JPWO2021216556A5 - - Google Patents
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Description
均等物
本開示は、その精神または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。したがって、前述の実施形態は、本開示を限定するものではなく、あらゆる点において例示的であると見なされるべきである。したがって、本開示の範囲は、前述の説明によってではなく添付の特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲の意味及び均等の範囲内に入るすべての変更は、本明細書に含まれることが意図される。
本発明の態様には、以下が含まれる。
[項1] センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子であって、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、前記分子。
[項2] 前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つに記載のMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、項1に記載のdsRNA。
[項3] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列の少なくとも10、11、12、または13の連続ヌクレオチドに対する相補性を含む、項1に記載のdsRNA。
[項4] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列との3つ以下のミスマッチを含む、項1または3に記載のdsRNA。
[項5] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列に対する完全な相補性を含む、項1に記載のdsRNA。
[項6] 前記アンチセンス鎖が、約15ヌクレオチド~25ヌクレオチド長を含む、項1~5のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項7] 前記センス鎖が、約15ヌクレオチド長~25ヌクレオチド長を含む、項1~6のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項8] 前記アンチセンス鎖が、20ヌクレオチド長である、項1~7のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項9] 前記アンチセンス鎖が、21ヌクレオチド長である、項1~7のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項10] 前記アンチセンス鎖が、22ヌクレオチド長である、項1~7のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項11] 前記センス鎖が、15ヌクレオチド長である、項1~10のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項12] 前記センス鎖が、16ヌクレオチド長である、項1~10のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項13] 前記センス鎖が、18ヌクレオチド長である、項1~10のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項14] 前記センス鎖が、20ヌクレオチド長である、項1~10のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項15] 15塩基対~20塩基対の二本鎖領域を含む、項1~14のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項16] 15塩基対の二本鎖領域を含む、項1~15のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項17] 16塩基対の二本鎖領域を含む、項1~15のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項18] 18塩基対の二本鎖領域を含む、項1~15のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項19] 20塩基対の二本鎖領域を含む、項1~15のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項20] 前記dsRNAが、平滑末端を含む、項1~19のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項21] 前記dsRNAが、少なくとも1つの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項1~20のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項22] 前記dsRNAが、約2ヌクレオチド~5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項21に記載のdsRNA。
[項23] 前記dsRNAが、2ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項21に記載のdsRNA。
[項24] 前記dsRNAが、5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項21に記載のdsRNA。
[項25] 前記dsRNAが、天然に存在するヌクレオチドを含む、項1~24のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項26] 前記dsRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む、項1~24のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項27] 前記修飾ヌクレオチドが、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ-2’-フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、2’-アミノ修飾ヌクレオチド、2’-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホルアミデート、ヌクレオチドを含む非天然塩基、またはそれらの混合物を含む、項26に記載のdsRNA。
[項28] 前記dsRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、項1~27のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項29] 前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項28に記載のdsRNA。
[項30] 4~16のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項1~29のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項31] 8~13のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項1~29のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項32] 前記dsRNAが、式Iの少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、項1~28のいずれか一項に記載のdsRNA:
Bは、塩基対部分であり;
Wは、O、OCH
2
、OCH、CH
2
、及びCHからなる群から選択され;
Xは、ハロ、ヒドロキシ、及びC
1-6
アルコキシからなる群から選択され、
Yは、O
-
、OH、OR、NH
-
、NH
2
、S
-
、及びSHからなる群から選択され、
Zは、O及びCH
2
からなる群から選択され;
Rは、保護基であり、
[項33] 前記dsRNAが、少なくとも80%の化学修飾ヌクレオチドを含む、項1~32のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項34] 前記dsRNAが、完全化学修飾されている、項1~33のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項35] 前記dsRNAが、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項1~33のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項36] 前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項1~33のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項37] 前記アンチセンス鎖が、70%~90%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項36に記載のdsRNA。
[項38] 前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項1~33のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項39] 前記センス鎖が、100%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項38に記載のdsRNA。
[項40] 前記センス鎖が、前記アンチセンス鎖と前記センス鎖との間に1つ以上のヌクレオチドミスマッチを含む、項1~39のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項41] 前記1つ以上のヌクレオチドミスマッチが、センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、項40に記載のdsRNA。
[項42] 前記のヌクレオチドミスマッチが、前記センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、項40に記載のdsRNA。
[項43] 前記アンチセンス鎖が、5’リン酸、5’-アルキルホスホネート、5’アルキレンホスホネート、または5’アルケニルホスホネートを含む、項1~42のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項44] 前記アンチセンス鎖が、5’ビニルホスホネートを含む、項43に記載のdsRNA。
[項45] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(7)前記センス鎖の5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項46] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項47] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも85%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項48] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項49] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項50] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、6位、14位、及び16位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、9位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項51] アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有する、項1に記載のdsRNAであって、
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、前記dsRNA。
[項52] 機能部分が、前記アンチセンス鎖の前記5’末端及び/または3’末端に連結されている、項1~51のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項53] 機能部分が、前記センス鎖の前記5’末端及び/または3’末端に連結されている、項1~51のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項54] 機能部分が、前記センス鎖の前記3’末端に連結されている、項1~51のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項55] 前記機能部分が、疎水性部分を含む、項52~54のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項56] 前記疎水性部分が、脂肪酸、ステロイド、セコステロイド、脂質、ガングリオシド、ヌクレオシド類似体、エンドカンナビノイド、ビタミン、及びそれらの混合物からなる群から選択される、項55に記載のdsRNA。
[項57] 前記ステロイドが、コレステロール及びリトコール酸(LCA)からなる群から選択される、項56に記載のdsRNA。
[項58] 前記脂肪酸が、エイコサペンタエン酸(EPA)、ドコサヘキサエン酸(DHA)、及びドコサン酸(DCA)からなる群から選択される、項56に記載のdsRNA。
[項59] 前記ビタミンが、コリン、ビタミンA、ビタミンE、及び誘導体、またはそれらの代謝物からなる群から選択される、項56に記載のdsRNA。
[項60] 前記ビタミンが、レチノイン酸及びコハク酸アルファ-トコフェロールからなる群から選択される、項59に記載のdsRNA。
[項61] 前記機能部分が、リンカーにより前記アンチセンス鎖及び/またはセンス鎖に連結されている、項54~60のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項62] 前記リンカーが、二価または三価のリンカーを含む、項61に記載のdsRNA。
[項63] 前記二価または三価のリンカーが、
[項64] 前記リンカーが、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、アミド、カルバメート、またはそれらの組み合わせを含む、項61または62に記載のdsRNA。
[項65] 前記リンカーが、三価リンカーである場合、前記リンカーは、ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体をさらに連結する、項62または63に記載のdsRNA。
[項66] 前記ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体が、以下からなる群から選択される、項65に記載のdsRNA:
[項67] センス鎖の前記3’末端から1位及び2位の前記ヌクレオチド、及びアンチセンス鎖の前記5’末端から1位及び2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエート結合を介して隣接するリボヌクレオチドに結合される、項1~66のいずれか一項に記載のdsRNA。
[項68] 項1~67のいずれか一項に記載のdsRNA及び薬学的に許容される担体を含む、生物におけるMSH3遺伝子の発現を阻害するための医薬組成物。
[項69] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害する、項68に記載の医薬組成物。
[項70] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも80%阻害する、項68に記載の医薬組成物。
[項71] 細胞におけるMSH3遺伝子の発現を調節するための方法であって、
(a)項1~67のいずれか一項に記載の二本鎖リボ核酸(dsRNA)を前記細胞に導入するステップと;
(b)ステップ(a)で産生された前記細胞を、前記MSH3遺伝子の前記mRNA転写物の分解を得るのに十分な時間維持し、それによって前記細胞中の前記MSH3遺伝子の発現を阻害することと、を含む、前記方法。
[項72] 神経変性疾患を治療または管理する方法であって、こうした治療を必要とする患者に、治療有効量の項1~67のいずれか一項に記載のdsRNAを投与することを含む、前記方法。
[項73] 前記dsRNAが、前記患者の脳に投与される、項72に記載の方法。
[項74] 前記dsRNAが、脳・脳室内(ICV)注射、線条体内(IS)注射、静脈内(IV)注射、皮下(SQ)注射、またはそれらの組み合わせによって投与される、項72に記載の方法。
[項75] 前記dsRNAを投与することは、海馬、線条体、皮質、小脳、視床、視床下部、及び脊髄のうちの1つ以上において、MSH3遺伝子mRNAの減少を引き起こす、項72に記載の方法。
[項76] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害する、項71~75のいずれか一項に記載の方法。
[項77] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも80%阻害する、項71~75のいずれか一項に記載の方法。
[項78] 配列番号1~6及び19~30のMSH3核酸配列に実質的に相補的なdsRNA分子をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された調節配列を含むベクター。
[項79] 前記RNA分子が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも30%阻害する、項78に記載のベクター。
[項80] 前記RNA分子が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害する、項78に記載のベクター。
[項81] 前記RNA分子が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも80%阻害する、項78に記載のベクター。
[項82] 前記dsRNAが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、項78に記載のベクター。
[項83] 項78~82のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞。
[項84] 項78~82のいずれか一項に記載のベクター及びAAVキャプシドを含む、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)。
[項85] 互いに共有結合により結合されている項1~67のいずれか一項に記載のdsRNA分子の2つ以上を含む、分岐RNA化合物。
[項86] 前記dsRNA分子が、リンカー、スペーサー、または分岐点によって互いに共有結合により結合している、項85に記載の分岐RNA化合物。
[項87] 15~35ヌクレオチド長を含む2つ以上のRNA分子、及び
MSH3 mRNAに実質的に相補的な配列を含み、
前記2つのRNA分子が、リンカー、スペーサー及び分岐点から独立して選択される1つ以上の部分によって互いに結合される、分岐RNA化合物。
[項88] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、項87に記載の分岐RNA化合物。
[項89] 配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列の1つ以上に実質的に相補的な核酸配列を含む、項87に記載の分岐RNA化合物。
[項90] 前記RNA分子が、ssRNA及びdsRNAの一方または両方を含む、項87~89のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項91] 前記RNA分子が、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、項87~90のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項92] 各RNA分子が、15~25ヌクレオチド長を含む、項87~91のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項93] 各RNA分子が、センス鎖及びアンチセンス鎖を含むdsRNAを含み、各アンチセンス鎖が、独立して、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、項87~90のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項94] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列の少なくとも10、11、12、または13の連続ヌクレオチドに対する相補性を含む、項93に記載の分岐RNA化合物。
[項95] 各RNA分子が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列との3つ以下のミスマッチを含む、項93に記載の分岐RNA化合物。
[項96] 配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に対して完全な相補性を含む、項93に記載の分岐RNA化合物。
[項97] 前記アンチセンス鎖が、配列番号7~12のいずれか1つの前記核酸配列を有する部分を含む、項93~96のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項98] 前記アンチセンス鎖及び/または前記センス鎖が、約15ヌクレオチド~25ヌクレオチド長を含む、項93~97のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項99] 前記アンチセンス鎖が、20ヌクレオチド長である、項93~98のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項100] 前記アンチセンス鎖が、21ヌクレオチド長である、項93~98のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項101] 前記アンチセンス鎖が、22ヌクレオチド長である、項93~98のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項102] 前記センス鎖が、15ヌクレオチド長である、項93~101のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項103] 前記センス鎖が、16ヌクレオチド長である、項93~101のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項104] 前記センス鎖が、18ヌクレオチド長である、項93~101のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項105] 前記センス鎖が、20ヌクレオチド長である、項93~101のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項106] 前記dsRNAが、15塩基対~20塩基対の二本鎖領域を含む、項90~105のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項107] 前記dsRNAが、15塩基対の二本鎖領域を含む、項90~106のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項108] 前記dsRNAが、16塩基対の二本鎖領域を含む、項90~106のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項109] 前記dsRNAが、18塩基対の二本鎖領域を含む、項90~106のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項110] 前記dsRNAが、20塩基対の二本鎖領域を含む、項90~106のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項111] 前記dsRNAが、平滑末端を含む、項90~110のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項112] 前記dsRNAが、少なくとも1つの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項90~110のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項113] 前記dsRNAが、2ヌクレオチド~5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、項90~112のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項114] 前記dsRNAが、天然に存在するヌクレオチドを含む、項90~113のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項115] 前記dsRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む、項90~114のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項116] 前記修飾ヌクレオチドが、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ-2’-フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、2’-アミノ修飾ヌクレオチド、2’-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホルアミデート、またはヌクレオチドを含む非天然塩基を含む、項115に記載の分岐RNA化合物。
[項117] 前記dsRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、項90~116のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項118] 前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項117に記載の分岐RNA化合物。
[項119] 4~16のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項90~118のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項120] 8~13のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、項90~118のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項121] 前記dsRNAが、式(I)の少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、項90~117のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物:
Bは、塩基対部分であり;
Wは、O、OCH
2
、OCH、CH
2
、及びCHからなる群から選択され;
Xは、ハロ、ヒドロキシ、及びC
1-6
アルコキシからなる群から選択され、
Yは、O
-
、OH、OR、NH
-
、NH
2
、S
-
、及びSHからなる群から選択され、
Zは、O及びCH
2
からなる群から選択され;
Rは、保護基であり、
[項122] 前記dsRNAが、少なくとも80%の化学修飾ヌクレオチドを含む、項90~121のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項123] 前記dsRNAが、完全に化学修飾されている、項90~121のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項124] 前記dsRNAが、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項90~121のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項125] 前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項90~124のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項126] 前記アンチセンス鎖が、70%~90%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項125に記載の分岐RNA化合物。
[項127] 前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項90~124のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項128] 前記センス鎖が、100%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、項127に記載の分岐RNA化合物。
[項129] 前記センス鎖が、前記アンチセンス鎖と前記センス鎖との間に1つ以上のヌクレオチドミスマッチを含む、項93~128のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項130] 前記1つ以上のヌクレオチドミスマッチが、センス鎖の前記5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、項129に記載の分岐RNA化合物。
[項131] 前記ヌクレオチドミスマッチが、前記センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、項129に記載の分岐RNA化合物。
[項132] 前記アンチセンス鎖が、5’リン酸、5’-アルキルホスホネート、5’アルキレンホスホネート、5’アルケニルホスホネート、またはそれらの混合物を含む、項93~131のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項133] 前記アンチセンス鎖が、5’ビニルホスホネートを含む、項132に記載の分岐RNA化合物。
[項134] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項135] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項136] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも85%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項137] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項138] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項139] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、6位、14位、及び16位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、9位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項140] 前記dsRNAが、アンチセンス鎖及びセンス鎖を含み、各鎖が5’末端及び3’末端を有し、ここで:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、項90に記載の分岐RNA化合物。
[項141] 機能部分が、前記アンチセンス鎖の前記5’末端及び/または3’末端に連結されている、項93~140のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項142] 機能部分が、前記センス鎖の前記5’末端及び/または3’末端に連結されている、項93~140のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項143] 機能部分が、前記センス鎖の前記3’末端に連結されている、項93~140のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項144] 前記機能部分が、疎水性部分を含む、項141~143のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項145] 前記疎水性部分が、脂肪酸、ステロイド、セコステロイド、脂質、ガングリオシド、ヌクレオシド類似体、エンドカンナビノイド、ビタミン、及びそれらの混合物からなる群から選択される、項144に記載の分岐RNA化合物。
[項146] 前記ステロイドが、コレステロール及びリトコール酸(LCA)からなる群から選択される、項145に記載の分岐RNA化合物。
[項147] 前記脂肪酸が、エイコサペンタエン酸(EPA)、ドコサヘキサエン酸(DHA)、及びドコサン酸(DCA)からなる群から選択される、項145に記載の分岐RNA化合物。
[項148] 前記ビタミンが、コリン、ビタミンA、ビタミンE、それらの誘導体、及びそれらの代謝物からなる群から選択される、項145に記載の分岐RNA化合物。
[項149] 前記ビタミンが、レチノイン酸及びコハク酸アルファ-トコフェロールからなる群から選択される、項145に記載の分岐RNA化合物。
[項150] 前記機能部分が、リンカーにより前記アンチセンス鎖及び/またはセンス鎖に連結されている、項141~149のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項151] 前記リンカーが、二価または三価のリンカーを含む、項150に記載の分岐RNA化合物。
[項152] 前記二価または三価のリンカーが、
[項153] 前記リンカーが、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、アミド、カルバメート、またはそれらの組み合わせを含む、項150または152に記載の分岐RNA化合物。
[項154] 前記リンカーが、三価リンカーである場合、前記リンカーは、ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体をさらに連結する、項151に記載の分岐RNA化合物。
[項155] 前記ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体が、以下からなる群から選択される、項151に記載の分岐RNA化合物:
[項156] センス鎖の前記3’末端から1位及び2位の前記ヌクレオチド、及びアンチセンス鎖の前記5’末端から1位及び2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエート結合を介して隣接するリボヌクレオチドに結合される、項93~155のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
[項157] 式(I)の化合物:
Lは、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み;並びに式(I)は任意選択で、1つまたは複数の分岐点B、及び1つまたは複数のスペーサーSを含み、
Bは出現ごとに独立して、多価有機種またはその誘導体であり、
Sは、各出現ごとに独立して、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み、
Nは、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む長さ15~35塩基を含む二本鎖核酸であり;ここで
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含み;
前記センス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ独立して、1つ以上の化学修飾を含み;
nは、2、3、4、5、6、7、または8である)。
[項158] 式(I-1)~(I-9)から選択される構造を有する、項157に記載の化合物:
Xは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
Yは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
-は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結を表し;
=は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を表し;
---は、出現ごとに独立して、塩基対相互作用またはミスマッチを表す)。
[項161] 式(IV)の構造を有する、項157に記載の化合物:
Xは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
Yは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
-は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結を表し;
=は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を表し;
---は、出現ごとに独立して、塩基対相互作用またはミスマッチを表す)。
[項162] Lが構造L1である、項157~161のいずれか一項に記載の化合物:
[項164] Lが構造L2である、項157~161のいずれか一項に記載の化合物:
[項166] 式(VI)の構造を有する治療用核酸のための送達系:
Lは、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み、式(VI)は、1つ以上の分岐点B、及び1つ以上のスペーサーSをさらに含み、式中、
Bは、出現ごとに独立して、多価有機種またはその誘導体を含み;
Sは、出現ごとに独立して、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み;
各cNAは、独立して、1つ以上の化学修飾を含むキャリア核酸であり、
各cNAは、独立して、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含み;
nは、2、3、4、5、6、7、または8である)。
[項167] 式(VI-1)~(VI-9)から選択される構造を有する、項166に記載の送達系:
[項169] n個の治療用核酸(NA)をさらに含み、各NAは、少なくとも1つのcNAにハイブリダイズする、項166に記載の送達系。
[項170] 各NAが独立して、少なくとも16の連続ヌクレオチドを含む、項169に記載の送達系。
[項171] 各NAが、独立して、少なくとも16~20の連続ヌクレオチドを含む、項170に記載の送達系。
[項172] 各NAが、少なくとも2ヌクレオチドの不対オーバーハングを含む、項169に記載の送達系。
[項173] 前記オーバーハングの前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエート連結を介して結合されている、項172に記載の送達系。
[項174] 各NAが、独立して、DNA、siRNA、antagomiR、miRNA、ギャップマー、ミックスマー、及びガイドRNAからなる群から選択される、項169に記載の送達系。
[項175] 各NAが、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的である、項169に記載の送達系。
[項176] 項85~165のいずれか一項に記載の化合物または項166~175のいずれかに記載の系、及び薬学的に許容される担体を含む、生物におけるMSH3遺伝子の発現を阻害するための医薬組成物。
[項177] 前記化合物または前記系が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害する、項176に記載の医薬組成物。
[項178] 前記化合物または前記系が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも80%阻害する、項176に記載の医薬組成物。
[項179] 細胞におけるMSH3遺伝子の発現を阻害するための方法であって、
(a)項85~165のいずれか一項に記載の化合物または項166~175のいずれか一項に記載の系を前記細胞に導入するステップと;
(b)ステップ(a)で産生された前記細胞を、前記MSH3遺伝子の前記mRNA転写物の分解を得るのに十分な時間維持し、それによって前記細胞中の前記MSH3遺伝子の発現を阻害することと、を含む、前記方法。
[項180] 神経変性疾患を治療または管理する方法であって、こうした治療または管理を必要とする患者に、治療有効量の項85~165のいずれか一項に記載の化合物または項166~175のいずれか一項に記載の系を投与することを含む、前記方法。
[項181] 前記dsRNAが、前記患者の脳に投与される、項180に記載の方法。
[項182] 前記dsRNAが、脳・脳室内(ICV)注射、線条体内(IS)注射、静脈内(IV)注射、皮下(SQ)注射、またはそれらの組み合わせによって投与される、項180に記載の方法。
[項183] 前記dsRNAを投与することは、海馬、線条体、皮質、小脳、視床、視床下部、及び脊髄のうちの1つ以上において、前記MSH3遺伝子mRNAの減少を引き起こす、項180に記載の方法。
[項184] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害する、項179~183のいずれか一項に記載の方法。
[項185] 前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも80%阻害する、項179~183のいずれか一項に記載の方法。
[項186] 細胞におけるHTT mRNAを低減するための方法であって、
(a)MSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドを前記細胞に導入することと、
(b)前記HTT mRNAの分解を得るのに十分な時間、ステップ(a)で産生された前記細胞を維持し、それによって前記細胞中のHTT mRNAを低減することと、
を含む、前記方法。
[項187] 前記オリゴヌクレオチドが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子を含み、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、項186に記載の方法。
[項188] 前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、項187に記載の方法。
[項189] 細胞におけるHTT mRNAを低減するための方法であって、
(a)項1~67のいずれか一項に記載のdsRNA、項78~82のいずれか一項に記載のベクター、項85~165のいずれか一項に記載の化合物、または項166~175のいずれか一項に記載のシステムを前記細胞に導入することと、
(b)前記HTT mRNAの分解を得るのに十分な時間、ステップ(a)で産生された前記細胞を維持し、それによって前記細胞中のHTT mRNAを低減することと、
を含む、前記方法。
[項190] 前記HTT mRNAが、HTT1a mRNAを含む、項186~189のいずれか一項に記載の方法。
[項191] 前記HTT1a mRNAが、配列番号43に記載の核酸配列を含む、項190に記載の方法。
[項192] ハンチントン病(HD)を治療または管理する方法であって、MSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む治療有効量のオリゴヌクレオチドを、そのような治療または管理を必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
[項193] トリヌクレオチドリピート疾患または障害を治療または管理する方法であって、MSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む治療有効量のオリゴヌクレオチドを、そのような治療または管理を必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
[項194] 前記オリゴヌクレオチドが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子を含み、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、
項192または193に記載の方法。
[項195] 前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、
項194に記載の方法。
[項196] ハンチントン病(HD)を治療または管理する方法であって、
項1~67のいずれか一項に記載のdsRNA、項78~82のいずれか一項に記載のベクター、項85~165のいずれか一項に記載の化合物、または項166~175のいずれか一項に記載のシステムの治療有効量をそのような治療または管理を必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
[項197] トリヌクレオチドリピート疾患または障害を治療または管理する方法であって、
項1~67のいずれか一項に記載のdsRNA、項78~82のいずれか一項に記載のベクター、項85~165のいずれか一項に記載の化合物、または項166~175のいずれか一項に記載のシステムの治療有効量をそのような治療または管理を必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
Equivalents The present disclosure may be embodied in other specific forms without departing from its spirit or essential characteristics. The foregoing embodiments are therefore to be considered in all respects as illustrative and not limiting of the present disclosure. The scope of the present disclosure is therefore indicated by the appended claims rather than by the foregoing description, and all changes that come within the meaning and range of equivalency of the claims are intended to be embraced therein.
Aspects of the invention include the following.
[Item 1] A double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand,
The molecule, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 2] The dsRNA according to item 1, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to the MSH3 nucleic acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs: 13 to 18 and 31 to 42.
[Item 3] The dsRNA of item 1, comprising complementarity to at least 10, 11, 12, or 13 consecutive nucleotides of the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 4] The dsRNA of item 1 or 3, which contains three or fewer mismatches with the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 5] The dsRNA of item 1, comprising perfect complementarity to the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 6] The dsRNA of any one of items 1 to 5, wherein the antisense strand comprises about 15 to 25 nucleotides in length.
[Item 7] The dsRNA of any one of items 1 to 6, wherein the sense strand comprises about 15 to 25 nucleotides in length.
[Item 8] The dsRNA of any one of items 1 to 7, wherein the antisense strand is 20 nucleotides in length.
[Item 9] The dsRNA of any one of items 1 to 7, wherein the antisense strand is 21 nucleotides in length.
[Item 10] The dsRNA of any one of items 1 to 7, wherein the antisense strand is 22 nucleotides in length.
[Item 11] The dsRNA of any one of items 1 to 10, wherein the sense strand is 15 nucleotides in length.
[Item 12] The dsRNA of any one of items 1 to 10, wherein the sense strand is 16 nucleotides in length.
[Item 13] The dsRNA of any one of items 1 to 10, wherein the sense strand is 18 nucleotides in length.
[Item 14] The dsRNA of any one of items 1 to 10, wherein the sense strand is 20 nucleotides in length.
[Item 15] The dsRNA according to any one of items 1 to 14, comprising a double-stranded region of 15 to 20 base pairs.
[Item 16] The dsRNA of any one of items 1 to 15, comprising a double-stranded region of 15 base pairs.
[Item 17] The dsRNA of any one of items 1 to 15, comprising a double-stranded region of 16 base pairs.
[Item 18] The dsRNA of any one of items 1 to 15, comprising an 18-base pair double-stranded region.
[Item 19] The dsRNA of any one of items 1 to 15, comprising a 20 base pair double-stranded region.
[Item 20] The dsRNA of any one of items 1 to 19, wherein the dsRNA comprises a blunt end.
[Item 21] The dsRNA of any one of items 1 to 20, wherein the dsRNA comprises at least one single-stranded nucleotide overhang.
[Item 22] The dsRNA of Item 21, wherein the dsRNA comprises a single-stranded nucleotide overhang of about 2 to 5 nucleotides.
[Item 23] The dsRNA of Item 21, wherein the dsRNA comprises a single-stranded nucleotide overhang of 2 nucleotides.
[Item 24] The dsRNA of Item 21, wherein the dsRNA comprises a single-stranded nucleotide overhang of 5 nucleotides.
[Item 25] The dsRNA of any one of items 1 to 24, wherein the dsRNA comprises naturally occurring nucleotides.
[Item 26] The dsRNA of any one of items 1 to 24, wherein the dsRNA comprises at least one modified nucleotide.
[Item 27] The dsRNA according to Item 26, wherein the modified nucleotide comprises a 2'-O-methyl modified nucleotide, a 2'-deoxy-2'-fluoro modified nucleotide, a 2'-deoxy modified nucleotide, a locked nucleotide, an abasic nucleotide, a 2'-amino modified nucleotide, a 2'-alkyl modified nucleotide, a morpholino nucleotide, a phosphoramidate, a non-natural base containing nucleotide, or a mixture thereof.
[Item 28] The dsRNA of any one of items 1 to 27, wherein the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage.
[Item 29] The dsRNA of item 28, wherein the modified internucleotide linkage comprises a phosphorothioate internucleotide linkage.
[Item 30] The dsRNA of any one of items 1 to 29, comprising from 4 to 16 phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 31] The dsRNA of any one of items 1 to 29, comprising from 8 to 13 phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 32] The dsRNA of any one of items 1 to 28, wherein the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage of Formula I:
B is a base pair moiety;
W is selected from the group consisting of O, OCH2, OCH, CH2, and CH ;
X is selected from the group consisting of halo, hydroxy, and C 1-6 alkoxy;
Y is selected from the group consisting of O − , OH, OR, NH − , NH 2 , S − , and SH;
Z is selected from the group consisting of O and CH2 ;
R is a protecting group;
[Item 33] The dsRNA of any one of Items 1 to 32, wherein the dsRNA comprises at least 80% chemically modified nucleotides.
[Item 34] The dsRNA of any one of items 1 to 33, wherein the dsRNA is fully chemically modified.
[Item 35] The dsRNA of any one of items 1 to 33, wherein the dsRNA contains at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 36] The dsRNA of any one of items 1 to 33, wherein the antisense strand comprises at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 37] The dsRNA of Item 36, wherein the antisense strand comprises 70% to 90% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 38] The dsRNA of any one of items 1 to 33, wherein the sense strand comprises at least 65% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 39] The dsRNA of Item 38, wherein the sense strand comprises 100% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 40] The dsRNA of any one of items 1 to 39, wherein the sense strand comprises one or more nucleotide mismatches between the antisense strand and the sense strand.
[Item 41] The dsRNA of Item 40, wherein the one or more nucleotide mismatches are present at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand.
[Item 42] The dsRNA of Item 40, wherein the nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand.
[Item 43] The dsRNA of any one of items 1 to 42, wherein the antisense strand comprises a 5' phosphate, a 5'-alkyl phosphonate, a 5' alkylene phosphonate, or a 5' alkenyl phosphonate.
[Item 44] The dsRNA of Item 43, wherein the antisense strand comprises a 5' vinyl phosphonate.
[Item 45] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(7) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 and 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 46] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotide at position 14 from the 5' end of the antisense strand is not a 2'-methoxy-ribonucleotide;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(7) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 and 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 47] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 85% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 and 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 48] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 49] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 50] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 6, 14, and 16 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 65% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 9, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 51] The dsRNA of item 1, comprising an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end,
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) The dsRNA, wherein the nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 52] The dsRNA of any one of items 1 to 51, wherein a functional moiety is linked to the 5' end and/or the 3' end of the antisense strand.
[Item 53] The dsRNA of any one of items 1 to 51, wherein a functional moiety is linked to the 5' end and/or the 3' end of the sense strand.
[Item 54] The dsRNA of any one of items 1 to 51, wherein a functional moiety is linked to the 3' end of the sense strand.
[Item 55] The dsRNA of any one of Items 52 to 54, wherein the functional portion comprises a hydrophobic portion.
56. The dsRNA of claim 55, wherein the hydrophobic moiety is selected from the group consisting of fatty acids, steroids, secosteroids, lipids, gangliosides, nucleoside analogs, endocannabinoids, vitamins, and mixtures thereof.
[Item 57] The dsRNA of item 56, wherein the steroid is selected from the group consisting of cholesterol and lithocholic acid (LCA).
[Item 58] The dsRNA of Item 56, wherein the fatty acid is selected from the group consisting of eicosapentaenoic acid (EPA), docosahexaenoic acid (DHA), and docosanoic acid (DCA).
[Item 59] The dsRNA of Item 56, wherein the vitamin is selected from the group consisting of choline, vitamin A, vitamin E, and derivatives or metabolites thereof.
[Item 60] The dsRNA of Item 59, wherein the vitamin is selected from the group consisting of retinoic acid and alpha-tocopherol succinate.
[Item 61] The dsRNA of any one of Items 54 to 60, wherein the functional moiety is linked to the antisense strand and/or the sense strand by a linker.
[Item 62] The dsRNA of item 61, wherein the linker comprises a bivalent or trivalent linker.
[Item 63] The bivalent or trivalent linker is
[Item 64] The dsRNA of Items 61 or 62, wherein the linker comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphodiester, a phosphorothioate, a phosphoramidate, an amide, a carbamate, or a combination thereof.
[Item 65] The dsRNA of Items 62 or 63, wherein when the linker is a trivalent linker, the linker further links a phosphodiester or phosphodiester derivative.
[Item 66] The dsRNA of item 65, wherein the phosphodiester or phosphodiester derivative is selected from the group consisting of:
[Item 67] The dsRNA of any one of items 1 to 66, wherein the nucleotides 1 and 2 from the 3' end of the sense strand and the nucleotides 1 and 2 from the 5' end of the antisense strand are linked to adjacent ribonucleotides via phosphorothioate bonds.
[Item 68] A pharmaceutical composition for inhibiting expression of the MSH3 gene in an organism, comprising the dsRNA of any one of items 1 to 67 and a pharma- ceutically acceptable carrier.
[Item 69] The pharmaceutical composition of item 68, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%.
[Item 70] The pharmaceutical composition of item 68, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%.
[Item 71] A method for regulating expression of the MSH3 gene in a cell, comprising:
(a) introducing into the cell the double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) according to any one of paragraphs 1 to 67;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA transcript of the MSH3 gene, thereby inhibiting expression of the MSH3 gene in the cells.
[Item 72] A method for treating or managing a neurodegenerative disease, comprising administering to a patient in need of such treatment a therapeutically effective amount of the dsRNA of any one of items 1 to 67.
73. The method of claim 72, wherein the dsRNA is administered to the brain of the patient.
[Item 74] The method of item 72, wherein the dsRNA is administered by intracerebroventricular (ICV) injection, intrastriatal (IS) injection, intravenous (IV) injection, subcutaneous (SQ) injection, or a combination thereof.
[Item 75] The method of item 72, wherein administering the dsRNA causes a decrease in MSH3 gene mRNA in one or more of the hippocampus, striatum, cortex, cerebellum, thalamus, hypothalamus, and spinal cord.
76. The method of any one of claims 71 to 75, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%.
77. The method of any one of claims 71 to 75, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%.
78. A vector comprising a regulatory sequence operably linked to a nucleotide sequence encoding a dsRNA molecule substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 1-6 and 19-30.
79. The vector of claim 78, wherein the RNA molecule inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 30%.
80. The vector of claim 78, wherein the RNA molecule inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%.
81. The vector of claim 78, wherein the RNA molecule inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%.
[Item 82] The vector of item 78, wherein the dsRNA comprises a sense strand and an antisense strand, and the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to the MSH3 nucleic acid sequence of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 83] A cell comprising the vector according to any one of Items 78 to 82.
[Item 84] A recombinant adeno-associated virus (rAAV), comprising the vector according to any one of Items 78 to 82 and an AAV capsid.
[Item 85] A branched RNA compound comprising two or more of the dsRNA molecules of any one of items 1 to 67, which are covalently linked to each other.
86. The branched RNA compound of claim 85, wherein the dsRNA molecules are covalently linked to each other by a linker, spacer, or branch point.
[Item 87] Two or more RNA molecules comprising 15 to 35 nucleotides in length, and
comprising a sequence substantially complementary to MSH3 mRNA;
A branched RNA compound, wherein the two RNA molecules are linked to each other by one or more moieties independently selected from a linker, a spacer, and a branch point.
[Item 88] The branched RNA compound of item 87, comprising a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 89] The branched RNA compound of item 87, comprising a nucleic acid sequence substantially complementary to one or more of the MSH3 nucleic acid sequences of any one of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42.
[Item 90] The branched RNA compound of any one of Items 87 to 89, wherein the RNA molecule comprises one or both of ssRNA and dsRNA.
[Item 91] The branched RNA compound of any one of Items 87 to 90, wherein the RNA molecule comprises an antisense oligonucleotide.
[Item 92] The branched RNA compound of any one of Items 87 to 91, wherein each RNA molecule comprises 15 to 25 nucleotides in length.
[Item 93] The branched RNA compound of any one of Items 87 to 90, wherein each RNA molecule comprises a dsRNA comprising a sense strand and an antisense strand, and each antisense strand independently comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 94] The branched RNA compound of item 93, comprising complementarity to at least 10, 11, 12, or 13 consecutive nucleotides of the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 95] The branched RNA compound of item 93, wherein each RNA molecule contains no more than three mismatches with the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 96] The branched RNA compound of item 93, comprising substantially perfect complementarity to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 97] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 96, wherein the antisense strand comprises a portion having the nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 7 to 12.
[Item 98] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 97, wherein the antisense strand and/or the sense strand comprises about 15 nucleotides to 25 nucleotides in length.
[Item 99] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 98, wherein the antisense strand is 20 nucleotides in length.
[Item 100] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 98, wherein the antisense strand is 21 nucleotides in length.
[Item 101] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 98, wherein the antisense strand is 22 nucleotides in length.
[Item 102] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 101, wherein the sense strand is 15 nucleotides in length.
[Item 103] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 101, wherein the sense strand is 16 nucleotides in length.
[Item 104] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 101, wherein the sense strand is 18 nucleotides in length.
[Item 105] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 101, wherein the sense strand is 20 nucleotides in length.
[Item 106] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 105, wherein the dsRNA comprises a double-stranded region of 15 to 20 base pairs.
[Item 107] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 106, wherein the dsRNA comprises a double-stranded region of 15 base pairs.
[Item 108] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 106, wherein the dsRNA comprises a double-stranded region of 16 base pairs.
[Item 109] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 106, wherein the dsRNA comprises an 18 base pair double-stranded region.
[Item 110] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 106, wherein the dsRNA comprises a 20 base pair double-stranded region.
[Item 111] The branched RNA compound of any one of items 90 to 110, wherein the dsRNA comprises blunt ends.
[Item 112] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 110, wherein the dsRNA comprises at least one single-stranded nucleotide overhang.
[Item 113] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 112, wherein the dsRNA comprises a single-stranded nucleotide overhang of 2 to 5 nucleotides.
[Item 114] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 113, wherein the dsRNA comprises naturally occurring nucleotides.
[Item 115] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 114, wherein the dsRNA comprises at least one modified nucleotide.
[Item 116] The branched RNA compound of Item 115, wherein the modified nucleotide comprises a 2'-O-methyl modified nucleotide, a 2'-deoxy-2'-fluoro modified nucleotide, a 2'-deoxy modified nucleotide, a locked nucleotide, an abasic nucleotide, a 2'-amino modified nucleotide, a 2'-alkyl modified nucleotide, a morpholino nucleotide, a phosphoramidate, or a non-natural base containing nucleotide.
[Item 117] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 116, wherein the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage.
[Item 118] The branched RNA compound of item 117, wherein the modified internucleotide linkage comprises a phosphorothioate internucleotide linkage.
[Item 119] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 118, comprising 4 to 16 phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 120] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 118, comprising from 8 to 13 phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 121] The branched RNA compound of any one of items 90 to 117, wherein the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage of formula (I):
B is a base pair moiety;
W is selected from the group consisting of O, OCH2, OCH, CH2, and CH ;
X is selected from the group consisting of halo, hydroxy, and C 1-6 alkoxy;
Y is selected from the group consisting of O − , OH, OR, NH − , NH 2 , S − , and SH;
Z is selected from the group consisting of O and CH2 ;
R is a protecting group;
[Item 122] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 121, wherein the dsRNA comprises at least 80% chemically modified nucleotides.
[Item 123] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 121, wherein the dsRNA is fully chemically modified.
124. The branched RNA compound of any one of claims 90 to 121, wherein the dsRNA contains at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 125] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 124, wherein the antisense strand contains at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
126. The branched RNA compound of claim 125, wherein the antisense strand comprises 70% to 90% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 127] The branched RNA compound of any one of Items 90 to 124, wherein the sense strand contains at least 65% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
128. The branched RNA compound of claim 127, wherein the sense strand contains 100% 2'-O-methyl nucleotide modifications.
[Item 129] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 128, wherein the sense strand contains one or more nucleotide mismatches between the antisense strand and the sense strand.
[Item 130] The branched RNA compound of Item 129, wherein the one or more nucleotide mismatches are present at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand.
[Item 131] The branched RNA compound of Item 129, wherein the nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand.
[Item 132] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 131, wherein the antisense strand comprises a 5' phosphate, a 5'-alkyl phosphonate, a 5' alkylene phosphonate, a 5' alkenyl phosphonate, or a mixture thereof.
[Item 133] The branched RNA compound of Item 132, wherein the antisense strand comprises a 5' vinyl phosphonate.
[Item 134] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(7) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 135] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotide at position 14 from the 5' end of the antisense strand is not a 2'-methoxy-ribonucleotide;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(7) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 136] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 85% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 137] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 138] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 139] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 6, 14, and 16 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 65% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 9, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
[Item 140] The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) The branched RNA compound according to item 90, wherein the nucleotides at positions 1-2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
141. The branched RNA compound of any one of claims 93 to 140, wherein a functional moiety is linked to the 5' end and/or the 3' end of the antisense strand.
[Item 142] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 140, wherein a functional moiety is linked to the 5' end and/or the 3' end of the sense strand.
[Item 143] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 140, wherein a functional moiety is linked to the 3' end of the sense strand.
[Item 144] The branched RNA compound of any one of items 141 to 143, wherein the functional moiety comprises a hydrophobic moiety.
145. The branched RNA compound of claim 144, wherein the hydrophobic moiety is selected from the group consisting of fatty acids, steroids, secosteroids, lipids, gangliosides, nucleoside analogs, endocannabinoids, vitamins, and mixtures thereof.
146. The branched RNA compound of claim 145, wherein the steroid is selected from the group consisting of cholesterol and lithocholic acid (LCA).
147. The branched RNA compound of claim 145, wherein the fatty acid is selected from the group consisting of eicosapentaenoic acid (EPA), docosahexaenoic acid (DHA), and docosanoic acid (DCA).
[Item 148] The branched RNA compound of Item 145, wherein the vitamin is selected from the group consisting of choline, vitamin A, vitamin E, derivatives thereof, and metabolites thereof.
149. The branched RNA compound of claim 145, wherein the vitamin is selected from the group consisting of retinoic acid and alpha-tocopherol succinate.
[Item 150] The branched RNA compound of any one of Items 141 to 149, wherein the functional moiety is linked to the antisense strand and/or the sense strand by a linker.
[Item 151] The branched RNA compound of item 150, wherein the linker comprises a bivalent or trivalent linker.
[Item 152] The bivalent or trivalent linker,
153. The branched RNA compound of claim 150 or 152, wherein the linker comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphodiester, a phosphorothioate, a phosphoramidate, an amide, a carbamate, or a combination thereof.
[Item 154] The branched RNA compound of item 151, wherein when the linker is a trivalent linker, the linker further links a phosphodiester or phosphodiester derivative.
[Item 155] The branched RNA compound of item 151, wherein the phosphodiester or phosphodiester derivative is selected from the group consisting of:
[Item 156] The branched RNA compound of any one of Items 93 to 155, wherein the nucleotides 1 and 2 from the 3' end of the sense strand and the nucleotides 1 and 2 from the 5' end of the antisense strand are linked to adjacent ribonucleotides via phosphorothioate linkages.
[Item 157] Compound of formula (I):
L comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof; and formula (I) optionally comprises one or more branch points B, and one or more spacers S,
B is, independently at each occurrence, a polyvalent organic species or derivative thereof;
S, independently for each occurrence, comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof;
N is a double-stranded nucleic acid comprising a length of 15 to 35 bases, including a sense strand and an antisense strand;
the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
the sense strand and the antisense strand each independently comprise one or more chemical modifications;
n is 2, 3, 4, 5, 6, 7, or 8).
[Item 158] The compound according to item 157, having a structure selected from formulas (I-1) to (I-9):
X is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
Y is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
- represents a phosphodiester internucleoside linkage;
= represents a phosphorothioate internucleoside linkage;
--- represents, independently at each occurrence, a base pair interaction or a mismatch).
[Item 161] The compound according to item 157, having the structure of formula (IV):
X is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
Y is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
- represents a phosphodiester internucleoside linkage;
= represents a phosphorothioate internucleoside linkage;
--- represents, independently at each occurrence, a base pair interaction or a mismatch).
[Item 162] The compound according to any one of items 157 to 161, wherein L is structure L1:
[Item 164] The compound according to any one of items 157 to 161, wherein L is structure L2:
[Item 166] A delivery system for a therapeutic nucleic acid having the structure of formula (VI):
L comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof, and formula (VI) further comprises one or more branch points B, and one or more spacers S, wherein
B comprises, independently at each occurrence, a polyvalent organic species or derivative thereof;
S, independently at each occurrence, comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof;
each cNA is independently a carrier nucleic acid that contains one or more chemical modifications;
each cNA independently comprises at least 15 contiguous nucleotides of the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
n is 2, 3, 4, 5, 6, 7, or 8).
[Item 167] The delivery system according to Item 166, having a structure selected from formulas (VI-1) to (VI-9):
[Item 169] The delivery system of Item 166, further comprising n therapeutic nucleic acids (NAs), each NA hybridizing to at least one cNA.
[Item 170] The delivery system of Item 169, wherein each NA independently comprises at least 16 consecutive nucleotides.
[Item 171] The delivery system of Item 170, wherein each NA independently comprises at least 16-20 contiguous nucleotides.
[Item 172] The delivery system of item 169, wherein each NA comprises an unpaired overhang of at least 2 nucleotides.
173. The delivery system of claim 172, wherein the nucleotides of the overhang are linked via phosphorothioate linkages.
[Item 174] The delivery system of Item 169, wherein each NA is independently selected from the group consisting of DNA, siRNA, antagomiR, miRNA, gapmer, mixmer, and guide RNA.
[Item 175] The delivery system of Item 169, wherein each NA is substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 176] A pharmaceutical composition for inhibiting expression of the MSH3 gene in an organism, comprising a compound according to any one of items 85 to 165 or a system according to any one of items 166 to 175, and a pharma- ceutically acceptable carrier.
177. The pharmaceutical composition of claim 176, wherein the compound or system inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%.
178. The pharmaceutical composition of claim 176, wherein the compound or system inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%.
179. A method for inhibiting expression of the MSH3 gene in a cell, comprising:
(a) introducing into said cell a compound according to any one of paragraphs 85 to 165 or a system according to any one of paragraphs 166 to 175;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA transcript of the MSH3 gene, thereby inhibiting expression of the MSH3 gene in the cells.
[Item 180] A method for treating or managing a neurodegenerative disease, comprising administering to a patient in need of such treatment or management a therapeutically effective amount of a compound according to any one of items 85 to 165 or a system according to any one of items 166 to 175.
[Item 181] The method of item 180, wherein the dsRNA is administered to the brain of the patient.
[182] The method of paragraph 180, wherein the dsRNA is administered by intracerebroventricular (ICV) injection, intrastriatal (IS) injection, intravenous (IV) injection, subcutaneous (SQ) injection, or a combination thereof.
183. The method of claim 180, wherein administering the dsRNA causes a decrease in the MSH3 gene mRNA in one or more of the hippocampus, striatum, cortex, cerebellum, thalamus, hypothalamus, and spinal cord.
[Item 184] The method of any one of Items 179 to 183, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%.
[Item 185] The method of any one of Items 179-183, wherein the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%.
186. A method for reducing HTT mRNA in a cell, comprising:
(a) introducing into said cell an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the HTT mRNA, thereby reducing HTT mRNA in the cells;
The method comprising:
[Item 187] The oligonucleotide comprises a double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand,
187. The method of Paragraph 186, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
[Item 188] The method of Item 187, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42.
189. A method for reducing HTT mRNA in a cell, comprising:
(a) introducing into the cell a dsRNA according to any one of paragraphs 1 to 67, a vector according to any one of paragraphs 78 to 82, a compound according to any one of paragraphs 85 to 165, or a system according to any one of paragraphs 166 to 175;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the HTT mRNA, thereby reducing HTT mRNA in the cells;
The method comprising:
[Item 190] The method of any one of Items 186 to 189, wherein the HTT mRNA comprises HTT1a mRNA.
[Item 191] The method of Item 190, wherein the HTT1a mRNA comprises the nucleic acid sequence set forth in SEQ ID NO:43.
[Item 192] A method for treating or managing Huntington's disease (HD), comprising administering to a patient in need of such treatment or management a therapeutically effective amount of an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence.
193. A method for treating or managing a trinucleotide repeat disease or disorder, comprising administering to a patient in need of such treatment or management a therapeutically effective amount of an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence.
[Item 194] The oligonucleotide comprises a double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand,
The antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1 to 6 and 19 to 30;
194. The method according to claim 192 or 193.
[Item 195] The antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42.
195. The method according to claim 194.
[Item 196] A method for treating or managing Huntington's disease (HD), comprising:
The method comprises administering a therapeutically effective amount of the dsRNA according to any one of paragraphs 1 to 67, the vector according to any one of paragraphs 78 to 82, the compound according to any one of paragraphs 85 to 165, or the system according to any one of paragraphs 166 to 175 to a patient in need of such treatment or management.
197. A method for treating or managing a trinucleotide repeat disease or disorder, comprising:
The method comprises administering a therapeutically effective amount of the dsRNA according to any one of paragraphs 1 to 67, the vector according to any one of paragraphs 78 to 82, the compound according to any one of paragraphs 85 to 165, or the system according to any one of paragraphs 166 to 175 to a patient in need of such treatment or management.
Claims (41)
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む、前記分子。 A double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand,
The molecule, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列の少なくとも10、11、12、または13の連続ヌクレオチドに対する相補性を含むか;
配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列との3つ以下のミスマッチを含むか;または
配列番号1~6及び19~30のいずれか1つの前記MSH3核酸配列に対する完全な相補性を含む、請求項1に記載のdsRNA。 the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42 ;
comprises complementarity to at least 10, 11, 12, or 13 consecutive nucleotides of the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30 ;
contains no more than three mismatches with the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30; or
2. The dsRNA of claim 1, comprising perfect complementarity to the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30.
前記dsRNAが、少なくとも1つの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含み、任意により、2ヌクレオチド~5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハング、または2ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハング、または5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハング
を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のdsRNA。 the dsRNA is blunt ended ; and/or
The dsRNA comprises at least one single-stranded nucleotide overhang, optionally a single-stranded nucleotide overhang of 2 to 5 nucleotides, or a single-stranded nucleotide overhang of 2 nucleotides, or a single-stranded nucleotide overhang of 5 nucleotides.
The dsRNA according to any one of claims 1 to 5 , comprising:
少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含み;
任意により、前記修飾ヌクレオチドが、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ-2’-フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、2’-アミノ修飾ヌクレオチド、2’-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホルアミデート、ヌクレオチドを含む非天然塩基、またはそれらの混合物を含み、任意により、前記dsRNAが、少なくとも80%の化学修飾ヌクレオチドを含むか、前記dsRNAが、完全に化学修飾されているか、前記dsRNAが、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、または前記アンチセンス鎖が、70%~90%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、および/または前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、任意により、前記センス鎖が、100%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載のdsRNA。 the dsRNA comprises naturally occurring nucleotides ; and/or
comprises at least one modified nucleotide;
7. The dsRNA of claim 1, wherein the modified nucleotides are 2'-O-methyl modified nucleotides, 2'-deoxy-2'-fluoro modified nucleotides, 2'-deoxy modified nucleotides, locked nucleotides, abasic nucleotides, 2'-amino modified nucleotides, 2'-alkyl modified nucleotides, morpholino nucleotides, phosphoramidates, non-natural base containing nucleotides, or mixtures thereof, and wherein the dsRNA comprises at least 80% chemically modified nucleotides, the dsRNA is fully chemically modified, the dsRNA comprises at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications, the antisense strand comprises at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications, or the antisense strand comprises 70%-90% 2'-O-methyl nucleotide modifications, and/or the sense strand comprises at least 65% 2'-O-methyl nucleotide modifications, and wherein the sense strand comprises 100% 2'-O-methyl nucleotide modifications .
前記dsRNAが、式I:
Bは、塩基対部分であり;
Wは、O、OCH 2 、OCH、CH 2 、及びCHからなる群から選択され;
Xは、ハロ、ヒドロキシ、及びC 1-6 アルコキシからなる群から選択され、
Yは、O - 、OH、OR、NH - 、NH 2 、S - 、及びSHからなる群から選択され、
Zは、O及びCH 2 からなる群から選択され;
Rは、保護基であり、
の少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載のdsRNA。 the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage, optionally wherein the modified internucleotide linkage comprises a phosphorothioate internucleotide linkage, optionally comprising between 4 and 16 phosphorothioate internucleotide linkages, or between 8 and 13 phosphorothioate internucleotide linkages, or
The dsRNA has Formula I:
B is a base pair moiety;
W is selected from the group consisting of O, OCH2, OCH, CH2, and CH ;
X is selected from the group consisting of halo, hydroxy, and C 1-6 alkoxy;
Y is selected from the group consisting of O − , OH, OR, NH − , NH 2 , S − , and SH;
Z is selected from the group consisting of O and CH2 ;
R is a protecting group;
The dsRNA of any one of claims 1 to 7 , comprising at least one modified internucleotide linkage of the formula :
前記1つ以上のヌクレオチドミスマッチが、センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在し、
前記のヌクレオチドミスマッチが、前記センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、
請求項1~8のいずれか一項に記載のdsRNA。 the sense strand comprises one or more nucleotide mismatches between the antisense strand and the sense strand, and optionally
the one or more nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand;
the nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand ;
A dsRNA described in any one of claims 1 to 8 .
請求項1~9のいずれか一項に記載のdsRNA。 the antisense strand comprises a 5' phosphate, a 5'-alkyl phosphonate, a 5' alkylene phosphonate, or a 5' alkenyl phosphonate, and optionally the antisense strand comprises a 5' vinyl phosphonate ;
A dsRNA described in any one of claims 1 to 9 .
前記機能部分が、疎水性部分を含み、任意により、
前記疎水性部分が、脂肪酸、ステロイド、セコステロイド、脂質、ガングリオシド、ヌクレオシド類似体、エンドカンナビノイド、ビタミン、及びそれらの混合物からなる群から選択され、任意により:
前記ステロイドが、コレステロール及びリトコール酸(LCA)からなる群から選択され、
前記脂肪酸が、エイコサペンタエン酸(EPA)、ドコサヘキサエン酸(DHA)、及びドコサン酸(DCA)からなる群から選択され、
前記ビタミンが、コリン、ビタミンA、ビタミンE、及び誘導体、またはそれらの代謝物からなる群から選択され、
前記ビタミンが、レチノイン酸及びコハク酸アルファ-トコフェロールからなる群から選択される、
請求項1~10のいずれか一項に記載のdsRNA。 a functional moiety is linked to the 5'-end and/or 3'-end of the antisense strand, to the 5'-end and 3'-end of the sense strand, to the 3'-end of the sense strand, and, optionally
the functional moiety comprises a hydrophobic moiety, and optionally
The hydrophobic moiety is selected from the group consisting of fatty acids, steroids, secosteroids, lipids, gangliosides, nucleoside analogs, endocannabinoids, vitamins, and mixtures thereof, and optionally:
the steroid is selected from the group consisting of cholesterol and lithocholic acid (LCA);
the fatty acid is selected from the group consisting of eicosapentaenoic acid (EPA), docosahexaenoic acid (DHA), and docosanoic acid (DCA);
The vitamin is selected from the group consisting of choline, vitamin A, vitamin E, and derivatives or metabolites thereof;
the vitamin is selected from the group consisting of retinoic acid and alpha-tocopherol succinate;
A dsRNA according to any one of claims 1 to 10 .
前記リンカーが、二価または三価のリンカーを含み、任意により、
前記二価または三価のリンカーが、
前記リンカーが、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、アミド、カルバメート、またはそれらの組み合わせを含むか;または
前記リンカーが、三価リンカーである場合、前記リンカーは、ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体をさらに連結し、任意により、
前記ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体が、以下からなる群から選択される:
請求項11に記載のdsRNA。 the functional moiety is linked to the antisense strand and/or the sense strand by a linker, and optionally
The linker comprises a bivalent or trivalent linker, and optionally
The bivalent or trivalent linker is
the linker comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphodiester, a phosphorothioate, a phosphoramidate, an amide, a carbamate, or a combination thereof; or
When the linker is a trivalent linker, the linker further links a phosphodiester or phosphodiester derivative, and optionally
The phosphodiester or phosphodiester derivative is selected from the group consisting of:
The dsRNA described in claim 11 .
(a)請求項1~67のいずれか一項に記載の二本鎖リボ核酸(dsRNA)を前記細胞に導入するステップと;
(b)ステップ(a)で産生された前記細胞を、前記MSH3遺伝子の前記mRNA転写物の分解を得るのに十分な時間維持し、それによって前記細胞中の前記MSH3遺伝子の発現を阻害することと、を含む、前記方法。 A method for modulating expression of the MSH3 gene in a cell in vitro , comprising:
(a) introducing into said cell a double-stranded ribonucleic acid (dsRNA) according to any one of claims 1 to 67;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the mRNA transcript of the MSH3 gene, thereby inhibiting expression of the MSH3 gene in the cells.
前記dsRNAが、患者の脳に投与されるように処方されているか;、
前記dsRNAが、脳・脳室内(ICV)注射、線条体内(IS)注射、静脈内(IV)注射、皮下(SQ)注射、またはそれらの組み合わせによって投与されるように処方されているか;または
前記dsRNAが、海馬、線条体、皮質、小脳、視床、視床下部、及び脊髄のうちの1つ以上において、MSH3遺伝子mRNAの減少を引き起こすか;および/または
前記dsRNAが、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害するか、または少なくとも80%阻害する、
医薬組成物。 A pharmaceutical composition for treating or managing a neurodegenerative disease, comprising a dsRNA according to any one of claims 1 to 12, and optionally
The dsRNA is formulated to be administered to the brain of a patient;
the dsRNA is formulated to be administered by intracerebroventricular (ICV) injection, intrastriatal (IS) injection, intravenous (IV) injection, subcutaneous (SQ) injection, or a combination thereof; or
the dsRNA causes a decrease in MSH3 gene mRNA in one or more of the hippocampus, striatum, cortex, cerebellum, thalamus, hypothalamus, and spinal cord; and/or
the dsRNA inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 50%, or inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 80%;
Pharmaceutical compositions .
前記RNA分子が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも30%阻害するか、少なくとも50%阻害するか、または、少なくとも80%阻害する、
ベクター。 A regulatory sequence operably linked to a nucleotide sequence encoding a dsRNA molecule substantially complementary to the MSH3 nucleic acid sequence of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30 , and optionally
the RNA molecule inhibits the expression of the MSH3 gene by at least 30%, by at least 50%, or by at least 80%.
vector.
前記dsRNA分子が、リンカー、スペーサー、または分岐点によって互いに共有結合により結合している、
分岐RNA化合物。 13. A method for the preparation of a dsRNA molecule comprising the steps of:
the dsRNA molecules are covalently linked to each other by a linker, spacer, or branch point;
Branched RNA compounds.
MSH3 mRNAに実質的に相補的な配列を含み、
前記2つのRNA分子が、リンカー、スペーサー及び分岐点から独立して選択される1つ以上の部分によって互いに結合される、分岐RNA化合物。 two or more RNA molecules comprising 15-35 nucleotides in length and a sequence substantially complementary to MSH3 mRNA;
A branched RNA compound, wherein the two RNA molecules are linked to each other by one or more moieties independently selected from a linker, a spacer, and a branch point.
前記RNA分子が、ssRNA及びdsRNAの一方または両方を含むか、
前記RNA分子が、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むか、および/または
各RNA分子が、15~25ヌクレオチド長を含む、
請求項21に記載の分岐RNA化合物。 or comprising a sequence substantially complementary to the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30 , or comprising a nucleic acid sequence substantially complementary to one or more of the MSH3 nucleic acid sequences of any one of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42, and optionally
the RNA molecule comprises one or both of ssRNA and dsRNA;
the RNA molecule comprises an antisense oligonucleotide; and/or
each RNA molecule comprises 15-25 nucleotides in length;
22. The branched RNA compound of claim 21 .
前記分岐RNA化合物が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列の少なくとも10、11、12、または13の連続ヌクレオチドに対する相補性を含み;
各RNA分子が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列との3つ以下のミスマッチを含むか;または、
前記分岐RNA化合物が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に対して完全な相補性を含み、任意により、
前記アンチセンス鎖が、配列番号7~12のいずれか1つの前記核酸配列を有する部分を含むか、および/または
前記アンチセンス鎖及び/または前記センス鎖が、15ヌクレオチド~25ヌクレオチド長を含み;および/または
前記アンチセンス鎖が、20、21または22ヌクレオチド長であるか;および/または、
前記センス鎖が、15、16、18または20ヌクレオチド長であるか、および/または、
前記dsRNAが、15塩基対~20塩基対の二本鎖領域を含むか;または15、16、18または20塩基対の二本鎖領域を含む、
請求項21または22に記載の分岐RNA化合物。 each RNA molecule comprises a dsRNA comprising a sense strand and an antisense strand, each antisense strand independently comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30; and optionally
the branched RNA compound comprises complementarity to at least 10, 11, 12, or 13 consecutive nucleotides of an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
each RNA molecule contains no more than three mismatches with the MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30; or
the branched RNA compound comprises substantially perfect complementarity to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30, and optionally
the antisense strand comprises a portion having the nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 7 to 12; and/or
the antisense strand and/or the sense strand comprises a length of 15 to 25 nucleotides; and/or
the antisense strand is 20, 21 or 22 nucleotides in length; and/or
the sense strand is 15, 16, 18 or 20 nucleotides in length; and/or
The dsRNA comprises a double-stranded region of 15 to 20 base pairs; or comprises a double-stranded region of 15, 16, 18, or 20 base pairs.
23. A branched RNA compound according to claim 21 or 22 .
前記dsRNAが、少なくとも1つの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含み、任意により、
前記dsRNAが、2ヌクレオチド~5ヌクレオチドの一本鎖ヌクレオチドオーバーハングを含む、
請求項21~23のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。 the dsRNA comprises blunt ends ; and/or
the dsRNA comprises at least one single-stranded nucleotide overhang, and optionally
the dsRNA comprises a single-stranded nucleotide overhang of 2 to 5 nucleotides;
A branched RNA compound according to any one of claims 21 to 23 .
前記dsRNAが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含み、任意により
前記修飾ヌクレオチドが、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ-2’-フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、2’-アミノ修飾ヌクレオチド、2’-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホルアミデート、またはヌクレオチドを含む非天然塩基を含み、任意により、
前記dsRNAが、少なくとも80%の化学修飾ヌクレオチドを含むか、前記dsRNAが、完全に化学修飾されているか、前記dsRNAが、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、任により前記アンチセンス鎖が、70%~90%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、および/または前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含むか、任意により、前記センス鎖が、100%の2’-O-メチルヌクレオチド修飾を含む、
請求項21~24のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。 the dsRNA comprises naturally occurring nucleotides, and/or
The dsRNA comprises at least one modified nucleotide, and optionally
the modified nucleotide comprises a 2'-O-methyl modified nucleotide, a 2'-deoxy-2'-fluoro modified nucleotide, a 2'-deoxy modified nucleotide, a locked nucleotide, an abasic nucleotide, a 2'-amino modified nucleotide, a 2'-alkyl modified nucleotide, a morpholino nucleotide, a phosphoramidate, or a non-natural base containing nucleotide, and optionally
the dsRNA comprises at least 80% chemically modified nucleotides, the dsRNA is fully chemically modified, the dsRNA comprises at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications, the antisense strand comprises at least 70% 2'-O-methyl nucleotide modifications, optionally the antisense strand comprises 70%-90% 2'-O-methyl nucleotide modifications and/or the sense strand comprises at least 65% 2'-O-methyl nucleotide modifications, optionally the sense strand comprises 100% 2'-O-methyl nucleotide modifications;
A branched RNA compound according to any one of claims 21 to 24 .
前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含み、任意により、
前記分岐RNA化合物が、4~16のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含むか、または8~13のホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含む、
請求項21~25のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。 the dsRNA comprises at least one modified internucleotide linkage, and optionally
the modified internucleotide linkage comprises a phosphorothioate internucleotide linkage, and optionally
the branched RNA compound comprises 4 to 16 phosphorothioate internucleotide linkages, or comprises 8 to 13 phosphorothioate internucleotide linkages;
A branched RNA compound according to any one of claims 21 to 25 .
Bは、塩基対部分であり;
Wは、O、OCH2、OCH、CH2、及びCHからなる群から選択され;
Xは、ハロ、ヒドロキシ、及びC1-6アルコキシからなる群から選択され、
Yは、O-、OH、OR、NH-、NH2、S-、及びSHからなる群から選択され、
Zは、O及びCH2からなる群から選択され;
Rは、保護基であり、
B is a base pair moiety;
W is selected from the group consisting of O, OCH2 , OCH, CH2 , and CH;
X is selected from the group consisting of halo, hydroxy, and C 1-6 alkoxy;
Y is selected from the group consisting of O − , OH, OR, NH − , NH 2 , S − , and SH;
Z is selected from the group consisting of O and CH2 ;
R is a protecting group;
前記1つ以上のヌクレオチドミスマッチが、センス鎖の前記5’末端から2位、6位、及び12位に存在するか、または、
前記ヌクレオチドミスマッチが、前記センス鎖の5’末端から2位、6位、及び12位に存在する、
請求項23~27のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。 the sense strand comprises one or more nucleotide mismatches between the antisense strand and the sense strand, and optionally
the one or more nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand; or
the nucleotide mismatches are at positions 2, 6, and 12 from the 5' end of the sense strand;
A branched RNA compound according to any one of claims 23 to 27 .
前記アンチセンス鎖が、5’ビニルホスホネートを含む、
請求項23~28のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。
the antisense strand comprises a 5' phosphate, a 5'-alkyl phosphonate, a 5' alkylene phosphonate, a 5' alkenyl phosphonate, or a mixture thereof, and optionally
the antisense strand comprises a 5' vinyl phosphonate;
A branched RNA compound according to any one of claims 23 to 28 .
A:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、2’-メトキシ-リボヌクレオチド及び2’-フルオロ-リボヌクレオチドを交互に含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
B:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも70%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
C:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも85%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
D:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、
E:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、4位、5位、6位、及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、100%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している、
F:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位、6位、14位、及び16位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも65%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、9位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
または
G:
(1)前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含む;
(2)前記アンチセンス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(3)前記アンチセンス鎖の前記5’末端から2位及び14位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(4)前記アンチセンス鎖の前記3’末端から1~2位から1~7位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
(5)前記アンチセンス鎖の一部が、前記センス鎖の一部に相補的である;
(6)前記センス鎖が、少なくとも75%の2’-O-メチル修飾を含む;
(7)前記センス鎖の前記3’末端から7位、10位、及び11位の前記ヌクレオチドが、2’-メトキシ-リボヌクレオチドではない;
(8)前記センス鎖の前記5’末端から1~2位の前記ヌクレオチドが、ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を介して互いに結合している;
請求項1に記載のdsRNAまたは請求項21に記載の分岐RNA化合物。 The dsRNA comprises an antisense strand and a sense strand, each strand having a 5' end and a 3' end, wherein:
A:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand comprises alternating 2'-methoxy-ribonucleotides and 2'-fluoro-ribonucleotides;
(7) the nucleotides 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via a phosphorothioate internucleotide linkage ;
B:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotide at position 14 from the 5' end of the antisense strand is not a 2'-methoxy-ribonucleotide;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 70% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via a phosphorothioate internucleotide linkage;
C:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 85% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via a phosphorothioate internucleotide linkage;
D:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
E:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 4, 5, 6, and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains 100% 2'-O-methyl modifications;
(7) The nucleotides at positions 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages.
F:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2, 6, 14, and 16 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 65% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 9, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) the nucleotides 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via a phosphorothioate internucleotide linkage;
or
G:
(1) the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
(2) the antisense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(3) the nucleotides at positions 2 and 14 from the 5' end of the antisense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(4) the nucleotides at positions 1-2 through 1-7 from the 3' end of the antisense strand are linked to each other via phosphorothioate internucleotide linkages;
(5) a portion of the antisense strand is complementary to a portion of the sense strand;
(6) the sense strand contains at least 75% 2'-O-methyl modifications;
(7) the nucleotides at positions 7, 10, and 11 from the 3' end of the sense strand are not 2'-methoxy-ribonucleotides;
(8) the nucleotides 1 to 2 from the 5' end of the sense strand are linked to each other via a phosphorothioate internucleotide linkage;
22. A dsRNA according to claim 1 or a branched RNA compound according to claim 21 .
機能部分が、前記センス鎖の前記5’末端及び3’末端に連結されているか、または
機能部分が、前記センス鎖の前記3’末端に連結されており、任意により
前記機能部分が、疎水性部分を含み、任意により、
前記疎水性部分が、脂肪酸、ステロイド、セコステロイド、脂質、ガングリオシド、ヌクレオシド類似体、エンドカンナビノイド、ビタミン、及びそれらの混合物からなる群から選択され、任意により、
前記ステロイドが、コレステロール及びリトコール酸(LCA)からなる群から選択され、
前記脂肪酸が、エイコサペンタエン酸(EPA)、ドコサヘキサエン酸(DHA)、及びドコサン酸(DCA)からなる群から選択され、
前記ビタミンが、コリン、ビタミンA、ビタミンE、それらの誘導体、及びそれらの代謝物からなる群から選択されるか、または
前記ビタミンが、レチノイン酸及びコハク酸アルファ-トコフェロールからなる群から選択され、および任意により、
前記機能部分が、リンカーにより前記アンチセンス鎖及び/またはセンス鎖に連結されており、任意により、
前記リンカーが、二価または三価のリンカーを含み、任意により、
前記二価または三価のリンカーが、
前記リンカーが、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、アミド、カルバメート、またはそれらの組み合わせを含むか;または
前記リンカーが、三価リンカーである場合、前記リンカーは、ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体をさらに連結するか;または、任意により、
前記ホスホジエステルまたはホスホジエステル誘導体が、以下からなる群から選択される:
請求項23~30のいずれか一項に記載の分岐RNA化合物。 a functional moiety is linked to the 5'-end and/ or the 3'-end of the antisense strand;
functional moieties are linked to the 5' and 3' ends of the sense strand; or
a functional moiety is linked to the 3' end of the sense strand, and optionally
the functional moiety comprises a hydrophobic moiety, and optionally
the hydrophobic moiety is selected from the group consisting of fatty acids, steroids, secosteroids, lipids, gangliosides, nucleoside analogs, endocannabinoids, vitamins, and mixtures thereof; and optionally
the steroid is selected from the group consisting of cholesterol and lithocholic acid (LCA);
the fatty acid is selected from the group consisting of eicosapentaenoic acid (EPA), docosahexaenoic acid (DHA), and docosanoic acid (DCA);
The vitamin is selected from the group consisting of choline, vitamin A, vitamin E, derivatives thereof, and metabolites thereof; or
the vitamins are selected from the group consisting of retinoic acid and alpha-tocopherol succinate, and optionally
the functional moiety is linked to the antisense strand and/or the sense strand by a linker, and optionally
The linker comprises a bivalent or trivalent linker, and optionally
The bivalent or trivalent linker is
the linker comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphodiester, a phosphorothioate, a phosphoramidate, an amide, a carbamate, or a combination thereof; or
If the linker is a trivalent linker, the linker further links a phosphodiester or phosphodiester derivative; or, optionally,
The phosphodiester or phosphodiester derivative is selected from the group consisting of:
A branched RNA compound according to any one of claims 23 to 30 .
Lは、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み;並びに式(I)は任意選択で、1つまたは複数の分岐点B、及び1つまたは複数のスペーサーSを含み、
Bは出現ごとに独立して、多価有機種またはその誘導体であり、
Sは、各出現ごとに独立して、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ペプチド、RNA、DNA、ホスフェート、ホスホネート、ホスホルアミデート、エステル、アミド、トリアゾール、またはそれらの組み合わせを含み、
Nは、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む長さ15~35塩基を含む二本鎖核酸であり;ここで
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列に実質的に相補的な配列を含み;
前記センス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ独立して、1つ以上の化学修飾を含み;
nは、2、3、4、5、6、7、または8である)。 Compounds of formula (I):
L comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof; and formula (I) optionally comprises one or more branch points B, and one or more spacers S,
B is, independently at each occurrence, a polyvalent organic species or derivative thereof;
S, independently for each occurrence, comprises an ethylene glycol chain, an alkyl chain, a peptide, RNA, DNA, a phosphate, a phosphonate, a phosphoramidate, an ester, an amide, a triazole, or a combination thereof;
N is a double-stranded nucleic acid comprising a sense strand and an antisense strand, the length of which is 15-35 bases; wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30;
the sense strand and the antisense strand each independently comprise one or more chemical modifications;
n is 2, 3, 4, 5, 6, 7, or 8).
前記アンチセンス鎖が、以下からなる群から選択される5’末端基Rを含むか:
Xは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
Yは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
-は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結を表し;
=は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を表し;
---は、出現ごとに独立して、塩基対相互作用またはミスマッチを表す)を有するか;
式(IV)の構造:
Xは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
Yは、出現ごとに独立して、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、及びそれらの化学修飾誘導体から選択され、
-は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結を表し;
=は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結を表し;
---は、出現ごとに独立して、塩基対相互作用またはミスマッチを表す)
を有し、;
Lが構造L1であり、
Lが構造L2であり、
化合物。 34. The compound of claim 33, wherein the compound has a structure selected from formulas (I-1) to (I-9):
the antisense strand comprises a 5' end group R selected from the group consisting of:
X is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
Y is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
- represents a phosphodiester internucleoside linkage;
= represents a phosphorothioate internucleoside linkage;
--- independently represents a base pair interaction or a mismatch at each occurrence;
Structure of formula (IV):
X is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
Y is independently selected at each occurrence from adenosine, guanosine, uridine, cytidine, and chemically modified derivatives thereof;
- represents a phosphodiester internucleoside linkage;
= represents a phosphorothioate internucleoside linkage;
--- represents, independently at each occurrence, a base pair interaction or a mismatch.
having
L is structure L1;
L is structure L2;
Compound.
前記dsRNAまたは化合物が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害するか、または少なくとも80%阻害する、医薬組成物。 A pharmaceutical composition for inhibiting the expression of the MSH3 gene in an organism, comprising a dsRNA according to any one of claims 1 to 12 and 30 or a compound according to any one of claims 21 to 34 , and optionally a pharma- ceutically acceptable carrier.
A pharmaceutical composition , wherein said dsRNA or compound inhibits said expression of said MSH3 gene by at least 50%, or by at least 80%.
前記化合物が、患者の脳に投与されるように処方されるか;
前記化合物が、脳・脳室内(ICV)注射、線条体内(IS)注射、静脈内(IV)注射、皮下(SQ)注射、またはそれらの組み合わせによって投与されるように処方されるか;または、
前記化合物が、患者の海馬、線条体、皮質、小脳、視床、視床下部、及び脊髄のうちの1つ以上において、前記MSH3遺伝子mRNAの減少を引き起こし、任意により、
前記化合物が、前記MSH3遺伝子の前記発現を少なくとも50%阻害するか、または少なくとも80%阻害する、医薬組成物。 A pharmaceutical composition for treating a neurodegenerative disease , comprising a compound according to any one of claims 21 to 34 , and optionally
The compound is formulated to be administered to the brain of a patient;
The compound is formulated to be administered by intracerebroventricular (ICV) injection, intrastriatal (IS) injection, intravenous (IV) injection, subcutaneous (SQ) injection, or a combination thereof; or
wherein the compound causes a decrease in the MSH3 gene mRNA in one or more of the hippocampus, striatum, cortex, cerebellum, thalamus, hypothalamus, and spinal cord of the patient, and optionally
A pharmaceutical composition, wherein said compound inhibits said expression of said MSH3 gene by at least 50%, or by at least 80%.
(a)MSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドを前記細胞に導入することと、
(b)前記HTT mRNAの分解を得るのに十分な時間、ステップ(a)で産生された前記細胞を維持し、それによって前記細胞中のHTT mRNAを低減することと、
を含み、任意により
前記オリゴヌクレオチドが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子を含み、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含み、任意により、
前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、方法。 1. A method for reducing HTT mRNA in a cell in vitro , comprising:
(a) introducing into said cell an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence;
(b) maintaining the cells produced in step (a) for a time sufficient to obtain degradation of the HTT mRNA, thereby reducing HTT mRNA in the cells;
and optionally
the oligonucleotide comprises a double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand;
the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30, and optionally
The method of claim 1, wherein the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42.
前記オリゴヌクレオチドが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子を含み、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含み、任意により、
前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、
医薬組成物。 A pharmaceutical composition for treating or managing Huntington's disease (HD), comprising an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence, and optionally
the oligonucleotide comprises a double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand;
the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30, and optionally
The antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42;
Pharmaceutical compositions .
前記オリゴヌクレオチドが、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖RNA(dsRNA)分子を含み、
前記アンチセンス鎖が、配列番号1~6及び19~30のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含み、任意により、
前記アンチセンス鎖が、配列番号13~18及び31~42のいずれか1つのMSH3核酸配列と実質的に相補的な配列を含む、
医薬組成物 1. A pharmaceutical composition for treating or managing a trinucleotide repeat disease or disorder, comprising an oligonucleotide comprising a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence, and optionally
the oligonucleotide comprises a double-stranded RNA (dsRNA) molecule comprising a sense strand and an antisense strand;
the antisense strand comprises a sequence substantially complementary to an MSH3 nucleic acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 1-6 and 19-30, and optionally
The antisense strand comprises a sequence substantially complementary to any one of the MSH3 nucleic acid sequences of SEQ ID NOs: 13-18 and 31-42;
Pharmaceutical Compositions
請求項1~12および30のいずれか一項に記載のdsRNA、請求項78~82のいずれか一項に記載のベクター、請求項16または17に記載の化合物、または請求項21~34のいずれか一項に記載の化合物を含む、医薬組成物。 1. A pharmaceutical composition for treating or managing Huntington's disease (HD), comprising:
A pharmaceutical composition comprising a dsRNA according to any one of claims 1 to 12 and 30 , a vector according to any one of claims 78 to 82, a compound according to claim 16 or 17 , or a compound according to any one of claims 21 to 34 .
請求項1~12および30のいずれか一項に記載のdsRNA、請求項78~82のいずれか一項に記載のベクター、請求項16または17に記載の化合物、または請求項21~34のいずれか一項に記載の化合物を含む、医薬組成物。 1. A pharmaceutical composition for treating or managing a trinucleotide repeat disease or disorder, comprising:
A pharmaceutical composition comprising a dsRNA according to any one of claims 1 to 12 and 30 , a vector according to any one of claims 78 to 82, a compound according to claim 16 or 17 , or a compound according to any one of claims 21 to 34 .
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