KR101086026B1 - DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production method thereof - Google Patents

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Abstract

본 발명은 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머에 관한 것으로, 더욱 구체적으로는 랜덤 DNA 라이브러리로부터 선택된 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머 및 그 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 랜덤 DNA pool로부터 제 2형 당뇨병의 바이오마커인 비스파틴에 대해 특이적으로 높은 친화도를 보이는 DNA 앱타머를 SELEX process의 변형된 방법인 FluMag-SELEX process를 이용하여 선별하고, 선별된 DNA 앱타머들의 염기서열, 특성 및 비스파틴에 대한 결합력을 분석하였다. 따라서 본 발명의 DNA 앱타머를 이용하여 제 2형 당뇨병을 보다 효과적으로 진단할 수 있다.The present invention relates to a DNA aptamer that specifically binds to bispartin, and more particularly, to a DNA aptamer that specifically binds to visfatin selected from a random DNA library and a method of preparing the same. . According to the present invention, a DNA aptamer showing a high affinity for bispartin, a biomarker of type 2 diabetes, from a random DNA pool was selected using the FluMag-SELEX process, a modified method of the SELEX process. The sequence, properties, and binding capacity of the selected DNA aptamers were analyzed. Therefore, the type 2 diabetes can be diagnosed more effectively by using the DNA aptamer of the present invention.

비스파틴, DNA 앱타머, 제 2형 당뇨병, 바이오마커, 친화도, SELEX Bispartin, DNA Aptamer, Type 2 Diabetes, Biomarker, Affinity, SELEX

Description

비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머 및 그 제조방법 {DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production method thereof}DNA aptamer specifically binding to bispartin and its preparation method {DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production method

본 발명은 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머에 관한 것으로, 더욱 구체적으로는 랜덤 DNA 라이브러리로부터 선택된 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머 및 그 제조방법에 관한 것이다.The present invention relates to a DNA aptamer that specifically binds to bispartin, and more particularly, to a DNA aptamer that specifically binds to visfatin selected from a random DNA library and a method of preparing the same. .

에디포카인(adipokine)은 지방조직에서 분비되는 단백질로서 대사에 중요한 역할을 한다. 비스파틴(visfatin)은 최근 새로이 발견된 내장지방 유래 단백질로서 비만에 의해 발병되는 제 2형 당뇨병과 밀접한 관련이 있음이 보고 되고 있다. 구체적으로, 비만의 경우 내장지방 내의 비스파틴 발현양이 증가됨이 보고 되었고 비스파틴의 혈중 농도는 피하지방에 비해 내장지방의 양과 훨씬 더 밀접한 관련이 있음이 밝혀졌다. 또한 비만이 발현될수록 혈중 내 비스파틴 농도가 증가된다는 것이 확인되었고, 임상실험 결과 제 2형 당뇨환자의 혈중 비스파틴 농도(31.9±31.7 ng/ml)는 성별과 관계없이 일반 수치(15.8±16.7 ng/ml)보다 2배가량 높은 것으로 나타났다.(Miao-Pei Chen, et al., The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 91(1):295-299) 또한 고지방 사료를 급여한 쥐의 내장지방에 비스파틴이 다량 발현되었고 혈중 농도 또한 일반 사료를 급여한 쥐보다 높은 결과를 보였다.(Atsunori Fukuhara, et al., Science(2005), 307, 4426-4430) 이러한 결과들은 혈중 비스파틴 농도의 증가가 비만에 의해 발병되는 제 2형 당뇨병과 밀접한 관련이 있음을 보여주는 것이며 비스파틴이 제 2형 당뇨병의 바이오마커로서 사용될 수 있음을 의미하는 것이기도 하다. 따라서 지방세포에서 유래된 비스파틴의 혈중 레벨을 측정함으로써 제 2형 당뇨를 빠르고 정확하게 진단할 수 있다.Adipokine is a protein secreted from adipose tissue and plays an important role in metabolism. Visfatin is a newly discovered visceral fat-derived protein that has been reported to be closely related to type 2 diabetes caused by obesity. Specifically, it was reported that the amount of bispartin expression in visceral fat was increased in obesity, and the blood concentration of bispartin was more closely related to the amount of visceral fat than subcutaneous fat. In addition, it was confirmed that the concentration of bispartin in the blood increased as obesity was expressed, and clinical results showed that the general level of blood bispatin (31.9 ± 31.7 ng / ml) in type 2 diabetic patients was 15.8 ± 16.7 ng / ml) (Miao-Pei Chen, et al., The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 91 (1): 295-299). High levels of bispartin were expressed and blood levels were also higher than those of rats fed normal diet (Atsunori Fukuhara, et al., Science (2005), 307, 4426-4430). It is shown that the increase is closely related to type 2 diabetes caused by obesity, which also means that bispartin can be used as a biomarker for type 2 diabetes. Therefore, type 2 diabetes can be diagnosed quickly and accurately by measuring blood levels of bispartin derived from adipocytes.

앱타머(aptamer)는 특정 타겟에 대해 높은 특이성과 친화도를 가지는 단일가닥 DNA 또는 RNA의 구조체이다. 앱타머는 타겟에 대한 친화도가 높고 열 안정성이 우수하며 시험관내(in vitro)에서 합성이 가능하기 때문에 비용 면에서도 기존의 센서 분야에서 이용되는 감지물질들 보다도 우위에 있다. 또한 타겟물질에 제약이 없어 단백질, 아미노산 같은 생분자, 환경호르몬 또는 항생제와 같은 작은 유기화학 물질, 그리고 박테리아 등의 다양한 타겟에 대한 앱타머가 합성될 수 있다. 이렇게 타겟물질과 특이적으로 결합하는 앱타머의 특성으로 인해 최근 들어 앱타머를 신약개발, 약물전달 시스템, 그리고 바이오센서 등의 분야에 이용하기 위해 많은 연구가 이루어지고 있다.Aptamers are structures of single-stranded DNA or RNA that have high specificity and affinity for specific targets. Aptamers are superior in cost to detection materials used in the field of sensors because of their high affinity for targets, good thermal stability, and in vitro synthesis. In addition, there are no restrictions on the target material, so aptamers can be synthesized for various targets such as proteins, biomolecules such as amino acids, small organic chemicals such as environmental hormones or antibiotics, and bacteria. Due to the properties of aptamers that specifically bind to target materials, a lot of research has recently been conducted to use aptamers in new drug development, drug delivery systems, and biosensors.

기존 바이오센서 분야에서 이용되는 다양한 감지물질 중 민감도 면에서 우위에 있는 것이 항체를 이용한 타겟물질의 검출이다. 이는 검출하고자하는 타겟물질(항원)을 동물의 몸에 주입하여 생체의 면역시스템을 통해 만들어지는 항체를 확보 한 후 정제 과정을 거치기 때문에 시간이 많이 들고 고비용이라는 점이 첫 번째 문제점이라 할 수 있다. 또한 타겟물질에 있어 제약이 거의 없는 앱타머에 비해 항원으로 사용할 수 있는 타겟물질이 제한적이어서 독성물질과 같은 저분자 화학물질들에 대한 항체의 제작에 어려움이 있다. 일반적으로 항체는 그 크기가 100K Da 이상인 매우 큰 단백질이기 때문에 전기화학 기반 등의 바이오센서로 응용 시에 신호 검출 부분에 있어 제약이 있고, 열 안전성이 DNA나 다른 화학물질에 비해 현저히 떨어지는 문제가 있다. 그러므로 기존의 혈중 바이오마커의 진단에 있어 항체를 이용한 기술은 비용과 시간 면에서 효율적이지 않고, 적용범위가 다양하지 않으며 바이오센서로 응용하는 데에 있어 제한적인 문제점들이 있다. 이러한 문제점들을 개선하기 위한 새로운 감지물질로서 다양한 타겟물질에 대해 특이적으로 높은 친화도를 보이는 핵산 구조체인 앱타머를 이용하는 연구가 많이 이루어지고 있다.Among the various sensing materials used in the existing biosensor field, the superiority in sensitivity is the detection of the target material using the antibody. The first problem is that the injection of the target substance (antigen) to be detected into the body of the animal to secure the antibody made through the immune system of the living body and then undergo a purification process is time-consuming and expensive. In addition, the target material that can be used as an antigen is limited compared to the aptamer which has little restrictions on the target material, which makes it difficult to produce antibodies against low molecular weight chemicals such as toxic substances. In general, since antibodies are very large proteins having a size of 100K Da or more, there are limitations in signal detection when applied to biosensors such as electrochemicals, and there is a problem that thermal stability is significantly lower than that of DNA or other chemicals. . Therefore, the existing technology using antibodies in the diagnosis of blood biomarkers is not cost and time efficient, the range of application is limited, there are limited problems in the application as a biosensor. As a new sensing material to improve these problems, a lot of research has been made using aptamers, nucleic acid constructs that show high affinity specifically for various target materials.

이에, 본 발명자들은 상기 종래기술들의 문제점들을 극복하기 위하여 예의 연구노력한 결과, 제 2형 당뇨병의 바이오마커인 비스파틴에 대해 특이적으로 높은 친화도를 보이는 핵산 구조체인 DNA 앱타머를 개발하였다. 또한 상기 비스파틴에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 포함하는 조성물을 이용하여 제 2형 당뇨병을 효과적으로 진단할 수 있을 것으로 판단하고, 본 발명을 완성하게 되었다.Accordingly, the present inventors have developed a DNA aptamer which is a nucleic acid construct showing a particularly high affinity for bispartin, a biomarker of type 2 diabetes, as a result of intensive research to overcome the problems of the prior arts. In addition, it was determined that type 2 diabetes could be effectively diagnosed using a composition comprising a DNA aptamer specifically bound to bispartin, thereby completing the present invention.

따라서, 본 발명의 주된 목적은 제 2형 당뇨병의 바이오마커인 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머 및 그 제조방법을 제공하는 데 있다.Accordingly, a main object of the present invention is to provide a DNA aptamer specifically binding to bispartin, a biomarker of type 2 diabetes, and a method of manufacturing the same.

본 발명의 다른 목적은 상기 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머를 이용한 제 2형 당뇨병 진단용 조성물을 제공하는데 있다.Another object of the present invention is to provide a composition for diagnosing type 2 diabetes using DNA aptamer specifically binding to bispartin.

본 발명의 한 양태에 따르면, 본 발명은 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 제공한다. 본 발명에서는 상기 비스파틴에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 SELEX process를 이용하여 타겟물질에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머를 선택하였다. According to one aspect of the present invention, the present invention provides a DNA aptamer capable of specifically binding to visfatin. In the present invention, the DNA aptamer specifically binding to the target material was selected using the SELEX process for the DNA aptamer specifically binding to the bispartin.

본 발명에 사용된 용어 ‘SELEX process’는 임의적으로 합성된 DNA 또는 RNA의 집합에서 특정 분자에 대해 높은 결합력을 지니는 DNA 또는 RNA를 선별하여 증폭시킴으로써 해당 분자의 DNA 결합 서열을 알아내는 방법 (Louis C. Bock, et al., 1992. Nature 355, 564-566)을 말한다.The term 'SELEX process' used in the present invention is a method of identifying a DNA binding sequence of a molecule by selecting and amplifying a DNA or RNA having a high binding capacity to a specific molecule in a collection of randomly synthesized DNA or RNA (Louis C Bock, et al., 1992. Nature 355, 564-566.

본 발명에 사용된 ‘FluMag-SELEX process’는 DNA 증폭단계에서 형광 표지된 프라이머를 사용함으로서 이어지는 폴리아크릴아마이드 겔을 이용한 PCR product 분리과정(이중가닥 DNA를 단일가닥 DNA로)에서 형광을 띠는 밴드만 취하면 되는 이점을 이용하기 위한 변형된 방법이며, 타겟과 결합하는/결합하지 않는 DNA 를 구별해내는 방법으로 자석(magnet)을 이용한 SELEX 방법이다. 기존의 다른 SELEX의 경우, 방사선 표지(radioactive label), capillary electrophoresis, membrane filter 등을 이용했었는데, 경비가 많이 들고 핸들링 하기가 어려운 단점이 있다. PCR product를 분리하기 위해서는 chromatography, affinity column 등이 이용되었지만 가격이 비싸고, 효율이 떨어지는 문제가 있다(R. Stoltenburg, et al., (2005) Anal Bioanal Chem 383: 83-91).'FluMag-SELEX process' used in the present invention is a fluorescent band in the PCR product separation process (double-stranded DNA to single-stranded DNA) using a polyacrylamide gel followed by using a fluorescently labeled primer in the DNA amplification step It is a modified method to take advantage of the drought, and it is a SELEX method using magnets to distinguish DNA that binds to or does not bind to a target. In the case of other SELEX, radioactive label, capillary electrophoresis, membrane filter, etc. were used, which is expensive and difficult to handle. In order to separate PCR products, chromatography and affinity columns are used, but they are expensive and have low efficiency (R. Stoltenburg, et al., (2005) Anal Bioanal Chem 383: 83-91).

본 발명의 DNA 앱타머에서, 상기 DNA 앱타머는 비스파틴에 특이적으로 결합하는 어떠한 염기서열의 DNA 앱타머일 수 있으나, 바람직하게는 상기 FluMag-SELEX 방법에 의해 선택된 서열번호 1 내지 서열번호 36 중 어느 하나의 염기서열을 가질 수 있다.In the DNA aptamer of the present invention, the DNA aptamer may be any DNA sequence aptamer specifically binding to bispartin, but preferably in SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 36 selected by the FluMag-SELEX method It can have any one base sequence.

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 하기 단계를 포함하는 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머의 제조방법을 제공한다:According to another aspect of the present invention, the present invention provides a method for preparing a DNA aptamer specifically binding to bispartin (visfatin) comprising the following steps:

a) 비스파틴과 자성비드(magnetic beads)를 붕산염(borate) 버퍼용액에서 반응시켜 공유결합을 유도하는 단계;a) reacting bispartin and magnetic beads in a borate buffer solution to induce covalent bonds;

b) 양 끝에 PCR용 프라이머 영역을 포함하고 중앙에 30-50개의 임의의 염기를 가지는 DNA pool과 상기 공유결합으로 얻은 비스파틴-자성비드를 버퍼용액에서 혼합하여 상온에서 결합을 유도하는 단계;b) inducing binding at room temperature by mixing a bispartin-magnetic bead obtained by the covalent bond with a DNA pool having a primer base for PCR at both ends and having 30-50 random bases in the center;

c) 상기 비스파틴-자성비드에 결합된 DNA를 자석을 이용하여 분리하는 단계;c) separating the DNA bound to the bispartin-magnetic beads using a magnet;

d) 상기 분리된 비스파틴-자성비드로부터 DNA를 분리하는 단계; 및d) separating DNA from the separated bispartin-magnetic beads; And

e) 상기 PCR용 프라이머 영역에 상보적인 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행함으로써 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA를 증폭시키는 단계.e) amplifying the DNA specifically binding to bispartin by performing PCR using a primer pair complementary to the PCR primer region.

본 발명의 방법에서, 상기 a)단계의 공유결합은 비스파틴의 아미노기(amino group)와 자성비드의 토실기(tosyl group)의 공유결합인 것을 특징으로 한다. In the method of the present invention, the covalent bond of step a) is characterized in that the covalent bond of the amino group of the bispartin (amino group) and the magnetic bead tosyl group (tosyl group).

본 발명의 방법에서, 상기 a)단계 후, 공유결합된 비스파틴-자성비드에서 비스파틴과 결합하지 않은 자성비드의 토실기를 BSA(Bovine Serum Albumin) 용액으로 35-40℃에서 3-5시간 동안 불활성화 시키는 단계를 더 포함하는 것이 바람직하다. 상기 a)단계 후, 활성을 가지고 있는 토실기가 남아있으면 분자간의 여러 상호작용, 예컨대 반데르발스 결합, 소수성 결합 등으로 인한 비특이적 결합이 일어날 수 있기 때문에, 활성이 거의 없다고 알려진 BSA로 활성을 가진 토실기를 블로킹시킨다.In the method of the present invention, after step a), the tosyl group of the magnetic beads that are not bound to the bispartin in the covalently bound bispartin-magnetic beads is 3-A at 35-40 ° C. with a BSA (Bovine Serum Albumin) solution. Preferably, the method further comprises inactivating for 5 hours. After step a), if the tosyl group remains active, non-specific binding due to various interactions between molecules, such as van der Waals bonds, hydrophobic bonds, etc., may occur. Block the actual machine.

본 발명의 방법에서, 상기 d)단계에서 DNA 분리는 70-90℃에서 3-10분간 두어 DNA를 비스파틴-자성비드로부터 분리시키는 것을 특징으로 한다.In the method of the present invention, the DNA separation in step d) is characterized by separating the DNA from the bispartin-magnetic beads by placing for 3-10 minutes at 70-90 ℃.

본 발명의 방법에서, 상기 e)단계에서 프라이머 쌍 중 하나에 플루오레세인(fluorescein)이 붙여진 프라이머를 사용하여 PCR을 수행한 후, 전기영동을 통해 상기 플루오레세인에 의해 변성된 단일가닥 DNA를 분리하는 단계를 더 포함하는 것이 바람직하다. In the method of the present invention, after performing PCR using a primer to which fluorescein is attached to one of the primer pairs in step e), single-stranded DNA denatured by the fluorescein is subjected to electrophoresis. It is preferred to further comprise the step of separating.

상기 전기영동에 사용된 폴리아크릴아마이드 젤에는 요소(urea)와 포름아마이드가 포함되어 있어 전기영동 후에는 두 개의 밴드가 생기게 되는데, 전기영동 과정에서 두 가닥의 DNA가 변성되어 플루오레세인이 붙어있는 DNA 가닥은 위에, 붙어있지 않은 DNA 가닥은 아래에 각각 위치하게 된다. 따라서 상기 플루오레세인이 붙어있는 DNA 밴드를 잘라내어 젤 추출(gel extraction)을 실시하고 다시 에탄올 침전법으로 분리하면 변성된 단일가닥 DNA를 확보할 수 있다.The polyacrylamide gel used in the electrophoresis includes urea and formamide, so that two bands are formed after the electrophoresis. In the electrophoresis, two strands of DNA are denatured to attach fluorescein. DNA strands are placed above and non-attached DNA strands are placed below. Therefore, the DNA band to which the fluorescein is attached is cut and subjected to gel extraction, and then separated by ethanol precipitation to obtain denatured single-stranded DNA.

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 포함하는 제 2형 당뇨병 진단용 조성물을 제공한다. 상기 DNA 앱타머는 바람직하게는 서열번호 1 내지 36 중 어느 하나의 염기서열을 가질 수 있다.According to another aspect of the present invention, the present invention provides a composition for diagnosing type 2 diabetes, comprising a DNA aptamer specifically bindable to visfatin. The DNA aptamer may preferably have a nucleotide sequence of any one of SEQ ID NOs: 1 to 36.

본 발명의 조성물에서, 상기 제 2형 당뇨병은 상기 DNA 앱타머에 결합하는 혈중 비스파틴의 수준을 측정함으로서 진단하는 것을 특징으로 한다. 제 2형 당뇨의 중요한 바이오마커인 비스파틴의 혈중농도를 정확하게 측정하는 것은 제 2형 당뇨를 진단하는데 매우 중요하다. 따라서 혈액 샘플안의 여러 생체 물질 중에서 비특이적이며 적은 양의 비스파틴에도 특이적으로 결합할 수 있는 본 발명의 DNA 앱타머를 포함하는 조성물을 이용하여 보다 신속하고 정확하게 2형 당뇨를 진단하는 데에 사용할 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 DNA 앱타머를 칩(chip)상에 형광물질, 발색물질 또는 항체 등과 함께 spotting 시킨 후 혈액샘플을 반응시킴으로서 혈액 중에 포함된 미량의 비스파틴의 수준을 신속하게 측정할 수 있다. 또 다른 방법으로는 자성비드에 상기 DNA 앱타머를 고정화시켜 비스파틴을 결합시키게 되면 결합된 DNA 앱타머-비스파틴 complex를 자석을 이용하여 분리할 수 있게 되고, 이 complex로부터 다시 비스파틴을 분리함으로써 비스파틴만을 선택적으로 검출할 수 있게 된다. 본 발명에 기술된 방법 이외에도 본 발명의 DNA 앱타머와 연결자로 연결된 센서를 이용하여 혈액 중의 비스파틴을 검출하는 방법 등을 사용할 수 있다.In the composition of the present invention, the type 2 diabetes is characterized by diagnosing by measuring the level of bispartin in the blood binding to the DNA aptamer. Accurately measuring blood levels of bispartin, an important biomarker of type 2 diabetes, is very important in diagnosing type 2 diabetes. Therefore, using the composition comprising the DNA aptamer of the present invention, which is nonspecific among various biological materials in blood samples and can specifically bind to a small amount of bispartin, it can be used to diagnose type 2 diabetes more quickly and accurately. Can be. For example, the DNA aptamer of the present invention is spotted on a chip with a fluorescent material, a chromophore or an antibody, and then reacted with a blood sample to rapidly measure the level of trace bispartin in blood. Can be. In another method, when the DNA aptamer is immobilized on magnetic beads to bind bispartin, the bound DNA aptamer-bispartin complex can be separated using a magnet. By isolating only bispartin can be selectively detected. In addition to the method described in the present invention, a method for detecting bispartin in blood using a sensor connected with a DNA aptamer and a connector of the present invention can be used.

이하, 본 발명의 비스파틴에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머의 제조방법 및 특성 분석방법을 단계별로 보다 구체적으로 설명한다.Hereinafter, a method of preparing and characterizing a DNA aptamer specifically binding to bispartin of the present invention will be described in more detail step by step.

1) 자성비드에 비스파틴(visfatin) 고정1) Fixing Visfatin on Magnetic Beads

비스파틴의 아미노기(amino group)와 자성비드 표면의 토실시(tosyl group)는 공유결합을 형성하게 되는데, 이를 위해 비스파틴과 자성비드를 버퍼용액에 넣고 반응시킨다. 반응 후 비스파틴이 결합된 자성비드는 자석을 이용해서 분리가 가능하며 같은 버퍼용액으로 비드를 세척하여 결합하지 않았거나 표면에 약하게 붙어있는 비스파틴을 제거한다.The amino group of bispartin and the tosyl group on the surface of the magnetic bead form a covalent bond. For this, the bispartin and the magnetic bead are reacted in a buffer solution. After the reaction, the magnetic beads bound to bispartin can be separated using a magnet. The beads are washed with the same buffer solution to remove unbound or weakly bound bispartin.

2) 비스파틴 결합 특이적 DNA 앱타머 개발2) Development of Bispatin-binding Specific DNA Aptamers

표적물질 특이적인 앱타머를 개발하기 위한 방법으로는 일반적으로 SELEX(Systematic Evolution of Ligand by Exponential Enrichment) 방법이 널리 사용되고 있다. 본 발명에서는 일반적인 SELEX를 변형한 FluMag-SELEX process를 이용하여 비스파틴 결합 특이적인 DNA 앱타머를 개발하였다. 이를 위하여 먼저 양 끝의 PCR 증폭을 위한 프라이머 결합부위의 중간의 40개의 임의의 염기를 가진 76 mer의 DNA pool을 합성하였으며, 이 DNA pool을 비스파틴이 고정되어 있는 자성비드와 함께 버퍼용액에 넣고 혼합하여 반응시킨 후, 자석을 이용해 비스파틴과 결합하지 않은 DNA를 제거한다. 고온 처리를 하여 비스파틴과 결합한 DNA를 자성비드에서부터 분리시킨 다음 에탄올 침전법으로 용리된 DNA를 확보한다.Generally, SELEX (Systematic Evolution of Ligand by Exponential Enrichment) is widely used as a method for developing target-specific aptamers. In the present invention, a bispartin binding specific DNA aptamer was developed using a FluMag-SELEX process modified from a general SELEX. To this end, we first synthesized a 76 mer DNA pool with 40 random bases in the middle of the primer binding site for PCR amplification at both ends, and the DNA pool was added to the buffer solution with magnetic beads fixed with bispartin. After mixing, reacting, and using a magnet to remove unbound DNA. After high temperature treatment, the DNA bound to bispartin is separated from the magnetic beads, and the eluted DNA is obtained by ethanol precipitation.

비스파틴 결합 특이적인 DNA의 양을 증폭하기 위해 PCR을 수행하고 PCR 반응물을 정제한 후 고농도의 요소(urea)가 들어있는 폴리아크릴아마이드 겔로 전기영동을 하여 이중나선 DNA인 PCR 결과물을 두 개의 단일가닥 DNA로 분리한다. 원래의 단일가닥 DNA 밴드를 겔 추출(gel extraction)한 후 다시 에탄올 침전법으로 분리된 DNA를 확보한다. 이 때 확보된 DNA pool은 다시 처음의 비스파틴이 고정되어 있는 자성비드 용액과 혼합하여 비스파틴과 반응시킨다. 이러한 일련의 과정을 반복하여 90% 이상이 비스파틴에 결합하는 DNA pool을 얻은 후 DNA pool을 TOPO 클로닝 키트를 이용하여 클로닝하고 얻어진 콜로니에서부터 DNA를 추출하여 염기분석을 시행한다.PCR was performed to amplify the amount of bispartin binding specific DNA, and the PCR reaction was purified, followed by electrophoresis on a polyacrylamide gel containing a high concentration of urea. Isolate into strand DNA. After gel extraction of the original single-stranded DNA band, the separated DNA is obtained by ethanol precipitation. At this time, the obtained DNA pool is mixed with the first bispatin-fixed magnetic bead solution and reacted with bispartin. By repeating this process, more than 90% of the DNA pool is bound to bispatin, and then the DNA pool is cloned using the TOPO cloning kit, and DNA is extracted from the colonies.

3) 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머 분석 3) DNA aptamer analysis that specifically binds to bispartin

비스파틴에 특이적으로 결합하는 앱타머의 다른 단백질에 대한 친화성과 비스파틴의 농도에 따른 결합력의 크기를 비교하기 위한 방법으로 표면자기공명장치(SPR)를 이용하였다. 이것을 위하여 베어 골드 칩(bare gold chip)의 표면을 개질하여 각각의 DNA 앱타머를 칩 위에 고정시킨 후 그 위에 비스파틴을 농도별로 반응시키고, 그 결합력을 확인하였으며 특이성 분석을 위해 다른 에디포카인(비스파틴, 아디포넥틴)과 HSA(human serum albumin)에 대한 결합력도 분석한다.Surface magnetic resonance devices (SPR) were used to compare the affinity of aptamers specifically binding to bispartin and the magnitude of binding force depending on the concentration of bispartin. For this purpose, the surface of the bare gold chip is modified and each DNA aptamer is immobilized on the chip. Then, bispartin is reacted by concentration on the chip, the binding force is confirmed, and the other edipocaine is analyzed for specificity. The binding to (bispatin, adiponectin) and human serum albumin (HSA) is also analyzed.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것이므로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. These embodiments are only for illustrating the present invention, and thus the scope of the present invention is not construed as being limited by these embodiments.

실시예 1. 자성비드에 비스파틴의 고정Example 1 Fixation of Bispartin in Magnetic Beads

비스파틴(visfatin, Adipogen Inc.)과 자성비드(M-280 Tosylactivated magnetic beads, Dynal Biotech ASA, Norway)를 버퍼용액(0.1 M borate buffer, pH 9.5)에 넣고 상온에서 48시간 반응시켰다. 비스파틴이 결합된 자성비드는 자석을 이용해서 분리가 가능하며, 동일한 버퍼용액으로 비드를 세척하여 결합하지 않은 비스파틴을 제거하였다. 비스파틴이 결합된 자성비드(이하 ‘비스파틴-자성비드’)는 세척 후 0.1 %의 BSA(Bovine Serum Albumin, Sigma Co.) 용액으로 37℃에서 4시간 반응시켜 비스파틴과 결합하지 않은 토실(tosyl)기를 불활성화 시켰다. 이어 수차례 세척 후 버퍼용액(0.1 M PBS, pH 7.4)에 자성비드를 혼합하여 4℃에서 보관하였다.Bispatin (adipogen Inc.) and magnetic beads (M-280 Tosylactivated magnetic beads, Dynal Biotech ASA, Norway) were added to a buffer solution (0.1 M borate buffer, pH 9.5) and reacted at room temperature for 48 hours. Magnetic beads bound to bispartin can be separated using a magnet, and the unbound bispartin was removed by washing the beads with the same buffer solution. Bispartin-coupled magnetic beads (hereinafter referred to as 'bispartin-magnetic beads') are not reacted with bispartin by washing at 37 ° C for 4 hours with 0.1% BSA (Bovine Serum Albumin, Sigma Co.) solution after washing. Not tosyl groups were inactivated. After washing several times, the magnetic beads were mixed with the buffer solution (0.1 M PBS, pH 7.4) and stored at 4 ° C.

실시예 2. 임의의 염기서열을 가지는 DNA pool 합성Example 2 DNA Pool Synthesis with Arbitrary Sequences

76mer DNA pool로서 양 끝에 PCR을 위한 프라이머 영역(primer region)이 있고 중앙에 40개의 임의의 염기를 가진 DNA pool을 아래와 같은 방법으로 합성하였다. 본 발명에 사용된 DNA pool은 Genotech Inc.(Korea)에서 화학적으로 합성을 의뢰하였다.As a 76mer DNA pool, a primer region for PCR at both ends and a DNA pool having 40 random bases in the center were synthesized as follows. The DNA pool used in the present invention was commissioned chemically from Genotech Inc. (Korea).

ATACCAGCTTATTCAATT-N40-AGATAGTAAGTGCAATCTATACCAGCTTATTCAATT-N40-AGATAGTAAGTGCAATCT

실시예 3. 비스파틴과 결합한 DNA 앱타머의 선별Example 3 Screening of DNA Aptamers Bound to Bispartin

실시예 2에서 합성된 랜덤 DNA pool을 비스파틴이 고정되어 있는 자성비드(비스파틴-자성비드)와 함께 버퍼용액(20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 5 mM KCl, 1 mM CaCl2 and 0.02% Tween 20)에 넣고 혼합하여 30분간 상온에서 반응시킨 후, 비스파틴과 결합하지 않은 DNA를 제거하기 위해 상기 혼합액이 들어있는 튜브를 자석에 고정시켜서 비스파틴과 결합하지 않은 DNA를 제거하고, 결합력이 약한 DNA를 제거하기 위해 버퍼용액으로 5회 세척하였다. 비스파틴과 결합한 DNA를 용리하기 위하여 튜브를 80℃에서 5분간 두어 DNA를 자성비드로부터 분리시킨 다음 에탄올 침전법으로 용리된 DNA를 확보하였다. 이렇게 얻어진 비스파틴에 결합하는 DNA의 양을 측정하였다. 도 2에서, eluted ssDNA가 각각의 선별단계(selection round)에서 얻어진 비스파틴에 결합하는 DNA의 양을 보여준다.The random DNA pool synthesized in Example 2 was mixed with bispartin-fixed magnetic beads (bispartin-magnetic beads) (20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM NaCl, 2 mM MgCl 2). , 5 mM KCl, 1 mM CaCl 2 and 0.02% Tween 20), mixed, and reacted at room temperature for 30 minutes. The tube containing the mixed solution was fixed to a magnet to remove DNA not bound to bispatin. DNA that did not bind to bispartin was removed and washed five times with buffer solution to remove weak binding DNA. In order to elute the DNA bound to bispartin, the tube was placed at 80 ° C. for 5 minutes to separate the DNA from the magnetic beads, and the eluted DNA was obtained by ethanol precipitation. The amount of DNA bound to bispartin thus obtained was measured. In FIG. 2, the amount of DNA that eluted ssDNA binds to bispartin obtained in each selection round is shown.

실시예 4. 비스파틴과 결합 가능한 DNA 앱타머 pool의 제조Example 4 Preparation of DNA Aptamer Pool Binding to Bispartin

비스파틴 결합 특이적인 DNA의 양을 늘리기 위해 이미 알고 있는 프라이머 영역을 이용하여 PCR을 수행하였다. PCR 생산물은 이중가닥 DNA이므로 이를 단일가닥으로 분리하는 과정을 위하여, 하기와 같이 하나의 프라이머에는 플루오레세인(fluorescein, FP)을 고정하였다.PCR was performed using known primer regions to increase the amount of bispartin binding specific DNA. PCR products are double-stranded DNA, so in order to separate them into single-stranded, fluorescein (FP) was fixed to one primer as follows.

forward FP-fluorescein-ATACCAGCTTATTCAATTforward FP-fluorescein-ATACCAGCTTATTCAATT

reverse RP-AGATTGCACTTACTATCTreverse RP-AGATTGCACTTACTATCT

PCR 반응물을 정제키트(purification kit)를 이용하여 정제한 후 이중가닥의 DNA를 단일가닥으로 만들기 위해 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동을 실시하였다. 10%의 폴리아크릴아마이드 겔에는 6 M의 요소(urea), 20%의 포름아마이드가 포함되어 있어 전기영동 후에는 두 개의 밴드가 생기는데, 이는 전기영동 과정에서 두 가닥의 DNA가 변성되어 플루오레세인이 붙어있는 DNA 가닥은 위에, 붙어있지 않은 DNA 가닥은 아래에 각각 위치하게 된다. The PCR reaction was purified using a purification kit and then polyacrylamide gel electrophoresis was performed to make double-stranded DNA into single strands. The 10% polyacrylamide gel contains 6 M of urea and 20% formamide, resulting in two bands after electrophoresis, in which two strands of DNA are denatured during electrophoresis. The attached DNA strands are on top and the unattached DNA strands are on bottom.

플루오레세인이 붙어 있는 DNA 밴드를 잘라내어 겔 추출(gel extraction)을 실시한 후 다시 에탄올 침전법으로 분리된 DNA를 확보하였다. 이 때 확보된 DNA pool은 다시 처음의 비스파틴이 고정되어 있는 자성비드 용액과 혼합하여 비스파틴과 반응시켰다. 이러한 과정의 모식도를 도 1에 나타내었고, 일련의 과정(FluMag- SELEX process)을 한 번의 선별(selection)이라 하면 총 7번의 선별과정을 거쳐 최종적으로 90% 이상이 비스파틴에 결합하는 DNA pool을 얻었다. 3번째와 7번째 선별 후에는 각각 HSA(human serum albumin, Sigma Co.), BSA(Bovine Serum Albumin, Sigma Co.)와 다른 에디포카인인 아디포넥틴(adiponectin, Adipogen Inc.), 비스파틴(Retinol Binding Protein 4, Adipogen Inc.)로 counter selection을 실시함으로써 비특이적으로 결합하는 DNA를 차단하고 비스파틴에만 높은 친화도를 가지고 특이적으로 결합하는 DNA pool을 확보하였다. 도 2에서 각각의 선별(selection)에서 비스파틴이 고정된 자성비드로부터 용리된 ssDNA의 퍼센트를 제시하였다.DNA bands with fluorescein were cut out and subjected to gel extraction to obtain DNA separated by ethanol precipitation. At this time, the secured DNA pool was reacted with bispartin by mixing with the first bead-fixed magnetic bead solution. A schematic diagram of this process is shown in FIG. 1, and a series of processes (FluMag-SELEX process) is one selection, and a total of seven selection processes result in a DNA pool in which 90% or more finally binds to bispartin. Got. After the 3rd and 7th screening, HSA (human serum albumin, Sigma Co.), BSA (Bovine Serum Albumin, Sigma Co.) and other edupokines, adiponectin (adipogen Inc.) and bispartin (Retinol, respectively) Counter selection with Binding Protein 4, Adipogen Inc.) blocked DNA that binds nonspecifically and secured a DNA pool that specifically binds to bispatin with high affinity. In FIG. 2 the percentage of ssDNA eluted from bispartin-fixed magnetic beads in each selection is shown.

최종적으로 얻어진 DNA pool을 TOPO 클로닝 키트(Invitrogen)를 이용하여 클로닝하고 얻어진 콜로니로부터 DNA를 추출하여 염기분석을 시행한 결과, 비스파틴에 특이적으로 결합하는 서로 다른 36종의 핵산 구조체(DNA 앱타머)를 확보하였다.Finally, the DNA pool was cloned using a TOPO cloning kit (Invitrogen), and DNA was extracted from the colonies, and then subjected to basic analysis. As a result, 36 different nucleic acid constructs specifically binding to bispartin (DNA apps Tamers).

실시예 5. 비스파틴과 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머의 특성 분석Example 5. Characterization of DNA Aptamers Specific to Bispatin

비스파틴에 높은 친화도를 가지고 특이적으로 결합하는 서로 다른 36종의 DNA의 염기서열을 분석한 결과를 하기 표 1에 제시하였다. 또한 이 36종의 비스파틴 앱타머의 2차 구조를 m-fold 프로그램을 이용하여 예측한 결과를 도 3 내지 도 38에 나타내었다.Table 1 shows the results of analyzing the base sequences of 36 different DNAs that specifically bind to bispatin with high affinity. 3 to 38 show the results of predicting the secondary structure of the 36 bispartin aptamers using the m-fold program.

[표 1-1]. 비스파틴에 높은 친화도를 가지고 특이적으로 결합하는 서로 다른 36종의 DNA 앱타머 염기서열TABLE 1-1. 36 different DNA aptamer sequences that specifically bind to bispatin with high affinity

Figure 112008081848517-pat00001
Figure 112008081848517-pat00001

[표 1-2]. TABLE 1-2.

Figure 112008081848517-pat00002
Figure 112008081848517-pat00002

비스파틴에 강하게 결합하는 36종의 앱타머들이 다른 혈중 단백질에는 결합 하지 않고 오직 비스파틴에만 특이적으로 결합한다는 것을 보여주는 실험을 실시하였다. 비스파틴은 원래 에디포카인 중의 하나이므로 비스파틴 앱타머가 비스파틴 에만 특이적으로 결합하는 것을 보여주기 위한 가장 좋은 대조군으로서 또 다른 에디포카인인 아디포넥틴과 비스파틴, 그리고 HSA가 사용되었다.Experiments were conducted to show that 36 aptamers that bind strongly to bispartin bind specifically to bispartin but not to other blood proteins. Since bispartin is one of the edipocaines, the best control to show that bispartin aptamer specifically binds only to bispartin was another adipokine, adiponectin, bispartin, and HSA. .

이를 위하여 자기공명장치인 SPR(Surface Plasmon Resonance) 장치를 이용하였다. 먼저 50 mM의 3,3’-dithiodipropionic acid로 금 칩(bare gold chip)의 표면에 카르복실기(COOH group)를 만든 다음 EDC/NHS (N-ethyl-N'-(dimethylaminopropyl)carbodiimide; EDC/Sigma Co. 및 N-hydroxysuccinimid; NHS/Fluka)를 이용하여 Self Assenmbly Monolayer를 형성시켰다. 그 위에 스트렙타비딘을 고정시키고 바이오틴이 붙어있는 각각의 앱타머를 1 μM으로 코팅시켰다. 여기에 1 μM의 비스파틴, 아디포넥틴, 비스파틴, HSA를 버퍼용액(20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 5 mM KCl, 1 mM CaCl2 and 0.02% Tween 20)안에서 각각 30분간 반응시킨 후 같은 버퍼용액으로 결합하지 않은 단백질을 씻어내었다. 최종적으로 SPR 결과를 분석하여 비스파틴 앱타머가 다른 단백질들보다 비스파틴에 월등하게 잘 결합하는 것을 확인할 수 있다. 이에 대한 결과로서, 결합력이 가장 우수한 No. 19 앱타머의 결합력 실험 결과를 도 39에 제시하였다.For this purpose, SPR (Surface Plasmon Resonance) device was used. First, a carboxyl group (COOH group) is formed on the surface of a bare gold chip with 50 mM 3,3'-dithiodipropionic acid, and then EDC / NHS (N-ethyl-N '-(dimethylaminopropyl) carbodiimide; EDC / Sigma Co And N-hydroxysuccinimid; NHS / Fluka) to form Self Assenmbly Monolayer. Streptavidin was immobilized thereon and each aptamer with biotin was coated with 1 μM. 1 μM of bispartin, adiponectin, bispartin, HSA was added to the buffer solution (20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM NaCl, 2 mM MgCl 2 , 5 mM KCl, 1 mM CaCl 2 and 0.02%). After reaction for 30 minutes in Tween 20), the unbound protein was washed out with the same buffer solution. Finally, SPR results can be analyzed to confirm that bispartin aptamer binds to bispatin better than other proteins. As a result of this, the No. The binding force test results of 19 aptamers are shown in FIG. 39.

실시예 6. 비스파틴과 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머의 특이성 및 결합력 분 석Example 6 Analysis of Specificity and Avidity of DNA Aptamers Specific to Bispatin

비스파틴에 특이적으로 결합하는 서로 다른 36종의 앱타머 중에서 특이성 및 결합력이 가장 높은 No.19 앱타머에 대한 비스파틴과의 결합 분석(binding assay)을 실시하였다. 실시예 5에서와 동일한 방법으로, 금 칩에 100 nM로 앱타머를 고정시킨 후 25 nM부터 400 nM의 서로 다른 농도의 비스파틴을 버퍼용액(20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 5 mM KCl, 1 mM CaCl2 and 0.02% Tween 20)에서 30분간 반응시켰다. 해리상수를 구하기 위해서 각각의 반응 정도는 비선형 회귀법과 단일 부위 포화형 리간드 결합법으로 Sigmaplot 10.0을 이용하여 plotting되었고, 여기에 y=Bmax* X/Kd + X 식이 이용되었다(y는 포화도, Bmax는 최대 결합 위치, Kd는 해리상수, X 는 결합하지 않은 비스파틴).Among 36 different aptamers that specifically bind to bispartin, binding assays with bispartin were performed on No. 19 aptamers having the highest specificity and avidity. In the same manner as in Example 5, the aptamer was immobilized at 100 nM on the gold chip, and then bispartin at different concentrations from 25 nM to 400 nM was added to the buffer solution (20 mM Tris-Cl buffer, pH 7.6 contained 100 mM). NaCl, 2 mM MgCl 2 , 5 mM KCl, 1 mM CaCl 2 and 0.02% Tween 20) for 30 minutes. To obtain the dissociation constants, each reaction degree was plotted using Sigmaplot 10.0 for nonlinear regression and single site saturation ligand binding. Maximum binding position, Kd is dissociation constant, X is unbound bispartin).

그 결과로, No.19 앱타머의 Kd 값이 123.5±28.9 nM 로서 비스파틴과 매우 강력하게 결합하는 것이 확인되었고 이에 대한 분석 데이타를 도 40a 내지 도 40c에 제시하였다.As a result, it was confirmed that the Kd value of No. 19 aptamer was very strongly bound to bispatin as 123.5 ± 28.9 nM, and analytical data thereof is shown in FIGS. 40A to 40C.

이상 설명한 바와 같이, 본 발명에 따르면 비스파틴에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 이용하면 기존에 사용되고 있는 항체 기반 분석보다 더 민감하고 정확하게 혈중 비스파틴의 농도를 측정할 수 있을 것으로 기대되며, 또한 상기 DNA 앱타머는 항체에 비해 생산비용이 적고 표면에 고정화하기가 쉬우므로 바이오센서 칩 제작에 유리하다. 따라서 이러한 비스파틴에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머를 이용하여 혈중 비스파틴 농도를 민감하고 정확하게 측정할 수 있는 바이오센서 개발하면 2형 당뇨의 진단의 정확성을 증가시키는데 도움을 줄 수 있을 것으로 기대된다.As described above, according to the present invention, the use of a DNA aptamer that specifically binds to bispartin is expected to measure the concentration of bispartin in blood more sensitively and accurately than the antibody-based assays used in the prior art. In addition, the DNA aptamer has a lower production cost than the antibody and is easy to be immobilized on the surface, which is advantageous for producing a biosensor chip. Therefore, the development of a biosensor capable of sensitively and accurately measuring the level of bispartin in the blood using DNA aptamers that can specifically bind to bispartin may help increase the accuracy of diagnosis of type 2 diabetes. It is expected.

도 1은 본 발명에 따른 비스파틴에 특이적으로 결합하는 핵산 구조체 앱타머의 개발을 위한 FluMag-SELEX process 모식도이다.1 is a schematic diagram of a FluMag-SELEX process for the development of a nucleic acid construct aptamer specifically binding to bispartin according to the present invention.

도 2는 본 발명에 따른 SELEX process 중 각 selection의 ssDNA pool에서 비스파틴에 결합하는 ssDNA의 비율 증가도이다.Figure 2 is an increase in the ratio of ssDNA binding to bispartin in the ssDNA pool of each selection in the SELEX process according to the present invention.

도 3 내지 도 38은 본 발명에 따른 비스파틴에 특이적으로 결합하는 36종의 핵산 구조체 앱타머의 염기서열을 웹서버 기반의 m-fold 프로그램을 이용하여 분석한 DNA 앱타머 2차 구조 모식도이다.3 to 38 are schematic diagrams of DNA aptamer secondary structures of 36 nucleic acid construct aptamers specifically binding to bispartin according to the present invention using a web server-based m-fold program. to be.

도 39는 본 발명에 따른 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머인 No.19의 다른 에디포카인 및 HSA에 대한 특이성 분석 결과이다.FIG. 39 shows the results of specificity analysis for other edipocaine and HSA of No. 19, a DNA aptamer specifically binding to bispartin according to the present invention. FIG.

도 40은 본 발명에 따른 결합 특이성이 가장 큰 No.19 앱타머의 비스파틴과의 결합분석(binding assay) 결과이다.40 shows the result of binding assay with bispartin of No. 19 aptamer having the largest binding specificity according to the present invention.

<110> Korea University Industrial & Academic Collaboration Foundation <120> DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production method thereof <160> 36 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 1 ataccagctt attcaattgg ccagggtcag ggcagtagga tatgctgggg acgggcgtga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 2 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 2 ataccagctt attcaattac gtagtcaacg ttgatactgc cactcgtgga tctgcggtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 3 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 3 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtccag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 4 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 4 ataccagctt attcaattgt aggtggcaac aggcggcccg ctaatagtat tgtatgtgca 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 5 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 5 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcaggctggt gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 6 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 6 ataccagctt attcaattgg aggcgggtac ggttccgatg tatggctggg gtcgtgtcga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 7 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 7 ataccagctt attcaattat caggctgccc caatgtccgt ttgtcatgct ccagttggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 8 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 8 ataccagctt attcaattgg cagcgatacg atggcggata taaggtgggg tgggcgtgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 9 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 9 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtcgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 10 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 10 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 11 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 11 ataccagctt attcaattgg gcacggcgag tgagcaatgg ttagggctgg gcgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 12 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 12 ataccagctt attcaattga cagcgatacg gtggcggata taaggtgggg tgggcgtgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 13 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 13 ataccagctt attcaattgg gcaggacagg tgtcggcttg ataggctggg gtgtgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 14 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 14 ataccagctt attcaattag tcgtgtgtgc tgatcggtgg gcgcggatac ccccttggta 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 15 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 15 ataccagctt attcaattgg gcgggacaag tgtcggcttg ataggctggg gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 16 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 16 ataccagctt attcaattgc ggggacgaac ggactgcaca ttgcatatgg tggcgtcaag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 17 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 17 ataccagctt attcaattgg cgtcatatac agtaccgacg acgttgtcac cgacttatag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 18 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 18 ataccagctt attcaattgg ggcgggacag gtgtcggctt gataggctgg ggtgtgtgga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 19 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 19 ataccagctt attcaattgg ggcagcggca caatggcgga aggtgggtat gggtcgtgga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 20 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 20 ataccagctt attcaattgg ttgtgttatg ccaccctact gcatcactat atcagcctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 21 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 21 ataccagctt attcaattgt ggtgcaacgg tcacatatca cgacgggtcc cgcagcctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 22 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 22 ataccagctt attcaattgg gcacgttgcg gggtcgatga tatgctggga cgcggtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 23 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 23 ataccagctt attcaattac acgcgatgac attgttgccg cccgaccctg ccgtgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 24 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 24 ataccagctt attcaattac acaccgagac cgcacttgta ctccctagcc gcctccgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 25 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 25 ataccagctt attcaattac ataccgagac cgcacttgta ctcccgtcgc atgttatgta 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 26 <211> 75 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 26 ataccagctt attcaattac tacacgtgtg ttaggtccat acagcggcgc gtccatcgag 60 atagtaagtg caatc 75 <210> 27 <211> 74 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 27 ataccagctt attcaattgg gagggtggcg ggtaggtggt ggtggtgtgt gtgcccagat 60 agtaagtgca atct 74 <210> 28 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 28 ataccagctt attcaattac agtagtaagg ggtccgtcgt ggggtagttg ggtcgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 29 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 29 ataccagctt attcaattgg gtacgtatga ccatcacagc tctatcctac acccctctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 30 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 30 ataccagctt attcaattac ggacggcaca cagtgtacag tcacctgcat cggcgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 31 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 31 ataccagctt attcaattat atgcggccca tcacctacca gctgtgttgt ttgcccctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 32 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 32 ataccagctt attcaattca ctcgagcgaa gtgttgttat gtccctttac cgcgatgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 33 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 33 ataccagctt attcaattac agtagtgagg ggtccgtcgt ggggtagttg ggtcgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 34 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 34 ataccagctt attcaattcg agtacacgag ccatggatca cacccgtctg tttggtcgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 35 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 35 ataccagctt attcaattcc acgcgcctat ccaccacaga tcatcattcc gtgcatgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 36 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 36 ataccagctt attcaattgt acgatgacca ggccttccac gctccattca tccgttgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <110> Korea University Industrial & Academic Collaboration Foundation <120> DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production          method <160> 36 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 1 ataccagctt attcaattgg ccagggtcag ggcagtagga tatgctgggg acgggcgtga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 2 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 2 ataccagctt attcaattac gtagtcaacg ttgatactgc cactcgtgga tctgcggtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 3 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 3 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtccag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 4 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 4 ataccagctt attcaattgt aggtggcaac aggcggcccg ctaatagtat tgtatgtgca 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 5 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 5 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcaggctggt gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 6 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 6 ataccagctt attcaattgg aggcgggtac ggttccgatg tatggctggg gtcgtgtcga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 7 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 7 ataccagctt attcaattat caggctgccc caatgtccgt ttgtcatgct ccagttggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 8 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 8 ataccagctt attcaattgg cagcgatacg atggcggata taaggtgggg tgggcgtgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 9 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 9 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtcgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 10 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 10 ataccagctt attcaattac gggcgggtcg acgtacgatt gcgggctggt gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 11 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 11 ataccagctt attcaattgg gcacggcgag tgagcaatgg ttagggctgg gcgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 12 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 12 ataccagctt attcaattga cagcgatacg gtggcggata taaggtgggg tgggcgtgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 13 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 13 ataccagctt attcaattgg gcaggacagg tgtcggcttg ataggctggg gtgtgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 14 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 14 ataccagctt attcaattag tcgtgtgtgc tgatcggtgg gcgcggatac ccccttggta 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 15 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 15 ataccagctt attcaattgg gcgggacaag tgtcggcttg ataggctggg gtgtgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 16 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 16 ataccagctt attcaattgc ggggacgaac ggactgcaca ttgcatatgg tggcgtcaag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 17 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 17 ataccagctt attcaattgg cgtcatatac agtaccgacg acgttgtcac cgacttatag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 18 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 18 ataccagctt attcaattgg ggcgggacag gtgtcggctt gataggctgg ggtgtgtgga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 19 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 19 ataccagctt attcaattgg ggcagcggca caatggcgga aggtgggtat gggtcgtgga 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 20 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 20 ataccagctt attcaattgg ttgtgttatg ccaccctact gcatcactat atcagcctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 21 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 21 ataccagctt attcaattgt ggtgcaacgg tcacatatca cgacgggtcc cgcagcctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 22 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 22 ataccagctt attcaattgg gcacgttgcg gggtcgatga tatgctggga cgcggtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 23 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 23 ataccagctt attcaattac acgcgatgac attgttgccg cccgaccctg ccgtgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 24 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 24 ataccagctt attcaattac acaccgagac cgcacttgta ctccctagcc gcctccgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 25 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 25 ataccagctt attcaattac ataccgagac cgcacttgta ctcccgtcgc atgttatgta 60 gatagtaagt gcaatct 77 <210> 26 <211> 75 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 26 ataccagctt attcaattac tacacgtgtg ttaggtccat acagcggcgc gtccatcgag 60 atagtaagtg caatc 75 <210> 27 <211> 74 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 27 ataccagctt attcaattgg gagggtggcg ggtaggtggt ggtggtgtgt gtgcccagat 60 agtaagtgca atct 74 <210> 28 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 28 ataccagctt attcaattac agtagtaagg ggtccgtcgt ggggtagttg ggtcgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 29 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 29 ataccagctt attcaattgg gtacgtatga ccatcacagc tctatcctac acccctctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 30 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 30 ataccagctt attcaattac ggacggcaca cagtgtacag tcacctgcat cggcgtgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 31 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 31 ataccagctt attcaattat atgcggccca tcacctacca gctgtgttgt ttgcccctag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 32 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 32 ataccagctt attcaattca ctcgagcgaa gtgttgttat gtccctttac cgcgatgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 33 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 33 ataccagctt attcaattac agtagtgagg ggtccgtcgt ggggtagttg ggtcgtggag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 34 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 34 ataccagctt attcaattcg agtacacgag ccatggatca cacccgtctg tttggtcgag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 35 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 35 ataccagctt attcaattcc acgcgcctat ccaccacaga tcatcattcc gtgcatgtag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 36 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer <400> 36 ataccagctt attcaattgt acgatgacca ggccttccac gctccattca tccgttgtag 60 atagtaagtg caatct 76  

Claims (10)

서열번호 1 내지 32, 및 34 내지 36 중 어느 하나의 염기서열을 갖는 DNA 앱타머를 포함하는 비스파틴(visfatin) 검출용 조성물.Bispartin (visfatin) detection composition comprising a DNA aptamer having any one of SEQ ID NO: 1 to 32, and 34 to 36. 삭제delete 하기 단계를 포함하고 서열번호 1 내지 32, 및 34 내지 36 중 어느 하나의 염기서열을 갖는 비스파틴(visfatin)에 특이적으로 결합 가능한 DNA 앱타머의 제조방법:Method for preparing a DNA aptamer specifically bindable to visfatin (visfatin) having the base sequence of any one of SEQ ID NOS: 1 to 32, and 34 to 36, including the following steps: a) 비스파틴과 자성비드(magnetic beads)를 붕산염(borate) 버퍼용액에서 반응시켜 공유결합을 유도하는 단계;a) reacting bispartin and magnetic beads in a borate buffer solution to induce covalent bonds; b) 양 끝에 PCR용 프라이머 영역을 포함하고 중앙에 30-50개의 임의의 염기를 가지는 DNA pool과 상기 공유결합으로 얻은 비스파틴-자성비드를 버퍼용액에서 혼합하여 상온에서 결합을 유도하는 단계;b) inducing binding at room temperature by mixing a bispartin-magnetic bead obtained by the covalent bond with a DNA pool having a primer base for PCR at both ends and having 30-50 random bases in the center; c) 상기 비스파틴-자성비드에 결합된 DNA를 자석을 이용하여 분리하는 단계;c) separating the DNA bound to the bispartin-magnetic beads using a magnet; d) 상기 분리된 비스파틴-자성비드로부터 DNA를 분리하는 단계; 및d) separating DNA from the separated bispartin-magnetic beads; And e) 상기 PCR용 프라이머 영역에 상보적인 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행함으로써 비스파틴에 특이적으로 결합하는 DNA를 증폭시키는 단계.e) amplifying the DNA specifically binding to bispartin by performing PCR using a primer pair complementary to the PCR primer region. 제 3항에 있어서, 상기 a)단계의 공유결합은 비스파틴의 아미노기(amino group)와 자성비드의 토실기(tosyl group)의 공유결합인 것을 특징으로 하는 방법.The method of claim 3, wherein the covalent bond of step a) is a covalent bond between an amino group of bispartin and a tosyl group of magnetic beads. 제 3항에 있어서, 상기 a)단계 후, 공유결합된 비스파틴-자성비드에서 비스파틴과 결합하지 않은 자성비드의 토실기를 BSA(Bovine Serum Albumin) 용액으로 35-40℃에서 3-5시간 동안 불활성화 시키는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.According to claim 3, After the step a), the tosyl group of the magnetic beads in the covalently bonded bispartin-magnetic beads not bound to the bispatin 3- at 35-40 ° C with Bovine Serum Albumin (BSA) solution Inactivating for five hours. 제 3항에 있어서, 상기 d)단계에서 DNA의 분리는 70-90℃에서 3-10분간 두어 DNA를 비스파틴-자성비드로부터 분리하는 것을 특징으로 하는 방법.4. The method of claim 3, wherein the separation of DNA in step d) is performed at 70-90 ° C. for 3-10 minutes to separate DNA from bispartin-magnetic beads. 제 3항에 있어서, 상기 e)단계에서 프라이머 쌍 중 하나에 플루오레세인(fluorescein)이 붙여진 프라이머를 사용하여 PCR을 수행한 후, 전기영동을 통해 상기 플루오레세인에 의해 변성된 단일가닥 DNA를 분리하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.The method of claim 3, wherein the PCR is performed using a primer to which fluorescein is attached to one of the primer pairs in step e), and then the single-stranded DNA denatured by the fluorescein is subjected to electrophoresis. Further comprising the step of separating. 서열번호 1 내지 32, 및 34 내지 36 중 어느 하나의 염기서열을 갖는 DNA 앱타머를 포함하는 제 2형 당뇨병 진단용 조성물.A composition for diagnosing type 2 diabetes, comprising a DNA aptamer having any one of SEQ ID NOs: 1 to 32, and 34 to 36. 삭제delete 제 8항에 있어서, 상기 제 2형 당뇨병은 서열번호 1 내지 32, 및 34 내지 36 중 어느 하나의 염기서열을 갖는 DNA 앱타머에 결합하는 혈중 비스파틴의 수준을 측정함으로서 진단하는 것을 특징으로 하는 조성물.The method of claim 8, wherein the type 2 diabetes is diagnosed by measuring the level of bispartin in the blood binding to the DNA aptamer having any one of SEQ ID NO: 1 to 32, and 34 to 36 Composition.
KR1020080118722A 2008-11-27 2008-11-27 DNA aptamers binding to visfatin with specificity and production method thereof KR101086026B1 (en)

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