KR101344810B1 - Biomarkers for evaluating sediment ecotoxicity of fullerene from aquatic midge, Chironomus riparius and the uses thereof - Google Patents
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Abstract
본 발명은 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 깔다구 (Chironomus riparius) 유래 유전자를 포함하는 플러렌 (fullerene)의 생태 독성 평가용 바이오마커, 플러렌의 생태 독성 평가용 유전자 칩, 플러렌의 생태 독성 평가용 키트 및 플러렌의 생태 독성 평가용 조성물 및 플러렌에 오염된 것으로 추정되는 시료에 깔다구를 노출시킨 후 이로부터 RNA를 분리하는 단계; 상기 분리된 RNA를 주형으로 하여 cDNA를 합성하는 단계; 상기 합성된 cDNA를 상기 유전자 칩과 접촉시켜 상기 cDNA와 혼성화하는 단계; 상기 유전자 칩과 cDNA 사이의 혼성화 정도를 검출하는 단계; 및 상기 검출된 혼성화 정도를 양성대조군과 비교하는 단계를 포함하는 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법을 제공한다.The present invention is one or more funnels selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72 ( Chironomus riparius ) biomarkers for fullerene including genes derived from genes, gene chips for fullerene ecological toxicity assessment, kits for fullerene ecological toxicity assessment, and compositions for fullerene ecological toxicity assessment and fullerene contamination Exposing the funnel to a sample to separate the RNA therefrom; Synthesizing cDNA using the separated RNA as a template; Contacting the synthesized cDNA with the gene chip to hybridize with the cDNA; Detecting a degree of hybridization between the gene chip and cDNA; And it provides a method for detecting the presence of fullerene in the sample comprising the step of comparing the detected degree of hybridization with the positive control group.
Description
본 발명은 탄소 나노 소재인 플러렌의 생태 독성 평가용 수서 무척추 동물인 깔다구 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 깔다구 (Chironomus riparius) 유래 유전자를 포함하는 플러렌 (fullerene, C60)의 생태 독성 평가용 바이오마커, 플러렌의 생태 독성 평가용 유전자 칩, 플러렌의 생태 독성 평가용 키트 및 플러렌의 생태 독성 평가용 조성물 및 상기 바이오마커를 이용하여 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법을 제공한다.The present invention relates to invertebrate aquatic for carbon nanomaterial of ecotoxicity evaluation of the fullerene animal kkaldagu biomarkers and the use thereof, and more particularly, one or more kkaldagu is selected from the group consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 to 72 (Chironomus riparius ) biomarker for the evaluation of fullerene (fullerene, C60) derived gene, gene chip for fullerene ecological toxicity evaluation, kit for fullerene ecological toxicity evaluation and composition for fullerene ecological toxicity evaluation and the biomarker It provides a method for detecting the presence of fullerene in the sample.
과학 기술의 발달로 원자분자 크기의 물질을 제작할 수 있음에 따라 나노기술은 과학 전 분야에서 활발히 이용되고 있다. 그러나 나노기술의 다양한 이점에도 불구하고 나노 물질의 유해성에 대한 우려가 국제적으로 야기되고 있다. 현재 나노 물질에 대한 독성연구는 시작점에 있으나 주로 인체 독성 위주로 진행되었으며 토양생물에 대한 나노 독성 연구의 시험방법이 제대로 개발되어 있지 않은 상태였기 때문에, 토양생물을 대상으로 진행된 연구는 한정적으로 수행되어 왔다. 이는 나노 물질은 기존의 수용성 물질과 달리 입자성 물질이기 때문에 표준독성 시험법을 적용하여 수행하기에 무리가 있기 때문이다. 특히, 대표적인 탄소소재 나노입자인 플러렌은 탄소 원소 60개가 축구공 모양으로 결합하여 생긴 탄소의 크러스터 C60를 말하는데, 수지에 첨가해서 내구성이나 내열성을 높이거나 정전기의 제거, 잡음 필터 등으로 이용되고 있으나, 최근 이에 대한 광유도 독성 (Yang et al., Toxicology 16 pp. 41~46 (2002)) 및 수 생태계에 미치는 독성 유발의 가능성에 대한 연구가 진행되고 있다. (Oberdorster, Environ Health Perspect 112 pp. 1058~1062 (2004)).Nanotechnology is actively used in all fields of science as the development of science and technology allows the production of atomic-molecule-sized materials. However, despite the many benefits of nanotechnology, concerns about the harmfulness of nanomaterials have arisen internationally. Toxicity studies on nanomaterials are currently at the starting point, but mainly focused on human toxicity, and since the test method of nanotoxicity studies on soil organisms has not been properly developed, studies on soil organisms have been limited. . This is because nanomaterials are particulate matters unlike conventional water-soluble materials, which makes it difficult to apply standard toxicity test methods. In particular, fullerene, a representative carbon-based nanoparticle, refers to carbon cluster C60 formed by combining 60 carbon elements in the shape of a soccer ball. However, it is used as a resin to increase durability, heat resistance, remove static electricity, and noise filter. Recently, studies on the photoinduced toxicity (Yang et al., Toxicology 16 pp. 41 ~ 46 (2002)) and the possibility of inducing toxicity on aquatic ecosystem have been conducted. (Oberdorster, Environ Health Perspect 112 pp. 1058-1062 (2004)).
한편, 깔따구(Chironomus)는 파리목 깔따구과 곤충으로 수서 생태계에서 그 수가 풍부한 가장 대표적인 곤충종의 하나이다. 수서생활을 하는 유충기는 4령까지 지속되며, 크기는 2~100 ㎜ 정도로 수질오염의 중요한 지표종으로서 어류 및 포식성 무척추동물, 조류(鳥類)의 먹이로 이용되어 수서생태계 먹이사슬의 중요한 위치를 차지하고 있다. 또한 이들은 저서성 생물로 주로 저니토 (퇴적물) 내에서 생활하고 있어 퇴적물 내의 공극수나 상층수와의 접촉이나 퇴적물을 흡입하는 과정에서 PAHs (polycyclic aromatic hydrocarbons) 등의 축적된 오염물질에 쉽게 노출될 수 있기 때문에 퇴적물 독성시험용으로 널리 이용되고 있다. 특히, 수 생태계에 대표적인 탄소 소재의 나노입자인 플러렌과 같은 나노물질이 유입되면 퇴적물 층이 쌓이게 되고, 퇴적층과 물 사이를 이동하며 살아가는 저서생물에게 독성 영향을 줄 수 있다. 이로 인해 저서생물을 먹이로 하는 상위포식자에게 그 영향이 이어지게 되고, 그 생태계에서의 먹이사슬 파괴로 이어지게 되므로 수생생물의 서식지, 개체 밀도, 종의 다양성, 먹이, 성장 등이 감소되게 된다. 이 퇴적물 독성시험에서 주로 사용되는 깔따구 종은 키로노무스 리패리우스(Chironomus riparius)와 키로노무스 텐탄스(Chironomous tentans)의 유충으로 농약처리에 의한 영향평가를 위해 10일간 생존, 생장율 또는 28일간 우화한 성충의 수 및 성비 등을 평가하는데 널리 이용되고 있다 (김병석 외, 한국농약과학회지 제3권 제1호(1999), pp. 57~65).Chironomus is one of the most representative insect species in the aquatic ecosystem. The larvae of Suseonggi, which last up to 4th instar, are about 2 ~ 100 ㎜ in size and are an important indicator species of water pollution. They are used as food for fish and predatory invertebrates and birds and occupy an important position in the Suseo ecosystem food chain have. They are benthic organisms living mainly in junitos (sediments) and are easily exposed to accumulated pollutants such as PAHs (polycyclic aromatic hydrocarbons) in contact with pore water or upper layer water in sediments or inhaling sediments And is widely used for sediment toxicity testing. In particular, the introduction of nanomaterials, such as fullerene, a carbon nanoparticle that is representative of aquatic ecosystems, leads to the accumulation of sediment layers and toxic effects on benthic organisms that move between sediment layers and water. This will have an impact on the predators predominantly feeding benthic organisms, leading to the destruction of food chains in the ecosystem, resulting in a reduction in habitats, densities, species diversity, food, and growth of aquatic life. The larvae commonly used in this sediment toxicity test are the larvae of Chironomus riparius and Chironomous tentans , which survive for 10 days, grow rate or 28-day allegory to assess the effects of pesticide treatment. It is widely used for evaluating the number and sex ratio of an adult (Byung-Seok Kim et al., Korean Journal of Pesticide Science, Vol.
깔다구 (Chironomus riparius)는 오래전부터 생태독성 모니터링 모델로 사용되어 왔으나, 유전정보가 밝혀져 있지 않아 민감한 독성진단을 하는데는 한계가 있었다. 깔다구에서 독성물질 메커니즘별 기능성 칩이 만들어진다면 생태독성, 위해성 평가에 큰 기여를 할 것으로 기대된다. 또한, 탄소 소재의 나노 입자인 플러렌에 대한 기능성 칩이 개발되면, 이를 다른 종류의 탄소계 나노입자들의 독성 판단에도 적용할 수 있을 것으로 기대된다. Funnel ( Chironomus riparius ) has long been used as an ecotoxicity monitoring model, but there is a limit to sensitive toxicity diagnosis because genetic information is not available. If functional chips are produced by the toxic material mechanism in the funnel, it is expected to make a significant contribution to the ecotoxicity and risk assessment. In addition, the development of a functional chip for fullerene, a carbon nanoparticle, is expected to be applicable to the toxicity of other types of carbon-based nanoparticles.
한국등록특허 제1088456호에서는 '생물의 생태독성 판정점을 이용한 환경 위해성 평가방법 및 키트'에 대하여 개시되어 있고, 한국등록특허 제1183666호에서는 '환경호르몬 독성 평가용 송사리 유전차 칩'이 개시되어 있으나, 본 발명에서와 같이 깔다구 유래의 탄소 소재의 나노 입자인 플러렌의 생태 독성 평가용 바이오마커에 관해서는 밝혀진 바가 전혀 없다. Korean Patent No. 1088456 discloses a method and kit for assessing environmental risks using an organism's ecotoxicity determination point, and Korean Patent No. 1183666 discloses a 'Songsari Genetic Chip for Environmental Hormone Toxicity'. However, as described in the present invention, no biomarker for ecotoxicological evaluation of fullerene, which is a nanoparticle of carbon material derived from a funnel, has not been found at all.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 본 발명자는 플러렌 1mg/L에 노출시킨 환경생태 독성 지표 생물에 속하는 깔다구 유충에서 특정 유전자의 발현량이 플러렌을 처리하지 않은 대조구에 비하여 현저히 증감하는 것을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.The present invention has been made in accordance with the above requirements, and the present inventors found that the expression level of specific genes in the fungus larvae belonging to the ecotoxicity indicator organisms exposed to fullerene 1 mg / L were significantly increased or decreased compared to the control without fullerene treatment. By confirming, the present invention was completed.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 깔다구 (Chironomus riparius) 유래 유전자를 포함하는 플러렌 (fullerene)의 생태 독성 평가용 바이오마커, 플러렌의 생태 독성 평가용 유전자 칩 및 플러렌의 생태 독성 평가용 키트를 제공한다.In order to solve the above problems, the present invention is one or more funnel selected from the group consisting of nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72 ( Chironomus The present invention provides a biomarker for ecotoxicity assessment of fullerene containing genes derived from riparius ), a gene chip for ecotoxicity assessment of fullerenes, and a kit for ecotoxicity assessment of fullerenes.
또한, 본 발명은 상기 바이오마커를 이용하여 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법을 제공한다.The present invention also provides a method for detecting the presence of fullerene in a sample using the biomarker.
또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 깔다구 유래 유전자를 포함하는 플러렌의 생태 독성 평가용 조성물을 제공한다. In addition, the present invention provides a composition for evaluating the ecotoxicity of fullerenes comprising at least one genera derived gene selected from the group consisting of nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72.
본 발명은 아직 시퀀스 정보가 밝혀지지 않은 지표 생물종인 깔다구로부터 얻어진 신규한 플러렌의 생태 독성 평가용 바이오마커를 제공하는 것으로서, 플러렌으로 인해 발생하는 생태 독성 오염을 정확하게 판단하는데 유용하게 적용될 수 있어, 차후 개선책을 마련하는데 크게 이바지할 수 있다.The present invention provides a biomarker for evaluating ecotoxicity of a fullerene obtained from a fungus, an indicator species for which the sequence information is not yet known, and can be usefully applied to accurately determine ecotoxicity pollution caused by fullerene. It can greatly contribute to making improvement plans.
도 1은 플러렌 처리에 따른 깔다구의 특이 발현 유전체 데이터베이스를 확보하기 위해 사용한 SOLEXA 시퀀싱 방법을 나타낸다.
도 2는 플러렌 처리에 따라 증가 또는 감소된 깔다구의 유전자군 분류를 나타낸다.Figure 1 shows the SOLEXA sequencing method used to secure a specific expression genomic database of the funnel following fullerene treatment.
FIG. 2 shows genotyping of litter cells increased or decreased with fullerene treatment.
상기 목적을 달성하기 위해, 본 발명은 깔다구 (Chironomus riparius) 유래 유전자를 포함하는 플러렌 (fullerene)의 생태 독성 평가용 바이오마커를 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention is a funnel ( Chironomus riparius ) provides a biomarker for evaluating the ecotoxicity of fullerenes (including fullerene).
상기 깔다구 유래 유전자는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 각 염기 서열의 변이체가 본 발명의 범위 내에 포함된다. 구체적으로, 상기 유전자는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나의 염기 서열과 각각 70% 이상, 더욱 바람직하게는 80% 이상, 더 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기 서열을 포함할 수 있다. 폴리뉴클레오티드에 대한 "서열 상동성의 %"는 두 개의 최적으로 배열된 서열과 비교 영역을 비교함으로써 확인되며, 비교 영역에서의 폴리뉴클레오티드 서열의 일부는 두 서열의 최적 배열에 대한 참고 서열(추가 또는 삭제를 포함하지 않음)에 비해 추가 또는 삭제(즉, 갭)를 포함할 수 있다.Derived from the above The gene may be composed of one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, but is not limited thereto. In addition, variants of the respective base sequences are included within the scope of the present invention. Specifically, the gene is at least 70%, more preferably at least 80%, even more preferably at least 90%, and most preferably at least one base sequence selected from the group consisting of the base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, respectively. May comprise base sequences having at least 95% sequence homology. "% Of sequence homology to polynucleotides" is ascertained by comparing the comparison region with two optimally aligned sequences, and a portion of the polynucleotide sequence in the comparison region is the reference sequence for the optimal alignment of the two sequences (I. E., A gap) relative to the < / RTI >
본 발명의 바이오마커로 이용될 수 있는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 각각의 유전자 발현량은 플러렌에 노출된 깔다구의 생체 내에서 플러렌을 처리하지 않은 대조구에 비하여 현저히 증가하거나 감소하는 특징을 나타낸다.Each gene expression amount consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NOS: 1 to 72 that can be used as the biomarker of the present invention is characterized by a significant increase or decrease compared to the control group not treated with fullerene in vivo of the fungus exposed to fullerene Indicates.
또한, 본 발명은 깔다구 유래 유전자를 포함하는 플러렌의 생태 독성 평가용 유전자 칩을 제공한다. The present invention also provides a gene chip for evaluating the ecotoxicity of fullerenes including the gene for the funnel.
상기 깔다구 유래 유전자는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기서열로 이루어질 수 있으며, 바람직하게는 서열번호 1 내지 72의 염기서열 모두를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 각 염기 서열의 변이체가 본 발명의 범위 내에 포함되며, 이에 관련해서는 상기 기재한 바와 같다.Derived from the above The gene may consist of one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, and preferably include all of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, but is not limited thereto. In addition, variants of the respective base sequences are included within the scope of the present invention, as described above.
유전자 칩은 마이크로어레이와 상호 교환하여 사용할 수 있다. 본 발명의 마이크로어레이에 있어서, "마이크로어레이"란 기판 상에 유전자가 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 유전자는 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이에 관하여는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있으며, 이들 특허의 내용은 참조에 의하여 본 명세서에 포함되어진다.Gene chips can be used interchangeably with microarrays. In the microarray of the present invention, "microarray" refers to a microarray in which genes are immobilized at a high density on a substrate, and the genes are immobilized in a predetermined region, respectively. Such microarrays are well known in the art. Microarrays are described, for example, in U.S. Pat. Nos. 5,445,934 and 5,744,305, the contents of which are incorporated herein by reference.
용어 "기판"은 혼성화 특성을 보유하고, 혼성화의 배경 수준이 낮게 유지되는 조건하에 유전자 프로브가 커플링될 수 있는 임의의 기판을 말한다. 통상적으로, 상기 기판은 미세역가(microtiter) 플레이트, 막(예를 들면, 나일론 또는 니트로셀룰로오스) 또는 미세구(비드) 또는 칩일 수 있다. 막에 적용 또는 고정 전에, 핵산 프로브를 변형시켜 고정화를 촉진시키거나 혼성화 효율을 개선시킬 수 있다. 상기 변형은 단독중합체 테일링(homopolymer tailing), 지방족기, NH2 기, SH 기 및 카르복실기와 같은 상이한 반응성 작용기와의 커플링, 또는 바이오틴, 합텐 또는 단백질과의 커플링을 포함할 수 있다.The term "substrate" refers to any substrate to which a gene probe can be coupled under conditions that retain hybridization properties and keep the background level of hybridization low. Typically, the substrate may be a microtiter plate, a film (e.g., nylon or nitrocellulose) or a microsphere (bead) or chip. Before application or fixation to the membrane, the nucleic acid probe may be modified to promote immobilization or improve hybridization efficiency. Such modifications may include homopolymer tailing, coupling with different reactive functional groups such as aliphatic groups, NH 2 groups, SH groups and carboxyl groups, or coupling with biotin, hapten or protein.
또한, 본 발명은 깔다구 유래 유전자를 포함하는 플러렌의 생태 독성 평가용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for evaluating ecotoxicity of fullerenes comprising a gene of rugs.
상기 깔다구 유래 유전자는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기서열로 이루어질 수 있으며, 바람직하게는 서열번호 1 내지 72의 염기서열 모두를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 각 염기 서열의 변이체가 본 발명의 범위 내에 포함되며, 이에 관련해서는 상기 기재한 바와 같다. 상기 키트는 시료에서 RNA를 분리하는 시약, 분리된 RNA로부터 cDNA를 합성하는 시약 및 혼성화 시약을 포함할 수 있다.Derived from the above The gene may consist of one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, and preferably include all of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, but is not limited thereto. In addition, variants of the respective base sequences are included within the scope of the present invention, as described above. The kit may include a reagent that separates RNA from a sample, a reagent that synthesizes cDNA from the separated RNA, and a hybridization reagent.
또한, 본 발명은 플러렌에 오염된 것으로 추정되는 시료에 깔다구를 노출시킨 후 이로부터 RNA를 분리하는 단계;In addition, the present invention comprises the steps of exposing the funnel to the sample presumed to be contaminated with fullerene and separating RNA from it;
상기 분리된 RNA를 주형으로 하여 cDNA를 합성하는 단계;Synthesizing cDNA using the separated RNA as a template;
상기 합성된 cDNA를 상기 유전자 칩과 접촉시켜 상기 cDNA와 혼성화하는 단계;Contacting the synthesized cDNA with the gene chip to hybridize with the cDNA;
상기 유전자 칩과 cDNA 사이의 혼성화 정도를 검출하는 단계; 및Detecting a degree of hybridization between the gene chip and cDNA; And
상기 검출된 혼성화 정도를 양성대조군과 비교하는 단계를 포함하는 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법을 제공한다.It provides a method for detecting the presence of fullerene in a sample comprising the step of comparing the detected degree of hybridization with a positive control.
본 발명의 방법은 플러렌에 오염된 것으로 추정되는 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법으로서, 양성대조군은 플러렌에 노출된 깔다구에서 유전자 발현의 증감을 보이는 본 발명의 서열번호 1 내지 72의 염기서열의 혼성화 정도를 말한다. 양성대조군의 혼성화 정도와 실험 시료의 혼성화 정도가 유사할수록 시료에 플러렌이 존재할 확률이 높을 것이며, 반대로 유사하지 않을수록 시료에 플러렌이 존재할 확률이 낮을 것이다.The method of the present invention is a method for detecting the presence of fullerene in a sample presumed to be contaminated with fullerene, and the positive control group shows the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 1 to 72 of the present invention showing the increase or decrease of gene expression in the funnel exposed to fullerene. Refers to the degree of hybridization. The more similar the hybridization of the positive control group to the hybridization of the test sample, the higher the probability of fullerene in the sample. On the contrary, the less the similarity, the lower the probability of fullerene in the sample.
본 발명의 깔다구는 바람직하게는 깔다구 유충을 이용하는 것이나, 이에 제한되지 않는다.The funnel of the present invention preferably utilizes a funnel larvae, but is not limited thereto.
본 발명의 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법에 있어서, 플러렌에 오염된 것으로 추정되는 시료에 노출시킨 깔다구로부터 RNA를 분리하는 방법은 당업계에 주지된 방법을 이용할 수 있다.In the method for detecting the presence or absence of fullerene of the present invention, a method for separating RNA from a funnel exposed to a sample suspected to be contaminated with fullerene may use a method well known in the art.
분리된 RNA를 주형으로 하여 제1가닥 cDNA를 합성하는 방법은 당업계에 통상적으로 이용되는 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, 역전사효소, RNase 블록 리보뉴클레아제 저해제 등을 이용하여 제1가닥 cDNA를 합성할 수 있다. 역전사 효소의 예는 다양한 소스로부터 기원한 역전사 효소, 예를 들면, 조류 골수아세포증바이러스-유래 역전사 효소(avian myeloblastosis virus-derived virus reverse transcriptase(AMV RTase)), 마우스 백혈병 바이러스-유래된 역전사 효소(murine leukemia virus-derived virus reverse transcriptase(MMLV RTase) 및 라우스-관련 바이러스 2 역전사효소 (Rous-associated virus 2 reverse transcriptase(RAV-2 RTase)를 포함한다.As a method for synthesizing the first strand cDNA using the separated RNA as a template, a method commonly used in the art can be used. For example, using a reverse transcriptase, an RNase block ribonuclease inhibitor or the like, cDNA can be synthesized. Examples of reverse transcriptases include reverse transcriptases from various sources, such as avian myeloblastosis virus-derived virus reverse transcriptase (AMV RTase), mouse leukemia virus-derived reverse transcriptase ( murine leukemia virus-derived virus reverse transcriptase (MMLV RTase) and Rous-associated virus 2 reverse transcriptase (RAV-2 RTase).
바람직하게는, 상기 cDNA는 검출가능한 표지물질로 표지될 수 있다. 상기 표지물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy5 또는 Cy3 이다. 제1가닥 cDNA 합성시 프라이머의 5'-말단에 Cy5 또는 Cy3를 표지하여 합성을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 제1가닥 cDNA 합성시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 반응액에 첨가하면 합성 산물이 합성되면서 방사성이 합성 산물에 혼입되어 합성 산물이 방사성으로 표지될 수 있다.Preferably, the cDNA can be labeled with a detectable labeling substance. The labeling substance may be a fluorescent, phosphorescent or radioactive substance, but is not limited thereto. Preferably, the labeling substance is Cy5 or Cy3. When the first strand cDNA is synthesized by labeling Cy5 or Cy3 at the 5'-end of the primer, the target sequence may be labeled with a detectable fluorescent labeling substance. When the radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the reaction solution during the synthesis of the first strand cDNA, the synthetic product is synthesized and radioactive is incorporated into the synthesized product so that the synthesized product can be labeled with radioactivity have.
또한, 본 발명은 깔다구 유래 유전자를 포함하는 플러렌의 생태 독성 평가용 조성물을 제공한다.In addition, the present invention provides a composition for evaluating the ecotoxicity of fullerenes containing the gene of the funnel.
상기 깔다구 유래 유전자는 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 염기서열로 이루어질 수 있으며, 바람직하게는 서열번호 1 내지 72의 염기서열 모두를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 각 염기 서열의 변이체가 본 발명의 범위 내에 포함되며, 이에 관련해서는 상기 기재한 바와 같다.Derived from the above The gene may consist of one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, and preferably include all of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72, but is not limited thereto. In addition, variants of the respective base sequences are included within the scope of the present invention, as described above.
상기 조성물은 유효성분으로 서열번호 1 내지 72의 염기서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 깔다구 유래 유전자를 포함하며, 상기 각각의 유전자는 플러렌에 노출된 깔다구의 생체 내에서 플러렌을 처리하지 않은 대조구에 비하여 현저히 증가하거나 감소하는 특징을 나타내므로, 이 특징을 이용하여 플러렌로 오염된 생태의 독성 여부를 평가할 수 있는 것이다.
The composition comprises one or more genera derived from the group selected from the group consisting of nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 72 as an active ingredient, each of the genes in a control group that is not treated with fullerene in vivo in the incubation exposed to fullerene Compared with the fullerenes, it is possible to evaluate the toxicity of fullerenes.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of examples. However, the following examples are illustrative of the present invention, and the present invention is not limited to the following examples.
실시예Example 1. One. 깔다구Crumple ( ( ChironomusChironomus ripariusriparius ) 유전체 데이터 베이스 확보를 위한 파이로시퀀싱 (Pyro Sequencing to Obtain a Genome Database pyrosequencingpyrosequencing ))
깔따구의 4기 유충 50마리를 24시간 노출시킨 후, 동결 건조하여 mRNA를 추출한 후 cDNA로 합성하여 NGS(Next Generation Sequencing)의 대표적인 방법인 파이로시퀀싱 (Roche 454, GS FLX Titanium Run) 기법을 이용하여 데이터 베이스를 확보하였다. 50 larvae of caterpillars were exposed for 24 hours, lyophilized to extract mRNA, synthesized with cDNA, and used as a representative method of NGS (Next Generation Sequencing) using Pyro Sequencing (Roche 454, GS FLX Titanium Run). Secured the database.
① 샘플의 준비① Preparation of Sample
샘플 4개를 트리졸을 사용하여 총 RNA를 추출하였다. 50-100 mg 조직에 대해 1 ml의 TRIzol Reagent를 넣고 완전히 균질화 시키고, 상 분리 (phase separation) 후 총 RNA를 침전시켜 세척 후 RNase-프리 워터로 펠렛을 녹여서 농도를 측정하였다. 1 mg의 총 RNA의 최종 부피가 0.5 ml가 되도록 RNase-프리 워터를 넣어준 후, 65℃ 히팅 블럭에 10분간 놓아두었다. 3 μl의 비오티닐화-올리고 (dT) 프로브 및 13 μl의 20X SSC를 첨가한 후, 잘 섞고 실온에서 서서히 식혔다. SA-PMPs (Streptavidin-Paramagnetic Particles) 튜브를 플릭킹 (flicking)하여 잘 펴지게 한 후, 마그네틱 스탠드 (magnetic stand)에 튜브를 놓아두어 SA-PMPs가 튜브 옆면에 모이도록 한 후, 조심스럽게 상층액을 제거하였다. 같은 방법으로 0.5X SSC (300 μl)을 이용하여 SA-PMPs를 3번 세척하였다. 최종적으로 100 μl의 0.5X SSC에 SA-PMPs를 재현탁시켰다. 준비된 어닐링 반응 혼합물을 모두 세척된 SA-PMPs의 튜브에 첨가하고, 상온에서 10분간 반응시켰다. 이때 1-2분 간격으로 인버팅 (inverting)하며 섞어주었다. 마그네틱 스탠드에 SA-PMPs 튜브를 놓아두었다가 조심스럽게 상층액을 제거하였다. 같은 방법으로 0.1X SSC (300 μl)을 이용하여 SA-PMPs를 4번 세척하였다. 마지막으로, 100 μl의 RNase-프리 워터에 SA-PMP 펠렛을 재희석하였고, 마그네틱 스탠드에 SA-PMPs 튜브를 놓아두었다가 조심스럽게 상층액 (용출된 mRNA)을 새 튜브로 옮겼다. 이 과정을 반복하여 용출된 총 mRNA 부피 200 μl를 확보하였다. 용출된 mRNA 양의 0.1 부피의 3M 소듐 아세테이트 (pH 5.2)와 1.0 부피의 이소프로판올을 첨가하고 -20℃에서 밤새 방치한 후, 13,000 rpm, 4℃에서 10분간 원심분리하였다. mRNA 펠렛을 1ml의 75% 에탄올로 세척하였다 (13,000 rpm, 4℃에서 5분).
Four samples were used to extract total RNA using Trizol. 1 ml of TRIzol Reagent was added to 50-100 mg tissue and completely homogenized. After phase separation, total RNA was precipitated, washed, and pellets were washed with RNase-free water. RNase-free water was added so that the final volume of 1 mg of total RNA was 0.5 ml, and then placed in a 65 ° C. heating block for 10 minutes. 3 μl of biotinylated-oligo (dT) probe and 13 μl of 20X SSC were added, then mixed well and cooled slowly at room temperature. Flick the SA-PMPs (Streptavidin-Paramagnetic Particles) tubes to flatten them well, then place the tubes on a magnetic stand to collect the SA-PMPs on the sides of the tubes, then carefully Was removed. In the same manner, SA-PMPs were washed three times using 0.5 × SSC (300 μl). Finally, SA-PMPs were resuspended in 100 μl of 0.5 × SSC. The prepared annealing reaction mixtures were all added to the washed tubes of SA-PMPs and reacted at room temperature for 10 minutes. At this time, inverting (inverting) and mixed every 1-2 minutes. The SA-PMPs tube was placed on a magnetic stand and the supernatant was carefully removed. In the same manner, SA-PMPs were washed four times using 0.1 × SSC (300 μl). Finally, the SA-PMP pellets were rediluted in 100 μl of RNase-free water, and the SA-PMPs tube was placed on a magnetic stand and the supernatant (eluted mRNA) was carefully transferred to a new tube. This process was repeated to obtain 200 μl of total eluted mRNA volume. 0.1 volume of 3M sodium acetate (pH 5.2) and 1.0 volume of isopropanol of the eluted mRNA amount were added and left overnight at −20 ° C., followed by centrifugation at 13,000 rpm and 4 ° C. for 10 minutes. mRNA pellets were washed with 1 ml of 75% ethanol (13,000 rpm, 5 min at 4 ° C.).
② cDNA 합성 ② cDNA synthesis
위에서 준비된 mRNA 주형(~5μg)에 5 μl 10× 제1가닥 버퍼, 5 μl 100 mM DTT, 5 μl dNTP (2.5 mM 각각), 5μl Oligo d(T) 20 (50μM), 2.5 μl StrataScript Reverse Transcriptase (200 U/μl), xμl( <10μl ) poly(A)+ RNA (~ 5 μg)를 첨가하여 최종 부피가 50 μl 되도록 하였다. 잘 섞은 후, 원심분리하고, 65℃에서 3 분간 반응시킨 후 상온에서 식혔다. 42℃에서 한 시간 동안 반응시켰다. 70℃에서 15 분간 불활성화된 제1가닥 cDNA에 멸균수를 첨가하여 총 부피 100 μl 되도록 준비하였고, 20 μl 10× 제2가닥 버퍼, 6 μl 제2가닥 dNTP 혼합물, 61 μl 멸균수를 넣고, 2 μl RNase H (1.5 U/μl), 11 μl DNA polymerase I (9.0 U/μl)을 더 첨가한 후 16℃에서 2시간 30분 동안 반응시켰고, 끝나면 즉시 얼음에 넣었다. 제2가닥 합성 결과물에 23 μl blunting dNTP mix, 2 μl cloned Pfu DNA polymerase(2.5U/μl)을 넣고, 신속하게 볼텍싱한 후, 72℃에서 30분간 반응시켰다. QIAquick® PCR Purification Kit을 사용하여 정제하였다 (최종 부피 50 μl).
5 μl 10 × first strand buffer, 5 μl 100 mM DTT, 5 μl dNTP (2.5 mM each), 5 μl Oligo d (T) 20 (50 μM), 2.5 μl StrataScript Reverse Transcriptase ( 200 U / μl), xμl (<10μl) poly (A) + RNA (˜5 μg) were added to a final volume of 50 μl. After mixing well, the mixture was centrifuged, reacted at 65 ° C. for 3 minutes, and cooled at room temperature. The reaction was carried out at 42 ° C. for one hour. Sterile water was added to the inactivated first strand cDNA at 70 ° C. for 15 minutes to prepare a total volume of 100 μl, 20 μl 10 × second strand buffer, 6 μl second strand dNTP mixture, and 61 μl sterile water were added. 2 μl RNase H (1.5 U / μl) and 11 μl DNA polymerase I (9.0 U / μl) were further added, followed by reaction at 16 ° C. for 2 hours and 30 minutes, and immediately put on ice. 23 μl blunting dNTP mix and 2 μl cloned Pfu DNA polymerase (2.5 U / μl) were added to the second strand synthesis product, and then rapidly vortexed and reacted at 72 ° C. for 30 minutes. Purification using a QIAquick® PCR Purification Kit (final volume 50 μl).
③ 파이로시퀀싱 (GS FLX Titanium Run)③ Pyro Sequencing (GS FLX Titanium Run)
합성된 깔다구의 cDNA를 이용하여, DNA 라이브러리를 만들어 DNA Capture Beads를 붙이는 PCR 과정 (clonal amplification)을 거쳤다. 시퀀싱 런 과정은 수백만 개의 웰 (well)을 지닌 PicoTiterPlate라는 플랫폼에 뉴클레오티드를 순차적으로 흘려주었는데, 이 뉴클레오티드가 PicoTiterPlate를 통해 흐를 때, clonal amplification이 일어난 수백만 개의 DNA 단편들이 표면에 수반된 시퀀싱 비드에서 시퀀싱 분석이 이루어진다. 이때, 시퀀싱 비드 표면에 흘려준 dNTP에 상보적인 뉴클레오티드가 존재할 경우 중합효소에 의해 합성이 이루지면서, 동시에 합성이 이루어진 웰 안에서는 빛이 발생하며, CCD 카메라에 의해 감지된 후 데이터를 이용하여 EST의 서열을 얻을 수 있었다
Using the synthesized cDNA, a DNA library was prepared and subjected to a PCR procedure (clonal amplification) to attach DNA Capture Beads. The sequencing run sequentially flowed nucleotides into a platform called PicoTiterPlate with millions of wells, and when the nucleotides flowed through PicoTiterPlate, sequencing analysis was performed on sequencing beads with millions of DNA fragments on the surface where clonal amplification occurred. This is done. At this time, if nucleotides complementary to the dNTPs flowing on the surface of the sequencing bead are synthesized by the polymerase, at the same time, light is generated in the synthesized wells, and the sequence of the EST is detected using data after being detected by the CCD camera. Could get
실시예Example 2. 2. SOLEXASOLEXA 시퀀싱 ( Sequencing ( SOLEXASOLEXA seqeuncingseqeuncing )을 통한 )through 플러렌Fullerene 처리에 따른 특이 발현 유전체 데이터베이스 확보 Acquisition of specific expression genome database according to processing
플러렌 처리에 따른 깔다구 (Chironomus riparius)의 특이 발현 유전체 데이터베이스 (DB)를 확보하기 위해, 20℃에서 24시간 동안 1mg/L 플러렌를 처리한 깔다구 4기 유충 50마리와 무처리 대조군을 대상으로 David 등 (David et al. BMC Genomics 2010, 11:216)의 방법으로 SOLEXA 시퀀싱을 수행하였다. 기 수행된 파이로시퀀싱에서 얻어진 전체 유전체 목록을 대상으로 하여 플러렌 노출로 인한 유전자의 발현 경향을 확인하였다.Funnels with fullerene treatment ( Chironomus To obtain a specific expression genome database (DB) of riparius ), 50 rats of 4 stage larvae treated with 1 mg / L fullerene at 20 ° C. for 24 hours and untreated controls, David et al. (David et al. BMC Genomics 2010 11: 216), SOLEXA sequencing was performed. The entire genome list obtained from the previously performed pyro sequencing was examined for the expression of genes due to fullerene exposure.
도 1과 같이 시퀸싱 시에 해당 서열의 일정 부위에서의 수를 측정하여 유전체의 발현 정도를 판단하였다. 이를 통해 플러렌에 의해 증가 혹은 감소된 유전자를 구별하였는데, 유전자 정보를 얻을 수 있는 약 25% 정도의 유전체 중 처리군에서 증가 혹은 감소 경향이 나타나는 유전체에 대해서만 각 ontology로 구분한 결과는 도 2와 같다. 플러렌 처리군에서 확인 DEG (Differential Expressed Genes)의 선정 목록은 표 1과 같다. Highest Depth의 수치를 비교하여, 독성 메커니즘에서 의미가 있는 유전자 72개를 선정하였다. 파일로시퀀싱을 통해 얻어진 cDNA 시퀸스데이터베이스를 BLASTx 방법을 통해 NCBI 데이터 베이스에 있는 다른 생물종 혹은 이미 밝혀진 Chironomus riparius의 아미노산 시퀀스와의 접근성을 확인하여 목록화했다. 데이터 베이스에서 NCBI blast X 검색을 통해 유전체 정보가 있는 contig를 분류하여 이 중 시퀀스의 길이가 500 bp 이상이고, 처리군에서 비교적 본 생물종에서의 발현이 높다고 판단되는 Highest Depth의 수치가 100 이상인 목록을 파악하였다. 이 중 10% 이상의 증감이 보이는 contig 중 일반적으로 스트레스 마커로 많이 이용되는 유전자를 선정하고, 그 중 특히 비슷한 곤충류에서 주로 확인할 수 있는 유전자 72개를 바이오마커로 선정하였다.As shown in FIG. 1, the expression level of the genome was determined by measuring the number at a predetermined portion of the sequence during sequencing. Through this, genes increased or decreased by fullerene were distinguished. Among the 25% of genomes for which genetic information can be obtained, only the genomes showing the tendency to increase or decrease in the treatment group were classified into ontology as shown in FIG. 2. . Confirmation list of fullerene treatment group DEG (Differential Expressed Genes) is shown in Table 1. By comparing Highest Depth values, we selected 72 genes that were meaningful in virulence mechanisms. The cDNA sequence database obtained through sequencing into a file is then converted to another species in the NCBI database or the previously identified Chironomus by the BLASTx method. The accessibility of riparius with its amino acid sequence was confirmed and listed. NCBI blast X search in the database to classify contig with genomic information, of which the sequence length is 500 bp or more, and the list of Highest Depth values of 100 or more, which is considered to have high expression in this species in the treatment group. I figured out. Among the contig showing more than 10% increase and decrease, genes commonly used as stress markers were selected, and among them, 72 genes which can be mainly identified in similar insects were selected as biomarkers.
controlcontrol
(서열번호 1)contig00006
(SEQ ID NO: 1)
[Helicoverpa armigera]CHK1 checkpoint-like protein
Helicoverpa armigera
(서열번호 2)contig00447
(SEQ ID NO: 2)
[Trichomonas vaginalis G3]Metallothionein family protein
[Trichomonas vaginalis G3]
(서열번호 3)contig00462
(SEQ ID NO: 3)
[Chironomus yoshimatsui]heat shock cognate 70
[Chironomus yoshimatsui]
(서열번호 4)contig00726
(SEQ ID NO: 4)
[Chironomus riparius]ribosomal protein S3
[Chironomus riparius]
(서열번호 5)contig00772
(SEQ ID NO: 5)
(서열번호 6)contig00835
(SEQ ID NO: 6)
(서열번호 7)contig00840
(SEQ ID NO: 7)
[Culex quinquefasciatus]60S ribosomal protein L7a
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 8)contig00849
(SEQ ID NO: 8)
(서열번호 9)contig00936
(SEQ ID NO: 9)
(서열번호 10)contig01163
(SEQ ID NO: 10)
(서열번호 11)contig01191
(SEQ ID NO: 11)
(서열번호 12)contig01263
(SEQ ID NO: 12)
(서열번호 13)contig01343
(SEQ ID NO: 13)
(서열번호 14)contig01678
(SEQ ID NO: 14)
(서열번호 15)contig02823
(SEQ ID NO: 15)
[Aedes aegypti]nucleolar GTP-binding protein
[Aedes aegypti]
(서열번호 16)contig03291
(SEQ ID NO: 16)
[Culex quinquefasciatus]larval serum protein 2
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 17)contig03359
(SEQ ID NO: 17)
[Agriotes lineatus]ribosomal protein Ubq / L40e
[Agriotes lineatus]
(서열번호 18)contig03624
(SEQ ID NO: 18)
(서열번호 19)contig03983
(SEQ ID NO: 19)
(서열번호 20)contig04024
(SEQ ID NO: 20)
[Culex quinquefasciatus]mitochondrial malate dehydrogenase 2
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 21)contig04162
(SEQ ID NO: 21)
(서열번호 22)contig04618
(SEQ ID NO: 22)
[Anopheles gambiae]NADH dehydrogenase subunit 1
[Anopheles gambiae]
(서열번호 23)contig04622
(SEQ ID NO: 23)
[Simulium vittatum]DNA-binding nuclear protein p8
[Simulium vittatum]
(서열번호 24)contig05549
(SEQ ID NO: 24)
(서열번호 25)contig06416
(SEQ ID NO: 25)
(서열번호 26)contig06433
(SEQ ID NO: 26)
[Culex quinquefasciatus]glucose-6-phosphate isomerase
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 27)contig06748
(SEQ ID NO: 27)
(서열번호 28)contig07318
(SEQ ID NO: 28)
[Chironomus riparius]alcohol dehydrogenase 3
[Chironomus riparius]
(서열번호 29)contig07720
(SEQ ID NO 29)
[Chironomus tentans]glutathione S-transferase
[Chironomus tentans]
(서열번호 30)contig07984
(SEQ ID NO: 30)
(서열번호 31)contig08276
(SEQ ID NO 31)
(서열번호 32)contig08697
(SEQ ID NO 32)
(서열번호 33)contig09526
(SEQ ID NO: 33)
(서열번호 34)contig10025
(SEQ ID NO 34)
(서열번호 35)contig10185
(SEQ ID NO: 35)
(서열번호 36)contig11219
(SEQ ID NO: 36)
(서열번호 37)contig13104
(SEQ ID NO: 37)
(서열번호 38)contig14290
(SEQ ID NO: 38)
(서열번호 39)contig20375
(SEQ ID NO: 39)
(서열번호 40)contig20379
(SEQ ID NO: 40)
[Culex quinquefasciatus]cytochrome c oxidase subunit VIIa
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 41)contig20383
(SEQ ID NO: 41)
(서열번호 42)contig20408
(SEQ ID NO: 42)
(서열번호 43)contig20500
(SEQ ID NO: 43)
[Trichomonas vaginalis G3]Metallothionein family protein
[Trichomonas vaginalis G3]
(서열번호 44)contig20537
(SEQ ID NO: 44)
(서열번호 45)contig20580
(SEQ ID NO: 45)
(서열번호 46)contig20591
(SEQ ID NO: 46)
[Aedes aegypti]pupal cuticle protein, putative
[Aedes aegypti]
(서열번호 47)contig20678
(SEQ ID NO: 47)
[Culicoides sonorensis]ribosomal protein L35
[Culicoides sonorensis]
(서열번호 48)contig20781
(SEQ ID NO 48)
[Polypedilum vanderplanki]ribosomal protein L18a
[Polypedilum vanderplanki]
(서열번호 49)contig20843
(SEQ ID NO: 49)
(서열번호 50)contig20854
(SEQ ID NO: 50)
(서열번호 51)contig20895
(SEQ ID NO: 51)
(서열번호 52)contig20923
(SEQ ID NO: 52)
[Simulium nigrimanum]multifunctional chaperone
[Simulium nigrimanum]
(서열번호 53)contig20931
(SEQ ID NO: 53)
(서열번호 54)contig20956
(SEQ ID NO: 54)
[Chironomus riparius]alcohol dehydrogenase 3
[Chironomus riparius]
(서열번호 55)contig21096
(SEQ ID NO: 55)
(서열번호 56)contig21110
(SEQ ID NO: 56)
(서열번호 57)contig21114
(SEQ ID NO: 57)
(서열번호 58)contig21172
(SEQ ID NO: 58)
(서열번호 59)contig21194
(SEQ ID NO: 59)
(서열번호 60)contig21199
(SEQ ID NO: 60)
(서열번호 61)contig21217
(SEQ ID NO: 61)
(서열번호 62)contig21230
(SEQ ID NO: 62)
(서열번호 63)contig21269
(SEQ ID NO: 63)
(서열번호 64)contig21299
(SEQ ID NO: 64)
[Chironomus calligraphus]cytochrome oxidase subunit II
[Chironomus calligraphus]
(서열번호 65)contig21301
(SEQ ID NO: 65)
[Culex quinquefasciatus]40S ribosomal protein S11
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 66)contig21315
(SEQ ID NO: 66)
(서열번호 67)contig21328
(SEQ ID NO: 67)
(서열번호 68)contig21482
(SEQ ID NO: 68)
(서열번호 69)contig21542
(SEQ ID NO: 69)
[Culex quinquefasciatus]aldehyde dehydrogenase
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 70)contig21550
(SEQ ID NO: 70)
[Culex quinquefasciatus]malate dehydrogenase
[Culex quinquefasciatus]
(서열번호 71)contig21554
(SEQ ID NO: 71)
[Chironomus riparius]alcohol dehydrogenase 3
[Chironomus riparius]
(서열번호 72)contig21823
(SEQ ID NO: 72)
[Culex quinquefasciatus]60S ribosomal protein L22
[Culex quinquefasciatus]
서열목록 전자파일 첨부Attach an electronic file to a sequence list
Claims (6)
상기 분리된 RNA를 주형으로 하여 cDNA를 합성하는 단계;
상기 합성된 cDNA를 제2항에 따른 유전자 칩과 접촉시켜 상기 cDNA와 혼성화하는 단계;
상기 유전자 칩과 cDNA 사이의 혼성화 정도를 검출하는 단계; 및
상기 검출된 혼성화 정도를 양성대조군과 비교하는 단계를 포함하는 시료에서 플러렌의 존재 여부를 검출하는 방법.Exposing the funnel to a sample suspected of contaminated with fullerene and isolating RNA therefrom;
Synthesizing cDNA using the separated RNA as a template;
Contacting the synthesized cDNA with the gene chip according to claim 2 and hybridizing with the cDNA;
Detecting a degree of hybridization between the gene chip and cDNA; And
Comparing the detected degree of hybridization with a positive control group.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
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- 2011-12-29 KR KR1020110145596A patent/KR101344810B1/en active IP Right Grant
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Aquatic Toxicology. Volume 101, Issues 3-4, 2011.02, Pages 550-560. * |
Aquatic Toxicology. Volume 101, Issues 3-4, 2011.02, Pages 550-560.* |
Ecotoxicology and Environmental Safety. Volume 74, Issue 3, 2011.03, Pages 416-423. * |
Ecotoxicology and Environmental Safety. Volume 74, Issue 3, 2011.03, Pages 416-423.* |
Toxicol. Sci. Volume 120, No. 1, 2011.03, Pages 123-135. * |
Toxicol. Sci.. Volume 2, No. 3, 2006, Pages 158-168. * |
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