KR101139802B1 - Primers for detecting orchid infecting virusinfect and screening method of virus using same - Google Patents
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Abstract
본 발명은 난과식물 바이러스 검정용 프라이머 및 이를 이용한 바이러스 검출방법에 관한 것이다. 특히 본 발명은 난과식물의 ORSV, CyMV, OFV 감염여부를 간단하게 검정할 수 있는 서열번호 1의 ORSV-420F 프라이머, 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머, 서열번호 3의 CyMV-620F 프라이머, 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머, 서열번호 5의 OFV-873F 프라이머, 서열번호 6의 OFV-873R 프라이머로 이루어진 군으로부터 선택된 난과식물 바이러스 검정용 프라이머에 관한 것이다. The present invention relates to a primer for egg plant virus assay and a virus detection method using the same. In particular, the present invention is ORSV-420F primer of SEQ ID NO: 1, ORSV-420R primer of SEQ ID NO: 2, CyMV-620F primer of SEQ ID NO: 3, which can be easily tested for ORSV, CyMV, OFV infection of the eggplant It relates to a primer for egg plant virus assay selected from the group consisting of CyMV-620R primer of No. 4, OFV-873F primer of SEQ ID NO: 5, and OFV-873R primer of SEQ ID NO: 6.
Description
본 발명은 난과식물 바이러스 검정용 프라이머 및 이를 이용한 검출방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 난과식물을 감염시키는 ORSV(Odontoglossum ring spot virus), CyMV(Cymbidium mosaic virus) 및 OFV(Orchid fleck virus)를 특이적으로 증폭시키는 PCR 프라이머 및 상기 프라이머를 이용한 3종의 바이러스 검출방법에 관한 것이다. The present invention I and plant viruses black primer, and relates to a detecting method using the same, and more particularly, ORSV (Odontoglossum infecting eggs and plants ring spot virus ), CyMV ( Cymbidium mosaic virus ) and OFV ( Orchid fleck The present invention relates to a PCR primer that specifically amplifies virus ) and three virus detection methods using the primer.
난과식물은 영양번식되기 때문에 바이러스 감염여부를 파악하지 않고 바이러스에 감염된 식물체를 계속 증식하여 재배하면 이병주는 바이러스를 축적하게 되며, 주변 작물로 바이러스병이 전염되어서 바이러스를 확산시키는 결과를 초래한다. 난과식물 바이러스는 잎 얼룩덜룩, 잎 표피 움푹 패임, 잎 낙엽, 생육불량, 꽃 조기낙화 및 꽃 변색 등의 병징을 나타내기 때문에 난의 품질을 저하시킨다. Since eggs are nutrient propagated, if a virus-infected plant is continuously grown and grown without knowing whether the virus is infected, Lee Byeong-ju accumulates the virus, and the disease spreads to surrounding crops, causing the virus to spread. Ovarian viruses deteriorate egg quality due to symptoms such as leaf specks, leaf epidermis dents, leaf defoliation, poor growth, early flowering and discoloration of flowers.
대표적인 난 바이러스로는 ORSV(Odontoglossum ring spot virus), CyMV(Cymbidium mosaic virus) 및 OFV(Orchid fleck virus) 등이 있다. Representative egg virus is ORSV ( Odontoglossum ring spot virus ), CyMV ( Cymbidium mosaic virus ) and OFV ( Orchid fleck virus ).
난과식물 바이러스의 진단기술로는 지표식물을 이용한 생물 검정법, 항혈청 검정법, RT-PCR 검정법 등이 있다. The diagnostic techniques of oocyte viruses include bioassays using indicator plants, antiserum assays and RT-PCR assays.
지표식물을 이용한 생물검정은 바이러스에 감수성을 나타내는 초본 지표식물을 이용한 방법이나 검정시기에 따라 병징 발현이 잘 되지 않거나 바이러스 농도가 낮은 식물을 검정하고자 할 때는 반응의 민감도가 떨어지는 단점이 있다.Bioassay using indicator plants has a disadvantage in that the sensitivity of the reaction is inferior when the disease expression is poor or the virus concentration is low, depending on the method using the herbal indicator plants or susceptibility to the virus.
항혈청 검정법은 ELISA(효소결합면역항체법)를 이용하는 방법으로, 바이러스 농도가 낮은 식물을 검정하고자 할 때는 반응 민감도가 떨어지기 때문에 정확한 반응 결과를 얻기가 어려울 때가 있으며 항혈청에 따라서는 반응의 오류가 많은 단점이 있다. The antiserum assay is an ELISA (Enzyme-linked Immune Antibody) method, and when it is necessary to test a plant with a low virus concentration, it is difficult to obtain an accurate reaction result because the sensitivity of the reaction is low. There are disadvantages.
RT-PCR 검정법은 특정 바이러스 RNA 단편을 특이적으로 증폭시키는 프라이머를 이용하여 검정하는 방법으로, 각 바이러스에 특이적인 프라이머 및 RT-PCR 반응조건 등을 확립하기 어려운 단점이 있다.The RT-PCR assay is a method of assaying using a primer that specifically amplifies a specific viral RNA fragment. It is difficult to establish primers specific to each virus and RT-PCR reaction conditions.
본 발명은 난과식물 바이러스를 증폭시킬 수 있는 특이적 RT-PCR 프라이머를 제공하는 것을 목적으로 한다. It is an object of the present invention to provide specific RT-PCR primers capable of amplifying egg plant viruses.
또한 본 발명은 난과식물의 바이러스 감염여부를 검출할 수 있는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.It is also an object of the present invention to provide a method for detecting whether or not the virus of the eggplant virus.
또한 본 발명은 세종류의 난과식물 바이러스를 한번에 검출할 수 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.Another object of the present invention is to provide a method for detecting three types of egg plant viruses at once.
상기 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 서열번호 1의 ORSV-420F 프라이머, 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머, 서열번호 3의 CyMV-620F 프라이머, 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머, 서열번호 5의 OFV-873F 프라이머 및 서열번호 6의 OFV-873R 프라이머로 이루어진 ORSV(Odontoglossum ring spot virus), CyMV(Cymbidium mosaic virus) 및 OFV(Orchid fleck virus)를 동시에 진단하는 난과식물 바이러스 검정용 프라이머를 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention provides an ORSV-420F primer of SEQ ID NO: 1, an ORSV-420R primer of SEQ ID NO: 2, a CyMV-620F primer of SEQ ID NO: 3, a CyMV-620R primer of SEQ ID NO: 4, an OFV of SEQ ID NO: 5 Primer for oval plant virus assay for simultaneously diagnosing Odontoglossum ring spot virus (ORSV), Cymbidium mosaic virus (CyMV) and Orchid fleck virus (OFV) consisting of -873F primer and OFV-873R primer of SEQ ID NO: 6 is provided.
또한 본 발명은 (a) 시료로부터 추출한 RNA를 주형으로 서열번호 1의 ORSV-420F 프라이머, 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머, 서열번호 3의 CyMV-620F 프라이머, 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머, 서열번호 5의 OFV-873F 프라이머 및 서열번호 6의 OFV-873R 프라이머로 이루어진 난과식물 바이러스 검정용 프라이머 세트로 역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR)을 실시하는 단계 및 (b) 증폭된 PCR 산물의 크기를 확인하여 난과식물 바이러스의 감염여부를 판단하는 단계를 포함하는 ORSV(Odontoglossum ring spot virus), CyMV(Cymbidium mosaic virus) 및 OFV(Orchid fleck virus)를 동시에 진단하는 난과식물 바이러스 검출방법을 제공한다.In addition, the present invention (a) the RNA extracted from the sample as a template ORSV-420F primer of SEQ ID NO: 1, ORSV-420R primer of SEQ ID NO: 2, CyMV-620F primer of SEQ ID NO: 3, CyMV-620R primer of SEQ ID NO: 4, Performing reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) with a primer set for an oval plant virus assay consisting of OFV-873F primer of SEQ ID NO: 5 and OFV-873R primer of SEQ ID NO: 6, and (b) amplified PCR product A method for detecting an oval plant virus that simultaneously diagnoses an ORSV ( Odontoglossum ring spot virus ), a CyMV ( Cymbidium mosaic virus ), and an OFV (Orange fleck virus ), including determining the infection of an oval plant virus by checking its size To provide.
이하 본 발명을 상세하게 설명한다. Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명은 난과식물 바이러스 검정용 프라이머에 관한 것으로, ORSV(Odontoglossum ring spot virus), CyMV(Cymbidium mosaic virus) 및 OFV(Orchid fleck virus)를 검정할 수 있는 프라이머를 제공한다.The present invention relates to a primer for egg virus assay, ORSV ( Odontoglossum ring spot virus ), CyMV ( Cymbidium mosaic virus ) and OFV ( Orchid fleck virus ) to provide a primer for testing.
ORSV는 6618 bp로 이루어진 ssRNA(+) 가닥 바이러스(NC_001728)로, 토바모바이러스(Tobamovirus)에 속한다. ORSV 검정용 프라이머는 서열번호 1의 ORSV-420F 프라이머와 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머이다. ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트는 ORSV의 바이러스 복제효소(Replicase) 420 bp 를 증폭시킨다(도 1).ORSV is a 6618 bp ssRNA (+) strand virus (NC_001728), belonging to Tobamovirus. The primers for ORSV assay are ORSV-420F primer of SEQ ID NO: 1 and ORSV-420R primer of SEQ ID NO: 2. The ORSV-420F / ORSV-420R primer set amplifies ORSV's Virus Replicase 420 bp (FIG. 1).
CyMV는 6227 bp로 이루어진 ssRNA(+) 가닥 바이러스(NC_001812)로, 포택스바이러스(Potexvirus)에 속한다. CyMV 검정용 프라이머는 서열번호 3의 CyMV-620F 프라이머와 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머이다. CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트는 CyMV의 바이러스 복제효소(RDRP) 620 bp 를 증폭시킨다(도 2).CyMV is an ssRNA (+) strand virus (NC_001812) consisting of 6227 bp and belongs to the Potexvirus. CyMV assay primers are CyMV-620F primers of SEQ ID NO: 3 and CyMV-620R primers of SEQ ID NO: 4. The CyMV-620F / CyMV-620R primer set amplifies 620 bp of viral replication enzyme (RDRP) of CyMV (FIG. 2).
OFV는 6413 bp로 이루어진 RNA1 (NC009608)과 6001 bp로 이루어진 RNA 2 (NC009609) 의 두 개 분절게놈으로 이루어진 ssRNA(-) 가닥 바이러스로 랩더바이러스(Rhabdovirus)에 속한다. OFV 검정용 프라이머는 뉴클레오캡시드단백질 873 bp를 증폭시킨다(도 3).OFV is a ssRNA (-) strand virus consisting of two segmental genomes of RNA1 (NC009608) consisting of 6413 bp and RNA 2 (NC009609) consisting of 6001 bp and belongs to Rhabdovirus. The primer for OFV assay amplifies nucleocapsid protein 873 bp (FIG. 3).
본 발명의 난과식물 바이러스 검정용 프라이머는 난과식물 잎, 뿌리 또는 꽃으로부터 RNA를 추출하여 1종의 프라이머 세트 또는 1종 이상의 프라이머 세트로 RT-PCR을 실시하여 난과식물 바이러스를 검출할 수 있다. 상기 난과식물 바이러스는 ORSV 또는 CyMV가 감염될 수 있는 모든 종류의 난과식물들 일 수 있으며, 예를 들면 동양난, 서양난 심비디움, 호접란, 덴드로비움, 온시디움, 카틀레아, 덴파레 등이 있다. The primer for the oocyte virus assay of the present invention can detect an oocyte virus by extracting RNA from an oocyte leaf, root or flower and performing RT-PCR with one primer set or one or more primer sets. have. The eggplant virus may be any kind of eggplant to which ORSV or CyMV may be infected. For example, the egg yolk, western egg symbidium, phalaenopsis egg, dendrobium, onsidium, cattleya, denpare and the like.
본 발명의 난과식물 바이러스 검정용 프라이머들은 ORSV, CyMV 및 OFV에 의한 감염 여부를 쉽고 간단하게 검정할 수 있을 뿐만 아니라 난과식물에 가장 흔한 ORSV와 CyMV에 의한 복합 감염 역시 정확하게 파악할 수 있다. 따라서, 본 발명의 난과식물 바이러스 검정용 프라이머를 이용하여 난과식물에 대한 바이러스 감염 여부를 진단할 수 있기 때문에 분주에 의한 바이러스 이병주 확산 방지 및 재배온실 내에 이병주 방치로 인한 주변 개체로의 바이러스 확산 피해를 사전에 예방할 수 있다. Primer for oocyte virus assay of the present invention can be easily and simply assayed for the infection by ORSV, CyMV and OFV, as well as can accurately identify the complex infection by ORSV and CyMV most common in oocytes. Therefore, it is possible to diagnose whether or not the virus infection on the oocytes using the egg yolk virus assay primer of the present invention to prevent the spread of virus pathogens by aliquotation and virus spread to the surrounding individuals due to neglected pathogens in the cultivation greenhouse Damage can be prevented in advance.
또한 본 발명은 (a) 시료로부터 추출한 RNA를 주형으로 서열번호 1의 ORSV-420F 프라이머, 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머, 서열번호 3의 CyMV-620F 프라이머, 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머, 서열번호 5의 OFV-873F 프라이머 및 서열번호 6의 OFV-873R 프라이머로 이루어진 군으로부터 1종 이상 선택된 난과식물 바이러스 검정용 프라이머로 역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR)을 실시하는 단계 및 (b) 증폭된 PCR 산물의 크기를 확인하여 난과식물 바이러스의 감염여부를 판단하는 단계를 포함하는 난과식물 바이러스 검출방법을 제공한다. In addition, the present invention (a) the RNA extracted from the sample as a template ORSV-420F primer of SEQ ID NO: 1, ORSV-420R primer of SEQ ID NO: 2, CyMV-620F primer of SEQ ID NO: 3, CyMV-620R primer of SEQ ID NO: 4, Performing reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) with one or more primers for eggplant virus assay selected from the group consisting of the OFV-873F primer of SEQ ID NO: 5 and the OFV-873R primer of SEQ ID NO: 6, and (b The present invention provides an oocyte virus detection method comprising the step of determining the size of an amplified PCR product to determine whether an oocyte virus is infected.
본 발명은 난과식물 바이러스를 특이적으로 증폭시키는 프라이머를 제공하여 ORSV, CyMV, OFV에 의한 감염여부를 쉽고 간단하게 검정할 수 있을 뿐만아니라 바이러스들의 복합 감염 역시 정확하게 파악할 수 있다. 따라서, 본 발명의 난과식물 바이러스 검정용 프라이머를 이용하여 난과식물 바이러스의 감염경로를 추적하거나 증식용 모주의 바이러스 감염여부를 진단할 수 있으며, 난과식물 바이러스 감염을 사전에 예방, 방제할 수 있다.The present invention provides a primer that specifically amplifies the oocyte virus, and can be easily and simply assayed for infection by ORSV, CyMV, OFV, as well as to accurately identify the complex infection of the viruses. Therefore, using the ophthalmic plant virus assay primer of the present invention, it is possible to trace the path of infection of the oocyte plant virus or diagnose the virus infection of the parent strain for proliferation, and to prevent and control the oocyte virus infection in advance Can be.
[실시예 1] 난과식물 바이러스 검정용 프라이머 제작Example 1 Preparation of Primer for Egg Plant Virus Assay
1-1. ORSV 검정용 프라이머1-1. Primer for ORSV Assay
RNA 바이러스 복제유전자의 일부(NC_001728, 1121-1542)를 증폭할 수 있는 서열번호 1의 ORSV-420F 및 서열번호 2의 ORSV-420R 프라이머 세트를 제작하였다. ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트는 420bp의 DNA 단편을 증폭시킨다. An ORSV-420F of SEQ ID NO: 1 and an ORSV-420R primer set of SEQ ID NO: 2 were prepared to amplify a portion of the RNA viral replica gene (NC_001728, 1121-1542). The ORSV-420F / ORSV-420R primer set amplifies DNA fragments of 420 bp.
1-2. CyMV 검정용 프라이머1-2. Primer for CyMV Assay
RNA 바이러스 복제유전자의 일부(NC_001812, 167-786)를 증폭할 수 있는 서열번호 3의 CyMV-620F 및 서열번호 4의 CyMV-620R 프라이머 세트를 제작하였다. CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트는 620 bp의 DNA 절편을 증폭시킨다. A set of CyMV-620F of SEQ ID NO: 3 and a CyMV-620R primer of SEQ ID NO: 4 were able to amplify a portion of the RNA viral replica gene (NC_001812, 167-786). The CyMV-620F / CyMV-620R primer set amplifies 620 bp DNA fragments.
1-3. OFV 검정용 프라이머1-3. Primer for OFV Assay
RNA 바이러스 복제 유전자의 일부(NC_009609, 3781-4653)를 증폭할 수 있는 서열번호 5의 OFV-873F 및 서열번호 6의 OFV-873R 프라이머 세트를 제작하였다. OFV-873F/OFV-873R 프라이머 세트는 873 bp의 DNA 절편을 증폭시킨다. OFV-873F of SEQ ID NO: 5 and OFV-873R primer set of SEQ ID NO: 6 were prepared to amplify a portion of the RNA virus replication gene (NC_009609, 3781-4653). The OFV-873F / OFV-873R primer set amplifies 873 bp DNA fragments.
[실시예 2] 난과식물 바이러스 검정용 프라이머 이용에 의한 난과식물 바이러스 검출EXAMPLE 2 Eggplant Virus Detection by Using Primer for Eggplant Virus Assay
ORSV, CyMV, OFV 각각을 동정하였고, RNA를 정제하였다. 먼저 ELISA 법에 의해서 바이러스별 감염주를 선별하였다. ELISA에 사용된 항체는 미국 Agdia 사로부터 구입한 항체를 이용하였고 선발된 바이러스 감염주는 온실에서 격리재배하면서 실험재료로 사용하였다. 바이러스 핵산 추출은 식물체를 완충액 0.3 ml을 이용하여 마쇄한 다음 페놀(Sigma, pH5)과 클로로포름(시그마)이 동일 비율로 혼합된 용액(페톨:클로로포름=1:1) 0.3 ml을 혼합한 후 상온에서 5분 동안 심하게 흔들어 주어 반응시켰다. 이후 13,000 rpm에서 10분 동안 원심분리하여 상층액을 회수하여 다시 페놀:클로로포름(1:1) 용액 0.3 ml을 넣고 심하게 흔들어 준 다음 13,000rpm에서 10분 동안 원심분리 후 상층액을 회수하였다. 회수된 상층액에 1.5배 정도의 에탄올을 넣고 -70도에서 1시간 동안 놓아둔 후 13,000 rpm에서 20분 동안 원심분리하여 펠렛을 회수하였다. 펠렛에 70% 에탄올 600 μl를 넣고 13,000 rpm에서 10분 동안 원심분리하여 회수된 펠렛을 건조시켜 멸균된 증류수 30 μl에 용해시켰다. ORSV, CyMV, OFV, respectively, were identified and RNA was purified. First, virus-infected strains were selected by ELISA. Antibodies used in the ELISA were used as antibodies from the United States Agdia, and the selected virus infected strain was used as a test material while isolated in the greenhouse. Viral nucleic acid extraction was performed by grinding the plant with 0.3 ml of buffer, then mixing 0.3 ml of a solution of phenol (Sigma, pH5) and chloroform (Sigma) in the same ratio (Petol: chloroform = 1: 1) at room temperature. The reaction was shaken vigorously for 5 minutes. Thereafter, the supernatant was recovered by centrifugation at 13,000 rpm for 10 minutes, and 0.3 ml of phenol: chloroform (1: 1) solution was added thereto, followed by vigorous shaking, followed by centrifugation at 13,000 rpm for 10 minutes to recover the supernatant. 1.5 times of ethanol was added to the recovered supernatant, and the pellet was recovered by centrifugation at 13,000 rpm for 20 minutes after 1 hour at -70 ° C. 600 μl of 70% ethanol was added to the pellet, and the recovered pellet was dried by centrifugation at 13,000 rpm for 10 minutes and dissolved in 30 μl of sterilized distilled water.
2-1 ORSV2-1 ORSV
정제한 ORSV RNA를 주형으로 ORSV-420R 프라이머로 역전사반응을 실시하였다(Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). 역전사반응 후 만들어진 cDNA를 주형으로 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트를 이용하여 PCR 반응을 실시하였다(Promega GoTaq).Reverse transcription of the purified ORSV RNA with the ORSV-420R primer was performed (Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). PCR was performed using the ORSV-420F / ORSV-420R primer set as a template of the cDNA prepared after the reverse transcription reaction (Promega GoTaq).
역전사Reverse transcription (( cDNAcDNA 합성) 조성물 Synthetic composition
RNA -------------------------- 1 μl(μg/μl)RNA -------------------------- 1 μl (μg / μl)
5× 역전사반응 완충액 -------- 4 μl5 × Reverse Transcription Buffer -------- 4 μl
MgCl2 ------------------------ 2 μlMgCl 2 ------------------------ 2 μl
10 mM dNTP ------------------- 2 μl10 mM dNTP ------------------- 2 μl
Reverse transcriptase -------- 1 μlReverse transcriptase -------- 1 μl
ORSV-420R -------------------- 1 μl(10 pM)ORSV-420R -------------------- 1 μl (10 pM)
Nuclease free water ---------- 9 μlNuclease free water ---------- 9 μl
PCRPCR 조성물 Composition
cDNA ------------------------- 20 μlcDNA ------------------------- 20 μl
10× PCR 반응 완충액---------- 5 μl10 × PCR reaction buffer ---------- 5 μl
MgCl2 ----------------------- 2 μlMgCl 2 ----------------------- 2 μl
10 mM dNTP ------------------ 2 μl10 mM dNTP ------------------ 2 μl
ORSV-420F ------------------- 1 μl(10 pM)ORSV-420F ------------------- 1 μl (10 pM)
ORSV-420R ------------------- 1 μl(10 pM)ORSV-420R ------------------- 1 μl (10 pM)
Nuclease free water --------- 9 μlNuclease free water --------- 9 μl
역전사Reverse transcription 조건 Condition
70℃10분 → 25℃5분 → 42℃60분70 ℃ 10min → 25 ℃ 5min → 42 ℃ 60min
PCRPCR 조건 Condition
92℃2분 → 92℃30초 → 51℃30초 → 70℃1분(29 사이클) → 72℃10분 92 ℃ 2min → 92 ℃ 30sec → 51 ℃ 30sec → 70 ℃ 1min (29 cycles) → 72 ℃ 10min
PCR 반응 후 아가로즈젤에 전기영동하여 PCR 산물의 크기를 확인하였다. 도 1은 ORSV 검정용 프라이머로 증폭된 ORSV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진으로, 420 bp에서 PCR 산물이 확인되었다. 따라서, 실시예 1에서 제조한 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트는 ORSV를 증폭시킴을 확인할 수 있었다.After PCR reaction, the agarose gel was electrophoresed to confirm the size of the PCR product. Figure 1 is an electrophoresis picture showing the ORSV PCR product amplified by the primer for ORSV assay, PCR product was confirmed at 420 bp. Therefore, it can be seen that the ORSV-420F / ORSV-420R primer set prepared in Example 1 amplifies ORSV.
2-2 CyMV2-2 CyMV
정제한 CyMV RNA를 주형으로 CyMV-620R 프라이머로 역전사반응을 실시하였다(Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). 역전사반응 후 만들어진 cDNA를 주형으로 CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트를 이용하여 PCR 반응을 실시하였다(Promega GoTaq).Reverse transcription was carried out with CyMV-620R primers using the purified CyMV RNA as a template (Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). CDNA prepared after reverse transcription was subjected to PCR using CyMV-620F / CyMV-620R primer set as a template (Promega GoTaq).
역전사Reverse transcription (( cDNAcDNA 합성) 조성물 Synthetic composition
RNA --------------------------- 1 μl(μg/μl)RNA --------------------------- 1 μl (μg / μl)
5× 역전사반응 완충액 --------- 4 μl5 × Reverse Transcription Buffer --------- 4 μl
MgCl2 -------------------------- 2 μlMgCl 2 -------------------------- 2 μl
10 mM dNTP - ------------------- 2 μl10 mM dNTP-------------------- 2 μl
Reverse transcriptase ---------- 1 μlReverse transcriptase ---------- 1 μl
CyMV-620R ---------------------- 1 μl(10 pM)CyMV-620R ---------------------- 1 μl (10 pM)
Nuclease free water ------------ 9 μlNuclease free water ------------ 9 μl
PCRPCR 조성물 Composition
cDNA --------------------------- 20 μlcDNA --------------------------- 20 μl
10× PCR 반응 완충액------------ 5 μl10 × PCR reaction buffer ------------ 5 μl
MgCl2 -------------------------- 2 μlMgCl 2 -------------------------- 2 μl
10 mM dNTP -------------------- 2 μl10 mM dNTP -------------------- 2 μl
CyMV-620F --------------------- 1 μl(10 pM)CyMV-620F --------------------- 1 μl (10 pM)
CyMV-620R --------------------- 1 μl(10 pM)CyMV-620R --------------------- 1 μl (10 pM)
Nuclease free water ----------- 19 μlNuclease free water ----------- 19 μl
역전사Reverse transcription 조건 Condition
70℃10분 → 25℃5분 → 42℃60분70 ℃ 10min → 25 ℃ 5min → 42 ℃ 60min
PCRPCR 조건 Condition
92℃2분 → 92℃30초 → 50℃30초 → 70℃1분20초(29 사이클) → 72℃10분92 ° C 2 minutes → 92 ° C 30 seconds → 50 ° C 30 seconds → 70 ° C 1 minute 20 seconds (29 cycles) → 72 ° C 10 minutes
PCR 반응 후 아가로즈젤에 전기영동하여 PCR 산물의 크기를 확인하였다. 도 2는 CyMV 검정용 프라이머로 증폭된 CyMV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진으로, 620 bp에서 PCR 산물이 확인되었다. 따라서, 실시예 1에서 제조한 CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트는 CyMV를 증폭시킴을 확인할 수 있었다. After PCR reaction, the agarose gel was electrophoresed to confirm the size of the PCR product. Figure 2 is an electrophoresis picture showing the CyMV PCR product amplified with a primer for CyMV assay, PCR product was confirmed at 620 bp. Thus, it was confirmed that the CyMV-620F / CyMV-620R primer set prepared in Example 1 amplifies CyMV.
2-3 OFV2-3 OFV
정제한 OFV RNA를 주형으로 OFV-873R 프라이머로 역전사반응을 실시하였다(Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). 역전사반응 후 만들어진 cDNA를 주형으로 OFV-873F/OFV-873R 프라이머 세트를 이용하여 PCR 반응을 실시하였다(Promega GoTaq).Reverse transcription was carried out using OFV-873R primer as a template of purified OFV RNA (Promega Improm-II reverse transcriptase, GoTaq). CDNA prepared after reverse transcription was subjected to PCR reaction using OFV-873F / OFV-873R primer set as a template (Promega GoTaq).
역전사Reverse transcription (( cDNAcDNA 합성) 조성물 Synthetic composition
RNA ------------------------ 1 μl(μg/μl)RNA ------------------------ 1 μl (μg / μl)
5× 역전사반응 완충액 ------ 4 μl5 × Reverse Transcription Buffer ------ 4 μl
MgCl2 ---------------------- 2 μlMgCl 2 ---------------------- 2 μl
10 mM dNTP ---------------- 2 μl10 mM dNTP ---------------- 2 μl
Reverse transcriptase ----- 1 μlReverse transcriptase ----- 1 μl
OFV-873R ------------------ 1 μl(10 pM)OFV-873R ------------------ 1 μl (10 pM)
Nuclease free water ------- 9 μlNuclease free water ------- 9 μl
PCRPCR 조성물 Composition
cDNA ---------------------- 20 μlcDNA ---------------------- 20 μl
10× PCR 반응 완충액------- 5 μl10 × PCR Reaction Buffer ------- 5 μl
MgCl2 ---------------------- 2 μlMgCl 2 ---------------------- 2 μl
10 mM dNTP ----------------- 2 μl10 mM dNTP ----------------- 2 μl
OFV-873F ------------------- 1 μl(10 pM)OFV-873F ------------------- 1 μl (10 pM)
OFV-873R ------------------- 1 μl(10 pM)OFV-873R ------------------- 1 μl (10 pM)
Nuclease free water -------- 19 μlNuclease free water -------- 19 μl
역전사Reverse transcription 조건 Condition
70℃10분 → 25℃5분 → 42℃60분70 ℃ 10min → 25 ℃ 5min → 42 ℃ 60min
PCRPCR 조건 Condition
92℃2분 → 92℃30초 → 50℃30초 → 70℃1분 30초(29 사이클) → 72℃10분 92 ° C 2 minutes → 92 ° C 30 seconds → 50 ° C 30 seconds → 70 ° C 1 minute 30 seconds (29 cycles) → 72 ° C 10 minutes
PCR 반응 후 아가로즈젤에 전기영동하여 PCR 산물의 크기를 확인하였다. 도 3는 OFV 검정용 프라이머로 증폭된 OFV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진으로, 873 bp에서 PCR 산물이 확인되었다. 따라서, 실시예 1에서 제조한 OFV-873F/OFV-873R 프라이머 세트는 OFV를 증폭시킴을 확인할 수 있었다. After PCR reaction, the agarose gel was electrophoresed to confirm the size of the PCR product. Figure 3 is an electrophoresis picture showing the OFV PCR product amplified with a primer for OFV assay, PCR product was confirmed at 873 bp. Therefore, it was confirmed that OFV-873F / OFV-873R primer set prepared in Example 1 amplifies OFV.
[실시예 3] 난과식물 바이러스의 다중검출 Example 3 Multiple Detection of Egg Plant Virus
ORSV와 CyMV 감염된 심비디움으로부터 RNA를 분리하고(QIAGEN, RNeasy Plant RNA extraction kit), 실시예 1의 프라이머로 역전사 반응과 PCR 반응을 실시하였다. RNA was isolated from ORSV and CyMV infected symbidium (QIAGEN, RNeasy Plant RNA extraction kit), and subjected to reverse transcription and PCR reactions using the primers of Example 1.
PCR 결과는 도 4에 나타내었다.PCR results are shown in FIG. 4.
PCRPCR 조건 Condition
92℃2분 → 92℃30초 → 50℃30초 → 70℃1분30초(29 사이클) → 72℃10분92 ° C 2 minutes → 92 ° C 30 seconds → 50 ° C 30 seconds → 70 ° C 1 minute 30 seconds (29 cycles) → 72 ° C 10 minutes
도 4는 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트와 CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트로 다중 RT-PCR 한 결과를 나타낸 것이다.Figure 4 shows the results of multiple RT-PCR with ORSV-420F / ORSV-420R primer set and CyMV-620F / CyMV-620R primer set.
도 4의 “1”은 ORSV 감염 심비디움 RNA를 사용한 것이고, “2”는 CyMV에 감염된 난을 사용한 것이고 “3”은 ORSV/CyMV 감염 심비디움 RNA를 사용한 것이 다. 4, "1" is used for ORSV infected symbidium RNA, "2" is used for CyMV infected eggs, and "3" is used for ORSV / CyMV infected symbidium RNA.
ORSV, CyMV, OFV 감염된 심비디움으로부터 RNA를 분리하고(QIAGEN, RNeasy Plant RNA extraction kit), 실시예 1의 프라이머로 역전사 반응과 PCR 반응을 실시하였다. RNA was isolated from ORSV, CyMV, OFV infected symbidium (QIAGEN, RNeasy Plant RNA extraction kit), and subjected to reverse transcription and PCR reactions using the primers of Example 1.
PCR 결과는 도 5에 나타내었다.PCR results are shown in FIG. 5.
PCRPCR 조건 Condition
92℃2분 → 92℃30초 → 50℃30초 → 70℃2분(29 사이클) → 72℃10분92 ° C 2 minutes → 92 ° C 30 seconds → 50 ° C 30 seconds → 70 ° C 2 minutes (29 cycles) → 72 ° C 10 minutes
도 5는 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트, CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트와 OFV-873F/OFV-873R로 다중 RT-PCR 한 결과를 나타낸 것이다.Figure 5 shows the results of multiple RT-PCR with ORSV-420F / ORSV-420R primer set, CyMV-620F / CyMV-620R primer set and OFV-873F / OFV-873R.
도 5의 “1”은 ORSV 감염 심비디움 RNA를 사용한 것이고, 5의 “2”는 CyMV에 감염된 난을 사용한 것이고 5의 “3”은 OFV 감염 심비디움 RNA를 사용한 것이고 5의 “4”는 ORSV/CyMV/OFV 감염 심비디움 RNA를 사용한 것이다. In Fig. 5, “1” is used for ORSV infected symbidium RNA, “2” for 5 is used for CyMV infected eggs, “3” for 5 is used for OFV infected symbidium RNA, and “4” for 5 is ORSV / CyMV. / OFV infected symbidium RNA.
도 1은 ORSV 검정용 프라이머로 증폭된 ORSV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진이다.Figure 1 is an electrophoresis picture showing the ORSV PCR product amplified with a primer for ORSV assay.
도 2는 CyMV 검정용 프라이머로 증폭된 CyMV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진이다.Figure 2 is an electrophoresis picture showing the CyMV PCR product amplified with a primer for CyMV assay.
도 3는 OFV 검정용 프라이머로 증폭된 OFV PCR 산물을 나타낸 전기영동 사진이다.Figure 3 is an electrophoresis picture showing the OFV PCR product amplified with a primer for OFV assay.
도 4는 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트와 CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트로 다중 RT-PCR 한 결과를 나타낸 것이다.Figure 4 shows the results of multiple RT-PCR with ORSV-420F / ORSV-420R primer set and CyMV-620F / CyMV-620R primer set.
도 5는 ORSV-420F/ORSV-420R 프라이머 세트, CyMV-620F/CyMV-620R 프라이머 세트와 OFV-873F/OFV-873R로 다중 RT-PCR 한 결과를 나타낸 것이다.Figure 5 shows the results of multiple RT-PCR with ORSV-420F / ORSV-420R primer set, CyMV-620F / CyMV-620R primer set and OFV-873F / OFV-873R.
<110> Republic of Korea <120> PRIMERS FOR DETECTING ORCHID INFECTING VIRUSINFECT AND SCREENING METHOD OF VIRUS USING SAME <160> 6 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 aaaggacgat ctttcgcgat cgcg 24 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tacagcatca ctaatctgtt tcca 24 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 ttgcctcggc actcgtaaac tgcc 24 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 tttctttact ttcaaaggat cgtt 24 <210> 5 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 tctacggaat gatggagtgg att 23 <210> 6 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 tcttagcaca tatgacgtca ttg 23 <110> Republic of Korea <120> PRIMERS FOR DETECTING ORCHID INFECTING VIRUSINFECT AND SCREENING METHOD OF VIRUS USING SAME <160> 6 <170> Kopatentin 1.71 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 aaaggacgat ctttcgcgat cgcg 24 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tacagcatca ctaatctgtt tcca 24 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 ttgcctcggc actcgtaaac tgcc 24 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 tttctttact ttcaaaggat cgtt 24 <210> 5 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 tctacggaat gatggagtgg att 23 <210> 6 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 tcttagcaca tatgacgtca ttg 23
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KR20220050488A (en) | 2020-10-16 | 2022-04-25 | 송윤희 | PRIMERS FOR DETECTING ORCHID INFECTING VIRUS CMV AND CymMV AND SCREENING METHOD OF VIRUS USING THE SAME |
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Plant Pathology Bulletin, Vol. 15, pp. 187-196 (2006.12.31.) * |
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