KR101570914B1

KR101570914B1 - 인터페론을 포함하지 않은 치료에서 c형 간염 바이러스 동역학의 예측

Info

Publication number: KR101570914B1
Application number: KR1020137002919A
Authority: KR
Inventors: 톰 추; 우리 로파틴; 낸시 슐맨
Original assignee: 에프. 호프만-라 로슈 아게
Priority date: 2010-08-05
Filing date: 2011-08-03
Publication date: 2015-11-20
Also published as: RU2013109732A; SG187106A1; CN103052719B; CA2802272A1; NZ604125A; AU2011287642A1; BR112013002531A2; EP2601313A1; RU2590691C2; KR20130036063A; WO2012016995A1; CN103052719A; MX2013001269A; US20120196272A1; MY183794A; JP2013534138A; JP5756175B2; AU2011287642B2

Abstract

본 발명은 인터페론을 포함하지 않은 치료를 받은 C형 간염 바이러스(HCV) 환자의 다양한 군집에서 염색체 19 상의 IL28B 유전자 근처에서의 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)과 바이러스학적 결과 사이에 존재하는 연관성의 발견을 기초로 한다.

Description

인터페론을 포함하지 않은 치료에서 C형 간염 바이러스 동역학의 예측{PREDICTION OF HCV VIRAL KINETICS IN INTERFERON-FREE TREATMENT}

본 발명은 약리학적 치료에 대한 C형 간염 바이러스(HCV)에 감염된 환자의 반응을 예측하는데 유용한 방법에 관한 것이다.

만성 C형 간염에 대한 표준 처치는 페그인터페론과 리바비린의 조합이다(참고문헌 1). 개별 환자가 지속된 바이러스학적 반응(sustained virological response, SVR)을 달성할지를 예측하는 것은 어렵지만 표준 처치로 치료 후 총 SVR 비율은 대략 50%이다(참고문헌 2 내지 4).

SVR을 달성할 가능성은 환자 및 바이러스 인자의 집합에 따라 다양하다. 예를 들어 더 어린 환자, 백인 및 동양인 환자, 및 진행된 간 섬유증이 없는 개인은 치료 후 HCV 감염을 제거할 가능성이 더 높다(참고문헌 5 내지 8). 유사하게 유전자형 1보다 HCV 유전자형 2 또는 3으로 감염된 환자, 및 혈청 내에 낮은 기저선 HCV RNA 수준을 갖는 환자는 처치할 가장 좋은 기회를 갖는다(참고문헌 2 내지 4, 6, 8).

SVR의 보다 정확한 예측은 현재 치료 시작 후에만 가능하다. HCV 유전자형에 상관 없이 4 또는 12주의 치료 후 HCV RNA를 제거한 개인은 지속성 바이러스 혈증을 갖는 환자보다 SVR을 달성할 훨씬 더 좋은 기회를 갖는다(참고문헌 9). 빠른 바이러스학적 반응(rapid virological response(RVR), 4주에 검출불가능한 HCV RNA)은 SVR의 강력한 예측자이고; 반대로 조기 바이러스학적 반응(early virological response(EVR), 12주에 HCV RNA의 2로그 보다 더 큰 감소) 달성 실패는 전처리 특성에 상관 없이 비반응의 강력한 예측자이다(참고문헌 10).

표준 처치에 대한 잠재적인 반응자와 비반응자를 미리 구별하는 능력은 만성 C형 간염을 갖는 환자의 처치에 큰 영향을 미칠 수 있다. 치료 결정은 환자가 표준 치료에 반응할 가능성을 기초로 하여 개인화될 수 있다. 예를 들어 현재의 표준 처치를 사용하여 SVR을 달성할 가장 낮은 가능성을 갖는 환자는 직접 작용하는 항바이러스제가 가능할 때까지 치료를 미룰 수 있다. 반대로 SVR을 달성할 높은 가능성을 갖는 환자는 공지된 치료 요법으로 즉시 치료를 시작하는 것을 선호할 수 있다.

숙주 및 바이러스 인자에 추가하여 숙주의 유전적 다양성 또한 표준 처치를 사용한 치료에 대한 반응에 영향을 미칠 수 있다(참고문헌 11). 게놈 전체의 연관성 연구로부터의 최근의 증거는 IL28B 유전자의 프로모터에서 단일 뉴클레오티드 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)이 페그인터페론과 리바비린으로 치료된 환자에서 SVR의 가능성에 강력한 영향을 발휘함을 시사한다(참고문헌 12 내지 14). 그러나 인터페론을 포함하지 않은 요법에서 숙주의 IL28B 유전자형의 영향은 공지되지 않았다.

본 발명은 인터페론을 포함하지 않은 요법으로 치료한 환자에서 위치 rs12979860에서의 SNP 유전자형과 바이러스 동역학 사이의 연관성의 발견을 기초로 한다. 하나의 구현예에서 본 발명은 인간 개체로부터의 시료를 제공하는 단계 및 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 HCV에 감염된 인간 개체의 조기 바이러스 감염량(virus load) 감소를 예측하기 위한 방법을 제공하고, 상기 개체에서 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하지 않는 개체에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료로부터 조기 바이러스 감염량 감소의 더 높은 가능성을 나타낸다.

또다른 구현예에서 본 발명은 인간 개체로부터 시료를 제공하는 단계 및 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 HCV에 감염된 환자 개체의 조기 바이러스 감염량 감소를 예측하는 방법을 제공하고, 상기 개체에서 rs12979860에 2개의 T 대립 유전자 또는 1개의 T 대립 유전자 및 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs12979860에 2개의 CC 대립 유전자가 존재하는 개체에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료로부터 조기 바이러스 감염량 감소의 더 낮은 가능성을 나타낸다.

또다른 구현예에서 본 발명은 인간 개체로부터 시료를 제공하는 단계 및 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, HCV에 감염된 인간 개체에서 지속된 바이러스학적 반응을 달성하기 위해 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 치료의 지속기간을 선택하는 방법을 제공하고, 상기 개체에서 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs1297860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하지 않는 개체에 비해 지속된 바이러스학적 반응을 달성하기 위한 인터페론을 포함하지 않은 치료의 더 짧은 지속기간을 나타낸다.

추가 구현예에서 본 발명은 인간 개체로부터 시료를 제공하는 단계 및 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 HCV에 감염된 인간 개체의 반응을 예측하는 방법을 제공하고, 상기 개체에서 rs1297860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs1297860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하지 않는 개체에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료에 의해 달성되는 바이러스학적 반응 또는 지속된 바이러스학적 반응의 더 높은 가능성을 나타낸다.

또 추가적인 구현예에서 본 발명은 인간 개체로부터 시료를 제공하는 단계 및 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 HCV에 감염된 인간 개체의 반응을 예측하는 방법을 제공하고, 상기 개체에서 rs12979860에 2개의 T 대립 유전자 또는 1개의 T 대립 유전자 및 1개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 개체에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 개체에 의해 달성되는 조기 바이러스학적 반응 또는 지속된 바이러스학적 반응이 없을 더 높은 가능성을 나타낸다.

도 1은 14일에 유전자형(CC 대 비-CC), 코호트 C, D, E, F, G에 의한 바이러스 감염량(IU/ml) 감소의 분포이다. 박스는 분포의 25 내지 75번째 퍼센타일 범위를 나타내고 가운데 선은 중간값을 나타낸다. 박스 위 및 아래 파선은 각각 분포의 75 내지 100번째 퍼센타일 및 0 내지 25번째 퍼센타일 범위를 나타낸다. 청색 점은 분포 평균을 나타낸다.
도 2는 유전자형, 코호트 F 및 G에 의한 바이러스 감염량(IU/ml) 감소이다.

본 발명의 이해를 용이하게 하기 위해 다수의 용어가 이하에 정의된다. 본원에 정의된 용어는 본 발명과 관련된 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 갖는다. 단수형 용어 및 지시형 용어는 단지 단수 독립체를 지칭하도록 의도되는 것이 아니라 그 예가 예시를 위해 사용될 수 있는 일반적인 부류를 포함한다. 본원의 용어들은 본 발명의 특정 구현예를 기재하기 위해 사용되지만 그 사용이 청구항에 간략히 나타낸 바 외에는 본 발명을 제한하지는 않는다.

용어, 치료에 대한 "반응"은 제제의 투여에 대한 바람직한 반응이다. "인터페론을 포함하지 않은 치료"는 이하 본원에 정의된 바와 같이 외래 인터페론 또는 페길화된 인터페론을 포함하지 않은 환자의 치료를 지칭한다. 바이러스학적 종말점은 (코바스 앰플리코르(Cobas Amplicor) HCV 모니터 시험, v2.0, 정량 한계 600IU/ml에 의해) 12주까지 기저선으로부터 혈청 HCV RNA에서 2 로그 이상의 감소로 정의되는 "조기 바이러스 반응(EVR)", (코바스 앰플리코르 HCV 시험, v2.0, 검출 한계 50IU/ml에 의해) 혈청에서 검출불가능한 HCV RNA로 정의되는 완전한 EVR(completeEVR, EVR) 및 24주의 치료되지 않은 사후 관리(follow-up) 기간의 끝에 검출불가능한 HCV RNA(50IU/ml 미만)로 정의되는 "지속된 바이러스 반응(SVR)"을 포함한다.

용어 "시료" 또는 "생물학적 시료"는 개인으로부터 단리된 조직 또는 유체의 시료를 지칭하고 예를 들어 생검 조직, 혈장, 혈청, 전혈, 척수액, 림프액, 피부의 외부, 호흡 관, 장 관 및 비뇨생식기 관, 눈물, 침, 모유, 혈구 세포, 종양, 기관을 포함하나 이에 한정되지는 않는다. 또한 시험관 내 세포 배양물 구성성분(배양 배지에서 세포의 성장으로부터 초래된 조정 배지, 바이러스 감염으로 추정되는 세포, 재조합 세포 및 세포 구성성분을 포함하나 이에 한정되지는 않음)의 시료도 포함된다.

용어 "인터페론" 및 "인터페론-알파"는 본원에서 교환가능하게 사용되고 바이러스 복제 및 세포 증식을 억제하고 면역 반응을 조절하는 매우 상동인 종 특이적인 단백질의 패밀리를 지칭한다. 전형적인 적합한 인터페론은 재조합 인터페론 알파-2b(예를 들어 인트론(Intron, 등록상표) A 인터페론, 쉐링 코포레이션(Schering Corporation, 미국 뉴저지주 케닐워스 소재)), 재조합 인터페론 알파-2a(예를 들어 로페론(Roferon, 등록상표) A 인터페론, 호프만 라 로슈(Hoffmann-La Roche, 미국 뉴저지주 누틀리 소재)), 재조합 인터페론 알파-2C(예를 들어 베로포(Berofor, 등록상표) 알파 2 인터페론, 베링거 인겔하임 파마슈티컬 인코포레이티드(Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., 미국 코네티컷주 리지필드 소재)), 천연 알파 인터페론의 정제된 블렌드인 인터페론 알파-n1, 예를 들어 수미페론(Sumiferon, 등록상표)(스미토모(Sumitomo, 일본 소재)) 또는 웰페론(Wellferon, 등록상표) 인터페론 알파-n1(INS)(글락소-웰콤 리미티드(Glaxo-Wellcome Ltd., 영국 런던 소재)) 또는 콘센서스(consensus) 알파 인터페론, 예를 들어 미국특허 제4,897,471호 및 제4,695,623호에 기재된 것들(특히 실시예 7, 8 또는 9) 및 암젠 인코포레이티드(Amgen, Inc., 미국 캘리포니아주 뉴베리 파크 소재)로부터 입수가능한 구체적인 제품 또는 천연 알파 인터페론의 혼합물인 인터페론-n3(인터페론 사이언시즈(Interferon Sciences)로부터 제조되고 퍼듀 프레데릭 컴파니(Purdue Frederick Co., 미국 코네티컷주 뉴왁 소재, 상품명 알페론(Alferon))로부터 입수가능)을 포함하나 이에 한정되지는 않는다. 인터페론 알파-2a 또는 알파-2b의 사용이 바람직하다. 인터페론은 아래 정의된 바와 같이 페길화된 인터페론을 포함할 수 있다.

용어 "페길화된 인터페론", "페길화된 인터페론 알파" 및 "페그인터페론"은 본원에서 교환가능하게 사용되고 인터페론 알파의 폴리에틸렌 글리콜 개질된 콘쥬게이트, 바람직하게는 인터페론 알파-2a 및 알파-2b를 의미한다. 전형적인 적합한 페길화된 인터페론 알파는 페가시스(Pegasys, 등록상표) 및 페그-인트론(Peg-Intron, 등록상표)을 포함하나 이에 한정되지는 않는다.

용어 "리바비린"은 화합물, 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-디히드록시-5-히드록시메틸-테트라히드로-푸란-2-일)-1H-[l,2,4]트리아졸-3-카르복시산 아미드를 지칭하고 이는 합성, 비 인터페론 함유, 광범위한 약효의 항바이러스 뉴클레오시드 유사체이고 상품명 비라졸(Virazole, 등록상표) 및 코페구스(Copegus, 등록상표)로 입수가능하다.

"직접 작용하는 항바이러스제"는 면역 기능에 상관 없이 특이적인 항바이러스 효과를 발휘한다. HCV에 대해 직접 작용하는 항바이러스제의 예는 프로테아제 억제제, 폴리머라제 억제제, NS5A 억제제, IRES 억제제 및 헬리카제 억제제를 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다.

용어 "RG7128" 및 "RO5024048"은 교환가능하게 사용되고 HCV NS5B RNA 폴리머라제의 억제제인 시토신 뉴클레오시드 유사체 β-D-2'-데옥시-2'-플루오로-2'-C-메틸시티딘의 디이소부틸 에스테르 전구약물을 지칭한다. 다른 HCV NS5B 폴리머라제 억제제는 아나디스 파마수티칼즈(Anadys Pharmaceuticals)의 "ANA-598", 아보트(Abbott)의 "ABT-333", 버텍스 파마수티칼즈(Vertex Pharmaceuticals)의 "VX-222", 베링거 인겔하임의 "BI-207127" 및 화이자(Pfizer)의 "필리부비르(filibuvir)"를 포함한다.

용어 "다노프레비르(danoprevir)", "RG7227", "RO5190591" 및 "ITMN-191"은 교환가능하게 사용되고 HCV NS3/4A 프로테아제의 거대환형 펩티토미메틱(peptidomimetic) 억제제, 4-플루올-1,3-디히드로-이소인돌-2-카르복실산 (Z)-(1S,4R,6S,14S,18R)-14-t-부톡시카르보닐아미노-4-시클로프로판설폰일아미노카르보닐-2,15-디옥소-3,16-디아자-트리시클로[14.3.0.0*4,6*]노나덱-7-엔-18-일 에스테르를 지칭한다. 다른 HCV NS3 및 NS3/4A 프로테아제 억제제는 "보세프레비르(boceprevir)" 또는 "SCH-503034": (1R,5S)-N-[3-아미노-1(시클로부틸메틸)-2,3-디옥소프로필]-3-[2(S)-[[[(1,1-디메틸에틸)아미노]카르보닐]아미노]-3,3-디메틸-1-옥소부틸]-6,6-디메틸-3-아자비시클로[3.1.0]헥산-(S)-카르복사미드; 및 "텔라프레비르(telaprevir)" 또는 "VX-950": (1S,3aR,6aS)-2-[(2S)-2-[[(2S)-시클로헥실[(피라진일카르보닐)아미노]아세틸]아미노]-3,3-디메틸부타노일]-N-[(1S)-1-[(시클로프로필아미노)옥소아세틸]부틸] 옥타히드로시클로펜타[c]피롤-1-카르복사미드; 및 "바니프레비르(vaniprevir)" 또는 "MK-7009":(1R,21S,24S)-21-t-부틸-N-((1R,2R)-1-{[(시클로프로필설폰일)아미노]카르보닐}-2-에틸시클로프로필)-16,16-디메틸-3,19,22-트리옥소-2,18-디옥사-4,20,23-트리아자테트라시클로[21.2.1.1.0]헵타코사-6,8,10-트리엔-24-카르복사미드; 및 "날라프레비르(narlaprevir)" 또는 "SCH-900518":(1R,2S,5S)-3-((S)-2-(3-(1-(t-부틸설폰일메틸)시클로헥실)우레이도)-3,3-디메틸부타노일)-N-((S)-1-(시클로프로필아미노)-1,2-디옥소헵탄-3-일)-6,6-디메틸-3-아자비시클로[3.1.0]헥산-2-카르복사미드를 포함한다.

표준 처치 또는 SOC로 지칭되는, 만성 C형 간염(CHC) 환자에 대해 현재 권장되는 최우선의 치료는 유전자형 1 또는 4 바이러스를 지닌 환자에서 48주 동안 및 유전자형 2 또는 3 바이러스를 지닌 환자에서 24주 동안 리바비린과 조합한 페길화된 인터페론 알파이다. 리바비린과의 병용 치료는 하나 이상의 과정의 인터페론 알파 치료 후에 재발한 환자 및 이전에 치료받지 않은 환자에서 인터페론 알파 단일치료보다 효과적임이 밝혀졌다. 그러나 리바비린은 최기성 및 발암성을 포함하는 심각한 부작용을 나타낸다. 또한 리바비린은 대략 10 내지 20%의 환자에서 리바비린 치료의 투여량 감소 또는 중단을 필요로 하는 용혈성 빈혈을 일으키고 이는 적혈구에서 리바비린 트리포스페이트의 축적과 관련될 수 있다. 그러므로 치료 비용 및 부작용의 발생을 감소시키기 위해 효과는 절충하지 않으면서 치료 지속기간을 더 짧게 맞추는 것이 바람직하다. 리바비린과 페길화된 인터페론 알파를 사용하는, 유전자형 1 환자에 대해 짧아진 "치료 지속기간"은 예를 들어 24주이다. 직접 작용하는 항바이러스제를 사용하는 유전자형 1 환자에 대한 짧아진 치료 지속기간은 8주, 12주 또는 16주이다.

본원에서 사용되는 바와 같이 용어 "대립 유전자" 및 "대립 유전자 변이"는 유전자, 예컨대 인트론, 엑손, 인트론/엑손 접합(junction) 및 유전자 또는 그 일부와 관련된 3' 및/또는 5' 비번역 영역의 대안적인 형태를 지칭한다. 일반적으로 대립 유전자는 상동 염색체 상의 동일한 유전자좌 또는 위치를 차지한다. 개체가 유전자의 2개의 동일한 대립 유전자를 가지면 개체는 유전자 또는 대립 유전자에 대해 동형접합성이라고 한다. 개체가 유전자의 2개의 상이한 대립 유전자를 가지면 개체는 유전자에 대해 이형접합성이라고 한다. 특정 유전자의 대립 유전자는 서로 단일 뉴클레오티드 또는 몇 개의 뉴클레오티드가 다를 수 있고 뉴클레오티드의 치환, 결실 및 삽입을 포함할 수 있다.

본원에서 사용되는 바와 같이 용어 "다형성"은 핵산, 예컨대 엑손 및 인트론 또는 그 일부의 하나 이상의 형태(예, 대립 유전자 변이)가 공존하는 것을 지칭한다. 2개 이상의 상이한 형태, 즉 2개의 상이한 뉴클레오티드 서열이 존재하는 유전자의 일부는 유전자의 다형성 영역으로 지칭된다. 다형성 영역은 단일 뉴클레오티드, 즉 "단일 뉴클레오티드 다형성" 또는 "SNP"일 수 있다. 그 신원(identity)은 상이한 대립 유전자에서 상이하다. 다형성 영역은 또한 몇 개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.

다형성을 검출하기 위한 수많은 방법이 공지되어 있고 본 발명과 결합하여 사용될 수 있다. 일반적으로 이들은 직접적으로(예, 인 시츄 혼성화) 또는 간접적으로(2차 분자로의 변화 확인, 예, 단백질 서열 또는 단백질 결합) 내재하는 핵산 서열에서 하나 이상의 돌연변이를 확인하는 것을 포함한다.

다형성을 검출하기 위한 하나의 공지된 방법은 돌연변이 또는 다형성 부위에 겹치고(overlapping) 돌연변이 또는 다형성 영역 주위에 약 5, 10, 20, 25 또는 30 뉴클레오티드를 갖는 프로브를 사용한 대립 유전자 특이적인 혼성화이다. 키트에서 사용하기 위해 예를 들어 대립 유전자 변이(예를 들어 단일 뉴클레오티드 다형성)에 특이적으로 혼성화 가능한 몇몇 프로브가 사용자에게 제공되거나 고체상 지지체, 예를 들어 비드 또는 칩에 부착된다.

단일 뉴클레오티드 다형성, "rs28416813", "rs12979860" 및 "rs810314"는 SNP 데이터베이스(dbSNP, www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)에서 그 접근 번호에 의해 확인되는 SNP를 지칭하고 인간 염색체 19의 IL28B 유전자의 프로모터 영역에 위치한다.

인터페론 반응성에 대한 기저선 유전적 예측자의 이용은 직접 작용하는 항바이러스제 치료 및 인터페론을 사용한 표준 처치의 맞춤을 가능하게 한다. 좋지 않은 인터페론 반응성, 즉 rs12979860에 2개의 T 대립 유전자(또는 rs8103142에 2개의 C 대립 유전자 또는 rs2841683에 2개의 G 대립 유전자)로 정의된 환자는 특히 이들이 SOC에 추가하여 단일 제제로 제공된다면 내생의 또는 외래의 인터페론 매개된 경로의 추가적인 또는 상조적인 효과에 의존하는 소분자 치료의 좋지 않은 후보자일 수 있다. 이들 환자는 효과적인 단일치료의 결과로 약물 내성 돌연변이를 발생시킬 위험성을 증가시킬 우려가 있다.

반대로 인터페론 반응성 표현형, 즉 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자(또는 rs8103142의 2개의 T 대립 유전자 또는 rs2841683의 2개의 C 대립 유전자)를 갖는 환자는 SOC 단독 또는 소분자와 조합한 더 짧은 과정의 치료에 우수한 후보자일 것이다. 인터페론 반응성에 대한 유전적 경향으로 인한 추가적인 고려사항은 조합하는, 직접 작용하는 항바이러스제의 "조율(tuning)"이다. 허용가능한 내생의 인터페론 반응성을 가질 것으로 예측되는 환자는 바이러스 기능을 표적으로 하는 약물, 예를 들어 내생의 인터페론 반응에서 억제 역할도 맡는 프로테아제 억제제의 우수한 후보자일 수 있고 약물이 내생의 인터페론 반응성을 통해 환자 자신의 처치를 용이하게 하는 환자의 능력을 손상시키는 역할을 할 수 있을 때 바이러스 PMAP(병원체 관련된 분자 패턴, 즉 폴리머라제 억제제)의 양을 감소시키는 약물의 좋지 않은 후보자일 수 있다. 유사하게 좋지 않은 인터페론 반응성을 가질 것으로 예측되는 환자는 직접 작용하는 항바이러스제 단독 또는 삼중 치료(직접 작용하는 항바이러스제 하나와 SOC)와 비교할 때 최우선의 치료로서 "사중" 치료(페그인터페론과 리바비린에 첨가된 2개의 직접 작용하는 항바이러스제)의 후보자일 수 있다.

인폼-1(INFORM-1) 시험의 분석 결과(실시예 부문에 기재됨)는 인터페론 반응성 표현형 및 좋지 않은 인터페론 반응성 표현형이 SOC 부재 하에 CHC 치료를 위한 2개의 조합된 직접 작용하는 항바이러스제에 대한 조기의 차이를 나타낸다. 조기 반응은 SOC로 치료된 CHC 환자에 있어 지속된 바이러스학적 반응과 관련이 있는 것으로 공지되어 있기 때문에 인터페론 반응성의 표지는 잠재적으로 인터페론을 포함하지 않은 치료의 안내자로 사용될 수 있다. 예를 들어 인터페론 반응성 표현형의 표시인, rs1297986에 2개의 C 대립 유전자(또는 rs8103142에 2개의 T 대립 유전자 또는 rs2841683에 2개의 C 대립 유전자)를 갖는 환자 군집은 좋지 않은 인터페론 반응성 표현형의 표시인, rs12979860에 2개의 T 대립 유전자(또는 rs8103142에 2개의 C 대립 유전자 또는 rs2841683에 2개의 G 대립 유전자)를 갖는 환자 군집에 비해 SOC 없는 2개 이상의 조합된 직접 작용하는 항바이러스제의 더 짧은 지속기간 또는 감소된 투여량으로 SVR을 달성할 수 있다. 임상 및 다른 실험실 매개변수와의 조합에서 IL28B 유전자형은 또한 인터페론 함유 및 인터페론을 포함하지 않은 치료에서 개별 환자에 대한 적합한 치료 요법을 선택하는데 또한 사용될 수도 있다. SVR을 달성하는데 필요한 치료의 가능한 예상 지속기간 및 강도를 최소화함으로써 부작용 비율의 면에서 약물 안정성 및 치료 순응 비율의 면에서 효과가 향상될 수 있다.

실시예

1. 방법

1.1 연구 고안 및 DNA 시료 집합

IL28B 다형성에 대한 유전자형 분석은 인폼-1 시험에 등록된 만성 C형 간염(CHC)을 갖는 환자에 대해 수행하였다. 인폼-1 시험의 목적은 페길화된 인터페론 또는 리바비린이 없는 2개의 실험적인 직접 작용하는 항바이러스제(DAA)의 조합(현재 CHC에 대한 표준 처치(SOC))가 안전하게 투여되어 저항성의 출현 없이 상당한 항바이러스 활성을 제공할 수 있다는 것을 입증하는 것이었다. 연구 약제는 RG7128(RO5024048로도 공지됨, HCV NS5B RNA 폴리머라제의 억제제인 시토신 뉴클레오시드 유사체 β-D-2'-데옥시-2'-플루오로-2'-C-메틸시티딘의 디이소부틸 에스테르 전구약물) 및 다노프레비르(RG7227, RO5190591 및 ITMN-191로도 공지됨, HCV NS3/4A 프로테아제의 거대환형 펩티도미메틱 억제제)로 이루어져 있다. 둘 다 HCV에 반하는 잠재적인 시험관 내 및 생체 내 활성을 갖고 본 연구 시에 화합물 둘 다 임상 1 상(phase 1) 개발 중에 있었다.

인폼-1은 임상 1b 상, 랜덤, 이중맹검, 위약 조절, 투여량 증가 시험이었다. 자격이 있는 환자는 18세 내지 65세, 만성의 유전자형 1 HCV 감염을 갖고 간경변은 없고 10⁵IU/mL의 최소 기저선 HCV RNA(로슈 태크만 분석(Roche Taqman Assay))를 갖는 남성 및 출산 가능성이 없는 여성이었다. 연구는 SOC 치료받은 적이 없는 환자, 치료 실패(treatment failure, TF) 환자 및 무반응(null responder) 환자를 포함하였다. 치료받은 적이 없다는 것은 CHC에 대해 인터페론 기초의 치료 요법을 받은 적이 없는 것으로 정의되고; 치료 실패(non null)는 재발자(SOC를 받는 동안 검출 한계 아래로 HCV RNA가 떨어졌으나 치료 중단 후 재발한 환자) 또는 부분적 반응자(SOC 전 동안 12주의 치료 후에 2log₁₀ 단위 이상 HCV RNA가 감소하였으나 HCV RNA가 항상 혈액에서 검출가능하게 남은 환자)로 정의되었다. 무반응자는 1개월에 HCV RNA에서 1log₁₀ 단위 미만의 감소 및/또는 SOC 치료 전 12주 후에 2log₁₀ 미만의 감소를 나타내었다. 등록된 환자는 표 1에 따라 연구 치료 또는 위약으로 랜덤화하였다. 코호트 B 내지 G는 13일의 실험 치료를 받았다. 모든 코호트가 상당한 바이러스 감염량 감소를 나타내는 동안 코호트 C, D, F 및 G는 가장 높은 투여량의 연구 약물을 받았고 비슷하게 노출되었다. 이들 코호트는 또한 바이러스 감염량에서 유사한 감소를 나타내었다.

코호트에 의한 인폼-1 치료 일정

코호트	SOC를 사용한 이전 경험	다노프레비르 투여량	RG7128 투여량
B	없음	100mg q 8h(8시간 마다)	500mg BID
C1	없음	100mg q 8h	1000mg BID
C2	없음	200mg q 8h	500mg BID
D	없음	200mg q 8h	1000mg BID
E	치료 실패(TF)	600mg BID(하루 두번)	1000mg BID
F	무반응	900mg BID	1000mg BID
G	없음	900mg BID	1000mg BID

연구 치료 완료 시 환자는 치료하는 의사의 재량으로 SOC 치료를 시작하도록 허용되었다.

43IU/ml의 더 낮은 정량 한계 및 15IU/ml의 더 낮은 검출 한계로 코바스 태크만 HCV 분석, 버전 2(로슈 몰레큘러 시스템즈(Roche Molecular Systems))를 사용하여 혈청 HCV RNA 수준을 측정하였다. 스크리닝 시 기저선에서 및 연구 약물 투여 끝까지 치료시 여러번 및 90일의 사후 관리에 걸쳐 HCV RNA 수준을 측정하였다.

연구 고안의 추가적인 세부사항, 포함 및 제외 조건, 및 이들 시험의 주요 결과는 다른 문헌에 공개되어 있다.

유전적 분석을 위한 혈액 시료를 유전적 분석에 참가하도록 동의를 얻은 환자로부터 수집하여 로슈 시료 저장소에 저장하였다. 로슈 시료 저장소에서 DNA를 추출하여 50ng/㎕로 표준화하였다.

1.2 데이터 분석

14일 동안 상이한 투여량으로 병용 치료를 받은 53명의 환자(37명 치료받은 적이 없음, 8명 이전 치료 실패(TF)(SOC에 대한 부분적인 반응자/재발자) 및 8명 SOC에 대한 무반응자)를 연구하였다. 치료받은 적이 없는 환자는 투여량 및 치료 약제 일정이 상이한 4개 치료 코호트로 랜덤화하였다. rs28416813, rs12979860 및 rs8103142 유전자좌에서의 유전자형을 IL28B 유전자 및 상류 영역의 일부의 직접적인 서열분석에 의해 결정하였다. 인터페론을 포함하지 않은 치료의 13일 동안 및 후속 SOC의 4 및 12주 후의 바이러스 동역학 프로필을 유전자형에 의해 비교하였다. 분석 목적을 위해 가장 낮은 투여량의 코호트 B는 고려하지 않았다.

2. 결과

모든 53명의 인폼-1 환자에 대한 rs12979860 유전자형의 총 빈도는 CC-28.3%, CT-58.5% 및 TT-13.2%였다. CC 유전자형 빈도는 높은 투여량 코호트에 걸쳐 유사하였다(n=45)(표 2). rs28416813 및 rs8103142에 대한 유전자형 결과는 rs12979860에 대한 것들과 본질적으로 동일하였다.

유사한 투여량의 코호트 C-G에서 rs12979860 유전자형 분포

rs12979860 유전자형	치료받은 적이 없음			치료 실패	무반응	합계
rs12979860 유전자형	C	D	G	E	F	합계
CC	6	2	3	1	0	12	27%
CT	7	4	4	7	5	27	60%
TT	1	2	0	0	3	6	13%
합계	14	8	7	8	8	45

환자를 rs12979860 유전자형에 의해 계층화하였을 때 13일의 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대한 바이러스 동역학에서의 차이(연구된 환자의 작은 수 때문에 통계적으로 유의하지 않음)가 관찰되었다.

비슷한 투여량의 연구 약물을 받은 환자에 있어서(도 1, 표 3) rs12979860의 CC 유전자형을 갖는 환자는 14일의 치료 후에 다른 유전자형 보다 더 큰 대략 0.5log₁₀ 단위의 평균 바이러스 감염량 감소를 갖고 반응의 분포는 비-CC 유전자형을 가진 환자들에 비해 이동하였다.

DNA 치료 후 검출불가능한 HCV RNA를 갖는 환자의 수

유전자형	n	13일 DAA 후 15IU/ml 미만의 HCV RNA
모든 환자	53
CC	15	6(40%)
비-CC	38	10(26%)
비슷한 투여량 코호트	45
CC	12	6(50%)
비-CC	33	9(27%)

유전자형에 의한 바이러스 동역학의 차이는 가장 높은 투여량의 연구 약물을 받은 환자에서 가장 용이하게 관찰되었다(도 2).

이들 데이터는 IL28B 유전자형이 C형 간염에 대해 인터페론을 포함하지 않은 치료를 받은 환자에서 조기 바이러스 동역학에 영향을 미칠 수 있음을 제시하나 인터페론 함유 치료에 대해서보다는 덜한 정도인 것으로 나타났다. 상기 관찰은 IL28B 유전자형 정보가 내생의 인터페론 반응성을 반영한다는 가설과 일치한다. IL28B 유전자형 정보는 약제, 투여량 또는 인터페론을 포함하지 않은 요법 및 인터페론 함유 요법 둘 다에 대한 지속기간의 선택에 대한 정보를 줄 수 있다.

본원에 개시되고 청구된 모든 조성물 및/또는 방법은 본 발명의 관점에서 과도한 실험 없이 제조되고 수행될 수 있다. 본 발명의 조성물 및 방법이 바람직한 구현예의 면에서 기술되지만 본 발명의 개념, 취지 및 범주로부터 벗어남이 없이 본원에 기재된 조성물 및/또는 방법 및 방법의 단계 또는 방법의 순서에 변화가 적용될 수 있다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 당업자에게 명백한 상기 모든 유사한 치환 및 변형은 첨부된 청구항에 의해 정의된 바와 같은 본 발명의 취지, 범주 및 개념 내에 있는 것으로 간주된다.

참고문헌

1. Ghany MG, Strader DB, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C: An update. Hepatology 2009;49:1335-1374.

2. Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC, Rustgi VK, Shiffman M, Reindollar R, Goodman ZD, Koury K, Ling M, Albrecht JK. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial. Lancet 2001;358:958-965.

3. Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Lin A, Hoffman J, Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N Engl J Med 2002;347:975-982.

4. Hadziyannis SJ, Sette H, Jr., Morgan TR, Balan V, Diago M, Marcellin P, Ramadori G, Bodenheimer H, Jr., Bernstein D, Rizzetto M, Zeuzem S, Pockros PJ, Lin A, Ackrill AM. Peginterferon-alpha2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. Ann Intern Med 2004;140:346-355.

5. Conjeevaram HS, Fried MW, Jeffers LJ, Terrault NA, Wiley-Lucas TE, Afdhal N, Brown RS, Belle SH, Hoofnagle JH, Kleiner DE, Howell CD. Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Gastroenterology 2006;131:470-477.

6. Dienstag JL, McHutchison JG. American Gastroenterological Association technical review on the management of hepatitis C. Gastroenterology 2006;130:231-264.

7. Missiha S, Heathcote J, Arenovich T, Khan K. Impact of asian race on response to combination therapy with peginterferon alfa-2a and ribavirin in chronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 2007;102:2181-2188.

8. Reddy KR, Messinger D, Popescu M, Hadziyannis SJ. Peginterferon alpha-2a (40 kDa) and ribavirin: comparable rates of sustained virological response in sub-sets of older and younger HCV genotype 1 patients. J Viral Hepat 2009;16:724-731.

9. Ferenci P, Fried MW, Shiffman ML, Smith CI, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated with peginterferon alfa-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 2005;43:425-433.

10. Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis C treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009;14:501-511.

11. Asselah T, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 2009;58:846-858.

12. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature 2009;461:399-401.

13. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahlo M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009;41:1100-1104.

14. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K, Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 2009;41:1105-110.

Claims

시료에서 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 HCV(Hepatitis C Virus) 치료에 대해 바이러스 감염량 감소를 예측하는 방법으로서, 시료에서 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하지 않는 시료에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료로부터 바이러스 감염량 감소의 더 높은 가능성을 나타내고, 상기 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제가 HCV 프로테아제 억제제인 다노프레비르 또는 HCV 폴리머라제 억제제인 RG7128인 방법.
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시료에서 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 HCV 치료에 대해 바이러스 감염량 감소를 예측하는 방법으로서, 시료에서 rs12979860에 (i) 2개의 T 대립 유전자, 또는 (ii) 1개의 T 대립 유전자 및 1개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs1279860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 시료에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료로부터 바이러스 감염량 감소의 더 낮은 가능성을 나타내고, 상기 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제가 HCV 프로테아제 억제제인 다노프레비르 또는 HCV 폴리머라제 억제제인 RG7128인 방법.
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시료에서 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 HCV 치료에 대해 바이러스학적 반응을 예측하는 방법으로서, 시료에서 rs1297860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs1297860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하지 않는 시료에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 바이러스학적 반응의 더 높은 가능성을 나타내고, 상기 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제가 HCV 프로테아제 억제제인 다노프레비르 또는 HCV 폴리머라제 억제제인 RG7128인 방법.
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시료에서 단일 뉴클레오티드 다형성 rs12979860에 존재하는 뉴클레오티드를 확인하는 단계를 포함하는, 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제를 포함하는 인터페론을 포함하지 않은 HCV 치료에 대해 바이러스학적 반응을 예측하는 방법으로서, 시료에서 rs12979860에 (i) 2개의 T 대립 유전자, 또는 (ii) 1개의 T 대립 유전자 및 1개의 C 대립 유전자가 존재하는 것이 rs12979860에 2개의 C 대립 유전자가 존재하는 시료에 비해 인터페론을 포함하지 않은 치료에 대해 바이러스학적 반응이 없을 더 높은 가능성을 나타내고, 상기 하나 이상의 직접 작용하는 항바이러스제가 HCV 프로테아제 억제제인 다노프레비르 또는 HCV 폴리머라제 억제제인 RG7128인 방법.
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