KR101853658B1 - 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 - Google Patents
세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR101853658B1 KR101853658B1 KR1020160125744A KR20160125744A KR101853658B1 KR 101853658 B1 KR101853658 B1 KR 101853658B1 KR 1020160125744 A KR1020160125744 A KR 1020160125744A KR 20160125744 A KR20160125744 A KR 20160125744A KR 101853658 B1 KR101853658 B1 KR 101853658B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- image
- resolution
- stitching
- monochrome
- high resolution
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 51
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims abstract description 31
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 16
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 9
- 230000009466 transformation Effects 0.000 claims description 7
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 65
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 17
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 6
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 6
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 description 2
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000011426 transformation method Methods 0.000 description 2
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000019771 cognition Effects 0.000 description 1
- 239000012531 culture fluid Substances 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000011496 digital image analysis Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 1
- 210000003677 hemocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000005286 illumination Methods 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/36—Microscopes arranged for photographic purposes or projection purposes or digital imaging or video purposes including associated control and data processing arrangements
- G02B21/365—Control or image processing arrangements for digital or video microscopes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/483—Physical analysis of biological material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/483—Physical analysis of biological material
- G01N33/4833—Physical analysis of biological material of solid biological material, e.g. tissue samples, cell cultures
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/0004—Microscopes specially adapted for specific applications
- G02B21/002—Scanning microscopes
- G02B21/0024—Confocal scanning microscopes (CSOMs) or confocal "macroscopes"; Accessories which are not restricted to use with CSOMs, e.g. sample holders
- G02B21/0052—Optical details of the image generation
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/24—Base structure
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/24—Base structure
- G02B21/241—Devices for focusing
- G02B21/244—Devices for focusing using image analysis techniques
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/36—Microscopes arranged for photographic purposes or projection purposes or digital imaging or video purposes including associated control and data processing arrangements
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T3/00—Geometric image transformations in the plane of the image
- G06T3/40—Scaling of whole images or parts thereof, e.g. expanding or contracting
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T5/00—Image enhancement or restoration
- G06T5/50—Image enhancement or restoration using two or more images, e.g. averaging or subtraction
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Multimedia (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Image Processing (AREA)
Abstract
Description
도 2 및 도 3은 본 발명의 실시예에 의한 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법의 플로우 차트이다.
도 4는 저해상도 변환시 3차 스플라인 보간법의 적용과정을 나타낸다.
도 5는 고해상도 변환시 3차 스플라인 보간법의 적용과정을 나타낸다.
도 6은 청색 파장범위에 대한 표적세포 광학 이미지 샘플 사진을 이용한 해상도 변환 결과를 나타낸다.
도 7은 분할 이미지를 이용하여 스티칭 이미지를 생성한 결과를 나타낸다.
도 8은 컬러 스티칭 이미지를 흑백 스티칭 이미지로 변환하는 과정, 및 흑백 스티칭 이미지를 최종 병합 이미지로 변환하는 과정을 나타낸다.
Claims (6)
- 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법으로서,
a) 표적세포를 포함하는 생물학적 샘플에 대하여, 복수 파장범위 각각에 대하여 다수개의 광학적 분할 이미지를 수신하는 단계와,
b) 상기 다수개의 광학적 분할 이미지를 각각 저해상도로 변환시켜 다수개의 저해상도 분할 이미지를 생성하는 단계와,
c) 상기 다수개의 저해상도 분할 이미지를 병합하여 하나의 저해상도 스티칭 이미지를 생성하는 단계와,
d) 상기 저해상도 스티칭 이미지를 고해상도로 변환시켜 고해상도 스티칭 이미지를 생성하는 단계
를 포함하며,
상기 a 단계 내지 상기 d 단계는 상기 복수 파장범위 각각에 대하여 동시에 또는 순차적으로 이루어지고,
상기 d 단계 이후에,
e) 상기 복수 파장범위 각각의 고해상도 스티칭 이미지를 고해상도 흑백 스티칭 이미지로 변환시키는 단계와,
f) 두 개의 고해상도 흑백 스티칭 이미지를 병합하여 제1 흑백 병합 이미지를 생성하는 단계와,
g) 상기 제1 흑백 병합 이미지에 대한 정보를 처리 장치의 메모리로부터 삭제하는 단계와,
h) 상기 제1 흑백 병합 이미지를 다른 고해상도 흑백 스티칭 이미지와 병합하여 제2 흑백 병합 이미지를 생성하는 단계와,
i) 상기 제2 흑백 병합 이미지에 대한 정보를 처리 장치의 메모리로부터 삭제하는 단계와,
j) 상기 제2 흑백 병합 이미지를 최종 병합 이미지로 출력하는 단계
를 포함하는 것을 특징으로 하는 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법.
- 삭제
- 삭제
- 제1항에 있어서,
상기 b 단계에서의 저해상도 변환 또는 상기 d 단계에서의 고해상도 변환은 3차 스플라인(cubic spline) 보간법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법.
- 제1항에 있어서,
상기 복수 파장범위는 청색 파장범위, 녹색 파장범위, 및 적색 파장범위를 포함하는 것을 특징으로 하는 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법.
- 제1항에 있어서,
상기 표적세포는 혈중 암세포(CTC)를 포함하는 것을 특징으로 하는 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법.
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020160125744A KR101853658B1 (ko) | 2016-09-29 | 2016-09-29 | 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 |
PCT/KR2016/011014 WO2018062595A1 (ko) | 2016-09-29 | 2016-09-30 | 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020160125744A KR101853658B1 (ko) | 2016-09-29 | 2016-09-29 | 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20180035531A KR20180035531A (ko) | 2018-04-06 |
KR101853658B1 true KR101853658B1 (ko) | 2018-05-03 |
Family
ID=61759804
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020160125744A KR101853658B1 (ko) | 2016-09-29 | 2016-09-29 | 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR101853658B1 (ko) |
WO (1) | WO2018062595A1 (ko) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102140385B1 (ko) * | 2018-12-31 | 2020-07-31 | (주)유아이엠디 | 골수 판독을 위한 셀존 레이블링 장치 및 이를 포함하는 셀존 검출 시스템 |
CN110766668B (zh) * | 2019-10-11 | 2023-09-05 | 武汉兰丁智能医学股份有限公司 | 细胞检测识别系统及方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004079523A2 (en) * | 2003-02-28 | 2004-09-16 | Aperio Technologies, Inc. | Image processing and analysis framework |
JP2006049964A (ja) * | 2004-07-30 | 2006-02-16 | Sysmex Corp | 画像表示システム、画像提供装置、画像表示装置、およびコンピュータプログラム |
US20140161330A1 (en) * | 2011-05-06 | 2014-06-12 | Commissariat A L'energie Atomique Et Aux Energies Alternatives | Bio-imaging method and system |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP4878815B2 (ja) * | 2005-06-10 | 2012-02-15 | オリンパス株式会社 | 顕微鏡装置 |
JP2015219282A (ja) * | 2014-05-14 | 2015-12-07 | ソニー株式会社 | 画像処理装置、画像処理プログラム、画像処理方法及び顕微鏡システム |
-
2016
- 2016-09-29 KR KR1020160125744A patent/KR101853658B1/ko active IP Right Grant
- 2016-09-30 WO PCT/KR2016/011014 patent/WO2018062595A1/ko active Application Filing
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004079523A2 (en) * | 2003-02-28 | 2004-09-16 | Aperio Technologies, Inc. | Image processing and analysis framework |
JP2006049964A (ja) * | 2004-07-30 | 2006-02-16 | Sysmex Corp | 画像表示システム、画像提供装置、画像表示装置、およびコンピュータプログラム |
US20140161330A1 (en) * | 2011-05-06 | 2014-06-12 | Commissariat A L'energie Atomique Et Aux Energies Alternatives | Bio-imaging method and system |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2018062595A1 (ko) | 2018-04-05 |
KR20180035531A (ko) | 2018-04-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
ES2301706T3 (es) | Metodo de videomicroscopia cuantitativa y sistema asociado asi como el producto de programa informatico de sofware. | |
US7608840B2 (en) | System and method employing photokinetic techniques in cell biology imaging applications | |
EP2943761B1 (en) | Multispectral imaging system and methods | |
EP2284592B1 (en) | Fluorescence imaging | |
US10083340B2 (en) | Automated cell segmentation quality control | |
JP6605716B2 (ja) | 病理学的明視野画像における自動染色検出 | |
JP2018180635A (ja) | 画像処理装置、画像処理方法、及び画像処理プログラム | |
JP7181537B2 (ja) | 高空間分解能の時間分解イメージング法 | |
Aswendt et al. | Whole-brain microscopy meets in vivo neuroimaging: techniques, benefits, and limitations | |
CN113508289B (zh) | 光谱分解 | |
Bueno et al. | An automated system for whole microscopic image acquisition and analysis | |
KR101853658B1 (ko) | 세포 이미지 스티칭 중 고해상도 구현방법 | |
WO2021198252A1 (en) | Virtual staining logic | |
KR20170038724A (ko) | 광학적 세포 식별방법 | |
JP7156361B2 (ja) | 画像処理方法、画像処理装置及びプログラム | |
KR101873318B1 (ko) | 세포 이미징 장치 및 그 방법 | |
WO2021198243A1 (en) | Method for virtually staining a tissue sample and a device for tissue analysis | |
JP4883936B2 (ja) | 走査型サイトメータの画像処理方法及び装置 | |
US20200074628A1 (en) | Image processing apparatus, imaging system, image processing method and computer readable recoding medium | |
Gong et al. | A fully water coupled oblique light-sheet microscope | |
WO2022249583A1 (ja) | 情報処理装置、生体試料観察システム及び画像生成方法 | |
Alegro et al. | Deep learning for Alzheimer’s disease: Mapping large-scale histological tau protein for neuroimaging biomarker validation | |
US11422349B2 (en) | Dual processor image processing | |
Song et al. | μ-phone: accessible microscope attachment for smartphones | |
CN118628354B (zh) | 一种基于深度学习的荧光寿命超分辨成像方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PA0109 | Patent application |
Patent event code: PA01091R01D Comment text: Patent Application Patent event date: 20160929 |
|
PA0201 | Request for examination | ||
PE0902 | Notice of grounds for rejection |
Comment text: Notification of reason for refusal Patent event date: 20170731 Patent event code: PE09021S01D |
|
PG1501 | Laying open of application | ||
E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
PE0701 | Decision of registration |
Patent event code: PE07011S01D Comment text: Decision to Grant Registration Patent event date: 20180413 |
|
GRNT | Written decision to grant | ||
PR0701 | Registration of establishment |
Comment text: Registration of Establishment Patent event date: 20180425 Patent event code: PR07011E01D |
|
PR1002 | Payment of registration fee |
Payment date: 20180426 End annual number: 3 Start annual number: 1 |
|
PG1601 | Publication of registration | ||
PR1001 | Payment of annual fee |
Payment date: 20220328 Start annual number: 5 End annual number: 5 |
|
PR1001 | Payment of annual fee |
Payment date: 20240327 Start annual number: 7 End annual number: 7 |