 | 0.578815 |
Veillonella ratti | 0.017467 | 0.333333 | 0.561349 | 2.445463 |
Escherichia coli | 0.018013 | 0.316667 | 4.687128 | 9.505538 |
Clostridium paraputrificum | 0.021838 | 0.333333 | 0.042032 | 0.510855 |
Bacteroides vulgatus | 0.036621 | 0.6 | 0.140871 | 5.123635 |
Veillonella atypica | 0.063393 | 0.716667 | 0.043712 | 1.088948 |
Veillonella dispar | 0.171471 | 1 | 0.529256 | 4.334027 |
시료번호(genus level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Pseudoflavonifractor | 0.00372 | 0.116667 | 0.009344 | 0.250999 |
Clostridioides | 0.007392 | 0.183333 | 0.116913 | 0.580252 |
Escherichia | 0.016107 | 0.35 | 4.706873 | 9.535802 |
Clostridium_g24 (Family Lachnospiraceae) | 0.016223 | 0.333333 | 0.052884 | 0.366841 |
Clostridium | 0.027992 | 0.566667 | 0.441519 | 3.809211 |
Bacteroides | 0.039796 | 0.65 | 2.059269 | 8.545303 |
Veillonella | 0.365429 | 1 | 1.498936 | 9.707073 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Fusicatenibacter saccharivorans | -0.113431 | 0.716667 | 2.451463 | 0.770204 |
Faecalibacterium prausnitzii | -0.067313 | 0.7 | 11.303225 | 4.18633 |
Blautia faecis | -0.052685 | 0.433333 | 0.815303 | 0.01675 |
Bifidobacterium catenulatum | -0.045657 | 0.483333 | 5.608016 | 2.749555 |
Anaerostipes hadrus | -0.031165 | 0.3 | 4.493286 | 1.038971 |
Gemmiger formicilis | -0.029734 | 0.45 | 1.934029 | 0.552129 |
Eubacterium eligens | -0.016785 | 0.166667 | 0.841646 | 0.085065 |
Blautia wexlerae | -0.010245 | 0.083333 | 5.646432 | 2.316964 |
Ruminococcus bromii | -0.006754 | 0.083333 | 0.950139 | 0.068682 |
Eubacterium hallii | -0.006486 | 0.1 | 1.470321 | 0.388819 |
Roseburia inulinivorans | -0.004387 | 0.15 | 1.023162 | 0.008023 |
Bifidobacterium bifidum | -0.002405 | 0.033333 | 0.722383 | 0.172211 |
LT907848_s (Genus Anaerobutyricum) | -0.00205 | 0.033333 | 1.010872 | 0.061536 |
Bacteroides fragilis | -0.001945 | 0.116667 | 4.954876 | 5.440352 |
Roseburia cecicola | -0.000708 | 0.016667 | 0.637494 | 0.072541 |
Clostridium celatum | -0.000548 | 0.016667 | 1.47384 | 0.790128 |
PAC001046_s (Family Lachnospiraceae) | -0.00027 | 0.033333 | 0.681424 | 0.000712 |
Lactobacillus rogosae | -0.000069 | 0.016667 | 0.634118 | 0.040713 |
Bacteroides uniformis | -0.00002 | 0.016667 | 2.133196 | 0.316344 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Ruminococcus_g2 (Family Ruminococcaceae) | -0.466909 | 0.916667 | 1.860715 | 0.070953 |
Lachnospira | -0.384064 | 0.833333 | 1.875378 | 0.12984 |
Bacteroides | -0.22437 | 0.766667 | 17.524886 | 14.548922 |
Faecalibacterium | -0.165892 | 0.466667 | 11.503136 | 4.195657 |
Eubacterium_g5 (Family Lachnospiraceae) | -0.116977 | 0.366667 | 2.608563 | 0.480289 |
Fusicatenibacter | -0.070078 | 0.483333 | 2.514382 | 0.791564 |
Roseburia | -0.038164 | 0.283333 | 2.255163 | 0.32842 |
Subdoligranulum | -0.02894 | 0.183333 | 2.476985 | 0.559366 |
Blautia | -0.016366 | 0.233333 | 8.472013 | 3.055045 |
CCMM_g (Family Erysipelotrichaceae) | -0.013717 | 0.166667 | 0.811336 | 0.139387 |
Agathobacter | -0.013303 | 0.116667 | 0.649122 | 0.123431 |
Akkermansia | -0.009818 | 0.116667 | 1.838978 | 2.882973 |
Anaerostipes | -0.008317 | 0.083333 | 4.771253 | 1.473928 |
Parasutterella | -0.008229 | 0.066667 | 0.270422 | 0.176537 |
Romboutsia | -0.005091 | 0.066667 | 0.927612 | 0.867899 |
PAC001046_g (Family Lachnospiraceae) | -0.004184 | 0.033333 | 0.694255 | 0.000712 |
Eubacterium_g23 (Family Ruminococcaceae) | -0.001176 | 0.016667 | 0.422063 | 0.00009 |
Alistipes | -0.001155 | 0.016667 | 0.398863 | 1.24756 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Streptococcus salivarius | 0.000255 | 0.016667 | 2.374956 | 4.833057 |
Bacteroides dorei | 0.000329 | 0.016667 | 1.610086 | 2.637872 |
PAC001148_s (Family Lachnospiraceae) | 0.000436 | 0.016667 | 0.278625 | 0.597653 |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | 0.000743 | 0.05 | 0.032624 | 2.392581 |
Haemophilus parainfluenzae | 0.001315 | 0.033333 | 0.128404 | 0.246825 |
Lactobacillus paracasei | 0.001989 | 0.016667 | 0.108647 | 0.150154 |
Bifidobacterium longum | 0.002892 | 0.066667 | 3.680349 | 10.12144 |
Bacteroides ovatus | 0.002929 | 0.066667 | 1.300072 | 2.472146 |
Lactobacillus fermentum | 0.003348 | 0.1 | 0.187065 | 0.884733 |
Clostridioides difficile | 0.004256 | 0.066667 | 0.019651 | 0.344302 |
Veillonella ratti | 0.007767 | 0.15 | 0.663291 | 3.604658 |
Enterococcus faecium | 0.056388 | 0.633333 | 1.198365 | 2.516732 |
Veillonella dispar | 0.060976 | 0.65 | 0.153714 | 2.407966 |
Escherichia coli | 0.080391 | 0.8 | 0.409679 | 6.41716 |
Bifidobacterium breve | 0.090213 | 0.666667 | 0.358843 | 6.825921 |
시료번호(species level)
(균종명) |
coefficients | robustness | 균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Clostridium_g35 (Family Lachnospiraceae) | 0.000291 | 0.016667 | 0.110759 | 0.221132 |
Clostridium | 0.000469 | 0.083333 | 1.860338 | 1.850075 |
Intestinibacter | 0.000528 | 0.016667 | 0.841446 | 1.174962 |
Bifidobacterium | 0.000938 | 0.016667 | 12.867602 | 20.307788 |
Sutterella | 0.001188 | 0.016667 | 0.211909 | 0.104892 |
Hungatella | 0.001625 | 0.016667 | 0.076689 | 0.191014 |
Prevotella | 0.005983 | 0.083333 | 1.247341 | 1.583361 |
Streptococcus | 0.007556 | 0.116667 | 2.765987 | 5.420648 |
Citrobacter | 0.014446 | 0.116667 | 0.130479 | 0.376519 |
Klebsiella | 0.024247 | 0.166667 | 0.032624 | 2.397416 |
Clostridioides | 0.034329 | 0.2 | 0.01975 | 0.344425 |
Enterococcus | 0.079289 | 0.5 | 1.223035 | 2.543823 |
PAC001138_g (Family Lachnospiraceae) | 0.105919 | 0.416667 | 0.352784 | 0.194167 |
Haemophilus | 0.157628 | 0.566667 | 0.137701 | 0.249095 |
Lactobacillus | 0.193791 | 0.616667 | 0.864182 | 1.122363 |
Veillonella | 0.297158 | 0.933333 | 0.895922 | 7.832423 |
Escherichia | 0.616597 | 0.933333 | 0.41046 | 6.437183 |
5-5. 장내 미생물 불균형 예측 모델을 이용한 미생물의 특징적 선택(최종)
실시예 3-4에 상기한 바와 같이, 기계 학습 적용 결과를 장내 미생물 균형군 혹은 불균형군 선별 기준에 따라 보정하여, 최종 미생물 바이오마커를 선정하였다. 발달 단계 별로 불균형군에서 미생물 분류군의 군집 규모가 더 높은 비율로 나타난 Akkermansia, Bacteroides fragilis 등의 총 5개 분류군을 균형군 특이적 바이오마커에서 제외하였다. 불균형 특이적 바이오마커에서는 균형군에서 더 높은 비율로 나타난 Clostridium, Sutterella 등의 총 3개 분류군을 제외하였다.
상기 제외된 미생물 분류군를 고려하여, 균형군 특이적 바이오마커를 발달 단계 별로 하기 표 29 내지 32에 나타내었다. 균형군 특이적 바이오마커는 발달단계 1에서 Species level 12개 분류군, Genus level 6개 분류군으로 이루어져 있고, 발달단계 2에서 Species level 18개 분류군, Genus level 16개 분류군으로 이루어져 있다.
2차 특징 선택으로 보정을 마친 불균형군 특이적 바이오마커는 표 33 내지 표 36에 나타내었다. 불균형군 특이적 바이오마커는 발달단계 1에서 Species level 11개 분류군, Genus level 7개 분류군으로 이루어져 있고, 발달단계 2에서 Species level 15개 분류군, Genus level 14개 분류군으로 이루어져 있다.
상기 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커로서, 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커는 표 29 및 표 30과 도 10의 계통도에 나타내고, 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 33 및 표 34과 도 11의 계통도에 나타낸다. 또한 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커는 표 31 및 표 32 도 12의 계통도에 나타내고, 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커는 표 35 및 표 36과 도 13의 계통도에 나타낸다. 하기 표 30, 표 32, 표 34 및 표 36에서 기재된 속 (Genus) 수준 바이오마커라 함은 미생물 바이오마커의 종(speies)가 구분되나, 구체적으로 동정이 종 수준까지 수행되지 않아 동정 결과를 속 수준까지 기재한 species로서, 실질적으로 species 수준에서 구별되는 미생물 바이오마커임을 의미한다.
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Bifidobacterium longum | 1 | 81 | 51.243026 | 21.23793 |
Lactobacillus gasseri | 2 | 82 | 1.055237 | 0.22722 |
Streptococcus peroris | 3 | 83 | 0.814519 | 0.221563 |
Bifidobacterium bifidum | 4 | 84 | 1.745036 | 0.563617 |
Enterococcus faecalis | 5 | 85 | 3.588835 | 1.564981 |
Streptococcus pneumoniae | 6 | 86 | 0.203145 | 0.075435 |
Bifidobacterium breve | 7 | 87 | 8.686701 | 7.201174 |
Rothia mucilaginosa | 8 | 88 | 0.397782 | 0.075418 |
Streptococcus salivarius | 9 | 89 | 4.78868 | 2.924272 |
Anaerostipes hadrus | 10 | 90 | 0.266833 | 0.03419 |
Enterococcus faecium | 11 | 91 | 6.333801 | 4.757783 |
Eggerthella lenta | 12 | 92 | 0.189416 | 0.074407 |
시료번호(genus level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Bifidobacterium | 13 | 93 | 62.580789 | 33.045218 |
Enterococcus | 14 | 94 | 10.041681 | 6.371829 |
Rothia | 15 | 95 | 0.407708 | 0.084993 |
Eggerthella | 16 | 96 | 0.202414 | 0.076959 |
Lactobacillus | 17 | 97 | 2.804877 | 2.013835 |
Anaerostipes | 18 | 98 | 0.30337 | 0.157415 |
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Fusicatenibacter saccharivorans | 19 | 99 | 2.451463 | 0.770204 |
Faecalibacterium prausnitzii | 20 | 100 | 11.303225 | 4.18633 |
Blautia faecis | 21 | 101 | 0.815303 | 0.01675 |
Bifidobacterium catenulatum | 22 | 102 | 5.608016 | 2.749555 |
Anaerostipes hadrus | 10 | 90 | 4.493286 | 1.038971 |
Gemmiger formicilis | 23 | 103 | 1.934029 | 0.552129 |
Eubacterium eligens | 24 | 104 | 0.841646 | 0.085065 |
Blautia wexlerae | 25 | 105 | 5.646432 | 2.316964 |
Ruminococcus bromii | 26 | 106 | 0.950139 | 0.068682 |
Eubacterium hallii | 27 | 107 | 1.470321 | 0.388819 |
Roseburia inulinivorans | 28 | 108 | 1.023162 | 0.008023 |
Bifidobacterium bifidum | 4 | 84 | 0.722383 | 0.172211 |
LT907848_s (Genus Anaerobutyricum) | 29 | 109 | 1.010872 | 0.061536 |
Roseburia cecicola | 30 | 110 | 0.637494 | 0.072541 |
Clostridium celatum | 31 | 111 | 1.47384 | 0.790128 |
PAC001046_s (Family Lachnospiraceae) | 32 | 112 | 0.681424 | 0.000712 |
Lactobacillus rogosae | 33 | 113 | 0.634118 | 0.040713 |
Bacteroides uniformis | 34 | 114 | 2.133196 | 0.316344 |
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Ruminococcus_g2 (Family Ruminococcaceae) | 35 | 115 | 1.860715 | 0.070953 |
Lachnospira | 36 | 116 | 1.875378 | 0.12984 |
Bacteroides | 37 | 117 | 17.524886 | 14.548922 |
Faecalibacterium | 38 | 118 | 11.503136 | 4.195657 |
Eubacterium_g5 (Family Lachnospiraceae) | 39 | 119 | 2.608563 | 0.480289 |
Fusicatenibacter | 40 | 120 | 2.514382 | 0.791564 |
Roseburia | 41 | 121 | 2.255163 | 0.32842 |
Subdoligranulum | 42 | 122 | 2.476985 | 0.559366 |
Blautia | 43 | 123 | 8.472013 | 3.055045 |
CCMM_g (Family Erysipelotrichaceae) | 44 | 124 | 0.811336 | 0.139387 |
Agathobacter | 45 | 125 | 0.649122 | 0.123431 |
Anaerostipes | 18 | 98 | 4.771253 | 1.473928 |
Parasutterella | 46 | 126 | 0.270422 | 0.176537 |
Romboutsia | 47 | 127 | 0.927612 | 0.867899 |
PAC001046_g (Family Lachnospiraceae) | 48 | 128 | 0.694255 | 0.000712 |
Eubacterium_g23 (Family Ruminococcaceae) | 49 | 129 | 0.422063 | 0.00009 |
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | 50 | 130 | 0.149975 | 1.899234 |
Flavonifractor plautii | 51 | 131 | 0.005163 | 0.229055 |
Streptococcus gallolyticus | 52 | 132 | 0.243751 | 1.754617 |
Clostridium neonatale | 53 | 133 | 0.010955 | 1.006057 |
Clostridioides difficile | 54 | 134 | 0.091256 | 0.578815 |
Veillonella ratti | 55 | 135 | 0.561349 | 2.445463 |
Escherichia coli | 56 | 136 | 4.687128 | 9.505538 |
Clostridium paraputrificum | 57 | 137 | 0.042032 | 0.510855 |
Bacteroides vulgatus | 58 | 138 | 0.140871 | 5.123635 |
Veillonella atypica | 59 | 139 | 0.043712 | 1.088948 |
Veillonella dispar | 60 | 140 | 0.529256 | 4.334027 |
시료번호(genus level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Pseudoflavonifractor | 61 | 141 | 0.009344 | 0.250999 |
Clostridioides | 62 | 142 | 0.116913 | 0.580252 |
Escherichia | 63 | 143 | 4.706873 | 9.535802 |
Clostridium_g24 (Family Lachnospiraceae) | 64 | 144 | 0.052884 | 0.366841 |
Clostridium | 65 | 145 | 0.441519 | 3.809211 |
Bacteroides | 37 | 117 | 2.059269 | 8.545303 |
Veillonella | 66 | 146 | 1.498936 | 9.707073 |
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Streptococcus salivarius | 9 | 89 | 2.374956 | 4.833057 |
Bacteroides dorei | 67 | 147 | 1.610086 | 2.637872 |
PAC001148_s (Family Lachnospiraceae) | 68 | 148 | 0.278625 | 0.597653 |
FWNZ_s (Genus Klebsiella) | 50 | 130 | 0.032624 | 2.392581 |
Haemophilus parainfluenzae | 69 | 149 | 0.128404 | 0.246825 |
Lactobacillus paracasei | 70 | 150 | 0.108647 | 0.150154 |
Bifidobacterium longum | 1 | 81 | 3.680349 | 10.12144 |
Bacteroides ovatus | 71 | 151 | 1.300072 | 2.472146 |
Lactobacillus fermentum | 72 | 152 | 0.187065 | 0.884733 |
Clostridioides difficile | 54 | 134 | 0.019651 | 0.344302 |
Veillonella ratti | 55 | 135 | 0.663291 | 3.604658 |
Enterococcus faecium | 11 | 91 | 1.198365 | 2.516732 |
Veillonella dispar | 60 | 140 | 0.153714 | 2.407966 |
Escherichia coli | 56 | 136 | 0.409679 | 6.41716 |
Bifidobacterium breve | 7 | 87 | 0.358843 | 6.825921 |
시료번호(species level)
(균종명) |
16S rRNA
서열번호 |
16S rRNA 단편의
서열번호 |
균형군 비율(%) | 불균형군 비율(%) |
Clostridium_g35 (Family Lachnospiraceae) | 73 | 153 | 0.110759 | 0.221132 |
Intestinibacter | 74 | 154 | 0.841446 | 1.174962 |
Bifidobacterium | 13 | 93 | 12.867602 | 20.307788 |
Hungatella | 75 | 155 | 0.076689 | 0.191014 |
Prevotella | 76 | 156 | 1.247341 | 1.583361 |
Streptococcus | 77 | 157 | 2.765987 | 5.420648 |
Citrobacter | 78 | 158 | 0.130479 | 0.376519 |
Klebsiella | 79 | 159 | 0.032624 | 2.397416 |
Clostridioides | 62 | 142 | 0.01975 | 0.344425 |
Enterococcus | 14 | 94 | 1.223035 | 2.543823 |
Haemophilus | 80 | 160 | 0.137701 | 0.249095 |
Lactobacillus | 17 | 97 | 0.864182 | 1.122363 |
Veillonella | 66 | 146 | 0.895922 | 7.832423 |
Escherichia | 63 | 143 | 0.41046 | 6.437183 |
실시예 6: 영유아 장내 미생물 불균형 예측
6-1. 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델의 검증
실시예 3-5의 방법을 이용하여, 영유아 장내 미생물 불균형 여부를 학습한 기계 학습 모델이 실제로 영유아 장내 미생물 불균형 여부를 정확하게 구별하는지 살펴보았다. 예측 모델을 이용하여 Test set에 대한 장내 미생물 불균형 여부를 판정한 결과의 ROC 곡선 (receiver operating characteristic curve) 및 AUC (area under curve) 그래프를 도 8a 및 도 8b에 나타내었다. ROC 곡선이 활 모양으로 크게 굽어져 있고, AUC는 발달단계 1에서 0.88, 발달단계 2에서 0.92로 1에 가까운 값을 보이므로 상기 실시예 5-3에서 적용한 영유아 장내 미생물 불균형 예측 결과가 유의미함을 알 수 있다.
6-2: 영유아 장내 미생물 불균형의 판별 지수
실시예 3-6에서 상기한 바와 같이 정확한 임상적 해석을 부여하기 위해, 해당 바이오마커의 Coefficient와 내적곱을 하여 계산한 0과 1사이의 확률값을 학습에 사용한 장내 미생물 불균형군과 장내 균형군의 비율로 나눠 리스케일하였다. 상기 수학식 7에서, 는 영유아 장내 미생물 불균형 판별을 위한 시험 대상의 예측 점수이고, P 0 는 예측 모델 구축에 사용된 training set에 존재하는 장내 미생물 불균형 샘플의 비율이며, Ncase 는 training set 내 장내 미생물 불균형 샘플의 수이고, Ntrain 는 training set의 전체 샘플 수이다. 이렇게 계산된 지수는 영유아 장내 미생물 불균형 지수로 명명하였다.
미지 시료에 대하여 장내 미생물 불균형 상태를 구분하는 지표로 상기 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 사용할 수 있는지 검증하기 위해, 상기의 영유아 장내 미생물 불균형 지수를 통해 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 정확도(Accuracy) 값을 확인해보았다.
구체적으로, 발달단계 1에서 0.3 ~ 1.67, 발달단계 2에서 0 ~ 2.68에 분포하는 민감도, 특이도, 정확도 값을 20등분하여 영유아 장내 미생물 불균형 지수의 기준(cut off)을 정하였다. 민감도(Sensitivity), 특이도(Specificity), 정확도(Accuracy)는 하기 수학식 8 내지 10과 같이 계산한다. 상기 수학식 8 내지 10에서, TP는 장내 미생물 불균형 시료에서 영유아 장내 미생물 불균형 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고, TN은 장내 미생물 불균형 시료에서 영유아 장내 미생물 불균형 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이고, FP는 장내 균형 시료에서 영유아 장내 미생물 불균형 지수()가 cut-off보다 큰 경우의 수이고, FN은 장내 균형 시료에서 영유아 장내 미생물 불균형 지수()가 cut-off보다 작은 경우의 수이다. 이러한 계산 결과를 도 9a 및 도 9b에 나타내었다.
발달단계 1에서 정확도가 80%로 계산된 가장 높은 지수 1.17를 기준으로 장내 미생물 불균형 상태를 판별할 경우, 영유아 장내 균형을 정확하게 맞추는 특이도는 83%, 영유아 장내 미생물 불균형을 정확하게 판단하는 민감도는 76%이다. 해당 정확도 그래프를 도 9a에 나타내었다.
발달단계 2에서 정확도가 82%로 계산된 가장 높은 지수 1.7을 기준으로 장내 미생물 불균형 상태를 구분할 경우, 영유아 장내 균형을 정확하게 맞추는 특이도는 88%, 영유아 장내 미생물 불균형을 정확하게 판단하는 민감도는 74%이다. 해당 정확도 그래프를 도 9b에 나타내었다.
발달단계 1에서 1.17, 발달단계 2에서 1.7을 기준으로 장내 미생물 불균형 여부를 판별할 때, 각 지수에서 나타나는 특이도는 각각 83% 및 88%로 장내 미생물 균형 여부를 정확하게 구별할 수 있으므로 임상학적으로 더 높은 판별능을 보이는 것을 알 수 있다.
따라서, 발달단계 1에 해당하는 검사 대상 샘플의 영유아 장내 미생물 불균형 지수가 1.17 이상인 경우, 영유아 장내 미생물 불균형으로 판별할 수 있으며, 1.17 미만으로 계산되는 경우, 영유아 장내 균형으로 판별할 수 있다. 발달단계 2에 해당하는 검사 대상 샘플의 영유아 장내 미생물 불균형 지수가 1.7 이상인 경우, 영유아 장내 미생물 불균형으로 판별할 수 있으며, 1.7 미만으로 계산되는 경우, 영유아 장내 미생물 균형으로 판별할 수 있다.
6-3. 영유아 장내 미생물 불균형의 판정
영유아의 발달단계별 장내 미생물 불균형 여부는 영유아 장내 미생물 불균형에 특이적인 바이오마커를 분석함으로써 판별할 수 있다. 영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커는 영유아 발달 단계에 따라 변화하므로, 영유아 장내 미생물 불균형에 대한 판별시 먼저 영유아 발달 단계의 확정이 필요하다.
구체적으로, 실시예 2의 방법을 이용하여 장내 미생물을 분석하며, 실시예 4의 방법으로 영유아 발달 단계를 규정한 후, 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델에 적용함으로써 영유아 장내 미생물 불균형 판별 지수를 얻는다. 발달 단계 별 장내 미생물 불균형 판별 지수 기준에 따라, 최종적으로 영유아 장내 미생물의 불균형도를 판별할 수 있다.
자세하게는, 영유아의 각 발달 단계별 균형군 또는 불균형군 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)와 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 불균형 판결 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 불균형 판결 지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 균형군로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 불균형군으로 선정한다. 영유아 장내 미생물 불균형도을 판별하는 예시적인 기준을 하기 표 37에 나타내었다.
발달 단계 구분 | 영유아 장내 미생물 불균형 예측 모델 | 장내 미생물 불균형 여부 |
발달단계 1 | 장내 미생물 불균형 판별 지수 1.17 미만 | 장내 미생물 균형 |
장내 미생물 불균형 판별 지수 1.17 이상 | 장내 미생물 불균형 | |
발달단계 2 | 장내 미생물 불균형 판별 지수 1.7 미만 | 장내 미생물 균형 |
장내 미생물 불균형 판별 지수 1.7 이상 | 장내 미생물 불균형 |
상대적으로 안정된 장내 미생물 생태계가 이루어져 있는 성인의 경우, 건강군과 질병군에 대한 장내 미생물 군집 분포의 차이가 뚜렷하게 나타난다. 성인 기준으로, 장내 미생물 불균형(dysbiosis)은 항생제, 가공 식품 등의 요인으로 인해 장내 미생물 군집의 다양성이 낮아지고 균형이 망가진 상태를 의미한다. 최근, 과민성 대장 증후군(IBS), 비만, 당뇨 등 현대 질병의 요인으로 장내 미생물 불균형이 지목되고 있다.
영유아 장내 미생물 생태계의 경우, 무균 상태인 신생아의 장에 미생물이 정착을 하게 되며, 이러한 과정으로 인해 성인에 비해 종 다양성이 낮은 수치로 분석되는 등 다소 불안정해보일 수 있는 상태가 나타난다. 따라서, 영유아의 장내 미생물 불균형을 규정하기 위해서는 보편적으로 장내 미생물 불균형의 판단 기준이 되는 종 다양성을 배제하고, 동일한 발달 시기에 해당하는 모집군의 메타 데이터에 대한 특징 조사가 필요하다.
상기 언급한 바와 같이, 영유아 장내 미생물 불균형의 규정에는 장내 미생물 분석 데이터에 어떤 종류의 메타 데이터가 가장 큰 영향을 미치는지를 알아보는 것이 중요하다. 따라서 본 발명자들은 영유아 장내 미생물 불균형과 연관되어 있는 메타 데이터인 분만 형태, 수유 형태, 항생제 복용 여부 및 설사 여부 등의 항목을 문헌 조사를 통해 선정하여, 발달 단계 별로 그룹화된 장내 미생물 데이터에 어떤 항목이 가장 큰 영향을 미치는지 알아보았다. 이어서, 메타 데이터를 통해 의미가 부여된 각각의 그룹에서 강하게 연관되어 있는 미생물 종을 탐색함으로써 바이오마커를 선별하였다.
6-4. 영유아 장내 미생물 바이오마커와 관계
영유아 장내 미생물 불균형 바이오마커는 영유아 장내 미생물 불균형군과 영유아 장내 균형군에 특이적인 바이오마커의 16S rRNA sequence를 기반으로 neighbor joining 알고리즘을 이용하여 phylogenetic tree를 생성하였으며, 분류학적인 관점(order 수준)에서 subgroup을 구분하였다. 각각의 발달 단계에서 영유아 장내 미생물 불균형군과 영유아 장내 균형군에서 나타나는 바이오마커는 38개 subgroup으로 나눌 수 있다.
도 10 내지 도 13에 발달 단계 별 영유아 장내 미생물 불균형이군 및 영유아 장내 균형군의 종 및 속 수준 바이오마커의 계통수(phylogenic tree)를 표시하였다. 구체적으로, 발달단계, 균형여부 및 종/속 마커를 구분하여 하기 표에 나타낸다.
발달단계 | 균형여부 | 종/속 구분(마커) | 하위그룹 |
발달단계 1 |
균형군 |
특이적 속수준 마커 | 제1그룹 내지 제4그룹 |
특이적 종수준 마커 | 제5그룹 내지 제9그룹 | ||
불균형군 |
특이적 속수준 마커 | 제10그룹 내지 제12그룹 | |
특이적 종수준 마커 | 제13그룹 내지 제17그룹 | ||
발달단계 2 |
균형군 |
특이적 속수준 마커 | 제18그룹 내지 제21그룹 |
특이적 종수준 마커 | 제22그룹 내지 제24그룹 | ||
불균형군 |
특이적 속수준 마커 | 제25그룹 내지 제31그룹 | |
특이적 종수준 마커 | 제32그룹 내지 제38그룹 |
(A) 발달단계 1의 장내 균형군 바이오마커
발달단계 1에서 영유아 장내 균형군의 바이오마커를 나타낸 도 10를 참고하면, 발달단계 1에서 영유아 장내 균형군과 가장 큰 연관성을 보이는 바이오마커는 Bifidobacterium이며, 같은 subgroup 내의 Rothia와 함께 Actinobacteria에 속하는 유산균이다. Subgroup 1의 Lactobacillus, Enterococcus 역시 유산균으로서, 발달단계 1에서 유산균이 수행하는 면역력 강화, 영양소 흡수 등의 긍정적인 영향이 균형 그룹에서 더 잘 나타나는 것을 알 수 있다.
더욱 자세하게는 Lactobacillus 중에서 coefficient 값을 기준으로 가장 균형군에 특이적인 Lactobacillus gasseri(Subgroup 5)는, 대부분의 Lactobacillus와 마찬가지로 담즙산에 살아남을 수 있고, 장내 상피세포에 쉽게 부착하는 유전자를 가지고 있어, 대장에 오래 정착할 수 있다. 또한 성인 대상 연구에서 면역력 강화, 장 불편 완화, 설사 및 변비 완화 등의 효과가 모두 임상연구를 통해 검증된 바 있다. coefficient 값을 기준으로 가장 균형군에 특이적인 Bifidobacterium longum(Subgroup 9)의 경우에는, 산모의 질에서 검출되는 유산균으로, 자연 분만과 연관되어 있으며, 신생아의 면역력에 도움을 준다. 또한 성인 대상 연구에서 크론병(crohn's disease, CD)이나 궤양성 대장염(ulcerative colitis, UC)과 같은 염증성 장 질환(inflammatory bowel disease, IBD)을 완화하는 사례가 많이 보고되고 있다. 이처럼, 발달단계 1에서 장내 균형 그룹에 특이적인 바이오마커는 영유아 장내 미생물 발달에 긍정적인 역할이 두드러진다.
(B) 발달단계 1의 장내 불균형군 바이오마커
발달단계 1에서 영유아 장내 불균형군의 바이오마커를 나타낸 도 11를 참고하면, 발달단계 1에서 영유아 장내 미생물 불균형군에 가장 특이적인 바이오마커는 Phylum Firmicutes에 속하는 Veillonella 속 및 Clostridium 속과 Phylum Bacteroidetes에 속하는 Bacteroides속 이다.
이러한 미생물들은 액상(수유식) 내지 겔상(이유식)의 식이 형태가 아닌 식물성 탄수화물(단순당 및 섬유질) 및 단백질로 이루어지는 고형(유아식 및 일반식) 식이의 대사와 관련이 있으며, 짧은 사슬 지방산을 생성하는 특징이 있다. 성인의 경우, 섬유질에 대한 대사 능력과 짧은 사슬 지방산을 생성하는 기능을 가지는 미생물은 장내 미생물 생태계의 종 다양성을 높이는 유익한 역할을 한다. 하지만, 영유아의 경우, 발달단계 1에서 이러한 미생물이 검출되는 양상이 설사, 제왕 절개 등의 장내 미생물 불균형 인자와 연관되어 있는 것으로 분석되었다. 액상(수유식) 내지 겔상(이유식)의 식이 형태가 주로 이루어지는 영유아 발달단계 1에서 고형(유아식 및 일반식)으로 바뀌는 시기에 나타나는 미생물이 검출되는 것은 장내 미생물 생태계가 예상보다 일찍 발달한 것으로 해석할 수 있으며, 장내 미생물 불균형 인자와 관련된 것으로 미루어 장내 미생물 생태계가 이상적으로 발달하지 않고 있는 상태임을 알 수 있다.
(C) 발달단계 2의 장내 균형군 바이오마커
발달단계 2에서 영유아 장내 균형군의 바이오마커를 나타낸 도 12를 참고하면, 가장 큰 연관성을 보이는 바이오마커는 대다수가 짧은 사슬 지방산 생성균인 경우이다. 속 수준의 16개 바이오마커 중에서 subgroup 18에 해당하는 13개 바이오마커(Subdoligranulum, Faecalibacterium, Eubacterium_g23, Ruminococcus_g2, Romboutsia, Fusicatenibacter, Anaerostipes, Agathobacter, Lachnospira, Roseburia, Eubacterium_g5, Blautia, PAC001046_g)가 phylum Firmicutes에 속하며, Firmicutes에서 대표적인 짧은 사슬 지방산 생성균이 포함되는 order Clostridiales의 하위 미생물 종이다.
짧은 사슬 지방산은 식이섬유를 분해하는 과정에서 생성되는 대사 산물로, 에너지 생산 촉진, 비타민 생성 촉진, 장내 세포 결속 강화 등 인체에 유익한 영향을 주는 물질로 알려져 있다. 액상(수유식) 내지 겔상(이유식)의 식이 형태가 고형(유아식 및 일반식) 식이 형태로 전환됨에 따라, 장내 미생물 생태계가 적합하게 발달하고 있는 모습으로 판단할 수 있다. 특히, 상대적으로 높은 coefficient 및 robustness 값이 나타나는 Faecalibacterium prausnitzii는 대표적인 짧은 사슬 지방산 생성균으로, 성인에게서 항염증 효과가 나타난 사례가 보고된 바 있다. Eubacterium eligens, Anaerostipes hadrus, Blautia wexlerae 역시 짧은 사슬 지방산 생선균이며, 면역을 조절하고 염증을 완화하는 butyric acid를 대표적으로 생성한다. Eubacterium eligens는 과일, 채소 등에 많이 존재하는 수용성 식이섬유 팩틴(pectin)을 분해하여 소화를 돕는다. Anaerostipes hadrus는 과민성 대장 증후군의 완화와 관련되어 있는 것으로 알려졌으며, Blautia wexlerae는 비만인 사람의 장에는 건강한 사람에 비해 낮은 비율로 존재하는 것으로 알려졌다.
(D) 발달단계 2의 장내 불균형군 바이오마커
발달단계 2에서 영유아 장내 불균형군의 바이오마커를 나타낸 도 13를 참고하면, 가장 특이적인 바이오마커는 Enterococcus, Lactobacillus, Streptococcus (subgroup 25), Bifidobacterium (subgroup 30) 등의 유산균이다. 또한, Phylum Proteobacteria의 대장균 계열 Haemophilus (Subgroup 28), Escherichia, Klebsiella, Citrobacter (Subgroup 29) 역시 발달단계 2와 연관된 바이오마커로 선별되었다. 대장균류의 미생물들은 초기 장내 환경의 안정화를 돕는 미생물이지만, 균형이 망가진 장내 환경에서는 유해한 영향을 미친다. Haemophilus는 장내에서 염증을 유발할 수 있으며, 특히, Clostridioides difficile는 디피실레 감염증의 원인균이다.
짧은 사슬 지방산을 생성하는 order Clostridiales(Subgroup 27)의 4개 genus(Clostridium_g35, Hungatella, Clostridioides, Intestinibacter)가 영유아 장내 미생물 불균형에 특이적인 바이오마커로 포함되어 있다. 그러나, 해당 바이오마커의 robustness 값이 장내 균형군 특이적 바이오마커의 order Clostridiales의 미생물 종들에 비해 낮은 수치를 보이므로, 해당 바이오마커가 유의미하게 계산된 경우가 상대적으로 적다는 것을 알 수 있다.
발달단계 2에서 phylum Bacteroidetes의 Prevotella 및 Bacteroides를 살펴볼 때, Bacteroides는 균형군 특이적 바이오마커에, Prevotella는 불균형 특이적 바이오마커에 포함되어 있으므로, 영유아 시기에 더 이상적인 장내 미생물 생태계 유형은 Bacteroides 형으로 판단된다.
따라서, 발달단계 2에서 영유아 장내 미생물 불균형군에 특이적인 바이오마커가 검출되는 것은 초기의 장내 미생물 생태계가 아직 유지되고 있어 예상보다 늦게 발달하고 있는 상태로 해석할 수 있다. 해당 결과가 장내 미생물 불균형 인자와 관련되어 있으므로, 장내 미생물 생태계가 이상적으로 발달하지 않는 상태이다.
<110> ChunLab, Inc.
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bifidobacterium longum group
<400> 1
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc aagcttgctt 60
ggtggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat acaccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gttccagttg atcgcatggt cttctgggaa 180
agctttcgcg gtatgggatg gggtcgcgtc ctatcagctt gacggcgggg taacggccca 240
ccgtggcttc gacgggtagc cggcctgaga gggcgaccgg ccacattggg actgagatac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat 360
gcagcgacgc cgcgtgaggg atggaggcct tcgggttgta aacctctttt atcggggagc 420
aagcgagagt gagtttaccc gttgaataag caccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 480
taatacgtag ggtgcaagcg ttatccggaa ttattgggcg taaagggctc gtaggcggtt 540
cgtcgcgtcc ggtgtgaaag tccatcgctt aacggtggat ccgcgccggg tacgggcggg 600
cttgagtgcg gtaggggaga ctggaattcc cggtgtaacg gtggaatgtg tagatatcgg 660
gaagaacacc aatggcgaag gcaggtctct gggccgttac tgacgctgag gagcgaaagc 720
gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacggt ggatgctgga 780
tgtggggccc gttccacggg ttccgtgtcg gagctaacgc gttaagcatc ccgcctgggg 840
agtacggccg caaggctaaa actcaaagaa attgacgggg gcccgcacaa gcggcggagc 900
atgcggatta attcgatgca acgcgaagaa ccttacctgg gcttgacatg ttcccgacgg 960
tcgtagagat acggcttccc ttcggggcgg gttcacaggt ggtgcatggt cgtcgtcagc 1020
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aaccctcgcc ccgtgttgcc 1080
agcggattat gccgggaact cacgggggac cgccggggtt aactcggagg aaggtgggga 1140
tgacgtcaga tcatcatgcc ccttacgtcc agggcttcac gcatgctaca atggccggta 1200
caacgggatg cgacgcggcg acgcggagcg gatccctgaa aaccggtctc agttcggatc 1260
gcagtctgca actcgactgc gtgaaggcgg agtcgctagt aatcgcgaat cagcaacgtc 1320
gcggtgaatg cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aagtcatgaa agtgggcagc 1380
acccgaagcc ggtggcctaa ccccttgtgg gatggagccg tctaaggtga ggctcgtgat 1440
tgggact 1447
<210> 2
<211> 1495
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lactobacillus gasseri group
<400> 2
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc gagcttgcct agatgaattt 60
ggtgcttgca ccagatgaaa ctagatacaa gcgagcggcg gacgggtgag taacacgtgg 120
gtaacctgcc caagagactg ggataacacc tggaaacaga tgctaatacc ggataacaac 180
actagacgca tgtctagagt ttaaaagatg gttctgctat cactcttgga tggacctgcg 240
gtgcattagc tagttggtaa ggtaacggct taccaaggca atgatgcata gccgagttga 300
gagactgatc ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360
agggaatctt ccacaatgga cgcaagtctg atggagcaac gccgcgtgag tgaagaaggg 420
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cgaacaggat tagataccct ggtagtccat gccgtaaacg atgagtgcta agtgttggga 840
ggtttccgcc tctcagtgct gcagctaacg cattaagcac tccgcctggg gagtacgacc 900
gcaaggttga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt 960
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gtgggataac ctttatagga gtcagccgtc taaggtagga cagatgatta gggtg 1495
<210> 3
<211> 1468
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Streptococcus peroris group
<400> 3
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac gctgaaggag gagcttgctt 60
ctctggatga gttgcgaacg ggtgagtaac gcgtaggtaa cctgcctggt agcgggggat 120
aactattgga aacgatagct aataccgcat aagagcagtt gttgcatgac agctgtttaa 180
aaggtgcaat tgcaccacta ccagatggac ctgcgttgta ttagctagtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca aggcgacgat acatagccga cctgagaggg tgatcggcca cactgggact 300
gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttcggca atgggggcaa 360
ccctgaccga gcaacgccgc gtgagtgaag aaggttttcg gatcgtaaag ctctgttgta 420
agagaagaac gagtgtgaga gtggaaagtt cacgctgtga cggtatctta ccagaaaggg 480
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt cccgagcgtt atccggattt 540
attgggcgta aagcgagcgc aggcggttag ataagtctga agttaaaggc tgtggcttaa 600
ccatagtacg ctttggaaac tgtttaactt gagtgcaaga ggggagagtg gaattccatg 660
tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggag gaacaccggt ggcgaaagcg gctctctggc 720
ttgtaactga cgctgaggct cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat accctggtag 780
tccacgccgt aaacgatgag tgctaggtgt tagacccttt ccggggttta gtgccgcagc 840
taacgcatta agcactccgc ctggggagta cgaccgcaag gttgaaactc aaaggaattg 900
acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt 960
accaggtctt gacatcccga tgccatttct agagatagga agttacttcg gtacatcggt 1020
gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa 1080
cgagcgcaac ccctattgtt agttgccatc attcagttgg gcactctagc gagactgccg 1140
gtaataaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc 1200
tacacacgtg ctacaatggc tggtacaacg agtcgcgagt cggtgacggc aagctaatct 1260
cttaaagcca gtctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gtcggaatcg 1320
ctagtaatcg cggatcagca cgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc 1380
cgtcacacca cgagagtttg taacacccga agtcggtgag gtaaccattt ggagccagcc 1440
gcctaaggtg ggatagatga ttggggtg 1468
<210> 4
<211> 1450
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bifidobacterium bifidum
<400> 4
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc aagcttgctt 60
ggtggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat gctccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gttccacatg atcgcatgtg attgtgggaa 180
agattctatc ggcgtgggat ggggtcgcgt cctatcagct tgttggtgag gtaacggctc 240
accaaggctt cgacgggtag ccggcctgag agggcgaccg gccacattgg gactgagata 300
cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgagg gatggaggcc ttcgggttgt aaacctcttt tgtttgggag 420
caagccttcg ggtgagtgta cctttcgaat aagcgccggc taactacgtg ccagcagccg 480
cggtaatacg tagggcgcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaaggg ctcgtaggcg 540
gctcgtcgcg tccggtgtga aagtccatcg cttaacggtg gatctgcgcc gggtacgggc 600
gggctggagt gcggtagggg agactggaat tcccggtgta acggtggaat gtgtagatat 660
cgggaagaac accgatggcg aaggcaggtc tctgggccgt cactgacgct gaggagcgaa 720
agcgtgggga gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac ggtggacgct 780
ggatgtgggg cacgttccac gtgttccgtg tcggagctaa cgcgttaagc gtcccgcctg 840
gggagtacgg ccgcaaggct aaaactcaaa gaaattgacg ggggcccgca caagcggcgg 900
agcatgcgga ttaattcgat gcaacgcgaa gaaccttacc tgggcttgac atgttcccga 960
cgacgccaga gatggcgttt cccttcgggg cgggttcaca ggtggtgcat ggtcgtcgtc 1020
agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctc gccccgtgtt 1080
gccagcacgt tatggtggga actcacgggg gaccgccggg gttaactcgg aggaaggtgg 1140
ggatgacgtc agatcatcat gccccttacg tccagggctt cacgcatgct acaatggccg 1200
gtacagcggg atgcgacatg gcgacatgga gcggatccct gaaaaccggt ctcagttcgg 1260
atcggagcct gcaacccggc tccgtgaagg cggagtcgct agtaatcgcg gatcagcaac 1320
gccgcggtga atgcgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcaagtcat gaaagtgggc 1380
agcacccgaa gccggtggcc taaccccttg tgggatggag ccgtctaagg tgaggctcgt 1440
gattgggact 1450
<210> 5
<211> 1483
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Enterococcus faecalis
<400> 5
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcttctttcc tcccgagtgc 60
ttgcactcaa ttggaaagag gagtggcgga cgggtgagta acacgtgggt aacctaccca 120
tcagaggggg ataacacttg gaaacaggtg ctaataccgc ataacagttt atgccgcatg 180
gcataagagt gaaaggcgct ttcgggtgtc gctgatggat ggacccgcgg tgcattagct 240
agttggtgag gtaacggctc accaaggcca cgatgcatag ccgacctgag agggtgatcg 300
gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagta gggaatcttc 360
ggcaatggac gaaagtctga ccgagcaacg ccgcgtgagt gaagaaggtt ttcggatcgt 420
aaaactctgt tgttagagaa gaacaaggac gttagtaact gaacgtcccc tgacggtatc 480
taaccagaaa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540
gttgtccgga tttattgggc gtaaagcgag cgcaggcggt ttcttaagtc tgatgtgaaa 600
gcccccggct caaccgggga gggtcattgg aaactgggag acttgagtgc agaagaggag 660
agtggaattc catgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatat ggaggaacac cagtggcgaa 720
ggcggctctc tggtctgtaa ctgacgctga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780
agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgagtgctaa gtgttggagg gtttccgccc 840
ttcagtgctg cagcaaacgc attaagcact ccgcctgggg agtacgaccg caaggttgaa 900
actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca 960
acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc ctttgaccac tctagagata gagctttccc 1020
ttcggggaca aagtgacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080
gttaagtccc gcaacgagcg caacccttat tgttagttgc catcatttag ttgggcactc 1140
tagcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200
cttatgacct gggctacaca cgtgctacaa tgggaagtac aacgagtcgc tagaccgcga 1260
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tgaagccgga atcgctagta atcgcggatc agcacgccgc ggtgaatacg ttcccgggcc 1380
ttgtacacac cgcccgtcac accacgagag tttgtaacac ccgaagtcgg tgaggtaacc 1440
tttttggagc cagccgccta aggtgggata gatgattggg gtg 1483
<210> 6
<211> 1468
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Streptococcus pneumoniae group
<400> 6
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac gctgaaggag gagcttgctt 60
ctctggatga gttgcgaacg ggtgagtaac gcgtaggtaa cctgcctggt agcgggggat 120
aactattgga aacgatagct aataccgcat aagagtagat gttgcatgac atttgcttaa 180
aaggtgcact tgcatcacta ccagatggac ctgcgttgta ttagctagtt ggtggggtaa 240
cggctcacca aggcgacgat acatagccga cctgagaggg tgatcggcca cactgggact 300
gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttcggca atggacggaa 360
gtctgaccga gcaacgccgc gtgagtgaag aaggttttcg gatcgtaaag ctctgttgta 420
agagaagaac gagtgtgaga gtggaaagtt cacactgtga cggtatctta ccagaaaggg 480
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt cccgagcgtt gtccggattt 540
attgggcgta aagcgagcgc aggcggttag ataagtctga agttaaaggc tgtggcttaa 600
ccatagtagg ctttggaaac tgtttaactt gagtgcaaga ggggagagtg gaattccatg 660
tgtagcggtg aaatgcgtag atatatggag gaacaccggt ggcgaaagcg gctctctggc 720
ttgtaactga cgctgaggct cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat accctggtag 780
tccacgctgt aaacgatgag tgctaggtgt tagacccttt ccggggttta gtgccgtagc 840
taacgcatta agcactccgc ctggggagta cgaccgcaag gttgaaactc aaaggaattg 900
acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt 960
accaggtctt gacatccctc tgacgactct agagatagag ttttccttcg ggacagaggt 1020
gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa 1080
cgagcgcaac ccctattgtt agttgccatc atttagttgg gcactctagc gagactgccg 1140
gtaataaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc 1200
tacacacgtg ctacaatggc tggtacaacg agtcgcaagc cggtgacggc aagctaatct 1260
cttaaagcca gtctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gtcggaatcg 1320
ctagtaatcg cggatcagca cgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc 1380
cgtcacacca cgagagtttg taacacccga agtcggtgag gtaaccgtaa ggagccagcc 1440
gcctaaggtg ggatagatga ttggggtg 1468
<210> 7
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bifidobacterium breve
<400> 7
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc gggctttgct 60
tggtggtgag agtggcgaac gggtgagtaa tgcgtgaccg acctgcccca tgcaccggaa 120
tagctcctgg aaacgggtgg taatgccgga tgctccatca caccgcatgg tgtgttggga 180
aagcctttgc ggcatgggat ggggtcgcgt cctatcagct tgatggcggg gtaacggccc 240
accatggctt cgacgggtag ccggcctgag agggcgaccg gccacattgg gactgagata 300
cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgagg gatggaggcc ttcgggttgt aaacctcttt tgttagggag 420
caaggcactt tgtgttgagt gtacctttcg aataagcacc ggctaactac gtgccagcag 480
ccgcggtaat acgtagggtg caagcgttat ccggaattat tgggcgtaaa gggctcgtag 540
gcggttcgtc gcgtccggtg tgaaagtcca tcgcttaacg gtggatccgc gccgggtacg 600
ggcgggcttg agtgcggtag gggagactgg aattcccggt gtaacggtgg aatgtgtaga 660
tatcgggaag aacaccaatg gcgaaggcag gtctctgggc cgttactgac gctgaggagc 720
gaaagcgtgg ggagcgaaca ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacggtggat 780
gctggatgtg gggcccgttc cacgggttcc gtgtcggagc taacgcgtta agcatcccgc 840
ctggggagta cggccgcaag gctaaaactc aaagaaattg acgggggccc gcacaagcgg 900
cggagcatgc ggattaattc gatgcaacgc gaagaacctt acctgggctt gacatgttcc 960
cgacgatccc agagatgggg tttcccttcg gggcgggttc acaggtggtg catggtcgtc 1020
gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc ctcgccccgt 1080
gttgccagcg gattgtgccg ggaactcacg ggggaccgcc ggggttaact cggaggaagg 1140
tggggatgac gtcagatcat catgcccctt acgtccaggg cttcacgcat gctacaatgg 1200
ccggtacaac gggatgcgac agtgcgagct ggagcggatc cctgaaaacc ggtctcagtt 1260
cggatcgcag tctgcaactc gactgcgtga aggcggagtc gctagtaatc gcgaatcagc 1320
aacgtcgcgg tgaatgcgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcaagt catgaaagtg 1380
ggcagcaccc gaagccggtg gcctaacccc ttgcgggagg gagccgtcta aggtgaggct 1440
cgtgattggg act 1453
<210> 8
<211> 1448
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Rothia mucilaginosa group
<400> 8
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gatgaagcct agcttgctag 60
gtggattagt ggcgaacggg tgagtaatac gtgagtaacc tacctttaac tctgggataa 120
gcctgggaaa ctgggtctaa taccggatac gaccaatctc cgcatggggt gttggtggaa 180
agcgttatgt agtggttata gatgggctca cggcctatca gcttgttggt gaggtaacgg 240
ctcaccaagg cgacgacggg tagccggcct gagagggtga ccggccacac tgggactgag 300
acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgcaagcc 360
tgatgcagcg acgccgcgtg agggatgacg gccttcgggt tgtaaacctc tgttagcagg 420
gaagaagaga aattgacggt acctgcagag aaagcgccgg ctaactacgt gccagcagcc 480
gcggtaatac gtagggcgcg agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaaga gcttgtaggc 540
ggtttgtcgc gtctgctgtg aaaggccgga gcttaactcc ggtattgcag tgggtacggg 600
cagactagag tgcagtaggg gagactggaa ctcctggtgt agcggtggaa tgcgcagata 660
tcaggaagaa caccgatggc gaaggcaggt ctctgggctg taactgacgc tgagaagcga 720
aagcatgggg agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc atgccgtaaa cgttgggcac 780
taggtgtggg ggacattcca cgttttccgc gccgtagcta acgcattaag tgccccgcct 840
ggggagtacg gccgcaaggc taaaactcaa agaaattgac gggggcccgc acaagcggcg 900
gagcatgcgg attaattcga tgcaacgcga agaaccttac caaggcttga catatactgg 960
accgcatcag agatggtgtt tcccttcggg gctggtatac aggtggtgca tggttgtcgt 1020
cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct cgttctatgt 1080
tgccagcacg taatggtggg gactcatagg agactgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg 1140
gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gtcttgggct tcacgcatgc tacaatggcc 1200
ggtacagagg gttgcgatac tgtgaggtgg agctaatccc taaaagccgg tctcagttcg 1260
gattggggtc tgcaactcga ccccatgaag tcggagtcgc tagtaatcgc agatcagcaa 1320
cgctgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagtca cgaaagttgg 1380
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ttgggact 1448
<210> 9
<211> 1470
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Streptococcus salivarius group
<400> 9
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac gctgaagaga ggagcttgct 60
cttcttggat gagttgcgaa cgggtgagta acgcgtaggt aacctgcctt gtagcggggg 120
ataactattg gaaacgatag ctaataccgc ataacaatgg atgacacatg tcatttattt 180
gaaaggggca attgctccac tacaagatgg acctgcgttg tattagctag taggtgaggt 240
aacggctcac ctaggcgacg atacatagcc gacctgagag ggtgatcggc cacactggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggggc 360
aaccctgacc gagcaacgcc gcgtgagtga agaaggtttt cggatcgtaa agctctgttg 420
taagtcaaga acgagtgtga gagtggaaag ttcacactgt gacggtagct taccagaaag 480
ggacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtcccgagcg ttgtccggat 540
ttattgggcg taaagcgagc gcaggcggtt tgataagtct gaagttaaag gctgtggctc 600
aaccatagtt cgctttggaa actgtcaaac ttgagtgcag aaggggagag tggaattcca 660
tgtgtagcgg tgaaatgcgt agatatatgg aggaacaccg gtggcgaaag cggctctctg 720
gtctgtaact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacgatg agtgctaggt gttggatcct ttccgggatt cagtgccgca 840
gctaacgcat taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat 900
tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960
ttaccaggtc ttgacatccc gatgctattt ctagagatag aaagttactt cggtacatcg 1020
gtgacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca acccctattg ttagttgcca tcattcagtt gggcactcta gcgagactgc 1140
cggtaataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg 1200
gctacacacg tgctacaatg gttggtacaa cgagttgcga gtcggtgacg gcaagctaat 1260
ctcttaaagc caatctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagtcggaat 1320
cgctagtaat cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg 1380
cccgtcacac cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaacctt ttggagccag 1440
ccgcctaagg tgggatagat gattggggtg 1470
<210> 10
<211> 1455
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Anaerostipes hadrus group
<400> 10
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaaacacctt atttgatttt 60
cttcggaact gaagatttgg tgattgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct 120
gccctgtaca gggggataac agtcagaaat gactgctaat accgcataag accacagcac 180
cgcatggtgc aggggtaaaa actccggtgg tacaggatgg acccgcgtct gattagctgg 240
ttggtgaggt aacggctcac caaggcgacg atcagtagcc ggcttgagag agtgaacggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtatct cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt 480
gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc ggaattactg ggtgtaaagg 540
gtgcgtaggt ggtatggcaa gtcagaagtg aaaacccagg gcttaactct gggactgctt 600
ttgaaactgt cagactggag tgcaggagag gtaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata ttaggaggaa catcagtggc gaaggcggct tactggactg aaactgacac 720
tgaggcacga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgaatac taggtgtcgg ggccgtaggg gcttcggtgc cgcagccaac gcagtaagta 840
ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac 900
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacct ggtcttgaca 960
tccttctgac cggtccttaa ccggaccttt ccttcgggac aggagagaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaacccct 1080
atctttagta gccagcatat aaggtgggca ctctagagag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggtggg gacgacgtca aatcatcatg ccccttatga ccagggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacagaggga agcagcctcg tgagagtgag caaatcccaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga 1320
atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagtcagtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgtaagga gggagctgcc gaaggcggga 1440
ccgataactg gggtg 1455
<210> 11
<211> 1482
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Enterococcus faecium group
<400> 11
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcttcttttt ccaccggagc 60
ttgctccacc ggaaaaagag gagtggcgaa cgggtgagta acacgtgggt aacctgccca 120
tcagaagggg ataacacttg gaaacaggtg ctaataccgt ataacaatcg aaaccgcatg 180
gttttgattt gaaaggcgct ttcgggtgtc gctgatggat ggacccgcgg tgcattagct 240
agttggtgag gtaacggctc accaaggcca cgatgcatag ccgacctgag agggtgatcg 300
gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga ggcagcagta gggaatcttc 360
ggcaatggac gaaagtctga ccgagcaacg ccgcgtgagt gaagaaggtt ttcggatcgt 420
aaaactctgt tgttagagaa gaacaaggat gagagtaact gttcatccct tgacggtatc 480
taaccagaaa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540
gttgtccgga tttattgggc gtaaagcgag cgcaggcggt ttcttaagtc tgatgtgaaa 600
gcccccggct caaccgggga gggtcattgg aaactgggag acttgagtgc agaagaggag 660
agtggaattc catgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatat ggaggaacac cagtggcgaa 720
ggcggctctc tggtctgtaa ctgacgctga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780
agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgagtgctaa gtgttggagg gtttccgccc 840
ttcagtgctg cagctaacgc attaagcact ccgcctgggg agtacgaccg caaggttgaa 900
actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca 960
acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc ctttgaccac tctagagata gagcttcccc 1020
ttcgggggca aagtgacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080
gttaagtccc gcaacgagcg caacccttat tgttagttgc catcattcag ttgggcactc 1140
tagcaagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200
cttatgacct gggctacaca cgtgctacaa tgggaagtac aacgagttgc gaagtcgcga 1260
ggctaagcta atctcttaaa gcttctctca gttcggattg caggctgcaa ctcgcctgca 1320
tgaagccgga atcgctagta atcgcggatc agcacgccgc ggtgaatacg ttcccgggcc 1380
ttgtacacac cgcccgtcac accacgagag tttgtaacac ccgaagtcgg tgaggtaacc 1440
ttttggagcc agccgcctaa ggtgggatag atgattgggg tg 1482
<210> 12
<211> 1431
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eggerthella lenta
<400> 12
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gatgaaaccg ccctcgggcg 60
gacatgaagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgaccaacc tgccccttgc tccgggacaa 120
ccttgggaaa ccgaggctaa taccggatac tcctcgcccc cctcctgggg ggcccgggaa 180
agcccagacg gcaagggatg gggtcgcggc ccattaggta gtaggcgggg taacggccca 240
cctagcccgc gatgggtagc cgggttgaga gaccgaccgg ccacattggg actgagatac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaattttgc gcaatggggg aaaccctgac 360
gcagcaacgc cgcgtgcggg acgacggcct tcgggttgta aaccgctttc agcagggaag 420
aaattcgacg gtacctgcag aagaagctcc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat 480
acgtagggag cgagcgttat ccggattcat tgggcgtaaa gagcgcgtag gcggcctctc 540
aagcgggatc tctaatccga gggctcaacc cccggccgga tcccgaactg ggaggctcga 600
gttcggtaga ggcaggcgga attcccggtg tagcggtgga atgcgcagat atcgggaaga 660
acaccgatgg cgaaggcagc ctgctgggcc gcaactgacg ctgaggcgcg aaagctaggg 720
gagcgaacag gattagatac cctggtagtc ctagccgtaa acgatggata ctaggtgtgg 780
ggggctccgc cctccgtgcc gcagccaacg cattaagtat cccgcctggg gagtacggcc 840
gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcagcggag catgtggctt 900
aattcgaagc aacgcgaaga accttaccag ggcttgacat ggacgtgaag ccggggaaac 960
ccggtggccg agaggagcgt ccgcaggtgg tgcatggctg tcgtcagctc gtgtcgtgag 1020
atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccctgcccc atgttgccag cattaggttg 1080
gggactcatg ggggactgcc ggcgtcaagc cggaggaagg tggggacgac gtcaagtcat 1140
catgcccttt atgccctggg ctgcacacgt gctacaatgg ccggtacaac gggctgcgag 1200
accgcgaggt cgagcgaatc cctcaaagcc ggccccagtt cggatcggag gctgcaaccc 1260
gcctccgtga agtcggagtt gctagtaatc gcggatcagc atgccgcggt gaatacgttc 1320
ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acccgagtcg tctgcacccg aagccgccgg 1380
ccgaacccgc aaggggcgga ggcgtcgaag gtgtggaggg taaggggggt g 1431
<210> 13
<211> 1450
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bifidobacterium
<400> 13
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccatc aagcttgctt 60
ggtggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat gctccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gttccacatg atcgcatgtg attgtgggaa 180
agattctatc ggcgtgggat ggggtcgcgt cctatcagct tgttggtgag gtaacggctc 240
accaaggctt cgacgggtag ccggcctgag agggcgaccg gccacattgg gactgagata 300
cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgagg gatggaggcc ttcgggttgt aaacctcttt tgtttgggag 420
caagccttcg ggtgagtgta cctttcgaat aagcgccggc taactacgtg ccagcagccg 480
cggtaatacg tagggcgcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaaggg ctcgtaggcg 540
gctcgtcgcg tccggtgtga aagtccatcg cttaacggtg gatctgcgcc gggtacgggc 600
gggctggagt gcggtagggg agactggaat tcccggtgta acggtggaat gtgtagatat 660
cgggaagaac accgatggcg aaggcaggtc tctgggccgt cactgacgct gaggagcgaa 720
agcgtgggga gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac ggtggacgct 780
ggatgtgggg cacgttccac gtgttccgtg tcggagctaa cgcgttaagc gtcccgcctg 840
gggagtacgg ccgcaaggct aaaactcaaa gaaattgacg ggggcccgca caagcggcgg 900
agcatgcgga ttaattcgat gcaacgcgaa gaaccttacc tgggcttgac atgttcccga 960
cgacgccaga gatggcgttt cccttcgggg cgggttcaca ggtggtgcat ggtcgtcgtc 1020
agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctc gccccgtgtt 1080
gccagcacgt tatggtggga actcacgggg gaccgccggg gttaactcgg aggaaggtgg 1140
ggatgacgtc agatcatcat gccccttacg tccagggctt cacgcatgct acaatggccg 1200
gtacagcggg atgcgacatg gcgacatgga gcggatccct gaaaaccggt ctcagttcgg 1260
atcggagcct gcaacccggc tccgtgaagg cggagtcgct agtaatcgcg gatcagcaac 1320
gccgcggtga atgcgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcaagtcat gaaagtgggc 1380
agcacccgaa gccggtggcc taaccccttg tgggatggag ccgtctaagg tgaggctcgt 1440
gattgggact 1450
<210> 14
<211> 1483
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Enterococcus
<400> 14
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcttctttcc tcccgagtgc 60
ttgcactcaa ttggaaagag gagtggcgga cgggtgagta acacgtgggt aacctaccca 120
tcagaggggg ataacacttg gaaacaggtg ctaataccgc ataacagttt atgccgcatg 180
gcataagagt gaaaggcgct ttcgggtgtc gctgatggat ggacccgcgg tgcattagct 240
agttggtgag gtaacggctc accaaggcca cgatgcatag ccgacctgag agggtgatcg 300
gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagta gggaatcttc 360
ggcaatggac gaaagtctga ccgagcaacg ccgcgtgagt gaagaaggtt ttcggatcgt 420
aaaactctgt tgttagagaa gaacaaggac gttagtaact gaacgtcccc tgacggtatc 480
taaccagaaa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540
gttgtccgga tttattgggc gtaaagcgag cgcaggcggt ttcttaagtc tgatgtgaaa 600
gcccccggct caaccgggga gggtcattgg aaactgggag acttgagtgc agaagaggag 660
agtggaattc catgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatat ggaggaacac cagtggcgaa 720
ggcggctctc tggtctgtaa ctgacgctga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780
agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgagtgctaa gtgttggagg gtttccgccc 840
ttcagtgctg cagcaaacgc attaagcact ccgcctgggg agtacgaccg caaggttgaa 900
actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca 960
acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc ctttgaccac tctagagata gagctttccc 1020
ttcggggaca aagtgacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080
gttaagtccc gcaacgagcg caacccttat tgttagttgc catcatttag ttgggcactc 1140
tagcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200
cttatgacct gggctacaca cgtgctacaa tgggaagtac aacgagtcgc tagaccgcga 1260
ggtcatgcaa atctcttaaa gcttctctca gttcggattg caggctgcaa ctcgcctgca 1320
tgaagccgga atcgctagta atcgcggatc agcacgccgc ggtgaatacg ttcccgggcc 1380
ttgtacacac cgcccgtcac accacgagag tttgtaacac ccgaagtcgg tgaggtaacc 1440
tttttggagc cagccgccta aggtgggata gatgattggg gtg 1483
<210> 15
<211> 1449
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Rothia
<400> 15
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gatgaagcct agcttgctag 60
gtggattagt ggcgaacggg tgagtaatac gtgagtgacc tacctttgac tctgggataa 120
gcctgggaaa ctgggtctaa taccggatac gaccaatctc cgcatggggt gttggtggaa 180
agcgttatgg agtggtttta gatgggctca cggcctatca gcttgttggt gaggtaatgg 240
cttaccaagg cgacgacggg tagccggcct gagagggtga ccggccacac tgggactgag 300
acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgcaagcc 360
tgatgcagcg acgccgcgtg agggatgacg gccttcgggt tgtaaacctc tgttagcatc 420
gaagaagcga aagtgacggt aggtgcagag aaagcgccgg ctaactacgt gccagcagcc 480
gcggtaatac gtagggcgcg agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaaga gcttgtaggc 540
ggttggtcgc gtctgctgtg aaaggctggg gcttaaccct ggttttgcag tgggtacggg 600
ctaactagag tgcagtaggg gagactggaa ttcctggtgt agcggtggaa tgcgcagata 660
tcaggaggaa caccgatggc gaaggcaggt ctctgggctg taactgacgc tgagaagcga 720
aagcatgggg agcgaacagg attagatacc ctggtagtcc atgccgtaaa cgttgggcac 780
taggtgtggg ggacattcca cgttttccgc gccgtagcta acgcattaag tgccccgcct 840
ggggagtacg gccgcaaggc taaaactcaa agaaattgac gggggcccgc acaagcggcg 900
gagcatgcgg attaattcga tgcaacgcga agaaccttac caaggcttga catatactgg 960
actgcgtcag agatggcgtt tcccttcggg gctggtatac aggtggtgca tggttgtcgt 1020
cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct cgttctatgt 1080
tgccagcacg tgatggtggg gactcatagg agactgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg 1140
gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gtcttgggct tcacgcatgc tacaatggcc 1200
ggtacagagg gttgcgatac tgtgaggtgg agctaatccc taaaagccgg tctcagttcg 1260
gattggggtc tgcaactcga ccccatgaag tcggagtcgc tagtaatcgc agatcagcaa 1320
cgctgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagtca cgaaagttgg 1380
taacacccga agccggtggc ctaaccctgg tggggggagc cgtcgaaggt gggactggcg 1440
attgggact 1449
<210> 16
<211> 1431
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eggerthella
<400> 16
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gatgaaaccg ccctcgggcg 60
gacatgaagt ggcgaacggg tgagtaacac gtgaccaacc tgccccttgc tccgggacaa 120
ccttgggaaa ccgaggctaa taccggatac tcctcgcccc cctcctgggg ggcccgggaa 180
agcccagacg gcaagggatg gggtcgcggc ccattaggta gtaggcgggg taacggccca 240
cctagcccgc gatgggtagc cgggttgaga gaccgaccgg ccacattggg actgagatac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaattttgc gcaatggggg aaaccctgac 360
gcagcaacgc cgcgtgcggg acgacggcct tcgggttgta aaccgctttc agcagggaag 420
aaattcgacg gtacctgcag aagaagctcc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat 480
acgtagggag cgagcgttat ccggattcat tgggcgtaaa gagcgcgtag gcggcctctc 540
aagcgggatc tctaatccga gggctcaacc cccggccgga tcccgaactg ggaggctcga 600
gttcggtaga ggcaggcgga attcccggtg tagcggtgga atgcgcagat atcgggaaga 660
acaccgatgg cgaaggcagc ctgctgggcc gcaactgacg ctgaggcgcg aaagctaggg 720
gagcgaacag gattagatac cctggtagtc ctagccgtaa acgatggata ctaggtgtgg 780
ggggctccgc cctccgtgcc gcagccaacg cattaagtat cccgcctggg gagtacggcc 840
gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcagcggag catgtggctt 900
aattcgaagc aacgcgaaga accttaccag ggcttgacat ggacgtgaag ccggggaaac 960
ccggtggccg agaggagcgt ccgcaggtgg tgcatggctg tcgtcagctc gtgtcgtgag 1020
atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccctgcccc atgttgccag cattaggttg 1080
gggactcatg ggggactgcc ggcgtcaagc cggaggaagg tggggacgac gtcaagtcat 1140
catgcccttt atgccctggg ctgcacacgt gctacaatgg ccggtacaac gggctgcgag 1200
accgcgaggt cgagcgaatc cctcaaagcc ggccccagtt cggatcggag gctgcaaccc 1260
gcctccgtga agtcggagtt gctagtaatc gcggatcagc atgccgcggt gaatacgttc 1320
ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acccgagtcg tctgcacccg aagccgccgg 1380
ccgaacccgc aaggggcgga ggcgtcgaag gtgtggaggg taaggggggt g 1431
<210> 17
<211> 1485
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lactobacillus
<400> 17
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc gagctgaatt caaagattcc 60
ttcgggatga tttgttggac gctagcggcg gatgggtgag taacacgtgg gcaatctgcc 120
ctaaagactg ggataccact tggaaacagg tgctaatacc ggataacaac atgaatcgca 180
tgattcaagt ttgaaaggcg gcgtaagctg tcactttagg atgagcccgc ggcgcattag 240
ctagttggtg gggtaagggc ctaccaaggc aatgatgcgt agccgagttg agagactgat 300
cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg gaggcagcag tagggaatct 360
tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg ttttcggatc 420
gtaaagctct gttgttggtg aagaaggata ggggcagtaa ctggtcttta tttgacggta 480
atcaaccaga aagtcacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa 540
gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gaatgataag tctgatgtga 600
aagcccacgg ctcaaccgtg gaactgcatc ggaaactgtc attcttgagt gcagaagagg 660
agagtggaac tccatgtgta gcggtggaat gcgtagatat atggaagaac accagtggcg 720
aaggcggctc tctggtctgc aactgacgct gaggctcgaa agcatgggta gcgaacagga 780
ttagataccc tggtagtcca tgccgtaaac gatgagcgct aggtgttggg gactttccgg 840
tcctcagtgc cgcagcaaac gcattaagcg ctccgcctgg ggagtacgac cgcaaggttg 900
aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag 960
caacgcgaag aaccttacca ggtcttgaca tcctgcgcaa cagctagaga taggtggttc 1020
ccttcgggga cgcagagaca ggtggtgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080
gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt gtctttagtt gccatcatta agttgggcac 1140
tctagagaga ctgccggtga caaaccggag gaaggtgggg atgacgtcaa gtcatcatgc 1200
cccttatgac ctgggctaca cacgtgctac aatgggcagt acaacgagaa gcgaacccgc 1260
gagggtaagc ggatctctta aagctgttct cagttcggac tgcaggctgc aactcgcctg 1320
cacgaagctg gaatcgctag taatcgcgga tcagcacgcc gcggtgaata cgttcccggg 1380
ccttgtacac accgcccgtc acaccatgga agtctgcaat gcccaaagtc ggtgggataa 1440
ccttttagga gtcagccgcc taaggcaggg cagatgactg gggtg 1485
<210> 18
<211> 1456
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Anaerostipes
<400> 18
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcattta ggattgaagt 60
tttcggatgg atttcctata tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tggggaacct 120
gccctataca gggggataac agctggaaac ggctgctaat accgcataag cgcacagaat 180
cgcatgattc agtgtgaaaa gccctggcag tataggatgg tcccgcgtct gattagctgg 240
ttggtgaggt aacggctcac caaggcgacg atcagtagcc ggcttgagag agtgaacggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtattt cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga aaacagacgg tacctgacta agaagccccg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc cggaattact gggtgtaaag 540
ggtgcgtagg tggcatggta agtcagaagt gaaagcccgg ggcttaaccc cgggactgct 600
tttgaaactg tcatgctgga gtgcaggaga ggtaagcgga attcctagtg tagcggtgaa 660
atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc ttactggact gtcactgaca 720
ctgatgcacg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780
acgatgaata ctaggtgtcg gggccgtaga ggcttcggtg ccgcagcaaa cgcagtaagt 840
attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca 900
caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tggtcttgac 960
atcccaatga ccgaacctta accggttttt tctttcgaga cattggagac aggtggtgca 1020
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc 1080
tatctttagt agccagcatt taaggtgggc actctagaga gactgccagg gataacctgg 1140
aggaaggtgg ggacgacgtc aaatcatcat gccccttatg gccagggcta cacacgtgct 1200
acaatggcgt aaacaaaggg aagcgaagtc gtgaggcgaa gcaaatccca gaaataacgt 1260
ctcagttcgg attgtagtct gcaactcgac tacatgaagc tggaatcgct agtaatcgtg 1320
aatcagaatg tcacggtgaa tacgttcccg ggtcttgtac acaccgcccg tcacaccatg 1380
ggagtcagta acgcccgaag tcagtgaccc aaccgcaagg agggagctgc cgaaggtggg 1440
accgataact ggggtg 1456
<210> 19
<211> 1415
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Fusicatenibacter saccharivorans
<400> 19
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc gaagcagtta agaagattyt 60
tcggatgatt cttgactgac tgagcggcgg acgggtgagt aacgcgtggg tgacctgccc 120
cataccgggg gataacagct ggaaacggct gctaataccg cataagcgca cagagctgca 180
tggctcggtg tgaaaaactc cggtggtatg ggatgggccc gcgtctgatt aggcagttgg 240
cggggtaacg gcccaccaaa ccgacgatca gtagccggcc tgagagggcg accggccaca 300
ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat 360
gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gagcgaagaa gtatttcggt atgtaaagct 420
ctatcagcag ggaagataat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa ctacgtgcca 480
gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat ttactgggtg taaagggagc 540
gtagacggca aggcaagtct gatgtgaaaa cccagggctt aaccctggga ctgcattgga 600
aactgtctgg ctcgagtgcc ggagaggtaa gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 660
tagatattag gaagaacacc agtggcgaag gcggcttact ggacggtaac tgacgttgag 720
gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat 780
gaatgctagg tgttggggag caaagctctt cggtgccgcc gcaaacgcat taagcattcc 840
acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc 900
ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatccc 960
gatgaccggc ccgtaacggg gccttctctt cggagcattg gagacaggtg gtgcatggtt 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccttatcc 1080
tcagtagcca gcaggtaaag ctgggcactc tgtggagact gccagggata acctggagga 1140
aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgatct gggctacaca cgtgctacaa 1200
tggcgtaaac aaagggaggc aaagccgcga ggtggagcaa atcccaaaaa taacgtctca 1260
gttcggactg cagtctgcaa ctcgactgca cgaagctgga atcgctagta atcgcgaatc 1320
agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
ttggtaacgc ccgaagtcag tgacccaacc tttta 1415
<210> 20
<211> 1431
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Faecalibacterium prausnitzii group
<400> 20
cgaacgctgg cggcgcgcct aacacatgca agtcgaacga gcgagagaga gcttgctttc 60
tcaagcgagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtgaggaacc tgcctcaaag agggggacaa 120
cagttggaaa cgactgctaa taccgcataa gcccacgacc cggcatcggg tagagggaaa 180
aggagcaatc cgctttgaga tggcctcgcg tccgattagc tagttggtga ggtaacggcc 240
caccaaggcg acgatcggta gccggactga gaggttgaac ggccacattg ggactgagac 300
acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg 360
atgcagcgac gccgcgtgga ggaagaaggt cttcggattg taaactcctg ttgttgagga 420
agataatgac ggtactcaac aaggaagtga cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 480
aacgtaggtc acaagcgttg tccggaatta ctgggtgtaa agggagcgca ggcgggaagg 540
caagttggaa gtgaaatcca tgggctcaac ccatgaactg ctttcaaaac tgtttttctt 600
gagtagtgca gaggtaggcg gaattcccgg tgtagcggtg gaatgcgtag atatcgggag 660
gaacaccagt ggcgaaggcg gcctactggg caccaactga cgctgaggct cgaaagtgtg 720
ggtagcaaac aggattagat accctggtag tccacactgt ggccgatgtt tactaggtgt 780
tggaggattg accccttcag tgccgcagtt aacacaataa gtaatccacc tggggagtac 840
gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcagt ggagtatgtg 900
gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaagtcttg acatcctgcg acgcacatag 960
aaatatgtgt ttccttcggg acgcagagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt 1020
cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatggtcagt tactacgcaa 1080
gaggactctg gccagactgc cgttgacaaa acggaggaag gtggggatga cgtcaaatca 1140
tcatgccctt tatgacttgg gctacacacg tactacaatg gcgttaaaca aagagaagca 1200
agaccgcgag gtggagcaaa actcagaaac aacgtcccag ttcggactgc aggctgcaac 1260
tcgcctgcac gaagtcggaa ttgctagtaa tcgcagatca gcatgctgcg gtgaatacgt 1320
tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgagagc cggggggacc cgaagtcggt 1380
agtctaaccg caaggaggac gccgccgaag gtaaaactgg tgattggggt g 1431
<210> 21
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Blautia faecis
<400> 21
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggaaacatt ttattgaagc 60
ttcggcagat ttagcttgtt tctagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc 120
ttataccggg ggataacagc cggaaatgac tgctaatacc gcataagcgc acagaaccgc 180
atggttcggt gtgaaaaact ccggtggtat aagatggacc cgcgttggat tagctagttg 240
gcagggcagc ggcctaccaa ggcgacgatc catagccggc ctgagagggt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa 360
tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgaaggaaga agtatctcgg tatgtaaact 420
tctatcagca gggaagataa tgacggtacc tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc 480
agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga tttactgggt gtaaagggag 540
cgtagacggc gcagcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct taacccctgg actgcattgg 600
aaactgctgt gcttgagtgc cggaggggta agcggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc 660
gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac tggacggtaa ctgacgttga 720
ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga 780
tgaatactag gtgtcaggga gcacagctct ttggtgccgc cgcaaacgca ttaagtattc 840
cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag 900
cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaaat cttgacatcc 960
ctctgaccgg gacttaaccg tccctttcct tcgggacagg ggagacaggt ggtgcatggt 1020
tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccctatc 1080
cttagtagcc agcacgcagt ggtgggcact ctgaggagac tgccagggat aacctggagg 1140
aaggcgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatt tgggctacac acgtgctaca 1200
atggcgtaaa caaagggaag cgaacccgcg agggtgggca aatctcaaaa ataacgtccc 1260
agttcggact gcagtctgca actcgactgc acgaagctgg aatcgctagt aatcgcggat 1320
cagaatgccg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga 1380
gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgcaagggag gagctgccga aggcgggacc 1440
gatgactggg gtg 1453
<210> 22
<211> 1450
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bifidobacterium catenulatum group
<400> 22
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggatccagg cagcttgctg 60
cctggtgaga gtggcgaacg ggtgagtaat gcgtgaccga cctgccccat acaccggaat 120
agctcctgga aacgggtggt aatgccggat gctccgactc ctcgcatggg gtgtcgggaa 180
agatttcatc ggtatgggat ggggtcgcgt cctatcaggt agtcggcggg gtaacggccc 240
accgagccta cgacgggtag ccggcctgag agggcgaccg gccacattgg gactgagata 300
cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagcgacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt aaaccgcttt tgatcgggag 420
caagccttcg ggtgagtgta cctttcgaat aagcaccggc taactacgtg ccagcagccg 480
cggtaatacg tagggtgcaa gcgttatccg gaattattgg gcgtaaaggg ctcgtaggcg 540
gttcgtcgcg tccggtgtga aagtccatcg cttaacggtg gatctgcgcc gggtacgggc 600
gggctggagt gcggtagggg agactggaat tcccggtgta acggtggaat gtgtagatat 660
cgggaagaac accaatggcg aaggcaggtc tctgggccgt tactgacgct gaggagcgaa 720
agcgtgggga gcgaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac ggtggatgct 780
ggatgtgggg cccgttccac gggttccgtg tcggagctaa cgcgttaagc atcccgcctg 840
gggagtacgg ccgcaaggct aaaactcaaa gaaattgacg ggggcccgca caagcggcgg 900
agcatgcgga ttaattcgat gcaacgcgaa gaaccttacc tgggcttgac atgttcccga 960
cagccgtaga gatacggtct cccttcgggg cgggttcaca ggtggtgcat ggtcgtcgtc 1020
agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctc gccctgtgtt 1080
gccagcacgt catggtggga actcacgggg gaccgccggg gtcaactcgg aggaaggtgg 1140
ggatgacgtc agatcatcat gccccttacg tccagggctt cacgcatgct acaatggccg 1200
gtacaacggg atgcgacatg gcgacatgga gcggatccct gaaaaccggt ctcagttcgg 1260
attggagtct gcaacccgac tccatgaagg cggagtcgct agtaatcgcg gatcagcaac 1320
gccgcggtga atgcgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcaagtcat gaaagtgggt 1380
agcacccgaa gccggtggcc taaccccttg tgggatggag ccgtctaagg tgagactcgt 1440
gattgggact 1450
<210> 23
<211> 1406
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Gemmiger formicilis group
<400> 23
catgcagtcg acggagctag aggagcttgc ttttcttggc ttagtggcga acgggtgagt 60
aacgcgtgag taacctgccc tggagtgggg gacaacagtt ggaaacgact gctaataccg 120
cataagccca cgatccggca tcggatcgag ggaaaaggat tttttcgctt caggatggac 180
tcgcgtccaa ttagctagtt ggtgaggtaa cggcccacca aggcgacgat tggtagccgg 240
actgagaggt tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 300
gcagtggggg atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtggaggaag 360
aaggttttcg gattgtaaac tcctgtcgtt agggacgata atgacggtac ctaacaagaa 420
agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaaaacgt agggtgcaag cgttgtccgg 480
aattactggg tgtaaaggga gcgcaggcgg accggcaagt tggaagtgaa aactatgggc 540
tcaacccata aattgctttc aaaactgctg gccttgagta gtgcagaggt aggtggaatt 600
cccggtgtag cggtggaatg cgtagatatc gggaggaaca ccagtggcga aggcgaccta 660
ctgggcacca actgacgctg aggctcgaaa gcatgggtag caaacaggat tagataccct 720
ggtagtccat gccgtaaacg atgattacta ggtgttggag gattgacccc ttcagtgccg 780
cagttaacac aataagtaat ccacctgggg agtacgaccg caaggttgaa actcaaagga 840
attgacgggg gcccgcacaa gcagtggagt atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 900
ccttaccagg tcttgacatc cgatgcatag cgcagagatg catgaagtcc ttcgggacat 960
cgagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1020
caacgagcgc aacccttatt gccagttact acgcaagagg actctggcga gactgccgtt 1080
gacaaaacgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccctttatg acctgggcta 1140
cacacgtact acaatggcgt ttaacaaaga gaagcaagac cgcgaggtgg agcaaaactc 1200
aaaaacaacg tctcagttca gattgcaggc tgcaactcgc ctgcatgaag tcggaattgc 1260
tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc gggccttgta cacaccgccc 1320
gtcacaccat gagagccggg gggacccgaa gtcggtagtc taaccgcaag gaggacgccg 1380
ccgaagtaaa actggtgatt ggggtg 1406
<210> 24
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eubacterium eligens group
<400> 24
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcatttg cgacagattt 60
tttcggaatg aagttgctta tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct 120
gccttgtact gggggatagc agctggaaac ggctggtaat accgcataag cgcacaatgt 180
tgcatgacat ggtgtgaaaa actccggtgg tataagatgg acccgcgtct gattagctag 240
ttggtgagat aacagcccac caaggcgacg atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatggagga aactctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtaatt cgttatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga tagtgacggt acctgactaa gaagctccgg ctaaatacgt 480
gccagcagcc gcggtaatac gtatggagca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg 540
gagtgtaggt ggccatgcaa gtcagaagtg aaaatccggg gctcaacccc ggaactgctt 600
ttgaaactgt aaggctggag tgcaggaggg gtgagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct cactggactg taactgacac 720
tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgaatac taggtgtcgg ggcccataag ggcttcggtg ccgcagcaaa cgcaataagt 840
attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca 900
caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aagtcttgac 960
atcccactga ccggacagta atgtgtcctt tccttcggga cagtggagac aggtggtgca 1020
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc 1080
tatccttagt agccagcagt aagatgggca ctctagggag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cttgggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacaaagtga agcgaagtcg tgaggccaag caaatcacaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcag 1320
atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagtcgaaaa tgcccgaagt cggtgaccta acgtaagaag gagccgccga aggcaggttt 1440
gataactggg gtg 1453
<210> 25
<211> 1452
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Blautia wexlerae
<400> 25
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gggaattact ttattgaaac 60
ttcggtcgat ttaatttaat tctagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc 120
ttatacaggg ggataacagt cagaaatggc tgctaatacc gcataagcgc acagagctgc 180
atggctcagt gtgaaaaact ccggtggtat aagatggacc cgcgttggat tagctagttg 240
gtggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc catagccggc ctgagagggt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa 360
tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgaaggaaga agtatctcgg tatgtaaact 420
tctatcagca gggaagatag tgacggtacc tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc 480
agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga tttactgggt gtaaagggag 540
cgtagacggt gtggcaagtc tgatgtgaaa ggcatgggct caacctgtgg actgcattgg 600
aaactgtcat acttgagtgc cggaggggta agcggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc 660
gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac tggacggtaa ctgacgttga 720
ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga 780
tgaatactag gtgtcgggga gcatggctct tcggtgccgt cgcaaacgca gtaagtattc 840
cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag 900
cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaagt cttgacatcc 960
gcctgaccga tccttaaccg gatctttcct tcgggacagg cgagacaggt ggtgcatggt 1020
tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccctatc 1080
ctcagtagcc agcatttaag gtgggcactc tggggagact gccagggata acctggagga 1140
aggcggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgattt gggctacaca cgtgctacaa 1200
tggcgtaaac aaagggaagc gagattgtga gatggagcaa atcccaaaaa taacgtccca 1260
gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga atcgctagta atcgcggatc 1320
agaatgccgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
tcagtaacgc ccgaagtcag tgacctaact gcaaagaagg agctgccgaa ggcgggaccg 1440
atgactgggg tg 1452
<210> 26
<211> 1442
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Ruminococcus bromii
<400> 26
ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggaactgttt tgaaagattt cttcggaatg 60
aatttgattt agtttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gagtaacctg ccttcaagag 120
ggggataaca ttctgaaaag aatgctaata ccgcatgaca tatcggaacc acatggttct 180
gatatcaaag attttatcgc ttgaagatgg actcgcgtcc gattagttag ttggtgaggt 240
aacggctcac caagaccgcg atcggtagcc ggactgagag gttgaacggc cacattggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg ggatattgcg caatgggggc 360
aaccctgacg cagcaacgcc gcgtgaagga tgaaggtttt cggattgtaa acttctttta 420
ttaaggacga aaaatgacgg tacttaatga ataagctccg gctaactacg tgccagcagc 480
cgcggtaata cgtagggagc aagcgttgtc cggatttact gggtgtaaag ggtgcgtagg 540
cggctttgca agtcagatgt gaaatctatg ggctcaaccc ataaactgca tttgaaactg 600
tagagcttga gtgaagtaga ggcaggcgga attccccgtg tagcggtgaa atgcgtagag 660
atggggagga acaccagtgg cgaaggcggc ctgctgggct ttaactgacg ctgaggcacg 720
aaagcgtggg tagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgctgtaa acgatgatta 780
ctaggtgtgg ggggtctgac cccttccgtg ccggagttaa cacaataagt aatccacctg 840
gggagtacgg ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcagtgg 900
agtatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac atccaactaa 960
cgaagtagag atacattagg tgcccttcgg ggaaagttga gacaggtggt gcatggttgt 1020
cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgctatt 1080
agttgctacg caagagcact ctaataggac tgccgttgac aaaacggagg aaggtgggga 1140
cgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgacc tgggctacac acgtactaca atggctgtta 1200
acagagggaa gcaagacagt gatgtggagc aaacccctaa aaacattctc agttcagatt 1260
gcaggctgca acccgcctgc atgaagatgg aattgctagt aatcgcggat cagaatgccg 1320
cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga gccggtaata 1380
cccgaagtca gtagtccaac ctcgtgagga cgctgccgaa ggtaggattg gcgactgggg 1440
tg 1442
<210> 27
<211> 1451
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eubacterium hallii
<400> 27
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcacctt accwgattct 60
tcggatgaaa gwytggtgac tgagtggcgg acgggtgagt aacgcgtggg taacctgccc 120
tgtacagggg gataacagct ggaaacggct gctaataccg cataagcgca cgaggagaca 180
tctccttgtg tgaaaaactc cggtggtaca ggatgggccc gcgtctgatt agctggttgg 240
cagggtaacg gcctaccaag gcaacgatca gtagccggtc tgagaggatg aacggccaca 300
ttggaactga gacacggtcc aaactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat 360
gggggaaacc ctgatgcagc aacgccgcgt gagtgaagaa gtatttcggt atgtaaagct 420
ctatcagcag ggaagataat gacggtacct gactaagaag ctccggctaa atacgtgcca 480
gcagccgcgg taatacgtat ggagcaagcg ttatccggat ttactgggtg taaagggtgc 540
gtaggtggca gtgcaagtca gatgtgaaag gccggggctc aaccccggag ctgcatttga 600
aactgctcgg ctagagtaca ggagaggcag gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 660
tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcctgct ggactgttac tgacactgag 720
gcacgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat 780
gaatactagg tgtcggggcc gtataggctt cggtgccgcc gctaacgcag taagtattcc 840
acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc 900
ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatcct 960
tctgaccgca ccttaatcgg tgctttcctt cgggacagaa gagacaggtg gtgcatggtt 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccctatct 1080
tcagtagcca gcaggtaagg ctgggcactc tggagagact gccagggata acctggagga 1140
aggtggggac gacgtcaaat catcatgccc cttatgatct gggcgacaca cgtgctacaa 1200
tggcggtcac agagtgaggc gaacccgcga gggggagcaa accacaaaaa ggccgtccca 1260
gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga atcgctagta atcgcgaatc 1320
agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
tcggaaatgc ccgaagccag tgacccaacc tttatggagg gagctgtcga aggtggagcc 1440
ggtaactggg g 1451
<210> 28
<211> 1428
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Roseburia inulinivorans
<400> 28
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcacttt tacagatttc 60
ttcggaatga agttttagtg actgagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc 120
ctcacacagg gggataacag ttggaaacgg ctgctaatac cgcataagcg cacagtaccg 180
catggtacag tgtgaaaaac tccggtggtg tgagatggac ccgcgtctga ttagctagtt 240
ggcagggcaa cggcctacca aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300
cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgagcgaag aagtatttcg gtatgtaaag 420
ctctatcagc agggaagaag aaatgacggt acctgactaa gaagcaccgg ctaaatacgt 480
gccagcagcc gcggtaatac gtatggtgca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg 540
gagcgcaggc ggaaggctaa gtctgatgtg aaagcccggg gctcaacccc ggtactgcat 600
tggaaactgg tcatctagag tgtcggaggg gtaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct tactggacga taactgacgc 720
tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgaatac taggtgtcgg aaagcacagc ttttcggtgc cgccgcaaac gcattaagta 840
ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac 900
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacca agtcttgaca 960
tccttctgac cggacagtaa tgtgtccttt ccttcgggac agaagtgaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt 1080
atccccagta gccagcggtt cggacgggca ctctgaggag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cttgggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacaaaggga agcgagaccg tgaggtggag caaatcccaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct ggaatcgcta gtaatcgcag 1320
atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagttggaaa tgcccgaagt cagtgaccca accgcaagga gggagctg 1428
<210> 29
<211> 1452
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of LT907848_s
<400> 29
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcacctt ttaagattct 60
tcggatgatt gatcggtgac tgagtggcgg acgggtgagt aacgcgtggg taacctgccc 120
tgtacagggg gataacagtt ggaaacggct gctaataccg cataagcgca cgagaggaca 180
tcctttcgtg tgaaaaactc cggtggtaca ggatgggccc gcgtctgatt agctggttgg 240
cagggtaacg gcctaccaag gcgacgatca gtagccggtc tgagaggatg aacggccaca 300
ttggaactga gacacggtcc aaactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat 360
gggggaaacc ctgatgcagc aacgccgcgt gagtgaagaa gtatttcggt atgtaaagct 420
ctatcagcag ggaagataat gacggtacct gactaagaag ctccggctaa atacgtgcca 480
gcagccgcgg taatacgtat ggagcaagcg ttatccggat ttactgggtg taaagggtgc 540
gtaggtggca gtgcaagtca gatgtgaaag gccggggctc aaccccggag ctgcatttga 600
aactgcatag ctagagtaca ggagaggcag gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg 660
tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcctgct ggactgttac tgacactgag 720
gcacgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat 780
gaatactagg tgtcggggcc gtataggctt cggtgccgtc gcaaacgcag taagtattcc 840
acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc 900
ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatcct 960
tctgaccact ccgtaatggg agtcttcctt cgggacagaa gagacaggtg gtgcatggtt 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccctatct 1080
tcagtagcca gcaggtaagg ctgggcactc tggagagact gccagggata acctggagga 1140
aggtggggac gacgtcaaat catcatgccc cttatgatct gggcgacaca cgtgctacaa 1200
tggcggtcac aaagtgaggc aaacccgcga gggggagcaa accacaaaaa ggccgtccca 1260
gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga atcgctagta atcgcgaatc 1320
agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
tcggaaatgc ccgaagccag tgacccaacc ttttggaggg agctgtcgaa ggtggagccg 1440
gtaactgggg tg 1452
<210> 30
<211> 1343
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Roseburia cecicola group
<400> 30
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcactct atttgatttt 60
cttcggaaat gaagattttg tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct 120
gcctcataca gggggataac agttggaaac gactgctaat accgcataag cgcacagtac 180
tgcatggtac cgtgtgaaaa actccggtgg tatgagatgg acccgcgtct gattagccag 240
ttggcggggt aacggcccac caaagcgacg atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc 300
cacattggga ctgagacacg gccnnaactc ctrcgggagg cagcagtggg gaatattgcn 360
naatggggga aaccctnatg cagcgacgcc gcgtgagcga agaagtattt cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga aaaatgacgg tacctgacta agaagcaccg gctaaatacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtatggtgc magcgttaty cggatttact gggtgtmaag 540
ggagcgcmgg cggtgcggca agtctgatgt gaaagnccgg ggctymaccc cggnactgca 600
ttggaaactg tcgtactaga gtgtyggagg ggnaagtggn attcctagtg tagcggtgaa 660
atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc ttactggacg attactgacg 720
ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780
acgatgaata ctaggtgtcg gggagcattg ctcttcggtg ccgcagcaaa cgcwataagt 840
attccncctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgcn 900
cnagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gnaacgcgaa gaaccttacc aagtcttgac 960
atccttctga caatrtatgt aatgtatatt ctcttcggag cagaagtgac aggtggtgca 1020
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080
yattcttagt agccagcggt tcggccgggc actctaggga gactgccagg gataacctgg 1140
aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg acttgggcta cacacgtgct 1200
acaatggcgt aaacnaaggg aagcaagacc gtgaggtgga gcaaacccca aaaataacgt 1260
ctcagttcgg actgtagtct gcaactcgac tacacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg 1320
aatcmgaatg ncgcggtgaa tac 1343
<210> 31
<211> 1438
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium celatum group
<400> 31
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gagtggattt ccttcgggat 60
tgaagctagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggcaacc tgcctcatag aggggaatag 120
cctcccgaaa gggagattaa taccgcataa gattgtagct tcgcatgaag tagcaattaa 180
aggagcaatc cgctatgaga tgggcccgcg gcgcattagc tagttggtga ggtaacggct 240
caccaaggcg acgatgcgta gccgacctga gagggtgatc ggccacattg ggactgagac 300
acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg 360
atgcagcaac gccgcgtgag tgatgacggc cttcgggttg taaagctctg tcttcaggga 420
cgataatgac ggtacctgag gaggaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 480
tacgtaggtg gcgagcgttg tccggattta ctgggcgtaa agggagcgta ggcggacttt 540
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gagtgcagga gaggagaatg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag agattaggaa 660
gaacaccagt ggcgaaggcg attctctgga ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcgtg 720
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aggggttgtc atgacctctg tgccgccgct aacgcattaa gtattccgcc tggggagtac 840
ggtcgcaaga ttaaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcagc ggagcatgtg 900
gtttaattcg aagcaacgcg aagaacctta cctagacttg acatctcctg aattacccgt 960
aactggggaa gtcgcttcgg cgacaggaag acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt 1020
gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctattgtta gttgctacca 1080
ttaagttgag cactctagcg agactgcccg ggttaaccgg gaggaaggtg gggatgacgt 1140
caaatcatca tgccccttat gtctagggct acacacgtgc tacaatggca agtacaaaga 1200
gaagcaagac cgcgaggtgg agcaaaactc aaaaacttgt ctcagttcgg attgtaggct 1260
gaaactcgcc tacatgaagc tggagttgct agtaatcgcg aatcagcatg tcgcggtgaa 1320
tacgttcccg ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg agagttggca atacccaaag 1380
tgcgtgatct gactcgcaag agaggaagcg ccctaaggta gggtcagcga ttggggtg 1438
<210> 32
<211> 1441
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of PAC001046_s
<400> 32
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggaatttaca tgaagcctag 60
cgattgtaaa tttagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc ttgtactggg 120
ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcataagcgc acagcttcgc atgaagcagt 180
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agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac 360
cctgatgcag caacgccgcg tgagtgaaga agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca 420
ggaaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg 480
gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga tttactgggt gtaaagggag cgtagacggt 540
tttgcaagtc tgaagtgaaa gcccggggct taaccccggg actgctttgg aaactgtagg 600
actagagtgc aggagaggta agtggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta 660
ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac tggactgtaa ctgacgttga ggctcgaaag 720
cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgattactag 780
gtgttggtgg gtatgaccca tcggtgccgc agcaaacgca ataagtaatc cacctgggga 840
gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca 900
tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttacctggt cttgacatcc ctatgaataa 960
cgggcaatgc cgttagtact tcggtacata ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc 1020
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccttatc tttagtagcc 1080
agcagtaaga tgggcactct agagagactg ccggggataa cccggaggaa ggtggggatg 1140
acgtcaaatc atcatgcccc ttatgaccag ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca 1200
aagagaagcg aagtcgtgag gcagagcgaa tctcaaaaat aacgtctcag ttcggattgt 1260
agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa tcgctagtaa tcgcagatca gaatgctgcg 1320
gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt cggaaatgcc 1380
cgaagtcggt gacctaaccg caaggaagga gccgccgaag gcaggtctga taactggggt 1440
g 1441
<210> 33
<211> 1448
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lactobacillus rogosae group
<400> 33
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg cagtcgaacg aagcatttaa gacagattac 60
ttcggtttga agtcttttat gactgagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg 120
cctcatacag ggggatagca gctggaaacg gctggtaata ccgcataagc gcacagtacc 180
acatggtaca gtgtgaaaaa ctccggtggt atgagatgga cccgcgtctg attagcttgt 240
tggcggggta acggcccacc aaggcgacga tcagtagccg acctgagagg gtgaccggcc 300
acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac 360
aatggaggaa actctgatgc agcgacgccg cgtgagtgaa gaagtagttc gctatgtaaa 420
gctctatcag cagggaagat agtgacggta cctgactaag aagctccggc taaatacgtg 480
ccagcagccg cggtaatacg tatggagcaa gcgttatccg gatttactgg gtgtaaaggg 540
agtgtaggtg gccaggcaag tcagaagtga aagcccgggg ctcaaccccg ggactgcttt 600
tgaaactgca gggctagagt gcaggagggg caagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat 660
gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt gctggactgt aactgacact 720
gaggctcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac 780
gatgaatact aggtgtcggg gcacataagt gctccggtgc cgcagcaaac gcaataagta 840
ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac 900
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacca agtcttgaca 960
tcctcttgac cggtcagtaa tgtgaccttt tcttcggaac aagagtgaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt 1080
atccttagta gccagcagtt cggctgggca ctctagggag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cttgggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacaaagtga agcgagagtg tgagcttaag caaatcacaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcag 1320
atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagtcggaaa tgcccgaagt cggtgaccta acgtaagaag agccgccgaa gcaggtctga 1440
taactggg 1448
<210> 34
<211> 1449
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bacteroides uniformis
<400> 34
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatga acttagcttg 60
ctaagtttga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgatgactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatggca tagttcttcc gcatggtgga 180
actattaaag aatttcggtc atcgatgggg atgcgttcca ttaggttgtt ggcggggtaa 240
cggcccacca agccttcgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360
gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420
acgggaataa agtgaggcac gtgtgccttt ttgtatgtac cgtatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggcgg acgcttaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgggt gtcttgagta cagtagaggc aggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagcttg ctggactgta 720
actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atatacagta agcggccaag cgaaagcgtt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
tgaattgcaa ctgaatgatg tggagacatg tcagccgcaa ggcagttgtg aaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatcgatag ttaccatcag gttatgctgg ggactctgtc gagactgccg tcgtaagatg 1140
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ttacaatggg gggtacagaa ggcagctaca cggcgacgtg atgctaatcc ctaaagcctc 1260
tctcagttcg gattggagtc tgcaacccga ctccatgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca cggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgaaagccgg gggtacctga agtgcgtaac cgcaaggagc gccctagggt aaaactggtg 1440
attggggct 1449
<210> 35
<211> 1442
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Ruminococcus_g2
<400> 35
ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggaactgttt tgaaagattt cttcggaatg 60
aatttgattt agtttagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gagtaacctg ccttcaagag 120
ggggataaca ttctgaaaag aatgctaata ccgcatgaca tatcggaacc acatggttct 180
gatatcaaag attttatcgc ttgaagatgg actcgcgtcc gattagttag ttggtgaggt 240
aacggctcac caagaccgcg atcggtagcc ggactgagag gttgaacggc cacattggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg ggatattgcg caatgggggc 360
aaccctgacg cagcaacgcc gcgtgaagga tgaaggtttt cggattgtaa acttctttta 420
ttaaggacga aaaatgacgg tacttaatga ataagctccg gctaactacg tgccagcagc 480
cgcggtaata cgtagggagc aagcgttgtc cggatttact gggtgtaaag ggtgcgtagg 540
cggctttgca agtcagatgt gaaatctatg ggctcaaccc ataaactgca tttgaaactg 600
tagagcttga gtgaagtaga ggcaggcgga attccccgtg tagcggtgaa atgcgtagag 660
atggggagga acaccagtgg cgaaggcggc ctgctgggct ttaactgacg ctgaggcacg 720
aaagcgtggg tagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgctgtaa acgatgatta 780
ctaggtgtgg ggggtctgac cccttccgtg ccggagttaa cacaataagt aatccacctg 840
gggagtacgg ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcagtgg 900
agtatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac atccaactaa 960
cgaagtagag atacattagg tgcccttcgg ggaaagttga gacaggtggt gcatggttgt 1020
cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgctatt 1080
agttgctacg caagagcact ctaataggac tgccgttgac aaaacggagg aaggtgggga 1140
cgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgacc tgggctacac acgtactaca atggctgtta 1200
acagagggaa gcaagacagt gatgtggagc aaacccctaa aaacattctc agttcagatt 1260
gcaggctgca acccgcctgc atgaagatgg aattgctagt aatcgcggat cagaatgccg 1320
cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga gccggtaata 1380
cccgaagtca gtagtccaac ctcgtgagga cgctgccgaa ggtaggattg gcgactgggg 1440
tg 1442
<210> 36
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lachnospira
<400> 36
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcaacwt atcacgattc 60
cttcgggatg acgatttgtt gactgagtgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg 120
ccttatacag ggggatagca gctggaaacg gctgataata ccgcataagc gcacggcatc 180
gcatgatgca gtgtgaaaaa ctccggtggt ataagatgga cccgcgtctg attagctagt 240
tggtgaggta acggcccacc aaggcaacga tcagtagccg acctgagagg gtgaccggcc 300
acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgcac 360
aatggaggaa actctgatgc agcgacgccg cgtgagcgaa gaagtatttc ggtatgtaaa 420
gctctatcag cagggaagat aatgacggta cctgactaag aagctccggc taaatacgtg 480
ccagcagccg cggtaatacg tatggagcaa gcgttatccg gatttactgg gtgtaaaggg 540
agtgtaggtg gcaaagcaag tcagtagtga aaatccgggg ctcaacctcg gaactgctat 600
tgaaactgtt tagctagagt gcaggagagg taagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat 660
gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt actggactgt aactgacact 720
gaggctcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca cgccgtaaac 780
gatgaatact aggtgttggg tctcataaga gattcggtgc cgcagctaac gcaataagta 840
ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac 900
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacct agtcttgaca 960
tcccgatgac cragtatgta atgtactctt tcttcggaac atcggtgaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaacccct 1080
atttctagta gccagcagtt cggctgggca ctctagagag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga ctagggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacaaagtga agcgagagtg tgagcttaag caaatcacaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcag 1320
atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagtcgaaaa tgcccgaagt cggtgaccta acgtaagaag gagccgccga aggcaggttt 1440
gataactggg gtg 1453
<210> 37
<211> 1451
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bacteroides
<400> 37
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcagga agaaagcttg 60
ctttctttgc tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccctttactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatagca taatgattcc gcatggtttc 180
attattaaag gattccggta aaggatgggg atgcgttcca ttaggttgtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca agccttcgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atgggcgcta 360
gcctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg aaggctctat gggtcgtaaa cttcttttat 420
ataagaataa agtgcagtat gtatactgtt ttgtatgtat tatatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggtgg actggtaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgtca gtcttgagta cagtagaggt gggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagctca ctggactgca 720
actgacactg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atatacagta agcggccaag cgaaagcatt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
taaattgcag tggaatgatg tggaaacatg tcagtgagca atcaccgctg tgaaggtgct 1020
gcatggttgt cgtcagctcg tgccgtgagg tgtcggctta agtgccataa cgagcgcaac 1080
ccttatcttt agttactaac aggttatgct gaggactcta gagagactgc cgtcgtaaga 1140
tgtgaggaag gtggggatga cgtcaaatca gcacggccct tacgtccggg gctacacacg 1200
tgttacaatg gggggtacag aaggcagcta gcgggtgacc gtatgctaat cccaaaatcc 1260
tctctcagtt cggatcgaag tctgcaaccc gacttcgtga agctggattc gctagtaatc 1320
gcgcatcagc cacggcgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcaagc 1380
catgggagcc gggggtacct gaagtacgta accgcaagga tcgtcctagg gtaaaactgg 1440
tgactggggc t 1451
<210> 38
<211> 1431
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Faecalibacterium
<400> 38
cgaacgctgg cggcgcgcct aacacatgca agtcgaacga gcgagagaga gcttgctttc 60
tcaagcgagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtgaggaacc tgcctcaaag agggggacaa 120
cagttggaaa cgactgctaa taccgcataa gcccacgacc cggcatcggg tagagggaaa 180
aggagcaatc cgctttgaga tggcctcgcg tccgattagc tagttggtga ggtaacggcc 240
caccaaggcg acgatcggta gccggactga gaggttgaac ggccacattg ggactgagac 300
acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg 360
atgcagcgac gccgcgtgga ggaagaaggt cttcggattg taaactcctg ttgttgagga 420
agataatgac ggtactcaac aaggaagtga cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 480
aacgtaggtc acaagcgttg tccggaatta ctgggtgtaa agggagcgca ggcgggaagg 540
caagttggaa gtgaaatcca tgggctcaac ccatgaactg ctttcaaaac tgtttttctt 600
gagtagtgca gaggtaggcg gaattcccgg tgtagcggtg gaatgcgtag atatcgggag 660
gaacaccagt ggcgaaggcg gcctactggg caccaactga cgctgaggct cgaaagtgtg 720
ggtagcaaac aggattagat accctggtag tccacactgt ggccgatgtt tactaggtgt 780
tggaggattg accccttcag tgccgcagtt aacacaataa gtaatccacc tggggagtac 840
gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcagt ggagtatgtg 900
gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaagtcttg acatcctgcg acgcacatag 960
aaatatgtgt ttccttcggg acgcagagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt 1020
cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatggtcagt tactacgcaa 1080
gaggactctg gccagactgc cgttgacaaa acggaggaag gtggggatga cgtcaaatca 1140
tcatgccctt tatgacttgg gctacacacg tactacaatg gcgttaaaca aagagaagca 1200
agaccgcgag gtggagcaaa actcagaaac aacgtcccag ttcggactgc aggctgcaac 1260
tcgcctgcac gaagtcggaa ttgctagtaa tcgcagatca gcatgctgcg gtgaatacgt 1320
tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgagagc cggggggacc cgaagtcggt 1380
agtctaaccg caaggaggac gccgccgaag gtaaaactgg tgattggggt g 1431
<210> 39
<211> 1451
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eubacterium_g5
<400> 39
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcacctt accwgattct 60
tcggatgaaa gwytggtgac tgagtggcgg acgggtgagt aacgcgtggg taacctgccc 120
tgtacagggg gataacagct ggaaacggct gctaataccg cataagcgca cgaggagaca 180
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<210> 40
<211> 1415
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Fusicatenibacter
<400> 40
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc gaagcagtta agaagattyt 60
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tggctcggtg tgaaaaactc cggtggtatg ggatgggccc gcgtctgatt aggcagttgg 240
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ctatcagcag ggaagataat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa ctacgtgcca 480
gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat ttactgggtg taaagggagc 540
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tagatattag gaagaacacc agtggcgaag gcggcttact ggacggtaac tgacgttgag 720
gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat 780
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acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc 900
ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatccc 960
gatgaccggc ccgtaacggg gccttctctt cggagcattg gagacaggtg gtgcatggtt 1020
gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccttatcc 1080
tcagtagcca gcaggtaaag ctgggcactc tgtggagact gccagggata acctggagga 1140
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tggcgtaaac aaagggaggc aaagccgcga ggtggagcaa atcccaaaaa taacgtctca 1260
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agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
ttggtaacgc ccgaagtcag tgacccaacc tttta 1415
<210> 41
<211> 1343
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Roseburia
<400> 41
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcactct atttgatttt 60
cttcggaaat gaagattttg tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct 120
gcctcataca gggggataac agttggaaac gactgctaat accgcataag cgcacagtac 180
tgcatggtac cgtgtgaaaa actccggtgg tatgagatgg acccgcgtct gattagccag 240
ttggcggggt aacggcccac caaagcgacg atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc 300
cacattggga ctgagacacg gccnnaactc ctrcgggagg cagcagtggg gaatattgcn 360
naatggggga aaccctnatg cagcgacgcc gcgtgagcga agaagtattt cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga aaaatgacgg tacctgacta agaagcaccg gctaaatacg 480
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ttggaaactg tcgtactaga gtgtyggagg ggnaagtggn attcctagtg tagcggtgaa 660
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ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780
acgatgaata ctaggtgtcg gggagcattg ctcttcggtg ccgcagcaaa cgcwataagt 840
attccncctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgcn 900
cnagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gnaacgcgaa gaaccttacc aagtcttgac 960
atccttctga caatrtatgt aatgtatatt ctcttcggag cagaagtgac aggtggtgca 1020
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080
yattcttagt agccagcggt tcggccgggc actctaggga gactgccagg gataacctgg 1140
aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg acttgggcta cacacgtgct 1200
acaatggcgt aaacnaaggg aagcaagacc gtgaggtgga gcaaacccca aaaataacgt 1260
ctcagttcgg actgtagtct gcaactcgac tacacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg 1320
aatcmgaatg ncgcggtgaa tac 1343
<210> 42
<211> 1451
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Subdoligranulum
<400> 42
gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac ggagttattt cggttgaagt 60
tttcggatgg atactggttt aacttagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt gagtaacctg 120
ccctggagtg ggggacaaca gttggaaacg actgctaata ccgcataagc ccacggcccg 180
gcatcgggct gagggaaaag gatttattcg cttcaggatg gactcgcgtc caattagcta 240
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ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg gggatattgc 360
acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtggagg aagaaggttt tcggattgta 420
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tttcaaaact gctggccttg agtagtgcag aggtaggtgg aattcccggt gtagcggtgg 660
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gctgaggctc gaaagcatgg gtagcaaaca ggattagata ccctggtagt ccatgccgta 780
aacgatgatt actaggtgtt ggaggattga ccccttcagt gccgcagtta acacaataag 840
taatccacct ggggagtacg accgcaaggt tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc 900
acaagcagtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960
catccgatgc atagtgcaga gatgcatgaa gtccttcggg acatcgagac aggtggtgca 1020
tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080
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gcgtttaaca aagagaagca agaccgcgag gtggagcaaa actcaaaaac aacgtctcag 1260
ttcagattgc aggctgcaac tcgcctgcat gaagtcggaa ttgctagtaa tcgcggatca 1320
gcatgccgcg gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgagagc 1380
cggggggacc cgaagtcggt agtctaaccg caaggaggac gccgccgaag gtaaaactgg 1440
tgattggggt g 1451
<210> 43
<211> 1452
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Blautia
<400> 43
gatnaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc gaagcgctaa gacagatttc 60
ttcggattga agtctttgtg acttagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc 120
ctcatacagg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac cgcntnagcg cacaggaccg 180
nntggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac ccgcgtctga ttagctngtt 240
ggaggggtaa cggcccacca aggcgacgat cagtagccgg cctgagaggg tgaacggcca 300
cattgggact gagacacggc cnngactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag aagtatctcg gtatgtaaac 420
ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactnaga agccccggct aactacgtgc 480
cagcagccgc ggtaatacgt aggggnnnag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga 540
gcgtagacgg aagagcnagt ctgatgtgaa aggctgggnc ttaaccccag gactgcattg 600
gaaactgttg ttcgagagtg ccggagaggt aagcggaatt cctagtgtng cggtgaaatg 660
cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta ctggacggta actgacgttg 720
aggctcnaaa gcgtggggag caaacaggat tagntaccct ggtagtccac gccgtnaacn 780
atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg cagcaaacgc aataagtatt 840
ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga attgacgggn anccgcacaa 900
gcggtggagc atgtggttta attcgaanna acgcgaagaa ccttaccaag tcttgacatc 960
cctctgaccg tcccgtaacg ggggcttccc ttcggggcag aggagacagg tggtgcatgg 1020
ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg cnacccttat 1080
ccttagtagc cagcacatga tggtgggcac tctagggaga ctgccgggga tnacccggag 1140
gaaggcgggg acgangtnna atcatcatgc cccttatgat ttgggctaca cacgtgctac 1200
aatggcgtaa acnaagggaa gcgagacagc gatgttgagc gaatcccaaa aatnacgtcc 1260
cagttcggac tgcagtctgc nactcgactg cacgaagctg gaatcgctag taatcgcgga 1320
tcngaatgcc gcggtgaatn cgttcccggg ncttgtacac accgcccgtc acaccatggg 1380
agtcagtaac gcccgaagtc agtgacctaa ccgaaaggaa ggagctgccg aaggcgggac 1440
cgataactgg gg 1452
<210> 44
<211> 1447
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of CCMM_g
<400> 44
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcttcacttc ggtgaagagt 60
ggcgaacggg tgagtaatac ataagtaacc tggcatctac agggggataa ctgatggaaa 120
cgtcagctaa gaccgcatag gtgtagagat cgcatgaact ctatatgaaa agtgctacgg 180
gactggtaga tgatggactt atggcgcatt agcttgttgg tagggtaacg gcctaccaag 240
gcgacgatgc gtagccgacc tgagagggtg accggccaca ctgggactga gacacggccc 300
agactcctac gggaggcagc agtagggaat tttcggcaat gggggaaacc ctgaccgagc 360
aacgccgcgt gaaggaagaa gtaattcgtt atgtaaactt ctgtcataga ggaagaacgg 420
tggatatagg gaatgatatc caagtgacgg tactctataa gaaagccacg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc gagcgttatc cggaattatt gggcgtaaag 540
agggagcagg cggcactaag ggtctgtggt gaaagatcga agcttaactt cggtaagcca 600
tggaaaccgt agagctagag tgtgtgagag gatcgtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata tatggaggaa caccagtggc gaaggcgacg atctggcgca taactgacgc 720
tcagtcccga aagcgtgggg agcaaatagg attagatacc ctagtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgagtac taagtgttgg gtgtcaaagc tcagtgctgc agttaacgca ataagtactc 840
cgcctgagta gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag 900
cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaggt cttgacatcg 960
atctaaaggc tccagagatg gagagatagc tatagagaag acaggtggtg catggttgtc 1020
gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctgttgcca 1080
gttgccagca ttaagttggg gactctggcg agactgccgg tgacaagccg gaggaaggcg 1140
gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtgc tacaatggac 1200
agagcagagg gaagcgaagc cgcgaggtgg agcgaaaccc ataaaactgt tctcagttcg 1260
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gtcgcggtga atacgttctc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gagagtcggt 1380
aacacccgaa gccggtggcc taaccgcaag gaaggagctg tctaaggtgg gactgatgat 1440
tggggtg 1447
<210> 45
<211> 1455
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Agathobacter
<400> 45
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcacttt atttgatttc 60
cttcgggact gattattttg tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct 120
gccttgtaca gggggataac agttggaaac ggctgctaat accgcataag cgcacggcat 180
cgcatgatgc agtgtgaaaa actccggtgg tataagatgg acccgcgttg gattagctag 240
ttggtgaggt aacggcccac caaggcgacg atccatagcc gacctgagag ggtgaccggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatgggcga aagcctgatg cagcgacgcc gcgtgagcga agaagtattt cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga taatgacggt acctgactaa gaagcaccgg ctaaatacgt 480
gccagcagcc gcggtaatac gtatggtgca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg 540
gagcgcaggc ggtgcggcaa gtctgatgtg aaagcccggg gctcaacccc ggtactgcat 600
tggaaactgt cgtactagag tgtcggaggg gtaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct tactggacga taactgacgc 720
tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgaatac taggtgttgg gaagcattgc ttctcggtgc cgtcgcaaac gcagtaagta 840
ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac 900
aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacca agtcttgaca 960
tccttctgac cggtacttaa ccgtaccttc tcttcggagc aggagtgaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt 1080
atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag actgccaggg ataacctgga 1140
ggaaggcggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cttgggctac acacgtgcta 1200
caatggcgta aacaaaggga agcaaagctg tgaagccgag caaatctcaa aaataacgtc 1260
tcagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct ggaatcgcta gtaatcgcag 1320
atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg 1380
gagttgggaa tgcccgaagc cagtgaccta accgaaagga aggagctgtc gaaggcaggc 1440
tcgataactg gggtg 1455
<210> 46
<211> 1464
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Parasutterella
<400> 46
attgaacgct ggcggaacgc tttacacatg caagtcgaac ggtaacgcgg agagaagctt 60
gcttctctcc ggcgacgagt ggcgaacggg tgagtaatac atcggaacgt gtccgctcgt 120
gggggacaac cagccgaaag gttggctaat accgcatgag ttctacggaa gaaagagggg 180
gacccgcaag ggcctctcgc gagcggagcg gccgatgact gattagcctg ttggtgaggt 240
aacggctcac caaagcaacg atcagtagct ggtctgagag gacgaccagc cacactggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtggg gaattttgga caatgggcgc 360
aagcctgatc cagctattcc gcgtgtggga tgaaggccct cgggttgtaa accacttttg 420
tagagaacga aaagacacct tcgaataaag ggtgttgctg acggtactct aagaataagc 480
accggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gtgcgagcgt taatcggaat 540
tactgggcgt aaagggtgcg caggcggttg agtaagacag atgtgaaatc cccgagctta 600
actcgggaat ggcatatgtg actgctcgac tagagtgtgt cagagggagg tggaattcca 660
cgtgtagcag tgaaatgcgt agatatgtgg aagaacaccg atggcgaagg cagcctcctg 720
ggacataact gacgctcagg cacgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc ctaaacgatg ttaactagtt gttgggaagt aaaattctca gtaacgcagc 840
caacgcgaga agttaaccgc ctgggaagta cggtcgcaag actaaaactc aaaggaattg 900
acggggaccc gcacaagcgg tggatgatgt ggattaattc gatgcaacgc gaaaaacctt 960
acctaccctt gacatgtcag gaagctcttg taatgagagc gtgcccgcaa gggagcctga 1020
acacaggtgc tgcatggctg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca 1080
acgagcgcaa cccttgtcac tagttgctac gaaagggcac tctagtgaga ctgccggtga 1140
caaaccggag gaaggtgggg atgacgtcaa gtcctcatgg cccttatggg tagggcttca 1200
cacgtcatac aatggtcgga acagagggca gcgaagccgt gaggcggagc caatcccaga 1260
aaaccgatcg tagtccggat tgcagtctgc aactcgactg catgaagtcg gaatcgctag 1320
taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac accgcccgtc 1380
aaacaatggg agtggtgttt accagaagtc gttagcctaa ccgcaaggag ggcggcgacc 1440
acggtgagca ccgtgactaa tgtt 1464
<210> 47
<211> 1429
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Romboutsia
<400> 47
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gatttacttc ggtaaagagc 60
ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgccctgtac acacggataa cgtaccgaaa 120
ggtatgctaa tacgagataa aatacttttg tcgcatggta gaagtatcaa agcttttgcg 180
gtacaggatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac 240
gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga actgagacac ggtccaaact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc 360
cgcgtgagcg atgaaggcct tcgggtcgta aagctctgtc ctcaaggaag ataatgacgg 420
tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 480
tagcgttatt ccgaaattac tgggcgaaaa gggtgcgtag ggtggtttct aaagtcagag 540
gtgaaaggct acggctcaac cgtagtaagc ctttgaaact ggggaacttg agtgcaggag 600
aggagagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtt 660
gcgaaggcgg ctctctggac tgtaactgac actgaggcac gaaagcgtgg ggagcaaaca 720
ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgagt actagctgtc ggaggttacc 780
cccttcggtg gcgcagctaa cgcattaagt actccgcctg ggaagtacgc tcgcaagagt 840
gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca caagtagcgg agcatgtggt ttaattcgaa 900
gcaacgcgaa gaaccttacc taagcttgac atccttttga ccgatgccta atcgcatctt 960
tcccttcggg gacagaagtg acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat 1020
gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttgccttta gttgccagca ttaagttggg 1080
cactctagag ggactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca 1140
tgccccttat gcttagggct acacacgtgc tacaatgggt ggtacagagg gcagccaagt 1200
cgtgaggcgg agctaatccc ttaaagccat tctcagttcg gattgtaggc tgaaactcgc 1260
ctacatgaag ctggagttac tagtaatcgc agatcagaat gctgcggtga atgcgttccc 1320
gggtcttgta cacaccgccc gtcacaccac ggaagttggg ggcgcccgaa gccacttagc 1380
taaccctttt gggaagcgag tgtcgaaggt gaaatcaata actggggtg 1429
<210> 48
<211> 1441
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of PAC001046_g
<400> 48
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggaatttaca tgaagcctag 60
cgattgtaaa tttagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc ttgtactggg 120
ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcataagcgc acagcttcgc atgaagcagt 180
gtgaaaaact ccggtggtac aagatggacc cgcgtctgat tagctggttg gtgaggtaac 240
ggcccaccaa ggcgacgatc agtagccggc ctgagagggt gaacggccac attgggactg 300
agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac 360
cctgatgcag caacgccgcg tgagtgaaga agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca 420
ggaaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg 480
gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga tttactgggt gtaaagggag cgtagacggt 540
tttgcaagtc tgaagtgaaa gcccggggct taaccccggg actgctttgg aaactgtagg 600
actagagtgc aggagaggta agtggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta 660
ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac tggactgtaa ctgacgttga ggctcgaaag 720
cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgattactag 780
gtgttggtgg gtatgaccca tcggtgccgc agcaaacgca ataagtaatc cacctgggga 840
gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca 900
tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttacctggt cttgacatcc ctatgaataa 960
cgggcaatgc cgttagtact tcggtacata ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc 1020
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccttatc tttagtagcc 1080
agcagtaaga tgggcactct agagagactg ccggggataa cccggaggaa ggtggggatg 1140
acgtcaaatc atcatgcccc ttatgaccag ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca 1200
aagagaagcg aagtcgtgag gcagagcgaa tctcaaaaat aacgtctcag ttcggattgt 1260
agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa tcgctagtaa tcgcagatca gaatgctgcg 1320
gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt cggaaatgcc 1380
cgaagtcggt gacctaaccg caaggaagga gccgccgaag gcaggtctga taactggggt 1440
g 1441
<210> 49
<211> 1439
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Eubacterium_g23
<400> 49
gtgtgcctaa cacatacaag tcagtcgacg agcttgacga acgattcttc ggatgaattc 60
tgatatgact gagtggcgga cgggtgagta acgcgtgagc aacctgccct tcagaggggg 120
atagcgtctg gaaacggacg gtaataccgc ataatgtaca atgatggcat cattgatgta 180
ccaaagctat tgcgctgaag gatgggctcg cgtctgatta gatagttggt ggggtaacgg 240
cctaccaagt cgacgatcag tagccggact gagaggttga acggccacat tgggactgag 300
acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggcgcaagcc 360
tgatgcagca acgccgcgtg gaggaagacg gttttcggat tgtaaactcc tgttcttagt 420
gaagaaaaat gacggtagct aaggagcaag ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 480
taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggaa ttactgggtg taaagggagc gcaggcgggg 540
gagcaagtca gctgtgaaat ctatgggctt aacccataaa ctgcagttga aactgttctt 600
cttgagtgaa gtagaggttg gcggaattcc gagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattcg 660
gaggaacacc ggtggcgaag gcggccaact gggcttttac tgacgctgag gctcgaaagt 720
gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacac tgtaaacgat gataactagg 780
tgtagggggt ctgacccctt ctgtgccgca gctaacgcaa taagttatcc acctggggag 840
tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc agtggattat 900
gtggtttaat tcgatgcaac gcgaagaacc ttaccagcac ttgacatcca actaacgaaa 960
tagagatata ttaggtgccc ctcggggaaa gttgagacag gtggtgcatg gttgtcgtca 1020
gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaacccctg ccattagttg 1080
ctacgcaaga gcactctaat gggaccgcta ccgacaaggt ggaggaaggt ggggatgacg 1140
tcaaatcatc atgcccctta tgtgctgggc tacacacgta atacaatggt cgttaacaaa 1200
gagaagcaat accgcgaggt ggagcaaaac ttcaaaaacg atctcagttc ggactgtagg 1260
ctgaaactcg cctgcacgaa gttggaattg ctagtaatcg tggatcagca tgccacggtg 1320
aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca tgggagccgg taatacccga 1380
agtcagtagt ctaaccttaa tggaggacgc tgccgaaggt aggattggcg actggggtg 1439
<210> 50
<211> 1462
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of FWNZ_s
<400> 50
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc ggtagcacag agagcttgct 60
ctcgggtgac gagcggcgga cgggtgagta atgtctggga aactgcctga tggaggggga 120
taactactgg aaacggtagc taataccgca taacgtcgca agaccaaagt gggggacctt 180
cgggcctcat gccatcagat gtgcccagat gggattagct agtaggtggg gtaacggctc 240
acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca gccacactgg aactgagaca 300
cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagccatg ccgcgtgtgt gaagaaggcc ttcgggttgt aaagcacttt cagcggggag 420
gaaggcggtg aggttaataa cctcatcgat tgacgttacc cgcagaagaa gcaccggcta 480
actccgtgcc agcagccgcg gtaatacgga gggtgcaagc gttaatcgga attactgggc 540
gtaaagcgca cgcaggcggt ctgtcaagtc ggatgtgaaa tccccgggct caacctggga 600
actgcattcg aaactggcag gctagagtct tgtagagggg ggtagaattc caggtgtagc 660
ggtgaaatgc gtagagatct ggaggaatac cggtggcgaa ggcggccccc tggacaaaga 720
ctgacgctca ggtgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg 780
ccgtaaacga tgtcgatttg gaggttgtgc ccttgaggcg tggcttccgg agctaacgcg 840
ttaaatcgac cgcctgggga gtacggccgc aaggttaaaa ctcaaatgaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctggt 960
cttgacatcc acagaactta gcagagatgc tttggtgcct tcgggaactg tgagacaggt 1020
gctgcatggc tgtcgtcagc tcgtgttgtg aaatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc 1080
aacccttatc ctttgttgcc agcggttagg ccgggaactc aaaggagact gccagtgata 1140
aactggagga aggtggggat gacgtcaagt catcatggcc cttacgacca gggctacaca 1200
cgtgctacaa tggcatatac aaagagaagc gacctcgcga gagcaagcgg acctcataaa 1260
gtatgtcgta gtccggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagtcgga atcgctagta 1320
atcgtagatc agaatgctac ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac 1380
accatgggag tgggttgcaa aagaagtagg tagcttaacc ttcgggaggg cgcttaccac 1440
tttgtgattc atgactgggg tg 1462
<210> 51
<211> 1454
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Flavonifractor plautii
<400> 51
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac ggggtgctca tgacggagga 60
ttcgtccaat ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg aggaacctgc 120
cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac cgcatgaagc agttgggtcg 180
catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc ctcgcgtctg attagctagt 240
aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg gactgagagg ttgaccggcc 300
acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc agcagtgggg aatattgggc 360
aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa gaaggctttc gggttgtaaa 420
cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg aataagccac ggctaactac 480
gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat ccggatttac tgggtgtaaa 540
gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg gggctcaacc tccagcctgc 600
atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg aattccgtgt gtagcggtga 660
aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg attgctggac agtaactgac 720
gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacgccgta 780
aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt gccgcagtta acacaataag 840
tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc 900
acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac cagggcttga 960
catcccacta acgaggcaga gatgcgttag gtgcccttcg gggaaagtgg agacaggtgg 1020
tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080
cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga ctgccgttga caaaacggag 1140
gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc ctgggccaca cacgtactac 1200
aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag caaatcccta aaagccatcc 1260
cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg gaatcgctag taatcgcgga 1320
tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380
agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag ggcgcggccg aaggtgggtt 1440
cgataattgg ggtg 1454
<210> 52
<211> 1471
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Streptococcus gallolyticus group
<400> 52
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac gctgactact ttagcttgct 60
agagtagaag gagttgcgaa cgggtgagta acgcgtaggt aacctgccta ctagcggggg 120
ataactattg gaaacgatag ctaataccgc ataacagtgt ttaacacatg ttagatgctt 180
gaaagatgca aatgcatcac tagtagatgg acctgcgttg tattagctag ttggtggggt 240
aacggcctac caaggcgacg atacatagcc gacctgagag ggtgatcggc cacactggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggggc 360
aaccctgacc gagcaacgcc gcgtgagtga agaaggtttt cggatcgtaa agctctgttg 420
taagagaaga acgtgtgtga gagtggaaag ttcacacagt gacggtaact taccagaaag 480
ggacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtcccgagcg ttgtccggat 540
ttattgggcg taaagcgagc gcaggcggtt taataagtct gaagttaaag gcagtggctt 600
aaccattgtt cgctttggaa actgttaaac ttgagtgcag aaggggagag tggaattcca 660
tgtgtagcgg tgaaatgcgt agatatatgg aggaacaccg gtggcgaaag cggctctctg 720
gtctgtaact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacgctg agtgctaggt gttaggccct ttccggggct tagtgccgca 840
gctaacgcat taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat 900
tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960
ttaccaggtc ttgacatccc gatgctattt ctagagatag aaagtttctt cggaacatcg 1020
gtgacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca acccctattg ttagttgcca tcattgagtt gggcactcta gcgagactgc 1140
cggtaataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg 1200
gctacacacg tgctacaatg gttggtacaa cgagtcgcaa gtcggtgacg gcaagcaaat 1260
ctcttaaagc caatctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagtcggaat 1320
cgctagtaat cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg 1380
cccgtcacac cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaacctt ttaggagcca 1440
gccgcctaag gtgggataga tgattggggt g 1471
<210> 53
<211> 1437
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium neonatale
<400> 53
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gatgaagttt ccttcgggaa 60
acggattagc ggcggacggg tgagtaacac gtgggtaacc tgccttatag tgggggatag 120
cctttcgaaa ggaagattaa taccgcataa gattgtagta tcgcatgata tagcaattaa 180
aggagtaatc cgctataaga tggacccgcg tcgcattagc tagttggtga ggtaatggct 240
caccaaggcg acgatgcgta gccgacctga gagggtgatc ggccacattg ggactgagac 300
acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg cgaaagcctg 360
atgcagcaac gccgcgtgag tgatgacggc cttcgggttg taaaactctg tcttcaggga 420
cgataatgac ggtacctgag gaggaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 480
tacgtaggtg gcaagcgttg tccggattta ctgggcgtaa agggagcgta ggcggatgtt 540
taagtgggat gtgaaatact cgggctcaac ttgagtgctg cattccaaac tggatatcta 600
gagtgcagga gaggaaagga gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag agattaggaa 660
gaataccagt ggcgaaggcg cctttctgga ctgtaactga cgctgaggct cgaaagcgtg 720
gggagcaaac aggattagat accctggtag tccacgccgt aaacgatgaa tactaggtgt 780
aggggttgtc atgacctctg tgccgccgct aacgcattaa gtattccgcc tggggagtac 840
ggtcgcaaga ttaaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcagc ggagcatgtg 900
gtttaattcg aagcaacgcg aagaacctta cctagacttg acatctcctg aattactctg 960
taatggagga agctcttcgg agcaggaaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg 1020
tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttattgttag ttgctaccat 1080
ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg aggaaggtgg ggatgacgtc 1140
aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct acaatggccg gtacagtaag 1200
atgcaatacc gtgaggtgga gcaaaactca aaaaccggtc tcagttcgga ttgtaggctg 1260
aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat 1320
acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga gagttggcaa tacccaaagt 1380
tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag ggtcagcgat tggggtg 1437
<210> 54
<211> 1425
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridioides difficile group
<400> 54
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagttgagc gatttacttc ggtaaagagc 60
ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc taccctgtac acacggataa cataccgaaa 120
ggtatgctaa tacgggataa tatatttgag aggcatctct tgaatatcaa aggtgagccg 180
gtacaggatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac 240
gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga actgagacac ggtccaaact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc 360
cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc ctcaaggaag ataatgacgg 420
tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 480
tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg cggtctttca agtcaggagt 540
gaaaggctac ggctcaaccg tagtaagctc ttgaaactgg gagacttgag tgcaggagag 600
gagagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagttgc 660
gaaggcggct ctctggactg taactgacgc tgaggcacga aagcgtgggg agcaaacagg 720
attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgagtac taggtgtcgg gggttacccc 780
cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg aagtacgctc gcaagagtga 840
aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag catgtggttt aattcgaagc 900
aacgcgaaga accttaccta agcttgacat cccaatgaca tctccttaat cggagagttc 960
ccttcgggga cattggtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt 1020
tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgtctttagt tgccatcatt aagttgggca 1080
ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1140
ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtag tacagagggt tgccaagccg 1200
taaggtggag ctaatccctt aaagctactc tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct 1260
acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat gcgttcccgg 1320
gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg gagttggaga cgcccgaagc cgattatcta 1380
accttttgga agaagtcgtc gaaggtggaa tcaataactg gggtg 1425
<210> 55
<211> 1396
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Veillonella ratti group
<400> 55
aaagtggaag cttgcttcta gcgatcttag tggcgaacgg gtgagtaacg cgtaaccaac 60
ctgcccttca gagggggata acaacgggaa accgttgcta ataccgcgta cgaatgaact 120
tcggcatcgg agctcattga aaggtggcct ctatttataa gctatcgctg aaggaggggg 180
ttgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcaatgat cagtagccgg 240
tctgagagga tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaagca 300
gcagtgggga atcttccgca atggacgaaa gtctgacgga gcaacgccgc gtgagtgatg 360
acggccttcg ggttgtaaag ctctgttaat cgggacgaat ggtctttgtg tgaataatgc 420
aaagatttga cggtaccgga atagaaagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta 480
atacgtaggt ggcaagcgtt gtccggaatt attgggcgta aagcgcgcgc aggcggtttc 540
ataagtctgt cttaaaagtg cggggcttaa ccccgtgagg ggatggaaac tatggaactg 600
gagtatcgga gaggaaagcg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggaa 660
gaacaccagt ggcgaaggcg gctttctgga cgacaactga cgctgaggcg cgaaagccag 720
gggagcgaac gggattagat accccggtag tcctggccgt aaacgatggg tactaggtgt 780
aggaggtatc gaccccttct gtgccggagt taacgcaata agtaccccgc ctggggagta 840
cggtcgcaag gctgaaactc aaaggaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagtatgt 900
ggtttaattc gacgcaacgc gaagaacctt accaggtctt gacattgatg gacgaaacaa 960
gagattgttt ttctccttcg ggagccagaa aacaggtggt gcacggctgt cgtcagctcg 1020
tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccctatctta tgttgccagc 1080
acttcgggtg ggaactcatg agagactgcc gcagacaatg cggaggaagg cggggatgac 1140
gtcaagtcat catgcccctt atgacctggg ctacacacgt actacaatgg gctttaatag 1200
agggaagcga aaccgcgagg tggagcaaac cccagaaaca agctctcagt tcggatcgta 1260
ggctgcaact cgcctacgtg aagtcggaat cgctagtaat cgcaggtcag catactgcgg 1320
tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac cacgaaagtc ggaagtaccc 1380
aaagccggtg gggtaa 1396
<210> 56
<211> 1464
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Escherichia coli group
<400> 56
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagaa agcagcttgc 60
tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaaactgcct gatggagggg 120
gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg caagaccaaa gagggggacc 180
ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag ctagtaggtg gggtaacggc 240
tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct 360
gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg 420
aggaagggag taaagttaat acctttgctc attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg 540
gcgtaaagcg cacgcaggcg gtttgttaag tcagatgtga aatccccggg ctcaacctgg 600
gaactgcatc tgatactggc aagcttgagt ctcgtagagg ggggtagaat tccaggtgta 660
gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat accggtggcg aaggcggccc cctggacgaa 720
gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cgccgtaaac gatgtcgact tggaggttgt gcccttgagg cgtggcttcc ggagctaacg 840
cgttaagtcg accgcctggg gagtacggcc gcaaggttaa aactcaaatg aattgacggg 900
ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgatgc aacgcgaaga accttacctg 960
gtcttgacat ccacggaagt tttcagagat gagaatgtgc cttcgggaac cgtgagacag 1020
gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgttg tgaaatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080
gcaaccctta tcctttgttg ccagcggtcc ggccgggaac tcaaaggaga ctgccagtga 1140
taaactggag gaaggtgggg atgacgtcaa gtcatcatgg cccttacgac cagggctaca 1200
cacgtgctac aatggcgcat acaaagagaa gcgacctcgc gagagcaagc ggacctcata 1260
aagtgcgtcg tagtccggat tggagtctgc aactcgactc catgaagtcg gaatcgctag 1320
taatcgtgga tcagaatgcc acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc 1380
acaccatggg agtgggttgc aaaagaagta ggtagcttaa ccttcgggag ggcgcttacc 1440
actttgtgat tcatgactgg ggtg 1464
<210> 57
<211> 1437
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium paraputrificum
<400> 57
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gatgaagttc cttcgggaac 60
ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg ccttatagag gggaatagcc 120
ttccgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagcttc gcatgaagta gcaattaaag 180
gagcaatccg ctataagatg ggcccgcggc gcattagcta gttggtgagg taacggctca 240
ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattggg actgagacac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat 360
gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta aagctctgtc tttggggacg 420
ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata 480
cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag ggagcgtagg cggattttta 540
agtgggatgt gaaatacccg ggctcaacct gggtgctgca ttccaaactg gaaatctaga 600
gtgcaggagg ggaaagtgga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagag attaggaaga 660
acaccagtgg cgaaggcgac tttctggact gtaactgacg ctgaggctcg aaagcgtggg 720
gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgtag 780
gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt attccgcctg gggagtacgg 840
tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagtagcgg agcatgtggt 900
ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac atctcctgaa ttaccatgta 960
atgtgggaag tcctttcggg gacaggaaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg 1020
tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttattgttag ttgctaccat 1080
ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg aggaaggtgg ggatgacgtc 1140
aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct acaatggccg gtacaacgag 1200
atgcaatacc gtgaggtgga gcaaaactat aaaaccggtc tcagttcgga ttgtaggctg 1260
aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat 1320
acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga gagttggcaa tacccaaagt 1380
tggtgatcta acccgtaagg gaggaagcca cctaaggtag ggtcagcgat tggggtg 1437
<210> 58
<211> 1450
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bacteroides vulgatus
<400> 58
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatgg tcttagcttg 60
ctaaggccga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgtctactc 120
ttggacagcc ttctgaaagg aagattaata caagatggca tcatgagtcc gcatgttcac 180
atgattaaag gtattccggt agacgatggg gatgcgttcc attagatagt aggcggggta 240
acggcccacc tagtcttcga tggatagggg ttctgagagg aaggtccccc acattggaac 300
tgagacacgg tccaaactcc tacgggaggc agcagtgagg aatattggtc aatgggcgag 360
agcctgaacc agccaagtag cgtgaaggat gactgcccta tgggttgtaa acttctttta 420
taaaggaata aagtcgggta tgcatacccg tttgcatgta ctttatgaat aaggatcggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gaggatccga gcgttatccg gatttattgg 540
gtttaaaggg agcgtagatg gatgtttaag tcagttgtga aagtttgcgg ctcaaccgta 600
aaattgcagt tgatactgga tatcttgagt gcagttgagg caggcggaat tcgtggtgta 660
gcggtgaaat gcttagatat cacgaggaac tccgattgcg aaggcagcct gctaagctgc 720
aactgacatt gaggctcgaa agtgtgggta tcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cacggtaaac gatgaatact cgctgtttgc gatatacggc aagcggccaa gcgaaagcgt 840
taagtattcc acctggggag tacgccggca acggtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc 900
ccgcacaagc ggaggaacat gtggtttaat tcgatgatac gcgaggaacc ttacccgggc 960
ttaaattgca gatgaattac ggtgaaagcc gtaagccgca aggcatctgt gaaggtgctg 1020
catggttgtc gtcagctcgt gccgtgaggt gtcggcttaa gtgccataac gagcgcaacc 1080
cttgttgtca gttactaaca ggttctgctg aggactctga caagactgcc atcgtaagat 1140
gtgaggaagg tggggatgac gtcaaatcag cacggccctt acgtccgggg ctacacacgt 1200
gttacaatgg ggggtacaga gggccgctac cacgcgagtg gatgccaatc ccaaaaacct 1260
ctctcagttc ggactggagt ctgcaacccg actccacgaa gctggattcg ctagtaatcg 1320
cgcatcagcc acggcgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcaagcc 1380
atgggagccg ggggtacctg aagtgcgtaa ccgcgaggag cgccctaggg taaaactggt 1440
gactggggct 1450
<210> 59
<211> 1485
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Veillonella atypica
<400> 59
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagagcgat ggaagcttgc 60
ttctatcaat cttagtggcg aacgggtgag taacgcgtaa tcaacctgcc cttcagaggg 120
ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcatacgatc caatctcggc atcgagactg 180
gatgaaaggt ggcctctatt tataagctat cactgaagga ggggattgcg tctgattagc 240
tagttggagg ggtaacggcc caccaaggcg atgatcagta gccggtctga gaggatgaac 300
ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatctt 360
ccgcaatgga cgaaagtctg acggagcaac gccgcgtgag tgatgacggc cttcgggttg 420
taaagctctg ttaatcggga cgaatggttc ttgtgcgaat agtgcgagga tttgacggta 480
ccggaataga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa 540
gcgttgtccg gaattattgg gcgtaaagcg cgcgcaggcg gatcagttag tctgtcttaa 600
aagttcgggg cttaaccccg tgatgggatg gaaactgctg atctagagta tcggagagga 660
aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaagaaca ccagtggcga 720
aggcgacttt ctggacgaaa actgacgctg aggcgcgaaa gccaggggag cgaacgggat 780
tagatacccc ggtagtcctg gccgtaaacg atgggtacta ggtgtaggag gtatcgaccc 840
cttctgtgcc ggagttaacg caataagtac cccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga 900
aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag tatgtggttt aattcgacgc 960
aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat tgatggacag aaccagagat ggttcctctt 1020
cttcggaagc cagaaaacag gtggtgcacg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg 1080
ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttatgttg ccagcacttc gggtgggaac 1140
tcatgagaga ctgccgcaga caatgcggag gaaggcgggg atgacgtcaa atcatcatgc 1200
cccttatgac ctgggctaca cacgtactac aatgggagtt aatagacgga agcgaaaccg 1260
cgaggtggag caaacccgag aaacactctc tcagttcgga tcgtaggctg caactcgcct 1320
acgtgaagtc ggaatcgcta gtaatcgcag gtcagcatac tgcggtgaat acgttcccgg 1380
gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggaag tgcccaaagc cggtggggta 1440
accttcggga gccagccgtc taaggtaaag tcgatgattg gggtg 1485
<210> 60
<211> 1485
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Veillonella dispar
<400> 60
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagagcgat ggaagcttgc 60
ttctatcaat cttagtggcg aacgggtgag taacgcgtaa tcaacctgcc cttcagaggg 120
ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcatacgatc taacctcggc atcgaggata 180
gatgaaaggt ggcctctatt tataagctat cactgaagga ggggattgcg tctgattagc 240
tagttggagg ggtaacggcc caccaaggcg atgatcagta gccggtctga gaggatgaac 300
ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatctt 360
ccgcaatgga cgaaagtctg acggagcaac gccgcgtgag tgatgacggc cttcgggttg 420
taaagctctg ttaatcggga cgaaaggcct tcttgcgaat agttagaagg attgacggta 480
ccggaataga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa 540
gcgttgtccg gaattattgg gcgtaaagcg cgcgcaggcg gattggtcag tctgtcttaa 600
aagttcgggg cttaaccccg tgatgggatg gaaactgcca atctagagta tcggagagga 660
aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaagaaca ccagtggcga 720
aggcgacttt ctggacgaaa actgacgctg aggcgcgaaa gccaggggag cgaacgggat 780
tagatacccc ggtagtcctg gccgtaaacg atgggtacta ggtgtaggag gtatcgaccc 840
cttctgtgcc ggagttaacg caataagtac cccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga 900
aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag tatgtggttt aattcgacgc 960
aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat tgatggacag aactagagat agttcctctt 1020
cttcggaagc cagaaaacag gtggtgcacg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg 1080
ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttatgttg ccagcacttt gggtgggaac 1140
tcatgagaga ctgccgcaga caatgcggag gaaggcgggg atgacgtcaa atcatcatgc 1200
cccttatgac ctgggctaca cacgtactac aatgggagtt aatagacgga agcaataccg 1260
cgaggtggag caaacccgag aaacactctc tcagttcgga tcgtaggctg caactcgcct 1320
acgtgaagtc ggaatcgcta gtaatcgcag gtcagcatac tgcggtgaat acgttcccgg 1380
gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggaag tgcccaaagc cggtggggta 1440
accttcggga gccagccgtc taaggtaaag tcgatgattg gggtg 1485
<210> 61
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Pseudoflavonifractor
<400> 61
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac ggagagctca tgacagagga 60
ttcgtccaat ggattgggtt tcttagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg aggaacctgc 120
ctcggagtgg ggaataacag tccgaaagga ctgctaatac cgcataatgc agctgagtcg 180
catgacctgg ctgccaaaga tttatcgctc tgagatggcc tcgcgtctga ttagctagtt 240
ggcggggtaa cggcccacca aggcgacgat cagtagccgg actgagaggt tggccggcca 300
cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattgggca 360
atgggcgcaa gcctgaccca gcaacgccgc gtgaaggatg aaggctttcg ggttgtaaac 420
ttcttttatc agggacgaaa taaatgacgg tacctgatga ataagccacg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttatc cggatttact gggtgtaaag 540
ggcgtgtagg cgggactgca agtcaggtgt gaaaaccacg ggctcaacct gtggcctgca 600
tttgaaactg tagttcttga gtgctggaga ggcaatcgga attccgtgtg tagcggtgaa 660
atgcgtagat atacggagga acaccagtgg cgaaggcgga ttgctggaca gtaactgacg 720
ctgaggcgcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780
acgatggata ctaggtgtgg ggggactgac cccctccgtg ccgcagttaa cacaataagt 840
atcccacctg gggagtacga tcgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcggtgg agtatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc agggcttgac 960
atccgactaa cgaagcagag atgcattagg tgcccttcgg ggaaagtcga gacaggtggt 1020
gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080
ccttattgtt agttgctacg caagagcact ctagcgagac tgccgttgac aaaacggagg 1140
aaggtgggga cgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgtcc tgggccacac acgtactaca 1200
atggtggtta acagagggaa gcaatgccgc gaggtggagc aaatccctaa aagccatccc 1260
agttcggatt gcaggctgaa acccgcctgt atgaagttgg aatcgctagt aatcgcggat 1320
cagcatgccg cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca caccatgaga 1380
gtcgggaaca cccgaagtcc gtagcctaac cgcaaggagg gcgcggccga aggtgggttc 1440
gataattggg gtg 1453
<210> 62
<211> 1425
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridioides
<400> 62
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagttgagc gatttacttc ggtaaagagc 60
ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc taccctgtac acacggataa cataccgaaa 120
ggtatgctaa tacgggataa tatatttgag aggcatctct tgaatatcaa aggtgagccg 180
gtacaggatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac 240
gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga actgagacac ggtccaaact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc 360
cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc ctcaaggaag ataatgacgg 420
tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 480
tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg cggtctttca agtcaggagt 540
gaaaggctac ggctcaaccg tagtaagctc ttgaaactgg gagacttgag tgcaggagag 600
gagagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagttgc 660
gaaggcggct ctctggactg taactgacgc tgaggcacga aagcgtgggg agcaaacagg 720
attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgagtac taggtgtcgg gggttacccc 780
cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg aagtacgctc gcaagagtga 840
aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag catgtggttt aattcgaagc 900
aacgcgaaga accttaccta agcttgacat cccaatgaca tctccttaat cggagagttc 960
ccttcgggga cattggtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt 1020
tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgtctttagt tgccatcatt aagttgggca 1080
ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1140
ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtag tacagagggt tgccaagccg 1200
taaggtggag ctaatccctt aaagctactc tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct 1260
acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat gcgttcccgg 1320
gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg gagttggaga cgcccgaagc cgattatcta 1380
accttttgga agaagtcgtc gaaggtggaa tcaataactg gggtg 1425
<210> 63
<211> 1464
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Escherichia
<400> 63
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtaacagaa agcagcttgc 60
tgctttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaaactgcct gatggagggg 120
gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg caagaccaaa gagggggacc 180
ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag ctagtaggtg gggtaacggc 240
tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct 360
gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg 420
aggaagggag taaagttaat acctttgctc attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg 540
gcgtaaagcg cacgcaggcg gtttgttaag tcagatgtga aatccccggg ctcaacctgg 600
gaactgcatc tgatactggc aagcttgagt ctcgtagagg ggggtagaat tccaggtgta 660
gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat accggtggcg aaggcggccc cctggacgaa 720
gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cgccgtaaac gatgtcgact tggaggttgt gcccttgagg cgtggcttcc ggagctaacg 840
cgttaagtcg accgcctggg gagtacggcc gcaaggttaa aactcaaatg aattgacggg 900
ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgatgc aacgcgaaga accttacctg 960
gtcttgacat ccacggaagt tttcagagat gagaatgtgc cttcgggaac cgtgagacag 1020
gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgttg tgaaatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080
gcaaccctta tcctttgttg ccagcggtcc ggccgggaac tcaaaggaga ctgccagtga 1140
taaactggag gaaggtgggg atgacgtcaa gtcatcatgg cccttacgac cagggctaca 1200
cacgtgctac aatggcgcat acaaagagaa gcgacctcgc gagagcaagc ggacctcata 1260
aagtgcgtcg tagtccggat tggagtctgc aactcgactc catgaagtcg gaatcgctag 1320
taatcgtgga tcagaatgcc acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc 1380
acaccatggg agtgggttgc aaaagaagta ggtagcttaa ccttcgggag ggcgcttacc 1440
actttgtgat tcatgactgg ggtg 1464
<210> 64
<211> 1449
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium_g24
<400> 64
gatcaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcaatta agatgaagtt 60
ttcggatgga atcttgattg actgagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg gataacctgc 120
ctcacactgg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac cgcataagcg cacagtgccg 180
catggcagtg tgtgaaaaac tccggtagtg tgagatggat ccgcgtctga ttagccagtt 240
ggcggggtaa cggcccacca aagcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300
cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag aagtatttcg gtatgtaaag 420
ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga agccccggct aactacgtgc 480
cagcagccgc ggtaatacgt agggggcnag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga 540
gcgtagacgg cgaagcaagt ctgaagtgaa aacccagggc tcaaccctgg cactgctttg 600
gaaactgttt tgctagagtg tcggagaggt aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg 660
cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta ctggacgata actgacgttg 720
aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg 780
atgaatgcta ggtgttgggg ggcaaagcct tcggtgccgc cgcaaacgca gtaagcattc 840
cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga nccgcacaag 900
cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagnaa cgcgaagaac cttaccaagt cttgacatcc 960
ccctgacggc cggtaacgcg gccnttcttc gggacagggg agacaggtgg tgcatggttg 1020
tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttatcct 1080
tagtagccag caggtaaagc tgggcactct agggagactg ccagggataa cctggaggaa 1140
ggtggggatg acgtcaaatc atcatgcccc ttatgatttg ggctacacac gtgctacaat 1200
ggcgtaaaca aagggaagcg agacagtgat gtggagcaaa tcccaaaaat aacgtcccag 1260
ttcggactgt agtctgcaac ccgactacac gaagctggaa tcgctagtaa tcgcgaatca 1320
gaatgtcgcg gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt 1380
cagcaacgcc cgaagtcagt gacccaaccg aaaggaggga gctgccnaag gcggggcagg 1440
taacngggg 1449
<210> 65
<211> 1435
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium
<400> 65
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc gatgaagctc cttcgggagt 60
ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg cctcatagag gggaatagcc 120
tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc gcatggtaca gcaattaaag 180
gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta gttggtgagg taacggctca 240
ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattggg actgagacac 300
ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat 360
gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggtct tcggattgta aagctctgtc tttagggacg 420
ataatgacgg tacctaagga ggaagccacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata 480
cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag ggagcgtagg tggatattta 540
agtgggatgt gaaatacccg ggcttaacct gggtgctgca ttccaaactg gatatctaga 600
gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagag attaggaaga 660
ataccagtgg cgaaggcgac tttctggact gtaactgaca ctgaggctcg aaagcgtggg 720
gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgtag 780
gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt attccgcctg gggagtacgg 840
tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcagcgg agcatgtggt 900
ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac atctcctgaa ttactctgta 960
atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg 1020
tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttattgttag ttgctaccat 1080
ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg aggaaggtgg ggatgacgtc 1140
aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct acaatggtcg gtacaatgag 1200
atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc tcagttcgga ttgtaggctg 1260
aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat 1320
acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga gagttggcaa tacccaaagt 1380
tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg tcagcgattg gggtg 1435
<210> 66
<211> 1485
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Veillonella
<400> 66
gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagagcgat ggaagcttgc 60
ttctatcaat cttagtggcg aacgggtgag taacgcgtaa tcaacctgcc cttcagaggg 120
ggacaacagt tggaaacgac tgctaatacc gcatacgatc taacctcggc atcgaggaaa 180
gatgaaaggt ggcctctatt tataagctat cactgaagga ggggattgcg tctgattagc 240
tagttggagg ggtaacggcc caccaaggcg atgatcagta gccggtctga gaggatgaac 300
ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatctt 360
ccgcaatgga cgaaagtctg acggagcaac gccgcgtgag tgatgacggc cttcgggttg 420
taaagctctg ttaatcggga cgaaaggcct tcttgcgaac agttagaagg attgacggta 480
ccggaataga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg taggtggcaa 540
gcgttgtccg gaattattgg gcgtaaagcg cgcgcaggcg gatcagtcag tctgtcttaa 600
aagttcgggg cttaaccccg tgatgggatg gaaactgctg atctagagta tcggagagga 660
aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaagaaca ccagtggcga 720
aggcgacttt ctggacgaaa actgacgctg aggcgcgaaa gccaggggag cgaacgggat 780
tagatacccc ggtagtcctg gccgtaaacg atgggtacta ggtgtaggag gtatcgaccc 840
cttctgtgcc ggagttaacg caataagtac cccgcctggg gagtacgacc gcaaggttga 900
aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggtggag tatgtggttt aattcgacgc 960
aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat tgatggacag aaccagagat ggttcctctt 1020
cttcggaagc cagaaaacag gtggtgcacg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg 1080
ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttatgttg ccagcacttt gggtgggaac 1140
tcatgagaga ctgccgcaga caatgcggag gaaggcgggg atgacgtcaa atcatcatgc 1200
cccttatgac ctgggctaca cacgtactac aatgggagtt aatagacgga agcgagatcg 1260
cgagatggag caaacccgag aaacactctc tcagttcgga tcgtaggctg caactcgcct 1320
acgtgaagtc ggaatcgcta gtaatcgcag gtcagcatac tgcggtgaat acgttcccgg 1380
gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggaag tgcccaaagc cggtggggta 1440
accttcggga gccagccgtc taaggtaaag tcgatgattg gggtg 1485
<210> 67
<211> 1454
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bacteroides dorei
<400> 67
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatgg tcttagcttg 60
ctaaggctga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgtctactc 120
ttggccagcc ttctgaaagg aagattaatc caggatggga tcatgagttc acatgtccgc 180
atgattaaag gtattttccg gtagacgatg gggatgcgtt ccattagata gtaggcgggg 240
taacggccca cctagtcaac gatggatagg ggttctgaga ggaaggtccc ccacattgga 300
actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatgggcg 360
atggcctgaa ccagccaagt agcgtgaagg atgactgccc tatgggttgt aaacttcttt 420
tataaaggaa taaagtcggg tatgcatacc cgtttgcatg tactttatga ataaggatcg 480
gctaactccg tgccagcagc cgcggtaata cggaggatcc gagcgttatc cggatttatt 540
gggtttaaag ggagcgtaga tggatgttta agtcagttgt gaaagtttgc ggctcaaccg 600
taaaattgca gttgatactg gatgtcttga gtgcagttga ggcaggcgga attcgtggtg 660
tagcggtgaa atgcttagat atcacgaaga actccgattg cgaaggcagc ctgctaagct 720
gcaactgaca ttgaggctcg aaagtgtggg tatcaaacag gattagatac cctggtagtc 780
cacacggtaa acgatgaata ctcgctgttt gcgatatacg gcaagcggcc aagcgaaagc 840
gttaagtatt ccacctgggg agtacgccgg caacggtgaa actcaaagga attgacgggg 900
gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 960
gcttaaattg cactcgaatg atccggaaac ggttcagcta gcaatagcga gtgtgaaggt 1020
gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc ttaagtgcca taacgagcgc 1080
aacccttgtt gtcagttact aacaggtgat gctgaggact ctgacaagac tgccatcgta 1140
agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc ccttacgtcc ggggctacac 1200
acgtgttaca atggggggta cagagggccg ctaccacgcg agtggatgcc aatccctaaa 1260
acccctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca cgaagctgga ttcgctagta 1320
atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca 1380
agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga ggatcgccct agggtaaaac 1440
tggtgactgg ggct 1454
<210> 68
<211> 1452
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of PAC001148_s
<400> 68
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gaagcggtct ggaggaagtt 60
ttcggatgga atccggattg actgagcggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc 120
ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac cgcataagcg cacagcttcg 180
catggagcag tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac ccgcgtctga ttagctagtt 240
ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300
cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag aagtatttcg gtatgtaaag 420
ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga agccccggct aactacgtgc 480
cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga 540
gcgtagacgg catagcaagt ctggagtgaa agcccggggc tcaaccccgg tactgctttg 600
gaaactgtta agctagagtg ctggagaggt aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg 660
cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta ctggacagta actgacgttg 720
aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg 780
atgaatacta ggtgttggtg ggcaaagccc atcggtgccg ccgcaaacgc aataagtatt 840
ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga attgacgggg acccgcacaa 900
gcggtggagt atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa ccttaccaag tcttgacatc 960
ggaatgaccg ggaagtaatg ttcccttctc tacggagcat tccagacagg tggtgcatgg 1020
ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccttat 1080
ccttagtagc cagcagtaag atgggcactc tagggagact gccagggata acctggagga 1140
aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgattt gggctacaca cgtgctacaa 1200
tggcgtaaac aaagagaggc gagcctgcga gggggagcga atctcaaaaa taacgtccca 1260
gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga atcgctagta atcgcgaatc 1320
agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac accatgggag 1380
tcagcaacgc ccgaagtcag tgactcaacc gaaaggggag agctgccgaa ggcggggcag 1440
gtaactgggg tg 1452
<210> 69
<211> 1462
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Haemophilus parainfluenzae group
<400> 69
attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac ggtaacatga agaagcttgc 60
ttctttgatg acgagtggcg gacgggtgag taatgcttgg gaatctagct tatggagggg 120
gataactacg ggaaactgta gctaataccg cgtagtatcg gaagatgaaa gtgtgggacc 180
ttcgggccac atgccatagg atgagcccaa gtgggattag gtagttggtg aggtaaaggc 240
tcaccaagcc gacgatctct agctggtctg agaggatgac cagccacact gggactgaga 300
cacggcccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcgcaatgg gggcaaccct 360
gacgcagcca tgccgcgtga atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagttct ttcggtagcg 420
aggaaggcat ttagtttaat agactaggtg attgacgtta actacagaag aagcaccggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gagggtgcga gcgttaatcg gaataactgg 540
gcgtaaaggg cacgcaggcg gtgacttaag tgaggtgtga aagccccggg cttaacctgg 600
gaattgcatt tcatactggg tcgctagagt actttaggga ggggtagaat tccacgtgta 660
gcggtgaaat gcgtagagat gtggaggaat accgaaggcg aaggcagccc cttgggaatg 720
tactgacgct catgtgcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cgctgtaaac gatgtcgatt tgggggttga gctttaagct tggcgcccgt agctaacgtg 840
ataaatcgac cgcctgggga gtacggccgc aaggttaaaa ctcaaatgaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctact 960
cttgacatcc agagaacatt ccagagatgg attggtgcct tcgggaactc tgagacaggt 1020
gctgcatggc tgtcgtcagc tcgtgttgtg aaatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc 1080
aacccttatc ctttgttgcc agcgattcgg tcgggaactc aaaggagact gccggtgata 1140
aaccggagga aggtggggat gacgtcaagt catcatggcc cttacgagta gggctacaca 1200
cgtgctacaa tggcgtatac agagggaagc gagagtgcga gctggagcga atctcacaaa 1260
gtacgtctaa gtccggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagtcgga atcgctagta 1320
atcgcaaatc agaatgttgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac 1380
accatgggag tgggttgtac cagaagtaga tagcttaacc ttcggggggg cgtttaccac 1440
ggtatgattc atgactgggg tg 1462
<210> 70
<211> 1492
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lactobacillus paracasei group
<400> 70
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgaac gagttctcgt tgatgatcgg 60
tgcttgcacc gagattcaac atggaacgag tggcggacgg gtgagtaaca cgtgggtaac 120
ctgcccttaa gtgggggata acatttggaa acagatgcta ataccgcata gatccaagaa 180
ccgcatggtt cttggctgaa agatggcgta agctatcgct tttggatgga cccgcggcgt 240
attagctagt tggtgaggta acggctcacc aaggcgatga tacgtagccg aactgagagg 300
ttgatcggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactcc tacgggaggc agcagtaggg 360
aatcttccac aatggacgca agtctgatgg agcaacgccg cgtgagtgaa gaaggctttc 420
gggtcgtaaa actctgttgt tggagaagaa tggtcggcag agtaactgtt gtcggcgtga 480
cggtatccaa ccagaaagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt 540
ggcaagcgtt atccggattt attgggcgta aagcgagcgc aggcggtttt ttaagtctga 600
tgtgaaagcc ctcggcttaa ccgaggaagc gcatcggaaa ctgggaaact tgagtgcaga 660
agaggacagt ggaactccat gtgtagcggt gaaatgcgta gatatatgga agaacaccag 720
tggcgaaggc ggctgtctgg tctgtaactg acgctgaggc tcgaaagcat gggtagcgaa 780
caggattaga taccctggta gtccatgccg taaacgatga atgctaggtg ttggagggtt 840
tccgcccttc agtgccgcag ctaacgcatt aagcattccg cctggggagt acgaccgcaa 900
ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt 960
cgaagcaacg cgaagaacct taccaggtct tgacatcttt tgatcacctg agagatcagg 1020
tttccccttc gggggcaaaa tgacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag 1080
atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttatgac tagttgccag catttagttg 1140
ggcactctag taagactgcc ggtgacaaac cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat 1200
catgcccctt atgacctggg ctacacacgt gctacaatgg atggtacaac gagttgcgag 1260
accgcgaggt caagctaatc tcttaaagcc attctcagtt cggactgtag gctgcaactc 1320
gcctacacga agtcggaatc gctagtaatc gcggatcagc acgccgcggt gaatacgttc 1380
ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc atgagagttt gtaacacccg aagccggtgg 1440
cgtaaccctt ttagggagcg agccgtctaa ggtgggacaa atgattaggg tg 1492
<210> 71
<211> 1451
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Bacteroides ovatus group
<400> 71
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcattt tagtttgctt 60
gcaaactgaa gatggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac gtatccaacc tgccgataac 120
tccggaatag cctttcgaaa gaaagattaa taccggatag catacgaata tcgcatgata 180
tttttattaa agaatttcgg ttatcgatgg ggatgcgttc cattagtttg ttggcggggt 240
aacggcccac caagactacg atggataggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggaa 300
ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatgggcga 360
gagcctgaac cagccaagta gcgtgaagga tgaaggctct atgggtcgta aacttctttt 420
atatgggaat aaagttttcc acgtgtggaa ttttgtatgt accatatgaa taaggatcgg 480
ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggatccg agcgttatcc ggatttattg 540
ggtttaaagg gagcgtaggt ggattgttaa gtcagttgtg aaagtttgcg gctcaaccgt 600
aaaattgcag ttgaaactgg cagtcttgag tacagtagag gtgggcggaa ttcgtggtgt 660
agcggtgaaa tgcttagata tcacgaagaa ctccgattgc gaaggcagct cactagactg 720
ttactgacac tgatgctcga aagtgtgggt atcaaacagg attagatacc ctggtagtcc 780
acacagtaaa cgatgaatac tcgctgtttg cgatatacag taagcggcca agcgaaagca 840
ttaagtattc cacctgggga gtacgccggc aacggtgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa ttcgatgata cgcgaggaac cttacccggg 960
cttaaattgc aacagaatat attggaaaca gtatagccgt aaggctgttg tgaaggtgct 1020
gcatggttgt cgtcagctcg tgccgtgagg tgtcggctta agtgccataa cgagcgcaac 1080
ccttatcttt agttactaac aggttatgct gaggactcta gagagactgc cgtcgtaaga 1140
tgtgaggaag gtggggatga cgtcaaatca gcacggccct tacgtccggg gctacacacg 1200
tgttacaatg gggggtacag aaggcagcta cacggcgacg tgatgctaat cccaaaaacc 1260
tctctcagtt cggatcgaag tctgcaaccc gacttcgtga agctggattc gctagtaatc 1320
gcgcatcagc catggcgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcaagc 1380
catgaaagcc gggggtacct gaagtacgta accgcaagga gcgtcctagg gtaaaactgg 1440
taattggggc t 1451
<210> 72
<211> 1498
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Lactobacillus fermentum
<400> 72
gatgaacgcc ggcggtgtgc ctaatacatg caagtcgaac gcgttggccc aattgattga 60
cggtgcttgc acctgattga ttttggtcgc caacgagtgg cggacgggtg agtaacacgt 120
aggtaacctg cccagaagcg ggggacaaca tttggaaaca gatgctaata ccgcataaca 180
gcgttgttcg catgaacaac gcttaaaaga tggcttctcg ctatcacttc tggatggacc 240
tgcggtgcat tagcttgttg gtggggtaac ggcctaccaa ggcgatgatg catagccgag 300
ttgagagact gatcggccac aatgggactg agacacggcc catactccta cgggaggcag 360
cagtagggaa tcttccacaa tgggcgcaag cctgatggag caacaccgcg tgagtgaaga 420
agggtttcgg ctcgtaaagc tctgttgtta aagaagaaca cgtatgagag taactgttca 480
tacgttgacg gtatttaacc agaaagtcac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat 540
acgtaggtgg caagcgttat ccggatttat tgggcgtaaa gagagtgcag gcggttttct 600
aagtctgatg tgaaagcctt cggcttaacc ggagaagtgc atcggaaact ggataacttg 660
agtgcagaag agggtagtgg aactccatgt gtagcggtgg aatgcgtaga tatatggaag 720
aacaccagtg gcgaaggcgg ctacctggtc tgcaactgac gctgagactc gaaagcatgg 780
gtagcgaaca ggattagata ccctggtagt ccatgccgta aacgatgagt gctaggtgtt 840
ggagggtttc cgcccttcag tgccggagct aacgcattaa gcactccgcc tggggagtac 900
gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg 960
gtttaattcg aagctacgcg aagaacctta ccaggtcttg acatcttgcg ccaaccctag 1020
agatagggcg tttccttcgg gaacgcaatg acaggtggtg catggtcgtc gtcagctcgt 1080
gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttgttacta gttgccagca 1140
ttaagttggg cactctagtg agactgccgg tgacaaaccg gaggaaggtg gggacgacgt 1200
cagatcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtgc tacaatggac ggtacaacga 1260
gtcgcgaact cgcgagggca agcaaatctc ttaaaaccgt tctcagttcg gactgcaggc 1320
tgcaactcgc ctgcacgaag tcggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga 1380
atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gagagtttgt aacacccaaa 1440
gtcggtgggg taacctttta ggagccagcc gcctaaggtg ggacagatga ttagggtg 1498
<210> 73
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Clostridium_g35
<400> 73
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcgattt aacggaagtt 60
ttcggatgga agttgaattg actgagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc 120
cttgtactgg gggacaacag ttagaaatga ctgctaatac cgcataagcg cacagtattg 180
catgatacag tgtgaaaaac tccggtggta caagatggac ccgcgtctga ttagctagtt 240
ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300
cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca 360
atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag aagtatttcg gtatgtaaag 420
ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga agccccggct aactacgtgc 480
cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga 540
gcgtagacgg taaagcaagt ctgaagtgaa agcccgcggc tcaactgcgg gactgctttg 600
gaaactgttt aactggagtg tcggagaggt aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg 660
cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcgactta ctggacgata actgacgttg 720
aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg 780
atgaatacta ggtgttgggg agcaaagctc ttcggtgccg tcgcaaacgc agtaagtatt 840
ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga attgacgggg acccgcacaa 900
gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa ccttaccagg tcttgacatc 960
gatccgacgg gggagtaacg tccccttccc ttcggggcgg agaagacagg tggtgcatgg 1020
ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccttat 1080
tctaagtagc cagcggttcg gccgggaact cttgggagac tgccagggat aacctggagg 1140
aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatc tgggctacac acgtgctaca 1200
atggcgtaaa caaagagaag caagaccgcg aggtggagca aatctcaaaa ataacgtctc 1260
agttcggact gcaggctgca actcgcctgc acgaagctgg aatcgctagt aatcgcgaat 1320
cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga 1380
gtcagtaacg cccgaagtca gtgacccaac cgcaaggagg gagctgccga aggcgggacc 1440
gataactggg gtg 1453
<210> 74
<211> 1425
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Intestinibacter
<400> 74
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc gattctcttc ggagaagagc 60
ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgccctgtac acacggataa cataccgaaa 120
ggtatgctaa tacgggataa cataagaaat tcgcatgttt ttcttatcaa agctccggcg 180
gtacaggatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac 240
gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga actgagacac ggtccaaact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc 360
cgcgtgagcg atgaaggcct tcgggtcgta aagctctgtc ctcaaggaag ataatgacgg 420
tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 480
tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg cggtctttta agtcaggagt 540
gaaaggctac ggctcaaccg tagtaagctc ttgaaactgg aggacttgag tgcaggagag 600
gagagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtagc 660
gaaggcggct ctctggactg taactgacgc tgaggcacga aagcgtgggg agcaaacagg 720
attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac taggtgtcgg gggttacccc 780
cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg gagtacgctc gcaagagtga 840
aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag catgtggttt aattcgaagc 900
aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc gatgcctaat cgcatctttc 960
ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt 1020
tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt tgccatcatt aagttgggca 1080
ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1140
ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg tacagagggc agcgaagtcg 1200
tgaggccaag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct 1260
acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat gcgttcccgg 1320
gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagttggggg cgcccgaagc cggctagcta 1380
accttttgga agcggtcgtc gaaggtgaaa ccaataactg gggtg 1425
<210> 75
<211> 1409
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Hungatella
<400> 75
atgcagtcga gcgaagcgat tctctaggaa gttttcggat ggaataggat ttgacttagc 60
ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttacac tgggggataa cagttagaaa 120
tgactgctaa taccgcataa gcgcacaggg ccgcatggtc tggtgtgaaa aactccggtg 180
gtgtaagatg gacccgcgtc tgattaggta gttggtgggg taacggccca ccaagccgac 240
gatcagtagc cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatgggcg aaagcctgat ccagcgacgc 360
cgcgtgagtg aagaagtgtt tcggcatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg 420
tacctgacta agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 480
aagcgttatc cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggttaagca agtctgaagt 540
gaaagcccgg ggctcaaccc cggtactgct ttggaaactg tttgacttga gtgcaggaga 600
ggtaagtgga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg 660
cgaaggcggc ttactggact gtaactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag 720
gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgtcg ggggacaaag 780
tccttcggtg ccgccgctaa cgcaataagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat 840
gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa 900
gcaacgcgaa gaaccttacc aagtcttgac atcccattga aaatcattta accggtatcc 960
ctcttcggag caatggagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt 1020
tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatccttagt agccagcaca taatggtggg 1080
cactctgggg agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca 1140
tgccccttat gatttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaaagg 1200
agcgatctgg agcaaacccc aaaaataacg tctcagttcg gattgcaggc tgcaactcgc 1260
ctgcatgaag ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc 1320
gggtcttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aacgcccgaa gtcagtgacc 1380
caaccgcaag gagggagctg ccgaaggcg 1409
<210> 76
<211> 1453
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Prevotella
<400> 76
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggaaacggca ttgagtgctt 60
gcactctttg gacgtcgacc ggcgcacggg tgagtaacgc gtatccaacc ttcccattac 120
tgtgggataa cctgccgaaa ggcagactaa taccgcatag tcttcgatga cggcatcaga 180
tttgaagtaa agatttatcg gtaatggatg gggatgcgtc tgattagctt gttggcgggg 240
taacggccca ccaaggcaac gatcagtagg ggttctgaga ggaaggtccc ccacattgga 300
actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtga ggaatattgg tcaatggacg 360
gaagtctgaa ccagccaagt agcgtgcagg atgacggccc tatgggttgt aaactgcttt 420
tgtatgggga taaagttagg gacgtgtccc tatttgcagg taccatacga ataaggaccg 480
gctaattccg tgccagcagc cgcggtaata cggaaggtcc aggcgttatc cggatttatt 540
gggtttaaag ggagcgtagg ctggagatta agtgtgttgt gaaatgtaga cgctcaacgt 600
ctgaattgca gcgcatactg gtttccttga gtacgcacaa cgttggcgga attcgtcgtg 660
tagcggtgaa atgcttagat atgacgaaga actccgattg cgaaggcagc tgacgggagc 720
gcaactgacg cttaagctcg aaggtgcggg tatcaaacag gattagatac cctggtagtc 780
cgcacagtaa acgatggatg cccgctgttg gtacctggta tcagcggcta agcgaaagca 840
ttaagcatcc cacctgggga gtacgccggc aacggtgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa ttcgatgata cgcgaggaac cttacccggg 960
cttgaattgc agaggaagga tttagagata atgacgccct tcggggtctc tgtgaaggtg 1020
ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca 1080
acccctctct tcagttgcca tcaggttaag ctgggcactc tggagacact gccaccgtaa 1140
ggtgtgagga aggtggggat gacgtcaaat cagcacggcc cttacgtccg gggctacaca 1200
cgtgttacaa tggccggtac agagggacgg tgtaatgcaa attgcatcca atcttgaaag 1260
ccggtcccag ttcggactgg ggtctgcaac ccgaccccac gaagctggat tcgctagtaa 1320
tcgcgcatca gccatggcgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa 1380
gccatgaaag ccgggggtgc ctgaagtccg tgaccgcaag gatcggccta gggcaaaact 1440
ggtgattggg gct 1453
<210> 77
<211> 1471
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Streptococcus
<400> 77
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtagaac gctgagaact ggtgcttgca 60
ccggttcaag gagttgcgaa cgggtgagta acgcgtaggt aacctacctc atagcggggg 120
ataactattg gaaacgatag ctaataccgc ataagagaga ctaacgcatg ttagtaattt 180
aaaaggggca attgctccac tatgagatgg acctgcgttg tattagctag ttggtgaggt 240
aaaggctcac caaggcgacg atacatagcc gacctgagag ggtgatcggc cacactggga 300
ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggggc 360
aaccctgacc gagcaacgcc gcgtgagtga agaaggtttt cggatcgtaa agctctgttg 420
ttagagaaga atgatggtgg gagtggaaaa tccaccaagt gacggtaact aaccagaaag 480
ggacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtcccgagcg ttgtccggat 540
ttattgggcg taaagcgagc gcaggcggtt ttttaagtct gaagttaaag gcattggctc 600
aaccaatgta cgctttggaa actggagaac ttgagtgcag aaggggagag tggaattcca 660
tgtgtagcgg tgaaatgcgt agatatatgg aggaacaccg gtggcgaaag cggctctctg 720
gtctgtaact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacgatg agtgctaggt gttaggccct ttccggggct tagtgccgga 840
gctaacgcat taagcactcc gcctggggag tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat 900
tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960
ttaccaggtc ttgacatccc gatgcccgct ctagagatag agttttactt cggtacatcg 1020
gtgacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca acccctattg ttagttgcca tcattaagtt gggcactcta gcgagactgc 1140
cggtaataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg 1200
gctacacacg tgctacaatg gttggtacaa cgagtcgcaa gccggtgacg gcaagctaat 1260
ctcttaaagc caatctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagtcggaat 1320
cgctagtaat cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg 1380
cccgtcacac cacgagagtt tgtaacaccc gaagtcggtg aggtaaccta ttaggagcca 1440
gccgcctaag gtgggataga tgattggggt g 1471
<210> 78
<211> 1464
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Citrobacter
<400> 78
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgaac ggtagcacag aggagcttgc 60
tccttgggtg acgagtggcg gacgggtgag taatgtctgg gaaactgccc gatggagggg 120
gataactact ggaaacggta gctaataccg cataacgtcg caagaccaaa gagggggacc 180
ttcgggcctc ttgccatcgg atgtgcccag atgggattag ctagtaggtg gggtaacggc 240
tcacctaggc gacgatccct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct 360
gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgagg 420
aggaaggcgt tgtggttaat aaccgcagcg attgacgtta ctcgcagaag aagcaccggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg 540
gcgtaaagcg cacgcaggcg gtctgtcaag tcggatgtga aatccccggg ctcaacctgg 600
gaactgcatc cgaaactggc aggctagagt cttgtagagg ggggtagaat tccaggtgta 660
gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat accggtggcg aaggcggccc cctggacaaa 720
gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cgccgtaaac gatgtcgact tggaggttgt gcccttgagg cgtggcttcc ggagctaacg 840
cgttaagtcg accgcctggg gagtacggcc gcaaggttaa aactcaaatg aattgacggg 900
ggcccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgatgc aacgcgaaga accttaccta 960
ctcttgacat ccagagaact tagcagagat gctttggtgc cttcgggaac tctgagacag 1020
gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgttg tgaaatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080
gcaaccctta tcctttgttg ccagcggttc ggccgggaac tcaaaggaga ctgccagtga 1140
taaactggag gaaggtgggg atgacgtcaa gtcatcatgg cccttacgag tagggctaca 1200
cacgtgctac aatggcatat acaaagagaa gcgacctcgc gagagcaagc ggacctcata 1260
aagtatgtcg tagtccggat tggagtctgc aactcgactc catgaagtcg gaatcgctag 1320
taatcgtgga tcagaatgcc acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc 1380
acaccatggg agtgggttgc aaaagaagta ggtagcttaa ccttcgggag ggcgcttacc 1440
actttgtgat tcatgactgg ggtg 1464
<210> 79
<211> 1462
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Klebsiella
<400> 79
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc ggtagcacag agagcttgct 60
ctcgggtgac gagcggcgga cgggtgagta atgtctggga aactgcctga tggaggggga 120
taactactgg aaacggtagc taataccgca taatgtcgca agaccaaagt gggggacctt 180
cgggcctcat gccatcagat gtgcccagat gggattagct agtaggtggg gtaacggctc 240
acctaggcga cgatccctag ctggtctgag aggatgacca gccacactgg aactgagaca 300
cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc gcaagcctga 360
tgcagccatg ccgcgtgtgt gaagaaggcc ttcgggttgt aaagcacttt cagcggggag 420
gaaggcgatg aggttaataa cctcatcgat tgacgttacc cgcagaagaa gcaccggcta 480
actccgtgcc agcagccgcg gtaatacgga gggtgcaagc gttaatcgga attactgggc 540
gtaaagcgca cgcaggcggt ctgtcaagtc ggatgtgaaa tccccgggct caacctggga 600
actgcattcg aaactggcag gctagagtct tgtagagggg ggtagaattc caggtgtagc 660
ggtgaaatgc gtagagatct ggaggaatac cggtggcgaa ggcggccccc tggacaaaga 720
ctgacgctca ggtgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg 780
ccgtaaacga tgtcgatttg gaggttgtgc ccttgaggcg tggcttccgg agctaacgcg 840
ttaaatcgac cgcctgggga gtacggccgc aaggttaaaa ctcaaatgaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctggt 960
cttgacatcc acagaacttt ccagagatgg attggtgcct tcgggaactg tgagacaggt 1020
gctgcatggc tgtcgtcagc tcgtgttgtg aaatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc 1080
aacccttatc ctttgttgcc agcggttagg ccgggaactc aaaggagact gccagtgata 1140
aactggagga aggtggggat gacgtcaagt catcatggcc cttacgacca gggctacaca 1200
cgtgctacaa tggcatatac aaagagaagc gacctcgcga gagcaagcgg acctcataaa 1260
gtatgtcgta gtccggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagtcgga atcgctagta 1320
atcgtagatc agaatgctac ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac 1380
accatgggag tgggttgcaa aagaagtagg tagcttaacc ttcgggaggg cgcttaccac 1440
tttgtgattc atgactgggg tg 1462
<210> 80
<211> 1462
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Full 16sRNA of Haemophilus
<400> 80
attgaacgct ggcggcaggc ttaacacatg caagtcgaac ggtagcagga gaaagcttgc 60
tttcttgctg acgagtggcg gacgggtgag taatgcttgg gaatctggct tatggagggg 120
gataacgacg ggaaactgtc gctaataccg cgtattatcg gaagatgaaa gtgcgggact 180
gagaggccgc atgccatagg atgagcccaa gtgggattag gtagttggtg gggtaaatgc 240
ctaccaagcc tgcgatctct agctggtctg agaggatgac cagccacact ggaactgaga 300
cacggtccag actcctacgg gaggcagcag tggggaatat tgcgcaatgg ggggaaccct 360
gacgcagcca tgccgcgtga atgaagaagg ccttcgggtt gtaaagttct ttcggtattg 420
aggaaggttg atgtgttaat agcacatcaa attgacgtta aatacagaag aagcaccggc 480
taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg gagggtgcga gcgttaatcg gaataactgg 540
gcgtaaaggg cacgcaggcg gttatttaag tgaggtgtga aagccccggg cttaacctgg 600
gaattgcatt tcagactggg taactagagt actttaggga ggggtagaat tccacgtgta 660
gcggtgaaat gcgtagagat gtggaggaat accgaaggcg aaggcagccc cttgggaatg 720
tactgacgct catgtgcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc tggtagtcca 780
cgctgtaaac gctgtcgatt tgggggttgg ggtttaactc tggcacccgt agctaacgtg 840
ataaatcgac cgcctgggga gtacggccgc aaggttaaaa ctcaaatgaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacctact 960
cttgacatcc taagaagagc tcagagatga gcttgtgcct tcgggaactt agagacaggt 1020
gctgcatggc tgtcgtcagc tcgtgttgtg aaatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc 1080
aacccttatc ctttgttgcc agcgacttgg tcgggaactc aaaggagact gccagtgata 1140
aactggagga aggtggggat gacgtcaagt catcatggcc cttacgagta gggctacaca 1200
cgtgctacaa tggcgtatac agagggaagc gaagctgcga ggtggagcga atctcataaa 1260
gtacgtctaa gtccggattg gagtctgcaa ctcgactcca tgaagtcgga atcgctagta 1320
atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac 1380
accatgggag tgggttgtac cagaagtaga tagcttaacc ttttggaggg cgtttaccac 1440
ggtatgattc atgactgggg tg 1462
<210> 81
<211> 407
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bifidobacterium longum group
<400> 81
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatggagg 60
ccttcgggtt gtaaacctct tttatcgggg agcaagcgag agtgagttta cccgttgaat 120
aagcaccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg tagggtgcaa gcgttatccg 180
gaattattgg gcgtaaaggg ctcgtaggcg gttcgtcgcg tccggtgtga aagtccatcg 240
cttaacggtg gatccgcgcc gggtacgggc gggcttgagt gcggtagggg agactggaat 300
tcccggtgta acggtggaat gtgtagatat cgggaagaac accaatggcg aaggcaggtc 360
tctgggccgt tactgacgct gaggagcgaa agcgtgggga gcgaaca 407
<210> 82
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lactobacillus gasseri group
<400> 82
tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
gtttcggctc gtaaagctct gttggtagtg aagaaagata gaggtagtaa ctggccttta 120
tttgacggta attacttaga aagtcacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agtgcaggcg gttcaataag 240
tctgatgtga aagccttcgg ctcaaccgga gaattgcatc agaaactgtt gaacttgagt 300
gcagaagagg agagtggaac tccatgtgta gcggtggaat gcgtagatat atggaagaac 360
accagtggcg aaggcggctc tctggtctgc aactgacgct gaggctcgaa agcatgggta 420
gcgaaca 427
<210> 83
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Streptococcus peroris group
<400> 83
tagggaatct tcggcaatgg gggcaaccct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgtaagag aagaacgagt gtgagagtgg aaagttcacg 120
ctgtgacggt atcttaccag aaagggacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtcccg agcgttatcc ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggttagataa 240
gtctgaagtt aaaggctgtg gcttaaccat agtacgcttt ggaaactgtt taacttgagt 300
gcaagagggg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accggtggcg aaagcggctc tctggcttgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 84
<211> 409
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bifidobacterium bifidum
<400> 84
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatggagg 60
ccttcgggtt gtaaacctct tttgtttggg agcaagcctt cgggtgagtg tacctttcga 120
ataagcgccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggcgc aagcgttatc 180
cggatttatt gggcgtaaag ggctcgtagg cggctcgtcg cgtccggtgt gaaagtccat 240
cgcttaacgg tggatctgcg ccgggtacgg gcgggctgga gtgcggtagg ggagactgga 300
attcccggtg taacggtgga atgtgtagat atcgggaaga acaccgatgg cgaaggcagg 360
tctctgggcc gtcactgacg ctgaggagcg aaagcgtggg gagcgaaca 409
<210> 85
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Enterococcus faecalis
<400> 85
tagggaatct tcggcaatgg acgaaagtct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaaactct gttgttagag aagaacaagg acgttagtaa ctgaacgtcc 120
cctgacggta tctaaccaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gtttcttaag 240
tctgatgtga aagcccccgg ctcaaccggg gagggtcatt ggaaactggg agacttgagt 300
gcagaagagg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accagtggcg aaggcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 86
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Streptococcus pneumoniae group
<400> 86
tagggaatct tcggcaatgg acggaagtct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgtaagag aagaacgagt gtgagagtgg aaagttcaca 120
ctgtgacggt atcttaccag aaagggacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtcccg agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggttagataa 240
gtctgaagtt aaaggctgtg gcttaaccat agtaggcttt ggaaactgtt taacttgagt 300
gcaagagggg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accggtggcg aaagcggctc tctggcttgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 87
<211> 412
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bifidobacterium breve
<400> 87
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatggagg 60
ccttcgggtt gtaaacctct tttgttaggg agcaaggcac tttgtgttga gtgtaccttt 120
cgaataagca ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg tgcaagcgtt 180
atccggaatt attgggcgta aagggctcgt aggcggttcg tcgcgtccgg tgtgaaagtc 240
catcgcttaa cggtggatcc gcgccgggta cgggcgggct tgagtgcggt aggggagact 300
ggaattcccg gtgtaacggt ggaatgtgta gatatcggga agaacaccaa tggcgaaggc 360
aggtctctgg gccgttactg acgctgagga gcgaaagcgt ggggagcgaa ca 412
<210> 88
<211> 407
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Rothia mucilaginosa group
<400> 88
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaacctct gttagcaggg aagaagagaa attgacggta cctgcagaga 120
aagcgccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg tagggcgcga gcgttgtccg 180
gaattattgg gcgtaaagag cttgtaggcg gtttgtcgcg tctgctgtga aaggccggag 240
cttaactccg gtattgcagt gggtacgggc agactagagt gcagtagggg agactggaac 300
tcctggtgta gcggtggaat gcgcagatat caggaagaac accgatggcg aaggcaggtc 360
tctgggctgt aactgacgct gagaagcgaa agcatgggga gcgaaca 407
<210> 89
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Streptococcus salivarius group
<400> 89
tagggaatct tcggcaatgg gggcaaccct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgtaagtc aagaacgagt gtgagagtgg aaagttcaca 120
ctgtgacggt agcttaccag aaagggacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtcccg agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggtttgataa 240
gtctgaagtt aaaggctgtg gctcaaccat agttcgcttt ggaaactgtc aaacttgagt 300
gcagaagggg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accggtggcg aaagcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcgaaca 427
<210> 90
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Anaerostipes hadrus group
<400> 90
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atctcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggaatt 180
actgggtgta aagggtgcgt aggtggtatg gcaagtcaga agtgaaaacc cagggcttaa 240
ctctgggact gcttttgaaa ctgtcagact ggagtgcagg agaggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacatcag tggcgaaggc ggcttactgg 360
actgaaactg acactgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 91
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Enterococcus faecium group
<400> 91
tagggaatct tcggcaatgg acgaaagtct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaaactct gttgttagag aagaacaagg atgagagtaa ctgttcatcc 120
cttgacggta tctaaccaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gtttcttaag 240
tctgatgtga aagcccccgg ctcaaccggg gagggtcatt ggaaactggg agacttgagt 300
gcagaagagg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accagtggcg aaggcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 92
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eggerthella lenta
<400> 92
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagaaattcg acggtacctg cagaagaagc 120
tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gagcgagcgt tatccggatt 180
cattgggcgt aaagagcgcg taggcggcct ctcaagcggg atctctaatc cgagggctca 240
acccccggcc ggatcccgaa ctgggaggct cgagttcggt agaggcaggc ggaattcccg 300
gtgtagcggt ggaatgcgca gatatcggga agaacaccga tggcgaaggc agcctgctgg 360
gccgcaactg acgctgaggc gcgaaagcta ggggagcgaa ca 402
<210> 93
<211> 409
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bifidobacterium
<400> 93
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatggagg 60
ccttcgggtt gtaaacctct tttgtttggg agcaagcctt cgggtgagtg tacctttcga 120
ataagcgccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggcgc aagcgttatc 180
cggatttatt gggcgtaaag ggctcgtagg cggctcgtcg cgtccggtgt gaaagtccat 240
cgcttaacgg tggatctgcg ccgggtacgg gcgggctgga gtgcggtagg ggagactgga 300
attcccggtg taacggtgga atgtgtagat atcgggaaga acaccgatgg cgaaggcagg 360
tctctgggcc gtcactgacg ctgaggagcg aaagcgtggg gagcgaaca 409
<210> 94
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Enterococcus
<400> 94
tagggaatct tcggcaatgg acgaaagtct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaaactct gttgttagag aagaacaagg acgttagtaa ctgaacgtcc 120
cctgacggta tctaaccaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gtttcttaag 240
tctgatgtga aagcccccgg ctcaaccggg gagggtcatt ggaaactggg agacttgagt 300
gcagaagagg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accagtggcg aaggcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 95
<211> 407
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Rothia
<400> 95
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gggatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaacctct gttagcatcg aagaagcgaa agtgacggta ggtgcagaga 120
aagcgccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg tagggcgcga gcgttgtccg 180
gaattattgg gcgtaaagag cttgtaggcg gttggtcgcg tctgctgtga aaggctgggg 240
cttaaccctg gttttgcagt gggtacgggc taactagagt gcagtagggg agactggaat 300
tcctggtgta gcggtggaat gcgcagatat caggaggaac accgatggcg aaggcaggtc 360
tctgggctgt aactgacgct gagaagcgaa agcatgggga gcgaaca 407
<210> 96
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eggerthella
<400> 96
tggggaattt tgcgcaatgg gggaaaccct gacgcagcaa cgccgcgtgc gggacgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct ttcagcaggg aagaaattcg acggtacctg cagaagaagc 120
tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gagcgagcgt tatccggatt 180
cattgggcgt aaagagcgcg taggcggcct ctcaagcggg atctctaatc cgagggctca 240
acccccggcc ggatcccgaa ctgggaggct cgagttcggt agaggcaggc ggaattcccg 300
gtgtagcggt ggaatgcgca gatatcggga agaacaccga tggcgaaggc agcctgctgg 360
gccgcaactg acgctgaggc gcgaaagcta ggggagcgaa ca 402
<210> 97
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lactobacillus
<400> 97
tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgttggtg aagaaggata ggggcagtaa ctggtcttta 120
tttgacggta atcaaccaga aagtcacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttgtccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gaatgataag 240
tctgatgtga aagcccacgg ctcaaccgtg gaactgcatc ggaaactgtc attcttgagt 300
gcagaagagg agagtggaac tccatgtgta gcggtggaat gcgtagatat atggaagaac 360
accagtggcg aaggcggctc tctggtctgc aactgacgct gaggctcgaa agcatgggta 420
gcgaaca 427
<210> 98
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Anaerostipes
<400> 98
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaacag acggtacctg actaagaagc 120
cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt tatccggaat 180
tactgggtgt aaagggtgcg taggtggcat ggtaagtcag aagtgaaagc ccggggctta 240
accccgggac tgcttttgaa actgtcatgc tggagtgcag gagaggtaag cggaattcct 300
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 360
gactgtcact gacactgatg cacgaaagcg tggggagcaa aca 403
<210> 99
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Fusicatenibacter saccharivorans
<400> 99
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggcaag gcaagtctga tgtgaaaacc cagggcttaa 240
ccctgggact gcattggaaa ctgtctggct cgagtgccgg agaggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga agaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acggtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 100
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Faecalibacterium prausnitzii group
<400> 100
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtgg aggaagaagg 60
tcttcggatt gtaaactcct gttgttgagg aagataatga cggtactcaa caaggaagtg 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta aaacgtaggt cacaagcgtt gtccggaatt 180
actgggtgta aagggagcgc aggcgggaag gcaagttgga agtgaaatcc atgggctcaa 240
cccatgaact gctttcaaaa ctgtttttct tgagtagtgc agaggtaggc ggaattcccg 300
gtgtagcggt ggaatgcgta gatatcggga ggaacaccag tggcgaaggc ggcctactgg 360
gcaccaactg acgctgaggc tcgaaagtgt gggtagcaaa ca 402
<210> 101
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Blautia faecis
<400> 101
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga aggaagaagt 60
atctcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggcgca gcaagtctga tgtgaaaggc aggggcttaa 240
cccctggact gcattggaaa ctgctgtgct tgagtgccgg aggggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acggtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 102
<211> 409
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bifidobacterium catenulatum group
<400> 102
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcga cgccgcgtgc gggatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaccgct tttgatcggg agcaagcctt cgggtgagtg tacctttcga 120
ataagcaccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggtgc aagcgttatc 180
cggaattatt gggcgtaaag ggctcgtagg cggttcgtcg cgtccggtgt gaaagtccat 240
cgcttaacgg tggatctgcg ccgggtacgg gcgggctgga gtgcggtagg ggagactgga 300
attcccggtg taacggtgga atgtgtagat atcgggaaga acaccaatgg cgaaggcagg 360
tctctgggcc gttactgacg ctgaggagcg aaagcgtggg gagcgaaca 409
<210> 103
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Gemmiger formicilis group
<400> 103
tgggggatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtgg aggaagaagg 60
ttttcggatt gtaaactcct gtcgttaggg acgataatga cggtacctaa caagaaagca 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta aaacgtaggg tgcaagcgtt gtccggaatt 180
actgggtgta aagggagcgc aggcggaccg gcaagttgga agtgaaaact atgggctcaa 240
cccataaatt gctttcaaaa ctgctggcct tgagtagtgc agaggtaggt ggaattcccg 300
gtgtagcggt ggaatgcgta gatatcggga ggaacaccag tggcgaaggc gacctactgg 360
gcaccaactg acgctgaggc tcgaaagcat gggtagcaaa ca 402
<210> 104
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eubacterium eligens group
<400> 104
tggggaatat tgcacaatgg aggaaactct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
aattcgttat gtaaagctct atcagcaggg aagatagtga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagtgt aggtggccat gcaagtcaga agtgaaaatc cggggctcaa 240
ccccggaact gcttttgaaa ctgtaaggct ggagtgcagg aggggtgagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggctcactgg 360
actgtaactg acactgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 105
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Blautia wexlerae
<400> 105
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga aggaagaagt 60
atctcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagatagtga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggtgtg gcaagtctga tgtgaaaggc atgggctcaa 240
cctgtggact gcattggaaa ctgtcatact tgagtgccgg aggggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acggtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 106
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Ruminococcus bromii
<400> 106
tgggggatat tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcaa cgccgcgtga aggatgaagg 60
ttttcggatt gtaaacttct tttattaagg acgaaaaatg acggtactta atgaataagc 120
tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gagcaagcgt tgtccggatt 180
tactgggtgt aaagggtgcg taggcggctt tgcaagtcag atgtgaaatc tatgggctca 240
acccataaac tgcatttgaa actgtagagc ttgagtgaag tagaggcagg cggaattccc 300
cgtgtagcgg tgaaatgcgt agagatgggg aggaacacca gtggcgaagg cggcctgctg 360
ggctttaact gacgctgagg cacgaaagcg tgggtagcaa aca 403
<210> 107
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eubacterium hallii
<400> 107
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggtgcgt aggtggcagt gcaagtcaga tgtgaaaggc cggggctcaa 240
ccccggagct gcatttgaaa ctgctcggct agagtacagg agaggcaggc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcctgctgg 360
actgttactg acactgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 108
<211> 404
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Roseburia inulinivorans
<400> 108
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaagaaat gacggtacct gactaagaag 120
caccggctaa atacgtgcca gcagccgcgg taatacgtat ggtgcaagcg ttatccggat 180
ttactgggtg taaagggagc gcaggcggaa ggctaagtct gatgtgaaag cccggggctc 240
aaccccggta ctgcattgga aactggtcat ctagagtgtc ggaggggtaa gtggaattcc 300
tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 360
ggacgataac tgacgctgag gctcgaaagc gtggggagca aaca 404
<210> 109
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of LT907848_s
<400> 109
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggtgcgt aggtggcagt gcaagtcaga tgtgaaaggc cggggctcaa 240
ccccggagct gcatttgaaa ctgcatagct agagtacagg agaggcaggc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcctgctgg 360
actgttactg acactgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 110
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Roseburia cecicola group
<400> 110
tggggaatat tgcnnaatgg gggaaaccct natgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaaatg acggtacctg actaagaagc 120
accggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg gtgcmagcgt tatycggatt 180
tactgggtgt maagggagcg cmggcggtgc ggcaagtctg atgtgaaagn ccggggctym 240
accccggnac tgcattggaa actgtcgtac tagagtgtyg gaggggnaag tggnattcct 300
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 360
gacgattact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa aca 403
<210> 111
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium celatum group
<400> 111
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gtcttcaggg acgataatga cggtacctga ggaggaagcc 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcgagcgtt gtccggattt 180
actgggcgta aagggagcgt aggcggactt ttaagtgaga tgtgaaatac ccgggctcaa 240
cttgggtgct gcatttcaaa ctggaagtct agagtgcagg agaggagaat ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gagattagga agaacaccag tggcgaaggc gattctctgg 360
actgtaactg acgctgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 112
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of PAC001046_s
<400> 112
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcagga aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggtttt gcaagtctga agtgaaagcc cggggcttaa 240
ccccgggact gctttggaaa ctgtaggact agagtgcagg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
actgtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 113
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lactobacillus rogosae group
<400> 113
tggggaatat tgcacaatgg aggaaactct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
agttcgctat gtaaagctct atcagcaggg aagatagtga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagtgt aggtggccag gcaagtcaga agtgaaagcc cggggctcaa 240
ccccgggact gcttttgaaa ctgcagggct agagtgcagg aggggcaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttgctgg 360
actgtaactg acactgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 114
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bacteroides uniformis
<400> 114
tgaggaatat tggtcaatgg acgagagtct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 60
ccctatgggt tgtaaacttc ttttatacgg gaataaagtg aggcacgtgt gcctttttgt 120
atgtaccgta tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 180
tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggcggacgc ttaagtcagt 240
tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgata ctgggtgtct tgagtacagt 300
agaggcaggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 360
ttgcgaaggc agcttgctgg actgtaactg acgctgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 115
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Ruminococcus_g2
<400> 115
tgggggatat tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcaa cgccgcgtga aggatgaagg 60
ttttcggatt gtaaacttct tttattaagg acgaaaaatg acggtactta atgaataagc 120
tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gagcaagcgt tgtccggatt 180
tactgggtgt aaagggtgcg taggcggctt tgcaagtcag atgtgaaatc tatgggctca 240
acccataaac tgcatttgaa actgtagagc ttgagtgaag tagaggcagg cggaattccc 300
cgtgtagcgg tgaaatgcgt agagatgggg aggaacacca gtggcgaagg cggcctgctg 360
ggctttaact gacgctgagg cacgaaagcg tgggtagcaa aca 403
<210> 116
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lachnospira
<400> 116
tggggaatat tgcacaatgg aggaaactct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagtgt aggtggcaaa gcaagtcagt agtgaaaatc cggggctcaa 240
cctcggaact gctattgaaa ctgtttagct agagtgcagg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
actgtaactg acactgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 117
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bacteroides
<400> 117
tgaggaatat tggtcaatgg gcgctagcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgaagg 60
ctctatgggt cgtaaacttc ttttatataa gaataaagtg cagtatgtat actgttttgt 120
atgtattata tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 180
tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggtggactg gtaagtcagt 240
tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgata ctgtcagtct tgagtacagt 300
agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 360
ttgcgaaggc agctcactgg actgcaactg acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 118
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Faecalibacterium
<400> 118
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtgg aggaagaagg 60
tcttcggatt gtaaactcct gttgttgagg aagataatga cggtactcaa caaggaagtg 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta aaacgtaggt cacaagcgtt gtccggaatt 180
actgggtgta aagggagcgc aggcgggaag gcaagttgga agtgaaatcc atgggctcaa 240
cccatgaact gctttcaaaa ctgtttttct tgagtagtgc agaggtaggc ggaattcccg 300
gtgtagcggt ggaatgcgta gatatcggga ggaacaccag tggcgaaggc ggcctactgg 360
gcaccaactg acgctgaggc tcgaaagtgt gggtagcaaa ca 402
<210> 119
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eubacterium_g5
<400> 119
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagct 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg agcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggtgcgt aggtggcagt gcaagtcaga tgtgaaaggc cggggctcaa 240
ccccggagct gcatttgaaa ctgctcggct agagtacagg agaggcaggc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcctgctgg 360
actgttactg acactgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 120
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Fusicatenibacter
<400> 120
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggcaag gcaagtctga tgtgaaaacc cagggcttaa 240
ccctgggact gcattggaaa ctgtctggct cgagtgccgg agaggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga agaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acggtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 121
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Roseburia
<400> 121
tggggaatat tgcnnaatgg gggaaaccct natgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaaatg acggtacctg actaagaagc 120
accggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg gtgcmagcgt tatycggatt 180
tactgggtgt maagggagcg cmggcggtgc ggcaagtctg atgtgaaagn ccggggctym 240
accccggnac tgcattggaa actgtcgtac tagagtgtyg gaggggnaag tggnattcct 300
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 360
gacgattact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa aca 403
<210> 122
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Subdoligranulum
<400> 122
tgggggatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtgg aggaagaagg 60
ttttcggatt gtaaactcct gtcgttaggg acgaatcttg acggtaccta acaagaaagc 120
accggctaac tacgtgccag cagccgcggt aaaacgtagg gtgcaagcgt tgtccggaat 180
tactgggtgt aaagggagcg caggcggacc ggcaagttgg aagtgaaatc tatgggctca 240
acccataaat tgctttcaaa actgctggcc ttgagtagtg cagaggtagg tggaattccc 300
ggtgtagcgg tggaatgcgt agatatcggg aggaacacca gtggcgaagg cgacctactg 360
ggcaccaact gacgctgagg ctcgaaagca tgggtagcaa aca 403
<210> 123
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Blautia
<400> 123
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga aggaagaagt 60
atctcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctnagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg gnnnagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggaaga gcnagtctga tgtgaaaggc tgggncttaa 240
ccccaggact gcattggaaa ctgttgttcg agagtgccgg agaggtaagc ggaattccta 300
gtgtngcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acggtaactg acgttgaggc tcnaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 124
<211> 426
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of CCMM_g
<400> 124
tagggaattt tcggcaatgg gggaaaccct gaccgagcaa cgccgcgtga aggaagaagt 60
aattcgttat gtaaacttct gtcatagagg aagaacggtg gatataggga atgatatcca 120
agtgacggta ctctataaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcga gcgttatccg gaattattgg gcgtaaagag ggagcaggcg gcactaaggg 240
tctgtggtga aagatcgaag cttaacttcg gtaagccatg gaaaccgtag agctagagtg 300
tgtgagagga tcgtggaatt ccatgtgtag cggtgaaatg cgtagatata tggaggaaca 360
ccagtggcga aggcgacgat ctggcgcata actgacgctc agtcccgaaa gcgtggggag 420
caaata 426
<210> 125
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Agathobacter
<400> 125
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gcgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagataatga cggtacctga ctaagaagca 120
ccggctaaat acgtgccagc agccgcggta atacgtatgg tgcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgc aggcggtgcg gcaagtctga tgtgaaagcc cggggctcaa 240
ccccggtact gcattggaaa ctgtcgtact agagtgtcgg aggggtaagc ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acgataactg acgctgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 126
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Parasutterella
<400> 126
tggggaattt tggacaatgg gcgcaagcct gatccagcta ttccgcgtgt gggatgaagg 60
ccctcgggtt gtaaaccact tttgtagaga acgaaaagac accttcgaat aaagggtgtt 120
gctgacggta ctctaagaat aagcaccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
tagggtgcga gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaaggg tgcgcaggcg gttgagtaag 240
acagatgtga aatccccgag cttaactcgg gaatggcata tgtgactgct cgactagagt 300
gtgtcagagg gaggtggaat tccacgtgta gcagtgaaat gcgtagatat gtggaagaac 360
accgatggcg aaggcagcct cctgggacat aactgacgct caggcacgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 127
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Romboutsia
<400> 127
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga gcgatgaagg 60
ccttcgggtc gtaaagctct gtcctcaagg aagataatga cggtacttga ggaggaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggctagcgtt attccgaaat 180
tactgggcga aaagggtgcg tagggtggtt tctaaagtca gaggtgaaag gctacggctc 240
aaccgtagta agcctttgaa actggggaac ttgagtgcag gagaggagag tggaattcct 300
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gttgcgaagg cggctctctg 360
gactgtaact gacactgagg cacgaaagcg tggggagcaa aca 403
<210> 128
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of PAC001046_g
<400> 128
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcagga aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggtttt gcaagtctga agtgaaagcc cggggcttaa 240
ccccgggact gctttggaaa ctgtaggact agagtgcagg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
actgtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 129
<211> 403
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Eubacterium_g23
<400> 129
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcaa cgccgcgtgg aggaagacgg 60
ttttcggatt gtaaactcct gttcttagtg aagaaaaatg acggtagcta aggagcaagc 120
cacggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat 180
tactgggtgt aaagggagcg caggcggggg agcaagtcag ctgtgaaatc tatgggctta 240
acccataaac tgcagttgaa actgttcttc ttgagtgaag tagaggttgg cggaattccg 300
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattcgg aggaacaccg gtggcgaagg cggccaactg 360
ggcttttact gacgctgagg ctcgaaagtg tggggagcaa aca 403
<210> 130
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of FWNZ_s
<400> 130
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt gtgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagcact ttcagcgggg aggaaggcgg tgaggttaat aacctcatcg 120
attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaagcg cacgcaggcg gtctgtcaag 240
tcggatgtga aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatt cgaaactggc aggctagagt 300
cttgtagagg ggggtagaat tccaggtgta gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat 360
accggtggcg aaggcggccc cctggacaaa gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 131
<211> 405
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Flavonifractor plautii
<400> 131
tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga aggaagaagg 60
ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcgggg acgaaacaaa tgacggtacc cgacgaataa 120
gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttatccgga 180
tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg attgcaagtc agatgtgaaa actgggggct 240
caacctccag cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtgc tggagaggca atcggaattc 300
cgtgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatac ggaggaacac cagtggcgaa ggcggattgc 360
tggacagtaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaaca 405
<210> 132
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Streptococcus gallolyticus group
<400> 132
tagggaatct tcggcaatgg gggcaaccct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgtaagag aagaacgtgt gtgagagtgg aaagttcaca 120
cagtgacggt aacttaccag aaagggacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtcccg agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggtttaataa 240
gtctgaagtt aaaggcagtg gcttaaccat tgttcgcttt ggaaactgtt aaacttgagt 300
gcagaagggg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accggtggcg aaagcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 133
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium neonatale
<400> 133
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaaactct gtcttcaggg acgataatga cggtacctga ggaggaagcc 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcaagcgtt gtccggattt 180
actgggcgta aagggagcgt aggcggatgt ttaagtggga tgtgaaatac tcgggctcaa 240
cttgagtgct gcattccaaa ctggatatct agagtgcagg agaggaaagg agaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gagattagga agaataccag tggcgaaggc gcctttctgg 360
actgtaactg acgctgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 134
<211> 401
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridioides difficile group
<400> 134
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgaagg 60
ccttcgggtc gtaaaactct gtcctcaagg aagataatga cggtacttga ggaggaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggctagcgtt atccggattt 180
actgggcgta aagggtgcgt aggcggtctt tcaagtcagg agtgaaaggc tacggctcaa 240
ccgtagtaag ctcttgaaac tgggagactt gagtgcagga gaggagagtg gaattcctag 300
tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt tgcgaaggcg gctctctgga 360
ctgtaactga cgctgaggca cgaaagcgtg gggagcaaac a 401
<210> 135
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Veillonella ratti group
<400> 135
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gttaatcggg acgaatggtc tttgtgtgaa taatgcaaag 120
atttgacggt accggaatag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtggca agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaagc gcgcgcaggc ggtttcataa 240
gtctgtctta aaagtgcggg gcttaacccc gtgaggggat ggaaactatg gaactggagt 300
atcggagagg aaagcggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaagaac 360
accagtggcg aaggcggctt tctggacgac aactgacgct gaggcgcgaa agccagggga 420
gcgaacg 427
<210> 136
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Escherichia coli group
<400> 136
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg aggaagggag taaagttaat acctttgctc 120
attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaagcg cacgcaggcg gtttgttaag 240
tcagatgtga aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatc tgatactggc aagcttgagt 300
ctcgtagagg ggggtagaat tccaggtgta gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat 360
accggtggcg aaggcggccc cctggacgaa gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 137
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium paraputrificum
<400> 137
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gtctttgggg acgataatga cggtacccaa ggaggaagcc 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcaagcgtt gtccggattt 180
actgggcgta aagggagcgt aggcggattt ttaagtggga tgtgaaatac ccgggctcaa 240
cctgggtgct gcattccaaa ctggaaatct agagtgcagg aggggaaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gagattagga agaacaccag tggcgaaggc gactttctgg 360
actgtaactg acgctgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 138
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bacteroides vulgatus
<400> 138
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 60
ccctatgggt tgtaaacttc ttttataaag gaataaagtc gggtatgcat acccgtttgc 120
atgtacttta tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 180
tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt agatggatgt ttaagtcagt 240
tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgata ctggatatct tgagtgcagt 300
tgaggcaggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga ggaactccga 360
ttgcgaaggc agcctgctaa gctgcaactg acattgaggc tcgaaagtgt gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 139
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment Veillonella atypica
<400> 139
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gttaatcggg acgaatggtt cttgtgcgaa tagtgcgagg 120
atttgacggt accggaatag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtggca agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaagc gcgcgcaggc ggatcagtta 240
gtctgtctta aaagttcggg gcttaacccc gtgatgggat ggaaactgct gatctagagt 300
atcggagagg aaagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaagaac 360
accagtggcg aaggcgactt tctggacgaa aactgacgct gaggcgcgaa agccagggga 420
gcgaacg 427
<210> 140
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Veillonella dispar
<400> 140
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gttaatcggg acgaaaggcc ttcttgcgaa tagttagaag 120
gattgacggt accggaatag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtggca agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaagc gcgcgcaggc ggattggtca 240
gtctgtctta aaagttcggg gcttaacccc gtgatgggat ggaaactgcc aatctagagt 300
atcggagagg aaagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaagaac 360
accagtggcg aaggcgactt tctggacgaa aactgacgct gaggcgcgaa agccagggga 420
gcgaacg 427
<210> 141
<211> 405
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Pseudoflavonifractor
<400> 141
tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga aggatgaagg 60
ctttcgggtt gtaaacttct tttatcaggg acgaaataaa tgacggtacc tgatgaataa 120
gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc gttatccgga 180
tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg actgcaagtc aggtgtgaaa accacgggct 240
caacctgtgg cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtgc tggagaggca atcggaattc 300
cgtgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatac ggaggaacac cagtggcgaa ggcggattgc 360
tggacagtaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaaca 405
<210> 142
<211> 401
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridioides
<400> 142
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgaagg 60
ccttcgggtc gtaaaactct gtcctcaagg aagataatga cggtacttga ggaggaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggctagcgtt atccggattt 180
actgggcgta aagggtgcgt aggcggtctt tcaagtcagg agtgaaaggc tacggctcaa 240
ccgtagtaag ctcttgaaac tgggagactt gagtgcagga gaggagagtg gaattcctag 300
tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt tgcgaaggcg gctctctgga 360
ctgtaactga cgctgaggca cgaaagcgtg gggagcaaac a 401
<210> 143
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Escherichia
<400> 143
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgggg aggaagggag taaagttaat acctttgctc 120
attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaagcg cacgcaggcg gtttgttaag 240
tcagatgtga aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatc tgatactggc aagcttgagt 300
ctcgtagagg ggggtagaat tccaggtgta gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat 360
accggtggcg aaggcggccc cctggacgaa gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 144
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium_g24
<400> 144
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcnagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggcgaa gcaagtctga agtgaaaacc cagggctcaa 240
ccctggcact gctttggaaa ctgttttgct agagtgtcgg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acgataactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 145
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium
<400> 145
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
tcttcggatt gtaaagctct gtctttaggg acgataatga cggtacctaa ggaggaagcc 120
acggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcaagcgtt gtccggattt 180
actgggcgta aagggagcgt aggtggatat ttaagtggga tgtgaaatac ccgggcttaa 240
cctgggtgct gcattccaaa ctggatatct agagtgcagg agaggaaagg agaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gagattagga agaataccag tggcgaaggc gactttctgg 360
actgtaactg acactgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 146
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Veillonella
<400> 146
tggggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa cgccgcgtga gtgatgacgg 60
ccttcgggtt gtaaagctct gttaatcggg acgaaaggcc ttcttgcgaa cagttagaag 120
gattgacggt accggaatag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtggca agcgttgtcc ggaattattg ggcgtaaagc gcgcgcaggc ggatcagtca 240
gtctgtctta aaagttcggg gcttaacccc gtgatgggat ggaaactgct gatctagagt 300
atcggagagg aaagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaagaac 360
accagtggcg aaggcgactt tctggacgaa aactgacgct gaggcgcgaa agccagggga 420
gcgaacg 427
<210> 147
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bacteroides dorei
<400> 147
tgaggaatat tggtcaatgg gcgatggcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 60
ccctatgggt tgtaaacttc ttttataaag gaataaagtc gggtatgcat acccgtttgc 120
atgtacttta tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 180
tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt agatggatgt ttaagtcagt 240
tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgata ctggatgtct tgagtgcagt 300
tgaggcaggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 360
ttgcgaaggc agcctgctaa gctgcaactg acattgaggc tcgaaagtgt gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 148
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of PAC001148_s
<400> 148
tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggcata gcaagtctgg agtgaaagcc cggggctcaa 240
ccccggtact gctttggaaa ctgttaagct agagtgctgg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
acagtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 149
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Haemophilus parainfluenzae group
<400> 149
tggggaatat tgcgcaatgg gggcaaccct gacgcagcca tgccgcgtga atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagttct ttcggtagcg aggaaggcat ttagtttaat agactaggtg 120
attgacgtta actacagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcga gcgttaatcg gaataactgg gcgtaaaggg cacgcaggcg gtgacttaag 240
tgaggtgtga aagccccggg cttaacctgg gaattgcatt tcatactggg tcgctagagt 300
actttaggga ggggtagaat tccacgtgta gcggtgaaat gcgtagagat gtggaggaat 360
accgaaggcg aaggcagccc cttgggaatg tactgacgct catgtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 150
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lactobacillus paracasei group
<400> 150
tagggaatct tccacaatgg acgcaagtct gatggagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ctttcgggtc gtaaaactct gttgttggag aagaatggtc ggcagagtaa ctgttgtcgg 120
cgtgacggta tccaaccaga aagccacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaagcg agcgcaggcg gttttttaag 240
tctgatgtga aagccctcgg cttaaccgag gaagcgcatc ggaaactggg aaacttgagt 300
gcagaagagg acagtggaac tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaagaac 360
accagtggcg aaggcggctg tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcatgggta 420
gcgaaca 427
<210> 151
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Bacteroides ovatus group
<400> 151
tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgaagg 60
ctctatgggt cgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtt ttccacgtgt ggaattttgt 120
atgtaccata tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 180
tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggtggattg ttaagtcagt 240
tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgaaa ctggcagtct tgagtacagt 300
agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 360
ttgcgaaggc agctcactag actgttactg acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 152
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Lactobacillus fermentum
<400> 152
tagggaatct tccacaatgg gcgcaagcct gatggagcaa caccgcgtga gtgaagaagg 60
gtttcggctc gtaaagctct gttgttaaag aagaacacgt atgagagtaa ctgttcatac 120
gttgacggta tttaaccaga aagtcacggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
taggtggcaa gcgttatccg gatttattgg gcgtaaagag agtgcaggcg gttttctaag 240
tctgatgtga aagccttcgg cttaaccgga gaagtgcatc ggaaactgga taacttgagt 300
gcagaagagg gtagtggaac tccatgtgta gcggtggaat gcgtagatat atggaagaac 360
accagtggcg aaggcggcta cctggtctgc aactgacgct gagactcgaa agcatgggta 420
gcgaaca 427
<210> 153
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Clostridium_g35
<400> 153
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
atttcggtat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggtaaa gcaagtctga agtgaaagcc cgcggctcaa 240
ctgcgggact gctttggaaa ctgtttaact ggagtgtcgg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc gacttactgg 360
acgataactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 154
<211> 401
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Intestinibacter
<400> 154
tggggaatat tgcacaatgg gcgaaagcct gatgcagcaa cgccgcgtga gcgatgaagg 60
ccttcgggtc gtaaagctct gtcctcaagg aagataatga cggtacttga ggaggaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggctagcgtt atccggattt 180
actgggcgta aagggtgcgt aggcggtctt ttaagtcagg agtgaaaggc tacggctcaa 240
ccgtagtaag ctcttgaaac tggaggactt gagtgcagga gaggagagtg gaattcctag 300
tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt agcgaaggcg gctctctgga 360
ctgtaactga cgctgaggca cgaaagcgtg gggagcaaac a 401
<210> 155
<211> 402
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Hungatella
<400> 155
tggggaatat tggacaatgg gcgaaagcct gatccagcga cgccgcgtga gtgaagaagt 60
gtttcggcat gtaaagctct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga ctaagaagcc 120
ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt atccggattt 180
actgggtgta aagggagcgt agacggttaa gcaagtctga agtgaaagcc cggggctcaa 240
ccccggtact gctttggaaa ctgtttgact tgagtgcagg agaggtaagt ggaattccta 300
gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttactgg 360
actgtaactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa ca 402
<210> 156
<211> 422
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Prevotella
<400> 156
tgaggaatat tggtcaatgg acggaagtct gaaccagcca agtagcgtgc aggatgacgg 60
ccctatgggt tgtaaactgc ttttgtatgg ggataaagtt agggacgtgt ccctatttgc 120
aggtaccata cgaataagga ccggctaatt ccgtgccagc agccgcggta atacggaagg 180
tccaggcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggctggaga ttaagtgtgt 240
tgtgaaatgt agacgctcaa cgtctgaatt gcagcgcata ctggtttcct tgagtacgca 300
caacgttggc ggaattcgtc gtgtagcggt gaaatgctta gatatgacga agaactccga 360
ttgcgaaggc agctgacggg agcgcaactg acgcttaagc tcgaaggtgc gggtatcaaa 420
ca 422
<210> 157
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Streptococcus
<400> 157
tagggaatct tcggcaatgg gggcaaccct gaccgagcaa cgccgcgtga gtgaagaagg 60
ttttcggatc gtaaagctct gttgttagag aagaatgatg gtgggagtgg aaaatccacc 120
aagtgacggt aactaaccag aaagggacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 180
gtaggtcccg agcgttgtcc ggatttattg ggcgtaaagc gagcgcaggc ggttttttaa 240
gtctgaagtt aaaggcattg gctcaaccaa tgtacgcttt ggaaactgga gaacttgagt 300
gcagaagggg agagtggaat tccatgtgta gcggtgaaat gcgtagatat atggaggaac 360
accggtggcg aaagcggctc tctggtctgt aactgacgct gaggctcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 158
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Citrobacter
<400> 158
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagtact ttcagcgagg aggaaggcgt tgtggttaat aaccgcagcg 120
attgacgtta ctcgcagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaagcg cacgcaggcg gtctgtcaag 240
tcggatgtga aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatc cgaaactggc aggctagagt 300
cttgtagagg ggggtagaat tccaggtgta gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat 360
accggtggcg aaggcggccc cctggacaaa gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 159
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Klebsiella
<400> 159
tggggaatat tgcacaatgg gcgcaagcct gatgcagcca tgccgcgtgt gtgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagcact ttcagcgggg aggaaggcga tgaggttaat aacctcatcg 120
attgacgtta cccgcagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcaa gcgttaatcg gaattactgg gcgtaaagcg cacgcaggcg gtctgtcaag 240
tcggatgtga aatccccggg ctcaacctgg gaactgcatt cgaaactggc aggctagagt 300
cttgtagagg ggggtagaat tccaggtgta gcggtgaaat gcgtagagat ctggaggaat 360
accggtggcg aaggcggccc cctggacaaa gactgacgct caggtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 160
<211> 427
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> V3V4 fragment of Haemophilus
<400> 160
tggggaatat tgcgcaatgg ggggaaccct gacgcagcca tgccgcgtga atgaagaagg 60
ccttcgggtt gtaaagttct ttcggtattg aggaaggttg atgtgttaat agcacatcaa 120
attgacgtta aatacagaag aagcaccggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 180
gagggtgcga gcgttaatcg gaataactgg gcgtaaaggg cacgcaggcg gttatttaag 240
tgaggtgtga aagccccggg cttaacctgg gaattgcatt tcagactggg taactagagt 300
actttaggga ggggtagaat tccacgtgta gcggtgaaat gcgtagagat gtggaggaat 360
accgaaggcg aaggcagccc cttgggaatg tactgacgct catgtgcgaa agcgtgggga 420
gcaaaca 427
<210> 161
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward universal primer
<400> 161
cctacgggng gcwgcag 17
<210> 162
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse universal primer
<400> 162
gactachvgg gtatctaatc c 21
Claims (21)
- 하기 단계를 포함하는 영유아 장내 미생물 발달단계 및 장내 미생물 군집의 불균형 정도를 탐지하는 방법으로:
(A) 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계,
(B) 시험대상 영유아의 메타데이타 정보를 얻는 단계,
(C) 상기 단계(A)의 장내 미생물 군집 정보 및 단계(B)의 메타데이타 정보로 이루어지는 군에서 선택된 1이상의 정보에 근거하여, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준에 따라 장내 미생물 군집의 발달 단계를 결정하는 단계, 및
(D) 상기 결정된 발달 단계에 따라, 발달 단계별 불균형군 특이적 바이오마커와 발달단계별 균형군 특이적 바이오마커를 이용하여 영유아 장내 미생물 발달단계 및 장내 미생물 군집의 불균형 정도를 결정하는 단계를 포함하고,
상기 단계(C)에서 발달 단계를 결정하는 단계는, 시험대상 영유아의 식이단계, 월령 및 발달단계 특이적 미생물 바이오마커로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상을 이용하여 수행되며,
상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준은 영유아 발달지수 1.19 충족 여부인 것으로,
상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준은 기준 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계, 및 상기 장내 미생물 군집 정보에 근거하여, 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계를 포함하는 방법에 의해 결정되는 것이며,
영유아의 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 설정된 영유아 발달 지수의 cut-off 값이며,
상기 단계(C)의 발달 단계를 결정하는 단계에서, 시험대상 영유아의 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 점유율을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하고,
상기 시험대상 영유아의 산정된 영유아 발달 지수가, 상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준인 cut-off 값 기준에 따라 발달 단계를 결정하는 것인, 방법. - 제1항에 있어서, 상기 (A)의 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계는,
(A-1) 시험 대상의 대변 시료로부터 장내 미생물의 유전체 DNA를 얻는 단계;
(A-2) 상기 장내 미생물 유전체 DNA로부터 16S rRNA 유전 정보를 얻는 단계; 및
(A-3) 상기 장내 미생물의 16S rRNA 정보를 분석하여 시험대상 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 분석하는 단계를 포함하는 것인 방법. - 제1항에 있어서, 상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준은,
(A')기준 영유아의 장내 미생물 군집에 관한 종(species) 수준으로 구별되는 균종과 이들 균종의 점유비율을 얻는 장내 미생물 군집 정보를 얻는 단계,
(B')기준 영유아의 메타데이타 정보를 얻는 단계, 및
(C')상기 단계(A')의 장내 미생물 군집 정도 및 단계(B')의 메타데이타 정보로 이루어지는 군에서 선택된 1이상의 정보에 근거하여, 상기 제1항의 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 방법에 의해 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계를 포함하는 방법에 의해 결정되는 것인, 방법. - 제1항에 있어서, 상기 영유아의 메타데이타 정보는 성별, 월령, 키, 체중, 영유아의 식이 형태, 수유 방법, 유산균 포함 식이 진행 여부, 대변의 형태, 대변의 색, 항생제 복용 정보, 질병 진단 정보, 모체의 해당 영유아 임신기간 중 식이 형태, 영유아의 출산 후 모체의 식이 형태 및 모체의 항생제 복용 정보로 이루어지는 군에서 선택되는 하나 이상의 정보인 방법.
- 삭제
- 제3항에 있어서, 상기 단계(C')에서 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계는, 기준 영유아의 식이단계 및 월령으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상을 추가로 이용하여 수행되는 것인, 방법.
- 제1항 또는 제6항에 있어서, 상기 발달단계 특이적 미생물 바이오마커를 이용하여 발달단계 1 및 발달단계 2로 구분하는 경우, 상기 발달단계 1에 특이적인 바이오마커는 상기 표 10 및 표 11에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상이고, 상기 발달단계 2에 특이적인 바이오마커는 상기 표 12 및 표 13에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상인 방법.
- 제3항에 있어서, 상기 단계(C')에서 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계는, 영유아의 발달 단계 1 내지 2의 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 영유아 발달 지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 발달 단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달 단계 2로 선정하는 것인 방법.
- 제8항에 있어서, 상기 단계(C)에서 발달 단계를 결정하는 단계에서, 시험대상 영유아의 발달 단계에 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 점유율을 분석하여 영유아 발달 지수를 산정하고,
상기 시험대상 영유아의 산정된 영유아 발달 지수가, 상기 기준 영유아의 발달 단계 구분기준인 cut-off 값을 기준에 따라 설정값 미만인 경우를 발달 단계 1로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 발달 단계 2로 선정하는 것인 방법. - 제8항 또는 제9항에 있어서, 상기 영유아 발달 지수는, 하기 수학식 4를 예측 함수 모델로 하여 미생물 coefficient를 선별하고, 수학식 6 및 7을 이용하여 산출하여 수행되는 것인 방법으로:
[수학식 4]
[수학식 6]
[수학식 7]
,
상기 수학식 4에서 β는 모델의 회귀계수 (Coefficient)로 미생물과 예측 변수의 관련도이고,
p는 모델의 예측 점수로 0에서 1사이의 확률값이고,
m은 학습에 사용된 미생물 분류군 수로, 자연수 값이고,
상기 수학식 6에서 는 선별한 미생물들의 coefficient이고,
X'는 선별한 미생물들의 군집 규모 비율이고,
는 특정 그룹의 판별을 위한 시험 대상의 예측 점수이고,
상기 수학식 7에서 P0 는 예측 모델 구축에 사용된 training set에 존재하는 제2그룹 샘플의 비율이고,
Ncase는 training set 내 제2그룹 샘플의 수이고,
Ntrain는 training set의 전체 샘플 수인, 방법. - 제1항 또는 제6항에 있어서, 상기 발달단계는 식이단계가 액상 식이, 겔상 식이 및 고형 식이로 구분하는 것인 방법.
- 삭제
- 제1항에 있어서, 상기 단계 (D)에서 발달 단계별 균형군 특이적 바이오마커는 상기 표 29 내지 표 32에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상이고, 발달단계별 불균형군 특이적 바이오마커는 상기 표 33 내지 표 36에 기재된 균종으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상인 방법.
- 제3항에 있어서, 상기 단계(c') 기준 영유아의 발달 단계 구분기준을 결정하는 단계 이후에, 기준 영유아의 발달 단계별 불균형군의 결정 기준을 선정하는 단계 (D')를 추가로 포함하며,
상기 단계 (D')에서 발달 단계별 불균형군의 결정 기준은, 기준 영유아의 각 발달 단계별 균형군 또는 불균형군 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 불균형 결정 지수를 산정하여, 정확도, 민감도 및 특이도를 이용하여 불균형 판결 지수의 cut-off 값을 설정하고, 설정값 미만인 경우를 균형군으로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 불균형군으로 선정하는 것인, 방법. - 제14항에 있어서, 상기 (D) 장내 미생물 군집의 불균형군 또는 균형군 여부를 결정하는 단계에서, 시험대상 영유아의 각 발달 단계별 균형군 또는 불균형군 특이적인 미생물 바이오마커의 균종(species)과 이들 균종의 장내 균총 내 비율(점유율)을 분석하여 불균형 결정 지수를 산정하고,
상기 시험대상 영유아의 산정된 불균형 결정 지수가, 상기 기준 영유아의 불균형 결정 지수의 구분기준인 cut-off 값 기준에 따라 설정값 미만인 경우를 균형군으로 선정하고, 설정값 이상인 경우를 불균형군으로 선정하는 것인 방법. - 제14항 또는 제15항에 있어서, 상기 불균형 결정 지수는, 하기 수학식 4를 예측 함수 모델로 하여 미생물 coefficient를 선별하고, 수학식 6 및 7을 이용하여 산출하여 수행되는 것인 방법으로:
[수학식 4]
[수학식 6]
[수학식 7]
상기 수학식 4에서 β는 모델의 회귀계수 (Coefficient)로 미생물과 예측 변수의 관련도이고,
p는 모델의 예측 점수로 0에서 1사이의 확률값이고,
m은 학습에 사용된 미생물 분류군 수로, 자연수 값이고,
상기 수학식 6에서 는 선별한 미생물들의 coefficient이고,
X'는 선별한 미생물들의 군집 규모 비율이고,
는 특정 그룹의 판별을 위한 시험 대상의 예측 점수이고,
상기 수학식 7에서 P0 는 예측 모델 구축에 사용된 training set에 존재하는 제2그룹 샘플의 비율이고,
Ncase는 training set 내 제2그룹 샘플의 수이고,
Ntrain는 training set의 전체 샘플 수인, 방법. - 제1항에 있어서, 상기 단계(D)이후에, 시간에 따른 시험 대상의 영유아 장내 미생물 불균형 지수 변화를 모니터링하는 단계를 더 포함하는, 방법.
- 제1항에 있어서, 상기 얻어진 시험 대상의 장내 미생물 발달단계 및 장내 미생물의 불균형 정도를 이용하여, 프리바이오틱스(prebiotics), 프로바이오틱스(probiotics), 약물, 식이 및 생활습관으로 이루어지는 군에서 선택된 1종 이상의 처치를 수행하여 장내 미생물의 균형을 달성하기 위한 단계를 추가로 포함하는 방법.
- 제18항에 있어서, 상기 프로바이오틱스(probiotics)는 시험 대상의 발달단계를 발달단계 1 및 발달단계 2로 구분하는 경우, 시험 대상이 발달단계 1로 분석된 경우 표 29 및 표 30에 나타낸 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상을 포함하며, 또는 시험 대상이 발달단계 2로 분석된 경우 표 31 및 표 32에 나타낸 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상 포함하는 것인 방법.
- 제18항에 있어서, 상기 프리바이오틱스(prebiotics)는 시험 대상의 발달단계를 발달단계 1 및 발달단계 2로 구분하는 경우, 시험 대상이 발달단계 1로 분석된 경우, 표 29 및 표 30에 나타낸 발달단계 1의 균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상의 상대적 풍부도를 증가 또는 표 33 및 표 34에 나타낸 발달단계 1의 불균형군 특이적 바이오마커 미생물 중 1종 이상의 감소를 달성하는 물질을 포함하거나, 또는
시험 대상이 발달단계 2로 분석된 경우, 상기 프리바이오틱스는 표 31 및 표 32에 나타낸 발달단계 2의 균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상의 상대적 풍부도를 증가 및/또는 표 35 및 표 36에 나타낸 발달단계 2의 불균형군 특이적 바이오마커 미생물을 1종 이상의 상대적 풍부도(상대적 점유 비율)를 감소하는 물질을 포함하는 방법. - 제1항에 있어서, 상기 단계(D)에서 발달단계 1의 균형 그룹은 자연분만 및 모유수유에 영향을 받은 균형군 바이오마커가 검출된 그룹이며, 불균형 그룹은 설사 및 항생제 투여 경험에 영향을 받은 불균형군 바이오마커가 검출된 그룹이고, 발달단계 2의 균형 그룹은 자연분만과 관련있는 균형군 바이오마커가 검출된 그룹, 불균형 그룹은 설사 및 항생제 투여 경험과 관련있는 불균형군 바이오마커가 검출된 그룹인 방법.
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